java -Xmx10G -jar /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/gem.v3.2/gem.jar --f SAM --d /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/gem.v3.2/Read_Distribution_ChIP-exo.txt --expt Nkx2-5_TKO_CP-GSM2054332/aligned.36mers.unique.bam --out Nkx2-5_TKO_CP-GSM2054332/aligned.36mers.unique.GPS
java -Xmx10G -jar /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/gem.v3.2/gem.jar --f SAM --d /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/gem.v3.2/Read_Distribution_ChIP-exo.txt --expt Tbx5_NKO_CM-GSM2054338/aligned.36mers.unique.bam --out Tbx5_NKO_CM-GSM2054338/aligned.36mers.unique.GPS
java -Xmx10G -jar /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/gem.v3.2/gem.jar --f SAM --d /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/gem.v3.2/Read_Distribution_ChIP-exo.txt --expt Gata4_DKO_CP-GSM2054340/aligned.36mers.unique.bam --out Gata4_DKO_CP-GSM2054340/aligned.36mers.unique.GPS
java -Xmx10G -jar /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/gem.v3.2/gem.jar --f SAM --d /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/gem.v3.2/Read_Distribution_ChIP-exo.txt --expt Gata4_TKO_CP-GSM2054333/aligned.36mers.unique.bam --out Gata4_TKO_CP-GSM2054333/aligned.36mers.unique.GPS
java -Xmx10G -jar /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/gem.v3.2/gem.jar --f SAM --d /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/gem.v3.2/Read_Distribution_ChIP-exo.txt --expt Nkx2-5_TKO_CM-GSM2054334/aligned.36mers.unique.bam --out Nkx2-5_TKO_CM-GSM2054334/aligned.36mers.unique.GPS