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A AT 1318.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=745.0661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.83;MQ0=0;QD=23.14;RPA=4,5;RU=T;SB=-6.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,53:57:99:1361,156,0 chrI 30097 . A ATAAATTTT,ATAAATTT 2647.97 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=338.6578;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=29.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=61.58;ReadPosRankSum=1.559;SB=-1.209e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,9,8:43:58:2726,173,58,272,0,157 chrI 30098 . T TAAA 1821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.773;DP=52;FS=2.911;HaplotypeScore=546.9398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.606;QD=35.04;ReadPosRankSum=2.690;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,17:52:99:1864,101,0 chrI 30157 . CA C 319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=150.9627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.42;MQ0=0;QD=17.78;RPA=5,4;RU=A;SB=-9.899e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,14:18:42:362,42,0 chrI 30405 . T TACTTCTTG 2210.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=330.2513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.79;MQ0=0;QD=55.27;RPA=2,3;RU=ACTTCTTG;SB=-4.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,24:40:72:2253,72,0 chrI 30771 . T TA 1892.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=432.3479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=24.91;RPA=1,2;RU=A;SB=-3.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,72:76:99:1935,183,0 chrI 36421 . AT A 654.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=98.7472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=13.10;RPA=11,10;RU=T;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:50:99:697,104,0 chrI 36436 . CT C 730.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=120.5056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=12.60;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,46:58:99:773,110,0 chrI 37415 . GAACGGCAACGCATTTCTAATATAGAT G 6980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=22.5366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.01;MQ0=0;QD=131.70;SB=-1.544e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:53:99:6980,129,0 chrI 45359 . A AGGG,AGG 394.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=43.0350;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.58;MQ0=0;QD=5.27;RPA=10,13,12;RU=G;SB=-1.737e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:33,20,9:75:87:473,114,87,151,0,104 chrI 62611 . AAT A 563.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=120.3278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=11.75;RPA=6,5;RU=AT;SB=-3.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,22:48:54:606,54,0 chrI 65494 . A AT 1648.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=45.6451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=28.93;RPA=2,3;RU=T;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1691,168,0 chrI 65761 . AT A 1219.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=164.3606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=17.68;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,65:69:99:1262,173,0 chrI 68621 . AT A 3326 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=69.3914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=25.39;SB=-1.573e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:131:99:3326,336,0 chrI 69667 . A AG 2365.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=308.9029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=27.19;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,30:87:99:2408,240,0 chrI 69677 . GA G 1666.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=416.0964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=18.32;RPA=5,4;RU=A;SB=-5.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,30:91:99:1709,227,0 chrI 69727 . AT A 1479.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=364.7564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=18.05;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,64:79:99:1522,165,0 chrI 69734 . TGG T 1929.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=248.0695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=25.73;RPA=8,6;RU=G;SB=-8.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,64:72:99:1972,165,0 chrI 70179 . GA G 2400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.160;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=614.5022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.83;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=14.55;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.014;SB=-1.014e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,121:165:99:2443,335,0 chrI 70193 . A AAAG 6543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=326.6162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.33;MQ0=0;QD=40.14;SB=-2.856e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,132:163:99:6543,415,0 chrI 70443 . C CA 2384.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=290.9931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=21.29;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.163e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,104:112:99:2427,282,0 chrI 70524 . CA C 1513.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=400.3103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.33;MQ0=0;QD=20.19;RPA=4,3;RU=A;SB=-6.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,66:75:99:1556,174,0 chrI 70740 . AG A 1189.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;QD=18.89;RPA=7,6;RU=G;SB=-2.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,56:63:99:1232,147,0 chrI 70858 . AT A 809.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=80.2866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=0.685;QD=15.88;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.410;SB=-3.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,44:51:99:852,120,0 chrI 70997 . TA T 608.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=103.5790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=19.03;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,30:32:87:651,87,0 chrI 71101 . TGAAAGA T 2490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=297.1474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.14;MQ0=0;QD=50.84;RPA=2,1;RU=GAAAGA;SB=-6.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,35:49:99:2533,119,0 chrI 71124 . AAAAATG A 3077.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=267.9069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.24;MQ0=0;QD=57.00;SB=-6.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:3120,147,0 chrI 71530 . TAAAA T 3914 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=259.3577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=39.94;RPA=13,9;RU=A;SB=-1.060e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,82:98:99:3914,235,0 chrI 74863 . GT G 935.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=200.9406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=16.42;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,51:57:99:978,134,0 chrI 74999 . ATTTT A 84.93 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=11.2657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.76;MQ0=0;QD=7.08;RPA=14,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,8:12:9:126,9,0 chrI 77494 . CGAA C 4241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=802.1119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.64;MQ0=0;QD=28.46;RPA=5,4;RU=GAA;SB=-1.761e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,122:149:99:4241,325,0 chrI 77525 . GA G 293.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.796;DP=147;FS=0.719;HaplotypeScore=1433.6083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.65;MQ0=0;MQRankSum=-3.627;QD=2.00;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=8.646;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,70:147:99:333,0,1377 chrI 77528 . GAAGAA G 3378 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.755;DP=144;FS=3.674;HaplotypeScore=1123.2369;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.857;QD=23.46;ReadPosRankSum=7.318;SB=-1.522e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,70:144:39:3378,0,39 chrI 79567 . A ATT 5106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=334.9114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=42.55;SB=-1.864e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,110:119:99:5106,346,0 chrI 79586 . CT C 3142.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=536.4330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=25.76;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.244e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,116:122:99:3185,328,0 chrI 80649 . G GA 2269.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=52.9456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=21.62;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.133e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,94:105:99:2312,262,0 chrI 84701 . 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AT A 320.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=114.9273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=7.64;RPA=14,13;RU=T;SB=-1.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,23:42:58:363,58,0 chrI 101450 . TA T 425.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=417.1415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.66;MQ0=0;QD=11.21;RPA=13,12;RU=A;SB=-3.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,27:38:78:468,78,0 chrI 101469 . ATG A 1234.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=309.3253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=37.42;SB=-1.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:93:1277,93,0 chrI 110507 . AT A 2157.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=220.9055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=16.60;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,103:130:99:2200,284,0 chrI 110520 . AT A 1772.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=288.6068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;QD=16.42;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,90:108:99:1815,256,0 chrI 110711 . GAGAGA G 3206.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=55.1811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=3;QD=50.11;SB=-1.266e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,56:61:99:3249,165,0 chrI 113050 . C CGTT 4802 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.393;DP=233;FS=0.000;HaplotypeScore=112.5500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.62;MQ0=0;MQRankSum=0.640;QD=20.61;RPA=9,10;RU=GTT;ReadPosRankSum=0.752;SB=-2.384e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:68,161:233:99:4802,227,0 chrI 114819 . GT G 6122 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.713;DP=222;FS=0.000;HaplotypeScore=605.3837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;MQRankSum=0.799;QD=27.58;ReadPosRankSum=1.104;SB=-2.844e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,207:222:99:6122,544,0 chrI 116489 . GTGACGATGA G 9185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=641.9453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.32;MQ0=0;QD=53.09;RPA=3,2;RU=TGACGATGA;SB=-4.509e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,113:173:99:9185,316,0 chrI 118511 . T TA 714.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=13.2787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=21.67;SB=-3.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:63:757,63,0 chrI 119666 . ATATATG A 512.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=34.1720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=32.06;RPA=2,1;RU=TATATG;SB=-2.069e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,11:16:27:555,27,0 chrI 119898 . C CAA 2648.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=75.6178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.02;MQ0=0;QD=32.70;RPA=3,5;RU=A;SB=-1.331e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,76:81:99:2691,222,0 chrI 124451 . TC T 1676.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=139.6356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.36;MQ0=0;QD=25.80;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:65:99:1719,183,0 chrI 128103 . AT A 137.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.623;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=59.3185;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.623;QD=2.71;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.849;SB=-3.580e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:51:22:177,0,22 chrI 128193 . GA G 578.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=60.2594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=13.16;RPA=11,10;RU=A;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,36:44:94:621,94,0 chrI 138748 . AT A 2460.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=753.9241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.73;MQ0=0;QD=25.90;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.140e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,90:95:99:2503,258,0 chrI 139108 . G GTA 1406.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=313.9633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.66;MQ0=0;QD=25.58;RPA=5,6;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,41:55:99:1449,123,0 chrI 139260 . AT A 402.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=201.3787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.37;MQ0=0;QD=17.52;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,21:23:63:445,63,0 chrI 139276 . C CCA 756.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=229.9179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.89;MQ0=1;QD=26.10;SB=-2.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,24:28:73:799,73,0 chrI 139277 . T TAAC 904.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.165;DP=31;FS=9.556;HaplotypeScore=219.8853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.79;MQ0=1;MQRankSum=-2.069;QD=29.19;ReadPosRankSum=1.876;SB=-2.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,24:30:65:947,65,0 chrI 139404 . GTATA G 2340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=104.7865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=37.16;RPA=7,5;RU=TA;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,52:63:99:2383,141,0 chrI 142298 . CTT C 3202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=83.0800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=1;QD=22.24;RPA=12,10;RU=T;SB=-1.495e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,126:143:99:3245,336,0 chrI 142506 . AT A 1819.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=51.9313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=16.11;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,101:113:99:1862,265,0 chrI 142779 . T TGAC 8469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=92.8835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=44.34;SB=-3.555e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,177:191:99:8469,514,0 chrI 143575 . GA G 1149.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.594;DP=112;FS=1.894;HaplotypeScore=101.4222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=10.27;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.345;SB=-4.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,88:112:99:1192,103,0 chrI 153968 . G GTCT 4870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=51.9089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=45.51;SB=-1.316e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,97:107:99:4870,289,0 chrI 154817 . GT G 1228.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.094;DP=100;FS=12.718;HaplotypeScore=286.8282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.924;QD=12.29;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.733;SB=-3.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,74:100:99:1271,103,0 chrI 154847 . GTT G 2340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=179.8415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=23.41;RPA=10,8;RU=T;SB=-7.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,86:100:99:2383,231,0 chrI 156386 . A AT 2498.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=408.0468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.79;MQ0=0;QD=18.65;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.142e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,108:134:99:2541,297,0 chrI 156451 . TG T 4648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=408.0345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=29.23;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.636e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,153:159:99:4648,436,0 chrI 160045 . CT C 2256.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=250.5592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.24;MQ0=0;QD=27.52;RPA=2,1;RU=T;SB=-7.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,74:81:99:2299,222,0 chrI 160074 . AT A 1529.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=218.9725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.25;MQ0=0;QD=22.84;RPA=4,3;RU=T;SB=-7.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,61:66:99:1572,177,0 chrI 166148 . ATTTCTATTCCAACAGG A 3936 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.153;DP=113;FS=7.401;HaplotypeScore=877.1704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.42;MQ0=36;MQRankSum=1.228;QD=34.83;ReadPosRankSum=0.614;SB=-1.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,32:76:99:3936,0,4087 chrI 166341 . A AT 3011.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=260.1327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.20;MQ0=1;QD=19.69;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.519e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,136:152:99:3054,371,0 chrI 169227 . CAT C 945.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=15.51;RPA=7,6;RU=AT;SB=-4.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,42:61:90:988,90,0 chrI 171848 . G GAA 2285.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=47.3341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=1;QD=27.88;RPA=6,8;RU=A;SB=-1.117e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,61:81:99:2328,199,0 chrI 171961 . AT A 2144.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=154.2491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=26.16;RPA=3,2;RU=T;SB=-7.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:82:99:2187,226,0 chrI 175856 . TG T 1906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=151.0987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=23.54;SB=-9.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:81:99:1949,189,0 chrI 176580 . CT C 706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.780;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.606;QD=14.73;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.347;SB=-2.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:94:749,94,0 chrI 178459 . GT G 1306.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=216.5866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;QD=13.76;RPA=10,9;RU=T;SB=-6.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,75:95:99:1349,196,0 chrI 179139 . A ATT 2621.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=242.8080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.39;MQ0=0;QD=25.71;RPA=8,10;RU=T;SB=-1.298e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,83:102:99:2664,245,0 chrI 179980 . G GTT 3290 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=654.4399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.37;MQ0=0;QD=23.50;RPA=8,10;RU=T;SB=-1.311e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,95:140:99:3290,311,0 chrI 180135 . GTACA G 5201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=147.0673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;QD=48.16;SB=-2.413e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,92:108:99:5201,268,0 chrI 180218 . AAC A 4461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=727.1645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.18;MQ0=0;QD=35.40;SB=-1.850e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,117:126:99:4461,352,0 chrI 180275 . AT A 1817.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;DP=134;FS=3.106;HaplotypeScore=1050.3021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.753;QD=13.57;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.431;SB=-8.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,102:134:99:1860,263,0 chrI 180829 . T TC 2923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.732;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=1377.9462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=23.58;ReadPosRankSum=3.296;SB=-1.309e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,110:124:99:2966,309,0 chrI 181085 . T TA 2968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=601.8257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.70;MQ0=0;QD=24.74;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.128e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,113:120:99:3011,303,0 chrI 181277 . T TA 2185.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=49.3509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.06;MQ0=0;QD=30.36;RPA=1,2;RU=A;SB=-6.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:72:99:2228,202,0 chrI 181957 . TTA T 3215.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=66.2571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=26.58;RPA=4,3;RU=TA;SB=-1.579e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,103:121:99:3258,292,0 chrI 182509 . TA T 1386.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=96.5209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.40;MQ0=0;QD=13.60;RPA=9,8;RU=A;SB=-5.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,85:99:99:1429,202,0 chrI 182688 . G GT 476.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.972;DP=42;FS=23.295;HaplotypeScore=202.8980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.76;MQ0=16;MQRankSum=0.472;QD=11.36;ReadPosRankSum=-1.694;SB=-8.139e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:26:99:516,0,196 chrI 182691 . A AC 290.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.306;DP=42;FS=23.295;HaplotypeScore=221.5914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.76;MQ0=16;MQRankSum=1.139;QD=6.93;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=1.472;SB=-8.116e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:26:99:330,0,160 chrI 182695 . CCT C 629.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.972;DP=42;FS=23.295;HaplotypeScore=187.6415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.76;MQ0=16;MQRankSum=0.972;QD=15.00;ReadPosRankSum=3.528;SB=-8.138e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:26:99:669,0,239 chrI 183568 . TA T 631.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.312;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=564.6228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.491;QD=21.79;ReadPosRankSum=2.275;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:72:674,72,0 chrI 183571 . A AGG 1018.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=520.4499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=36.39;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84:1061,84,0 chrI 183624 . A AG 732.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=604.7238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.48;MQ0=0;QD=15.59;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,38:36:99:775,104,0 chrI 183626 . A AG 636.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.628;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=569.7148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.31;MQ0=0;MQRankSum=1.103;QD=14.15;ReadPosRankSum=1.628;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,38:34:82:679,82,0 chrI 184781 . C CT 4536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=477.9176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.60;MQ0=0;QD=31.72;SB=-2.214e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:143:99:4536,391,0 chrI 185852 . GA G 2369.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=611.9364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.76;MQ0=0;QD=18.66;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.113e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,116:127:99:2412,322,0 chrI 186513 . CA C 2550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=880.6482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.39;MQ0=0;QD=21.62;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,108:118:99:2593,297,0 chrI 186720 . TG T 3876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=346.3076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;QD=28.09;SB=-1.480e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,133:138:99:3876,346,0 chrI 186877 . C CT 2804.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=220.3131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=26.46;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.276e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,95:106:99:2847,280,0 chrI 187212 . T TA 398.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=420.5858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=23.47;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51:441,51,0 chrI 187216 . AG A 399.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=420.4479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=23.53;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51:442,51,0 chrI 188007 . T TG 1363.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=176.0630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.94;MQ0=1;QD=25.26;SB=-3.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:46:99:1406,120,0 chrI 188971 . AGTCGTGAT A 9562 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=215.2006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.60;MQ0=1;QD=89.36;SB=-3.976e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:9562,295,0 chrI 189044 . G GT 756.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=372.1721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.17;MQ0=2;QD=15.77;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,38:41:96:799,96,0 chrI 189684 . A AT 2341.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=953.3084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.08;MQ0=0;QD=24.40;RPA=1,2;RU=T;SB=-6.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,90:87:99:2384,219,0 chrI 189743 . TTCCC T 4042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=1377.5247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.21;MQ0=0;QD=46.46;SB=-1.242e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:86:99:4042,229,0 chrI 189750 . A AC 1703.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=1449.2705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.15;MQ0=0;QD=21.30;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,77:79:99:1746,226,0 chrI 189970 . TA T 2282.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=970.9971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.72;MQ0=0;QD=16.08;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,129:142:99:2325,319,0 chrI 190002 . AGC A 1888.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.244;DP=129;FS=0.798;HaplotypeScore=922.6489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.60;MQ0=0;MQRankSum=2.186;QD=14.64;ReadPosRankSum=7.607;SB=-8.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,91:129:99:1928,0,758 chrI 190005 . ATCAG A 3507 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.072;DP=125;FS=4.112;HaplotypeScore=742.3148;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=1.774;QD=28.06;ReadPosRankSum=7.423;SB=-1.545e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,91:125:99:3507,0,245 chrI 192282 . ATATTATTTT A 2774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=288.8653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.51;MQ0=0;QD=40.22;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,32:69:99:2817,126,0 chrI 192311 . A ATTATTATTT 1815.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=406.9247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.13;MQ0=0;QD=42.23;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,11:43:79:1858,79,0 chrI 192338 . T TAA 444.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=89.9832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.82;MQ0=0;QD=29.66;RPA=3,5;RU=A;SB=-1.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:42:487,42,0 chrI 192484 . GA G 461.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=99.1612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=16.50;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:72:504,72,0 chrI 192551 . C CAA 693.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.433;DP=60;FS=4.289;HaplotypeScore=144.0858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.94;MQ0=0;MQRankSum=1.305;QD=11.56;RPA=14,16;RU=A;ReadPosRankSum=-2.133;SB=-1.314e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,20:60:51:735,51,0 chrI 192610 . C CCA 2907.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=52.3655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.49;MQ0=0;QD=29.67;RPA=3,4;RU=CA;SB=-3.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,89:98:99:2950,247,0 chrI 193984 . GATA G 2802.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=60.0798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=26.20;RPA=7,6;RU=ATA;SB=-1.048e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,80:107:99:2845,214,0 chrI 196362 . G GT 1029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=161.1327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=17.46;RPA=6,7;RU=T;SB=-3.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,41:59:99:1072,123,0 chrI 196460 . CA C 602.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=360.6230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.53;MQ0=0;QD=10.40;RPA=11,10;RU=A;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,43:58:97:645,97,0 chrI 196686 . CAAAAGAATTTATTCATTTGCGAAA C 2339.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=78.0245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.19;MQ0=0;QD=73.12;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,11:32:33:2382,33,0 chrI 196909 . TA T 1472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=600.3237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.62;MQ0=0;QD=24.55;RPA=3,2;RU=A;SB=-4.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,56:60:99:1515,156,0 chrI 197611 . G GA 1674.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=921.0448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.71;MQ0=0;QD=25.38;RPA=4,5;RU=A;SB=-8.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,63:66:99:1717,186,0 chrI 197628 . TC T 1776.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=1142.8201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.73;MQ0=0;QD=24.68;SB=-8.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:72:99:1819,204,0 chrI 197630 . AAGT A 2485.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=1062.8898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.73;MQ0=0;QD=35.01;RPA=2,1;RU=AGT;SB=-1.026e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,58:71:99:2528,175,0 chrI 197812 . CT C 1756.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=311.9806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.90;MQ0=0;QD=27.03;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:65:99:1799,177,0 chrI 198618 . TC T 126.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=404.3323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.77;MQ0=0;QD=7.94;SB=-6.477e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:16:24:169,24,0 chrI 198633 . G GGA 237.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=264.4037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.77;MQ0=0;QD=29.75;SB=-1.138e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:280,24,0 chrI 198699 . C CG 415.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=177.2765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.29;MQ0=0;QD=26.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:16:45:458,45,0 chrI 198708 . CT C 383.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=132.1813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.29;MQ0=0;QD=24.00;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:16:45:426,45,0 chrI 198918 . G GAC 187.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=90.5931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=37.45;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:229,15,0 chrI 199000 . A AAT 790.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=626.7760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.37;MQ0=0;QD=43.94;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54:833,54,0 chrI 199005 . T TA 517.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=654.0750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.37;MQ0=0;QD=28.78;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54:560,54,0 chrI 202607 . T TG 215.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=275.6671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.03;MQ0=0;QD=21.60;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:27:258,27,0 chrI 202668 . G GAA 702.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=570.9356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.37;MQ0=0;QD=29.29;RPA=4,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,20:24:60:745,60,0 chrI 202698 . A AT 677.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=774.4103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.04;MQ0=0;QD=21.19;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,25:32:84:720,84,0 chrI 203038 . C CT 1868.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=478.7750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.22;MQ0=0;QD=18.50;RPA=6,7;RU=T;SB=-7.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,80:101:99:1911,222,0 chrI 203091 . CA C 2277.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=787.1460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.43;MQ0=0;QD=20.90;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,103:109:99:2320,273,0 chrI 206379 . GAAGGT G 934.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=496.0654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.03;MQ0=0;QD=62.33;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45:977,45,0 chrI 206387 . A AGCACC 747.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=514.7597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.03;MQ0=0;QD=49.86;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,6:15:45:790,45,0 chrI 206388 . AT A 145.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.070;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=1112.5186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.89;MQ0=0;MQRankSum=0.205;QD=4.17;ReadPosRankSum=3.777;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,9:35:99:185,0,115 chrI 206393 . C CATCGTA 1115.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=1152.7547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.89;MQ0=0;QD=31.88;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,9:35:87:1158,87,0 chrI 206666 . GTCA G 2588.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.534;DP=195;DS;FS=62.408;HaplotypeScore=622.8286;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.805;QD=13.28;RPA=3,2;RU=TCA;ReadPosRankSum=1.682;SB=-1.056e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,74:193:99:2628,0,1449 chrI 206793 . T TC 448.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.115;DP=181;DS;FS=9.790;HaplotypeScore=2387.8762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.53;MQ0=10;MQRankSum=0.578;QD=2.48;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=6.526;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,37:136:99:488,0,2236 chrI 206796 . CT C 699.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.334;DP=164;DS;FS=8.832;HaplotypeScore=2281.7722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.24;MQ0=10;MQRankSum=-0.249;QD=4.27;ReadPosRankSum=2.649;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,37:132:99:739,0,2257 chrI 206817 . ATTT A 993.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.369;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=2268.0879;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.60;MQ0=3;MQRankSum=1.526;QD=7.00;ReadPosRankSum=0.100;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,36:128:99:1033,0,3522 chrI 220667 . ATTGTTG A 7998 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=241;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=696.0879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.44;MQ0=12;QD=33.19;RPA=5,3;RU=TTG;SB=-3.682e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,196:175:99:7998,435,0 chrI 220877 . CAAG C 697.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.533;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=163.9860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.40;MQ0=73;MQRankSum=0.157;QD=4.68;RPA=3,2;RU=AAG;ReadPosRankSum=0.826;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,52:60:99:737,0,1125 chrI 222309 . TCCA T 328.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.291;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=542.4178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.031;QD=7.31;ReadPosRankSum=4.147;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,38:30:99:368,0,253 chrI 222315 . GCTTCCACTACTTCTA G 3353 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=343.7039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.58;MQ0=0;QD=51.58;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,38:40:99:3353,120,0 chrI 223243 . AAAT A 1293.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=221.2351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.54;MQ0=6;QD=15.59;RPA=2,1;RU=AAT;SB=-6.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,74:43:99:1336,105,0 chrI 229322 . T TTA 909.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=391.2564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.46;MQ0=0;QD=29.35;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:25:66:952,66,0 chrII 178 . ATAC A 6637 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=1069.3358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.55;MQ0=2;QD=40.22;RPA=3,2;RU=TAC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,140:161:99:6637,418,0 chrII 312 . ATAG A 4242 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=428.6947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.23;MQ0=2;QD=47.13;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:88:99:4242,262,0 chrII 2126 . GTCCTGACGTTGA G 7343 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;DP=191;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2071.1346;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.27;MQ0=6;MQRankSum=3.445;QD=38.45;ReadPosRankSum=-0.907;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,57:144:99:7343,0,4446 chrII 5869 . T TA 141.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.648;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=608.8426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.002;QD=1.94;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.059;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,6:22:99:181,0,197 chrII 5885 . T TG,TGA 1564.21 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=983.9275;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=18.94;MQ0=0;QD=13.97;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:4,33,75:49:48:1642,183,48,961,0,910 chrII 5911 . CA C 3620 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.590;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2448.8012;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.95;MQ0=9;MQRankSum=2.987;QD=14.48;ReadPosRankSum=-0.789;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,136:157:99:3620,0,1104 chrII 5962 . TC T 1100.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.061;DP=192;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2664.8700;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.01;MQ0=10;MQRankSum=-2.991;QD=5.73;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=-2.393;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,67:155:99:1140,0,1479 chrII 5978 . TC T 1535.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.948;DP=171;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2678.9140;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.02;MQ0=10;MQRankSum=2.269;QD=8.98;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=2.681;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,61:151:99:1575,0,1350 chrII 5999 . A AC 2165.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.928;DP=110;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2063.3602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.07;MQ0=1;MQRankSum=-1.623;QD=19.69;ReadPosRankSum=-0.750;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,60:107:62:2205,0,62 chrII 6002 . A ACTC 3375 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.975;DP=99;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1742.6405;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.94;MQ0=1;MQRankSum=-2.408;QD=34.09;ReadPosRankSum=1.579;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,61:97:99:3375,0,750 chrII 6258 . CACTCTCAA C 3434 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.223;DP=120;DS;FS=17.157;HaplotypeScore=1716.8159;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.58;MQ0=0;MQRankSum=1.272;QD=28.62;ReadPosRankSum=3.677;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,37:102:99:3434,0,1994 chrII 6259 . ACTCTCAAA A,ATCTCAAA 5604 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=115;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1463.5581;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=24.47;MQ0=0;QD=48.73;SB=-3.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:39,0,0:97:99:5604,2170,4164,3438,0,3197 chrII 6295 . CTCCATG C 5601 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.735;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=2612.0516;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.02;MQ0=1;MQRankSum=-0.287;QD=32.56;ReadPosRankSum=0.180;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,60:140:99:5601,0,4349 chrII 6641 . CG C 444.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.531;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=682.9891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.617;QD=7.54;ReadPosRankSum=-1.977;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,24:43:99:484,0,557 chrII 7114 . A AC 1414.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=412.3514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.15;MQ0=3;QD=19.38;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,63:48:99:1457,126,0 chrII 7913 . A AAGCAG 1577.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.16;MQ0=51;QD=15.17;SB=-1.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,83:24:63:1620,63,0 chrII 8163 . A AT 2683.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.137;DP=235;FS=276.247;HaplotypeScore=2389.8907;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.00;MQ0=37;MQRankSum=6.743;QD=11.42;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-7.455;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,104:158:99:2723,0,1624 chrII 8302 . CGG C 7739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;FS=0.000;HaplotypeScore=3813.2597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.01;MQ0=0;QD=40.73;RPA=6,4;RU=G;SB=-4.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,189:190:99:7739,566,0 chrII 9351 . A AT 166.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=133.1001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.71;MQ0=1;QD=8.74;RPA=1,2;RU=T;SB=-7.062e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,16:8:18:208,18,0 chrII 9380 . C CA 185.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=26.2161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.00;MQ0=1;QD=15.42;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,10:6:18:227,18,0 chrII 9520 . A AC 2505.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=421.1412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.87;MQ0=0;QD=34.80;RPA=1,2;RU=C;SB=-3.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,64:72:99:2548,208,0 chrII 9669 . A AT 2100.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.512;DP=93;FS=6.177;HaplotypeScore=379.5244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.05;MQ0=1;MQRankSum=-2.012;QD=22.59;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.917;SB=-1.026e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,81:92:99:2143,184,0 chrII 10711 . CA C 3171.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=466.1272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.13;MQ0=0;QD=32.37;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.396e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,92:98:99:3214,274,0 chrII 23707 . G GTTTCTGTTATT 13213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=220.1447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.78;MQ0=0;QD=128.28;SB=-6.083e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:103:99:13213,295,0 chrII 24053 . GT G 1647.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.949;DP=124;FS=3.625;HaplotypeScore=56.9636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.783;QD=13.29;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.341;SB=-7.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,87:124:99:1690,120,0 chrII 24892 . C CTATATA 611.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=107.2589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=34.00;RPA=5,8;RU=TA;SB=-2.598e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,8:18:27:654,27,0 chrII 24920 . CA C 540.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=92.7878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=17.45;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:31:72:583,72,0 chrII 27489 . TGTTACCTTCTTGCTG T 15333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=165.0708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.19;MQ0=0;QD=129.94;SB=-7.550e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,98:118:99:15333,292,0 chrII 28695 . C CT 1143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.922;DP=107;FS=3.365;HaplotypeScore=110.2557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.029;QD=10.69;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.361;SB=-5.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,60:107:83:1186,83,0 chrII 29794 . TC T 151.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=148.2043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.25;MQ0=23;QD=5.40;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,5:5:15:193,15,0 chrII 29809 . A ACACAT 353.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=127.9410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.04;MQ0=24;QD=12.18;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,5:5:15:395,15,0 chrII 29816 . AT A 104.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=152.8561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.04;MQ0=24;QD=3.59;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,5:5:15:146,15,0 chrII 29821 . G GGA 165.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=146.7300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.25;MQ0=23;QD=5.90;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,5:5:15:207,15,0 chrII 29932 . A AG 240.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=63.7586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=34.29;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:282,21,0 chrII 36507 . CT C 1613.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.665;DP=100;FS=6.314;HaplotypeScore=43.8851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.990;QD=16.14;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-7.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,83:100:99:1656,175,0 chrII 38757 . TA T 186.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=46.2165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=7.79;RPA=11,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,10:24:30:229,30,0 chrII 38979 . T TC 449.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.385;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=52.6299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.193;QD=18.00;RPA=3,4;RU=C;ReadPosRankSum=0.771;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,13:25:48:492,48,0 chrII 40802 . CA C 1501.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=248.4100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=22.42;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,63:67:99:1544,186,0 chrII 45953 . TTCA T 1710.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DP=91;FS=8.725;HaplotypeScore=201.4476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.87;MQ0=0;MQRankSum=0.990;QD=18.80;ReadPosRankSum=0.752;SB=-6.020e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,44:91:99:1753,138,0 chrII 61035 . G GAAA 2533.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=546.4944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.52;MQ0=0;QD=35.69;RPA=4,7;RU=A;SB=-1.030e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,61:71:99:2576,174,0 chrII 62776 . GAA G 2801.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.098;DP=117;FS=2.717;HaplotypeScore=160.7491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=23.95;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.446;SB=-1.030e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,93:117:99:2844,264,0 chrII 63002 . GGAGCC G 5650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=131.1461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=61.41;RPA=2,1;RU=GAGCC;SB=-2.550e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,84:92:99:5650,250,0 chrII 63167 . C CA 2780.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=165.0581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=28.38;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.364e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,85:98:99:2823,259,0 chrII 63527 . T TGGG 3488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=50.4903;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.35;MQ0=0;QD=33.22;RPA=7,10;RU=G;SB=-1.707e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,45:105:99:3479,248,0 chrII 63661 . G GAA 2597.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.927;DP=111;FS=2.819;HaplotypeScore=63.8877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=1.370;QD=23.41;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.623;SB=-1.104e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,80:111:99:2640,187,0 chrII 71825 . CT C 1604.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=213.8314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=17.83;RPA=12,11;RU=T;SB=-1.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,79:90:99:1647,215,0 chrII 72346 . C CACA 6634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;DP=228;DS;FS=3.003;HaplotypeScore=1154.9432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.81;MQ0=1;MQRankSum=0.611;QD=29.10;RPA=6,7;RU=ACA;ReadPosRankSum=0.386;SB=-3.117e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:95,132:224:99:6634,459,0 chrII 75103 . T TA 1834.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.288;DP=111;FS=2.234;HaplotypeScore=219.2823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.963;QD=16.53;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.813;SB=-8.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,85:111:99:1877,174,0 chrII 80114 . TC T 497.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.13;MQ0=0;QD=26.21;SB=-2.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:51:540,51,0 chrII 84412 . AT A 2837.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.834;DP=154;FS=11.350;HaplotypeScore=174.7583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.383;QD=18.43;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.724;SB=-1.028e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:92,61:154:99:2880,336,0 chrII 88484 . GGAGAA G 5226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.42;MQ0=0;QD=56.19;RPA=2,1;RU=GAGAA;SB=-2.252e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,85:93:99:5226,235,0 chrII 89351 . CT C 3116.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=41.8184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=24.74;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.193e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,118:126:99:3159,342,0 chrII 96034 . GA G 1471.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;DP=98;FS=3.507;HaplotypeScore=52.2124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.562;QD=15.02;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.170;SB=-6.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,76:98:99:1514,193,0 chrII 96287 . GA G 932.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=75.5948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=16.37;RPA=11,10;RU=A;SB=-4.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,46:57:99:975,128,0 chrII 101289 . T TA 1638.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=59.8498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.08;RPA=5,6;RU=A;SB=-7.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,54:71:99:1681,174,0 chrII 101340 . C CA 824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.605;DP=50;FS=3.052;HaplotypeScore=81.4260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.605;QD=16.50;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.541;SB=-4.199e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,35:50:72:867,72,0 chrII 110113 . GA G 1930.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=263.9622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=21.70;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,85:89:99:1973,231,0 chrII 111312 . CTT C 8238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=1121.0907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.33;MQ0=0;QD=44.77;SB=-4.046e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,179:184:99:8238,527,0 chrII 111645 . T TCTC 10253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=217;FS=0.000;HaplotypeScore=76.7529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=47.25;RPA=1,2;RU=CTC;SB=-4.964e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,202:217:99:10253,596,0 chrII 116854 . CA C 4169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=1115.3844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.99;MQ0=0;QD=23.29;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.508e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,168:179:99:4169,492,0 chrII 117293 . GA G 2132.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=40.0529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.66;MQ0=0;QD=17.48;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,105:122:99:2175,275,0 chrII 122283 . TTA T 5063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=41.84;SB=-1.877e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:121:99:5063,325,0 chrII 122381 . CA C 1118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.642;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=58.1941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=15.33;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.064;SB=-2.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,54:73:99:1161,134,0 chrII 122429 . G GA 476 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.215;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=117.3999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=1.363;QD=9.92;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.278;SB=-2.802e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:48:18:515,0,18 chrII 126565 . CT C 3032.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=80.9350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;QD=17.43;RPA=11,10;RU=T;SB=-1.437e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,147:174:99:3075,411,0 chrII 127636 . CT C 482.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.835;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=302.1315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.72;MQ0=0;MQRankSum=0.100;QD=8.05;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.971;SB=-1.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,28:60:42:525,42,0 chrII 133812 . C CA 1050.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=94.8330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.49;MQ0=0;QD=21.45;RPA=8,9;RU=A;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,43:49:99:1093,120,0 chrII 136039 . T TA 4271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=380.5663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=26.36;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.158e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,137:162:99:4271,412,0 chrII 136348 . G GA 3038.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=50.0286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;QD=21.40;RPA=7,8;RU=A;SB=-7.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,120:142:99:3081,336,0 chrII 136467 . AATAT A 801.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=12.2354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=18.23;RPA=8,6;RU=AT;SB=-1.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,19:44:51:844,51,0 chrII 137522 . AT A 1294.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=32.6252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=15.99;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,64:81:99:1337,153,0 chrII 138274 . ATT A 2188.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;DP=130;FS=10.858;HaplotypeScore=174.9837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;MQRankSum=1.853;QD=16.84;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=2.694;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,79:130:99:2231,150,0 chrII 140850 . TG T 3615 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=216.9994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=26.20;RPA=5,4;RU=G;SB=-1.749e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,121:138:99:3615,361,0 chrII 140964 . T TC 6886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=293.6675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=36.43;SB=-2.988e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,183:189:99:6886,524,0 chrII 142103 . G GT 1437.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=176.4065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.329;QD=17.75;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.735;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,66:81:99:1480,125,0 chrII 145962 . CT C 1693.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=143.5529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=31.96;SB=-7.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1736,147,0 chrII 150403 . TA T 1111.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=117.6141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=20.22;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:55:99:1154,143,0 chrII 151274 . G GT 1159.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.274;DP=93;FS=3.752;HaplotypeScore=33.4633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;MQRankSum=1.228;QD=12.47;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.025;SB=-3.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,62:93:9:1201,9,0 chrII 153609 . AT A 1073.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.216;DP=78;FS=7.930;HaplotypeScore=195.8558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=13.77;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.437;SB=-2.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,59:78:99:1116,100,0 chrII 161432 . GA G 2278.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=240.1794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=19.99;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,102:114:99:2321,279,0 chrII 162819 . AT A 426.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=39.9834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=13.34;RPA=12,11;RU=T;SB=-1.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,27:32:63:469,63,0 chrII 162986 . G GA 1956.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=27.4753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=22.76;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,80:86:99:1999,222,0 chrII 165010 . CT C 2160.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;DP=149;FS=8.653;HaplotypeScore=666.3183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=1.468;QD=14.50;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.700;SB=-8.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,108:149:99:2203,183,0 chrII 166025 . CTT C 957.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=81.9398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=24.56;RPA=8,6;RU=T;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,33:39:87:1000,87,0 chrII 167275 . CA C 2072.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.319;DP=120;FS=2.378;HaplotypeScore=45.4163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.550;QD=17.27;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.243;SB=-4.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,104:120:99:2115,197,0 chrII 167385 . C CT 2249.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=275.2497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;QD=27.78;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.078e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,74:81:99:2292,222,0 chrII 167978 . C CAA 860.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.870;DP=86;FS=24.150;HaplotypeScore=111.6263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=1.397;QD=10.01;RPA=16,18;RU=A;ReadPosRankSum=-0.237;SB=-8.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,34:86:76:903,76,0 chrII 169977 . AT A 528.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.583;DP=111;FS=4.804;HaplotypeScore=1548.4211;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.72;MQ0=0;MQRankSum=-3.003;QD=4.77;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=7.474;SB=-1.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,63:111:99:568,0,228 chrII 169981 . GCAAAATTATTCTGGATTT G 11991 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.486;DP=134;FS=10.351;HaplotypeScore=457.7124;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.907;QD=89.49;ReadPosRankSum=7.334;SB=-2.578e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,63:134:99:11991,0,170 chrII 172371 . CT C 1795.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.329;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=537.7990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.338;QD=17.27;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-7.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,85:104:99:1838,209,0 chrII 174499 . GAAGAAA G 3482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=130.5990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=31.65;RPA=4,3;RU=AAGAAA;SB=-1.354e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,61:109:99:3482,156,0 chrII 174714 . AT A 173.07 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.276;DP=59;FS=8.016;HaplotypeScore=47.0147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=0.047;QD=2.93;RPA=17,16;RU=T;ReadPosRankSum=0.709;SB=-7.132e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,13:58:11:211,0,11 chrII 193715 . GAA G 5598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DP=215;FS=0.000;HaplotypeScore=294.1578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.154;QD=26.04;RPA=10,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.297;SB=-2.783e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,182:215:99:5598,502,0 chrII 195735 . AC A 3546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=55.9650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.25;MQ0=0;QD=25.51;SB=-1.324e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,132:139:99:3546,344,0 chrII 196362 . GA G 2682.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=333.7518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.614;QD=19.16;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.643;SB=-7.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,120:140:99:2725,345,0 chrII 196964 . A AT 2664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.816;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=107.5629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.16;MQ0=0;MQRankSum=0.075;QD=19.45;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.267;SB=-6.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,113:137:99:2707,225,0 chrII 198355 . TC T 3126.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=44.4911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=28.17;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.202e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,87:111:99:3169,303,0 chrII 198475 . TA T 1487.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=224.5826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=19.58;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,69:75:99:1530,186,0 chrII 198720 . CT C 3528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=315.8832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;QD=25.20;RPA=4,3;RU=T;SB=-9.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,134:139:99:3528,364,0 chrII 201367 . T TACC 9669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=90.2580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;QD=45.82;RPA=1,2;RU=ACC;SB=-4.706e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,188:211:99:9669,557,0 chrII 205766 . GGAA G 6375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;FS=0.000;HaplotypeScore=61.9109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.56;MQ0=0;QD=33.03;RPA=4,3;RU=GAA;SB=-1.790e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,159:192:99:6375,439,0 chrII 207035 . TC T 2728.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.072;DP=128;FS=2.376;HaplotypeScore=88.5898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=1.932;QD=21.32;ReadPosRankSum=-0.843;SB=-1.128e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,63:128:99:2771,265,0 chrII 212391 . C CT 1921.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=73.2690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;QD=33.14;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:58:99:1964,165,0 chrII 212519 . T TA 852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.320;DP=54;FS=5.497;HaplotypeScore=82.9506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=15.80;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.650;SB=-2.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,36:54:97:895,97,0 chrII 220473 . AC A 4785 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=595.8007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.97;MQ0=0;QD=27.82;RPA=5,4;RU=C;SB=-2.033e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,164:172:99:4785,478,0 chrII 220817 . CT C 2222.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=45.6719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=17.37;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,104:128:99:2265,281,0 chrII 221033 . G GAATCCCAACAGTTATGACAA 8736 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=272.3143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.02;MQ0=0;QD=198.55;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,22:44:99:8736,123,0 chrII 226901 . CT C 418.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=474.4320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.32;MQ0=11;MQRankSum=-1.735;QD=15.52;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.302;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,15:16:24:461,24,0 chrII 226952 . AGGAATCCCAACAGTTATGAC A 4956 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=443.7773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=206.50;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72:4956,72,0 chrII 236188 . GT G 3952 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=128.3083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.79;MQ0=0;QD=28.23;RPA=4,3;RU=T;SB=-4.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,138:140:99:3952,394,0 chrII 238382 . C CA 1659.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=187.9541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.04;MQ0=0;QD=22.43;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,67:74:99:1702,189,0 chrII 238769 . GA G 3801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=573.3840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=27.54;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.214e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,134:138:99:3801,385,0 chrII 238920 . AT A 3283 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=336.9627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=29.05;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.293e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,105:113:99:3283,298,0 chrII 245763 . G GAA 3466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=480.5550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;QD=26.66;RPA=9,11;RU=A;SB=-1.434e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,97:130:99:3466,299,0 chrII 246613 . A AT 2023.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=20.87;RPA=7,8;RU=T;SB=-8.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,75:96:99:2066,225,0 chrII 246942 . CT C 5230 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=309.3432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=31.89;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.822e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,163:164:99:5230,457,0 chrII 252262 . AG A 3553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=889.6643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.51;MQ0=0;QD=30.90;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.070e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,110:115:99:3553,310,0 chrII 252413 . CT C 3581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=317.9972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.35;MQ0=0;QD=26.14;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.469e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,131:137:99:3581,367,0 chrII 255862 . A AG 2602.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=43.3046;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.85;MQ0=0;QD=26.03;RPA=7,8;RU=G;SB=-8.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,88:100:99:2645,256,0 chrII 258058 . C CA 3360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.362;DP=169;FS=2.995;HaplotypeScore=983.7665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.24;MQ0=0;MQRankSum=0.920;QD=19.88;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-0.184;SB=-1.562e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,121:169:99:3360,385,0 chrII 258993 . C CATAT 469.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=142.3410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.78;MQ0=0;QD=31.33;RPA=8,10;RU=AT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,9:15:27:512,27,0 chrII 270387 . CCAG C 9155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=92.3024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=37.06;RPA=5,4;RU=CAG;SB=-3.806e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,206:247:99:9155,605,0 chrII 270660 . GAA G 2339.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.288;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=69.9094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.34;MQ0=1;MQRankSum=-1.152;QD=18.00;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-7.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,87:129:99:2382,218,0 chrII 270744 . T TA 1760.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.409;DP=91;FS=3.979;HaplotypeScore=82.1914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=1;MQRankSum=0.531;QD=19.35;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.086;SB=-6.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,70:90:99:1803,213,0 chrII 272537 . TTCATCA T 12065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=241;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=85.5178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.84;MQ0=0;QD=50.06;RPA=8,6;RU=TCA;SB=-4.230e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,202:240:99:12065,547,0 chrII 274140 . CTTT C 2985.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=521.7854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.96;MQ0=0;QD=47.40;RPA=4,1;RU=T;SB=-9.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:63:99:3028,178,0 chrII 274223 . TC T 772.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=318.1487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=19.82;SB=-8.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,18:39:96:815,96,0 chrII 274310 . TAAA T 978.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=362.5897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.95;MQ0=0;QD=29.67;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,20:33:86:1021,86,0 chrII 274314 . TATATA T 1271.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.854;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=317.9525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.69;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=41.03;ReadPosRankSum=2.854;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,20:31:37:1314,37,0 chrII 288704 . A AT 2817.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=546.4189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.40;MQ0=0;QD=25.39;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.281e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,104:111:99:2860,309,0 chrII 289129 . TC T 4775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=50.6450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;QD=29.66;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.711e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,158:161:99:4775,439,0 chrII 292097 . G GAAA 2212.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=67.3616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;QD=28.74;RPA=10,13;RU=A;SB=-9.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,38:77:99:2255,176,0 chrII 292401 . GA G 4310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=58.2661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.50;MQ0=0;QD=23.68;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.022e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,154:179:99:4310,468,0 chrII 292524 . T TC 6424 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=784.0450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.33;MQ0=0;QD=37.79;SB=-2.841e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,159:170:99:6424,484,0 chrII 292608 . G GT 3506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=1230.6439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.59;MQ0=0;QD=23.37;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.445e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,129:150:99:3506,387,0 chrII 292622 . CAGT C 6710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=889.3877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.34;MQ0=0;QD=45.65;RPA=2,1;RU=AGT;SB=-3.022e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,134:147:99:6710,391,0 chrII 299548 . CGAAGAG C 10380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=208;FS=0.000;HaplotypeScore=360.0909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=49.90;RPA=4,3;RU=GAAGAG;SB=-4.413e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,151:208:99:10380,454,0 chrII 300033 . GAAAAAA G 920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=56.8599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.18;MQ0=0;QD=18.42;RPA=26,20;RU=A;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,4:41:51:963,51,0 chrII 301355 . TTC T 3068.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=434.4536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.40;MQ0=0;QD=36.98;SB=-1.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,77:79:99:3111,222,0 chrII 307032 . AT A 3578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=188.8175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;QD=26.12;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.755e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,130:137:99:3578,325,0 chrII 307442 . T TA 1167.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.166;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=112.5670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.785;QD=17.43;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.499;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,53:67:99:1210,111,0 chrII 307654 . AT A 919.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;DP=70;FS=2.660;HaplotypeScore=208.2052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.40;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=13.14;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.272;SB=-3.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,49:70:97:962,97,0 chrII 307860 . T TTTGTGGTTTTTTA 7618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=520.2258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.87;MQ0=0;QD=100.24;RPA=1,2;RU=TTGTGGTTTTTTA;SB=-3.473e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,57:76:99:7618,172,0 chrII 308770 . AT A 1191.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=31.3497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;QD=22.07;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,49:54:99:1234,138,0 chrII 309018 . GA G 3043.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=37.6239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;QD=27.42;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:111:99:3086,298,0 chrII 310328 . G GT 4420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=363.7551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=27.80;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.149e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,136:159:99:4420,430,0 chrII 310393 . CA C 3630 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=1025.8569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.13;MQ0=0;QD=33.00;SB=-1.117e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,103:110:99:3630,312,0 chrII 311639 . G GT 3125.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=457.5227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=23.50;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.540e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,109:133:99:3168,342,0 chrII 311665 . TA T 3590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=501.3728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=29.67;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.780e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,106:121:99:3590,331,0 chrII 326159 . T TG 5252 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=474.1058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;QD=36.22;SB=-1.952e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,142:145:99:5252,409,0 chrII 326775 . T TA 2827.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=69.3334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=19.37;RPA=7,8;RU=A;SB=-9.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,109:146:99:2870,315,0 chrII 330450 . C CA 1752.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;QD=24.69;RPA=5,6;RU=A;SB=-7.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,68:71:99:1795,189,0 chrII 334102 . TC T 2182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=125.0131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=33.08;RPA=2,1;RU=C;SB=-7.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2225,190,0 chrII 334302 . TA T 1073.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=34.2202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=18.52;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,53:58:99:1116,135,0 chrII 342236 . T TG 5009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=293.7662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=28.95;RPA=3,4;RU=G;SB=-1.890e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,160:173:99:5009,460,0 chrII 343079 . A AT 978.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.88;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,38:41:99:1021,108,0 chrII 344051 . GAAGAAGGCT G 6886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.817;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=265.5135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.696;QD=49.54;RPA=2,1;RU=AAGAAGGCT;ReadPosRankSum=-1.219;SB=-3.433e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:90,49:137:99:6886,285,0 chrII 344186 . GTAT G 4479 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=565.8621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.74;MQ0=0;QD=37.96;RPA=3,2;RU=TAT;SB=-1.250e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,98:118:99:4479,289,0 chrII 344409 . AT A 1427.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;QD=22.67;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,55:62:99:1470,162,0 chrII 344499 . CT C 1701.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=191.7737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=20.26;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,74:83:99:1744,204,0 chrII 349621 . TA T 3338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=186.5160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=31.49;SB=-1.429e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:106:99:3338,295,0 chrII 349816 . A AAT 3554 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=465.0783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.12;MQ0=0;QD=41.81;SB=-1.632e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:85:99:3554,235,0 chrII 349818 . CA C 2328.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=543.3050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.26;MQ0=0;QD=31.90;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.033e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,69:73:99:2371,214,0 chrII 350068 . TG T 2594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=289.4610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.08;MQ0=0;QD=35.07;SB=-1.191e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,70:74:99:2637,217,0 chrII 350378 . A AC 3295 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=278.9899;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.34;MQ0=0;QD=35.05;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.607e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,85:94:99:3295,268,0 chrII 350549 . G GA 2648.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=606.4520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.31;MQ0=0;QD=25.23;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.340e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,100:105:99:2691,294,0 chrII 351083 . CA C 2451.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=74.8948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=24.77;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.061e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:99:99:2494,270,0 chrII 351230 . CA C 1750.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.396;DP=121;FS=9.338;HaplotypeScore=112.7393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.335;QD=14.47;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.044;SB=-5.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,89:121:99:1793,197,0 chrII 351450 . ATGTAAGCTGTGGTTTGCCT A 11850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=190.5193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.83;MQ0=0;QD=79.00;RPA=2,1;RU=TGTAAGCTGTGGTTTGCCT;SB=-4.793e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:74,75:150:99:11850,217,0 chrII 351948 . A AGTAAATAAATAT 2779.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.44;MQ0=0;QD=111.20;SB=-4.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,17:25:63:2822,63,0 chrII 353485 . CA C 1366.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.377;DP=94;FS=3.351;HaplotypeScore=114.9347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=0.345;QD=14.54;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.071;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,72:94:99:1409,181,0 chrII 353608 . ATATATATATATATATATATATATATATG A 4844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=30.1564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.63;MQ0=0;QD=79.41;SB=-2.278e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,44:61:99:4844,120,0 chrII 363123 . AAC A 4370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=297.6393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.16;MQ0=0;QD=38.67;SB=-1.678e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,101:113:99:4370,310,0 chrII 364024 . A AT 5239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=975.9523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.12;MQ0=0;QD=30.11;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,158:174:99:5239,469,0 chrII 364035 . AT A 5003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=1249.0715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.49;MQ0=0;QD=28.92;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.123e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,162:173:99:5003,466,0 chrII 364088 . AGT A 5143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=973.9180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.95;MQ0=0;QD=37.00;RPA=2,1;RU=GT;SB=-2.436e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,121:139:99:5143,358,0 chrII 369788 . C CTT 1412.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=252.4535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=13.99;RPA=14,16;RU=T;SB=-5.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,49:101:99:1455,167,0 chrII 378442 . CT C 4260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=349.7262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=25.66;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.600e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,162:166:99:4260,457,0 chrII 378585 . AG A 3800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=288.8814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=28.15;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.158e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,117:135:99:3800,340,0 chrII 380135 . TA T 2991.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=62.9335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=19.18;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.173e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,139:156:99:3034,391,0 chrII 380871 . A AAAC 7801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=363.1804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;QD=41.94;RPA=1,2;RU=AAC;SB=-3.300e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,156:186:99:7801,464,0 chrII 381376 . AG A 3852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=220.1583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.19;MQ0=0;QD=24.08;RPA=7,6;RU=G;SB=-1.096e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,145:160:99:3852,417,0 chrII 381543 . CGTGT C 4974 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.958;DP=197;FS=6.165;HaplotypeScore=2679.3626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.90;MQ0=0;MQRankSum=-3.358;QD=25.25;RPA=3,1;RU=GT;ReadPosRankSum=10.194;SB=-1.700e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,124:193:99:4974,0,2042 chrII 381550 . ACCCCTAACTCCGTG A 17725 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.342;DP=184;FS=8.141;HaplotypeScore=1364.7842;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.86;MQ0=0;MQRankSum=-3.384;QD=96.33;ReadPosRankSum=10.346;SB=-6.281e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,124:180:99:17725,0,1499 chrII 382925 . T TG 3046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=471.4710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.66;MQ0=0;QD=29.87;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.440e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,97:102:99:3089,280,0 chrII 383052 . T TA 1495.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.617;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=164.8164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;MQRankSum=1.696;QD=12.68;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.421;SB=-6.653e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,60:118:63:1538,63,0 chrII 383176 . C CG 3329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=199.6530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=30.54;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.301e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,92:109:99:3329,283,0 chrII 386207 . CAA C,CA 311.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.227;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=55.6196;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.057;QD=6.37;RPA=19,17,18;RU=A;ReadPosRankSum=2.227;SB=-1.778e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:33,8,0:49:99:390,121,169,188,0,137 chrII 389425 . TC T 771.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.436;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=387.2530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.16;MQ0=0;MQRankSum=0.545;QD=21.44;ReadPosRankSum=1.436;SB=-3.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:35:87:814,87,0 chrII 389429 . CG C 764.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=375.7106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.75;MQ0=0;QD=23.18;SB=-3.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:98:807,98,0 chrII 389457 . A AT 525.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=314.2217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.04;MQ0=0;QD=23.91;RPA=2,3;RU=T;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,18:22:54:568,54,0 chrII 389487 . A ATCG 1527.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=311.4714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.47;MQ0=0;QD=47.75;SB=-3.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:32:84:1570,84,0 chrII 389660 . TA T 561.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=90.1505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=23.41;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:54:604,54,0 chrII 391492 . GA G 3567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=353.5665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;QD=20.27;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.644e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,150:176:99:3567,437,0 chrII 392336 . C CT 3041.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.535;DP=167;FS=2.216;HaplotypeScore=323.4713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=1.284;QD=18.22;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.494;SB=-9.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,132:167:99:3084,311,0 chrII 392511 . C CAA,CA 2354.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;DP=135;FS=2.021;HaplotypeScore=396.9790;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=52.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.829;QD=17.44;RPA=10,12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.862;SB=-1.102e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:49,9,76:135:99:2433,723,492,455,0,184 chrII 393197 . CTT C 3094.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=542.1776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.20;MQ0=0;QD=29.76;RPA=8,6;RU=T;SB=-1.215e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,93:104:99:3137,268,0 chrII 393340 . GA G 2319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=47.3122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=19.66;RPA=11,10;RU=A;SB=-1.153e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,109:118:99:2362,308,0 chrII 394786 . TCTC T 4243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=106.8949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;QD=46.12;SB=-1.360e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:92:99:4243,235,0 chrII 395042 . GAA G 305.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=49.3223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=15.30;RPA=12,10;RU=A;SB=-6.599e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,13:20:33:348,33,0 chrII 395368 . A AT 2083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=156.3101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=24.23;RPA=4,5;RU=T;SB=-4.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,78:86:99:2126,207,0 chrII 395476 . T TGCTGGAGTA 5364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=49.3139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.31;MQ0=0;QD=40.64;RPA=2,3;RU=GCTGGAGTA;SB=-1.845e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:94,38:132:99:5364,213,0 chrII 406430 . GAA G 1700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=43.0582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.43;MQ0=1;QD=21.26;RPA=13,11;RU=A;SB=-2.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,58:79:99:1743,155,0 chrII 410900 . A AT 3509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=69.0923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;QD=21.27;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.460e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,146:165:99:3509,399,0 chrII 415640 . 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GCC G 2650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=552.3204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.57;MQ0=0;QD=35.82;RPA=3,1;RU=C;SB=-9.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,67:74:99:2693,211,0 chrII 417894 . CTCAAA C 4719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=333.0607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.39;MQ0=0;QD=69.40;SB=-1.804e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:4719,205,0 chrII 419386 . CA C 3519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=53.1980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;QD=24.96;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.374e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,136:141:99:3519,375,0 chrII 420372 . TGTA T 5582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=65.3989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.92;MQ0=0;QD=32.27;RPA=7,6;RU=GTA;SB=-1.919e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,129:173:99:5582,379,0 chrII 423438 . 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A AG 951.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.588;DP=78;FS=10.603;HaplotypeScore=205.3638;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=2.260;QD=12.20;ReadPosRankSum=0.960;SB=-2.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,52:78:60:994,60,0 chrII 434300 . CAA C 1569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.413;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=76.7628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.343;QD=19.15;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.663;SB=-4.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,58:82:99:1612,141,0 chrII 436902 . GA G 3386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.942;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=769.3328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=27.75;ReadPosRankSum=1.519;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,111:122:99:3386,336,0 chrII 444706 . GT G 3058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=444.6188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=21.10;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.188e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,133:145:99:3101,383,0 chrII 450817 . TA T 2358.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=41.6081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;QD=18.87;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,111:125:99:2401,299,0 chrII 452274 . G GA 1101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.401;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=150.5526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.272;QD=15.97;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.025;SB=-4.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,37:69:99:1144,111,0 chrII 452394 . G GAAGA 3454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=162.9929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=48.65;RPA=1,2;RU=AAGA;SB=-1.726e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,56:71:99:3454,181,0 chrII 452435 . CT C 723.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.163;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=412.7188;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=7.03;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.448;SB=-2.589e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,41:103:88:766,88,0 chrII 453243 . A AT 1673.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=37.6409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.442;QD=18.81;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-5.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,64:89:99:1716,165,0 chrII 453657 . TG T 4011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=766.8180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=29.49;RPA=4,3;RU=G;SB=-1.976e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,129:136:99:4011,382,0 chrII 455756 . G GGCAACA 10595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.598;DP=247;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=89.9395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.860;QD=42.89;RPA=5,6;RU=GCAACA;ReadPosRankSum=1.419;SB=-5.055e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:83,161:247:99:10595,444,0 chrII 460243 . CT C 2353.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=906.4438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.10;MQ0=0;QD=21.02;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,92:112:99:2396,270,0 chrII 460257 . A AATATTTGTTGGTT 10256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=606.7061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.92;MQ0=0;QD=112.70;SB=-3.430e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,35:91:99:10256,247,0 chrII 460258 . C CTA 927.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.614;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=1021.4632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.064;QD=10.43;RPA=1,2;RU=TA;ReadPosRankSum=5.616;SB=-2.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,35:89:99:967,0,652 chrII 460270 . C CT 3473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=875.7898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.80;MQ0=0;QD=27.56;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.592e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,125:126:99:3473,358,0 chrII 462485 . A ATT 1792.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.173;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=254.3350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.924;QD=26.37;ReadPosRankSum=-0.404;SB=-5.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,54:68:99:1835,156,0 chrII 464112 . C CTGTGCT 10541 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1509.5006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.52;MQ0=0;MQRankSum=2.362;QD=42.16;RPA=2,3;RU=TGTGCT;ReadPosRankSum=2.296;SB=-4.434e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,220:249:99:10541,663,0 chrII 465690 . C CTGTTGCTGCTGT 9005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=695.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.31;MQ0=0;QD=56.28;RPA=1,2;RU=TGTTGCTGCTGT;SB=-1.552e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,127:160:99:9005,366,0 chrII 466928 . AT A 3516 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=35.3134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.86;MQ0=0;QD=31.68;SB=-1.688e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:111:99:3516,310,0 chrII 467073 . CT C 2850.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.753;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=376.2489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.334;QD=17.49;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.306;SB=-9.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,138:163:99:2893,330,0 chrII 476436 . A ATT 5047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=371.9154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.92;MQ0=0;QD=29.69;RPA=7,9;RU=T;SB=-2.018e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,126:169:99:5047,419,0 chrII 476447 . CT C 3443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=624.8712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;QD=20.13;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.458e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,136:170:99:3443,403,0 chrII 477014 . A AT 3136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=517.4669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=22.73;SB=-1.216e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,118:138:99:3179,360,0 chrII 477089 . GTATATATATA G 7783 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=181.0051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.46;MQ0=0;QD=74.84;RPA=10,5;RU=TA;SB=-2.530e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,64:104:99:7783,211,0 chrII 486949 . C CTCATATTCATAT 8020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=58.3560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.31;MQ0=0;QD=91.14;RPA=3,5;RU=TCATAT;SB=-3.153e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,35:88:99:8020,220,0 chrII 487113 . T TG 3367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=87.6287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;QD=34.36;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.242e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:98:99:3367,286,0 chrII 490686 . A AGGGGCCTTCCGTCCACGGCAC 32767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=213.4987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.98;MQ0=0;QD=164.66;SB=-1.146e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,73:199:99:32767,533,0 chrII 491090 . C CT,CTT 2866.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.999;DP=170;DS;FS=2.998;HaplotypeScore=134.7841;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.114;QD=16.86;RPA=12,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.484;SB=-9.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:84,20,58:170:99:2945,1735,1604,184,0,130 chrII 491216 . CAAA C 4185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=41.7935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=37.70;RPA=10,7;RU=A;SB=-2.079e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,100:111:99:4185,283,0 chrII 492950 . GAA G,GA 858.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.504;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=346.3826;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.14;MQ0=0;MQRankSum=0.498;QD=6.93;RPA=19,17,18;RU=A;ReadPosRankSum=1.750;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:67,15,2:124:99:937,259,690,250,0,297 chrII 499336 . GA G 237.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=20.8605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=14.00;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.179e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,11:17:36:280,36,0 chrII 501753 . G GACGT 9235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;FS=0.000;HaplotypeScore=257.5399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.15;MQ0=0;QD=48.10;RPA=1,2;RU=ACGT;SB=-4.453e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,152:192:99:9235,451,0 chrII 504355 . C CCACACACACACA,CCACACACACA 3680 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=18.0722;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=38.54;MQ0=0;QD=102.22;RPA=10,16,15;RU=CA;SB=-4.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:3,25,6:36:99:3680,263,164,758,0,659 chrII 505213 . A ACAGCAACAG 8506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=101.2553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.94;MQ0=0;QD=45.49;RPA=2,3;RU=CAGCAACAG;SB=-1.532e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:75,110:186:99:8506,316,0 chrII 526831 . GA G 1846.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=221.2779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=17.76;RPA=12,11;RU=A;SB=-5.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,82:104:99:1889,239,0 chrII 528559 . AGAT A 5897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=347.4515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.32;MQ0=0;QD=48.74;RPA=2,1;RU=GAT;SB=-1.633e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,117:121:99:5897,349,0 chrII 528729 . G GTGAGGATGTGGA 6656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=128.3430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.55;MQ0=0;QD=54.56;RPA=2,3;RU=TGAGGATGTGGA;SB=-1.672e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,52:122:99:6656,153,0 chrII 530863 . A AT 1426.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=73.3984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.90;MQ0=0;QD=25.48;RPA=3,4;RU=T;SB=-4.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:56:99:1469,138,0 chrII 533263 . A ACC 4302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=1162.6988;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.41;MQ0=0;QD=41.77;SB=-1.910e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:103:99:4302,298,0 chrII 533393 . TG T 3065.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=1193.0743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.46;MQ0=0;QD=22.22;SB=-1.435e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,124:138:99:3108,374,0 chrII 533396 . CT C 3438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=1082.7276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.93;MQ0=0;QD=27.29;SB=-1.612e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,124:126:99:3438,375,0 chrII 533610 . C CCAGA 4709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.839;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=570.3471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.30;MQ0=0;MQRankSum=0.589;QD=41.31;ReadPosRankSum=1.161;SB=-2.289e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,86:114:99:4709,284,0 chrII 533611 . T TTA 2631.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.485;DP=113;FS=7.245;HaplotypeScore=745.3612;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.22;MQ0=0;MQRankSum=3.719;QD=23.29;ReadPosRankSum=6.059;SB=-1.276e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,86:113:99:2671,0,319 chrII 535220 . TAA T 3982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=613.0226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.41;MQ0=0;QD=39.04;RPA=4,2;RU=A;SB=-1.823e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,95:102:99:3982,277,0 chrII 539767 . T TA 1463.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=139.3835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=20.91;RPA=5,6;RU=A;SB=-6.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,55:70:99:1506,156,0 chrII 541062 . A ATCT 5019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=35.4608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.17;MQ0=0;QD=47.80;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-1.938e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,98:105:99:5019,289,0 chrII 541479 . A ATTG 976.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.518;DP=77;FS=9.367;HaplotypeScore=416.3880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.94;MQ0=0;MQRankSum=4.184;QD=12.69;ReadPosRankSum=-0.927;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,27:77:99:1016,0,1030 chrII 546130 . CT C 3013.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=577.7646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.45;MQ0=0;QD=30.44;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.137e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,95:99:99:3056,280,0 chrII 546343 . A AT 2153.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=104;FS=4.981;HaplotypeScore=767.4711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.46;MQ0=0;MQRankSum=0.224;QD=20.71;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.121;SB=-6.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,77:104:99:2196,231,0 chrII 549698 . GA G 5457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=145.9864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.81;MQ0=0;QD=31.73;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.716e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,167:172:99:5457,469,0 chrII 554707 . CA C 2754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.476;DP=160;FS=2.027;HaplotypeScore=615.7811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=2.271;QD=17.22;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.277;SB=-1.280e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,122:160:99:2797,284,0 chrII 554757 . AC A 4124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=429.9659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=27.13;RPA=5,4;RU=C;SB=-1.604e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,143:152:99:4124,409,0 chrII 555345 . C CT 3223.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=322.0295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=30.99;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.456e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,87:104:99:3265,274,0 chrII 555666 . T TC 4232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=45.6387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=33.32;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.873e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,123:127:99:4232,346,0 chrII 556210 . GAT G 2614.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=107.2843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=26.96;RPA=7,6;RU=AT;SB=-1.110e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,75:97:99:2657,226,0 chrII 559748 . GT G 114.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=7.4356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=6.34;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,13:18:18:156,18,0 chrII 559930 . C CA 963.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.087;DP=56;FS=12.041;HaplotypeScore=135.9875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.383;QD=17.21;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.661;SB=-8.145e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,42:56:78:1006,78,0 chrII 569750 . TTTGTCACA T 6336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=646.2527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.29;MQ0=0;QD=77.27;SB=-2.922e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:82:99:6336,214,0 chrII 569761 . ATATAT A 3856 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.708;DP=83;FS=10.803;HaplotypeScore=920.2977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.594;QD=46.46;ReadPosRankSum=4.708;SB=-1.741e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,68:82:99:3856,168,0 chrII 571328 . CAA C,CA 650.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=269.0501;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.51;MQ0=0;MQRankSum=0.510;QD=7.75;RPA=18,16,17;RU=A;ReadPosRankSum=1.631;SB=-2.539e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:50,17,0:84:80:729,95,80,458,0,378 chrII 572201 . CA C 2987.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=47.1117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.96;MQ0=0;QD=30.18;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.425e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:99:99:3030,277,0 chrII 576030 . TAAA T 2200.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.304;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=49.0856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=2.045;QD=24.46;RPA=16,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.883;SB=-7.809e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,59:90:99:2243,158,0 chrII 578274 . GA G 2689.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=44.0568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=20.69;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.118e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,112:130:99:2732,309,0 chrII 579024 . G GT 1195.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.594;DP=55;FS=5.850;HaplotypeScore=129.2855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.455;QD=21.74;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.317;SB=-2.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:55:99:1238,141,0 chrII 581582 . G GA 2346.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;DP=105;FS=3.108;HaplotypeScore=73.8962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.924;QD=22.35;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.539;SB=-1.167e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,96:105:99:2389,245,0 chrII 583485 . AT A 779.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.185;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=150.8656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;MQRankSum=0.730;QD=16.96;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.274;SB=-2.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,40:46:86:822,86,0 chrII 586331 . TA T 748.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.120;DP=64;FS=2.906;HaplotypeScore=29.2459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.272;QD=11.70;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.938;SB=-3.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,48:64:76:791,76,0 chrII 589544 . ATT A 2314.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=421.1318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.63;MQ0=0;QD=25.72;RPA=11,9;RU=T;SB=-1.163e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,76:90:99:2357,213,0 chrII 589725 . GA G 2873.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=478.6738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.11;MQ0=0;QD=26.37;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,103:109:99:2916,297,0 chrII 592749 . AT A 4590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=374.4686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=30.20;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.017e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,147:152:99:4590,418,0 chrII 595518 . T TA 4223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=440.2241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;QD=34.06;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.103e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,116:124:99:4223,340,0 chrII 597752 . TA T 2609.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=343.2187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=21.05;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,116:124:99:2652,321,0 chrII 605943 . AC A 6640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;FS=0.000;HaplotypeScore=473.0787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=31.32;RPA=3,2;RU=C;SB=-2.014e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,209:212:99:6640,607,0 chrII 609848 . GA G 2813.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=35.3237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;QD=25.12;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.186e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,108:112:99:2856,291,0 chrII 614429 . GTT G 5483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=1062.6248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.36;MQ0=0;QD=36.80;RPA=4,2;RU=T;SB=-2.599e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,136:149:99:5483,388,0 chrII 614602 . A AT 3876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=800.7074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.31;MQ0=0;QD=23.93;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.228e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,139:162:99:3876,411,0 chrII 628558 . GTT G 979.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=38.2386;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.77;MQ0=0;QD=12.89;RPA=13,11;RU=T;SB=-3.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,40:76:73:1022,73,0 chrII 642993 . CAAA C 4071 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=45.3734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;QD=32.31;RPA=11,8;RU=A;SB=-1.645e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,107:126:99:4071,289,0 chrII 643272 . T TC 1506.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=32.76;RPA=2,3;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:46:99:1549,132,0 chrII 645031 . CA C 1256.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=119.0312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.80;MQ0=0;QD=23.28;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,46:54:99:1299,132,0 chrII 649351 . AGC A 3132.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.460;DP=195;FS=10.717;HaplotypeScore=711.2287;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.567;QD=16.07;ReadPosRankSum=9.946;SB=-1.350e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,126:195:99:3172,0,184 chrII 649354 . AG A 1739.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.536;DP=194;FS=5.130;HaplotypeScore=855.7283;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=1.544;QD=8.97;ReadPosRankSum=10.521;SB=-7.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,126:194:99:1779,0,275 chrII 650138 . GA G 2495.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=167.6908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=26.84;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.184e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,88:93:99:2538,258,0 chrII 650254 . A ACG 3923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=276.4785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=35.34;SB=-1.725e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,59:111:99:3923,294,0 chrII 653039 . C CAA 2092.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=54.9630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;QD=19.38;RPA=11,13;RU=A;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,59:108:99:2135,195,0 chrII 655555 . G GAA 3433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=404.6641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.70;MQ0=0;QD=36.52;RPA=3,5;RU=A;SB=-1.220e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,86:94:99:3433,256,0 chrII 657687 . T TG 4003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.682;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=1020.3727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.44;MQ0=0;MQRankSum=1.645;QD=22.12;ReadPosRankSum=2.764;SB=-1.545e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,167:181:99:4003,470,0 chrII 662564 . T TA 2030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.072;DP=121;FS=19.751;HaplotypeScore=327.3701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.551;QD=16.78;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.255;SB=-8.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,83:121:99:2073,134,0 chrII 662601 . GA G 1552.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=256.6929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=16.70;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,74:93:99:1595,206,0 chrII 662830 . G GA 3375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=350.4612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=25.00;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.411e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,119:135:99:3375,360,0 chrII 668555 . AT A 3064.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=278.1580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;QD=30.65;SB=-9.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:100:99:3107,283,0 chrII 679399 . C CTAT 1801.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=59.4185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=36.04;RPA=2,3;RU=TAT;SB=-5.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,44:50:99:1844,108,0 chrII 679514 . GA G 343.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.746;DP=64;FS=12.654;HaplotypeScore=667.9045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.127;QD=5.37;ReadPosRankSum=5.570;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,40:64:99:383,0,673 chrII 679516 . GTGTGTGA G 2509.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.237;DP=59;FS=6.113;HaplotypeScore=424.0510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.417;QD=42.54;ReadPosRankSum=5.853;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,40:59:99:2549,0,168 chrII 680339 . TAA T 3859 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.349;DP=194;FS=4.466;HaplotypeScore=80.2959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=19.89;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-1.838e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,127:194:99:3859,366,0 chrII 681870 . TA T 1105.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=587.5247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.61;MQ0=0;MQRankSum=0.510;QD=14.18;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.510;SB=-4.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,60:78:99:1148,126,0 chrII 681897 . G GA 1893.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=511.4574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.63;MQ0=0;QD=28.70;RPA=2,3;RU=A;SB=-7.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:66:99:1936,174,0 chrII 682009 . G GA 1219.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=206.3186;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;QD=21.03;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,42:58:99:1262,138,0 chrII 682041 . GT G 960.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=214.0576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.43;MQ0=0;QD=20.45;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,40:47:99:1003,120,0 chrII 684840 . A AT 467.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.915;DP=54;FS=11.614;HaplotypeScore=28.5686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.501;QD=8.65;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.620;SB=-1.201e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,29:54:5:507,5,0 chrII 685413 . A AAT 394.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=9.7843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=12.74;RPA=6,7;RU=AT;SB=-1.729e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,14:31:36:437,36,0 chrII 694611 . T TA 190.17 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.668;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=18.6345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=0.401;QD=5.59;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.134;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,15:34:16:232,16,0 chrII 698052 . CA C 1636.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=151.8278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=17.99;RPA=7,6;RU=A;SB=-7.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,70:91:99:1679,204,0 chrII 698075 . GA G 513.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.566;DP=93;FS=8.591;HaplotypeScore=335.6415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=0.455;QD=5.53;RPA=17,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,25:92:59:553,0,59 chrII 698343 . GA G 2284.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=209.2441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.927;QD=18.73;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.452;SB=-1.001e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,109:122:99:2327,270,0 chrII 699978 . CT C 4497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=1046.5913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.44;MQ0=0;QD=32.35;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.207e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,132:139:99:4497,388,0 chrII 700169 . ATTTT A 1634.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=81.0884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.31;MQ0=0;QD=40.87;RPA=15,11;RU=T;SB=-5.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,31:40:99:1677,99,0 chrII 700245 . GT G 1028.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=155.0668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.97;MQ0=0;QD=27.81;SB=-3.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,34:37:99:1071,99,0 chrII 701871 . C CTA 2608.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=83.7413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=1;MQRankSum=-0.188;QD=28.67;RPA=5,6;RU=TA;ReadPosRankSum=0.771;SB=-4.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,68:89:99:2651,144,0 chrII 702006 . CATATATATATATATATATATAT C 3386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=132.9217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.98;MQ0=0;QD=80.62;RPA=18,7;RU=AT;SB=-9.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,13:42:69:3386,69,0 chrII 704438 . T TC 898.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=245.3271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=1.320;QD=18.35;ReadPosRankSum=1.650;SB=-4.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,42:49:99:941,116,0 chrII 712763 . A AAT 4394 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=37.4815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=41.85;SB=-1.365e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:105:99:4394,291,0 chrII 714132 . TTCTTCG T 6577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=359.0639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=44.14;RPA=4,3;RU=TCTTCG;SB=-3.112e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,106:149:99:6577,295,0 chrII 714480 . GT G 2831.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=142.2038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=25.29;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.209e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,104:112:99:2874,289,0 chrII 720651 . T TC 1635.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.511;DP=60;FS=3.933;HaplotypeScore=121.3803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=1.069;QD=27.27;ReadPosRankSum=0.111;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,43:60:99:1678,134,0 chrII 720675 . A AT 1152.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=152.1263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=21.35;RPA=6,7;RU=T;SB=-3.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,45:54:99:1195,126,0 chrII 721265 . GAA G 2666.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=54.5859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;QD=21.86;RPA=13,11;RU=A;SB=-1.286e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,86:122:99:2709,267,0 chrII 723663 . CAA C 1180.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.844;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=75.4963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;MQRankSum=0.745;QD=12.30;RPA=15,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.096;SB=-4.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,44:96:99:1223,114,0 chrII 736166 . GA G 2660.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=256.6647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=1;QD=22.17;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,109:119:99:2703,327,0 chrII 744718 . GT G 1961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=59.9992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=19.05;RPA=11,10;RU=T;SB=-9.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,92:103:99:2004,260,0 chrII 746362 . CATCTGCA C 8186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=38.3430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=1;QD=66.55;RPA=2,1;RU=ATCTGCA;SB=-3.951e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,91:121:99:8186,286,0 chrII 747841 . GT G 2559.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=30.12;RPA=2,1;RU=T;SB=-4.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,81:85:99:2602,220,0 chrII 748006 . C CAA 1706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=69.9073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=31.61;RPA=8,10;RU=A;SB=-4.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:54:99:1749,144,0 chrII 751231 . AT A 1079.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=84.4159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=0;MQRankSum=0.787;QD=21.18;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.496;SB=-3.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,21:51:99:1122,124,0 chrII 757162 . AAT A 2770.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.141;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=290.5698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.479;QD=25.19;RPA=8,7;RU=AT;ReadPosRankSum=-1.648;SB=-1.361e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,76:110:99:2813,209,0 chrII 757224 . TCG T 3617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=222.8471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.88;MQ0=1;QD=38.89;SB=-1.800e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,85:92:99:3617,247,0 chrII 767793 . GAA G 1861.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.176;DP=106;FS=3.071;HaplotypeScore=54.3154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.647;QD=17.57;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.196;SB=-5.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,71:106:99:1904,176,0 chrII 768073 . A AT 3313 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=70.0231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=26.72;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.239e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,116:124:99:3313,337,0 chrII 768183 . TA T 1937.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=344.0255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=21.53;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,80:90:99:1980,231,0 chrII 770692 . A AT 1970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.450;DP=117;FS=1.809;HaplotypeScore=153.6268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.155;QD=16.85;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.663;SB=-6.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,82:117:99:2013,140,0 chrII 773713 . A AT 4215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.175;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=68.4055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=0.870;QD=32.93;ReadPosRankSum=1.078;SB=-1.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,98:128:99:4215,338,0 chrII 774669 . CAA C 731.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.844;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=62.3313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.508;QD=13.81;RPA=16,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.935;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,19:53:35:774,35,0 chrII 779864 . A ACAACAACAGTCC 19251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;FS=0.000;HaplotypeScore=389.8317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.70;MQ0=0;QD=91.67;SB=-6.327e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:72,126:210:99:19251,518,0 chrII 780404 . G GCAACAA 9122 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2174.2798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.04;MQ0=0;QD=36.49;RPA=1,3;RU=CAA;SB=-3.700e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,175:248:99:9122,630,0 chrII 782384 . GA G 1882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=170.6141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=22.69;RPA=4,3;RU=A;SB=-6.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,76:83:99:1925,195,0 chrII 784711 . TTC T 1357.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.904;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=69.5363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=1.055;QD=20.58;ReadPosRankSum=0.603;SB=-6.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,23:66:99:1400,120,0 chrII 784824 . G GA 476.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.311;DP=53;FS=1.773;HaplotypeScore=264.8512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.51;MQ0=0;MQRankSum=0.934;QD=9.00;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.415;SB=-2.559e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,22:53:38:519,38,0 chrII 785532 . G GA 3209.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=156.5404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=27.44;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.330e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,102:117:99:3252,325,0 chrII 785659 . G GA 4008 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=224.3808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=30.60;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.358e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,126:131:99:4008,364,0 chrII 785854 . A ATT 2106.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=280.2550;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.54;MQ0=0;QD=19.88;RPA=12,14;RU=T;SB=-8.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,37:106:99:2149,231,0 chrII 786732 . A AT 2422.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.838;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=41.0159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.546;QD=20.36;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-1.146e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,97:119:99:2465,255,0 chrII 788596 . T TA 3482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=28.6704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=37.44;SB=-1.547e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3482,259,0 chrII 789201 . A AT 2750.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=524.0529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=34.82;SB=-1.044e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,73:79:99:2793,219,0 chrII 791841 . AC A 2475.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=392.2273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=24.04;RPA=7,6;RU=C;SB=-1.099e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,93:103:99:2518,270,0 chrII 796572 . A ACT 524.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=282.1601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=29.16;RPA=2,3;RU=CT;ReadPosRankSum=-1.504;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:18:41:567,41,0 chrII 796611 . ATGG A 1403.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=307.1565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=52.00;SB=-2.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:27:75:1446,75,0 chrII 796678 . 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C CTG 219.03 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=294.1501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.61;MQ0=0;QD=31.29;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:7:21:261,21,0 chrII 803438 . A AG 96.23 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=237.4501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.03;MQ0=0;QD=19.25;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:138,15,0 chrII 803445 . A AGC 179.23 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=229.0989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.03;MQ0=0;QD=35.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:221,15,0 chrII 803451 . TGC T 148.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=232.2557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.03;MQ0=0;QD=29.65;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:190,15,0 chrII 803602 . CA C 728.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=408.6545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.97;MQ0=0;QD=17.78;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,33:41:93:771,93,0 chrII 803911 . 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T TCTC 490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=214.0509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.13;MQ0=1;QD=5.64;SB=-4.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,78:13:39:533,39,0 chrIII 6093 . T TC 5364 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=721.8661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.49;MQ0=16;QD=28.99;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.331e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,168:169:99:5364,487,0 chrIII 6228 . C CT 558.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.856;DP=85;FS=25.253;HaplotypeScore=416.1934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.31;MQ0=3;MQRankSum=3.033;QD=6.58;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-7.406;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,27:80:99:598,0,1204 chrIII 6379 . AT A 466.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=312.2651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.25;MQ0=9;QD=9.94;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,42:31:60:509,60,0 chrIII 6444 . 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C CTT 535.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;DP=64;FS=3.128;HaplotypeScore=125.9825;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.57;MQ0=22;MQRankSum=-1.599;QD=8.37;ReadPosRankSum=-0.888;SB=-2.859e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,9:39:59:578,59,0 chrIII 8575 . CAAA C 832.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=385.1061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.12;MQ0=11;QD=9.26;RPA=20,17;RU=A;SB=-2.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,54:54:69:875,69,0 chrIII 9181 . AT A 437.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=188.3096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.25;MQ0=2;QD=6.54;RPA=15,14;RU=T;SB=-1.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,33:49:74:480,74,0 chrIII 9203 . AAT A 1014.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=237.1334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.20;MQ0=4;QD=14.50;RPA=6,5;RU=AT;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,56:35:99:1057,99,0 chrIII 11324 . 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CA C 1106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=255.9219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.81;MQ0=0;QD=20.50;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,50:54:99:1149,152,0 chrIII 14429 . GC G 342.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.739;DP=20;FS=3.746;HaplotypeScore=150.0317;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.48;MQ0=0;MQRankSum=2.627;QD=17.15;ReadPosRankSum=0.391;SB=-4.395e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,16:20:38:382,0,38 chrIII 14431 . TA T 331.76 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.739;DP=19;FS=3.746;HaplotypeScore=142.5606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.96;MQ0=0;MQRankSum=1.621;QD=17.46;ReadPosRankSum=0.839;SB=-4.803e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,16:19:4:370,0,4 chrIII 14590 . GA G 752.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=324.7713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.71;MQ0=0;QD=25.10;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,27:30:81:795,81,0 chrIII 14594 . 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T TCTGAAC 7109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=93.2492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.02;MQ0=0;QD=68.36;SB=-5.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,79:104:99:7109,268,0 chrIII 18612 . CT C 536.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=285.9858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.63;MQ0=0;QD=11.93;RPA=11,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,30:45:80:579,80,0 chrIII 19674 . TTCA T 4358 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=87.0301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=37.25;RPA=4,3;RU=TCA;SB=-2.137e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,103:117:99:4358,289,0 chrIII 24675 . AT A 3613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=72.0554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=20.76;RPA=6,5;RU=T;SB=-9.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,154:174:99:3613,434,0 chrIII 27658 . TAAAAAAA T,TA 1913.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.096;DP=119;FS=1.900;HaplotypeScore=355.2482;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=0.647;QD=16.08;RPA=23,16,17;RU=A;ReadPosRankSum=3.462;SB=-9.839e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:73,9,0:119:99:1992,349,574,116,0,140 chrIII 29465 . TA T 37.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.141;DP=14;FS=5.332;HaplotypeScore=114.1007;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.689;QD=2.71;ReadPosRankSum=-1.635;SB=-4.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:77:77,0,204 chrIII 29608 . CT C 1401.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=156.2090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=25.96;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:54:99:1444,141,0 chrIII 30781 . C CTT 1684.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=56.9814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=18.72;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.797;SB=-8.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,49:89:99:1727,163,0 chrIII 30873 . GCAGCATGTATTTAATCGAAAACTA G 5911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=21.9765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.28;MQ0=0;QD=107.47;SB=-2.849e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,23:55:90:5911,90,0 chrIII 31042 . C CT 2020.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;DP=105;FS=3.274;HaplotypeScore=44.8295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=1.121;QD=19.25;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.325;SB=-9.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,86:104:99:2063,232,0 chrIII 31164 . G GTA 2976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=399.8229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.50;MQ0=0;QD=30.38;RPA=3,4;RU=TA;SB=-1.021e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,76:97:99:3019,244,0 chrIII 37788 . C CAT 654.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=26.0580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=28.48;RPA=4,5;RU=AT;SB=-2.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:60:697,60,0 chrIII 39640 . C CG 1495.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=70.7588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.34;MQ0=0;QD=25.36;RPA=5,6;RU=G;SB=-6.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,56:59:99:1538,162,0 chrIII 40883 . ACC A 356.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;DP=84;FS=19.774;HaplotypeScore=299.2118;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.84;MQ0=0;MQRankSum=2.159;QD=4.25;ReadPosRankSum=-2.408;SB=-9.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,28:80:99:396,0,1395 chrIII 41096 . A AG 5508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=107.1375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=27.40;RPA=3,4;RU=G;SB=-1.850e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,193:198:99:5508,553,0 chrIII 41571 . T TCCAAATGCTACGCAG 2923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=41.7395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.88;MQ0=0;QD=25.43;RPA=2,3;RU=CCAAATGCTACGCAG;SB=-1.379e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,52:115:99:2966,137,0 chrIII 43611 . C CTA 348.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=49.6028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=16.62;RPA=3,4;RU=TA;SB=-1.779e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,11:21:33:391,33,0 chrIII 48582 . A AT 1155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=213.0830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=15.01;RPA=7,8;RU=T;SB=-4.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,61:77:99:1198,150,0 chrIII 50542 . ATC A 508.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=135.5037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.66;MQ0=0;QD=24.24;SB=-7.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,7:20:57:551,57,0 chrIII 50553 . C CA 463.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=201.7955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.08;MQ0=0;QD=16.00;RPA=6,7;RU=A;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,19:28:63:506,63,0 chrIII 50587 . GA G 821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.158;DP=52;FS=3.715;HaplotypeScore=204.5033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.242;QD=15.81;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.266;SB=-2.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,40:52:99:864,107,0 chrIII 50664 . A AG 2156.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=219.5605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.83;MQ0=0;QD=24.24;RPA=5,6;RU=G;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,79:89:99:2199,239,0 chrIII 52436 . TATAC T 580.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=220.3456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.39;MQ0=0;QD=29.05;RPA=2,1;RU=ATAC;SB=-2.909e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,15:20:36:623,36,0 chrIII 54924 . CA C 662.10 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.427;DP=79;FS=1.749;HaplotypeScore=189.9687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=8.38;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.479;SB=-1.631e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,50:79:12:701,0,12 chrIII 56833 . GA G 619.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=50.9445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=14.42;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,35:43:89:662,89,0 chrIII 57221 . CAAAAA C 419.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=36.9036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=1;MQRankSum=1.488;QD=27.94;RPA=17,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.488;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,6:14:18:461,18,0 chrIII 58890 . GA G 4428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=78.7566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.89;MQ0=0;QD=23.18;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.628e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,180:191:99:4428,516,0 chrIII 70635 . TCAAGGTCAAGGA T 11951 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;FS=0.000;HaplotypeScore=417.7849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.36;MQ0=0;QD=62.24;SB=-4.368e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,165:192:99:11951,465,0 chrIII 71003 . CCAACCAACAGCAATACAATCAACAAGGCCAAAA C 12484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=183.8211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.29;MQ0=0;QD=68.97;SB=-6.179e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,162:181:99:12484,452,0 chrIII 71391 . T TC 2289.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=69.9779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=25.16;RPA=2,3;RU=C;SB=-2.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,82:91:99:2332,225,0 chrIII 71427 . AT A 569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=105.1135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=10.36;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,40:55:81:612,81,0 chrIII 71752 . CT C 2808.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=593.6356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=19.51;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.358e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,125:144:99:2851,355,0 chrIII 75306 . GTGT G 7631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=138.1579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=46.53;SB=-3.249e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:164:99:7631,442,0 chrIII 78480 . CT C 2382.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=238.9826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=17.27;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.019e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,119:138:99:2425,331,0 chrIII 78524 . CAA C 3728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=204.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.06;MQ0=0;QD=27.41;RPA=9,7;RU=A;SB=-1.843e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,117:136:99:3728,343,0 chrIII 78799 . A AT 1642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.076;DP=104;FS=2.873;HaplotypeScore=88.2602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.502;QD=15.80;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.076;SB=-7.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,62:104:99:1685,197,0 chrIII 82273 . T TA 696.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.368;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=196.2592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.368;QD=16.21;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,35:43:76:739,76,0 chrIII 83487 . A ACT 4708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=228.8248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.97;MQ0=0;QD=38.28;RPA=1,2;RU=CT;SB=-2.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,114:123:99:4708,334,0 chrIII 84058 . C CTA 1932.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=898.2359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.25;MQ0=0;QD=23.01;RPA=3,4;RU=TA;SB=-3.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,45:82:99:1975,165,0 chrIII 84070 . G GT 1152.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=998.3806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.78;MQ0=1;MQRankSum=-0.028;QD=18.90;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.704;SB=-6.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,45:55:75:1195,75,0 chrIII 84075 . AATAAAAATCAACT A 1828.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.123;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=904.8653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.58;MQ0=1;MQRankSum=-0.085;QD=32.09;ReadPosRankSum=1.104;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,13:51:99:1868,0,256 chrIII 84122 . T TAC 1052.42 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.292;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=1321.7933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.54;MQ0=8;MQRankSum=-0.040;QD=13.16;ReadPosRankSum=1.729;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,29:31:7:1093,7,0 chrIII 84172 . TC T 2010.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=3607.4863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.55;MQ0=7;QD=14.90;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,87:97:99:2053,259,0 chrIII 84175 . A AG 2069.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=3167.3243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.26;MQ0=7;QD=16.69;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,87:87:99:2112,259,0 chrIII 84218 . AT A 1996.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=2295.1666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.25;MQ0=2;QD=25.60;SB=-2.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,65:70:99:2039,169,0 chrIII 92744 . TA T 1153.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.339;DP=95;FS=2.241;HaplotypeScore=58.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.816;QD=12.15;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.616;SB=-5.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,64:94:99:1196,140,0 chrIII 101285 . C CACTT 4285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=35.0373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=52.26;RPA=1,2;RU=ACTT;SB=-1.474e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,76:82:99:4285,223,0 chrIII 101876 . CTTT CT,C 834.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.795;DP=75;FS=8.073;HaplotypeScore=113.1108;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.088;QD=11.13;RPA=19,17,16;RU=T;ReadPosRankSum=0.913;SB=-1.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:38,0,28:75:79:913,378,320,109,0,79 chrIII 104471 . C CA 2178.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.128;DP=203;FS=3.894;HaplotypeScore=488.1690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.167;QD=10.73;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-1.072;SB=-1.097e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,137:203:99:2221,179,0 chrIII 105661 . T TCTTG 8505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.618;DP=250;DS;FS=26.667;HaplotypeScore=1092.3681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.90;MQ0=0;MQRankSum=2.084;QD=34.02;ReadPosRankSum=8.609;SB=-2.572e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:127,121:250:99:8505,300,0 chrIII 105664 . T TTCG 7607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.642;DP=250;DS;FS=6.622;HaplotypeScore=900.7531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=0.840;QD=30.43;ReadPosRankSum=1.871;SB=-1.652e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,94:250:99:7607,499,0 chrIII 107899 . GA G 649.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=71;FS=3.493;HaplotypeScore=47.1418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=9.15;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.730;SB=-3.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,48:70:93:692,93,0 chrIII 108894 . CAT C 1194.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=91.9073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=23.43;RPA=8,7;RU=AT;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,38:51:99:1237,111,0 chrIII 111899 . CA C 3883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=71.3880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.13;MQ0=0;QD=21.57;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.919e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,173:180:99:3883,482,0 chrIII 114186 . CT C 3064.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=465.1115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.29;MQ0=0;QD=31.28;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.468e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,92:98:99:3107,277,0 chrIII 114918 . AT A 3020.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=94.1220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=27.46;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.104e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,103:110:99:3063,295,0 chrIII 123478 . C CA 3363 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.117;DP=177;FS=3.000;HaplotypeScore=74.0471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.623;QD=19.00;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.829;SB=-1.568e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,155:177:99:3363,392,0 chrIII 127172 . T TACCC 8403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=58.8617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=57.95;SB=-3.390e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,139:145:99:8403,415,0 chrIII 127804 . CT C 633.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=36.2084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=10.93;RPA=13,12;RU=T;SB=-2.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,31:58:99:676,101,0 chrIII 128174 . GTGT G 2919.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=192.3168;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=38.42;RPA=6,5;RU=TGT;SB=-4.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,64:76:99:2962,202,0 chrIII 130514 . TAAA T 437.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.92;MQ0=0;QD=19.04;RPA=12,9;RU=A;SB=-1.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,17:23:39:480,39,0 chrIII 131578 . AT A 3994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=798.8458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.95;MQ0=0;QD=26.99;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.907e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,134:148:99:3994,382,0 chrIII 133220 . GT G 4675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=616.2138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.98;MQ0=0;QD=29.22;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.884e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,152:160:99:4675,439,0 chrIII 133281 . AG A 3183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=495.9230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=27.21;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.382e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,105:117:99:3226,307,0 chrIII 137268 . G GA 3405 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=497.9992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=20.51;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.642e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,150:166:99:3405,405,0 chrIII 139499 . TTTC T 2976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=49.5757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;QD=27.82;RPA=7,6;RU=TTC;SB=-1.179e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,79:107:99:3019,217,0 chrIII 141123 . G GA 2143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=39.7064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.91;MQ0=0;QD=20.61;RPA=6,7;RU=A;SB=-9.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,91:104:99:2186,258,0 chrIII 142871 . C CGA 308.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=188.3020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.20;MQ0=0;QD=25.75;SB=-7.598e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:12:31:351,31,0 chrIII 142912 . A AG 170.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=263.9076;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.92;MQ0=0;QD=18.90;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:9:18:212,18,0 chrIII 142969 . A AG 3066.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=2787.5621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.66;MQ0=2;QD=36.08;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:83:99:3109,250,0 chrIII 142973 . TC T 2678.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=2826.3838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.66;MQ0=2;QD=31.52;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:83:99:2721,250,0 chrIII 143006 . CT C 2453.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=2692.4837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.64;MQ0=2;QD=30.67;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,73:78:99:2496,220,0 chrIII 148164 . A AT 2594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=173.4445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;QD=30.89;SB=-7.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,80:84:99:2637,226,0 chrIII 148171 . GA G 1454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=285.8803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=17.12;RPA=10,9;RU=A;SB=-3.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,73:85:99:1497,208,0 chrIII 149300 . TA T 1233.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=124.0501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.17;MQ0=0;QD=16.24;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,61:76:99:1276,167,0 chrIII 149895 . G GC 2134.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=280.4516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.46;MQ0=0;QD=32.85;SB=-8.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:65:99:2177,177,0 chrIII 151108 . A AG 4539 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=198.2045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;QD=35.74;SB=-1.778e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,125:127:99:4539,358,0 chrIII 151382 . A AT 1536.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=479.5948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.19;MQ0=0;QD=29.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:53:99:1579,132,0 chrIII 151484 . A AT 326.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.60;MQ0=0;QD=21.80;RPA=2,3;RU=T;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,13:15:36:369,36,0 chrIII 151555 . A AG 307.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.535;DP=39;FS=12.108;HaplotypeScore=294.9225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.14;MQ0=0;MQRankSum=-3.005;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.965;SB=-1.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,11:35:99:347,0,592 chrIII 152080 . GA G 1849.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=151.1976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.63;MQ0=0;QD=18.14;RPA=9,8;RU=A;SB=-7.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,94:102:99:1892,254,0 chrIII 157462 . G GA 3792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=501.5912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=25.97;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.387e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,143:146:99:3792,399,0 chrIII 158451 . C CA 3605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=232.3349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=32.19;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.405e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,103:112:99:3605,316,0 chrIII 158486 . ATTT A 3014.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=255.4795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=32.07;RPA=11,8;RU=T;SB=-1.487e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,79:94:99:3057,228,0 chrIII 162608 . GA G 1729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=135.2918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;QD=21.36;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,72:81:99:1772,224,0 chrIII 162712 . TA T 2554.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.038;DP=139;FS=3.042;HaplotypeScore=95.4187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.454;QD=18.38;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.736;SB=-1.269e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,120:139:99:2597,316,0 chrIII 162852 . G GCA 4084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;DP=158;FS=2.147;HaplotypeScore=326.1562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=1;MQRankSum=-1.187;QD=25.85;RPA=6,7;RU=CA;ReadPosRankSum=-0.781;SB=-1.924e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,113:157:99:4084,267,0 chrIII 163192 . A AT 2914.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=160.0222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=25.80;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,111:113:99:2957,306,0 chrIII 163371 . T TG 2012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=193.4327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=26.84;RPA=2,3;RU=G;SB=-9.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,66:75:99:2055,198,0 chrIII 163395 . GAA G 1825.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=211.1508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=22.82;RPA=11,9;RU=A;SB=-8.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,60:80:99:1868,180,0 chrIII 164232 . ATGC A 7314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=233;FS=0.000;HaplotypeScore=304.5940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.71;MQ0=0;QD=31.39;RPA=6,5;RU=TGC;SB=-2.647e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:79,148:233:99:7314,505,0 chrIII 164372 . A ATCG 9293 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=95.8283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;QD=37.93;RPA=2,3;RU=TCG;SB=-3.322e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,213:245:99:9293,590,0 chrIII 167039 . C CAG 3908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=577.6381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.82;MQ0=0;QD=39.08;RPA=1,2;RU=AG;SB=-1.294e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,91:100:99:3908,274,0 chrIII 168111 . GA G 2987.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=252.8407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=25.11;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,112:119:99:3030,324,0 chrIII 168615 . T TAA 376.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.110;DP=23;FS=5.315;HaplotypeScore=381.8258;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.27;MQ0=4;MQRankSum=-3.215;QD=16.39;ReadPosRankSum=-2.055;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:17:99:416,0,176 chrIII 168619 . GAGAT G 609.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.110;DP=24;FS=5.315;HaplotypeScore=358.5534;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.69;MQ0=5;MQRankSum=-3.215;QD=25.42;ReadPosRankSum=-0.685;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:17:99:649,0,277 chrIII 169499 . CA C 100.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.111;DP=43;FS=8.770;HaplotypeScore=107.1060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.46;MQ0=9;MQRankSum=1.290;QD=2.35;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=0.774;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,7:22:99:140,0,486 chrIII 170501 . TTC T 5702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=1049.2220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.38;MQ0=0;QD=36.55;SB=-2.120e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,146:156:99:5702,427,0 chrIII 172819 . G GT 1769.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=36.0413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=23.29;RPA=4,5;RU=T;SB=-7.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,70:76:99:1812,198,0 chrIII 173551 . CT C 2404.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.703;DP=150;FS=3.595;HaplotypeScore=314.4039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.684;QD=16.03;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.150;SB=-1.061e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,120:150:99:2447,332,0 chrIII 177969 . GT G 2279.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=65.5500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.87;MQ0=0;QD=14.34;RPA=11,10;RU=T;SB=-9.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,133:159:99:2322,326,0 chrIII 178604 . T TAG 4873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=213.5794;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=34.81;RPA=2,3;RU=AG;SB=-2.317e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,126:140:99:4873,361,0 chrIII 179278 . CGGGTGATGAA C 10366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=113.4300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.67;MQ0=0;QD=104.71;SB=-3.845e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,95:98:99:10366,274,0 chrIII 197460 . G GTAAAAGATTACATCTGA 7534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=149.5638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.01;MQ0=0;QD=78.48;SB=-2.558e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,19:96:99:7534,215,0 chrIII 204418 . TCTTCCC T 6852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=53.6108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;MQ0=0;QD=54.82;SB=-2.867e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,79:124:99:6852,324,0 chrIII 205530 . A AT 2061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=223.9775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=25.15;RPA=3,4;RU=T;SB=-4.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,74:82:99:2104,219,0 chrIII 205674 . CTT C 838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=210.9130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.35;MQ0=0;QD=23.30;RPA=12,10;RU=T;SB=-2.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,28:36:87:881,87,0 chrIII 207966 . T TG 5458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=543.3725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;QD=34.54;SB=-1.563e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,147:158:99:5458,433,0 chrIII 208002 . C CT 4414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=816.6906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.26;MQ0=0;QD=27.42;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.302e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,148:161:99:4414,427,0 chrIII 208089 . AC A 2309.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.284;DP=140;FS=17.666;HaplotypeScore=1132.7679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.55;MQ0=0;MQRankSum=3.101;QD=16.50;ReadPosRankSum=4.220;SB=-1.130e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,125:140:99:2352,296,0 chrIII 208091 . ATGAC A 6083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.628;DP=136;FS=11.567;HaplotypeScore=731.8316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.51;MQ0=0;MQRankSum=3.091;QD=44.73;ReadPosRankSum=4.555;SB=-2.770e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,125:136:99:6083,305,0 chrIII 209732 . G GT 1812.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=312.1714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;QD=18.50;RPA=8,9;RU=T;SB=-8.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,75:98:99:1855,233,0 chrIII 210472 . ATTC A 5466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=773.3961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.66;MQ0=0;QD=35.49;RPA=5,4;RU=TTC;SB=-1.548e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,125:154:99:5466,379,0 chrIII 210517 . G GA 3286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=910.5680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;QD=21.91;RPA=4,5;RU=A;SB=-6.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,119:150:99:3286,368,0 chrIII 210564 . GA G 4284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=296.5835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=34.27;SB=-1.425e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,124:125:99:4284,349,0 chrIII 211722 . GAA G,GA 1105.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.489;DP=155;FS=1.337;HaplotypeScore=379.0496;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=7.14;RPA=15,13,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.766;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:65,12,0:155:67:1184,834,1242,112,0,67 chrIII 213869 . C CTA 282.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=82.9848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=8.32;RPA=5,6;RU=TA;SB=-3.599e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,11:34:30:325,30,0 chrIII 213958 . CT C 1757.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=225.7404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=19.32;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:91:99:1800,233,0 chrIII 216599 . GT G 2496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=50.7328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=18.92;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.214e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,119:132:99:2539,314,0 chrIII 220216 . A AT 1064.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;DP=88;FS=1.702;HaplotypeScore=132.6279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=12.10;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.393;SB=-5.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,57:88:72:1107,72,0 chrIII 223344 . CTT C 2446.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=107.7906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.310;QD=23.08;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.972;SB=-9.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,84:106:99:2489,242,0 chrIII 224261 . T TC 931.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.625;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=46.8865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.325;QD=22.19;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,36:42:92:974,92,0 chrIII 225123 . AT A 2349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=611.2274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.79;MQ0=0;QD=28.66;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.183e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:2392,240,0 chrIII 225348 . G GT 2004.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=35.1575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.00;MQ0=0;QD=24.75;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,77:81:99:2047,222,0 chrIII 225628 . TGACATG T 10978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=220;FS=0.000;HaplotypeScore=232.0978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.01;MQ0=0;QD=49.90;RPA=3,2;RU=GACATG;SB=-3.253e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,182:220:99:10978,511,0 chrIII 227483 . CT C 1195.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=352.3589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.23;MQ0=0;QD=13.59;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,59:87:99:1238,172,0 chrIII 227495 . ACC A 2145.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=287.1260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.25;MQ0=0;QD=31.56;RPA=8,6;RU=C;SB=-4.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,55:67:99:2188,172,0 chrIII 227809 . CT C 1863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=354.4591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.52;MQ0=0;QD=20.94;RPA=6,5;RU=T;SB=-4.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,85:89:99:1906,225,0 chrIII 228045 . TA T 3372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=544.5499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.91;MQ0=0;QD=26.34;RPA=2,1;RU=A;SB=-9.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,118:128:99:3372,336,0 chrIII 229272 . CA C 1406.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;DP=92;FS=3.198;HaplotypeScore=245.1244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.708;QD=15.29;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.366;SB=-6.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,74:92:99:1449,196,0 chrIII 231005 . CTTTT C,CT 1627.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.790;DP=80;FS=3.090;HaplotypeScore=96.5636;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.303;QD=20.35;RPA=19,15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.413;SB=-7.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:42,24,0:80:83:1706,204,83,606,0,502 chrIII 236356 . G GA 2611.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=227.5436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=18.39;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.087e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,123:142:99:2654,329,0 chrIII 236804 . CTT C 2062.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=211.0928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.237;QD=21.27;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.049;SB=-9.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,80:97:99:2105,206,0 chrIII 242447 . ATTTTT A 2113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=226.2416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.07;MQ0=0;QD=41.45;RPA=16,11;RU=T;SB=-9.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,34:51:99:2156,114,0 chrIII 247980 . GTATATATATA G 1082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=34.7297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.61;MQ0=0;QD=37.34;RPA=11,6;RU=TA;SB=-5.569e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,20:29:51:1125,51,0 chrIII 249314 . CCCTCCAAATCCGCCGGATCCTGAA C 8450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=49.3231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.63;MQ0=0;QD=68.70;SB=-2.291e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,110:123:99:8450,303,0 chrIII 259986 . GT G 212.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=78.4843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=6.66;RPA=13,12;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,15:32:38:255,38,0 chrIII 262131 . C CCTGTTGCTGCTGTTG 12307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=228;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=725.3492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.39;MQ0=0;QD=53.98;RPA=1,2;RU=CTGTTGCTGCTGTTG;SB=-4.852e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:167,57:228:99:12307,451,0 chrIII 262505 . C CA 3506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=63.2867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=20.27;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.076e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,156:173:99:3506,428,0 chrIII 262958 . A AAT 4123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=407.1111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.62;MQ0=0;QD=35.54;RPA=1,2;RU=AT;SB=-1.875e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,108:116:99:4123,310,0 chrIII 264213 . CTGG C 1536.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.983;DP=151;FS=13.048;HaplotypeScore=831.6249;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.107;QD=10.18;ReadPosRankSum=-6.506;SB=-5.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,44:151:99:1576,0,615 chrIII 264221 . GGTGCTGCTT G 4591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.874;DP=110;FS=1.008;HaplotypeScore=512.1659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.642;QD=41.74;ReadPosRankSum=1.357;SB=-1.820e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,44:110:92:4591,92,0 chrIII 266886 . TA T 2029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=152.7494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=20.10;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.024e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,94:100:99:2072,260,0 chrIII 268900 . TTCTATTTTGAGC T 2937.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=572.8863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.96;MQ0=0;QD=28.52;SB=-1.276e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,69:77:99:2980,111,0 chrIII 271193 . ACAT A 7430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=863.8649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=30.96;RPA=6,5;RU=CAT;SB=-2.230e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,191:240:99:7430,512,0 chrIII 273025 . GAAAA G,GA 1364.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=205.7787;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.59;MQ0=0;MQRankSum=0.138;QD=22.38;RPA=19,15,16;RU=A;ReadPosRankSum=0.358;SB=-5.862e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:16,11,0:61:85:1443,571,541,184,0,85 chrIII 273383 . A AT 2093.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=327.1071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;QD=32.72;SB=-9.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2136,186,0 chrIII 273942 . GA G 1839.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.170;DP=118;FS=2.096;HaplotypeScore=303.3437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.461;QD=15.59;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.916;SB=-9.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,98:118:99:1882,194,0 chrIII 283239 . G GCAA 4968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;DP=153;FS=8.271;HaplotypeScore=63.9717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-1.438;QD=32.47;RPA=5,6;RU=CAA;ReadPosRankSum=-0.189;SB=-1.762e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,123:153:99:4968,196,0 chrIII 290527 . A AT 1332.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.881;DP=75;FS=3.757;HaplotypeScore=317.4263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=17.77;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.274;SB=-5.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,57:75:99:1375,152,0 chrIII 290552 . TA T 1967.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=386.1610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.47;MQ0=0;QD=26.24;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.003e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,70:75:99:2010,195,0 chrIII 290589 . TA T 1888.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=364.1166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.31;MQ0=0;QD=19.88;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,85:95:99:1931,242,0 chrIII 291201 . G GA 2214.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=648.9448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.22;MQ0=0;QD=26.06;SB=-9.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,76:85:99:2257,238,0 chrIII 291227 . CA C 1705.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.631;DP=97;FS=3.040;HaplotypeScore=1022.7978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.191;QD=17.59;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-8.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,83:97:99:1748,203,0 chrIII 291257 . TG T 3183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=866.1009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.51;MQ0=0;QD=29.76;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.429e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,101:107:99:3226,286,0 chrIII 291572 . A ATTG 503.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=113.0797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;QD=21.91;SB=-2.679e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,7:23:42:546,42,0 chrIII 291592 . A ACT 731.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=117.4760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;QD=31.82;RPA=4,5;RU=CT;SB=-2.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,21:23:60:774,60,0 chrIII 292191 . A AT 1208.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=254.9217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.00;MQ0=0;QD=22.39;RPA=4,5;RU=T;SB=-4.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,47:54:99:1251,138,0 chrIII 292655 . TA T 295.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=120.1945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.61;MQ0=0;QD=22.77;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:36:338,36,0 chrIII 292717 . T TAAA 1222.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=130.9816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.24;MQ0=0;QD=47.04;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:78:1265,78,0 chrIII 295296 . A AT 683.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.246;DP=36;FS=24.039;HaplotypeScore=662.4604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.095;QD=19.00;ReadPosRankSum=-2.132;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,24:36:99:723,0,213 chrIII 295374 . GCAAATCCGACGT G 473.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=16.8230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.92;MQ0=0;QD=59.13;SB=-2.298e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:21:515,21,0 chrIII 295557 . T TTC 1684.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=326.9316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.04;MQ0=0;QD=42.12;SB=-4.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,38:40:99:1727,120,0 chrIII 295578 . G GA 1778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=563.9943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.00;MQ0=0;QD=31.77;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1821,162,0 chrIII 295683 . AATACTTTTGT A 8033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=550.4531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.02;MQ0=0;QD=96.78;SB=-3.977e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,71:83:99:8033,208,0 chrIII 297004 . AG A 1155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=178.7328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.60;MQ0=0;QD=25.13;SB=-1.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1198,120,0 chrIII 299751 . TAA T 2298.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=62.4742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.99;MQ0=0;QD=30.25;RPA=6,4;RU=A;SB=-1.143e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,67:76:99:2341,196,0 chrIII 299940 . ATTATATT A 3103.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.627;DP=71;FS=15.792;HaplotypeScore=722.6735;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.28;MQ0=0;MQRankSum=-2.720;QD=43.72;ReadPosRankSum=6.247;SB=-1.398e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,46:71:99:3143,0,1134 chrIII 299948 . CATGGCGAT C 3563 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.296;DP=67;FS=3.794;HaplotypeScore=661.2099;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.70;MQ0=0;MQRankSum=0.281;QD=53.18;ReadPosRankSum=6.296;SB=-1.571e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,46:67:99:3563,0,492 chrIII 301272 . CA C 3417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=371.3110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=24.41;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.409e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,133:140:99:3417,366,0 chrIII 302535 . T TC 3314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=331.9907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;QD=26.73;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.396e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,114:124:99:3314,328,0 chrIII 303556 . A AGG 2420.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.926;DP=69;FS=5.980;HaplotypeScore=254.0137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.15;MQ0=0;MQRankSum=0.288;QD=35.09;RPA=2,4;RU=G;ReadPosRankSum=0.864;SB=-1.171e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,63:69:74:2463,74,0 chrIII 304294 . A AAAC 2774.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.040;DP=117;FS=16.736;HaplotypeScore=428.7774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.61;MQ0=7;MQRankSum=2.289;QD=23.72;ReadPosRankSum=4.811;SB=-3.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,61:84:35:2817,35,0 chrIII 304338 . GA G 1624.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=589.1265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.05;MQ0=1;QD=15.19;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,84:87:99:1667,189,0 chrIII 304402 . CG C 1456.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=659.4919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.90;MQ0=9;QD=17.34;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,73:66:99:1499,182,0 chrIII 304405 . T TA 1443.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=622.2190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.80;MQ0=9;QD=18.75;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,73:60:99:1486,176,0 chrIII 307602 . G GA 269.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.717;DP=250;DS;FS=95.116;HaplotypeScore=502.5417;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.57;MQ0=81;MQRankSum=3.017;QD=1.08;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-3.011e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:215,34:47:99:309,0,590 chrIII 307642 . GC G 236.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.070;DP=192;DS;FS=17.268;HaplotypeScore=568.7259;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.68;MQ0=51;MQRankSum=0.673;QD=1.23;ReadPosRankSum=0.088;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,15:29:99:276,0,436 chrIII 307649 . GA G 261.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.000;DP=177;DS;FS=17.194;HaplotypeScore=540.6593;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.46;MQ0=53;MQRankSum=0.341;QD=1.48;ReadPosRankSum=0.527;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,15:24:99:301,0,398 chrIII 307663 . GA G 259.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.510;DP=158;DS;FS=3.522;HaplotypeScore=529.0090;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=13.57;MQ0=47;MQRankSum=-0.311;QD=1.65;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=1.377;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,15:21:99:299,0,218 chrIII 308228 . TA T 1486.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;DP=162;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=208.6179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.84;MQ0=2;MQRankSum=1.250;QD=9.18;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=2.183;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,91:143:99:1529,204,0 chrIII 308240 . C CTT 1337.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=229.4686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=2;QD=10.29;RPA=13,15;RU=T;SB=-5.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:78,43:109:99:1380,152,0 chrIII 309030 . T TA 3450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.593;DP=197;FS=1.624;HaplotypeScore=2289.4982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.013;QD=17.51;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.745;SB=-1.628e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,158:197:99:3450,344,0 chrIII 309052 . G GAAAAA 8263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=1857.6900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.00;MQ0=0;MQRankSum=0.950;QD=45.65;RPA=5,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.263;SB=-3.469e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:84,96:181:99:8263,461,0 chrIII 309062 . A AAAG 6005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.888;DP=196;FS=11.732;HaplotypeScore=2029.2912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=30.64;ReadPosRankSum=4.673;SB=-2.258e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,136:196:23:6005,23,0 chrIII 310209 . A AT 6543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=767.1384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=26.17;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.828e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,242:250:99:6543,688,0 chrIII 313490 . AAAC A 7247 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=696.8046;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.07;MQ0=0;MQRankSum=0.191;QD=29.22;ReadPosRankSum=-0.087;SB=-2.934e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:131,111:248:99:7233,595,0 chrIII 315658 . T TG 699.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.750;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=814.7440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.66;MQ0=0;MQRankSum=-3.335;QD=12.07;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.343;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,34:48:99:739,0,550 chrIII 316115 . AACTTGAG A 1662.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.731;DP=83;DS;FS=1.066;HaplotypeScore=736.4635;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.04;MQ0=2;MQRankSum=-3.479;QD=20.04;ReadPosRankSum=2.200;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,29:62:99:1702,0,2249 chrIII 316123 . AG A 879.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.206;DP=74;DS;FS=2.387;HaplotypeScore=730.5914;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.97;MQ0=2;MQRankSum=2.984;QD=11.89;ReadPosRankSum=-3.864;SB=-4.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:57:77:919,0,77 chrIII 316163 . A AGT 213.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=131.0929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.77;MQ0=0;QD=26.64;SB=-1.242e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:6:18:255,18,0 chrIII 316188 . T TGTG 2158.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.395;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=1143.8263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.10;MQ0=8;MQRankSum=0.421;QD=19.45;RPA=3,4;RU=GTG;ReadPosRankSum=2.411;SB=-4.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,58:86:99:2201,147,0 chrIII 316191 . G GATGT 1901.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.622;DP=149;FS=2.597;HaplotypeScore=2081.0395;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.66;MQ0=8;MQRankSum=3.054;QD=12.76;ReadPosRankSum=1.146;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,37:120:99:1941,0,760 chrIII 316266 . T TA 603.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=74;DS;FS=32.555;HaplotypeScore=573.0423;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.67;MQ0=10;MQRankSum=1.996;QD=8.16;ReadPosRankSum=-1.447;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,30:56:99:643,0,748 chrIII 316397 . G GT 151.98 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=127.0052;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.91;MQ0=0;MQRankSum=0.248;QD=13.82;ReadPosRankSum=-0.248;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:9:22:191,0,22 chrIII 316400 . GGAT G 167.05 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=127.9260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.91;MQ0=0;QD=15.19;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:9:20:209,20,0 chrIII 316407 . GGT G 113.16 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.003;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=161.6262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.92;MQ0=0;MQRankSum=0.825;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.354;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,5:11:8:154,8,0 chrIII 316463 . GT G 366.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=118.1350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.16;MQ0=0;QD=30.58;SB=-3.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33:409,33,0 chrIV 1497 . T TA 1232.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.131;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=815.3584;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.015;QD=11.97;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=-0.122;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,52:72:99:1272,0,136 chrIV 1523 . C CT 359.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.779;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=1236.0065;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.67;MQ0=0;MQRankSum=1.694;QD=5.54;ReadPosRankSum=1.251;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,21:49:99:399,0,869 chrIV 1569 . AT A 198.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.442;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=720.1755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.15;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=4.85;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.651;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,29:25:98:238,0,98 chrIV 1577 . G GA 464.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=625.6647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.58;MQ0=0;QD=11.92;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,29:23:63:507,63,0 chrIV 1723 . TC T 2476.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.606;DP=116;FS=5.414;HaplotypeScore=323.7192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.51;MQ0=3;MQRankSum=0.520;QD=21.35;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-1.689;SB=-6.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,77:82:99:2519,235,0 chrIV 1766 . T TA 298.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.319;DP=71;FS=15.383;HaplotypeScore=344.0060;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.346;QD=4.21;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=2.891;SB=-9.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:47:99:338,0,592 chrIV 3352 . TA T 311.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.25;MQ0=56;QD=3.80;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,75:13:36:354,36,0 chrIV 3510 . A AT 684.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=84.1625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.16;MQ0=21;QD=12.68;RPA=5,6;RU=T;SB=-2.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:33:81:727,81,0 chrIV 14016 . TAAAGAA T 389.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=71.1429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.64;MQ0=36;QD=7.09;RPA=3,2;RU=AAAGAA;SB=-2.121e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,42:18:24:432,24,0 chrIV 19003 . T TA 1227.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=237.9060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.66;MQ0=0;QD=18.61;RPA=7,8;RU=A;SB=-5.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,49:66:99:1270,141,0 chrIV 19036 . T TAA 1734.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=295.7300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.45;MQ0=0;QD=33.36;RPA=4,6;RU=A;SB=-8.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,43:52:99:1777,141,0 chrIV 19322 . A ATTT 4357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=442.6733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.16;MQ0=0;QD=44.01;RPA=4,7;RU=T;SB=-1.778e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,90:99:99:4357,268,0 chrIV 21056 . AT A 2906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=1188.3492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.56;MQ0=0;QD=23.26;RPA=6,5;RU=T;SB=-7.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,114:125:99:2949,333,0 chrIV 21075 . TATA T 5387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.638;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=1214.1731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.62;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=43.44;RPA=2,1;RU=ATA;ReadPosRankSum=1.420;SB=-1.937e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,109:124:99:5387,330,0 chrIV 21390 . CT C 2382.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=597.0991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;QD=21.86;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.036e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,97:109:99:2425,285,0 chrIV 28838 . C CT 3409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=580.6678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.03;MQ0=0;QD=27.72;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.684e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,113:123:99:3409,334,0 chrIV 32139 . TTC T 3642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=328.6541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;QD=31.40;SB=-1.773e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,97:116:99:3642,320,0 chrIV 32246 . C CA 2689.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=355.1447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=21.18;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.295e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,101:127:99:2732,306,0 chrIV 34135 . G GT 1586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=158.1530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.27;MQ0=0;QD=25.19;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,59:63:99:1629,174,0 chrIV 38202 . G GAAAAA 9477 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=46.2285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=58.14;RPA=3,8;RU=A;SB=-2.678e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,143:163:99:9477,439,0 chrIV 42590 . TAC T 5574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=669.4506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=39.81;RPA=3,2;RU=AC;SB=-2.521e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,133:140:99:5574,406,0 chrIV 42611 . CA C 4184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=802.2818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.96;MQ0=0;QD=30.10;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.998e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,127:139:99:4184,370,0 chrIV 43856 . CT C 77.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.919;DP=25;FS=6.929;HaplotypeScore=73.3752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=3.12;RPA=17,16;RU=T;ReadPosRankSum=1.202;SB=-1.296e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,6:25:33:117,0,33 chrIV 43887 . G GA 306.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;DP=39;FS=6.306;HaplotypeScore=112.9892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=7.87;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.362;SB=-1.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:39:49:346,0,49 chrIV 46248 . C CT 2019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=275.1910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=23.49;RPA=5,6;RU=T;SB=-6.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,83:86:99:2062,219,0 chrIV 50590 . AT A 1201.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.844;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=332.5025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.50;MQ0=2;MQRankSum=1.091;QD=13.98;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.350;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,64:84:99:1244,129,0 chrIV 51098 . GA G 2134.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=35.3417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=23.99;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.083e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,83:89:99:2177,231,0 chrIV 57073 . GAA G 553.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.561;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=19.0047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.173;QD=23.08;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.347;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,20:24:55:596,55,0 chrIV 57910 . G GTGAGTC 10291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=160.9430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;QD=70.49;RPA=1,2;RU=TGAGTC;SB=-4.783e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,120:146:99:10291,388,0 chrIV 60616 . G GT 587.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.375;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=80.9684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;MQRankSum=1.135;QD=20.27;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.614;SB=-9.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:29:62:630,62,0 chrIV 62061 . A AAGAGAG 11795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=50.8969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.30;MQ0=0;QD=75.61;RPA=1,4;RU=AG;SB=-5.826e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,131:156:99:11795,433,0 chrIV 65318 . GT G 2741.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=283.3257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=22.66;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.004e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,110:121:99:2784,309,0 chrIV 67849 . A ATT 1550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=109.7057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=34.47;RPA=7,9;RU=T;SB=-7.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,41:45:99:1593,132,0 chrIV 67976 . T TC 2392.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=184.6930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.36;MQ0=0;QD=31.08;SB=-7.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,70:77:99:2435,210,0 chrIV 68661 . CTACTATCCCGTTTAG C 15114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=46.7614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=92.16;RPA=2,1;RU=TACTATCCCGTTTAG;ReadPosRankSum=1.697;SB=-6.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,106:164:99:15114,296,0 chrIV 73916 . CATTCTTT C 8067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=36.2639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=68.95;RPA=2,1;RU=ATTCTTT;SB=-2.914e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,102:117:99:8067,292,0 chrIV 76735 . AT A 1230.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;DP=79;FS=2.254;HaplotypeScore=79.2482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=0.860;QD=15.58;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=2.325;SB=-5.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,57:79:99:1273,126,0 chrIV 76825 . CA C 1962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.139;DP=103;FS=3.267;HaplotypeScore=108.2029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;MQRankSum=0.060;QD=19.06;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.653;SB=-9.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,90:103:99:2005,234,0 chrIV 79228 . GA G 1473.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=15.9964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.36;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:1516,135,0 chrIV 80956 . C CA 4237 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=299.0503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.11;MQ0=0;QD=32.84;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.686e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,124:129:99:4237,343,0 chrIV 82419 . ATTT A 3897 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=50.5529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=33.31;RPA=14,11;RU=T;SB=-1.307e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,97:117:99:3897,287,0 chrIV 83831 . TCTTATCGCTAATCG T 16681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=51.3681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.10;MQ0=0;QD=115.84;SB=-5.771e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,136:144:99:16681,376,0 chrIV 87296 . CT C 5383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=1006.8205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.56;MQ0=0;QD=31.48;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.456e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,166:170:99:5383,481,0 chrIV 88140 . G GTT 3752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=136.1855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=39.91;RPA=2,4;RU=T;SB=-9.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,90:94:99:3752,268,0 chrIV 95924 . AT A 782.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=57.1304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=17.02;RPA=8,7;RU=T;SB=-3.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,40:46:99:825,99,0 chrIV 99366 . CT C 2234.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=55.9236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=25.69;RPA=4,3;RU=T;SB=-9.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,81:87:99:2277,231,0 chrIV 101105 . A AT 2146.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.266;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=457.0820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=16.02;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.855;SB=-7.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,86:134:99:2189,166,0 chrIV 101199 . C CT 3618 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=120.3141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=24.45;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.575e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,133:148:99:3618,396,0 chrIV 101273 . A AT 2872.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=238.2840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=22.62;RPA=5,6;RU=T;SB=-9.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,110:127:99:2915,309,0 chrIV 103401 . T TA 3866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=119.7760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=34.21;SB=-1.878e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,99:113:99:3866,301,0 chrIV 103533 . GA G 2796.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=83.4917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.12;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.402e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,104:121:99:2839,303,0 chrIV 106907 . AT A 1756.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=393.3530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=0.983;QD=12.37;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.730;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,93:142:99:1799,214,0 chrIV 117115 . T TAGAA 6681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=31.9154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;QD=64.24;SB=-2.742e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:104:99:6681,292,0 chrIV 117449 . C CA 2378.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;DP=120;FS=11.236;HaplotypeScore=52.7464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=19.82;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.043;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,104:120:99:2421,225,0 chrIV 117831 . GTATATCGGAT G 15421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=395.3060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.46;MQ0=0;QD=104.90;SB=-4.376e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,135:147:99:15421,397,0 chrIV 132892 . G GA 2452.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=39.0890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;QD=20.27;RPA=7,8;RU=A;SB=-9.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,105:121:99:2495,285,0 chrIV 135456 . CTTTT C 2648.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=116.9612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=1.299;QD=29.43;RPA=18,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.670;SB=-1.177e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,54:90:99:2691,163,0 chrIV 137979 . AT A 1592.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=33.0963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;MQRankSum=0.308;QD=18.52;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.973;SB=-5.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,79:86:99:1635,198,0 chrIV 144344 . CTTT C 4509 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=35.0776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;QD=42.54;RPA=9,6;RU=T;SB=-1.898e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,101:106:99:4509,298,0 chrIV 147678 . C CCA 4198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;DP=175;FS=3.559;HaplotypeScore=68.0404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.43;MQ0=0;MQRankSum=1.245;QD=23.99;RPA=8,9;RU=CA;ReadPosRankSum=-0.719;SB=-1.945e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,136:175:99:4198,183,0 chrIV 149122 . AAATAAAT A 137.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=3.4025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=64.36;MQ0=0;QD=11.46;SB=-3.054e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,6:12:12:179,12,0 chrIV 157958 . CACACAA C 5091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=218.7037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.75;MQ0=0;QD=72.73;SB=-2.503e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,61:70:99:5091,190,0 chrIV 157978 . CT C 1364.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=605.0160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.66;MQ0=0;QD=15.34;RPA=12,11;RU=T;SB=-6.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,69:89:99:1407,191,0 chrIV 158816 . T TC 4781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=329.7643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=35.15;SB=-2.288e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,123:136:99:4781,358,0 chrIV 158898 . TG T 4786 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=293.3994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQ0=0;QD=27.66;RPA=6,5;RU=G;SB=-1.687e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,162:173:99:4786,475,0 chrIV 164943 . C CT,CTT 1011.73 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.069;DP=87;FS=7.917;HaplotypeScore=97.6526;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.115;QD=11.63;RPA=12,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-2.130;SB=-4.183e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:29,49,7:87:43:1089,152,43,715,0,690 chrIV 167560 . AT A 6389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=68.4001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;QD=36.10;SB=-2.035e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,176:177:99:6389,503,0 chrIV 170362 . C CA 2138.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=29.4417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.00;RPA=7,8;RU=A;SB=-6.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,83:93:99:2181,243,0 chrIV 172175 . G GA 2425.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=29.3107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.86;MQ0=0;QD=27.57;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,84:88:99:2468,241,0 chrIV 174736 . TTTG T 4810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=34.2519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=41.11;SB=-1.688e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,110:117:99:4810,310,0 chrIV 181921 . ATCTTCT A 7848 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=252.6340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=55.66;RPA=6,4;RU=TCT;SB=-3.588e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,119:141:99:7848,331,0 chrIV 184754 . GA G 5921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=674.6225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;QD=34.03;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.921e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,170:174:99:5921,490,0 chrIV 192678 . AT A 1284.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=17.3088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=20.40;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:63:99:1327,165,0 chrIV 198376 . TG T 4314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=48.3916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=32.68;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,124:132:99:4314,361,0 chrIV 201643 . A AT 3354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.62;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.074e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,117:126:99:3354,343,0 chrIV 202761 . G GTT 4827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=42.5031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;QD=38.93;RPA=2,4;RU=T;SB=-2.403e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,118:124:99:4827,346,0 chrIV 210813 . GAA G 908.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=62.4641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=29.32;RPA=10,8;RU=A;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,26:31:84:951,84,0 chrIV 210847 . G GT 750.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=85.2954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=22.76;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,26:33:81:793,81,0 chrIV 210984 . T TA 2655.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.570;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=39.5306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.664;QD=22.32;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.308;SB=-6.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,107:119:99:2698,297,0 chrIV 211214 . GA G 1248.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=268.5135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=13.15;RPA=12,11;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,58:95:99:1291,179,0 chrIV 212228 . TTAAAG T 4762 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=425.0230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.03;MQ0=0;QD=61.05;RPA=2,1;RU=TAAAG;SB=-1.987e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,74:78:99:4762,223,0 chrIV 212440 . GTTT G 880.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=113.4377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.44;MQ0=0;QD=19.58;RPA=17,14;RU=T;SB=-2.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,19:43:72:923,72,0 chrIV 212746 . T TC 3523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=57.1219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.31;MQ0=0;QD=35.95;SB=-9.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,96:98:99:3523,280,0 chrIV 213315 . CTA C 5340 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=60.4992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.73;MQ0=0;QD=31.60;RPA=5,4;RU=TA;SB=-1.874e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,146:169:99:5340,427,0 chrIV 215724 . C CT 3978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=51.3045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=26.88;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.752e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,140:148:99:3978,411,0 chrIV 216493 . T TAA 2448.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=48.9451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=22.47;RPA=10,12;RU=A;SB=-9.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,77:109:99:2491,236,0 chrIV 226816 . CATATATATATATATATATATAT C 6113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=567.0600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.67;MQ0=0;QD=54.10;RPA=17,6;RU=AT;SB=-1.778e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:80,33:113:99:6113,126,0 chrIV 226851 . 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CT C 1020.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=187.3654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=17.02;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,50:60:99:1063,132,0 chrIV 236041 . AC A 2308.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=513.7645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.57;MQ0=0;QD=34.46;SB=-9.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:2351,193,0 chrIV 240005 . CAA C 6367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=1312.8663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.54;MQ0=0;QD=40.04;RPA=4,2;RU=A;SB=-2.366e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,154:159:99:6367,448,0 chrIV 240138 . CATATATAT C 6258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=425.1460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.88;MQ0=0;QD=57.94;RPA=10,6;RU=AT;SB=-2.334e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,71:108:99:6258,214,0 chrIV 242007 . TC T 4078 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=1145.1886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.14;MQ0=0;QD=32.37;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.244e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,118:126:99:4078,352,0 chrIV 244840 . A AGAGCAG 6632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=45.3756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=1;QD=58.18;RPA=1,2;RU=GAGCAG;SB=-2.188e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,90:113:99:6632,262,0 chrIV 247666 . CT C 4312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=296.2573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=27.82;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.077e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,148:155:99:4312,433,0 chrIV 251252 . AT A 1516.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=19.8510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;QD=21.37;RPA=7,6;RU=T;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,67:71:99:1559,183,0 chrIV 255255 . AC A 5543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;FS=0.000;HaplotypeScore=529.8793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=29.17;SB=-2.756e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,187:190:99:5543,520,0 chrIV 256612 . T TA 1006.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=82.7129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=1.330;QD=17.98;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.846;SB=-3.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,46:56:99:1049,105,0 chrIV 271809 . CTGT C 8695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=83.1589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=35.20;RPA=5,4;RU=TGT;SB=-4.228e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,207:247:99:8695,595,0 chrIV 273629 . G GTTTT 616.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=11.86;RPA=24,28;RU=T;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,15:52:55:659,55,0 chrIV 275006 . CG C 1826.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=149.5889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=34.47;RPA=2,1;RU=G;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:53:99:1869,153,0 chrIV 275108 . C CA 1555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=152.9218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=30.51;RPA=2,3;RU=A;SB=-5.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1598,144,0 chrIV 283213 . G GT 4050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=461.1999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.99;MQ0=0;QD=25.47;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.566e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,153:159:99:4050,443,0 chrIV 285372 . C CAT 2589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=37.7328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=29.10;RPA=4,5;RU=AT;SB=-6.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,65:89:99:2632,211,0 chrIV 292337 . CCA C 3326 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=504.4584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.05;MQ0=0;QD=42.64;SB=-8.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,69:78:99:3326,220,0 chrIV 292462 . A AT 2475.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=285.2621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;QD=27.51;RPA=3,4;RU=T;SB=-5.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,81:90:99:2518,246,0 chrIV 300038 . GA G 1658.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.252;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=63.9329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=2.037;QD=12.76;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.613;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,82:130:99:1701,191,0 chrIV 300147 . C CT 2660.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=281.2364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=27.72;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,91:96:99:2703,267,0 chrIV 302334 . AAT A 200.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DP=21;FS=5.229;HaplotypeScore=49.5045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.579;SB=-5.207e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,14:21:18:242,18,0 chrIV 303010 . A AT 1963.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.193;DP=118;FS=6.170;HaplotypeScore=251.7739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=16.64;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.807;SB=-9.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,98:118:99:2006,197,0 chrIV 310246 . T TAA 2262.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=145.0063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=32.80;RPA=3,5;RU=A;SB=-9.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,58:69:99:2305,178,0 chrIV 310405 . G GT 2703.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=413.7095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.17;MQ0=0;QD=34.23;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.002e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,73:79:99:2746,223,0 chrIV 310657 . AT A 2455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=156.9253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;QD=19.04;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,113:129:99:2498,308,0 chrIV 312518 . C CTT 2780.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=206.2893;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.32;MQ0=0;QD=23.36;RPA=10,12;RU=T;SB=-1.220e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,70:119:99:2822,269,0 chrIV 314192 . CTT C 1389.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=145.6943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.26;MQ0=0;QD=24.82;RPA=9,7;RU=T;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,44:56:99:1432,126,0 chrIV 314314 . AAAT A 977.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=17.0190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=23.28;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:42:99:1020,112,0 chrIV 315175 . AAACTGGTCATAGCGG A 9223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=171.1836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.98;MQ0=0;QD=98.12;SB=-4.187e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,91:94:99:9223,252,0 chrIV 316921 . T TAA 971.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=94.2114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=27.00;RPA=2,4;RU=A;SB=-2.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:84:1014,84,0 chrIV 321583 . CA C 1326.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.328;DP=84;FS=3.310;HaplotypeScore=227.1849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.46;MQ0=0;MQRankSum=1.444;QD=15.80;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.270;SB=-6.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,69:84:99:1369,153,0 chrIV 321785 . A AT 2829.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=421.0085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.14;MQ0=0;QD=26.45;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.044e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,97:107:99:2872,292,0 chrIV 321880 . T TTC 5070 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.077;DP=145;FS=4.738;HaplotypeScore=1046.4060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.23;MQ0=0;MQRankSum=1.481;QD=34.97;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-1.748e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,121:145:99:5070,368,0 chrIV 323696 . ATATATATATATG A 5137 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=660.6674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.17;MQ0=0;QD=79.03;SB=-1.727e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,50:65:99:5137,150,0 chrIV 325230 . T TCTG 5235 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=44.6780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.24;MQ0=0;QD=41.55;RPA=3,4;RU=CTG;SB=-2.490e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,109:126:99:5235,322,0 chrIV 326416 . AG A 4840 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=188.9050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=31.63;SB=-1.528e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,153:153:99:4840,436,0 chrIV 330640 . GA G 5013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;FS=0.000;HaplotypeScore=1557.6734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.88;MQ0=0;QD=23.65;RPA=6,5;RU=A;SB=-2.477e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,196:212:99:5013,558,0 chrIV 330690 . C CA 7075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=231;FS=0.000;HaplotypeScore=978.5011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.12;MQ0=0;QD=30.63;RPA=2,3;RU=A;SB=-3.022e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,221:231:99:7075,644,0 chrIV 332372 . CTG C 4423 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=604.3023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=35.67;SB=-2.009e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:88,34:124:99:4423,358,0 chrIV 332376 . T TCA 4471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=588.9744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.16;MQ0=0;QD=37.26;SB=-2.196e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:83,33:120:99:4471,351,0 chrIV 336148 . CT C 1944.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.453;DP=114;FS=5.082;HaplotypeScore=79.3999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.374;QD=17.06;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.175;SB=-6.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,97:114:99:1987,246,0 chrIV 336206 . CTTTT C 2421.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.305;DP=88;FS=8.351;HaplotypeScore=120.3436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.914;QD=27.52;RPA=18,14;RU=T;ReadPosRankSum=3.103;SB=-1.078e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,46:88:68:2464,68,0 chrIV 340309 . GAGATGAGATGA G 11533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=266.5124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.42;MQ0=0;QD=96.11;SB=-4.738e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,84:120:99:11533,325,0 chrIV 340319 . GA G 2243.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=1265.0838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.34;MQ0=0;QD=19.51;RPA=5,4;RU=A;SB=-9.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:85,30:115:99:2286,318,0 chrIV 340378 . GAA G 3453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=402.1836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=32.58;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.177e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,94:106:99:3453,264,0 chrIV 340869 . GTTT G 5527 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=714.6367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.40;MQ0=0;QD=49.35;RPA=5,2;RU=T;SB=-2.686e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,106:112:99:5527,310,0 chrIV 341065 . TC T 2719.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=376.6006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=27.75;RPA=6,5;RU=C;SB=-1.251e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:98:99:2762,274,0 chrIV 344004 . GTATATATATA G 2004.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=34.57;RPA=13,8;RU=TA;SB=-4.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,20:58:63:2047,63,0 chrIV 344227 . CT C 1146.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=125.6816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=16.62;RPA=11,10;RU=T;SB=-3.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,60:69:99:1189,156,0 chrIV 350989 . T TGATGAAGAAGATGAC 16613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;FS=0.000;HaplotypeScore=162.7799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.01;MQ0=0;QD=81.44;SB=-3.732e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,158:204:99:16613,460,0 chrIV 351277 . C CT 1484.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.379;DP=93;FS=2.408;HaplotypeScore=200.0361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.24;MQ0=0;MQRankSum=0.561;QD=15.97;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.561;SB=-6.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,64:93:99:1527,133,0 chrIV 356935 . G GA 2737.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=841.3705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.76;MQ0=0;MQRankSum=0.343;QD=17.33;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-1.066e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,111:158:99:2780,265,0 chrIV 362378 . TA T 914.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.374;DP=58;FS=3.074;HaplotypeScore=34.4016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.64;MQ0=0;MQRankSum=1.374;QD=15.78;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.242;SB=-4.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,47:58:99:957,101,0 chrIV 366254 . AG A 4270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.201;DP=175;FS=3.031;HaplotypeScore=101.5107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=1;MQRankSum=0.386;QD=24.40;ReadPosRankSum=-0.741;SB=-2.114e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,116:173:99:4270,406,0 chrIV 366513 . T TA 2190.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.079;DP=116;FS=3.534;HaplotypeScore=42.3470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.551;QD=18.89;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-9.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,91:116:99:2233,239,0 chrIV 369453 . T TA 1211.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.801;DP=66;FS=2.821;HaplotypeScore=29.9044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-0.182;QD=18.36;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.274;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,52:66:99:1254,99,0 chrIV 370756 . T TA 910.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=67.4646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=18.22;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,36:50:99:953,111,0 chrIV 370783 . CT C 981.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=78.2993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=22.84;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,39:43:99:1024,108,0 chrIV 370875 . AT A 584.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=29.4392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.227;QD=20.17;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.313;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,17:29:58:627,58,0 chrIV 370940 . CT C 146.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=30.2905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;QD=14.60;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,8:10:21:188,21,0 chrIV 375374 . G GT 2495.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=378.9372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.50;MQ0=0;QD=24.71;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.233e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,87:101:99:2538,258,0 chrIV 376575 . A AT 1703.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.218;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=64.8183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;MQRankSum=1.808;QD=13.97;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.244;SB=-7.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,73:122:99:1746,184,0 chrIV 384223 . TGG T 96.16 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=260.1683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.72;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=6.01;ReadPosRankSum=1.221;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,7:8:8:137,8,0 chrIV 384226 . AGTAGTTGGGTTAATTG A 1583.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=563.3628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.78;MQ0=0;QD=54.62;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,7:21:60:1626,60,0 chrIV 385586 . ATG A 7559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=565.5728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.60;MQ0=0;QD=41.99;RPA=2,1;RU=TG;SB=-2.996e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,174:180:99:7559,515,0 chrIV 385971 . TC T 996.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=398.5673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.446;QD=23.74;ReadPosRankSum=-0.347;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,31:42:99:1039,99,0 chrIV 386065 . GAAA G 2803.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=688.8201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.58;MQ0=0;QD=41.85;RPA=8,5;RU=A;SB=-1.099e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,61:67:99:2846,187,0 chrIV 386093 . C CA 2432.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=1134.6541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.23;MQ0=0;QD=32.44;SB=-1.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:75:99:2475,218,0 chrIV 386129 . A AGT 1887.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.713;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=1040.0690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.597;QD=34.96;ReadPosRankSum=0.985;SB=-9.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,41:54:99:1930,139,0 chrIV 386134 . CTT C 1568.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.073;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=861.7994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.413;QD=37.36;ReadPosRankSum=0.825;SB=-7.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:99:1611,119,0 chrIV 386152 . A AC 503.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=844.5083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.54;MQ0=0;QD=13.26;RPA=2,3;RU=C;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,19:38:90:546,90,0 chrIV 386162 . A AG 333.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;DP=33;FS=8.921;HaplotypeScore=694.5800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.82;MQ0=0;MQRankSum=1.805;QD=10.12;ReadPosRankSum=2.176;SB=-1.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,20:33:52:376,52,0 chrIV 386167 . AGG A 899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=553.6193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.70;MQ0=0;QD=28.12;SB=-2.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,25:32:78:942,78,0 chrIV 386222 . GATA G 3940 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=122.8502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.01;MQ0=0;QD=51.17;RPA=2,1;RU=ATA;SB=-1.673e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:77:99:3940,226,0 chrIV 386401 . G GA 2810.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=785.3549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.55;MQ0=0;QD=32.69;SB=-1.177e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,81:86:99:2853,254,0 chrIV 386601 . ATC A 2930.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=488.8139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.02;MQ0=0;QD=36.18;SB=-1.197e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,72:81:99:2973,217,0 chrIV 386748 . GT G 736.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=305.3783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.10;MQ0=0;QD=17.14;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,31:43:99:779,99,0 chrIV 386778 . G GT 1137.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=301.4771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.90;MQ0=0;QD=22.76;RPA=9,10;RU=T;SB=-5.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,46:50:99:1180,138,0 chrIV 387130 . GT G 2850.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=480.2112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.77;MQ0=0;QD=23.76;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.136e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,107:120:99:2893,312,0 chrIV 387397 . AATTAAG A 7736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=213.6900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=62.39;RPA=2,1;RU=ATTAAG;SB=-3.545e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,111:124:99:7736,310,0 chrIV 390546 . A ATTGTTG 6807 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=820.3197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=56.73;RPA=4,6;RU=TTG;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,112:120:99:6807,343,0 chrIV 392146 . GACACAC G 4944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=56.1950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.90;MQ0=0;QD=49.44;RPA=13,10;RU=AC;SB=-1.597e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,72:100:99:4944,214,0 chrIV 394028 . AG A 3999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.395;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=321.8422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=0.138;QD=27.39;ReadPosRankSum=-0.431;SB=-1.612e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,120:146:99:3999,392,0 chrIV 405202 . GT G 1200.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=96.0737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=17.41;RPA=10,9;RU=T;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,62:69:99:1243,158,0 chrIV 407403 . GCC G 7213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=62.1922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=41.22;RPA=4,2;RU=C;SB=-3.110e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,168:175:99:7213,494,0 chrIV 408171 . CA C 1193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=84;FS=3.310;HaplotypeScore=326.1874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=14.21;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.501;SB=-5.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,64:84:99:1236,165,0 chrIV 410887 . ATT A 1813.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.855;DP=90;FS=10.437;HaplotypeScore=52.5969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=1.694;QD=20.16;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=2.049;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,61:90:99:1856,174,0 chrIV 411335 . G GA 4960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=64.9783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=24.92;RPA=4,5;RU=A;SB=-2.361e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,165:199:99:4960,511,0 chrIV 411501 . C CA 5927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=387.7313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=34.26;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.958e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,155:173:99:5927,490,0 chrIV 411785 . ACC A 4789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=44.5553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=32.80;RPA=9,7;RU=C;SB=-2.199e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,132:146:99:4789,385,0 chrIV 417104 . TG T 5996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=61.0044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;QD=35.06;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.544e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,170:171:99:5996,496,0 chrIV 422107 . TA T 3072.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=40.3066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;QD=23.64;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.277e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,118:130:99:3115,336,0 chrIV 422585 . G GA 2051.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=787.6173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.04;MQ0=0;QD=20.12;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,77:102:99:2094,228,0 chrIV 422750 . G GA 5165 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=1137.5713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.26;MQ0=0;QD=39.73;SB=-1.991e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,125:130:99:5165,379,0 chrIV 422761 . C CCTTTCTT 9003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=809.1180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.94;MQ0=0;QD=74.40;SB=-3.711e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,82:121:99:9003,319,0 chrIV 423787 . CT C 3466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=518.3773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.88;MQ0=0;QD=19.58;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.398e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,155:177:99:3466,434,0 chrIV 425896 . CA C 4788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=61.3018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=27.05;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.325e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,170:177:99:4788,484,0 chrIV 427068 . CT C 1270.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=15.9511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.70;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:56:99:1313,141,0 chrIV 428538 . TA T 1612.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=185.5621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;QD=17.53;RPA=10,9;RU=A;SB=-7.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,77:92:99:1655,209,0 chrIV 428805 . AT A 1491.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.062;DP=118;FS=2.429;HaplotypeScore=363.0348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=12.64;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.928;SB=-4.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,80:118:99:1534,144,0 chrIV 431592 . T TTG 8113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=90.8488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=40.36;SB=-3.293e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,194:201:99:8113,533,0 chrIV 432137 . CAGTT C 9815 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;FS=0.000;HaplotypeScore=60.5703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=50.85;RPA=2,1;RU=AGTT;SB=-3.713e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,172:193:99:9815,497,0 chrIV 433048 . G GA 1710.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=434.4340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.02;MQ0=0;QD=20.61;RPA=6,7;RU=A;SB=-4.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,67:83:99:1753,200,0 chrIV 434094 . A ATTT 2942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=253.2410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.81;MQ0=1;QD=43.28;RPA=6,9;RU=T;SB=-1.385e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:67:99:2985,193,0 chrIV 434210 . AATCATGCTAACGATGACAGCGGT A 2822.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=218.8412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.54;MQ0=0;QD=94.10;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,13:30:39:2865,39,0 chrIV 434239 . T TA 578.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=412.1549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.06;MQ0=0;QD=21.44;SB=-2.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,23:27:55:621,55,0 chrIV 434256 . T TA 957.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=422.6892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.65;MQ0=0;QD=19.96;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,44:48:99:1000,108,0 chrIV 434392 . T TC 1467.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=278.2687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.25;MQ0=0;QD=37.64;SB=-7.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:39:99:1510,114,0 chrIV 434498 . A AC 127.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=50.6404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=21.18;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:169,18,0 chrIV 434500 . AC A 117.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=51.6201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=19.52;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:159,18,0 chrIV 435260 . T TCGAATAGTGAA 5748 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=242.5712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.72;MQ0=0;QD=119.75;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,32:48:99:5748,132,0 chrIV 435452 . T TA 2561.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=172.4403;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.26;MQ0=0;QD=25.88;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.116e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,83:99:99:2604,261,0 chrIV 435658 . T TC 5164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=293.7049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=37.15;SB=-1.188e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:139:99:5164,403,0 chrIV 435928 . TGACC T 5697 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=414.7335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.31;MQ0=0;QD=49.11;RPA=2,1;RU=GACC;SB=-2.441e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,105:115:99:5697,292,0 chrIV 436120 . CT C 3386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=290.0425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.57;MQ0=0;QD=30.78;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.345e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,105:110:99:3386,301,0 chrIV 436303 . GGAAC G 5591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=788.2613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.82;MQ0=1;QD=48.62;SB=-2.460e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,90:114:99:5591,277,0 chrIV 436314 . A AGG 4720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=791.8595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.14;MQ0=1;QD=47.20;SB=-1.921e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,95:99:99:4720,298,0 chrIV 437148 . A ATAAT 4166 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=72;FS=18.129;HaplotypeScore=224.8316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.68;MQ0=0;MQRankSum=0.506;QD=57.86;ReadPosRankSum=1.679;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,63:71:99:4166,183,0 chrIV 441311 . GTTATTA G 9115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=992.7999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.89;MQ0=0;QD=46.04;RPA=5,3;RU=TTA;SB=-4.321e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,155:198:99:9115,463,0 chrIV 444097 . G GA 3752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=35.8940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.49;MQ0=0;QD=32.63;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.191e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,111:115:99:3752,313,0 chrIV 449720 . T TA 816.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=183.9481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.22;MQ0=0;QD=30.26;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,23:27:69:859,69,0 chrIV 449855 . GA G 1176.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=207.6091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.91;MQ0=0;QD=22.63;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,48:52:99:1219,141,0 chrIV 452907 . C CA 464.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=86.7434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=9.89;RPA=10,11;RU=A;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,19:47:63:507,63,0 chrIV 452918 . T TA 271.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=66.4238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=8.77;RPA=7,8;RU=A;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,16:31:36:314,36,0 chrIV 456680 . AAAGTGTTCAATTAGT A 13457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=147.8142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.25;MQ0=0;QD=124.60;SB=-4.939e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,81:108:99:13457,259,0 chrIV 456736 . A AT 2070.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=751.4935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.85;MQ0=0;QD=21.35;RPA=7,8;RU=T;SB=-8.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,80:97:99:2113,240,0 chrIV 465667 . CA C 3365 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.298;DP=211;FS=9.442;HaplotypeScore=850.1609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.64;MQ0=0;MQRankSum=0.721;QD=15.95;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.603;SB=-1.559e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,151:211:99:3365,407,0 chrIV 471707 . AT A 1397.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.806;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=198.6883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;MQRankSum=0.841;QD=15.53;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.985;SB=-6.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,69:90:99:1440,161,0 chrIV 476218 . TA T 1259.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=13.8600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=25.71;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:49:99:1302,132,0 chrIV 476437 . TATCATACGCATAATATCAAAATAACTA T 3644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.92;MQ0=0;QD=110.42;SB=-2.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,11:33:54:3644,54,0 chrIV 476521 . TA T 1590.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=200.0796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.36;MQ0=0;QD=24.11;RPA=6,5;RU=A;SB=-5.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,59:66:99:1633,183,0 chrIV 476652 . T TG 3032.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=226.5005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.03;MQ0=0;QD=36.11;SB=-1.252e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:3075,232,0 chrIV 482472 . GAAAA G 1904.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=48.1449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=1;MQRankSum=-0.908;QD=27.61;RPA=16,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.990;SB=-7.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,38:68:99:1947,105,0 chrIV 482676 . ATT A 4021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=40.8452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=1;QD=31.41;RPA=8,6;RU=T;SB=-1.644e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,118:126:99:4021,340,0 chrIV 485654 . CA C 2560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.383;DP=150;FS=2.389;HaplotypeScore=255.5245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.365;QD=17.07;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.678;SB=-1.085e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,129:150:99:2603,269,0 chrIV 486783 . CA C 2215.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=238.2779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.60;MQ0=0;QD=22.61;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.032e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,91:98:99:2258,270,0 chrIV 488918 . TA T 3000.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=408.2847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;QD=24.60;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.341e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,114:122:99:3043,307,0 chrIV 489335 . TAA T 1252.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=166.9084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;QD=25.06;RPA=9,7;RU=A;SB=-2.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,39:50:99:1295,111,0 chrIV 489441 . AATATATATAT A 3306 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=106.0738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.80;MQ0=1;QD=76.88;RPA=12,7;RU=AT;SB=-1.121e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,32:42:93:3306,93,0 chrIV 491147 . G GA 2953.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=35.4305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.08;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.496e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,109:128:99:2996,330,0 chrIV 491282 . G GC 3607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=51.0409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=27.12;RPA=5,6;RU=C;SB=-1.260e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,124:133:99:3607,355,0 chrIV 499233 . TGAA T 9872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;FS=0.000;HaplotypeScore=293.0073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=46.13;SB=-4.795e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,209:214:99:9872,592,0 chrIV 501072 . TG T 3778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=38.3432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=33.14;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:114:99:3778,319,0 chrIV 505233 . CAT C 128.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=81.9695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=4.75;RPA=10,9;RU=AT;SB=-6.829e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,7:27:15:170,15,0 chrIV 505462 . T TG 2561.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=160.5759;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=32.85;RPA=1,2;RU=G;SB=-9.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:78:99:2604,219,0 chrIV 506579 . 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GA G 1590.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=148.4420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=23.06;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:1633,195,0 chrIV 509733 . CA C 2567.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=177.5424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=32.10;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.028e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,76:80:99:2610,229,0 chrIV 512965 . AT A 174.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=37.0140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.18;MQ0=0;QD=8.33;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,18:21:27:217,27,0 chrIV 520080 . C CT 817.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=318.6156;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.99;MQ0=0;QD=28.21;SB=-2.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:29:84:860,84,0 chrIV 520082 . 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A AT 1918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.142;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=384.6000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.122;QD=23.40;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.269;SB=-9.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,77:82:99:1961,185,0 chrIV 521126 . G GA 1801.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=430.3135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.35;MQ0=0;QD=21.45;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,65:84:99:1844,201,0 chrIV 521186 . AT A 1566.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=527.8598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.37;MQ0=0;QD=25.69;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:99:1609,171,0 chrIV 521211 . C CG 3046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=790.7079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.99;MQ0=0;QD=35.02;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:3089,253,0 chrIV 522980 . 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C CG 2333.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=2746.1736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=24.83;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:2376,282,0 chrIV 542269 . TGAA T 7910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=283.5024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=42.76;RPA=2,1;RU=GAA;SB=-3.521e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,159:185:99:7910,476,0 chrIV 542358 . TAA T 7226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=93.9945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.92;MQ0=0;QD=44.33;SB=-3.535e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,146:163:99:7226,457,0 chrIV 544142 . A AT 110.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=5.9598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=6.12;RPA=9,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,7:18:18:152,18,0 chrIV 544800 . TA T 154.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=25.9705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=12.84;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,8:12:21:196,21,0 chrIV 544999 . AT A 2765.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=638.5789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.29;MQ0=0;QD=26.85;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.319e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,91:103:99:2808,283,0 chrIV 546554 . TTC T 3926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=260.7032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;QD=32.45;SB=-1.668e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,94:121:99:3926,328,0 chrIV 548546 . G GTTTTT 714.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.358;DP=52;FS=11.549;HaplotypeScore=135.3971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=1.973;QD=13.75;RPA=19,24;RU=T;ReadPosRankSum=-2.165;SB=-2.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,16:51:40:757,40,0 chrIV 550807 . TA T 2498.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=85.7411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=0.945;QD=16.88;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.724;SB=-9.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,126:148:99:2541,303,0 chrIV 551430 . GTGATATA G 16780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=333.1917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=87.85;SB=-6.518e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,182:191:99:16780,551,0 chrIV 551638 . C CA 2386.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=527.5723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=16.46;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.718;SB=-6.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,107:145:99:2429,175,0 chrIV 553071 . A AT 1074.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.461;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=125.1369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.189;QD=14.53;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-5.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,50:74:99:1117,129,0 chrIV 558164 . C CT 1080.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.404;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=41.6554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;QD=13.68;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.203;SB=-9.469e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,51:79:26:1123,26,0 chrIV 560961 . TAATGAGG T 3374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=77.0858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.25;MQ0=0;QD=71.79;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,38:47:99:3374,117,0 chrIV 560996 . A AAC 1121.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=45;FS=3.144;HaplotypeScore=316.9644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.733;QD=24.93;RPA=6,7;RU=AC;ReadPosRankSum=-1.208;SB=-5.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,28:45:94:1164,94,0 chrIV 561184 . C CT 2431.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=191.8926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=24.32;RPA=7,8;RU=T;SB=-3.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,94:100:99:2474,276,0 chrIV 562609 . GA G 2287.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=61.5345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=18.02;RPA=9,8;RU=A;SB=-7.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,107:127:99:2330,290,0 chrIV 563012 . T TC 2086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=853.8192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.90;MQ0=0;QD=27.83;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,46:75:99:2129,205,0 chrIV 563111 . CA C 3711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=166.4192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=37.48;SB=-1.544e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:3711,295,0 chrIV 563497 . CAA C 3414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=268.9825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=1;MQRankSum=-0.133;QD=25.48;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.133;SB=-1.249e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,105:133:99:3414,308,0 chrIV 565002 . TA T 1402.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=18.5194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=21.58;RPA=6,5;RU=A;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:65:99:1445,168,0 chrIV 569037 . AT A 1632.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;QD=18.99;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,73:86:99:1675,204,0 chrIV 576459 . A ATC 4984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=377.3524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;QD=48.39;SB=-1.570e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,102:103:99:4984,301,0 chrIV 578273 . C CA 1524.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=133.8997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=19.80;RPA=7,8;RU=A;SB=-3.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,61:77:99:1567,177,0 chrIV 578295 . G GA 1047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.892;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=181.6465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.051;QD=16.12;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.455;SB=-2.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,45:65:72:1090,72,0 chrIV 578452 . GT G 1285.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.777;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=28.9981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=16.70;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.777;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,65:77:99:1328,134,0 chrIV 579241 . TA T 1301.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=379.4898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.15;MQ0=0;QD=18.34;RPA=7,6;RU=A;SB=-4.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,60:71:99:1344,165,0 chrIV 582694 . AT A 2960.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=112.3192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.35;MQ0=0;QD=31.17;RPA=2,1;RU=T;SB=-9.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,91:95:99:3003,256,0 chrIV 583556 . AAC A 6122 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=356.4019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.33;MQ0=0;QD=39.24;SB=-2.917e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,152:156:99:6122,424,0 chrIV 584615 . G GGACGAT 9883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=84.2874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=68.16;SB=-2.790e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,142:145:99:9883,394,0 chrIV 587742 . TA T 2921.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=50.9344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.87;MQ0=0;QD=20.01;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,134:146:99:2964,359,0 chrIV 588028 . AGG A 5043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=300.1024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=38.79;RPA=6,4;RU=G;SB=-1.444e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,124:130:99:5043,370,0 chrIV 588469 . C CA 3177.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;DP=141;FS=3.012;HaplotypeScore=715.7766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.86;MQ0=0;MQRankSum=0.668;QD=22.54;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.513;SB=-1.524e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,127:141:99:3220,331,0 chrIV 589651 . T TA 294.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=105.0267;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.365;QD=9.22;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-4.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:32:58:334,0,58 chrIV 589690 . TA T 298.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=98.3207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.47;MQ0=0;QD=16.61;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.679e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,15:18:42:341,42,0 chrIV 591782 . AT A 3979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=214.4543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=25.03;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,153:159:99:3979,423,0 chrIV 592194 . G GTT 2332.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=725.2871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.19;MQ0=0;QD=24.05;RPA=9,11;RU=T;SB=-1.084e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,59:97:99:2375,214,0 chrIV 592206 . T TG 3148.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=650.8111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.58;MQ0=0;QD=35.38;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.585e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:89:99:3191,259,0 chrIV 592423 . CT C 4180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=70.2803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.43;MQ0=0;QD=22.12;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.185e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,177:189:99:4180,474,0 chrIV 592981 . GTT G 2538.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=95.7377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.279;QD=21.89;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.526;SB=-1.202e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,85:116:99:2581,249,0 chrIV 593261 . GC G 7263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=215;FS=0.000;HaplotypeScore=1216.6973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.42;MQ0=0;QD=33.78;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.668e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,212:215:99:7263,599,0 chrIV 597101 . C CA 5776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=1371.2315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.57;MQ0=0;QD=39.03;SB=-2.460e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,142:148:99:5776,436,0 chrIV 597109 . C CA 4336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=1592.4687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.46;MQ0=0;QD=27.44;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.113e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,141:158:99:4336,421,0 chrIV 598435 . A AG 1461.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=350.3483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.52;MQ0=0;QD=31.11;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:47:99:1504,120,0 chrIV 600480 . A AT 2556.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=448.7551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.44;MQ0=0;QD=22.63;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.071e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,95:113:99:2599,282,0 chrIV 600768 . AAT A 4189 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=617.6607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.96;MQ0=0;QD=34.91;SB=-1.707e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,117:120:99:4189,328,0 chrIV 604253 . T TGATGATGAC 15637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=420.7527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.89;MQ0=0;QD=64.09;SB=-6.980e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,217:244:99:15637,628,0 chrIV 607042 . GAA G 761.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.841;DP=71;FS=2.258;HaplotypeScore=245.2127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=2;MQRankSum=-1.628;QD=10.73;RPA=17,15;RU=A;ReadPosRankSum=2.480;SB=-2.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,27:68:51:804,51,0 chrIV 607060 . GAA G 1824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;DP=84;FS=5.301;HaplotypeScore=211.5184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=2;MQRankSum=0.687;QD=21.73;RPA=8,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.962;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,63:81:99:1867,166,0 chrIV 611907 . CGCA C 4323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=404.8715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;QD=40.40;RPA=3,2;RU=GCA;SB=-7.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,94:107:99:4323,262,0 chrIV 613292 . C CT 358.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=59.0416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.85;MQ0=0;QD=13.81;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,20:26:42:401,42,0 chrIV 617276 . GTTTAA G 5544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=123.3237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=1;QD=56.57;RPA=2,1;RU=TTTAA;SB=-1.887e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,79:97:99:5544,247,0 chrIV 617313 . GA G 1615.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=536.5953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;QD=18.57;RPA=9,8;RU=A;SB=-7.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,71:87:99:1658,204,0 chrIV 619961 . T TA 926.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=364.6417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.99;MQ0=0;QD=21.56;RPA=6,7;RU=A;SB=-3.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,36:43:99:969,105,0 chrIV 620429 . G GA 2942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=610.5926;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.48;MQ0=0;QD=27.50;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.273e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,104:107:99:2985,292,0 chrIV 620983 . CTATATATA C 6225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=323.1429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.49;MQ0=0;QD=72.38;RPA=8,4;RU=TA;SB=-2.464e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,68:86:99:6225,202,0 chrIV 621879 . GAAAAAAA G 4154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.579;DP=88;FS=12.110;HaplotypeScore=143.0035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.96;MQ0=0;MQRankSum=2.812;QD=47.20;RPA=19,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.374;SB=-7.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,67:88:99:4154,149,0 chrIV 624927 . G GA 5244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=533.4044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;QD=37.19;SB=-1.523e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,131:141:99:5244,394,0 chrIV 626407 . T TA 570.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=8.9426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.01;MQ0=0;QD=17.84;RPA=4,5;RU=A;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,26:32:63:613,63,0 chrIV 626607 . AT A 1417.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=15.7525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=25.32;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:56:99:1460,144,0 chrIV 628654 . AT A 2130.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.337;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=65.2746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=16.52;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.154;SB=-7.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,96:129:99:2173,258,0 chrIV 629157 . C CT 1820.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=503.8116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.79;MQ0=0;QD=21.17;RPA=7,8;RU=T;SB=-6.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,70:86:99:1863,210,0 chrIV 629821 . C CT 2626.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.055;DP=144;FS=5.292;HaplotypeScore=446.9417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.717;QD=18.24;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.362;SB=-1.016e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,98:144:99:2669,247,0 chrIV 630669 . CTGCAA C 4832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=115.3215;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.08;MQ0=0;QD=61.95;SB=-2.133e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:78:99:4832,223,0 chrIV 630833 . GTT G 929.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=182.7945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.91;MQ0=0;MQRankSum=1.145;QD=16.91;RPA=16,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.057;SB=-2.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,29:55:96:972,96,0 chrIV 636359 . GAGGGGAAAGGGCGTCCGCAAGGGCAAGGGCA G 19870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=43.1178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.40;MQ0=0;QD=177.41;SB=-8.384e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,108:112:99:19870,318,0 chrIV 637094 . ATT A 2067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=48.4826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=25.53;RPA=12,10;RU=T;SB=-1.028e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,68:81:99:2110,192,0 chrIV 645102 . GAA G 2032.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=35.1187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.215;QD=22.84;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.336;SB=-8.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,65:89:99:2075,197,0 chrIV 645240 . TG T 1437.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=116.0775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.69;MQ0=1;QD=27.65;SB=-3.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:51:99:1480,138,0 chrIV 652241 . TC T 5727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=379.3205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;QD=32.91;SB=-2.852e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,172:174:99:5727,502,0 chrIV 652961 . CT C 1326.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=159.0255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=1;QD=18.43;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,65:71:99:1369,165,0 chrIV 654356 . ACAG A 5345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.831;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=560.2544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=1.405;QD=34.71;ReadPosRankSum=2.493;SB=-1.669e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,127:149:99:5345,343,0 chrIV 654813 . ACC A 3581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.968;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=1062.2747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.16;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=31.97;ReadPosRankSum=3.811;SB=-7.780e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,102:112:99:3581,240,0 chrIV 654816 . TTAC T 4447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.403;DP=114;FS=3.719;HaplotypeScore=986.9666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.020;QD=39.01;ReadPosRankSum=2.356;SB=-9.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,102:114:99:4447,276,0 chrIV 657549 . CTT C 3223.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=137.8510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;QD=42.41;SB=-1.292e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,70:76:99:3265,208,0 chrIV 657606 . TCA T 3001.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=296.5134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.99;MQ0=0;QD=37.52;RPA=2,1;RU=CA;SB=-1.124e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,70:80:99:3044,211,0 chrIV 657631 . TA T 2017.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=318.2568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=21.02;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,87:96:99:2060,249,0 chrIV 658113 . C CT 1035.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.140;DP=88;FS=1.738;HaplotypeScore=53.8707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=1.085;QD=11.77;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.523;SB=-5.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,32:88:66:1078,66,0 chrIV 665217 . ATT A 2761.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=205.6307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;QD=30.69;RPA=9,7;RU=T;SB=-1.364e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,82:90:99:2804,241,0 chrIV 667986 . AT A 3548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=35.0162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.25;MQ0=0;QD=34.78;SB=-1.423e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:102:99:3548,286,0 chrIV 668814 . AG A 158.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=17.56;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-6.278e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,5:9:19:200,19,0 chrIV 671243 . C CT 2470.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=304.1375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.75;MQ0=0;QD=26.01;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.149e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,88:95:99:2513,249,0 chrIV 677843 . GAA G 1709.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=173.8107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.16;MQ0=1;QD=25.15;RPA=10,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,52:66:99:1752,156,0 chrIV 678226 . G GT 1186.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.726;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=76.0248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.815;QD=15.62;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=2.060;SB=-2.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,51:76:94:1229,94,0 chrIV 680128 . CT C 1282.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=47.9906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=16.66;RPA=11,10;RU=T;SB=-4.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,61:77:99:1325,173,0 chrIV 681887 . T TCCAGTAG 4380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=157.2652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.44;MQ0=0;QD=91.25;SB=-1.134e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,41:48:99:4380,138,0 chrIV 683656 . G GT 3789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=504.3275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=24.13;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.797e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,140:157:99:3789,402,0 chrIV 683941 . T TA 2258.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=252.5535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=25.67;RPA=3,4;RU=A;SB=-9.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,83:88:99:2301,225,0 chrIV 688005 . G GA 592.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;DP=60;FS=2.722;HaplotypeScore=90.3154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.44;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=9.88;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.584;SB=-2.668e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,31:60:50:635,50,0 chrIV 688062 . C CTT 1061.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=115.1452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.20;MQ0=0;QD=18.62;RPA=14,16;RU=T;SB=-5.392e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,12:57:99:1103,127,0 chrIV 693401 . TAA T 4117 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=47.7010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;QD=34.60;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.033e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,111:118:99:4117,316,0 chrIV 694047 . G GTTA 10972 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;FS=0.000;HaplotypeScore=892.9494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.81;MQ0=0;QD=48.76;RPA=1,2;RU=TTA;SB=-4.769e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,200:225:99:10972,629,0 chrIV 694246 . A AT 3656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=1187.1941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.12;MQ0=0;QD=20.09;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.776e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,144:182:99:3656,456,0 chrIV 694249 . A ATG 6594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=888.4938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.66;MQ0=0;QD=38.12;SB=-2.938e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,146:173:99:6594,491,0 chrIV 694840 . A ACAG 7209 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.511;DP=208;FS=0.000;HaplotypeScore=655.9065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=34.66;RPA=6,7;RU=CAG;ReadPosRankSum=-0.404;SB=-3.486e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,161:208:99:7209,392,0 chrIV 703021 . AT A 3199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=1266.8572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.38;MQ0=0;QD=28.07;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.523e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,106:114:99:3242,307,0 chrIV 713187 . T TA 2418.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=315.5658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.69;MQ0=0;QD=24.94;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.174e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,88:97:99:2461,252,0 chrIV 718493 . AT A 2108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=450.5435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.08;MQ0=0;QD=23.97;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.003e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,83:88:99:2151,231,0 chrIV 718747 . TA T 2104.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=237.4976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=21.48;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.057e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,88:98:99:2147,243,0 chrIV 721179 . G GGTTGGCTTTTCA 3696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=31.1936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;QD=43.48;RPA=1,2;RU=GTTGGCTTTTCA;SB=-9.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,54:85:99:3696,153,0 chrIV 721724 . GA G 1531.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=33.7870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=20.16;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,67:76:99:1574,197,0 chrIV 722250 . TAA T 361.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=46.3770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.50;MQ0=0;QD=17.24;RPA=7,5;RU=A;SB=-1.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,14:21:36:404,36,0 chrIV 727773 . T TA 3083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=625.7408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.55;MQ0=0;QD=26.59;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.081e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,109:116:99:3126,310,0 chrIV 733497 . A ATT 1789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=73.2264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=21.83;RPA=11,13;RU=T;SB=-4.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,54:82:99:1832,173,0 chrIV 740119 . AAGCTTAGCCTTTGAAAAAACCAAAATC A 19148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=56.7134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.61;MQ0=0;QD=201.56;SB=-9.546e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,73:95:99:19148,220,0 chrIV 741945 . T TA 370.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.771;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.964;QD=14.27;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-2.599e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:30:413,30,0 chrIV 746112 . C CT 3319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=237.6237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=24.23;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.105e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,125:137:99:3319,354,0 chrIV 747085 . G GCAA 5920 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DP=189;FS=5.132;HaplotypeScore=803.0012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.461;QD=31.32;RPA=7,8;RU=CAA;ReadPosRankSum=0.824;SB=-2.384e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,133:189:99:5920,250,0 chrIV 747544 . GCAA G 8793 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.728;DP=216;FS=3.003;HaplotypeScore=2521.6268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.14;MQ0=0;MQRankSum=1.389;QD=40.71;ReadPosRankSum=5.230;SB=-4.075e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:70,145:216:99:8793,563,0 chrIV 747648 . C CGCA 6915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.795;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=553.6398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;MQRankSum=0.517;QD=36.20;RPA=5,6;RU=GCA;ReadPosRankSum=-0.464;SB=-3.031e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,144:191:99:6915,317,0 chrIV 748524 . TAAAA T 222.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=44.45;RPA=14,10;RU=A;SB=-5.275e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:264,15,0 chrIV 750901 . CT C 2882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=47.1395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=21.84;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.246e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,116:132:99:2925,318,0 chrIV 751579 . T TG 7297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=218;FS=0.000;HaplotypeScore=95.2083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=33.47;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.927e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,209:218:99:7297,602,0 chrIV 753495 . A AT 897.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=86.1355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=26.41;SB=-2.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:99:940,101,0 chrIV 757769 . GCAACGCAAATACTCA G 4292 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.367;DP=151;FS=25.117;HaplotypeScore=1267.9621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.14;MQ0=35;MQRankSum=-1.680;QD=28.42;ReadPosRankSum=2.939;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,26:81:99:4292,0,3759 chrIV 757787 . ATTGGAG A 1566.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.301;DP=140;FS=12.217;HaplotypeScore=1318.5058;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.79;MQ0=35;MQRankSum=-0.561;QD=11.19;ReadPosRankSum=4.969;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,26:65:99:1606,0,2362 chrIV 763988 . G GAA 1346.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=91.3939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=26.94;RPA=9,11;RU=A;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,40:50:99:1389,119,0 chrIV 766588 . A AT 1372.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=379.6073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.75;MQ0=0;QD=25.43;RPA=2,3;RU=T;SB=-5.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,36:54:99:1415,135,0 chrIV 770058 . GC G 4387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=518.0766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.06;MQ0=0;QD=34.82;SB=-1.936e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:126:99:4387,349,0 chrIV 770136 . CT C 1566.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.925;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=124.1523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=1.020;QD=17.03;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.546;SB=-5.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,61:92:99:1609,193,0 chrIV 781986 . CT C 2343.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.783;DP=139;FS=2.091;HaplotypeScore=71.9818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;MQRankSum=1.632;QD=16.86;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.179;SB=-1.168e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,113:139:99:2386,258,0 chrIV 791925 . CA C 864.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=58;FS=3.680;HaplotypeScore=82.4529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.743;QD=14.91;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.908;SB=-3.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,46:58:99:907,106,0 chrIV 794603 . T TG 3588 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=112.0795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;QD=25.63;RPA=4,5;RU=G;SB=-1.675e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,121:140:99:3588,346,0 chrIV 795320 . A AT 4863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=842.9090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.93;MQ0=0;QD=27.63;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.218e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,165:176:99:4863,475,0 chrIV 801680 . CTCTTCTTCTTCTTCT C 10653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=61.6660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.46;MQ0=0;QD=65.36;RPA=13,8;RU=TCT;SB=-4.712e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,106:163:99:10653,288,0 chrIV 802850 . TGAC T 1147.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.310;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=947.6884;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=24.96;ReadPosRankSum=3.849;SB=-4.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,32:46:99:1187,0,205 chrIV 802854 . TAGAGATG T 2389 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.558;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=794.8028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.78;MQ0=0;MQRankSum=0.695;QD=55.56;ReadPosRankSum=3.558;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,32:43:23:2431,23,0 chrIV 807907 . A AT 2521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=442.4063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.04;MQ0=0;QD=21.74;RPA=6,7;RU=T;SB=-7.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,98:116:99:2564,279,0 chrIV 808170 . A ATT 3605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=206.4283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;QD=28.84;RPA=9,11;RU=T;SB=-1.007e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,99:125:99:3605,316,0 chrIV 810744 . C CATCATT 7221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=158.5307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.73;MQ0=0;QD=63.90;SB=-2.859e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,108:113:99:7221,315,0 chrIV 811642 . A AG 6451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=196.1275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.87;MQ0=0;QD=35.64;SB=-1.746e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,180:181:99:6451,514,0 chrIV 811890 . CT C 1695.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.228;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.046;QD=15.56;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-7.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,86:109:99:1738,201,0 chrIV 812962 . CATATAT C 2792.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=85.2094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=66.50;RPA=9,6;RU=AT;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:42:99:2835,117,0 chrIV 813172 . CT C 2365.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=87.6481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=22.32;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.039e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,101:106:99:2408,258,0 chrIV 816631 . TA T 1129.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.926;DP=113;FS=2.626;HaplotypeScore=272.5063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.26;MQ0=0;MQRankSum=1.601;QD=10.00;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.551;SB=-4.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,63:113:99:1172,112,0 chrIV 816853 . AAGT A 5043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=39.5798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.60;MQ0=1;QD=37.92;RPA=4,3;RU=AGT;SB=-2.042e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,116:132:99:5043,325,0 chrIV 817682 . AAT A 2452.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=25.3013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=31.45;RPA=3,2;RU=AT;SB=-9.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,69:78:99:2495,193,0 chrIV 821075 . T TA 2890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=54.0811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=21.41;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.370e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,115:135:99:2933,336,0 chrIV 831689 . GA G 1243.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=16.59;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,60:75:99:1286,164,0 chrIV 831876 . T TCA 1784.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=177.7269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;MQRankSum=0.772;QD=27.46;ReadPosRankSum=1.720;SB=-6.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,47:65:99:1827,160,0 chrIV 835638 . G GA 1020.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.965;DP=117;FS=1.053;HaplotypeScore=100.3308;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.519;QD=8.73;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-5.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,58:117:99:1060,0,108 chrIV 838087 . T TAACAAG 248.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=14.8192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=41.35;RPA=1,2;RU=AACAAG;SB=-2.187e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:290,18,0 chrIV 840422 . AATATATAT A 1088.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=30.5445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=51.86;RPA=11,7;RU=AT;SB=-9.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,12:21:36:1131,36,0 chrIV 840497 . AT A 649.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=63.4216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=22.41;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:78:692,78,0 chrIV 843494 . A AT 219.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=61.1304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=9.17;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,10:24:30:262,30,0 chrIV 843550 . A AT 852.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=447.4970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=24.37;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:895,102,0 chrIV 843565 . CTTA C 2517.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=408.1510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=53.57;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:2560,135,0 chrIV 845132 . T TC 3345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=319.4102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=29.87;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.569e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,105:112:99:3345,307,0 chrIV 848341 . GT G 2287.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=90.4790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.04;MQ0=0;QD=28.25;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,73:81:99:2330,196,0 chrIV 849399 . G GTCT 3984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=212.4355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.76;MQ0=0;QD=47.43;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-1.926e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,76:84:99:3984,229,0 chrIV 851071 . CTCCCCA C 7900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=465.1184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.24;MQ0=0;QD=71.17;RPA=2,1;RU=TCCCCA;SB=-1.024e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,102:111:99:7900,304,0 chrIV 851108 . C CA 938.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=807.3416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=11.31;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.196;SB=-2.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,28:83:99:981,129,0 chrIV 854086 . AT A 1431.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=112.6813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.02;MQ0=0;QD=19.35;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,69:74:99:1474,185,0 chrIV 864990 . C CTT 276 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.508;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=111.9592;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.032;QD=11.04;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.714;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,18:25:19:315,0,19 chrIV 867984 . TA T 3378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.948;DP=189;FS=2.964;HaplotypeScore=103.0795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.70;MQ0=0;MQRankSum=2.288;QD=17.87;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-1.502e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,167:189:99:3378,419,0 chrIV 869191 . T TTAA 4399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=275.3248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.07;MQ0=0;QD=32.59;RPA=3,4;RU=TAA;SB=-1.777e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,105:135:99:4399,304,0 chrIV 870568 . G GT 2394.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=21.3151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;QD=35.75;SB=-3.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2437,181,0 chrIV 870950 . G GTT 5291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=269.7740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=28.76;RPA=9,11;RU=T;SB=-2.223e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,149:184:99:5291,474,0 chrIV 871707 . T TA 142.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=24.0406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.22;MQ0=0;QD=20.30;RPA=3,4;RU=A;SB=-9.016e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:18:184,18,0 chrIV 877876 . GT G 1235.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=139.4098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.46;MQ0=0;QD=20.26;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:49:99:1278,135,0 chrIV 879022 . T TC 60.93 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=9.06;MQ0=69;QD=0.24;RPA=2,3;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:231,16:8:9:102,9,0 chrIV 884500 . CT C 714.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=82.0504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.41;MQ0=0;QD=18.33;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:35:93:757,93,0 chrIV 886990 . A ATATATT 343.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;QD=34.32;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:10:15:385,15,0 chrIV 894993 . CA C 331.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=10.9034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=14.43;RPA=12,11;RU=A;SB=-1.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,18:23:50:374,50,0 chrIV 899051 . CT C 5700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=177.1938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=30.32;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.720e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,185:188:99:5700,505,0 chrIV 911454 . CT C 2251.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=250.1072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=18.46;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,105:122:99:2294,295,0 chrIV 914943 . AT A 3794 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=183.6779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;QD=26.35;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.484e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,141:144:99:3794,384,0 chrIV 916363 . G GTA 2535.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.017;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=42.2044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.350;QD=23.92;RPA=6,7;RU=TA;ReadPosRankSum=0.150;SB=-9.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,69:106:99:2578,157,0 chrIV 917515 . TA T 1957.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.359;DP=116;FS=2.442;HaplotypeScore=108.7112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;MQRankSum=0.728;QD=16.88;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=2.272;SB=-8.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,91:116:99:2000,226,0 chrIV 921211 . T TAACAGACAGTAATAC 8600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=360.1104;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.83;MQ0=0;QD=58.11;RPA=1,2;RU=AACAGACAGTAATAC;SB=-3.154e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:83,63:148:99:8600,178,0 chrIV 921648 . C CT 1539.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=204.9539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=24.06;RPA=5,6;RU=T;SB=-6.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,56:64:99:1582,168,0 chrIV 921813 . CAA C 620.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=274.5866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=13.50;RPA=20,18;RU=A;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,25:46:66:663,66,0 chrIV 923047 . A ACTG 4033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=552.1516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.151;QD=27.25;RPA=6,7;RU=CTG;ReadPosRankSum=0.723;SB=-1.071e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,106:148:99:4033,262,0 chrIV 924026 . T TA 3009.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.295;DP=134;FS=3.352;HaplotypeScore=254.3395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=1.033;QD=22.46;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.150;SB=-1.382e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,125:134:99:3052,333,0 chrIV 927319 . CT C 2026.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.924;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=194.7062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=1.309;QD=17.18;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.347;SB=-8.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,91:118:99:2069,243,0 chrIV 927438 . G GT 4634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.066;DP=239;FS=10.704;HaplotypeScore=81.7506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=0.758;QD=19.39;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.483;SB=-1.316e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,178:239:99:4634,498,0 chrIV 929153 . TAA T 1023.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=28.4973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.36;MQ0=0;QD=16.00;RPA=11,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,40:64:99:1066,102,0 chrIV 929184 . AT A 48.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=46.3986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=3.23;RPA=12,11;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,6:15:12:90,12,0 chrIV 929454 . GA G 1501.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.010;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.722;QD=18.10;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.299;SB=-6.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,69:83:99:1544,188,0 chrIV 930309 . T TTTGTTGTTG 3443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=25.5254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.59;MQ0=0;QD=49.19;RPA=6,9;RU=TTG;SB=-5.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,33:70:99:3443,99,0 chrIV 930813 . GAA G 3012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=36.1469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.68;MQ0=0;QD=28.69;RPA=10,8;RU=A;SB=-1.506e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,94:105:99:3055,271,0 chrIV 930964 . CATATATATAT C 8257 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=303.2057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.95;MQ0=0;QD=87.84;RPA=11,6;RU=AT;SB=-3.130e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,73:94:99:8257,223,0 chrIV 940960 . GA G 3754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.500;DP=206;FS=0.000;HaplotypeScore=632.1600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=1.204;QD=18.22;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.669;SB=-1.718e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,171:206:99:3754,470,0 chrIV 942309 . C CCAT 4797 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=181.3817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=36.90;RPA=4,5;RU=CAT;SB=-1.560e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,103:130:99:4797,307,0 chrIV 950553 . A AT 4807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=31.63;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.042e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,143:152:99:4807,394,0 chrIV 954026 . TA T 2850.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=38.1576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.39;MQ0=0;QD=25.68;SB=-1.358e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,109:111:99:2893,285,0 chrIV 955309 . AT A 5803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=526.8981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;QD=23.69;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.122e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,233:245:99:5803,648,0 chrIV 955435 . A AC 6685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=241;FS=0.000;HaplotypeScore=319.2159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=27.74;RPA=5,6;RU=C;SB=-1.943e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,206:241:99:6685,670,0 chrIV 955686 . A ATTTTTG 4001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=173.3958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.88;MQ0=0;QD=56.35;SB=-1.225e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,65:71:99:4001,174,0 chrIV 955986 . GAA G 873.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;DP=67;FS=2.673;HaplotypeScore=143.6878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=1.813;QD=13.04;RPA=16,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.454;SB=-3.399e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,40:67:61:916,61,0 chrIV 957398 . A AC 3013.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=259.7680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=24.70;RPA=5,6;RU=C;SB=-1.502e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,108:122:99:3056,306,0 chrIV 957628 . CTTTT C 2161.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=100.4419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.49;MQ0=0;QD=44.12;RPA=12,8;RU=T;SB=-4.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,40:49:99:2204,126,0 chrIV 957686 . A AT 1276.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=300.0772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.25;MQ0=0;QD=26.60;RPA=4,5;RU=T;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:48:99:1319,135,0 chrIV 964736 . GA G 2515.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=58.5124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=30.68;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.178e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,79:82:99:2558,229,0 chrIV 966520 . TA T 1039.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=737.2195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.40;MQ0=0;QD=21.22;RPA=18,17;RU=A;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,46:49:99:1082,134,0 chrIV 967966 . AT A 2386.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=209.5498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.86;MQ0=0;QD=21.70;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,103:110:99:2429,285,0 chrIV 968049 . G GTACTA 2345.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.59;MQ0=0;QD=47.88;SB=-9.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,28:49:99:2388,108,0 chrIV 977331 . ATT A 3833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=360.1309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=26.99;RPA=11,9;RU=T;SB=-1.458e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,126:142:99:3833,346,0 chrIV 979570 . TCC T 4680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=527.9534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;QD=42.94;RPA=3,1;RU=C;SB=-1.550e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,105:109:99:4680,310,0 chrIV 979794 . A AT 4403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=1173.4379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.49;MQ0=0;QD=34.67;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.258e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,121:127:99:4403,367,0 chrIV 979841 . CAT C 5110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=1555.6450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.29;MQ0=0;QD=39.31;RPA=2,1;RU=AT;SB=-2.069e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,118:130:99:5110,352,0 chrIV 980121 . AT A 3755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=414.8817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.82;MQ0=0;QD=29.11;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.270e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,118:129:99:3755,340,0 chrIV 980200 . ATT A 2610.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.547;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=326.0252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.71;MQ0=0;MQRankSum=1.224;QD=30.36;RPA=7,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.115;SB=-1.147e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,73:86:99:2653,217,0 chrIV 980211 . AT A 2016.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=450.0389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.04;MQ0=0;QD=22.92;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,75:88:99:2059,224,0 chrIV 980276 . AG A 3834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=439.2517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=34.85;SB=-1.465e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,104:110:99:3834,307,0 chrIV 980440 . C CA 4600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=547.3342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.39;MQ0=0;QD=35.38;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.129e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,122:130:99:4600,373,0 chrIV 980959 . AAT A 2614.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=488.9912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.88;MQ0=0;QD=42.87;SB=-4.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:61:99:2657,177,0 chrIV 980968 . T TA 1434.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=604.0708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.70;MQ0=0;QD=21.42;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,56:67:99:1477,159,0 chrIV 992642 . AAGTTATATTATC A 1167.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.68;MQ0=2;MQRankSum=-1.504;QD=18.83;ReadPosRankSum=-1.273;SB=-5.462e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,43:20:13:1209,13,0 chrIV 992643 . AGTTATATTATCA A 1167.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=36.5500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.49;MQ0=2;QD=19.14;SB=-5.762e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,0:19:13:1209,13,0 chrIV 992806 . T TG 3891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=279.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.83;MQ0=0;QD=27.21;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.226e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,138:120:99:3891,313,0 chrIV 993018 . GT G 2487.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=1188.9803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.75;MQ0=0;QD=22.02;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,96:113:99:2530,287,0 chrIV 994003 . C CT 954.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;DP=74;FS=2.334;HaplotypeScore=376.6489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=12.90;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.356;SB=-3.461e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,34:74:99:997,114,0 chrIV 1004000 . G GT 5653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=191.5240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=35.78;SB=-2.452e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,156:158:99:5653,448,0 chrIV 1005567 . TG T 7227 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=222;FS=0.000;HaplotypeScore=266.2918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=32.55;RPA=2,1;RU=G;SB=-3.479e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,206:222:99:7227,599,0 chrIV 1009957 . G GTT 5162 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=456.2920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;QD=40.33;RPA=2,4;RU=T;SB=-9.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,124:128:99:5162,364,0 chrIV 1010893 . G GAAAAA 2791.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.612;DP=211;FS=14.375;HaplotypeScore=1559.6144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.68;MQ0=0;MQRankSum=3.920;QD=13.23;ReadPosRankSum=-2.692;SB=-1.299e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,67:211:99:2831,0,8636 chrIV 1012110 . A AT,ATT 663.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=147.4274;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=44.56;MQ0=0;QD=13.55;RPA=11,12,13;RU=T;SB=-2.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:18,15,13:47:99:742,334,253,243,0,182 chrIV 1013843 . G GCACCTATGC 12254 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=46.0325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.29;MQ0=0;QD=94.99;SB=-4.710e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,103:129:99:12254,337,0 chrIV 1013977 . TC T 5163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=609.6626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;QD=26.08;RPA=9,8;RU=C;SB=-2.112e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,186:198:99:5163,541,0 chrIV 1015989 . GAAAA G 2521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=99.5358;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=36.55;RPA=15,11;RU=A;SB=-7.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,49:69:99:2564,159,0 chrIV 1016332 . CT C 2369.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=147.7956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=21.35;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.078e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,102:111:99:2412,285,0 chrIV 1016710 . TCC T 2456.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=206.2850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.62;MQ0=0;QD=31.10;RPA=10,8;RU=C;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,73:79:99:2499,199,0 chrIV 1016749 . A AACTTATCACTTGTAAATACCAATG 8834 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=254.5517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.35;MQ0=0;QD=173.22;SB=-1.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,16:51:99:8834,135,0 chrIV 1016893 . T TTA 800.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=66.7853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.485;QD=25.03;RPA=6,7;RU=TA;ReadPosRankSum=-1.317;SB=-1.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,24:32:39:843,39,0 chrIV 1018591 . TG T 2495.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=590.8534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.71;MQ0=0;QD=30.81;SB=-8.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:81:99:2538,226,0 chrIV 1018738 . C CT 1121.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=549.2669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.53;MQ0=0;QD=18.70;RPA=8,9;RU=T;SB=-4.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,46:60:99:1164,135,0 chrIV 1020648 . G GT 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=475.6591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=22.77;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.507e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,130:142:99:3277,375,0 chrIV 1021881 . G GA 1656.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=22.3312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=23.01;RPA=6,7;RU=A;SB=-6.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,65:72:99:1699,186,0 chrIV 1030406 . G GT 4664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=455.1545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=37.02;SB=-2.300e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:126:99:4664,373,0 chrIV 1035649 . CA C 6091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=1084.7664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.12;MQ0=0;QD=32.75;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.535e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,177:186:99:6091,514,0 chrIV 1038649 . GTCATCA G 11641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;FS=0.000;HaplotypeScore=405.9893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.05;MQ0=0;QD=51.74;RPA=10,8;RU=TCA;SB=-5.358e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,174:225:99:11641,511,0 chrIV 1039639 . CTT C 2569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=29.1392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=31.73;RPA=5,3;RU=T;SB=-7.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,71:81:99:2612,202,0 chrIV 1043123 . T TAC 4807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=593.0310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.87;MQ0=0;QD=36.69;SB=-1.960e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,121:131:99:4807,337,0 chrIV 1052356 . AT A 2491.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=30.7660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;QD=22.86;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.189e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,101:109:99:2534,282,0 chrIV 1054847 . A AT 598.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;DP=44;FS=3.485;HaplotypeScore=110.1302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.040;QD=13.61;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.502;SB=-2.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,31:44:76:641,76,0 chrIV 1055183 . C CA 3295 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.563;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=535.6349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=24.41;ReadPosRankSum=1.535;SB=-1.408e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,120:135:99:3295,361,0 chrIV 1056079 . GCTGCTGCTGCCGCTGCTA G 12675 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=452.5393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.90;MQ0=0;QD=101.40;SB=-3.877e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,95:125:99:12675,271,0 chrIV 1057884 . T TC 840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=39.1587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.31;MQ0=0;QD=24.03;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,28:35:86:883,86,0 chrIV 1057929 . AT A 629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.110;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=38.6776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=0.769;QD=15.36;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.842;SB=-4.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:41:59:672,59,0 chrIV 1073672 . A AC 4784 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=1020.3189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.56;MQ0=0;QD=36.24;SB=-1.604e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:132:99:4784,373,0 chrIV 1075372 . GA G 2025.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=679.0016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.31;MQ0=0;QD=21.10;RPA=6,5;RU=A;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,81:96:99:2068,231,0 chrIV 1075461 . G GA 3012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=368.6047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=0;QD=23.00;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.502e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,113:131:99:3055,333,0 chrIV 1075856 . T TC 2453.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=438.8281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=27.57;SB=-1.026e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,25:89:99:2496,255,0 chrIV 1075858 . AC A 2185.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=471.0927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.00;MQ0=0;QD=24.29;SB=-8.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:67,23:90:99:2228,258,0 chrIV 1078881 . G GA 1289.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=101.3259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.34;RPA=6,7;RU=A;SB=-6.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:53:99:1332,144,0 chrIV 1079010 . ATTT A 1800.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=259.7336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.12;MQ0=1;QD=23.68;RPA=20,17;RU=T;SB=-5.591e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,41:75:99:1842,144,0 chrIV 1081067 . A AT 842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=185.4065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.78;MQ0=0;QD=13.60;RPA=9,10;RU=T;SB=-4.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,48:62:99:885,105,0 chrIV 1084535 . AAT A 2896.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=185.7854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.924;QD=24.14;ReadPosRankSum=0.731;SB=-1.138e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,52:119:99:2939,199,0 chrIV 1084685 . GAA G 3602 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.926;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=62.2029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.099;QD=23.09;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.992;SB=-1.721e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,115:156:99:3602,350,0 chrIV 1087309 . GT G 5211 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=1090.4781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.64;MQ0=0;QD=34.97;SB=-2.477e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:149:99:5211,409,0 chrIV 1089128 . G GA 535.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.79;MQ0=0;QD=17.29;RPA=7,8;RU=A;SB=-5.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:31:66:578,66,0 chrIV 1090113 . GAAAA G 4669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;DP=123;FS=6.633;HaplotypeScore=1245.0562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.822;QD=37.96;RPA=17,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.356;SB=-2.166e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,89:123:99:4669,277,0 chrIV 1092650 . G GAAA 2860.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=84.4620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.783;QD=30.44;RPA=10,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.593;SB=-1.169e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,66:94:99:2903,210,0 chrIV 1095562 . GA G 920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=95.4369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.41;MQ0=0;QD=31.76;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87:963,87,0 chrIV 1101983 . C CT 447.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.032;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=145.1567;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.416;QD=9.53;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.129;SB=-2.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:47:99:487,0,106 chrIV 1105909 . AT A 670.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.915;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=102.9708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=0.620;QD=10.01;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.030;SB=-1.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,33:67:80:713,80,0 chrIV 1108511 . T TC 6653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=862.9643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;QD=35.20;SB=-3.135e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,179:189:99:6653,518,0 chrIV 1108600 . GAAA G 3160.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=154.3139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=1.656;QD=21.80;RPA=16,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.401e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,69:145:99:3203,258,0 chrIV 1109980 . C CT 1510.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=128.5424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=27.98;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,46:54:99:1553,138,0 chrIV 1110188 . GA G 352.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=55.6823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=25.21;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:39:395,39,0 chrIV 1111863 . AT A 1609.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=187.4709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;QD=19.63;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,70:82:99:1652,195,0 chrIV 1111980 . CCTATTTATGTTGAAGCTT C 9213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=164.9958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.13;MQ0=0;QD=112.35;RPA=2,1;RU=CTATTTATGTTGAAGCTT;SB=-3.456e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,54:82:99:9213,159,0 chrIV 1120526 . A AAAAGAAATAAGATCT 1306.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=3.9716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.00;MQ0=0;QD=93.36;SB=-1.879e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,9:14:27:1349,27,0 chrIV 1125275 . TAA T 7350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=242.8007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.42;MQ0=0;QD=41.06;RPA=3,1;RU=A;SB=-2.391e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,173:179:99:7350,488,0 chrIV 1126223 . CTA C 2841.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=304.1417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=23.68;RPA=7,6;RU=TA;SB=-9.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,83:120:99:2884,249,0 chrIV 1130837 . A AT 603.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=12.1790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=16.32;RPA=8,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,28:37:75:646,75,0 chrIV 1135519 . AT A 3190.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=38.5194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=25.94;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,120:123:99:3233,342,0 chrIV 1135619 . A AT 1193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.613;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=55.7188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.015;QD=13.42;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.347;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,48:89:99:1236,111,0 chrIV 1135689 . GA G 1311.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=70.4721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=16.20;RPA=12,11;RU=A;SB=-5.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,64:81:99:1354,181,0 chrIV 1147231 . 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CT C 1163.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=150.3264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.43;MQ0=0;QD=14.73;RPA=11,10;RU=T;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,58:79:99:1206,163,0 chrIV 1156457 . TAA T 2266.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=239.8238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.41;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=23.61;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.626;SB=-9.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,76:96:99:2309,212,0 chrIV 1156518 . T TA 1616.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=110;FS=7.920;HaplotypeScore=166.6453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.777;QD=14.70;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.854;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,72:110:99:1659,123,0 chrIV 1156743 . T TG 3183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=266.0237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.67;MQ0=0;QD=29.48;RPA=3,4;RU=G;SB=-8.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,102:108:99:3226,292,0 chrIV 1156939 . G GT 886.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=209.7347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.33;MQ0=0;QD=20.63;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,29:43:96:929,96,0 chrIV 1156989 . A ATTCCATT 3655 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=175.9671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.57;MQ0=0;QD=83.07;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,35:44:99:3655,120,0 chrIV 1157128 . AC A 2138.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=469.9679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.52;MQ0=0;QD=29.30;SB=-3.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:73:99:2181,207,0 chrIV 1157318 . C CA 3700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=426.2460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.87;MQ0=0;QD=33.94;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.728e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,100:109:99:3700,298,0 chrIV 1157818 . CA C 2294.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=225.6102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=19.29;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.152e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,105:119:99:2337,287,0 chrIV 1159294 . T TC 1835.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=392.6705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.55;MQ0=0;QD=28.69;SB=-1.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:64:99:1878,162,0 chrIV 1159336 . C CT 125.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=168.5345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.98;MQ0=0;QD=8.93;RPA=9,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,6:14:21:167,21,0 chrIV 1159346 . C CCTA 286.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=111.0978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.78;MQ0=0;QD=35.75;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,6:8:21:328,21,0 chrIV 1161342 . AC A 228.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=294.6956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.12;MQ0=13;QD=9.96;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,7:10:27:271,27,0 chrIV 1161352 . T TAG 387.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=285.0741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.39;MQ0=13;QD=14.92;SB=-4.198e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,8:13:30:430,30,0 chrIV 1161363 . TC T 1005.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=300.6741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.35;MQ0=14;QD=20.53;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,23:33:96:1048,96,0 chrIV 1161404 . G GT 1967.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=386.2329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.15;MQ0=4;QD=24.00;RPA=7,8;RU=T;SB=-9.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:76:99:2010,222,0 chrIV 1161612 . T TCTCAATA 6204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=406.1175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.35;MQ0=0;QD=73.86;SB=-3.057e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,55:84:99:6204,220,0 chrIV 1161763 . C CT 3851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=447.3348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.87;MQ0=0;QD=26.74;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.181e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,138:144:99:3851,406,0 chrIV 1162494 . ATGGTTGG A 8890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=376.2194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.44;MQ0=0;QD=72.87;RPA=2,1;RU=TGGTTGG;SB=-3.648e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,106:122:99:8890,304,0 chrIV 1162780 . C CA 1507.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=312.2505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.20;MQ0=0;QD=26.00;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,49:58:99:1550,150,0 chrIV 1163373 . C CG 5801 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=218;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1820.3325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.80;MQ0=1;QD=26.61;SB=-2.282e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,175:215:99:5801,618,0 chrIV 1163378 . AC A 4803 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.780;DP=211;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1884.9823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.60;MQ0=1;MQRankSum=0.564;QD=22.76;ReadPosRankSum=2.892;SB=-1.662e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,177:208:99:4803,574,0 chrIV 1164027 . C CAG 1944.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.024;DP=246;DS;FS=177.889;HaplotypeScore=2070.6653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.40;MQ0=0;MQRankSum=-11.295;QD=7.91;ReadPosRankSum=2.246;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,65:246:99:1984,0,6903 chrIV 1164029 . AAG A 1554.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.738;DP=241;DS;FS=166.388;HaplotypeScore=1944.5682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.05;MQ0=0;MQRankSum=-11.165;QD=6.45;ReadPosRankSum=3.875;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:173,65:241:99:1594,0,7331 chrIV 1164783 . AG A 1560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=392.7944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.65;MQ0=0;QD=21.09;SB=-4.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,63:74:99:1603,197,0 chrIV 1165271 . CAAG C 5503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=635.1968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.62;MQ0=0;QD=47.44;RPA=2,1;RU=AAG;SB=-1.746e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,112:116:99:5503,331,0 chrIV 1165350 . AT A 1586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=243.1906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=18.03;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,72:88:99:1629,201,0 chrIV 1165481 . T TCG 4047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=166.7760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.26;MQ0=0;QD=45.47;SB=-1.788e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,84:89:99:4047,265,0 chrIV 1166069 . TA T 1493.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.883;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=315.7912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.033;QD=22.64;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.144;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,51:66:99:1536,156,0 chrIV 1166609 . G GT 2689.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=745.7331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.30;MQ0=0;QD=20.85;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.030e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,101:129:99:2732,309,0 chrIV 1166960 . 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TA T 1805.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=43.8742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=15.44;RPA=11,10;RU=A;SB=-8.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,80:117:99:1848,241,0 chrIV 1174994 . CT C 3944 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=781.4351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.54;MQ0=0;QD=28.79;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.857e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,127:134:99:3944,364,0 chrIV 1175627 . TCA T 1238.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=575.6893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=39.97;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:90:1281,90,0 chrIV 1175635 . CA C 539.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=638.3612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=18.00;ReadPosRankSum=-0.231;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:84:582,84,0 chrIV 1175638 . C CATA 1201.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=572.4445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=40.07;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90:1244,90,0 chrIV 1189684 . GA G 2617.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=231.1613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=30.09;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.299e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,85:87:99:2660,238,0 chrIV 1189983 . TAA T 1358.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=187.3160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=25.17;RPA=6,4;RU=A;SB=-5.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,48:54:99:1401,114,0 chrIV 1196605 . C CA 2190.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.524;DP=114;FS=1.896;HaplotypeScore=481.5048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.180;QD=19.22;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=-0.303;SB=-8.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,94:114:99:2233,232,0 chrIV 1201847 . A AT 1795.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=300.5166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=20.88;RPA=8,9;RU=T;SB=-6.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,67:86:99:1838,213,0 chrIV 1201894 . TA T 2283.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=300.0165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=23.07;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,92:99:99:2326,252,0 chrIV 1212811 . A AG 1005.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=13.6663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=23.95;RPA=3,4;RU=G;SB=-1.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:42:99:1048,102,0 chrIV 1219117 . G GC 5089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=409.7481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=35.34;SB=-2.403e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,142:144:99:5089,409,0 chrIV 1222748 . TC T 1421.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.692;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=205.6707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.094;QD=15.98;ReadPosRankSum=-1.178;SB=-6.240e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,69:89:99:1464,174,0 chrIV 1224558 . ATATATG A 407.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.55;MQ0=0;QD=50.88;SB=-8.193e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:21:449,21,0 chrIV 1228584 . GA G 3903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=38.8525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;QD=30.49;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.413e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,124:128:99:3903,346,0 chrIV 1228938 . GA G 3430 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=74.1208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=25.98;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.104e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,122:132:99:3430,343,0 chrIV 1233186 . AG A 2501.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=227.9940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=27.20;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:2544,259,0 chrIV 1233618 . GTTAA G 6636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=1004.6459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.44;MQ0=0;QD=49.89;RPA=3,2;RU=TTAA;SB=-3.302e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,119:133:99:6636,358,0 chrIV 1236427 . T TTTAG 6299 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=375.9526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=52.93;RPA=1,2;RU=TTAG;SB=-2.554e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,95:119:99:6299,316,0 chrIV 1236438 . G GTT 4015 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=644.8188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.26;MQ0=0;QD=34.03;RPA=7,9;RU=T;SB=-1.657e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,109:118:99:4015,331,0 chrIV 1237589 . C CT 448.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=18.6422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.351;QD=12.13;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.851;SB=-2.278e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,19:37:30:491,30,0 chrIV 1239031 . AATATATATATATAT A 367.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=9.4604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=22.95;RPA=15,8;RU=AT;SB=-3.375e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,6:16:15:409,15,0 chrIV 1240970 . AAAAG A 2922.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=325.7418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.13;MQ0=0;QD=48.72;SB=-4.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,41:60:99:2965,165,0 chrIV 1241111 . GA G 469.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=36.0526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.901;QD=13.82;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.624;SB=-2.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,27:34:53:512,53,0 chrIV 1241185 . GT G 1911.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=46.9249;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=23.04;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,79:83:99:1954,210,0 chrIV 1242276 . GAA G 2930.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=225.8457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.243;QD=24.02;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.017;SB=-1.285e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,100:122:99:2973,256,0 chrIV 1248021 . GA G 649.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=13.9370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.57;RPA=6,5;RU=A;SB=-2.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,33:37:78:692,78,0 chrIV 1248091 . CA C 2350.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=28.9178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;QD=29.39;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:2393,211,0 chrIV 1251240 . CTGCTGCTGCTGTTGGTACTGCTGCTGG C 22050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=228;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=276.1041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.98;MQ0=0;QD=96.71;SB=-1.018e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:76,147:228:99:22050,424,0 chrIV 1252244 . A AG 2709.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=26.7830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.40;MQ0=0;QD=32.26;SB=-1.365e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:84:99:2752,223,0 chrIV 1254534 . AT A 889.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.256;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=175.8352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.235;QD=10.35;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.667;SB=-2.766e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,48:86:78:932,78,0 chrIV 1263120 . C CT 1563.38 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.237;DP=107;FS=4.162;HaplotypeScore=68.0370;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.31;MQ0=0;MQRankSum=0.775;QD=14.61;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.962;SB=-5.854e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,81:107:7:1602,0,7 chrIV 1272102 . CT C 1121.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;DP=71;FS=7.104;HaplotypeScore=193.3665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=1.479;QD=15.80;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.949;SB=-4.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,57:71:99:1164,115,0 chrIV 1274074 . G GA 2538.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=47.2435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.05;MQ0=0;QD=20.98;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.260e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,105:121:99:2581,282,0 chrIV 1276579 . C CAGTT 7389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=210.1235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.62;MQ0=0;QD=56.84;RPA=1,2;RU=AGTT;SB=-3.135e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,117:130:99:7389,358,0 chrIV 1277186 . AT A 3462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=33.5134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=30.10;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.452e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,110:115:99:3462,319,0 chrIV 1278545 . 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CAA C 6171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=308.4913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=41.98;RPA=3,1;RU=A;SB=-1.497e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,144:147:99:6171,418,0 chrIV 1305403 . TAATG T 4106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=357.2655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=53.32;RPA=2,1;RU=AATG;SB=-1.623e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,71:77:99:4106,211,0 chrIV 1305680 . TG T 2026.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=231.6634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.49;MQ0=0;QD=30.25;RPA=2,1;RU=G;SB=-7.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:65:99:2069,186,0 chrIV 1315228 . C CAAA 2292.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=241.6396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=25.48;RPA=10,13;RU=A;SB=-9.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,53:90:99:2335,187,0 chrIV 1330230 . G GT 2001.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=21.2600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=29.44;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:68:99:2044,187,0 chrIV 1330454 . AT A 2294.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=33.5175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.79;MQ0=0;QD=21.45;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.068e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,104:107:99:2337,282,0 chrIV 1330700 . C CT 3558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=150.2310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=33.25;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.648e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:107:99:3558,301,0 chrIV 1334562 . TA T 4409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=143.1341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=35.56;SB=-1.069e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,120:124:99:4409,346,0 chrIV 1338120 . GC G 5154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=195;FS=0.000;HaplotypeScore=329.1058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=26.43;RPA=7,6;RU=C;SB=-1.046e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,186:195:99:5154,529,0 chrIV 1339443 . AT A 2047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=113.7343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=22.26;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,86:92:99:2090,225,0 chrIV 1340778 . AT A 1676.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=79.6773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=17.47;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,78:96:99:1719,213,0 chrIV 1341051 . AGTTATCGTAAAC A 5752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=210.2361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.76;MQ0=0;QD=62.52;RPA=2,1;RU=GTTATCGTAAAC;SB=-1.717e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,57:92:99:5752,165,0 chrIV 1341639 . AC A 1664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=836.3037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.84;MQ0=0;QD=22.81;SB=-2.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:73:99:1707,162,0 chrIV 1341641 . TCCCCCCCCC T 5497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=351.5681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.54;MQ0=0;QD=105.71;RPA=11,2;RU=C;SB=-6.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:5497,157,0 chrIV 1345379 . C CA 4734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=78.4592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.05;MQ0=0;QD=38.49;SB=-8.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:123:99:4734,340,0 chrIV 1346537 . CTGCTGT C 6481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=84.9479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=47.31;RPA=4,3;RU=TGCTGT;SB=-2.668e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,100:137:99:6481,295,0 chrIV 1352454 . TAA T 2655.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=34.3501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.19;MQ0=0;QD=27.10;RPA=8,6;RU=A;SB=-9.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,87:98:99:2698,238,0 chrIV 1352723 . GAC G 379.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=400.6987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.27;MQ0=28;QD=9.50;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,11:11:33:422,33,0 chrIV 1352728 . A AT 288.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=409.8189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.09;MQ0=29;QD=7.05;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,11:11:33:331,33,0 chrIV 1352733 . A AT 282.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=410.4502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=14.56;MQ0=32;QD=6.43;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,11:11:33:325,33,0 chrIV 1352752 . A AT 401.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=659.0269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.40;MQ0=32;QD=8.04;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,14:18:42:444,42,0 chrIV 1352757 . TG T 230.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=580.0429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.74;MQ0=34;QD=4.53;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,11:17:24:273,24,0 chrIV 1352794 . TC T 218.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=176.4477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.13;MQ0=33;QD=5.45;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,7:7:21:260,21,0 chrIV 1353681 . TC T 3990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=675.5612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.84;MQ0=0;QD=36.61;SB=-1.962e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,103:109:99:3990,313,0 chrIV 1353718 . T TC 3815 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=514.6019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.72;MQ0=0;QD=30.28;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.277e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,114:126:99:3815,337,0 chrIV 1355853 . AT A 2888.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=27.00;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.394e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,105:107:99:2931,298,0 chrIV 1359411 . A AT 1930.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=92;FS=3.550;HaplotypeScore=170.0642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.192;QD=20.99;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.517;SB=-8.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,81:92:99:1973,207,0 chrIV 1359872 . GT G 3986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=336.0166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;QD=25.55;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.804e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,150:156:99:3986,429,0 chrIV 1365705 . CA C 2832.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=298.8671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;QD=23.81;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.070e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,111:119:99:2875,321,0 chrIV 1379771 . C CT 1488.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.251;DP=86;FS=1.801;HaplotypeScore=272.4511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=0.784;QD=17.31;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.436;SB=-5.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,65:86:73:1531,73,0 chrIV 1383592 . G GAA 3366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=134.3549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=27.37;RPA=9,11;RU=A;SB=-1.086e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,100:123:99:3366,294,0 chrIV 1385147 . C CA 2510.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=225.8560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=26.16;RPA=4,5;RU=A;SB=-8.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,91:96:99:2553,261,0 chrIV 1385310 . C CT 2263.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=251.8328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=33.79;RPA=1,2;RU=T;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,62:67:99:2306,192,0 chrIV 1385858 . T TC 4928 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=374.3196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=29.51;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.677e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,158:167:99:4928,460,0 chrIV 1385998 . T TTAATA 8177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=532.2255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.19;MQ0=0;QD=51.11;RPA=1,2;RU=TAATA;SB=-2.984e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,111:157:99:8177,355,0 chrIV 1386670 . T TTTC 5231 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=567.2679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.47;MQ0=0;QD=44.71;SB=-2.200e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,92:117:99:5231,315,0 chrIV 1386697 . G GA 2249.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=771.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.479;QD=17.31;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.548;SB=-9.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,101:130:99:2292,257,0 chrIV 1388815 . A AT 1324.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.976;DP=94;FS=1.922;HaplotypeScore=247.3906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.500;QD=14.10;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.576;SB=-5.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,30:94:84:1367,84,0 chrIV 1388828 . TA T 1814.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=207.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.70;MQ0=0;QD=19.31;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,41:94:99:1857,239,0 chrIV 1398960 . CA C 2942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=181.7431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=20.73;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.094e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,122:142:99:2985,359,0 chrIV 1399551 . A AT 1262.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=15.9127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=23.39;RPA=2,3;RU=T;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,42:54:99:1305,123,0 chrIV 1399679 . TA T 925.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=101.1929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;QD=17.47;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,45:53:99:968,120,0 chrIV 1400688 . T TCTC 6932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=367.0065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=41.02;RPA=1,2;RU=CTC;SB=-2.307e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,152:169:99:6932,445,0 chrIV 1401450 . A AC 3728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=312.6510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=27.41;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.127e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,126:136:99:3728,363,0 chrIV 1402036 . A AT 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=44.7462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.01;MQ0=0;QD=26.29;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.152e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,116:123:99:3276,325,0 chrIV 1402821 . TC T 3115.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=570.8335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.697;QD=28.85;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=0.589;SB=-1.540e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,91:108:99:3158,296,0 chrIV 1406435 . CA C 4958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=308.3652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;QD=34.67;SB=-2.327e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,136:143:99:4958,388,0 chrIV 1407458 . G GA 4399 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=457.8610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.60;MQ0=0;QD=33.33;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.031e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:132:99:4399,361,0 chrIV 1410138 . A AT 3774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=448.2786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=29.95;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,113:126:99:3774,346,0 chrIV 1410189 . GAA G 5752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=256.8025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=44.94;SB=-2.307e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,123:128:99:5752,355,0 chrIV 1411627 . A AT 2223.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=512.5442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=19.51;RPA=7,8;RU=T;SB=-9.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,88:114:99:2266,255,0 chrIV 1411873 . CA C 4364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=242.3183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=26.94;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.949e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,152:162:99:4364,439,0 chrIV 1412326 . GT G 2453.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=244.1223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;QD=19.32;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,110:127:99:2496,308,0 chrIV 1418469 . CATATATAT C 655.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=23.43;RPA=11,7;RU=AT;SB=-2.119e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,11:28:27:698,27,0 chrIV 1420281 . T TA 6364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=63.2916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=32.47;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,178:196:99:6364,533,0 chrIV 1421025 . G GAA 2637.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=102.6711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.73;MQ0=0;QD=21.98;RPA=10,12;RU=A;SB=-1.104e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,82:120:99:2680,248,0 chrIV 1424802 . T TTATA 4584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=480.7420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.43;MQ0=0;QD=54.57;RPA=3,5;RU=TA;SB=-1.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,78:84:99:4584,232,0 chrIV 1428338 . G GA 3113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=568.9563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;QD=25.52;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.211e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,113:122:99:3156,322,0 chrIV 1429311 . GTTT G 8558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=950.4542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.31;MQ0=0;QD=44.11;RPA=7,4;RU=T;SB=-3.255e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,177:194:99:8558,509,0 chrIV 1441176 . CA C 3027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=1054.3622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.66;MQ0=0;QD=23.29;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.240e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,124:130:99:3070,357,0 chrIV 1443639 . A ATTT 952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=175.6744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.60;MQ0=0;QD=26.47;RPA=3,6;RU=T;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,27:36:82:995,82,0 chrIV 1447521 . T TAA 951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=310.3746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.61;MQ0=0;QD=19.04;RPA=10,12;RU=A;SB=-7.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,24:50:94:994,94,0 chrIV 1451259 . GT G 1201.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.750;DP=80;FS=2.609;HaplotypeScore=33.3311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=15.02;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.450;SB=-4.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,62:80:99:1244,105,0 chrIV 1456448 . GA G 1249.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=163.4784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;QD=23.58;RPA=7,6;RU=A;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,50:53:99:1292,147,0 chrIV 1456555 . T TA 949.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=61.7704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=22.62;RPA=7,8;RU=A;SB=-4.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,38:42:99:992,111,0 chrIV 1462852 . T TTTTTTCTTGATCTTCTTGGCCTTC 16916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=358.8651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.01;MQ0=0;QD=143.36;SB=-6.880e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,61:118:99:16916,295,0 chrIV 1466418 . GTT G 404.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.700;DP=52;FS=17.910;HaplotypeScore=114.5260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=7.79;RPA=17,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.700;SB=-1.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:52:47:444,0,47 chrIV 1468506 . C CAA,CAAA 1943.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=122.8057;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.43;MQ0=0;QD=20.90;RPA=13,15,16;RU=A;SB=-8.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:50,25,8:93:99:2022,467,258,641,0,488 chrIV 1468657 . CA C 1857.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=255.3582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;QD=24.45;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,71:76:99:1900,210,0 chrIV 1469095 . A AAG 6668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=142.6166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.99;MQ0=0;QD=34.02;SB=-1.713e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,181:196:99:6668,484,0 chrIV 1469929 . GA G 1758.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=197.1913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=21.45;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:1801,216,0 chrIV 1470478 . T TAA 2385.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=129.7054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.279;QD=20.57;RPA=11,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.072e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,75:116:99:2428,213,0 chrIV 1470991 . C CT 3680 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=34.4251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=32.86;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.227e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,108:112:99:3680,304,0 chrIV 1471484 . C CAT 545.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=109.5756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=18.20;RPA=5,6;RU=AT;SB=-2.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,16:30:48:588,48,0 chrIV 1474784 . ATTTT A 638.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.369;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=61.9905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.93;MQ0=0;MQRankSum=0.639;QD=18.79;RPA=17,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.639;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,14:34:35:681,35,0 chrIV 1478129 . C CCCTGTT 8674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=56.9430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=55.25;RPA=3,4;RU=CCTGTT;SB=-3.198e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,125:157:99:8674,361,0 chrIV 1478581 . C CTCTCTTTTTCAAAGGCACGCA 9594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=19.4034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.27;MQ0=0;QD=191.88;SB=-1.201e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:50:99:9594,144,0 chrIV 1483402 . ATTT A 6245 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=329.2273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=46.60;RPA=7,4;RU=T;SB=-1.956e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,129:134:99:6245,386,0 chrIV 1487384 . CA C 1083.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;DP=69;FS=5.924;HaplotypeScore=91.1445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=-2.055;QD=15.71;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.411;SB=-5.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,54:69:99:1126,108,0 chrIV 1489201 . TA T 1439.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=114.7087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=23.23;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,53:62:99:1482,153,0 chrIV 1489434 . AT A 428.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;QD=16.50;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,20:26:57:471,57,0 chrIV 1490210 . GA G 3334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=233.3719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.08;MQ0=0;QD=23.99;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.280e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,131:139:99:3334,354,0 chrIV 1490904 . CT C 1376.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=152.5000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=17.00;RPA=9,8;RU=T;SB=-3.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,72:81:99:1419,179,0 chrIV 1492428 . AAT A 4854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=41.0784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=38.52;SB=-2.064e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,121:126:99:4854,334,0 chrIV 1492673 . TATTA T 4244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=30.0796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=48.23;RPA=2,1;RU=ATTA;SB=-1.704e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,80:88:99:4244,223,0 chrIV 1492990 . C CA 3051.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=223.8785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;QD=22.44;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.245e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,112:136:99:3094,345,0 chrIV 1493077 . AT A 4074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=714.7562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.86;MQ0=0;QD=30.18;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.481e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,120:135:99:4074,355,0 chrIV 1494413 . C CAA 692.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=24.5688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=14.14;RPA=15,17;RU=A;SB=-2.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,25:49:93:735,93,0 chrIV 1496153 . TTA T 3486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=289.9344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=31.69;SB=-6.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,105:110:99:3486,293,0 chrIV 1501055 . G GA 1055.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.975;DP=92;FS=3.090;HaplotypeScore=89.9632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.785;QD=11.48;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.166;SB=-5.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,54:92:99:1098,109,0 chrIV 1503843 . G GAAA 6150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.442;DP=123;FS=2.531;HaplotypeScore=680.8697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.55;MQ0=0;MQRankSum=0.649;QD=50.00;ReadPosRankSum=2.397;SB=-1.668e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,98:123:99:6150,270,0 chrIV 1504226 . GGCA G 624.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=163.1418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.18;MQ0=0;QD=11.36;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,12:36:36:667,36,0 chrIV 1505479 . C CT 1779.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=47.2444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=21.19;RPA=7,8;RU=T;SB=-6.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,68:84:99:1822,204,0 chrIV 1505853 . AT A 3735 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=56.4192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=30.37;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.514e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,118:123:99:3735,343,0 chrIV 1506887 . GA G 3569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=78.8576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=23.33;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.439e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,141:153:99:3569,381,0 chrIV 1512956 . GA G 7830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=218;FS=0.000;HaplotypeScore=439.4530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;QD=35.92;SB=-3.663e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,211:218:99:7830,605,0 chrIV 1514595 . C CA 3323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=504.3796;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=26.17;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.455e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,119:127:99:3323,348,0 chrIV 1515034 . TA T 2268.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;DP=122;FS=8.985;HaplotypeScore=280.4802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;MQRankSum=0.894;QD=18.60;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.521;SB=-7.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,99:121:99:2311,265,0 chrIV 1515941 . A AATAG 7681 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=449.5298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.31;MQ0=0;QD=58.63;SB=-2.592e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,116:131:99:7681,373,0 chrIV 1516639 . A AT 4324 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=702.5737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=1.471;QD=25.59;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.665;SB=-1.976e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,162:169:99:4324,465,0 chrIV 1517102 . GA G 1157.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=138.4640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=22.71;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1200,144,0 chrIV 1517858 . G GA 1162.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=21.0829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.30;MQ0=0;QD=22.36;RPA=8,9;RU=A;SB=-2.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:52:99:1205,138,0 chrIV 1521818 . C CA 1512.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.482;DP=116;FS=1.825;HaplotypeScore=183.7492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.634;QD=13.04;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.021;SB=-5.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,69:116:99:1555,110,0 chrIV 1523946 . A AT 197.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.423;DP=55;FS=4.393;HaplotypeScore=56.0579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.50;MQ0=1;MQRankSum=-0.158;QD=3.60;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.423;SB=-7.370e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,47:14:6:238,6,0 chrIV 1524111 . T TTG 477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=250.0604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.18;MQ0=1;QD=19.12;RPA=1,2;RU=TG;SB=-4.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:15:42:520,42,0 chrIV 1524922 . GA G 941.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.980;DP=90;FS=1.779;HaplotypeScore=846.5870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.49;MQ0=6;MQRankSum=-0.106;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.242;SB=-2.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,27:58:99:981,0,208 chrIV 1524923 . AG A 928.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.826;DP=89;FS=1.776;HaplotypeScore=836.8804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.41;MQ0=6;MQRankSum=-0.345;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.523;SB=-1.040e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:57:99:968,0,361 chrIV 1525047 . G GT 163.38 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.452;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=541.3206;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.69;MQ0=0;MQRankSum=1.639;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.702;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:18:7:202,0,7 chrIV 1525050 . T TAGTGGTGGTGGTA 938.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.524;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=376.5836;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.61;MQ0=0;MQRankSum=1.670;QD=44.71;ReadPosRankSum=0.533;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:15:99:978,0,139 chrIV 1525108 . AG A 302.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=287.1957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.77;MQ0=0;QD=25.25;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:12:27:345,27,0 chrIV 1525117 . TA T 169.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=289.2932;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.29;MQ0=0;MQRankSum=2.383;QD=15.45;ReadPosRankSum=-0.633;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:209,0,128 chrIV 1525146 . G GTGGATGGTA 990.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=231.1509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.77;MQ0=0;QD=82.58;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,7:12:33:1033,33,0 chrIV 1525149 . G GGA 286.14 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.791;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=246.3080;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.158;QD=26.01;ReadPosRankSum=1.423;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:11:325,0,11 chrIX 8374 . C CT 161.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.281;DP=155;FS=24.902;HaplotypeScore=69.2197;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=7.83;MQ0=124;MQRankSum=0.318;QD=1.04;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.741;SB=-4.094e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,47:16:99:201,0,179 chrIX 23859 . T TA 2080.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=1597.5898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.83;MQ0=0;QD=24.20;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:79:99:2123,225,0 chrIX 23864 . CA C 1739.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=1505.0958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.34;MQ0=0;QD=23.20;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:73:99:1782,201,0 chrIX 25063 . GA G 1707.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.357;DP=97;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1330.0712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.72;MQ0=0;MQRankSum=0.102;QD=17.61;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.866;SB=-8.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,66:97:99:1750,195,0 chrIX 25068 . A AC 1843.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.388;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=1175.8497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=1.267;QD=27.52;ReadPosRankSum=1.112;SB=-6.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1886,192,0 chrIX 25993 . GGAT G 584.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=509.7810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=48.75;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36:627,36,0 chrIX 26901 . CA C 1394.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=467.5986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.53;MQ0=0;QD=18.35;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,70:76:99:1437,188,0 chrIX 27110 . TC T 1604.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=1099.2512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.83;MQ0=0;QD=28.66;SB=-7.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:56:99:1647,141,0 chrIX 27115 . T TG 1690.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=979.1256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.80;MQ0=0;QD=35.23;SB=-7.990e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:48:99:1733,141,0 chrIX 27191 . A AT 1988.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=843.7822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.31;MQ0=0;QD=25.50;RPA=4,5;RU=T;SB=-5.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,73:78:99:2031,216,0 chrIX 27196 . C CT 1353.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=1051.2808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.02;MQ0=0;QD=14.72;RPA=9,10;RU=T;SB=-2.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,67:92:99:1396,178,0 chrIX 27554 . A ATATGATTTGAAG 16294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=230.4761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.16;MQ0=0;QD=108.63;SB=-6.159e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,84:150:99:16294,397,0 chrIX 29334 . GA G 4208 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=313.7068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;QD=24.47;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.969e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,160:172:99:4208,456,0 chrIX 30139 . T TA 2357.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=371.0430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=31.03;SB=-6.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:76:99:2400,196,0 chrIX 30450 . GA G 1901.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.49;MQ0=0;QD=27.97;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:68:99:1944,180,0 chrIX 30632 . G GAATATTGACATATATACTAAAA 6464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=289.0706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.12;MQ0=0;QD=134.67;SB=-4.580e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,8:48:99:6464,111,0 chrIX 30802 . TAA T 671.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.523;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=490.9624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.00;MQ0=0;MQRankSum=-3.020;QD=16.78;RPA=5,3;RU=A;ReadPosRankSum=2.807;SB=-4.093e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,19:40:21:713,21,0 chrIX 30821 . A AAT 1219.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=525.7943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.18;MQ0=0;QD=29.05;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,17:42:99:1262,111,0 chrIX 30858 . A ATT 2570.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=626.6399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.74;MQ0=0;QD=29.89;RPA=8,10;RU=T;SB=-1.216e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,74:86:99:2613,223,0 chrIX 33054 . G GAA 5958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=767.4460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.89;MQ0=0;QD=34.24;RPA=3,5;RU=A;SB=-2.356e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,161:171:99:5958,457,0 chrIX 33169 . T TGCGTTATG 10624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=1030.1651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.49;MQ0=0;QD=90.80;SB=-4.933e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,90:115:99:10624,313,0 chrIX 35291 . CA C 2485.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=1055.8007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.52;MQ0=0;QD=23.68;RPA=4,3;RU=A;SB=-9.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,89:105:99:2528,262,0 chrIX 35636 . C CT 4647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=1563.4708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.17;MQ0=0;QD=26.25;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.398e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,166:177:99:4647,466,0 chrIX 36131 . TA T 1599.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=629.5601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=14.41;RPA=11,10;RU=A;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,86:111:99:1642,229,0 chrIX 36389 . T TA 2061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=338.9722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;QD=17.47;RPA=10,11;RU=A;SB=-9.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,85:118:99:2104,262,0 chrIX 36605 . G GT 2078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=535.8012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.99;MQ0=0;QD=24.46;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,64:85:99:2121,237,0 chrIX 36752 . C CA 2131.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=2051.2105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.68;MQ0=0;QD=17.92;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,85:119:99:2174,243,0 chrIX 36921 . GA G 1706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=461.3616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.24;MQ0=0;QD=18.97;RPA=6,5;RU=A;SB=-8.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,75:90:99:1749,213,0 chrIX 37005 . AG A 2526.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=451.8566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.28;MQ0=0;QD=30.45;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.065e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,79:83:99:2569,234,0 chrIX 37299 . C CTT 1061.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.475;DP=138;FS=8.734;HaplotypeScore=529.5895;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.534;QD=7.70;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=2.244;SB=-1.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,40:137:99:1101,0,1961 chrIX 37322 . CT C,CTTT 3019.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=410.5181;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=39.45;MQ0=0;MQRankSum=0.481;QD=18.19;RPA=10,9,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.612;SB=-8.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,87,2:165:99:3098,1800,2204,1675,0,2815 chrIX 39003 . CT C 2499.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.983;DP=225;DS;FS=3.658;HaplotypeScore=1006.6758;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.72;MQ0=0;MQRankSum=6.115;QD=11.11;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-4.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,133:225:99:2539,0,1142 chrIX 39373 . TAAA T 2530.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=427.3057;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.98;MQ0=0;QD=33.30;RPA=11,8;RU=A;SB=-1.235e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,66:76:99:2573,189,0 chrIX 39528 . CACAAATAAAGCT C 8665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=158.5902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.31;MQ0=0;QD=109.68;SB=-4.139e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:8665,223,0 chrIX 44131 . ACCGCCCCCTCCT A 6226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.027;DP=67;FS=5.104;HaplotypeScore=416.1142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=92.93;ReadPosRankSum=2.755;SB=-2.946e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,51:67:62:6226,62,0 chrIX 44146 . ACCT A 1615.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.290;DP=84;FS=7.537;HaplotypeScore=921.5773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.34;MQ0=0;MQRankSum=-2.158;QD=19.24;ReadPosRankSum=6.094;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,51:84:74:1655,0,74 chrIX 44278 . T TCCA 3881 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.930;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=578.9599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.585;QD=33.46;RPA=4,5;RU=CCA;ReadPosRankSum=0.904;SB=-1.104e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,81:116:99:3881,215,0 chrIX 49527 . G GCAACAGCAA 11890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=498.1221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.83;MQ0=0;QD=88.07;SB=-5.038e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,103:135:99:11890,379,0 chrIX 51318 . ATTT A 5053 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=391.1700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;QD=37.43;RPA=11,8;RU=T;SB=-7.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,117:135:99:5053,343,0 chrIX 57277 . C CA 170.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=25.7317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=1.449;QD=3.22;RPA=16,17;RU=A;ReadPosRankSum=-1.197;SB=-9.221e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,14:53:2:209,2,0 chrIX 68535 . C CG 6444 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=438.7745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=36.82;SB=-3.210e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,172:175:99:6444,502,0 chrIX 69035 . A AT 2703.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=327.0304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=32.98;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.179e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,78:82:99:2746,232,0 chrIX 69128 . TA T 2809.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.657;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=305.0878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.130;QD=25.31;ReadPosRankSum=-0.904;SB=-1.296e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,107:111:99:2852,272,0 chrIX 69689 . GT G 321.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.083;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=96.0036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.89;MQ0=0;MQRankSum=0.908;QD=11.50;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.073;SB=-5.999e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,23:28:38:364,38,0 chrIX 76013 . C CT 538.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;DP=72;FS=3.331;HaplotypeScore=138.7168;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=7.49;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.607;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,20:72:25:578,0,25 chrIX 77319 . TA T 3818 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.138;DP=158;FS=3.608;HaplotypeScore=337.7728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=24.16;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.336;SB=-1.638e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,148:158:99:3818,404,0 chrIX 89756 . GA G 2096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=195.1516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=19.42;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.026e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,87:108:99:2139,266,0 chrIX 89868 . T TAA 4698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=48.9407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=35.59;RPA=2,4;RU=A;SB=-2.238e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,124:132:99:4698,358,0 chrIX 93039 . CTG C 2519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=628.0246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.36;MQ0=0;QD=33.16;RPA=4,3;RU=TG;SB=-1.030e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,70:76:99:2562,205,0 chrIX 93555 . TG T 5706 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=205;FS=0.000;HaplotypeScore=720.6635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.62;MQ0=0;QD=27.83;SB=-2.821e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,200:205:99:5706,511,0 chrIX 96837 . T TG 2450.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.266;DP=198;FS=2.397;HaplotypeScore=2906.4632;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.04;MQ0=0;MQRankSum=0.643;QD=12.38;ReadPosRankSum=9.175;SB=-8.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,146:198:28:2490,0,28 chrIX 96838 . T TC 2409.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.617;DP=198;FS=1.584;HaplotypeScore=2947.9194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.568;QD=12.17;ReadPosRankSum=8.125;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,146:198:76:2452,76,0 chrIX 97064 . CT C 1117.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=21.2829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.80;MQ0=0;QD=18.03;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,53:62:99:1160,152,0 chrIX 97151 . C CG 1312.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=33.4934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=23.45;RPA=5,6;RU=G;SB=-1.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,51:56:99:1355,144,0 chrIX 99760 . TG T 2260.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=1036.1617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-6.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,89:98:99:2303,256,0 chrIX 100530 . A AT 1006.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.189;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=56.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.62;MQ0=0;MQRankSum=0.081;QD=15.03;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.781;SB=-2.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,50:67:94:1049,94,0 chrIX 102438 . CT C 2723.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=506.8949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.85;MQ0=0;QD=22.51;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.162e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,108:121:99:2766,330,0 chrIX 102480 . C CT 3290 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=876.6880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.72;MQ0=0;QD=27.65;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.392e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,106:119:99:3290,325,0 chrIX 102536 . CTTTT C 3101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=576.0548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.06;MQ0=0;QD=32.65;RPA=14,10;RU=T;SB=-9.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,68:95:99:3144,199,0 chrIX 105433 . A AAAT 374.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=8.1615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.85;MQ0=0;QD=26.78;RPA=3,4;RU=AAT;SB=-4.699e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:14:30:417,30,0 chrIX 105561 . T TGAC 826.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=119.0492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;MQRankSum=0.771;QD=43.52;ReadPosRankSum=-1.735;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,9:19:46:869,46,0 chrIX 105817 . TA T 72.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.82;MQ0=0;QD=9.06;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:12:114,12,0 chrIX 122089 . GTTT G 3400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=38.7678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;QD=34.00;RPA=12,9;RU=T;SB=-1.507e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,91:100:99:3400,259,0 chrIX 125842 . AT A 1239.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=305.6214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.64;MQ0=0;QD=19.08;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,59:65:99:1282,164,0 chrIX 125862 . ATT A 1864.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=289.6612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.99;MQ0=0;QD=27.43;RPA=10,8;RU=T;SB=-6.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,59:68:99:1907,177,0 chrIX 126008 . TTC T 2678.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=279.8902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.27;MQ0=0;QD=33.49;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,61:80:99:2721,225,0 chrIX 126162 . AAT A 3941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=905.1048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.90;MQ0=0;QD=32.04;RPA=3,2;RU=AT;SB=-1.512e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,112:123:99:3941,316,0 chrIX 127338 . GTT G 2459.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.565;DP=113;FS=6.567;HaplotypeScore=81.3980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=21.77;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.683;SB=-7.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,90:113:99:2502,240,0 chrIX 127655 . AT A 2613.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=485.2737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.99;MQ0=0;QD=20.58;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,116:127:99:2656,306,0 chrIX 127913 . C CTTT 5445 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=68.0625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=36.54;RPA=7,10;RU=T;SB=-2.347e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,108:149:99:5445,378,0 chrIX 128099 . GA G 2593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.703;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=64.6267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;MQRankSum=0.509;QD=17.29;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.528;SB=-1.169e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,133:150:99:2636,351,0 chrIX 128319 . CCTGCTGCTTCAGAAGTCGCTA C 29452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=231;FS=0.000;HaplotypeScore=83.7535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.26;MQ0=0;QD=127.50;SB=-9.160e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,184:231:99:29452,511,0 chrIX 128668 . CACCAT C 3443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=1311.3162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.84;MQ0=0;QD=30.74;SB=-1.709e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,50:112:99:3443,192,0 chrIX 128675 . TA T 1004.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=1329.3303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=20.10;SB=-4.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1047,145,0 chrIX 128728 . C CTT 4656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.620;DP=185;FS=5.050;HaplotypeScore=1031.0892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=25.17;ReadPosRankSum=2.935;SB=-2.065e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,133:185:99:4656,436,0 chrIX 128729 . C CT 2255.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.551;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=1256.5194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.348;QD=12.13;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=5.914;SB=-1.018e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,133:186:99:2298,270,0 chrIX 130294 . AT A 3092.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=344.8811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;QD=26.44;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.477e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:117:99:3135,321,0 chrIX 133980 . ATT A 1852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=37.6315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=21.06;RPA=13,11;RU=T;SB=-8.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,69:88:99:1895,189,0 chrIX 134262 . CA C 1995.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=86.0816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=20.79;RPA=7,6;RU=A;SB=-7.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,86:96:99:2038,254,0 chrIX 134329 . T TAA 2777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=101.0293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.00;MQ0=0;QD=28.06;RPA=7,9;RU=A;SB=-1.274e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,80:99:99:2820,244,0 chrIX 137924 . T TA 835.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=63.5612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=14.93;RPA=8,9;RU=A;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,38:56:99:878,106,0 chrIX 138115 . T TAC 2832.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=184.9271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;QD=37.77;SB=-1.397e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:75:99:2875,201,0 chrIX 138429 . ACCCCCCC A 8549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=432.7792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.69;MQ0=0;QD=74.99;RPA=14,7;RU=C;SB=-3.398e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,101:114:99:8549,301,0 chrIX 138651 . AC A 2429.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=271.2075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=21.89;RPA=5,4;RU=C;SB=-1.121e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,99:111:99:2472,276,0 chrIX 139173 . A AT 2381.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=304.8059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;QD=21.08;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.179e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,104:113:99:2424,285,0 chrIX 139299 . C CCCGGCCACTT 7343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=557.4188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.37;MQ0=0;QD=90.65;SB=-2.677e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,39:81:99:7343,217,0 chrIX 142373 . AT A 1744.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;DP=119;FS=12.334;HaplotypeScore=280.1620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=2.028;QD=14.66;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.775;SB=-8.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,95:118:99:1787,181,0 chrIX 142563 . CA C 2856.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=715.2297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.71;MQ0=0;QD=21.64;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.187e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,123:131:99:2899,347,0 chrIX 144100 . A AC 918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=85.1054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=27.03;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:34:81:961,81,0 chrIX 144117 . TTATATATATATA T 688.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=80.7604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=34.45;RPA=12,6;RU=TA;SB=-2.858e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,5:20:24:731,24,0 chrIX 148730 . AAT A 3066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=137.2478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;MQ0=0;QD=27.14;RPA=6,5;RU=AT;SB=-1.172e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,98:113:99:3109,271,0 chrIX 148906 . AT A 1693.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=470.7615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.16;MQ0=0;QD=21.72;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,69:78:99:1736,207,0 chrIX 149018 . TC T 1655.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=156.8643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=27.60;RPA=4,3;RU=C;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:60:99:1698,171,0 chrIX 149075 . GAA G 787.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.486;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=221.7259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.238;QD=20.20;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.619;SB=-2.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,27:39:79:830,79,0 chrIX 151193 . GAA G 2512.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=58.6096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=18.75;RPA=12,10;RU=A;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,104:134:99:2555,264,0 chrIX 151474 . A AT 5937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=768.3300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=0;QD=35.98;SB=-2.549e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,151:165:99:5937,466,0 chrIX 151501 . GT G 5359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=950.2739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=31.34;SB=-2.115e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,161:170:99:5359,478,0 chrIX 155895 . T TA 3120.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=123.5188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=31.85;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.478e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,93:98:99:3163,265,0 chrIX 155956 . AG A 2942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.255;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=279.0496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.439;QD=27.76;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-1.464e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,87:106:99:2985,281,0 chrIX 157168 . CTATCCGA C 6754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=85.7797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.75;MQ0=0;QD=71.09;SB=-1.884e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,81:95:99:6754,241,0 chrIX 160362 . GA G 2540.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.647;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=69.8929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.653;QD=16.29;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.994;SB=-8.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,124:156:99:2583,359,0 chrIX 160843 . T TAA,TAAA 2070.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=129.9502;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.85;MQ0=0;QD=20.92;RPA=13,15,16;RU=A;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:29,13,51:99:99:2149,663,464,294,0,101 chrIX 163245 . ATTTTTTTTT A 673.42 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.044;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=15.4377;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=44.89;RPA=23,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.393;SB=-1.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:15:1:711,0,1 chrIX 166646 . CAAT C 6255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=358.1198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;QD=38.85;RPA=4,3;RU=AAT;SB=-3.036e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,141:161:99:6255,409,0 chrIX 169471 . CTGCTGCTGT C 8533 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=264.1611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.43;MQ0=0;QD=68.81;SB=-3.172e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,59:124:99:8533,358,0 chrIX 169640 . A AT 2338.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=375.4990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.97;MQ0=0;QD=20.52;RPA=9,10;RU=T;SB=-8.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,95:114:99:2381,287,0 chrIX 169788 . TC T 1972.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=156.8203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=19.73;RPA=9,8;RU=C;SB=-3.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,87:100:99:2015,254,0 chrIX 171578 . TG T 2231.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=617.5569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.29;MQ0=0;QD=33.31;SB=-8.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:67:99:2274,190,0 chrIX 171637 . GA G 1245.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.392;DP=75;FS=3.229;HaplotypeScore=450.7379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.79;MQ0=0;MQRankSum=1.505;QD=16.61;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.937;SB=-6.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,67:75:99:1288,156,0 chrIX 174322 . GA G 4585 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=954.6706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.77;MQ0=0;QD=27.62;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.328e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,147:166:99:4585,412,0 chrIX 175122 . TCA T 3103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=1260.2359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.86;MQ0=0;QD=36.09;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:86:99:3146,226,0 chrIX 175144 . ACTAAT A 1041.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.144;DP=72;FS=9.031;HaplotypeScore=1381.9437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.914;QD=14.47;ReadPosRankSum=-0.722;SB=-6.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:72:53:1084,53,0 chrIX 175151 . CTCTCTTCAAAAAGATCATTGTATG C 5189 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=488.9524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=199.58;SB=-8.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78:5189,78,0 chrIX 175990 . CAGCAGCAGT C 10257 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=391.5903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.99;MQ0=0;QD=76.54;RPA=2,1;RU=AGCAGCAGT;SB=-4.703e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,95:134:99:10257,310,0 chrIX 177360 . GAT G 2179.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.624;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=99.4376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.379;QD=22.24;RPA=5,4;RU=AT;ReadPosRankSum=1.678;SB=-9.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,74:98:99:2222,173,0 chrIX 177883 . AT A 3199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=94.6319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=21.33;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.500e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,140:150:99:3242,389,0 chrIX 179655 . CAA C 1442.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=123.7821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;QD=22.90;RPA=11,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,52:63:99:1485,147,0 chrIX 196397 . C CGT 5744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=296.4458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.45;MQ0=0;QD=40.74;SB=-9.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,128:140:99:5744,373,0 chrIX 197666 . AT A 714.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=151.8935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.12;MQ0=0;QD=18.33;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,33:39:93:757,93,0 chrIX 197715 . C CTAAAGCGCA 3395 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=182.5546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.70;MQ0=0;QD=89.34;RPA=1,2;RU=TAAAGCGCA;SB=-2.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,31:38:99:3395,102,0 chrIX 197784 . TA T 2920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=679.7328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.75;MQ0=0;QD=31.07;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.449e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:94:99:2963,274,0 chrIX 203507 . AT A 1533.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.478;DP=101;FS=4.180;HaplotypeScore=204.2114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.525;QD=15.19;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.032;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,83:101:99:1576,189,0 chrIX 204781 . T TA 1123.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.121;DP=189;FS=1.883;HaplotypeScore=144.8755;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.240;QD=5.95;RPA=16,17;RU=A;ReadPosRankSum=-1.302;SB=-5.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:124,48:189:99:1163,0,131 chrIX 205627 . AC A 809.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=56.9023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.72;MQ0=4;QD=13.73;RPA=4,3;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:30:87:852,87,0 chrIX 210740 . AT A 2038.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=398.9568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.96;MQ0=0;QD=20.19;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,89:101:99:2081,257,0 chrIX 210766 . ACTG A 5069 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=216.1236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.08;MQ0=0;QD=46.94;SB=-1.353e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,90:108:99:5069,313,0 chrIX 214803 . C CT 2357.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;DP=123;FS=4.523;HaplotypeScore=225.4470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=19.17;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.272;SB=-8.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,99:123:99:2400,281,0 chrIX 226377 . C CCCA 2796.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=604.1893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.01;MQ0=0;QD=43.70;SB=-2.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:64:99:2839,160,0 chrIX 226384 . AAGT A 2183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=632.4039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.60;MQ0=0;QD=42.82;SB=-2.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:51:99:2226,153,0 chrIX 233034 . C CTT 2579.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.211;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=336.8697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.875;QD=23.67;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.987;SB=-1.184e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,67:109:99:2622,240,0 chrIX 240939 . GT G 3737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=72.3891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;QD=19.98;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.799e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,170:187:99:3737,467,0 chrIX 241204 . CT C 1985.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.670;DP=143;FS=3.019;HaplotypeScore=202.4347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.865;QD=13.89;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.645;SB=-9.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,110:143:99:2028,252,0 chrIX 245658 . G GT 1536.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=1461.5113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=29.00;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:53:99:1579,150,0 chrIX 245672 . A AAG 2141.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=1894.6961;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=34.55;RPA=1,2;RU=AG;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,52:62:99:2184,162,0 chrIX 245699 . ATTT A 1894.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=1864.3310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=35.75;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:53:99:1937,129,0 chrIX 245703 . A ACCCG 2330.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=1538.7267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=54.21;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:2373,129,0 chrIX 247448 . GT G 149.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=296.3783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=24.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:191,18,0 chrIX 247500 . GCCA G 1902.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=1927.2631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.39;MQ0=0;QD=40.49;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,14:47:99:1945,141,0 chrIX 247502 . C CTTT 2623.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=1855.1677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.39;MQ0=0;QD=55.83;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,33:47:99:2666,141,0 chrIX 247508 . T TA 722.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=2064.0507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.39;MQ0=0;MQRankSum=1.186;QD=15.38;ReadPosRankSum=0.764;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,12:47:99:765,120,0 chrIX 247510 . CG C 361.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.986;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=1980.8735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.085;QD=8.04;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,12:45:75:404,75,0 chrIX 247513 . T TACAG 2082.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=1811.0031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.36;MQ0=0;QD=46.29;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,12:45:99:2125,135,0 chrIX 247526 . A AG 1560.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=1576.5542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.40;MQ0=0;QD=32.52;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1603,141,0 chrIX 248779 . AG A 4316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=48.3349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=33.20;SB=-1.516e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:129:99:4316,367,0 chrIX 248932 . TTA T 2661.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=350.5205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.12;MQ0=0;QD=24.42;SB=-9.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,79:106:99:2704,241,0 chrIX 248948 . AT A 1690.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=495.5871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.05;MQ0=0;QD=14.70;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,85:114:99:1733,238,0 chrIX 249032 . C CG 3919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=83.5149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;QD=26.84;RPA=3,4;RU=G;SB=-1.010e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,130:145:99:3919,373,0 chrIX 249787 . CT C 1899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.499;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=175.2441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=1;MQRankSum=0.097;QD=16.81;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.343;SB=-5.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,91:112:99:1942,240,0 chrIX 249833 . C CT 3046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;DP=144;FS=3.945;HaplotypeScore=258.7826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=1.145;QD=21.16;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.509;SB=-1.241e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,125:144:99:3089,348,0 chrIX 254003 . TAAAA T 5884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=75.0547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.56;MQ0=0;QD=34.41;RPA=15,11;RU=A;SB=-2.450e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,139:171:99:5884,376,0 chrIX 256786 . TG T 4422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=732.3010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.05;MQ0=0;QD=29.88;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.939e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,139:148:99:4422,394,0 chrIX 256830 . AAT A 4588 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=604.3738;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;QD=34.24;RPA=3,2;RU=AT;SB=-1.889e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,128:134:99:4588,367,0 chrIX 257336 . T TC 3658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=438.0870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=0;QD=25.58;RPA=5,6;RU=C;SB=-1.153e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,133:143:99:3658,376,0 chrIX 257480 . C CA 899.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.517;DP=101;FS=14.552;HaplotypeScore=440.2681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.42;MQ0=0;MQRankSum=1.149;QD=8.91;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.001;SB=-3.926e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,51:101:10:941,10,0 chrIX 259952 . G GA 1508.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.420;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=45.1090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=1.680;QD=17.34;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,70:87:99:1551,175,0 chrIX 265018 . AT A 942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=248.6500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;QD=16.84;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,50:56:99:985,128,0 chrIX 265072 . TC T 5277 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=739.9442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.86;MQ0=0;QD=34.27;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,149:154:99:5277,442,0 chrIX 267870 . TA T 1164.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.248;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=171.9181;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=1.516;QD=7.51;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.745;SB=-4.968e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:75,58:155:99:1205,156,0 chrIX 268328 . CAA C 5288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=264.7676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=25.67;RPA=10,8;RU=A;SB=-2.039e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,182:206:99:5288,502,0 chrIX 270689 . A AG 2968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=229.5350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;QD=30.61;SB=-9.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:97:99:3011,260,0 chrIX 271116 . TA T 1154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=28.3124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;QD=16.04;RPA=7,6;RU=A;SB=-5.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,65:72:99:1197,152,0 chrIX 272821 . GA G 1020.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=21.1018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.02;MQ0=0;QD=16.21;RPA=10,9;RU=A;SB=-2.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,54:63:99:1063,146,0 chrIX 274032 . C CTA 451.16 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.373;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=58.0640;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=1.267;QD=16.71;RPA=7,8;RU=TA;ReadPosRankSum=0.969;SB=-2.257e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:27:2:489,0,2 chrIX 277540 . CTA C 892.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=115.3234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=22.90;RPA=6,5;RU=TA;SB=-2.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,30:39:84:935,84,0 chrIX 277604 . A AT 1508.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=92.6451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=24.34;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,55:62:99:1551,159,0 chrIX 280088 . A AT 555.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=112.7101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.43;MQ0=0;QD=24.17;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:66:598,66,0 chrIX 280120 . A ATTT,ATTTT 760.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=111.4632;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=46.81;MQ0=0;QD=26.24;RPA=12,15,16;RU=T;SB=-1.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,6,7:29:69:839,210,144,135,0,69 chrIX 284749 . ATTGTGGCCGTTG A 9826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=86.0197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.07;MQ0=0;QD=77.98;RPA=2,1;RU=TTGTGGCCGTTG;SB=-3.666e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,100:126:99:9826,286,0 chrIX 285203 . AT A 3360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=635.9592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.75;MQ0=0;QD=29.73;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.579e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:113:99:3360,319,0 chrIX 287679 . G GT 976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=18.3413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;QD=19.94;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,42:49:99:1019,114,0 chrIX 289033 . T TC 3312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=55.9307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.70;MQ0=0;QD=27.37;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.626e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,114:121:99:3312,325,0 chrIX 290193 . GAAA GA,G 1790.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.187;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=115.5708;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.281;QD=12.98;RPA=17,15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.421;SB=-6.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:57,0,16:137:99:1869,288,120,1034,0,1162 chrIX 292086 . C CT 1826.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=34.5067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=23.73;RPA=3,4;RU=T;SB=-3.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:76:99:1869,183,0 chrIX 292280 . CT C 1551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.197;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=247.9528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.066;QD=16.17;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.285;SB=-4.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,83:95:99:1594,210,0 chrIX 293856 . C CTCAAAT 5727 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=275.6371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.49;MQ0=0;QD=55.07;RPA=2,3;RU=TCAAAT;SB=-2.450e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,86:104:99:5727,247,0 chrIX 300073 . TG T 3386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=241.8420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=28.45;SB=-9.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:119:99:3386,322,0 chrIX 300211 . G GA 1276.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=135.9029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;QD=22.02;RPA=4,5;RU=A;SB=-2.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,46:58:99:1319,144,0 chrIX 300439 . TG T 1221.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=1189.7736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=24.94;RPA=5,4;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,43:49:99:1264,129,0 chrIX 300463 . CT C 1043.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=1166.7812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=26.77;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,34:39:99:1086,99,0 chrIX 300537 . ATTT A 669.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.498;DP=87;FS=11.641;HaplotypeScore=1074.5306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.35;MQ0=0;MQRankSum=0.931;QD=7.70;ReadPosRankSum=4.268;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,22:87:99:709,0,3061 chrIX 302510 . GT G 7232 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=213;FS=0.000;HaplotypeScore=652.8119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.96;MQ0=0;QD=33.95;SB=-3.231e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,205:213:99:7232,590,0 chrIX 303572 . AT A 1367.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=184.3117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.70;MQ0=0;QD=32.57;RPA=2,1;RU=T;SB=-5.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1410,126,0 chrIX 304420 . TA T 2054.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.939;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=617.4720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;MQRankSum=0.990;QD=17.27;ReadPosRankSum=4.470;SB=-8.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,94:119:99:2097,214,0 chrIX 304423 . TA T 2128.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.365;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=599.3080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;MQRankSum=0.644;QD=17.17;ReadPosRankSum=3.639;SB=-1.026e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,94:124:99:2171,261,0 chrIX 309919 . T TATGAGA 13274 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=419.0346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=53.96;RPA=2,3;RU=ATGAGA;SB=-5.147e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,186:246:99:13274,551,0 chrIX 310500 . G GT 1218.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.620;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=172.1052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.81;MQ0=0;MQRankSum=0.676;QD=14.17;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.327;SB=-4.345e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,60:86:7:1259,7,0 chrIX 310701 . T TG 2383.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=514.0970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.51;MQ0=0;QD=34.55;SB=-1.082e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:69:99:2426,205,0 chrIX 310718 . A ATT 1828.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=556.1916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.65;MQ0=0;QD=27.30;RPA=5,7;RU=T;SB=-8.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,50:67:99:1871,156,0 chrIX 313884 . GA G 3493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=385.4832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=18.78;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,166:186:99:3493,457,0 chrIX 316340 . GT G 2595.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=491.8708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.92;MQ0=0;QD=25.45;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.302e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,97:102:99:2638,276,0 chrIX 316900 . AC A 3610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=518.1453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=32.82;SB=-1.512e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:3610,328,0 chrIX 324678 . T TG 498.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=231.2677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.19;MQ0=0;QD=24.95;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:20:57:541,57,0 chrIX 324679 . T TTGG 194.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:236,15,0 chrIX 324912 . A AC 1239.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=102.5459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.00;MQ0=0;QD=31.00;RPA=1,2;RU=C;SB=-5.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,38:37:99:1282,108,0 chrIX 324959 . C CA 1716.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=109.7107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.91;MQ0=0;QD=23.85;RPA=5,6;RU=A;SB=-5.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,69:69:99:1759,189,0 chrIX 325107 . TA T 943.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=509.1848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.45;MQ0=0;QD=21.95;RPA=2,1;RU=A;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,38:38:93:986,93,0 chrIX 325128 . AC A 1264.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=498.8762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.56;MQ0=0;QD=23.43;RPA=5,4;RU=C;SB=-5.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,50:50:99:1307,135,0 chrIX 333081 . AT A 6212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.284;DP=206;FS=3.033;HaplotypeScore=466.3073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=1.036;QD=30.16;ReadPosRankSum=1.365;SB=-2.972e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,202:206:99:6212,548,0 chrIX 334257 . ATCTTCTTCT A 2905.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.742;DP=131;FS=10.309;HaplotypeScore=2017.3027;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=22.18;ReadPosRankSum=0.480;SB=-1.412e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,44:131:99:2945,0,8078 chrIX 334383 . TTCCTCTTCTGCAAAGGCC T 4204 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=685.6462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.48;MQ0=0;QD=56.81;SB=-1.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,20:74:69:4204,69,0 chrIX 334708 . T TA 1110.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=232.2708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=20.20;RPA=7,8;RU=A;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,50:55:99:1153,135,0 chrIX 334773 . G GA 893.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.314;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=318.3892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.75;MQ0=0;MQRankSum=1.371;QD=14.19;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.578;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,39:63:85:936,85,0 chrIX 336340 . TA T 1199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=88.9700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=18.75;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,59:64:99:1242,158,0 chrIX 336677 . T TAGGA 5239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=488.5423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.00;MQ0=0;QD=63.89;SB=-2.578e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,71:82:99:5239,244,0 chrIX 337211 . CA C 3458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=676.3803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=23.05;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.135e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,141:150:99:3458,414,0 chrIX 337243 . CAAA C 4608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=595.9756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.13;MQ0=0;QD=35.72;RPA=8,5;RU=A;SB=-1.761e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,119:129:99:4608,319,0 chrIX 337314 . A AT 2792.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=390.3106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.57;MQ0=0;QD=31.03;SB=-1.391e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,85:90:99:2835,241,0 chrIX 338086 . T TGATTCTATA 10007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=248.2383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.04;MQ0=0;QD=84.09;RPA=1,2;RU=GATTCTATA;SB=-4.704e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,104:119:99:10007,304,0 chrIX 338225 . AT A 2632.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.094;DP=160;FS=3.023;HaplotypeScore=120.2484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=1.075;QD=16.46;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.552;SB=-1.310e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,132:160:99:2675,328,0 chrIX 342354 . CT C 2323.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=61.3191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=17.47;RPA=10,9;RU=T;SB=-7.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,116:133:99:2366,325,0 chrIX 350025 . GTA G 1729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=628.6296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.56;MQ0=0;QD=20.59;RPA=7,6;RU=TA;SB=-7.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,64:84:99:1772,177,0 chrIX 355815 . CAA C 735.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=33.5839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=27.26;RPA=11,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,24:27:72:778,72,0 chrIX 363071 . CT C 205.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.579;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=21.0804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.579;QD=9.76;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.810;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:21:21:247,21,0 chrIX 370195 . ATTTT A 2174.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DP=88;FS=5.229;HaplotypeScore=264.4189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.71;MQ0=0;MQRankSum=0.277;QD=24.72;RPA=18,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.663;SB=-6.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,46:88:99:2217,145,0 chrIX 370239 . T TTGTTAATTGATG 8163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=225.0875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.41;MQ0=0;QD=98.35;RPA=1,2;RU=TGTTAATTGATG;SB=-3.143e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,51:83:99:8163,187,0 chrIX 375791 . GATGCGACTGCAAATGCGACTGCAA G 15093 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=56.8112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.73;MQ0=0;QD=93.75;RPA=3,1;RU=ATGCGACTGCAA;SB=-5.217e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,104:161:99:15093,289,0 chrIX 376613 . A AATG 5433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=57.7308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.74;MQ0=0;QD=38.81;SB=-2.266e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,133:140:99:5433,381,0 chrIX 377236 . C CAT 585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=20.93;RPA=4,5;RU=AT;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,18:28:48:628,48,0 chrIX 379890 . T TA 1208.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=124.4579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;QD=15.70;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.100;SB=-5.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,49:77:99:1251,113,0 chrIX 380935 . GAAAAA G 6627 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=794.7641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.26;MQ0=0;QD=41.16;RPA=15,10;RU=A;SB=-3.254e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,119:161:99:6627,367,0 chrIX 382459 . AC A 2877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=271.4513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=24.18;RPA=6,5;RU=C;SB=-1.038e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,108:119:99:2920,326,0 chrIX 382906 . C CGAT 7567 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=238;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=99.9119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=1.695;QD=31.79;RPA=2,3;RU=GAT;ReadPosRankSum=1.509;SB=-2.803e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,206:238:99:7567,554,0 chrIX 384371 . A AC 4021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=483.1079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=28.32;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.544e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,128:142:99:4021,376,0 chrIX 385824 . T TG 2842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=413.8933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.82;MQ0=0;QD=33.45;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:85:99:2885,247,0 chrIX 386226 . G GATTT 7985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=231.3868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.79;MQ0=0;QD=62.87;SB=-3.721e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:127:99:7985,355,0 chrIX 386347 . CA C 2701.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=628.6329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.45;MQ0=0;QD=27.57;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.195e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,89:98:99:2744,253,0 chrIX 386542 . T TA 1923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=713.0767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.72;MQ0=0;QD=20.91;RPA=5,6;RU=A;SB=-7.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,76:92:99:1966,222,0 chrIX 386612 . A AC 4741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=711.5045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.52;MQ0=0;QD=37.63;SB=-2.130e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:126:99:4741,367,0 chrIX 387285 . G GGAAAA 2431.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=111.5242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=27.33;RPA=5,6;RU=GAAAA;SB=-8.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,45:89:99:2474,123,0 chrIX 387615 . TG T 4035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=1069.7298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.24;MQ0=0;QD=29.89;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.992e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,122:135:99:4035,358,0 chrIX 387791 . TA T 3924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=946.6153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.64;MQ0=0;QD=24.07;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.167e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,147:162:99:3924,418,0 chrIX 387982 . CGGACATCGGGGACATTTCT C 3382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=297.5952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.43;MQ0=0;QD=99.47;SB=-4.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:34:48:3382,48,0 chrIX 388000 . CT C 458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=583.6811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.06;MQ0=1;QD=17.65;RPA=8,7;RU=T;SB=-3.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,10:25:71:501,71,0 chrIX 388026 . TTC T 1970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=670.9428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.69;MQ0=1;QD=31.79;SB=-1.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,59:61:99:2013,171,0 chrIX 388296 . A AC 1657.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=376.1955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.94;MQ0=1;QD=25.91;RPA=4,5;RU=C;SB=-5.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,58:63:99:1700,171,0 chrIX 388925 . C CATG 5836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=57.8499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=44.21;RPA=1,2;RU=ATG;SB=-2.621e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,123:132:99:5836,355,0 chrIX 389257 . GAAA G 2202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=348.9205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;QD=28.99;RPA=13,10;RU=A;SB=-8.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,66:76:99:2245,175,0 chrIX 389983 . GGTAGCCGAAGGTGCA G 27640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=238;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1634.7241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.35;MQ0=0;QD=116.13;SB=-1.167e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,181:238:99:27640,533,0 chrIX 391281 . TTGATGG T 352.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=82.5752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.92;MQ0=7;QD=23.48;SB=-6.675e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,6:6:15:394,15,0 chrIX 391290 . TTGG T 217.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=165.9823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.10;MQ0=12;QD=6.81;SB=-3.397e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,6:12:24:260,24,0 chrIX 392941 . A AGTT 8339 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.991;DP=185;FS=3.348;HaplotypeScore=1524.8222;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.36;MQ0=0;MQRankSum=1.210;QD=45.08;ReadPosRankSum=3.674;SB=-2.163e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,159:183:38:8339,0,38 chrIX 392971 . A AGTT 3278 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.639;DP=213;FS=59.894;HaplotypeScore=2410.7240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.51;MQ0=0;MQRankSum=-4.957;QD=15.39;ReadPosRankSum=6.480;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:137,71:211:99:3278,0,5675 chrIX 393001 . A AGTT 8736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=1974.9310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.03;MQ0=1;QD=46.47;SB=-1.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,145:186:99:8736,526,0 chrIX 393031 . A AGTT 7137 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=1078.0133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.51;MQ0=1;QD=50.62;SB=-3.336e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,126:140:99:7137,406,0 chrIX 393583 . GGAT G 5556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.335;DP=129;FS=6.665;HaplotypeScore=808.5642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.819;QD=43.07;ReadPosRankSum=0.116;SB=-1.161e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,118:129:99:5556,291,0 chrIX 393703 . T TAC 2805.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=465.6137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.55;MQ0=0;QD=29.54;RPA=1,2;RU=AC;SB=-9.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,67:94:99:2848,208,0 chrIX 393714 . A AT 1527.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=558.4324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.98;MQ0=0;QD=23.87;RPA=4,5;RU=T;SB=-7.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,53:63:99:1570,166,0 chrIX 393803 . T TA 1501.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=513.2770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.52;MQ0=0;QD=28.88;SB=-7.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,46:51:99:1544,132,0 chrIX 394505 . TG T 3948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=305.6821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;QD=32.10;SB=-1.121e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,112:122:99:3948,340,0 chrIX 394519 . CA C 2012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=504.7895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;QD=17.81;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,103:113:99:2055,266,0 chrIX 394706 . C CA 1005.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=209.3258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.79;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=16.49;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.787;SB=-3.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,51:61:99:1048,107,0 chrIX 394799 . C CT 3298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=392.5025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.59;MQ0=0;QD=33.31;RPA=1,2;RU=T;SB=-9.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,96:99:99:3298,280,0 chrIX 394837 . ATT A 2296.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=352.2189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.44;MQ0=0;QD=32.35;RPA=4,2;RU=T;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,61:71:99:2339,177,0 chrIX 394950 . GA G 775.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.621;DP=42;FS=7.924;HaplotypeScore=93.8695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.621;QD=18.48;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.839;SB=-1.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:42:81:818,81,0 chrIX 395044 . GAACA G 6501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=395.1182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.15;MQ0=0;QD=61.33;SB=-2.048e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,101:106:99:6501,304,0 chrIX 397178 . G GA 3348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=90.3445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;QD=21.19;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.413e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,140:158:99:3348,366,0 chrIX 400016 . GCAACAACAGCAACAA G,GCAGCAACAA 11758 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=203;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1869.9452;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=35.68;MQ0=0;QD=57.92;SB=-4.731e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:57,9,0:203:99:11758,2136,1583,2279,0,1738 chrIX 404199 . GAAT G 11124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=432.2331;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=45.59;SB=-4.556e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,234:244:99:11124,656,0 chrIX 404765 . GA G 3885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=504.2335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=23.40;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.308e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,157:166:99:3885,447,0 chrIX 406048 . AT A 1020.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=226.2171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=15.01;RPA=10,9;RU=T;SB=-6.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,52:68:99:1063,143,0 chrIX 406124 . AT A 2151.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=358.3491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.37;MQ0=0;QD=31.65;SB=-1.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:68:99:2194,188,0 chrIX 409667 . TA T 5022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=64.6214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;QD=32.82;SB=-2.143e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,152:153:99:5022,418,0 chrIX 411967 . TA T 2960.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=82.3380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=27.42;SB=-1.251e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:108:99:3003,300,0 chrIX 415890 . AC A 4668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=209.9136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;QD=28.12;RPA=3,2;RU=C;SB=-2.112e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,159:166:99:4668,442,0 chrIX 419479 . G GTATA 397.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.09;RPA=8,10;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,7:22:24:440,24,0 chrIX 419544 . T TA 870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=131.8944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=19.35;RPA=7,8;RU=A;SB=-7.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,20:45:99:913,105,0 chrIX 419554 . CA C 969.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=121.2304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=19.02;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,28:51:99:1012,131,0 chrIX 420931 . GA G 1737.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=40.1447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;QD=16.09;RPA=10,9;RU=A;SB=-7.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,90:108:99:1780,244,0 chrIX 421791 . G GTT 3798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=81.1483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=30.88;RPA=7,9;RU=T;SB=-1.626e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,108:123:99:3798,325,0 chrIX 423632 . C CT 3158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=67.7609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=24.68;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.377e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,118:128:99:3201,339,0 chrIX 425237 . TAC T 2997.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.234;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=464.6531;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.410;QD=19.72;ReadPosRankSum=1.687;SB=-1.223e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,79:152:99:3037,0,2537 chrIX 426522 . C CATAAGAACA 8941 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=812.0584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.69;MQ0=0;QD=56.59;RPA=2,3;RU=ATAAGAACA;SB=-2.963e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:71,87:158:99:8941,256,0 chrIX 427066 . T TG 3438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=595.0942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=26.65;RPA=5,6;RU=G;SB=-1.553e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,111:129:99:3438,357,0 chrIX 427213 . T TC 3756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=251.3439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=32.66;SB=-1.162e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:115:99:3756,313,0 chrIX 428570 . ATAACAATGTAGGAGAGGCCTT A 15927 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=304.1867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.23;MQ0=0;QD=153.14;SB=-7.548e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:104:99:15927,295,0 chrIX 428890 . AC A 2920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=318.7363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.98;MQ0=0;QD=27.05;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.187e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:108:99:2963,291,0 chrIX 429094 . AATAC A 8027 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=1273.4206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.38;MQ0=0;QD=57.75;SB=-3.723e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:138:99:8027,358,0 chrIX 429952 . T TG 2748.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=98.5866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.73;MQ0=0;QD=29.88;SB=-1.143e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,86:92:99:2791,240,0 chrIX 432211 . G GA 3027.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.958;DP=146;FS=11.341;HaplotypeScore=153.2209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.48;MQ0=9;MQRankSum=2.547;QD=20.74;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.128;SB=-1.249e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,126:137:99:3070,275,0 chrIX 432345 . A ATC 913.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=38.4602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.41;MQ0=29;QD=12.52;RPA=2,3;RU=TC;SB=-8.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,50:42:78:956,78,0 chrIX 433038 . T TA 886.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=55;FS=4.914;HaplotypeScore=172.9780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.94;MQ0=13;MQRankSum=1.621;QD=16.13;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.398;SB=-2.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,50:37:73:929,73,0 chrIX 433264 . ATT A 1249.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=291.4067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.37;MQ0=6;QD=22.32;RPA=12,10;RU=T;SB=-6.185e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,46:47:99:1292,115,0 chrIX 437901 . A AT 231.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.719;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=910.8489;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.34;MQ0=0;MQRankSum=3.492;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.153;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:32:99:271,0,461 chrIX 437933 . C CTT 453.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.000;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=755.1497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.71;MQ0=0;MQRankSum=3.008;QD=12.27;ReadPosRankSum=2.264;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,25:23:99:493,0,341 chrIX 437937 . AAC A 415.38 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.378;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=764.1606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.07;MQ0=0;MQRankSum=3.174;QD=11.23;ReadPosRankSum=1.672;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,25:23:7:454,0,7 chrIX 438436 . CT C 237.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=181.2977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.53;MQ0=0;QD=6.26;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.198e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:10:27:280,27,0 chrIX 438888 . G GT 375.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=234.2711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.27;MQ0=0;QD=17.90;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,14:19:42:418,42,0 chrIX 439349 . T TG 4768 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.322;DP=205;FS=0.000;HaplotypeScore=2888.8205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.91;MQ0=12;MQRankSum=-0.585;QD=23.26;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.260;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,180:158:99:4768,230,0 chrIX 439366 . AG A 1509.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.170;DP=233;FS=0.000;HaplotypeScore=3846.6819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.25;MQ0=8;MQRankSum=0.805;QD=6.48;ReadPosRankSum=-0.560;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:159,74:187:99:1549,0,3949 chrIX 439372 . GCCATGG G 7285 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.438;DP=229;FS=0.000;HaplotypeScore=3314.8706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.33;MQ0=8;MQRankSum=2.694;QD=31.81;ReadPosRankSum=0.992;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,0:186:99:7285,0,1254 chrIX 439375 . ATGGAGT A,AT 5429 SnpCluster;filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.868;DP=208;FS=0.000;HaplotypeScore=3183.9038;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=24.12;MQ0=8;MQRankSum=5.037;QD=26.10;ReadPosRankSum=1.687;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:147,0,0:165:99:5429,946,1852,142,0,502 chrIX 439376 . TGGAGT T,TGT 6097 SnpCluster;filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.385;DP=206;FS=0.000;HaplotypeScore=3120.2692;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=24.21;MQ0=8;MQRankSum=4.367;QD=29.60;RPA=2,1,-1;RU=GGAGT;ReadPosRankSum=1.060;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:98,0,0:165:99:6097,810,1170,1241,0,1634 chrIX 439405 . AAGTTTGAG A 6060 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.740;DP=204;FS=0.000;HaplotypeScore=3561.2083;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.56;MQ0=0;MQRankSum=2.019;QD=29.71;ReadPosRankSum=0.896;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,70:174:99:6060,0,4781 chrIX 439407 . GTTTGAGAG G,GTTGAGAG 7244 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=3358.2949;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=24.71;MQ0=0;MQRankSum=2.696;QD=36.04;ReadPosRankSum=0.559;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:121,0,0:174:99:7244,1184,5965,5012,0,5420 chrIX 439448 . CCT C 1219.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.180;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=1548.6012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.70;MQ0=0;MQRankSum=1.629;QD=15.44;ReadPosRankSum=2.275;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,30:64:81:1262,81,0 chrIX 439452 . TC T 519.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.327;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=1728.2562;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.09;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=6.12;ReadPosRankSum=4.268;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,30:69:99:559,0,1201 chrIX 439458 . TAC T 1060.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.153;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=1699.9401;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.53;MQ0=0;MQRankSum=0.251;QD=12.78;ReadPosRankSum=4.205;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,30:68:99:1100,0,1406 chrIX 439469 . G GA 965.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.400;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=1630.6856;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.49;MQ0=0;MQRankSum=0.303;QD=13.23;ReadPosRankSum=2.077;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:64:99:1005,0,656 chrIX 439484 . GGTGGTGGGATTAGA GATGTGTGGTGGGATTAGA,G 1339.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.173;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=842.0244;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=25.98;MQ0=4;MQRankSum=1.257;QD=27.92;ReadPosRankSum=-0.112;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:29,0,8:41:99:1418,1056,2380,131,0,1209 chrIX 439493 . ATTAGAGTGGTAGGG A,ATAGAGTGGTAGGG 1226.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=578.1674;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=24.64;MQ0=4;QD=33.16;SB=-1.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,0,0:31:99:1305,521,2382,811,0,733 chrIX 439691 . GA G 3173.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.399;DP=112;FS=17.033;HaplotypeScore=939.8552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.43;MQ0=5;MQRankSum=0.007;QD=28.34;ReadPosRankSum=3.813;SB=-1.479e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,98:103:99:3216,209,0 chrIX 439742 . TGG T 1568.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.827;DP=206;FS=0.000;HaplotypeScore=2992.6603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.27;MQ0=0;MQRankSum=2.509;QD=7.62;RPA=4,2;RU=G;ReadPosRankSum=-1.929;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,55:182:99:1608,0,4553 chrIX 439801 . G GT 981.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.611;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=1567.3142;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.86;MQ0=0;MQRankSum=1.461;QD=12.43;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-2.681;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,50:64:74:1021,0,74 chrM 13802 . TA T 911.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2502;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=1.003;QD=12.16;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.641;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,68:75:82:954,82,0 chrM 18953 . C CT 99.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=33.6045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.65;MQ0=0;QD=16.52;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:141,18,0 chrM 19233 . GA G 524.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.96;MQ0=0;QD=25.00;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:54:567,54,0 chrM 20345 . GA G 131.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=17.5644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:15:173,15,0 chrM 22265 . GATAAAA G 5056 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=215;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=71.5030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=23.52;RPA=4,3;RU=ATAAAA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:126,83:215:99:5056,223,0 chrM 23746 . TATTA T 1099.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=184.5393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.28;MQ0=2;QD=15.71;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,27:68:92:1142,92,0 chrM 26223 . CGGG C 116.38 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.067;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=135.1067;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=8.31;ReadPosRankSum=-3.067;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:7:155,0,7 chrM 26226 . G GAC 852.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=227.6875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.41;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,19:29:87:895,87,0 chrM 26228 . T TTTTC 2745.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=138.2494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.17;MQ0=0;QD=58.42;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,43:47:99:2788,129,0 chrM 41907 . AATTATT A 1307.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=77.1415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;QD=65.40;RPA=4,2;RU=ATT;SB=-4.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:20:54:1350,54,0 chrM 44492 . TG T 152.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.78;MQ0=0;QD=25.35;RPA=5,4;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:194,18,0 chrM 58189 . T TTA 259.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=14.7370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.55;MQ0=0;QD=37.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:301,21,0 chrM 59504 . TATATA T 375.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=7.5424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.56;MQ0=0;QD=31.33;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:24:418,24,0 chrM 60569 . T TAAAAAA 3303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=282.8932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.51;MQ0=0;QD=43.46;SB=-1.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,49:76:99:3303,159,0 chrM 61848 . TAC T 889.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=167.8643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=46.84;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57:932,57,0 chrM 80086 . AT A 128.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=140.7687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=21.37;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:6:15:170,15,0 chrV 162 . ATAC A 1316.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=205.4803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.44;MQ0=0;QD=5.27;RPA=3,2;RU=TAC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,244:33:90:1359,90,0 chrV 192 . GA G 1043.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=297.7088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.01;MQ0=1;QD=4.18;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,210:57:99:1086,146,0 chrV 3671 . AGCGCTCGGAAGCTCGTTCCTGCAATAAAGTG A 147.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=28.2740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.53;MQ0=9;QD=4.32;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,25:7:21:189,21,0 chrV 4096 . ATAAC A 2141.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=182.4020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.24;MQ0=33;QD=30.60;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,39:36:99:2184,105,0 chrV 5883 . CAAA C 1698.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.49;MQ0=146;QD=6.80;RPA=4,1;RU=A;SB=-5.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,191:87:99:1741,150,0 chrV 6660 . A AC 473.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=219.4008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.59;MQ0=0;QD=24.95;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:19:42:516,42,0 chrV 12616 . C CAG 5241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=1228.9465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.94;MQ0=0;QD=46.38;SB=-2.465e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:113:99:5241,328,0 chrV 13009 . CT C 2810.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=653.7562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=19.94;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.017e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,124:141:99:2853,359,0 chrV 13493 . 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TA T 2700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=1000.9210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.24;MQ0=0;QD=20.78;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.099e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,111:130:99:2743,342,0 chrV 15397 . A AG 4355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=693.7527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.18;MQ0=0;QD=29.63;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.723e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,138:147:99:4355,382,0 chrV 16072 . ATTT A 3965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.618;DP=160;FS=4.899;HaplotypeScore=78.1059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.255;QD=24.78;RPA=13,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.291;SB=-1.644e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,109:160:99:3965,253,0 chrV 18054 . AC A 1426.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=76.6644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;QD=31.02;RPA=2,1;RU=C;SB=-6.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:46:99:1469,129,0 chrV 18926 . 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AG A 911.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=1135.3146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.70;MQ0=0;QD=28.50;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:32:78:954,78,0 chrV 19574 . CAAAAAAA C,CAAAAAA 10235 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.012;DP=190;FS=0.000;HaplotypeScore=784.0245;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=46.02;MQ0=11;MQRankSum=0.090;QD=53.87;RPA=13,6,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.620;SB=-4.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,154,0:175:99:10235,275,863,9123,0,8794 chrV 21338 . ATTGA A,ATGA 2282.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.192;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=261.1083;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=43.38;MQ0=4;MQRankSum=-0.289;QD=24.03;ReadPosRankSum=0.481;SB=-4.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:46,0,0:88:99:2361,1015,1714,1191,0,1003 chrV 24191 . CT C 3478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=70.1858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.00;MQ0=0;QD=30.78;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.523e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,104:113:99:3478,301,0 chrV 24278 . GT G 1960.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.652;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=82.0081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.875;QD=17.35;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.024;SB=-1.001e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,87:113:99:2003,250,0 chrV 24480 . GA G 3176.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=264.7125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;QD=29.15;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.513e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,103:109:99:3219,304,0 chrV 25325 . A AT 1962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=187.6199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.43;MQ0=0;QD=26.89;RPA=2,3;RU=T;SB=-7.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,64:73:99:2005,189,0 chrV 25397 . G GAA 1724.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.317;DP=80;FS=2.601;HaplotypeScore=361.4637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.550;QD=21.56;RPA=9,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.050;SB=-4.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,45:80:99:1767,119,0 chrV 33475 . C CT 637.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.400;DP=86;FS=6.716;HaplotypeScore=54.1312;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.113;QD=7.42;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.242;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,45:86:92:677,0,92 chrV 34324 . T TA 2248.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.734;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=78.9918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.798;QD=19.06;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.351;SB=-1.098e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,101:118:99:2291,220,0 chrV 36289 . G GT 469.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.138;DP=53;FS=2.079;HaplotypeScore=31.7951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.965;QD=8.86;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.800;SB=-1.889e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,21:53:27:510,27,0 chrV 39894 . TAA T 821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=21.63;RPA=12,10;RU=A;SB=-3.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,30:38:84:864,84,0 chrV 40008 . GA G 664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=16.1324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;QD=15.46;RPA=10,9;RU=A;SB=-2.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,36:43:98:707,98,0 chrV 41593 . G GCTT 7653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=671.5635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=34.32;RPA=4,5;RU=CTT;SB=-3.117e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,170:223:99:7653,497,0 chrV 42396 . A AT 2760.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=122.6882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;QD=23.80;RPA=5,6;RU=T;SB=-7.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,112:116:99:2803,306,0 chrV 42708 . CTCTATCTG C 17738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=264.6453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=71.24;RPA=2,1;RU=TCTATCTG;SB=-5.397e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,214:248:99:17738,608,0 chrV 43035 . AC A 6552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=195;FS=0.000;HaplotypeScore=548.9482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;QD=33.60;SB=-3.200e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,184:195:99:6552,536,0 chrV 46382 . T TA 2370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=345.8569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.20;MQ0=0;QD=32.48;SB=-9.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:73:99:2413,208,0 chrV 46739 . GT G 2664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=367.9105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=23.38;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,95:114:99:2707,288,0 chrV 46756 . C CCT 4700 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=341.8679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;QD=36.43;RPA=2,3;RU=CT;SB=-1.790e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,113:129:99:4700,343,0 chrV 51706 . TA T 3472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=139.8187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;QD=27.78;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.519e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,123:125:99:3472,349,0 chrV 52435 . 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G GTA 5420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.701;DP=198;FS=20.562;HaplotypeScore=2129.1407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.45;MQ0=0;MQRankSum=1.239;QD=27.37;ReadPosRankSum=5.549;SB=-2.127e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,164:194:99:5420,433,0 chrV 63709 . C CTA 5569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=7.584;DP=197;FS=27.598;HaplotypeScore=2109.4372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.35;MQ0=0;MQRankSum=0.580;QD=28.27;ReadPosRankSum=7.669;SB=-2.102e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,165:193:99:5569,387,0 chrV 67085 . AAT A 164.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=11.1744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=10.26;RPA=7,6;RU=AT;SB=-3.387e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,6:16:18:206,18,0 chrV 67575 . G GA 6642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=69.1749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=35.14;SB=-2.545e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,184:189:99:6642,517,0 chrV 69243 . G GT 4868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=425.0451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=32.03;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.234e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,146:152:99:4868,421,0 chrV 70382 . GA G 807.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=144.4891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=11.38;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,44:71:99:850,116,0 chrV 73474 . CT C 1152.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.952;DP=87;FS=3.053;HaplotypeScore=269.9383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=1.154;QD=13.25;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.304;SB=-5.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,64:87:99:1195,146,0 chrV 77905 . CA C 2580.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=164.7056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=30.01;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.228e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:86:99:2623,241,0 chrV 79234 . A ATCATCATTTTCTTCTTCTTCTTCT 22725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=210.1742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.17;MQ0=0;QD=129.12;SB=-1.123e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,111:176:99:22725,460,0 chrV 80132 . G GAT 3381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.590;DP=135;FS=4.411;HaplotypeScore=645.6527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.15;MQ0=0;MQRankSum=0.506;QD=25.04;RPA=6,7;RU=AT;ReadPosRankSum=0.187;SB=-1.613e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,96:135:99:3381,155,0 chrV 81194 . GTTATTATTATTATTATTGTTATTA G 3120.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=135.2333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;QD=48.76;SB=-1.538e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,29:64:81:3163,81,0 chrV 84933 . AC A 4091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=650.4213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.65;MQ0=0;QD=31.96;RPA=2,1;RU=C;SB=-9.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:128:99:4091,364,0 chrV 86188 . GA G 1180.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=104.3911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=14.23;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,61:83:99:1223,164,0 chrV 86392 . TGCAG T 3294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=142.8196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=53.13;RPA=2,1;RU=GCAG;SB=-1.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,58:61:99:3294,166,0 chrV 86488 . CAAAAAAAAAA C 1734.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.788;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.419;QD=46.89;RPA=25,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.788;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,12:37:46:1777,46,0 chrV 86696 . C CTT 2536.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=222.2346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.13;MQ0=0;QD=24.87;RPA=8,10;RU=T;SB=-1.163e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,63:102:99:2579,235,0 chrV 86821 . G GT 2844.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=492.5306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=27.89;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.214e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,95:102:99:2887,271,0 chrV 89858 . C CA 2649.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.001;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=235.2450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.424;QD=27.32;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.386;SB=-1.138e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,92:97:99:2692,266,0 chrV 94098 . A AT 2880.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=728.4798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.43;MQ0=0;QD=32.01;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.281e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:2923,265,0 chrV 99584 . G GTCA 10387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;FS=0.000;HaplotypeScore=216.8733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=49.23;SB=-4.686e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,202:211:99:10387,590,0 chrV 100303 . A AC 1864.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=217.0850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.15;MQ0=0;QD=31.61;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:59:99:1907,156,0 chrV 100355 . G GT 283.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.796;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=288.9437;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.903;QD=9.47;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.584;SB=-9.497e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,17:30:36:326,36,0 chrV 100573 . TAAAA T 903.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.509;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=144.9627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.10;MQ0=0;MQRankSum=1.713;QD=22.60;RPA=22,18;RU=A;ReadPosRankSum=0.324;SB=-3.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,15:40:48:946,48,0 chrV 106514 . TC T 4538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=940.9880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.42;MQ0=0;QD=32.18;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.976e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,134:141:99:4538,406,0 chrV 106565 . 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A AT 752.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=93.2074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.07;MQ0=0;QD=28.96;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:75:795,75,0 chrV 118577 . CATATATAT C 834.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=40.3068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;QD=30.92;RPA=13,9;RU=AT;SB=-3.009e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,9:27:33:877,33,0 chrV 120378 . TC T 1679.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=386.7599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;QD=24.35;RPA=2,1;RU=C;SB=-7.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:1722,177,0 chrV 122439 . CA C 1564.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=189.0270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=20.06;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:78:99:1607,215,0 chrV 122638 . GCA G 2303.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;QD=27.43;RPA=5,4;RU=CA;SB=-3.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,71:84:99:2346,193,0 chrV 122728 . GAAAAA G 3485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=36.1259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=47.09;RPA=16,11;RU=A;SB=-5.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,54:74:99:3485,184,0 chrV 123598 . AG A 5503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=209;FS=0.000;HaplotypeScore=111.2515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=26.33;RPA=4,3;RU=G;SB=-2.164e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,195:209:99:5503,538,0 chrV 124306 . C CTTT 5893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=39.5918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=51.69;SB=-2.654e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:114:99:5893,334,0 chrV 126489 . G GT 1677.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=164.8020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=12.71;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-2.454;SB=-7.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,84:132:99:1720,100,0 chrV 128407 . TATA T 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=28.8633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=40.92;RPA=2,1;RU=ATA;SB=-2.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,66:79:99:3278,205,0 chrV 130938 . C CA 1921.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=87.7315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=25.97;RPA=5,6;RU=A;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,66:74:99:1964,207,0 chrV 131073 . GA G 2360.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=267.1378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=21.08;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,101:112:99:2403,299,0 chrV 131558 . TAA T 2221.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=236.1318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.59;MQ0=0;QD=25.25;RPA=11,9;RU=A;SB=-9.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,77:88:99:2264,219,0 chrV 132564 . A ACGCACA 3355 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=86.8344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.47;MQ0=0;QD=52.42;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,22:64:99:3355,159,0 chrV 133007 . GTCTA G 8034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=396.6879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.91;MQ0=1;QD=49.59;RPA=2,1;RU=TCTA;SB=-3.048e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,151:161:99:8034,421,0 chrV 135416 . G GA 2340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.70;MQ0=0;QD=24.13;RPA=5,6;RU=A;SB=-6.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,88:96:99:2383,258,0 chrV 136506 . TA T 1984.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=431.9414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=20.46;RPA=7,6;RU=A;SB=-7.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,84:97:99:2027,234,0 chrV 137815 . G GA 3711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=253.6161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.30;MQ0=0;QD=26.32;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.414e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,132:141:99:3711,385,0 chrV 138737 . GT G 2220.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=174.2080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=19.48;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,104:114:99:2263,296,0 chrV 139883 . ATT A 1008.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=8.2883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.57;MQ0=0;QD=36.03;RPA=3,1;RU=T;SB=-4.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:72:1051,72,0 chrV 140336 . T TTTTGTTTTGTTTTGA 7361 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=95.7336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.95;MQ0=0;QD=131.45;SB=-3.403e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:56:99:7361,168,0 chrV 146798 . TCTTC T 8349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=195.0012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=51.54;SB=-4.118e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,149:162:99:8349,439,0 chrV 152099 . G GA 761.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=118.0785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.24;MQ0=0;QD=22.41;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:90:804,90,0 chrV 152271 . TAATTCCTGCTGACA T 10795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=307.7010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.74;MQ0=0;QD=131.65;SB=-9.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,71:82:99:10795,217,0 chrV 152924 . G GAA,GA 1131.96 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.058;DP=105;FS=5.799;HaplotypeScore=119.0267;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.692;QD=10.78;RPA=12,14,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.637;SB=-5.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:52,6,44:105:60:1210,638,694,128,0,60 chrV 153026 . GA G 2867.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.910;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=59.9699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.386;QD=15.85;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.508;SB=-1.428e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,154:181:99:2910,387,0 chrV 155858 . G GA 3292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=140.9678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=30.48;RPA=2,3;RU=A;SB=-6.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:108:99:3292,304,0 chrV 156477 . TTACCGCTACAAAGGG T 10965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.93;MQ0=0;QD=124.60;SB=-4.195e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,70:88:99:10965,211,0 chrV 157054 . G GGATGAA 9858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;FS=0.000;HaplotypeScore=555.0336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=43.81;RPA=4,5;RU=GATGAA;SB=-3.954e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:68,154:225:99:9858,436,0 chrV 159027 . CAA C,CA 321.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.940;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=140.3471;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=0.081;QD=3.13;RPA=18,16,17;RU=A;ReadPosRankSum=1.853;SB=-1.718e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:63,8,0:103:88:400,171,255,103,0,88 chrV 162567 . GT G 1953.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;DP=128;FS=5.096;HaplotypeScore=47.0320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=15.27;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.374;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,107:128:99:1996,202,0 chrV 167423 . GA G 2573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=43.7886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;QD=20.59;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.003e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,114:125:99:2616,317,0 chrV 172615 . A ATATG 672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=16.4469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.10;MQ0=0;QD=32.05;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:21:51:715,51,0 chrV 175080 . G GA 5112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=222;FS=0.000;HaplotypeScore=135.2595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=23.03;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.877e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,200:222:99:5112,561,0 chrV 175185 . T TA 4338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;FS=0.000;HaplotypeScore=350.8311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=22.48;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.776e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,159:193:99:4338,477,0 chrV 176067 . TTA T 3806 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=33.68;SB=-5.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,105:113:99:3806,304,0 chrV 177603 . C CGATTTGTAA 5833 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=19.2444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.98;MQ0=0;QD=108.02;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,41:54:99:5833,163,0 chrV 187395 . 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TGTTCACGAGAGGAAGGAA T 23561 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=487.2396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.34;MQ0=0;QD=153.99;SB=-9.479e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,115:153:99:23561,379,0 chrV 194693 . GAA G 4135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=464.0179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.62;MQ0=0;QD=26.51;RPA=11,9;RU=A;SB=-1.219e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,143:156:99:4135,400,0 chrV 196609 . TA T 221.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.349;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=103.9460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.90;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.17;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.349;SB=-1.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,15:36:28:264,28,0 chrV 198592 . GTATATA G 1123.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=124.4675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=36.26;RPA=11,8;RU=TA;SB=-5.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,17:31:51:1166,51,0 chrV 198800 . T TC 4068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=100.0658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;QD=38.02;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:107:99:4068,313,0 chrV 207012 . C CT 1184.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.723;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=25.8930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=0.510;QD=16.93;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.237;SB=-2.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,46:70:99:1227,127,0 chrV 207144 . ATT A 1186.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.758;DP=66;FS=173.668;HaplotypeScore=139.4748;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.62;MQ0=0;MQRankSum=1.323;QD=17.98;ReadPosRankSum=-1.126;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:1226,0,1340 chrV 212029 . C CA 1738.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.024;DP=85;FS=3.720;HaplotypeScore=132.3737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.688;QD=20.46;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.119;SB=-7.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,77:85:99:1781,196,0 chrV 217705 . ACA A,AA 1027.03 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.352;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=101.6659;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=64.22;MQ0=0;MQRankSum=1.312;QD=15.10;ReadPosRankSum=-1.609;SB=-4.341e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:14,0,0:68:53:1105,464,410,189,0,53 chrV 221394 . TA T 2275.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.882;DP=150;FS=3.032;HaplotypeScore=321.7173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.768;QD=15.17;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.251;SB=-1.107e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,120:150:99:2318,313,0 chrV 223127 . A ATTTT 1459.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=110.5394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.60;MQ0=0;QD=32.44;RPA=11,15;RU=T;SB=-6.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,25:45:98:1502,98,0 chrV 225444 . TC T 1053.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=93.0339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=27.02;RPA=6,5;RU=C;SB=-5.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1096,114,0 chrV 232281 . CTTT C 2100.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=156.9475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=29.59;RPA=12,9;RU=T;SB=-5.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,59:71:99:2143,159,0 chrV 237191 . T TG 4662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=54.3304;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.01;MQ0=0;QD=33.06;SB=-1.675e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,133:141:99:4662,367,0 chrV 241578 . G GA 1163.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.070;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=119.5121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=1.194;QD=15.32;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,56:76:99:1206,112,0 chrV 241704 . TA T 367.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=28.5941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;QD=16.73;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,17:22:54:410,54,0 chrV 241934 . A AG 1568.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=239.9992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.52;MQ0=0;QD=25.72;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:99:1611,147,0 chrV 242437 . GT G 5703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1454.7226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.10;MQ0=0;QD=33.75;SB=-2.789e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,155:169:99:5703,460,0 chrV 242690 . TG T 5114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=453.7421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.06;MQ0=0;QD=27.95;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.908e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,173:183:99:5114,499,0 chrV 243735 . C CCGCTT 2235.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=88.5690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.69;MQ0=0;QD=72.13;SB=-2.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:93:2278,93,0 chrV 245645 . T TTTC 5303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=63.3905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=29.46;RPA=6,7;RU=TTC;SB=-2.051e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,132:180:99:5303,367,0 chrV 246872 . A AT 3335 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=457.7351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=37.06;SB=-1.255e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3335,265,0 chrV 248362 . G GC 4809 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=603.1189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.07;MQ0=0;QD=28.46;RPA=4,5;RU=C;SB=-2.301e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,160:169:99:4809,469,0 chrV 248412 . C CTGCAACTGAAGAA 20863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=565.7866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.45;MQ0=0;QD=131.21;SB=-4.968e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,94:159:99:20863,451,0 chrV 248471 . T TA 6323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=1099.8803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.33;MQ0=0;QD=33.63;SB=-2.983e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,180:188:99:6323,517,0 chrV 248834 . GA G 2062.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=447.8135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.97;MQ0=0;QD=20.23;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.018e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,91:102:99:2105,266,0 chrV 249037 . TA T 2321.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=265.2350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.70;MQ0=0;QD=26.39;SB=-1.072e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:88:99:2364,228,0 chrV 249198 . T TC 3228.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=591.0359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.91;MQ0=0;QD=29.62;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.225e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,99:109:99:3271,304,0 chrV 249313 . TG T 3964 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=546.8902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.27;MQ0=0;QD=30.26;SB=-1.961e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:131:99:3964,367,0 chrV 249753 . G GGTATACCTT 4751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=228.9119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.12;MQ0=0;QD=57.94;RPA=1,2;RU=GTATACCTT;SB=-4.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,36:82:99:4751,141,0 chrV 249929 . A AC 425.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=215.7665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.73;MQ0=2;QD=20.28;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,14:18:39:468,39,0 chrV 250490 . C CTTA 2374.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=182.3289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.10;MQ0=0;QD=34.93;RPA=3,4;RU=TTA;SB=-8.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,55:68:99:2417,153,0 chrV 251561 . GA G 628.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.526;DP=67;FS=5.958;HaplotypeScore=116.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;MQRankSum=0.576;QD=9.39;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=2.128;SB=-3.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,37:67:73:671,73,0 chrV 253919 . A AG 2790.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=429.3520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=29.07;SB=-4.870e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:96:99:2833,273,0 chrV 254468 . G GA 4007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=113.9879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=28.02;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.477e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,137:143:99:4007,370,0 chrV 256303 . GTATATATATA G 1993.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=20.0724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.89;MQ0=0;QD=68.76;RPA=12,7;RU=TA;SB=-7.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,19:29:57:2036,57,0 chrV 258177 . G GAA,GA 634.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.351;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=71.1181;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=0.317;QD=6.98;RPA=13,15,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.162;SB=-2.554e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:49,6,30:91:46:712,323,435,47,0,46 chrV 259747 . GA G 1758.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=107;FS=4.771;HaplotypeScore=321.9774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.619;QD=16.44;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.536;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,90:107:99:1801,224,0 chrV 259981 . G GTCCAATGCT 19830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=65.7295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.47;MQ0=0;QD=100.15;SB=-4.447e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,147:198:99:19830,557,0 chrV 260179 . C CG 6778 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;FS=0.000;HaplotypeScore=668.5366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.79;MQ0=0;QD=31.97;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.107e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,204:212:99:6778,569,0 chrV 260698 . T TA 1818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=237.0996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.32;RPA=6,7;RU=A;SB=-7.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,69:78:99:1861,207,0 chrV 261332 . CA C 1893.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=226.8550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=29.14;SB=-6.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,54:64:99:1936,174,0 chrV 261627 . G GT 2063.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=36.8031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=21.96;RPA=8,9;RU=T;SB=-2.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,86:94:99:2106,246,0 chrV 261803 . CT C 3118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=257.6199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=25.36;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.415e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,116:123:99:3161,336,0 chrV 263748 . TG T 2485.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.25;MQ0=0;QD=29.59;SB=-8.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:84:99:2528,222,0 chrV 264585 . T TA 3486 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=184.6318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.51;MQ0=0;QD=24.90;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.187e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,132:140:99:3486,375,0 chrV 264848 . A AT 2651.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=35.0953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=28.21;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.284e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,76:94:99:2694,243,0 chrV 266246 . CT C 759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=168.2775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;MQRankSum=0.087;QD=14.61;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.866;SB=-8.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,39:52:99:802,108,0 chrV 266413 . T TG 4262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=302.1619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=33.56;SB=-1.742e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,124:127:99:4262,349,0 chrV 268335 . G GA 31.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=76.0576;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=0.55;RPA=16,17;RU=A;ReadPosRankSum=-1.734;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,8:58:71:71,0,333 chrV 268848 . C CT 1701.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;DP=118;FS=11.988;HaplotypeScore=67.7449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.868;QD=14.42;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.287;SB=-5.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,75:118:59:1744,59,0 chrV 269098 . TC T 3307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=1515.9858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=27.79;SB=-1.114e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,104:119:99:3307,342,0 chrV 269159 . GAA G 1933.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.103;DP=101;FS=9.423;HaplotypeScore=1115.8737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=19.15;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.544;SB=-9.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,73:101:99:1976,189,0 chrV 270453 . CT C 2398.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=522.7686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.11;MQ0=0;QD=17.01;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,122:141:99:2441,337,0 chrV 274156 . GAA G 2799.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;DP=121;FS=3.603;HaplotypeScore=624.4729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.52;MQ0=0;MQRankSum=0.419;QD=23.14;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.419;SB=-1.214e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,99:120:99:2842,248,0 chrV 274360 . CT C 2061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=58.3809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=16.50;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,104:125:99:2104,292,0 chrV 278274 . GAT G 2127.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=27.0849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.84;MQ0=0;QD=27.64;RPA=5,4;RU=AT;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,64:76:99:2170,181,0 chrV 281142 . GC G 5052 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=543.4089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=31.19;RPA=2,1;RU=C;SB=-2.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,156:162:99:5052,454,0 chrV 281237 . GGA G 5955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=345.0576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=35.24;RPA=2,1;RU=GA;SB=-2.394e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,158:169:99:5955,445,0 chrV 284428 . CGTGTGTGT C 855.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.32;MQ0=0;QD=57.06;RPA=11,7;RU=GT;SB=-9.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:42:898,42,0 chrV 285062 . G GAA 7490 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=446.5991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.86;MQ0=0;QD=38.02;RPA=2,4;RU=A;SB=-1.708e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,191:197:99:7490,560,0 chrV 287402 . CT C 2320.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=199.7306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=24.18;RPA=4,3;RU=T;SB=-9.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,91:96:99:2363,252,0 chrV 289244 . AT A 1429.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.348;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=324.5903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=1.304;QD=9.29;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.768;SB=-6.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,92:154:99:1472,153,0 chrV 289645 . GTT G 4100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=391.7702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.24;MQ0=0;QD=35.04;RPA=4,2;RU=T;SB=-1.462e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,109:106:99:4100,289,0 chrV 291632 . CT C 2108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.860;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=90.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.705;QD=13.18;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.576;SB=-9.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,115:160:99:2151,289,0 chrV 295243 . AT A 1174.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=40.1845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=13.82;RPA=11,10;RU=T;SB=-5.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,62:85:99:1217,174,0 chrV 298891 . CT C 3816 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=143.2329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=23.27;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.144e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,156:164:99:3816,411,0 chrV 301647 . A ATTC 3532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=42.2122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=43.60;SB=-1.212e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,72:81:99:3532,205,0 chrV 303364 . GT G 2347.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=535.8719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;QD=23.02;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.052e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,92:102:99:2390,273,0 chrV 303417 . TA T 1946.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=759.2297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.24;MQ0=0;QD=18.72;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,83:104:99:1989,254,0 chrV 303524 . ATT A 2089.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=638.3027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.14;MQ0=0;QD=25.18;RPA=11,9;RU=T;SB=-8.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,66:82:99:2132,207,0 chrV 303657 . AT A 1708.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=46.0942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.00;MQ0=0;QD=17.44;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,85:98:99:1751,240,0 chrV 305799 . C CTTT 698.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=11.9489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.22;MQ0=0;QD=18.89;RPA=16,19;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,22:36:77:741,77,0 chrV 305894 . AT A 2162.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=419.0261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.62;MQ0=0;QD=25.75;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,77:84:99:2205,231,0 chrV 305935 . TA T 3228.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=448.8320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.35;MQ0=0;QD=27.83;RPA=3,2;RU=A;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,108:116:99:3270,316,0 chrV 308000 . 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A ATTGC 6421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=504.9735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=44.90;RPA=2,3;RU=TTGC;SB=-3.166e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,117:143:99:6421,349,0 chrV 314042 . CA C 2747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=540.9100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.36;MQ0=0;QD=23.49;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.322e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,107:117:99:2790,315,0 chrV 314457 . CA C 2340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=46.8121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.20;MQ0=0;QD=16.84;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.027e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,118:139:99:2383,311,0 chrV 316709 . AT A 1090.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=99.4234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.851;QD=16.04;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.321;SB=-5.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,60:68:99:1133,151,0 chrV 319639 . 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A AT 4837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.689;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=199.0218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.176;QD=26.15;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.684;SB=-2.165e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,171:185:99:4837,475,0 chrV 349345 . ATT A 4718 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=278.2415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.85;MQ0=0;QD=26.51;RPA=10,8;RU=T;SB=-2.005e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,150:178:99:4718,445,0 chrV 351576 . GT G 4083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=1147.5431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.71;MQ0=0;QD=23.07;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.873e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,151:177:99:4083,474,0 chrV 351607 . AAAAAAGAAT A 15568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=324.6863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.30;MQ0=0;QD=94.93;SB=-7.336e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,139:164:99:15568,457,0 chrV 353274 . GT G 2667.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.705;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=59.6689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.553;QD=16.57;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.326;SB=-1.318e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,132:161:99:2710,317,0 chrV 355008 . C CT 3488 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=1473.8343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.93;MQ0=0;QD=23.41;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.495e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,132:149:99:3488,381,0 chrV 355025 . AGTG A 5259 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=1496.6919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.79;MQ0=0;QD=39.54;SB=-2.300e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,101:133:99:5259,336,0 chrV 355030 . A ACAC 5297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;DP=112;FS=6.140;HaplotypeScore=1329.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.139;QD=47.29;ReadPosRankSum=2.184;SB=-2.630e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,101:112:99:5297,288,0 chrV 355237 . T TG 5378 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=75.1338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.47;MQ0=0;QD=35.62;SB=-2.637e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,146:151:99:5378,421,0 chrV 357894 . CT C 1514.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.787;DP=97;FS=3.424;HaplotypeScore=229.0569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.652;QD=15.62;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.922;SB=-6.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,78:97:99:1557,203,0 chrV 358045 . AT A 2756.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=282.5512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;MQ0=0;QD=20.12;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.353e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,130:137:99:2799,365,0 chrV 360341 . T TA 2486.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=183.9927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;QD=24.87;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,93:100:99:2529,255,0 chrV 360499 . A AT 3181.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=103.7234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=27.67;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,101:115:99:3224,322,0 chrV 362360 . AAT A 4120 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=1068.9181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.83;MQ0=0;QD=32.19;RPA=3,2;RU=AT;SB=-1.561e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,115:128:99:4120,325,0 chrV 362649 . C CTTA 9519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=208;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=758.4196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.86;MQ0=0;QD=45.76;RPA=1,2;RU=TTA;SB=-2.868e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,193:208:99:9519,562,0 chrV 362913 . GTACTGCAAT G 11215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=336.0555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.33;MQ0=0;QD=96.68;SB=-4.725e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,99:116:99:11215,301,0 chrV 366655 . A ATT 5893 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=53.1515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.19;MQ0=0;QD=46.40;SB=-1.324e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:127:99:5893,373,0 chrV 372082 . C CT 1629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=21.4758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.80;MQ0=0;QD=23.29;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,54:70:99:1672,156,0 chrV 372265 . A AG 1983.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=288.5726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.88;MQ0=0;QD=32.52;RPA=1,2;RU=G;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:2026,177,0 chrV 372317 . GA G 1400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.905;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=189.0615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.370;QD=17.51;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.026;SB=-4.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,71:80:99:1443,174,0 chrV 374814 . TGC T 2260.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=230.1876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=22.39;ReadPosRankSum=2.924;SB=-5.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,72:101:99:2303,224,0 chrV 377449 . ACTGCTGTTGCTGCTGTTGCTGCTG A 20135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=39.5093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.57;MQ0=0;QD=151.39;SB=-8.477e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,114:131:99:20135,322,0 chrV 382501 . CA C 892.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=156.2288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.33;MQ0=0;QD=27.90;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:87:935,87,0 chrV 382523 . CAAAA C 736.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=153.2631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.50;MQ0=0;QD=26.32;RPA=18,14;RU=A;SB=-2.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,14:27:51:779,51,0 chrV 384833 . A ATGT 5837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=291.1811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.373;QD=34.95;RPA=5,6;RU=TGT;ReadPosRankSum=-0.757;SB=-2.547e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,134:167:99:5837,361,0 chrV 386286 . CT C 1613.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.688;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=214.3154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.06;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=16.14;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.022;SB=-6.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,80:100:99:1656,228,0 chrV 386354 . AT A 2561.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=165.8656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=28.47;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.158e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,86:90:99:2604,241,0 chrV 394074 . GTT G 1831.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=143.6036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=22.07;RPA=9,7;RU=T;SB=-8.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,67:83:99:1874,180,0 chrV 394965 . AT A 1895.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=388.4756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=16.49;RPA=11,10;RU=T;SB=-8.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,94:115:99:1938,282,0 chrV 395202 . CA C 1293.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.010;DP=108;FS=3.259;HaplotypeScore=237.5416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=0.818;QD=11.98;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.203;SB=-6.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,58:108:99:1336,191,0 chrV 400988 . CT C 3592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.197;DP=234;DS;FS=2.245;HaplotypeScore=99.8004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=15.35;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.246;SB=-1.631e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,189:234:99:3592,467,0 chrV 402835 . GA G 1128.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=57.9857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=15.68;RPA=12,11;RU=A;SB=-5.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,64:72:99:1171,169,0 chrV 409531 . AC A 4213 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=800.3872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.87;MQ0=0;QD=32.66;SB=-1.293e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:129:99:4213,352,0 chrV 410181 . GA G 2443.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=39.1267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.16;MQ0=0;QD=18.95;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,119:129:99:2486,326,0 chrV 413363 . TAAA T 2304.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=66.4379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=24.78;RPA=14,11;RU=A;SB=-4.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,62:93:99:2347,185,0 chrV 414432 . CA C 3398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=305.9703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.33;MQ0=0;QD=26.55;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.624e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,121:128:99:3398,331,0 chrV 420744 . ATGTTAATCAGATATATGGTAGAAAGCTCTAACTTTTTACCCT A 8063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=31.9754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.14;MQ0=0;QD=84.87;SB=-2.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,31:95:81:8063,81,0 chrV 422990 . CA C 1536.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.456;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=202.5084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=2.142;QD=11.73;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.936;SB=-5.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,92:131:99:1579,126,0 chrV 423672 . AT A 2017.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=30.4445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=21.02;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,87:96:99:2060,237,0 chrV 425041 . C CA 659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.062;DP=47;FS=4.122;HaplotypeScore=28.9249;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=14.04;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.174;SB=-2.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,26:47:72:702,72,0 chrV 425152 . C CT 2844.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.454;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=56.3811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;MQRankSum=1.639;QD=22.58;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.608;SB=-5.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,115:126:99:2887,317,0 chrV 435099 . TAATC T 1886.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=109.4282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.78;MQ0=0;QD=48.38;SB=-6.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:39:99:1929,99,0 chrV 435157 . T TG 205.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=297.3382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=29.29;RPA=2,3;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:247,21,0 chrV 435193 . A AT 572.42 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.261;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=1124.9797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.358;QD=21.20;ReadPosRankSum=2.165;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:27:7:613,7,0 chrV 435196 . AC A 511.98 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.739;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=1102.6883;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.042;QD=18.96;ReadPosRankSum=2.662;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,24:27:22:551,0,22 chrV 435206 . T TA 1031.42 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.810;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=1428.0704;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.085;QD=27.88;ReadPosRankSum=1.530;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,34:37:1:1069,0,1 chrV 435221 . GAA G 1427.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.898;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=1558.9549;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.00;MQ0=1;MQRankSum=0.897;QD=30.38;RPA=6,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.864;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,40:46:94:1467,0,94 chrV 435244 . GC G 1088.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.117;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=1379.3558;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.85;MQ0=1;MQRankSum=1.249;QD=23.67;ReadPosRankSum=-0.675;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,38:45:99:1128,0,155 chrV 435287 . C CG 222.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DP=14;FS=26.946;HaplotypeScore=220.0524;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.87;MQ0=1;MQRankSum=2.637;QD=15.93;ReadPosRankSum=1.239;SB=-2.977e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:13:99:262,0,109 chrV 435294 . ACTT A 372.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DP=13;FS=26.946;HaplotypeScore=202.5591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.08;MQ0=1;MQRankSum=2.637;QD=28.69;ReadPosRankSum=2.637;SB=-2.977e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:12:99:412,0,172 chrV 435300 . TCA T 302.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.262;DP=13;FS=22.175;HaplotypeScore=209.8962;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.08;MQ0=1;MQRankSum=2.262;QD=23.31;ReadPosRankSum=2.262;SB=-2.977e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:12:99:342,0,106 chrV 435370 . AT A 42.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=17.3913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.01;MQ0=0;QD=8.50;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12:84,12,0 chrV 435548 . GTAACAAAA G 4893 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=399.2810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.62;MQ0=0;QD=90.61;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:54:99:4893,157,0 chrV 435946 . TG T 1122.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=189.6362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.40;MQ0=0;QD=29.55;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:38:96:1165,96,0 chrV 436448 . GCTCATATATATAACTTC G 7075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=160.7217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.57;MQ0=0;QD=79.49;RPA=2,1;RU=CTCATATATATAACTTC;SB=-4.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,58:89:99:7075,168,0 chrV 441153 . CT C 1307.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.598;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=81.4895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.959;QD=13.62;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-6.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,77:96:99:1350,139,0 chrV 441934 . GT G 4611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=377.1491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=1;QD=34.16;SB=-2.294e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:134:99:4611,370,0 chrV 442844 . G GA 2709.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=484.6663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.08;MQ0=0;QD=25.33;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.221e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,99:103:99:2752,283,0 chrV 443199 . A AG 1677.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=194.4121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.49;MQ0=0;QD=23.97;SB=-6.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:64:99:1720,156,0 chrV 443341 . C CT 2196.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=618.9109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.06;MQ0=0;QD=36.02;SB=-4.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:61:99:2239,175,0 chrV 443371 . GTTGGAATA G 1373.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=546.6295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.43;MQ0=0;QD=80.82;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51:1416,51,0 chrV 443384 . T TG 151.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=668.7809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.43;MQ0=0;QD=8.94;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:45:194,45,0 chrV 443390 . A AG 320.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=663.1614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.735;QD=16.05;ReadPosRankSum=1.542;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,17:20:30:363,30,0 chrV 443392 . C CA 242.10 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=669.9157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.735;QD=12.10;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.542;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,17:20:18:284,18,0 chrV 449846 . TA T 2718.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=110.3469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.64;MQ0=0;QD=24.72;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.117e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,103:110:99:2761,294,0 chrV 450195 . AT A 3887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=269.0590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=30.13;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.838e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,123:129:99:3887,340,0 chrV 450306 . C CA 5427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=345.4517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=35.70;SB=-2.613e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,140:152:99:5427,427,0 chrV 451284 . G GA 3228.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=90.2223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=28.57;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.471e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,107:113:99:3271,286,0 chrV 451544 . CA C 3316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=62.7992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;QD=18.53;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.203e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,161:179:99:3316,445,0 chrV 456074 . TA T 2305.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=621.8746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=20.96;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.142e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,97:110:99:2348,285,0 chrV 460341 . G GA 2433.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=89.0460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.47;MQ0=0;QD=21.16;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,98:115:99:2476,273,0 chrV 461877 . C CCACCGCTTCCACCGCTTT 32767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=72.9727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.71;MQ0=0;QD=167.18;SB=-9.676e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:82,95:196:99:32767,557,0 chrV 462951 . C CTT 1161.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.647;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=122.2167;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.772;QD=19.05;RPA=13,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.980;SB=-2.549e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,33:61:49:1204,49,0 chrV 464847 . T TTC 5260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=277.8721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.75;MQ0=0;QD=40.78;SB=-1.700e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,125:129:99:5260,364,0 chrV 465142 . G GTT 2431.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=93.7871;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=27.33;RPA=8,10;RU=T;SB=-9.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,58:89:99:2474,219,0 chrV 469190 . ATATTGAGCAC A 9770 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=741.3681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.32;MQ0=0;QD=96.73;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,90:101:99:9770,271,0 chrV 469346 . TTTTGTGATAATTGTTGTGA T 3644 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=139.5878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.09;MQ0=0;QD=165.64;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,18:22:54:3644,54,0 chrV 469569 . CTCTG C 2323.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=130.1222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.78;MQ0=0;QD=49.45;RPA=2,1;RU=TCTG;SB=-1.087e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,41:47:99:2366,126,0 chrV 469607 . CTATCG C 3385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=218.6867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.02;MQ0=0;QD=49.06;SB=-1.140e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,46:69:99:3385,189,0 chrV 487274 . T TA 1583.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;DP=82;FS=3.148;HaplotypeScore=130.2285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.353;QD=19.32;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.137;SB=-7.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,69:82:99:1626,170,0 chrV 487465 . A AT 1788.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=792.8629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.06;MQ0=0;QD=20.80;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,73:86:99:1831,222,0 chrV 487470 . A AT 2541.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=764.3254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.63;MQ0=0;QD=27.04;SB=-1.116e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,76:94:99:2584,237,0 chrV 487609 . CATTTGTTAGATTTGA C 4169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=30.3385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.25;MQ0=0;QD=81.75;SB=-1.959e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,32:51:93:4169,93,0 chrV 488179 . C CT 2310.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=385.3942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.56;MQ0=0;QD=31.66;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2353,219,0 chrV 488836 . GA G 1449.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=89.0296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=23.02;RPA=6,5;RU=A;SB=-2.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:1492,180,0 chrV 490231 . GTTCATGTTCATGTTCATA G 11347 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=958.6986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.84;MQ0=0;QD=45.75;SB=-4.525e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,231:248:99:11347,619,0 chrV 491251 . CG C 2915.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.592;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=433.0290;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=1.137;QD=24.50;RPA=4,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.717;SB=-1.190e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,108:119:99:2958,272,0 chrV 491991 . TTA T 2099.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=196.9108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.56;MQ0=0;QD=24.71;SB=-5.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,48:85:99:2142,213,0 chrV 492128 . TC T 1871.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=99.6553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;QD=27.13;SB=-9.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:69:99:1914,189,0 chrV 492181 . CA C 499.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=134.2105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.50;MQ0=0;QD=12.82;RPA=14,13;RU=A;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,26:39:83:542,83,0 chrV 492341 . G GA 1081.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=238.6274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.45;MQ0=0;QD=19.67;RPA=5,6;RU=A;SB=-4.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,42:55:99:1124,120,0 chrV 498347 . CT C 113.76 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=79.6596;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.55;MQ0=6;MQRankSum=-0.736;QD=9.48;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.736;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:6:4:152,0,4 chrV 498773 . A AT 2227.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=351.1617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.69;MQ0=0;QD=25.61;RPA=4,5;RU=T;SB=-9.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,81:87:99:2270,234,0 chrV 498937 . G GA 1388.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.228;DP=98;FS=1.693;HaplotypeScore=362.8842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.208;QD=14.17;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.703;SB=-7.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,58:98:95:1431,95,0 chrV 503002 . AT A 4246 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=644.9071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=26.21;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.955e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,156:162:99:4246,451,0 chrV 510328 . CA C 899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.553;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=22.3031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.995;QD=13.04;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.069;SB=-4.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,51:69:99:942,115,0 chrV 520781 . GA G 204.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.764;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=56.3603;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.652;QD=4.27;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.980;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:48:60:244,0,60 chrV 522810 . T TG 3006.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=99.4382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=29.77;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.257e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,87:101:99:3049,274,0 chrV 522970 . A AT 581.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.326;DP=86;FS=1.146;HaplotypeScore=262.5120;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.84;MQ0=0;MQRankSum=0.778;QD=6.77;RPA=16,17;RU=T;ReadPosRankSum=-1.766;SB=-2.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,29:86:89:621,0,89 chrV 526638 . T TC 2917.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=172.0954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=29.78;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.112e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,94:97:99:2960,265,0 chrV 536020 . AT A 3434 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=192.7867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=23.20;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.541e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,143:148:99:3434,396,0 chrV 540780 . TTAA T 3450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=96.3762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;QD=41.57;SB=-1.422e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:3450,214,0 chrV 541194 . T TAGCC 5548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=233.2921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=51.37;RPA=1,2;RU=AGCC;SB=-2.032e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,91:108:99:5548,271,0 chrV 545194 . GGGGGGGGGA G 6685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=98.3428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.54;MQ0=0;QD=75.97;SB=-3.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,75:87:99:6685,216,0 chrV 545373 . TA T 1079.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=260.3455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.81;MQ0=0;MQRankSum=1.003;QD=13.67;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.003;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,42:78:99:1122,144,0 chrV 545406 . A AAAAG 3919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=115.1843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.58;MQ0=0;QD=52.25;RPA=1,2;RU=AAAG;SB=-1.721e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,64:74:99:3919,208,0 chrV 548081 . TA T 3926 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=298.6299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=27.08;RPA=3,2;RU=A;SB=-9.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,125:145:99:3926,376,0 chrV 551284 . T TA 5198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=539.8177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=34.42;SB=-1.586e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,143:151:99:5198,415,0 chrV 553272 . CTTAT C 1727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=362.8799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.69;MQ0=0;QD=25.41;RPA=6,5;RU=TTAT;SB=-2.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,43:68:99:1770,111,0 chrV 559301 . C CA 5044 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=92.2791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=27.41;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.495e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,174:184:99:5044,499,0 chrV 561270 . T TTA 3438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=228.4108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.73;MQ0=0;QD=32.43;RPA=3,4;RU=TA;SB=-1.420e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,98:106:99:3438,274,0 chrV 561556 . AT A 2015.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=352.5634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.75;MQ0=0;QD=23.17;RPA=4,3;RU=T;SB=-7.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,80:87:99:2058,225,0 chrV 562560 . GT G 5122 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=584.8262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=30.31;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.131e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,164:169:99:5122,472,0 chrV 563399 . CTAGATTA C 2938.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=366.0416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.00;MQ0=0;QD=63.89;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,33:46:99:2981,99,0 chrV 563428 . CT C 1910.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=512.0479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.67;MQ0=0;QD=31.85;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1953,171,0 chrV 563700 . A ACAGTG 4164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=226.8143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.73;MQ0=0;QD=62.15;SB=-1.114e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,50:67:99:4164,189,0 chrV 563829 . C CT 2996.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=507.2390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.94;MQ0=0;QD=27.50;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.453e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,98:109:99:3039,301,0 chrV 564105 . TA T 3852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=581.1966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.37;MQ0=0;QD=27.13;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.840e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,135:142:99:3852,367,0 chrV 564550 . GCA G 711.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=130.2476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.66;MQ0=0;QD=41.88;SB=-2.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:48:754,48,0 chrV 564601 . A AT 164.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=83.4776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.77;MQ0=0;QD=18.23;RPA=4,5;RU=T;SB=-5.680e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:9:21:206,21,0 chrV 565000 . AG A 636.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=174.8776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.47;MQ0=0;QD=23.59;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,23:27:60:679,60,0 chrV 565293 . C CAAA 6732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=43.6996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.75;MQ0=0;QD=49.50;RPA=1,4;RU=A;SB=-2.270e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,124:136:99:6732,382,0 chrV 566890 . CA C 198.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.841;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=639.8790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.36;MQ0=2;MQRankSum=3.131;QD=5.24;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=3.841;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:36:99:238,0,219 chrV 566893 . CTCTGAAACAATACTAAAACAT C 3160.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.367;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=274.0602;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.34;MQ0=2;MQRankSum=3.538;QD=109.00;ReadPosRankSum=4.270;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:27:99:3200,0,2337 chrV 569880 . T TG 1898.06 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.427;DP=113;FS=25.934;HaplotypeScore=1303.7289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.91;MQ0=15;MQRankSum=0.109;QD=16.80;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-2.137;SB=-8.097e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,79:79:14:1937,0,14 chrV 569897 . AG A 1140.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.767;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=1780.5098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.71;MQ0=6;MQRankSum=3.570;QD=10.97;ReadPosRankSum=2.272;SB=-2.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,45:89:99:1180,0,1270 chrV 569903 . GC G 952.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.927;DP=103;FS=6.150;HaplotypeScore=1784.2201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.66;MQ0=6;MQRankSum=-4.303;QD=9.25;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=-1.008;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,47:88:99:992,0,1286 chrV 569933 . GTT G,GT 1963.94 SnpCluster;filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=2038.2247;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=22.54;MQ0=0;QD=18.53;RPA=3,1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:17,67,0:91:99:2042,693,665,978,0,781 chrV 569937 . GAGA G 1764.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.115;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=1845.4051;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.422;QD=19.40;ReadPosRankSum=2.543;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,67:76:99:1804,0,828 chrV 569942 . TG T 1024.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.144;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=1982.9816;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.204;QD=10.68;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=5.001;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,67:79:99:1064,0,355 chrV 569950 . TGTA T 3918 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=1876.9586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.03;MQ0=0;QD=35.94;RPA=2,1;RU=GTA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,105:85:99:3918,241,0 chrV 570018 . GGAT G 1330.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=848.5420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.71;MQ0=0;QD=19.29;SB=-2.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,22:48:99:1373,108,0 chrV 570021 . T TA 169.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=737.1807;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.28;MQ0=0;MQRankSum=0.748;QD=3.69;ReadPosRankSum=-0.621;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,17:36:99:209,0,174 chrV 570024 . G GT 506.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.996;DP=52;FS=5.551;HaplotypeScore=744.7918;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.42;MQ0=3;MQRankSum=-3.074;QD=9.75;ReadPosRankSum=2.555;SB=-1.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:39:99:546,0,123 chrV 570216 . AG A 588.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.557;DP=133;FS=32.556;HaplotypeScore=528.5207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.05;MQ0=56;MQRankSum=1.281;QD=4.43;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.955;SB=-6.722e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,51:50:99:628,0,224 chrV 570232 . T TC 367.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.121;DP=99;FS=2.235;HaplotypeScore=606.9422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.31;MQ0=49;MQRankSum=-0.633;QD=3.72;ReadPosRankSum=1.724;SB=-6.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,65:35:99:407,0,470 chrV 570272 . A AG 3500 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.567;DP=238;FS=4.817;HaplotypeScore=1741.7557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.17;MQ0=40;MQRankSum=-0.424;QD=14.71;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=1.285;SB=-1.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,187:111:99:3500,155,0 chrV 570328 . G GA 417.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=769.4063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.17;MQ0=8;QD=1.67;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:215,28:59:59:460,59,0 chrV 570494 . CAA C 1056.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=58.8163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.75;MQ0=26;QD=4.23;RPA=3,1;RU=A;SB=-4.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,230:26:75:1099,75,0 chrVI 4011 . TGCAAATCTCCA T 10169 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2568.0371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.61;MQ0=0;QD=45.20;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:121,102:195:99:10169,286,0 chrVI 4033 . AGAAAATT A 5352 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2995.9676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.97;MQ0=0;QD=52.47;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:95:99:5352,286,0 chrVI 4042 . AGTTAATAAG A 7655 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2765.7337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.97;MQ0=0;QD=75.05;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:95:99:7655,286,0 chrVI 4073 . CTGT C 694.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.528;DP=208;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=3494.0752;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.93;MQ0=18;MQRankSum=0.195;QD=3.34;ReadPosRankSum=-5.426;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,67:161:99:734,0,4925 chrVI 4437 . CA C 3796 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=216;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1037.0200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.96;MQ0=8;QD=17.57;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,203:166:99:3796,449,0 chrVI 4764 . A AC 49.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.776;DP=49;FS=2.963;HaplotypeScore=83.1170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.66;MQ0=12;MQRankSum=0.306;QD=1.02;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=0.796;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,5:34:89:89,0,175 chrVI 4921 . C CA 313.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=231.2119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.82;MQ0=0;MQRankSum=0.863;QD=11.21;ReadPosRankSum=-1.262;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,8:24:31:356,31,0 chrVI 4926 . A AC 599.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=152.7917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.82;MQ0=0;MQRankSum=0.478;QD=21.40;ReadPosRankSum=0.861;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,19:24:18:641,18,0 chrVI 4935 . ATC A 169.16 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.566;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=181.6101;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.52;MQ0=0;MQRankSum=1.133;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.793;SB=-8.147e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:23:99:207,0,100 chrVI 5039 . CT C 777.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.836;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=287.0681;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.43;MQ0=3;MQRankSum=2.671;QD=18.52;ReadPosRankSum=2.170;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,32:32:50:817,0,50 chrVI 5175 . CAAT C 523.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=232.1275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.88;MQ0=0;QD=29.11;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:11:33:566,33,0 chrVI 5184 . A AC 89.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.777;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=341.2900;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.44;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=4.50;ReadPosRankSum=0.660;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:13:70:129,0,70 chrVI 5187 . CTAT C 401.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=310.1560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.44;MQ0=0;QD=20.10;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:13:39:444,39,0 chrVI 5191 . CTCA C 160.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.462;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=370.7399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.955;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,7:17:99:200,0,335 chrVI 5222 . AT A 174.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.338;DP=47;FS=5.487;HaplotypeScore=601.2621;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.427;QD=3.72;ReadPosRankSum=0.671;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,11:32:99:214,0,761 chrVI 5248 . C CT 468.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.087;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=651.1137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.50;MQ0=0;MQRankSum=1.018;QD=7.82;ReadPosRankSum=1.895;SB=-6.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:48:99:508,0,396 chrVI 6121 . T TA 1763.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.064;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=1990.5320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.49;MQ0=0;MQRankSum=1.502;QD=10.08;RPA=3,4;RU=A;ReadPosRankSum=0.116;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,139:87:93:1806,93,0 chrVI 6163 . TA T 2727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=2512.3298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.72;MQ0=0;QD=24.36;SB=-3.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:86:99:2770,259,0 chrVI 6390 . T TA 323.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.824;DP=112;DS;FS=8.531;HaplotypeScore=368.4920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.14;MQ0=9;MQRankSum=4.824;QD=2.89;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.614;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,66:62:99:363,0,394 chrVI 7262 . G GATGATC 662.99 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=143.0788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=82.87;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:705,24,0 chrVI 7267 . TG T 122.99 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=197.0468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=15.37;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:165,24,0 chrVI 7270 . T TC 200.99 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=189.2204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=25.12;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:243,24,0 chrVI 7776 . T TG 1211.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.454;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=361.6394;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.33;MQ0=17;MQRankSum=5.781;QD=12.00;RPA=3,4;RU=G;ReadPosRankSum=0.855;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,62:69:99:1251,0,384 chrVI 8304 . TAAAA T 244.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.791;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=57.4029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.40;MQ0=9;MQRankSum=-0.474;QD=9.80;RPA=17,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.791;SB=-1.497e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,6:11:25:287,25,0 chrVI 8667 . A AC 117.29 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=109.6194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.24;MQ0=8;MQRankSum=0.751;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.751;SB=-6.021e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,16:11:14:159,14,0 chrVI 8668 . A ACTAC 346.93 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=86.2335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.24;MQ0=8;MQRankSum=0.751;QD=17.35;ReadPosRankSum=0.751;SB=-1.422e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:11:9:388,9,0 chrVI 8694 . T TAAA 283.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=65.2035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.56;MQ0=7;QD=15.78;RPA=10,13;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,13:10:24:326,24,0 chrVI 11068 . CTT C,CT 488.07 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=206.0190;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=24.26;MQ0=2;QD=5.36;RPA=14,12,13;RU=T;SB=-1.233e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:21,56,0:37:51:566,92,51,353,0,292 chrVI 11241 . TCACACA T 3425 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=336.4648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.96;MQ0=4;QD=43.91;RPA=9,6;RU=CA;SB=-1.284e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:52:99:3425,150,0 chrVI 12602 . CA C 2156.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.871;DP=184;FS=2.896;HaplotypeScore=1558.9569;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.25;MQ0=36;MQRankSum=-5.074;QD=11.72;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=5.024;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,89:143:99:2196,0,1434 chrVI 14286 . CAAA C 86.60 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=39.0518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.56;MQ0=11;QD=2.41;RPA=13,10;RU=A;SB=-4.045e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,26:16:11:128,11,0 chrVI 14914 . G GC 3861 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=1382.3099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.84;MQ0=8;QD=21.45;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.930e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,167:129:99:3861,361,0 chrVI 16574 . GT G 1285.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=215.8897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;MQ0=0;QD=16.92;RPA=10,9;RU=T;SB=-5.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,64:76:99:1328,184,0 chrVI 16730 . G GT 1550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=220.7313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=20.68;RPA=6,7;RU=T;SB=-6.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,58:75:99:1593,180,0 chrVI 20744 . A AAAT 1549.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=514.5754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.10;MQ0=0;QD=45.59;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,25:34:99:1592,102,0 chrVI 20836 . G GA 1795.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=227.6945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.66;MQ0=0;QD=25.66;RPA=4,5;RU=A;SB=-8.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,67:70:99:1838,192,0 chrVI 25222 . CA C 2760.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=671.6902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.63;MQ0=0;QD=25.56;RPA=3,2;RU=A;SB=-5.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,102:108:99:2803,271,0 chrVI 25313 . A AT 1517.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=159.3777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=23.00;RPA=5,6;RU=T;SB=-7.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,58:66:99:1560,168,0 chrVI 25929 . AG A 2606.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=716.2799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.16;MQ0=0;QD=32.59;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:80:99:2649,226,0 chrVI 26165 . CT C 1879.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.260;DP=111;FS=3.212;HaplotypeScore=513.2674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.472;QD=16.94;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.827;SB=-8.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,98:111:99:1922,237,0 chrVI 27175 . A AT 5307 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=511.2305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=32.96;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.150e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,157:161:99:5307,451,0 chrVI 29306 . G GA 2225.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=181.6221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;QD=26.19;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,80:85:99:2268,228,0 chrVI 30997 . C CTT 1855.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=279.2512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.130;QD=19.33;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.029;SB=-9.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,56:96:99:1898,168,0 chrVI 31253 . GA G 1585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=96.7850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=18.66;RPA=9,8;RU=A;SB=-7.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,70:85:99:1628,218,0 chrVI 31286 . GA G 1146.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=200.6846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=15.50;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,56:74:99:1189,161,0 chrVI 31532 . AT A 2422.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;DP=147;FS=6.133;HaplotypeScore=76.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=1.202;QD=16.48;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.156;SB=-5.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,125:147:99:2465,283,0 chrVI 32355 . A AC 2966.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=46.7011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=28.81;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.326e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,91:103:99:3009,262,0 chrVI 32524 . CTT C 3071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=393.8206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.55;MQ0=0;QD=33.03;RPA=5,3;RU=T;SB=-1.251e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,88:93:99:3114,250,0 chrVI 32971 . AT A 1852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=460.9037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.11;MQ0=0;QD=26.85;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:69:99:1895,192,0 chrVI 51171 . CT C 1248.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=207.2001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=18.64;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,59:67:99:1291,173,0 chrVI 57967 . TA T 76.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=5.7271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=7.61;RPA=14,13;RU=A;SB=-3.962e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,6:10:18:118,18,0 chrVI 58252 . CA C 2337.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=794.0765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.89;MQ0=0;QD=28.51;RPA=2,1;RU=A;SB=-6.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:82:99:2380,225,0 chrVI 62889 . C CAT 171.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=4.0549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=15.55;RPA=7,8;RU=AT;SB=-7.062e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,6:11:18:213,18,0 chrVI 64999 . CA C 1072.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=160.7032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=19.87;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:54:99:1115,146,0 chrVI 66238 . C CGAT 7303 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=195;FS=0.000;HaplotypeScore=260.9890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=37.45;RPA=4,5;RU=GAT;SB=-2.695e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,168:195:99:7303,487,0 chrVI 69076 . T TTC 1069.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=122.2107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.59;MQ0=0;QD=38.21;RPA=1,2;RU=TC;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:78:1112,78,0 chrVI 73353 . CATTGTTATTATTATTATTATT C 13033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=47.4696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.23;MQ0=0;QD=108.61;SB=-5.428e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,108:120:99:13033,294,0 chrVI 74485 . GAA G 1592.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=39.5316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=2;MQRankSum=-1.283;QD=19.43;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.412;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,65:79:99:1635,157,0 chrVI 74705 . C CA 1638.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=154.9223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.05;MQ0=0;QD=23.75;RPA=4,5;RU=A;SB=-2.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,58:69:99:1681,174,0 chrVI 74843 . GA G 1373.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=585.1845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.28;MQ0=0;QD=22.52;RPA=5,4;RU=A;SB=-5.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:61:99:1416,162,0 chrVI 74992 . TA T 2996.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=206.8001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=32.23;SB=-1.276e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,89:93:99:3039,256,0 chrVI 75088 . G GTCTTCTTTTC 8266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=517.6065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.68;MQ0=0;QD=87.94;SB=-8.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,59:94:99:8266,226,0 chrVI 75912 . CTT C,CT 730.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.714;DP=112;FS=2.351;HaplotypeScore=96.8436;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.442;QD=6.53;RPA=15,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.734;SB=-2.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:68,7,0:112:64:809,593,825,156,0,64 chrVI 76048 . C CT 1612.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=186.5285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=20.68;RPA=4,5;RU=T;SB=-7.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,63:78:99:1655,193,0 chrVI 80386 . T TCTATGTCATGGG 7149 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=31.1696;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.98;MQ0=0;QD=94.07;RPA=1,2;RU=CTATGTCATGGG;SB=-2.448e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,51:76:99:7149,169,0 chrVI 84073 . GC G 2974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=802.3591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.31;MQ0=0;QD=33.81;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,82:88:99:3017,256,0 chrVI 84123 . CT C 1426.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=793.9840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.30;MQ0=0;QD=17.62;RPA=7,6;RU=T;SB=-4.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,68:81:99:1469,185,0 chrVI 87585 . TA T 1032.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=210.2802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;QD=16.14;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,57:64:99:1075,140,0 chrVI 87985 . C CTGT 2565.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-7.433;DP=217;FS=12.400;HaplotypeScore=1576.1282;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.22;MQ0=0;MQRankSum=7.962;QD=11.82;RPA=1,2;RU=TGT;ReadPosRankSum=-0.358;SB=-5.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,100:217:99:2605,0,3645 chrVI 92733 . AT A 864.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.033;DP=88;FS=2.529;HaplotypeScore=510.2546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.50;MQ0=0;MQRankSum=0.349;QD=9.82;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=4.662;SB=-3.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,60:88:17:906,17,0 chrVI 92736 . ATG A 1628.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.229;DP=95;FS=2.918;HaplotypeScore=497.2227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.25;MQ0=0;MQRankSum=0.925;QD=17.15;ReadPosRankSum=4.760;SB=-5.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,60:95:57:1671,57,0 chrVI 95244 . AT A 657.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=228.6952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;QD=15.30;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,35:43:99:700,103,0 chrVI 95460 . ATTT A 3625 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=104.7050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;QD=28.77;RPA=13,10;RU=T;SB=-1.057e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,105:126:99:3625,288,0 chrVI 95746 . A AGATAG 11372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=90.7896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.00;MQ0=0;QD=49.66;SB=-4.804e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,211:229:99:11372,592,0 chrVI 96024 . C CATAT 488.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=25.0155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=9.59;RPA=6,8;RU=AT;SB=-1.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,14:51:30:531,30,0 chrVI 96683 . GCAAACA G 5287 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=750.4109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.37;MQ0=0;QD=50.35;RPA=3,2;RU=CAAACA;SB=-8.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,79:105:99:5287,232,0 chrVI 97544 . C CATAT 2431.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=37.6987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;QD=43.43;RPA=5,7;RU=AT;SB=-6.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,45:56:99:2474,133,0 chrVI 97617 . TAA T 853.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=218.8592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.69;MQ0=0;QD=18.56;RPA=16,14;RU=A;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,31:46:95:896,95,0 chrVI 97864 . C CT 1876.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.494;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=252.4849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.059;QD=16.04;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.106;SB=-9.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,86:117:99:1919,204,0 chrVI 98766 . A AT 1515.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.300;DP=93;FS=8.376;HaplotypeScore=208.7992;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=16.30;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.392;SB=-5.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,62:93:99:1558,168,0 chrVI 100385 . AC A 2158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=1484.5835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.04;MQ0=0;QD=19.63;SB=-1.036e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,96:110:99:2201,295,0 chrVI 100387 . AGGTG A 5411 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=1102.3015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.00;MQ0=0;QD=54.11;SB=-2.447e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,98:100:99:5411,301,0 chrVI 101479 . CT C 749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=79.2350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=15.31;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,44:49:99:792,104,0 chrVI 104558 . CAA C 11.40 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=19.9949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.74;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=0.32;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.550;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:36:13:50,0,13 chrVI 106277 . C CTT 700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.330;DP=76;FS=3.424;HaplotypeScore=119.7488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=9.22;RPA=13,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.073;SB=-3.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,46:76:83:743,83,0 chrVI 106577 . A AG 2436.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.226;DP=113;FS=3.405;HaplotypeScore=427.1943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.490;QD=21.57;RPA=5,6;RU=G;ReadPosRankSum=1.431;SB=-1.079e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,95:113:99:2479,271,0 chrVI 106881 . GGGAAAA G 6622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=542.8769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=42.72;RPA=4,3;RU=GGAAAA;SB=-3.233e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,95:154:99:6622,298,0 chrVI 107684 . TA T 970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.510;DP=67;FS=2.960;HaplotypeScore=93.1260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.510;QD=14.49;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.170;SB=-4.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,54:67:99:1013,107,0 chrVI 107770 . T TA 978.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=224.8739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=18.83;RPA=11,12;RU=A;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,40:52:99:1021,128,0 chrVI 107819 . G GTA 1042.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.976;DP=79;FS=1.195;HaplotypeScore=842.2073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.338;QD=13.20;ReadPosRankSum=4.553;SB=-2.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,31:79:68:1082,0,68 chrVI 107821 . G GTATGTATGTA 4019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.734;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=558.6006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.163;QD=51.53;ReadPosRankSum=1.619;SB=-8.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,31:78:99:4019,141,0 chrVI 110110 . AAG A 3673 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;DP=122;FS=3.338;HaplotypeScore=268.2115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.484;QD=30.11;ReadPosRankSum=-0.421;SB=-1.702e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,112:122:99:3673,316,0 chrVI 110299 . TCAGC T 4752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=192.7359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.23;MQ0=0;QD=50.55;RPA=2,1;RU=CAGC;SB=-2.189e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,86:94:99:4752,247,0 chrVI 111733 . CCTCAT C 6625 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=684.5972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.14;MQ0=0;QD=53.00;RPA=2,1;RU=CTCAT;SB=-2.465e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,103:125:99:6625,313,0 chrVI 112326 . C CA 1165.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=231.5189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=21.59;RPA=7,8;RU=A;SB=-5.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:54:99:1208,141,0 chrVI 114016 . G GAAAA 4186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=29.3990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.11;MQ0=0;QD=51.68;RPA=3,7;RU=A;SB=-1.462e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,59:81:99:4186,229,0 chrVI 114106 . G GA 1386.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=110.3870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=17.56;RPA=9,10;RU=A;SB=-6.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,57:79:99:1429,173,0 chrVI 114205 . CAA C 2334.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=805.6772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.63;MQ0=0;QD=24.07;RPA=11,9;RU=A;SB=-6.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,81:97:99:2377,228,0 chrVI 114460 . A AT 6114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;FS=0.000;HaplotypeScore=390.1792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.51;MQ0=0;QD=31.84;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.707e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,186:192:99:6114,529,0 chrVI 118644 . AG A 2071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=287.3321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=24.96;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.036e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,72:83:99:2114,222,0 chrVI 119125 . AC A 2187.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DP=106;FS=3.336;HaplotypeScore=493.6195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.218;QD=20.64;ReadPosRankSum=1.561;SB=-9.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,99:106:99:2230,282,0 chrVI 119127 . TAG T 3195.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.600;DP=114;FS=3.491;HaplotypeScore=410.7651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.26;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=28.03;ReadPosRankSum=1.534;SB=-1.431e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,99:114:99:3238,299,0 chrVI 119284 . GAA G 2416.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.294;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=790.7861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.492;QD=17.90;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.310;SB=-9.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,86:135:99:2459,241,0 chrVI 131288 . T TA 1528.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=244.9791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=20.94;RPA=6,7;RU=A;SB=-7.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,62:73:99:1571,174,0 chrVI 143611 . T TA 119.04 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=138.1045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=8.31;MQ0=64;MQRankSum=0.736;QD=1.70;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.736;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,5:6:15:158,0,15 chrVI 143690 . TC T 145.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=79.2659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=7.75;MQ0=65;QD=2.07;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,5:5:15:187,15,0 chrVI 143696 . AATATT A 323.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=61.5293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=7.86;MQ0=63;QD=4.75;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,5:5:15:365,15,0 chrVI 143798 . A AT 539.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=536.0631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.09;MQ0=4;QD=25.71;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,12:17:51:582,51,0 chrVI 143866 . TCTACA T 191.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=32.2718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.76;MQ0=0;QD=31.91;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:12:233,12,0 chrVI 144111 . GTGA G 3795 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=329.8475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.28;MQ0=0;QD=45.18;RPA=2,1;RU=TGA;SB=-1.683e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:3795,235,0 chrVI 147079 . T TTG 3645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=441.2965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.68;MQ0=0;QD=41.90;SB=-1.151e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,84:87:99:3645,253,0 chrVI 148490 . T TA 128.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;QD=10.69;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:12:15:170,15,0 chrVI 155985 . GTTTT G 3882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.690;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=75.4283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=0.063;QD=33.18;RPA=16,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.690;SB=-1.266e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,78:117:99:3882,245,0 chrVI 157760 . CT C 1622.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=150.0540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;QD=18.87;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,80:85:99:1665,218,0 chrVI 157812 . GTA G 2561.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=386.6459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.28;MQ0=0;QD=32.43;RPA=2,1;RU=TA;SB=-1.132e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,65:78:99:2604,211,0 chrVI 157828 . A ATCT 3456 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=467.5571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.10;MQ0=0;QD=40.66;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-1.727e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,70:84:99:3456,211,0 chrVI 157896 . C CT 3501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=727.7590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.85;MQ0=0;QD=32.72;SB=-1.090e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:107:99:3501,309,0 chrVI 158024 . T TC 1721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=736.4749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.43;MQ0=0;QD=24.96;SB=-5.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:69:99:1764,197,0 chrVI 158026 . CAT C 2205.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=680.9277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.21;MQ0=0;QD=33.42;SB=-8.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:66:99:2248,198,0 chrVI 160471 . A ATTAT 12722 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=107.7255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=52.14;SB=-4.883e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,218:244:99:12722,644,0 chrVI 160576 . ACAG A 5534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=239;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=400.5504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=23.15;RPA=7,6;RU=CAG;SB=-2.572e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,168:239:99:5534,459,0 chrVI 161459 . G GA 3606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=393.2217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=28.39;RPA=1,2;RU=A;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,112:127:99:3606,328,0 chrVI 161527 . CA C 2074.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=341.2933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=24.41;RPA=4,3;RU=A;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,79:85:99:2117,228,0 chrVI 164820 . C CT 1539.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.279;DP=111;FS=5.755;HaplotypeScore=127.6669;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.253;QD=13.87;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.709;SB=-7.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,70:111:99:1582,167,0 chrVI 167855 . A AT 448.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=34.9120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;QD=12.83;RPA=12,13;RU=T;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,25:35:65:491,65,0 chrVI 168319 . TTTTGCATGCACCGTGATCCTGTTAC T 12576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=178.9959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.56;MQ0=0;QD=75.31;RPA=2,1;RU=TTTGCATGCACCGTGATCCTGTTAC;SB=-2.474e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:88,75:167:99:12576,193,0 chrVI 169660 . GGT G 1889.24 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.123;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=1925.3235;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.56;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=21.23;ReadPosRankSum=4.672;SB=-8.490e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,69:89:9:1928,0,9 chrVI 169663 . ATGGCGG A 4511 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.667;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=1563.6812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.63;MQ0=0;MQRankSum=0.877;QD=53.07;ReadPosRankSum=4.519;SB=-1.946e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,69:85:5:4511,0,5 chrVI 172412 . TA T 2600.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.407;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=102.8333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.812;QD=17.22;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.245;SB=-1.284e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,133:151:99:2643,355,0 chrVI 174046 . CTTT C 2133.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=333.4448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.73;MQ0=0;QD=21.13;RPA=15,12;RU=T;SB=-9.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,55:101:99:2176,168,0 chrVI 174112 . AAC A 4474 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=386.4621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;QD=35.51;RPA=2,1;RU=AC;SB=-2.029e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,116:126:99:4474,352,0 chrVI 180961 . TTA T 2783.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=300.7710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.52;MQ0=0;QD=36.16;SB=-1.172e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2826,211,0 chrVI 181104 . AAT A 2731.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=888.8329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.18;MQ0=0;QD=37.42;SB=-7.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:73:99:2774,199,0 chrVI 181927 . A AAC 4146 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=266.1052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.78;MQ0=0;QD=37.35;SB=-1.739e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,108:111:99:4146,303,0 chrVI 182885 . T TGTGCGTGTGTGCGTGTGTGC 15113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.136;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=86.6460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.658;QD=130.28;ReadPosRankSum=1.658;SB=-2.862e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,28:116:99:15113,265,0 chrVI 182995 . CAT C 2890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=311.9723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=18.53;RPA=9,8;RU=AT;SB=-1.417e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,109:155:99:2933,276,0 chrVI 186224 . GATAATAATAATAATAATAATAATA G 2837.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=107.7062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=43.66;RPA=15,7;RU=ATA;SB=-2.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,22:65:57:2880,57,0 chrVI 190180 . A ACAG 5481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=999.6555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.94;MQ0=0;QD=35.59;RPA=3,4;RU=CAG;SB=-2.012e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,124:154:99:5481,367,0 chrVI 191470 . TTTA T 5142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=480.4568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=40.17;RPA=2,1;RU=TTA;SB=-1.807e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,119:128:99:5142,340,0 chrVI 193508 . T TAA 1784.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=54.3864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.76;MQ0=0;MQRankSum=0.240;QD=18.03;RPA=11,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.240;SB=-7.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,63:99:99:1827,158,0 chrVI 194606 . ATT A 1894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.865;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=199.9289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.79;MQ0=0;MQRankSum=0.349;QD=21.29;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.076;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,73:89:99:1937,184,0 chrVI 199343 . GTACATTCTCCAAATGTGGTGATATAAACAC G 10332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=316.5850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.62;MQ0=0;QD=143.50;SB=-5.028e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,63:72:99:10332,184,0 chrVI 203706 . G GT 2239.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=204.9414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=18.51;RPA=9,10;RU=T;SB=-1.071e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,89:121:99:2282,278,0 chrVI 204804 . T TA 3745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.251;DP=154;FS=5.958;HaplotypeScore=959.0048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=0.075;QD=24.32;ReadPosRankSum=0.929;SB=-9.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,142:154:99:3745,403,0 chrVI 204889 . AG A 3357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=921.0866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.11;MQ0=0;QD=27.07;SB=-1.308e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,104:124:99:3357,310,0 chrVI 206951 . GA G 1812.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=493.4227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=15.36;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,100:118:99:1855,251,0 chrVI 208384 . GAT G 115.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=43.8656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;QD=8.23;RPA=7,6;RU=AT;SB=-6.629e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,6:14:15:157,15,0 chrVI 210514 . TAGTCACAGA T 9826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=324.1111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.00;MQ0=0;QD=67.77;RPA=2,1;RU=AGTCACAGA;SB=-2.047e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,110:145:99:9826,316,0 chrVI 220316 . A AGGGGG,AGGGG 3719 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=271.3106;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.42;MQ0=0;QD=42.26;RPA=6,11,10;RU=G;SB=-3.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:23,52,11:88:99:3719,320,131,1120,0,932 chrVI 220404 . T TA 1168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=60.9234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=19.81;RPA=5,6;RU=A;SB=-5.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,45:59:99:1211,132,0 chrVI 221496 . AAC A 4990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=613.4682;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.72;MQ0=0;QD=34.65;SB=-2.208e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,134:144:99:4990,385,0 chrVI 221831 . AT A 3558 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=1199.2712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.18;MQ0=0;QD=21.83;RPA=6,5;RU=T;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,150:163:99:3558,431,0 chrVI 221876 . G GGA 3865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=1164.5763;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.36;MQ0=0;QD=36.46;SB=-1.055e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,80:106:99:3865,288,0 chrVI 221913 . T TG 2292.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=956.7109;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.46;MQ0=0;QD=27.96;RPA=1,2;RU=G;SB=-7.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,70:82:99:2335,219,0 chrVI 221934 . A AG 2435.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=660.1995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.53;MQ0=0;QD=32.05;SB=-7.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,69:76:99:2478,205,0 chrVI 222196 . ACTGGCG A 6407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=211.0684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=3;QD=52.52;RPA=3,2;RU=CTGGCG;SB=-2.711e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,99:119:99:6407,286,0 chrVI 223995 . T TA 495.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=30.6963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=15.03;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.667;SB=-7.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,22:33:55:538,55,0 chrVI 224098 . T TA 752.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=158.7224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=20.35;RPA=7,8;RU=A;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,33:37:93:795,93,0 chrVI 224792 . CGT C 7517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=104.5213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.28;MQ0=0;QD=30.07;RPA=4,3;RU=GT;SB=-2.641e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,234:250:99:7517,620,0 chrVI 224892 . A AGTAG 9728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=85.6795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=2;QD=50.14;RPA=1,2;RU=GTAG;SB=-4.783e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,165:191:99:9728,503,0 chrVI 224997 . A AG 8206 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=415.9872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=32.82;SB=-2.937e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,246:250:99:8206,698,0 chrVI 226131 . CAAAAA C 8031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=100.5294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=43.41;RPA=15,10;RU=A;SB=-3.789e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:67,109:185:99:8031,430,0 chrVI 226238 . G GA 5862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=233;FS=0.000;HaplotypeScore=112.5043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=25.16;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.313e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,224:233:99:5862,634,0 chrVI 226657 . A AT 1175.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.255;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=327.1359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.16;MQ0=0;MQRankSum=0.034;QD=14.52;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.204;SB=-5.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,37:80:99:1218,128,0 chrVI 226671 . AG A 2058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=247.2119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.72;MQ0=0;QD=25.74;SB=-9.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,48:79:99:2101,191,0 chrVI 226825 . AT A 2391.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=822.7562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.12;MQ0=0;QD=19.61;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,115:121:99:2434,293,0 chrVI 226929 . GA G 3666 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.141;DP=222;FS=0.000;HaplotypeScore=508.1096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.846;QD=16.51;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.644;SB=-1.143e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,181:222:99:3666,487,0 chrVI 227351 . TACGCAC T 8687 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=71.3987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=51.40;RPA=3,2;RU=ACGCAC;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,136:169:99:8687,394,0 chrVI 227478 . C CTCT 217.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.920;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=20.6105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.81;MQ0=0;MQRankSum=1.858;QD=6.23;ReadPosRankSum=2.602;SB=-9.698e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,23:35:33:260,33,0 chrVI 237148 . T TAGTA 2336.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=124.2482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;QD=45.82;RPA=1,2;RU=AGTA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,41:51:99:2379,123,0 chrVI 241519 . T TCC 1962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.774;DP=101;FS=1.951;HaplotypeScore=250.6160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=19.44;RPA=1,3;RU=C;ReadPosRankSum=0.801;SB=-8.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,75:101:99:2005,164,0 chrVI 242037 . A AC 3507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=363.6797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=30.50;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.578e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,108:115:99:3507,307,0 chrVI 243069 . CT C 2550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=109.2555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;QD=21.62;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.187e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,112:118:99:2593,314,0 chrVI 244189 . CGT C 3445 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=293.7389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.16;MQ0=0;QD=31.61;RPA=4,3;RU=GT;SB=-1.588e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,97:109:99:3445,283,0 chrVI 245165 . ATT A 3071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.125;DP=139;FS=2.603;HaplotypeScore=396.2101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;MQRankSum=0.779;QD=22.10;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.260;SB=-1.059e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,103:139:99:3114,297,0 chrVI 245875 . GA G 2004.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=215.7812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.92;MQ0=0;QD=25.38;RPA=4,3;RU=A;SB=-5.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:79:99:2047,219,0 chrVI 248918 . ATT A 2243.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=35.9533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.48;MQ0=0;QD=24.66;RPA=9,7;RU=T;SB=-6.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,78:91:99:2286,213,0 chrVI 252064 . T TA 3194.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=58.9122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.53;MQ0=0;QD=22.50;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.271e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,123:142:99:3237,354,0 chrVI 252305 . G GT 1791.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=757.9153;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.15;MQ0=0;QD=20.36;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,72:88:99:1834,218,0 chrVI 253474 . ATGTG A 729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=48.2481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=38.42;RPA=4,2;RU=TG;SB=-3.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,13:19:45:772,45,0 chrVI 253507 . C CA 804.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=73.6538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=21.76;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:99:847,99,0 chrVI 255868 . AG A 2377.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=291.9006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=29.00;SB=-6.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:2420,228,0 chrVI 256437 . TA T 598.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=133.9540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.19;MQ0=0;QD=21.39;SB=-9.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,22:28:63:641,63,0 chrVI 256440 . T TA 392.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=153.4906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.91;MQ0=0;QD=15.72;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,16:25:57:435,57,0 chrVI 258036 . CTGCATCTAA C 8380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=236.1376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.55;MQ0=0;QD=97.44;SB=-2.678e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,80:86:99:8380,241,0 chrVI 258735 . TAGTGGTGGTTAAAGAA T 19271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=83.4373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.52;MQ0=0;QD=136.67;SB=-6.490e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,118:141:99:19271,340,0 chrVI 259471 . AT A 5019 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=811.5607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.46;MQ0=0;QD=27.73;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.491e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,172:181:99:5019,493,0 chrVI 259963 . A AGGAATCT 7588 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=501.5653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.71;MQ0=0;QD=71.58;SB=-3.690e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,74:106:99:7588,262,0 chrVI 261543 . AT A 1430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=367.1181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.07;MQ0=0;QD=22.36;RPA=4,3;RU=T;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,54:64:99:1473,162,0 chrVI 262134 . T TATAC 5999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=640.1555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.60;MQ0=0;QD=49.17;RPA=1,2;RU=ATAC;SB=-2.495e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,95:122:99:5999,328,0 chrVI 262151 . AT A 2430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=992.7715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.74;MQ0=0;QD=19.14;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.040e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,110:127:99:2473,323,0 chrVI 262256 . AAAT A 2438.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=205.9419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.51;MQ0=0;QD=34.35;SB=-8.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,43:71:99:2481,180,0 chrVI 263658 . GT G 1977.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.171;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=119.4827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=17.66;RPA=8,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.476;SB=-6.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,98:112:99:2020,245,0 chrVI 265378 . C CTTT 2063.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.438;DP=81;FS=5.797;HaplotypeScore=94.1728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.27;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=25.48;RPA=10,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.546;SB=-6.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,43:80:99:2106,147,0 chrVI 265477 . G GT 2304.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=112.0377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=32.93;SB=-1.010e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:70:99:2347,192,0 chrVI 267577 . A AG 4031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=468.7002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.46;MQ0=0;QD=32.77;SB=-1.903e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,120:123:99:4031,352,0 chrVI 268580 . T TC 3565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=100.2734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=33.63;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.543e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:106:99:3565,307,0 chrVI 268676 . G GAAAA,GAAA 2569.58 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;DP=90;FS=4.011;HaplotypeScore=214.7527;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.121;QD=28.55;RPA=9,13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.204;SB=-1.025e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:32,8,42:90:44:2647,822,637,241,0,44 chrVI 269573 . GA G 1778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=166.4489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.37;MQ0=0;QD=30.67;SB=-4.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:58:99:1821,153,0 chrVI 269727 . A AAT 488.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=161.9007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=17.46;RPA=3,4;RU=AT;SB=-1.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,15:28:42:531,42,0 chrVI 269827 . TA T 1537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=486.2322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.17;MQ0=0;QD=22.62;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,62:68:99:1580,186,0 chrVII 95 . C CA 121.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=221.3873;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.93;MQ0=1;MQRankSum=-2.219;QD=12.20;ReadPosRankSum=0.876;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:9:99:161,0,120 chrVII 147 . C CG 126.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=190.3733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.920;QD=15.87;ReadPosRankSum=-0.684;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:91:166,0,91 chrVII 435 . ACTCTCAAA A,ATCTCAAA 1440.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.433;DP=39;FS=15.051;HaplotypeScore=1124.3301;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=18.53;MQ0=1;MQRankSum=-1.733;QD=36.95;ReadPosRankSum=1.408;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,0,0:35:99:1519,843,1200,675,0,627 chrVII 440 . CAAACTTAC C,CAACTTAC 1140.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=1371.5685;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=18.52;MQ0=1;QD=24.28;SB=-3.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:8,0,0:41:99:1219,922,2577,326,0,222 chrVII 470 . AT A 2154.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.695;DP=95;FS=10.580;HaplotypeScore=2417.2039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.40;MQ0=1;MQRankSum=0.698;QD=22.68;ReadPosRankSum=2.214;SB=-1.245e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:80:31:2194,0,31 chrVII 471 . TGG T 2100.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.814;DP=95;FS=10.580;HaplotypeScore=2423.4032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.40;MQ0=1;MQRankSum=-1.005;QD=22.12;ReadPosRankSum=2.128;SB=-7.870e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,71:80:95:2140,0,95 chrVII 477 . ATC A 2823.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=2374.8206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.40;MQ0=1;QD=29.73;RPA=4,3;RU=TC;SB=-2.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,80:80:99:2866,231,0 chrVII 498 . CT C 2218.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.455;DP=128;FS=11.045;HaplotypeScore=2618.8784;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.90;MQ0=10;MQRankSum=1.720;QD=17.34;ReadPosRankSum=0.474;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,82:97:99:2258,0,116 chrVII 901 . G GTTTCAGTAATGC 6154 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;DP=67;FS=10.645;HaplotypeScore=1320.2947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.13;MQ0=0;MQRankSum=0.657;QD=91.85;ReadPosRankSum=0.777;SB=-1.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,30:64:99:6154,158,0 chrVII 1186 . C CA 1400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=361.4309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.70;MQ0=0;QD=19.46;RPA=6,7;RU=A;SB=-6.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,67:65:99:1443,165,0 chrVII 1519 . CT C 2270.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=315.5242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;QD=21.03;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,94:108:99:2313,267,0 chrVII 2019 . G GT 1238.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=213.8989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.86;MQ0=0;QD=22.53;RPA=6,7;RU=T;SB=-5.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,47:55:99:1281,144,0 chrVII 4378 . A AT 344.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=252.8784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.26;MQ0=0;QD=26.54;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:36:387,36,0 chrVII 4437 . AT A 1055.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=691.6548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.75;MQ0=0;QD=27.79;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:99:1098,108,0 chrVII 4464 . ATCTG A 2463.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=808.5645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.80;MQ0=0;QD=51.33;RPA=2,1;RU=TCTG;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,42:48:99:2506,123,0 chrVII 4525 . AG A 1898.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=1053.3150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=28.77;RPA=4,3;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,61:66:99:1941,183,0 chrVII 4540 . GT G 1574.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=889.5524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=27.63;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,49:57:99:1617,147,0 chrVII 4845 . G GA 1497.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=792.4108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.09;MQ0=0;QD=23.41;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,50:64:99:1540,153,0 chrVII 4959 . A AC 1502.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=977.4445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.47;MQ0=0;QD=27.83;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:54:99:1545,138,0 chrVII 5067 . CA C 139.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=150.5748;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.30;MQ0=0;QD=12.64;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.855e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,9:11:21:181,21,0 chrVII 5302 . T TA 1066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=259.5537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=36.79;SB=-2.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:87:1109,87,0 chrVII 6278 . A AATT 277.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=44.0620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=46.18;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:319,18,0 chrVII 6977 . A AG 1522.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.872;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=1688.7303;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.93;MQ0=38;MQRankSum=2.650;QD=9.01;RPA=3,4;RU=G;ReadPosRankSum=2.131;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,101:69:67:1565,67,0 chrVII 7303 . TAA T,TA 331.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=147.7965;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=26.25;MQ0=4;QD=7.54;RPA=12,10,11;RU=A;SB=-1.668e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:12,20,0:25:99:410,213,209,169,0,125 chrVII 7539 . A AT 1503.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.079;DP=139;FS=1.818;HaplotypeScore=436.8858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.09;MQ0=6;MQRankSum=3.003;QD=10.82;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=2.495;SB=-5.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,69:102:99:1543,0,789 chrVII 7564 . CT C 926.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.561;DP=187;FS=1.434;HaplotypeScore=567.0207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.50;MQ0=3;MQRankSum=-1.906;QD=4.96;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.220;SB=-4.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,67:151:99:966,0,2480 chrVII 8284 . A ACG 290.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.434;DP=88;FS=40.500;HaplotypeScore=646.5919;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.87;MQ0=26;MQRankSum=-5.456;QD=3.31;ReadPosRankSum=2.668;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,17:54:99:330,0,1591 chrVII 8286 . CAG C 292.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.434;DP=89;FS=40.500;HaplotypeScore=646.3532;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.71;MQ0=27;MQRankSum=-5.456;QD=3.29;ReadPosRankSum=2.625;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,18:54:99:332,0,1631 chrVII 8311 . T TC 238.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.838;DP=61;FS=29.863;HaplotypeScore=467.2428;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.16;MQ0=27;MQRankSum=-3.908;QD=3.92;ReadPosRankSum=1.866;SB=-4.702e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,14:27:99:278,0,223 chrVII 8541 . AAG A 801.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.733;DP=73;FS=32.508;HaplotypeScore=711.8980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.90;MQ0=12;MQRankSum=4.734;QD=10.99;ReadPosRankSum=4.689;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,22:60:99:841,0,999 chrVII 8549 . A AG 685.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.669;DP=57;FS=28.529;HaplotypeScore=585.2378;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.34;MQ0=11;MQRankSum=5.152;QD=12.03;ReadPosRankSum=4.730;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:45:99:725,0,695 chrVII 8617 . TTCAA T 367.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.730;DP=40;FS=25.604;HaplotypeScore=221.8783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.71;MQ0=14;MQRankSum=0.905;QD=9.20;ReadPosRankSum=-3.078;SB=-1.277e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,8:25:99:407,0,836 chrVII 8627 . A AAAG 288.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.730;DP=35;FS=25.604;HaplotypeScore=165.8347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.65;MQ0=13;MQRankSum=0.905;QD=8.26;ReadPosRankSum=-3.802;SB=-1.037e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,7:21:99:328,0,691 chrVII 9007 . TTTCACCTTAAATAATATCATTG T 7484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=381.3982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.80;MQ0=0;QD=138.59;SB=-1.672e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,27:54:99:7484,129,0 chrVII 9013 . CTTAAATAATATCATTGTTGGCC C 5682 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=452.9441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.51;MQ0=0;QD=145.69;SB=-1.368e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,0:39:99:5682,117,0 chrVII 9095 . G GA 3498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=570.8887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=30.42;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.663e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,109:115:99:3498,328,0 chrVII 9154 . G GA 4166 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=523.1884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=29.76;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.872e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,133:140:99:4166,391,0 chrVII 10413 . AC A 1520.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;DP=126;FS=4.114;HaplotypeScore=298.9566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.99;MQ0=35;MQRankSum=0.177;QD=12.07;RPA=3,2;RU=C;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-5.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,106:59:99:1563,114,0 chrVII 10682 . T TA 1448.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.060;DP=94;FS=23.115;HaplotypeScore=231.7325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.07;MQ0=19;MQRankSum=0.785;QD=15.41;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=0.845;SB=-3.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,70:72:73:1491,73,0 chrVII 10864 . TC T 786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=532.0984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.18;MQ0=0;QD=31.48;SB=-3.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:24:66:829,66,0 chrVII 10894 . AT A 587.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=479.1996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.47;MQ0=0;QD=14.70;RPA=10,9;RU=T;SB=-2.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:34:86:630,86,0 chrVII 11048 . TGGA T 2846.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.194;DP=160;FS=8.532;HaplotypeScore=1832.0691;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.64;MQ0=4;MQRankSum=-0.230;QD=17.79;ReadPosRankSum=0.345;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,62:155:99:2886,0,4326 chrVII 11071 . A AT 4725 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=1683.7678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.90;MQ0=4;QD=27.31;RPA=2,3;RU=T;SB=-5.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,154:168:99:4725,442,0 chrVII 11732 . CT C 1516.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.806;DP=178;FS=31.098;HaplotypeScore=1253.5178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.81;MQ0=0;MQRankSum=-10.054;QD=8.52;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,76:175:99:1556,0,1653 chrVII 16867 . A AT 1388.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=65.2368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=19.03;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,63:73:99:1431,165,0 chrVII 17649 . T TG 3459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=192.3947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=33.91;SB=-7.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:102:99:3459,274,0 chrVII 18028 . 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C CACGACGACGACG 9359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=196.1241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.48;MQ0=0;QD=77.35;RPA=5,9;RU=ACG;SB=-4.280e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,84:121:99:9359,238,0 chrVII 25552 . TTA T 2103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=22.9661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=29.63;RPA=3,2;RU=TA;SB=-9.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,61:71:99:2146,171,0 chrVII 32899 . GT G 1956.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=60.3162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.81;MQ0=0;QD=21.04;RPA=6,5;RU=T;SB=-9.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,88:93:99:1999,234,0 chrVII 45353 . GA G 951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=294.3758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=10.13;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.518;SB=-4.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,50:94:99:994,99,0 chrVII 49415 . CT C 2519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.536;DP=152;FS=1.894;HaplotypeScore=64.8330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=1;MQRankSum=-1.009;QD=16.58;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.482;SB=-1.064e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,130:151:99:2562,276,0 chrVII 52694 . C CT 3397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=46.0216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;QD=24.44;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.531e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,127:139:99:3397,355,0 chrVII 53130 . T TTGCTGC 10900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=357.4385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=1;QD=43.60;RPA=7,9;RU=TGC;SB=-4.186e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:77,161:248:99:10900,479,0 chrVII 56225 . C CTT 1305.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=318.4145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.35;MQ0=0;QD=16.96;RPA=13,15;RU=T;SB=-5.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,31:77:99:1348,142,0 chrVII 56250 . AT A 672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=224.4854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.50;MQ0=0;QD=9.22;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,42:72:95:715,95,0 chrVII 61961 . A AT 1382.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.062;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=249.2160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.173;QD=17.96;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.671;SB=-6.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,65:77:99:1425,163,0 chrVII 67214 . CA C 3417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=469.6993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=25.50;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.413e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,128:134:99:3417,381,0 chrVII 67229 . T TA 3140.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=565.4063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=22.60;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.319e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,120:139:99:3183,357,0 chrVII 67459 . TA T 6895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;FS=0.000;HaplotypeScore=76.2749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=33.31;SB=-2.446e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,203:207:99:6895,568,0 chrVII 69352 . TACACACACACACAC T 3282 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=227.6630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.69;MQ0=0;QD=50.49;RPA=17,10;RU=AC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,22:65:66:3282,66,0 chrVII 69394 . ATC A 1644.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=453.6985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.16;MQ0=0;QD=35.76;SB=-1.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,40:46:99:1687,123,0 chrVII 71150 . GATGGTTCCATAAATA G 19553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=506.4212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.17;MQ0=0;QD=131.23;SB=-9.131e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,120:149:99:19553,361,0 chrVII 73989 . T TATA 2571.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=73.5493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;QD=37.82;RPA=1,2;RU=ATA;SB=-2.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,55:68:99:2614,165,0 chrVII 75474 . TAGAGAG T 12911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=472.8635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;QD=57.64;RPA=10,7;RU=AG;SB=-5.639e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,179:224:99:12911,536,0 chrVII 75686 . ATGTT A 8610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=847.5098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.51;MQ0=0;QD=49.48;SB=-3.289e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:174:99:8610,421,0 chrVII 75903 . G GA 4474 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=208;FS=0.000;HaplotypeScore=69.7028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=21.51;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.529e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,183:208:99:4474,521,0 chrVII 76135 . AG A 7437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=233;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=686.5683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=31.92;RPA=2,1;RU=G;SB=-3.672e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,227:233:99:7437,662,0 chrVII 76303 . C CA 5375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.033;DP=237;FS=0.000;HaplotypeScore=272.4891;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.749;QD=22.68;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.616;SB=-1.765e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,212:237:99:5375,600,0 chrVII 76709 . GA G 1324.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=157.3917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.911;QD=13.38;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.225;SB=-4.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,69:99:99:1367,120,0 chrVII 77930 . AT A 1032.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;DP=90;FS=3.067;HaplotypeScore=96.3150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;MQRankSum=0.197;QD=11.48;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.090;SB=-3.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,60:90:99:1075,117,0 chrVII 84763 . CT C 641.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=102.6569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=11.89;RPA=13,12;RU=T;SB=-2.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,38:54:99:684,100,0 chrVII 89490 . GA G 155.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=6.2683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.18;RPA=11,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,9:11:27:198,27,0 chrVII 89813 . AT A 230.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=22.1934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=17.77;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:36:273,36,0 chrVII 89899 . 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T TAGCAC 8483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=429.0756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.99;MQ0=0;QD=58.10;RPA=1,2;RU=AGCAC;SB=-3.881e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,123:146:99:8483,364,0 chrVII 98613 . A ATTTTC 8109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=673.3245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.16;MQ0=0;QD=64.87;SB=-3.121e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,107:125:99:8109,355,0 chrVII 102487 . TA T 502.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.300;DP=54;FS=1.921;HaplotypeScore=107.8260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=0.701;QD=9.30;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.141;SB=-1.903e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,30:54:13:544,13,0 chrVII 107991 . G GT 2289.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=26.8040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=27.93;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:82:99:2332,234,0 chrVII 110616 . 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A ATCGTCATCGTCGTCTTCATCG 22508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=88.5275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.72;MQ0=0;QD=138.94;SB=-3.989e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,115:162:99:22508,391,0 chrVII 115607 . T TCATA 4403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=181.6649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.41;MQ0=0;QD=56.45;SB=-2.133e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,69:78:99:4403,211,0 chrVII 117640 . AT A 2107.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=215.0658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=20.87;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.051e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,91:101:99:2150,251,0 chrVII 121032 . GA G 1516.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.562;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=108.1045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=13.79;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-5.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,89:110:99:1559,188,0 chrVII 122345 . C CT 2306.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=479.1973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.46;MQ0=0;QD=20.78;RPA=7,8;RU=T;SB=-5.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,94:111:99:2349,272,0 chrVII 124375 . G GAAA 2205.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=139.9426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.89;MQ0=0;QD=19.87;RPA=14,17;RU=A;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,57:110:99:2248,219,0 chrVII 129754 . C CT 2845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=42.1130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=23.33;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.161e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,105:122:99:2888,306,0 chrVII 140293 . TAA T 465.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.274;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=115.1523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.93;MQ0=0;MQRankSum=0.639;QD=12.26;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.369;SB=-1.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,21:38:38:508,38,0 chrVII 140336 . AC A 163.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=19.2034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=1;QD=4.68;SB=-6.094e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,29:34:29:206,29,0 chrVII 147855 . C CA 2090.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.130;DP=126;FS=8.078;HaplotypeScore=43.0394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.238;QD=16.59;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-8.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,90:126:99:2133,207,0 chrVII 149266 . C CT 2463.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=282.2532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=21.43;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,100:115:99:2506,285,0 chrVII 150209 . GA G 3957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=1141.7546;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.34;MQ0=0;QD=31.16;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.480e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,121:127:99:3957,355,0 chrVII 150216 . G GTGCA 7011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=880.5216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.00;MQ0=0;QD=58.43;SB=-2.555e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,101:120:99:7011,346,0 chrVII 150559 . A AT 2723.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=222.4173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=24.11;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.363e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,105:113:99:2766,303,0 chrVII 153069 . C CA 4812 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=219.9280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=27.34;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.402e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,169:176:99:4812,481,0 chrVII 154579 . TAAA T 2578.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=79.1619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=25.53;RPA=16,13;RU=A;SB=-1.185e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,68:101:99:2621,213,0 chrVII 156105 . GTATATATATGTATATATA G 199.73 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=133.3302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=6.89;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,8:29:6:240,6,0 chrVII 156459 . GC G 5158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=63.3757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=31.45;SB=-1.182e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,159:164:99:5158,448,0 chrVII 158933 . CTCAAGT C 2280.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.005;DP=244;DS;FS=2.679;HaplotypeScore=4741.5668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.40;MQ0=0;MQRankSum=9.948;QD=9.35;ReadPosRankSum=-2.781;SB=-6.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:155,87:244:99:2320,0,3125 chrVII 159141 . GTGACACTAAGTAATTAAA G 13896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=59.5259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.32;MQ0=0;QD=106.08;SB=-3.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,87:131:99:13896,247,0 chrVII 159373 . GA G 3112.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.142;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=70.7504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.50;MQ0=1;MQRankSum=-0.475;QD=17.01;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.329;SB=-9.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,153:182:99:3155,409,0 chrVII 163139 . ATATATATATAAATGTATG A 3535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=64.7572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.07;MQ0=0;QD=117.83;SB=-1.316e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,17:30:75:3535,75,0 chrVII 163250 . T TTG 2010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=272.7493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.28;MQ0=0;QD=40.22;RPA=1,2;RU=TG;SB=-9.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:50:99:2053,144,0 chrVII 167483 . C CT 2105.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=104.0888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=23.40;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,84:88:99:2148,240,0 chrVII 170835 . AT A 973.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=62.0265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.99;MQ0=0;QD=18.04;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,48:54:99:1016,131,0 chrVII 173154 . A ATTG 5915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=492.5529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.11;MQ0=0;QD=41.08;RPA=2,3;RU=TTG;SB=-2.581e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,122:144:99:5915,361,0 chrVII 180122 . GAT G 3319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=221.8543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=30.73;RPA=4,3;RU=AT;SB=-1.588e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,91:108:99:3319,265,0 chrVII 180158 . AT A 2448.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=427.4853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=20.75;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.043e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,106:118:99:2491,314,0 chrVII 180364 . G GA 2262.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=56.2897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.57;MQ0=0;QD=19.51;RPA=9,10;RU=A;SB=-9.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,100:116:99:2305,283,0 chrVII 182262 . TTTC T 6336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=417.0305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=41.41;RPA=2,1;RU=TTC;SB=-3.048e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,138:153:99:6336,409,0 chrVII 185552 . AGGATAAATAAG A 4097 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.340;DP=79;FS=20.757;HaplotypeScore=855.2858;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.100;QD=51.86;ReadPosRankSum=6.315;SB=-5.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,39:78:99:4097,0,705 chrVII 185556 . TAAATAAGCGGT TAAAATAAGCGGT,T 4136 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=839.1462;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=36.20;MQ0=0;QD=55.89;SB=-7.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:51,0,0:73:99:4136,3536,3632,570,0,1391 chrVII 185564 . CGGTTTAAAAG C 3820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=809.6148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.45;MQ0=0;QD=67.02;SB=-5.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,39:56:99:3820,114,0 chrVII 185796 . GA G 571.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=319.4067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.65;MQ0=0;QD=19.72;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,24:27:69:614,69,0 chrVII 185968 . AT A 1398.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=364.0978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.06;MQ0=0;QD=15.90;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,71:87:99:1441,199,0 chrVII 187472 . C CT 2821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=187.0818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=28.80;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.125e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,93:98:99:2864,265,0 chrVII 190778 . GA G 1682.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.166;DP=178;FS=1.556;HaplotypeScore=108.3814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=9.45;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.769;SB=-7.631e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,100:178:99:1724,148,0 chrVII 192193 . T TTTCTTCTTCTTC 12600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=452.4694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.39;MQ0=0;QD=72.83;RPA=6,10;RU=TTC;SB=-5.305e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:115,50:173:99:12600,343,0 chrVII 196920 . T TTC 5714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=2058.1380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.22;MQ0=0;QD=33.03;RPA=2,3;RU=TC;SB=-2.589e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,150:173:99:5714,430,0 chrVII 197816 . G GT 3066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=279.8686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=20.72;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.197e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,127:148:99:3109,369,0 chrVII 206341 . GT G 984.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.247;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=50.3106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=2.001;QD=13.31;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.067;SB=-3.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,53:74:99:1027,111,0 chrVII 206499 . GA G 1035.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=101.4532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;QD=15.70;RPA=10,9;RU=A;SB=-2.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,53:66:99:1078,143,0 chrVII 208767 . G GTCGGCCGAATTTCTATAAAT 9322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=27.4528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.00;MQ0=0;QD=129.47;SB=-3.871e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,15:72:99:9322,168,0 chrVII 210107 . T TA 1117.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=199.2136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=19.61;RPA=6,7;RU=A;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,51:57:99:1160,132,0 chrVII 213794 . AT A 1576.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=43.6493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=25.85;ReadPosRankSum=-0.661;SB=-7.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,53:61:99:1619,162,0 chrVII 213859 . GT G 1338.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;DP=86;FS=6.028;HaplotypeScore=139.4336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=15.57;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.667;SB=-4.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,71:86:99:1381,134,0 chrVII 224895 . TGTCTTC T 7446 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-8.157;DP=250;DS;FS=11.436;HaplotypeScore=2948.3494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.42;MQ0=0;MQRankSum=3.636;QD=29.78;RPA=2,1;RU=GTCTTC;ReadPosRankSum=2.917;SB=-3.503e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:147,88:250:99:7446,115,0 chrVII 224998 . G GGCA 7415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.711;DP=236;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=893.9571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.526;QD=31.42;RPA=5,6;RU=GCA;ReadPosRankSum=1.670;SB=-2.605e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:83,144:236:99:7415,484,0 chrVII 245641 . TCAA T 2192.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=139.0889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.04;MQ0=0;QD=18.90;RPA=13,12;RU=CAA;SB=-9.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,69:116:99:2235,165,0 chrVII 252806 . C CAT 2271.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=189.6792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;MQRankSum=0.453;QD=27.71;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=1.306;SB=-1.058e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,60:82:99:2314,159,0 chrVII 254088 . TC T 2282.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=211.5421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.05;MQ0=0;QD=24.03;SB=-7.350e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,81:94:99:2325,247,0 chrVII 254261 . C CATA 2883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=416.9023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.28;MQ0=0;QD=46.52;RPA=1,2;RU=ATA;SB=-9.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,58:61:99:2926,172,0 chrVII 254321 . C CA 3024.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=695.3592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.63;MQ0=0;QD=32.18;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.303e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,86:93:99:3067,259,0 chrVII 254394 . C CT 1505.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=493.3033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.62;MQ0=0;QD=19.82;RPA=8,9;RU=T;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,63:76:99:1548,185,0 chrVII 269174 . TA T 13.18 LowQual;SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=21;FS=10.659;HaplotypeScore=129.4456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.933;QD=0.63;ReadPosRankSum=-2.800;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,6:21:52:52,0,231 chrVII 269178 . T TTA 548.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=91.3232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=22.87;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,11:24:53:591,53,0 chrVII 269179 . TC T 400.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=114.2523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.75;MQ0=0;QD=15.42;SB=-7.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,11:26:57:443,57,0 chrVII 270302 . GATATA G 344.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.410;DP=58;FS=8.202;HaplotypeScore=584.1892;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.41;MQ0=0;MQRankSum=-4.067;QD=5.95;ReadPosRankSum=-2.579;SB=-1.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,15:57:99:384,0,1827 chrVII 270311 . A ATGTGTGTG 4621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=187.8075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.59;MQ0=0;QD=78.32;RPA=6,10;RU=TG;SB=-8.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,33:58:99:4621,151,0 chrVII 274400 . AT A 1252.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=236.1833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.26;MQ0=0;MQRankSum=0.200;QD=12.53;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.434;SB=-5.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,74:100:99:1295,154,0 chrVII 276935 . T TG 7262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=198.7029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=36.13;SB=-3.148e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,195:201:99:7262,569,0 chrVII 278804 . TTA T 153.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=9.6260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.58;MQ0=1;QD=6.70;SB=-8.977e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,16:22:24:196,24,0 chrVII 280093 . G GC 280.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=471.5617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.14;MQ0=0;QD=7.20;SB=-1.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:39:79:323,79,0 chrVII 280097 . GCTGT G 258.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=465.2689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.83;MQ0=0;QD=8.09;SB=-7.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:32:74:301,74,0 chrVII 280150 . TGAG T 2739.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.714;DP=244;FS=17.056;HaplotypeScore=3467.5634;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.066;QD=11.23;ReadPosRankSum=-4.656;SB=-1.096e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,99:244:99:2779,0,7501 chrVII 280164 . CGCGA C 4815 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.238;DP=250;DS;FS=10.717;HaplotypeScore=3431.1707;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;QD=19.26;ReadPosRankSum=-6.948;SB=-1.910e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,120:250:99:4815,0,8632 chrVII 280171 . TC T 1312.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.793;DP=250;DS;FS=7.407;HaplotypeScore=3749.4980;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.11;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=5.25;ReadPosRankSum=-5.852;SB=-5.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:134,116:250:99:1352,0,4462 chrVII 280173 . TG T 977.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.434;DP=250;DS;FS=5.774;HaplotypeScore=3709.1933;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.708;QD=3.91;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-4.741;SB=-4.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,111:250:99:1017,0,3775 chrVII 280618 . A AT 3329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=469.7147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.61;MQ0=0;QD=25.41;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.592e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,122:131:99:3329,351,0 chrVII 281605 . ATT A,AT 285.99 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.946;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=77.1537;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=1.419;QD=7.53;RPA=15,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.473;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:9,6,0:38:55:364,237,336,90,0,55 chrVII 287219 . GA G 2495.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.404;DP=141;FS=4.734;HaplotypeScore=605.3579;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.986;QD=17.70;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.045;SB=-8.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,124:141:99:2538,320,0 chrVII 288375 . GAT G 3027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=37.5154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=1;QD=29.11;RPA=4,3;RU=AT;SB=-9.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,87:103:99:3070,250,0 chrVII 291647 . TA T 2202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=248.9686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=19.16;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,101:115:99:2245,281,0 chrVII 295663 . ATTTACAAAG A 265.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.22;MQ0=0;QD=22.10;SB=-2.275e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,8:12:15:307,15,0 chrVII 298093 . CATAT C 5467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=292.6981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=44.45;RPA=7,5;RU=AT;SB=-2.484e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,110:123:99:5467,307,0 chrVII 299804 . C CT 6341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=67.0742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=32.69;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.742e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,187:194:99:6341,544,0 chrVII 303588 . CA C 2702.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=290.5047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=19.17;RPA=7,6;RU=A;SB=-7.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,124:141:99:2745,334,0 chrVII 307066 . TA T 1503.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=180.9219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;QD=19.28;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,65:78:99:1546,171,0 chrVII 311210 . G GT 8607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;FS=0.000;HaplotypeScore=689.4187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;QD=38.25;SB=-4.154e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,220:225:99:8607,638,0 chrVII 313232 . A AT 4858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=178.8339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=32.17;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.768e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,138:151:99:4858,418,0 chrVII 318195 . GA G 1722.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=46.8755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=20.27;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,79:85:99:1765,207,0 chrVII 318336 . GA G 1447.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=465.3602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.00;MQ0=0;QD=19.05;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,68:76:99:1490,165,0 chrVII 318676 . T TC 4644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=420.8728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.01;MQ0=0;QD=34.92;SB=-1.850e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,122:133:99:4644,367,0 chrVII 321734 . C CA 2316.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=175.1771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=26.03;RPA=3,4;RU=A;SB=-8.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,82:89:99:2359,237,0 chrVII 323364 . T TGTTTA 2554.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.688;DP=77;FS=1.922;HaplotypeScore=311.1613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.75;MQ0=1;MQRankSum=2.688;QD=33.18;ReadPosRankSum=2.955;SB=-1.239e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,39:75:99:2597,120,0 chrVII 323367 . T TATTTG 1471.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.381;DP=65;FS=8.661;HaplotypeScore=369.1361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.65;MQ0=1;MQRankSum=1.802;QD=22.63;ReadPosRankSum=1.898;SB=-6.471e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,13:63:21:1513,21,0 chrVII 323580 . TTG T 874.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=271.2407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.55;MQ0=0;QD=38.04;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:23:63:917,63,0 chrVII 323927 . T TTA 654.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=169.4622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=40.93;SB=-4.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:48:697,48,0 chrVII 324160 . G GCGCA 3015.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=457.5659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.21;MQ0=0;QD=49.44;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,47:61:99:3058,169,0 chrVII 324162 . G GGC 1351.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.428;DP=59;FS=7.264;HaplotypeScore=598.2966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.15;MQ0=0;MQRankSum=0.609;QD=22.91;ReadPosRankSum=4.476;SB=-3.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,47:59:25:1391,0,25 chrVII 324464 . TA T 932.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=468.4180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.04;MQ0=0;QD=20.73;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,41:45:99:975,123,0 chrVII 324564 . ACAAT A 1090.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.597;DP=44;FS=9.215;HaplotypeScore=557.6966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.28;MQ0=0;MQRankSum=1.560;QD=24.79;ReadPosRankSum=4.569;SB=-1.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:44:99:1130,0,196 chrVII 324572 . CAAG C 1206.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.550;DP=49;FS=11.280;HaplotypeScore=625.3410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.49;MQ0=0;MQRankSum=2.377;QD=24.63;ReadPosRankSum=1.034;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,23:49:38:1249,38,0 chrVII 325122 . G GA 1355.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=596.3890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.30;MQ0=0;QD=18.57;RPA=7,8;RU=A;SB=-3.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,61:73:99:1398,162,0 chrVII 325265 . CTTTT C 2698.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=1290.9155;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.99;MQ0=0;QD=35.05;RPA=10,6;RU=T;SB=-6.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,57:77:99:2741,171,0 chrVII 325276 . C CA 2130.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=1333.3492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.31;MQ0=0;QD=30.44;RPA=1,2;RU=A;SB=-3.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2173,204,0 chrVII 327315 . TG T 3575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=463.5400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=28.83;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.554e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,121:124:99:3575,346,0 chrVII 327578 . AG A 4780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=289.0780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;QD=33.66;SB=-1.997e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:142:99:4780,382,0 chrVII 328408 . AC A 1022.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=369.6225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.97;MQ0=0;QD=30.09;RPA=3,2;RU=C;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:34:99:1065,99,0 chrVII 328696 . T TTATG 2354.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=242.8829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.25;MQ0=0;QD=47.10;RPA=1,2;RU=TATG;SB=-9.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,33:50:99:2397,120,0 chrVII 328725 . G GA 1825.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=544.3225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.77;MQ0=0;QD=30.95;RPA=2,3;RU=A;SB=-7.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:59:99:1868,174,0 chrVII 328751 . GA G 2258.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=542.0433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.43;MQ0=0;QD=29.72;RPA=2,1;RU=A;SB=-6.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,72:76:99:2301,201,0 chrVII 341879 . TA T 164.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.26;MQ0=0;QD=9.70;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.695e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,14:17:27:207,27,0 chrVII 344321 . ACCT A 9319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=901.0552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.26;MQ0=0;QD=46.83;SB=-3.643e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,188:199:99:9319,536,0 chrVII 345521 . GAA G 3967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=415.8876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.64;MQ0=0;QD=30.75;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.606e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,118:129:99:3967,322,0 chrVII 346016 . T TA 4221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=247.4007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;QD=32.98;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.538e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:128:99:4221,355,0 chrVII 349503 . CA C 1154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.378;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=48.0775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.264;QD=13.12;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.013;SB=-4.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,61:88:99:1197,110,0 chrVII 352895 . GA G 2742.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=299.9267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=22.30;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.119e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,107:123:99:2785,341,0 chrVII 357322 . AT A 2521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.603;DP=99;FS=3.375;HaplotypeScore=120.9620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=25.47;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-1.141e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,74:99:99:2564,253,0 chrVII 361971 . AT A 650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=41.3320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=14.79;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,33:44:93:693,93,0 chrVII 364146 . ATT A 1817.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=322.5690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.03;MQ0=0;QD=23.31;RPA=13,11;RU=T;SB=-7.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,60:78:99:1860,180,0 chrVII 365718 . A AATTTGGT 5824 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=297.9484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.52;MQ0=0;QD=88.24;SB=-1.144e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:66:99:5824,196,0 chrVII 366199 . ATATATAT A 5819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=212.1484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.94;MQ0=2;QD=73.66;SB=-2.312e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:73:99:5819,202,0 chrVII 366313 . AT A 2623.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=143.5149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=21.16;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.141e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,116:124:99:2666,323,0 chrVII 366778 . TAAA TA,T 609.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.182;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=165.9726;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.13;MQ0=0;MQRankSum=1.101;QD=7.53;RPA=18,16,15;RU=A;ReadPosRankSum=2.942;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:52,0,8:81:99:688,138,100,332,0,443 chrVII 368551 . G GA 4769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=392.6089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=29.44;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.070e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,158:162:99:4769,454,0 chrVII 376066 . AT A 2746.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=217.5368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=19.21;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.103e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,131:143:99:2789,364,0 chrVII 378026 . AATGATG A 13902 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=345.7543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.19;MQ0=0;QD=55.83;RPA=6,4;RU=ATG;SB=-6.053e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,215:249:99:13902,607,0 chrVII 379162 . TCAGCAG T 12489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=226;FS=0.000;HaplotypeScore=95.7711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=55.26;RPA=8,6;RU=CAG;SB=-5.138e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,171:226:99:12489,518,0 chrVII 393864 . G GA 3641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;DP=162;FS=3.599;HaplotypeScore=176.0147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.342;QD=22.48;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.561;SB=-1.564e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,146:162:99:3641,402,0 chrVII 394474 . TGAC T 4548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=312.0627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.23;MQ0=0;QD=27.07;RPA=6,5;RU=GAC;SB=-5.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,130:168:99:4548,356,0 chrVII 394900 . GAA G 767.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=28.44;RPA=11,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:75:810,75,0 chrVII 395930 . TA T 630.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.511;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=259.1551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.101;QD=11.68;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=2.116;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,38:54:69:673,69,0 chrVII 397929 . TA T 2644.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=381.8195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.38;MQ0=0;QD=31.49;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.052e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:2687,247,0 chrVII 400194 . A AT 1563.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=217.2224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;QD=21.72;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,64:72:99:1606,147,0 chrVII 400221 . TAAA T 650.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=200.0663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.70;MQ0=0;QD=18.60;RPA=13,10;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,19:35:54:693,54,0 chrVII 400243 . AT A 90.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=132.3741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.77;MQ0=0;QD=6.01;RPA=11,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,7:15:18:132,18,0 chrVII 400279 . C CT 152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=78.5500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=13.82;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.751;SB=-7.378e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,8:11:23:194,23,0 chrVII 400317 . A AT 217.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=36.6312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=19.82;RPA=7,8;RU=T;SB=-2.599e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:30:260,30,0 chrVII 400713 . G GA 1566.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=29.0876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.99;MQ0=0;QD=20.89;RPA=7,8;RU=A;SB=-4.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,69:75:99:1609,186,0 chrVII 403336 . C CCGGG 1564.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=871.2934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.31;MQ0=2;QD=50.48;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:29:81:1607,81,0 chrVII 403341 . GATC G 566.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=444.8484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.28;MQ0=0;QD=51.54;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:609,33,0 chrVII 403346 . AC A 157.97 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=485.7140;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.28;MQ0=0;QD=14.36;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:32:200,32,0 chrVII 403348 . TTCTCGA T 689.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=432.5187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.28;MQ0=0;QD=62.72;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:732,33,0 chrVII 403360 . GACA G 613.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=477.8934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.91;MQ0=0;QD=47.23;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,11:13:39:656,39,0 chrVII 404522 . T TG 179.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=54.6888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.39;MQ0=2;QD=10.54;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:6:18:221,18,0 chrVII 404549 . AGTCGTGAT A 821.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=69.6804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.94;MQ0=3;QD=20.05;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,35:10:27:864,27,0 chrVII 404622 . G GT 407.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=222.6582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.03;MQ0=1;QD=8.16;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,36:18:51:450,51,0 chrVII 405205 . CA C 147.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=23.7564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=29.45;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:189,15,0 chrVII 411392 . T TA 2735.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=42.5804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=23.38;RPA=4,5;RU=A;SB=-8.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,104:117:99:2778,294,0 chrVII 411486 . GAA G 4753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=615.9031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.63;MQ0=0;QD=34.95;RPA=5,3;RU=A;SB=-2.243e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,123:136:99:4753,373,0 chrVII 411506 . CAAA C 6512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=555.7200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.72;MQ0=0;QD=47.53;RPA=5,2;RU=A;SB=-2.827e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,128:137:99:6512,373,0 chrVII 412423 . TA T 2657.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=360.2415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=22.34;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.241e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,109:119:99:2700,300,0 chrVII 412892 . CT C 5957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=839.9789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.05;MQ0=0;QD=30.24;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.603e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,191:197:99:5957,541,0 chrVII 413965 . AG A 3670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.264;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=459.7386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=1.958;QD=25.14;ReadPosRankSum=2.176;SB=-1.658e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,82:146:99:3670,372,0 chrVII 416009 . C CA 1950.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;DP=110;FS=2.099;HaplotypeScore=46.8279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;MQRankSum=0.478;QD=17.74;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.215;SB=-9.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,90:110:99:1993,190,0 chrVII 420785 . A AT 2066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.360;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=59.8718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=18.29;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-8.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,97:113:99:2109,202,0 chrVII 421669 . T TA 2338.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=318.1150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=29.24;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.057e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:2381,226,0 chrVII 422063 . T TAAA 4701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=602.9632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.71;MQ0=0;QD=41.24;RPA=5,8;RU=A;SB=-2.032e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,101:114:99:4701,307,0 chrVII 422624 . AG A 4888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=655.0235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.98;MQ0=0;QD=35.42;SB=-2.219e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,133:138:99:4888,379,0 chrVII 423259 . G GA 4534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=469.4598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.35;MQ0=0;QD=24.78;RPA=4,5;RU=A;SB=-2.240e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,169:183:99:4534,475,0 chrVII 423701 . AT A 3086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=48.4124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.33;MQ0=0;QD=22.05;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.518e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,130:140:99:3129,366,0 chrVII 425334 . GA G 5883 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=63.4091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.99;MQ0=0;QD=36.31;SB=-2.449e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:162:99:5883,469,0 chrVII 427215 . C CAT 2140.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=26.43;RPA=4,5;RU=AT;SB=-4.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,66:81:99:2183,177,0 chrVII 428408 . TTA T 235.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=131.9406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=10.73;RPA=5,4;RU=TA;SB=-1.118e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,9:22:24:278,24,0 chrVII 429793 . G GTAC 7380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;DP=196;FS=2.969;HaplotypeScore=507.4974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.807;QD=37.65;RPA=5,6;RU=TAC;ReadPosRankSum=-0.182;SB=-3.314e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,166:196:99:7380,417,0 chrVII 430869 . A AAGC 9048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=790.2387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.019;QD=36.48;RPA=5,6;RU=AGC;ReadPosRankSum=1.610;SB=-3.821e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,200:248:99:9048,530,0 chrVII 433681 . CTA C 3882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=219.1616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;QD=38.44;RPA=2,1;RU=TA;SB=-4.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:101:99:3882,295,0 chrVII 434433 . A AT 5671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=209;FS=0.000;HaplotypeScore=779.1062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.22;MQ0=0;QD=27.13;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.221e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,199:209:99:5671,565,0 chrVII 434708 . TC T 2971.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=1272.2269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.49;MQ0=0;QD=22.69;SB=-1.182e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,112:131:99:3014,334,0 chrVII 435398 . CG C 4954 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=666.9646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.60;MQ0=0;QD=33.03;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.372e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,146:150:99:4954,439,0 chrVII 437973 . GA G 2086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=276.9367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.69;MQ0=0;QD=18.47;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.036e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,101:113:99:2129,283,0 chrVII 438101 . CT C 2231.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=333.6093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.83;MQ0=0;QD=23.01;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.111e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,87:97:99:2274,252,0 chrVII 438160 . CTGT C 5129 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=323.1094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;QD=47.93;SB=-2.481e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,97:107:99:5129,286,0 chrVII 438696 . C CAA,CA 2177.95 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;DP=123;DS;FS=7.404;HaplotypeScore=582.2733;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=42.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.945;QD=17.71;RPA=11,13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.614;SB=-4.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:44,54,16:123:62:2256,273,62,1383,0,1174 chrVII 440453 . AAAAT A 2109.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=149.6002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.44;MQ0=0;QD=27.05;RPA=2,1;RU=AAAT;SB=-4.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,50:78:99:2152,180,0 chrVII 440628 . AG A 1192.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=473.0036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.73;MQ0=0;QD=30.59;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:38:99:1235,108,0 chrVII 440925 . T TC 749.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=159.1103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.84;MQ0=0;QD=28.84;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:25:75:792,75,0 chrVII 443342 . A AT 4164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=59.4359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.03;MQ0=0;QD=31.79;SB=-1.745e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,121:131:99:4164,357,0 chrVII 448887 . CTGCTGCTGCTGTTGCTGT C 22184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;FS=0.000;HaplotypeScore=71.2064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.78;MQ0=0;QD=115.54;SB=-1.059e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,171:192:99:22184,474,0 chrVII 454637 . GT G 682.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=141.5834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=24.39;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:28:78:725,78,0 chrVII 454642 . CCTT C 1176.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=91.8537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.71;MQ0=0;QD=43.59;SB=-4.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:27:75:1219,75,0 chrVII 459753 . GT G 3725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.613;DP=210;FS=5.108;HaplotypeScore=575.4415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;MQRankSum=1.176;QD=17.74;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.702;SB=-1.453e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,182:210:99:3725,426,0 chrVII 465811 . GT G 1028.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.461;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=154.2726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.393;QD=15.59;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.121;SB=-4.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,58:66:99:1071,128,0 chrVII 466985 . T TAGA 7045 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=349.4487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;QD=46.35;RPA=1,2;RU=AGA;SB=-3.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,134:152:99:7045,406,0 chrVII 472656 . C CT 5936 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=290.4004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.99;MQ0=0;QD=24.13;RPA=5,6;RU=T;SB=-2.518e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,229:245:99:5936,645,0 chrVII 479415 . AGT A 648.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=148.9417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;QD=18.54;RPA=4,3;RU=GT;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,22:35:54:691,54,0 chrVII 479689 . GGT G 957.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=19.8776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;QD=28.18;RPA=5,4;RU=GT;SB=-1.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,27:34:78:1000,78,0 chrVII 482781 . GA G 1565.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=190.4297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=20.60;RPA=6,5;RU=A;SB=-5.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,70:76:99:1608,189,0 chrVII 482923 . GA G 1880.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.729;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=476.1629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.88;MQ0=0;MQRankSum=1.094;QD=21.62;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.322;SB=-5.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,78:87:99:1923,219,0 chrVII 484095 . CTT C 2337.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.696;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=67.2651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=1.500;QD=20.33;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.256;SB=-1.175e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,79:115:99:2380,235,0 chrVII 485313 . TAA T 3552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=483.6485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;QD=27.75;RPA=9,7;RU=A;SB=-1.602e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,114:128:99:3552,325,0 chrVII 485505 . GC G 2608.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=38.7527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=22.89;RPA=9,8;RU=C;SB=-1.078e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,106:114:99:2651,297,0 chrVII 485884 . TAA T 2541.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.142;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=201.4092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=20.50;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-9.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,87:124:99:2584,243,0 chrVII 492247 . G GT 4098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=174.0762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=29.70;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.807e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,133:138:99:4098,385,0 chrVII 492423 . CT C 2907.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=550.9861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=21.23;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.426e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,118:137:99:2950,371,0 chrVII 495346 . AT A 4617 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=56.2231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=30.38;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.214e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,147:152:99:4617,415,0 chrVII 496729 . T TA 512.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;DP=56;FS=2.558;HaplotypeScore=64.6472;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.359;QD=9.15;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.469;SB=-1.901e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,32:56:15:554,15,0 chrVII 498008 . ATCGGAG A 8640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=151.6133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=59.59;RPA=3,2;RU=TCGGAG;SB=-1.354e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,125:145:99:8640,367,0 chrVII 502764 . CT C 993.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=28.3443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.510;QD=13.08;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.664;SB=-3.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,56:76:99:1036,128,0 chrVII 508085 . AC A 4006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=487.6281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;QD=30.58;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.664e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,128:131:99:4006,372,0 chrVII 508600 . TTATC T 6756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=326.4001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=54.48;RPA=2,1;RU=TATC;SB=-2.627e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,110:124:99:6756,343,0 chrVII 508636 . TC T 2532.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=561.4247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.82;MQ0=0;QD=24.83;RPA=7,6;RU=C;SB=-6.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,87:102:99:2575,273,0 chrVII 508694 . T TGA 4238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=195.6322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=41.15;SB=-1.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,89:103:99:4238,274,0 chrVII 511101 . A ATAAT 6551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=42.0545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.18;MQ0=0;QD=51.58;RPA=1,2;RU=TAAT;SB=-2.633e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,114:125:99:6551,331,0 chrVII 511487 . TAG T 6669 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=243;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=81.2539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=27.44;RPA=8,7;RU=AG;SB=-2.689e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,195:243:99:6669,563,0 chrVII 517548 . G GTCA 9422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=524.5264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.80;MQ0=0;QD=44.03;RPA=1,2;RU=TCA;SB=-4.079e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,203:214:99:9422,568,0 chrVII 523519 . GTT G 3758 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.795;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=74.6808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;MQRankSum=0.861;QD=23.49;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.435;SB=-1.714e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,117:160:99:3758,355,0 chrVII 523740 . CA C 3367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.100;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=397.5133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=19.02;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.281;SB=-1.467e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,153:177:99:3367,416,0 chrVII 526675 . C CT 3436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.039;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=330.4651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.599;QD=24.03;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.626;SB=-6.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,136:143:99:3436,369,0 chrVII 526775 . TA T 1891.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=472.5388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.19;MQ0=0;QD=17.68;SB=-8.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,90:107:99:1934,263,0 chrVII 526818 . TAA T 2472.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=505.0014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.46;MQ0=0;QD=22.90;RPA=12,10;RU=A;SB=-1.143e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,72:108:99:2515,243,0 chrVII 527468 . AT A 2573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.609;DP=184;FS=2.823;HaplotypeScore=379.2096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.85;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=13.99;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.020;SB=-1.139e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,152:184:99:2616,196,0 chrVII 528674 . C CG 2835.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=70.7893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.73;MQ0=0;QD=21.32;RPA=5,6;RU=G;SB=-9.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,109:133:99:2878,306,0 chrVII 528947 . A AC 4876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=306.5134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.820;QD=29.73;ReadPosRankSum=-0.561;SB=-2.215e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,115:164:99:4876,409,0 chrVII 529916 . CCGAATTGACATCATC C 23886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=227;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2075.8817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.92;MQ0=0;QD=105.22;SB=-6.668e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,0:227:99:23886,608,0 chrVII 529922 . TGACATCATCCTCGTA T,TCATCATCCTCGTA 8015 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.689;DP=204;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=3768.8732;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=28.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.924;QD=39.29;ReadPosRankSum=2.760;SB=-1.787e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:48,0,0:204:99:8015,1487,1482,1378,0,815 chrVII 529936 . TA T 3964 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.855;DP=209;DS;FS=58.561;HaplotypeScore=4303.3819;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.83;MQ0=0;MQRankSum=-1.405;QD=18.97;ReadPosRankSum=7.690;SB=-7.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,147:209:99:3964,0,882 chrVII 529941 . ATC A 5666 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.235;DP=250;DS;FS=77.179;HaplotypeScore=4758.6355;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.77;MQ0=0;MQRankSum=-7.129;QD=22.66;ReadPosRankSum=10.035;SB=-1.173e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,147:250:99:5666,0,994 chrVII 529943 . C CATCCTCATCCCA 23566 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.517;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=3002.2173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=94.26;ReadPosRankSum=1.702;SB=-9.116e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:177,70:250:99:23566,691,0 chrVII 530030 . CAT C 1213.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.439;DP=233;DS;FS=22.511;HaplotypeScore=4094.2622;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.214;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.345;SB=-3.670e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:152,79:233:99:1253,0,2848 chrVII 530031 . A ATCC 7961 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.592;DP=231;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=3495.3767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.654;QD=34.46;ReadPosRankSum=1.717;SB=-3.360e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:159,71:231:99:7961,653,0 chrVII 530033 . CA C 649.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.962;DP=244;DS;FS=16.106;HaplotypeScore=4321.8170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.840;QD=2.66;ReadPosRankSum=6.615;SB=-2.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,79:244:99:689,0,485 chrVII 531028 . CT C 1317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.69;MQ0=0;QD=17.57;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,54:75:99:1360,173,0 chrVII 531506 . CACAAATGGAA C 11098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=32.0065;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.12;MQ0=0;QD=109.88;SB=-5.138e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,95:101:99:11098,283,0 chrVII 531838 . GATATACATATATATATATAT G 802.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=9.1258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.01;MQ0=0;QD=30.88;SB=-2.839e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,17:26:30:845,30,0 chrVII 533996 . C CT 1618.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.458;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=448.2634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.15;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=17.22;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.532;SB=-2.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,79:94:99:1661,155,0 chrVII 534974 . G GA 2409.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=252.8044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=29.04;RPA=2,3;RU=A;SB=-5.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,80:83:99:2452,232,0 chrVII 535209 . G GTAA 909.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=98.7004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.61;MQ0=1;QD=43.33;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:20:51:952,51,0 chrVII 535541 . CA C 81.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=19.5439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.76;MQ0=0;QD=11.60;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:15:123,15,0 chrVII 541926 . CT C 1544.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=478.2292;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.60;MQ0=0;QD=21.46;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,61:72:99:1587,179,0 chrVII 541934 . TAC T 3218.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=388.0158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.11;MQ0=0;QD=44.09;SB=-1.405e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,69:73:99:3261,210,0 chrVII 544381 . AG A 623.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=79.1893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=29.71;SB=-7.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:60:666,60,0 chrVII 544557 . G GA 1389.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=96.8373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.42;MQ0=0;QD=31.59;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:1432,123,0 chrVII 544711 . T TTCG 2069.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=225.0402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.34;MQ0=0;QD=51.75;SB=-6.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:40:99:2112,108,0 chrVII 545016 . AT A 2275.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=287.3376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.93;MQ0=0;QD=24.47;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:93:99:2318,258,0 chrVII 545277 . A ATT 3138.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=492.5525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.73;MQ0=0;QD=28.80;RPA=1,3;RU=T;SB=-1.222e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,84:109:99:3181,283,0 chrVII 546156 . A AT 3368 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=422.9588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.26;MQ0=0;QD=23.89;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.301e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,116:141:99:3368,357,0 chrVII 546174 . CTTT C 4243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=330.2427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.53;MQ0=0;QD=35.07;RPA=7,4;RU=T;SB=-1.444e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,93:121:99:4243,303,0 chrVII 547580 . C CCA 8855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=235;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=133.7709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=37.68;RPA=2,3;RU=CA;SB=-2.083e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,217:235:99:8855,650,0 chrVII 553951 . AT A 2840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=413.3667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=20.15;RPA=7,6;RU=T;SB=-7.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,126:141:99:2883,353,0 chrVII 555981 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C 12576 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.584;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=109.7862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.84;MQ0=2;MQRankSum=-3.111;QD=108.41;RPA=31,11;RU=A;ReadPosRankSum=3.798;SB=-4.898e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,53:114:99:12576,158,0 chrVII 556068 . A AT 3027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=609.7458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.42;MQ0=0;QD=25.02;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.420e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,112:121:99:3070,330,0 chrVII 556281 . A AG 2349.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.471;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=414.2479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.82;MQ0=0;MQRankSum=0.867;QD=19.26;ReadPosRankSum=3.334;SB=-1.151e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,94:122:99:2392,283,0 chrVII 557485 . TA T 4348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=636.8222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;QD=30.62;SB=-5.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:74,59:141:99:4348,361,0 chrVII 557489 . T TC 4349 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=613.4135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.19;MQ0=0;QD=32.95;SB=-5.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:77,55:131:99:4349,358,0 chrVII 559414 . CT C 3658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=85.2587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.93;MQ0=0;QD=25.58;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.331e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,138:143:99:3658,354,0 chrVII 561653 . C CA 1065.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=432.2829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.95;MQ0=1;QD=17.47;RPA=5,6;RU=A;SB=-5.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,47:58:99:1108,123,0 chrVII 561826 . GA G 1021.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=601.7337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.18;MQ0=0;QD=18.93;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,45:54:99:1064,123,0 chrVII 561841 . GGT G 970.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.780;DP=48;FS=36.955;HaplotypeScore=394.1226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.96;MQ0=3;MQRankSum=1.228;QD=20.23;ReadPosRankSum=2.780;SB=-7.708e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,32:41:31:1013,31,0 chrVII 568556 . GT G 1584.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=297.0099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.60;MQ0=0;QD=29.90;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:53:99:1627,147,0 chrVII 576672 . G GT 2543.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.127;DP=188;DS;FS=1.166;HaplotypeScore=234.9033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;MQRankSum=0.503;QD=13.53;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.055;SB=-1.130e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,136:188:99:2586,157,0 chrVII 582027 . T TA 226.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=51.5848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.59;MQ0=0;QD=8.73;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.298e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,19:26:30:269,30,0 chrVII 584200 . A AT 2658.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=146.1423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.97;MQ0=0;QD=28.29;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.190e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:2701,232,0 chrVII 586177 . AT A 1764.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=35.2026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.13;MQ0=0;QD=23.22;RPA=5,4;RU=T;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,67:76:99:1807,201,0 chrVII 589788 . G GA 3333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=856.0667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.77;MQ0=0;QD=24.33;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.103e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,131:137:99:3333,375,0 chrVII 592236 . C CT 3607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=1041.8874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.27;MQ0=0;QD=23.27;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.578e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,134:155:99:3607,390,0 chrVII 593213 . CA C 2373.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=247.5059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.80;MQ0=0;QD=22.61;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,95:105:99:2416,275,0 chrVII 593375 . TATATAATATAC T 1851.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=64.4865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.14;MQ0=0;QD=54.47;SB=-5.180e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,30:34:54:1894,54,0 chrVII 596337 . AT A 3087.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=131.2774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=30.27;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.382e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,99:102:99:3130,289,0 chrVII 596640 . T TA 3600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=251.2620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=22.50;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.415e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,148:160:99:3600,416,0 chrVII 598939 . C CTCCGTAAGCCG 13817 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=259.3383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.51;MQ0=0;QD=124.48;SB=-6.296e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,84:111:99:13817,328,0 chrVII 598999 . G GA 1650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;DP=145;FS=7.071;HaplotypeScore=588.8434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.38;MQ0=0;MQRankSum=0.717;QD=11.39;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.596;SB=-5.959e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:81,58:145:99:1693,146,0 chrVII 606005 . A AT 2837.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.144;DP=155;FS=2.254;HaplotypeScore=182.6716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.822;QD=18.31;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.212;SB=-1.301e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,130:155:99:2880,287,0 chrVII 607300 . A AT 1614.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.761;DP=85;FS=3.704;HaplotypeScore=823.0808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.028;QD=19.00;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.888;SB=-2.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,69:85:99:1657,148,0 chrVII 607346 . C CT 2037.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=288.0767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.19;MQ0=0;QD=30.42;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,62:67:99:2080,183,0 chrVII 607456 . TC T 944.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=98.7355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.30;MQ0=0;QD=25.54;RPA=6,5;RU=C;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:37:99:987,108,0 chrVII 609109 . TAA T 1220.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.249;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=78.9637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;MQRankSum=0.766;QD=18.78;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.410;SB=-6.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,46:65:99:1263,124,0 chrVII 609314 . GA G 1593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.022;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=390.4477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=18.11;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-5.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,78:88:99:1636,219,0 chrVII 609614 . G GT 2766.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=219.6550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=23.45;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.197e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,102:118:99:2809,315,0 chrVII 609732 . AAG A 2921.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=692.2194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.26;MQ0=0;QD=35.20;SB=-1.162e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,64:83:99:2964,217,0 chrVII 611510 . CAA C 1654.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=331.2368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=16.23;RPA=14,12;RU=A;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,66:102:99:1697,165,0 chrVII 611534 . 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TC T 2081.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=215.2659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=29.32;RPA=2,1;RU=C;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,65:71:99:2124,186,0 chrVII 620023 . C CTT 3212.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=66.9688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.80;MQ0=0;QD=24.91;RPA=9,11;RU=T;SB=-1.403e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,95:129:99:3255,299,0 chrVII 620414 . GATA G 2017.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.311;DP=161;FS=11.046;HaplotypeScore=405.1737;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.61;MQ0=0;MQRankSum=-5.286;QD=12.53;ReadPosRankSum=-2.353;SB=-5.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,50:161:99:2057,0,5552 chrVII 620899 . AT A 5330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=204.5801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=32.70;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.264e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,161:163:99:5330,457,0 chrVII 621106 . 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AC A 4391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=49.7336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=28.33;RPA=4,3;RU=C;SB=-2.028e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,148:155:99:4391,418,0 chrVII 646945 . GA G 2193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=259.5623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=17.01;RPA=11,10;RU=A;SB=-5.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,112:129:99:2236,304,0 chrVII 648165 . CT C 3535 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=185.7531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=21.30;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.084e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,150:166:99:3535,428,0 chrVII 649092 . TA T 2337.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=585.8774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.37;MQ0=0;QD=21.45;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,94:109:99:2380,267,0 chrVII 649124 . TA T 1308.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=686.7575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.76;MQ0=0;QD=15.96;RPA=7,6;RU=A;SB=-6.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,63:82:99:1351,165,0 chrVII 649191 . C CGTTA 5811 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=444.9305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.17;MQ0=0;QD=59.30;SB=-2.630e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,83:98:99:5811,274,0 chrVII 649342 . TA T 1259.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=151.3717;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.92;MQ0=0;QD=20.66;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,54:61:99:1302,165,0 chrVII 649438 . G GAA 1053.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=226.2327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.13;MQ0=0;QD=18.82;RPA=10,12;RU=A;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,30:56:99:1096,103,0 chrVII 649464 . A AT 1131.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=294.9205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.78;MQ0=0;QD=21.36;RPA=6,7;RU=T;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,47:53:99:1174,132,0 chrVII 649555 . GTT G 2434.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.647;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=227.6003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=1.476;QD=26.18;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.689;SB=-8.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,79:93:99:2477,236,0 chrVII 651268 . G GTT 6472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=61.3792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=1;QD=33.88;RPA=3,5;RU=T;SB=-2.361e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,174:189:99:6472,496,0 chrVII 653814 . TA T 2369.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=877.2990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.02;MQ0=0;QD=19.92;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.040e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,104:119:99:2412,314,0 chrVII 656821 . GT G 1652.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=346.0815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=21.19;RPA=6,5;RU=T;SB=-6.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,71:78:99:1695,198,0 chrVII 660399 . A ATG 4499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=615.3042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.39;MQ0=0;QD=42.05;SB=-1.407e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,98:107:99:4499,310,0 chrVII 660440 . A AT 3337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=867.0069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.62;MQ0=0;QD=29.27;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,104:114:99:3337,313,0 chrVII 660964 . G GA 8224 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=83.9256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.92;MQ0=0;QD=33.03;RPA=1,2;RU=A;SB=-4.061e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,241:249:99:8224,689,0 chrVII 661145 . GAACGT G 11392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;FS=0.000;HaplotypeScore=848.4171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.83;MQ0=0;QD=56.96;SB=-3.382e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,180:196:99:11392,509,0 chrVII 661245 . T TTC 5333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=796.0509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.44;MQ0=0;QD=42.33;SB=-1.521e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,97:126:99:5333,334,0 chrVII 661427 . T TC 1696.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=168.2857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.96;MQ0=0;QD=31.43;SB=-6.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:54:99:1739,138,0 chrVII 666167 . C CTT 1241.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=80.8102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.45;MQ0=0;QD=23.43;RPA=8,10;RU=T;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,35:53:99:1284,117,0 chrVII 670014 . CATAT C 2689.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=389.3195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;QD=32.80;RPA=7,5;RU=AT;SB=-1.077e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,58:82:99:2732,153,0 chrVII 676341 . AT A 574.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.035;DP=99;FS=12.821;HaplotypeScore=39.0413;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.530;QD=5.81;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.556;SB=-3.166e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,45:99:24:614,0,24 chrVII 676489 . G GA 2024.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.869;DP=122;FS=2.862;HaplotypeScore=218.2649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.204;QD=16.60;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.429;SB=-8.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,83:122:99:2067,236,0 chrVII 678100 . A AT 1620.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=324.5715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.45;MQ0=0;QD=21.61;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,58:75:99:1663,171,0 chrVII 697261 . CAA C 2024.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;QD=33.20;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.015e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,55:61:99:2067,160,0 chrVII 698446 . 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GT G 2968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=567.8691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=29.11;RPA=2,1;RU=T;SB=-7.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,92:102:99:3011,276,0 chrVII 702710 . CA C 2654.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=499.1483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.559;QD=28.24;ReadPosRankSum=0.415;SB=-6.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,61:94:99:2697,250,0 chrVII 705200 . AT A 1323.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=208.7111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.73;MQ0=0;QD=22.83;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,38:58:99:1366,129,0 chrVII 705208 . A AT 1095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=255.6055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.26;MQ0=0;QD=20.30;RPA=6,7;RU=T;SB=-4.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,31:54:99:1138,135,0 chrVII 706889 . A AT 3106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=62.8576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;QD=26.33;RPA=4,5;RU=T;SB=-9.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,114:118:99:3149,333,0 chrVII 707041 . C CAA 756.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.189;DP=51;FS=12.483;HaplotypeScore=174.4956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.62;MQ0=0;MQRankSum=1.396;QD=14.84;RPA=13,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.245;SB=-1.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,10:51:35:799,35,0 chrVII 712998 . AC A 2734.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=270.4459;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.86;MQ0=0;QD=25.32;RPA=8,7;RU=C;SB=-1.020e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,101:108:99:2777,291,0 chrVII 715716 . GAAA G 3524 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=829.8142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.07;MQ0=0;QD=27.32;RPA=14,11;RU=A;SB=-1.179e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,97:129:99:3524,285,0 chrVII 719963 . AAT A 5791 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=473.7601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.76;MQ0=0;QD=33.47;RPA=3,2;RU=AT;SB=-2.883e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,160:173:99:5791,457,0 chrVII 720390 . T TACACAAGG 15861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=656.7071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.03;MQ0=0;QD=90.12;SB=-4.552e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,131:176:99:15861,479,0 chrVII 724964 . AGAAATTTTTTTCACTAATGAGAAG A 12155 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=263.4803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.30;MQ0=0;QD=171.20;SB=-5.570e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,51:71:99:12155,154,0 chrVII 725670 . G GTCA 10895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=227;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=225.1499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=48.00;RPA=1,2;RU=TCA;SB=-4.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,210:227:99:10895,632,0 chrVII 726604 . AC A 1984.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=575.9850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.72;MQ0=0;QD=33.08;SB=-8.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:60:99:2027,165,0 chrVII 726618 . T TTA 2086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=507.6856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.59;MQ0=0;QD=35.98;SB=-6.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,51:58:99:2129,147,0 chrVII 727060 . TA T 2505.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=162.8042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=18.70;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.223e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,121:134:99:2548,323,0 chrVII 727338 . GT G 1975.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=806.0447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.69;MQ0=0;QD=16.20;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,104:114:99:2018,263,0 chrVII 729929 . AT A 3942 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=273.4599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;QD=25.60;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.418e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,143:154:99:3942,411,0 chrVII 731073 . A AC 3594 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=539.3689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;QD=34.23;RPA=1,2;RU=C;SB=-7.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,100:105:99:3594,304,0 chrVII 733109 . ATTTT A 2606.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=333.8583;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.462;QD=26.60;RPA=20,16;RU=T;ReadPosRankSum=1.678;SB=-1.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,50:98:99:2648,135,0 chrVII 733167 . T TTCTTCTTC 9832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=314.6397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=68.76;RPA=1,2;RU=TCTTCTTC;SB=-2.354e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,106:143:99:9832,325,0 chrVII 733567 . TA T 4462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=50.9432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=30.56;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.978e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,141:146:99:4462,391,0 chrVII 735400 . CT C 1434.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.459;DP=84;FS=3.554;HaplotypeScore=123.0337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.70;MQ0=0;MQRankSum=1.681;QD=17.08;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.376;SB=-6.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,72:84:99:1477,182,0 chrVII 735704 . AT A 3882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=724.0189;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.33;MQ0=0;QD=33.76;SB=-8.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,105:115:99:3882,321,0 chrVII 735908 . TG T 1393.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=365.3435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.87;MQ0=0;QD=33.19;SB=-3.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:42:99:1436,114,0 chrVII 736419 . T TA 430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=130.6352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.37;MQ0=0;QD=25.35;SB=-2.349e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,14:17:42:473,42,0 chrVII 736553 . TAA T 245.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.826;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=41.1515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.39;MQ0=0;MQRankSum=0.322;QD=8.79;RPA=15,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.322;SB=-9.182e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,14:28:25:288,25,0 chrVII 738524 . A AT 3207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=529.3756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.82;MQ0=0;QD=34.13;SB=-1.424e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,90:94:99:3250,266,0 chrVII 738650 . AT A 2567.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=79.7192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.69;MQ0=0;QD=25.68;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.263e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,95:100:99:2610,279,0 chrVII 738874 . TA T 1879.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=630.6578;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.01;MQ0=0;QD=22.12;SB=-9.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,75:85:99:1922,232,0 chrVII 738876 . TC T 1827.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=81;FS=3.031;HaplotypeScore=615.7902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.482;QD=22.57;ReadPosRankSum=2.263;SB=-9.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,75:81:99:1870,209,0 chrVII 739112 . GA G 1890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=330.3550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.63;MQ0=0;QD=19.70;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,85:95:99:1933,234,0 chrVII 739198 . TA T 3419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=452.0077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.78;MQ0=0;QD=28.97;SB=-1.147e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,104:117:99:3419,310,0 chrVII 739249 . TAC T 6048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=850.8075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.63;MQ0=0;QD=42.59;SB=-1.783e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,138:142:99:6048,406,0 chrVII 739861 . A AT 1913.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=39.0811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;QD=22.26;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,77:86:99:1956,198,0 chrVII 741881 . CT C 1296.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=20.7687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=18.53;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,64:69:99:1339,165,0 chrVII 742244 . C CAA 2415.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=622.8083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.69;MQ0=0;QD=34.03;RPA=5,7;RU=A;SB=-8.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,67:71:99:2458,202,0 chrVII 745750 . 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AGACGATGACGAT A 15747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=96.2832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.54;MQ0=0;QD=62.99;RPA=6,4;RU=GACGAT;SB=-3.208e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,190:250:99:15747,517,0 chrVII 754390 . C CT 2714.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=189.8856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;QD=25.86;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,101:105:99:2757,276,0 chrVII 762247 . GA G 1883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=98;FS=3.791;HaplotypeScore=45.2271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=1.688;QD=19.22;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=0.855;SB=-7.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,85:98:99:1926,231,0 chrVII 763406 . A AT 5403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=334.4449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=37.78;SB=-2.400e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,139:143:99:5403,415,0 chrVII 765774 . 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T TTTTCGGTTCTGCAAC 11074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=203.8951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.73;MQ0=0;QD=117.81;SB=-4.898e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,47:94:99:11074,235,0 chrVII 773692 . GATA G 5094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=271.5687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=45.08;RPA=2,1;RU=ATA;SB=-1.965e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,104:113:99:5094,301,0 chrVII 774766 . CT C 3993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;FS=0.000;HaplotypeScore=274.3869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;QD=19.29;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.464e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,190:207:99:3993,522,0 chrVII 777580 . G GTTTGTTTTA 11107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=121.3307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.99;MQ0=0;QD=95.75;SB=-5.086e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,80:116:99:11107,313,0 chrVII 778013 . CT C 841.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.923;DP=45;FS=7.055;HaplotypeScore=150.4187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=18.71;RPA=6,5;RU=T;ReadPosRankSum=0.159;SB=-6.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,37:45:62:884,62,0 chrVII 778177 . C CA 2924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=533.2526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.38;MQ0=0;QD=24.58;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.456e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,105:119:99:2967,298,0 chrVII 778763 . G GA 1729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=222.2135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.39;MQ0=0;QD=20.59;RPA=7,8;RU=A;SB=-5.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,70:84:99:1772,204,0 chrVII 778984 . G GA 473.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=538.4420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.96;MQ0=6;QD=11.56;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,20:20:60:516,60,0 chrVII 778990 . CA C 535.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=532.2209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.96;MQ0=6;QD=13.07;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,20:20:60:578,60,0 chrVII 779040 . T TC 196.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=482.5811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.95;MQ0=1;QD=14.00;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,7:13:21:238,21,0 chrVII 779788 . AC A 2033.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=801.3832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.64;MQ0=0;QD=28.25;RPA=5,4;RU=C;SB=-9.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:72:99:2076,204,0 chrVII 779839 . GA G 1865.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=814.8747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=30.59;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,57:61:99:1908,165,0 chrVII 779845 . C CA 1695.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=813.7126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=28.27;RPA=2,3;RU=A;SB=-3.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,55:60:99:1738,159,0 chrVII 779991 . GT G 1086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=369.7647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.10;MQ0=0;QD=16.22;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,53:67:99:1129,146,0 chrVII 780065 . C CT 1848.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=574.1150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.62;MQ0=0;QD=25.33;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,66:73:99:1891,204,0 chrVII 780146 . TA T 1656.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=609.5652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.77;MQ0=0;QD=21.52;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,62:77:99:1699,177,0 chrVII 780395 . C CA 2709.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=194.8658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=25.09;RPA=4,5;RU=A;SB=-6.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,100:108:99:2752,288,0 chrVII 781647 . GA G 729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.730;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=17.5552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.11;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=15.53;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.274;SB=-1.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,40:47:88:772,88,0 chrVII 784027 . G GTT 1768.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=220.8295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=1;QD=18.62;RPA=12,14;RU=T;SB=-7.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,43:94:99:1811,184,0 chrVII 784113 . G GT 1370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.611;DP=103;FS=7.396;HaplotypeScore=161.5236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.239;QD=13.31;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.862;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,61:103:78:1413,78,0 chrVII 785333 . G GA 2244.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.577;DP=128;FS=3.802;HaplotypeScore=309.4897;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.866;QD=17.54;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.660;SB=-9.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,95:128:99:2287,264,0 chrVII 790436 . T TAC 4538 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.370;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=336.1945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.903;QD=31.30;ReadPosRankSum=1.894;SB=-1.847e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,133:145:99:4538,364,0 chrVII 793544 . ATTCACCCATTT A 15455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=730.3951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.26;MQ0=0;QD=89.34;SB=-7.178e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,144:173:99:15455,406,0 chrVII 794244 . C CT 2675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=365.9649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.34;MQ0=0;QD=23.07;RPA=4,5;RU=T;SB=-9.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,102:116:99:2718,285,0 chrVII 794505 . AT A 306.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=26.0049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.57;MQ0=0;QD=18.06;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:45:349,45,0 chrVII 795543 . AAT A 5828 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=601.5630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.04;MQ0=0;QD=36.89;RPA=2,1;RU=AT;SB=-1.910e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,150:158:99:5828,433,0 chrVII 795662 . CT C 3623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=126.0160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=21.44;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.803e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,158:169:99:3623,440,0 chrVII 795971 . GT G 4734 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=219;FS=0.000;HaplotypeScore=498.4110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=21.62;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.250e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,202:219:99:4734,578,0 chrVII 800086 . AT A 4088 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=163.6233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;QD=28.79;SB=-1.733e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:142:99:4088,406,0 chrVII 801946 . A ATG 5272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=262.8149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=37.13;SB=-2.186e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,135:142:99:5272,373,0 chrVII 805050 . GT G 786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;DP=74;FS=5.173;HaplotypeScore=42.4953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=10.63;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.371;SB=-1.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,54:74:43:829,43,0 chrVII 807474 . G GGATGAAGATGAAGATGAA 23810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=276.8025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.06;MQ0=0;QD=103.97;RPA=3,6;RU=GATGAA;SB=-1.016e+04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:78,146:229:99:23810,461,0 chrVII 807555 . TTCG T 4249 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.297;DP=244;DS;FS=39.444;HaplotypeScore=2278.0169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.14;MQ0=0;MQRankSum=-4.623;QD=17.41;ReadPosRankSum=-0.865;SB=-2.090e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,90:244:99:4249,0,7403 chrVII 808396 . ATATATATATATATATATT A 1256.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=21.9855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.44;MQ0=0;QD=96.62;SB=-3.948e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,7:13:21:1298,21,0 chrVII 808485 . TA T 383.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=125.5013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=14.77;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,21:26:57:426,57,0 chrVII 808498 . T TA 547.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=135.7373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=17.12;RPA=9,10;RU=A;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,27:32:72:590,72,0 chrVII 809973 . GT G 5579 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=94.6311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;QD=22.32;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.407e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,234:250:99:5579,653,0 chrVII 810801 . A AGT 4895 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=38.7030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=1;QD=41.48;RPA=1,2;RU=GT;SB=-2.082e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,112:117:99:4895,340,0 chrVII 811285 . GC G 2478.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=517.7276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.99;MQ0=0;QD=29.87;RPA=4,3;RU=C;SB=-1.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:83:99:2521,238,0 chrVII 823555 . A AT 1846.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=252.2339;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.00;MQ0=0;QD=21.99;RPA=6,7;RU=T;SB=-2.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,71:84:99:1889,213,0 chrVII 823734 . ATT A 2412.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=221.3143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.52;MQ0=0;QD=27.11;RPA=10,8;RU=T;SB=-7.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,73:89:99:2455,226,0 chrVII 823795 . ATTT A 4239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=385.7354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.50;MQ0=0;QD=33.38;RPA=12,9;RU=T;SB=-2.030e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,110:127:99:4239,315,0 chrVII 827066 . A AG 2754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=164.0436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.75;MQ0=0;QD=29.62;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.315e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,74:93:99:2797,249,0 chrVII 827186 . C CTT 2521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=236.4149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=28.99;RPA=8,10;RU=T;SB=-8.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,70:87:99:2564,224,0 chrVII 828714 . C CA 3170.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.707;DP=156;FS=3.893;HaplotypeScore=56.5297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.067;QD=20.33;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-1.272e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,136:156:99:3213,351,0 chrVII 832769 . G GTGCGCC 14122 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=275.5541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=73.94;SB=-6.841e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,162:191:99:14122,527,0 chrVII 836033 . C CA 5090 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=362.6793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;QD=29.59;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.863e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,167:172:99:5090,478,0 chrVII 836826 . G GA 1047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.935;DP=52;FS=2.980;HaplotypeScore=75.6948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.109;QD=20.15;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-2.141;SB=-4.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,44:52:99:1090,108,0 chrVII 836865 . A AT 1008.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=179.7205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;MQRankSum=0.979;QD=16.02;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-2.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,45:63:99:1051,131,0 chrVII 840600 . GA G 881.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.269;DP=117;FS=5.025;HaplotypeScore=180.6303;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.430;QD=7.53;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.882;SB=-1.885e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,56:117:68:922,68,0 chrVII 842650 . GT G 4505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=619.9806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=29.83;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.120e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,143:151:99:4505,412,0 chrVII 845307 . A AT 3067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=486.8826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.13;MQ0=0;QD=29.50;SB=-1.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:104:99:3110,298,0 chrVII 845722 . GT G 1750.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=146.9228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;QD=21.62;RPA=6,5;RU=T;SB=-7.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,74:81:99:1793,210,0 chrVII 845880 . TGACCC T 8152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=272.0768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=59.94;RPA=2,1;RU=GACCC;SB=-2.038e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,122:136:99:8152,361,0 chrVII 846682 . T TATCA 3572 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=691.6293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.83;MQ0=0;QD=55.81;RPA=1,2;RU=ATCA;SB=-6.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,58:64:99:3572,178,0 chrVII 846870 . TAA T 2680.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.165;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=377.0555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=0.949;QD=29.79;RPA=10,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.330;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,86:90:99:2723,248,0 chrVII 848452 . AT A 1453.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=51.2956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.683;QD=14.40;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.464;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,82:101:99:1496,187,0 chrVII 850848 . GT G 1625.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=112.8436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.53;RPA=2,1;RU=T;SB=-7.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,47:57:99:1668,141,0 chrVII 853509 . A AT 942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;DP=91;FS=6.892;HaplotypeScore=122.8431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.855;QD=10.36;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.468;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,60:91:45:985,45,0 chrVII 856944 . AG A 6485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=269.6151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;QD=25.94;RPA=5,4;RU=G;SB=-2.108e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,234:250:99:6485,655,0 chrVII 857364 . G GAAA 3752 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=668.0584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.88;MQ0=0;QD=26.80;RPA=9,12;RU=A;SB=-1.296e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,84:140:99:3752,273,0 chrVII 858669 . T TA 4565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=421.9072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.60;MQ0=0;QD=31.48;RPA=1,2;RU=A;SB=-3.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,136:145:99:4565,394,0 chrVII 859452 . GCA G 6013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;FS=0.000;HaplotypeScore=273.3566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=31.65;RPA=6,5;RU=CA;SB=-2.814e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,167:190:99:6013,484,0 chrVII 870120 . C CT 1984.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=352.4702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;QD=20.46;RPA=7,8;RU=T;SB=-9.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,78:97:99:2027,237,0 chrVII 870130 . G GT 1824.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;DP=96;FS=4.991;HaplotypeScore=414.0003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.21;MQ0=0;MQRankSum=1.358;QD=19.01;ReadPosRankSum=1.181;SB=-7.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,68:96:99:1867,207,0 chrVII 876233 . CA C 1898.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=376.5166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.58;MQ0=1;QD=29.67;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,59:62:99:1941,177,0 chrVII 876259 . TCGA T 1136.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.433;DP=64;FS=24.682;HaplotypeScore=442.5464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.87;MQ0=0;MQRankSum=-5.549;QD=17.77;ReadPosRankSum=0.781;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:64:99:1176,0,1769 chrVII 876266 . T TACC 1195.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.548;DP=61;FS=26.528;HaplotypeScore=407.4297;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.18;MQ0=0;MQRankSum=-5.647;QD=19.61;ReadPosRankSum=1.528;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:61:99:1235,0,1939 chrVII 878684 . 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T TA 4139 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=316.6945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.22;MQ0=0;QD=32.09;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.915e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,120:129:99:4139,358,0 chrVII 882663 . CAAG C 5290 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=518.4749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.43;MQ0=0;QD=46.81;SB=-1.808e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:110:99:5290,316,0 chrVII 887887 . T TA 4979 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=49.9670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=35.56;SB=-1.818e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,135:140:99:4979,391,0 chrVII 889710 . G GT 4417 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=475.2483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=28.68;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.160e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,149:154:99:4417,442,0 chrVII 894236 . CA C 3426 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=126.1432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=19.14;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.711e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,162:178:99:3426,445,0 chrVII 894461 . G GAA 6318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=795.6599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.38;MQ0=0;QD=35.49;RPA=4,6;RU=A;SB=-3.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,170:178:99:6318,497,0 chrVII 897295 . GAA G 2969.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=534.8583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.39;MQ0=0;QD=45.00;SB=-7.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:3012,187,0 chrVII 897315 . C CG 2863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=671.0949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.98;MQ0=0;QD=32.18;RPA=2,3;RU=G;SB=-6.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:2906,259,0 chrVII 904952 . AT A 3063.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=569.7338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;QD=24.32;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.335e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,116:126:99:3106,292,0 chrVII 905227 . 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TA T 790.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=258.0436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.21;MQ0=0;QD=16.48;RPA=6,5;RU=A;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,40:48:99:833,99,0 chrVII 911812 . T TA 1014.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.585;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=336.1042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.774;QD=17.81;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.037;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,46:57:99:1057,116,0 chrVII 920105 . GA G 1969.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=331.3906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;QD=20.96;RPA=7,6;RU=A;SB=-5.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,79:94:99:2012,246,0 chrVII 920124 . A AT 3714 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=229.1896;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.39;MQ0=0;QD=31.74;SB=-8.250e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,90:117:99:3714,295,0 chrVII 920914 . GA G 964.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.660;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=179.0184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=16.08;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.072;SB=-4.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,48:60:99:1007,138,0 chrVII 930949 . A AAAAGG 3947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=286.2476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.55;MQ0=1;QD=58.91;SB=-1.160e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,50:66:99:3947,178,0 chrVII 931063 . G GT 2143.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=458.8569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.16;MQ0=0;QD=25.83;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,78:83:99:2186,228,0 chrVII 939703 . AT A 1267.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=394.0276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=23.48;RPA=4,3;RU=T;SB=-4.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,48:54:99:1310,138,0 chrVII 939794 . AT A 1836.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.462;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=280.0581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.722;QD=17.49;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.826;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,93:105:99:1879,213,0 chrVII 947126 . G GA 993.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=266.6036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.186;QD=17.75;ReadPosRankSum=2.135;SB=-5.100e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,42:56:99:1036,127,0 chrVII 947344 . G GA 2297.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=30.1568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=24.71;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,88:93:99:2340,255,0 chrVII 951196 . AT A 1894.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=21.5167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.96;RPA=3,2;RU=T;SB=-7.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,64:73:99:1937,180,0 chrVII 951730 . T TA 2058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=1176.8387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.00;MQ0=0;QD=26.74;SB=-1.003e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:77:99:2101,221,0 chrVII 951822 . G GC 1279.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=619.3171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.50;MQ0=0;QD=24.61;SB=-1.910e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:52:99:1322,145,0 chrVII 951834 . TAA T 1575.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.661;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=599.6776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.102;QD=24.62;RPA=7,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.417;SB=-4.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,57:64:99:1618,161,0 chrVII 953791 . G GCA 5420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=147.4111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=37.12;RPA=2,3;RU=CA;SB=-2.215e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,136:146:99:5420,397,0 chrVII 959797 . T TATATAC 420.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=29.5208;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=42.10;SB=-2.211e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:24:463,24,0 chrVII 963056 . G GT 4198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=173.2542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.42;MQ0=0;QD=34.41;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.236e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,119:122:99:4198,349,0 chrVII 968722 . ATTT A 5189 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=823.6195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.82;MQ0=0;QD=31.83;RPA=12,9;RU=T;SB=-1.216e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,125:162:99:5189,376,0 chrVII 968891 . CT C 1490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.094;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=78.5764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=13.93;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.322;SB=-4.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,75:107:99:1533,200,0 chrVII 970657 . G GA 1467.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=18.5164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=23.68;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,60:62:99:1510,165,0 chrVII 974052 . G GA 1749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=109.0863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=29.17;RPA=2,3;RU=A;SB=-5.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,54:60:99:1792,165,0 chrVII 974105 . TG T 1541.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=216.0608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=30.23;RPA=3,2;RU=G;SB=-5.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:51:99:1584,141,0 chrVII 974135 . G GA 645.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=275.3667;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.418;QD=15.02;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.896;SB=-2.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,29:43:64:688,64,0 chrVII 974166 . 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A AAAAAC 2707.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.407;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=288.2868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.29;MQ0=0;MQRankSum=0.595;QD=37.61;ReadPosRankSum=1.137;SB=-9.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,41:72:99:2750,170,0 chrVII 987105 . G GT 1331.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.512;DP=103;FS=1.703;HaplotypeScore=105.6675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.48;MQ0=0;MQRankSum=0.532;QD=12.93;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.677;SB=-6.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,46:103:99:1374,112,0 chrVII 987325 . C CT 2569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=521.1233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.51;MQ0=0;QD=29.88;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.218e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,71:86:99:2612,219,0 chrVII 987363 . TA T 2573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=445.3281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.91;MQ0=0;QD=20.93;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:74,48:123:99:2616,327,0 chrVII 987689 . G GA 2161.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=356.6512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.64;MQ0=0;QD=23.25;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.022e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,84:93:99:2204,246,0 chrVII 988894 . CCAG C 5747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=1111.0053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.68;MQ0=0;QD=31.75;RPA=7,6;RU=CAG;SB=-2.744e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,132:181:99:5747,392,0 chrVII 989675 . AT A 580.24 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.434;DP=67;FS=1.424;HaplotypeScore=50.3775;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=1.392;QD=8.66;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.125;SB=-2.691e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:67:9:619,0,9 chrVII 995284 . AT A 2952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=230.5608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=20.80;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.445e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,134:142:99:2995,377,0 chrVII 996829 . C CA 3414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=53.1268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;QD=25.48;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.169e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,130:134:99:3414,357,0 chrVII 999847 . C CA 3653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=348.6285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=25.19;RPA=4,5;RU=A;SB=-9.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,133:145:99:3653,384,0 chrVII 1004504 . TCAAA T 264.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=30.6510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=17.60;ReadPosRankSum=0.747;SB=-9.259e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,5:15:19:306,19,0 chrVII 1006276 . G GC 3086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.706;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=1066.7388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.13;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=22.05;ReadPosRankSum=-1.081;SB=-8.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,85:140:99:3129,384,0 chrVII 1006278 . CG C 3055.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.413;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=1052.7853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.05;MQ0=0;MQRankSum=0.137;QD=22.47;ReadPosRankSum=2.377;SB=-7.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,85:136:99:3098,384,0 chrVII 1010897 . C CTTT 1675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;DP=77;FS=2.457;HaplotypeScore=268.5122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.369;QD=21.77;RPA=13,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.386;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,13:77:99:1718,118,0 chrVII 1011073 . CAAAAAAG C 3453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=101.3509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;QD=60.58;SB=-6.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,38:57:99:3453,146,0 chrVII 1011803 . GTTT G 1289.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=89.2702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.79;MQ0=0;QD=32.25;RPA=15,12;RU=T;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,32:39:99:1332,105,0 chrVII 1012425 . TA T 1722.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=44.3363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;QD=16.25;RPA=11,10;RU=A;SB=-6.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,90:106:99:1765,241,0 chrVII 1014104 . A AC 2871.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=386.4846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=27.88;RPA=3,4;RU=C;SB=-2.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,97:103:99:2914,280,0 chrVII 1017880 . TAAA T 6276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=49.1599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.98;MQ0=0;QD=41.29;RPA=4,1;RU=A;SB=-2.665e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,146:152:99:6276,370,0 chrVII 1021962 . C CT,CTT 781.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.798;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=52.6325;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=1.827;QD=10.29;RPA=13,14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-3.074e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:27,39,9:76:69:860,111,69,478,0,544 chrVII 1024993 . A ATT 1777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=133.6474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;QD=19.76;RPA=11,13;RU=T;SB=-6.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,63:89:99:1820,178,0 chrVII 1030807 . ACTG A 6268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=701.1705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.06;MQ0=0;QD=50.55;SB=-2.575e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,117:124:99:6268,352,0 chrVII 1031609 . GTA G 2905.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=95.0409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=28.77;RPA=4,3;RU=TA;SB=-1.110e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,90:101:99:2948,238,0 chrVII 1048438 . CCTG C 2064.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.468;DP=133;FS=33.305;HaplotypeScore=921.7996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.99;MQ0=0;MQRankSum=-3.318;QD=15.53;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-8.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,48:130:99:2104,0,3927 chrVII 1048534 . C CAAA 1461.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;DP=76;FS=5.582;HaplotypeScore=156.6008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.291;QD=19.24;RPA=10,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.480;SB=-3.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,17:73:99:1504,129,0 chrVII 1048774 . G GT 850.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.879;DP=52;FS=4.225;HaplotypeScore=23.1218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.07;MQ0=0;MQRankSum=0.928;QD=16.36;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.342;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,45:51:59:893,59,0 chrVII 1050064 . GTAAACACTAT G 11436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=276.0341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.05;MQ0=0;QD=101.20;SB=-3.284e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,103:113:99:11436,310,0 chrVII 1050785 . ATT A 3127.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=39.9092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.87;MQ0=0;QD=28.18;RPA=11,9;RU=T;SB=-1.218e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,104:111:99:3170,295,0 chrVII 1051813 . AT A 678.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=119.7204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=1.466;QD=10.13;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.044;SB=-2.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,39:67:89:721,89,0 chrVII 1052033 . C CT 2565.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=209.5963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=25.16;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.074e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,95:102:99:2608,261,0 chrVII 1052792 . CAAA C 5898 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=310.0460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=45.37;RPA=5,2;RU=A;SB=-2.944e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,123:130:99:5898,349,0 chrVII 1055298 . CGGTGAATTG C 14975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=234.4407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.51;MQ0=0;QD=99.17;SB=-7.200e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,144:151:99:14975,424,0 chrVII 1057435 . A AT 1071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=83.9853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.30;RPA=6,7;RU=T;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,40:46:99:1114,126,0 chrVII 1057590 . TA T 1565.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=207.1950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=23.73;RPA=4,3;RU=A;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,58:66:99:1608,168,0 chrVII 1063290 . AAAG A 1296.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=73.4387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.231;QD=39.30;ReadPosRankSum=0.924;SB=-4.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,24:33:81:1339,81,0 chrVII 1063485 . AC A 945.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=25.5591;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=30.51;RPA=2,1;RU=C;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:87:988,87,0 chrVII 1065443 . 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TA T 214.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=187.3972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.17;MQ0=0;QD=8.60;RPA=3,2;RU=A;SB=-5.895e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,15:17:28:257,28,0 chrVII 1069131 . A AC 639.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=416.0787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=23.70;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,23:27:78:682,78,0 chrVII 1069141 . T TTG 911.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=410.0645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=38.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:24:69:954,69,0 chrVII 1076395 . A AT 1493.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=91.3613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.13;MQ0=9;QD=19.15;RPA=3,4;RU=T;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,74:57:99:1536,159,0 chrVII 1078808 . 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G GC 488.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=291.2645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=30.56;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48:531,48,0 chrVII 1081200 . A AT 537.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=306.8662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.63;MQ0=1;QD=29.89;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:17:51:580,51,0 chrVII 1081230 . TA T 801.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.769;DP=102;FS=21.323;HaplotypeScore=600.9170;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.44;MQ0=1;MQRankSum=0.819;QD=7.86;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.088;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,42:46:99:841,0,355 chrVII 1082447 . GA G 936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.270;DP=146;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2140.7877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.47;MQ0=2;MQRankSum=-0.731;QD=6.42;ReadPosRankSum=1.193;SB=-1.630e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,41:117:94:979,94,0 chrVII 1082451 . A AT 1032.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.270;DP=53;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1958.3030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.038;QD=19.49;ReadPosRankSum=1.193;SB=-1.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,39:47:96:1075,96,0 chrVII 1082850 . TA T 283.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.420;DP=66;FS=29.038;HaplotypeScore=291.1597;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.82;MQ0=6;MQRankSum=1.740;QD=4.30;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-1.916;SB=-1.329e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,19:45:99:323,0,982 chrVII 1083000 . CT C 275.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.850;DP=45;FS=44.292;HaplotypeScore=713.2130;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.69;MQ0=0;MQRankSum=3.293;QD=6.13;ReadPosRankSum=-0.341;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:38:99:315,0,685 chrVII 1083029 . C CG 626.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.218;DP=62;FS=63.960;HaplotypeScore=877.8075;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.60;MQ0=0;MQRankSum=3.942;QD=10.11;ReadPosRankSum=3.586;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:49:99:666,0,621 chrVII 1083221 . A AG 297.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.507;DP=26;FS=31.135;HaplotypeScore=691.2510;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.98;MQ0=0;MQRankSum=-1.504;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.424;SB=1.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:23:99:337,0,224 chrVII 1083265 . CA C 635.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.088;DP=40;FS=2.692;HaplotypeScore=1162.0953;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.000;QD=15.90;ReadPosRankSum=1.266;SB=-9.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,34:37:50:675,0,50 chrVII 1083268 . TTTCC T 1637.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.977;DP=40;FS=3.318;HaplotypeScore=1069.0954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.266;QD=40.95;ReadPosRankSum=0.955;SB=-2.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,34:37:76:1680,76,0 chrVII 1083595 . CA C 617.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=55;FS=6.709;HaplotypeScore=794.8935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.94;MQ0=1;MQRankSum=1.835;QD=11.24;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-6.601e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,23:38:28:660,28,0 chrVII 1083629 . C CT 653.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=750.1301;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.17;MQ0=0;QD=20.44;SB=-1.410e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:20:60:696,60,0 chrVII 1083692 . T TG 236.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.620;DP=50;FS=6.862;HaplotypeScore=794.6533;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.929;QD=4.74;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=0.489;SB=-1.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:31:99:276,0,192 chrVII 1083698 . T TG 310.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.311;DP=31;FS=7.270;HaplotypeScore=387.7293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.45;MQ0=1;MQRankSum=-1.863;QD=10.03;ReadPosRankSum=2.162;SB=-6.503e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,10:19:24:353,24,0 chrVII 1083967 . ACTT A 496.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.828;DP=99;FS=4.720;HaplotypeScore=1053.8787;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.82;MQ0=3;MQRankSum=3.764;QD=5.02;ReadPosRankSum=-4.259;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,28:71:99:536,0,2909 chrVII 1084007 . CGT C 1656.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=2094.7400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.56;MQ0=1;QD=13.26;SB=-7.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:72,53:68:99:1699,167,0 chrVII 1084011 . TC T 800.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.946;DP=133;FS=22.648;HaplotypeScore=2232.3073;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.10;MQ0=1;MQRankSum=2.085;QD=6.02;ReadPosRankSum=2.692;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,53:70:99:840,0,704 chrVII 1084018 . A AAT 1297.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.110;DP=136;FS=21.534;HaplotypeScore=2217.6613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.08;MQ0=1;MQRankSum=4.130;QD=9.54;ReadPosRankSum=3.286;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,53:72:99:1337,0,1123 chrVII 1084021 . AGTG A 2003.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.983;DP=136;FS=21.534;HaplotypeScore=2147.0766;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.08;MQ0=1;MQRankSum=2.478;QD=14.74;ReadPosRankSum=3.182;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,53:72:99:2043,0,1453 chrVII 1084048 . TGGGATTAGAGTGGC T 4914 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.445;DP=125;FS=8.905;HaplotypeScore=1847.6144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.63;MQ0=0;MQRankSum=2.953;QD=39.31;ReadPosRankSum=-1.060;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,41:71:99:4914,0,881 chrVII 1084053 . TTAGAGTGGCAGGGT TATAGAGTGGCAGGGT,T 3774 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=1360.6768;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=20.33;MQ0=0;QD=39.73;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:51,0,0:49:99:3774,3412,3483,409,0,1402 chrVIII 5084 . CA C 403.16 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=287.5740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.496;QD=2.90;ReadPosRankSum=-0.992;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,106:14:8:444,8,0 chrVIII 5222 . CT C 743.50 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.180;DP=48;FS=56.767;HaplotypeScore=246.0145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.83;MQ0=7;MQRankSum=0.619;QD=15.49;ReadPosRankSum=-3.742;SB=-2.544e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,34:29:4:783,4,0 chrVIII 6309 . CT C 171.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=239.0385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.65;MQ0=2;QD=3.74;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:14:30:214,30,0 chrVIII 6319 . CTGCTG C 1235.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=276.9780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.33;MQ0=2;QD=22.47;RPA=2,1;RU=TGCTG;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,36:22:60:1278,60,0 chrVIII 6322 . CTGTGC C 1235.96 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=276.9780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.33;MQ0=2;QD=22.47;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,0:22:60:1278,60,0 chrVIII 6327 . CTGT C 503.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=388.0344;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.18;MQ0=2;MQRankSum=-1.664;QD=8.40;ReadPosRankSum=3.023;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,18:25:86:543,0,86 chrVIII 6396 . CGA C 605.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.382;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=440.6094;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.027;QD=13.77;ReadPosRankSum=1.428;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:28:99:645,0,523 chrVIII 7145 . G GTA 215.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=67.2078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=16.61;ReadPosRankSum=0.742;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,9:7:3:255,3,0 chrVIII 12540 . T TC 246.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.123;DP=26;FS=26.994;HaplotypeScore=370.4771;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.82;MQ0=2;MQRankSum=2.062;QD=9.50;ReadPosRankSum=-2.062;SB=1.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:18:99:286,0,176 chrVIII 12558 . AG A 420.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.464;DP=28;FS=35.304;HaplotypeScore=424.4447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.75;MQ0=1;MQRankSum=1.440;QD=15.03;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.039;SB=-2.219e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:21:99:460,0,146 chrVIII 15144 . CCCCAAA C 8604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=46.4865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=72.92;SB=-4.039e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:8604,343,0 chrVIII 15408 . TG T 1839.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=59.5830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=25.20;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:1882,196,0 chrVIII 17134 . G GA 2791.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=1053.9793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.20;MQ0=0;QD=26.85;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.286e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,94:104:99:2834,276,0 chrVIII 18166 . T TG 4552 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=638.4889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.00;MQ0=0;QD=30.35;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.220e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,145:150:99:4552,415,0 chrVIII 18411 . CTT C 5882 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=98.4366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.45;MQ0=1;QD=28.83;RPA=8,6;RU=T;SB=-2.512e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,181:203:99:5882,520,0 chrVIII 18612 . GA G 2550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=758.7583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.04;MQ0=0;QD=17.01;RPA=7,6;RU=A;SB=-6.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,116:150:99:2593,329,0 chrVIII 18667 . TC T 5145 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=942.5079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.16;MQ0=0;QD=31.76;SB=-1.779e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,155:162:99:5145,451,0 chrVIII 19077 . TA T 5177 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=886.6877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.71;MQ0=0;QD=29.08;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.538e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,167:178:99:5177,490,0 chrVIII 25785 . AG A 4506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=410.2119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.71;MQ0=0;QD=31.51;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.313e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,138:143:99:4506,412,0 chrVIII 32861 . GT G 42.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=58.6968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.14;MQ0=0;QD=6.07;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.254e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:7:12:84,12,0 chrVIII 32871 . ATT A 170.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=32.6843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.01;MQ0=0;QD=18.89;RPA=10,8;RU=T;SB=-3.293e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:21:212,21,0 chrVIII 35225 . ATTT A 755.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=59.5701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.58;MQ0=0;QD=31.50;RPA=6,3;RU=T;SB=-1.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:54:798,54,0 chrVIII 36134 . CT C 478.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=179.7446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=14.09;RPA=11,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,25:34:72:521,72,0 chrVIII 38579 . TC T 2733.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=148.3172;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=24.85;RPA=6,5;RU=C;SB=-1.162e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,94:110:99:2776,282,0 chrVIII 38627 . C CT 2270.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=354.8009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=22.71;RPA=7,8;RU=T;SB=-8.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,81:100:99:2313,255,0 chrVIII 38662 . ATT A 3467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.698;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=243.4307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=2;MQRankSum=0.951;QD=28.65;RPA=7,5;RU=T;ReadPosRankSum=1.325;SB=-1.428e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,109:119:99:3467,303,0 chrVIII 39528 . CTAGT C 4326 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=285.1451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.65;MQ0=0;QD=50.89;RPA=2,1;RU=TAGT;SB=-1.377e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,74:85:99:4326,229,0 chrVIII 39562 . C CT 2249.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;DP=117;FS=3.887;HaplotypeScore=473.7395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=1.509;QD=19.23;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.695;SB=-9.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,84:117:99:2292,255,0 chrVIII 39756 . G GC 2552.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=376.9296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.31;MQ0=0;QD=28.05;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.171e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,79:91:99:2595,248,0 chrVIII 39931 . GT G 2282.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=277.3932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.03;MQ0=0;QD=29.65;SB=-8.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,67:77:99:2325,211,0 chrVIII 48099 . GA G 1481.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.687;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=293.5710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=1.268;QD=11.40;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.145;SB=-7.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,85:130:99:1524,185,0 chrVIII 48226 . AACAACAACAACAACAACAGC A 16263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=942.9823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.88;MQ0=0;QD=77.08;SB=-3.355e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,156:211:99:16263,454,0 chrVIII 48615 . A AAT 2215.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.924;DP=104;FS=2.115;HaplotypeScore=243.3329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.404;QD=21.31;RPA=7,8;RU=AT;ReadPosRankSum=-1.986;SB=-1.091e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,60:104:69:2258,69,0 chrVIII 48709 . AT A 2947.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=349.2333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=19.65;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.009e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,142:150:99:2990,368,0 chrVIII 49465 . A ACAT 8707 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=957.1569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.80;MQ0=0;QD=34.83;RPA=6,7;RU=CAT;SB=-3.313e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:76,168:249:99:8707,590,0 chrVIII 52025 . A ACAGCAGCAG 17190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=202;FS=0.000;HaplotypeScore=84.5182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.01;MQ0=0;QD=85.10;RPA=3,6;RU=CAG;SB=-4.978e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,163:202:99:17190,500,0 chrVIII 58415 . C CAACAACAACAAAAGT 22899 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;FS=0.000;HaplotypeScore=430.0269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.16;MQ0=1;QD=110.62;SB=-1.113e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,111:206:99:22899,548,0 chrVIII 58900 . CTTT C 1909.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=33.0813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.94;MQ0=0;QD=30.32;RPA=14,11;RU=T;SB=-6.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,48:63:99:1952,147,0 chrVIII 59082 . AT A 840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.264;DP=59;FS=2.980;HaplotypeScore=203.1130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.026;QD=14.25;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.851;SB=-4.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,44:59:96:883,96,0 chrVIII 62601 . CTT C 5716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.028;DP=203;FS=3.135;HaplotypeScore=179.8993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=28.16;RPA=10,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.497;SB=-2.705e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,178:203:99:5716,526,0 chrVIII 66147 . GATTAT G 2962.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.243;DP=125;FS=14.219;HaplotypeScore=643.4255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=0.233;QD=23.70;ReadPosRankSum=7.929;SB=-5.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,83:125:99:3002,0,262 chrVIII 66153 . GA G 533.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.230;DP=114;FS=2.852;HaplotypeScore=861.5029;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.310;QD=4.68;ReadPosRankSum=6.964;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,83:114:99:573,0,764 chrVIII 66548 . TTGCTGCTGCAAAAGTTGCTGC T 21495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-7.245;DP=239;DS;FS=3.131;HaplotypeScore=1871.1448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.68;MQ0=0;MQRankSum=3.070;QD=89.94;ReadPosRankSum=-3.253;SB=-7.474e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:124,113:239:99:21495,269,0 chrVIII 66563 . TTGCTGCTGCTGCTGCTGTTGC T,TTGCTGCTGCTGTTGC 9525 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.424;DP=227;DS;FS=11.922;HaplotypeScore=3022.0669;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=43.07;MQ0=0;MQRankSum=1.878;QD=41.96;ReadPosRankSum=-5.441;SB=-2.790e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:169,0,0:227:66:9525,6051,11199,458,0,66 chrVIII 67613 . 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G GA 2352.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=223.2693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=25.03;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.059e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,86:94:99:2395,252,0 chrVIII 76067 . T TTCA 1239.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=153.0374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;QD=49.60;RPA=1,2;RU=TCA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75:1282,75,0 chrVIII 76082 . AT A 782.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=276.2074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.93;MQ0=0;QD=21.75;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:36:99:825,99,0 chrVIII 78674 . C CA 115.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=2.9171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.11;MQ0=0;QD=12.79;RPA=10,11;RU=A;SB=-5.162e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,6:9:18:157,18,0 chrVIII 85277 . 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A AT 3290 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=388.5941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=26.11;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.365e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,114:126:99:3290,331,0 chrVIII 111530 . CTATA C 230.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=45.8129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.24;MQ0=0;QD=17.71;RPA=13,11;RU=TA;SB=-1.073e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,5:13:15:272,15,0 chrVIII 114993 . GA G 5218 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=133.4436;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=31.82;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.611e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,161:164:99:5218,457,0 chrVIII 115390 . ATT A 4698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=600.5652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=27.96;RPA=13,11;RU=T;SB=-1.480e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,150:168:99:4698,440,0 chrVIII 116838 . GT G 2191.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=253.4489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.28;MQ0=0;QD=22.14;RPA=6,5;RU=T;SB=-9.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,89:99:99:2234,264,0 chrVIII 116904 . GTT G 2045.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=359.3661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.28;MQ0=0;QD=25.90;RPA=10,8;RU=T;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,66:79:99:2088,195,0 chrVIII 117231 . TA T 4147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=337.0903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=24.68;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.509e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,160:168:99:4147,439,0 chrVIII 117672 . A AT 2723.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.139;DP=148;FS=5.541;HaplotypeScore=409.0657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.313;QD=18.41;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.426;SB=-1.165e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,109:148:99:2766,283,0 chrVIII 120062 . GTT G 1538.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=45.8370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=17.29;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.687;SB=-2.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,55:89:99:1581,116,0 chrVIII 121733 . G GA 1650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=58.4587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.82;MQ0=0;QD=18.55;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,75:89:99:1693,168,0 chrVIII 122169 . A AGTTTC 7432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=62.9520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.08;MQ0=0;QD=42.71;RPA=3,4;RU=GTTTC;SB=-3.061e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,121:174:99:7432,352,0 chrVIII 122633 . T TAA 6111 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=798.3019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.44;MQ0=0;QD=41.29;SB=-7.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:148:99:6111,427,0 chrVIII 122848 . GAC G 1385.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=161.9957;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.75;MQ0=0;QD=39.60;RPA=2,1;RU=AC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1428,105,0 chrVIII 123640 . TAGC T 7728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;FS=0.000;HaplotypeScore=1488.6712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.33;MQ0=0;QD=42.23;RPA=2,1;RU=AGC;SB=-2.662e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,165:183:99:7728,485,0 chrVIII 123954 . GAGAGA G 2929.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=233.7085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.52;MQ0=0;QD=47.26;SB=-2.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,41:61:99:2972,150,0 chrVIII 123996 . T TA 1071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=341.7258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.30;MQ0=0;QD=21.88;RPA=3,4;RU=A;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,39:49:99:1114,117,0 chrVIII 125832 . 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AAAGC A 4659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=76.1216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=46.13;RPA=2,1;RU=AAGC;SB=-1.712e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,85:101:99:4659,247,0 chrVIII 136669 . AT A 1288.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.675;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=47.1447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=16.53;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.675;SB=-5.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,65:78:99:1331,175,0 chrVIII 138557 . A AG 3343 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=468.7672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;QD=24.95;RPA=5,6;RU=G;SB=-1.504e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,112:134:99:3343,342,0 chrVIII 139884 . G GTA 3145.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.617;DP=100;FS=3.485;HaplotypeScore=132.9753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.737;QD=31.46;RPA=5,6;RU=TA;ReadPosRankSum=0.657;SB=-1.372e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,82:100:99:3188,223,0 chrVIII 141525 . 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A AG 1664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=428.8246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.60;MQ0=0;QD=30.27;RPA=2,3;RU=G;SB=-7.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:55:99:1707,156,0 chrVIII 147654 . TA T 2863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=436.0327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.68;MQ0=0;QD=29.53;RPA=2,1;RU=A;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,88:97:99:2906,259,0 chrVIII 147727 . GA G 1338.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=223.4254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.33;MQ0=0;QD=29.11;RPA=2,1;RU=A;SB=-3.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,40:46:99:1381,117,0 chrVIII 148158 . CAA C 4066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=584.6314;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.82;MQ0=0;QD=29.68;RPA=7,5;RU=A;SB=-1.768e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,117:137:99:4066,361,0 chrVIII 148182 . G GAA 3947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=519.3395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.92;MQ0=0;QD=33.17;RPA=4,6;RU=A;SB=-1.801e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,101:119:99:3947,301,0 chrVIII 148575 . TTC T 3228.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9086;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=35.87;SB=-1.247e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:90:99:3271,256,0 chrVIII 149257 . C CAT 1274.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=199.7340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.10;MQ0=0;QD=32.69;RPA=4,5;RU=AT;SB=-3.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,36:39:99:1317,102,0 chrVIII 150606 . AT A 1460.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.434;DP=76;FS=2.878;HaplotypeScore=385.1031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.29;MQ0=0;MQRankSum=0.956;QD=19.22;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.442;SB=-6.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,67:76:99:1503,157,0 chrVIII 150785 . AC A 3475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=1092.9870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.45;MQ0=0;QD=28.48;SB=-1.513e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,113:122:99:3475,337,0 chrVIII 150847 . AT A 2146.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=1145.0125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.24;MQ0=0;QD=18.67;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,100:115:99:2189,281,0 chrVIII 151383 . GA G 2207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=478.4660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=18.87;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,110:117:99:2250,296,0 chrVIII 151579 . CT C 2715.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=159.4638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=18.73;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.183e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,131:145:99:2758,361,0 chrVIII 161688 . A ATT 1139.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=76.8077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.52;MQ0=0;QD=36.77;RPA=5,7;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:93:1182,93,0 chrVIII 167641 . TATATAC T 321.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=48.0659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.82;MQ0=0;QD=21.47;SB=-1.499e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:27:364,27,0 chrVIII 168780 . GTA G 1473.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=147.0127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.92;MQ0=0;QD=26.32;RPA=7,6;RU=TA;SB=-7.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,43:56:99:1516,129,0 chrVIII 169172 . CTGCTGTTGCTGT C 13906 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=65.4417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.92;MQ0=0;QD=70.59;RPA=4,2;RU=TGCTGT;SB=-6.542e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,156:197:99:13906,453,0 chrVIII 170523 . CT C 772.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=38.2633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.02;MQ0=0;QD=18.40;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:99:815,107,0 chrVIII 170619 . T TA 282.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=58.9262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=10.48;RPA=13,14;RU=A;SB=-1.589e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,13:27:42:325,42,0 chrVIII 173136 . TA T 184.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=96.0911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=7.40;RPA=12,11;RU=A;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,14:25:35:227,35,0 chrVIII 174970 . CA C 5348 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=393.5639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=21.56;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.567e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,235:248:99:5348,662,0 chrVIII 175282 . G GGTAA 9569 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=333.9614;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.10;MQ0=0;QD=54.06;RPA=1,2;RU=GTAA;SB=-3.361e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,146:177:99:9569,484,0 chrVIII 176845 . TAAAAA T 2521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.424;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=1.424;QD=34.08;RPA=17,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.654;SB=-4.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,44:74:99:2564,115,0 chrVIII 183971 . A AG 2924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=277.5225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=36.11;SB=-1.361e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:81:99:2967,229,0 chrVIII 187695 . T TG 4551 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=55.9865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=36.41;SB=-2.043e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,122:125:99:4551,355,0 chrVIII 187814 . G GA 1294.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.356;DP=117;FS=1.403;HaplotypeScore=81.9253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.794;QD=11.07;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.042;SB=-5.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,56:117:49:1337,49,0 chrVIII 189097 . G GA 2077.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;DP=206;FS=9.704;HaplotypeScore=713.9368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.37;MQ0=0;MQRankSum=1.829;QD=10.09;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.132;SB=-1.056e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:110,82:205:99:2120,106,0 chrVIII 189768 . GA G 3032.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;FS=0.000;HaplotypeScore=76.6662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=15.80;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.509e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,158:192:99:3075,417,0 chrVIII 192694 . CAA C 2293.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.267;DP=110;FS=2.660;HaplotypeScore=66.8113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.06;MQ0=0;MQRankSum=1.020;QD=20.85;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-8.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,73:109:99:2336,230,0 chrVIII 194628 . TA T 299.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=388.2676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=18.75;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48:342,48,0 chrVIII 194642 . C CT 724.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=475.4397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=32.95;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66:767,66,0 chrVIII 195369 . TGTATC T 6520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=43.9210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=53.44;RPA=2,1;RU=GTATC;SB=-2.935e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,110:122:99:6520,298,0 chrVIII 198474 . GTT G 1592.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=41.6191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=18.52;RPA=14,12;RU=T;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,57:86:99:1635,151,0 chrVIII 201764 . CAAGT C 5123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=403.0127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.79;MQ0=0;QD=51.23;SB=-2.516e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,87:100:99:5123,265,0 chrVIII 202095 . AT A 3670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=406.3853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=22.80;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.477e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,142:161:99:3670,387,0 chrVIII 202785 . GA G 2827.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=583.6330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.21;MQ0=0;QD=20.95;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.165e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,128:135:99:2870,356,0 chrVIII 203659 . C CT 2154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.249;DP=114;FS=3.217;HaplotypeScore=225.0911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.007;QD=18.90;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.483;SB=-1.032e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,78:114:99:2197,236,0 chrVIII 210269 . AT A 885.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.581;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=37.0089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=0.985;QD=15.82;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-3.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,46:56:95:928,95,0 chrVIII 210581 . TA T 53.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=31.0904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=5.35;RPA=6,5;RU=A;SB=-4.475e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,6:10:12:95,12,0 chrVIII 221372 . GT G 2524.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=49.2874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.12;MQ0=0;QD=26.58;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,87:95:99:2567,241,0 chrVIII 225197 . A AT 3322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=895.1456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.45;MQ0=0;QD=29.93;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,103:111:99:3322,304,0 chrVIII 229162 . A AT 1689.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=342.0185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.57;MQ0=0;QD=24.14;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:70:99:1732,180,0 chrVIII 230236 . C CAGA 5665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=152;FS=3.424;HaplotypeScore=416.5427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.301;QD=37.27;RPA=4,5;RU=AGA;ReadPosRankSum=-0.988;SB=-2.502e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,115:145:99:5665,318,0 chrVIII 230956 . G GA 4827 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=342.8272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=32.18;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.183e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,147:150:99:4827,418,0 chrVIII 233314 . GA G 893.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=174.8602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.666;QD=10.39;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.466;SB=-1.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,60:86:99:936,125,0 chrVIII 234753 . ATTT A 2835.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=176.5868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=1.425;QD=28.08;RPA=15,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.680;SB=-8.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,72:101:99:2878,196,0 chrVIII 237735 . CTTTT C 1559.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=254.5506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.842;QD=24.76;RPA=16,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.634;SB=-4.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,30:62:99:1602,99,0 chrVIII 237816 . TA T 326.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=356.0543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.60;MQ0=0;QD=10.55;RPA=12,11;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,18:31:51:369,51,0 chrVIII 238967 . C CAA 644.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=117.5723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.867;QD=13.16;RPA=13,15;RU=A;ReadPosRankSum=-1.486;SB=-3.149e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,28:48:50:687,50,0 chrVIII 242135 . A AAAAGT 6631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=263.8922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=63.15;RPA=1,2;RU=AAAGT;SB=-2.359e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,93:105:99:6631,289,0 chrVIII 242474 . G GT 2496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=329.6377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=23.34;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.021e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,91:107:99:2539,273,0 chrVIII 242492 . T TG 2740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=406.0918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=25.38;RPA=6,7;RU=G;SB=-1.184e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,103:108:99:2783,292,0 chrVIII 245617 . C CTATT 5102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=275.1595;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.06;MQ0=0;QD=44.75;RPA=2,3;RU=TATT;SB=-2.386e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,84:114:99:5102,271,0 chrVIII 248394 . T TA 2548.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=197.2621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;QD=29.99;RPA=1,2;RU=A;SB=-4.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,80:85:99:2591,219,0 chrVIII 252918 . CCAT C 5910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=7.466;DP=247;DS;FS=10.254;HaplotypeScore=1693.2849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.996;QD=23.93;RPA=5,4;RU=CAT;ReadPosRankSum=-0.528;SB=-2.503e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:86,158:246:99:5910,189,0 chrVIII 252935 . GTCA G 8427 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=7.075;DP=250;DS;FS=12.090;HaplotypeScore=1801.1522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.882;QD=33.71;ReadPosRankSum=5.621;SB=-3.516e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,205:250:99:8427,357,0 chrVIII 255909 . G GA 622.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;DP=69;FS=2.207;HaplotypeScore=172.1969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.664;QD=9.03;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.836;SB=-2.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,17:69:82:665,82,0 chrVIII 256087 . TG T 3545 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=101.4129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=1.601;QD=29.06;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=1.111;SB=-1.144e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,116:122:99:3545,292,0 chrVIII 262100 . CTTT C 2619.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=198.1230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=29.44;RPA=13,10;RU=T;SB=-9.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,71:89:99:2662,206,0 chrVIII 271769 . GTTT G 864.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=29.83;RPA=12,9;RU=T;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,22:29:69:907,69,0 chrVIII 271840 . C CT 941.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=67.3908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.254;QD=17.13;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.873;SB=-1.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,41:55:99:984,103,0 chrVIII 276448 . A AT 185.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=20.56;SB=-2.092e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:22:227,22,0 chrVIII 280619 . A AC 3388 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=42.8783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=26.68;RPA=4,5;RU=C;SB=-1.551e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,114:127:99:3388,334,0 chrVIII 282569 . C CT 166.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.718;DP=25;FS=2.869;HaplotypeScore=13.9763;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.110;QD=6.68;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.979;SB=-6.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:25:34:206,0,34 chrVIII 283683 . A AT 4865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=564.2858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=34.26;SB=-2.341e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,137:142:99:4865,394,0 chrVIII 286802 . C CTTT 3052.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=337.5474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.01;MQ0=0;QD=39.65;RPA=5,8;RU=T;SB=-5.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,65:77:99:3095,199,0 chrVIII 289305 . CG C 563.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=89.2820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=20.89;RPA=8,7;RU=G;SB=-1.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,20:27:68:606,68,0 chrVIII 289334 . GA G 666.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=143.4608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=17.55;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,31:38:93:709,93,0 chrVIII 290559 . TAA T 4651 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.062;DP=145;FS=3.300;HaplotypeScore=151.6775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.648;QD=32.08;RPA=5,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.620;SB=-2.165e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,123:143:99:4651,351,0 chrVIII 290621 . A AT 3548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=318.6596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.58;MQ0=0;QD=28.16;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.261e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,113:126:99:3548,340,0 chrVIII 290749 . C CA 2919.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=551.0668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.79;MQ0=0;QD=36.05;SB=-8.060e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,73:79:99:2962,226,0 chrVIII 291329 . CG C 7711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=4615.3363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.26;MQ0=1;QD=34.27;SB=-2.673e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,214:222:99:7711,653,0 chrVIII 291336 . A AG 8333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=5187.0564;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.85;MQ0=1;QD=34.72;SB=-2.802e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,217:237:99:8333,647,0 chrVIII 291365 . AT A 4868 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=219;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=6018.1638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.84;MQ0=1;QD=22.23;SB=-1.813e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,182:216:99:4868,545,0 chrVIII 291367 . G GCC 7154 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=5073.4198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.81;MQ0=1;QD=38.67;SB=-2.660e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,182:182:99:7154,548,0 chrVIII 291371 . GA G 7033 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=5733.4916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.84;MQ0=1;QD=31.26;SB=-2.450e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,222:222:99:7033,647,0 chrVIII 293075 . GAA G 2353.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=59.7704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=24.78;RPA=11,9;RU=A;SB=-9.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,87:95:99:2396,232,0 chrVIII 293471 . GAA G 2798.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=291.9851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.02;MQ0=0;QD=42.41;SB=-1.394e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2841,187,0 chrVIII 293785 . G GT 3289 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=532.6018;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=27.18;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.586e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,115:121:99:3289,331,0 chrVIII 294449 . TGA T 3077.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=526.1184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.73;MQ0=0;QD=39.97;SB=-9.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:3120,223,0 chrVIII 298814 . C CTTTTTT 1526.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=103.4250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=20.09;RPA=14,20;RU=T;SB=-1.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,35:76:99:1569,150,0 chrVIII 318596 . C CACT 8890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=734.9764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.39;MQ0=0;QD=51.69;RPA=1,2;RU=ACT;SB=-3.605e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,163:172:99:8890,506,0 chrVIII 323007 . G GA 1552.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.957;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.060;QD=19.41;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-2.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,65:80:99:1595,177,0 chrVIII 323234 . GA G 350.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.073;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.239;QD=11.70;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-1.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,25:30:36:393,36,0 chrVIII 326640 . G GTTTT 4439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=306.5976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.72;MQ0=0;QD=48.25;RPA=3,7;RU=T;SB=-5.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,81:92:99:4439,232,0 chrVIII 334431 . AT A 2438.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=41.4445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.02;MQ0=0;QD=19.36;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,118:126:99:2481,328,0 chrVIII 340058 . TTATATATATATATATATATA T 13862 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=218.9067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.91;MQ0=0;QD=129.55;RPA=16,6;RU=TA;SB=-6.502e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,70:107:99:13862,205,0 chrVIII 344320 . G GT 3162.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=36.0589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;QD=29.29;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.580e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,105:108:99:3205,298,0 chrVIII 345059 . TTCATCCTCATCC T 15790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=59.6515;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.76;MQ0=0;QD=97.47;RPA=3,1;RU=TCATCC;SB=-7.564e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,156:161:99:15790,436,0 chrVIII 352526 . CT C 2658.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=499.9336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=21.79;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.022e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,111:122:99:2701,315,0 chrVIII 358468 . TA T 432.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=24.3910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=13.12;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,25:33:60:475,60,0 chrVIII 359320 . CT C 3648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.672;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=286.2144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.18;MQ0=0;MQRankSum=1.642;QD=28.28;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.136;SB=-1.756e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,115:129:99:3648,312,0 chrVIII 359606 . CT C 2866.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=786.8379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=22.05;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,112:130:99:2909,324,0 chrVIII 360504 . GA G 1565.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=251.1423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;QD=23.37;RPA=5,4;RU=A;SB=-3.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:67:99:1608,183,0 chrVIII 361910 . AT A 910.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=42.1449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=13.40;RPA=13,12;RU=T;SB=-4.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,47:68:99:953,144,0 chrVIII 368026 . CT C 1505.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;DP=115;FS=3.680;HaplotypeScore=49.8422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.282;QD=13.10;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.427;SB=-6.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,82:115:99:1548,202,0 chrVIII 372612 . CG C 3830 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=200.8082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=31.14;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.810e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:3830,343,0 chrVIII 373101 . GTTGGAGCTGTTGCAT G 10839 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=63.8487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.14;MQ0=0;QD=57.96;RPA=2,1;RU=TTGGAGCTGTTGCAT;SB=-4.984e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:77,108:186:99:10839,286,0 chrVIII 375406 . GA G 1226.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=38.8980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.09;MQ0=0;QD=13.63;RPA=11,10;RU=A;SB=-5.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,64:90:99:1269,178,0 chrVIII 377829 . C CT 3540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=613.2011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.87;MQ0=0;QD=29.50;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.709e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,104:120:99:3540,325,0 chrVIII 377894 . AT A 3865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=489.8275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.61;MQ0=0;QD=27.03;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.767e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,137:143:99:3865,385,0 chrVIII 378120 . GTGTTTTTGTTTTTGTTTT G 3725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=303.7861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.12;MQ0=0;QD=47.15;RPA=8,5;RU=TGTTTT;SB=-1.606e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,43:79:99:3725,111,0 chrVIII 379863 . AT A 5810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=195;FS=0.000;HaplotypeScore=124.8132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;QD=29.79;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.167e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,191:195:99:5810,538,0 chrVIII 379942 . G GAA 3467 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.226;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=157.4464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.243;QD=18.74;RPA=11,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-1.505e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:80,87:185:73:3467,73,0 chrVIII 380348 . T TCG 4043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=39.4984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.38;MQ0=0;QD=40.03;SB=-1.967e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:101:99:4043,274,0 chrVIII 381424 . GA G 1246.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.295;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=197.6269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.135;QD=17.32;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.936;SB=-6.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,55:72:99:1289,164,0 chrVIII 386538 . AT A 2393.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=191.1873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=21.19;RPA=6,5;RU=T;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,104:113:99:2436,288,0 chrVIII 387090 . A AT 149.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.239;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=136.9786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.36;MQ0=0;MQRankSum=1.014;QD=3.41;RPA=19,20;RU=T;ReadPosRankSum=0.358;SB=-7.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:44:95:189,0,95 chrVIII 387730 . T TA 1171.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=259.1807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.09;MQ0=0;QD=24.42;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,45:48:99:1214,123,0 chrVIII 391752 . T TA 543.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.179;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=69.3176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.347;QD=17.00;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.456;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,27:32:62:586,62,0 chrVIII 395169 . CTGT C 8766 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=205;FS=0.000;HaplotypeScore=1116.6725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.03;MQ0=0;QD=42.76;RPA=2,1;RU=TGT;SB=-3.867e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,185:205:99:8766,551,0 chrVIII 396945 . GAAA GA,G 650.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.619;DP=57;FS=20.988;HaplotypeScore=119.4746;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.06;MQ0=0;MQRankSum=0.226;QD=11.42;RPA=19,17,16;RU=A;ReadPosRankSum=2.259;SB=-2.093e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:19,0,7:57:91:729,110,91,284,0,391 chrVIII 399050 . T TACTATTTCTAATTGGA 9485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=646.8945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.06;MQ0=0;QD=141.57;SB=-8.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,35:67:99:9485,169,0 chrVIII 399076 . GAA G 524.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=752.3366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.37;MQ0=0;QD=15.44;RPA=9,7;RU=A;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,18:34:54:567,54,0 chrVIII 399235 . GA G 1272.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=107.4135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=24.96;RPA=4,3;RU=A;SB=-5.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,48:51:99:1315,135,0 chrVIII 404866 . GCAAGAAGAATGA G 15688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=46.0842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.75;MQ0=0;QD=112.86;SB=-6.552e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,124:139:99:15688,361,0 chrVIII 410833 . CGTCTT C 6009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=33.7650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.84;MQ0=0;QD=57.78;SB=-1.639e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,100:104:99:6009,271,0 chrVIII 411072 . AT A 2667.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=231.6325;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=29.64;SB=-1.348e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:90:99:2710,243,0 chrVIII 413632 . A ATCAATGT 578.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.206;DP=27;FS=8.846;HaplotypeScore=136.5106;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.848;QD=21.44;ReadPosRankSum=3.399;SB=-1.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,7:27:99:618,0,605 chrVIII 417913 . C CTTTTGGAGG 19905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;FS=0.000;HaplotypeScore=71.9844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.19;MQ0=0;QD=98.05;SB=-8.429e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:61,137:203:99:19905,563,0 chrVIII 420550 . CTGTTGTGGTTGCTGT C 9319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.449;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=368.9798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;MQRankSum=-2.660;QD=51.49;ReadPosRankSum=-0.331;SB=-3.652e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,114:181:99:9319,215,0 chrVIII 423045 . T TAGTCTAAC 11033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=155.6492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.60;MQ0=0;QD=96.78;SB=-4.784e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,92:114:99:11033,319,0 chrVIII 442153 . CGTA C 3792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=539.7713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.48;MQ0=0;QD=45.14;SB=-1.573e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,79:84:99:3792,234,0 chrVIII 443755 . A AG 5609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=54.2345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=36.19;SB=-2.338e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,151:155:99:5609,424,0 chrVIII 445554 . AG A 1120.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=135.1233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=19.00;SB=-5.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,45:59:99:1163,141,0 chrVIII 447688 . T TAAC 6055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=181.8347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=41.47;RPA=1,2;RU=AAC;SB=-2.746e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,129:146:99:6055,376,0 chrVIII 448090 . G GA 6755 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=200.7822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.55;MQ0=0;QD=35.93;SB=-3.121e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,186:188:99:6755,527,0 chrVIII 451138 . TA T 1229.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.072;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=267.6993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.567;QD=13.67;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.577;SB=-3.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,68:89:99:1272,161,0 chrVIII 453634 . T TCC 3202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=442.2814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.75;MQ0=0;QD=29.93;RPA=7,9;RU=C;SB=-1.401e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,85:107:99:3245,256,0 chrVIII 455642 . CT C 2484.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=494.2299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.08;MQ0=0;QD=17.88;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,110:139:99:2527,343,0 chrVIII 455652 . CA C 3886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=433.8116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.82;MQ0=0;QD=28.57;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.598e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,127:136:99:3886,376,0 chrVIII 455850 . TA T 1202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.675;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=199.7900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.70;MQ0=0;MQRankSum=1.668;QD=11.46;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.563;SB=-3.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,71:105:99:1245,157,0 chrVIII 458020 . T TC 5565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;FS=0.000;HaplotypeScore=1038.6359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.81;MQ0=0;QD=29.76;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.315e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,175:187:99:5565,527,0 chrVIII 458068 . TA T 3317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=985.6048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;QD=19.86;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.428e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,150:167:99:3317,419,0 chrVIII 458755 . C CA 2258.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=284.2755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.790;QD=14.96;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.878;SB=-9.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:51,94:151:99:2301,143,0 chrVIII 464533 . T TGGCCTTAGATTTATA 8238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=422.3385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.99;MQ0=0;QD=102.98;RPA=1,2;RU=GGCCTTAGATTTATA;SB=-3.993e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,32:80:99:8238,169,0 chrVIII 464662 . CT C 4063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=339.9226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.55;MQ0=0;QD=29.88;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.632e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,124:136:99:4063,352,0 chrVIII 464743 . C CT 4605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=316.5080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.45;MQ0=0;QD=33.13;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.255e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,130:139:99:4605,388,0 chrVIII 464963 . T TC 2658.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=2054.0258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=32.43;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,73:82:99:2701,229,0 chrVIII 465149 . TTA T 236.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=431.5214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=15.74;RPA=3,2;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,7:15:21:278,21,0 chrVIII 465169 . ACG A 239.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=307.0889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=34.15;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:281,21,0 chrVIII 465174 . C CAA 237.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=307.2939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=33.86;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:279,21,0 chrVIII 465801 . AC A 152.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.928;DP=38;FS=12.087;HaplotypeScore=605.8276;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.93;MQ0=0;MQRankSum=-2.415;QD=4.03;ReadPosRankSum=2.855;SB=-5.555e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:38:60:192,0,60 chrVIII 465803 . TATATATATATATATATATATATA T 2959.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.998;DP=32;FS=13.262;HaplotypeScore=277.1410;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.10;MQ0=0;MQRankSum=-2.747;QD=92.50;ReadPosRankSum=4.052;SB=-9.039e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:2999,0,107 chrVIII 466481 . T TTAA 4530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=488.5913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.44;MQ0=0;QD=47.19;SB=-2.111e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,84:93:99:4530,259,0 chrVIII 466863 . ATTCTCGCATTCCAACAGTTATGTTACT A 10270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=1390.4477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.23;MQ0=0;QD=155.61;SB=-1.100e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:62:99:10270,129,0 chrVIII 467220 . AT A 1700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=96.8396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=29.33;SB=-7.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:58:99:1743,162,0 chrVIII 467921 . CT C 2636.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=113.9518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=18.44;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,122:143:99:2679,352,0 chrVIII 472611 . CT C 669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=40.9219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;MQRankSum=1.094;QD=11.55;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.456;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,46:58:87:712,87,0 chrVIII 474628 . CA C 361.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=31.9149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=20.11;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:45:404,45,0 chrVIII 475549 . CAAA C 1830.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.221;DP=103;FS=3.038;HaplotypeScore=48.0493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=0.481;QD=17.78;RPA=15,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.718;SB=-9.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,51:103:99:1873,119,0 chrVIII 479097 . A ATTG 4051 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.443;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=47.8953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;MQRankSum=0.217;QD=33.20;RPA=6,7;RU=TTG;ReadPosRankSum=0.253;SB=-1.769e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,82:122:99:4051,268,0 chrVIII 488382 . AC A 2386.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.895;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=286.4750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.269;QD=26.82;ReadPosRankSum=-0.786;SB=-8.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,63:89:99:2429,227,0 chrVIII 490515 . G GA 2857.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.063;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=51.7971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.134;QD=19.05;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.638;SB=-1.201e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,109:150:99:2900,307,0 chrVIII 491810 . G GA 2899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=110.3745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.66;MQ0=0;QD=22.48;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.351e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,113:129:99:2942,303,0 chrVIII 497276 . TC T 4709 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=511.5020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=31.60;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.583e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,140:149:99:4709,412,0 chrVIII 497405 . CA C 2636.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=322.9356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=20.44;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.117e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,119:129:99:2679,329,0 chrVIII 498771 . CGGTGA C 9401 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=342.6475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=58.39;RPA=2,1;RU=GGTGA;SB=-3.531e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,142:161:99:9401,421,0 chrVIII 499032 . AAAG A 6891 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=365.5499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.94;MQ0=0;QD=40.78;SB=-3.077e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,154:169:99:6891,445,0 chrVIII 501221 . C CT 2558.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=621.8886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.59;MQ0=0;QD=24.37;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.008e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,92:105:99:2601,279,0 chrVIII 505727 . C CA 5272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=237.5670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=32.34;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.801e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,157:163:99:5272,442,0 chrVIII 505984 . AC A 5591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=156.2150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=29.58;SB=-2.397e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,175:189:99:5591,526,0 chrVIII 511868 . T TG 1119.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.970;DP=76;FS=8.683;HaplotypeScore=800.4890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.855;QD=14.74;ReadPosRankSum=0.933;SB=-6.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,34:76:99:1159,0,145 chrVIII 511875 . C CT 675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.367;DP=56;FS=5.058;HaplotypeScore=783.6197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.65;MQ0=0;MQRankSum=0.966;QD=12.07;RPA=4,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.739;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,23:56:82:718,82,0 chrVIII 511905 . AT A 720.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=280.2613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.56;MQ0=0;QD=18.97;SB=-3.080e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:38:81:763,81,0 chrVIII 512226 . AAAGT A 3989 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=486.7338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.58;MQ0=0;QD=49.25;SB=-1.967e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,69:79:99:3989,223,0 chrVIII 516585 . CAAGA C 4268 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=251.5100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.08;MQ0=1;QD=36.48;RPA=2,1;RU=AAGA;SB=-1.664e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,72:115:99:4268,259,0 chrVIII 516616 . GAA G 2206.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=579.1457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.435;QD=23.73;RPA=10,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.534;SB=-1.094e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,70:93:99:2249,205,0 chrVIII 517406 . TG T 2558.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=941.4067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.35;MQ0=0;QD=19.84;SB=-1.185e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,87:129:99:2601,307,0 chrVIII 517418 . AG A 2722.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=718.1073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.91;MQ0=0;QD=25.45;SB=-1.277e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,88:107:99:2765,308,0 chrVIII 518743 . CCCA C 3587 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=398.3627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.92;MQ0=0;MQRankSum=1.192;QD=45.41;ReadPosRankSum=1.687;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,67:79:99:3587,214,0 chrVIII 519048 . CA C 1267.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=306.9949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.83;MQ0=0;QD=16.91;RPA=12,11;RU=A;SB=-3.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,61:75:99:1310,187,0 chrVIII 519135 . A AT 4719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=133.3257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=35.75;SB=-1.628e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,120:132:99:4719,361,0 chrVIII 520566 . T TA 1594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=21.0915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.42;MQ0=0;QD=29.54;RPA=2,3;RU=A;SB=-3.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:1637,150,0 chrVIII 522597 . C CAT 3613 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=438.0727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.66;MQ0=0;QD=41.06;RPA=1,2;RU=AT;SB=-1.349e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,85:87:99:3613,244,0 chrVIII 522801 . GA G 1895.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=438.4654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.99;MQ0=0;QD=20.39;RPA=5,4;RU=A;SB=-6.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,79:93:99:1938,219,0 chrVIII 522934 . C CT,CTT 1966.92 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.293;DP=110;FS=2.113;HaplotypeScore=552.6886;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=44.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.587;QD=17.88;RPA=11,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.174;SB=-1.018e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:44,11,53:110:42:2044,1231,1088,164,0,42 chrVIII 523601 . TC T 1340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=200.5444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.47;MQ0=0;QD=28.53;SB=-5.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:46:99:1383,119,0 chrVIII 525141 . GC G 3107.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=120.3540;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;QD=34.53;SB=-1.270e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:90:99:3150,256,0 chrVIII 525585 . CCT C 740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=1862.3884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.48;MQ0=0;QD=16.47;SB=-1.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,22:45:70:783,70,0 chrVIII 525590 . A ACG 814.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;DP=24;FS=24.409;HaplotypeScore=1053.4948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;MQRankSum=1.410;QD=33.96;ReadPosRankSum=2.246;SB=-4.269e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,22:24:34:857,34,0 chrVIII 525717 . G GT 1446.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.291;DP=84;FS=32.767;HaplotypeScore=2813.9888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.74;MQ0=6;MQRankSum=0.976;QD=17.23;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,33:69:99:1489,111,0 chrVIII 525725 . GC G 559.16 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.281;DP=43;FS=26.085;HaplotypeScore=1250.3100;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.68;MQ0=6;MQRankSum=-0.818;QD=13.00;ReadPosRankSum=1.248;SB=-1.197e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,33:29:8:600,8,0 chrVIII 526343 . GC G 876.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=1253.0541;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.80;MQ0=0;QD=21.39;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:37:99:919,110,0 chrVIII 526350 . C CT 1011.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=1239.6329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.80;MQ0=0;QD=24.68;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:37:99:1054,109,0 chrVIII 527035 . AACT A 3334 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=562.3298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.83;MQ0=0;QD=41.68;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:74:99:3334,223,0 chrVIII 527141 . A ACAC 877.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.108;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=1132.5493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.46;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=23.10;ReadPosRankSum=1.516;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,8:32:86:920,86,0 chrVIII 527148 . CT C 190.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=1165.3549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.92;MQ0=0;QD=5.31;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:31:24:233,24,0 chrVIII 527155 . G GT 197.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=419.8850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=24.75;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:240,24,0 chrVIII 527167 . TAGA T 393.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=400.2770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=49.25;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:436,24,0 chrVIII 541479 . CAAG C 106.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;DP=86;FS=15.441;HaplotypeScore=52.1371;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.02;MQ0=51;MQRankSum=0.922;QD=1.24;RPA=3,2;RU=AAG;ReadPosRankSum=0.922;SB=-2.495e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,28:22:99:146,0,166 chrVIII 541609 . CT C 984.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=104.2242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.79;MQ0=76;QD=5.56;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,154:43:99:1027,114,0 chrVIII 553517 . AT A 3503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=442.4959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.09;MQ0=0;QD=23.99;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.435e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,133:141:99:3503,331,0 chrVIII 554057 . AT A 601.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.781;DP=87;FS=28.215;HaplotypeScore=698.2697;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.32;MQ0=0;MQRankSum=-4.835;QD=6.92;ReadPosRankSum=-4.697;SB=-3.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,26:85:99:641,0,895 chrVIII 554072 . TA T 462.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.742;DP=68;FS=5.204;HaplotypeScore=375.4797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.56;MQ0=0;MQRankSum=1.581;QD=6.81;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.181;SB=-1.757e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,24:61:40:505,40,0 chrVIII 554517 . AT A 4205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=748.4877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.86;MQ0=1;QD=16.82;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.709e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,224:215:99:4205,512,0 chrVIII 555970 . G GT 6185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1413.8460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.06;MQ0=0;QD=27.74;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.055e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,214:213:99:6185,586,0 chrVIII 556140 . A AT 2466.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.341;DP=214;DS;FS=7.090;HaplotypeScore=1564.1997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.59;MQ0=4;MQRankSum=3.587;QD=11.53;ReadPosRankSum=1.867;SB=-1.228e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,111:197:99:2506,0,1578 chrVIII 556322 . T TG 457.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.643;DP=145;FS=5.350;HaplotypeScore=994.4100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.29;MQ0=5;MQRankSum=2.289;QD=3.16;RPA=3,4;RU=G;ReadPosRankSum=-0.540;SB=-5.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,28:101:99:497,0,1995 chrVIII 556404 . AGAG A 384.04 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=346.3425;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.10;MQ0=1;MQRankSum=-1.733;QD=16.70;ReadPosRankSum=0.898;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:19:15:423,0,15 chrVIII 556498 . G GA 353.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=377.7467;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.02;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=11.42;ReadPosRankSum=0.065;SB=-8.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,23:15:51:393,0,51 chrVIII 556513 . GGTGAGGTGGTAGTGATGGTGATATAGA G 1326.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=268.5540;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.07;MQ0=0;MQRankSum=1.031;QD=42.81;ReadPosRankSum=1.408;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:16:99:1366,0,923 chrVIII 556515 . TGAGGTGGTAGTGATGGTGATATAGAGT TGGAGGTGGTAGTGATGGTGATATAGAGT,T 1484.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=240.4858;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=21.80;MQ0=0;QD=49.50;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:20,0,0:15:99:1563,1382,1373,197,0,1120 chrVIII 556657 . A AG 158.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=52.5993;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=31.65;SB=-7.729e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:200,15,0 chrVIII 556731 . GA G 122.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.336;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=187.9628;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.20;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=7.23;ReadPosRankSum=-0.336;SB=-3.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:10:78:162,0,78 chrVIII 556799 . GT G 128.98 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=70.2042;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.74;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=18.43;ReadPosRankSum=0.736;SB=-6.805e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:6:22:168,0,22 chrVIII 562385 . ATTTT A 204.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=151.4428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.69;MQ0=0;QD=18.55;RPA=12,8;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:10:18:246,18,0 chrVIII 562480 . G GT 94.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=181.9754;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.68;MQ0=7;MQRankSum=1.256;QD=2.79;ReadPosRankSum=-0.955;SB=-6.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,6:22:99:134,0,267 chrX 18666 . T TTTTAC 415.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=85.5458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.91;MQ0=2;QD=46.11;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:7:21:457,21,0 chrX 18667 . G GTGCCTA 325.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=52.5380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.52;MQ0=1;QD=54.20;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:5:15:367,15,0 chrX 19077 . C CT 198.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=165.9146;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.32;MQ0=0;QD=19.90;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:27:241,27,0 chrX 19093 . AG A 239.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=149.8937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.29;MQ0=0;QD=26.66;RPA=4,3;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27:282,27,0 chrX 19402 . T TTAA 748.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=383.1354;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=35.66;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,11:21:59:791,59,0 chrX 19426 . T TG 1158.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.444;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=579.1665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.23;MQ0=2;MQRankSum=-0.101;QD=24.66;ReadPosRankSum=2.317;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,38:43:98:1201,98,0 chrX 21222 . GA G 878.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=403.4745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.70;MQ0=0;MQRankSum=1.644;QD=11.88;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-9.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,43:58:99:921,102,0 chrX 21519 . C CCCG 4167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=160.3052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.16;MQ0=0;QD=54.12;SB=-2.082e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:77:99:4167,229,0 chrX 21758 . TG T 4135 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=50.2425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=33.89;SB=-1.723e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:122:99:4135,340,0 chrX 29268 . AT A 2166.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=627.3780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.66;MQ0=0;QD=27.78;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,73:78:99:2209,213,0 chrX 29446 . TAGCGCTA T 7263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=304.5407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.72;MQ0=0;QD=70.51;RPA=2,1;RU=AGCGCTA;SB=-3.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,89:103:99:7263,256,0 chrX 29713 . GT G 2709.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=271.9423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.08;MQ0=0;QD=31.51;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.343e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:86:99:2752,241,0 chrX 29870 . G GC 3145.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=294.6657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;QD=33.83;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.589e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,88:93:99:3188,262,0 chrX 31246 . TC T 2927.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=128.9080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.487;QD=28.15;ReadPosRankSum=0.577;SB=-1.130e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,87:104:99:2970,293,0 chrX 31312 . G GT 1683.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=361.8282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;QD=20.29;RPA=8,9;RU=T;SB=-3.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,68:83:99:1726,206,0 chrX 31341 . T TAA 2173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=265.6182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.41;MQ0=0;QD=31.51;RPA=5,7;RU=A;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,53:69:99:2216,184,0 chrX 31464 . G GAA 2107.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=293.1750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.36;MQ0=0;QD=27.38;RPA=6,8;RU=A;SB=-6.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,57:77:99:2150,183,0 chrX 31479 . A ATT 2041.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=332.9152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;QD=29.59;RPA=7,9;RU=T;SB=-4.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,58:69:99:2084,175,0 chrX 32041 . TA T 5005 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=603.9453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.51;MQ0=0;QD=32.29;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.951e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,151:155:99:5005,436,0 chrX 33344 . ATCTT A 1643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=230.7867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.74;MQ0=0;QD=51.37;SB=-7.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:90:1686,90,0 chrX 36380 . T TA 258.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.392;DP=92;FS=1.119;HaplotypeScore=497.6537;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.38;MQ0=0;MQRankSum=-3.556;QD=2.81;ReadPosRankSum=1.515;SB=-1.128e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,22:92:46:298,0,46 chrX 36853 . AG A 7386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=343.8999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;QD=30.02;RPA=3,2;RU=G;SB=-3.304e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,242:246:99:7386,671,0 chrX 37982 . T TTG 5634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=369.9386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.40;MQ0=0;QD=38.33;RPA=1,2;RU=TG;SB=-2.508e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,136:147:99:5634,397,0 chrX 41329 . AT A 1870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=42.6089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.93;MQ0=0;QD=15.59;RPA=10,9;RU=T;SB=-9.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,103:120:99:1913,254,0 chrX 47535 . GA G 1643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=86.3772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;QD=18.27;RPA=10,9;RU=A;SB=-7.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,79:90:99:1686,221,0 chrX 59084 . T TAA 812.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=79.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.70;MQ0=0;QD=20.85;RPA=6,8;RU=A;SB=-3.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,28:39:72:855,72,0 chrX 59239 . 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CA C 1454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=42.7633;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=18.42;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,69:79:99:1497,197,0 chrX 71018 . C CT 1379.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.056;DP=72;FS=12.555;HaplotypeScore=343.8673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.18;MQ0=0;MQRankSum=0.339;QD=19.17;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.936;SB=-2.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,59:71:99:1422,140,0 chrX 71172 . AG A 2827.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.757;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=988.2508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.84;MQ0=0;MQRankSum=0.992;QD=23.76;RPA=5,4;RU=G;ReadPosRankSum=1.228;SB=-9.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,103:118:99:2870,298,0 chrX 71276 . G GAAAA 4157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=92.0291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.53;MQ0=0;QD=29.48;RPA=12,16;RU=A;SB=-2.040e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,43:140:99:4139,257,0 chrX 74615 . CTT C 4226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=257.5422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.492;QD=27.44;RPA=10,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.986;SB=-9.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,137:152:99:4226,386,0 chrX 75588 . C CT 1196.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.202;DP=103;FS=17.676;HaplotypeScore=280.3855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;MQRankSum=1.501;QD=11.62;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,59:103:81:1239,81,0 chrX 76562 . GATATAT G 319.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=8.6513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;QD=14.51;RPA=11,8;RU=AT;SB=-1.493e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,6:22:15:361,15,0 chrX 79553 . G GA 2385.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=408.8684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.77;MQ0=0;QD=21.89;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.031e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,92:109:99:2428,273,0 chrX 79972 . AT A 2539.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=237.2528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.44;MQ0=0;QD=19.69;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.076e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,115:129:99:2582,340,0 chrX 80001 . GA G 2060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=392.9521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.43;MQ0=0;MQRankSum=1.656;QD=15.38;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.390;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,95:134:99:2103,268,0 chrX 81906 . GA G 1381.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=57.7603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=23.03;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,53:60:99:1424,156,0 chrX 82010 . A AGAAAAAAAT 4771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=274.2873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.83;MQ0=0;QD=64.47;RPA=1,2;RU=GAAAAAAAT;SB=-1.470e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,41:74:99:4771,165,0 chrX 83886 . A AT 3870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=782.0379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.35;MQ0=0;QD=25.97;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.462e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,135:149:99:3870,388,0 chrX 85435 . TC T 1159.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=220.8632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.85;MQ0=0;QD=32.22;SB=-3.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:36:99:1202,99,0 chrX 85527 . CT C 1211.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=140.2605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.54;MQ0=0;QD=14.96;RPA=11,10;RU=T;SB=-4.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,63:81:99:1254,172,0 chrX 91129 . G GA 3548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=541.9226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;QD=22.31;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.717e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,138:159:99:3548,387,0 chrX 91769 . G GAA 835.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=72.1903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=30.96;RPA=2,4;RU=A;SB=-4.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:27:66:878,66,0 chrX 96818 . CAT C 2551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=378.6106;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;QD=24.78;RPA=7,6;RU=AT;SB=-1.263e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,79:103:99:2594,220,0 chrX 97095 . TA T 2482.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=163.7713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.28;MQ0=0;QD=28.87;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:2525,220,0 chrX 99586 . T TA 628.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=49.6631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=1.932;QD=15.72;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.073;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,30:40:31:671,31,0 chrX 101045 . GA G 1800.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;DP=121;FS=2.689;HaplotypeScore=106.8654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;QD=14.88;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.686;SB=-6.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,94:121:99:1843,214,0 chrX 102081 . TA T 3890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=52.6770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.77;MQ0=0;QD=25.42;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.647e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,145:153:99:3890,379,0 chrX 106394 . CA C 3391 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=127.7929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.89;MQ0=0;QD=28.02;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.578e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,115:121:99:3391,307,0 chrX 111163 . C CA 2944.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.540;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=176.7598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=1.107;QD=19.25;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.249;SB=-1.158e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,119:153:99:2987,341,0 chrX 111275 . CA C 2307.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=517.2280;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;QD=18.32;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,111:126:99:2350,315,0 chrX 111408 . A AT 3080.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=58.5209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=23.52;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.303e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,114:131:99:3123,339,0 chrX 113474 . AT A 962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.011;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=329.9644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=9.83;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.886;SB=-3.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,57:97:55:1005,55,0 chrX 121937 . GT G 958.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=17.1913;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;QD=17.44;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,47:55:99:1001,126,0 chrX 123779 . GA G 1218.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.379;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=208.5516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;QD=13.70;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.671;SB=-5.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,66:89:99:1261,110,0 chrX 126726 . ATT A 3696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=249.4002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;QD=34.22;RPA=5,3;RU=T;SB=-1.434e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,101:108:99:3696,295,0 chrX 126805 . C CT 2317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.506;DP=162;FS=5.544;HaplotypeScore=378.7598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.712;QD=14.31;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.124;SB=-1.026e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,108:162:59:2360,59,0 chrX 129078 . CT C 1264.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=120.0603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.074;QD=13.04;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.809;SB=-4.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,72:97:99:1307,133,0 chrX 131054 . GT G 2010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=35.8654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=17.80;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,97:113:99:2053,266,0 chrX 133939 . 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T TAGG 5353 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=362.4288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.69;MQ0=0;QD=50.03;RPA=1,2;RU=AGG;SB=-2.183e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,98:107:99:5353,313,0 chrX 135953 . GA G 3286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=470.9021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=18.05;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.371e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,159:182:99:3286,416,0 chrX 136908 . AAAG A 702.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.156;DP=99;FS=85.405;HaplotypeScore=156.7171;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=1.066;QD=7.10;ReadPosRankSum=-1.119;SB=-2.596e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,26:99:99:742,0,515 chrX 139826 . TA T 1597.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=202.5883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=17.37;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,78:92:99:1640,212,0 chrX 144785 . C CT 2110.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=177.9788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=26.06;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,68:81:99:2153,207,0 chrX 144800 . A AT 1776.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=203.3660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=25.03;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,54:71:99:1819,174,0 chrX 145019 . GA G 1199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;DP=81;FS=4.210;HaplotypeScore=242.0538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;MQRankSum=0.896;QD=14.81;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.358;SB=-4.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,62:81:99:1242,148,0 chrX 145102 . T TA 2738.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.540;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=942.1568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.51;MQ0=0;MQRankSum=0.616;QD=26.09;ReadPosRankSum=1.116;SB=-1.368e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,82:104:99:2781,260,0 chrX 146986 . AT A 2362.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=183.7808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=24.11;RPA=5,4;RU=T;SB=-6.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,92:98:99:2405,264,0 chrX 147955 . CA C 3182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=394.1486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.34;MQ0=0;QD=26.97;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.346e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,114:118:99:3225,328,0 chrX 150160 . T TTGTTGCTGCTGC 22114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=105.8041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.74;MQ0=0;QD=88.46;SB=-7.907e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,204:250:99:22114,691,0 chrX 159480 . TA T 1778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=284.2401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.25;MQ0=0;QD=27.37;RPA=2,1;RU=A;SB=-7.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,59:65:99:1821,165,0 chrX 159507 . GA G 1457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=214.1752;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;QD=20.83;RPA=5,4;RU=A;SB=-4.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:70:99:1500,165,0 chrX 160310 . C CT 2822.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.091;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=101.5072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.701;QD=16.90;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.306;SB=-1.284e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,135:167:99:2865,243,0 chrX 161835 . T TA 877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.899;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=33.1207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.449;QD=12.72;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.163;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,38:69:80:920,80,0 chrX 164198 . G GT 3570 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=179.6730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;QD=30.25;RPA=2,3;RU=T;SB=-9.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,114:118:99:3570,334,0 chrX 165551 . AT A 1771.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=243.8455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=23.01;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,69:77:99:1814,210,0 chrX 173179 . GTT G,GT 1222.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.563;DP=91;FS=2.890;HaplotypeScore=133.6822;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=13.44;RPA=13,11,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.579;SB=-5.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,15,0:91:99:1301,933,1065,272,0,118 chrX 173284 . AG A 2976.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.661;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=552.7149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;MQRankSum=1.131;QD=26.11;ReadPosRankSum=-1.661;SB=-1.076e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,80:114:99:3019,290,0 chrX 173314 . C CT 4396 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=485.9344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=39.25;SB=-1.446e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,108:112:99:4396,328,0 chrX 173515 . TA T 2168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.053;DP=141;FS=4.435;HaplotypeScore=345.3068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.962;QD=15.38;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.069;SB=-7.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,115:141:99:2211,229,0 chrX 175756 . G GTCATCA 10976 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=162.0715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=1;QD=44.44;RPA=5,7;RU=TCA;SB=-3.900e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:76,161:245:99:10976,474,0 chrX 177910 . GAT G 588.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=92.2020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.21;MQ0=0;QD=9.66;RPA=6,5;RU=AT;SB=-1.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,25:61:57:631,57,0 chrX 178042 . CT C 2045.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.616;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=194.9563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.166;QD=18.60;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.197;SB=-4.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,96:110:99:2088,230,0 chrX 180134 . A AT 4109 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=212.6011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;MQ0=0;QD=28.73;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.439e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,140:143:99:4109,355,0 chrX 181281 . A AT 2595.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=41.1115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=19.52;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.265e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,119:133:99:2638,309,0 chrX 184238 . A AT 2214.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=566.6037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.46;MQ0=0;QD=22.60;RPA=5,6;RU=T;SB=-6.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,80:98:99:2257,249,0 chrX 186758 . A AT 1018.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=102.0204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=21.23;SB=-8.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,42:48:99:1061,120,0 chrX 189017 . T TCTCCTC 7736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.233;DP=157;FS=3.559;HaplotypeScore=298.6798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=1.703;QD=49.27;RPA=5,7;RU=CTC;ReadPosRankSum=1.116;SB=-3.379e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,121:157:99:7736,344,0 chrX 191249 . GA G 4047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=340.2271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=31.13;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.767e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,126:130:99:4047,370,0 chrX 191578 . GA G 1920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.161;DP=131;FS=3.463;HaplotypeScore=157.5684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.161;QD=14.66;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.428;SB=-8.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,100:131:99:1963,251,0 chrX 193608 . CA C 616.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=72.0454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=20.57;RPA=10,9;RU=A;SB=-9.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:87:659,87,0 chrX 195285 . TA T 2261.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=322.5921;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=1.299;QD=20.02;RPA=7,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.696;SB=-1.020e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,105:113:99:2304,282,0 chrX 197244 . AAT A 2799.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=163.3232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.26;MQ0=0;QD=35.90;SB=-7.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,73:78:99:2842,232,0 chrX 197543 . CA C 239 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=16.4569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.36;MQ0=7;QD=10.39;SB=-6.976e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,11:13:23:281,23,0 chrX 204114 . A AAATAT 1821 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.770;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=468.9721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.77;MQ0=1;MQRankSum=0.866;QD=46.69;ReadPosRankSum=1.348;SB=-6.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,18:37:19:1860,0,19 chrX 204132 . TA T 768.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.110;DP=51;FS=118.365;HaplotypeScore=583.3085;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.88;MQ0=4;MQRankSum=-5.038;QD=15.08;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-2.796;SB=-3.011e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:47:99:808,0,473 chrX 204950 . C CT 2051.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=49.1349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=18.00;RPA=8,9;RU=T;SB=-7.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,96:114:99:2094,254,0 chrX 207452 . GGCATT G 12026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;FS=0.000;HaplotypeScore=69.5644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=58.38;RPA=2,1;RU=GCATT;SB=-1.960e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,184:206:99:12026,527,0 chrX 207747 . GAA G 2673.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.066;DP=126;FS=3.208;HaplotypeScore=284.5055;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=0.989;QD=21.22;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=2.748;SB=-1.304e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,90:126:99:2716,261,0 chrX 209539 . TA T 3359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=57.9337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=21.81;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,141:154:99:3359,390,0 chrX 211991 . CT C 2471.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=225.3193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=20.26;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,114:122:99:2514,314,0 chrX 217454 . GAA G 2263.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=82.8755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.32;MQ0=0;QD=19.86;RPA=12,10;RU=A;SB=-5.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,72:113:99:2306,220,0 chrX 217532 . GA G 1572.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=90.6810;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;QD=18.29;RPA=7,6;RU=A;SB=-7.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,71:85:99:1615,195,0 chrX 218872 . C CA 4478 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=61.0784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;QD=25.44;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.849e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,166:176:99:4478,472,0 chrX 220089 . C CTAAG 6808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=50.6152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=45.69;RPA=4,5;RU=TAAG;SB=-2.621e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,125:148:99:6808,370,0 chrX 226830 . AT A 1159.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=379.9932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.04;MQ0=0;QD=18.41;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,54:63:99:1202,150,0 chrX 227032 . TC T 2222.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=245.5911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=27.79;SB=-1.112e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,72:80:99:2265,205,0 chrX 227973 . TA T 2972.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=655.9392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=17.59;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.353e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,144:169:99:3015,400,0 chrX 231029 . A AT 5132 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=48.5069;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=32.28;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.783e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,151:159:99:5132,424,0 chrX 233869 . C CT 3414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=730.9258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.00;MQ0=0;QD=23.87;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.458e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,123:143:99:3414,360,0 chrX 234152 . TA T 2317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=154.0697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=24.92;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,80:93:99:2360,217,0 chrX 236429 . A AT 3985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=587.0850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=25.38;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.340e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,138:157:99:3985,418,0 chrX 236674 . G GA 3741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;DP=165;FS=6.368;HaplotypeScore=222.8534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=22.67;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=-1.613;SB=-1.728e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,130:165:99:3741,371,0 chrX 236880 . CT C 2373.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.297;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=708.0849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.381;QD=15.62;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.619;SB=-1.127e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,119:152:99:2416,278,0 chrX 245413 . AACTT A 3063.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=109.0097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.03;MQ0=0;QD=49.42;RPA=2,1;RU=ACTT;SB=-6.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,57:62:99:3106,159,0 chrX 247164 . C CA 1206.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;DP=89;FS=5.926;HaplotypeScore=270.3002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=13.56;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.224;SB=-5.077e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,45:89:71:1249,71,0 chrX 247176 . T TA 1957.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=263.5937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=20.19;RPA=7,8;RU=A;SB=-7.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,80:97:99:2000,238,0 chrX 247408 . TATG T 5557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=230.8765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.52;MQ0=0;QD=39.13;RPA=2,1;RU=ATG;SB=-2.623e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,130:142:99:5557,355,0 chrX 251756 . GATGACGGA G 8100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=409.4573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=64.29;RPA=2,1;RU=ATGACGGA;SB=-3.250e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,92:126:99:8100,297,0 chrX 256880 . CA C 5909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=588.5582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.66;MQ0=0;QD=36.70;SB=-2.532e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,157:161:99:5909,466,0 chrX 256956 . G GA 3826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=1297.9804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.77;MQ0=0;QD=28.34;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.419e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,121:135:99:3826,358,0 chrX 265708 . C CA 1182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=95.5229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=1.866;QD=16.90;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.461;SB=-3.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,59:70:99:1225,120,0 chrX 265872 . GTTT G 1444.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.906;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=203.1335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.566;QD=15.36;RPA=18,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.189;SB=-4.832e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,20:92:66:1485,66,0 chrX 268747 . ATT A 953.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.526;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=42.2030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=1.677;QD=11.78;RPA=17,15;RU=T;ReadPosRankSum=2.428;SB=-4.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,29:81:99:996,102,0 chrX 269905 . TA T 1055.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;DP=72;FS=4.690;HaplotypeScore=96.0613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=0.360;QD=14.67;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,60:72:99:1098,134,0 chrX 278038 . G GA 1413.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.469;DP=119;FS=1.347;HaplotypeScore=74.1590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.595;QD=11.88;RPA=12,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.357;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,70:119:65:1456,65,0 chrX 278205 . C CT 1709.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=195.4402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=17.63;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-8.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,75:97:99:1752,199,0 chrX 283419 . AT A 1711.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=265.7279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.710;QD=16.78;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.797;SB=-6.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,82:102:99:1754,204,0 chrX 283507 . A AT 1761.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=40.0308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.49;RPA=5,6;RU=T;SB=-6.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,69:86:99:1804,198,0 chrX 285366 . GTTTCGTCGTCTTCTCCA G 14717 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=177.1861;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.62;MQ0=0;QD=136.27;SB=-4.368e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,88:108:99:14717,262,0 chrX 289605 . G GA 1204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;DP=87;FS=7.686;HaplotypeScore=131.2130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.362;QD=13.85;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.513;SB=-4.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,49:86:99:1247,154,0 chrX 291152 . C CA 5276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=499.4482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=34.26;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.397e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,147:154:99:5276,436,0 chrX 293093 . AAGAAGCAGC A 13641 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-12.228;DP=248;FS=6.440;HaplotypeScore=3157.5679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.70;MQ0=0;MQRankSum=0.283;QD=55.00;ReadPosRankSum=3.304;SB=-6.671e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:112,133:248:99:13641,0,2915 chrX 293206 . GAGGAGGTAGCAT G 12281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=144.8239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.33;MQ0=0;QD=111.65;SB=-3.190e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,87:110:99:12281,301,0 chrX 293472 . G GGAC 6144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.147;DP=169;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1358.0841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.561;QD=36.36;ReadPosRankSum=1.098;SB=-2.373e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,126:169:99:6144,422,0 chrX 294898 . G GA 2733.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.053;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=813.7577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.682;QD=16.88;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.096;SB=-1.375e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,116:161:99:2776,221,0 chrX 294918 . A AT 4835 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=622.9456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.08;MQ0=0;QD=33.34;SB=-2.313e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,118:145:99:4835,394,0 chrX 295081 . G GT 3621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=1055.3394;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.66;MQ0=0;QD=24.63;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.653e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,137:146:99:3621,381,0 chrX 302892 . T TA 3436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.603;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=483.2326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.373;QD=22.91;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.706;SB=-1.683e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,135:150:99:3436,381,0 chrX 309995 . TGTA T 4546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=424.7688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;QD=37.26;RPA=4,3;RU=GTA;SB=-1.203e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,98:122:99:4546,292,0 chrX 310736 . CT C 1180.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=67.7204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.26;MQ0=0;QD=18.75;RPA=7,6;RU=T;SB=-3.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,53:63:99:1223,153,0 chrX 312706 . T TA 4327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.136;DP=186;FS=1.978;HaplotypeScore=1749.3821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.109;QD=23.26;ReadPosRankSum=3.408;SB=-1.551e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,161:186:99:4327,436,0 chrX 312711 . G GA 4476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=1736.6033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.29;MQ0=0;QD=26.18;SB=-1.717e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,160:171:99:4476,506,0 chrX 313986 . T TTGTG 6611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=214.8999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=39.12;RPA=8,10;RU=TG;SB=-2.496e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,126:166:99:6611,374,0 chrX 314905 . TTTC T 5455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=379.3887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.84;MQ0=0;QD=44.71;SB=-2.499e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,111:122:99:5455,340,0 chrX 314950 . AT A 2573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=532.4524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=19.07;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.197e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,117:135:99:2616,348,0 chrX 315657 . GA G 1742.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.916;DP=133;FS=1.867;HaplotypeScore=137.0803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.086;QD=13.10;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.665;SB=-7.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,91:133:99:1785,175,0 chrX 317080 . GTATATA G 5932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=437.9498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=49.43;RPA=9,6;RU=TA;SB=-2.784e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,90:120:99:5932,255,0 chrX 319847 . GA G 1781.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.630;DP=115;FS=3.110;HaplotypeScore=325.2432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;MQRankSum=0.354;QD=15.50;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-8.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,93:115:99:1824,237,0 chrX 322779 . C CA 2605.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=361.1031;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.11;MQ0=0;QD=26.87;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.072e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,88:97:99:2648,247,0 chrX 327878 . A AT 3969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=229.3713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.06;MQ0=0;QD=34.51;SB=-1.588e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:115:99:3969,313,0 chrX 330974 . CTTGATTGGCGGTATA C 19580 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=239.6058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.85;MQ0=0;QD=125.51;SB=-8.982e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,125:156:99:19580,370,0 chrX 337388 . TA T 1717.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=262.2219;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=16.68;RPA=11,10;RU=A;SB=-8.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,91:103:99:1760,238,0 chrX 338042 . AG A 3528 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=45.2548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.94;MQ0=0;QD=25.75;RPA=7,6;RU=G;SB=-1.374e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,126:137:99:3528,358,0 chrX 342313 . AT A 1800.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=288.5002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;QD=26.48;RPA=4,3;RU=T;SB=-5.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:68:99:1843,189,0 chrX 342348 . ATTTTTT A,AT 844.05 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.457;DP=50;FS=3.245;HaplotypeScore=180.5014;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=1.960;QD=16.88;RPA=23,17,18;RU=T;ReadPosRankSum=1.759;SB=-4.039e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:30,7,0:50:52:922,208,241,79,0,52 chrX 349444 . G GT 2658.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=247.8916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;QD=20.30;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.059e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,106:131:99:2701,318,0 chrX 349508 . G GA 3370 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=167.9422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=22.62;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.535e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,132:149:99:3370,393,0 chrX 354332 . A AT 1440.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=170.3320;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.39;MQ0=0;QD=21.51;RPA=7,8;RU=T;SB=-3.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,57:65:99:1483,171,0 chrX 354542 . T TTGAAGAGTG 1866.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.313;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=168.1070;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.045;QD=74.68;ReadPosRankSum=2.642;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,14:25:99:1906,0,173 chrX 354581 . TA T 204.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.243;DP=32;FS=29.768;HaplotypeScore=345.4624;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.05;MQ0=1;MQRankSum=-0.828;QD=6.41;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=-2.586;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:30:99:244,0,429 chrX 355102 . C CT 658.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.435;DP=47;FS=50.747;HaplotypeScore=900.6529;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.81;MQ0=15;MQRankSum=-1.126;QD=14.02;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.472;SB=-3.011e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:30:74:698,0,74 chrX 355130 . AAC A 765.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.345;DP=39;FS=50.743;HaplotypeScore=866.6462;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.85;MQ0=1;MQRankSum=-2.729;QD=19.64;ReadPosRankSum=2.769;SB=0.067 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:33:99:805,0,346 chrX 355135 . A ATG 809.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.345;DP=38;FS=50.743;HaplotypeScore=862.2497;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.13;MQ0=1;MQRankSum=-2.648;QD=21.31;ReadPosRankSum=2.446;SB=0.042 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:33:99:849,0,286 chrX 355230 . TAA T 2114.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=193.5825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.32;MQ0=0;QD=27.83;RPA=3,1;RU=A;SB=-4.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:64:99:2157,147,0 chrX 355608 . TA T 4450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=782.3922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.14;MQ0=0;QD=34.50;SB=-2.132e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,126:128:99:4450,358,0 chrX 355883 . CG C 3703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=528.8681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.88;MQ0=0;QD=35.95;SB=-1.600e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:103:99:3703,295,0 chrX 358212 . GTTTTT G,GT 2970.73 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.203;DP=101;FS=6.451;HaplotypeScore=83.0421;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=1.419;QD=29.41;RPA=19,14,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.798;SB=-1.156e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:33,56,0:101:43:3048,163,43,1088,0,932 chrX 360911 . C CT 2056.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.844;DP=170;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=137.6336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=0.644;QD=12.10;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.468;SB=-9.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:82,81:170:99:2099,187,0 chrX 361643 . ACCG A 11010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=108.4380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;QD=44.04;SB=-4.860e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,245:250:99:11010,718,0 chrX 374415 . CA C 3543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=406.6361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.21;MQ0=0;QD=23.01;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.547e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,147:154:99:3543,425,0 chrX 376292 . TA T 1098.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=191.3274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=0.243;QD=13.91;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.287;SB=-4.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,59:79:99:1141,122,0 chrX 376343 . AT A 1452.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=280.9044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=21.06;RPA=7,6;RU=T;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,59:69:99:1495,180,0 chrX 378340 . C CA 2451.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=278.1881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;QD=26.37;RPA=2,3;RU=A;SB=-9.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,84:93:99:2494,240,0 chrX 383759 . TCATCC T 6281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.80;MQ0=0;QD=52.34;SB=-3.068e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,117:120:99:6281,327,0 chrX 386337 . C CAT 176.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=54.7574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.95;MQ0=0;QD=13.55;RPA=6,7;RU=AT;SB=-6.962e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,7:13:18:218,18,0 chrX 391255 . AAG A 4151 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=444.0551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.81;MQ0=0;QD=37.74;SB=-1.915e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,96:110:99:4151,316,0 chrX 391429 . TCTGTGCTCTTTTTTTAGCCACAG T 29039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=60.3831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.52;MQ0=0;QD=162.23;SB=-9.542e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,151:179:99:29039,433,0 chrX 391631 . GA G 5067 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=651.1894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.70;MQ0=0;QD=25.21;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.655e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,193:201:99:5067,555,0 chrX 395708 . A AC 2999.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=35.29;SB=-1.253e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,80:85:99:3042,238,0 chrX 396540 . GAAGAA G 7672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=515.1099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.12;MQ0=0;QD=59.94;SB=-3.391e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,112:128:99:7672,334,0 chrX 400174 . GGTGCTGAGA G 7236 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.104;DP=243;DS;FS=45.860;HaplotypeScore=2017.8799;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.71;MQ0=0;MQRankSum=-4.982;QD=29.78;ReadPosRankSum=1.847;SB=-6.330e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:165,75:243:99:7236,0,13459 chrX 400217 . GGGGT G 3509 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.257;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=4207.0446;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.330;QD=14.09;ReadPosRankSum=10.826;SB=-9.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:151,93:249:99:3509,0,3535 chrX 400222 . ACTGGG A 4423 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.038;DP=250;DS;FS=1.898;HaplotypeScore=4152.8114;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.83;MQ0=0;MQRankSum=0.841;QD=17.69;ReadPosRankSum=10.766;SB=-1.224e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,93:250:99:4423,0,2913 chrX 404066 . A ACAG 4805 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.148;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=63.8754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.344;QD=29.30;RPA=8,9;RU=CAG;ReadPosRankSum=0.427;SB=-1.575e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,107:164:99:4805,170,0 chrX 404972 . A AC 3699 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=742.5550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.00;MQ0=0;QD=26.80;RPA=5,6;RU=C;SB=-1.432e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,127:138:99:3699,367,0 chrX 407487 . CAA C 6377 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;FS=0.000;HaplotypeScore=305.1343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.37;MQ0=0;QD=30.96;RPA=6,4;RU=A;SB=-2.884e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,186:206:99:6377,526,0 chrX 415042 . A AT 2401.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=186.3860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;QD=21.07;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.170e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,103:114:99:2444,282,0 chrX 416062 . C CATT 2979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=167.3337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.69;MQ0=0;QD=45.15;RPA=1,2;RU=ATT;SB=-5.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,61:66:99:3022,175,0 chrX 416260 . T TGTAAGTGCA 6407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.81;MQ0=0;QD=92.86;SB=-1.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,52:69:99:6407,184,0 chrX 416512 . T TA 3422 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=144.8335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.25;MQ0=0;QD=23.28;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.355e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,135:147:99:3422,375,0 chrX 417192 . C CA 2682.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=169.3352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=21.99;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.349e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,105:122:99:2725,291,0 chrX 423063 . T TA 2840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=265.0211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=18.45;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.306e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,115:154:99:2883,336,0 chrX 424743 . GTTC G 3731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=284.6808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;QD=42.89;RPA=4,3;RU=TTC;SB=-1.234e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,79:87:99:3731,235,0 chrX 436260 . TA T 1164.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=208.0224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.33;MQ0=0;QD=20.09;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,54:58:99:1207,147,0 chrX 436343 . TG T 241.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=225.2116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=14.23;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,10:17:35:284,35,0 chrX 436461 . T TA 191.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=56.0357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=24.00;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.897e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:234,24,0 chrX 436623 . C CT 353.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.226;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=116.1143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=1.131;QD=14.16;ReadPosRankSum=0.377;SB=-9.199e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,15:25:43:396,43,0 chrX 438674 . GA G 3719 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=252.2465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=23.39;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.478e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,143:159:99:3719,411,0 chrX 456066 . GATATATATATATATATATATAT G 1555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=15.1262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=36.19;RPA=19,8;RU=AT;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,19:43:45:1598,45,0 chrX 457903 . CAAAAA C 340.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=33.4870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.62;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=28.34;RPA=21,16;RU=A;ReadPosRankSum=0.747;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,7:12:18:382,18,0 chrX 458044 . AAGGTTAATTTTTGG A 8514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=20.7555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.11;MQ0=0;QD=130.98;SB=-4.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,60:65:99:8514,172,0 chrX 458442 . G GT 2729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=315.0170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.01;MQ0=0;QD=20.68;RPA=7,8;RU=T;SB=-9.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,104:132:99:2772,324,0 chrX 458605 . A AT 1992.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=416.1484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=20.98;RPA=5,6;RU=T;SB=-7.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,78:95:99:2035,225,0 chrX 458631 . ATTAC A 4487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=179.1786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.55;MQ0=0;QD=54.72;SB=-2.196e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,70:82:99:4487,223,0 chrX 459746 . T TA 2370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=339.2209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.81;MQ0=0;QD=28.23;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.159e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,74:84:99:2413,208,0 chrX 459766 . T TA 2867.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=313.8417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.48;MQ0=0;QD=31.87;SB=-8.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,84:90:99:2910,238,0 chrX 461660 . GA G 2183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=493.9399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=19.50;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.068e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,100:112:99:2226,275,0 chrX 461704 . G GA 2237.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.121;DP=146;FS=2.468;HaplotypeScore=404.6277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=1.562;QD=15.33;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.380;SB=-8.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,95:146:81:2280,81,0 chrX 462896 . CA C 4689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=289.9306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=30.25;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.515e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,153:155:99:4689,430,0 chrX 464355 . TTATA T 170.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.78;MQ0=0;QD=14.19;RPA=8,6;RU=TA;SB=-5.575e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,7:12:15:212,15,0 chrX 469702 . A AG 5201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.802;DP=168;FS=3.760;HaplotypeScore=90.2492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.007;QD=30.96;ReadPosRankSum=0.185;SB=-2.150e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,154:168:99:5201,428,0 chrX 470128 . TA T 204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.306;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=203.8305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.815;QD=4.10;ReadPosRankSum=-1.529;SB=-1.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,15:50:70:247,70,0 chrX 470130 . GTAATA G 181.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.280;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=204.2492;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.174;QD=4.14;ReadPosRankSum=-1.509;SB=-1.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,12:44:54:224,54,0 chrX 471047 . GA G 1690.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.903;DP=141;FS=1.827;HaplotypeScore=471.0198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=11.99;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.088;SB=-7.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,90:141:99:1733,185,0 chrX 472080 . ATT A 233.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=72.9676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=9.75;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.696;SB=-9.285e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,10:24:26:276,26,0 chrX 486263 . G GA 5048 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=508.5780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=33.88;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.509e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,136:149:99:5048,403,0 chrX 486349 . A AG 4329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=384.2780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;QD=36.08;SB=-2.007e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:120:99:4329,343,0 chrX 518638 . A AG 2399.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=263.5949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;QD=34.29;SB=-1.114e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2442,201,0 chrX 519255 . CGTGTGTGTGTGTGTGT C,CGT 4671 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.238;DP=73;FS=3.399;HaplotypeScore=37.1128;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=45.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.634;QD=63.99;RPA=20,12,13;RU=GT;ReadPosRankSum=0.644;SB=-1.986e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:39,7,0:73:99:4671,897,1067,219,0,137 chrX 521978 . AAT A 8955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=89.5518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=1;QD=35.96;RPA=2,1;RU=AT;SB=-3.845e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,232:248:99:8955,665,0 chrX 523925 . A AGAG 1736.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.774;DP=75;FS=67.364;HaplotypeScore=518.9030;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.58;MQ0=0;MQRankSum=-3.871;QD=23.16;ReadPosRankSum=6.120;SB=-1.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,23:70:99:1776,0,255 chrX 523972 . G GC 2227.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=1226.3934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=28.56;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:2270,225,0 chrX 524334 . GC G 3450 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=582.8432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.40;MQ0=0;QD=35.94;SB=-1.199e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:96:99:3450,265,0 chrX 525702 . GAA G 1435.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=205.7775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;QD=16.89;RPA=17,15;RU=A;SB=-3.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,43:85:99:1478,155,0 chrX 525750 . GA G 691.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.883;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=286.7954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.275;QD=13.84;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.948;SB=-8.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,36:50:66:734,66,0 chrX 526799 . TTA T 2395.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.672;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=72.2906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=1.489;QD=35.23;ReadPosRankSum=1.672;SB=-7.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:68:99:2438,157,0 chrX 528517 . AT A 4098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;DP=217;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=85.0617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;MQRankSum=1.674;QD=18.88;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.655;SB=-1.875e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,190:217:99:4098,532,0 chrX 529537 . A AT 3641 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=565.9739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.37;MQ0=0;QD=33.40;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.495e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,101:109:99:3641,301,0 chrX 529735 . GA G 1471.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.693;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=107.9061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=0.841;QD=16.00;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.544;SB=-6.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,77:92:99:1514,185,0 chrX 531475 . A AT 4013 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=266.8008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=22.93;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.550e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,156:175:99:4013,452,0 chrX 538483 . AT A 1523.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=300.4695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.14;MQ0=0;QD=27.71;RPA=3,2;RU=T;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,51:55:99:1566,144,0 chrX 538633 . AT A 982.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.500;QD=12.77;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.575;SB=-4.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,58:77:91:1025,91,0 chrX 540570 . TC T 3808 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=438.9393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.95;MQ0=0;QD=32.00;SB=-1.816e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:119:99:3808,343,0 chrX 540837 . T TA 1567.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=48;FS=5.582;HaplotypeScore=401.9991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.57;MQ0=0;MQRankSum=0.995;QD=32.67;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.290;SB=-3.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:48:99:1610,107,0 chrX 541427 . A AATTATCTCAAAATTCACCAG 3454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.102;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=224.1402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.47;MQ0=0;MQRankSum=1.531;QD=181.79;ReadPosRankSum=1.327;SB=-3.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:18:43:3454,43,0 chrX 542676 . T TG 5787 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=285.0698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=31.45;RPA=2,3;RU=G;SB=-2.056e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,177:184:99:5787,511,0 chrX 543092 . G GA 3453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=918.1727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.34;MQ0=0;QD=21.85;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.705e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,133:158:99:3453,378,0 chrX 543291 . AT A 3967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=375.5884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.36;MQ0=0;QD=25.93;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.741e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,144:153:99:3967,406,0 chrX 543523 . GATAAC G 6114 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=389.7230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.38;MQ0=0;QD=57.14;SB=-2.725e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,94:106:99:6114,268,0 chrX 548105 . GTCA G 7886 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=330.3059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=49.29;RPA=2,1;RU=TCA;SB=-3.616e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,154:160:99:7886,454,0 chrX 548539 . C CA 1323.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;DP=86;FS=7.853;HaplotypeScore=178.1228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=0.223;QD=15.39;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.559;SB=-5.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,68:86:99:1366,137,0 chrX 550041 . TAA T 3415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=629.1776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.86;MQ0=0;QD=33.16;RPA=6,4;RU=A;SB=-1.472e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,95:103:99:3415,286,0 chrX 550151 . CTT C 1818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=69.5246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=1;QD=21.65;RPA=13,11;RU=T;SB=-8.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,56:83:99:1861,180,0 chrX 566912 . G GTAT 809.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=95.6112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=17.61;RPA=6,7;RU=TAT;SB=-3.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,21:46:57:852,57,0 chrX 568755 . TA T 1270.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.797;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=134.8933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=12.46;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.071;SB=-6.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,72:102:99:1313,154,0 chrX 570599 . G GTT 1723.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=125.0252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.945;QD=17.41;RPA=11,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.472;SB=-6.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,56:99:99:1766,153,0 chrX 570775 . GAA G 1112.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=59.5387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.12;MQ0=0;QD=18.25;RPA=12,10;RU=A;SB=-5.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,28:61:99:1155,110,0 chrX 573861 . GA G 3716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=53.6764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;QD=23.67;RPA=6,5;RU=A;SB=-8.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,148:157:99:3716,429,0 chrX 575252 . GA G 883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=26.6843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=13.39;RPA=12,11;RU=A;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,48:66:99:926,130,0 chrX 576840 . TA T 1911.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=175.5582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.27;MQ0=0;QD=28.54;RPA=2,1;RU=A;SB=-4.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,60:67:99:1954,174,0 chrX 577187 . GAA G 2027.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=28.7629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=27.78;RPA=10,8;RU=A;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,65:73:99:2070,190,0 chrX 582424 . CT C 3908 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=540.1432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.77;MQ0=0;QD=34.28;SB=-1.206e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,106:114:99:3908,313,0 chrX 582469 . GA G 2673.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=609.7784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.48;MQ0=0;QD=27.57;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.332e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,82:97:99:2716,247,0 chrX 587438 . CAT C 5838 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=52.1586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=1;QD=38.92;SB=-2.065e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,146:148:99:5838,406,0 chrX 594187 . 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T TA 2459.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=306.8375;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.97;MQ0=0;QD=24.85;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.099e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,89:99:99:2502,255,0 chrX 607721 . C CA 3442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=492.1908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.86;MQ0=0;QD=32.47;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.179e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,94:106:99:3442,286,0 chrX 608049 . AT A 1695.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=244.2970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.153;QD=16.47;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-6.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,87:103:99:1738,211,0 chrX 608565 . AT A 2570.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.346;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=279.5779;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.956;QD=15.12;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.704;SB=-1.074e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,138:170:99:2613,348,0 chrX 611172 . 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AT A 3320 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=524.2669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.92;MQ0=0;QD=25.54;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.567e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,123:130:99:3320,340,0 chrX 617534 . A AG 3285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=401.1357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.96;MQ0=0;QD=33.52;SB=-1.396e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,90:98:99:3285,271,0 chrX 618022 . A AT 2782.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=341.2986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.90;MQ0=0;QD=20.31;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.166e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,83:135:99:2825,318,0 chrX 618031 . AT A 2092.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=139;FS=3.651;HaplotypeScore=538.3274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.460;QD=15.06;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.509;SB=-9.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:62,70:137:99:2135,277,0 chrX 619979 . TA T 2131.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=206.0402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=24.51;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.032e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,85:87:99:2174,240,0 chrX 620086 . C CT 3113.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=699.1631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.41;MQ0=0;QD=37.98;SB=-1.113e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:82:99:3156,241,0 chrX 620292 . T TA 1086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=352.6714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.92;MQ0=0;QD=17.82;RPA=7,8;RU=A;SB=-4.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,43:61:99:1129,132,0 chrX 620341 . AAAAT A 2493.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=165.7545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.62;MQ0=0;QD=49.88;SB=-8.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,41:50:99:2536,141,0 chrX 620479 . C CA 1288.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=21.7253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=20.46;RPA=4,5;RU=A;SB=-5.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,51:63:99:1331,141,0 chrX 620653 . AT A 1642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=224.1460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=19.79;RPA=8,7;RU=T;SB=-7.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,71:83:99:1685,210,0 chrX 620733 . AT A 2136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=249.8278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.56;MQ0=0;QD=23.23;RPA=3,2;RU=T;SB=-7.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,72:92:99:2179,234,0 chrX 636894 . A AT 1347.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=78;FS=3.148;HaplotypeScore=61.8562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.054;QD=17.28;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-6.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,67:78:99:1390,171,0 chrX 639112 . T TG 4375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=962.8169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.99;MQ0=0;QD=24.17;SB=-8.030e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,145:181:99:4375,473,0 chrX 639708 . ACCCCCCCCCCCCCC A 16473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=388.9948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.33;MQ0=0;QD=122.93;RPA=19,5;RU=C;SB=-7.725e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,111:134:99:16473,334,0 chrX 639990 . AACACACACACACACACACAC A 8821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=541.5673;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.52;MQ0=0;QD=93.84;RPA=19,9;RU=AC;SB=-3.425e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,48:94:99:8821,147,0 chrX 640552 . G GA 3360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=389.9975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=22.40;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.518e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,138:150:99:3360,387,0 chrX 640781 . AG A 2317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=283.9071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;QD=26.95;SB=-8.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,80:86:99:2360,228,0 chrX 641702 . TAC T 3584 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=700.5734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.71;MQ0=0;QD=24.55;RPA=7,6;RU=AC;SB=-1.188e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,107:146:99:3584,304,0 chrX 641723 . C CTACA 5375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=699.5787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.76;MQ0=0;QD=39.81;RPA=4,5;RU=TACA;SB=-2.008e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,89:135:99:5375,292,0 chrX 641890 . T TA 1447.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.427;DP=98;FS=4.011;HaplotypeScore=329.1537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=14.78;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.331;SB=-5.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,56:98:99:1490,180,0 chrX 641916 . GA G 2078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=334.8990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.54;MQ0=0;QD=23.10;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,82:89:99:2121,234,0 chrX 646562 . A AG 4392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=395.2349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;QD=32.78;RPA=1,2;RU=G;SB=-2.022e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,124:134:99:4392,358,0 chrX 647070 . C CA 3723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=296.0552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=23.71;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.735e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,143:157:99:3723,405,0 chrX 649224 . A ATTT 1206.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=244.0089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.80;MQ0=0;QD=21.55;RPA=12,15;RU=T;SB=-8.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,26:56:99:1249,99,0 chrX 652698 . T TA 792.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1627;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.24;RPA=9,10;RU=A;SB=-3.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,37:46:99:835,102,0 chrX 654284 . C CT 2645.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=512.1825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=23.01;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.155e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,102:115:99:2688,294,0 chrX 654355 . A ATG 4559 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=655.8149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.78;MQ0=0;QD=41.07;SB=-2.238e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,100:111:99:4559,316,0 chrX 654375 . A AG 3160.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=646.8917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.72;MQ0=0;QD=32.25;SB=-1.586e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,89:98:99:3203,283,0 chrX 661764 . C CTGT 6517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.079;DP=211;FS=0.000;HaplotypeScore=72.4611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.95;MQ0=0;MQRankSum=1.252;QD=30.89;RPA=7,8;RU=TGT;ReadPosRankSum=-1.898;SB=-3.141e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,158:211:99:6517,380,0 chrX 663134 . 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CT C 1687.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=431.1842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.899;QD=17.22;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.767;SB=-8.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,85:98:99:1730,211,0 chrX 677400 . ATATATATG A 5679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=363.4841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.71;MQ0=0;QD=67.61;SB=-5.980e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,72:84:99:5679,206,0 chrX 697010 . CT C 1794.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=35.5187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.04;MQ0=0;QD=15.75;RPA=11,10;RU=T;SB=-8.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,98:114:99:1837,254,0 chrX 700841 . TA T 3406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=284.4482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=21.83;RPA=6,5;RU=A;SB=-9.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,142:156:99:3406,396,0 chrX 701746 . TCACACACACACACACA T 8743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=68.5250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.16;MQ0=0;QD=99.35;RPA=17,9;RU=CA;SB=-4.228e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,66:88:99:8743,201,0 chrX 702817 . G GA 2910.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=152.3429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.25;MQ0=0;QD=20.36;RPA=6,7;RU=A;SB=-7.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,121:143:99:2953,339,0 chrX 702908 . T TG 3740 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=387.0837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.22;MQ0=0;QD=32.81;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.846e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,111:112:99:3740,319,0 chrX 708494 . A AC 1521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=435.6972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.82;MQ0=0;QD=31.71;RPA=2,3;RU=C;SB=-6.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:48:99:1564,138,0 chrX 708513 . CT C 1260.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=473.7966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.16;MQ0=0;QD=26.83;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:47:99:1303,117,0 chrX 710186 . C CT 3688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=59.2745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;QD=25.43;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.392e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,139:145:99:3688,390,0 chrX 714682 . A AGTG 11112 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=111.8665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.25;MQ0=0;QD=44.45;SB=-5.444e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,242:243:99:11112,690,0 chrX 714786 . TAGAGGTTGTAGCAGTGGTAGAAATGACAGAGGATGC T 10030 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.347;DP=59;DS;FS=25.527;HaplotypeScore=220.3575;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.89;MQ0=0;MQRankSum=2.347;QD=170.00;ReadPosRankSum=-1.431;SB=-4.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:55:86:10030,0,86 chrX 715079 . GTTGTAGAA G 1070.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.879;DP=43;FS=74.578;HaplotypeScore=658.5626;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.94;MQ0=0;MQRankSum=1.274;QD=24.91;ReadPosRankSum=0.952;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,15:43:99:1110,0,538 chrX 715123 . AGTAGTCGAT A 4729 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.597;DP=184;FS=1.376;HaplotypeScore=2978.5859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.10;MQ0=0;MQRankSum=8.643;QD=25.70;ReadPosRankSum=2.746;SB=-1.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,99:184:99:4729,0,3320 chrX 715147 . AGGAGTG A 1407.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.658;DP=196;FS=17.394;HaplotypeScore=3369.5580;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.87;MQ0=0;MQRankSum=-6.029;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:147,49:196:99:1447,0,8403 chrX 717235 . TAA T 2184.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=298.1639;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.395;QD=21.01;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.722;SB=-1.002e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,70:104:99:2227,212,0 chrX 717337 . GC G 2685.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=528.0942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.16;MQ0=0;QD=35.81;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.133e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,72:75:99:2728,223,0 chrX 717513 . A AATACGGTAAGCCCGTAG 16621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=371.3971;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.80;MQ0=0;QD=167.89;SB=-4.150e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:99:99:16621,277,0 chrX 718506 . T TA 4652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=917.9974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;QD=26.89;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.303e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,161:173:99:4652,472,0 chrX 718558 . G GA 5359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=584.5662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;QD=33.29;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.558e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,147:161:99:5359,439,0 chrX 719648 . T TA 1934.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.101;DP=132;FS=3.995;HaplotypeScore=71.3258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.977;QD=14.66;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.270;SB=-8.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,97:132:99:1977,178,0 chrX 721475 . ATACT A 6380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=153.8163;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;QD=59.63;SB=-1.346e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,89:107:99:6380,307,0 chrX 721663 . A AT 4906 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=501.6170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=34.07;SB=-2.034e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,141:144:99:4906,396,0 chrX 724234 . TA T 3373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=770.9218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.25;MQ0=0;QD=21.62;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.225e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,144:156:99:3373,422,0 chrX 724826 . CT C 2455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=461.4175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.86;MQ0=0;QD=29.95;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.090e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,77:82:99:2498,229,0 chrX 728432 . T TA 2828.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1178.4652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.30;MQ0=1;QD=15.37;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,154:130:99:2871,306,0 chrX 737819 . T TC 334.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=42.5124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=12.96;MQ0=38;QD=6.84;RPA=2,3;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,42:11:33:377,33,0 chrX 737860 . AG A 286.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=63.3820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=10.44;MQ0=54;QD=4.35;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:12:33:329,33,0 chrX 738004 . A AT 1037.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=272.2981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.24;MQ0=0;QD=27.31;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,33:38:99:1080,99,0 chrXI 123 . CA C 834.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.228;DP=31;FS=7.782;HaplotypeScore=468.6977;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.94;MQ0=0;MQRankSum=-2.671;QD=26.93;ReadPosRankSum=-0.723;SB=-8.143e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,25:31:99:874,0,113 chrXI 318 . CT C 299.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.288;DP=66;FS=74.864;HaplotypeScore=455.5814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.75;MQ0=6;MQRankSum=3.680;QD=4.54;ReadPosRankSum=1.914;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,22:49:99:339,0,1295 chrXI 508 . A AT 425.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=275.2670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.36;MQ0=1;QD=19.36;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:13:39:468,39,0 chrXI 526 . C CTA 691.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=343.6703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.02;MQ0=1;QD=23.07;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:51:734,51,0 chrXI 3318 . GA G 1957.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=50.2087;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=24.17;RPA=5,4;RU=A;SB=-6.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,77:81:99:2000,213,0 chrXI 8331 . TA T 2006.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.360;DP=137;FS=1.864;HaplotypeScore=501.0823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.301;QD=14.65;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.974;SB=-8.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,105:137:99:2049,215,0 chrXI 12343 . CTT C 5549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=38.8180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.24;MQ0=0;QD=43.69;SB=-2.720e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,120:126:99:5549,352,0 chrXI 12693 . T TC 4017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=663.5973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.79;MQ0=0;QD=31.38;SB=-1.169e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,106:128:99:4017,336,0 chrXI 12765 . AG A 4799 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=404.1870;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=32.21;SB=-1.607e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:149:99:4799,394,0 chrXI 13741 . CT C 3054.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=239.8504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;QD=27.52;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.131e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,107:111:99:3097,289,0 chrXI 15786 . AT A 680.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=385.4661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.26;MQ0=0;MQRankSum=0.602;QD=11.95;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=3.086;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,45:57:35:723,35,0 chrXI 15789 . ATT A 1382.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.075;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=339.8062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.18;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=27.12;ReadPosRankSum=2.677;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,45:51:86:1425,86,0 chrXI 18399 . GT G 1376.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=139.4903;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=21.51;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,59:64:99:1419,171,0 chrXI 19388 . CT C 1983.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=131.2494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=1.692;QD=19.45;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.886;SB=-9.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,90:102:99:2026,238,0 chrXI 20173 . C CACTCAATCCAAGA 9319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=139.1638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.57;MQ0=0;QD=125.93;SB=-4.205e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,47:74:99:9319,196,0 chrXI 20203 . C CA 1181.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.562;DP=73;FS=1.905;HaplotypeScore=692.8404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.321;QD=16.19;RPA=5,6;RU=A;ReadPosRankSum=1.364;SB=-4.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,47:73:99:1224,130,0 chrXI 21247 . A AT 1262.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.617;DP=75;FS=2.834;HaplotypeScore=586.0529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.951;QD=16.84;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=1.651;SB=-4.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,50:75:99:1305,159,0 chrXI 21664 . C CA 1591.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.411;DP=100;FS=1.578;HaplotypeScore=63.8863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=1.525;QD=15.92;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.740;SB=-6.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,77:100:99:1634,126,0 chrXI 21945 . GC G 2088.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.52;MQ0=0;QD=24.01;RPA=7,6;RU=C;SB=-6.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,81:87:99:2131,219,0 chrXI 25077 . TA T 1710.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=107.7663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;QD=19.67;RPA=7,6;RU=A;SB=-7.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,79:87:99:1753,207,0 chrXI 26592 . ATATATATATATAT A 2427.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=18.0179;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.44;MQ0=2;QD=83.72;SB=-1.009e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:27:78:2470,78,0 chrXI 36487 . G GA 976.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=254.3550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.51;MQ0=0;QD=17.45;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,47:56:99:1019,117,0 chrXI 36666 . GT G 1262.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=251.9493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=23.83;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1305,153,0 chrXI 38633 . GAAGA G 8225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=65.6269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.54;MQ0=0;QD=46.21;RPA=2,1;RU=AAGA;SB=-3.096e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,163:178:99:8225,460,0 chrXI 46509 . C CA 1490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=197.6705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;QD=20.42;RPA=8,9;RU=A;SB=-1.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,61:73:99:1533,180,0 chrXI 46699 . AT A 102.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=30.6777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.98;MQ0=0;QD=7.30;SB=-2.175e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:14:15:144,15,0 chrXI 49883 . CT C 2821.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=87.8693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.05;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.397e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,120:128:99:2864,356,0 chrXI 63834 . T TAAAA 4090 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=188.2681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.41;MQ0=0;QD=42.60;RPA=6,10;RU=A;SB=-1.200e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,75:96:99:4090,226,0 chrXI 64244 . TC T 196.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.846;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=1049.5296;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.673;QD=4.48;ReadPosRankSum=-2.629;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,11:44:99:236,0,521 chrXI 64246 . TTC T 304.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.830;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=1018.9774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.814;QD=7.09;RPA=2,1;RU=TC;ReadPosRankSum=-2.857;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,11:43:99:344,0,208 chrXI 66439 . T TTTC 3863 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=132.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;QD=39.82;RPA=1,2;RU=TTC;SB=-1.667e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,83:97:99:3863,244,0 chrXI 67700 . C CT 1570.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=261.3782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.85;MQ0=0;QD=39.27;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1613,120,0 chrXI 67822 . G GCC 1503.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=588.3160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.77;MQ0=0;QD=36.68;SB=-7.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:41:99:1546,120,0 chrXI 67823 . T TC 996.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=637.1014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.77;MQ0=0;QD=24.32;RPA=1,2;RU=C;SB=-5.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:41:99:1039,117,0 chrXI 68007 . A AG 1756.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=174.8424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.59;MQ0=0;QD=33.15;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:51:99:1799,153,0 chrXI 68355 . GGAA G 5028 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.620;DP=157;FS=6.325;HaplotypeScore=2040.8786;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.00;MQ0=0;MQRankSum=2.621;QD=32.03;ReadPosRankSum=7.795;SB=-2.503e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,96:157:99:5028,0,657 chrXI 68361 . TGCGGAA T 7769 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.363;DP=162;FS=1.349;HaplotypeScore=1860.8081;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.397;QD=47.96;ReadPosRankSum=9.200;SB=-3.878e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,96:162:99:7769,0,188 chrXI 68454 . G GCC 7900 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=979.0392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.26;MQ0=0;QD=46.20;SB=-3.655e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,151:171:99:7900,484,0 chrXI 68468 . T TG 7113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=1086.3122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.75;MQ0=0;QD=37.84;SB=-3.356e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,178:188:99:7113,557,0 chrXI 70352 . GA G 703.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=10.83;RPA=10,9;RU=A;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,32:65:96:746,96,0 chrXI 70431 . G GA 786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=83.7910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.39;MQ0=0;QD=20.18;RPA=9,10;RU=A;SB=-1.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,35:39:99:829,101,0 chrXI 70585 . G GA 1544.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.200;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=248.8444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.615;QD=18.84;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.635;SB=-3.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,67:82:99:1587,160,0 chrXI 74105 . AT A 2218.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=1079.3799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.00;MQ0=0;QD=18.80;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.111e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,101:118:99:2261,281,0 chrXI 74277 . AG A 1264.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.680;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=287.4439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.81;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=19.17;ReadPosRankSum=2.306;SB=-8.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,53:66:99:1307,147,0 chrXI 74279 . TA T 1190.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.881;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=300.5495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=18.04;ReadPosRankSum=2.467;SB=-8.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,53:66:99:1233,134,0 chrXI 74916 . T TAGTGC 6929 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=35.8094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.61;MQ0=0;QD=65.37;SB=-1.227e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,97:106:99:6929,298,0 chrXI 78836 . TATA T 326.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=45.3698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.36;MQ0=0;QD=23.36;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,10:14:27:369,27,0 chrXI 80060 . 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C CA 1357.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=185.1536;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.70;MQ0=0;QD=32.33;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:42:99:1400,120,0 chrXI 84295 . ATTT A 2745.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=370.9603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.25;MQ0=0;QD=31.20;RPA=11,8;RU=T;SB=-1.216e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,60:86:99:2788,202,0 chrXI 86111 . TG T 1077.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=11.3387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=31.70;RPA=2,1;RU=G;SB=-3.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,32:34:96:1120,96,0 chrXI 89276 . G GTA 3577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=596.9976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.88;MQ0=0;QD=43.10;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:83:99:3577,241,0 chrXI 92279 . 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GA G 907.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=81.7365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;QD=20.64;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:99:950,111,0 chrXI 130463 . AT A 3310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=379.3573;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.61;MQ0=0;QD=22.36;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.264e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,134:147:99:3310,387,0 chrXI 134467 . A AT 1177.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.106;DP=110;FS=5.440;HaplotypeScore=296.6380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.253;QD=10.71;RPA=14,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-5.938e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,53:110:45:1220,45,0 chrXI 136322 . GA G 2569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=489.4148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;QD=24.02;RPA=7,6;RU=A;SB=-4.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,102:107:99:2612,288,0 chrXI 136494 . A AT 4578 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=231.7050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=26.93;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.066e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,151:170:99:4578,460,0 chrXI 136548 . GA G 2950.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=263.1936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;QD=18.56;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.409e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,130:159:99:2993,374,0 chrXI 137159 . CT C 1848.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=528.4060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=18.13;RPA=10,9;RU=T;SB=-5.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,86:102:99:1891,239,0 chrXI 137199 . T TA 1781.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=588.7902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.98;MQ0=0;QD=21.47;RPA=6,7;RU=A;SB=-7.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,72:83:99:1824,207,0 chrXI 141600 . TA T 558.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;QD=18.03;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:75:601,75,0 chrXI 145727 . T TA 1306.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=133.6465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;QD=24.66;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.790e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:1349,147,0 chrXI 146380 . T TG 5955 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=157.8710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=35.66;SB=-2.625e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,164:167:99:5955,475,0 chrXI 146917 . G GT 2749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=1451.4458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.33;MQ0=0;QD=25.00;SB=-5.390e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,95:110:99:2792,326,0 chrXI 146922 . GT G 2635.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=1313.9289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.80;MQ0=0;QD=27.17;SB=-6.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,95:97:99:2678,291,0 chrXI 147048 . GA G 5031 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=300.9112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;QD=33.10;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.150e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:152:99:5031,427,0 chrXI 158529 . ATC A 5032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=470.7188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.70;MQ0=0;QD=34.70;RPA=2,1;RU=TC;SB=-2.173e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,134:145:99:5032,373,0 chrXI 162372 . GT G 1797.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=207.9982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.96;MQ0=0;QD=30.47;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:59:99:1840,165,0 chrXI 162425 . TA T 2572.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=188.4012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=35.74;SB=-3.340e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,67:72:99:2615,211,0 chrXI 162682 . G GT 1206.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;QD=20.46;RPA=8,9;RU=T;SB=-3.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,53:59:99:1249,150,0 chrXI 164779 . TGC T 3487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=234.3661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;QD=34.19;RPA=4,3;RU=GC;SB=-9.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,96:102:99:3487,262,0 chrXI 164844 . CTATATATATATATATATA C 8574 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=288.5713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.92;MQ0=0;MQRankSum=0.645;QD=117.45;RPA=17,8;RU=TA;ReadPosRankSum=-0.181;SB=-2.311e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,45:73:99:8574,119,0 chrXI 165087 . TAGA T 10250 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=222;FS=0.000;HaplotypeScore=250.3568;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.69;MQ0=0;QD=46.17;RPA=2,1;RU=AGA;SB=-3.537e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,212:222:99:10250,602,0 chrXI 167518 . A AAT 144.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=2.8692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;QD=14.42;RPA=6,7;RU=AT;SB=-3.775e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:10:15:186,15,0 chrXI 171227 . G GA 3135.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=248.7093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.45;MQ0=0;QD=25.09;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.449e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,114:125:99:3178,336,0 chrXI 173894 . G GAC 1458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=304.9814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.37;MQ0=0;QD=21.46;RPA=2,3;RU=AC;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,56:68:99:1501,123,0 chrXI 180295 . CAAAT C 2664.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=39.4909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.07;MQ0=0;QD=51.25;SB=-1.050e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:52:99:2707,135,0 chrXI 184503 . 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C CTTTATT 6842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=725.2499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.09;MQ0=0;QD=70.54;SB=-3.387e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,90:97:99:6842,277,0 chrXI 200868 . GGC G 3440 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=184.9020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.23;MQ0=0;QD=40.95;RPA=2,1;RU=GC;SB=-3.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:3440,244,0 chrXI 203074 . C CTT 2574.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=401.2878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.41;MQ0=0;QD=29.60;RPA=5,7;RU=T;SB=-5.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,68:85:99:2617,219,0 chrXI 203124 . C CAT 5079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=357.8838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.59;MQ0=0;QD=45.35;SB=-1.317e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,103:112:99:5079,325,0 chrXI 213285 . G GC 6273 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;FS=0.000;HaplotypeScore=944.6943;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.59;MQ0=0;QD=30.30;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.515e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,196:207:99:6273,583,0 chrXI 213587 . 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T TG 3624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=286.8938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQ0=0;QD=29.70;RPA=3,4;RU=G;SB=-1.661e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,115:122:99:3624,340,0 chrXI 231529 . CG C 2678.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=41.9553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=25.04;RPA=7,6;RU=G;SB=-1.142e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,99:107:99:2721,276,0 chrXI 231904 . AT A 836.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=36.39;SB=-3.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:66:879,66,0 chrXI 232606 . AAAT A 3672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=105.1958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.66;MQ0=0;QD=49.62;SB=-1.549e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:3672,211,0 chrXI 234086 . AT A 216.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=23.9724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.59;MQ0=0;QD=18.08;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.159e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,10:12:33:259,33,0 chrXI 234157 . A AT 239.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;DP=18;FS=6.690;HaplotypeScore=35.2417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=13.28;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.000;SB=-4.010e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,15:18:19:281,19,0 chrXI 234262 . ATT A 1805.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=604.2972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.54;MQ0=0;QD=25.80;RPA=14,12;RU=T;SB=-1.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,56:70:99:1848,170,0 chrXI 235323 . AATGGTTACG A 14698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=410.3096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.49;MQ0=0;QD=105.74;SB=-6.089e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,132:139:99:14698,397,0 chrXI 237424 . G GA 2898.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;DP=174;FS=3.859;HaplotypeScore=92.8675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=1;MQRankSum=1.663;QD=16.66;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.131;SB=-1.180e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,133:173:99:2941,346,0 chrXI 240682 . ATCATCATCGTCAACATTT A 16210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=497.9527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=67.54;RPA=2,1;RU=TCATCATCGTCAACATTT;SB=-3.915e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,178:240:99:16210,512,0 chrXI 242787 . CTT C 2585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.880;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=185.4729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.530;QD=25.86;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.494;SB=-1.239e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,85:100:99:2628,241,0 chrXI 246028 . AT A 218.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.736;QD=9.48;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.744;SB=-6.516e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,17:23:18:260,18,0 chrXI 247692 . C CTTGTT 6947 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=37.7493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.15;MQ0=0;QD=63.15;SB=-2.601e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,90:110:99:6947,301,0 chrXI 247905 . C CA 2572.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=1301.5631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.47;MQ0=0;QD=25.47;RPA=4,5;RU=A;SB=-9.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,90:101:99:2615,273,0 chrXI 247977 . GA G 2994.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=1209.3267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.16;MQ0=0;QD=28.25;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,95:106:99:3037,277,0 chrXI 248274 . C CAA 4255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=296.4619;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.34;MQ0=0;QD=36.06;RPA=2,4;RU=A;SB=-1.582e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,108:118:99:4255,310,0 chrXI 248609 . AC A 4325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=182.2938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.84;MQ0=0;QD=31.12;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.719e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,135:139:99:4325,388,0 chrXI 248806 . T TA 1586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=43.2797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;QD=23.00;RPA=5,6;RU=A;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,62:69:99:1629,177,0 chrXI 258411 . C CT 5356 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.744;DP=250;FS=2.594;HaplotypeScore=92.1390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.605;QD=21.42;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.801;SB=-1.829e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,210:250:99:5356,588,0 chrXI 259074 . T TA 1823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.446;DP=114;FS=5.316;HaplotypeScore=55.1785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.214;QD=16.00;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.425;SB=-6.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,81:114:99:1866,161,0 chrXI 260026 . CT C 2578.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=470.1745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.74;MQ0=0;QD=21.86;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,104:118:99:2621,315,0 chrXI 260061 . C CT 3003.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=405.7940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;QD=26.35;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.427e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,99:114:99:3046,286,0 chrXI 260957 . A AT 4148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=655.7313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.28;MQ0=0;QD=32.41;SB=-1.393e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,106:125:99:4148,337,0 chrXI 260979 . GAA G 2617.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=674.6890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.70;MQ0=0;MQRankSum=1.148;QD=25.67;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.690;SB=-8.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,86:99:99:2660,229,0 chrXI 261060 . A AT 2051.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=288.4526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=22.06;RPA=8,9;RU=T;SB=-8.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,84:93:99:2094,246,0 chrXI 261949 . A ATATT 8581 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=58.8211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=1;QD=50.78;RPA=1,2;RU=TATT;SB=-4.173e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,145:166:99:8581,430,0 chrXI 264747 . G GGTGTGT 9913 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=114.7062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;QD=62.74;RPA=4,7;RU=GT;SB=-3.360e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,130:158:99:9913,397,0 chrXI 266089 . TA T 532.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=14.03;RPA=13,12;RU=A;SB=-8.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,29:38:80:575,80,0 chrXI 271769 . TA T 3180.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=295.2319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;MQRankSum=1.139;QD=17.10;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.925;SB=-1.530e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,151:186:99:3223,409,0 chrXI 277040 . 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G GA 1617.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;DP=104;FS=5.117;HaplotypeScore=40.9009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.570;QD=15.56;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.269;SB=-6.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,67:104:99:1660,150,0 chrXI 286448 . TAA T 440.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=30.1663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.65;MQ0=0;QD=22.05;RPA=15,13;RU=A;SB=-9.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:20:48:483,48,0 chrXI 302194 . G GAGTTTCTGATCCTCACTAA 6250 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=123.3529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.37;MQ0=0;QD=183.82;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,22:34:93:6250,93,0 chrXI 302611 . A AT 2287.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=28.7369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.03;MQ0=0;QD=24.60;RPA=5,6;RU=T;SB=-9.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,88:93:99:2330,253,0 chrXI 303807 . A AT 4458 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=56.0083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.86;MQ0=0;QD=25.47;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.962e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,164:175:99:4458,471,0 chrXI 307266 . CA C 2568.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.232;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=63.2338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.78;MQ0=0;MQRankSum=0.272;QD=17.13;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.098;SB=-1.274e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,126:150:99:2611,308,0 chrXI 307855 . G GC 4267 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=93.4432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.50;MQ0=0;QD=34.41;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.534e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,117:124:99:4267,349,0 chrXI 308133 . GA G 3093.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=53.9351;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=1.654;QD=21.34;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.159;SB=-1.241e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,137:145:99:3136,389,0 chrXI 308786 . TGCACC T 12826 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=328.0937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=65.44;RPA=2,1;RU=GCACC;SB=-5.914e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,188:196:99:12826,557,0 chrXI 309621 . A AT 1503.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=42.1115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=20.05;RPA=8,9;RU=T;SB=-6.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,63:75:99:1546,183,0 chrXI 309693 . GTT G 1742.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.674;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=125.6253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.323;QD=23.24;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.382;SB=-8.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,48:75:99:1785,173,0 chrXI 310035 . GA G 2838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=54.3907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=16.70;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.216e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,139:170:99:2881,368,0 chrXI 310563 . T TTAATAACAA 8543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=166.6889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.57;MQ0=0;QD=74.29;SB=-3.647e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,93:115:99:8543,268,0 chrXI 313387 . G GAAA 2773.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=298.5563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.90;MQ0=0;QD=49.53;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:56:99:2816,160,0 chrXI 314774 . CT C 2848.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=565.1898;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.33;MQ0=0;QD=29.37;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.033e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,91:97:99:2891,265,0 chrXI 315394 . TA T 1986.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=18.74;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,94:106:99:2029,249,0 chrXI 315610 . T TC 5138 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=555.8833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;QD=31.91;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.144e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,148:161:99:5138,448,0 chrXI 315776 . T TG 3648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.477;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=932.9150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.681;QD=27.02;ReadPosRankSum=1.590;SB=-1.364e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,111:135:99:3648,360,0 chrXI 315928 . TA T 2312.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=1404.6508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.91;MQ0=0;QD=18.80;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.115e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,100:123:99:2355,285,0 chrXI 316240 . CTT C 1009.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=424.7490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.38;MQ0=0;QD=25.25;RPA=10,8;RU=T;SB=-4.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,31:40:93:1052,93,0 chrXI 316288 . A AAAT 1373.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=568.6170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.77;MQ0=0;QD=33.51;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,28:41:99:1416,111,0 chrXI 316294 . AAG A 1207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.217;DP=42;FS=10.936;HaplotypeScore=586.5350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.41;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=28.76;ReadPosRankSum=0.920;SB=-4.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,33:42:63:1250,63,0 chrXI 316401 . TA T 1409.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=269.2701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.73;MQ0=0;QD=28.77;RPA=2,1;RU=A;SB=-5.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,43:49:99:1452,123,0 chrXI 317063 . T TTG 5843 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=381.8317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;QD=43.60;SB=-2.652e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,115:134:99:5843,358,0 chrXI 317104 . G GA 5225 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=494.4686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=26.93;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.930e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,179:194:99:5225,520,0 chrXI 320823 . GTTT G 321.49 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.194;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=45.1241;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.91;MQ0=0;MQRankSum=0.324;QD=4.23;RPA=20,17;RU=T;ReadPosRankSum=3.194;SB=-1.734e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,19:76:26:360,0,26 chrXI 320991 . A AAAGG 4986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=111.1464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=56.66;SB=-1.489e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,77:88:99:4986,244,0 chrXI 321747 . G GTT 3471 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=1233.3147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.15;MQ0=0;QD=25.90;RPA=9,11;RU=T;SB=-1.406e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,104:134:99:3471,318,0 chrXI 321765 . ACTGCACAGCTTGCTATCCCG A 8523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=551.8362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.79;MQ0=0;QD=83.56;RPA=2,1;RU=CTGCACAGCTTGCTATCCCG;SB=-4.121e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,39:102:99:8523,123,0 chrXI 322308 . AT A 2887.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=41.4982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.98;MQ0=0;QD=21.55;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.228e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,124:134:99:2930,342,0 chrXI 323140 . G GAATTATA 4421 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=397.1575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.09;MQ0=0;QD=71.31;SB=-1.953e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,56:62:99:4421,150,0 chrXI 325448 . ATT A 630.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=7.1975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=31.55;RPA=6,4;RU=T;SB=-3.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:54:673,54,0 chrXI 327725 . A AT 1962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;DP=144;FS=2.412;HaplotypeScore=451.2230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.448;QD=13.63;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.240;SB=-8.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,79:144:99:2005,221,0 chrXI 335103 . GA G 74.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=40.8383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=3.70;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.747;SB=-3.148e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,7:20:1:112,1,0 chrXI 335138 . A AT 293.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=90.1066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.76;MQ0=0;QD=26.72;SB=-1.139e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:11:30:336,30,0 chrXI 335175 . AGTTTT A 1552.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=62.8063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.80;MQ0=0;QD=57.52;RPA=2,1;RU=GTTTT;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:75:1595,75,0 chrXI 336362 . GTA G 2070.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=1;QD=26.21;RPA=6,5;RU=TA;SB=-8.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,65:78:99:2113,180,0 chrXI 337512 . TGGTTGC T 7441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1511.7283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.01;MQ0=0;QD=45.65;SB=-2.676e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,146:163:99:7441,422,0 chrXI 337592 . GGGA G 10711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;FS=0.000;HaplotypeScore=2264.3126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.31;MQ0=0;QD=53.56;SB=-2.764e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,166:200:99:10711,588,0 chrXI 338912 . G GTGAATATGT 8708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=196.6445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.65;MQ0=0;QD=95.69;SB=-2.426e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,69:91:99:8708,241,0 chrXI 339499 . TA T 2832.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=154.4845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=30.46;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.324e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,90:93:99:2875,253,0 chrXI 341027 . G GAA,GAAA 1873.14 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.091;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=55.9977;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.92;MQ0=0;MQRankSum=0.054;QD=17.84;RPA=11,13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-0.635;SB=-4.542e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:40,49,9:105:41:1950,173,41,953,0,873 chrXI 342592 . G GC 1339.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=124.3456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.89;MQ0=0;QD=28.51;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,43:47:99:1382,126,0 chrXI 345918 . G GA 2455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.471;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=50.7584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.97;MQ0=0;MQRankSum=0.439;QD=18.47;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.279;SB=-1.088e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,113:133:99:2498,237,0 chrXI 349220 . TC T 4221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=923.4628;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.57;MQ0=0;QD=25.90;SB=-1.686e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,138:163:99:4221,427,0 chrXI 351197 . CT C 895.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.639;DP=66;FS=6.991;HaplotypeScore=243.7715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=13.58;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.406;SB=-2.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,50:65:74:938,74,0 chrXI 353269 . TCTG T 7998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.771;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=618.3715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.03;MQ0=0;MQRankSum=-2.254;QD=44.43;RPA=2,1;RU=CTG;ReadPosRankSum=0.852;SB=-3.841e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,160:180:99:7998,388,0 chrXI 353289 . CT C 4473 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.536;DP=192;FS=0.000;HaplotypeScore=912.7246;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.097;QD=23.30;RPA=5,4;RU=T;ReadPosRankSum=-1.056;SB=-2.052e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,169:192:99:4473,435,0 chrXI 355184 . A AAAG 3433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.398;DP=106;FS=8.775;HaplotypeScore=137.1398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.21;MQ0=0;MQRankSum=1.216;QD=32.39;ReadPosRankSum=2.489;SB=-1.082e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:63,43:106:99:3433,233,0 chrXI 355272 . A AT 1723.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=36.3833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=22.68;RPA=6,7;RU=T;SB=-7.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,68:76:99:1766,198,0 chrXI 355968 . G GCA 6481 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=121.5326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.76;MQ0=0;QD=42.92;SB=-2.703e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,146:151:99:6481,436,0 chrXI 356100 . C CAACCG 8387 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=500.0964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.81;MQ0=0;QD=64.52;SB=-2.261e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,107:130:99:8387,349,0 chrXI 356150 . G GT 2198.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=903.3520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.88;MQ0=0;QD=20.55;RPA=7,8;RU=T;SB=-9.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,85:107:99:2241,262,0 chrXI 356443 . CT C 2162.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=211.5542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.39;MQ0=0;QD=19.84;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.076e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,94:109:99:2205,269,0 chrXI 356511 . CT C 1722.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.282;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=85.0882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.607;QD=19.80;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.472;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,74:87:99:1765,205,0 chrXI 356653 . C CTCT 5041 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=30.8498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=45.83;RPA=2,3;RU=TCT;SB=-2.462e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,107:110:99:5041,310,0 chrXI 357984 . TA T 777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=82.3996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;QD=13.19;RPA=11,10;RU=A;SB=-3.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,48:59:99:820,107,0 chrXI 358427 . AC A 2567.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.179;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=344.7571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.139;QD=24.69;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=1.215;SB=-1.065e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,77:104:99:2610,258,0 chrXI 358455 . CTTTT C 5056 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=219.5543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=45.14;RPA=12,8;RU=T;SB=-1.393e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,100:112:99:5056,283,0 chrXI 359572 . T TA 2338.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=196.7450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.80;MQ0=0;QD=22.28;RPA=5,6;RU=A;SB=-4.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,93:105:99:2381,261,0 chrXI 362447 . T TAGGAG 8773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=61.7887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.92;MQ0=0;QD=61.78;SB=-3.292e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,127:142:99:8773,382,0 chrXI 364329 . GAATATA G 851.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=48;FS=13.802;HaplotypeScore=36.7799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;MQRankSum=1.589;QD=17.75;ReadPosRankSum=-1.011;SB=-2.546e-03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,31:48:37:894,37,0 chrXI 364491 . GT G 722.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.328;DP=44;FS=15.682;HaplotypeScore=201.9270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;MQRankSum=1.639;QD=16.43;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.515;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,37:44:85:765,85,0 chrXI 371457 . G GTT 2228.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=232.2821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.01;MQ0=0;QD=22.07;RPA=11,13;RU=T;SB=-7.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,47:101:99:2271,222,0 chrXI 378945 . CAT C 735.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=267.2115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.90;MQ0=0;QD=17.95;RPA=8,7;RU=AT;SB=-3.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,23:41:69:778,69,0 chrXI 379079 . GC G 2461.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=472.2654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.64;MQ0=0;QD=32.83;SB=-7.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,66:75:99:2504,213,0 chrXI 379084 . A AAT 3110.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=429.5886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.41;MQ0=0;QD=41.48;SB=-8.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,62:75:99:3153,202,0 chrXI 379134 . A ATT 3499 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=580.5942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.27;MQ0=0;QD=43.74;RPA=1,3;RU=T;SB=-7.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,76:80:99:3499,235,0 chrXI 379623 . GC G 4985 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=1180.1669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.37;MQ0=0;QD=31.35;RPA=3,2;RU=C;SB=-2.236e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,148:159:99:4985,439,0 chrXI 382140 . G GGA 7703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=171.6470;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;MQ0=0;QD=31.31;RPA=5,6;RU=GA;SB=-2.817e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,193:246:99:7703,605,0 chrXI 382201 . AT A 4309 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.253;DP=241;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=415.2521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.656;QD=17.88;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.799;SB=-1.279e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,199:241:99:4309,514,0 chrXI 382541 . G GTAT 633.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=17.9889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=13.78;RPA=2,3;RU=TAT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,21:46:48:676,48,0 chrXI 382677 . GT G 406.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.40;MQ0=0;QD=13.13;RPA=12,11;RU=T;SB=-1.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:62:449,62,0 chrXI 385102 . T TC 931.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.775;DP=79;FS=6.746;HaplotypeScore=190.7883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=0.691;QD=11.80;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.314;SB=-1.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,57:79:99:974,138,0 chrXI 385420 . C CT 4896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=940.8341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.16;MQ0=0;QD=29.32;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.387e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,152:166:99:4896,460,0 chrXI 385574 . GTAA G 5190 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=268.9108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.33;MQ0=0;QD=42.20;RPA=2,1;RU=TAA;SB=-2.448e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,101:123:99:5190,316,0 chrXI 387148 . G GTGA 5265 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.062;DP=206;FS=0.000;HaplotypeScore=122.5080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=0.808;QD=25.56;RPA=10,11;RU=TGA;ReadPosRankSum=1.304;SB=-7.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:90,109:206:99:5265,226,0 chrXI 387215 . G GT 2192.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.758;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=588.5478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.37;MQ0=0;MQRankSum=1.596;QD=16.61;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.103;SB=-4.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,86:132:99:2235,221,0 chrXI 392468 . C CAT 399.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=23.1833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;QD=26.66;RPA=5,6;RU=AT;SB=-1.909e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,13:15:36:442,36,0 chrXI 393512 . GA G 2578.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=72.4195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=21.14;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.213e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,109:122:99:2621,306,0 chrXI 407997 . C CA 2890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=49.6505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=23.31;RPA=5,6;RU=A;SB=-7.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,111:124:99:2933,318,0 chrXI 408272 . TA T 4868 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=57.0986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=30.62;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.812e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,155:159:99:4868,445,0 chrXI 417276 . TC T 1983.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=118.4773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.82;MQ0=0;QD=24.19;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.008e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:82:99:2026,186,0 chrXI 427004 . CT C 2158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=301.4681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.16;MQ0=0;QD=18.94;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.036e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,94:114:99:2201,267,0 chrXI 427028 . AG A 3560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=236.3950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=31.79;SB=-1.501e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,108:112:99:3560,313,0 chrXI 427266 . GT G 4476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=54.2011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=32.67;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.998e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:137:99:4476,391,0 chrXI 428760 . T TAAAG 480.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=64.93;MQ0=0;QD=17.18;SB=-1.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,22:28:45:523,45,0 chrXI 429079 . AT A 2233.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.522;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=723.2937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.697;QD=19.26;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.542;SB=-8.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,106:115:99:2276,271,0 chrXI 430725 . CT C 3624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=182.7601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.03;MQ0=0;QD=18.97;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.320e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,170:191:99:3624,449,0 chrXI 431269 . A AT 3961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=645.8026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.52;MQ0=0;QD=39.22;SB=-1.119e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:101:99:3961,298,0 chrXI 431317 . TG T 204.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.848;DP=51;FS=6.182;HaplotypeScore=752.6135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.492;QD=4.02;ReadPosRankSum=4.550;SB=-1.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:51:99:244,0,100 chrXI 431319 . AAGCTTTTAAAATTG A 2421.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.307;DP=50;FS=7.354;HaplotypeScore=521.8348;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.470;QD=48.44;ReadPosRankSum=5.102;SB=-1.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:50:99:2461,0,196 chrXI 431507 . A AT 1461.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=542.7548;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.02;MQ0=0;QD=21.50;RPA=5,6;RU=T;SB=-3.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,57:68:99:1504,162,0 chrXI 432846 . GAAA G 2550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=52.9108;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=35.43;RPA=11,8;RU=A;SB=-5.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,66:71:99:2593,181,0 chrXI 438685 . C CT 648.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=1.271;QD=16.22;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.578;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,31:40:66:691,66,0 chrXI 439894 . G GA 3556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=695.6606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.81;MQ0=0;QD=25.40;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,123:140:99:3556,363,0 chrXI 439972 . AG A 1719.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=429.8008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=23.24;ReadPosRankSum=-1.679;SB=-2.430e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,56:74:99:1762,187,0 chrXI 440156 . TA T 160.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=38.9929;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.94;MQ0=0;QD=14.55;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,7:11:21:202,21,0 chrXI 450308 . TAA T 3685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=44.6596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=28.13;RPA=11,9;RU=A;SB=-1.317e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,114:131:99:3685,334,0 chrXI 451568 . GGAACAC G 13438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=216;FS=0.000;HaplotypeScore=87.3223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.38;MQ0=0;QD=62.21;RPA=2,1;RU=GAACAC;SB=-4.944e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,187:216:99:13438,539,0 chrXI 454128 . A ACC 2859.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=20.9716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=39.72;RPA=1,3;RU=C;SB=-1.290e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,66:72:99:2902,196,0 chrXI 458672 . A ATT 1243.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=52.4986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.68;MQ0=0;QD=27.04;RPA=4,6;RU=T;SB=-3.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,42:46:99:1286,105,0 chrXI 461467 . C CT 2498.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.122;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=410.0719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.157;QD=21.92;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.627;SB=-1.049e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,96:114:99:2541,272,0 chrXI 463841 . AT A 2361.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.095;DP=156;FS=9.920;HaplotypeScore=554.1521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.519;QD=15.14;ReadPosRankSum=6.792;SB=-1.008e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,117:156:96:2404,96,0 chrXI 463843 . AT A 2431.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.676;DP=153;FS=9.837;HaplotypeScore=557.7381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=15.90;ReadPosRankSum=6.425;SB=-1.003e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,117:153:99:2474,169,0 chrXI 464456 . A AACT 6969 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;DP=250;DS;FS=2.043;HaplotypeScore=1762.7221;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.429;QD=27.88;RPA=3,4;RU=ACT;ReadPosRankSum=-2.677;SB=-3.073e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,142:250:99:6969,0,1595 chrXI 465041 . T TTA 1422.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=106.0330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.47;MQ0=0;QD=26.35;RPA=2,3;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,40:54:99:1465,111,0 chrXI 465117 . C CAT 826.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=60.9075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.20;MQ0=0;QD=33.08;RPA=1,2;RU=AT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,20:25:60:869,60,0 chrXI 466696 . T TTTG 8314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=120.2824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=46.71;RPA=1,2;RU=TTG;SB=-3.845e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,164:178:99:8314,485,0 chrXI 468862 . 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AT A 1377.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=26.2383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=19.41;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,67:71:99:1420,177,0 chrXI 489841 . TA T 1518.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=367.7408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.237;QD=14.75;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.300;SB=-6.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,76:103:99:1561,186,0 chrXI 489987 . TATTACTAATC T 6876 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=1078.3114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.01;MQ0=0;QD=82.84;SB=-1.783e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,54:83:99:6876,240,0 chrXI 490002 . TCTATTAC T 4589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=1035.8102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.82;MQ0=0;QD=84.98;SB=-1.042e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:4589,163,0 chrXI 490239 . T TA 2613.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=480.2998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.31;MQ0=0;QD=33.09;SB=-1.184e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,70:79:99:2656,210,0 chrXI 490453 . C CTA 4505 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=230.5411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=38.84;RPA=1,2;RU=TA;SB=-1.848e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,100:116:99:4505,301,0 chrXI 493667 . CA C 2271.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=458.2227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;QD=28.05;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.124e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,72:81:99:2314,208,0 chrXI 493698 . C CTGTGTG 5281 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=313.6411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=1;QD=58.68;RPA=6,9;RU=TG;SB=-2.217e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,66:89:99:5281,226,0 chrXI 495887 . T TACA 8326 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=284.1507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=50.46;SB=-3.233e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,158:165:99:8326,455,0 chrXI 506763 . T TGCGTTC 10384 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=494.8858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.38;MQ0=0;QD=78.67;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,106:132:99:10384,373,0 chrXI 506842 . G GT 1297.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=140.0430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=20.28;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,53:64:99:1340,135,0 chrXI 509743 . A AATATGC 15221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=205;FS=0.000;HaplotypeScore=552.8511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;QD=74.25;SB=-6.408e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,187:205:99:15221,569,0 chrXI 510240 . CGTCTACATT C 14547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=234.4268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.54;MQ0=0;QD=94.46;SB=-7.149e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,138:154:99:14547,412,0 chrXI 513592 . A AT 813.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=334.7009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.50;MQ0=0;QD=26.26;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,25:31:72:856,72,0 chrXI 513682 . AT A 1079.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=335.6771;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=26.34;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:41:99:1122,120,0 chrXI 513774 . C CT 2517.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=227.3250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.03;MQ0=0;QD=28.94;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,82:87:99:2560,238,0 chrXI 514494 . C CT 4060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.959;DP=219;FS=9.950;HaplotypeScore=641.3251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.42;MQ0=0;MQRankSum=1.489;QD=18.54;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.637;SB=-1.821e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,173:219:99:4060,418,0 chrXI 514543 . GATATTTTTATTAATAATTATTATTTATTTTTTTTTAT G 22789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=380.6209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.43;MQ0=0;QD=147.03;SB=-9.486e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:91,62:155:99:22789,199,0 chrXI 517165 . A AT 1859.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=270.7864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.40;MQ0=0;QD=26.57;RPA=4,5;RU=T;SB=-3.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,66:70:99:1902,198,0 chrXI 517279 . T TC 3159.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=139.3826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.90;MQ0=0;QD=28.99;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.279e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,104:109:99:3202,301,0 chrXI 518060 . A AT 1617.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=403.4942;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.93;MQ0=0;QD=19.73;RPA=4,5;RU=T;SB=-5.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,59:82:99:1660,177,0 chrXI 518072 . CTTTTT C 3610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=336.1941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.58;MQ0=0;QD=45.13;RPA=13,8;RU=T;SB=-1.455e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,57:80:99:3610,195,0 chrXI 519367 . G GAAA 1188.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=171.2577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=18.87;RPA=12,15;RU=A;SB=-5.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,30:63:99:1231,108,0 chrXI 519811 . TTCC T 10082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=547.7613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.98;MQ0=0;QD=40.33;RPA=2,1;RU=TCC;SB=-4.096e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,230:248:99:10082,632,0 chrXI 523649 . T TTGTTGCTGC 16007 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=202.3154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.58;MQ0=0;QD=65.07;RPA=2,3;RU=TGTTGCTGC;SB=-4.867e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,189:246:99:16007,562,0 chrXI 525240 . ATTG A 2738.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=308.8128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.09;MQ0=0;QD=42.14;SB=-7.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,58:65:99:2781,174,0 chrXI 525308 . T TATATATAC 2506.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=229.1838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.90;MQ0=0;QD=55.71;SB=-9.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,16:45:99:2549,105,0 chrXI 530616 . A AG 1454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=53;FS=3.195;HaplotypeScore=144.4401;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.20;MQ0=0;MQRankSum=0.938;QD=27.45;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=-0.072;SB=-6.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,48:53:99:1497,136,0 chrXI 530688 . GAA G 2456.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=60.4295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=34.61;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.101e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,65:71:99:2499,190,0 chrXI 532442 . TGCAGCAACAAAAGTGGCAGCA T 15896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=109.7327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.49;MQ0=0;QD=180.64;SB=-3.838e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,77:88:99:15896,226,0 chrXI 549470 . 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GA G 854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=122.2702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=15.00;RPA=10,9;RU=A;SB=-3.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,40:56:99:897,116,0 chrXI 561766 . T TATC 5833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.786;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=400.2705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=1.126;QD=30.86;RPA=4,5;RU=ATC;ReadPosRankSum=-0.489;SB=-1.845e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,121:189:99:5833,314,0 chrXI 565205 . A AT 3080.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=180.7124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=28.01;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.438e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,104:110:99:3123,295,0 chrXI 565270 . T TAA 2948.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=276.8406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.58;MQ0=0;QD=36.41;SB=-1.080e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,64:81:99:2991,229,0 chrXI 570166 . TA T 1100.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=17.5084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=16.94;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,55:65:99:1143,146,0 chrXI 570304 . GA G 1449.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.82;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=18.35;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.199;SB=-4.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,70:79:99:1492,169,0 chrXI 571235 . TA T 2687.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=975.9131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.74;MQ0=0;QD=32.39;RPA=3,2;RU=A;SB=-8.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:83:99:2730,247,0 chrXI 574798 . TA T 2086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=405.0484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;QD=21.30;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,90:98:99:2129,252,0 chrXI 576163 . GA G 1629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=77.4244;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=24.70;RPA=5,4;RU=A;SB=-6.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:66:99:1672,180,0 chrXI 576537 . GTCGTCATCGTCA G 7410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.108;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=1033.3347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.98;MQ0=0;MQRankSum=1.277;QD=40.05;ReadPosRankSum=-0.065;SB=-2.432e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,167:185:99:7410,460,0 chrXI 580899 . ATG A 44.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;DP=11;FS=13.222;HaplotypeScore=41.6199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.729;QD=4.09;ReadPosRankSum=-2.219;SB=-1.150e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:29:84,0,29 chrXI 580931 . C CT 370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=24.4967;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.02;MQ0=0;QD=21.82;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:45:413,45,0 chrXI 581078 . G GA 143.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=99.9250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=5.33;RPA=13,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.182;SB=-2.225e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,9:27:3:183,3,0 chrXI 581483 . GT G 4592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=637.9074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.70;MQ0=0;QD=32.11;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.539e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,138:143:99:4592,400,0 chrXI 581891 . C CT 1384.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.540;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=803.2489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=13.99;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.866;SB=-6.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,70:99:79:1427,79,0 chrXI 589673 . A AT 2468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=61.8912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.060;QD=21.66;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.661;SB=-1.249e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,102:114:99:2511,273,0 chrXI 608511 . GT G 3414 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=589.2655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.47;MQ0=0;QD=31.61;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.228e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,104:108:99:3414,307,0 chrXI 608556 . GT G 2973.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=600.4033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.62;MQ0=0;QD=33.04;SB=-4.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:90:99:3016,232,0 chrXI 612405 . T TA 198.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=18.4623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.44;MQ0=0;QD=6.03;RPA=11,12;RU=A;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,17:33:32:241,32,0 chrXI 613087 . C CAGA 6632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=296.4085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=40.44;RPA=2,3;RU=AGA;SB=-3.285e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,137:164:99:6632,400,0 chrXI 613648 . ATG A 4089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.975;DP=153;FS=1.689;HaplotypeScore=1380.5858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.365;QD=26.73;ReadPosRankSum=3.434;SB=-1.481e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,122:153:99:4089,314,0 chrXI 613651 . AT A 2468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-4.653;DP=157;FS=33.710;HaplotypeScore=1689.1950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.28;MQ0=0;MQRankSum=2.833;QD=15.73;ReadPosRankSum=6.882;SB=-8.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,122:157:99:2511,225,0 chrXI 613697 . G GTCA 9193 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=2253.4629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.58;MQ0=0;QD=51.36;SB=-4.504e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,112:179:99:9193,514,0 chrXI 613699 . TG T 255.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.253;DP=170;FS=2.655;HaplotypeScore=3031.6500;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.566;QD=1.51;ReadPosRankSum=6.566;SB=-1.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,47:170:44:295,0,44 chrXI 613701 . CTGCTGCTGCT C 2505.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.440;DP=180;FS=4.676;HaplotypeScore=2895.6671;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.33;MQ0=0;MQRankSum=0.856;QD=13.92;ReadPosRankSum=-1.242;SB=-1.094e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:133,19:180:99:2545,0,3473 chrXI 613703 . G GTCA 8532 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.363;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=2326.4609;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.49;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=46.88;ReadPosRankSum=2.928;SB=-4.029e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:64,106:182:99:8525,481,0 chrXI 613784 . G GGAC 6442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.337;DP=202;FS=0.000;HaplotypeScore=785.4161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.22;MQ0=0;MQRankSum=0.219;QD=31.89;ReadPosRankSum=-1.475;SB=-1.469e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,172:202:99:6442,510,0 chrXI 615683 . AT A 1014.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7883;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.32;MQ0=0;QD=13.90;RPA=11,10;RU=T;SB=-1.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,66:73:99:1057,140,0 chrXI 617557 . CTTT CT,C 156.37 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.696;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=315.4876;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=40.70;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=2.61;RPA=20,18,17;RU=T;ReadPosRankSum=1.991;SB=-5.094e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:39,0,7:60:46:234,64,46,77,0,104 chrXI 618466 . AT A 2935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=84.0225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;QD=21.59;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.269e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,126:136:99:2978,339,0 chrXI 618691 . T TA 5965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=337.4395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=32.96;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.116e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,172:181:99:5965,494,0 chrXI 618946 . GAAAA G 5043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=155.9429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=35.51;RPA=14,10;RU=A;SB=-2.147e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,106:142:99:5043,310,0 chrXI 625924 . TG T 4102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=140.5649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=30.39;RPA=3,2;RU=G;SB=-2.018e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,131:135:99:4102,364,0 chrXI 626218 . C CCA 5821 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=297.8551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=1;QD=40.99;SB=-1.832e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,132:141:99:5821,397,0 chrXI 626765 . C CA 3875 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=37.8721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=35.88;SB=-1.834e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:108:99:3875,307,0 chrXI 627471 . GACAATAACAATAATAACAACGACGACA G 21483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=51.9905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.82;MQ0=0;QD=138.60;SB=-7.862e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,143:154:99:21483,412,0 chrXI 631098 . TA T 1099.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.316;DP=81;FS=16.568;HaplotypeScore=64.1815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;MQRankSum=0.211;QD=13.58;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-2.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,63:81:99:1142,100,0 chrXI 638298 . C CG 4327 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=53.9398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.47;MQ0=0;QD=28.66;RPA=1,2;RU=G;SB=-7.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,147:151:99:4327,388,0 chrXI 638422 . AT A 594.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.172;DP=80;FS=6.475;HaplotypeScore=205.7237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.90;MQ0=0;MQRankSum=0.954;QD=7.43;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.867;SB=-3.042e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,37:80:8:635,8,0 chrXI 642822 . AT A 2612.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=520.5987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;QD=34.38;SB=-7.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:76:99:2655,226,0 chrXI 642846 . A AT 3354 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=445.9862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=36.86;SB=-9.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,85:91:99:3354,256,0 chrXI 643022 . C CA 2903.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=221.2866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.72;MQ0=0;QD=25.93;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.305e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,100:112:99:2946,292,0 chrXI 643871 . TTACTCCCGGTG T 8251 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=296.4745;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.83;MQ0=0;QD=93.76;SB=-4.066e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,69:88:99:8251,205,0 chrXI 644727 . ATT A 3362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=116.7281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=0.219;QD=25.47;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.589;SB=-1.367e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,108:132:99:3362,306,0 chrXI 645204 . CA C 764.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;DP=96;FS=1.710;HaplotypeScore=138.9203;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=0.839;QD=7.97;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=1.252;SB=-4.035e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,40:96:33:807,33,0 chrXI 647317 . GT G 267.42 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=468.0216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.84;MQ0=0;MQRankSum=1.240;QD=5.57;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.240;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,20:38:7:308,7,0 chrXI 647320 . A ACC 284.24 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=294.6797;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.02;MQ0=0;MQRankSum=1.203;QD=13.54;ReadPosRankSum=-0.401;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,20:13:9:323,0,9 chrXI 647323 . TG T 302.50 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=293.1058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.02;MQ0=0;MQRankSum=1.203;QD=14.40;ReadPosRankSum=0.401;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:13:2:341,2,0 chrXI 648043 . C CTAG 743.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.100;DP=74;DS;FS=40.599;HaplotypeScore=641.8207;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.59;MQ0=23;MQRankSum=2.833;QD=10.05;ReadPosRankSum=-1.856;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,15:42:57:783,0,57 chrXI 649942 . TTTAC T 4773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=105.0767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=54.24;SB=-6.680e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,82:88:99:4773,235,0 chrXI 650625 . A AT 4887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=377.0204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=38.18;SB=-2.376e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,124:128:99:4887,367,0 chrXI 651317 . G GA 2874.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=134.5538;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=25.44;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.159e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,109:113:99:2917,303,0 chrXI 652114 . T TA 2991.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=64.8283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.71;MQ0=0;QD=26.02;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.296e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,113:115:99:3034,304,0 chrXI 652349 . AT A 987.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=247.3607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;QD=17.33;RPA=10,9;RU=T;SB=-4.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,46:57:99:1030,131,0 chrXI 658095 . C CAAAA 959.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=150.1414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.62;MQ0=0;QD=28.23;RPA=10,14;RU=A;SB=-4.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,17:34:60:1002,60,0 chrXI 661186 . AT A 800.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=187.6074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.61;MQ0=10;QD=17.41;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:35:99:843,105,0 chrXI 662505 . AT A 1785.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=146.3640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.39;MQ0=44;QD=14.40;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,104:77:99:1828,207,0 chrXI 663384 . TA T 2935.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=759.7056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.37;MQ0=7;QD=18.35;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,153:116:99:2978,324,0 chrXI 663641 . G GGA 305.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=67.4581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.62;MQ0=16;QD=5.77;SB=-1.450e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,43:25:38:348,38,0 chrXI 664001 . TTGC T 2153.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=121.6884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.74;MQ0=36;QD=23.41;RPA=2,1;RU=TGC;SB=-7.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,80:52:99:2196,126,0 chrXI 664634 . G GATA 203.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=123.0767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.85;MQ0=7;QD=5.64;RPA=1,2;RU=ATA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,16:27:21:245,21,0 chrXI 666245 . AG A 184.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=158.2461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.00;MQ0=0;QD=30.68;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:226,18,0 chrXI 666541 . A AG 128.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=183.6643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.17;MQ0=0;QD=21.37;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:5:15:170,15,0 chrXI 666552 . G GT 184.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=214.9350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.96;MQ0=0;QD=26.30;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:6:18:226,18,0 chrXI 666556 . GT G 190.10 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=212.2740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.96;MQ0=0;QD=27.16;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18:232,18,0 chrXI 666564 . T TTC 132.97 SnpCluster;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=241.6306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.02;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=16.62;ReadPosRankSum=0.742;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:7:27:172,0,27 chrXI 666565 . GT G 108.09 SnpCluster;filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=244.6053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.02;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=13.51;ReadPosRankSum=0.742;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,6:7:5:148,5,0 chrXI 666606 . GT G 168.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.739;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=125.2265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.55;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=12.00;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=-1.739;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,5:12:21:210,21,0 chrXII 11252 . A AC 26.98 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.134;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=136.8774;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.80;MQ0=2;MQRankSum=0.600;QD=1.04;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=0.929;SB=-1.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,6:22:66:66,0,113 chrXII 17927 . C CCAT 4201 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=629.4405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.73;MQ0=0;QD=44.22;RPA=1,2;RU=CAT;SB=-1.932e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,82:95:99:4201,247,0 chrXII 19914 . CTTTT C 1432.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.987;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=242.4589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.114;QD=22.75;RPA=16,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.541;SB=-1.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,36:63:76:1475,76,0 chrXII 20609 . TG T 2420.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=292.1858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.36;MQ0=0;QD=22.63;SB=-1.061e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,88:107:99:2463,268,0 chrXII 20975 . TA T 600.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=153.0061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.61;MQ0=0;QD=20.72;SB=-8.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:86:643,86,0 chrXII 22811 . GATTTCTTC G 11325 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=66.6024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=78.10;RPA=2,1;RU=ATTTCTTC;SB=-5.500e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,125:145:99:11325,373,0 chrXII 23075 . TCTG T 6021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=234.1259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=45.61;SB=-2.979e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,127:132:99:6021,370,0 chrXII 27269 . G GGCCAAGA 10317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=53.9790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.87;MQ0=0;QD=75.31;RPA=1,2;RU=GCCAAGA;SB=-4.692e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,116:137:99:10317,355,0 chrXII 28479 . TAGTAATCATATCTTCAGGAAAGCCAAGAACTAATGGCAAA T 6652 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=20.8775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.83;MQ0=0;QD=144.61;SB=-3.285e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:46:57:6652,57,0 chrXII 29497 . ACATCCGAGTTCAG A 16997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=62.2002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.98;MQ0=0;QD=87.61;SB=-7.394e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,162:194:99:16997,463,0 chrXII 29739 . GA G 1870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;DP=128;FS=3.047;HaplotypeScore=372.3440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.096;QD=14.62;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.529;SB=-9.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,113:128:99:1913,251,0 chrXII 31974 . TC T 1264.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;DP=94;FS=140.373;HaplotypeScore=1090.4169;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.589;QD=13.46;ReadPosRankSum=1.937;SB=-1.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,43:94:99:1304,0,108 chrXII 31982 . AGC A 1627.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.172;DP=95;FS=170.725;HaplotypeScore=1058.5464;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.381;QD=17.14;ReadPosRankSum=1.738;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,43:95:99:1667,0,2120 chrXII 32015 . AC A 1926.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=439.9161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.20;MQ0=0;QD=33.22;SB=-1.370e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:1969,169,0 chrXII 32329 . AAT A 2902.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=180.2620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=1;QD=35.84;SB=-1.222e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,78:80:99:2945,231,0 chrXII 35378 . C CA 1098.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.308;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=78.3966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.595;QD=15.70;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.880;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,50:70:99:1141,135,0 chrXII 35406 . G GA 465.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=128.8159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=11.65;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,24:40:57:508,57,0 chrXII 36038 . G GAAACACCAGCA 15716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=70.3116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.16;MQ0=0;QD=103.39;SB=-6.558e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,119:152:99:15716,400,0 chrXII 36595 . C CTT 1365.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=70.8127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=18.97;RPA=12,14;RU=T;SB=-6.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,31:72:99:1408,144,0 chrXII 36661 . AG A 1961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=228.6098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.98;MQ0=0;QD=27.25;SB=-7.720e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:72:99:2004,213,0 chrXII 36722 . GGAA G 2882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=285.5483;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;QD=47.26;SB=-1.231e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,52:61:99:2925,175,0 chrXII 41223 . CATATATATATATATATATAT C 1003.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=59.6352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.98;MQ0=0;QD=50.15;RPA=19,9;RU=AT;SB=-2.109e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,6:20:21:1045,21,0 chrXII 46573 . C CA 661.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.932;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=110.5998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.785;QD=16.15;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.073;SB=-3.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,31:41:53:704,53,0 chrXII 46703 . AT A 939.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=138.1167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=12.37;RPA=12,11;RU=T;SB=-4.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,62:76:99:982,156,0 chrXII 47551 . TG T 1951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.957;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=416.5412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.310;QD=23.24;ReadPosRankSum=2.265;SB=-9.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,73:84:99:1994,218,0 chrXII 47553 . TATG T 3062.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=305.3554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=1.597;QD=36.90;ReadPosRankSum=1.687;SB=-1.490e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,73:83:99:3105,216,0 chrXII 47716 . AC A 1822.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=211.5005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;QD=27.21;RPA=3,2;RU=C;SB=-6.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:1865,189,0 chrXII 48673 . TA T 759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.429;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=113.0188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.895;QD=9.62;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.429;SB=-3.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,51:79:94:802,94,0 chrXII 48811 . C CAA 1185.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=89.4258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=28.24;RPA=8,10;RU=A;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,33:42:99:1228,108,0 chrXII 50099 . CAAT C 2508.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=268.4675;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=1;QD=23.89;RPA=6,5;RU=AAT;SB=-1.201e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,58:99:99:2551,184,0 chrXII 50123 . TAAC T 3608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=354.2024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.74;MQ0=1;QD=35.72;RPA=5,4;RU=AAC;SB=-1.431e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,88:95:99:3608,250,0 chrXII 52027 . T TAC 612.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=34.2288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.51;MQ0=0;QD=21.89;SB=-3.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:28:48:655,48,0 chrXII 52618 . CT C 529.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=62.6232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.60;MQ0=0;QD=10.19;RPA=15,14;RU=T;SB=-1.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,36:52:99:572,99,0 chrXII 53039 . AAAT A 3498 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=299.0847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.64;MQ0=0;QD=33.96;RPA=5,4;RU=AAT;SB=-1.429e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,90:103:99:3498,262,0 chrXII 63802 . GT G 2724.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=351.6963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=0;QD=26.46;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.341e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,92:103:99:2767,265,0 chrXII 63982 . CAAA C 2592.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=159.5661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=26.19;RPA=15,12;RU=A;SB=-1.089e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,68:98:99:2635,223,0 chrXII 65534 . A ATT 1597.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=370.4175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.48;MQ0=0;QD=17.37;RPA=11,13;RU=T;SB=-7.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,35:92:99:1640,180,0 chrXII 66619 . C CTT 2835.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.430;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=356.0377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;MQRankSum=0.590;QD=15.84;RPA=13,15;RU=T;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-1.335e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:101,61:176:99:2878,285,0 chrXII 77053 . ATT A 674.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=61.0037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.33;MQ0=0;QD=28.12;RPA=5,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,21:24:60:717,60,0 chrXII 80216 . CT C 1060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=48.7430;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.03;MQ0=0;QD=17.68;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,54:60:99:1103,157,0 chrXII 81192 . TC T 1919.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=406.1030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=25.60;RPA=4,3;RU=C;SB=-5.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,68:75:99:1962,198,0 chrXII 81387 . TA T 1646.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=211.5012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.50;MQ0=1;QD=14.97;RPA=11,10;RU=A;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,60:109:99:1689,262,0 chrXII 81402 . T TA 1704.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;DP=121;FS=2.349;HaplotypeScore=243.2659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=1;MQRankSum=0.038;QD=14.09;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-2.013;SB=-7.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:68,51:120:99:1747,193,0 chrXII 83835 . AT A 3776 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=40.8811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=29.73;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.315e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,123:127:99:3776,346,0 chrXII 84299 . GA G 885.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.866;DP=215;FS=14.433;HaplotypeScore=1676.4955;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.70;MQ0=0;MQRankSum=-5.704;QD=4.12;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=0.442;SB=-2.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:159,54:215:99:925,0,4706 chrXII 84328 . C CGGAA 4484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.694;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=2829.4479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.239;QD=27.18;RPA=4,5;RU=GGAA;ReadPosRankSum=0.580;SB=-1.594e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:89,74:165:99:4484,239,0 chrXII 84519 . CT C 1202.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;DP=105;FS=5.172;HaplotypeScore=257.0319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.98;MQ0=0;MQRankSum=1.389;QD=11.46;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.402;SB=-4.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,77:105:99:1245,127,0 chrXII 84759 . C CT 2629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.072;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=73.0243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.566;QD=16.75;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.118;SB=-1.202e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,118:157:99:2672,218,0 chrXII 86634 . TG T 2845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=98.5128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=35.14;SB=-8.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:2888,232,0 chrXII 86724 . TAAAA T 789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.341;DP=34;FS=5.441;HaplotypeScore=145.5201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;MQRankSum=0.400;QD=23.23;RPA=17,13;RU=A;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-2.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,14:34:33:832,33,0 chrXII 86842 . ATT A 1326.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=138.0212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=0;QD=24.13;RPA=11,9;RU=T;SB=-5.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,46:55:99:1369,138,0 chrXII 86967 . A AG 2563.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=29.7159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;QD=30.16;RPA=1,2;RU=G;SB=-8.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,81:85:99:2606,226,0 chrXII 91515 . ATGGACAAAAAAGTCCAC A 7996 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=423.5609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.57;MQ0=0;QD=112.62;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,44:71:99:7996,132,0 chrXII 95236 . TTAA T 704.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=35.9983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=33.57;RPA=2,1;RU=TAA;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,17:21:48:747,48,0 chrXII 95382 . AT A 35.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=12.4454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=7.10;RPA=11,10;RU=T;SB=-3.675e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12:77,12,0 chrXII 97490 . TA T 3716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=357.8729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=23.97;RPA=3,2;RU=A;SB=-9.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,137:155:99:3716,373,0 chrXII 99028 . A AT 4212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=56.1482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;QD=25.53;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.720e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,157:165:99:4212,442,0 chrXII 100550 . 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CT C 1954.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=186.4475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.11;MQ0=0;QD=16.57;RPA=7,6;RU=T;SB=-7.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,103:118:99:1997,266,0 chrXII 111810 . A AC 4243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=913.5259;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.96;MQ0=0;QD=37.22;SB=-1.182e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,108:113:99:4243,328,0 chrXII 111822 . AG A 2996.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=1071.2835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.41;MQ0=0;QD=25.62;SB=-7.200e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,105:117:99:3039,330,0 chrXII 111826 . T TC 3526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=1033.2319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.03;MQ0=0;QD=29.63;SB=-8.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,107:119:99:3526,343,0 chrXII 112010 . G GTA 2884.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=528.1222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.67;MQ0=0;QD=44.38;SB=-1.431e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:65:99:2927,175,0 chrXII 112163 . CAT C 3198.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=593.1613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.05;MQ0=0;QD=31.36;RPA=2,1;RU=AT;SB=-1.536e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,86:102:99:3241,256,0 chrXII 112176 . GAAA G 1887.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=769.5849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.46;MQ0=0;QD=20.98;RPA=14,11;RU=A;SB=-6.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,49:90:99:1930,161,0 chrXII 112502 . CT C 2806.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=688.6828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.87;MQ0=0;QD=22.28;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.220e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,117:126:99:2849,344,0 chrXII 121962 . TCAAAATAAAA T 4873 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2572;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.52;MQ0=0;QD=87.02;RPA=2,1;RU=CAAAATAAAA;SB=-2.128e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,42:56:99:4873,132,0 chrXII 123500 . T TTGC 5804 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.371;DP=186;FS=1.850;HaplotypeScore=1304.2095;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;MQRankSum=2.056;QD=31.20;ReadPosRankSum=1.155;SB=-2.195e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:84,100:186:99:5804,227,0 chrXII 123506 . C CTGT 6224 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.331;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=1228.7440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.28;MQ0=0;MQRankSum=1.434;QD=32.93;RPA=1,2;RU=TGT;ReadPosRankSum=3.621;SB=-2.411e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,144:189:99:6224,0,204 chrXII 124230 . T TCATTGC 11982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=68.3976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.19;MQ0=0;QD=66.20;RPA=1,2;RU=CATTGC;SB=-4.050e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,163:181:99:11982,490,0 chrXII 124791 . CTT C 7157 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=49.0092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=43.91;SB=-3.022e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,162:163:99:7157,469,0 chrXII 124986 . GTT G 3065.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;DP=131;FS=3.573;HaplotypeScore=47.0640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.858;QD=23.40;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.599;SB=-1.378e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,115:131:99:3108,315,0 chrXII 127407 . A AT 2390.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=283.5393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.09;MQ0=0;QD=22.77;RPA=7,8;RU=T;SB=-6.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,102:105:99:2433,285,0 chrXII 129226 . G GA 1029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DP=69;FS=9.369;HaplotypeScore=64.2954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.95;MQ0=0;MQRankSum=0.470;QD=14.93;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.411;SB=-3.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,52:69:99:1072,105,0 chrXII 130928 . GA G 2525.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=592.1283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.59;MQ0=0;QD=17.30;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,128:146:99:2568,357,0 chrXII 132244 . AGAAGAAGAG A 11489 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.926;DP=200;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=721.2839;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.08;MQ0=1;MQRankSum=-0.886;QD=57.45;ReadPosRankSum=0.745;SB=-5.667e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,181:195:99:11489,500,0 chrXII 136433 . AT A 2822.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=253.2809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;QD=17.75;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.387e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,138:159:99:2865,371,0 chrXII 137012 . AAAG A 6855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=54.8802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=40.56;SB=-2.773e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,164:169:99:6855,451,0 chrXII 137918 . AT A 2789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=33.8329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;QD=23.25;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.148e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,117:120:99:2832,344,0 chrXII 140694 . GA G 876.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=81.6856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.05;MQ0=0;QD=14.86;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,51:59:99:919,134,0 chrXII 143036 . C CTAT 1122.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=180.7033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.619;QD=24.95;RPA=6,7;RU=TAT;ReadPosRankSum=-1.114;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,27:45:42:1165,42,0 chrXII 150863 . TA T 128.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=124.6712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.07;MQ0=0;QD=8.54;RPA=6,5;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,9:15:21:170,21,0 chrXII 150978 . T TC 1196.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=307.6053;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.10;MQ0=0;QD=31.50;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,35:38:99:1239,105,0 chrXII 151141 . ATTTG A 4631 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=349.6694;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=48.75;RPA=2,1;RU=TTTG;SB=-1.105e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,90:95:99:4631,256,0 chrXII 154281 . CG C 3128.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=185.0528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=30.68;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.246e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:102:99:3171,289,0 chrXII 157591 . ACGTCAT A 8973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=377.8574;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.64;MQ0=0;QD=63.64;RPA=2,1;RU=CGTCAT;SB=-3.479e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,131:141:99:8973,376,0 chrXII 161651 . TAA T 400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=70.0813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.75;MQ0=0;QD=17.43;RPA=16,14;RU=A;SB=-1.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,15:23:48:443,48,0 chrXII 169669 . GAATA G 8385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=202;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=713.8029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.65;MQ0=0;QD=41.51;RPA=2,1;RU=AATA;SB=-1.890e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,171:202:99:8385,484,0 chrXII 169774 . GAGTACAA G 6103 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=250.6821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=62.92;RPA=2,1;RU=AGTACAA;SB=-1.831e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,77:97:99:6103,223,0 chrXII 169862 . AT A 2036.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=144.9111;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=32.33;RPA=2,1;RU=T;SB=-5.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2079,183,0 chrXII 170280 . A AT 3079.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=221.4554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=26.10;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.069e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,110:118:99:3122,313,0 chrXII 170322 . A AT 2587.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=369.1698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=24.19;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.215e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,97:107:99:2630,279,0 chrXII 170691 . ATATATATATATATG A 2749.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=16.8274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.48;MQ0=0;QD=110.00;SB=-8.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,17:25:66:2792,66,0 chrXII 170795 . A AGTGCCAGGTGGC 4854 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=149.0989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.88;MQ0=0;QD=79.57;RPA=1,2;RU=GTGCCAGGTGGC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,42:61:99:4854,126,0 chrXII 171934 . CA C 2260.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=253.4641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=27.91;SB=-7.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:81:99:2303,228,0 chrXII 172018 . AATATATATATATATATATAT A 9089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=225.3571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.49;MQ0=0;QD=165.25;RPA=16,6;RU=AT;SB=-4.110e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,45:55:99:9089,141,0 chrXII 181518 . AC A 1283.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=105.0402;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;QD=22.14;RPA=8,7;RU=C;SB=-7.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,52:58:99:1326,150,0 chrXII 185198 . CT C 795.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=13.1385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.00;MQ0=0;QD=17.30;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:838,122,0 chrXII 187137 . AT A 3403 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=40.6719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.72;MQ0=0;QD=26.18;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.576e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,126:129:99:3403,334,0 chrXII 193400 . C CT 949.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;DP=61;FS=5.485;HaplotypeScore=116.2134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=15.57;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.662;SB=-4.299e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,47:61:72:992,72,0 chrXII 195201 . GAA G 2863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=31.0925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=25.80;RPA=10,8;RU=A;SB=-1.208e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,99:111:99:2906,285,0 chrXII 195306 . CT C 1078.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=28.1224;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;QD=14.20;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,62:76:99:1121,166,0 chrXII 196591 . ATT A 800.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=100.1807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.88;MQ0=0;QD=15.11;RPA=15,13;RU=T;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,30:53:93:843,93,0 chrXII 196749 . 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AAGAAT A 9418 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=1055.5644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.95;MQ0=0;QD=58.50;SB=-3.037e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,158:161:99:9418,460,0 chrXII 202974 . AC A 3986 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=1048.8804;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.89;MQ0=0;QD=29.53;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.752e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,129:135:99:3986,367,0 chrXII 204055 . A AT 3332 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=63.8238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=27.54;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.541e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,81:121:99:3332,324,0 chrXII 204794 . AT A 2175.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=348.5275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.65;MQ0=0;QD=22.90;RPA=4,3;RU=T;SB=-9.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,90:95:99:2218,264,0 chrXII 205123 . GA G 1703.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.081;DP=162;FS=1.611;HaplotypeScore=1235.4324;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.90;MQ0=0;MQRankSum=0.328;QD=10.52;ReadPosRankSum=8.254;SB=-7.050e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,107:162:99:1743,0,322 chrXII 205125 . TGA T 2935.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;DP=161;FS=0.736;HaplotypeScore=1109.7566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.82;MQ0=0;MQRankSum=1.361;QD=18.23;ReadPosRankSum=7.282;SB=-1.262e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,107:161:8:2976,8,0 chrXII 208656 . T TAAGA 3960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=174.2829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.00;MQ0=0;QD=55.00;SB=-9.940e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,59:72:99:3960,190,0 chrXII 214710 . CA C 2582.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=490.4369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=24.84;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.010e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,100:104:99:2625,291,0 chrXII 214872 . TA T 2261.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=286.3552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.47;MQ0=0;QD=17.95;RPA=6,5;RU=A;SB=-9.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,111:126:99:2304,299,0 chrXII 221295 . GT G 3662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=283.5665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.77;MQ0=0;QD=30.02;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.699e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,115:122:99:3662,331,0 chrXII 221524 . AT A 4220 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=49.7949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=25.89;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.650e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,153:163:99:4220,424,0 chrXII 222490 . GAAC G 4012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=88.1713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.16;MQ0=0;QD=45.08;SB=-1.466e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,85:89:99:4012,253,0 chrXII 223058 . A AT 3423 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;DP=165;FS=2.870;HaplotypeScore=324.9266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=0.628;QD=20.75;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.683;SB=-1.377e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,148:159:99:3423,363,0 chrXII 224124 . GA G 4484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=521.0864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=24.11;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.569e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,178:186:99:4484,507,0 chrXII 225263 . A AT 4318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=561.0151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=32.22;SB=-1.762e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,127:134:99:4318,360,0 chrXII 229882 . GT G 329.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=9.5637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=11.38;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,20:29:53:372,53,0 chrXII 232144 . G GT 2658.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.320;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=150.8910;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=16.83;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.309;SB=-1.118e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,117:158:99:2701,250,0 chrXII 232239 . AGCCTAACCAG A 8789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.643;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=522.8947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.510;QD=102.20;ReadPosRankSum=0.666;SB=-2.936e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,72:86:99:8789,113,0 chrXII 232264 . C CTGTCG 6537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.892;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=1046.4228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.997;QD=62.26;RPA=1,2;RU=TGTCG;ReadPosRankSum=-0.297;SB=-1.736e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,81:105:99:6537,228,0 chrXII 237880 . G GAAA 2747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=122.8456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.051;QD=33.51;RPA=8,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.255;SB=-1.173e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,62:82:99:2790,198,0 chrXII 239171 . GA G 2469.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=328.7411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=19.45;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.103e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,108:127:99:2512,334,0 chrXII 239220 . G GA 2451.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=251.3344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=24.04;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.229e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,93:102:99:2494,267,0 chrXII 241569 . CT C 2684.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=35.5428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;QD=21.65;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.047e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,120:124:99:2727,329,0 chrXII 241800 . CCT C 6588 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=382.4513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=40.92;SB=-3.147e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,159:161:99:6588,445,0 chrXII 242568 . CAA C 4021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=93.1644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=1;QD=31.66;RPA=6,4;RU=A;SB=-1.958e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,121:125:99:4021,352,0 chrXII 243405 . T TA 1748.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=158.6709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=19.87;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,76:88:99:1791,210,0 chrXII 243453 . A AT 656.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=151.7023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=14.60;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.117;SB=-9.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,26:45:58:699,58,0 chrXII 243621 . CAA C 334.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=50.9171;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.44;MQ0=0;QD=41.87;SB=-1.398e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:377,24,0 chrXII 243650 . T TC 333.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=128.1464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=33.40;SB=-1.439e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30:376,30,0 chrXII 243752 . CA C 209.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=21.4183;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=26.13;SB=-3.593e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:21:251,21,0 chrXII 243827 . CATAT C 1628.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=92.3533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;QD=41.77;RPA=9,7;RU=AT;SB=-1.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,30:39:99:1671,99,0 chrXII 245256 . AATATAT A 7145 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.534;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=230.6062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=1.567;QD=54.96;RPA=10,7;RU=AT;ReadPosRankSum=1.699;SB=-3.468e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,103:130:99:7145,287,0 chrXII 248521 . CAT C 3764 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=423.4760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=28.52;RPA=5,4;RU=AT;SB=-1.505e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,118:132:99:3764,334,0 chrXII 248700 . AT A 1239.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.159;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=460.7465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=1.090;QD=10.42;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.572;SB=-6.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,87:119:99:1282,150,0 chrXII 252778 . A AG 2185.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.489;DP=250;DS;FS=6.918;HaplotypeScore=1788.3261;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.44;MQ0=0;MQRankSum=2.762;QD=8.74;ReadPosRankSum=9.290;SB=-8.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,140:248:99:2225,0,397 chrXII 252779 . C CAGCAG 8731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.932;DP=250;DS;FS=10.628;HaplotypeScore=1188.3165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;MQRankSum=3.537;QD=34.92;ReadPosRankSum=5.650;SB=-3.375e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:108,134:248:16:8731,16,0 chrXII 252873 . CCTCCTG C 7129 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.905;DP=203;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2858.1478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.034;QD=35.12;ReadPosRankSum=0.827;SB=-2.591e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:87,114:203:99:7129,394,0 chrXII 252885 . CGTCGTCCTCTCG C 12092 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.386;DP=187;DS;FS=18.996;HaplotypeScore=3031.8305;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.575;QD=64.66;ReadPosRankSum=8.546;SB=-3.972e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,112:187:99:12092,0,331 chrXII 252894 . CTCGTTCGTCCTC CATCGTTCGTCCTC,C 13966 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=180;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2759.9126;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=29.52;MQ0=0;QD=77.59;SB=-4.258e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:112,0,0:180:99:13966,9877,9404,1841,0,1819 chrXII 252896 . CGTTCGTCCTCGT C,CTTCGTCCTCGT 8122 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=182;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=3361.5735;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=30.03;MQ0=0;QD=44.63;SB=-2.403e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:114,0,0:182:99:8122,1537,4001,5571,0,5139 chrXII 253093 . GA G 2277.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.411;DP=223;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=133.4912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.13;MQ0=0;MQRankSum=1.447;QD=10.22;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.252;SB=-6.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:81,133:223:99:2320,281,0 chrXII 260584 . C CT 2761.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.820;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=94.7409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=19.59;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.395;SB=-1.253e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,124:141:99:2804,319,0 chrXII 263023 . GA G 2525.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=797.5050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.30;MQ0=0;QD=21.05;RPA=6,5;RU=A;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,113:120:99:2568,335,0 chrXII 263050 . CA C 3905 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=777.7681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;QD=30.27;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.035e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,123:129:99:3905,376,0 chrXII 263307 . CAA C 2042.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=98.0334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=17.46;RPA=13,11;RU=A;SB=-1.008e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,88:117:99:2085,199,0 chrXII 282692 . TA T 1123.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.760;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=334.9524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.577;QD=16.53;ReadPosRankSum=-1.307;SB=-4.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,25:68:99:1166,155,0 chrXII 282715 . T TTC 1534.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.654;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=253.4960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=25.16;ReadPosRankSum=1.501;SB=-6.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,37:61:99:1577,131,0 chrXII 289261 . C CTT 4291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=471.2267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.56;MQ0=0;QD=36.06;RPA=3,5;RU=T;SB=-1.385e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,101:119:99:4291,334,0 chrXII 289280 . G GAT 3739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=567.2063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.29;MQ0=0;QD=33.99;RPA=2,3;RU=AT;SB=-1.274e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,93:110:99:3739,280,0 chrXII 290190 . TA T 1459.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=142.5768;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.71;MQ0=0;QD=16.04;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,84:91:99:1502,211,0 chrXII 292041 . AT A 1361.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=83.8750;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.47;MQ0=0;QD=18.66;RPA=3,2;RU=T;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,22:73:99:1404,175,0 chrXII 302122 . GA G 4409 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=360.0729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=23.45;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.998e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,178:188:99:4409,495,0 chrXII 306632 . AGGTC A 3091.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=300.3149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.81;MQ0=0;QD=35.54;SB=-1.454e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,13:87:99:3134,215,0 chrXII 315793 . C CT 1724.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.144;DP=113;FS=4.042;HaplotypeScore=54.2778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=15.27;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.775;SB=-8.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,68:113:99:1767,178,0 chrXII 322104 . AT A 242.01 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;DP=66;FS=2.634;HaplotypeScore=27.4136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.895;QD=3.67;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.375;SB=-9.904e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:66:17:281,0,17 chrXII 327719 . T TG 2173.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=28.23;RPA=6,7;RU=G;SB=-1.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:77:99:2216,216,0 chrXII 329759 . T TGCTGTG 7974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.789;DP=212;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2228.9446;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.51;MQ0=0;MQRankSum=1.568;QD=37.61;RPA=1,2;RU=GCTGTG;ReadPosRankSum=-0.018;SB=-2.331e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:104,99:210:99:7974,421,0 chrXII 332524 . CAA C 5832 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=135.0809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.99;MQ0=0;QD=32.95;RPA=4,2;RU=A;SB=-2.574e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,161:177:99:5832,418,0 chrXII 341070 . C CAACA 8917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=52.5781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=1;QD=48.99;RPA=1,2;RU=AACA;SB=-2.371e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,166:181:99:8917,469,0 chrXII 343851 . G GT 1649.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;DP=106;FS=3.831;HaplotypeScore=234.2710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.159;QD=15.57;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.223;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,63:106:99:1692,121,0 chrXII 345332 . C CATT 9312 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;FS=0.000;HaplotypeScore=1075.5305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.58;MQ0=0;QD=45.87;SB=-2.954e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,166:203:99:9312,527,0 chrXII 348735 . CA C 205.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.756;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=113.7332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.492;QD=5.86;RPA=15,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.194;SB=-4.843e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,19:35:8:246,8,0 chrXII 348919 . GTTTT G 1253.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=167.8479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=33.00;RPA=17,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.924;SB=-1.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,26:38:71:1296,71,0 chrXII 366032 . AG A 133.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.520;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=144.7865;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.96;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=12.18;ReadPosRankSum=1.246;SB=-1.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:173,0,120 chrXII 366035 . C CA 115.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DP=10;FS=6.021;HaplotypeScore=138.7031;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.96;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=11.60;ReadPosRankSum=1.589;SB=1.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:36:155,0,36 chrXII 366126 . TTA T 1131.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=670.9940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.77;MQ0=0;QD=27.61;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:41:81:1174,81,0 chrXII 366130 . AG A 633.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=573.2047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.65;MQ0=0;QD=23.48;SB=-3.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81:676,81,0 chrXII 366135 . C CT 1203.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.298;DP=96;FS=17.219;HaplotypeScore=2468.1826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.482;QD=12.54;ReadPosRankSum=6.074;SB=-5.392e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:69,27:96:58:1246,58,0 chrXII 369466 . G GA 916.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=19.3762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.82;MQ0=0;MQRankSum=1.040;QD=19.51;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.433;SB=-5.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,41:47:99:959,99,0 chrXII 370487 . ATT A 1631.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.844;DP=109;FS=6.978;HaplotypeScore=64.9494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.22;MQ0=0;MQRankSum=0.437;QD=14.97;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.437;SB=-8.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,70:109:99:1674,141,0 chrXII 371365 . GA G 2550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.707;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=75.1565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.302;QD=14.66;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.999;SB=-6.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,146:174:99:2593,380,0 chrXII 373034 . CA C 1299.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.347;DP=115;FS=2.214;HaplotypeScore=222.4379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.373;QD=11.30;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.014;SB=-5.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,84:115:99:1342,151,0 chrXII 373113 . T TAA 3469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=1510.5800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=35.76;SB=-1.197e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:97:99:3469,283,0 chrXII 373120 . TC T 2419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=1439.8740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.53;MQ0=0;QD=26.59;SB=-8.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,87:91:99:2462,268,0 chrXII 373457 . TAC T 1556.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=596.0382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.97;MQ0=0;QD=32.44;SB=-6.090e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:48:99:1599,132,0 chrXII 373549 . A AT 2082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=619.2655;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.08;MQ0=0;MQRankSum=0.791;QD=21.25;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=0.364;SB=-8.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,85:98:99:2125,220,0 chrXII 373665 . A ACG 1613.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.015;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=851.6444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.80;MQ0=0;MQRankSum=-1.145;QD=17.17;ReadPosRankSum=5.906;SB=-4.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,55:94:99:1653,0,201 chrXII 373666 . T TGGAC 2705.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.454;DP=95;FS=2.442;HaplotypeScore=750.0049;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.16;MQ0=0;MQRankSum=0.179;QD=28.48;ReadPosRankSum=4.636;SB=-8.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,55:95:99:2745,0,104 chrXII 374338 . A AATAG 322.16 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=15.5199;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.44;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=40.27;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:2:360,0,2 chrXII 375382 . A AGTG 5199 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.424;DP=242;DS;FS=53.543;HaplotypeScore=4626.2659;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.24;MQ0=0;MQRankSum=0.664;QD=21.48;ReadPosRankSum=7.158;SB=-2.563e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:148,94:242:99:5199,0,3707 chrXII 377750 . T TG 5540 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=446.1264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.24;MQ0=0;QD=37.43;SB=-1.860e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,139:148:99:5540,421,0 chrXII 380619 . CA C 3619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=344.6976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=25.31;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.646e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,139:143:99:3619,402,0 chrXII 380677 . C CA 4022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=206.6062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.46;MQ0=0;QD=31.42;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.661e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,113:128:99:4022,346,0 chrXII 385536 . G GA 4171 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=397.6187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;QD=25.91;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.722e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,141:161:99:4171,415,0 chrXII 385575 . GAA G 4345 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=477.0601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.87;MQ0=0;QD=31.95;RPA=5,3;RU=A;SB=-2.057e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,119:136:99:4345,364,0 chrXII 386315 . GA G 1097.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=290.5405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=17.43;RPA=9,8;RU=A;SB=-2.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,58:63:99:1140,161,0 chrXII 386417 . T TA 612.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=56.7409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.25;RPA=9,10;RU=A;SB=-2.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,25:43:80:655,80,0 chrXII 390717 . A AC 5113 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=693.2048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.27;MQ0=0;QD=36.01;SB=-1.826e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,139:142:99:5113,415,0 chrXII 391769 . GAT G 4451 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=383.9522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.33;MQ0=0;QD=32.73;RPA=4,3;RU=AT;SB=-2.049e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,124:136:99:4451,367,0 chrXII 391836 . G GA 1671.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.216;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=1020.9385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.18;MQ0=0;MQRankSum=0.355;QD=15.20;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.398;SB=-3.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,70:110:99:1714,211,0 chrXII 392360 . GTGT G 4508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=381.6253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.51;MQ0=0;QD=41.74;SB=-1.999e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,102:108:99:4508,262,0 chrXII 392460 . T TA 1682.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=613.3736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.07;MQ0=0;QD=31.17;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,50:54:99:1725,153,0 chrXII 392668 . GTA G 934.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=442.5615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.66;MQ0=0;QD=33.39;SB=-1.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:28:69:977,69,0 chrXII 392710 . T TA 1461.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=629.2310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.54;MQ0=0;QD=21.50;RPA=8,9;RU=A;SB=-3.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:68:99:1504,177,0 chrXII 392749 . A AC 2367.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=660.2527;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.03;MQ0=0;QD=27.53;RPA=3,4;RU=C;SB=-4.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,77:86:99:2410,229,0 chrXII 392810 . GTT G 1847.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=508.2858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.60;MQ0=0;QD=23.10;RPA=9,7;RU=T;SB=-3.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,67:80:99:1890,180,0 chrXII 392954 . CA C 2283.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=107.5490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.25;MQ0=0;QD=18.57;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,114:123:99:2326,310,0 chrXII 394058 . T TAAGAA 3300 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=366.8291;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.92;MQ0=0;QD=68.75;SB=-7.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,42:48:99:3300,132,0 chrXII 394095 . T TA 1625.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=584.5287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.11;MQ0=0;QD=30.11;RPA=1,2;RU=A;SB=-7.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,49:54:99:1668,141,0 chrXII 394106 . CT C 1268.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=711.4128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.30;MQ0=0;QD=18.13;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:70:99:1311,176,0 chrXII 394236 . TG T 655.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=269.4008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.70;MQ0=0;QD=24.29;SB=-1.320e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,21:27:63:698,63,0 chrXII 394339 . GT G 4502 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=983.1862;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.98;MQ0=0;QD=30.63;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.579e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,140:147:99:4502,406,0 chrXII 394523 . G GA 2951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.844;DP=157;FS=5.292;HaplotypeScore=886.8746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.786;QD=18.80;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.607;SB=-1.185e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,118:157:99:2994,293,0 chrXII 394693 . GAAA G 2731.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=397.2348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.68;MQ0=0;QD=27.05;RPA=13,10;RU=A;SB=-1.359e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,72:101:99:2774,224,0 chrXII 395580 . A AT 818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=357.3207;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.16;MQ0=0;QD=25.59;RPA=4,5;RU=T;SB=-2.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,29:32:90:861,90,0 chrXII 398576 . G GTA 3854 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=422.6121;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.53;MQ0=0;QD=43.30;RPA=1,2;RU=TA;SB=-1.724e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,85:89:99:3854,262,0 chrXII 402737 . ATT A 1573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.651;DP=84;FS=2.620;HaplotypeScore=44.6618;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.517;QD=18.74;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.317;SB=-6.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,62:84:99:1616,161,0 chrXII 404208 . T TG 5648 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=56.9463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.97;MQ0=0;QD=30.04;RPA=3,4;RU=G;SB=-2.590e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,183:188:99:5648,529,0 chrXII 404333 . A AT 2441.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=33.2509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;QD=23.26;RPA=4,5;RU=T;SB=-3.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,84:105:99:2484,261,0 chrXII 408382 . G GTT 4099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.819;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=318.6831;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=26.11;RPA=9,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.114;SB=-1.755e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,109:157:99:4099,357,0 chrXII 412549 . TA T 1609.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.476;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=527.2661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.57;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=28.75;ReadPosRankSum=-0.449;SB=-7.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,50:56:99:1652,158,0 chrXII 412564 . 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A AT 1098.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.317;DP=70;FS=5.858;HaplotypeScore=1124.0853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=15.70;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=2.849;SB=-4.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,28:70:99:1141,142,0 chrXII 412960 . G GTCACTTTACGATT 6210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=341.8037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.01;MQ0=0;QD=121.76;SB=-1.949e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,28:51:99:6210,135,0 chrXII 413086 . C CT 1637.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=443.1824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.75;MQ0=0;QD=21.55;RPA=7,8;RU=T;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,64:76:99:1680,195,0 chrXII 418406 . T TA 2924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.488;DP=174;FS=4.773;HaplotypeScore=419.3220;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=16.81;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.596;SB=-1.045e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,136:174:99:2967,207,0 chrXII 421490 . AGGGGGAGGGGG A 7685 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=277.1173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.64;MQ0=0;QD=113.01;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,61:68:99:7685,181,0 chrXII 423554 . C CTTT,CTT 1080.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=109.7471;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.22;MQ0=0;QD=17.43;RPA=15,18,17;RU=T;SB=-1.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:17,7,31:62:99:1159,352,250,249,0,124 chrXII 424618 . CGAAAATCAA C 7880 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=135.8588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.52;MQ0=0;QD=32.16;RPA=4,3;RU=GAAAATCAA;SB=-2.232e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:124,118:244:99:7880,286,0 chrXII 425324 . G GCCT 7033 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=319.5545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.23;MQ0=0;QD=50.24;SB=-3.209e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,135:140:99:7033,400,0 chrXII 426672 . A AT 1158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=31.3447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.81;MQ0=0;QD=28.27;SB=-1.150e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:99:1201,105,0 chrXII 427269 . GT G 1391.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=238.8447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.80;MQ0=0;QD=28.41;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1434,132,0 chrXII 432101 . G GGA 5062 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=148.3706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=41.49;SB=-1.734e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,117:122:99:5062,339,0 chrXII 433851 . AG A 2551.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=55.4368;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;QD=29.00;SB=-1.263e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:88:99:2594,249,0 chrXII 439951 . TCTC T 5469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=59.7274;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=36.46;RPA=4,3;RU=CTC;SB=-1.948e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,122:150:99:5469,361,0 chrXII 441523 . C CT 536.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.213;DP=62;FS=2.005;HaplotypeScore=44.1476;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.413;QD=8.66;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.038;SB=-7.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,37:62:47:576,0,47 chrXII 442818 . TCC T 2453.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=163.6010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=1;QD=31.06;RPA=8,6;RU=C;SB=-1.117e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,74:78:99:2496,202,0 chrXII 447844 . C CA 937.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.022;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.521;QD=14.66;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.938;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,45:64:89:980,89,0 chrXII 448454 . T TAA 5258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=634.3344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=29.05;RPA=6,8;RU=A;SB=-1.427e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,153:180:99:5258,442,0 chrXII 448598 . TA T 1829.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=280.2166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=16.94;RPA=10,9;RU=A;SB=-7.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,96:108:99:1872,276,0 chrXII 448641 . C CA 2353.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=159.6534;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.44;MQ0=0;QD=21.80;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.198e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,93:107:99:2396,273,0 chrXII 448768 . CT C 2067.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=383.5287;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.93;MQ0=0;QD=18.80;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,94:110:99:2110,281,0 chrXII 448982 . AT A 2424.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=436.5924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.81;MQ0=0;QD=28.87;SB=-7.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:2467,237,0 chrXII 449679 . A ATG 2813.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.481;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=279.1066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.096;QD=37.03;ReadPosRankSum=-0.289;SB=-1.360e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,72:76:99:2856,202,0 chrXII 449950 . CT C 1814.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.591;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=1328.5532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.520;QD=14.76;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.202;SB=-9.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,102:123:99:1857,269,0 chrXII 450741 . AT A 2657.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=907.8625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.09;MQ0=0;QD=26.85;RPA=3,2;RU=T;SB=-8.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,93:99:99:2700,262,0 chrXII 451044 . G GA 1719.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.115;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=63.0082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.29;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=18.49;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.593;SB=-3.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,71:93:99:1762,197,0 chrXII 460002 . CAAAAAAAAA C 20066 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=95.3680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.40;MQ0=0;QD=80.91;RPA=17,8;RU=A;SB=-5.317e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,159:239:99:20066,636,0 chrXII 460191 . ACCGCGTCGCCGCGTCG A 31956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.715;DP=236;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=127.6213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.276;QD=135.41;RPA=3,1;RU=CCGCGTCG;ReadPosRankSum=1.715;SB=-9.330e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,200:236:99:31956,613,0 chrXII 460383 . TAAAAAAAAAAAA T 22001 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.288;DP=241;DS;FS=2.866;HaplotypeScore=1015.2432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.49;MQ0=0;MQRankSum=2.126;QD=91.29;RPA=22,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.951;SB=-9.286e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,175:234:99:22001,430,0 chrXII 460415 . TG T 5738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1276.4451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.13;MQ0=0;QD=22.95;SB=-8.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:116,134:249:99:5738,564,0 chrXII 460477 . AT A 3961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=189.9261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.55;MQ0=0;QD=15.84;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:93,155:248:99:3961,551,0 chrXII 460686 . A AAAT 4954 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.711;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1327.3328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.24;MQ0=65;MQRankSum=0.404;QD=19.82;ReadPosRankSum=0.239;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:187,51:185:99:4954,478,0 chrXII 460709 . CAAATAGT C 15750 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=435.7719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.64;MQ0=37;QD=63.00;RPA=2,1;RU=AAATAGT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,183:213:99:15750,578,0 chrXII 491513 . CT C 1386.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=67.5385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.817;QD=13.87;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.818;SB=-5.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,80:100:99:1429,173,0 chrXII 493339 . C CT 5260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=62.2965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.85;MQ0=0;QD=27.98;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.474e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,177:188:99:5260,490,0 chrXII 494419 . TG T 3683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=303.6342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.32;MQ0=0;QD=29.70;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.518e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,116:124:99:3683,346,0 chrXII 494429 . C CT 2569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.697;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=398.2269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.95;MQ0=0;MQRankSum=1.592;QD=21.78;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=1.662;SB=-1.143e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,103:118:99:2612,282,0 chrXII 495386 . CA C 2736.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=47.5454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.27;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.361e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,119:142:99:2779,356,0 chrXII 498522 . 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TA T 2877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=54.0016;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.30;MQ0=0;QD=22.48;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,117:128:99:2920,336,0 chrXII 510208 . GT G 3098.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=306.5040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.91;MQ0=0;QD=28.17;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.546e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,101:110:99:3141,295,0 chrXII 510241 . A AT 1674.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;DP=106;FS=8.888;HaplotypeScore=406.7889;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.280;QD=15.80;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.906;SB=-5.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,73:106:99:1717,159,0 chrXII 510855 . G GC 4888 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=373.8295;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=31.33;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.381e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,152:156:99:4888,415,0 chrXII 511551 . A ACAGCAGCAG 11907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=690.6617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.47;MQ0=0;QD=70.46;RPA=1,4;RU=CAG;SB=-5.504e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,116:169:99:11907,442,0 chrXII 513997 . CAA C 1521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.100;DP=100;FS=5.399;HaplotypeScore=78.7326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.67;MQ0=0;MQRankSum=1.576;QD=15.22;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.201;SB=-6.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,61:100:99:1564,159,0 chrXII 514961 . CTTTCT C 4915 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=39.8679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=48.66;SB=-2.273e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,93:101:99:4915,270,0 chrXII 515064 . GT G 2166.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=34.5765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=22.34;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,87:97:99:2209,270,0 chrXII 517835 . T TA 2071.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;DP=105;FS=3.058;HaplotypeScore=134.0892;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.489;QD=19.73;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.772;SB=-1.037e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,86:105:99:2114,233,0 chrXII 517892 . TA T 1808.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=251.4441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=14.02;RPA=10,9;RU=A;SB=-5.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,104:129:99:1851,276,0 chrXII 522257 . CA C 964.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.322;DP=77;FS=3.082;HaplotypeScore=65.1322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=-1.044;QD=12.53;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.683;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,60:77:99:1007,137,0 chrXII 527967 . C CTTT,CTT 1532.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=72.0755;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.40;MQ0=0;QD=19.40;RPA=14,17,16;RU=T;SB=-6.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:50,13,13:79:99:1611,291,134,528,0,371 chrXII 530531 . GT G 1133.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=20.9698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=15.53;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,60:73:99:1176,172,0 chrXII 536891 . TC T 3092.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=915.8185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.79;MQ0=0;QD=26.44;SB=-1.177e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:117:99:3135,333,0 chrXII 537065 . A AC 2283.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=306.1260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=30.45;ReadPosRankSum=1.680;SB=-9.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,63:74:99:2326,195,0 chrXII 537107 . CT C 1892.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=487.0270;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.41;MQ0=0;QD=21.76;RPA=5,4;RU=T;SB=-7.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,79:86:99:1935,234,0 chrXII 537220 . CA C 3708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=1145.3008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.23;MQ0=0;QD=33.11;SB=-6.860e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:111:99:3708,325,0 chrXII 539598 . CT C 1627.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=60.3098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=1.313;QD=13.91;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.171;SB=-7.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,95:117:99:1670,244,0 chrXII 539870 . TTA T 1863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=172.2954;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.58;MQ0=0;QD=31.07;RPA=3,2;RU=TA;SB=-7.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,55:60:99:1906,162,0 chrXII 540621 . AT A 1376.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=35.1058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=16.01;RPA=10,9;RU=T;SB=-6.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,77:85:99:1419,213,0 chrXII 543544 . GT G 2293.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=91.4718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.93;MQ0=0;QD=33.25;SB=-5.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:69:99:2336,190,0 chrXII 543808 . GA G 709.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=16.0413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.75;MQ0=0;QD=16.51;RPA=7,6;RU=A;SB=-2.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:752,101,0 chrXII 546061 . A AG 2475.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=28.4984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=27.51;RPA=2,3;RU=G;SB=-7.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,87:90:99:2518,226,0 chrXII 547680 . CAT C 93.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=1.9852;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=13.35;RPA=7,6;RU=AT;SB=-3.354e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:12:135,12,0 chrXII 549492 . A AATTGATGATTAAAAAGT 14082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=267.8023;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.80;MQ0=0;QD=154.75;SB=-4.509e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,38:91:99:14082,241,0 chrXII 552039 . TA T 2723.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=298.9257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=18.28;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.297e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,133:149:99:2766,373,0 chrXII 552416 . A AATG 9593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.377;DP=250;FS=3.097;HaplotypeScore=89.9268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=1.355;QD=38.37;RPA=4,5;RU=ATG;ReadPosRankSum=-1.681;SB=-4.662e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,207:250:99:9593,562,0 chrXII 552708 . CT C 1786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=449.3276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.12;MQ0=0;QD=15.95;RPA=10,9;RU=T;SB=-4.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,95:112:99:1829,270,0 chrXII 552743 . C CTCT 5846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=188.5928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.10;MQ0=0;QD=47.92;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-9.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,110:122:99:5846,340,0 chrXII 553693 . A ATGTGTGTG 12851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=195;FS=0.000;HaplotypeScore=303.9202;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=65.90;RPA=6,10;RU=TG;SB=-6.079e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,145:194:99:12851,430,0 chrXII 555332 . C CACA 8665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=241;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=328.9973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.91;MQ0=0;QD=35.95;RPA=3,4;RU=ACA;SB=-3.198e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,196:241:99:8665,581,0 chrXII 555558 . G GCAA 6756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.854;DP=243;FS=8.074;HaplotypeScore=82.7767;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.28;MQ0=0;MQRankSum=0.979;QD=27.80;RPA=5,6;RU=CAA;ReadPosRankSum=0.246;SB=-2.770e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:95,142:243:99:6756,142,0 chrXII 559220 . G GCAA 5006 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.567;DP=148;FS=10.172;HaplotypeScore=48.1525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.203;QD=33.82;RPA=6,7;RU=CAA;ReadPosRankSum=0.353;SB=-1.437e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,115:148:99:5006,259,0 chrXII 563476 . TACACACACACAC T 2103.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=14.3654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.42;MQ0=0;QD=48.93;RPA=11,5;RU=AC;SB=-1.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,34:43:93:2146,93,0 chrXII 563657 . C CAA 1621.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=112.2229;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=36.86;RPA=2,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:44:99:1664,117,0 chrXII 566355 . T TA 4266 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=855.4174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=0;QD=30.04;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.794e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,125:142:99:4266,370,0 chrXII 566362 . 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CT C 1086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=59.3827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;QD=17.82;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,54:61:99:1129,155,0 chrXII 579119 . C CTCT 3397 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.65;MQ0=0;QD=41.43;RPA=1,2;RU=TCT;SB=-1.486e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,72:82:99:3397,205,0 chrXII 581792 . CT C 3431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.077;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=478.1613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.107;QD=27.02;ReadPosRankSum=1.609;SB=-1.051e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,123:127:99:3431,334,0 chrXII 582046 . T TA 1226.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=22.4238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=17.28;RPA=8,9;RU=A;SB=-4.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,53:71:99:1269,153,0 chrXII 585646 . 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A AC 3728 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=209.8528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;QD=31.33;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.234e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,116:119:99:3728,340,0 chrXII 605064 . C CACTTT 9983 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=493.7972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.79;MQ0=0;QD=60.87;RPA=1,2;RU=ACTTT;SB=-3.368e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,141:164:99:9983,448,0 chrXII 605228 . C CA 4836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=896.2257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.26;MQ0=0;QD=26.00;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.714e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,172:186:99:4836,514,0 chrXII 605282 . T TA 1831.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.507;DP=124;FS=3.227;HaplotypeScore=546.0905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.310;QD=14.77;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-1.521;SB=-8.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,77:124:99:1874,224,0 chrXII 605682 . CAGTA C 3957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=266.2335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.16;MQ0=0;QD=50.09;RPA=2,1;RU=AGTA;SB=-2.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,67:79:99:3957,202,0 chrXII 605723 . CA C 2127.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=747.1848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.74;MQ0=0;QD=23.13;RPA=4,3;RU=A;SB=-5.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,83:92:99:2170,243,0 chrXII 612158 . GAA G 2641.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=528.9033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.78;MQ0=0;QD=22.39;RPA=13,11;RU=A;SB=-1.025e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,93:118:99:2684,270,0 chrXII 614333 . T TA 550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=103.7893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.63;MQ0=0;QD=15.74;RPA=9,10;RU=A;SB=-1.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,28:35:72:593,72,0 chrXII 616278 . TA T 2811.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=333.6129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=18.38;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.315e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,144:153:99:2854,385,0 chrXII 617371 . TA T 4550 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=455.9979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=28.44;SB=-1.683e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,156:160:99:4550,436,0 chrXII 622836 . A AT 1477.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=27.9175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.04;MQ0=0;QD=20.53;RPA=3,4;RU=T;SB=-3.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,59:72:99:1520,153,0 chrXII 625064 . TA T 1267.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.805;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.42;MQ0=0;MQRankSum=1.000;QD=14.41;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.805;SB=-4.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,76:88:99:1310,186,0 chrXII 626434 . GAA G 791.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.189;DP=53;FS=2.817;HaplotypeScore=194.8990;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.189;QD=14.94;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.396;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,34:53:83:834,83,0 chrXII 634189 . GA G 2024.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=164.3865;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=24.40;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.014e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,80:83:99:2067,228,0 chrXII 636551 . GTT G 656.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.063;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=50.0769;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.584;QD=12.38;RPA=16,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.973;SB=-2.671e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,24:53:75:698,75,0 chrXII 640114 . G GC 1537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=16.9601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.52;MQ0=0;QD=32.04;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,44:48:99:1580,135,0 chrXII 641311 . G GAA,GA 810.96 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;DP=103;FS=5.719;HaplotypeScore=61.4046;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.476;QD=7.87;RPA=15,17,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.299;SB=-3.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:45,10,44:103:59:889,450,519,101,0,59 chrXII 644385 . A AC 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=31.6544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=35.14;SB=-1.634e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,87:92:99:3277,244,0 chrXII 645231 . TAA T 1608.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=391.7807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.76;MQ0=0;QD=16.42;RPA=16,14;RU=A;SB=-5.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,59:97:99:1651,196,0 chrXII 645252 . GA G 1659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=320.8823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.66;MQ0=0;QD=14.95;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,81:110:99:1702,218,0 chrXII 645754 . 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G GA 1672.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=731.9175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=28.36;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,54:59:99:1715,159,0 chrXII 660428 . A AT 4781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=49.7165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=33.43;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.654e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,141:143:99:4781,394,0 chrXII 667391 . A AGATGAC 7068 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=41.9814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.00;MQ0=0;QD=54.79;SB=-3.048e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,116:128:99:7068,351,0 chrXII 668002 . GTTT G 3285 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=29.1294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;QD=41.06;RPA=5,2;RU=T;SB=-1.086e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,76:80:99:3285,219,0 chrXII 669182 . C CT 2519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=26.6216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=27.39;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.136e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,87:92:99:2562,244,0 chrXII 669849 . CCAAGA C 4861 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;DP=112;FS=4.437;HaplotypeScore=1143.7832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.17;MQ0=0;MQRankSum=0.329;QD=43.40;ReadPosRankSum=2.401;SB=-1.741e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,72:112:99:4861,285,0 chrXII 669867 . AGCCG A 3696 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.127;DP=98;FS=21.826;HaplotypeScore=1381.8157;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.081;QD=37.71;ReadPosRankSum=3.305;SB=-1.122e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,72:98:99:3696,165,0 chrXII 669872 . AG A 1045.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.114;DP=97;FS=3.483;HaplotypeScore=1630.1068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.10;MQ0=0;MQRankSum=2.968;QD=10.78;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=5.377;SB=-4.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,72:97:64:1088,64,0 chrXII 672902 . ATC A 3693 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=348.8727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=35.17;SB=-1.582e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,101:105:99:3693,289,0 chrXII 672979 . A AT 941.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;DP=80;FS=12.865;HaplotypeScore=226.5621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.036;QD=11.77;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.690;SB=-3.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,42:80:45:984,45,0 chrXII 673889 . ACTTT A 4737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=39.9987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.21;MQ0=0;QD=44.69;RPA=2,1;RU=CTTT;SB=-2.069e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,98:106:99:4737,280,0 chrXII 674046 . A AT 2264.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=261.5521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=21.57;RPA=7,8;RU=T;SB=-9.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,87:105:99:2307,267,0 chrXII 674076 . T TC 1483.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=386.1997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.837;QD=15.79;RPA=2,3;RU=C;ReadPosRankSum=2.086;SB=-7.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,65:94:99:1526,174,0 chrXII 681146 . G GA 2888.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.199;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=308.9440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.897;QD=17.72;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.198;SB=-1.099e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,132:163:99:2931,318,0 chrXII 682671 . A AG 3716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=231.1382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.29;MQ0=0;QD=32.31;RPA=1,2;RU=G;SB=-9.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,111:115:99:3716,322,0 chrXII 685663 . C CCGT 8040 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=138.6316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.60;MQ0=0;QD=53.25;SB=-2.909e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,135:151:99:8040,418,0 chrXII 687408 . CT C 1993.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=65.7615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.00;MQ0=0;QD=21.91;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,86:91:99:2036,249,0 chrXII 687472 . GAAA G 1962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=73.8569;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=31.16;RPA=14,11;RU=A;SB=-7.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,51:63:99:2005,162,0 chrXII 687559 . A ATT 1211.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;DP=63;FS=3.882;HaplotypeScore=502.5139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.78;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=19.24;RPA=3,5;RU=T;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-5.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,30:62:99:1254,125,0 chrXII 687587 . GTATATATATATA G 4531 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=181.8145;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.86;MQ0=0;QD=102.98;RPA=10,4;RU=TA;SB=-2.117e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,36:43:99:4531,105,0 chrXII 688109 . CT C 480.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.610;DP=87;FS=214.311;HaplotypeScore=305.8103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.128;QD=5.53;ReadPosRankSum=0.872;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,30:87:99:520,0,1842 chrXII 688111 . ATT A 775.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.555;DP=86;FS=214.311;HaplotypeScore=273.6426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.511;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.826;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,30:86:99:815,0,2293 chrXII 688530 . CAT C 2436.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=173.2135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.80;MQ0=0;QD=32.49;RPA=2,1;RU=AT;SB=-9.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:75:99:2479,202,0 chrXII 691451 . A AT 2925.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=212.2801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=23.22;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.416e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,106:126:99:2968,336,0 chrXII 699927 . TA T 296.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=28;FS=3.979;HaplotypeScore=110.5471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=1.387;QD=10.61;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-1.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,18:28:51:339,51,0 chrXII 701247 . A ATTG 800.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=107.9756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=26.70;SB=-1.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:30:69:843,69,0 chrXII 701373 . CGATGATGACGAAGAAGAA C 6667 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=78.9983;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.25;MQ0=0;QD=91.33;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,50:73:99:6667,144,0 chrXII 704138 . TAAA TA,T 1085.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.660;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=55.7811;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.155;QD=11.43;RPA=19,17,16;RU=A;ReadPosRankSum=1.660;SB=-3.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:24,0,23:95:99:1164,315,215,398,0,468 chrXII 709123 . T TGAAGCAGATGAAGTA 11044 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=49.2506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.91;MQ0=0;QD=73.14;SB=-3.080e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,123:151:99:11044,360,0 chrXII 710800 . G GTA 5284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=50.2390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=35.23;RPA=3,4;RU=TA;SB=-2.272e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,128:149:99:5284,400,0 chrXII 712186 . GT G 933.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.760;DP=76;FS=3.941;HaplotypeScore=30.3414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.091;QD=12.29;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.246;SB=-3.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,55:76:99:976,141,0 chrXII 713359 . ATT A 4462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=54.9584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=29.95;RPA=7,5;RU=T;SB=-1.909e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,140:149:99:4462,415,0 chrXII 718114 . 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GT G 2855.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=176.1029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.32;MQ0=0;QD=21.97;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,129:130:99:2898,356,0 chrXII 732527 . A AC 4210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=505.0893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=25.99;RPA=5,6;RU=C;SB=-1.147e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,132:162:99:4210,421,0 chrXII 734923 . AT A 521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.751;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=32.9977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.114;QD=8.56;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.541;SB=-4.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,42:61:66:564,66,0 chrXII 743995 . G GA 1794.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.947;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=68.7585;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;MQRankSum=0.286;QD=14.59;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.947;SB=-8.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,87:123:99:1837,216,0 chrXII 745601 . CT C 2734.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=503.6367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;QD=24.64;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.300e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,108:111:99:2777,312,0 chrXII 747263 . G GT 1798.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=37.4964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=21.16;RPA=8,9;RU=T;SB=-5.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,70:85:99:1841,221,0 chrXII 747476 . GT G 2670.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=396.0420;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;MQ0=0;QD=21.20;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.205e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,118:126:99:2713,329,0 chrXII 748908 . TA T 1823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.57;MQ0=0;QD=22.80;RPA=3,2;RU=A;SB=-7.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,73:80:99:1866,189,0 chrXII 751939 . A AT 1946.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=23.8082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=31.40;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,54:62:99:1989,159,0 chrXII 757413 . CA C 1580.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.748;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=90.0959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=17.57;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.192;SB=-7.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,81:90:99:1623,215,0 chrXII 757477 . A AAAGG 3393 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=227.4508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.08;MQ0=0;MQRankSum=0.713;QD=45.85;ReadPosRankSum=0.459;SB=-1.562e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,42:74:99:3393,195,0 chrXII 757586 . G GT 1523.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.465;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=55.2255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.858;QD=17.32;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.416;SB=-7.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,63:88:99:1566,129,0 chrXII 759341 . GA G 2298.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DP=157;FS=2.317;HaplotypeScore=623.9736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.798;QD=14.64;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.105;SB=-1.061e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,131:157:99:2341,301,0 chrXII 760295 . A AT 1180.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=23.0690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.99;MQ0=0;QD=22.28;RPA=3,4;RU=T;SB=-3.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,46:53:99:1223,126,0 chrXII 760762 . GCC G 5563 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=455.7728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.33;MQ0=0;QD=42.79;SB=-2.584e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,123:128:99:5563,361,0 chrXII 762430 . TTTAG T 1669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=48.9729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.46;MQ0=0;QD=50.60;SB=-5.700e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:90:1712,90,0 chrXII 766106 . CA C 3125.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=389.6311;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;QD=23.86;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.368e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,126:131:99:3168,351,0 chrXII 771882 . A AAGTC 6910 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=31.6551;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.26;MQ0=0;QD=60.09;SB=-3.227e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:113:99:6910,316,0 chrXII 783721 . AG A 3145.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=241.6858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.56;MQ0=0;QD=21.70;RPA=8,7;RU=G;SB=-9.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,124:145:99:3188,357,0 chrXII 784382 . G GC 2871.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=52.7006;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.10;MQ0=0;QD=29.61;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.220e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,92:96:99:2914,262,0 chrXII 784479 . AC A 2303.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=356.6302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.75;MQ0=0;QD=33.39;SB=-9.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,67:69:99:2346,208,0 chrXII 784523 . G GT 1573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.500;DP=100;FS=5.253;HaplotypeScore=352.7608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=15.74;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.245;SB=-6.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,67:100:99:1616,149,0 chrXII 786255 . G GT 1316.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.489;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=324.2723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.88;MQ0=0;MQRankSum=0.030;QD=15.49;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.334;SB=-6.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,58:85:99:1359,151,0 chrXII 786353 . T TA 1847.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=495.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.38;MQ0=0;QD=22.54;RPA=6,7;RU=A;SB=-7.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,74:82:99:1890,210,0 chrXII 787598 . TA T 6420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=227;FS=0.000;HaplotypeScore=83.2875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=28.28;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.066e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,217:227:99:6420,619,0 chrXII 792150 . CT C 2210.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=67.8464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;QD=33.50;SB=-8.190e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2253,189,0 chrXII 792610 . AG A 3330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=1782.0132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.28;MQ0=0;QD=26.43;SB=-4.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:126:99:3330,363,0 chrXII 792777 . G GTT 2624.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=752.1678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.02;MQ0=0;QD=33.23;RPA=2,4;RU=T;SB=-6.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,62:79:99:2667,199,0 chrXII 793048 . TAAA T 2630.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=326.3737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.62;MQ0=0;QD=37.06;RPA=8,5;RU=A;SB=-1.112e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,63:71:99:2673,190,0 chrXII 793081 . T TA 3319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=651.4878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.07;MQ0=0;QD=31.31;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.497e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,95:106:99:3319,285,0 chrXII 793122 . TA T 2046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=781.7068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.27;MQ0=0;QD=20.27;RPA=6,5;RU=A;SB=-9.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,95:101:99:2089,269,0 chrXII 793164 . G GA 1433.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=531.4114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.53;MQ0=0;QD=19.64;RPA=7,8;RU=A;SB=-5.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,58:73:99:1476,171,0 chrXII 793185 . A AT 1548.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=377.1842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.21;MQ0=0;QD=18.89;RPA=7,8;RU=T;SB=-5.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,67:82:99:1591,186,0 chrXII 794023 . G GTA 4110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=504.0245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.66;MQ0=0;QD=38.06;RPA=2,3;RU=TA;SB=-1.297e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,99:108:99:4110,301,0 chrXII 794052 . G GT 2586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=600.8313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.81;MQ0=0;QD=26.13;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.158e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:99:99:2629,279,0 chrXII 795131 . CAA C 3360 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;QD=34.29;RPA=4,2;RU=A;SB=-1.662e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,92:98:99:3360,247,0 chrXII 797261 . AT A 2836.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=367.7592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.47;MQ0=0;QD=17.73;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.394e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,145:160:99:2879,405,0 chrXII 802485 . 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A AC 1443.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.874;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=1113.8642;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.20;MQ0=0;MQRankSum=0.381;QD=18.28;ReadPosRankSum=2.223;SB=-5.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,61:79:99:1486,172,0 chrXII 817783 . G GA 1259.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=278.8847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.72;MQ0=0;QD=27.39;RPA=2,3;RU=A;SB=-5.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,42:46:99:1302,120,0 chrXII 818744 . GA G 2621.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=746.2431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.91;MQ0=0;QD=28.81;RPA=3,2;RU=A;SB=-4.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,88:91:99:2664,256,0 chrXII 818798 . TCA T 1630.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=554.5894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.78;MQ0=0;QD=37.93;SB=-6.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,37:43:99:1673,114,0 chrXII 820468 . AG A 3447 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=614.2840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=26.52;RPA=4,3;RU=G;SB=-1.482e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,121:130:99:3447,340,0 chrXII 822123 . G GA 1182.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=32.4828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=19.72;RPA=8,9;RU=A;SB=-4.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,49:60:99:1225,146,0 chrXII 823381 . TGG T 1761.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=17.4114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=33.24;RPA=9,7;RU=G;SB=-7.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:53:99:1804,144,0 chrXII 826629 . A AT 1317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=163.0092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.96;MQ0=0;QD=15.88;RPA=9,10;RU=T;SB=-4.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,60:83:99:1360,170,0 chrXII 826860 . 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CTTT C 3038.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=20.9432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=43.41;SB=-5.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:70:99:3081,175,0 chrXII 839880 . G GA 2455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.385;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=266.4788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.66;MQ0=0;MQRankSum=0.087;QD=22.53;ReadPosRankSum=-0.211;SB=-1.050e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,99:109:99:2498,276,0 chrXII 849648 . T TTAC 498.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=58.1357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.19;MQ0=0;QD=16.63;SB=-2.529e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,25:30:48:541,48,0 chrXII 855107 . TA T 3967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=471.1196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.94;MQ0=0;QD=24.19;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.004e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,161:164:99:3967,453,0 chrXII 855435 . CT C 3720 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=793.0722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.29;MQ0=0;QD=30.00;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.639e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,117:124:99:3720,343,0 chrXII 855735 . GA G 2001.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=125.7876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.89;MQ0=0;QD=22.75;RPA=3,2;RU=A;SB=-7.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,81:88:99:2044,213,0 chrXII 856368 . TC T 4197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=64.8389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=28.55;SB=-1.428e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,125:147:99:4197,397,0 chrXII 856771 . CGTAAAAGAT C 7241 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=147.9638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.87;MQ0=0;QD=92.83;SB=-2.956e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,70:78:99:7241,208,0 chrXII 861593 . A AT 2215.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.39;MQ0=0;QD=26.38;RPA=3,4;RU=T;SB=-7.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:2258,228,0 chrXII 863696 . CTCA C 4379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=48.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;QD=33.68;RPA=8,7;RU=TCA;SB=-1.730e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,106:130:99:4379,319,0 chrXII 868427 . GA G 875.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=17.0064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=15.37;RPA=7,6;RU=A;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,46:57:99:918,122,0 chrXII 872807 . G GT 2665.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=52.2953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;QD=19.90;RPA=8,9;RU=T;SB=-1.091e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,115:134:99:2708,332,0 chrXII 873682 . AT A 340.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=115.2261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.22;MQ0=0;QD=12.63;RPA=11,10;RU=T;SB=-3.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:27:59:383,59,0 chrXII 875487 . TTA T 2995.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=316.1803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.84;MQ0=0;QD=32.56;SB=-1.320e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,87:92:99:3038,245,0 chrXII 875699 . AT A 1419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=27.8398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.41;MQ0=0;QD=16.90;RPA=10,9;RU=T;SB=-6.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,76:84:99:1462,217,0 chrXII 885072 . A AT 1610.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=367.2664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.59;MQ0=0;QD=25.17;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,58:64:99:1653,168,0 chrXII 899162 . ATT A 3136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=680.1369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.12;MQ0=0;QD=24.13;RPA=9,7;RU=T;SB=-1.532e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,105:130:99:3179,310,0 chrXII 902882 . TA T 4253 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=574.6485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;QD=27.98;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.764e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,148:152:99:4253,424,0 chrXII 915075 . CGT C 2432.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=358.8575;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.87;MQ0=0;QD=24.33;RPA=8,7;RU=GT;SB=-1.203e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,77:99:99:2475,234,0 chrXII 919207 . AG A 1653.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=132.6255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=31.81;SB=-3.730e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1696,141,0 chrXII 919304 . G GT 1064.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=90.8645;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.48;RPA=9,10;RU=T;SB=-1.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,38:52:99:1107,139,0 chrXII 922015 . TA T 2793.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=264.8751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=21.66;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.302e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,115:129:99:2836,333,0 chrXII 928464 . T TG 1099.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=100.9749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.77;MQ0=0;QD=29.73;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:99:1142,102,0 chrXII 932243 . ATT A 4170 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=2180.8038;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.04;MQ0=0;QD=25.90;RPA=8,6;RU=T;SB=-1.695e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,138:161:99:4170,399,0 chrXII 932270 . GTACGGA G 5316 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.464;DP=128;FS=1.963;HaplotypeScore=2010.6934;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=30.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.089;QD=41.53;ReadPosRankSum=6.001;SB=-2.267e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,71:128:99:5316,0,477 chrXII 932282 . GGATGTATACT G 8079 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.794;DP=113;FS=1.938;HaplotypeScore=1452.0440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.618;QD=71.50;ReadPosRankSum=4.146;SB=-3.438e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,71:113:99:8079,204,0 chrXII 932631 . C CT 1576.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.129;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=169.8516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=1.501;QD=16.96;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.757;SB=-4.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,68:93:99:1619,156,0 chrXII 933763 . CT C 1238.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=214.9034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.26;MQ0=0;QD=16.97;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,68:73:99:1281,181,0 chrXII 934342 . C CA 3126.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=79.4637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=22.99;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.534e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,122:136:99:3169,357,0 chrXII 937317 . CTT C 4159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=410.1521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.49;MQ0=0;QD=43.78;SB=-1.762e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,91:95:99:4159,277,0 chrXII 937372 . TA T 937.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=366.4414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=14.66;RPA=12,11;RU=A;SB=-4.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,52:64:99:980,155,0 chrXII 937414 . CATTT C 4021 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=114.4131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=47.31;RPA=2,1;RU=ATTT;SB=-1.855e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,76:85:99:4021,223,0 chrXII 941016 . AC A 1614.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=198.0405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.54;MQ0=0;QD=26.47;SB=-4.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:61:99:1657,153,0 chrXII 948003 . G GA 3066.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=110.3589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=35.66;SB=-8.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:86:99:3109,247,0 chrXII 950305 . CT C 1374.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.062;DP=119;FS=3.384;HaplotypeScore=176.9037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.377;QD=11.55;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.404;SB=-6.458e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,75:119:91:1417,91,0 chrXII 950357 . C CT 1771.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.013;DP=99;FS=7.142;HaplotypeScore=159.9144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=0.640;QD=17.90;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.733;SB=-7.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,72:99:99:1814,206,0 chrXII 950840 . GA G 2057.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.065;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=508.7613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.536;QD=17.01;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.131;SB=-8.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,109:121:99:2100,291,0 chrXII 954521 . A AG 4385 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.784;DP=176;FS=3.038;HaplotypeScore=468.0906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=1.657;QD=24.91;RPA=7,8;RU=G;ReadPosRankSum=1.562;SB=-2.150e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,159:176:99:4385,407,0 chrXII 958170 . AC A 2951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=760.3194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.46;MQ0=0;QD=24.00;SB=-1.477e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,114:123:99:2994,319,0 chrXII 958299 . GA G 2836.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=258.6755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=21.82;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.323e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,126:130:99:2879,353,0 chrXII 975700 . G GT 1714.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=111.3819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=26.80;RPA=3,4;RU=T;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,60:64:99:1757,180,0 chrXII 975970 . CA C 1111.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=248.3066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;QD=15.89;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,62:70:99:1154,161,0 chrXII 976259 . GT G 441.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=299.7608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.28;MQ0=1;QD=21.05;SB=-3.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:20:42:484,42,0 chrXII 976262 . G GA 335.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=308.6093;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.99;MQ0=1;QD=22.40;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,13:14:42:378,42,0 chrXII 976271 . G GGT 509.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=284.9021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.26;MQ0=0;QD=39.23;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39:552,39,0 chrXII 976278 . ATG A 464.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=289.4755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.47;MQ0=3;QD=29.06;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,13:13:39:507,39,0 chrXII 976300 . G GT 125.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=202.9790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.68;MQ0=4;QD=10.44;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,8:8:15:167,15,0 chrXII 993474 . T TTAA 1010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=29.4060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.20;MQ0=0;QD=23.51;RPA=5,6;RU=TAA;SB=-4.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,28:43:72:1053,72,0 chrXII 1000203 . ACATTATTTTT A 6771 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=156.0789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.12;MQ0=0;QD=67.71;RPA=2,1;RU=CATTATTTTT;SB=-2.916e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,63:100:99:6771,193,0 chrXII 1000245 . A AT 2859.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.612;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=705.0330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.42;MQ0=0;MQRankSum=1.642;QD=22.00;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.045;SB=-1.292e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,118:130:99:2902,324,0 chrXII 1002214 . GAA G 980.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=288.7138;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.26;MQ0=0;QD=16.91;RPA=19,17;RU=A;SB=-5.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,39:58:99:1023,114,0 chrXII 1006047 . T TGAA 2051.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.790;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=308.7293;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.790;QD=24.43;ReadPosRankSum=1.802;SB=-6.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,59:84:99:2094,167,0 chrXII 1006331 . C CA 2315.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=480.7191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.51;MQ0=0;QD=26.93;RPA=3,4;RU=A;SB=-7.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,84:86:99:2358,237,0 chrXII 1011372 . C CTT 1336.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.023;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=69.6379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.791;QD=13.11;RPA=15,17;RU=T;ReadPosRankSum=-1.756;SB=-6.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:71,20:102:99:1379,133,0 chrXII 1011933 . GC G 2904.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=8.594;DP=216;DS;FS=1.696;HaplotypeScore=1472.7479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;MQRankSum=0.995;QD=13.45;ReadPosRankSum=6.349;SB=-1.366e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:70,145:216:99:2947,193,0 chrXII 1011935 . TGC T 4592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=7.901;DP=216;DS;FS=0.751;HaplotypeScore=1325.6747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.54;MQ0=0;MQRankSum=0.347;QD=21.26;ReadPosRankSum=7.297;SB=-2.133e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:70,145:216:99:4592,191,0 chrXII 1011952 . CTGT C 6381 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1170.5021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=32.56;RPA=6,5;RU=TGT;SB=-2.766e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,152:196:99:6381,457,0 chrXII 1012226 . T TAC 7098 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=64.7396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.66;MQ0=0;QD=41.75;SB=-1.753e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,161:170:99:7098,479,0 chrXII 1012324 . C CG 4996 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=593.6656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.82;MQ0=0;QD=28.23;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.984e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,116:177:99:4996,481,0 chrXII 1012328 . A AGCC 5600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=464.2837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.65;MQ0=0;QD=41.18;RPA=1,2;RU=GCC;SB=-1.153e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,109:136:99:5600,340,0 chrXII 1013806 . G GT 1903.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.146;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=283.1000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;MQRankSum=0.320;QD=20.92;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=2.176;SB=-6.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,75:91:99:1946,234,0 chrXII 1013863 . AT A 1722.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=178.9123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;MQ0=0;QD=21.81;SB=-5.380e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,61:79:99:1765,198,0 chrXII 1014198 . G GTTGT 10636 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=226;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=638.2702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.55;MQ0=0;QD=47.06;RPA=1,2;RU=TTGT;SB=-4.190e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:60,152:226:99:10636,591,0 chrXII 1014227 . GTC G 8119 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;FS=0.000;HaplotypeScore=973.2496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;QD=35.45;RPA=3,2;RU=TC;SB=-2.966e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,208:229:99:8119,643,0 chrXII 1015482 . A AAT 150.18 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=22;FS=5.441;HaplotypeScore=13.9971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=6.83;RPA=10,11;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.742;SB=-3.196e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:22:10:189,0,10 chrXII 1019115 . CGA C 1429.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=120.7991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.94;MQ0=0;QD=26.98;SB=-2.570e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,32:53:99:1472,126,0 chrXII 1026683 . CTTCTTT C 1593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=88.4334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.88;MQ0=0;QD=48.30;SB=-1.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,26:33:87:1636,87,0 chrXII 1026851 . CT C 1418.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=112.7656;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=20.27;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,62:70:99:1461,177,0 chrXII 1030472 . A ATC 6145 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=598.6841;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.13;MQ0=0;QD=44.21;SB=-2.121e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,130:139:99:6145,376,0 chrXII 1031618 . CCAAGAAAGA C 7192 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=212.7785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.38;MQ0=0;QD=66.59;SB=-2.470e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,79:108:99:7192,232,0 chrXII 1035874 . CTT C 5042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=41.2576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;MQ0=0;QD=41.67;SB=-1.385e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:121:99:5042,331,0 chrXII 1038158 . G GAGA 2731.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.168;DP=104;FS=6.640;HaplotypeScore=40.4519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=26.27;RPA=8,9;RU=AGA;ReadPosRankSum=1.365;SB=-1.214e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,66:104:99:2774,119,0 chrXII 1038916 . TA T 2142.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.660;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=200.2396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=1.660;QD=18.16;RPA=6,5;RU=A;ReadPosRankSum=1.299;SB=-1.044e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,103:118:99:2185,263,0 chrXII 1041579 . CA C 2252.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=42.0248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;QD=16.44;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,121:137:99:2295,327,0 chrXII 1043537 . G GT 2778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=25.6603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.76;MQ0=0;QD=32.69;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.030e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:85:99:2821,244,0 chrXII 1043992 . A ATGTCATATTTT 10258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=52.9335;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.44;MQ0=0;QD=107.98;SB=-3.903e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,58:95:99:10258,247,0 chrXII 1053323 . TAATC T 909.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=63.2524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=41.36;RPA=2,1;RU=AATC;SB=-5.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:21:57:952,57,0 chrXII 1054794 . GC G 2218.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=24.0677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.85;MQ0=0;QD=29.20;RPA=3,2;RU=C;SB=-6.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:76:99:2261,213,0 chrXII 1057102 . C CA 3058.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=582.1421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=23.71;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.195e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,112:129:99:3101,327,0 chrXII 1058773 . TC T 3833 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=516.9960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=30.91;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.527e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,119:124:99:3833,340,0 chrXII 1058900 . CG C 3759 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=622.2698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=30.07;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.776e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,121:125:99:3759,358,0 chrXII 1059350 . CT C 1096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=743.6480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.71;MQ0=0;QD=29.65;RPA=2,1;RU=T;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:36:99:1139,102,0 chrXII 1059708 . CT C 2798.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=999.1330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.24;MQ0=4;QD=21.04;SB=-3.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:81:99:2841,238,0 chrXII 1062372 . A AT 646.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=369.4072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.52;MQ0=1;QD=26.96;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,21:23:63:689,63,0 chrXII 1062467 . C CAG 1658.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=312.7539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.66;MQ0=1;QD=19.52;SB=-8.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,75:46:99:1701,114,0 chrXII 1063340 . T TAAATA 1725.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=58;FS=6.690;HaplotypeScore=281.2979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.23;MQ0=13;MQRankSum=-0.124;QD=29.76;ReadPosRankSum=-0.990;SB=-2.690e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,44:43:57:1768,57,0 chrXII 1063578 . TA T 499.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=291.4447;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.90;MQ0=1;MQRankSum=0.594;QD=9.26;RPA=5,4;RU=A;ReadPosRankSum=-1.783;SB=-2.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:36:93:539,0,93 chrXII 1063605 . A AT 1030.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.648;DP=69;FS=7.097;HaplotypeScore=257.3945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.43;MQ0=13;MQRankSum=1.564;QD=14.94;RPA=6,7;RU=T;ReadPosRankSum=-0.718;SB=-1.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,62:43:99:1073,100,0 chrXII 1063687 . CG C 1809.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=986.8238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.99;MQ0=28;QD=16.92;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,78:58:99:1852,168,0 chrXII 1063931 . C CTA 1108.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=948.1576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.61;MQ0=1;QD=23.59;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:38:99:1151,104,0 chrXII 1063934 . ATT A 1009.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=923.6288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.91;MQ0=1;QD=22.95;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:35:99:1052,103,0 chrXII 1064240 . CT C 476.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.923;DP=221;DS;FS=131.077;HaplotypeScore=1154.9514;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.02;MQ0=1;MQRankSum=-1.218;QD=2.16;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=-0.360;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,55:158:99:516,0,2701 chrXII 1064311 . TA T 1318.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.313;DP=153;DS;FS=56.949;HaplotypeScore=2168.8487;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.34;MQ0=1;MQRankSum=2.214;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.406;SB=-7.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,82:91:99:1358,0,790 chrXII 1064315 . A AT 1230.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.447;DP=153;DS;FS=50.887;HaplotypeScore=2200.9299;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.61;MQ0=2;MQRankSum=1.190;QD=8.05;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.172;SB=-8.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,82:91:99:1270,0,764 chrXII 1064586 . GCCA G 3529 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.418;DP=108;DS;FS=2.765;HaplotypeScore=802.4269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.32;MQ0=3;MQRankSum=1.105;QD=32.68;ReadPosRankSum=-0.368;SB=-1.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,101:78:99:3529,153,0 chrXII 1064590 . TGGA T 3322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=824.1531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=1;QD=31.64;SB=-9.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,101:77:99:3322,232,0 chrXII 1064699 . G GT 1344.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.167;DP=204;FS=0.000;HaplotypeScore=3552.2192;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.41;MQ0=0;MQRankSum=0.050;QD=6.59;ReadPosRankSum=3.073;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,78:142:99:1384,0,2279 chrXII 1064774 . TA T 486.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.239;DP=136;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1437.5762;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.21;MQ0=4;MQRankSum=0.426;QD=3.58;ReadPosRankSum=-1.667;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,29:77:99:526,0,1587 chrXII 1064812 . AG A 144.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.107;DP=57;DS;FS=3.274;HaplotypeScore=453.9215;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=20.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=2.54;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,13:24:99:184,0,255 chrXII 1064816 . G GT 162.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.778;DP=50;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=377.2954;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.65;MQ0=0;MQRankSum=1.202;QD=3.26;ReadPosRankSum=-1.485;SB=-1.001e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,12:20:94:202,0,94 chrXII 1064905 . GA G 1517.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;DP=175;FS=17.234;HaplotypeScore=2236.8099;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.53;MQ0=18;MQRankSum=0.482;QD=8.67;ReadPosRankSum=3.467;SB=-2.440e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:107,48:118:95:1560,95,0 chrXII 1064920 . TG T 921.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.141;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=1843.0323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.73;MQ0=18;MQRankSum=0.201;QD=5.21;RPA=3,2;RU=G;ReadPosRankSum=4.925;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:131,42:88:99:961,0,169 chrXII 1064961 . A AG 584.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.752;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=800.1247;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=15.73;MQ0=18;MQRankSum=0.023;QD=2.34;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-1.363;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,173:46:99:624,0,684 chrXII 1065006 . A AC 396.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.187;DP=112;DS;FS=8.451;HaplotypeScore=256.8650;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.94;MQ0=1;MQRankSum=1.552;QD=3.54;ReadPosRankSum=-2.282;SB=-8.999e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,65:14:21:436,0,21 chrXII 1065149 . TG TGG,T 1607.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.529;DP=127;FS=7.105;HaplotypeScore=597.9741;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=27.62;MQ0=3;MQRankSum=-1.696;QD=12.66;RPA=2,3,1;RU=G;ReadPosRankSum=3.071;SB=-4.549e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:64,0,6:120:89:1686,89,404,1654,0,2230 chrXII 1065306 . T TTC 855.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.379;DP=193;DS;FS=7.546;HaplotypeScore=397.4963;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.50;MQ0=0;MQRankSum=3.728;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.267;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,29:93:99:895,0,2286 chrXII 1065321 . CAA C 3140.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=205.4226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.36;MQ0=0;QD=22.28;RPA=3,1;RU=A;SB=-4.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,114:78:99:3183,217,0 chrXII 1065389 . AT A 737.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=205.2464;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.61;MQ0=2;QD=18.00;RPA=5,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,37:36:96:780,96,0 chrXII 1065781 . CTTT C 1027.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=54.4373;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=8.47;MQ0=99;QD=6.63;RPA=4,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,151:23:69:1070,69,0 chrXIII 8440 . C CA 912.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=436.4826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.00;MQ0=0;QD=26.08;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,32:35:96:955,96,0 chrXIII 8882 . T TA 3175.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=508.0383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.46;MQ0=0;QD=34.90;SB=-1.212e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,83:91:99:3218,244,0 chrXIII 9133 . G GA 1238.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=150.2692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.01;MQ0=0;QD=20.31;RPA=6,7;RU=A;SB=-5.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,45:61:99:1281,138,0 chrXIII 9226 . CA C 1255.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=158.1328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=22.03;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,52:57:99:1298,147,0 chrXIII 9528 . ATT A 1790.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.080;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=371.2425;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=22.11;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.638;SB=-8.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,59:81:99:1833,171,0 chrXIII 10148 . TA T 2402.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=589.5264;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=20.02;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.153e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,107:120:99:2445,302,0 chrXIII 13768 . C CT 3705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=724.9277;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.53;MQ0=0;QD=22.32;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.804e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,139:166:99:3705,405,0 chrXIII 13808 . GC G 4733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=1023.4749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.75;MQ0=0;QD=31.14;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.629e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,145:152:99:4733,427,0 chrXIII 14284 . TC T 3305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=152.8081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=26.87;RPA=4,3;RU=C;SB=-9.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,120:123:99:3305,325,0 chrXIII 14504 . CT C 2813.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=406.1427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=23.65;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,108:119:99:2856,309,0 chrXIII 14911 . GA G 5169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=1174.4001;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.31;MQ0=0;QD=28.40;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.360e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,168:182:99:5169,483,0 chrXIII 18814 . GA G 1663.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=48.4286;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=20.54;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,75:81:99:1706,207,0 chrXIII 23878 . A AGAGAG 7711 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=660.6710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.95;MQ0=0;QD=60.24;RPA=1,2;RU=GAGAG;SB=-1.853e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,96:128:99:7711,337,0 chrXIII 26667 . AT A 96.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=22.3778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=12.03;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.329e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:15:138,15,0 chrXIII 26795 . G GAA 1967.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=277.6683;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.48;MQ0=0;QD=41.00;RPA=2,4;RU=A;SB=-8.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,43:48:99:2010,138,0 chrXIII 26816 . GACCCT G 2753.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=189.6956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;QD=61.20;RPA=2,1;RU=ACCCT;SB=-1.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,34:45:99:2796,129,0 chrXIII 28146 . CGT C 1305.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=25.61;RPA=7,6;RU=GT;SB=-6.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,40:51:99:1348,111,0 chrXIII 31714 . T TA 1326.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.656;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=294.6887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.486;QD=16.38;ReadPosRankSum=2.532;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,62:81:99:1369,156,0 chrXIII 31715 . T TA 1424.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.374;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=294.4925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=1.365;QD=17.59;ReadPosRankSum=1.802;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,62:81:99:1467,167,0 chrXIII 31878 . AT A 1946.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=508.3461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.90;MQ0=0;QD=29.95;SB=-9.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:65:99:1989,168,0 chrXIII 33870 . C CT 4123 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=310.7684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=35.85;SB=-1.747e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,114:115:99:4123,319,0 chrXIII 43866 . CT C 1155.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;DP=113;FS=3.554;HaplotypeScore=231.3969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.316;QD=10.23;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-4.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,52:113:67:1198,67,0 chrXIII 43908 . A AT 1508.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.693;DP=111;FS=1.335;HaplotypeScore=281.4493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.81;MQ0=0;MQRankSum=0.071;QD=13.59;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-6.471e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,56:111:75:1550,75,0 chrXIII 44386 . ACAGCAGCAG A 17043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=78.7435;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.56;MQ0=0;QD=68.45;RPA=6,3;RU=CAG;SB=-8.054e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,196:248:99:17043,571,0 chrXIII 45964 . T TTATATATATATA 1041.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=119.0980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;QD=38.59;RPA=5,11;RU=TA;SB=-4.528e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,6:27:27:1084,27,0 chrXIII 46689 . CT C 3366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=81.2547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;QD=30.88;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.616e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,105:109:99:3366,301,0 chrXIII 50000 . CA C 1363.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=192.9490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=20.06;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:68:99:1406,188,0 chrXIII 53771 . T TGAACTG 10501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=187.1816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.14;MQ0=0;QD=80.16;SB=-2.998e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,111:131:99:10501,373,0 chrXIII 54642 . C CT 426.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=10.1720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;QD=16.42;RPA=9,10;RU=T;SB=-4.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,22:26:59:469,59,0 chrXIII 56529 . CT C 1593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=51.2557;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.17;MQ0=0;QD=18.11;RPA=11,10;RU=T;SB=-8.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,74:88:99:1636,222,0 chrXIII 58897 . CT C 2803.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=170.9239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.86;MQ0=0;QD=20.47;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.017e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,136:137:99:2846,368,0 chrXIII 65927 . CTGTTGTTGT C 9640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=63.1620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.52;MQ0=1;QD=69.86;RPA=9,6;RU=TGT;SB=-4.418e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,103:137:99:9640,301,0 chrXIII 67691 . C CAT 2765.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=34.5132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.40;MQ0=2;QD=28.52;RPA=3,4;RU=AT;SB=-1.328e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,77:94:99:2808,217,0 chrXIII 68092 . TG T 3638 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=1514.3644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.70;MQ0=0;QD=27.56;RPA=5,4;RU=G;SB=-9.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,123:132:99:3638,352,0 chrXIII 70292 . A AC 2985.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=41.7666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.17;RPA=4,5;RU=C;SB=-1.361e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,84:106:99:3028,286,0 chrXIII 79824 . A AC 2504.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.665;DP=173;FS=8.655;HaplotypeScore=1337.8789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.31;MQ0=0;MQRankSum=1.092;QD=14.48;ReadPosRankSum=4.837;SB=-1.258e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:69,102:173:99:2547,249,0 chrXIII 79825 . A AAAG 4415 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.158;DP=171;FS=24.388;HaplotypeScore=1111.2550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.423;QD=25.82;ReadPosRankSum=5.862;SB=-2.187e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,101:171:99:4415,134,0 chrXIII 90381 . ATTG A 7850 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=215;FS=0.000;HaplotypeScore=119.4643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=36.51;RPA=4,3;RU=TTG;SB=-3.851e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,190:215:99:7850,527,0 chrXIII 94288 . AT A 505.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.36;MQ0=0;QD=16.87;RPA=5,4;RU=T;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,24:30:60:548,60,0 chrXIII 95588 . CA C 642.17 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.023;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=20.9363;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;MQRankSum=0.116;QD=12.84;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,35:50:16:684,16,0 chrXIII 99274 . C CAA,CA 2216.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.128;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=60.3017;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.564;QD=15.84;RPA=13,15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.403;SB=-1.052e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:72,42,17:140:81:2295,285,81,1324,0,1106 chrXIII 99436 . T TG 2356.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=29.6071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;QD=30.22;RPA=2,3;RU=G;SB=-4.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,73:78:99:2399,208,0 chrXIII 99599 . CATAT C 683.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=138.9743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.57;MQ0=0;QD=24.43;RPA=9,7;RU=AT;SB=-2.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,15:28:45:726,45,0 chrXIII 101020 . GGTT G 6271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=138.3137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=40.20;RPA=3,2;RU=GTT;SB=-1.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,143:156:99:6271,400,0 chrXIII 104344 . AC A 4829 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=49.7118;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=33.77;SB=-2.369e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,140:143:99:4829,391,0 chrXIII 108637 . C CA 2002.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.685;DP=136;FS=5.617;HaplotypeScore=316.1410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.750;QD=14.73;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.984;SB=-6.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,93:136:99:2045,105,0 chrXIII 110970 . A AAAAAAATCAGGC 8575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=59.3252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.01;MQ0=0;QD=109.94;SB=-2.306e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,38:78:99:8575,211,0 chrXIII 120604 . G GTTC 6864 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.423;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=81.4615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.66;MQ0=0;MQRankSum=1.028;QD=27.68;RPA=7,8;RU=TTC;ReadPosRankSum=-0.264;SB=-2.507e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:67,178:248:99:6864,249,0 chrXIII 122395 . A AT 4819 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=336.2520;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.72;MQ0=0;QD=32.34;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.137e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,141:149:99:4819,409,0 chrXIII 122771 . C CT 5507 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=1221.6284;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.89;MQ0=0;QD=33.17;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.459e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,157:166:99:5507,468,0 chrXIII 122775 . TCCC T 8623 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=890.4032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.54;MQ0=0;QD=55.63;SB=-3.844e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,149:155:99:8623,464,0 chrXIII 129561 . AGG A 2025.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.682;DP=187;DS;FS=56.238;HaplotypeScore=1007.7924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.18;MQ0=0;MQRankSum=-3.549;QD=10.83;ReadPosRankSum=2.174;SB=-6.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,60:187:99:2065,0,4331 chrXIII 129569 . AG A 1298.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.211;DP=172;DS;FS=32.995;HaplotypeScore=1038.1239;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.84;MQ0=0;MQRankSum=-5.347;QD=7.55;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=1.587;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,53:172:99:1338,0,3233 chrXIII 133149 . T TC 4258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=127.6122;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.79;MQ0=0;QD=28.39;RPA=5,6;RU=C;SB=-1.772e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,141:150:99:4258,400,0 chrXIII 133261 . CA C 4116 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=165.5054;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=32.67;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.617e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,110:126:99:4116,355,0 chrXIII 141600 . GT G 1577.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=181.3147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=23.55;RPA=4,3;RU=T;SB=-7.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:67:99:1620,165,0 chrXIII 141812 . GC G 3076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=141.5243;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.46;MQ0=0;QD=27.72;RPA=4,3;RU=C;SB=-1.126e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,101:111:99:3119,301,0 chrXIII 141967 . C CA 4650 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=92.2818;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=28.88;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.383e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,157:161:99:4650,445,0 chrXIII 143058 . GGAAGAA G,GGAAGACGAAGAA 10385 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=192;FS=0.000;HaplotypeScore=762.5733;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.30;MQ0=0;QD=54.09;SB=-4.549e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:130,44,0:192:99:10385,4882,6495,1587,0,1088 chrXIII 143064 . A AAGAAGAAGAC,AGAAGAA 13772 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=227;FS=0.000;HaplotypeScore=1038.6653;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.75;MQ0=0;QD=60.67;SB=-4.756e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:102,54,12:227:99:13772,769,501,5502,0,4889 chrXIII 146087 . TCCATACA T 5932 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=30.5045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;QD=59.32;RPA=3,2;RU=CCATACA;SB=-1.275e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,78:100:99:5932,229,0 chrXIII 147395 . TA T 2443.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=120.5561;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=28.75;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2486,235,0 chrXIII 148703 . GC G 4362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=341.5226;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=34.08;SB=-1.353e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,126:128:99:4362,355,0 chrXIII 151749 . C CT 3076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=212.6067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=28.76;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.069e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,103:107:99:3119,292,0 chrXIII 158396 . TAAAA T 471.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.520;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=141.6598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;QD=11.51;RPA=24,20;RU=A;ReadPosRankSum=0.520;SB=-1.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,5:41:36:514,36,0 chrXIII 158746 . TA T 1939.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.452;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=30.6976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=1.985;QD=19.21;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.109;SB=-2.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,93:101:99:1982,215,0 chrXIII 159085 . GT G 1795.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=290.8002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;QD=19.74;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,82:91:99:1838,230,0 chrXIII 159852 . CATATATATAT C 7210 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=390.6398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.67;MQ0=0;QD=68.67;RPA=12,7;RU=AT;SB=-3.321e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,72:105:99:7210,214,0 chrXIII 163391 . G GA 2470.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.263;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=131.6027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.072;QD=20.09;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.443;SB=-1.202e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,91:123:99:2513,264,0 chrXIII 163441 . AT A 2075.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=151.7081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.55;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,86:101:99:2118,252,0 chrXIII 164705 . C CA 2970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.588;DP=131;FS=3.214;HaplotypeScore=133.3874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.556;QD=22.68;RPA=6,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.874;SB=-1.423e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,120:131:99:3013,303,0 chrXIII 165375 . TTC T 787.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=95.6321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.50;MQ0=0;QD=28.14;RPA=7,6;RU=TC;SB=-1.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,24:28:69:830,69,0 chrXIII 165400 . AATAT A 892.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=87.7455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.31;MQ0=0;QD=37.21;RPA=4,2;RU=AT;SB=-3.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,17:24:54:935,54,0 chrXIII 167530 . G GC 5130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=200.6427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=31.86;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.316e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,154:161:99:5130,442,0 chrXIII 167876 . AT A 5344 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=231;FS=0.000;HaplotypeScore=769.3216;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.29;MQ0=0;QD=23.13;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.658e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,221:231:99:5344,618,0 chrXIII 169058 . CTT C 1096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=131.8332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.54;MQ0=0;QD=23.34;RPA=12,10;RU=T;SB=-3.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,38:47:99:1139,111,0 chrXIII 169103 . A ATT 2384.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=133.3126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=32.23;RPA=8,10;RU=T;SB=-4.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,66:74:99:2427,210,0 chrXIII 169888 . T TA 1169.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=52.6806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.21;MQ0=0;QD=18.28;RPA=8,9;RU=A;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,54:64:99:1212,138,0 chrXIII 175894 . TTCTTTTTCATCA T 19334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;FS=0.000;HaplotypeScore=456.8377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.28;MQ0=0;QD=96.19;SB=-9.341e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,180:199:99:19334,494,0 chrXIII 178325 . T TA 4319 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=66.4994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=22.85;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.867e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,162:188:99:4319,465,0 chrXIII 183702 . AT A 233.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HaplotypeScore=29.9877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.65;MQ0=0;QD=23.40;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.595e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:27:276,27,0 chrXIII 183720 . G GA 321.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=46.2275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=23.00;RPA=3,4;RU=A;SB=-9.499e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,12:14:36:364,36,0 chrXIII 183886 . TA T 768.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=114.4439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.56;MQ0=0;QD=16.36;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,39:47:99:811,105,0 chrXIII 184027 . A ATTT 2759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=223.9815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.58;MQ0=0;QD=50.18;SB=-8.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,46:55:99:2802,156,0 chrXIII 184078 . GC G 2463.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=511.0722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.40;MQ0=0;QD=35.71;SB=-9.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:69:99:2506,196,0 chrXIII 184203 . TA T 128.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.485;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=95.2901;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.48;MQ0=26;MQRankSum=-1.614;QD=3.07;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=-3.163;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,6:14:99:168,0,245 chrXIII 190186 . C CA 2754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=475.3196;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.62;MQ0=0;QD=22.22;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,109:124:99:2797,297,0 chrXIII 192469 . C CT 1137.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=589.0456;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.71;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=9.48;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.533;SB=-5.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,60:120:38:1177,0,38 chrXIII 192717 . C CA 2917.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=214.3589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.27;MQ0=0;QD=37.41;SB=-1.383e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:78:99:2960,223,0 chrXIII 195892 . T TAAG 4121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=247.5442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.36;MQ0=0;QD=45.29;SB=-1.052e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,81:90:99:4121,229,0 chrXIII 196231 . CTACAA C 4593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=32.0133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.49;MQ0=0;QD=62.92;SB=-7.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,64:72:99:4593,193,0 chrXIII 208862 . A AT 1632.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=97.6170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;MQ0=0;QD=18.35;RPA=8,9;RU=T;SB=-3.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,72:89:99:1675,186,0 chrXIII 209069 . CTTT C 806.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=48.7629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.16;MQ0=0;QD=29.89;RPA=14,11;RU=T;SB=-3.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,20:27:63:849,63,0 chrXIII 209199 . AC A 1899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=200.7007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;QD=29.69;RPA=5,4;RU=C;SB=-4.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,59:64:99:1942,189,0 chrXIII 209248 . GAT G 1981.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=320.0727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.41;MQ0=0;QD=29.15;RPA=5,4;RU=AT;SB=-4.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,59:68:99:2024,165,0 chrXIII 209890 . TG T 1531.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.560;DP=216;DS;FS=2.582;HaplotypeScore=1465.6156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.02;MQ0=0;MQRankSum=1.091;QD=7.09;ReadPosRankSum=10.161;SB=-6.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,132:216:99:1571,0,1199 chrXIII 209892 . ATGATG A 7960 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=9.302;DP=218;DS;FS=0.706;HaplotypeScore=859.6887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=3.099;QD=36.51;ReadPosRankSum=6.660;SB=-3.251e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:85,132:218:41:7960,41,0 chrXIII 209952 . C CCGATGAAGTGGA 14973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;FS=0.000;HaplotypeScore=413.4233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.29;MQ0=0;QD=73.40;RPA=1,2;RU=CGATGAAGTGGA;SB=-7.314e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,153:204:99:14973,442,0 chrXIII 211518 . AT A 1065.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=26.6461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;QD=18.38;RPA=9,8;RU=T;SB=-4.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,55:58:99:1108,141,0 chrXIII 216270 . C CA 4212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=325.9797;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;QD=24.63;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.969e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,147:171:99:4212,439,0 chrXIII 216368 . T TG 5243 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=308.4047;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=0;QD=32.97;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.942e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,157:159:99:5243,433,0 chrXIII 221252 . TTA T 2661.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=38.0999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.87;MQ0=0;QD=24.20;RPA=6,5;RU=TA;SB=-1.185e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,83:110:99:2704,226,0 chrXIII 229617 . G GA 2607.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=280.5075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.48;MQ0=0;QD=24.60;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.149e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,98:106:99:2650,276,0 chrXIII 234752 . ATT A 550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.569;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=15.6885;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.239;QD=19.68;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.413;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:28:59:593,59,0 chrXIII 236240 . CAG C 3589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;MQ0=1;QD=32.04;RPA=4,3;RU=AG;SB=-1.722e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,99:111:99:3589,286,0 chrXIII 238303 . TACAACA T 2030.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=123.0695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;MQ0=0;QD=42.31;RPA=7,5;RU=ACA;SB=-7.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,30:48:84:2073,84,0 chrXIII 239066 . T TGGGGG,TGGGG 1104.98 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9325;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.84;MQ0=0;QD=29.08;RPA=7,12,11;RU=G;SB=-1.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:8,16,5:38:56:1183,116,56,331,0,271 chrXIII 239353 . CATATATATATATATAT C 5482 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=30.5785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.51;MQ0=0;QD=105.42;RPA=16,8;RU=AT;SB=-2.013e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,39:52:99:5482,120,0 chrXIII 247502 . TTA T 1304.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=147.0296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.66;MQ0=0;QD=18.12;RPA=6,5;RU=TA;SB=-3.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,46:72:99:1347,114,0 chrXIII 248147 . C CGAT 9065 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=464.5837;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=37.77;RPA=4,5;RU=GAT;SB=-4.522e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,201:240:99:9065,590,0 chrXIII 261607 . TAAA T 5375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=349.0427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.85;MQ0=0;QD=49.31;SB=-1.591e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,102:109:99:5375,292,0 chrXIII 261649 . CA C 3203.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=534.4318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.73;MQ0=0;QD=32.69;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.549e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:98:99:3246,280,0 chrXIII 262725 . CA C 3656 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=739.9182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.42;MQ0=0;QD=20.42;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.653e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,162:179:99:3656,452,0 chrXIII 263068 . A AAT 6756 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=384.8419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.51;MQ0=0;QD=41.20;SB=-3.181e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,147:164:99:6756,460,0 chrXIII 264337 . A AT 4935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=48.6039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.06;MQ0=0;QD=32.68;SB=-2.083e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,146:151:99:4935,397,0 chrXIII 266854 . C CAT 632.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.146;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=26.5784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.800;QD=12.15;RPA=7,8;RU=AT;ReadPosRankSum=1.582;SB=-2.419e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,18:52:22:674,22,0 chrXIII 267972 . GTTAAATAAAGCGA G 1168.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=70.0764;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.04;MQ0=0;QD=106.27;SB=-2.398e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:11:27:1211,27,0 chrXIII 268058 . A AT 134.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=96.5488;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;QD=14.90;RPA=5,6;RU=T;SB=-2.887e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:9:18:176,18,0 chrXIII 268170 . A AT 757.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=69.6103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=23.69;RPA=5,6;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:84:800,84,0 chrXIII 268707 . G GGAA 4061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=167.7468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=47.22;RPA=1,2;RU=GAA;SB=-1.685e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,77:86:99:4061,238,0 chrXIII 268848 . GT G 2580.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=151.6932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=30.01;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.167e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,78:86:99:2623,238,0 chrXIII 272762 . GT G 1809.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=27.1776;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;QD=23.82;RPA=5,4;RU=T;SB=-5.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,72:76:99:1852,204,0 chrXIII 273020 . AT A 1560.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=24.1635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;QD=24.78;RPA=4,3;RU=T;SB=-4.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:63:99:1603,165,0 chrXIII 284039 . C CA 5182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.151;DP=240;DS;FS=3.032;HaplotypeScore=101.7780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.349;QD=21.59;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.079;SB=-2.439e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,189:240:99:5182,560,0 chrXIII 285007 . A AT 1195.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.167;DP=59;FS=3.478;HaplotypeScore=16.9322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.27;MQ0=0;MQRankSum=1.096;QD=20.27;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.237;SB=-5.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,53:59:99:1238,123,0 chrXIII 287260 . G GA 1761.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=31.2517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.82;RPA=5,6;RU=A;SB=-5.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,62:71:99:1804,186,0 chrXIII 287574 . GC G 2778.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=35.1185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=27.79;RPA=4,3;RU=C;SB=-1.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:100:99:2821,268,0 chrXIII 287916 . A AC 3470 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=409.7607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=27.54;RPA=5,6;RU=C;SB=-1.350e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,108:126:99:3470,340,0 chrXIII 289726 . C CTT 4314 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=394.8455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.21;MQ0=0;QD=42.71;RPA=1,3;RU=T;SB=-1.937e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,92:101:99:4314,286,0 chrXIII 289729 . A AT 2282.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=602.2513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.31;MQ0=0;QD=23.06;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,86:99:99:2325,255,0 chrXIII 295082 . AT A 835.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.022;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=15.4998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.555;QD=17.79;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=1.377;SB=-2.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,43:47:91:878,91,0 chrXIII 297065 . T TG 4228 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=137.2347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;QD=35.83;SB=-1.932e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:4228,328,0 chrXIII 300587 . T TA 2972.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=268.9661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=31.97;SB=-8.480e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:93:99:3015,241,0 chrXIII 305187 . CTTT C 10600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=244;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=996.5529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=43.44;RPA=7,4;RU=T;SB=-4.708e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,224:244:99:10600,665,0 chrXIII 305684 . G GA 1795.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.963;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=517.9916;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.656;QD=15.22;ReadPosRankSum=0.460;SB=-8.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,70:118:99:1838,194,0 chrXIII 306566 . GCGTTGCTTGTGC G 13738 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=1067.9391;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.34;MQ0=0;QD=109.03;SB=-3.419e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:126:99:13738,298,0 chrXIII 306778 . GC G 4106 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=974.9676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.05;MQ0=0;QD=26.49;RPA=6,5;RU=C;SB=-1.606e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,140:155:99:4106,415,0 chrXIII 308767 . GAA G 2419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=700.6833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.26;MQ0=0;QD=26.02;RPA=10,8;RU=A;SB=-1.095e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,81:93:99:2462,234,0 chrXIII 309395 . TAA T 2043.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=219.1760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=23.77;RPA=11,9;RU=A;SB=-9.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,66:86:99:2086,192,0 chrXIII 310153 . TC T 2354.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=204.7337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;MQ0=0;QD=26.17;SB=-8.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,74:90:99:2397,225,0 chrXIII 312171 . G GA 2839.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=272.5698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=24.48;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.403e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,92:116:99:2882,283,0 chrXIII 312191 . A AT 3282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=292.5369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=26.90;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.264e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,112:122:99:3282,319,0 chrXIII 321102 . G GTA 3333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=463.3801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.98;MQ0=0;QD=38.31;RPA=1,2;RU=TA;SB=-8.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,73:87:99:3333,238,0 chrXIII 321133 . A AT 1742.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=398.8490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.30;MQ0=0;QD=33.52;SB=-4.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:52:99:1785,147,0 chrXIII 323194 . CTATATCT C 6161 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=250.2092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.53;MQ0=0;QD=78.99;SB=-2.147e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,69:78:99:6161,208,0 chrXIII 323216 . C CAA 1286.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.750;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=731.8879;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.226;QD=13.99;RPA=12,14;RU=A;ReadPosRankSum=-1.132;SB=-3.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:68,18:92:99:1329,122,0 chrXIII 332031 . C CA 187.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=83.0686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;QD=12.53;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,9:15:27:230,27,0 chrXIII 332077 . C CA 543.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=19.0252;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.93;MQ0=0;QD=23.65;RPA=1,2;RU=A;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,19:23:48:586,48,0 chrXIII 337486 . AG A 1621.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.852;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=125.2349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=24.21;ReadPosRankSum=0.083;SB=-5.070e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,46:67:99:1664,165,0 chrXIII 340845 . T TA 2257.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=193.3453;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.54;MQ0=0;QD=22.36;RPA=5,6;RU=A;SB=-6.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,82:101:99:2300,246,0 chrXIII 341683 . C CT 3508 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=374.4525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=28.99;RPA=2,3;RU=T;SB=-9.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,112:121:99:3508,322,0 chrXIII 344221 . A AT 968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=19.6223;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=26.19;RPA=5,6;RU=T;SB=-5.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1011,108,0 chrXIII 348323 . A AT 890 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.274;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=36.3148;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.038;QD=11.41;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.539;SB=-2.055e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,39:78:23:932,23,0 chrXIII 352374 . AT A 2536.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=45.6165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=17.87;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.213e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,120:142:99:2579,329,0 chrXIII 353678 . ATTTT A 2381.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=150.6386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.74;MQ0=0;QD=37.22;RPA=14,10;RU=T;SB=-8.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,50:64:99:2424,147,0 chrXIII 353698 . A AT 1599.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.029;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=272.4565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.758;QD=21.62;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.191;SB=-4.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,65:74:99:1642,168,0 chrXIII 354554 . G GCAACAACAACAA 21426 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=156.0590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.47;MQ0=0;QD=85.70;RPA=6,10;RU=CAA;SB=-7.254e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,193:250:99:21426,597,0 chrXIII 363140 . CT C 2878.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;DP=163;FS=6.267;HaplotypeScore=68.0239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.314;QD=17.66;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.095;SB=-6.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,143:163:99:2921,353,0 chrXIII 367523 . GAATGTAAAC G 19703 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=238;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=920.7124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.79;MQ0=0;QD=82.79;SB=-9.530e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,194:238:99:19703,572,0 chrXIII 371006 . CT C 1207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=342.1586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=15.10;RPA=11,10;RU=T;SB=-4.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,63:80:99:1250,166,0 chrXIII 371798 . AT A 2012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=576.3461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.63;MQ0=0;QD=21.19;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,86:95:99:2055,252,0 chrXIII 372437 . TA T 3203.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=627.7989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.53;MQ0=1;QD=19.66;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.236e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,144:161:99:3246,387,0 chrXIII 372555 . ACTAATAAATCTT A 4953 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=353.9415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.00;MQ0=0;QD=83.95;RPA=2,1;RU=CTAATAAATCTT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,41:59:99:4953,123,0 chrXIII 380311 . GAA G 1258.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.513;DP=50;FS=5.693;HaplotypeScore=117.1629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.424;QD=25.18;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-5.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,43:50:99:1301,120,0 chrXIII 386028 . AT A 3017.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=80.6649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=20.12;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.218e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,136:150:99:3060,391,0 chrXIII 387095 . AT A 61.30 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.382;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=54.9804;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.566;QD=1.66;RPA=19,18;RU=T;ReadPosRankSum=2.262;SB=-1.812e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,9:36:8:100,0,8 chrXIII 388700 . AT A 153.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.159;DP=30;FS=20.535;HaplotypeScore=408.9868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=5.13;ReadPosRankSum=2.985;SB=-3.355e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:30:99:193,0,129 chrXIII 388702 . ATATATATATAT A 1984.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.996;DP=29;FS=22.842;HaplotypeScore=238.0290;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.399;QD=68.45;ReadPosRankSum=4.198;SB=-5.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:20:2024,0,20 chrXIII 392552 . GA G 4100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=1067.8524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=23.43;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.316e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,161:175:99:4100,447,0 chrXIII 394870 . TA T 2317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=661.9177;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.88;MQ0=0;QD=19.98;RPA=10,9;RU=A;SB=-9.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,100:116:99:2360,287,0 chrXIII 396553 . G GA 4464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=344.0609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.27;MQ0=0;QD=24.53;RPA=5,6;RU=A;SB=-2.146e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,155:182:99:4464,466,0 chrXIII 399471 . TA T 2493.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=371.5519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.51;MQ0=0;QD=20.11;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.058e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,108:124:99:2536,308,0 chrXIII 404235 . T TA 1630.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.433;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=135.2869;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.57;MQ0=0;MQRankSum=1.678;QD=21.75;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=-0.162;SB=-6.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,68:75:99:1673,167,0 chrXIII 405653 . C CT 2095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.849;DP=123;FS=8.938;HaplotypeScore=289.7584;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.532;QD=17.04;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.532;SB=-9.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,89:123:99:2138,196,0 chrXIII 406257 . TAA T 2159.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.933;DP=100;FS=2.774;HaplotypeScore=497.7078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.203;QD=21.60;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.798;SB=-6.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,76:100:99:2202,177,0 chrXIII 407599 . AT A 2553.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=295.3672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=17.86;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,118:143:99:2596,332,0 chrXIII 407663 . A AT 2144.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=116.3780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.05;RPA=7,8;RU=T;SB=-9.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,81:107:99:2187,240,0 chrXIII 409001 . CA C 2038.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;DP=127;FS=4.519;HaplotypeScore=62.2357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;MQRankSum=1.681;QD=16.05;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=2.023;SB=-9.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,104:127:99:2081,207,0 chrXIII 409194 . GACAACAGCATCAACA G 10010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=64.5125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.56;MQ0=0;QD=64.17;RPA=2,1;RU=ACAACAGCATCAACA;SB=-3.227e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:112,41:156:99:10010,280,0 chrXIII 410428 . CAAT C 5428 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=49.4025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=33.93;RPA=5,4;RU=AAT;SB=-1.631e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,127:160:99:5428,373,0 chrXIII 411264 . A ATT 5912 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=52.0486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.98;MQ0=0;QD=37.18;RPA=2,4;RU=T;SB=-2.732e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,153:159:99:5912,433,0 chrXIII 411379 . CTTT C 3158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;DP=121;FS=6.809;HaplotypeScore=238.9281;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.175;QD=26.11;RPA=12,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.629;SB=-1.445e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,64:121:99:3201,220,0 chrXIII 411461 . G GT,GTT 1989.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;DP=153;FS=6.086;HaplotypeScore=188.0589;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.95;MQ0=0;MQRankSum=1.256;QD=13.01;RPA=12,13,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.249;SB=-9.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:93,52,6:153:99:2068,307,140,944,0,872 chrXIII 413769 . CAT C 4556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=41.5615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=33.75;RPA=4,3;RU=AT;SB=-1.825e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,127:135:99:4556,358,0 chrXIII 420077 . AT A 4386 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=551.9025;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=29.84;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.991e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,140:147:99:4386,412,0 chrXIII 420283 . GA G 2339.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=239.8770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.62;MQ0=0;QD=23.40;RPA=4,3;RU=A;SB=-7.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,89:100:99:2382,246,0 chrXIII 420582 . T TA 1679.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=196.3665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.18;MQ0=0;QD=24.35;RPA=5,6;RU=A;SB=-7.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,63:69:99:1722,180,0 chrXIII 420789 . CTT C 1786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=223.9904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.83;MQ0=0;QD=31.91;RPA=6,4;RU=T;SB=-7.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:56:99:1829,147,0 chrXIII 421112 . TC T 491.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=49.8088;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.47;MQ0=0;QD=27.33;SB=-6.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:51:534,51,0 chrXIII 426076 . AT A 1462.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=194.5782;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=19.00;RPA=9,8;RU=T;SB=-2.610e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,67:77:99:1505,194,0 chrXIII 426224 . AT A 818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=196.7405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=14.12;RPA=12,11;RU=T;SB=-4.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,42:58:99:861,119,0 chrXIII 431339 . G GA 2060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=92.9131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;QD=24.25;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.009e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,77:85:99:2103,225,0 chrXIII 432230 . TGA T 2544.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=118.9965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.87;MQ0=0;QD=41.05;SB=-1.157e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,56:62:99:2587,163,0 chrXIII 432244 . TA T 1219.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=273.8718;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.40;MQ0=0;QD=16.49;RPA=8,7;RU=A;SB=-4.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,64:74:99:1262,156,0 chrXIII 432740 . T TTTG 6316 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=100.7463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;QD=46.44;SB=-3.116e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:136:99:6316,382,0 chrXIII 433352 . CGTATCGATT C 15042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;FS=0.000;HaplotypeScore=1169.2328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.88;MQ0=0;QD=78.34;RPA=2,1;RU=GTATCGATT;SB=-6.125e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,147:192:99:15042,436,0 chrXIII 434658 . T TA 2396.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=38.5120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;QD=24.46;RPA=3,4;RU=A;SB=-5.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,92:98:99:2439,243,0 chrXIII 436164 . AT A 2233.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=511.4970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.56;MQ0=0;QD=24.02;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,86:93:99:2276,249,0 chrXIII 437392 . A AC 4238 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=137.0134;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=27.70;RPA=6,7;RU=C;SB=-1.936e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,134:153:99:4238,415,0 chrXIII 442239 . CTT C 1607.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.802;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=736.4349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.588;QD=22.97;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.952;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,49:70:99:1650,108,0 chrXIII 442272 . TGGCG T 3122.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.372;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=918.3680;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.411;QD=43.99;ReadPosRankSum=2.372;SB=-7.770e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:71:99:3165,178,0 chrXIII 442277 . ATATAATC A 4990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=697.1265;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=80.48;SB=-1.197e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:4990,187,0 chrXIII 442298 . A ATATTCGTGTTCC 4118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=1166.2672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.55;MQ0=0;QD=48.45;RPA=2,3;RU=TATTCGTGTTCC;SB=-1.869e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,26:85:99:4118,159,0 chrXIII 459456 . TG T 2912.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=100.3506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.40;MQ0=0;QD=28.56;SB=-1.242e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:102:99:2955,283,0 chrXIII 462615 . CAA C 5622 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.084;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=324.5418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.67;MQ0=0;MQRankSum=1.023;QD=39.31;RPA=3,1;RU=A;ReadPosRankSum=-0.272;SB=-2.730e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,130:143:99:5622,304,0 chrXIII 465476 . CT C 4295 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=281.3466;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=34.64;SB=-1.805e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:124:99:4295,343,0 chrXIII 468236 . CT C 640.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=53.2444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=16.02;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,31:40:84:683,84,0 chrXIII 472637 . GA G 1131.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.033;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=52.5663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.558;QD=13.32;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.361;SB=-8.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,61:85:99:1174,110,0 chrXIII 475726 . G GA 257.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.161;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=34.1927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=2.517;QD=4.30;RPA=16,17;RU=A;ReadPosRankSum=-2.822;SB=-7.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,19:60:45:297,0,45 chrXIII 480268 . CT C 3023.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=184.0630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.31;MQ0=0;QD=19.89;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.152e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,134:152:99:3066,391,0 chrXIII 481989 . C CA 3963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=112.8817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;QD=28.31;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.402e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,135:140:99:3963,382,0 chrXIII 482113 . GA G 3018.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=50.2719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.70;MQ0=0;QD=19.86;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.217e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,133:152:99:3061,383,0 chrXIII 483557 . ATCATTGTCTGTCAG A 4934 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=66.3397;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.24;MQ0=0;QD=109.64;SB=-1.990e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,38:45:99:4934,108,0 chrXIII 483743 . GAAAAA G,GA 1310.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.317;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=108.5703;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.638;QD=19.86;RPA=23,18,19;RU=A;ReadPosRankSum=2.317;SB=-5.479e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:33,8,0:66:99:1389,359,339,221,0,122 chrXIII 494666 . TA T 3194.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=294.4784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=26.19;RPA=4,3;RU=A;SB=-9.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,117:122:99:3237,331,0 chrXIII 494984 . TA T 3851 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=566.4522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=26.20;SB=-4.000e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,140:147:99:3851,402,0 chrXIII 507326 . GT G 1962.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=244.6976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.61;MQ0=0;QD=20.88;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,82:94:99:2005,243,0 chrXIII 507386 . G GTA 2116.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=140.2589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=28.61;RPA=5,6;RU=TA;SB=-7.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,57:74:99:2159,175,0 chrXIII 511585 . CTT C 3330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=172.4119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;QD=25.81;RPA=9,7;RU=T;SB=-6.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,100:129:99:3330,298,0 chrXIII 512087 . GTT G 2394.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=246.3701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.36;MQ0=0;QD=24.95;RPA=13,11;RU=T;SB=-9.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,80:96:99:2437,241,0 chrXIII 512547 . A AAGTT 10544 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=1573.5728;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.99;MQ0=0;QD=52.98;RPA=1,2;RU=AGTT;SB=-4.181e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,167:199:99:10544,545,0 chrXIII 512572 . ATTT A 7506 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=202;FS=0.000;HaplotypeScore=1649.4562;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.47;MQ0=0;QD=37.16;RPA=10,7;RU=T;SB=-3.658e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,177:202:99:7506,520,0 chrXIII 513008 . TC T 2893.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=1022.8491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.72;MQ0=0;QD=34.45;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:84:99:2936,238,0 chrXIII 514073 . AT A 1096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=373.9554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.92;MQ0=0;QD=12.76;RPA=12,11;RU=T;SB=-4.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,54:86:99:1139,155,0 chrXIII 514095 . C CT 1262.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=557.2556;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=17.07;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.382;SB=-5.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,49:74:99:1305,120,0 chrXIII 514128 . G GGA 2735.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=324.9115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.89;MQ0=1;QD=41.45;RPA=1,2;RU=GA;SB=-1.199e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:65:99:2778,181,0 chrXIII 514293 . A AT 1168.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=118.6704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.91;MQ0=0;QD=15.59;RPA=13,14;RU=T;SB=-5.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,42:75:99:1211,157,0 chrXIII 514628 . C CGCT 8674 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.964;DP=205;FS=0.000;HaplotypeScore=82.8091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=62.73;MQ0=0;MQRankSum=0.068;QD=42.31;ReadPosRankSum=-0.380;SB=-2.151e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,193:205:99:8674,510,0 chrXIII 515570 . G GACAACA 9984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.631;DP=225;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=693.5020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=44.37;RPA=7,9;RU=ACA;ReadPosRankSum=0.952;SB=-4.498e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:66,145:225:99:9984,421,0 chrXIII 517348 . TA T 2603.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=82.1701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.55;MQ0=0;QD=26.57;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.045e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,95:98:99:2646,270,0 chrXIII 521877 . G GT 2979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=42.7486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.43;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.466e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,99:122:99:3022,309,0 chrXIII 535671 . G GT 1228.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=102.0587;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=19.20;RPA=7,8;RU=T;SB=-2.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,49:64:99:1271,141,0 chrXIII 536079 . C CT 929.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=10.6309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.47;RPA=8,9;RU=T;SB=-8.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:972,111,0 chrXIII 536190 . TA T 1107.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=20.9724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;QD=17.05;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,57:65:99:1150,149,0 chrXIII 538627 . ACACACTCACTCACACATG A 13400 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=294.9629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.99;MQ0=0;QD=115.52;SB=-5.499e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,97:116:99:13400,334,0 chrXIII 539498 . ACTG A 5379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=262.7126;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;QD=30.74;RPA=8,7;RU=CTG;SB=-1.710e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,117:175:99:5379,376,0 chrXIII 540509 . GC G 4937 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=424.7577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.26;MQ0=0;QD=33.36;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.036e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,142:148:99:4937,424,0 chrXIII 541071 . G GT 2771.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=38.2454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.22;MQ0=0;QD=24.32;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.220e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,110:114:99:2814,312,0 chrXIII 541435 . T TAACAACAACAACAACAAC 19962 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=637.4914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.84;MQ0=0;QD=124.76;RPA=3,9;RU=AAC;SB=-8.580e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,111:160:99:19962,379,0 chrXIII 542953 . C CTT 4034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=456.8723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.98;MQ0=0;QD=27.44;RPA=8,10;RU=T;SB=-1.195e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,118:147:99:4034,355,0 chrXIII 545146 . G GATAA 8020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=307.1956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.44;MQ0=0;QD=60.76;SB=-2.716e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,119:132:99:8020,376,0 chrXIII 549228 . CA C 3449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=178.6143;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.08;MQ0=0;QD=29.23;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.447e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,113:118:99:3449,313,0 chrXIII 550811 . TA T 2672.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=124.1828;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.69;MQ0=0;QD=19.23;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.184e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,118:139:99:2715,324,0 chrXIII 550889 . T TA 3698 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=246.6352;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=29.58;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.550e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,117:125:99:3698,337,0 chrXIII 552461 . G GA 4338 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=355.8288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.26;MQ0=0;QD=28.73;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.408e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,145:151:99:4338,406,0 chrXIII 557409 . T TTA 1889.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.834;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=246.1039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.834;QD=23.92;RPA=6,7;RU=TA;ReadPosRankSum=-1.412;SB=-9.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,53:79:99:1932,126,0 chrXIII 558682 . CA C 774.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;DP=89;FS=11.966;HaplotypeScore=55.9440;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.09;MQ0=0;MQRankSum=0.394;QD=8.71;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.354;SB=-4.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,49:89:52:814,0,52 chrXIII 559048 . TA T 1150.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.139;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=145.2313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.096;QD=12.38;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.100;SB=-4.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,67:93:99:1193,133,0 chrXIII 559980 . CT C 1607.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.497;DP=121;FS=7.590;HaplotypeScore=68.8859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=0.723;QD=13.29;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.172;SB=-6.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,84:121:99:1650,143,0 chrXIII 562633 . A AAT 4968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=744.4786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.72;MQ0=0;QD=37.35;RPA=1,2;RU=AT;SB=-2.010e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,121:133:99:4968,358,0 chrXIII 562854 . A AT 3086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=476.1119;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.05;MQ0=0;QD=29.68;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.447e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,95:104:99:3129,286,0 chrXIII 562899 . TG T 3565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=355.1336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.39;MQ0=0;QD=33.95;SB=-1.571e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,97:105:99:3565,289,0 chrXIII 571078 . TA T 4003 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=59.7807;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=24.26;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.491e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,156:165:99:4003,415,0 chrXIII 571250 . CAAAAA C 4226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.338;DP=122;FS=18.274;HaplotypeScore=229.3731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=34.64;RPA=16,11;RU=A;ReadPosRankSum=2.356;SB=-1.464e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,82:122:99:4226,149,0 chrXIII 572872 . GA G 1221.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=82.6180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;QD=18.51;RPA=8,7;RU=A;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,55:66:99:1264,156,0 chrXIII 573957 . G GA 2636.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.039;DP=133;FS=4.150;HaplotypeScore=609.4260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=19.83;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.511;SB=-1.024e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,107:132:99:2679,292,0 chrXIII 574226 . C CAA 3110.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=55.9725;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;QD=28.81;RPA=9,11;RU=A;SB=-1.289e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,87:108:99:3153,276,0 chrXIII 587715 . G GTTA 2041.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=146.2604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.41;MQ0=0;QD=33.47;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:99:2084,168,0 chrXIII 588588 . CTGT C 3086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=1441.1878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.58;MQ0=0;QD=26.84;SB=-9.970e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,77:115:99:3129,283,0 chrXIII 588597 . TTGC T 2304.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.510;DP=93;FS=3.301;HaplotypeScore=1327.4268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.41;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=24.78;ReadPosRankSum=4.836;SB=-6.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,77:93:99:2347,160,0 chrXIII 588642 . T TTGCTGC 4151 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=499.8854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.33;MQ0=0;QD=54.62;SB=-1.586e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,66:76:99:4151,220,0 chrXIII 589923 . C CT 1368.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.484;DP=76;FS=2.637;HaplotypeScore=45.7809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.251;QD=18.01;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.017;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,62:76:99:1411,121,0 chrXIII 592775 . T TC 2019.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=7.188;DP=148;FS=0.801;HaplotypeScore=1137.7686;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.76;MQ0=0;MQRankSum=3.011;QD=13.65;ReadPosRankSum=4.055;SB=-8.386e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,99:148:61:2062,61,0 chrXIII 592777 . A ACACAAGC 8459 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.803;DP=150;FS=5.439;HaplotypeScore=512.7644;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.01;MQ0=0;MQRankSum=3.038;QD=56.39;ReadPosRankSum=6.063;SB=-3.472e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,98:150:38:8459,0,38 chrXIII 593361 . AG A 5772 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=309.6201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.98;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.697e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,167:175:99:5772,493,0 chrXIII 597274 . GC G 5199 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=50.9950;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.70;MQ0=0;QD=30.58;RPA=3,2;RU=C;SB=-2.526e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,166:170:99:5199,475,0 chrXIII 601230 . AG A 5023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=1054.9045;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.10;MQ0=0;QD=26.30;RPA=7,6;RU=G;SB=-1.131e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,185:191:99:5023,526,0 chrXIII 601268 . G GA 2608.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.530;DP=168;FS=4.625;HaplotypeScore=1120.9144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.770;QD=15.53;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-5.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:67,99:168:99:2651,226,0 chrXIII 603551 . TA T 5322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=386.5478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.06;MQ0=0;QD=35.96;SB=-2.578e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,146:148:99:5322,424,0 chrXIII 605850 . GA G 1924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=596.8713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.47;MQ0=0;QD=21.39;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,71:90:99:1967,234,0 chrXIII 605891 . ATTAAATAT A 8742 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=285.3792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.01;MQ0=0;QD=94.00;SB=-4.168e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,88:93:99:8742,265,0 chrXIII 608323 . CA C 4373 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=145.8340;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=30.37;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.590e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,137:144:99:4373,397,0 chrXIII 609107 . CCAG C 2430.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.680;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=1932.4164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.26;MQ0=12;MQRankSum=-0.157;QD=24.81;ReadPosRankSum=1.155;SB=-7.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,68:74:99:2473,132,0 chrXIII 609752 . GTTC G 3884 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.588;DP=235;DS;FS=93.730;HaplotypeScore=4803.2248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.333;QD=16.53;RPA=2,1;RU=TTC;ReadPosRankSum=5.569;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,95:224:99:3884,0,4011 chrXIII 609764 . A AC 1621.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.070;DP=250;DS;FS=103.148;HaplotypeScore=5181.4292;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.982;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.304;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:176,70:240:99:1661,0,3725 chrXIII 609769 . AAGAG A 3619 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.704;DP=227;DS;FS=99.760;HaplotypeScore=4366.8866;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=32.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.392;QD=15.94;ReadPosRankSum=-0.939;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:156,70:217:99:3619,0,8623 chrXIII 610441 . GT G 3292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=134.5791;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.13;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.520e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,114:126:99:3292,334,0 chrXIII 610928 . GC G 3984 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=45.6068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;QD=27.29;RPA=4,3;RU=C;SB=-1.312e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,139:146:99:3984,379,0 chrXIII 611332 . T TGTTA 7229 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=43.8428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=52.38;SB=-2.582e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,125:138:99:7229,367,0 chrXIII 618182 . CA C 1727.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.103;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=103.3816;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;MQRankSum=0.587;QD=13.94;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.358;SB=-3.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,89:124:99:1770,204,0 chrXIII 619338 . AT A 1706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.091;DP=86;FS=4.337;HaplotypeScore=394.1210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=0;MQRankSum=1.322;QD=19.85;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.228;SB=-6.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,76:86:99:1749,213,0 chrXIII 619616 . T TAA 3629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=164.8258;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.10;MQ0=2;QD=28.13;RPA=8,10;RU=A;SB=-9.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,100:127:99:3629,305,0 chrXIII 622182 . A ATG 956.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=96.2008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.657;QD=25.18;ReadPosRankSum=-1.733;SB=-4.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:38:73:999,73,0 chrXIII 623256 . C CT 1877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.894;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=89.3825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=0.055;QD=19.77;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.011;SB=-3.890e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,77:95:99:1920,149,0 chrXIII 623305 . GA G 1097.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=165.8484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.664;QD=13.23;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.664;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,58:83:99:1140,145,0 chrXIII 625633 . AT A 317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=16.8951;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=14.45;RPA=10,9;RU=T;SB=-6.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,18:22:48:360,48,0 chrXIII 625704 . GTTTCTT G 1347.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=56.4801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.57;MQ0=0;QD=49.92;SB=-5.290e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,9:27:78:1390,78,0 chrXIII 625763 . TA T 1314.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=150.0935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.20;MQ0=0;QD=32.07;RPA=2,1;RU=A;SB=-5.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1357,117,0 chrXIII 626185 . T TC 5162 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.049;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=594.2999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=1.293;QD=30.73;ReadPosRankSum=1.049;SB=-2.090e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,160:168:99:5162,410,0 chrXIII 628843 . TAA T 510.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=53.7509;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.60;MQ0=0;QD=23.23;RPA=11,9;RU=A;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:54:553,54,0 chrXIII 632332 . G GA 2853.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=169.3806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=23.98;RPA=5,6;RU=A;SB=-7.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,99:119:99:2896,300,0 chrXIII 650964 . AT A 3233.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=661.3777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.29;MQ0=0;QD=21.85;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.413e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,136:148:99:3275,378,0 chrXIII 652533 . CTT C 3350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.995;DP=161;FS=2.259;HaplotypeScore=83.4706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=1;MQRankSum=-0.056;QD=20.81;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.078;SB=-1.025e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,100:160:99:3350,317,0 chrXIII 652808 . GA G 3070.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=186.2379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=21.18;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,134:145:99:3113,366,0 chrXIII 652952 . A ACAGTAATATT 11124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=553.8327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.19;MQ0=0;QD=78.89;RPA=1,2;RU=CAGTAATATT;SB=-3.542e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,110:141:99:11124,313,0 chrXIII 654160 . TATA T 9530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;FS=0.000;HaplotypeScore=75.9062;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.93;MQ0=0;QD=41.62;RPA=2,1;RU=ATA;SB=-2.865e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,215:229:99:9530,599,0 chrXIII 654832 . C CA 3010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=383.7193;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=23.90;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.473e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,107:126:99:3053,318,0 chrXIII 654916 . AATATATAT A 5670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=286.8156;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=67.50;RPA=9,5;RU=AT;SB=-2.524e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,58:84:99:5670,190,0 chrXIII 661888 . A AT 4858 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=62.1920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=29.80;RPA=2,3;RU=T;SB=-2.084e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,152:163:99:4858,433,0 chrXIII 667202 . CAAAAAA C 6606 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=61.4855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=42.35;RPA=17,11;RU=A;SB=-3.187e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,109:156:99:6606,300,0 chrXIII 674990 . GA G 1330.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=24.3788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=22.95;RPA=5,4;RU=A;SB=-5.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,54:58:99:1373,150,0 chrXIII 675387 . GT G 2532.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=51.7068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.22;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.276e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,117:139:99:2575,326,0 chrXIII 677063 . A AT 1300.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.508;DP=76;FS=1.994;HaplotypeScore=172.5268;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=0.916;QD=17.12;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.480;SB=-4.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,56:76:99:1343,99,0 chrXIII 685884 . CA C 1810.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3908;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.15;MQ0=0;QD=19.47;RPA=9,8;RU=A;SB=-6.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,88:93:99:1853,239,0 chrXIII 687366 . GT G 1085.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=239.8792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.73;MQ0=0;QD=15.30;RPA=13,12;RU=T;SB=-5.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,56:71:99:1128,159,0 chrXIII 688905 . ATT A 2192.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=39.9868;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=26.11;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.990;SB=-8.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,71:84:99:2235,206,0 chrXIII 688993 . C CA 2699.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=273.6083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;MQ0=0;QD=24.77;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.285e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,87:109:99:2742,282,0 chrXIII 695196 . GA G 6963 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;FS=0.000;HaplotypeScore=130.7429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.39;MQ0=0;QD=33.80;SB=-2.933e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,203:206:99:6963,566,0 chrXIII 696571 . T TAA 2805.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=31.6266;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.43;MQ0=0;QD=29.85;RPA=4,6;RU=A;SB=-5.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,77:94:99:2848,220,0 chrXIII 698679 . TAAA T 2348.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=174.1212;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=1.683;QD=28.65;RPA=17,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.683;SB=-1.182e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,55:82:99:2391,201,0 chrXIII 699586 . TTGTTGTTAC T 6557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=230.4120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.27;MQ0=0;QD=66.91;SB=-3.215e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,88:98:99:6557,243,0 chrXIII 703399 . T TAC 722.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=82.7909;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.75;MQ0=0;QD=26.78;SB=-1.550e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,13:27:60:765,60,0 chrXIII 703444 . ATTT A 2090.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=219.6441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.56;MQ0=0;QD=42.67;RPA=5,2;RU=T;SB=-4.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,45:49:99:2133,129,0 chrXIII 703560 . CTTTCTGAAATACG C 4512 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=213.5588;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.14;MQ0=0;QD=110.05;SB=-3.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,31:41:93:4512,93,0 chrXIII 718367 . ATT A 2004.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=269.6979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.20;MQ0=0;QD=27.85;RPA=11,9;RU=T;SB=-7.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,62:72:99:2047,189,0 chrXIII 736909 . CA C 2065.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=308.5422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=24.31;RPA=2,1;RU=A;SB=-6.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,68:85:99:2108,225,0 chrXIII 739163 . G GC 2392.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=160.4730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.72;MQ0=0;QD=30.68;RPA=1,2;RU=C;SB=-8.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,67:78:99:2435,213,0 chrXIII 749705 . GT G 2428.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=139.3613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=26.12;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.178e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,89:93:99:2471,252,0 chrXIII 751553 . CA C 2420.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.225;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=43.6487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=19.06;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.577;SB=-8.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,112:127:99:2463,297,0 chrXIII 752958 . ATT A 708.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=82.1571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.91;MQ0=0;QD=27.27;RPA=12,10;RU=T;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:26:69:751,69,0 chrXIII 756533 . CAT C 4100 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=1101.9744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.88;MQ0=0;QD=29.50;RPA=4,3;RU=AT;SB=-1.388e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,113:139:99:4100,337,0 chrXIII 756607 . A AT 1811.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=1086.5499;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.032;QD=17.42;ReadPosRankSum=1.103;SB=-8.760e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,75:104:99:1854,208,0 chrXIII 756980 . TTC T 200.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.802;DP=30;FS=1.922;HaplotypeScore=191.2693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.812;QD=6.70;ReadPosRankSum=-1.883;SB=-5.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:30:99:240,0,332 chrXIII 756991 . A AT 504.04 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.195;DP=34;FS=1.730;HaplotypeScore=244.3551;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.09;MQ0=0;MQRankSum=0.280;QD=14.82;RPA=2,3;RU=T;ReadPosRankSum=-1.043;SB=-1.969e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,22:34:15:543,0,15 chrXIII 756996 . T TA 916.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=174.8733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;QD=31.62;SB=-3.160e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:75:959,75,0 chrXIII 758843 . T TA 6513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=213.3125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=33.23;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.508e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,187:196:99:6513,539,0 chrXIII 758921 . GTA G 3938 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.615;DP=235;DS;FS=3.580;HaplotypeScore=1077.4201;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.62;MQ0=0;MQRankSum=2.708;QD=16.76;ReadPosRankSum=9.560;SB=-1.110e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,155:235:99:3938,0,276 chrXIII 758925 . GTA G 3916 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.149;DP=227;DS;FS=1.559;HaplotypeScore=1017.2899;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=1.579;QD=17.25;ReadPosRankSum=9.242;SB=-1.090e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,155:227:99:3916,0,129 chrXIII 759081 . C CG 4692 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.422;DP=237;FS=2.911;HaplotypeScore=978.7864;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.660;QD=19.80;ReadPosRankSum=3.052;SB=-1.338e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,215:237:99:4692,634,0 chrXIII 759082 . A AT 4924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.323;DP=236;FS=10.713;HaplotypeScore=953.9778;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.59;MQ0=0;MQRankSum=0.432;QD=20.86;ReadPosRankSum=3.269;SB=-1.308e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,215:236:99:4924,602,0 chrXIII 759285 . AG A 4800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=821.1519;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.50;MQ0=0;QD=29.45;SB=-2.173e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,144:163:99:4800,463,0 chrXIII 759298 . TA T 4547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=822.8672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.61;MQ0=0;QD=28.78;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.902e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,144:158:99:4547,409,0 chrXIII 759679 . C CT 4030 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=46.8384;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.30;MQ0=0;QD=27.23;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.953e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,142:148:99:4030,385,0 chrXIII 762557 . CAA C 2780.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=70.0242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.10;MQ0=0;QD=30.90;RPA=6,4;RU=A;SB=-1.090e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,79:90:99:2823,234,0 chrXIII 762845 . AGGG A 6995 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=1095.4922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.67;MQ0=0;QD=51.81;SB=-2.933e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:135:99:6995,364,0 chrXIII 763192 . G GA 1935.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=285.4026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.43;MQ0=0;QD=23.90;RPA=6,7;RU=A;SB=-9.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,73:81:99:1978,210,0 chrXIII 763221 . G GA 3033.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=266.6300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;QD=31.94;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.519e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,92:95:99:3076,280,0 chrXIII 768214 . G GA 2996.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=459.1178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.28;MQ0=0;QD=31.22;SB=-1.387e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:96:99:3039,259,0 chrXIII 768315 . AT A 1623.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=413.5580;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.77;MQ0=0;QD=24.24;RPA=2,1;RU=T;SB=-3.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,50:67:99:1666,150,0 chrXIII 769250 . CATGAT C 9982 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=764.3350;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.47;MQ0=0;QD=63.99;SB=-3.104e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,145:156:99:9982,421,0 chrXIII 770456 . T TTAAGAGCAAGAGTTGCA 5654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=247.2598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.80;MQ0=0;QD=54.37;RPA=1,2;RU=TAAGAGCAAGAGTTGCA;SB=-2.138e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:75,28:104:99:5654,99,0 chrXIII 770561 . A AT 1053.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.823;DP=84;FS=1.450;HaplotypeScore=497.2560;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.305;QD=12.55;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.308;SB=-3.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,54:84:44:1093,0,44 chrXIII 774028 . TC T 3035.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=472.1239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.09;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=23.18;ReadPosRankSum=-1.367;SB=-1.262e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,70:131:99:3078,337,0 chrXIII 774724 . CAA C 1495.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=454.6634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.43;MQ0=0;QD=17.81;RPA=12,10;RU=A;SB=-7.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,56:84:99:1538,147,0 chrXIII 774965 . A AAG 2773.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=47.9227;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.56;MQ0=0;QD=37.49;RPA=2,3;RU=AG;SB=-2.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,65:74:99:2816,196,0 chrXIII 775114 . GAAA G 1047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=25.3413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.94;MQ0=0;QD=25.56;RPA=12,9;RU=A;SB=-4.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,30:41:77:1090,77,0 chrXIII 775274 . T TG 2341.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=20.5371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.32;MQ0=0;QD=34.95;RPA=1,2;RU=G;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2384,196,0 chrXIII 775905 . GA G 2955.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=325.9056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.97;MQ0=0;QD=19.84;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.220e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,136:149:99:2998,357,0 chrXIII 776003 . AATT A 7460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=391.5060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=0;QD=44.94;RPA=2,1;RU=ATT;SB=-2.571e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,155:166:99:7460,445,0 chrXIII 777598 . CT C 5957 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;FS=0.000;HaplotypeScore=350.6493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=26.59;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.802e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,204:224:99:5957,610,0 chrXIII 777667 . GA G 5413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;FS=0.000;HaplotypeScore=271.9469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=24.06;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.470e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,201:225:99:5413,586,0 chrXIII 779300 . CT C 612.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.006;DP=81;FS=9.523;HaplotypeScore=46.2415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=1.148;QD=7.57;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.480;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:81:36:652,0,36 chrXIII 779631 . A ACTC 3994 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=41.4309;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;QD=38.40;RPA=3,4;RU=CTC;SB=-1.754e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,83:104:99:3994,247,0 chrXIII 782521 . GA G 2673.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=230.2221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=26.74;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.223e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,92:100:99:2716,244,0 chrXIII 784454 . G GA 2850.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=100.5113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.94;MQ0=0;QD=25.23;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.256e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,106:113:99:2893,291,0 chrXIII 789974 . G GAA 2902.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=185.1880;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.17;MQ0=0;QD=28.46;RPA=8,10;RU=A;SB=-1.150e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,85:102:99:2945,254,0 chrXIII 795526 . CA C 3952 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=46.3166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;QD=29.06;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.959e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,128:136:99:3952,352,0 chrXIII 798261 . GT G 3165.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=329.3890;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.09;MQ0=0;QD=21.68;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,126:146:99:3208,351,0 chrXIII 798468 . G GT 2668.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=544.8901;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.54;MQ0=0;QD=25.42;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,99:105:99:2711,282,0 chrXIII 801577 . GTTT G 3796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=37.3625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.12;MQ0=0;QD=37.96;RPA=9,6;RU=T;SB=-7.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,95:100:99:3796,268,0 chrXIII 804926 . TAAG T 4546 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=577.7235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=33.93;RPA=6,5;RU=AAG;SB=-1.948e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,106:133:99:4546,313,0 chrXIII 805223 . T TA 331.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=108.6684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.00;MQ0=0;QD=15.81;RPA=4,5;RU=A;SB=-8.899e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,14:21:39:374,39,0 chrXIII 805306 . TA T 1995.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=427.1049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=20.79;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,88:96:99:2038,254,0 chrXIII 807691 . TTATG T 6634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=430.9429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.35;MQ0=0;QD=53.07;RPA=2,1;RU=TATG;SB=-3.165e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,113:125:99:6634,337,0 chrXIII 808194 . CA C 1069.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.965;DP=66;FS=3.067;HaplotypeScore=298.1547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.46;MQ0=0;MQRankSum=1.170;QD=16.21;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=2.053;SB=-5.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,56:66:99:1112,115,0 chrXIII 808962 . GC G 2860.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.275;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=411.5612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.04;MQ0=0;MQRankSum=0.275;QD=24.66;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=1.441;SB=-1.087e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,107:116:99:2903,305,0 chrXIII 810832 . G GA 3532 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.594;DP=188;FS=3.903;HaplotypeScore=135.0222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.188;QD=18.79;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.732;SB=-1.447e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,148:188:99:3532,396,0 chrXIII 811237 . G GGTT 5968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.578;DP=241;DS;FS=5.593;HaplotypeScore=186.1590;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=1;MQRankSum=-1.994;QD=24.76;RPA=9,10;RU=GTT;ReadPosRankSum=-2.002;SB=-2.298e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:84,152:240:99:5968,155,0 chrXIII 811659 . GACTGGGGCTGAAGCTTGA G 8913 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=728.5380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.24;MQ0=0;QD=56.77;SB=-3.595e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,136:157:99:8913,385,0 chrXIII 815480 . C CAA 624.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=46.9674;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.49;MQ0=0;QD=18.91;RPA=13,15;RU=A;SB=-1.332e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,19:33:68:665,68,0 chrXIII 818603 . G GAC 7205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=221;FS=0.000;HaplotypeScore=584.9740;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=1;QD=32.60;RPA=4,5;RU=AC;SB=-2.934e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,185:220:99:7205,554,0 chrXIII 819038 . T TCAAGTCACAACC 15607 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=800.5842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.57;MQ0=0;QD=76.50;RPA=1,2;RU=CAAGTCACAACC;SB=-5.395e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,157:204:99:15607,448,0 chrXIII 822227 . GACGACGACGAAGATGACGACC G 22074 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=67.7925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.93;MQ0=0;QD=136.26;SB=-8.964e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,135:162:99:22074,391,0 chrXIII 822635 . G GT 616.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.056;DP=60;FS=2.509;HaplotypeScore=209.2107;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.458;QD=10.27;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.578;SB=-1.611e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,35:60:8:657,8,0 chrXIII 822673 . T TC 1384.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=97.0981;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=25.18;RPA=3,4;RU=C;SB=-3.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:55:99:1427,126,0 chrXIII 826507 . A AT 4608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=303.5935;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=27.93;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.243e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,154:165:99:4608,451,0 chrXIII 828323 . TTCGTTTTGCATC T 10921 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=937.3735;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.16;MQ0=0;QD=81.50;SB=-4.570e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,116:134:99:10921,330,0 chrXIII 831492 . CG C 2814.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=43.2167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;QD=33.51;RPA=2,1;RU=G;SB=-4.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:84:99:2857,241,0 chrXIII 837776 . A AT 758.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=63.1113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.93;MQ0=0;QD=23.00;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:78:801,78,0 chrXIII 838018 . ATT A 3214.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=115.9641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.53;MQ0=1;QD=28.96;RPA=7,5;RU=T;SB=-1.321e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,105:110:99:3257,283,0 chrXIII 840038 . T TG 2721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=306.3322;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;QD=34.02;SB=-1.035e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:80:99:2764,220,0 chrXIII 852156 . TC T 2074.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=299.1144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.19;MQ0=0;QD=25.00;RPA=7,6;RU=C;SB=-6.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,74:83:99:2117,222,0 chrXIII 852207 . CT C 2335.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=748.3952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.09;MQ0=0;QD=20.67;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,92:113:99:2378,276,0 chrXIII 852310 . GA G 1047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.377;DP=83;FS=3.017;HaplotypeScore=113.1176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=12.63;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.190;SB=-5.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,55:83:99:1090,108,0 chrXIII 852529 . T TTTC 4987 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=35.9007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.29;MQ0=0;QD=46.61;SB=-1.537e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,103:107:99:4987,289,0 chrXIII 854422 . CT C 1573.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.293;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=144.1089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=0.847;QD=16.23;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-2.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,73:97:99:1616,184,0 chrXIII 854478 . CTTTT C 2047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=140.5013;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.55;MQ0=0;QD=34.71;RPA=14,10;RU=T;SB=-8.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,45:59:99:2090,123,0 chrXIII 854821 . GTTTTTAATA G 12375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=50.1317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.32;MQ0=0;QD=79.84;SB=-4.685e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,135:155:99:12375,394,0 chrXIII 856903 . C CA 1774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;DP=119;FS=3.915;HaplotypeScore=83.5434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=14.92;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-7.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,87:119:99:1817,144,0 chrXIII 859174 . TTA T 505.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=37.8552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=21.08;RPA=5,4;RU=TA;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,20:24:45:548,45,0 chrXIII 861115 . TA T 1882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=221.1008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.54;MQ0=0;QD=21.89;RPA=6,5;RU=A;SB=-8.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,79:86:99:1925,222,0 chrXIII 861205 . CAAA C 1872.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=283.2774;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.29;MQ0=0;QD=28.38;RPA=13,10;RU=A;SB=-7.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,44:66:99:1915,149,0 chrXIII 861377 . G GT 2506.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DP=129;FS=2.004;HaplotypeScore=341.9641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.56;MQ0=0;MQRankSum=1.440;QD=19.43;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.368;SB=-7.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,98:129:99:2549,272,0 chrXIII 861850 . AAG A 5118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=143.0419;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;QD=31.40;RPA=7,6;RU=AG;SB=-2.175e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,136:163:99:5118,421,0 chrXIII 865430 . AT A 629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=361.3441;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;MQRankSum=1.103;QD=10.50;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.368;SB=-2.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,31:60:72:672,72,0 chrXIII 865450 . CAT C 979.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=203.7669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.30;MQ0=0;QD=22.27;RPA=8,7;RU=AT;SB=-3.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,31:44:87:1022,87,0 chrXIII 874073 . CG C 3457 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.748;DP=222;DS;FS=128.493;HaplotypeScore=5635.5607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.91;MQ0=15;MQRankSum=2.318;QD=15.57;ReadPosRankSum=1.255;SB=-1.232e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,147:207:17:3457,17,0 chrXIII 874077 . G GA 4145 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.748;DP=177;DS;FS=128.493;HaplotypeScore=5141.9496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.39;MQ0=17;MQRankSum=2.044;QD=23.42;ReadPosRankSum=0.766;SB=-1.601e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,147:159:19:4145,19,0 chrXIII 874559 . CTTT C,CTT 380.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.261;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=203.5084;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=4.19;RPA=20,17,19;RU=T;ReadPosRankSum=2.261;SB=-1.755e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:58,13,0:91:99:459,102,478,267,0,216 chrXIII 878718 . AT A 1389.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=67.6089;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=21.06;RPA=8,7;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,63:66:99:1432,180,0 chrXIII 886520 . TAAA T 5774 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=252.2979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.50;MQ0=0;QD=35.42;RPA=11,8;RU=A;SB=-2.234e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,127:163:99:5774,400,0 chrXIII 886585 . CT C 3865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=576.8137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.96;MQ0=0;QD=25.94;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.529e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,137:149:99:3865,400,0 chrXIII 886952 . A AT 2535.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=33.9041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.11;RPA=5,6;RU=T;SB=-7.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,93:101:99:2578,273,0 chrXIII 892733 . CTA C 972.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.50;MQ0=0;QD=29.48;RPA=5,4;RU=TA;SB=-4.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,28:33:84:1015,84,0 chrXIII 895607 . GA G 3304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=292.2711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;QD=20.02;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.279e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,151:165:99:3304,419,0 chrXIII 901415 . GAAA G 3970 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=258.4577;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=1.010;QD=32.81;RPA=11,8;RU=A;ReadPosRankSum=-1.624;SB=-1.553e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,107:121:99:3970,244,0 chrXIII 904192 . GAT G 4147 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=335.5941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.83;MQ0=0;QD=30.05;RPA=5,4;RU=AT;SB=-1.505e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,127:138:99:4147,343,0 chrXIII 904468 . GA G 5633 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=231;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=375.2217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=24.39;RPA=5,4;RU=A;SB=-2.805e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,221:231:99:5633,613,0 chrXIII 907380 . CA C 3598 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=235.4699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.47;MQ0=0;QD=26.46;RPA=4,3;RU=A;SB=-3.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,133:136:99:3598,370,0 chrXIII 910890 . G GA 3099.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=391.8984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.02;MQ0=0;QD=22.46;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.119e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,127:138:99:3142,342,0 chrXIII 915305 . AT A 4956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=596.9666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=29.68;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.174e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,160:167:99:4956,457,0 chrXIII 915934 . AT A 2407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=155.3254;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.51;MQ0=0;QD=21.31;RPA=6,5;RU=T;SB=-9.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,102:113:99:2450,282,0 chrXIII 916037 . TC T 5167 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=1140.6091;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.88;MQ0=0;QD=34.91;SB=-2.310e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,139:146:99:5167,418,0 chrXIII 916071 . C CTCCG 8916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=1434.7234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.67;MQ0=0;QD=62.79;SB=-4.144e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,124:140:99:8916,400,0 chrXIII 916082 . ATT A 5081 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=2109.6723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.85;MQ0=0;QD=36.04;RPA=7,5;RU=T;SB=-2.496e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,131:139:99:5081,385,0 chrXIII 916135 . G GGA 3677 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=1903.8416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=33.13;SB=-1.737e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,83:111:99:3677,289,0 chrXIII 917449 . T TA 2627.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=270.8413;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.63;MQ0=0;QD=22.65;RPA=7,8;RU=A;SB=-7.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,102:116:99:2670,297,0 chrXIII 919743 . T TCG 7317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=253.3316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.47;MQ0=1;QD=39.34;SB=-3.432e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,178:170:99:7317,479,0 chrXIII 921418 . CTT C 1879.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.812;DP=108;FS=2.447;HaplotypeScore=58.8781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.58;MQ0=8;MQRankSum=-0.886;QD=17.41;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.193;SB=-5.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,71:78:99:1922,184,0 chrXIII 921879 . T TA 617.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=261.4132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.56;MQ0=0;QD=28.09;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,20:22:60:660,60,0 chrXIII 923047 . CA C 577.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=75.4454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.25;MQ0=8;QD=16.51;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,23:27:71:620,71,0 chrXIII 923230 . AG A 2891.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=621.5081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.10;MQ0=0;QD=25.82;RPA=4,3;RU=G;SB=-7.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,98:111:99:2934,297,0 chrXIII 923571 . T TA 2988.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.995;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=1087.0930;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.069;QD=28.20;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=1.585;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,95:106:99:3031,279,0 chrXIII 923631 . T TG 608.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=423.8586;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=25.37;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:24:66:651,66,0 chrXIII 923844 . GC G 956.75 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=999.2050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.89;MQ0=0;MQRankSum=-3.706;QD=18.40;RPA=2,1;RU=C;ReadPosRankSum=0.281;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,35:47:10:998,10,0 chrXIII 923872 . AAGTTGAG A 2481.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.950;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=1046.1542;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.71;MQ0=0;MQRankSum=-4.081;QD=40.69;ReadPosRankSum=1.871;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:53:99:2521,0,639 chrXIII 923880 . AG A 813.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=1121.8697;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.87;MQ0=0;QD=14.53;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,21:47:99:856,113,0 chrXIII 923891 . CT C 1599.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=1035.9801;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.62;MQ0=0;QD=28.57;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:47:99:1642,135,0 chrXIII 924163 . GA G 141.98 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=64.2760;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.06;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=17.75;ReadPosRankSum=-0.922;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:7:26:181,0,26 chrXIII 924249 . AT A 314.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;DP=26;FS=17.076;HaplotypeScore=613.6582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.475;QD=12.11;ReadPosRankSum=1.194;SB=-2.101e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,8:20:29:357,29,0 chrXIII 924256 . AT A 438.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=572.0695;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.76;MQ0=0;QD=19.09;SB=-5.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,12:18:51:481,51,0 chrXIII 924263 . TA T 53.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.266;DP=23;FS=2.884;HaplotypeScore=606.3491;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.845;QD=2.35;RPA=2,1;RU=A;ReadPosRankSum=2.899;SB=-1.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,6:18:81:93,0,81 chrXIII 924268 . A AT 85.06 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.246;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=489.7350;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.597;QD=6.08;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=2.037;SB=-1.967e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:13:14:124,0,14 chrXIII 924290 . TTAGGG T 488.30 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.709;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=330.2736;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.52;MQ0=0;MQRankSum=0.315;QD=25.70;ReadPosRankSum=-0.315;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:8:527,0,8 chrXIII 924295 . G GT 457.42 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.050;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=341.0604;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.96;MQ0=0;MQRankSum=1.150;QD=22.87;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.150;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,6:20:1:495,0,1 chrXIII 924311 . G GT 490.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=287.3552;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.47;MQ0=1;MQRankSum=-0.807;QD=19.64;ReadPosRankSum=3.131;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:99:530,0,197 chrXIV 6835 . C CA 179.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=154.6616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.84;MQ0=0;QD=16.28;RPA=1,2;RU=A;SB=-3.093e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,7:7:21:221,21,0 chrXIV 6892 . A AC 188.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=231.3103;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.71;MQ0=0;QD=8.55;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,15:12:18:230,18,0 chrXIV 7002 . A AT 3633 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=238;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2786.1500;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.06;MQ0=4;QD=15.26;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,176:166:99:3633,471,0 chrXIV 7005 . C CA 3380 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.105;DP=229;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2338.4387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.96;MQ0=4;MQRankSum=0.788;QD=14.76;ReadPosRankSum=5.009;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,176:157:99:3380,294,0 chrXIV 7114 . ACTC A 525.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=341.1083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.13;MQ0=7;QD=12.83;SB=-6.500e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,37:30:84:568,84,0 chrXIV 7119 . ATGG A 958.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=264.7621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.08;MQ0=14;QD=20.40;SB=-1.300e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,37:29:87:1001,87,0 chrXIV 7127 . TC T 358.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.435;DP=102;FS=2.482;HaplotypeScore=644.7666;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.28;MQ0=20;MQRankSum=0.918;QD=3.52;ReadPosRankSum=-3.113;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,23:69:99:398,0,1289 chrXIV 9013 . G GA 188.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.418;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=671.7023;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.022;QD=4.29;ReadPosRankSum=1.562;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,13:34:99:228,0,654 chrXIV 9021 . AG A 144.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.864;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=467.2291;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.769;QD=2.74;ReadPosRankSum=2.411;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,12:40:99:184,0,763 chrXIV 10549 . G GATT,GATTT 4970 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=1429.5595;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=26.41;MQ0=14;QD=34.28;SB=-1.042e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:16,44,34:118:99:4970,898,557,1097,0,769 chrXIV 10550 . T TA 611.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.505;DP=145;FS=3.197;HaplotypeScore=1895.0332;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.46;MQ0=13;MQRankSum=1.356;QD=4.22;ReadPosRankSum=0.134;SB=-1.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,41:119:99:651,0,657 chrXIV 10573 . A AC 2280.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.071;DP=151;FS=7.864;HaplotypeScore=1933.7064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.43;MQ0=9;MQRankSum=2.394;QD=15.11;ReadPosRankSum=4.235;SB=-7.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,121:132:99:2323,229,0 chrXIV 10574 . A ACTAC 6138 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.068;DP=148;FS=2.661;HaplotypeScore=1605.7279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.62;MQ0=7;MQRankSum=0.986;QD=41.47;ReadPosRankSum=2.411;SB=-2.254e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,119:131:99:6138,342,0 chrXIV 10600 . T TAA 1495.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=935.6474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.17;MQ0=11;QD=15.26;RPA=11,13;RU=A;SB=-6.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,48:81:99:1538,146,0 chrXIV 11319 . G GT 336.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=60.7872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=15.43;MQ0=11;QD=1.66;SB=-3.999e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,192:14:30:379,30,0 chrXIV 11349 . C CT 505.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=96.8306;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.63;MQ0=3;QD=3.07;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,130:19:57:548,57,0 chrXIV 11762 . T TTG,TTC 2167.94 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=195.5354;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=16.72;MQ0=164;QD=8.67;SB=-2.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:37,121,87:77:99:2246,608,446,635,0,474 chrXIV 12975 . C CT 1690.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.828;DP=170;FS=4.713;HaplotypeScore=907.9940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.92;MQ0=9;MQRankSum=0.842;QD=9.95;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.667;SB=-5.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,95:141:40:1733,40,0 chrXIV 13145 . TCACACA T 7034 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;FS=0.000;HaplotypeScore=456.4318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.79;MQ0=7;QD=40.90;RPA=9,6;RU=CA;SB=-2.127e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,123:128:99:7034,301,0 chrXIV 16075 . C CA 3334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=181.2465;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.92;MQ0=0;QD=24.51;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.332e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,119:136:99:3334,348,0 chrXIV 17268 . T TG 4769 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=668.1598;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=30.97;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.980e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,137:154:99:4769,394,0 chrXIV 17296 . CA C 4969 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=710.2302;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;QD=30.67;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,150:162:99:4969,451,0 chrXIV 23552 . CA C 2414.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=387.1496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.27;MQ0=0;QD=19.02;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.113e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,109:127:99:2457,317,0 chrXIV 31555 . T TTA 269.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=10.8894;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=12.27;RPA=5,6;RU=TA;SB=-3.598e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,14:22:27:312,27,0 chrXIV 43257 . AT A 489.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=57.8724;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.27;MQ0=0;QD=27.22;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:51:532,51,0 chrXIV 51868 . ATATC A 8887 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;FS=0.000;HaplotypeScore=64.6827;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.49;MQ0=0;QD=46.77;RPA=2,1;RU=TATC;SB=-4.184e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,176:190:99:8887,481,0 chrXIV 52648 . TG T 6012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=872.3027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.01;MQ0=0;QD=35.16;SB=-2.531e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,166:171:99:6012,487,0 chrXIV 56038 . CT C 786.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=229.2893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=19.67;RPA=6,5;RU=T;SB=-7.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,34:40:96:829,96,0 chrXIV 56332 . A AT 368.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=86.7242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=20.50;SB=-7.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:53:411,53,0 chrXIV 58892 . CT C 1963.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=41.2955;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.13;MQ0=0;QD=19.45;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,95:101:99:2006,248,0 chrXIV 59729 . G GTCC 9537 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=62.7250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;QD=55.13;SB=-3.547e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,164:173:99:9537,500,0 chrXIV 62523 . TA T 3625 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=839.7251;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.11;MQ0=0;QD=24.49;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.766e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,137:148:99:3625,402,0 chrXIV 62542 . CT C 3708 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=851.5706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.91;MQ0=0;QD=26.30;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.731e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,130:141:99:3708,382,0 chrXIV 62762 . G GT 4130 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=368.8689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.17;MQ0=0;QD=28.88;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.662e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,126:143:99:4130,385,0 chrXIV 62810 . G GA 3125.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=583.1114;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.29;MQ0=0;QD=26.49;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.196e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,103:118:99:3168,316,0 chrXIV 63342 . G GA 2095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.864;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=1001.7132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.581;QD=20.55;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.232;SB=-1.050e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,83:102:99:2138,227,0 chrXIV 63359 . G GC,GCTT 4055 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.250;DP=120;FS=1.364;HaplotypeScore=1393.0298;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=34.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.582;QD=33.79;ReadPosRankSum=4.575;SB=-1.828e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:36,32,42:120:90:4055,1449,1273,254,0,90 chrXIV 63362 . T TGAA 2146.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.991;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=1332.8279;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=18.83;ReadPosRankSum=3.112;SB=-1.007e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:70,42:114:99:2189,239,0 chrXIV 63363 . G GA 2112.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.634;DP=113;FS=6.455;HaplotypeScore=1295.9916;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.445;QD=18.70;ReadPosRankSum=4.343;SB=-8.279e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,36:113:99:2152,0,124 chrXIV 63364 . T TGTGAA 4027 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.132;DP=118;FS=6.337;HaplotypeScore=1325.7742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.415;QD=34.13;ReadPosRankSum=3.409;SB=-1.836e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:75,42:118:99:4027,210,0 chrXIV 66362 . TAA T 3453 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.428;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=68.5469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.078;QD=23.49;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.122;SB=-1.537e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,115:147:99:3453,324,0 chrXIV 68783 . G GT 3461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=331.3484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.93;MQ0=0;QD=24.55;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.623e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,131:141:99:3461,357,0 chrXIV 70051 . GCAA G 8820 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=241;FS=0.000;HaplotypeScore=257.4914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=63.61;MQ0=0;QD=36.60;RPA=2,1;RU=CAA;SB=-3.044e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,229:241:99:8820,651,0 chrXIV 82667 . G GT 2585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=37.9959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.58;MQ0=0;QD=23.30;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,104:111:99:2628,291,0 chrXIV 84105 . TA T 1642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=28.7188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=18.67;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,78:88:99:1685,215,0 chrXIV 89323 . CT C 2076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.339;DP=158;FS=8.116;HaplotypeScore=86.1278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.904;QD=13.15;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.607;SB=-8.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,97:158:99:2119,231,0 chrXIV 89648 . TTATAGTTTTTCTTGCGTA T 19589 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=49.4684;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.75;MQ0=0;QD=149.53;SB=-7.200e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,101:131:99:19589,310,0 chrXIV 89730 . TA T 2656.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=560.6550;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.12;MQ0=0;QD=19.11;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.229e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,124:139:99:2699,332,0 chrXIV 95116 . C CAA 1439.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=35.9068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.42;MQ0=0;QD=23.23;RPA=9,11;RU=A;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,43:62:99:1482,138,0 chrXIV 102654 . A AC 1649.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.550;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=434.1962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.611;QD=27.97;ReadPosRankSum=1.307;SB=-4.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:59:99:1692,167,0 chrXIV 102793 . AT A 1485.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=100.5461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.43;MQ0=0;QD=17.69;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,73:84:99:1528,191,0 chrXIV 107294 . GAA G 2581.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.981;DP=150;FS=8.670;HaplotypeScore=174.8953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.49;MQ0=1;MQRankSum=0.083;QD=17.21;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.824;SB=-1.205e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,87:149:99:2624,221,0 chrXIV 107426 . CAA C 5485 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=1195.8526;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.27;MQ0=0;QD=34.50;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.716e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,147:157:99:5485,433,0 chrXIV 107580 . T TA 3187.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=758.4209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=21.84;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.316e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,119:144:99:3230,357,0 chrXIV 116975 . CT C 2274.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=195.9489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.08;MQ0=0;QD=33.95;SB=-1.142e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:67:99:2317,192,0 chrXIV 117208 . CG C 1905.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=90.6113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.31;MQ0=0;QD=27.62;RPA=2,1;RU=G;SB=-8.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:69:99:1948,165,0 chrXIV 117326 . GA G 1585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=65.4629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=22.34;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:71:99:1628,198,0 chrXIV 131514 . T TGGAGGA 5413 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=362.2479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=0;QD=52.55;RPA=3,5;RU=GGA;SB=-1.731e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,81:103:99:5413,230,0 chrXIV 135521 . CA C 1776.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=253.3672;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.28;MQ0=0;QD=17.09;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,90:104:99:1819,242,0 chrXIV 135873 . CAT C 1375.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.254;DP=116;FS=4.312;HaplotypeScore=1252.0876;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.62;MQ0=0;MQRankSum=-3.935;QD=11.86;RPA=2,1;RU=AT;ReadPosRankSum=3.686;SB=-6.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,55:116:99:1415,0,243 chrXIV 135879 . CATACAT C 4092 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.238;DP=125;FS=12.729;HaplotypeScore=1129.4430;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=37.61;MQ0=0;MQRankSum=-4.228;QD=32.74;ReadPosRankSum=4.575;SB=-1.966e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,55:125:94:4092,0,94 chrXIV 137725 . C CA 2356.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.482;DP=117;FS=3.488;HaplotypeScore=329.5297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=0.732;QD=20.14;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.804;SB=-1.053e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,102:117:99:2399,265,0 chrXIV 138052 . GA G 2404.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=147;FS=3.089;HaplotypeScore=855.0238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.48;MQ0=0;MQRankSum=1.330;QD=16.36;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=1.083;SB=-1.179e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,129:147:99:2447,309,0 chrXIV 138448 . G GA 3090.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.090;DP=145;FS=3.153;HaplotypeScore=430.0115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=1.676;QD=21.32;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.251;SB=-1.506e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,120:145:99:3133,348,0 chrXIV 138534 . GTA G 3366 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=391.0178;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.78;MQ0=0;QD=25.89;RPA=8,7;RU=TA;SB=-1.275e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,98:130:99:3366,286,0 chrXIV 145389 . GT G 1086.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.266;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=220.1112;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.35;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=17.25;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.666;SB=-3.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,50:63:99:1129,135,0 chrXIV 145535 . TAA T 2784.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.499;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=212.7503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=27.85;RPA=11,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.876;SB=-1.040e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,85:100:99:2827,263,0 chrXIV 146660 . C CT 1417.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.131;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=37.1039;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=1.056;QD=17.29;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.414;SB=-4.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,66:82:99:1460,143,0 chrXIV 154923 . GAAAAAA G,GA 1696.98 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.045;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=203.2617;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=53.08;MQ0=0;MQRankSum=1.988;QD=25.33;RPA=25,19,20;RU=A;ReadPosRankSum=3.196;SB=-3.977e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:35,6,0:67:56:1775,327,242,145,0,56 chrXIV 157417 . GT G 1048.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=127.9754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.87;MQ0=0;QD=17.20;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,47:61:99:1091,126,0 chrXIV 157983 . CA C 3443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=179.8741;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.99;MQ0=0;MQRankSum=0.936;QD=20.37;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=1.521;SB=-1.486e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,155:169:99:3443,436,0 chrXIV 167934 . G GA 2452.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=540.4161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.70;MQ0=0;QD=19.16;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.152e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,90:128:99:2495,308,0 chrXIV 168003 . C CA 6781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=461.0888;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=36.65;SB=-2.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,176:185:99:6781,503,0 chrXIV 169372 . GAA G 2565.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=73.2863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.79;MQ0=0;QD=24.91;RPA=11,9;RU=A;SB=-1.302e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,86:103:99:2608,243,0 chrXIV 172354 . CT C 1134.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.856;DP=86;FS=6.205;HaplotypeScore=50.6904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;MQRankSum=1.404;QD=13.20;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.597;SB=-5.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,66:86:99:1177,111,0 chrXIV 172492 . CA C 1111.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;DP=84;FS=2.331;HaplotypeScore=60.4876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.279;QD=13.24;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.525;SB=-5.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,63:84:99:1154,123,0 chrXIV 174733 . C CA 2199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.180;DP=153;FS=1.108;HaplotypeScore=189.2622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.195;QD=14.38;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.206;SB=-9.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,107:153:83:2242,83,0 chrXIV 179405 . GA G 4047 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=40.4875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.07;MQ0=0;QD=31.13;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.666e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,124:130:99:4047,364,0 chrXIV 186976 . TC T 2495.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=332.3158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;QD=28.69;SB=-1.920e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:87:99:2538,241,0 chrXIV 187639 . GAA G 1945.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=61.3385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=1;QD=20.27;RPA=13,11;RU=A;SB=-7.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,71:95:99:1988,196,0 chrXIV 187964 . A AT 41.48 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.572;DP=15;FS=3.332;HaplotypeScore=69.8946;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=2.77;ReadPosRankSum=1.589;SB=-4.233e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:15:6:80,0,6 chrXIV 187965 . A AT 63.94 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.067;DP=14;FS=3.522;HaplotypeScore=61.5682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=4.57;ReadPosRankSum=1.179;SB=-4.334e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:14:3:102,0,3 chrXIV 191300 . C CT 1280.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.167;DP=117;FS=1.227;HaplotypeScore=186.0743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=0.132;QD=10.94;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.973;SB=-5.822e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,68:117:15:1322,15,0 chrXIV 196148 . CTCTT C 873.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=88.4285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.135;QD=23.00;ReadPosRankSum=-1.135;SB=-3.750e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,12:38:64:916,64,0 chrXIV 197764 . GTCC G 6605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=671.0083;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.10;MQ0=0;QD=40.27;RPA=3,2;RU=TCC;SB=-3.164e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,142:164:99:6605,403,0 chrXIV 198236 . ATT A 1478.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=263.7656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.27;MQ0=0;QD=17.20;RPA=13,11;RU=T;SB=-3.983e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,51:86:99:1521,154,0 chrXIV 211813 . GAAA G 5865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=477.6528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.85;MQ0=0;QD=47.68;RPA=4,1;RU=A;SB=-2.912e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,111:123:99:5865,325,0 chrXIV 214098 . G GAGA 7024 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=534.5361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.22;MQ0=0;QD=49.46;SB=-3.357e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,124:142:99:7024,400,0 chrXIV 218712 . CA C 2912.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=133.0150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.09;MQ0=0;QD=24.27;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.105e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,113:120:99:2955,327,0 chrXIV 218946 . CAA C 2459.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=211.1632;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.67;MQ0=0;QD=36.72;RPA=4,2;RU=A;SB=-1.143e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,60:67:99:2502,181,0 chrXIV 220270 . AAG A 2255.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=147.6505;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.79;MQ0=0;QD=35.25;SB=-9.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:64:99:2298,177,0 chrXIV 220510 . GA G 1791.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=446.2650;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;MQ0=0;QD=18.67;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.180e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,88:96:99:1834,236,0 chrXIV 229899 . AT A 1590.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=189.3443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=20.93;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,68:76:99:1633,198,0 chrXIV 229975 . G GTA 2851.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=59.3813;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.15;MQ0=0;QD=36.10;RPA=2,3;RU=TA;SB=-1.115e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,67:79:99:2894,214,0 chrXIV 230681 . T TAA 3336 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=342.2090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;QD=30.05;RPA=7,9;RU=A;SB=-1.048e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,89:111:99:3336,280,0 chrXIV 230801 . G GAA 2795.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=107.9756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;QD=25.19;RPA=10,12;RU=A;SB=-1.255e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,66:111:99:2838,273,0 chrXIV 230941 . CT C 3907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=546.6830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.88;MQ0=0;QD=36.18;SB=-1.696e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:108:99:3907,307,0 chrXIV 234026 . AC A 2556.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=35.4647;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=0;QD=27.79;RPA=4,3;RU=C;SB=-9.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,85:92:99:2599,249,0 chrXIV 235956 . CTTTTTTT C 4814 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=81.59;RPA=13,6;RU=T;SB=-1.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:4814,175,0 chrXIV 251874 . ATT A 2269.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=59.8355;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;QD=22.93;RPA=13,11;RU=T;SB=-9.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,77:99:99:2312,228,0 chrXIV 258264 . GA G 2018.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=508.6249;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.49;MQ0=0;QD=19.23;RPA=10,9;RU=A;SB=-2.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,95:105:99:2061,277,0 chrXIV 258353 . A AAAGT 2426.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=196.9703;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.59;MQ0=0;QD=49.53;SB=-8.210e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,40:49:99:2469,126,0 chrXIV 263349 . ATTT A 3484 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.182;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=57.4082;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.147;QD=27.22;RPA=13,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.861;SB=-1.593e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,92:128:99:3484,238,0 chrXIV 269872 . A ACT 5050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=43.0648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.82;MQ0=0;QD=43.53;SB=-2.021e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,110:116:99:5050,331,0 chrXIV 270187 . C CCTTT 4670 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=633.5182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.07;MQ0=0;QD=53.07;SB=-4.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,83:88:99:4670,244,0 chrXIV 271068 . TCAA T 3553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=214.7398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=45.55;SB=-1.715e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,73:78:99:3553,211,0 chrXIV 272687 . G GGA 4272 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.543;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=197.6296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.019;QD=39.19;ReadPosRankSum=1.257;SB=-1.059e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:109:99:4272,302,0 chrXIV 273762 . GT G 3556 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=47.7330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.51;MQ0=0;QD=27.35;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.672e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,126:130:99:3556,313,0 chrXIV 273928 . GTGCTTTTGCAT G 10663 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=37.2214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.01;MQ0=0;QD=96.06;SB=-4.719e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,88:111:99:10663,259,0 chrXIV 280309 . G GA 1853.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=52.1953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.94;MQ0=0;QD=20.37;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,75:91:99:1896,216,0 chrXIV 281793 . GA G 2327.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=43.4691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;QD=20.24;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,106:115:99:2370,296,0 chrXIV 281884 . GAA G 2893.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=66.4048;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.95;MQ0=0;QD=25.84;RPA=12,10;RU=A;SB=-1.172e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,88:112:99:2936,280,0 chrXIV 282303 . CT C 1883.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=36.8984;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=17.28;RPA=10,9;RU=T;SB=-6.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,90:109:99:1926,256,0 chrXIV 283073 . AC A 2679.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4739;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;QD=25.77;RPA=7,6;RU=C;SB=-1.260e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,96:104:99:2722,285,0 chrXIV 283192 . CT C 2303.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=165.2986;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=20.57;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.047e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,107:112:99:2346,293,0 chrXIV 290007 . TGGTGAAGACATCGGCGAAGACATC T 5668 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=223.3937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;QD=43.60;SB=-1.947e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,101:130:99:5668,287,0 chrXIV 293082 . T TA 1362.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=104.2426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.05;MQ0=0;QD=19.47;RPA=7,8;RU=A;SB=-6.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,58:70:99:1405,159,0 chrXIV 297763 . TA T 2167.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=415.7408;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.78;MQ0=0;QD=16.81;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,102:129:99:2210,292,0 chrXIV 297859 . G GCTCGTTAA 15091 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=53.3709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.96;MQ0=0;QD=96.12;SB=-3.201e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:157:99:15091,467,0 chrXIV 300772 . G GA 381.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.539;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=106.6028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.060;QD=13.64;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.779;SB=-7.094e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,20:28:30:424,30,0 chrXIV 300959 . G GA 137.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=32.0307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.03;MQ0=0;QD=7.67;RPA=9,10;RU=A;SB=-7.852e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,9:17:24:180,24,0 chrXIV 301797 . C CT 2146.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;DP=113;FS=9.843;HaplotypeScore=465.7835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.955;QD=19.00;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-6.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,87:113:99:2189,220,0 chrXIV 302223 . G GC 6643 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=839.9808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.03;MQ0=0;QD=34.24;RPA=1,2;RU=C;SB=-3.110e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,188:194:99:6643,557,0 chrXIV 302463 . G GT 1800.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.640;DP=97;FS=3.188;HaplotypeScore=80.2417;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=0.993;QD=18.57;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.624;SB=-8.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,74:97:99:1843,201,0 chrXIV 304694 . C CTT 3466 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=384.3298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.65;MQ0=0;QD=36.87;RPA=2,4;RU=T;SB=-1.218e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,83:94:99:3466,253,0 chrXIV 304898 . C CT 2034.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;DP=96;FS=2.612;HaplotypeScore=44.5825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.898;QD=21.20;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.148;SB=-7.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,78:96:99:2077,197,0 chrXIV 306260 . GAGA G 8398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1886.3616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.11;MQ0=0;QD=39.80;RPA=2,1;RU=AGA;SB=-2.472e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,172:211:99:8398,524,0 chrXIV 306439 . GATAGTGATA G 20333 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=234;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=77.8463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.62;MQ0=0;QD=86.89;SB=-2.954e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,210:234:99:20333,623,0 chrXIV 307228 . CT C 797.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.084;DP=109;FS=3.469;HaplotypeScore=168.1607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=1.532;QD=7.31;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=1.981;SB=-2.452e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,40:108:8:838,8,0 chrXIV 308933 . A AT 4810 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=239.2332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.56;MQ0=0;QD=27.64;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.366e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,168:174:99:4810,478,0 chrXIV 312328 . AACG A 8223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=346.3409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.83;MQ0=0;QD=45.43;RPA=3,2;RU=ACG;SB=-3.217e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,169:181:99:8223,503,0 chrXIV 317360 . A ATCT 9586 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=156.7020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=50.99;SB=-4.166e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,186:188:99:9586,551,0 chrXIV 319853 . G GTGA 7442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=218;FS=0.000;HaplotypeScore=208.5182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;MQ0=0;QD=34.14;RPA=4,5;RU=TGA;SB=-2.679e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:41,174:218:99:7442,496,0 chrXIV 326497 . C CTT 4072 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=116.7736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.55;MQ0=0;QD=46.27;SB=-8.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:88:99:4072,250,0 chrXIV 330997 . CT C 2254.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=266.3486;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=18.79;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.020e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,108:120:99:2297,296,0 chrXIV 331790 . CT C 2939.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=208.9323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=20.56;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.169e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,132:142:99:2982,350,0 chrXIV 332683 . TCAA T 8258 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=238;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=202.5535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.77;MQ0=0;QD=34.70;RPA=5,4;RU=CAA;SB=-3.915e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,201:238:99:8258,559,0 chrXIV 333267 . AGCAACAACAACAACAACAACAGCAACATATGCAAAT A 15495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=64.0007;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=100.62;SB=-7.539e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:154:99:15495,421,0 chrXIV 335410 . C CTT 4924 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=917.2454;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.00;MQ0=0;QD=42.45;SB=-1.829e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:116:99:4924,343,0 chrXIV 335931 . C CTTT,CTT 3801 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=122.5296;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.845;QD=25.17;RPA=10,13,12;RU=T;ReadPosRankSum=-1.045;SB=-1.380e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:28,11,106:151:66:3801,1517,1212,406,0,66 chrXIV 337762 . C CT 2432.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=334.1747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.06;MQ0=0;QD=22.74;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.052e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,96:107:99:2475,267,0 chrXIV 338071 . AC A 2659.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=171.8799;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;QD=26.60;RPA=5,4;RU=C;SB=-1.094e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,96:100:99:2702,268,0 chrXIV 343407 . CA C 779.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=12.7594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=18.57;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:42:99:822,105,0 chrXIV 345349 . GA G 2913.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=47.5210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.80;MQ0=0;QD=19.69;RPA=7,6;RU=A;SB=-9.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,129:148:99:2956,356,0 chrXIV 346206 . C CTT 7645 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=252.9777;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.82;MQ0=0;QD=39.41;SB=-3.047e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,189:194:99:7645,511,0 chrXIV 348858 . G GT 2877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=1286.9283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.41;MQ0=0;QD=29.37;RPA=2,3;RU=T;SB=-8.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,94:98:99:2920,274,0 chrXIV 349031 . T TA 3480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=754.2021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.13;MQ0=0;QD=25.78;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,113:135:99:3480,349,0 chrXIV 349160 . T TCA 6087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=343.9895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.25;MQ0=0;QD=34.78;RPA=2,3;RU=CA;SB=-2.911e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,164:175:99:6087,463,0 chrXIV 349826 . A AT 2901.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.563;DP=160;FS=3.235;HaplotypeScore=590.1840;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=18.14;ReadPosRankSum=1.635;SB=-1.366e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,133:160:99:2944,370,0 chrXIV 349827 . A AC 3024.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.626;DP=162;FS=7.178;HaplotypeScore=589.4866;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=18.67;ReadPosRankSum=3.626;SB=-1.303e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,133:162:99:3067,356,0 chrXIV 350695 . TC T 2500.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=207.7772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=27.18;SB=-1.076e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:92:99:2543,237,0 chrXIV 352764 . A ATT 602.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=94.9820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=17.23;RPA=10,12;RU=T;SB=-1.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,18:35:64:645,64,0 chrXIV 355289 . AT A 2831.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=47.4608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=23.60;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.290e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,109:120:99:2874,309,0 chrXIV 355500 . C CA 2323.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=145.3631;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.56;MQ0=0;QD=21.92;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.119e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,85:106:99:2366,243,0 chrXIV 356923 . GT G 3865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=1341.4617;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.60;MQ0=0;QD=24.01;RPA=7,6;RU=T;SB=-7.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,148:161:99:3865,458,0 chrXIV 357434 . TTACAA T 5993 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=276.7204;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;QD=46.10;RPA=2,1;RU=TACAA;SB=-2.617e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,107:130:99:5993,283,0 chrXIV 359583 . GAAAAA G 3662 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=37.7634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=53.85;RPA=10,5;RU=A;SB=-6.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:68:99:3662,186,0 chrXIV 373628 . AT A 3788 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=901.1668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.07;MQ0=0;QD=21.52;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.758e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,156:176:99:3788,435,0 chrXIV 373683 . CAAAA C 8520 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;FS=0.000;HaplotypeScore=862.2501;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.59;MQ0=0;QD=46.30;RPA=10,6;RU=A;SB=-4.121e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,158:184:99:8520,475,0 chrXIV 374088 . T TC 3337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=661.4362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.30;MQ0=0;QD=26.70;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.467e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,107:125:99:3337,310,0 chrXIV 374119 . G GT 3165.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=543.6290;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.39;MQ0=0;QD=26.60;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,112:119:99:3208,319,0 chrXIV 374812 . G GC 5968 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=626.7388;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.08;MQ0=0;QD=34.30;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.966e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,169:174:99:5968,496,0 chrXIV 374964 . GA G 2084.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=88.3396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=21.49;RPA=5,4;RU=A;SB=-7.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,73:97:99:2127,243,0 chrXIV 379435 . C CT 1410.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.021;DP=76;FS=2.023;HaplotypeScore=190.8753;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;MQRankSum=1.692;QD=18.57;ReadPosRankSum=2.585;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,53:76:99:1453,158,0 chrXIV 381031 . CTATAGGAAACAACAA C 8879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=127.6162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.77;MQ0=0;QD=119.99;SB=-2.102e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,59:74:99:8879,175,0 chrXIV 392467 . GT G 581.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.450;DP=113;FS=18.918;HaplotypeScore=92.8909;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=1.234;QD=5.15;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-1.696e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,32:113:70:621,0,70 chrXIV 400712 . TA T 3472 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=420.3693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.99;MQ0=0;QD=27.34;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.326e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,116:127:99:3472,334,0 chrXIV 404700 . CATT C 6501 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=184.4424;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=0;QD=39.16;RPA=3,2;RU=ATT;SB=-2.550e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,145:166:99:6501,409,0 chrXIV 412435 . TA T 1968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;DP=116;FS=3.583;HaplotypeScore=683.1978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.097;QD=16.97;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.292;SB=-8.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,91:116:99:2011,240,0 chrXIV 412585 . C CGG 2674.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=586.0911;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.07;MQ0=0;QD=33.86;SB=-1.214e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,70:79:99:2717,226,0 chrXIV 412586 . AT A 1902.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=653.4072;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.78;MQ0=0;QD=25.37;SB=-8.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:75:99:1945,217,0 chrXIV 412652 . GGA G 3855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=415.1920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.32;MQ0=0;QD=37.07;SB=-1.232e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,88:104:99:3855,270,0 chrXIV 415775 . AG A 1511.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=477.9975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.83;MQ0=0;QD=25.63;RPA=5,4;RU=G;SB=-3.150e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,53:59:99:1554,153,0 chrXIV 415863 . A AT 1890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=424.1754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.38;MQ0=0;QD=27.81;RPA=2,3;RU=T;SB=-7.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,61:68:99:1933,180,0 chrXIV 416362 . A AT 1895.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=28.7991;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;QD=31.60;SB=-5.740e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:1938,156,0 chrXIV 416703 . A ATG 2526.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=58.7359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=41.43;SB=-2.930e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:61:99:2569,165,0 chrXIV 418236 . T TCTTTTTATCTTTCGA 6043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=74.5198;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.92;MQ0=0;QD=68.67;RPA=1,2;RU=CTTTTTATCTTTCGA;SB=-2.162e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,51:88:99:6043,135,0 chrXIV 418556 . T TA 2616.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=548.8834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.42;MQ0=0;QD=26.17;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.283e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,96:100:99:2659,273,0 chrXIV 418785 . CA C 693.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=491.2066;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=21.03;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,28:33:75:736,75,0 chrXIV 424825 . A AG 2139.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.682;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=30.6427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=26.10;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.025;SB=-1.048e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,75:82:99:2182,204,0 chrXIV 430018 . G GA 2116.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=110.2063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=21.60;RPA=8,9;RU=A;SB=-8.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,87:98:99:2159,249,0 chrXIV 437227 . C CA 3723 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=105.6625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.80;MQ0=0;QD=27.58;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.799e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,116:135:99:3723,364,0 chrXIV 437432 . A AT 1721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.574;DP=102;FS=6.314;HaplotypeScore=257.4348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.736;QD=16.88;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.704;SB=-8.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,74:102:99:1764,182,0 chrXIV 437493 . C CTT 5785 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=428.4392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.32;MQ0=0;QD=43.50;RPA=1,3;RU=T;SB=-2.131e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,123:133:99:5785,385,0 chrXIV 437525 . TG T 3790 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=544.7795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.30;MQ0=0;QD=32.39;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.313e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,111:117:99:3790,340,0 chrXIV 438549 . A AT 968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.785;DP=68;FS=2.519;HaplotypeScore=425.4471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.676;QD=14.25;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.383;SB=-3.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,48:68:61:1011,61,0 chrXIV 439397 . G GT 3548 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=188.0060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.01;MQ0=0;QD=25.16;RPA=6,7;RU=T;SB=-5.140e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,134:141:99:3548,390,0 chrXIV 441068 . AT A 4292 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=717.0353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=23.71;SB=-1.703e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,165:181:99:4292,481,0 chrXIV 441274 . GATATATATATATGTAGCTAAGAT G 9379 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=267.5756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.72;MQ0=0;QD=84.50;SB=-4.314e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:67,36:111:99:9379,144,0 chrXIV 441295 . GATATATATATATGTATATATTCG G,GATATATATATGTATATATTCG 4283 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=855.5138;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=29.00;MQ0=0;QD=77.87;SB=-2.114e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:36,0,0:55:99:4283,590,2273,3064,0,2920 chrXIV 441344 . C CG 4350 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=1247.7592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.53;MQ0=0;QD=33.21;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.558e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,128:131:99:4350,367,0 chrXIV 443130 . TC T 1549.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=329.5308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=1;QD=18.45;RPA=2,1;RU=C;SB=-2.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,75:83:99:1592,203,0 chrXIV 444651 . CTTT C 2529.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.334;DP=107;FS=5.716;HaplotypeScore=251.4947;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.787;QD=23.64;RPA=15,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.694;SB=-7.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,77:107:99:2572,181,0 chrXIV 452175 . C CTT 5496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=46.1482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=41.32;SB=-2.604e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,129:133:99:5496,358,0 chrXIV 457145 . A AG 4557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=211.7872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.11;MQ0=0;QD=33.51;SB=-1.000e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,130:136:99:4557,372,0 chrXIV 469813 . GA G 949.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=127.2195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;MQ0=0;QD=17.59;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,46:54:99:992,120,0 chrXIV 472575 . AG A 3739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=666.9474;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.89;MQ0=2;QD=23.82;RPA=9,8;RU=G;SB=-1.469e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,140:155:99:3739,399,0 chrXIV 474635 . T TACTTGTGAAGGA 19452 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=607.0336;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.47;MQ0=0;QD=117.18;SB=-8.847e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,108:166:99:19452,439,0 chrXIV 476709 . GT G 1338.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=121.3795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=18.60;RPA=7,6;RU=T;SB=-3.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,59:72:99:1381,168,0 chrXIV 476823 . A ATTGAGAAC 5789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=33.5167;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.00;MQ0=0;QD=85.13;SB=-7.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,53:68:99:5789,181,0 chrXIV 478368 . T TA 4629 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=676.7019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.50;MQ0=0;QD=26.76;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.170e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,160:173:99:4629,460,0 chrXIV 479461 . T TC 485.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.729;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=41.3857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=2.327;QD=15.68;ReadPosRankSum=2.408;SB=-2.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,21:31:34:528,34,0 chrXIV 479899 . 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TA T 1578.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=280.4256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;QD=22.88;RPA=5,4;RU=A;SB=-5.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,63:69:99:1621,183,0 chrXIV 493652 . G GTA 68.93 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=7.2678;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.93;MQ0=0;QD=3.83;RPA=5,6;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,7:18:9:110,9,0 chrXIV 495472 . T TTTGAAGAAA 9588 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=63.1241;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.39;MQ0=0;QD=104.22;SB=-4.536e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,75:92:99:9588,259,0 chrXIV 498360 . GTTTT G 6510 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=395.4128;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;QD=37.41;RPA=16,12;RU=T;SB=-2.574e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,137:174:99:6510,400,0 chrXIV 498581 . ATT A 3105.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=588.4415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.18;MQ0=0;QD=29.86;RPA=8,6;RU=T;SB=-1.318e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,92:104:99:3148,274,0 chrXIV 498639 . AT A 2329.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=468.8180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.00;MQ0=0;QD=20.26;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,103:115:99:2372,299,0 chrXIV 499498 . T TA 3946 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.378;DP=119;FS=4.973;HaplotypeScore=159.1528;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.976;QD=33.16;ReadPosRankSum=1.512;SB=-1.171e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,103:119:99:3946,309,0 chrXIV 499556 . GAA G 2812.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=377.0110;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.50;MQ0=0;QD=25.57;RPA=10,8;RU=A;SB=-1.341e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,91:109:99:2855,265,0 chrXIV 500412 . AG A 3384 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=228.2333;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=27.97;RPA=4,3;RU=G;SB=-1.204e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,116:121:99:3384,333,0 chrXIV 500770 . GT G 2261.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=402.4945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.94;MQ0=0;QD=19.33;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.005e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,103:117:99:2304,296,0 chrXIV 501129 . ATT A 2630.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=368.4504;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.16;MQ0=0;QD=25.30;RPA=12,10;RU=T;SB=-9.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,91:104:99:2673,250,0 chrXIV 502927 . C CAA 2686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=25.7671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.22;MQ0=0;QD=38.39;RPA=1,3;RU=A;SB=-1.338e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:70:99:2729,187,0 chrXIV 503013 . CAA C 890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.954;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=84.0370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.76;MQ0=1;MQRankSum=-0.604;QD=18.18;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=-1.528;SB=-3.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,31:48:93:933,93,0 chrXIV 503040 . CTTT C 863.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;DP=54;FS=0.000;HaplotypeScore=118.7427;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=16.00;RPA=14,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.400;SB=-4.209e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,21:54:56:906,56,0 chrXIV 507334 . TAG T 3690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=496.1960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.52;MQ0=0;QD=40.55;RPA=2,1;RU=AG;SB=-1.617e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,88:91:99:3690,256,0 chrXIV 510229 . AG A 2333.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=877.7386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.72;MQ0=0;QD=20.12;SB=-5.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,96:116:99:2376,306,0 chrXIV 510328 . CTTT C 1519.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=376.2081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.86;MQ0=0;QD=23.03;RPA=15,12;RU=T;SB=-7.208e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,36:66:99:1562,122,0 chrXIV 512431 . G GT 651.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=122.9895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;QD=18.63;RPA=4,5;RU=T;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,28:34:72:694,72,0 chrXIV 512474 . TA T 35.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=17;FS=2.632;HaplotypeScore=153.5966;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=2.12;ReadPosRankSum=2.637;SB=-3.559e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:39:75,0,39 chrXIV 512476 . TA T 59.14 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;DP=18;FS=2.632;HaplotypeScore=158.4156;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.134;QD=3.29;ReadPosRankSum=1.977;SB=-4.072e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:11:98,0,11 chrXIV 515416 . C CG 3419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=396.1117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=28.49;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.101e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,113:120:99:3419,316,0 chrXIV 515710 . TA T 1178.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.206;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=175.6127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=0.617;QD=14.92;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.206;SB=-4.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,59:79:99:1221,164,0 chrXIV 515752 . TG T 3911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=119.7194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.05;MQ0=0;QD=35.23;SB=-9.220e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,107:111:99:3911,310,0 chrXIV 515985 . CTCTTCT C 11710 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;FS=0.000;HaplotypeScore=678.9531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.18;MQ0=0;QD=54.72;RPA=9,7;RU=TCT;SB=-5.644e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,175:214:99:11710,497,0 chrXIV 516865 . AT A 371.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.037;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=68.1015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.800;QD=11.62;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.164;SB=-1.294e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,27:32:29:414,29,0 chrXIV 517141 . TA T 1856.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=100.8406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.77;MQ0=0;QD=17.35;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,89:107:99:1899,239,0 chrXIV 519730 . C CCCAAAA 338.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=10.94;MQ0=45;QD=6.15;RPA=1,2;RU=CCAAAA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,21:6:15:380,15,0 chrXIV 525277 . G GA 3564 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=669.4042;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.63;MQ0=0;QD=33.31;RPA=1,2;RU=A;SB=-6.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,91:106:99:3564,289,0 chrXIV 525319 . 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G GAA 1094.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=181.3415;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.25;MQ0=0;QD=16.85;RPA=12,14;RU=A;SB=-7.082e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,27:65:99:1134,114,0 chrXIV 538145 . CA C 6640 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;FS=0.000;HaplotypeScore=1508.6998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.58;MQ0=0;QD=31.32;RPA=2,1;RU=A;SB=-3.053e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,202:212:99:6640,580,0 chrXIV 547378 . TG T 2569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=396.9944;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.96;MQ0=0;QD=23.36;RPA=8,7;RU=G;SB=-1.150e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,94:109:99:2612,282,0 chrXIV 559420 . GA G 3612 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=565.2263;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.14;MQ0=0;QD=21.37;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,155:169:99:3612,440,0 chrXIV 559575 . G GTCA 9751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=209;FS=0.000;HaplotypeScore=311.7523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=46.66;RPA=1,2;RU=TCA;SB=-3.644e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,174:208:99:9751,578,0 chrXIV 560681 . GAA G 5084 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=72.4692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.40;MQ0=0;QD=33.89;RPA=8,6;RU=A;SB=-5.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,150:150:99:5084,439,0 chrXIV 560788 . AG A 4571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=1768.0256;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.29;MQ0=0;QD=24.71;SB=-1.308e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,128:181:99:4571,518,0 chrXIV 560791 . A AG 4619 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=1755.2210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.12;MQ0=0;QD=25.95;SB=-1.300e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,126:174:99:4619,507,0 chrXIV 560812 . G GAACGACTCGACT 16143 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=1065.0240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.36;MQ0=0;QD=115.31;SB=-5.517e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,81:136:99:16143,361,0 chrXIV 560932 . T TC 4877 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=1021.4811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.26;MQ0=0;QD=35.86;SB=-3.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,130:132:99:4877,370,0 chrXIV 561186 . T TGAGATAATCGTTGG 2198.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=62.2660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.01;MQ0=0;QD=146.60;SB=-7.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:15:42:2241,42,0 chrXIV 561280 . TG T 768.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.634;DP=46;FS=4.087;HaplotypeScore=315.3552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.56;MQ0=0;MQRankSum=1.648;QD=16.72;ReadPosRankSum=1.564;SB=-2.610e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,20:46:99:811,110,0 chrXIV 561287 . TA T 784.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=324.0238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.06;MQ0=0;QD=17.84;SB=-2.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,11:43:99:827,113,0 chrXIV 561297 . TGA T 184.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.369;DP=47;FS=51.317;HaplotypeScore=410.1859;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.676;QD=3.94;ReadPosRankSum=-0.307;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,9:46:99:224,0,701 chrXIV 568048 . AAG A 2430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=303.5826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.74;MQ0=0;QD=42.65;SB=-2.100e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2473,169,0 chrXIV 568217 . C CA 2209.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=547.4931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.47;MQ0=1;QD=26.31;SB=-1.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,26:82:99:2252,231,0 chrXIV 568221 . AT A 2043.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=616.2124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.55;MQ0=1;QD=21.98;SB=-8.120e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,33:91:99:2086,251,0 chrXIV 568316 . A AAG 4935 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=339.5201;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.16;MQ0=0;QD=36.56;SB=-2.440e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,127:135:99:4935,355,0 chrXIV 569854 . CA C 1956.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;FS=0.000;HaplotypeScore=156.9516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.59;MQ0=32;QD=9.64;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,188:108:99:1999,260,0 chrXIV 570466 . TC T 745.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=141.3477;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.92;MQ0=49;QD=6.06;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,117:31:81:788,81,0 chrXIV 573997 . C CG 2664.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=209.8323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.24;MQ0=14;QD=23.38;RPA=2,3;RU=G;SB=-9.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,94:99:99:2707,244,0 chrXIV 575614 . GA G 2256.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.032;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=70.1760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.032;QD=15.57;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.668;SB=-8.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,109:145:99:2299,296,0 chrXIV 576631 . AT A 1516.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.616;DP=107;FS=9.657;HaplotypeScore=44.7823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.091;QD=14.18;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.185;SB=-4.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,76:107:99:1559,182,0 chrXIV 577043 . TCGG T 1489.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.809;DP=97;FS=5.713;HaplotypeScore=728.6872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.316;QD=15.36;ReadPosRankSum=5.406;SB=-1.850e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:87:99:1529,0,759 chrXIV 577047 . TGGTTAAACAATC T 4970 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.776;DP=94;FS=4.967;HaplotypeScore=393.9649;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.571;QD=52.87;ReadPosRankSum=6.088;SB=-6.130e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,49:84:99:4970,0,477 chrXIV 579966 . G GCAACAA 9519 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.495;DP=234;FS=0.000;HaplotypeScore=740.1985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.45;MQ0=0;MQRankSum=-1.644;QD=40.68;RPA=1,3;RU=CAA;ReadPosRankSum=0.795;SB=-3.762e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,205:234:99:9519,575,0 chrXIV 585961 . AC A 3565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=37.7300;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=34.28;SB=-1.546e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:3565,292,0 chrXIV 597559 . T TA 3768 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=62.6895;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=24.79;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.165e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,142:152:99:3768,391,0 chrXIV 598230 . G GC 1793.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=203.1318;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.95;MQ0=9;QD=21.88;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,78:59:99:1836,165,0 chrXIV 599665 . GGCCTTACTTGGCATTTAAGTAAA G 22455 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=202;FS=0.000;HaplotypeScore=1863.8705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.34;MQ0=4;QD=111.16;SB=-7.427e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,152:146:99:22455,399,0 chrXIV 601783 . CG C 3378 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;FS=0.000;HaplotypeScore=381.0589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.93;MQ0=32;QD=20.23;SB=-1.265e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,136:100:99:3378,284,0 chrXIV 601886 . T TTAAGTTGCTGGAAGGAG 27049 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=220;FS=0.000;HaplotypeScore=449.3848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.29;MQ0=4;QD=122.95;SB=-7.315e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:76,140:149:99:27049,436,0 chrXIV 602388 . C CT 2805.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;DP=186;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1136.5407;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.67;MQ0=30;MQRankSum=-1.295;QD=15.09;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.733;SB=-7.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,130:136:99:2848,309,0 chrXIV 602399 . TTTC T 7446 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=913.1623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.10;MQ0=11;QD=45.13;SB=-1.923e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:142:99:7446,427,0 chrXIV 604657 . T TA 1215.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=18.9952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.63;MQ0=0;QD=23.84;RPA=3,4;RU=A;SB=-4.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,43:51:99:1258,132,0 chrXIV 611709 . C CT 2343.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=34.0843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.17;MQ0=0;QD=22.32;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.033e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,97:105:99:2386,267,0 chrXIV 613470 . TA T 2958.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=425.7020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.07;MQ0=0;QD=23.48;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.399e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,115:126:99:3001,309,0 chrXIV 619082 . C CTCCCATTCCTCCAGGCATACT 14699 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.194;DP=199;FS=3.844;HaplotypeScore=1413.7109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.03;MQ0=0;MQRankSum=8.355;QD=73.86;ReadPosRankSum=8.630;SB=-3.941e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,77:199:99:14699,0,348 chrXIV 621183 . C CT 4034 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=153.8312;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.54;MQ0=0;QD=27.63;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.955e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,141:146:99:4034,376,0 chrXIV 627252 . C CT 2679.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=317.5646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.38;MQ0=0;QD=23.51;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.266e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,102:114:99:2722,309,0 chrXIV 627317 . GTACA G 4798 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=249.9966;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.36;MQ0=0;QD=53.31;RPA=2,1;RU=TACA;SB=-2.336e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,80:90:99:4798,247,0 chrXIV 627417 . C CATTAGATACTTTT 13695 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=391.8079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.15;MQ0=0;QD=135.59;SB=-5.631e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,66:101:99:13695,283,0 chrXIV 628807 . AT A 57.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3762;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.05;MQ0=0;QD=7.18;RPA=7,6;RU=T;SB=-4.775e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:8:12:99,12,0 chrXIV 632063 . GTA G 2621.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=947.5958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.07;MQ0=0;MQRankSum=0.031;QD=36.42;RPA=2,1;RU=TA;ReadPosRankSum=2.463;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,65:72:99:2664,131,0 chrXIV 632102 . GAATCCTCATATTCCTC G 6065 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=503.3123;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=123.78;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:49:99:6065,105,0 chrXIV 632134 . GT G 786.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=909.1508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=21.86;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,28:36:81:829,81,0 chrXIV 632672 . GT G 1813.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=44.8786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.21;MQ0=0;QD=19.50;RPA=8,7;RU=T;SB=-2.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,81:93:99:1856,230,0 chrXIV 635717 . G GTT 2104.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.288;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=127.1485;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.038;QD=20.05;RPA=12,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.288;SB=-5.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,43:105:99:2147,152,0 chrXIV 635873 . GA G 1335.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=292.8877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.74;MQ0=0;QD=19.36;RPA=7,6;RU=A;SB=-4.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,65:69:99:1378,168,0 chrXIV 644217 . CTATATA C 7975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=321.7469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;QD=55.00;RPA=10,7;RU=TA;SB=-3.493e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,125:145:99:7975,349,0 chrXIV 647314 . AT A 1538.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;DP=144;FS=11.397;HaplotypeScore=67.3381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=1.350;QD=10.69;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.583;SB=-7.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,81:144:99:1581,149,0 chrXIV 651855 . C CTT 494.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=64.7175;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.31;MQ0=2;QD=18.33;SB=-1.460e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,14:25:37:537,37,0 chrXIV 651986 . A ACTTTT 1633.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=640.4714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=65.36;SB=-2.010e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75:1676,75,0 chrXIV 651987 . TAAAAAA T 1713.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=632.4451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=68.56;RPA=7,1;RU=A;SB=-2.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75:1756,75,0 chrXIV 652015 . T TCCA 2095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=838.6034;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.79;MQ0=0;QD=45.56;RPA=1,2;RU=CCA;SB=-1.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,40:46:99:2138,132,0 chrXIV 652054 . ACTCTCTGCTCG A 5054 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=303.5269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.83;MQ0=0;QD=91.89;RPA=2,1;RU=CTCTCTGCTCG;SB=-3.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,41:55:99:5054,126,0 chrXIV 652547 . A ACAGAAG 6256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=320.5570;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;QD=45.33;RPA=1,2;RU=CAGAAG;SB=-9.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,105:138:99:6256,315,0 chrXIV 653160 . T TATAC 7094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=254.8757;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=40.31;RPA=3,4;RU=ATAC;SB=-2.197e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,118:176:99:7094,391,0 chrXIV 653306 . G GA 2274.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=204.6469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.45;MQ0=0;QD=22.09;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.078e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,83:103:99:2317,258,0 chrXIV 654585 . T TA 937.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=92.0084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.44;MQ0=0;QD=24.05;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,30:39:93:980,93,0 chrXIV 654648 . A AT 335.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=89.7670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.88;MQ0=0;QD=11.20;RPA=12,13;RU=T;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,20:30:48:378,48,0 chrXIV 661560 . G GA 1591.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=24.8994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.23;RPA=5,6;RU=A;SB=-8.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,56:75:99:1634,177,0 chrXIV 661737 . TA T 1343.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=48.9242;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;QD=19.76;RPA=7,6;RU=A;SB=-6.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,59:67:99:1386,168,0 chrXIV 661809 . G GT 2418.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=72.0317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.95;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.056e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,95:101:99:2461,273,0 chrXIV 662249 . GTTGTTC G 8298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=79.8786;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.44;MQ0=0;QD=37.04;RPA=5,4;RU=TTGTTC;SB=-3.373e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:75,148:224:99:8298,382,0 chrXIV 662534 . GC G 2893.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=1300.7661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.86;MQ0=0;QD=22.61;SB=-7.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,108:128:99:2936,330,0 chrXIV 662537 . G GA 3216.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=1207.4056;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.71;MQ0=0;QD=28.22;SB=-8.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,108:114:99:3259,339,0 chrXIV 662666 . CA C 1930.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=75.5849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.27;MQ0=1;QD=19.50;RPA=8,7;RU=A;SB=-9.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,82:98:99:1973,248,0 chrXIV 662768 . GAAA G 2670.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.016;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=69.5392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.345;QD=27.82;RPA=16,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.825;SB=-7.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,60:96:99:2713,188,0 chrXIV 662853 . GAA G 2654.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.310;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=224.1463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.26;MQ0=0;MQRankSum=0.154;QD=23.70;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=-1.666;SB=-1.151e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,91:112:99:2697,255,0 chrXIV 663597 . ACTCTCT A 6060 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=46.5232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.48;MQ0=0;QD=54.11;RPA=7,4;RU=CT;SB=-2.536e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,93:112:99:6060,274,0 chrXIV 667313 . A AT 62.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=42.0636;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.17;MQ0=0;QD=3.28;RPA=9,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,5:19:15:104,15,0 chrXIV 668114 . AAT A 4523 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=569.7017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.95;MQ0=0;QD=39.68;SB=-1.808e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:114:99:4523,331,0 chrXIV 668274 . G GA 2136.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.517;DP=129;FS=2.181;HaplotypeScore=193.9337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.936;QD=16.57;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=2.409;SB=-1.013e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,91:129:99:2179,215,0 chrXIV 669703 . TG T 3999 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=46.2859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.72;MQ0=0;QD=31.99;SB=-1.246e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,119:125:99:3999,328,0 chrXIV 674780 . A AT 1920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.554;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=95.9751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.554;QD=15.37;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.498;SB=-8.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,90:125:99:1963,133,0 chrXIV 678603 . GAAAA G,GA 870.97 filter AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=22.8800;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.96;MQ0=0;QD=34.84;RPA=15,11,12;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:0,6,0:25:58:949,432,364,130,0,58 chrXIV 687218 . CAA C 2639.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.572;DP=123;FS=2.426;HaplotypeScore=198.1731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.901;QD=21.46;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-1.076e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,94:123:99:2682,256,0 chrXIV 690071 . ATTTT A 3075.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=194.8124;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.87;MQ0=0;QD=38.94;RPA=14,10;RU=T;SB=-1.221e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,60:79:99:3118,195,0 chrXIV 691292 . TA T 2081.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=241.0225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.46;MQ0=0;QD=20.82;RPA=2,1;RU=A;SB=-7.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,83:100:99:2124,255,0 chrXIV 691368 . CT C 1468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=205.1448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=19.08;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,65:77:99:1511,183,0 chrXIV 691436 . A AT 1823.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=228.8616;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.59;MQ0=0;QD=24.65;RPA=4,5;RU=T;SB=-6.100e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,63:74:99:1866,192,0 chrXIV 692520 . CAAA C 3334 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=62.4395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=31.16;RPA=14,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.694;SB=-1.143e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,82:107:99:3334,245,0 chrXIV 692960 . CTTTTTT C 5323 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=55.1761;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.07;MQ0=0;QD=56.03;RPA=13,7;RU=T;SB=-1.683e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,74:95:99:5323,229,0 chrXIV 694241 . AT A 525.61 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.700;DP=76;FS=3.958;HaplotypeScore=733.8164;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=42.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.522;QD=6.92;ReadPosRankSum=3.878;SB=-2.624e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:76:5:564,0,5 chrXIV 694243 . ATATATATAT A 3961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.436;DP=72;FS=1.385;HaplotypeScore=387.7429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.50;MQ0=0;MQRankSum=-4.271;QD=55.01;ReadPosRankSum=4.930;SB=-1.557e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,40:72:63:3961,63,0 chrXIV 695810 . T TAGTGAAGAGGATTCG 12009 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=281.8506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.16;MQ0=0;QD=76.01;RPA=1,2;RU=AGTGAAGAGGATTCG;SB=-4.410e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:65,93:158:99:12009,256,0 chrXIV 701530 . GGGA G 5917 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=215;FS=0.000;HaplotypeScore=388.4131;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.93;MQ0=0;QD=27.52;RPA=6,5;RU=GGA;SB=-2.635e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,167:215:99:5917,427,0 chrXIV 703121 . CTTTT C 5233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=487.1462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;QD=36.85;SB=-1.793e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,104:142:99:5233,347,0 chrXIV 708439 . C CG 6270 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=66.0389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.52;MQ0=0;QD=33.89;SB=-2.902e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,172:185:99:6270,500,0 chrXIV 711232 . ATTT A 1754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=213.7854;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.27;MQ0=0;QD=24.72;RPA=14,11;RU=T;SB=-8.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,43:71:99:1797,141,0 chrXIV 711251 . AT A 1381.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=358.3641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.66;MQ0=0;QD=18.93;RPA=9,8;RU=T;SB=-6.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,65:73:99:1424,177,0 chrXIV 711337 . T TC 3288 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=79.1349;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=32.24;SB=-6.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,87:102:99:3288,270,0 chrXIV 711615 . AT A 4042 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=378.8552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=1.482;QD=21.50;RPA=7,6;RU=T;ReadPosRankSum=1.336;SB=-1.415e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,176:188:99:4042,477,0 chrXIV 713938 . G GT 1147.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.604;DP=91;FS=6.305;HaplotypeScore=59.0323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.604;QD=12.61;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=0.458;SB=-4.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,61:91:62:1190,62,0 chrXIV 716022 . G GA 2890.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=264.7576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.40;MQ0=0;QD=25.81;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.175e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,100:112:99:2933,301,0 chrXIV 716254 . C CT 1207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=111.0907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.63;MQ0=0;QD=20.13;RPA=8,9;RU=T;SB=-3.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,53:60:99:1250,144,0 chrXIV 716416 . CT C 550.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.523;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=86.3299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.418;QD=9.67;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.523;SB=-1.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,37:57:73:593,73,0 chrXIV 716653 . AT A 886.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=123.0915;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.75;MQ0=0;QD=23.34;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:38:99:929,108,0 chrXIV 716675 . GT G 560.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=138.0736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.84;MQ0=0;QD=20.03;RPA=9,8;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:28:78:603,78,0 chrXIV 716710 . AT A 240.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=117.5906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.09;MQ0=0;QD=13.39;RPA=11,10;RU=T;SB=-4.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,14:18:39:283,39,0 chrXIV 718580 . CAAA C 1952.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=57.7835;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.32;MQ0=0;QD=29.15;RPA=11,8;RU=A;SB=-9.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,56:67:99:1995,153,0 chrXIV 718835 . CT C 4260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=52.2247;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;QD=34.63;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.947e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:123:99:4260,358,0 chrXIV 719304 . C CTT 2580.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=43.5206;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.45;MQ0=0;QD=24.82;RPA=10,12;RU=T;SB=-1.131e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,70:104:99:2623,239,0 chrXIV 720276 . CTGTTGCTGCTGTTGT C 11746 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-9.792;DP=249;DS;FS=13.965;HaplotypeScore=537.7302;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.91;MQ0=0;MQRankSum=0.800;QD=47.17;RPA=2,1;RU=TGTTGCTGCTGTTGT;ReadPosRankSum=-6.033;SB=-5.297e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,124:249:99:11746,0,4833 chrXIV 720390 . CTGT C 6356 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;DP=250;DS;FS=10.867;HaplotypeScore=114.9493;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.21;MQ0=0;MQRankSum=-3.373;QD=25.42;ReadPosRankSum=-0.008;SB=-2.312e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,112:250:99:6356,0,4220 chrXIV 721034 . CA C 328.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=20.1848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.48;MQ0=0;QD=11.75;RPA=11,10;RU=A;SB=-7.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,22:28:53:371,53,0 chrXIV 721791 . GA G 1249.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=581.0452;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.81;MQ0=0;QD=14.37;RPA=11,10;RU=A;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,66:87:99:1292,181,0 chrXIV 721814 . T TA 1415.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=510.9743;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.12;MQ0=0;QD=22.12;RPA=6,7;RU=A;SB=-2.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,55:64:99:1458,162,0 chrXIV 722231 . GA G 2029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=596.9404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.71;MQ0=0;QD=18.97;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.840e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,91:107:99:2072,257,0 chrXIV 722284 . AAAAAAAAAG A 9701 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=251.4058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.42;MQ0=0;QD=81.52;SB=-4.176e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,105:119:99:9701,319,0 chrXIV 725343 . GCCAAA G 5055 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=309.1075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.04;MQ0=0;QD=55.55;RPA=2,1;RU=CCAAA;SB=-1.193e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,76:90:99:5055,229,0 chrXIV 725530 . T TA 3205.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=220.8067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=28.88;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.548e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,106:111:99:3248,304,0 chrXIV 726121 . TA T 1322.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=54.6599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.03;MQ0=1;QD=18.90;RPA=9,8;RU=A;SB=-3.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,65:66:99:1365,176,0 chrXIV 726685 . G GA 188.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=27.2282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.21;MQ0=3;QD=20.90;RPA=1,2;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:6:18:230,18,0 chrXIV 727482 . A AT 716.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=160.6940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.49;MQ0=0;QD=20.48;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,26:35:66:759,66,0 chrXIV 727594 . T TGTC 3530 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=165.4700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=39.22;RPA=2,3;RU=GTC;SB=-4.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,74:90:99:3530,217,0 chrXIV 728369 . 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AG A 4733 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=886.9342;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.93;MQ0=0;QD=29.77;SB=-1.867e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,145:159:99:4733,421,0 chrXIV 743946 . G GA 1153.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=291.4130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.80;MQ0=0;QD=26.23;RPA=4,5;RU=A;SB=-4.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:44:99:1196,123,0 chrXIV 744080 . GCA G 397.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=115.9497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.60;MQ0=0;QD=28.43;RPA=3,2;RU=CA;SB=-2.019e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,11:14:33:440,33,0 chrXIV 746165 . CT C 2582.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=146.1853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.25;MQ0=0;QD=30.03;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.003e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:2625,241,0 chrXIV 746279 . AT A 1338.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=970.3395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.35;MQ0=0;QD=19.41;RPA=11,10;RU=T;SB=-3.030e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,57:69:99:1381,168,0 chrXIV 746408 . A AGC 1369.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=760.9235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.80;MQ0=0;QD=28.54;SB=-6.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,33:48:99:1412,123,0 chrXIV 746410 . T TGCACTA 2529.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=455.3043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.74;MQ0=0;QD=72.28;SB=-1.175e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:35:99:2572,99,0 chrXIV 746780 . T TA 1521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.457;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=293.9272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.810;QD=16.19;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.809;SB=-5.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,74:94:99:1564,139,0 chrXIV 751266 . GT G 64.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.949;DP=27;FS=45.884;HaplotypeScore=144.3722;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.74;MQ0=3;MQRankSum=3.423;QD=2.41;RPA=2,1;RU=T;ReadPosRankSum=0.041;SB=-2.876e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,6:24:99:104,0,469 chrXIV 755112 . T TA 1796.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.860;DP=90;FS=2.770;HaplotypeScore=30.3704;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.574;QD=19.97;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.211;SB=-7.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,73:87:99:1839,182,0 chrXIV 755415 . G GATTTGT 4396 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=713.2090;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.83;MQ0=6;QD=61.06;SB=-2.023e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,60:57:99:4396,160,0 chrXIV 759613 . TTAAG T 5779 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=417.7836;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.21;MQ0=0;QD=53.51;SB=-2.230e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,97:108:99:5779,286,0 chrXIV 763294 . G GT 3096.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=51.6063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.34;MQ0=0;QD=23.82;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.527e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,115:128:99:3139,336,0 chrXIV 763447 . ACTGACGGGCTATATGCGG A 19865 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=485.9661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.03;MQ0=0;QD=146.07;SB=-9.303e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:134:99:19865,307,0 chrXIV 764741 . GAT G 381.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=93.1152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.30;MQ0=0;QD=14.69;RPA=9,8;RU=AT;SB=-7.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,11:26:41:424,41,0 chrXIV 769584 . TATG T 4896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=386.6646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.19;MQ0=0;QD=44.51;RPA=3,2;RU=ATG;SB=-2.201e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,102:110:99:4896,301,0 chrXIV 772580 . G GTGT 2652.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=434.0194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.89;MQ0=0;QD=45.74;RPA=2,3;RU=TGT;SB=-3.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,51:57:99:2695,165,0 chrXIV 772612 . CAAAAAA C 1459.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.516;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=395.0553;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.975;QD=25.17;RPA=20,14;RU=A;ReadPosRankSum=1.625;SB=-1.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,17:50:83:1502,83,0 chrXIV 772782 . T TGC 202.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.624;DP=85;FS=8.059;HaplotypeScore=474.3937;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.55;MQ0=24;MQRankSum=-1.807;QD=2.39;ReadPosRankSum=-2.271;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,26:39:99:242,0,1238 chrXIV 772784 . ACG A 199.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.624;DP=85;FS=8.059;HaplotypeScore=474.7178;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.55;MQ0=24;MQRankSum=-0.547;QD=2.35;ReadPosRankSum=-1.674;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,26:39:99:239,0,1250 chrXIV 772907 . TG T 2911.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.920;DP=226;FS=147.205;HaplotypeScore=204.5591;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.17;MQ0=24;MQRankSum=-3.728;QD=12.88;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=0.423;SB=-1.255e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,129:174:99:2951,0,1794 chrXIV 774543 . TATTCA T 746.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.349;DP=81;FS=4.102;HaplotypeScore=184.1601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.73;MQ0=5;MQRankSum=1.542;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.964;SB=-2.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:49,30:19:28:789,28,0 chrXIV 776301 . A AT 429.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.042;DP=40;FS=2.566;HaplotypeScore=81.5969;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.17;MQ0=9;MQRankSum=0.125;QD=10.73;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.544;SB=-1.481e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,30:29:21:471,21,0 chrXIV 776685 . T TG 3461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=63.0214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.92;MQ0=0;QD=24.37;RPA=7,8;RU=G;SB=-1.597e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,131:142:99:3461,378,0 chrXIV 776990 . A AG 3961 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=49.4707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=33.29;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.782e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:119:99:3961,340,0 chrXIV 778794 . CA C 3364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=860.8463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.80;MQ0=0;QD=31.15;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.459e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,103:108:99:3364,292,0 chrXIV 778850 . TGCA T 3866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=581.9858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.02;MQ0=0;QD=40.27;RPA=2,1;RU=GCA;SB=-1.869e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,84:96:99:3866,235,0 chrXIV 779319 . A ATT 2288.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.821;DP=65;FS=5.441;HaplotypeScore=314.6920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=35.21;ReadPosRankSum=1.064;SB=-6.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,31:63:99:2331,159,0 chrXIV 779375 . GAA G 1923.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=215.7377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.87;MQ0=0;QD=31.54;RPA=6,4;RU=A;SB=-7.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:61:99:1966,162,0 chrXIV 781504 . CT C 995.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=327.6484;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.92;MQ0=0;QD=21.65;RPA=2,1;RU=T;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,34:41:93:1038,93,0 chrXIV 781512 . T TA 598.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=278.0422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.92;MQ0=0;QD=18.72;RPA=3,4;RU=A;SB=-9.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,27:27:63:641,63,0 chrXIV 783584 . TCATGGA T 4329 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.657;DP=118;FS=6.864;HaplotypeScore=1349.0240;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.95;MQ0=2;MQRankSum=3.350;QD=36.69;ReadPosRankSum=-0.441;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,86:71:99:4329,0,436 chrXIV 783618 . GTTGAGA G 4086 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.033;DP=133;FS=17.711;HaplotypeScore=1235.9195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.07;MQ0=1;MQRankSum=2.492;QD=30.72;ReadPosRankSum=1.364;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,106:60:99:4086,0,241 chrXIV 783663 . A AGT 888.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=705.9017;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.89;MQ0=0;QD=11.25;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,60:26:78:931,78,0 chrXIV 783767 . T TA 1972.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.440;DP=130;FS=158.237;HaplotypeScore=943.9314;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.66;MQ0=3;MQRankSum=4.437;QD=15.18;ReadPosRankSum=-6.824;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,62:125:99:2012,0,1944 chrXIV 783875 . T TG 200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=246.9174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.751;QD=16.67;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.751;SB=-3.496e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,6:12:23:242,23,0 chrXIV 783883 . G GGTA 343.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=219.4221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;QD=38.22;RPA=1,2;RU=GTA;SB=-2.098e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,5:9:27:386,27,0 chrXIV 783893 . GA G 118.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.745;DP=25;FS=2.865;HaplotypeScore=459.6298;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.096;QD=4.76;ReadPosRankSum=1.359;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:20:99:158,0,195 chrXIV 783908 . T TG 223.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.029;DP=32;FS=9.054;HaplotypeScore=812.0310;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.544;QD=7.00;RPA=2,3;RU=G;ReadPosRankSum=0.087;SB=-8.888e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,6:26:99:263,0,140 chrXIV 783999 . A AG 427.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.520;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=820.0094;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.13;MQ0=0;MQRankSum=1.561;QD=14.76;RPA=1,2;RU=G;ReadPosRankSum=-0.347;SB=-2.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,7:26:45:470,45,0 chrXIV 784008 . TTAGGG T 220.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.763;DP=22;FS=11.027;HaplotypeScore=586.2845;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=21.91;MQ0=0;MQRankSum=-1.443;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.536;SB=0.010 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:20:54:260,0,54 chrXIV 784029 . GTTAGGGTA G 91.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.678;DP=16;FS=8.129;HaplotypeScore=418.1147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.523;QD=5.75;ReadPosRankSum=-1.208;SB=-8.130e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:131,0,157 chrXIV 784034 . GGTA G 150.02 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.931;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=426.5309;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.715;SB=-5.105e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:18:16:189,0,16 chrXV 108 . A AC 5720 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.144;DP=206;FS=0.000;HaplotypeScore=3912.1353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.171;QD=27.77;RPA=1,2;RU=C;ReadPosRankSum=2.243;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,178:190:99:5720,483,0 chrXV 113 . C CCCT 10735 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.714;DP=206;FS=0.000;HaplotypeScore=3406.7674;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.54;MQ0=0;MQRankSum=1.402;QD=52.11;ReadPosRankSum=-0.724;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,186:190:99:10735,548,0 chrXV 119 . T TA 7177 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.438;DP=226;FS=0.000;HaplotypeScore=4197.5592;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.75;MQ0=0;MQRankSum=0.620;QD=31.76;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-0.235;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,222:209:99:7177,543,0 chrXV 227 . A AT 650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=586.8275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.91;MQ0=0;QD=21.70;SB=-5.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,20:27:79:693,79,0 chrXV 228 . CAT C 706.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HaplotypeScore=454.1161;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.11;MQ0=0;QD=30.74;SB=-7.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,20:22:66:749,66,0 chrXV 427 . A AT 498.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.419;DP=27;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=285.1531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.38;MQ0=0;MQRankSum=1.103;QD=18.48;ReadPosRankSum=0.946;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,18:23:54:541,54,0 chrXV 430 . C CA 431.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.561;DP=27;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=290.2620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.38;MQ0=0;MQRankSum=0.694;QD=16.00;ReadPosRankSum=1.214;SB=-2.108e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,18:23:32:474,32,0 chrXV 505 . CATCTCAA C 14922 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.169;DP=248;DS;FS=9.396;HaplotypeScore=4605.3850;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.31;MQ0=1;MQRankSum=3.433;QD=60.17;ReadPosRankSum=4.230;SB=-8.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,200:207:99:14922,0,2957 chrXV 540 . AT A 5611 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.244;DP=245;DS;FS=7.443;HaplotypeScore=5842.6904;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.44;MQ0=2;MQRankSum=4.042;QD=22.90;ReadPosRankSum=-1.985;SB=-2.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,199:220:99:5611,0,327 chrXV 565 . A ACC 5790 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.679;DP=220;DS;FS=6.403;HaplotypeScore=5209.8577;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.56;MQ0=2;MQRankSum=3.390;QD=26.32;ReadPosRankSum=2.083;SB=-2.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,151:200:99:5790,0,264 chrXV 567 . AT A 3624 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.549;DP=180;DS;FS=5.621;HaplotypeScore=4289.2875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=24.59;MQ0=2;MQRankSum=3.734;QD=20.13;ReadPosRankSum=2.841;SB=-1.300e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,151:166:99:3624,0,139 chrXV 903 . AT A 379.97 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;DP=32;FS=11.461;HaplotypeScore=51.1661;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.61;MQ0=0;MQRankSum=1.488;QD=11.87;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.488;SB=-6.615e-03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,13:18:31:422,31,0 chrXV 1020 . G GT 1778.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.638;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=1069.9087;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.67;MQ0=3;MQRankSum=3.204;QD=23.10;ReadPosRankSum=2.157;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,53:58:63:1818,0,63 chrXV 11472 . C CA 93.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=38.9428;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=16.94;MQ0=9;QD=6.22;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:5:15:135,15,0 chrXV 11486 . T TTTTA 622.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=318.2194;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.97;MQ0=13;QD=11.33;RPA=1,2;RU=TTTA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,26:37:45:665,45,0 chrXV 11541 . A AC 4852 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=234;FS=0.000;HaplotypeScore=1292.1925;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.32;MQ0=41;QD=20.74;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:163,67:188:99:4852,561,0 chrXV 11543 . CA C 5029 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=230;FS=0.000;HaplotypeScore=1265.7832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.51;MQ0=38;QD=21.87;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:163,67:187:99:5029,561,0 chrXV 24745 . GAATTACATAATCATTTCTCCGCGAA G 6442 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=384.3784;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.51;MQ0=0;QD=37.89;SB=-8.530e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:78,92:149:99:6442,265,0 chrXV 24820 . T TCC 1649.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=10.385;DP=198;FS=38.237;HaplotypeScore=1628.4875;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.42;MQ0=0;MQRankSum=-9.530;QD=8.33;RPA=3,5;RU=C;ReadPosRankSum=2.582;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,55:197:99:1689,0,4431 chrXV 27228 . AT A 465.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=119.2021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.49;MQ0=0;QD=17.92;RPA=6,5;RU=T;SB=-2.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:24:57:508,57,0 chrXV 27756 . G GA 992.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=147.3476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.12;MQ0=11;QD=14.60;SB=-3.470e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:39:87:1035,87,0 chrXV 29041 . GGGC G 190.17 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=345.9162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.08;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=15.85;ReadPosRankSum=0.747;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:16:232,16,0 chrXV 29053 . TTTCTGA T 463.07 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=318.2826;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.751;QD=51.45;ReadPosRankSum=0.751;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:19:505,19,0 chrXV 30908 . ACCG A 4286 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;DP=146;DS;FS=7.702;HaplotypeScore=1519.7998;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.85;MQ0=0;MQRankSum=0.932;QD=29.36;ReadPosRankSum=-0.846;SB=-1.237e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,92:144:99:4286,263,0 chrXV 30914 . TGAGCTAG T 3228.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1427.2004;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.42;MQ0=0;QD=31.34;SB=-5.510e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:59,43:102:99:3270,171,0 chrXV 30927 . GAA G 1038.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1140.2334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=23.61;SB=-1.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,36:44:93:1081,93,0 chrXV 30935 . G GGAT 1300.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1114.0469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=29.57;SB=-1.800e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,36:44:99:1343,106,0 chrXV 30959 . TGAACCG T 258.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.394;DP=139;DS;FS=11.533;HaplotypeScore=2818.4614;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.71;MQ0=2;MQRankSum=1.644;QD=1.86;ReadPosRankSum=5.694;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,33:128:99:298,0,5081 chrXV 31443 . T TCAA 4571 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=791.0341;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.45;MQ0=0;QD=46.17;RPA=1,2;RU=CAA;SB=-2.096e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,88:97:99:4571,265,0 chrXV 32351 . TA T 1177.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=718.0640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.94;MQ0=0;QD=23.56;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,44:50:99:1220,132,0 chrXV 32396 . G GT 1941.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=794.3210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.85;MQ0=0;MQRankSum=0.815;QD=27.35;ReadPosRankSum=1.172;SB=-5.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,66:71:99:1984,197,0 chrXV 32775 . G GTTCT 6844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=987.9858;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.72;MQ0=0;QD=54.75;RPA=1,2;RU=TTCT;SB=-3.263e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,112:124:99:6844,340,0 chrXV 32815 . C CTT 6094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=2087.1975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.86;MQ0=0;QD=40.90;RPA=1,3;RU=T;SB=-2.293e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,134:149:99:6094,430,0 chrXV 32842 . GT G 3644 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=2075.9406;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.68;MQ0=0;QD=23.21;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.263e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,141:157:99:3644,399,0 chrXV 33840 . A AT 1614.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.385;DP=86;FS=4.771;HaplotypeScore=51.3162;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;QD=18.78;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=-0.481;SB=-5.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,61:86:99:1657,191,0 chrXV 35493 . CT C 2652.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=270.3152;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.57;MQ0=0;QD=24.56;RPA=5,4;RU=T;SB=-9.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,100:108:99:2695,288,0 chrXV 42846 . G GGAAGA 6672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=505.2044;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.42;MQ0=0;QD=67.39;SB=-3.243e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,89:99:99:6672,274,0 chrXV 43012 . TGTTTCTTCCAAATATATCCATGCTCTCGGTGTGCCACTTCTGGG T 1974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=43.1622;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.42;MQ0=0;QD=34.65;SB=-4.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,19:57:39:2017,39,0 chrXV 43480 . GA G 2131.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=776.8928;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.29;MQ0=0;QD=21.75;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.082e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,88:98:99:2174,264,0 chrXV 43492 . TG T 3611 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=653.0522;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.47;MQ0=0;QD=37.61;SB=-1.749e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:96:99:3611,280,0 chrXV 43549 . G GA 2089.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=465.7324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.69;MQ0=0;QD=21.33;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,81:98:99:2132,240,0 chrXV 45897 . AATT A 688.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=12.0987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=27.56;RPA=7,6;RU=ATT;SB=-4.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,17:25:51:731,51,0 chrXV 53937 . G GGAA 4097 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.454;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=59.0987;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.581;QD=23.15;RPA=8,9;RU=GAA;ReadPosRankSum=-0.431;SB=-1.949e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:70,105:177:84:4097,84,0 chrXV 54269 . AATC A 8547 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=443.6730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.03;MQ0=0;QD=45.95;RPA=2,1;RU=ATC;SB=-4.261e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,171:186:99:8547,509,0 chrXV 55102 . CATACTGCGTTATACTGCGTT C 7087 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=44.4859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.79;MQ0=0;QD=81.46;RPA=4,2;RU=ATACTGCGTT;SB=-1.048e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:54,33:87:99:7087,114,0 chrXV 55417 . TG T 4121 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=1413.2702;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.06;MQ0=0;QD=27.29;SB=-1.246e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,137:151:99:4121,396,0 chrXV 56366 . GA G 2660.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=525.8621;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.43;MQ0=0;QD=23.55;RPA=7,6;RU=A;SB=-3.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:2703,318,0 chrXV 58659 . G GA 2734.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=60.0414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=0.528;QD=17.76;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.543;SB=-1.353e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,122:154:99:2777,259,0 chrXV 60061 . GT G 1127.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.814;DP=76;FS=2.602;HaplotypeScore=174.0878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=14.84;RPA=13,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.543;SB=-4.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,55:76:99:1170,133,0 chrXV 63056 . GTCATCA G 5595 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=44.1507;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.74;MQ0=2;QD=44.06;RPA=10,8;RU=TCA;SB=-2.123e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,93:124:99:5595,259,0 chrXV 70058 . AT A 2619.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=384.8722;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=18.45;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.151e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,123:142:99:2662,336,0 chrXV 70751 . C CT 2158.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.319;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=43.7041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.14;MQ0=0;MQRankSum=0.138;QD=19.81;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-1.384;SB=-1.027e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,96:109:99:2201,192,0 chrXV 71268 . C CA 2597.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=49.6630;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.99;MQ0=0;QD=24.98;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,99:104:99:2640,259,0 chrXV 77349 . GAT G 3341 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=1114.2129;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.47;MQ0=0;QD=35.17;RPA=3,2;RU=AT;SB=-1.232e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,86:95:99:3341,250,0 chrXV 79521 . C CT 2907.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.563;DP=148;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=132.6847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.92;MQ0=0;MQRankSum=0.150;QD=19.65;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.934;SB=-1.206e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,131:148:99:2950,279,0 chrXV 81378 . AT A 2229.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=640.2565;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.07;MQ0=0;QD=30.97;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:2272,205,0 chrXV 81640 . A ATG 2499.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.907;DP=154;FS=6.580;HaplotypeScore=506.7232;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=1.323;QD=16.23;RPA=9,10;RU=TG;ReadPosRankSum=0.671;SB=-8.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,99:154:99:2539,0,151 chrXV 83216 . G GA 2924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=278.6387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.76;MQ0=0;QD=21.51;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.169e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:37,99:136:99:2967,342,0 chrXV 83362 . C CGA 3959 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=276.5597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.95;MQ0=0;QD=38.07;RPA=2,3;RU=GA;SB=-8.490e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,93:104:99:3959,280,0 chrXV 83483 . TG T 2544.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=273.9184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.93;MQ0=0;QD=29.94;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.291e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,70:84:99:2587,220,0 chrXV 83853 . G GGGT 6903 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=41.3159;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.80;MQ0=0;QD=52.69;SB=-2.772e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,125:131:99:6903,388,0 chrXV 85382 . CTT C 888.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.581;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=34.5749;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=0.648;QD=17.78;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.078;SB=-3.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,34:50:83:931,83,0 chrXV 87666 . C CTCAA 2235.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=15.1581;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=54.54;RPA=1,2;RU=TCAA;SB=-8.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:41:99:2278,111,0 chrXV 91934 . TC T 2032.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=27.5922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=30.80;RPA=4,3;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:66:99:2075,192,0 chrXV 92462 . CA C 3438 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=270.4948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.50;MQ0=0;QD=21.90;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.063e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,129:156:99:3438,387,0 chrXV 92494 . T TAA 3557 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=267.1234;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.29;MQ0=1;QD=26.35;RPA=8,10;RU=A;SB=-1.400e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,104:134:99:3557,311,0 chrXV 92644 . GA G 2566.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=824.2923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.49;MQ0=0;QD=30.56;SB=-1.224e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,72:83:99:2609,220,0 chrXV 93845 . TA T 2502.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.675;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=69.2887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.796;QD=14.72;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.845;SB=-5.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,114:170:99:2545,321,0 chrXV 94096 . AT A 3337 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=166.2372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.73;MQ0=0;QD=28.52;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.596e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,110:117:99:3337,304,0 chrXV 94613 . GAAA G 1651.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=345.5181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.55;MQ0=0;QD=24.29;RPA=13,10;RU=A;SB=-4.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,46:68:99:1694,123,0 chrXV 94666 . A AT 2474.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=831.5434;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.34;MQ0=0;QD=30.56;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.233e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2517,232,0 chrXV 94815 . 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CA C 986.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=16.5589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;MQ0=0;QD=30.84;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:90:1029,90,0 chrXV 115214 . T TGGG 6020 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=3398.6491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=45.61;ReadPosRankSum=2.326;SB=-1.123e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,121:132:99:6020,221,0 chrXV 115223 . TCGA T 7185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=3619.8512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.94;MQ0=0;QD=48.88;SB=-1.188e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,142:147:99:7185,430,0 chrXV 118274 . C CCCAAAA 2465.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.460;DP=229;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=188.7663;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=18.82;MQ0=45;MQRankSum=-1.171;QD=10.77;RPA=1,2;RU=CCAAAA;ReadPosRankSum=0.156;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:160,68:91:99:2505,0,3110 chrXV 123629 . C CTT 615.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=50.5005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.56;MQ0=2;QD=32.42;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,6:17:45:658,45,0 chrXV 123864 . G GAA 4483 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=464.0080;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.64;MQ0=0;QD=32.96;RPA=6,8;RU=A;SB=-2.241e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,115:136:99:4483,370,0 chrXV 123921 . TA T 5205 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=480.1660;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;QD=32.74;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.557e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,154:159:99:5205,442,0 chrXV 129118 . T TA 2932.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=40.7800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=24.65;RPA=4,5;RU=A;SB=-9.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,112:119:99:2975,310,0 chrXV 136025 . GA G 3860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=51.0597;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.35;MQ0=0;QD=25.23;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.532e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,147:153:99:3860,417,0 chrXV 137899 . G GT 1918.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=162.9537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;QD=25.25;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,72:76:99:1961,201,0 chrXV 138046 . GTA G 447.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5979;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=23.58;RPA=6,5;RU=TA;SB=-2.379e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,13:19:42:490,42,0 chrXV 145185 . TTTTTC T 988 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=22.2720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.22;MQ0=1;MQRankSum=1.531;QD=54.89;ReadPosRankSum=1.327;SB=-4.783e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,15:17:23:1030,23,0 chrXV 160743 . CT C 4461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=75.3783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=22.42;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.505e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,189:198:99:4461,539,0 chrXV 160838 . CGT C 3980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=39.5116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=35.86;RPA=2,1;RU=GT;SB=-1.790e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,100:111:99:3980,283,0 chrXV 160977 . G GAA,GA 1703.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.212;DP=177;FS=3.073;HaplotypeScore=712.1599;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.171;QD=9.63;RPA=4,6,5;RU=A;ReadPosRankSum=-3.098;SB=-7.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:119,5,51:177:99:1782,511,365,358,0,155 chrXV 162093 . TA T 3716 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=1171.9805;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.73;MQ0=0;QD=29.49;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.281e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,113:126:99:3716,346,0 chrXV 162174 . ATG A 3773 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=1126.2125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.64;MQ0=0;QD=37.36;SB=-1.482e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,82:101:99:3773,288,0 chrXV 170363 . CTTGCT C 13560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=222;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=75.9610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=61.08;SB=-6.720e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:52,167:222:99:13560,610,0 chrXV 170473 . C CT 7329 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=218;FS=0.000;HaplotypeScore=88.4783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.37;MQ0=0;QD=33.62;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.630e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,215:218:99:7329,620,0 chrXV 180517 . AT A 2455.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=187.1316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;QD=24.08;RPA=4,3;RU=T;SB=-8.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,98:102:99:2498,258,0 chrXV 181607 . G GA 3104.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=332.8041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.31;MQ0=0;QD=30.44;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.543e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,96:102:99:3147,262,0 chrXV 189467 . ATT A 1118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;DP=55;FS=3.010;HaplotypeScore=141.6995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.547;QD=20.34;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.003;SB=-5.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,41:55:99:1161,109,0 chrXV 193685 . T TTTTC 7526 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=268.6404;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.82;MQ0=0;QD=43.50;SB=-2.744e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,123:172:99:7526,460,0 chrXV 194895 . C CAAAA 3749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=56.0030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=33.77;RPA=12,16;RU=A;SB=-1.313e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,61:111:99:3749,248,0 chrXV 196344 . G GATAGATATAT 2407.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=178.1760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.04;MQ0=0;QD=51.23;SB=-5.140e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,20:47:87:2450,87,0 chrXV 213812 . AT A 1641.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;FS=0.000;HaplotypeScore=189.5938;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=20.78;RPA=9,8;RU=T;SB=-7.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,75:79:99:1684,209,0 chrXV 213870 . C CAA,CAAA 1385.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=109.5912;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.46;MQ0=0;QD=20.69;RPA=13,15,16;RU=A;SB=-3.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:37,21,5:67:69:1464,217,69,528,0,396 chrXV 216270 . GGTC G 7185 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=309.4803;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.42;MQ0=0;QD=47.58;RPA=2,1;RU=GTC;SB=-3.163e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,144:151:99:7185,418,0 chrXV 216898 . ATT A 130.13 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=9.2475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.75;MQ0=0;MQRankSum=0.067;QD=3.72;RPA=18,16;RU=T;ReadPosRankSum=1.666;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,8:35:17:172,17,0 chrXV 220727 . GA G 3020.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=338.3775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.90;MQ0=0;QD=21.43;RPA=10,9;RU=A;SB=-1.329e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,127:141:99:3063,366,0 chrXV 226598 . T TC 3298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=303.4721;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.07;MQ0=0;QD=29.19;RPA=1,2;RU=C;SB=-7.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,101:113:99:3298,292,0 chrXV 227300 . CGATGAT C 1983.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=119.5213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.61;MQ0=0;QD=27.94;RPA=12,10;RU=GAT;SB=-7.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,42:71:99:2026,117,0 chrXV 228237 . AATT A 1370.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.691;DP=84;FS=230.207;HaplotypeScore=176.2071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=16.32;ReadPosRankSum=-0.039;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,41:84:99:1410,0,2270 chrXV 228425 . C CT 1607.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;FS=0.000;HaplotypeScore=29.3932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.37;MQ0=0;QD=21.73;RPA=8,9;RU=T;SB=-6.550e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,66:74:99:1650,189,0 chrXV 230020 . CT C 60.66 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.023;DP=87;FS=1.898;HaplotypeScore=196.1780;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.337;QD=0.70;RPA=17,16;RU=T;ReadPosRankSum=-1.008;SB=-3.767e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,13:87:98:98,0,421 chrXV 231434 . GA G 1541.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;DP=74;FS=4.393;HaplotypeScore=134.2860;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=20.84;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=-0.682;SB=-5.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,68:74:99:1584,171,0 chrXV 231806 . 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AGGC A 2721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=670.3517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.25;MQ0=0;QD=36.29;RPA=2,1;RU=GGC;SB=-1.280e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,53:75:99:2764,160,0 chrXV 237009 . GCAA G 5316 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.268;DP=248;DS;FS=9.027;HaplotypeScore=2000.0336;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=44.33;MQ0=0;MQRankSum=4.684;QD=21.44;RPA=3,2;RU=CAA;ReadPosRankSum=3.373;SB=-2.033e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,155:248:99:5316,0,1188 chrXV 238200 . CATACTTTTG C 4226 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=25.7775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.08;MQ0=0;QD=70.43;RPA=2,1;RU=ATACTTTTG;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,50:60:99:4226,141,0 chrXV 242848 . G GT 1642.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=23.1610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=26.50;RPA=3,4;RU=T;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:1685,174,0 chrXV 251263 . 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GA G 4604 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=439.8623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.35;MQ0=0;QD=32.65;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.569e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,134:141:99:4604,394,0 chrXV 259480 . GGA G 5118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=362.9442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.79;MQ0=0;QD=43.01;SB=-1.714e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,108:119:99:5118,316,0 chrXV 263222 . AT A 3855 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2313;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.26;MQ0=0;QD=30.84;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.594e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,123:125:99:3855,340,0 chrXV 269437 . C CGCTTCTTCATCTTCT 20169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=611.8845;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.02;MQ0=0;QD=95.14;RPA=1,2;RU=GCTTCTTCATCTTCT;SB=-7.879e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,164:212:99:20169,491,0 chrXV 269653 . CG C 4158 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=521.7701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.03;MQ0=0;QD=36.47;SB=-3.600e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,109:114:99:4158,340,0 chrXV 269716 . T TA 468.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=437.3221;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.17;MQ0=0;QD=8.85;RPA=7,8;RU=A;SB=-2.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,26:53:60:511,60,0 chrXV 270656 . C CT 3997 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=353.6414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.15;MQ0=0;QD=22.33;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.895e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,163:179:99:3997,453,0 chrXV 271953 . CT C 1242.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=879.2415;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.66;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=14.62;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.386;SB=-4.590e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,43:85:99:1285,194,0 chrXV 274382 . AG A 5741 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=230;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=678.8537;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;QD=24.96;RPA=6,5;RU=G;SB=-2.675e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,202:230:99:5741,583,0 chrXV 274779 . C CT 4730 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=208;FS=0.000;HaplotypeScore=71.8005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.44;MQ0=0;QD=22.74;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.755e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,193:206:99:4730,525,0 chrXV 277875 . TCATATA T 3800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=200.2392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.97;MQ0=0;QD=64.41;SB=-1.789e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,56:59:99:3800,147,0 chrXV 280108 . C CT 3610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=371.6261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.57;MQ0=0;QD=26.74;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.210e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,123:135:99:3610,370,0 chrXV 280240 . CA C 3116.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=101.8195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=23.98;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.054e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,115:130:99:3159,336,0 chrXV 281886 . A AG 5075 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=391.8063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=35.24;SB=-1.430e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,135:144:99:5075,409,0 chrXV 282006 . A AG 3011.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=271.5856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.35;MQ0=0;QD=28.41;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.229e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,89:106:99:3054,271,0 chrXV 285705 . AT A 3212.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=448.1506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=28.95;SB=-1.058e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,105:111:99:3255,300,0 chrXV 287987 . A AT 1089.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=111.4742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;QD=19.12;RPA=9,10;RU=T;SB=-9.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,43:57:99:1132,132,0 chrXV 288064 . TA T 724.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.535;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=125.2884;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.149;QD=15.10;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.842;SB=-2.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,39:48:80:767,80,0 chrXV 288282 . AT A 1521.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=149.1855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.78;MQ0=0;QD=18.12;RPA=7,6;RU=T;SB=-3.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,72:83:99:1564,186,0 chrXV 290573 . CTT C 1747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=153.3830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=20.56;RPA=13,11;RU=T;SB=-5.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,52:85:99:1790,171,0 chrXV 292246 . CAA C 4317 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=307.8549;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.213;QD=28.40;RPA=10,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.426;SB=-1.940e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,132:152:99:4317,386,0 chrXV 296474 . CCA C 6889 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=46.9808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=44.73;SB=-2.970e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:154:99:6889,445,0 chrXV 298968 . AT A 2711.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=375.6651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.34;MQ0=0;QD=23.18;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.222e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,109:117:99:2754,312,0 chrXV 299706 . AT A 3033.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=312.9855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.58;MQ0=0;QD=21.99;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,126:138:99:3076,371,0 chrXV 299964 . CATATGCCAGGA C 11420 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=201.0489;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.56;MQ0=0;QD=107.74;SB=-4.586e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,103:106:99:11420,295,0 chrXV 300684 . TGAAA T 2598.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=350.9447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.75;MQ0=0;QD=60.44;SB=-1.276e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:43:99:2641,123,0 chrXV 301070 . GTC G 2269.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=392.2679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.98;MQ0=0;QD=42.83;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:2312,153,0 chrXV 301214 . A AAATAG 4757 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=38.8737;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.02;MQ0=0;QD=71.00;SB=-1.001e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,64:67:99:4757,193,0 chrXV 301304 . ATGTG A 1931.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=29.5583;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.71;MQ0=0;QD=37.15;RPA=8,6;RU=TG;SB=-6.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,31:52:99:1974,114,0 chrXV 303175 . 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TTA T 248.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=14.1081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.24;MQ0=0;QD=9.58;RPA=7,6;RU=TA;SB=-7.290e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,10:26:24:291,24,0 chrXV 312985 . CTA C 2838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=112.0800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.70;MQ0=0;QD=29.57;RPA=3,2;RU=TA;SB=-1.306e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,87:96:99:2881,234,0 chrXV 315630 . CTTTTT C 2139.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.979;DP=67;FS=3.405;HaplotypeScore=305.5299;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.075;QD=31.94;RPA=18,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.301;SB=-1.009e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,40:67:99:2182,127,0 chrXV 316411 . ACGAGGC A 3475 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.593;DP=109;FS=0.779;HaplotypeScore=966.8744;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.72;MQ0=0;MQRankSum=-4.025;QD=31.88;ReadPosRankSum=6.445;SB=-1.354e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,59:109:99:3475,0,2318 chrXV 316418 . TTACCGAC T 4129 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=8.534;DP=105;FS=1.701;HaplotypeScore=892.1703;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.04;MQ0=0;MQRankSum=-4.896;QD=39.32;ReadPosRankSum=8.024;SB=-1.585e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,59:105:99:4129,0,2162 chrXV 318436 . AGG A 1451.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=9.333;DP=187;DS;FS=0.648;HaplotypeScore=2364.2513;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.79;MQ0=0;MQRankSum=-4.289;QD=7.76;ReadPosRankSum=9.135;SB=-3.660e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,88:187:99:1491,0,1469 chrXV 318439 . CACAAGCTCAGGCTCAGGCACAG C 18141 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.200;DP=176;DS;FS=1.342;HaplotypeScore=680.0062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.716;QD=103.07;ReadPosRankSum=10.636;SB=-5.034e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,87:176:99:18141,0,1054 chrXV 323107 . GAGGT G 8605 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=580.6429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;QD=53.45;RPA=2,1;RU=AGGT;SB=-3.984e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,153:161:99:8605,436,0 chrXV 325064 . GT G 2090.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=107.4789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.29;MQ0=0;MQRankSum=1.694;QD=19.54;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.130;SB=-1.045e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,98:107:99:2133,254,0 chrXV 326668 . T TG 200.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=55.4240;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.83;MQ0=0;QD=14.29;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:21:242,21,0 chrXV 333432 . G GAA,GA 1898.73 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.230;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=340.8391;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=13.76;RPA=13,15,14;RU=A;ReadPosRankSum=0.504;SB=-7.924e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:53,9,72:138:43:1976,1246,1186,250,0,43 chrXV 340289 . T TA 1614.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=180.3429;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.146;QD=20.19;RPA=8,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.346;SB=-5.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,72:80:99:1657,170,0 chrXV 340510 . A AT 2599.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=201.2255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.10;MQ0=0;QD=29.21;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.302e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:2642,250,0 chrXV 341116 . TC T 1248.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=134.6315;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.32;MQ0=0;QD=34.69;RPA=2,1;RU=C;SB=-6.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1291,108,0 chrXV 341947 . TGATGATGTAGTTGATGATGTAGTC T 17150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=251.2649;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.58;MQ0=0;QD=83.25;SB=-6.661e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,156:206:99:17150,420,0 chrXV 343483 . CG C 6057 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=60.6276;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=33.46;SB=-2.315e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,180:181:99:6057,499,0 chrXV 343649 . GA G 2920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=112.2772;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.687;QD=17.39;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.489;SB=-1.228e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,141:168:99:2963,329,0 chrXV 344970 . TGCG T 3072.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.662;DP=217;FS=58.015;HaplotypeScore=3230.7420;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=26.83;MQ0=1;MQRankSum=2.476;QD=14.16;ReadPosRankSum=6.581;SB=-8.650e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,72:212:99:3112,0,4082 chrXV 345115 . GCTT G 5017 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;DP=111;FS=4.191;HaplotypeScore=2149.6273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.65;MQ0=0;MQRankSum=1.402;QD=45.20;RPA=2,1;RU=CTT;ReadPosRankSum=-0.841;SB=-1.720e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,99:110:99:5017,284,0 chrXV 347956 . T TG 4406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=1119.5275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.94;MQ0=0;QD=35.25;SB=-2.087e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,119:125:99:4406,352,0 chrXV 348000 . A AT 2942.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=965.8875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.03;MQ0=0;QD=26.28;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.425e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,101:112:99:2985,292,0 chrXV 348012 . A AT 2311.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=847.6900;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.21;MQ0=0;QD=21.61;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.106e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,92:107:99:2354,264,0 chrXV 348414 . A AT 3014.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=206.6829;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=27.41;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.415e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,106:110:99:3057,286,0 chrXV 348584 . GTT G 3852 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=554.3451;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.82;MQ0=0;QD=36.69;RPA=3,1;RU=T;SB=-1.412e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,91:105:99:3852,274,0 chrXV 348588 . CT C 1740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=734.3297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.34;MQ0=0;QD=17.07;RPA=9,8;RU=T;SB=-5.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,84:102:99:1783,241,0 chrXV 354033 . A AC 2361.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=198.7875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.16;MQ0=0;QD=30.67;RPA=1,2;RU=C;SB=-5.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,66:77:99:2404,210,0 chrXV 354314 . AC A 1898.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=515.6679;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.39;MQ0=0;QD=29.67;RPA=2,1;RU=C;SB=-5.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:62:99:1941,168,0 chrXV 354333 . AT A 842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=425.9508;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.45;MQ0=0;QD=17.94;RPA=4,3;RU=T;SB=-3.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,35:46:90:885,90,0 chrXV 354370 . A ATC 1773.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=100.9607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.37;MQ0=0;QD=45.49;SB=-7.360e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,34:39:99:1816,111,0 chrXV 354759 . T TAA 2135.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=363.6115;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.94;MQ0=0;QD=33.37;RPA=6,8;RU=A;SB=-4.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,60:64:99:2178,181,0 chrXV 354966 . GT G 411.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=6.1255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.98;MQ0=0;QD=29.43;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:39:454,39,0 chrXV 356864 . AT A 2961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.323;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=130.4316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=21.01;RPA=9,8;RU=T;ReadPosRankSum=-0.941;SB=-1.500e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,132:141:99:3004,353,0 chrXV 357337 . GA G 1833.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=274.4820;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.75;MQ0=0;QD=17.98;RPA=10,9;RU=A;SB=-8.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,80:102:99:1876,239,0 chrXV 368065 . G GTT 3016.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=403.3959;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.80;MQ0=0;QD=29.87;SB=-1.524e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,75:101:99:3059,253,0 chrXV 370433 . A AT 1859.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;DP=99;FS=6.168;HaplotypeScore=68.1503;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.96;MQ0=0;MQRankSum=0.642;QD=18.79;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.692;SB=-9.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,84:99:99:1902,178,0 chrXV 370888 . C CG 4919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=53.0448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.83;MQ0=0;QD=36.71;SB=-2.304e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,129:134:99:4919,376,0 chrXV 371479 . C CT 2348.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=85.6158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.05;MQ0=0;QD=23.03;RPA=7,8;RU=T;SB=-1.098e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,95:102:99:2391,273,0 chrXV 372140 . GA G 1457.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;DP=97;FS=3.072;HaplotypeScore=284.9130;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;MQRankSum=0.805;QD=15.03;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.854;SB=-7.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,71:97:99:1500,185,0 chrXV 372753 . T TCA 6216 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=242.4775;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=36.35;RPA=1,2;RU=CA;SB=-2.616e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,154:171:99:6216,448,0 chrXV 383410 . AT A 850.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=12.8977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=20.76;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,34:41:90:893,90,0 chrXV 384491 . CA C 3310 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=134.3289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.00;MQ0=0;QD=26.48;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.079e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,120:125:99:3310,354,0 chrXV 384957 . TA T 1970.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=527.1137;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.09;MQ0=0;QD=24.33;RPA=4,3;RU=A;SB=-5.120e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,71:81:99:2013,210,0 chrXV 385319 . C CT 3322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.450;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=463.6463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.31;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=24.43;ReadPosRankSum=1.310;SB=-8.900e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,113:136:99:3322,361,0 chrXV 386646 . CT C 2546.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=46.3049;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.83;MQ0=0;QD=19.74;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.055e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,117:129:99:2589,331,0 chrXV 388799 . GT G 4943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=406.1905;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.11;MQ0=0;QD=34.33;SB=-2.130e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,140:144:99:4943,388,0 chrXV 388990 . A AC 4412 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=180.8729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.09;MQ0=0;QD=27.92;RPA=5,6;RU=C;SB=-2.162e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,144:158:99:4412,439,0 chrXV 389147 . TC T 4107 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=1081.7097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.02;MQ0=0;QD=27.38;RPA=6,5;RU=C;SB=-1.748e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,144:150:99:4107,412,0 chrXV 389452 . ACAT A 4732 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=709.3433;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.82;MQ0=0;QD=41.15;RPA=3,2;RU=CAT;SB=-1.268e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,95:115:99:4732,289,0 chrXV 389478 . A AT 3637 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=845.1851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.01;MQ0=0;QD=39.11;SB=-1.126e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:93:99:3637,265,0 chrXV 389536 . C CT 1216.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=643.1780;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.57;MQ0=0;QD=20.98;RPA=8,9;RU=T;SB=-6.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,48:58:99:1259,147,0 chrXV 389550 . GTTA G 2471.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=483.3285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.84;MQ0=0;QD=44.14;RPA=2,1;RU=TTA;SB=-1.173e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,51:56:99:2514,154,0 chrXV 389603 . A AT 2317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=546.4416;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.40;MQ0=0;QD=38.00;SB=-1.144e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:61:99:2360,178,0 chrXV 389607 . C CA 1590.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=598.0976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.68;MQ0=0;QD=25.66;RPA=2,3;RU=A;SB=-7.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,53:62:99:1633,156,0 chrXV 389708 . A AT 2129.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=104.7024;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.72;MQ0=0;QD=25.06;RPA=3,4;RU=T;SB=-6.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,67:85:99:2172,216,0 chrXV 391081 . A ATT 3468 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=66.8914;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.11;MQ0=0;QD=35.75;RPA=3,5;RU=T;SB=-1.486e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,90:97:99:3468,262,0 chrXV 397394 . TA T 1984.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=34.7392;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.78;MQ0=0;QD=18.21;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,94:109:99:2027,251,0 chrXV 397478 . GA G 1300.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.702;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=89.9571;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.360;QD=11.31;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.051;SB=-5.937e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,60:115:99:1343,161,0 chrXV 406875 . G GAA 2356.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=487.5823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.82;MQ0=0;QD=36.26;RPA=3,5;RU=A;SB=-7.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,60:65:99:2399,181,0 chrXV 410742 . G GT 2523.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=511.3476;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.74;MQ0=0;QD=18.84;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,110:134:99:2566,297,0 chrXV 412675 . ATTTT A 1414.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=14.2328;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.33;MQ0=0;QD=33.69;RPA=15,11;RU=T;SB=-2.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,29:42:84:1457,84,0 chrXV 412908 . TA T 1529.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=171.3746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.63;MQ0=0;QD=23.18;RPA=6,5;RU=A;SB=-5.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:1572,177,0 chrXV 414171 . G GT 5770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=176.2346;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.98;MQ0=0;QD=36.29;SB=-2.047e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,141:159:99:5770,451,0 chrXV 414229 . CG C 3991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=191.7962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.36;MQ0=0;QD=31.43;RPA=3,2;RU=G;SB=-1.567e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,122:127:99:3991,349,0 chrXV 417837 . T TC 3075.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=152.0060;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.04;MQ0=0;QD=28.48;RPA=3,4;RU=C;SB=-1.085e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,102:108:99:3118,295,0 chrXV 418353 . G GA 2606.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=179.6714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.27;MQ0=0;QD=22.09;RPA=6,7;RU=A;SB=-9.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,107:118:99:2649,291,0 chrXV 418498 . T TA 2050.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=152.6882;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.44;MQ0=0;QD=25.01;RPA=4,5;RU=A;SB=-9.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,74:82:99:2093,216,0 chrXV 422652 . C CA 2980.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=39.5043;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.17;MQ0=0;QD=26.62;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.225e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:112:99:3023,298,0 chrXV 423979 . GAA G 3213.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.283;DP=135;FS=6.643;HaplotypeScore=67.3665;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=23.81;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.672;SB=-1.494e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,108:135:99:3256,308,0 chrXV 426244 . CT C 1648.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=35.2610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=20.36;RPA=10,9;RU=T;SB=-6.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,75:81:99:1691,215,0 chrXV 427908 . A ATCT 6671 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.153;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=4314.9711;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=26.68;ReadPosRankSum=-1.643;SB=-5.520e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,192:250:99:6671,539,0 chrXV 428019 . A ATCG 10443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.340;DP=236;FS=0.000;HaplotypeScore=1891.8369;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.36;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=44.25;ReadPosRankSum=0.180;SB=-3.578e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,230:236:99:10443,657,0 chrXV 429940 . C CT 3104.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.693;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=442.2904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.81;MQ0=0;MQRankSum=0.866;QD=21.12;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.549;SB=-1.244e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,120:145:99:3147,335,0 chrXV 429971 . C CA 3406 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=620.6283;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.37;MQ0=0;QD=25.42;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.571e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,121:132:99:3406,363,0 chrXV 433621 . GA G 1698.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.472;DP=87;FS=3.680;HaplotypeScore=32.6510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.192;QD=19.53;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-0.202;SB=-7.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,74:87:99:1741,203,0 chrXV 436846 . C CT 1619.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=158.5658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=25.71;RPA=4,5;RU=T;SB=-5.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:63:99:1662,174,0 chrXV 437383 . G GTCAT 6115 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=506.0850;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.61;MQ0=0;QD=56.10;RPA=1,2;RU=TCAT;SB=-2.501e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,98:109:99:6115,301,0 chrXV 438112 . A AT 4023 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=1668.7079;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.52;MQ0=0;QD=26.82;RPA=3,4;RU=T;SB=-9.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,128:150:99:4023,400,0 chrXV 438123 . GTA G 6549 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=1250.7798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.25;MQ0=0;QD=43.66;SB=-1.378e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:150:99:6549,418,0 chrXV 441440 . T TA 2794.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=145.2411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.99;MQ0=0;QD=21.67;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.338e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,113:129:99:2837,312,0 chrXV 444498 . ATT A,AT 852.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.565;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=235.6147;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.204;QD=7.42;RPA=18,16,17;RU=T;ReadPosRankSum=0.585;SB=-4.287e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:62,10,0:115:99:931,507,701,213,0,138 chrXV 446899 . AT A 2585.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=53.2235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=18.08;RPA=10,9;RU=T;SB=-1.110e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,118:143:99:2628,332,0 chrXV 448553 . C CTT 174.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=21.5235;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.36;MQ0=0;QD=24.87;RPA=8,10;RU=T;SB=-7.062e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:18:216,18,0 chrXV 457827 . G GT 3513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=46.8255;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.05;MQ0=0;QD=28.10;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,116:125:99:3513,328,0 chrXV 459052 . CGCCTTTGAAAATTTCCTTATGGCTGGGTGGGGTA C 1249.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=105.3439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=249.85;SB=-5.413e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:1291,15,0 chrXV 462157 . A ATT 1374.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=87.5475;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.85;MQ0=0;QD=19.64;RPA=10,12;RU=T;SB=-3.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,37:70:99:1417,127,0 chrXV 462267 . T TG 3164.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=42.3535;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.08;MQ0=0;QD=26.82;RPA=5,6;RU=G;SB=-3.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:3207,325,0 chrXV 463620 . C CA 3408 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=42.3015;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.91;MQ0=0;QD=25.24;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.030e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,127:135:99:3408,360,0 chrXV 464193 . AT A 692.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=360.9197;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.11;MQ0=0;QD=17.77;RPA=7,6;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,30:39:87:735,87,0 chrXV 464204 . ATT A 882.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=331.3664;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.16;MQ0=0;QD=27.59;RPA=8,6;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,26:32:78:925,78,0 chrXV 464228 . TA T 657.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=398.5141;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.75;MQ0=0;QD=19.94;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,25:33:75:700,75,0 chrXV 464395 . T TTATTAAAATAGAGC 2804.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=32.1877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.69;MQ0=1;QD=127.50;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,13:21:63:2847,63,0 chrXV 464547 . G GC 1134.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=158.7670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.68;MQ0=0;MQRankSum=1.200;QD=25.79;RPA=4,5;RU=C;ReadPosRankSum=1.288;SB=-3.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,35:44:96:1177,96,0 chrXV 464592 . G GA 2016.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=153.7670;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.08;MQ0=0;QD=32.02;RPA=1,2;RU=A;SB=-9.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,56:63:99:2059,174,0 chrXV 467927 . A AT 6022 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=60.5936;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=35.42;SB=-2.773e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,167:170:99:6022,473,0 chrXV 469286 . A AC 2686.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=169.5700;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=33.17;SB=-1.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,79:81:99:2729,217,0 chrXV 471732 . A AT 5624 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=274.4117;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.90;MQ0=0;QD=37.74;SB=-2.438e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,145:149:99:5624,421,0 chrXV 479254 . A AT 496.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=43.7948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;QD=12.42;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,33:40:57:539,57,0 chrXV 483090 . GT G 1630.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.640;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=36.4917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=1.686;QD=17.17;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.594;SB=-2.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,79:95:99:1673,219,0 chrXV 487166 . T TAACG 8745 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=51.0400;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.63;MQ0=0;QD=55.70;RPA=1,2;RU=AACG;SB=-3.561e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,145:157:99:8745,433,0 chrXV 489778 . C CGTATATATATAA 357.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HaplotypeScore=12.9182;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=65.03;MQ0=0;QD=17.90;SB=-1.260e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,1:20:30:400,30,0 chrXV 491013 . CA C 843.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.647;DP=88;FS=4.518;HaplotypeScore=66.5150;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.65;MQ0=0;MQRankSum=1.504;QD=9.59;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.406;SB=-4.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,49:88:50:886,50,0 chrXV 493386 . CT C 5142 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=908.5345;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.38;MQ0=0;QD=34.98;SB=-2.060e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,139:147:99:5142,406,0 chrXV 497200 . T TCA 1424.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=58.6460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;QD=43.18;SB=-5.950e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:90:1467,90,0 chrXV 497322 . T TA 628.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;FS=0.000;HaplotypeScore=210.0918;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.24;MQ0=0;QD=24.19;RPA=3,4;RU=A;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,20:26:69:671,69,0 chrXV 504672 . A AGG 4642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=107.0120;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.31;MQ0=0;QD=34.90;RPA=5,7;RU=G;SB=-1.865e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,120:133:99:4642,349,0 chrXV 506320 . TG T 4823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-3.320;DP=176;FS=3.093;HaplotypeScore=79.2643;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.949;QD=27.40;ReadPosRankSum=-0.949;SB=-2.370e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,167:176:99:4823,470,0 chrXV 506857 . C CAA 1470.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=28.7399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.60;MQ0=0;QD=29.42;RPA=9,11;RU=A;SB=-7.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,44:50:99:1513,133,0 chrXV 511568 . CA C 2382.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.209;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=39.2102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=1.405;QD=19.69;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=0.163;SB=-1.125e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,108:121:99:2425,291,0 chrXV 511735 . G GCT 3781 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=235.8563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.94;MQ0=0;QD=40.66;SB=-1.772e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3781,274,0 chrXV 514857 . C CT 5654 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=223.8594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.65;MQ0=0;QD=37.44;SB=-1.037e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,148:151:99:5654,445,0 chrXV 517169 . T TA 3974 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=252.9736;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.91;MQ0=0;QD=24.84;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.483e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,153:160:99:3974,444,0 chrXV 520173 . TG T 3330 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=306.6174;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.74;MQ0=0;QD=30.55;SB=-1.483e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:109:99:3330,298,0 chrXV 520511 . G GAAA 6464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=571.1353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.61;MQ0=0;QD=55.25;SB=-2.629e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,107:117:99:6464,334,0 chrXV 520950 . G GA 1961.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.092;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=54.3022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=0.069;QD=15.82;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.920;SB=-8.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,95:123:99:2004,206,0 chrXV 522252 . G GA 3751 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;FS=0.000;HaplotypeScore=306.3705;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;MQ0=0;QD=25.87;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.520e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,129:145:99:3751,367,0 chrXV 531368 . GC G 1569.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=120.0542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.67;MQ0=0;QD=24.92;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:63:99:1612,147,0 chrXV 533639 . C CTAG 6971 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=379.2962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.66;MQ0=0;QD=44.97;RPA=1,2;RU=TAG;SB=-2.195e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,140:155:99:6971,409,0 chrXV 548566 . 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TA T 2360.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=239.7842;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.30;MQ0=0;QD=27.14;RPA=3,2;RU=A;SB=-1.115e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,78:87:99:2403,220,0 chrXV 571528 . C CA 1284.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.502;DP=119;FS=204.968;HaplotypeScore=578.2093;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.057;QD=10.80;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=0.153;SB=-2.219e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,47:119:99:1324,0,1919 chrXV 571585 . TGGTAAAGTATAATGGCAAC T 7422 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=109.6589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=161.35;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:46:99:7422,108,0 chrXV 572030 . A AT 866.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.155;DP=46;FS=4.424;HaplotypeScore=175.1973;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=18.85;RPA=7,8;RU=T;ReadPosRankSum=0.000;SB=-2.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,38:46:83:909,83,0 chrXV 572170 . G GT 1111.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.425;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=134.9237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.90;MQ0=0;MQRankSum=0.033;QD=15.89;RPA=13,14;RU=T;ReadPosRankSum=-1.471;SB=-4.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,47:70:99:1154,135,0 chrXV 577841 . C CT 2279.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=285.2426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;QD=26.82;RPA=3,4;RU=T;SB=-8.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:85:99:2322,234,0 chrXV 578511 . T TA 4443 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=130.9011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=27.77;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.158e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,154:160:99:4443,436,0 chrXV 579517 . A ACAT 6770 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;DP=232;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=90.1676;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.345;QD=29.18;RPA=8,9;RU=CAT;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-2.732e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:73,155:232:99:6770,371,0 chrXV 594301 . G GA 1321.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=233.4410;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.53;MQ0=0;QD=19.44;RPA=9,10;RU=A;SB=-4.160e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,57:68:99:1364,161,0 chrXV 594813 . AAAC A 212.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.599;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=115.9458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.95;MQ0=0;MQRankSum=1.468;QD=11.21;ReadPosRankSum=0.600;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:18:53:252,0,53 chrXV 594818 . AT A 143.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.589;DP=17;FS=0.000;HaplotypeScore=114.7385;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.06;MQ0=0;MQRankSum=0.740;QD=8.42;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=0.185;SB=-4.262e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,7:16:18:185,18,0 chrXV 606336 . TA T 2844.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=38.3744;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.44;MQ0=0;QD=23.13;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.338e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,115:123:99:2887,324,0 chrXV 609382 . TATTAGAAGC T 8431 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=210.5623;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.30;MQ0=0;QD=69.11;RPA=2,1;RU=ATTAGAAGC;SB=-3.325e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,92:122:99:8431,265,0 chrXV 618738 . C CAT 3981 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.633;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=310.8334;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.336;QD=29.93;RPA=4,5;RU=AT;ReadPosRankSum=-0.940;SB=-1.960e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,109:133:99:3981,278,0 chrXV 618930 . G GA 3919 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;FS=0.000;HaplotypeScore=1675.8716;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.82;MQ0=0;QD=22.39;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.459e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,140:175:99:3919,420,0 chrXV 618967 . GA G 4057 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=179;FS=0.000;HaplotypeScore=1399.0473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.70;MQ0=0;QD=22.66;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.441e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,165:179:99:4057,456,0 chrXV 619075 . AC A 8725 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=243;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=300.1798;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.75;MQ0=0;QD=35.91;SB=-2.921e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,241:243:99:8725,689,0 chrXV 624475 . ATT A 1442.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=16.7906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.23;MQ0=0;QD=25.77;RPA=10,8;RU=T;SB=-7.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,47:56:99:1485,132,0 chrXV 636852 . G GA 317.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=52.9863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=13.25;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,17:24:42:360,42,0 chrXV 638644 . T TA 3291 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=46.3512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.00;MQ0=0;QD=22.09;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.541e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,138:149:99:3291,372,0 chrXV 639264 . AC A 6148 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=1243.5830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.67;MQ0=0;QD=34.93;SB=-2.954e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,172:176:99:6148,488,0 chrXV 639384 . T TA 3469 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=806.0962;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.96;MQ0=0;QD=25.14;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.021e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,113:138:99:3469,352,0 chrXV 639510 . T TA 2669.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=346.0447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.03;MQ0=0;QD=21.36;RPA=7,8;RU=A;SB=-1.206e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,107:125:99:2712,309,0 chrXV 644403 . AT A 3967 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=532.1808;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=23.34;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.661e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,159:170:99:3967,462,0 chrXV 649129 . GA G 1974.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=27.7071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=21.01;RPA=10,9;RU=A;SB=-9.540e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,88:94:99:2017,257,0 chrXV 657250 . T TG 6275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=751.0677;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.74;MQ0=0;QD=35.25;SB=-2.340e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,171:178:99:6275,505,0 chrXV 662027 . TTA T 1685.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=82.4912;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;QD=28.58;SB=-8.590e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,54:59:99:1728,147,0 chrXV 663806 . T TAA 1719.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=127.4383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.14;MQ0=0;QD=30.17;RPA=5,7;RU=A;SB=-5.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,39:57:99:1762,144,0 chrXV 663944 . AACCGG A 2755.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=258.2230;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.22;MQ0=0;QD=61.24;RPA=2,1;RU=ACCGG;SB=-6.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,41:45:99:2798,123,0 chrXV 665416 . GA G 1838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=273.5374;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.65;MQ0=0;QD=22.99;RPA=7,6;RU=A;SB=-8.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,77:80:99:1881,219,0 chrXV 665699 . T TA 1169.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=35.2071;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.20;MQ0=0;QD=18.00;RPA=9,10;RU=A;SB=-4.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,52:65:99:1212,144,0 chrXV 667458 . T TA 2223.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=217.2727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;MQ0=0;QD=35.87;SB=-4.000e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:62:99:2266,171,0 chrXV 667734 . TAAA T 462.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.992;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=51.8113;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.89;MQ0=0;MQRankSum=0.496;QD=24.37;RPA=15,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.488;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,12:19:38:505,38,0 chrXV 669123 . C CTTTTCCTTTTCGTTTTCG 15308 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=84.8960;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.02;MQ0=0;QD=147.19;SB=-4.645e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,52:104:99:15308,286,0 chrXV 670429 . GA G 1410.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=34.2463;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.82;MQ0=0;QD=18.81;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,66:75:99:1453,177,0 chrXV 670904 . GT G 2705.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=694.9469;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.73;MQ0=0;QD=23.74;RPA=6,5;RU=T;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,106:114:99:2748,309,0 chrXV 672547 . TA T 1775.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=51.7582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.36;MQ0=0;QD=16.29;RPA=11,10;RU=A;SB=-8.620e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,92:109:99:1818,241,0 chrXV 672738 . T TC 2574.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=41.1543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.89;MQ0=0;QD=29.26;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.307e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,84:88:99:2617,237,0 chrXV 673205 . AT A 1888.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=100.7506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.03;MQ0=0;QD=15.74;RPA=12,11;RU=T;SB=-7.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,87:120:99:1931,261,0 chrXV 673294 . ATG A 4423 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=659.7851;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.00;MQ0=0;QD=39.85;SB=-1.727e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,104:111:99:4423,316,0 chrXV 673491 . AC A 3575 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=343.6634;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.65;MQ0=0;QD=31.36;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.707e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:114:99:3575,316,0 chrXV 673631 . G GC 3610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=847.9977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.80;MQ0=0;QD=35.05;SB=-1.798e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:103:99:3610,280,0 chrXV 675324 . CTTTT C 2818.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;FS=0.000;HaplotypeScore=217.9455;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=0;QD=36.14;RPA=19,15;RU=T;SB=-1.170e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,57:78:99:2861,172,0 chrXV 678393 . GAA G 2125.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=24.0710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.16;MQ0=1;QD=25.01;RPA=12,10;RU=A;SB=-5.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,75:84:99:2168,201,0 chrXV 678746 . T TA 2459.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=51.1558;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.42;MQ0=0;QD=23.43;RPA=7,8;RU=A;SB=-8.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,98:105:99:2502,279,0 chrXV 680779 . CA C 1497.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=24.0003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.90;MQ0=0;QD=17.83;RPA=7,6;RU=A;SB=-7.250e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,68:84:99:1540,180,0 chrXV 682436 . G GA 2948.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;DP=138;FS=4.075;HaplotypeScore=676.8497;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.54;MQ0=0;MQRankSum=0.587;QD=21.37;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.250;SB=-1.167e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,118:138:99:2991,320,0 chrXV 682471 . AAGACCACTTG A 12609 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=280.4364;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.11;MQ0=0;QD=84.62;RPA=2,1;RU=AGACCACTTG;SB=-4.496e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,123:149:99:12609,349,0 chrXV 683622 . C CT 3015.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=412.2347;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.87;MQ0=0;QD=25.78;RPA=4,5;RU=T;SB=-9.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,110:117:99:3058,315,0 chrXV 683929 . T TA 2715.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=60.5487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.91;MQ0=0;QD=29.85;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.169e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,82:91:99:2758,229,0 chrXV 697733 . T TA 3433 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=38.8460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=30.38;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.476e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,107:113:99:3433,316,0 chrXV 697901 . A ATT 5239 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=517.3554;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.46;MQ0=0;QD=39.99;RPA=2,4;RU=T;SB=-2.208e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,122:131:99:5239,376,0 chrXV 698289 . ATT A 2240.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.286;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=241.1260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.398;QD=23.34;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-0.576;SB=-8.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,74:96:99:2283,217,0 chrXV 698533 . GT G 2988.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=463.9421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.36;MQ0=0;QD=20.76;RPA=9,8;RU=T;SB=-1.211e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,130:144:99:3031,374,0 chrXV 700998 . C CCGCG 5372 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.013;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=612.7609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.43;MQ0=0;MQRankSum=1.387;QD=41.97;RPA=5,7;RU=CG;ReadPosRankSum=0.428;SB=-2.562e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,93:128:99:5372,221,0 chrXV 701762 . AT A 5099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=1137.2742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.23;MQ0=0;QD=27.12;RPA=4,3;RU=T;SB=-2.339e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,180:188:99:5099,517,0 chrXV 702920 . AT A 2518.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=309.2166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=25.97;RPA=5,4;RU=T;SB=-1.144e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,95:97:99:2561,276,0 chrXV 703764 . C CT 303.98 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=2.1976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.64;MQ0=0;QD=27.63;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:27:346,27,0 chrXV 710273 . AT A 1446.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=304.9035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.14;MQ0=0;QD=22.26;RPA=7,6;RU=T;SB=-5.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,59:63:99:1489,174,0 chrXV 710308 . TC T 2490.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=419.0059;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.29;MQ0=0;QD=30.01;RPA=2,1;RU=C;SB=-8.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,76:81:99:2533,231,0 chrXV 710364 . A AAG 2785.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=236.5383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.54;MQ0=0;QD=30.28;SB=-1.263e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,69:90:99:2828,207,0 chrXV 715336 . A ATT 1159.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=18.0209;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.77;MQ0=0;QD=25.22;RPA=7,9;RU=T;SB=-3.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,36:46:99:1202,102,0 chrXV 716991 . A ATAT 8156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=677.4237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.11;MQ0=0;QD=52.28;SB=-3.112e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,140:156:99:8156,439,0 chrXV 720202 . GAAAA G 6432 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=232.1544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=39.95;RPA=13,9;RU=A;SB=-2.589e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,129:161:99:6432,385,0 chrXV 721772 . AT A 1555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=452.0603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.68;MQ0=0;QD=20.75;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,62:75:99:1598,191,0 chrXV 721800 . ATT A 2670.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=711.2692;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.206;QD=27.82;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.650;SB=-8.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,78:96:99:2713,242,0 chrXV 721829 . C CTTT 2928.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=621.4468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.34;MQ0=0;QD=30.20;RPA=9,12;RU=T;SB=-1.050e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,54:97:99:2971,234,0 chrXV 723053 . A ACGGTGGCCGTGG 11383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=84.7468;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.27;MQ0=0;QD=62.89;RPA=1,2;RU=CGGTGGCCGTGG;SB=-5.456e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:99,78:181:99:11383,262,0 chrXV 724863 . AT A 1121.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=31.5381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;MQ0=0;QD=17.81;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,53:63:99:1164,141,0 chrXV 724940 . GT G 940.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.654;DP=59;FS=3.212;HaplotypeScore=133.4946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.654;QD=15.95;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.551;SB=-4.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,36:59:99:983,113,0 chrXV 727374 . A AT 2233.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6999;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=23.03;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,89:97:99:2276,249,0 chrXV 738211 . GA G 1703.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=117.3783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.244;QD=17.21;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.444;SB=-8.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,84:99:99:1746,209,0 chrXV 741051 . TTCA T 7845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;FS=0.000;HaplotypeScore=390.0370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.08;MQ0=0;QD=42.41;RPA=2,1;RU=TCA;SB=-3.487e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,174:185:99:7845,496,0 chrXV 741753 . T TA 4197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=45.5133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;QD=31.09;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.997e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:135:99:4197,391,0 chrXV 741984 . G GT 2851.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=254.2164;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;MQ0=0;QD=22.28;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.203e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,106:128:99:2894,324,0 chrXV 742445 . TA T 2479.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=450.6783;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;QD=21.02;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.142e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,104:118:99:2522,305,0 chrXV 742492 . T TA 3029.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.113;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=524.6830;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.904;QD=31.56;ReadPosRankSum=1.657;SB=-1.363e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,89:96:99:3072,273,0 chrXV 744448 . G GA 3965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=388.9127;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.05;MQ0=0;QD=27.73;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.647e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,133:143:99:3965,391,0 chrXV 745291 . TC T 3425 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=380.8307;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.03;MQ0=0;QD=32.93;SB=-1.192e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:104:99:3425,277,0 chrXV 745306 . C CAA,CA 1303.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;DP=111;FS=2.474;HaplotypeScore=539.3769;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=11.75;RPA=14,16,15;RU=A;ReadPosRankSum=-0.754;SB=-3.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:70,31,8:111:98:1382,142,98,652,0,538 chrXV 760705 . AT A 425.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;FS=0.000;HaplotypeScore=19.5105;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.69;MQ0=0;QD=9.47;RPA=12,11;RU=T;SB=-2.270e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,29:45:63:468,63,0 chrXV 763037 . A AAAT 8462 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;FS=0.000;HaplotypeScore=65.0690;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQ0=0;QD=42.95;RPA=1,2;RU=AAT;SB=-4.072e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,179:197:99:8462,503,0 chrXV 767981 . AGC A 5534 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=796.6028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.47;MQ0=0;QD=39.81;SB=-2.640e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,133:139:99:5534,373,0 chrXV 768266 . GA G 842.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.074;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=243.5329;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.30;MQ0=0;MQRankSum=0.025;QD=11.09;RPA=14,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.817;SB=-3.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,30:76:99:885,107,0 chrXV 768281 . TAA T 1208.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=230.8582;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.61;MQ0=0;QD=14.57;RPA=12,10;RU=A;SB=-5.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,49:83:99:1251,123,0 chrXV 768676 . GACGACGACGACA G 17497 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=386.7439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.54;MQ0=0;QD=71.13;SB=-3.905e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,210:246:99:17497,570,0 chrXV 769810 . TA T 1479.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.267;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=58.8920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=13.70;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.287;SB=-3.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,80:108:99:1522,168,0 chrXV 769891 . GT G 1092.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.186;DP=94;FS=2.216;HaplotypeScore=124.6654;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;MQRankSum=0.415;QD=11.63;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.559;SB=-5.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,52:94:99:1135,121,0 chrXV 769933 . AT A 1426.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.181;DP=102;FS=4.216;HaplotypeScore=147.9790;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.27;MQ0=0;MQRankSum=1.112;QD=13.99;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.319;SB=-5.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:33,66:102:99:1469,174,0 chrXV 770624 . GTTTT G 2592.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.279;DP=106;FS=13.034;HaplotypeScore=399.5790;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.20;MQ0=0;MQRankSum=1.345;QD=24.46;RPA=18,14;RU=T;ReadPosRankSum=2.460;SB=-4.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,40:106:99:2635,155,0 chrXV 779815 . A AT 2276.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=688.6078;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.44;MQ0=0;QD=28.46;SB=-7.600e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:80:99:2319,192,0 chrXV 779901 . A AC 1542.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=124.8371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.01;MQ0=0;QD=27.07;RPA=7,8;RU=C;SB=-5.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,52:56:99:1585,162,0 chrXV 780770 . CA C 3844 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=500.3606;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.96;MQ0=0;QD=21.24;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.499e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,166:181:99:3844,450,0 chrXV 781913 . C CTG 6390 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=800.4659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.96;MQ0=0;QD=42.04;RPA=1,2;RU=TG;SB=-2.921e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,147:152:99:6390,439,0 chrXV 783558 . CT C 1217.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.533;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=347.4035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;MQRankSum=0.575;QD=17.91;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.192;SB=-6.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,57:68:99:1260,122,0 chrXV 787005 . GA G 2362.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;FS=0.000;HaplotypeScore=482.4599;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.00;MQ0=0;QD=19.69;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.081e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,104:120:99:2405,299,0 chrXV 795455 . G GGA 4128 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=95.5490;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=29.07;ReadPosRankSum=-1.420;SB=-2.062e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,117:142:99:4128,322,0 chrXV 797526 . AT A 1849.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=155.9968;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.28;MQ0=0;QD=20.79;RPA=8,7;RU=T;SB=-6.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,83:89:99:1892,233,0 chrXV 798499 . GA G 680.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=23.6487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.59;MQ0=0;QD=12.85;RPA=11,10;RU=A;SB=-3.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,39:53:95:723,95,0 chrXV 804922 . A AT 556.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.857;DP=84;FS=1.154;HaplotypeScore=129.1402;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=61.05;MQ0=0;MQRankSum=1.062;QD=6.63;RPA=16,17;RU=T;ReadPosRankSum=-0.968;SB=-2.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:84:99:596,0,130 chrXV 808101 . CATTTAACAAAAAGATAT C 10383 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=135.8609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.13;MQ0=0;QD=154.97;SB=-4.508e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:67:99:10383,187,0 chrXV 813962 . T TCC,TCCC 3714 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=77.1845;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.35;MQ0=0;QD=28.35;RPA=8,10,11;RU=C;SB=-1.150e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:33,24,71:131:99:3714,1074,780,725,0,437 chrXV 815967 . CCACTCT C 4500 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=125.1964;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.95;MQ0=0;QD=69.23;RPA=2,1;RU=CACTCT;SB=-1.646e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,61:65:99:4500,181,0 chrXV 818428 . C CT 3690 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=43.1817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.53;MQ0=0;QD=30.50;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.773e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:121:99:3690,340,0 chrXV 818557 . C CA 4476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=46.2449;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=39.26;SB=-1.840e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,106:114:99:4476,331,0 chrXV 822978 . T TTGTTGT,TTGTTGC 5782 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=284.9406;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=63.63;MQ0=0;QD=23.13;SB=-2.854e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:44,7,195:249:87:5782,3610,3440,196,0,87 chrXV 830833 . CTT C 959.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.315;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=216.7544;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.88;MQ0=0;MQRankSum=0.320;QD=20.87;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=-2.168;SB=-3.498e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,27:46:96:1002,96,0 chrXV 834319 . TAA T 1607.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=26.3965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQ0=0;QD=26.36;RPA=11,9;RU=A;SB=-7.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,55:61:99:1650,153,0 chrXV 836505 . C CTT 6061 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=70.0068;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.89;MQ0=0;QD=35.86;RPA=3,5;RU=T;SB=-2.927e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,149:169:99:6061,463,0 chrXV 849334 . C CA 2747.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=924.0438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.35;MQ0=0;QD=24.32;SB=-1.378e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,92:113:99:2790,302,0 chrXV 854144 . AT A 3127.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=341.4857;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.87;MQ0=0;QD=28.70;RPA=2,1;RU=T;SB=-1.379e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,107:109:99:3170,286,0 chrXV 868057 . CATATAT C 5152 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=978.6904;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.21;MQ0=0;QD=57.24;RPA=7,4;RU=AT;SB=-2.211e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,67:90:99:5152,202,0 chrXV 869003 . C CT 1653.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;DP=71;FS=8.195;HaplotypeScore=26.7261;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=1.417;QD=23.30;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.787;SB=-2.110e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,67:71:99:1696,174,0 chrXV 874716 . CA C 2084.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;FS=0.000;HaplotypeScore=462.6560;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.53;MQ0=0;QD=19.13;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.440e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,94:109:99:2127,263,0 chrXV 877096 . TAA T 1777.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=84.5443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=1;QD=17.60;RPA=15,13;RU=A;SB=-7.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:39,56:100:99:1820,187,0 chrXV 877718 . G GT 4305 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;FS=0.000;HaplotypeScore=60.3316;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.09;MQ0=0;QD=23.92;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.872e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,149:180:99:4305,451,0 chrXV 877954 . TC T 7492 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=1508.2874;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.10;MQ0=0;QD=37.84;SB=-3.536e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,198:198:99:7492,586,0 chrXV 888848 . GTTTTT G,GT 835.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.638;DP=72;FS=5.297;HaplotypeScore=100.7197;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=54.72;MQ0=0;MQRankSum=0.884;QD=11.61;RPA=24,19,20;RU=T;ReadPosRankSum=2.282;SB=-2.385e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:45,10,0:72:80:914,100,291,80,0,127 chrXV 889748 . T TAAAAATA 222.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=56.9848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.46;MQ0=0;QD=9.25;SB=-9.868e-01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,11:24:22:264,22,0 chrXV 892648 . G GT 1363.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.135;DP=85;FS=3.071;HaplotypeScore=61.2296;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.254;QD=16.05;RPA=10,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.408;SB=-6.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,71:85:99:1406,143,0 chrXV 894338 . A AT,ATT 604.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;DP=55;FS=8.824;HaplotypeScore=44.1290;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.515;QD=11.00;RPA=14,15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.973;SB=-2.062e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:15,32,8:55:67:683,125,67,367,0,384 chrXV 895720 . CCTT C 3279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=290.0652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.04;MQ0=0;QD=37.69;RPA=5,4;RU=CTT;SB=-1.118e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,70:87:99:3279,217,0 chrXV 901655 . AT A 1380.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=157.7102;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.73;MQ0=0;QD=16.06;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,65:86:99:1423,182,0 chrXV 903142 . C CT 3298 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=355.5022;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=26.60;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.529e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,110:124:99:3298,307,0 chrXV 903654 . TA T 5593 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;FS=0.000;HaplotypeScore=697.8422;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.74;MQ0=0;QD=32.14;RPA=2,1;RU=A;SB=-2.780e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,163:174:99:5593,478,0 chrXV 904346 . CT C 2924.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.379;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=570.1949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.027;QD=18.51;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.651;SB=-1.015e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,137:158:99:2967,358,0 chrXV 905844 . G GT 1331.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=178.5133;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=18.50;RPA=9,10;RU=T;SB=-1.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,62:72:99:1374,162,0 chrXV 906153 . ATG A 2593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=31.4136;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=26.74;RPA=6,5;RU=TG;SB=-8.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,81:97:99:2636,228,0 chrXV 907727 . TACAAATGAG T 12775 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=841.8924;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.92;MQ0=0;QD=103.02;SB=-3.865e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:124:99:12775,331,0 chrXV 907843 . GTT G 2977.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=332.8074;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=30.08;RPA=8,6;RU=T;SB=-1.458e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,90:99:99:3020,256,0 chrXV 908131 . A AT 2794.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=179.1859;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.23;MQ0=0;QD=32.13;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.319e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,83:87:99:2837,232,0 chrXV 908427 . TA T 1399.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=51.6218;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.53;MQ0=0;QD=18.18;RPA=11,10;RU=A;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,70:77:99:1442,188,0 chrXV 908635 . A ACC 5901 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=779.7067;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.15;MQ0=0;QD=48.37;SB=-2.344e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,118:122:99:5901,361,0 chrXV 908671 . A AG 5039 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=1320.8982;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.86;MQ0=0;QD=32.30;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.806e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,152:156:99:5039,430,0 chrXV 909076 . GT G 388.99 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.190;DP=90;FS=3.542;HaplotypeScore=69.3973;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.358;QD=4.32;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.714;SB=-2.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,21:90:21:428,0,21 chrXV 909301 . TA T 3005.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=47.1214;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.85;MQ0=0;QD=23.86;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.300e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,115:125:99:3048,327,0 chrXV 911625 . A AATAAC 7610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=419.8327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.83;MQ0=0;QD=66.75;SB=-2.631e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,95:114:99:7610,313,0 chrXV 911748 . CAT C 2862.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=562.4260;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.73;MQ0=0;QD=28.63;RPA=8,7;RU=AT;SB=-7.090e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,87:100:99:2905,256,0 chrXV 912721 . AG A 4214 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=525.2365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.37;MQ0=0;QD=32.17;SB=-1.890e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:131:99:4214,364,0 chrXV 922929 . C CT 1704.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=108.1116;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.67;MQ0=0;QD=23.68;RPA=5,6;RU=T;SB=-3.710e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,65:72:99:1747,183,0 chrXV 923124 . GTGATATAT G 902.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=63.4154;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.48;MQ0=0;QD=30.10;SB=-2.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:30:54:945,54,0 chrXV 925072 . C CAA,CA 1376.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DP=98;FS=2.133;HaplotypeScore=111.6801;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=14.05;RPA=15,17,16;RU=A;ReadPosRankSum=-0.984;SB=-7.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:36,45,13:97:99:1455,204,123,800,0,684 chrXV 930504 . A AG 1193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.236;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=162.0460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=18.09;ReadPosRankSum=1.731;SB=-7.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,40:66:99:1236,120,0 chrXV 931340 . G GA 1914.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=92.2688;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.74;MQ0=0;QD=20.59;RPA=6,7;RU=A;SB=-8.730e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,77:93:99:1957,220,0 chrXV 931680 . T TCATC 4410 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=340.4613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.02;MQ0=0;QD=47.42;SB=-2.079e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,70:93:99:4410,235,0 chrXV 949236 . T TA 1005.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=25.1742;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.22;MQ0=0;QD=15.72;RPA=8,9;RU=A;SB=-4.260e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,39:64:99:1048,128,0 chrXV 949435 . G GT 4038 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=1385.6887;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.81;MQ0=0;QD=29.69;RPA=2,3;RU=T;SB=-6.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,131:136:99:4038,382,0 chrXV 949440 . CT C 3743 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=1674.5948;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.71;MQ0=0;QD=25.46;RPA=6,5;RU=T;SB=-4.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,136:147:99:3743,408,0 chrXV 949499 . TA T 4553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=1658.4985;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.12;MQ0=0;QD=32.06;RPA=2,1;RU=A;SB=-1.642e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:142:99:4553,388,0 chrXV 949678 . TA T 6331 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=150.0657;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.45;MQ0=0;QD=35.57;SB=-2.529e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,174:178:99:6331,497,0 chrXV 949751 . AG A 4713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=414.2147;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.59;MQ0=0;QD=33.91;SB=-1.344e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,134:139:99:4713,391,0 chrXV 954193 . A AC 2118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=44.7698;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.63;MQ0=0;QD=32.11;RPA=1,2;RU=C;SB=-1.066e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:66:99:2161,184,0 chrXV 960775 . TAA T 366.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.102;DP=29;FS=3.274;HaplotypeScore=26.2037;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.327;QD=12.65;RPA=15,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.510;SB=-1.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,14:29:30:409,30,0 chrXV 966571 . C CT 811.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=262.6806;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.05;MQ0=0;QD=16.57;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,39:49:99:854,99,0 chrXV 966605 . A AT 3439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=376.7233;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=29.39;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:3439,346,0 chrXV 967885 . AG A 3371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=307.5770;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.63;RPA=2,1;RU=G;SB=-1.310e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,117:122:99:3371,313,0 chrXV 967942 . A AT 405.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.811;DP=70;FS=3.810;HaplotypeScore=159.6100;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.019;QD=5.80;RPA=15,16;RU=T;ReadPosRankSum=-0.208;SB=-1.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,22:70:68:445,0,68 chrXV 969256 . G GT 1025.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=400.5746;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.33;MQ0=0;QD=25.02;RPA=4,5;RU=T;SB=-5.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,38:40:99:1068,111,0 chrXV 969417 . A ATTC 2261.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=209.5271;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.59;MQ0=0;QD=44.35;RPA=1,2;RU=TTC;SB=-8.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,35:50:99:2304,135,0 chrXV 969636 . AT A 4610 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;FS=0.000;HaplotypeScore=738.7456;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.53;MQ0=0;QD=29.55;RPA=3,2;RU=T;SB=-1.216e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,147:156:99:4610,418,0 chrXV 969713 . 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CAA C 2020.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.629;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=49.2906;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.319;QD=24.06;RPA=12,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.078;SB=-9.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,63:84:99:2063,197,0 chrXV 978236 . AAG A 3082.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=142.0747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.17;MQ0=0;QD=32.80;RPA=3,2;RU=AG;SB=-1.296e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,88:94:99:3125,253,0 chrXV 979485 . A AATAC 6659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=339.5917;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=50.07;RPA=1,2;RU=ATAC;SB=-2.706e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,103:133:99:6659,328,0 chrXV 979898 . AG A 3845 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=269.1012;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.20;MQ0=0;QD=32.86;SB=-1.688e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:117:99:3845,340,0 chrXV 980256 . 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A AT 556.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=138.4073;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.10;MQ0=0;QD=13.92;RPA=8,9;RU=T;SB=-2.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,10:40:69:599,69,0 chrXV 1005040 . CT C 1187.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.606;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=19.3937;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.78;MQ0=0;MQRankSum=0.535;QD=17.73;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.157;SB=-3.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,58:67:99:1230,138,0 chrXV 1006918 . ATT A 1648.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.543;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=37.8040;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=0.598;QD=23.56;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=0.661;SB=-4.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,55:70:99:1691,161,0 chrXV 1016055 . T TTCTTAG 8496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=277.7169;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.12;MQ0=0;QD=80.15;SB=-4.095e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,94:105:99:8496,295,0 chrXV 1019100 . G GAAAGCCAGTGATCA 21150 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=712.1184;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.18;MQ0=0;QD=143.88;SB=-8.204e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,101:147:99:21150,418,0 chrXV 1019122 . A AC 4870 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=1704.0659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.03;MQ0=0;QD=32.25;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.401e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,135:151:99:4870,403,0 chrXV 1019588 . CTTT C 2914.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=296.9886;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.70;MQ0=0;QD=26.50;RPA=15,12;RU=T;SB=-1.312e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,72:110:99:2957,223,0 chrXV 1023212 . T TG 5263 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=227.9098;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=35.56;SB=-2.471e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,132:148:99:5263,409,0 chrXV 1029083 . 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AT A 1470.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=478.4996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.20;MQ0=0;QD=23.73;RPA=3,2;RU=T;SB=-6.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,43:62:99:1513,155,0 chrXV 1058392 . T TA 3207.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=211.2919;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=25.46;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.254e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,117:126:99:3250,315,0 chrXV 1058879 . ATT A 2978.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=319.2602;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.68;MQ0=0;QD=25.25;RPA=11,9;RU=T;SB=-1.447e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,100:118:99:3021,277,0 chrXV 1059285 . AC A 3653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=151.1411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.09;MQ0=0;QD=25.73;RPA=7,6;RU=C;SB=-1.816e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,127:142:99:3653,379,0 chrXV 1059698 . TAG T 10496 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=759.2893;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.96;MQ0=0;QD=42.15;SB=-4.520e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,240:249:99:10496,704,0 chrXV 1060169 . GTAT G 458.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HaplotypeScore=92.3755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.14;MQ0=0;QD=11.77;RPA=4,3;RU=TAT;SB=-9.399e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,21:39:36:501,36,0 chrXV 1060553 . G GA 3665 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.729;DP=223;DS;FS=0.861;HaplotypeScore=1153.6245;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.96;MQ0=0;MQRankSum=1.132;QD=16.43;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=6.601;SB=-1.687e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,170:223:99:3665,353,0 chrXV 1060555 . G GAA 6271 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=5.603;DP=230;DS;FS=21.312;HaplotypeScore=937.0699;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.47;MQ0=0;MQRankSum=3.357;QD=27.27;ReadPosRankSum=5.160;SB=-3.026e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:55,170:230:99:6271,433,0 chrXV 1060816 . G GGTT 1771.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=1121.3681;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=50.63;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1814,105,0 chrXV 1061185 . CA C 1754.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=38.1405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.63;MQ0=0;QD=16.87;RPA=11,10;RU=A;SB=-6.930e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,91:104:99:1797,233,0 chrXV 1061339 . CA C 2024.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=31.6239;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.61;MQ0=0;QD=21.32;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,87:95:99:2067,257,0 chrXV 1061809 . T TA 3689 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.504;DP=171;FS=0.000;HaplotypeScore=917.3978;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.921;QD=21.57;RPA=7,8;RU=A;ReadPosRankSum=0.160;SB=-1.521e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,143:171:99:3689,398,0 chrXV 1063104 . TGCGAGTACTAGCA T 14977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=1336.3648;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.74;MQ0=0;QD=100.52;SB=-4.538e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,109:149:99:14977,352,0 chrXV 1063120 . AGGAC A 5702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.157;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=2411.1443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=44.55;ReadPosRankSum=4.067;SB=-1.777e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,109:128:99:5702,329,0 chrXV 1065907 . AG A 3965 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=733.1405;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.95;MQ0=0;QD=26.43;SB=-1.810e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:150:99:3965,376,0 chrXV 1066048 . T TGTCAATCCA 9284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=1214.7097;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.17;MQ0=0;QD=109.22;SB=-4.263e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:82:99:9284,241,0 chrXV 1066059 . G GAGATTATA 7744 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=1407.1288;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.76;MQ0=0;QD=81.52;SB=-3.288e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,71:92:99:7744,238,0 chrXV 1066189 . TTC T 3568 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=423.8494;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.06;MQ0=0;QD=34.64;SB=-1.516e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:103:99:3568,253,0 chrXV 1068948 . GAA G 3647 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=33.1052;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.05;MQ0=1;QD=36.11;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.507e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,98:100:99:3647,277,0 chrXV 1069600 . A AAGT 199.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=188.8710;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=39.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:241,15,0 chrXV 1069607 . GCAGC G 257.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=183.0620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=51.45;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:299,15,0 chrXV 1069613 . G GA 103.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=198.4160;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=20.65;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:145,15,0 chrXV 1069624 . AG A 163.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=209.7158;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.36;MQ0=0;QD=23.29;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:7:21:205,21,0 chrXV 1071028 . TAA T 1373.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=433.8399;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.92;MQ0=1;QD=26.42;RPA=13,11;RU=A;SB=-1.000e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,42:50:99:1416,129,0 chrXV 1071065 . C CA 1298.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=641.1481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.78;MQ0=0;QD=24.98;SB=-2.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:52:99:1341,135,0 chrXV 1071067 . AG A 1106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=543.0821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.11;MQ0=0;QD=26.36;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:99:1149,123,0 chrXV 1071491 . GAGCC G 1042.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.790;DP=78;FS=55.369;HaplotypeScore=774.8770;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=23.03;MQ0=9;MQRankSum=5.030;QD=13.37;ReadPosRankSum=0.530;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,23:56:99:1082,0,1193 chrXV 1071499 . TTCCAGAA T 1794.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.509;DP=65;FS=66.576;HaplotypeScore=545.3706;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=22.07;MQ0=9;MQRankSum=5.509;QD=27.61;ReadPosRankSum=-0.708;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,23:43:99:1834,0,1761 chrXV 1071687 . AT A 207.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.389;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=153.7136;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=16.23;MQ0=25;MQRankSum=0.126;QD=2.39;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-0.678;SB=-1.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,39:33:99:247,0,470 chrXV 1071763 . A AT 368.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.522;DP=125;FS=3.075;HaplotypeScore=139.1501;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.40;MQ0=24;MQRankSum=-2.162;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.543;SB=-5.400e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,52:50:99:408,0,890 chrXV 1072928 . AT A 307.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.853;DP=87;FS=44.640;HaplotypeScore=382.6930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=27.27;MQ0=13;MQRankSum=-2.469;QD=3.54;RPA=4,3;RU=T;ReadPosRankSum=0.990;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,31:57:99:347,0,536 chrXV 1072971 . TA T 1798.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=489.7414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.33;MQ0=6;QD=25.34;RPA=3,2;RU=A;SB=-9.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,64:57:99:1841,168,0 chrXV 1073283 . GAAA G 1125.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=105.5940;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.45;MQ0=3;QD=27.46;RPA=7,4;RU=A;SB=-4.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,34:34:75:1168,75,0 chrXV 1074689 . GCCA G 2789.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=306.8726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.24;MQ0=0;QD=27.90;RPA=7,6;RU=CCA;SB=-8.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:28,70:98:99:2832,190,0 chrXV 1076513 . G GA 363.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=323.0533;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=18.52;MQ0=0;QD=4.99;RPA=3,4;RU=A;SB=-6.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:14:41:406,41,0 chrXV 1076531 . TAGAGTCACTGTCAGTGA T 4846 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;FS=0.000;HaplotypeScore=183.4666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.20;MQ0=0;QD=48.46;SB=-2.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,99:28:84:4846,84,0 chrXV 1077950 . CTTTTTTT C 683.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=101.6139;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.99;MQ0=6;QD=25.33;RPA=19,12;RU=T;SB=-2.849e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,13:17:36:726,36,0 chrXV 1078226 . 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GTT G 157.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=1.5075;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.29;MQ0=0;QD=10.48;RPA=3,1;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:5:15:199,15,0 chrXVI 11543 . T TA 112.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=34.5041;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.22;MQ0=7;QD=7.01;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:7:15:154,15,0 chrXVI 12909 . CT C 255.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HaplotypeScore=20.0747;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.19;MQ0=9;QD=9.48;RPA=8,7;RU=T;SB=-9.997e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:18:36:298,36,0 chrXVI 13174 . TAA T 1768.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.328;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=406.5708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.64;MQ0=5;MQRankSum=-1.328;QD=16.69;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.404;SB=-5.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,90:68:99:1811,176,0 chrXVI 14442 . T TAATC 8294 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=267.4609;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.67;MQ0=0;QD=52.49;RPA=1,2;RU=AATC;SB=-3.696e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,143:157:99:8294,403,0 chrXVI 14590 . CTCACTGACAGTGACTCT C 4909 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=212.1253;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=23.56;MQ0=3;QD=83.20;SB=-2.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,38:34:87:4909,87,0 chrXVI 14676 . A AACGTAATATCGAC 10602 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=1288.6506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.80;MQ0=0;QD=93.00;RPA=1,2;RU=ACGTAATATCGAC;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,90:114:99:10602,246,0 chrXVI 15500 . A AGC 206.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.067;DP=29;FS=38.085;HaplotypeScore=67.4422;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.79;MQ0=5;MQRankSum=2.372;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.637;SB=-2.943e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,7:22:99:246,0,252 chrXVI 16367 . CTGGTGG C 12866 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=590.3370;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.17;MQ0=1;QD=60.69;RPA=8,6;RU=TGG;SB=-4.080e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,181:207:99:12866,521,0 chrXVI 16931 . ATT A 1745.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.392;DP=160;FS=4.981;HaplotypeScore=1049.1773;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.23;MQ0=0;MQRankSum=1.912;QD=10.91;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=2.578;SB=-6.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,66:148:99:1785,0,299 chrXVI 16995 . CTTTT C,CTTT 2315.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.671;DP=157;FS=9.532;HaplotypeScore=1065.1377;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=47.10;MQ0=0;MQRankSum=2.705;QD=14.75;RPA=17,13,16;RU=T;ReadPosRankSum=3.714;SB=-6.670e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:90,41,0:156:99:2394,188,1235,1732,0,1721 chrXVI 17206 . G GA 2587.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.864;DP=194;FS=2.559;HaplotypeScore=291.7147;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.45;MQ0=0;MQRankSum=-5.282;QD=13.34;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-3.682;SB=-1.034e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,86:194:99:2627,0,2693 chrXVI 17378 . G GGT 2215.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.004;DP=157;FS=3.090;HaplotypeScore=1097.0927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.26;MQ0=0;MQRankSum=-2.402;QD=14.11;RPA=1,2;RU=GT;ReadPosRankSum=-1.081;SB=-9.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,61:150:99:2255,0,2877 chrXVI 17564 . G GC 3956 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;FS=0.000;HaplotypeScore=814.0958;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.05;MQ0=3;QD=22.35;RPA=2,3;RU=C;SB=-1.638e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,155:140:99:3956,378,0 chrXVI 17938 . GA G 1265.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.689;DP=129;FS=1.914;HaplotypeScore=495.2486;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=34.26;MQ0=13;MQRankSum=-1.411;QD=9.81;RPA=4,3;RU=A;ReadPosRankSum=-1.315;SB=-2.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,61:112:99:1305,0,1311 chrXVI 19619 . A AT 2430.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=916.9101;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.56;MQ0=0;QD=34.24;SB=-4.500e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:70:99:2473,202,0 chrXVI 19887 . G GT 1799.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=262.8723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.39;MQ0=0;QD=20.00;RPA=7,8;RU=T;SB=-5.720e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,68:89:99:1842,216,0 chrXVI 19930 . CTT C 1998.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.058;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=356.8323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=25.96;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=0.444;SB=-8.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,60:77:99:2041,168,0 chrXVI 20166 . A ATTTATGACGCCAGT 7248 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=417.7273;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.52;MQ0=0;QD=127.16;SB=-3.281e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,46:57:99:7248,156,0 chrXVI 20703 . G GT 1371.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.611;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=471.4853;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.881;QD=20.18;ReadPosRankSum=1.064;SB=-6.810e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,55:68:99:1414,162,0 chrXVI 20873 . C CA 1251.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=294.5029;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.52;MQ0=0;QD=26.64;RPA=4,5;RU=A;SB=-5.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:1294,135,0 chrXVI 21432 . CAA C 4073 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=477.6448;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.82;MQ0=0;QD=38.07;RPA=5,3;RU=A;SB=-1.631e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,105:107:99:4073,304,0 chrXVI 24803 . AG A 3138.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.101;DP=231;DS;FS=1.815;HaplotypeScore=763.0214;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.73;MQ0=0;MQRankSum=9.005;QD=13.59;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=-0.529;SB=-9.370e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,102:231:99:3178,0,2967 chrXVI 24948 . G GA 2086.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=11.923;DP=225;FS=1.101;HaplotypeScore=2406.5341;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.84;MQ0=0;MQRankSum=-11.553;QD=9.28;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=4.346;SB=-8.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,85:225:99:2126,0,1211 chrXVI 24982 . A AC 3070.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=12.929;DP=250;DS;FS=6.356;HaplotypeScore=2341.4926;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.46;MQ0=0;MQRankSum=-12.139;QD=12.28;ReadPosRankSum=0.041;SB=-1.285e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,110:250:99:3110,0,3598 chrXVI 26069 . G GT 2499.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=321.5338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.93;MQ0=6;QD=20.00;RPA=5,6;RU=T;SB=-6.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,111:109:99:2542,279,0 chrXVI 26191 . C CT 1936.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=462.8518;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.08;MQ0=0;QD=26.53;RPA=3,4;RU=T;SB=-3.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,65:72:99:1979,198,0 chrXVI 28263 . TC T 2454.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=578.9552;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.51;MQ0=0;QD=25.31;RPA=6,5;RU=C;SB=-8.500e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,80:97:99:2497,255,0 chrXVI 28407 . C CA 3302 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.909;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=347.7149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.363;QD=23.25;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.363;SB=-1.557e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,122:142:99:3302,359,0 chrXVI 28988 . TA T 4297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=863.7531;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.01;MQ0=0;QD=25.43;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.762e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,144:168:99:4297,439,0 chrXVI 29000 . GA G 4487 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.505;DP=152;FS=3.514;HaplotypeScore=975.0479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.316;QD=29.52;RPA=3,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.656;SB=-1.972e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,135:152:99:4487,391,0 chrXVI 29604 . CA C 2255.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=672.9663;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.83;MQ0=0;QD=18.34;RPA=10,9;RU=A;SB=-9.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,104:123:99:2298,290,0 chrXVI 38889 . G GAAC 1062.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HaplotypeScore=173.1222;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.88;MQ0=0;QD=31.26;SB=-1.820e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,27:34:81:1105,81,0 chrXVI 40127 . G GAA 2773.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=61.8612;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.38;MQ0=0;QD=21.67;RPA=10,12;RU=A;SB=-1.076e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,83:128:99:2816,267,0 chrXVI 40445 . TC T 4441 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=121.8927;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.99;MQ0=0;QD=27.41;SB=-1.480e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,156:162:99:4441,417,0 chrXVI 41010 . G GA 3977 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=1009.4393;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.93;MQ0=0;QD=26.16;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.751e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,137:152:99:3977,403,0 chrXVI 42940 . A AT 899.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=40.9033;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.98;MQ0=0;QD=27.27;RPA=3,4;RU=T;SB=-2.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:96:942,96,0 chrXVI 44495 . TAAA T 2660.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=88.4605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.01;MQ0=0;QD=32.45;RPA=12,9;RU=A;SB=-1.097e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,68:82:99:2703,190,0 chrXVI 46594 . ATTTTTT A 3608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.673;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=307.0319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.25;MQ0=0;MQRankSum=1.374;QD=42.95;RPA=16,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.836;SB=-1.616e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,61:84:99:3608,170,0 chrXVI 46780 . CTACATAGTCAA C 9089 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=140.7027;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.44;MQ0=0;QD=108.20;SB=-1.786e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,76:84:99:9089,220,0 chrXVI 46996 . G GC 4175 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=151.7542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.36;MQ0=0;QD=28.40;RPA=4,5;RU=C;SB=-1.862e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,139:147:99:4175,412,0 chrXVI 53083 . A AT 17.06 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.271;DP=20;FS=2.158;HaplotypeScore=83.5670;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=0.85;ReadPosRankSum=2.313;SB=-8.000e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,5:20:56:56,0,57 chrXVI 53084 . A AT 35.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;DP=20;FS=5.219;HaplotypeScore=81.4647;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=-0.968;QD=1.80;ReadPosRankSum=1.614;SB=-5.979e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:20:45:75,0,45 chrXVI 53165 . A ACG 3374 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=313.0200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.45;MQ0=0;QD=47.52;SB=-5.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:71:99:3374,208,0 chrXVI 55366 . AC A 3923 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=362.8997;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.64;MQ0=2;QD=33.82;SB=-1.822e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,111:114:99:3923,316,0 chrXVI 55604 . CAT C 4382 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=343.0881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.67;MQ0=0;QD=42.13;SB=-1.482e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,99:104:99:4382,292,0 chrXVI 56406 . A AAT 273.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HaplotypeScore=77.8298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.17;MQ0=0;QD=30.34;RPA=1,2;RU=AT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:7:21:315,21,0 chrXVI 56446 . AGTTAT A 483.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.315;DP=36;FS=1.808;HaplotypeScore=54.5712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.51;MQ0=2;MQRankSum=2.096;QD=13.44;ReadPosRankSum=2.878;SB=-1.420e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,9:25:99:523,0,294 chrXVI 62375 . AGTT A 605.76 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.113;DP=28;FS=0.000;HaplotypeScore=235.9014;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=31.57;MQ0=1;MQRankSum=0.784;QD=21.63;ReadPosRankSum=3.258;SB=-1.026e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:21:4:644,0,4 chrXVI 62376 . GTTA G,GTA 465.94 SnpCluster AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=25;FS=0.000;HaplotypeScore=245.7500;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=33.27;MQ0=1;QD=18.64;SB=-5.800e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:18,0,0:21:99:544,205,183,291,0,245 chrXVI 62381 . ACT A 427.96 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.261;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=258.5972;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.91;MQ0=1;MQRankSum=0.553;QD=17.83;ReadPosRankSum=2.663;SB=-6.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,14:21:46:470,46,0 chrXVI 62385 . TC T 206.75 SnpCluster AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.192;DP=24;FS=0.000;HaplotypeScore=279.7637;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.42;MQ0=0;MQRankSum=0.465;QD=8.61;ReadPosRankSum=1.926;SB=-4.225e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,14:22:10:248,10,0 chrXVI 63068 . G GT 70.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=85.0398;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.90;MQ0=0;QD=14.10;RPA=6,7;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12:112,12,0 chrXVI 63088 . G GA 447.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.327;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=339.9205;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.30;MQ0=0;MQRankSum=0.306;QD=20.36;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=1.123;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,16:22:40:490,40,0 chrXVI 63090 . G GAA 600.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=325.7077;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.30;MQ0=0;QD=27.32;RPA=4,6;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,16:22:57:643,57,0 chrXVI 63125 . ATT A 1348.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=461.6932;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.38;MQ0=0;QD=35.50;RPA=7,5;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1391,114,0 chrXVI 63240 . TC T 392.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HaplotypeScore=268.8544;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;QD=26.20;RPA=4,3;RU=C;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:45:435,45,0 chrXVI 63968 . AAAAAG A 441.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=93.4457;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.00;MQ0=0;QD=63.00;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:483,21,0 chrXVI 64013 . A AAT 522.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=71.5640;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.27;MQ0=0;QD=37.35;RPA=1,2;RU=AT;SB=-8.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42:565,42,0 chrXVI 64099 . GA G 441.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=148.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.97;MQ0=0;QD=31.57;RPA=2,1;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:14:39:484,39,0 chrXVI 64173 . TAACTGCTA T 1096.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HaplotypeScore=146.9379;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.63;MQ0=0;QD=91.41;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:12:33:1139,33,0 chrXVI 64240 . C CA 2704.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=578.7646;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.14;MQ0=0;QD=29.72;RPA=2,3;RU=A;SB=-6.450e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:91:99:2747,259,0 chrXVI 64352 . G GT 645.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.894;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=1115.6367;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.140;QD=10.40;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=-3.690;SB=-4.905e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,18:62:19:687,19,0 chrXVI 64353 . TTTCTTTGAAAACACCAG T 6800 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=502.6021;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=111.48;SB=-4.790e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,31:61:99:6800,150,0 chrXVI 73929 . GT G 1156.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;FS=0.000;HaplotypeScore=26.9605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.14;MQ0=0;QD=16.53;RPA=10,9;RU=T;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,55:70:99:1199,153,0 chrXVI 74120 . C CA 279.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.868;DP=21;FS=0.000;HaplotypeScore=46.2285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.434;QD=13.33;RPA=10,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.868;SB=-2.397e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,13:21:24:322,24,0 chrXVI 74183 . TA T 728.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=87.5610;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.15;MQ0=0;QD=11.04;RPA=15,14;RU=A;SB=-1.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,40:66:99:771,111,0 chrXVI 75455 . TGC T 7596 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=83.1802;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.53;MQ0=0;QD=41.97;SB=-1.772e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,175:181:99:7596,509,0 chrXVI 76354 . CCT C 6389 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=245;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=808.0423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.04;MQ0=0;QD=26.08;RPA=9,8;RU=CT;SB=-2.280e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:43,198:245:99:6389,556,0 chrXVI 79147 . A ATTTTCCTCG 16357 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=428.9421;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.54;MQ0=0;QD=94.55;SB=-6.920e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,125:173:99:16357,461,0 chrXVI 79445 . CT C 2815.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=566.6298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;QD=20.41;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.409e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,118:138:99:2858,345,0 chrXVI 79513 . G GC 3195.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=295.3723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.17;MQ0=0;QD=36.32;SB=-1.559e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,80:88:99:3238,256,0 chrXVI 82016 . ACTGAAGCCAATCTAT A 25884 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=208;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=642.5386;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.13;MQ0=0;QD=124.44;SB=-9.982e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,165:208:99:25884,494,0 chrXVI 85401 . TCAA T 3051.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=558.8656;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.35;MQ0=0;QD=29.63;SB=-1.496e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,35:103:99:3094,247,0 chrXVI 88155 . T TC 5653 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=169;FS=0.000;HaplotypeScore=165.2050;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.22;MQ0=0;QD=33.45;RPA=1,2;RU=C;SB=-2.614e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,164:169:99:5653,478,0 chrXVI 95161 . CA C 2513.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=930.0063;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.49;MQ0=0;QD=21.67;RPA=7,6;RU=A;SB=-1.002e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,107:116:99:2556,300,0 chrXVI 96421 . CTTAT C 6088 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=446.7506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=47.94;RPA=2,1;RU=TTAT;SB=-2.363e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,119:127:99:6088,322,0 chrXVI 99029 . AC A 2561.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=197.3212;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.28;MQ0=0;QD=30.87;RPA=3,2;RU=C;SB=-1.135e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,81:83:99:2604,238,0 chrXVI 99456 . 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G GA 2853.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=43.7096;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=23.20;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.175e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,114:123:99:2896,327,0 chrXVI 115887 . A ACAC 7262 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=57.7493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.88;MQ0=0;QD=46.85;SB=-2.978e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,147:155:99:7262,436,0 chrXVI 117204 . G GCAACAGCAACAACAACAGAACCTA 29035 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;FS=0.000;HaplotypeScore=53.9659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.94;MQ0=0;QD=175.97;SB=-1.223e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,68:165:99:29035,451,0 chrXVI 120046 . C CA 951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=14.9191;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.38;MQ0=0;QD=19.04;RPA=9,10;RU=A;SB=-2.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,44:50:99:994,120,0 chrXVI 121979 . T TAATTACAAC 7632 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=47.4377;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.45;MQ0=0;QD=55.30;RPA=2,3;RU=AATTACAAC;SB=-3.030e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,107:138:99:7632,306,0 chrXVI 125440 . G GC 5392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;FS=0.000;HaplotypeScore=53.4432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=34.34;SB=-2.430e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,153:157:99:5392,436,0 chrXVI 125643 . AAG A 4437 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=307.5659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.60;MQ0=0;QD=39.97;RPA=2,1;RU=AG;SB=-1.687e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,104:111:99:4437,313,0 chrXVI 128230 . A AT 3639 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=433.8529;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.12;MQ0=0;QD=25.27;SB=-1.139e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,119:144:99:3639,367,0 chrXVI 128399 . CT C 5099 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=54.4442;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.34;MQ0=0;QD=35.91;SB=-1.690e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:142:99:5099,409,0 chrXVI 132456 . T TAAA 283.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HaplotypeScore=4.1848;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.45;MQ0=0;QD=17.75;RPA=16,19;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,9:16:38:326,38,0 chrXVI 135687 . A AT 1968.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;DP=107;FS=1.588;HaplotypeScore=333.4020;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.67;MQ0=0;MQRankSum=0.119;QD=18.40;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.640;SB=-8.950e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,86:105:99:2011,142,0 chrXVI 138809 . AT A 1673.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.907;DP=99;FS=5.351;HaplotypeScore=89.1521;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.65;MQ0=0;MQRankSum=0.132;QD=16.91;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=2.023;SB=-7.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,85:99:99:1716,148,0 chrXVI 143516 . C CG 4705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=667.5812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.23;MQ0=0;QD=36.47;SB=-2.132e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,123:129:99:4705,367,0 chrXVI 143532 . A AAGTG 7186 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=493.5685;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.87;MQ0=0;QD=52.07;RPA=1,2;RU=AGTG;SB=-3.329e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,114:138:99:7186,364,0 chrXVI 144689 . AGGAAACGTC A 10198 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=271.9516;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.49;MQ0=0;QD=57.94;RPA=4,3;RU=GGAAACGTC;SB=-5.061e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:82,94:176:99:10198,304,0 chrXVI 156310 . T TTTTC 6480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=493.7289;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.39;MQ0=0;QD=54.45;SB=-3.207e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,112:119:99:6480,337,0 chrXVI 162374 . GTATATA G 321.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=32.0092;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.91;MQ0=0;QD=24.70;RPA=11,8;RU=TA;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,6:13:18:363,18,0 chrXVI 162602 . C CAGA 2438.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=112.5787;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.95;MQ0=0;QD=44.34;RPA=1,2;RU=AGA;SB=-3.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,50:55:99:2481,153,0 chrXVI 166016 . T TA 2513.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.799;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=105.4187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.711;QD=27.63;RPA=1,2;RU=A;ReadPosRankSum=-1.643;SB=-1.300e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,82:91:99:2556,229,0 chrXVI 167753 . CT C 1322.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=381.0473;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.75;MQ0=0;QD=25.44;RPA=4,3;RU=T;SB=-3.630e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,46:52:99:1365,138,0 chrXVI 167763 . CTGATCTCA C 3495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=168.6671;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.31;MQ0=0;QD=74.36;RPA=2,1;RU=TGATCTCA;SB=-6.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,33:47:99:3495,108,0 chrXVI 169530 . A AT 1192.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.200;DP=85;FS=1.546;HaplotypeScore=540.4843;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.89;MQ0=0;MQRankSum=1.304;QD=14.04;RPA=11,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.029;SB=-5.034e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,55:84:25:1235,25,0 chrXVI 169567 . TGTTCTTTCTATTTTTTC T 6628 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=478.5989;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.81;MQ0=0;QD=92.06;SB=-3.254e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:71:99:6628,162,0 chrXVI 171314 . T TA 1662.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.356;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=148.9479;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.973;QD=17.14;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.641;SB=-7.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,66:97:99:1705,194,0 chrXVI 176002 . GT G 2497.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=217.2380;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;QD=25.49;RPA=4,3;RU=T;SB=-9.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,95:98:99:2540,255,0 chrXVI 176140 . GA G 2109.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=40.6666;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.09;MQ0=0;QD=17.88;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,98:118:99:2152,275,0 chrXVI 181192 . GTTTT G 4278 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=52.6819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=1.407;QD=33.69;RPA=15,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.696;SB=-1.873e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,88:127:99:4278,263,0 chrXVI 182597 . T TA 1768.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.363;DP=88;FS=3.699;HaplotypeScore=307.4687;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=20.10;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.115;SB=-7.510e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,80:88:99:1811,201,0 chrXVI 185377 . C CTGTTGT 4449 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.228;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=918.1010;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=-3.055;QD=28.16;RPA=1,3;RU=TGT;ReadPosRankSum=-4.286;SB=-1.376e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,128:158:99:4449,255,0 chrXVI 187323 . C CA 2593.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=7.037;DP=246;DS;FS=7.450;HaplotypeScore=3653.5396;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.314;QD=10.54;ReadPosRankSum=6.923;SB=-9.620e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:141,102:246:99:2636,342,0 chrXVI 187324 . T TCATCA 5011 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.232;DP=243;DS;FS=1.310;HaplotypeScore=3363.5327;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=35.89;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=20.62;ReadPosRankSum=4.417;SB=-1.630e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:141,5:243:99:4998,444,0 chrXVI 187360 . ATCATCATCATCG A 19297 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=234;FS=0.000;HaplotypeScore=1761.7682;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.79;MQ0=0;QD=82.47;SB=-8.115e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:124,102:234:99:19297,587,0 chrXVI 187446 . G GTTCTTCTTC 11180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=440.6344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.56;MQ0=0;QD=52.24;RPA=7,10;RU=TTC;SB=-4.254e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:93,110:213:99:11180,337,0 chrXVI 188149 . T TA 2108.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=31.6824;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.64;MQ0=0;QD=25.11;RPA=2,3;RU=A;SB=-8.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,78:84:99:2151,204,0 chrXVI 188703 . C CA 1634.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=50.5769;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.40;MQ0=0;QD=21.23;RPA=8,9;RU=A;SB=-7.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,57:77:99:1677,203,0 chrXVI 188788 . TA T 2095.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;FS=0.000;HaplotypeScore=64.4825;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.33;MQ0=0;QD=23.82;RPA=4,3;RU=A;SB=-7.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,77:88:99:2138,225,0 chrXVI 189026 . TAGA T 5672 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=94.5305;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.35;MQ0=0;QD=38.85;RPA=3,2;RU=AGA;SB=-2.379e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,128:146:99:5672,364,0 chrXVI 195615 . AT A 2536.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=40.7524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=23.71;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.237e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,105:107:99:2579,297,0 chrXVI 197751 . TTGTTATTGTTATTATTATTGTTAT T 2260.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HaplotypeScore=16.5514;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.96;MQ0=0;QD=125.61;SB=-2.400e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,0:18:42:2303,42,0 chrXVI 197940 . A AT 676.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=18.6348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.31;MQ0=0;QD=18.30;RPA=8,9;RU=T;SB=-9.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,33:37:87:719,87,0 chrXVI 198912 . AT A 2045.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=75.4941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.411;QD=17.95;RPA=10,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.152;SB=-1.033e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,98:114:99:2088,228,0 chrXVI 209962 . ATT A 990.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=81.5188;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.083;QD=26.08;RPA=11,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.433;SB=-4.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,33:38:92:1033,92,0 chrXVI 211576 . ATGTTGG A 71.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DP=30;FS=8.451;HaplotypeScore=71.0611;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.05;MQ0=0;MQRankSum=0.107;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.752;SB=-3.359e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,10:30:19:113,19,0 chrXVI 211835 . A AT 130.23 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=31.4517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.51;MQ0=2;QD=18.60;RPA=1,2;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:5:15:172,15,0 chrXVI 211972 . A ATAAGTGCTTAT 3689 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=429.5669;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.49;MQ0=0;QD=72.33;RPA=1,2;RU=TAAGTGCTTAT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,24:51:99:3689,102,0 chrXVI 212033 . TTA T 3028.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=584.7800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.15;MQ0=0;QD=36.06;RPA=2,1;RU=TA;SB=-1.059e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,78:84:99:3071,223,0 chrXVI 212045 . A AC 3371 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;FS=0.000;HaplotypeScore=537.3327;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.50;MQ0=0;QD=37.46;SB=-1.187e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,83:90:99:3371,262,0 chrXVI 215231 . A ATAT 7860 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=558.5231;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.27;MQ0=0;QD=51.04;SB=-3.220e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,135:154:99:7860,424,0 chrXVI 215286 . C CA 3491 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;FS=0.000;HaplotypeScore=440.8708;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.42;MQ0=0;QD=25.67;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.464e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,120:136:99:3491,352,0 chrXVI 215803 . AAAAAATTC A 10134 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=357.2348;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.38;MQ0=0;QD=100.34;SB=-3.776e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:101:99:10134,289,0 chrXVI 218673 . C CAAAAA 7621 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=43.8629;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.94;MQ0=0;QD=60.01;RPA=3,8;RU=A;SB=-3.267e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,112:127:99:7621,355,0 chrXVI 228815 . G GA 2527.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=32.7922;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.42;MQ0=0;QD=24.31;RPA=3,4;RU=A;SB=-4.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,96:104:99:2570,261,0 chrXVI 230837 . A AT 2205.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.940;DP=106;FS=2.748;HaplotypeScore=37.1608;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.675;QD=20.81;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-1.682;SB=-8.600e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,91:106:99:2248,230,0 chrXVI 239118 . GTATATATA G 1232.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=43.8005;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.89;MQ0=0;QD=35.23;RPA=10,6;RU=TA;SB=-6.040e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,16:35:45:1275,45,0 chrXVI 241565 . G GTGT 8101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=70.1267;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.54;MQ0=0;QD=48.80;SB=-3.089e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,152:166:99:8101,454,0 chrXVI 241882 . TA T 3922 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=44.8707;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.49;MQ0=0;QD=26.15;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.087e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,148:150:99:3922,400,0 chrXVI 246835 . GAA G 1971.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=105;FS=5.682;HaplotypeScore=86.7008;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=1.404;QD=18.78;RPA=15,13;RU=A;ReadPosRankSum=-1.264;SB=-5.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,61:105:99:2014,186,0 chrXVI 246962 . TA T 1770.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=41.1440;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.76;MQ0=0;QD=16.71;RPA=8,7;RU=A;SB=-7.580e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,89:106:99:1813,222,0 chrXVI 250580 . C CT 1702.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=19.9181;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.61;MQ0=0;QD=32.13;RPA=1,2;RU=T;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1745,147,0 chrXVI 252253 . T TTCA 5169 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.618;DP=129;FS=3.048;HaplotypeScore=1319.6727;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;QD=40.07;RPA=2,3;RU=TCA;ReadPosRankSum=0.316;SB=-2.396e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:81,47:129:99:5169,320,0 chrXVI 252256 . ATCATCT A 1884 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.196;DP=124;FS=4.991;HaplotypeScore=1605.3335;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.447;QD=15.19;ReadPosRankSum=-3.773;SB=-9.540e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,40:124:18:1923,0,18 chrXVI 252297 . CATCATT C 5807 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.720;DP=130;FS=3.039;HaplotypeScore=2211.8734;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.788;QD=44.67;ReadPosRankSum=2.943;SB=-2.889e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,73:130:99:5807,338,0 chrXVI 252331 . A ATCT 4916 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=2256.5269;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.67;MQ0=0;QD=36.41;SB=-2.212e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,83:135:99:4916,310,0 chrXVI 254324 . T TA 4767 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;FS=0.000;HaplotypeScore=582.4902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.22;MQ0=1;QD=32.43;SB=-1.862e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,140:146:99:4767,409,0 chrXVI 254760 . TG T 2906.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=745.5953;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.97;MQ0=0;QD=28.50;RPA=5,4;RU=G;SB=-1.462e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,97:102:99:2949,289,0 chrXVI 259609 . GT G 272.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.519;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=10.4821;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;MQRankSum=0.868;QD=8.27;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=-1.085;SB=-1.560e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,18:33:24:315,24,0 chrXVI 260986 . CT C 880.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.691;DP=57;FS=2.428;HaplotypeScore=25.1085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.400;QD=15.46;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.489;SB=-3.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,44:57:80:923,80,0 chrXVI 267749 . ATT A 7543 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;FS=0.000;HaplotypeScore=92.8144;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.20;MQ0=0;QD=43.60;SB=-3.565e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,171:173:99:7543,496,0 chrXVI 276079 . CAT C 2612.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=31.2272;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.81;MQ0=1;QD=30.74;RPA=7,6;RU=AT;SB=-7.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,77:84:99:2655,223,0 chrXVI 276665 . C CGTT 4563 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.792;DP=154;FS=3.415;HaplotypeScore=825.9351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.152;QD=29.63;ReadPosRankSum=5.551;SB=-2.084e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:93,56:154:99:4563,0,137 chrXVI 276683 . C CTTCTTCTTCTTT,CTTCTTCTTT 10320 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=153;FS=0.000;HaplotypeScore=527.7200;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=50.78;MQ0=0;QD=67.45;SB=-3.600e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:55,19,73:153:99:10320,1200,788,1210,0,799 chrXVI 282651 . CTT C 3504 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.669;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=59.8576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.096;QD=25.21;RPA=12,10;RU=T;ReadPosRankSum=1.160;SB=-1.201e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,117:139:99:3504,324,0 chrXVI 291223 . TCCGCTTTATTCA T 11998 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=808.1372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.53;MQ0=0;QD=106.18;SB=-5.454e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,87:113:99:11998,262,0 chrXVI 292535 . A AG 3204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=32.5863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.11;MQ0=0;QD=30.24;RPA=1,2;RU=G;SB=-1.255e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,101:106:99:3247,289,0 chrXVI 297543 . AT A 3885 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.964;DP=170;FS=0.000;HaplotypeScore=447.3338;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.281;QD=22.85;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=2.346;SB=-1.140e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,157:170:99:3885,402,0 chrXVI 298462 . A ATG 675.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=230.1604;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.11;MQ0=0;QD=23.31;RPA=2,3;RU=TG;SB=-8.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,17:29:51:718,51,0 chrXVI 298500 . 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CT C 637.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.347;DP=72;FS=3.047;HaplotypeScore=106.5185;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.03;MQ0=0;MQRankSum=1.832;QD=8.86;RPA=12,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.660;SB=-3.369e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,44:72:62:680,62,0 chrXVI 302994 . GA G 392.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=116.2310;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.204;QD=8.01;RPA=13,12;RU=A;ReadPosRankSum=1.766;SB=-2.153e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,24:49:12:434,12,0 chrXVI 304088 . A AGTT 5221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=41.9543;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.69;MQ0=0;QD=45.01;RPA=1,2;RU=GTT;SB=-2.363e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,102:116:99:5221,301,0 chrXVI 305190 . C CT 2272.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=127.7593;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.50;MQ0=0;QD=27.39;RPA=2,3;RU=T;SB=-3.060e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,77:83:99:2315,219,0 chrXVI 306362 . GA G 2006.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=172.1701;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.78;MQ0=0;QD=21.13;RPA=6,5;RU=A;SB=-7.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,87:95:99:2049,234,0 chrXVI 312942 . GTATATA G 330.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=111.5596;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.38;MQ0=0;QD=15.00;RPA=13,10;RU=TA;SB=-1.146e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,6:22:18:372,18,0 chrXVI 320885 . AC A 3975 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.704;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=50.9343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.698;QD=29.44;ReadPosRankSum=0.978;SB=-1.591e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,132:135:99:3975,364,0 chrXVI 321573 . TTTC T 5691 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=539.2061;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.61;MQ0=0;QD=36.72;RPA=3,2;RU=TTC;SB=-2.644e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,132:155:99:5691,373,0 chrXVI 322052 . C CG 6542 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;FS=0.000;HaplotypeScore=201.1210;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.87;MQ0=0;QD=36.75;SB=-3.175e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,173:178:99:6542,500,0 chrXVI 323885 . T TC 3018.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=401.0635;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.38;MQ0=0;QD=29.89;RPA=2,3;RU=C;SB=-8.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,97:101:99:3061,286,0 chrXVI 323994 . ATT A 2805.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;FS=0.000;HaplotypeScore=474.8812;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.01;MQ0=0;QD=38.97;RPA=4,2;RU=T;SB=-9.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,63:72:99:2848,202,0 chrXVI 324015 . A AT 1643.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=592.6298;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.88;MQ0=0;QD=24.18;RPA=2,3;RU=T;SB=-5.480e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,54:68:99:1686,171,0 chrXVI 324163 . CAA C 1698.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=332.2081;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.76;MQ0=0;QD=23.93;RPA=9,7;RU=A;SB=-5.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,47:71:99:1741,153,0 chrXVI 326302 . T TTA 3106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=589.6439;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.80;MQ0=0;QD=31.70;SB=-8.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,88:98:99:3149,242,0 chrXVI 327668 . GA G 1840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.440;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=46.7142;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.563;QD=17.37;RPA=10,9;RU=A;ReadPosRankSum=-1.482;SB=-5.420e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,91:106:99:1883,222,0 chrXVI 329095 . GA G 1004.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=92.5383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.01;MQ0=0;QD=18.96;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.170e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,46:53:99:1047,134,0 chrXVI 331870 . G GT 1274.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=409.7809;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.79;MQ0=0;QD=22.37;RPA=7,8;RU=T;SB=-5.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,51:57:99:1317,153,0 chrXVI 338812 . GA G 1838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=187.3330;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.30;MQ0=0;QD=19.16;RPA=8,7;RU=A;SB=-8.290e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,78:96:99:1881,228,0 chrXVI 339900 . A AAAC 7789 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.458;DP=216;FS=0.000;HaplotypeScore=190.9382;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.279;QD=36.06;RPA=5,6;RU=AAC;ReadPosRankSum=0.617;SB=-3.739e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:36,179:216:99:7789,477,0 chrXVI 347675 . AG A 2106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=511.6641;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.58;MQ0=0;QD=22.18;RPA=9,8;RU=G;SB=-3.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,79:95:99:2149,240,0 chrXVI 348398 . G GA 3047.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.192;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=513.6019;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.49;MQ0=0;MQRankSum=-1.362;QD=18.14;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=-0.992;SB=-1.532e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,133:168:99:3090,320,0 chrXVI 352499 . A AG 2729.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=382.5036;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.72;MQ0=0;QD=30.67;SB=-1.214e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:89:99:2772,238,0 chrXVI 359454 . G GTT 2700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=695.0343;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.61;MQ0=0;QD=31.41;RPA=2,4;RU=T;SB=-2.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,70:86:99:2743,229,0 chrXVI 359487 . G GTT 1690.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.137;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=510.4659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.86;MQ0=0;MQRankSum=0.704;QD=17.99;RPA=13,15;RU=T;ReadPosRankSum=-1.624;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,33:94:99:1733,166,0 chrXVI 359549 . GA G 866.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=220.4946;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.82;MQ0=0;QD=15.21;RPA=10,9;RU=A;SB=-2.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,45:57:99:909,117,0 chrXVI 359654 . ATT A 94.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HaplotypeScore=71.7176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.11;MQ0=0;QD=7.27;RPA=10,8;RU=T;SB=-3.354e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,8:13:12:136,12,0 chrXVI 359898 . C CA 2870.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HaplotypeScore=628.7863;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.29;MQ0=0;QD=21.59;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.027e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,114:133:99:2913,330,0 chrXVI 369523 . G GA 4284 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=392.6846;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;QD=31.27;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.673e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,127:137:99:4284,364,0 chrXVI 370707 . A AT 4626 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;FS=0.000;HaplotypeScore=585.6833;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.59;MQ0=0;QD=25.42;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.244e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,157:182:99:4626,481,0 chrXVI 370710 . A AT 4896 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;FS=0.000;HaplotypeScore=564.9512;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.56;MQ0=0;QD=27.05;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.418e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,149:181:99:4896,463,0 chrXVI 370796 . CT C 2377.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.693;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=319.0525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=16.51;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-9.380e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,118:144:99:2420,302,0 chrXVI 375235 . A AT 4367 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=50.0332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.66;MQ0=0;QD=29.51;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.742e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,141:148:99:4367,415,0 chrXVI 378890 . G GCAATTTTACAC 7102 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;FS=0.000;HaplotypeScore=268.5605;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.52;MQ0=0;QD=112.73;SB=-1.170e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,44:63:99:7102,175,0 chrXVI 379426 . ATTG A 8980 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=94.6460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.85;MQ0=0;QD=36.21;RPA=5,4;RU=TTG;SB=-4.443e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,215:248:99:8980,605,0 chrXVI 381257 . G GA 1181.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.208;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=167.0766;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.846;QD=12.06;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.402;SB=-4.400e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,49:98:95:1224,95,0 chrXVI 383323 . G GA 2304.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.436;DP=153;FS=1.249;HaplotypeScore=563.5418;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.96;MQ0=0;MQRankSum=0.878;QD=15.07;RPA=11,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.375;SB=-8.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,95:153:99:2347,131,0 chrXVI 386559 . 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GTTT G 456.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.519;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=116.5872;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=12.69;RPA=19,16;RU=T;ReadPosRankSum=0.868;SB=-1.962e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,10:35:28:499,28,0 chrXVI 405120 . C CTT 2676.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=71.0571;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.95;MQ0=0;QD=28.48;RPA=9,11;RU=T;SB=-4.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,80:94:99:2719,241,0 chrXVI 406826 . G GA 4780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=168.6923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.81;MQ0=0;QD=36.77;SB=-2.079e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,128:130:99:4780,379,0 chrXVI 406959 . G GTT 3407 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;FS=0.000;HaplotypeScore=484.5789;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.96;MQ0=0;QD=28.16;RPA=7,9;RU=T;SB=-1.377e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,89:121:99:3407,301,0 chrXVI 408988 . T TA 4110 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=297.6994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.95;MQ0=0;QD=32.11;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.036e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,118:128:99:4110,346,0 chrXVI 411655 . GC G 5050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;FS=0.000;HaplotypeScore=104.4030;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.27;MQ0=0;QD=32.58;RPA=2,1;RU=C;SB=-2.328e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,146:155:99:5050,424,0 chrXVI 420001 . T TA 3676 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=469.6450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.38;MQ0=0;QD=26.83;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.606e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,133:137:99:3676,370,0 chrXVI 425229 . GA G 1292.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;DP=166;FS=0.000;HaplotypeScore=84.9055;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.917;QD=7.79;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=2.026;SB=-4.406e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,75:166:37:1332,0,37 chrXVI 426048 . GA G 2993.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.255;DP=155;FS=3.182;HaplotypeScore=62.0873;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.490;QD=19.32;RPA=9,8;RU=A;ReadPosRankSum=1.114;SB=-1.437e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,138:155:99:3036,360,0 chrXVI 431638 . C CA 2629.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.167;DP=145;FS=1.783;HaplotypeScore=662.3506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.972;QD=18.14;RPA=9,10;RU=A;ReadPosRankSum=1.235;SB=-1.228e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,113:145:99:2672,246,0 chrXVI 431687 . G GA 3736 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;FS=0.000;HaplotypeScore=1115.8668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.66;MQ0=0;QD=23.50;RPA=6,7;RU=A;SB=-1.440e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,140:159:99:3736,420,0 chrXVI 431787 . T TA 3978 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=700.9996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.06;MQ0=0;QD=26.70;RPA=3,4;RU=A;SB=-1.228e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,140:149:99:3978,400,0 chrXVI 432333 . G GAT 6555 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=327.5493;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.28;MQ0=0;QD=44.29;SB=-1.921e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,126:148:99:6555,403,0 chrXVI 435977 . GT G 3796 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;FS=0.000;HaplotypeScore=803.1847;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.72;MQ0=0;QD=26.55;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.555e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,130:143:99:3796,379,0 chrXVI 436272 . AT A 2840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=44.6357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.07;MQ0=0;QD=31.92;SB=-1.352e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:2883,253,0 chrXVI 436384 . A AT 2319.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=316.5480;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.46;MQ0=0;QD=34.63;SB=-1.035e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,59:67:99:2362,186,0 chrXVI 436612 . A AC 2303.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=39.4365;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.36;MQ0=0;QD=25.89;RPA=4,5;RU=C;SB=-1.074e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,74:89:99:2346,234,0 chrXVI 443123 . A ATTTT 2650.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=103.3414;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.193;QD=56.40;RPA=2,6;RU=T;ReadPosRankSum=0.654;SB=-3.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,43:47:99:2693,132,0 chrXVI 443444 . TC T 5179 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=456.5970;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.66;MQ0=0;QD=36.47;SB=-1.918e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,136:142:99:5179,403,0 chrXVI 443512 . GC G 2836.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;FS=0.000;HaplotypeScore=827.6723;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.00;MQ0=0;QD=35.46;SB=-1.018e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:80:99:2879,235,0 chrXVI 444542 . C CT 3301 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;FS=0.000;HaplotypeScore=499.3026;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.29;MQ0=0;QD=23.58;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.576e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,124:140:99:3301,360,0 chrXVI 445448 . A AT 1594.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.019;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=75.5754;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=19.69;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=-0.018;SB=-4.070e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,68:81:99:1637,160,0 chrXVI 450415 . AC A 2902.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=574.5625;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.55;MQ0=0;QD=25.69;RPA=2,1;RU=C;SB=-1.007e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,98:113:99:2945,285,0 chrXVI 451141 . T TG 5476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=324.3996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=36.75;SB=-2.288e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,139:149:99:5476,424,0 chrXVI 451496 . TTATA T 624.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=55.1511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.67;MQ0=0;QD=20.83;RPA=8,6;RU=TA;SB=-3.329e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,16:30:36:667,36,0 chrXVI 451804 . A AT 2106.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.294;DP=118;FS=2.209;HaplotypeScore=158.7506;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=-1.707;QD=17.86;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=0.011;SB=-9.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,93:118:99:2149,207,0 chrXVI 453577 . GCGCGA G 4991 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=210.6963;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=50.93;RPA=4,3;RU=CGCGA;SB=-2.136e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,77:98:99:4991,232,0 chrXVI 455132 . CT C 3194.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=75.7187;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.33;MQ0=0;QD=21.30;RPA=8,7;RU=T;SB=-4.820e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,140:150:99:3237,392,0 chrXVI 455694 . CTACTAT C 769.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=135.0432;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.47;MQ0=0;QD=24.84;RPA=3,2;RU=TACTAT;SB=-1.410e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,17:31:42:812,42,0 chrXVI 456671 . GC G 3836 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=615.6838;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.79;MQ0=0;QD=29.74;RPA=4,3;RU=C;SB=-1.085e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,117:129:99:3836,358,0 chrXVI 456724 . A ATT 4634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;FS=0.000;HaplotypeScore=341.9294;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.90;MQ0=0;QD=41.01;RPA=1,3;RU=T;SB=-8.330e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,102:113:99:4634,331,0 chrXVI 456781 . TA T 1606.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=245.6563;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;MQ0=0;QD=21.43;RPA=6,5;RU=A;SB=-6.920e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,67:75:99:1649,186,0 chrXVI 458616 . A AT 2387.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.510;DP=141;FS=2.237;HaplotypeScore=618.6785;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.433;QD=16.94;RPA=9,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.875;SB=-1.122e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,104:141:99:2430,244,0 chrXVI 462405 . AGT A 3973 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=116.6559;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.00;MQ0=0;QD=33.96;RPA=5,4;RU=GT;SB=-1.838e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,109:117:99:3973,325,0 chrXVI 466976 . CA C 3061.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;FS=0.000;HaplotypeScore=158.5668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.66;MQ0=0;QD=27.34;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.537e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:112:99:3104,307,0 chrXVI 481304 . ATT A 252.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;DP=19;FS=0.000;HaplotypeScore=36.6792;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.752;QD=13.31;RPA=13,11;RU=T;ReadPosRankSum=1.182;SB=-1.297e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,10:19:26:295,26,0 chrXVI 481356 . TA T 920.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;FS=0.000;HaplotypeScore=40.8607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=19.59;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,41:47:99:963,117,0 chrXVI 482069 . CT C 2025.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=282.0149;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.15;MQ0=0;QD=17.17;RPA=9,8;RU=T;SB=-9.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,108:118:99:2068,257,0 chrXVI 482417 . A AATT 5459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=233.4719;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.43;MQ0=0;QD=46.66;SB=-2.477e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,97:117:99:5459,313,0 chrXVI 482775 . C CT,CTT 2646.49 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=372.7335;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.97;MQ0=0;QD=20.05;RPA=11,12,13;RU=T;SB=-9.235e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:40,15,66:132:37:2722,1699,1433,304,0,37 chrXVI 485926 . T TGACACA,TGACA 7588 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;DP=116;FS=4.075;HaplotypeScore=244.6628;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=60.58;MQ0=0;MQRankSum=0.407;QD=65.41;ReadPosRankSum=-0.316;SB=-2.657e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:8,90,14:116:99:7588,640,363,2390,0,2077 chrXVI 486045 . C CTTT 3099.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;FS=0.000;HaplotypeScore=216.7390;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.03;MQ0=0;QD=36.90;RPA=4,7;RU=T;SB=-1.324e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,60:84:99:3142,208,0 chrXVI 487213 . TA T 1413.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HaplotypeScore=297.2344;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.40;MQ0=0;QD=18.60;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,62:76:99:1456,180,0 chrXVI 488388 . ATTTC A 5202 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=39.3321;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.79;MQ0=0;QD=44.46;RPA=3,2;RU=TTTC;SB=-2.448e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,99:117:99:5202,283,0 chrXVI 488778 . CA C 469.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;FS=0.000;HaplotypeScore=8.5361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.37;MQ0=0;QD=16.21;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,26:29:63:512,63,0 chrXVI 490095 . A ATTGGGCTTGAGC 12419 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=205;FS=0.000;HaplotypeScore=239.6995;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.43;MQ0=0;QD=60.58;RPA=1,2;RU=TTGGGCTTGAGC;SB=-5.148e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:56,145:205:99:12419,421,0 chrXVI 491804 . CTT C,CT 1023.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.191;DP=84;FS=7.546;HaplotypeScore=51.5892;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.639;QD=12.19;RPA=14,12,13;RU=T;ReadPosRankSum=0.259;SB=-2.320e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:19,16,0:84:99:1102,680,871,276,0,176 chrXVI 500407 . C CT 4577 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DP=141;FS=0.000;HaplotypeScore=418.5920;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=1.168;QD=32.46;ReadPosRankSum=1.450;SB=-1.403e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,136:141:99:4577,383,0 chrXVI 503381 . AAAAG A 294.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.356;DP=79;FS=7.009;HaplotypeScore=257.0672;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.60;MQ0=0;MQRankSum=1.072;QD=3.73;ReadPosRankSum=-3.955;SB=-5.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,26:78:99:334,0,192 chrXVI 510161 . CT C 1570.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=57.4237;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.06;MQ0=0;QD=19.39;RPA=7,6;RU=T;SB=-6.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,68:81:99:1613,189,0 chrXVI 510617 . C CT 1243.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=374.6980;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.10;MQ0=0;QD=21.45;RPA=4,5;RU=T;SB=-6.350e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,48:58:99:1286,138,0 chrXVI 510660 . T TA 1232.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.047;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=513.8361;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.422;QD=18.97;RPA=2,3;RU=A;ReadPosRankSum=0.484;SB=-1.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,56:65:99:1275,139,0 chrXVI 511831 . TA T 2537.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=295.7199;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.16;MQ0=0;QD=27.89;SB=-8.200e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,82:91:99:2580,241,0 chrXVI 520684 . T TA 3147.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=36.9849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.23;MQ0=0;QD=33.14;RPA=1,2;RU=A;SB=-2.870e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:95:99:3190,262,0 chrXVI 526860 . T TGTAGAAGCGGTGACAACA 27495 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=188;FS=0.000;HaplotypeScore=485.9934;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.57;MQ0=0;QD=146.25;SB=-5.488e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,140:188:99:27495,502,0 chrXVI 529418 . GTA G 3679 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;FS=0.000;HaplotypeScore=185.9498;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.26;MQ0=0;QD=34.71;RPA=3,2;RU=TA;SB=-1.161e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,95:106:99:3679,277,0 chrXVI 536753 . TTCC T 2568.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.587;DP=127;FS=4.091;HaplotypeScore=590.5173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.10;MQ0=2;MQRankSum=1.644;QD=20.23;ReadPosRankSum=1.174;SB=-9.560e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,124:125:99:2611,337,0 chrXVI 544447 . C CTA 5260 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;FS=0.000;HaplotypeScore=764.4795;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.28;MQ0=0;QD=38.39;RPA=1,2;RU=TA;SB=-2.341e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,121:137:99:5260,367,0 chrXVI 548195 . GTTAATTA G 7749 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=38.2478;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.19;MQ0=0;QD=81.57;SB=-3.402e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,89:95:99:7749,259,0 chrXVI 550499 . G GATT 2773.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=100.0902;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.95;MQ0=0;QD=43.34;RPA=1,2;RU=ATT;SB=-1.258e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,55:64:99:2816,166,0 chrXVI 550781 . GTTC G 5634 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=461.7125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.43;MQ0=0;QD=37.81;RPA=5,4;RU=TTC;SB=-1.650e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,126:149:99:5634,370,0 chrXVI 555919 . G GAT 126.48 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HaplotypeScore=21.6756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.96;MQ0=0;QD=25.30;RPA=2,3;RU=AT;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12:168,12,0 chrXVI 556313 . TA T 2183.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=116;FS=3.405;HaplotypeScore=62.2412;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=1.657;QD=18.83;RPA=8,7;RU=A;ReadPosRankSum=0.941;SB=-9.880e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,98:116:99:2226,255,0 chrXVI 557969 . TC T 2010.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=135.4511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.08;MQ0=0;QD=34.08;SB=-3.840e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2053,153,0 chrXVI 558033 . ATT A 980.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=53;FS=0.000;HaplotypeScore=98.5814;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.11;MQ0=0;MQRankSum=1.251;QD=18.51;RPA=14,12;RU=T;ReadPosRankSum=0.000;SB=-6.400e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,35:53:92:1023,92,0 chrXVI 564015 . AT A 1076.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=20.3712;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.97;MQ0=0;QD=24.48;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1119,102,0 chrXVI 565691 . TAAA T 3480 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;FS=0.000;HaplotypeScore=599.5282;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.77;MQ0=0;QD=51.94;SB=-1.611e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:3480,198,0 chrXVI 569007 . CTAGAAAAGTCGAAATCGATATTA C 14346 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=367.2758;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.72;MQ0=0;QD=139.28;SB=-6.889e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,67:103:99:14346,202,0 chrXVI 569308 . CG C 5380 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;FS=0.000;HaplotypeScore=142.5132;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.68;MQ0=0;QD=34.94;SB=-2.579e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:154:99:5380,421,0 chrXVI 572049 . T TC 1745.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=1187.3800;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=34.92;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:50:99:1788,144,0 chrXVI 572154 . TTA T 513.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.026;DP=41;FS=97.858;HaplotypeScore=777.0756;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=12.54;ReadPosRankSum=3.335;SB=-3.011e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,14:41:99:553,0,989 chrXVI 572161 . T TCTA 438.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.713;DP=37;FS=60.593;HaplotypeScore=732.1779;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.444;QD=11.86;ReadPosRankSum=3.571;SB=-2.219e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,11:37:99:478,0,1002 chrXVI 572163 . T TCCAACA 753.97 SnpCluster AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.982;DP=37;FS=58.954;HaplotypeScore=1044.6693;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=29.00;MQ0=0;MQRankSum=0.773;QD=20.38;ReadPosRankSum=2.761;SB=-2.925e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,11:37:99:793,0,814 chrXVI 572203 . ATT A 2865.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=288.3576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.77;MQ0=0;QD=33.72;RPA=6,4;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,76:85:99:2908,223,0 chrXVI 572340 . A AT 3119.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=499.0275;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.89;MQ0=0;QD=25.37;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.427e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,117:121:99:3162,348,0 chrXVI 572731 . G GAA 1516.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.030;DP=69;FS=6.097;HaplotypeScore=31.7832;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.881;QD=21.98;RPA=10,12;RU=A;ReadPosRankSum=0.760;SB=-3.200e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,48:69:99:1559,129,0 chrXVI 575156 . CATAT C 6659 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;FS=0.000;HaplotypeScore=68.0907;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=43.81;RPA=8,6;RU=AT;SB=-2.949e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,124:152:99:6659,373,0 chrXVI 575799 . T TC 3154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=362.0002;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.19;MQ0=0;QD=28.42;RPA=4,5;RU=C;SB=-7.740e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,107:111:99:3197,310,0 chrXVI 576354 . AT A 2299.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=506.2438;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.24;MQ0=0;QD=20.18;RPA=8,7;RU=T;SB=-1.000e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,99:114:99:2342,284,0 chrXVI 581372 . C CA 684.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HaplotypeScore=335.7337;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.44;MQ0=0;QD=21.40;RPA=2,3;RU=A;SB=-2.900e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:32:77:727,77,0 chrXVI 581587 . AC A 1068.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=739.0481;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.61;MQ0=0;QD=25.45;SB=-2.110e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:42:99:1111,120,0 chrXVI 581589 . TCG T 1514.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=685.6371;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.57;MQ0=0;QD=36.95;SB=-2.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1557,123,0 chrXVI 581621 . C CT 817.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=760.2923;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.31;MQ0=0;QD=19.48;RPA=6,7;RU=T;SB=-2.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,32:42:96:860,96,0 chrXVI 581678 . CT C 1533.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;FS=0.000;HaplotypeScore=731.2691;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.70;MQ0=0;QD=26.91;RPA=3,2;RU=T;SB=-2.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:57:99:1576,150,0 chrXVI 582137 . C CT 2279.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;FS=0.000;HaplotypeScore=202.3547;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.97;MQ0=0;QD=20.73;RPA=6,7;RU=T;SB=-7.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,93:110:99:2322,261,0 chrXVI 584500 . CTTAA C 6255 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;FS=0.000;HaplotypeScore=412.0781;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.55;MQ0=0;QD=53.01;SB=-2.796e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,112:118:99:6255,319,0 chrXVI 586599 . GAA G 3218.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=142;FS=0.000;HaplotypeScore=192.7165;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=1.478;QD=22.66;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.700;SB=-1.514e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,107:142:99:3260,308,0 chrXVI 586954 . GA G 3948 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=176;FS=0.000;HaplotypeScore=435.3217;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.24;MQ0=0;QD=22.43;RPA=6,5;RU=A;SB=-1.787e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,151:176:99:3948,447,0 chrXVI 587000 . T TTA 4436 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;DP=160;FS=0.000;HaplotypeScore=593.6332;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.190;QD=27.73;ReadPosRankSum=1.454;SB=-1.899e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,134:160:99:4436,401,0 chrXVI 587395 . C CT 2766.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=373.3173;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.59;MQ0=0;QD=18.70;RPA=6,7;RU=T;SB=-1.015e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,116:148:99:2809,318,0 chrXVI 589192 . AG A 6144 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;FS=0.000;HaplotypeScore=567.4956;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.70;MQ0=0;QD=31.35;RPA=3,2;RU=G;SB=-2.367e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,190:196:99:6144,556,0 chrXVI 589297 . TGA T 4138 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.700;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=2702.8939;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.637;QD=25.39;ReadPosRankSum=1.573;SB=-1.516e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,105:163:99:4138,278,0 chrXVI 589310 . G GTC 4043 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DP=108;FS=0.000;HaplotypeScore=2463.0965;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=37.44;ReadPosRankSum=1.699;SB=-1.427e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,105:108:99:4043,271,0 chrXVI 589365 . A AATGTT 12713 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=210;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=2510.7760;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.30;MQ0=0;QD=60.54;SB=-5.762e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:48,160:210:99:12713,596,0 chrXVI 589367 . C CATG 9459 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=1881.1389;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.15;MQ0=0;QD=45.70;SB=-4.017e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,160:207:99:9459,613,0 chrXVI 589866 . G GT 4318 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=1930.2539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.06;MQ0=0;QD=28.60;RPA=2,3;RU=T;SB=-1.495e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,134:151:99:4318,409,0 chrXVI 589884 . TAC T 5184 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=1424.1733;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.49;MQ0=0;QD=39.27;SB=-2.162e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,111:132:99:5184,328,0 chrXVI 589896 . CT C 1601.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.413;DP=132;FS=3.706;HaplotypeScore=1582.1933;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=31.95;MQ0=0;MQRankSum=0.231;QD=12.14;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=1.439;SB=-5.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:40,78:132:99:1644,154,0 chrXVI 589924 . A AT 4322 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=827.0323;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.14;MQ0=0;QD=32.99;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.668e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,124:131:99:4322,361,0 chrXVI 591382 . G GCT 5203 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=178.1378;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.01;MQ0=0;QD=41.62;RPA=1,2;RU=CT;SB=-2.577e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,121:125:99:5203,367,0 chrXVI 591720 . CATATATATATAT C 10203 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=559.6996;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.69;MQ0=0;QD=81.62;RPA=11,5;RU=AT;SB=-4.918e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:50,74:124:99:10203,241,0 chrXVI 592129 . GAA G 1496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.417;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=50.1589;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=1.926;QD=18.26;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.189;SB=-5.970e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,59:82:99:1539,150,0 chrXVI 595701 . AGG A 3513 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=6.457;DP=164;FS=0.000;HaplotypeScore=794.0513;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.132;QD=21.42;ReadPosRankSum=7.457;SB=-1.697e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:44,116:164:99:3513,132,0 chrXVI 595704 . AG A 1845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=7.507;DP=161;FS=0.819;HaplotypeScore=963.9317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.21;MQ0=0;MQRankSum=1.012;QD=11.47;RPA=2,1;RU=G;ReadPosRankSum=7.557;SB=-8.190e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:42,116:161:89:1888,89,0 chrXVI 600560 . GAAAA G 1019.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=11.4170;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.06;MQ0=0;QD=34.00;RPA=13,9;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,23:30:63:1062,63,0 chrXVI 606364 . ATTGTTGTTGTTGTTG A 12402 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=749.2975;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.651;QD=82.13;RPA=7,2;RU=TTG;ReadPosRankSum=0.890;SB=-3.213e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:74,75:151:99:12402,385,0 chrXVI 606386 . CTGT C 3706 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.672;DP=147;FS=3.017;HaplotypeScore=1567.4103;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=36.89;MQ0=0;MQRankSum=-1.315;QD=25.21;ReadPosRankSum=5.640;SB=-1.014e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,108:147:99:3706,0,385 chrXVI 607467 . GAA G 1231.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.955;DP=58;FS=3.112;HaplotypeScore=61.2135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.02;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=21.24;RPA=14,12;RU=A;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-5.830e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,43:58:99:1274,109,0 chrXVI 607677 . T TA 2631.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=28.0773;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.51;MQ0=0;QD=36.05;SB=-1.328e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:72:99:2674,211,0 chrXVI 607820 . C CT,CTT 837.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.130;DP=82;FS=2.619;HaplotypeScore=166.0304;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=49.82;MQ0=0;MQRankSum=0.128;QD=10.22;RPA=15,16,17;RU=T;ReadPosRankSum=-2.215;SB=-3.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:54,9,13:81:81:916,367,299,113,0,81 chrXVI 607997 . CTTTT C 3813 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9471;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQ0=0;QD=39.72;RPA=14,10;RU=T;SB=-1.450e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,72:96:99:3813,226,0 chrXVI 608312 . AAAGTTGTTTTTTGCTGCGTC A 23608 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=186;FS=0.000;HaplotypeScore=525.4855;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.95;MQ0=0;QD=126.92;SB=-1.083e+04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:38,148:186:99:23608,421,0 chrXVI 608694 . G GC 5747 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;FS=0.000;HaplotypeScore=328.3035;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.78;MQ0=0;QD=35.26;SB=-1.691e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,156:163:99:5747,454,0 chrXVI 615022 . CA C 5600 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;FS=0.000;HaplotypeScore=186.4555;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.53;MQ0=0;QD=28.28;RPA=4,3;RU=A;SB=-2.225e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,187:198:99:5600,556,0 chrXVI 619088 . G GAT 1536.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=219.0447;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.91;MQ0=0;QD=31.37;RPA=4,5;RU=AT;SB=-7.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,41:49:99:1579,123,0 chrXVI 619145 . T TC 1167.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.747;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=396.3730;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.78;MQ0=0;MQRankSum=0.667;QD=19.80;ReadPosRankSum=2.865;SB=-4.830e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,44:59:99:1210,106,0 chrXVI 619148 . T TTC 1557.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=344.7262;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.04;MQ0=0;QD=25.97;SB=-6.270e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,44:60:99:1600,153,0 chrXVI 619424 . AT A 1916.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=453.1751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.28;MQ0=0;QD=23.10;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.430e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,78:83:99:1959,222,0 chrXVI 619782 . TG T 2788.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=514.9751;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.06;MQ0=0;QD=34.43;SB=-1.351e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:81:99:2831,232,0 chrXVI 619931 . TG T 1991.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=1269.2545;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.28;MQ0=0;QD=29.29;SB=-7.640e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:68:99:2034,182,0 chrXVI 619939 . ATCGTCCCCAGTTTTTCC A 8590 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=551.2819;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.80;MQ0=0;QD=145.59;SB=-3.069e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,46:59:99:8590,138,0 chrXVI 620255 . CAA C 759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.128;DP=52;FS=4.058;HaplotypeScore=215.9878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.830;QD=14.61;RPA=15,13;RU=A;ReadPosRankSum=1.194;SB=-2.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,24:52:76:802,76,0 chrXVI 621878 . C CGGGG 2715.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=281.6353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.61;MQ0=0;QD=52.23;RPA=5,9;RU=G;SB=-8.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,45:52:99:2758,138,0 chrXVI 622396 . AT A 2692.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=930.1482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.23;MQ0=0;QD=26.15;RPA=4,3;RU=T;SB=-1.284e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,93:100:99:2735,271,0 chrXVI 622529 . GA G 2046.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;FS=0.000;HaplotypeScore=276.1601;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.07;MQ0=0;QD=23.53;RPA=6,5;RU=A;SB=-9.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,83:87:99:2089,237,0 chrXVI 623198 . GA G 1446.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.983;DP=129;FS=1.796;HaplotypeScore=178.4974;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=1.325;QD=11.22;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=0.496;SB=-4.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:46,77:129:96:1489,96,0 chrXVI 623394 . A AAT,AAAT 2817.94 PASS AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;DP=77;FS=0.000;HaplotypeScore=64.7928;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=57.96;MQ0=0;QD=36.60;SB=-1.404e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:1,11,55:77:99:2896,918,707,335,0,121 chrXVI 627160 . TC T 3021.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.449;DP=111;FS=3.635;HaplotypeScore=514.9709;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.990;QD=27.22;ReadPosRankSum=-0.778;SB=-1.212e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,99:111:99:3064,286,0 chrXVI 627564 . C CT 2628.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.478;DP=138;FS=0.000;HaplotypeScore=491.7941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.34;MQ0=0;MQRankSum=0.143;QD=19.05;RPA=8,9;RU=T;ReadPosRankSum=1.414;SB=-1.330e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,111:137:99:2671,302,0 chrXVI 631326 . T TACTTATGCTAGTTTCC 7063 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=60.3713;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.17;MQ0=0;QD=176.58;SB=-1.295e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,35:40:99:7063,117,0 chrXVI 633860 . T TA 2865.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;FS=0.000;HaplotypeScore=45.9362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.07;MQ0=0;QD=22.22;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.285e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,116:129:99:2908,318,0 chrXVI 637334 . C CAT 3517 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;FS=0.000;HaplotypeScore=102.2756;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.18;MQ0=0;QD=35.89;RPA=1,2;RU=AT;SB=-9.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,93:98:99:3517,259,0 chrXVI 639362 . A AAG 5094 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=251.0706;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.76;MQ0=0;QD=39.80;SB=-2.122e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,122:127:99:5094,366,0 chrXVI 643570 . CT C 560.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;FS=0.000;HaplotypeScore=60.1693;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.01;MQ0=0;QD=18.70;RPA=11,10;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:30:80:603,80,0 chrXVI 643709 . GA G 993.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;FS=0.000;HaplotypeScore=101.0714;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.13;MQ0=0;QD=19.88;RPA=11,10;RU=A;SB=-1.810e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,42:50:99:1036,134,0 chrXVI 643732 . GAA G 1512.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.529;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=244.1849;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.713;QD=20.73;RPA=13,11;RU=A;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-4.530e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,51:73:99:1555,149,0 chrXVI 645571 . G GAACCGCCTGCCGAA 13156 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=66.3524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.59;MQ0=0;QD=91.36;RPA=1,2;RU=AACCGCCTGCCGAA;SB=-6.277e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:34,104:144:99:13156,307,0 chrXVI 646234 . CT C 682.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.596;DP=62;FS=0.000;HaplotypeScore=204.2278;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=1.406;QD=11.02;RPA=14,13;RU=T;ReadPosRankSum=-1.359;SB=-2.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,41:62:67:725,67,0 chrXVI 650390 . GA G 625.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=18.4822;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.940;QD=12.77;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.720;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,35:49:53:668,53,0 chrXVI 653857 . A ATT 2951.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=676.1176;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.26;MQ0=0;QD=28.94;RPA=7,9;RU=T;SB=-1.285e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,86:102:99:2994,253,0 chrXVI 653962 . T TTTTA 3958 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=812.8248;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.16;MQ0=0;QD=42.11;SB=-1.714e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,60:93:99:3958,225,0 chrXVI 653978 . G GA 2387.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=779.9051;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.87;MQ0=0;QD=25.68;RPA=3,4;RU=A;SB=-9.210e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,83:92:99:2430,246,0 chrXVI 657438 . GA G 1799.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=497.0362;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.41;MQ0=0;QD=19.78;RPA=10,9;RU=A;SB=-4.750e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,82:91:99:1842,236,0 chrXVI 659091 . TA T 2502.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.280;DP=157;FS=2.567;HaplotypeScore=66.4994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.669;QD=15.94;RPA=12,11;RU=A;ReadPosRankSum=1.919;SB=-7.660e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:24,127:157:99:2545,287,0 chrXVI 665513 . TA T 496.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;FS=0.000;HaplotypeScore=145.1952;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=14.20;RPA=4,3;RU=A;SB=-3.000e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,27:35:60:539,60,0 chrXVI 672209 . TA T 2628.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=314.7941;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;QD=17.41;RPA=9,8;RU=A;SB=-1.318e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,125:151:99:2671,332,0 chrXVI 673533 . T TA 2658.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=43.0317;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.57;MQ0=0;QD=23.32;RPA=5,6;RU=A;SB=-1.319e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,106:114:99:2701,294,0 chrXVI 675808 . GAA G 723.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.248;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=81.0372;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=1.592;QD=19.05;RPA=15,13;RU=A;ReadPosRankSum=0.990;SB=-7.100e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,21:38:64:766,64,0 chrXVI 677138 . C CTTT 5837 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;FS=0.000;HaplotypeScore=54.5524;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.32;MQ0=0;QD=47.07;RPA=2,5;RU=T;SB=-1.726e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,119:124:99:5837,346,0 chrXVI 678652 . CTCACGCTTCCGAAGCGG C 32083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=734.4213;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.57;MQ0=0;QD=128.33;SB=-9.645e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,213:250:99:32083,607,0 chrXVI 679448 . G GT 1481.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.865;DP=116;FS=3.850;HaplotypeScore=66.0733;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.26;MQ0=0;MQRankSum=0.930;QD=12.78;RPA=12,13;RU=T;ReadPosRankSum=-0.353;SB=-7.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,79:116:67:1521,0,67 chrXVI 680007 . G GCAA 8083 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;FS=0.000;HaplotypeScore=87.0525;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.01;MQ0=0;QD=40.62;RPA=2,3;RU=CAA;SB=-4.034e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,180:199:99:8083,520,0 chrXVI 681149 . T TAAA 2408.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;FS=0.000;HaplotypeScore=68.2211;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.42;MQ0=0;QD=46.33;RPA=3,6;RU=A;SB=-4.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:2451,150,0 chrXVI 683110 . CCATCACAGA C 18560 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;FS=0.000;HaplotypeScore=87.4151;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.87;MQ0=0;QD=90.10;SB=-7.424e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,190:206:99:18560,554,0 chrXVI 695616 . TAA T 2053.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=472.7383;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.85;MQ0=1;QD=19.56;RPA=15,13;RU=A;SB=-9.690e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,67:104:99:2096,216,0 chrXVI 696343 . A ATCATCCTCATCGTCT 12180 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;FS=0.000;HaplotypeScore=577.4409;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.10;MQ0=0;QD=58.84;RPA=1,2;RU=TCATCCTCATCGTCT;SB=-5.526e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:47,160:207:99:12180,459,0 chrXVI 698501 . CAAA C 1545.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=109.2190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.02;MQ0=0;QD=35.95;RPA=9,6;RU=A;SB=-8.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,37:43:99:1588,108,0 chrXVI 698526 . G GAA 589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.826;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=260.1510;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.81;MQ0=0;MQRankSum=0.085;QD=13.72;RPA=17,19;RU=A;ReadPosRankSum=-0.085;SB=-6.097e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,11:43:33:632,33,0 chrXVI 706628 . TA T 6592 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;FS=0.000;HaplotypeScore=532.4542;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;MQ0=0;QD=31.24;RPA=3,2;RU=A;SB=-3.146e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,206:211:99:6592,599,0 chrXVI 711293 . C CTT 1346.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;FS=0.000;HaplotypeScore=112.1452;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.13;MQ0=0;QD=21.05;RPA=11,13;RU=T;SB=-5.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,35:64:99:1389,143,0 chrXVI 711365 . CAT C 2311.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=180.1511;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.14;MQ0=0;QD=31.67;RPA=6,5;RU=AT;SB=-4.080e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,66:72:99:2354,193,0 chrXVI 718722 . AT A 1645.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;FS=0.000;HaplotypeScore=118.1876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.12;MQ0=0;QD=18.09;RPA=6,5;RU=T;SB=-8.340e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,80:91:99:1688,192,0 chrXVI 719419 . GA G 1702.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;FS=0.000;HaplotypeScore=471.0009;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.11;MQ0=0;QD=17.74;RPA=9,8;RU=A;SB=-8.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,84:96:99:1745,223,0 chrXVI 725147 . GAC G 6731 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;FS=0.000;HaplotypeScore=746.8032;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=47.66;MQ0=0;QD=40.07;SB=-3.245e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,160:168:99:6731,466,0 chrXVI 728633 . CTTTATTCGTT C 4474 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=161.9653;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.00;MQ0=0;QD=87.73;RPA=2,1;RU=TTTATTCGTT;SB=-2.064e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,41:51:99:4474,123,0 chrXVI 741423 . CCAG C 4842 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;FS=0.000;HaplotypeScore=92.1566;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.65;MQ0=0;QD=48.91;SB=-1.704e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,86:99:99:4842,277,0 chrXVI 744003 . GA G 2809.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=395.4228;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=26.26;RPA=4,3;RU=A;SB=-1.371e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,101:107:99:2852,286,0 chrXVI 746899 . AT A 2242.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;FS=0.000;HaplotypeScore=36.3180;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.19;MQ0=0;QD=20.96;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.015e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,97:107:99:2285,261,0 chrXVI 747276 . AAT A 5159 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;FS=0.000;HaplotypeScore=54.1624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.35;MQ0=0;QD=38.21;RPA=2,1;RU=AT;SB=-2.321e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,131:135:99:5159,367,0 chrXVI 753245 . GCCCCC G 7124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=327.6644;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.73;MQ0=0;QD=61.95;RPA=11,6;RU=C;SB=-3.095e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,107:115:99:7124,316,0 chrXVI 754351 . TCA T 6197 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=158;FS=0.000;HaplotypeScore=569.9324;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.98;MQ0=1;QD=39.22;SB=-2.993e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,135:157:99:6197,403,0 chrXVI 754378 . TG T 2589.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;FS=0.000;HaplotypeScore=720.7482;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.68;MQ0=1;QD=19.33;RPA=10,9;RU=G;SB=-1.201e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,109:133:99:2632,297,0 chrXVI 767576 . AT A 1871.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;FS=0.000;HaplotypeScore=268.6353;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.85;MQ0=0;QD=18.35;RPA=10,9;RU=T;SB=-8.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,86:102:99:1914,245,0 chrXVI 770461 . A AT 3279 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=278.3357;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.71;MQ0=0;QD=23.59;RPA=5,6;RU=T;SB=-1.480e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,118:139:99:3279,357,0 chrXVI 770513 . G GA 5223 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;FS=0.000;HaplotypeScore=271.9356;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.52;MQ0=0;QD=27.63;RPA=3,4;RU=A;SB=-2.585e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,178:189:99:5223,529,0 chrXVI 770637 . T TA 5182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=706.8977;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.54;MQ0=0;QD=32.19;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.685e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,147:161:99:5182,433,0 chrXVI 770676 . AG A 6164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=191;FS=0.000;HaplotypeScore=1069.5285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.86;MQ0=0;QD=32.27;RPA=2,1;RU=G;SB=-2.921e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,181:191:99:6164,530,0 chrXVI 774842 . TC T 2011.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.699;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=554.7930;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=1.561;QD=13.50;ReadPosRankSum=7.714;SB=-7.579e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,92:149:41:2051,0,41 chrXVI 774844 . TTC T 2502.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=8.241;DP=150;FS=0.000;HaplotypeScore=508.5461;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.003;QD=16.69;ReadPosRankSum=7.827;SB=-1.151e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,92:150:30:2545,30,0 chrXVI 775448 . A AT 8082 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=237;FS=0.000;HaplotypeScore=76.8834;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.11;MQ0=0;QD=34.10;RPA=1,2;RU=T;SB=-2.118e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,233:237:99:8082,677,0 chrXVI 775673 . GT G 3702 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;FS=0.000;HaplotypeScore=170.9876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.26;MQ0=0;QD=22.99;RPA=6,5;RU=T;SB=-9.220e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,148:161:99:3702,417,0 chrXVI 776566 . ATT A 4221 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.594;DP=148;FS=0.000;HaplotypeScore=188.2651;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.52;MQ0=3;MQRankSum=0.014;QD=28.52;RPA=10,8;RU=T;ReadPosRankSum=-1.095;SB=-1.765e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,132:145:99:4221,372,0 chrXVI 776934 . TTTTC T 1181.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=440.6615;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=33.90;MQ0=0;QD=27.49;RPA=4,3;RU=TTTC;SB=-2.010e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,24:43:72:1224,72,0 chrXVI 776966 . T TG 1555.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;FS=0.000;HaplotypeScore=374.7257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.67;MQ0=0;QD=35.36;SB=-1.960e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:44:99:1598,126,0 chrXVI 777035 . TA T 1345.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;FS=0.000;HaplotypeScore=644.7200;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.03;MQ0=0;QD=22.43;RPA=5,4;RU=A;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,55:60:99:1388,153,0 chrXVI 777053 . C CTTG 2079.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;FS=0.000;HaplotypeScore=419.9881;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.33;MQ0=0;QD=48.37;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,40:43:99:2122,120,0 chrXVI 777058 . A AG 1016.96 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=499.7443;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.03;MQ0=0;QD=25.42;RPA=3,4;RU=G;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,34:40:99:1059,102,0 chrXVI 780364 . C CA 1700.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;DP=68;FS=3.080;HaplotypeScore=28.8238;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=1.292;QD=25.01;RPA=4,5;RU=A;ReadPosRankSum=-1.457;SB=-8.230e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:68:99:1743,161,0 chrXVI 781055 . AT A 5275 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=605.2668;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.90;MQ0=0;QD=35.40;SB=-1.381e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,146:149:99:5275,412,0 chrXVI 781457 . C CTT 2102.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;FS=0.000;HaplotypeScore=157.2487;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.78;MQ0=0;QD=35.64;SB=-8.710e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,52:59:99:2145,169,0 chrXVI 781580 . C CT 2845.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;FS=0.000;HaplotypeScore=561.7658;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.13;MQ0=0;QD=33.09;RPA=1,2;RU=T;SB=-1.169e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:86:99:2888,244,0 chrXVI 786020 . T TA 5256 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;FS=0.000;HaplotypeScore=330.7659;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;QD=37.81;SB=-1.023e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:139:99:5256,394,0 chrXVI 786518 . G GCATGTCAGA 19705 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=639.3458;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.98;MQ0=0;QD=78.82;SB=-4.358e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,220:250:99:19705,659,0 chrXVI 787516 . CA C 2840.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=860.6431;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.21;MQ0=0;QD=21.85;RPA=8,7;RU=A;SB=-1.028e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,117:130:99:2883,347,0 chrXVI 787565 . G GA 2101.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=999.2445;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=38.05;MQ0=0;QD=18.94;RPA=4,5;RU=A;SB=-9.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,88:111:99:2144,257,0 chrXVI 798028 . G GC 4282 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;FS=0.000;HaplotypeScore=38.9411;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.43;MQ0=0;QD=35.98;SB=-1.289e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,115:119:99:4282,337,0 chrXVI 800320 . TCTGTTG T 7475 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=246.1976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.20;MQ0=0;QD=77.06;SB=-3.277e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:7475,289,0 chrXVI 802209 . 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G GT 2852.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=286.1720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=23.19;RPA=4,5;RU=T;SB=-1.428e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,101:123:99:2895,315,0 chrXVI 812491 . TA T 2298.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;FS=0.000;HaplotypeScore=428.4359;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.53;MQ0=0;QD=18.10;RPA=10,9;RU=A;SB=-9.680e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,107:127:99:2341,299,0 chrXVI 813107 . C CAT 1513.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=71.9495;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.09;MQ0=0;QD=26.10;RPA=5,6;RU=AT;SB=-6.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,43:58:99:1556,120,0 chrXVI 814358 . C CA 540.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HaplotypeScore=37.0624;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.59;MQ0=0;QD=16.39;RPA=13,14;RU=A;SB=-1.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,26:33:77:583,77,0 chrXVI 814896 . A AGAAAGTAAG 11212 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=44.6085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.23;MQ0=0;QD=95.83;SB=-4.581e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,73:117:99:11212,313,0 chrXVI 818083 . A AT 1831.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;FS=0.000;HaplotypeScore=161.0084;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.15;MQ0=0;QD=22.07;RPA=7,8;RU=T;SB=-7.050e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,77:83:99:1874,216,0 chrXVI 819619 . GTT G 2783.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;FS=0.000;HaplotypeScore=329.5366;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.97;MQ0=0;QD=31.28;RPA=7,5;RU=T;SB=-8.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,78:89:99:2826,235,0 chrXVI 819664 . ATTT A 3012.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.832;DP=111;FS=0.000;HaplotypeScore=348.3166;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.86;MQ0=0;MQRankSum=1.374;QD=27.14;RPA=15,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.302;SB=-1.402e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,78:111:99:3055,201,0 chrXVI 825001 . AT A 1392.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;FS=0.000;HaplotypeScore=394.9530;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.61;MQ0=0;QD=16.99;RPA=10,9;RU=T;SB=-3.240e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,66:82:99:1435,185,0 chrXVI 828203 . CT C 3726 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=627.6613;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.10;MQ0=0;QD=23.00;RPA=7,6;RU=T;SB=-1.851e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,153:162:99:3726,438,0 chrXVI 829386 . TA T 3352 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=470.8517;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=25.39;RPA=4,3;RU=A;SB=-8.700e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,125:132:99:3352,354,0 chrXVI 829673 . CT C 783.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;FS=0.000;HaplotypeScore=323.4720;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.22;MQ0=0;QD=19.12;RPA=6,5;RU=T;SB=-1.390e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,32:41:90:826,90,0 chrXVI 829696 . C CT 500.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.387;DP=37;FS=3.033;HaplotypeScore=328.3815;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.129;QD=13.54;RPA=1,2;RU=T;ReadPosRankSum=1.248;SB=-1.470e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,22:37:67:543,67,0 chrXVI 832918 . CTTCGT C 3285 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.291;DP=154;FS=4.422;HaplotypeScore=986.6951;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.15;MQ0=0;MQRankSum=-5.321;QD=21.33;ReadPosRankSum=6.158;SB=-1.373e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,65:154:99:3285,0,3478 chrXVI 832925 . TTCCTCCC T 4434 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=7.262;DP=135;FS=4.301;HaplotypeScore=812.8255;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.63;MQ0=0;MQRankSum=-7.092;QD=32.84;ReadPosRankSum=5.291;SB=-1.912e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,65:135:99:4434,0,3110 chrXVI 837643 . A ATT 214.16 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=25;FS=9.031;HaplotypeScore=58.7939;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.21;MQ0=0;MQRankSum=-0.696;QD=8.57;RPA=13,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.000;SB=-4.185e+00;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:25:2:252,0,2 chrXVI 837812 . ATATGTTTGCT A 1060.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;FS=0.000;HaplotypeScore=24.6387;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.18;MQ0=0;QD=29.47;RPA=3,2;RU=TATGTTTGCT;SB=-5.500e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,17:36:42:1103,42,0 chrXVI 839835 . AG A 4101 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;FS=0.000;HaplotypeScore=106.6620;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.23;MQ0=0;QD=27.52;RPA=3,2;RU=G;SB=-2.023e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,145:149:99:4101,376,0 chrXVI 840627 . ATTTTT A 3221.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=228.7594;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.77;MQ0=0;QD=28.02;RPA=26,21;RU=T;SB=-1.382e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:53,55:115:99:3264,171,0 chrXVI 843128 . CT C 1514.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.293;DP=98;FS=6.188;HaplotypeScore=66.1496;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.41;MQ0=0;MQRankSum=0.934;QD=15.46;RPA=11,10;RU=T;ReadPosRankSum=-0.560;SB=-7.310e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,80:98:99:1557,153,0 chrXVI 844169 . T TA 3068.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=101.8600;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.67;MQ0=0;QD=29.80;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.271e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,95:103:99:3111,265,0 chrXVI 844218 . T TA 1784.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;FS=0.000;HaplotypeScore=151.6190;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.52;MQ0=0;QD=19.19;RPA=8,9;RU=A;SB=-6.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,75:93:99:1827,219,0 chrXVI 857189 . GT G 759.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.858;DP=66;FS=1.998;HaplotypeScore=37.5878;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.80;MQ0=0;MQRankSum=1.087;QD=11.51;RPA=15,14;RU=T;ReadPosRankSum=1.315;SB=-2.940e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,48:66:57:802,57,0 chrXVI 860017 . G GTT 703.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HaplotypeScore=72.3085;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.28;MQ0=0;QD=18.53;RPA=11,13;RU=T;SB=-7.200e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,21:38:69:746,69,0 chrXVI 864021 . GT G 2370.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=42.0192;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.31;MQ0=0;QD=20.62;RPA=8,7;RU=T;SB=-5.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,103:115:99:2413,291,0 chrXVI 868371 . AT A 73.09 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;DP=22;FS=0.000;HaplotypeScore=93.4308;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.20;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=3.32;RPA=16,15;RU=T;ReadPosRankSum=0.747;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,8:22:1:111,1,0 chrXVI 870388 . CA C 2045.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;FS=0.000;HaplotypeScore=37.4638;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.40;MQ0=0;QD=19.49;RPA=6,5;RU=A;SB=-8.520e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,89:105:99:2088,234,0 chrXVI 874897 . CT C 6032 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;FS=0.000;HaplotypeScore=62.6689;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.05;MQ0=0;QD=31.09;RPA=2,1;RU=T;SB=-2.422e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,187:194:99:6032,526,0 chrXVI 876797 . G GA 4503 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;FS=0.000;HaplotypeScore=666.4225;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.17;MQ0=0;QD=27.80;RPA=2,3;RU=A;SB=-1.982e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,154:162:99:4503,430,0 chrXVI 878578 . T TAAAA 4375 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=145.0376;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.13;MQ0=0;QD=54.01;RPA=1,5;RU=A;SB=-2.012e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:4375,229,0 chrXVI 880244 . CA C 816.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;FS=0.000;HaplotypeScore=552.4011;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.89;MQ0=0;QD=19.45;RPA=8,7;RU=A;SB=-2.990e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:42:99:859,108,0 chrXVI 880285 . GAGAAA G 3737 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;FS=0.000;HaplotypeScore=312.1793;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.84;MQ0=0;QD=57.49;RPA=2,1;RU=AGAAA;SB=-9.570e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:63:99:3737,172,0 chrXVI 880588 . T TC 233.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.927;DP=14;FS=31.096;HaplotypeScore=91.0443;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.19;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=16.71;ReadPosRankSum=1.545;SB=-2.977e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:273,0,154 chrXVI 880596 . A ATGT 352.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.165;DP=17;FS=34.776;HaplotypeScore=78.8668;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=25.70;MQ0=2;MQRankSum=-0.471;QD=20.76;ReadPosRankSum=0.965;SB=-2.977e+00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:14:99:392,0,286 chrXVI 880672 . GT G 634.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.523;DP=49;FS=0.000;HaplotypeScore=179.7601;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=33.95;MQ0=2;MQRankSum=1.096;QD=12.96;RPA=3,2;RU=T;ReadPosRankSum=-2.115;SB=-3.300e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,38:35:99:674,0,138 chrXVI 882369 . C CA 5182 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;FS=0.000;HaplotypeScore=904.0444;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.47;MQ0=0;QD=34.32;SB=-2.214e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,136:151:99:5182,409,0 chrXVI 882408 . C CT 3688 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;FS=0.000;HaplotypeScore=836.7945;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.15;MQ0=0;QD=28.37;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.372e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,124:130:99:3688,370,0 chrXVI 882666 . CT C 2161.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;FS=0.000;HaplotypeScore=675.6058;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.18;MQ0=0;QD=29.62;RPA=2,1;RU=T;SB=-8.640e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,66:73:99:2204,187,0 chrXVI 883067 . CTGT C 5911 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;FS=0.000;HaplotypeScore=520.8823;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=46.32;MQ0=0;QD=44.78;SB=-1.741e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,122:132:99:5911,337,0 chrXVI 883808 . C CT 2271.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;FS=0.000;HaplotypeScore=176.7460;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.49;MQ0=0;QD=26.73;RPA=4,5;RU=T;SB=-8.700e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:2314,243,0 chrXVI 886454 . GTTT G 977.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DP=51;FS=0.000;HaplotypeScore=34.3003;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.69;MQ0=0;MQRankSum=0.845;QD=19.18;RPA=16,13;RU=T;ReadPosRankSum=2.787;SB=-2.760e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,25:50:68:1020,68,0 chrXVI 887933 . ATT A 2359.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;DP=144;FS=0.000;HaplotypeScore=88.1361;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=1.187;QD=16.39;RPA=15,13;RU=T;ReadPosRankSum=2.418;SB=-1.104e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:58,66:144:99:2402,207,0 chrXVI 892135 . A AAT 2152.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.346;DP=88;FS=3.310;HaplotypeScore=202.9877;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.346;QD=24.47;RPA=5,6;RU=AT;ReadPosRankSum=0.808;SB=-9.860e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,56:88:99:2195,165,0 chrXVI 899836 . A AG 6026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;FS=0.000;HaplotypeScore=64.1285;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.57;MQ0=0;QD=31.72;RPA=2,3;RU=G;SB=-1.744e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,187:190:99:6026,550,0 chrXVI 900544 . TA T 3161.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.340;DP=122;FS=0.000;HaplotypeScore=364.9426;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=0.591;QD=25.92;ReadPosRankSum=-1.098;SB=-1.462e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:26,93:122:99:3204,295,0 chrXVI 901586 . A AT 3565 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.377;DP=116;FS=0.000;HaplotypeScore=290.0523;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=1.991;QD=30.73;ReadPosRankSum=2.015;SB=-1.650e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,94:116:99:3565,294,0 chrXVI 901903 . TC T 2911.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;FS=0.000;HaplotypeScore=44.4765;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.91;MQ0=0;QD=23.11;RPA=7,6;RU=C;SB=-1.410e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,121:126:99:2954,315,0 chrXVI 909432 . T TA 2563.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;FS=0.000;HaplotypeScore=126.5817;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.30;RPA=5,6;RU=A;SB=-6.650e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,97:115:99:2606,282,0 chrXVI 909481 . CA C 1838.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;FS=0.000;HaplotypeScore=265.4423;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.25;MQ0=0;QD=19.99;RPA=8,7;RU=A;SB=-5.770e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,80:92:99:1881,228,0 chrXVI 909513 . GA G 1310.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;FS=0.000;HaplotypeScore=227.0626;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.76;MQ0=0;QD=17.48;RPA=9,8;RU=A;SB=-4.130e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,56:75:99:1353,168,0 chrXVI 909621 . A AT 1093.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;FS=0.000;HaplotypeScore=72.1257;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.25;MQ0=0;QD=27.35;RPA=3,4;RU=T;SB=-3.020e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,38:40:99:1136,114,0 chrXVI 909717 . TAA T 1364.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;FS=0.000;HaplotypeScore=22.6715;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.58;MQ0=0;QD=23.53;RPA=12,10;RU=A;SB=-3.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,49:58:99:1407,132,0 chrXVI 911146 . AT A 82.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HaplotypeScore=13.1931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=65.64;MQ0=0;QD=7.46;RPA=13,12;RU=T;SB=-8.144e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:18:124,18,0 chrXVI 912564 . TA T 2070.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;DP=144;FS=5.250;HaplotypeScore=468.1726;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=0.398;QD=14.38;RPA=11,10;RU=A;ReadPosRankSum=0.031;SB=-7.280e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:45,96:144:99:2113,222,0 chrXVI 912589 . CAACT C 4664 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;FS=0.000;HaplotypeScore=297.9450;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;MQ0=0;QD=44.85;RPA=2,1;RU=AACT;SB=-2.024e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,83:104:99:4664,241,0 chrXVI 919140 . A ATT 1854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=27.6319;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.86;MQ0=0;QD=26.88;RPA=7,9;RU=T;SB=-8.900e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,53:69:99:1897,160,0 chrXVI 921161 . CA C 7012 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=235;FS=0.000;HaplotypeScore=1063.4994;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.46;MQ0=0;QD=29.84;RPA=3,2;RU=A;SB=-2.491e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,222:235:99:7012,634,0 chrXVI 921772 . G GTT 2466.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.765;DP=114;FS=0.000;HaplotypeScore=625.8014;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.846;QD=21.64;RPA=10,12;RU=T;ReadPosRankSum=1.168;SB=-1.010e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:32,71:114:99:2509,216,0 chrXVI 922730 . CA C 2565.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;FS=0.000;HaplotypeScore=139.0856;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.92;MQ0=0;QD=19.59;RPA=8,7;RU=A;SB=-6.800e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,114:131:99:2608,315,0 chrXVI 922863 . AT A 2288.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;FS=0.000;HaplotypeScore=775.6607;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.53;MQ0=0;QD=17.88;RPA=11,10;RU=T;SB=-9.850e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,107:128:99:2331,304,0 chrXVI 922883 . C CCTA 5990 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;FS=0.000;HaplotypeScore=464.7652;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.99;MQ0=0;QD=48.70;SB=-2.262e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,103:123:99:5990,328,0 chrXVI 924011 . CA C 2063.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;FS=0.000;HaplotypeScore=336.9949;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.57;MQ0=0;QD=20.44;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.360e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,89:101:99:2106,263,0 chrXVI 924193 . T TA 3943 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;FS=0.000;HaplotypeScore=537.4462;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.60;MQ0=0;QD=33.70;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.929e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,114:116:99:3943,331,0 chrXVI 924260 . GA G 1871.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;FS=0.000;HaplotypeScore=370.5326;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.51;MQ0=0;QD=19.30;RPA=9,8;RU=A;SB=-9.460e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,81:96:99:1914,236,0 chrXVI 924291 . AG A 2916.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;FS=0.000;HaplotypeScore=174.5395;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.10;MQ0=0;QD=30.70;SB=-1.305e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,87:94:99:2959,265,0 chrXVI 926866 . G GAA 284.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;FS=0.000;HaplotypeScore=67.0844;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.69;MQ0=0;QD=17.81;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,7:16:24:327,24,0 chrXVI 926925 . C CA 185.10 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HaplotypeScore=64.2788;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.00;MQ0=0;QD=30.85;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18:227,18,0 chrXVI 928271 . T TC 1792.97 filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-8.245;DP=250;DS;FS=36.375;HaplotypeScore=636.7841;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.92;MQ0=0;MQRankSum=-10.696;QD=7.17;ReadPosRankSum=3.443;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:180,68:250:99:1832,0,5350 chrXVI 928718 . AGGT A 1557.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;FS=0.000;HaplotypeScore=404.1532;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.01;MQ0=0;QD=42.11;SB=-2.310e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:37:96:1600,96,0 chrXVI 928775 . G GA 2024.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;FS=0.000;HaplotypeScore=361.8381;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.91;MQ0=0;QD=29.35;RPA=2,3;RU=A;SB=-9.780e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,64:69:99:2067,195,0 chrXVI 928861 . A AT 1054.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;FS=0.000;HaplotypeScore=497.3195;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=36.18;MQ0=0;QD=22.93;RPA=4,5;RU=T;SB=-5.800e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,40:46:99:1097,114,0 chrXVI 928896 . G GT 1199.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;FS=0.000;HaplotypeScore=405.4731;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.85;MQ0=0;QD=25.00;RPA=3,4;RU=T;SB=-1.980e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,41:48:99:1242,126,0 chrXVI 929289 . AACTTTTTTAT A 5439 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;FS=0.000;HaplotypeScore=426.0603;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=32.25;MQ0=0;QD=89.16;SB=-1.376e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,44:61:99:5439,136,0 chrXVI 929702 . CGG C 2579.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;FS=0.000;HaplotypeScore=992.8232;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.84;MQ0=0;QD=36.34;RPA=6,4;RU=G;SB=-8.910e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,64:71:99:2622,196,0 chrXVI 929728 . AGTG A 1877.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.339;DP=67;FS=2.446;HaplotypeScore=1149.0539;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.28;MQ0=0;MQRankSum=0.438;QD=28.03;ReadPosRankSum=3.322;SB=-3.880e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,47:67:64:1920,64,0 chrXVI 929734 . GA G 1131.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.454;DP=55;FS=0.000;HaplotypeScore=1063.4064;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.65;MQ0=0;MQRankSum=0.333;QD=20.58;ReadPosRankSum=3.206;SB=-2.280e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,47:55:61:1174,61,0 chrXVI 929990 . G GA 3493 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;FS=0.000;HaplotypeScore=234.2576;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.30;MQ0=0;QD=33.91;RPA=1,2;RU=A;SB=-1.594e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,98:103:99:3493,292,0 chrXVI 930097 . ACT A 2474.97 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=6.992;DP=122;FS=21.916;HaplotypeScore=1245.9712;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=45.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;QD=20.29;ReadPosRankSum=6.985;SB=-6.890e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,93:122:96:2514,0,96 chrXVI 930100 . ACGATAC A 6338 PASS AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=126;FS=8.950;HaplotypeScore=982.8618;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=43.95;MQ0=0;MQRankSum=1.632;QD=50.30;ReadPosRankSum=7.547;SB=-1.855e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,93:126:99:6338,0,132 chrXVI 930514 . G GT 3823 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.853;DP=146;FS=0.000;HaplotypeScore=793.9729;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=49.37;MQ0=0;MQRankSum=0.187;QD=26.18;RPA=3,4;RU=T;ReadPosRankSum=0.187;SB=-1.664e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,131:146:99:3823,361,0 chrXVI 931782 . CA C 2887.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;FS=0.000;HaplotypeScore=500.1876;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.70;MQ0=0;QD=23.10;RPA=5,4;RU=A;SB=-1.392e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,109:125:99:2930,312,0 chrXVI 932905 . AC A 914.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;FS=0.000;HaplotypeScore=139.9976;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.16;MQ0=0;QD=29.51;RPA=2,1;RU=C;SB=-3.600e+01;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:28:78:957,78,0 chrXVI 933576 . GT G 2270.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;FS=0.000;HaplotypeScore=215.0250;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.62;MQ0=0;QD=34.41;RPA=2,1;RU=T;SB=-7.960e+02;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2313,190,0 chrXVI 936612 . T TA 2119.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;FS=0.000;HaplotypeScore=169.1125;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.35;MQ0=0;QD=22.55;RPA=4,5;RU=A;SB=-1.044e+03;STR GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,87:94:99:2162,234,0 chrXVI 937343 . TTACTA T 3907 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;FS=0.000;HaplotypeScore=345.9662;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.89;MQ0=0;QD=48.23;SB=-1.886e+03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,78:81:99:3907,195,0 chrXVI 939038 . T TA 2482.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.626;DP=68;FS=0.000;HaplotypeScore=183.5931;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=36.51;ReadPosRankSum=0.133;SB=-3.900e+01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:68:99:2525,182,0 chrXVI 939183 . GA G 29.97 LowQual;filter AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.545;DP=14;FS=0.000;HaplotypeScore=90.3138;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.533;QD=2.14;RPA=16,15;RU=A;ReadPosRankSum=0.000;SB=-8.131e-04;STR GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:69:69,0,73 chrXVI 941354 . GA G 1740.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;FS=0.000;HaplotypeScore=503.1028;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.84;MQ0=0;QD=31.09;SB=-3.700e+02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:56:99:1783,153,0 chrXVI 942761 . G GA 237.03 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HaplotypeScore=141.4811;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.14;MQ0=0;QD=33.86;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21:279,21,0 chrXVI 942783 . GT G 254.99 filter AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HaplotypeScore=153.3875;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.51;MQ0=0;QD=31.87;SB=-8.144e-04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24:297,24,0