#seq		rpS3|P.biaurelia-Sample_379	rpS3|P.biaurelia-Sample_USBL-36I1	rpS3|P.caudatum-Sample_C065	rpS3|P.caudatum-Sample_C083	rpS3|P.caudatum-Sample_C104	rpS3|P.multimicronucleatum-Sample_M04	rpS3|P.multimicronucleatum-Sample_M05	rpS3|P.octaurelia-Sample_1038	rpS3|P.sexaurelia-Sample_126	rpS3|P.sexaurelia-Sample_127	rpS3|P.sexaurelia-Sample_128	rpS3|P.sexaurelia-Sample_130	rpS3|P.sexaurelia-Sample_131	rpS3|P.sexaurelia-Sample_132	rpS3|P.sexaurelia-Sample_133	rpS3|P.sexaurelia-Sample_134	rpS3|P.sexaurelia-Sample_137	rpS3|P.sexaurelia-Sample_Indo1-7I	rpS3|P.sexaurelia-Sample_Moz13BIII	rpS3|P.tetraurelia-Sample_291	rpS3|P.tetraurelia-Sample_99	rpS3|P.tetraurelia-Sample_A	rpS3|Sample_C026	rpS3|Sample_M13	rpS3|Sample_Peniche3I
#	length	127	127	368	382	368	165	165	125	144	144	144	144	144	141	141	144	144	144	144	125	125	125	381	166	166
rpS3|P.biaurelia-Sample_379	127	1.0	1.0	0.393700787402	0.385826771654	0.393700787402	0.283464566929	0.275590551181	0.779527559055	0.700787401575	0.708661417323	0.685039370079	0.708661417323	0.708661417323	0.637795275591	0.637795275591	0.708661417323	0.708661417323	0.700787401575	0.692913385827	0.748031496063	0.748031496063	0.748031496063	0.377952755906	0.307086614173	0.314960629921
rpS3|P.biaurelia-Sample_USBL-36I1	127	1.0	1.0	0.393700787402	0.385826771654	0.393700787402	0.283464566929	0.275590551181	0.779527559055	0.700787401575	0.708661417323	0.685039370079	0.708661417323	0.708661417323	0.637795275591	0.637795275591	0.708661417323	0.708661417323	0.700787401575	0.692913385827	0.748031496063	0.748031496063	0.748031496063	0.377952755906	0.307086614173	0.314960629921
rpS3|P.caudatum-Sample_C065	368	0.135869565217	0.135869565217	1.0	0.760869565217	0.991847826087	0.190217391304	0.1875	0.141304347826	0.165760869565	0.165760869565	0.165760869565	0.165760869565	0.165760869565	0.171195652174	0.171195652174	0.165760869565	0.165760869565	0.165760869565	0.165760869565	0.141304347826	0.141304347826	0.141304347826	0.548913043478	0.192934782609	0.198369565217
rpS3|P.caudatum-Sample_C083	382	0.128272251309	0.128272251309	0.732984293194	1.0	0.732984293194	0.185863874346	0.183246073298	0.128272251309	0.162303664921	0.159685863874	0.164921465969	0.159685863874	0.159685863874	0.159685863874	0.159685863874	0.159685863874	0.159685863874	0.162303664921	0.162303664921	0.130890052356	0.130890052356	0.130890052356	0.573298429319	0.193717277487	0.196335078534
rpS3|P.caudatum-Sample_C104	368	0.135869565217	0.135869565217	0.991847826087	0.760869565217	1.0	0.190217391304	0.1875	0.141304347826	0.165760869565	0.165760869565	0.165760869565	0.165760869565	0.165760869565	0.171195652174	0.171195652174	0.165760869565	0.165760869565	0.165760869565	0.165760869565	0.141304347826	0.141304347826	0.141304347826	0.551630434783	0.192934782609	0.198369565217
rpS3|P.multimicronucleatum-Sample_M04	165	0.218181818182	0.218181818182	0.424242424242	0.430303030303	0.424242424242	1.0	0.993939393939	0.218181818182	0.290909090909	0.290909090909	0.290909090909	0.290909090909	0.290909090909	0.266666666667	0.266666666667	0.290909090909	0.290909090909	0.290909090909	0.29696969697	0.212121212121	0.212121212121	0.212121212121	0.436363636364	0.721212121212	0.733333333333
rpS3|P.multimicronucleatum-Sample_M05	165	0.212121212121	0.212121212121	0.418181818182	0.424242424242	0.418181818182	0.993939393939	1.0	0.212121212121	0.290909090909	0.290909090909	0.290909090909	0.290909090909	0.290909090909	0.266666666667	0.266666666667	0.290909090909	0.290909090909	0.290909090909	0.29696969697	0.212121212121	0.212121212121	0.212121212121	0.430303030303	0.715151515152	0.727272727273
rpS3|P.octaurelia-Sample_1038	125	0.792	0.792	0.416	0.392	0.416	0.288	0.28	1.0	0.688	0.68	0.672	0.68	0.68	0.656	0.656	0.68	0.68	0.688	0.68	0.832	0.832	0.832	0.392	0.32	0.352
rpS3|P.sexaurelia-Sample_126	144	0.618055555556	0.618055555556	0.423611111111	0.430555555556	0.423611111111	0.333333333333	0.333333333333	0.597222222222	1.0	0.951388888889	0.972222222222	0.951388888889	0.951388888889	0.847222222222	0.847222222222	0.951388888889	0.951388888889	1.0	0.958333333333	0.625	0.625	0.625	0.423611111111	0.361111111111	0.388888888889
rpS3|P.sexaurelia-Sample_127	144	0.625	0.625	0.423611111111	0.423611111111	0.423611111111	0.333333333333	0.333333333333	0.590277777778	0.951388888889	1.0	0.9375	1.0	1.0	0.833333333333	0.833333333333	1.0	1.0	0.951388888889	0.965277777778	0.618055555556	0.618055555556	0.618055555556	0.416666666667	0.361111111111	0.388888888889
rpS3|P.sexaurelia-Sample_128	144	0.604166666667	0.604166666667	0.423611111111	0.4375	0.423611111111	0.333333333333	0.333333333333	0.583333333333	0.972222222222	0.9375	1.0	0.9375	0.9375	0.833333333333	0.833333333333	0.9375	0.9375	0.972222222222	0.951388888889	0.611111111111	0.611111111111	0.611111111111	0.430555555556	0.368055555556	0.395833333333
rpS3|P.sexaurelia-Sample_130	144	0.625	0.625	0.423611111111	0.423611111111	0.423611111111	0.333333333333	0.333333333333	0.590277777778	0.951388888889	1.0	0.9375	1.0	1.0	0.833333333333	0.833333333333	1.0	1.0	0.951388888889	0.965277777778	0.618055555556	0.618055555556	0.618055555556	0.416666666667	0.361111111111	0.388888888889
rpS3|P.sexaurelia-Sample_131	144	0.625	0.625	0.423611111111	0.423611111111	0.423611111111	0.333333333333	0.333333333333	0.590277777778	0.951388888889	1.0	0.9375	1.0	1.0	0.833333333333	0.833333333333	1.0	1.0	0.951388888889	0.965277777778	0.618055555556	0.618055555556	0.618055555556	0.416666666667	0.361111111111	0.388888888889
rpS3|P.sexaurelia-Sample_132	141	0.574468085106	0.574468085106	0.446808510638	0.432624113475	0.446808510638	0.312056737589	0.312056737589	0.581560283688	0.86524822695	0.851063829787	0.851063829787	0.851063829787	0.851063829787	1.0	1.0	0.851063829787	0.851063829787	0.86524822695	0.858156028369	0.609929078014	0.609929078014	0.609929078014	0.432624113475	0.354609929078	0.382978723404
rpS3|P.sexaurelia-Sample_133	141	0.574468085106	0.574468085106	0.446808510638	0.432624113475	0.446808510638	0.312056737589	0.312056737589	0.581560283688	0.86524822695	0.851063829787	0.851063829787	0.851063829787	0.851063829787	1.0	1.0	0.851063829787	0.851063829787	0.86524822695	0.858156028369	0.609929078014	0.609929078014	0.609929078014	0.432624113475	0.354609929078	0.382978723404
rpS3|P.sexaurelia-Sample_134	144	0.625	0.625	0.423611111111	0.423611111111	0.423611111111	0.333333333333	0.333333333333	0.590277777778	0.951388888889	1.0	0.9375	1.0	1.0	0.833333333333	0.833333333333	1.0	1.0	0.951388888889	0.965277777778	0.618055555556	0.618055555556	0.618055555556	0.416666666667	0.361111111111	0.388888888889
rpS3|P.sexaurelia-Sample_137	144	0.625	0.625	0.423611111111	0.423611111111	0.423611111111	0.333333333333	0.333333333333	0.590277777778	0.951388888889	1.0	0.9375	1.0	1.0	0.833333333333	0.833333333333	1.0	1.0	0.951388888889	0.965277777778	0.618055555556	0.618055555556	0.618055555556	0.416666666667	0.361111111111	0.388888888889
rpS3|P.sexaurelia-Sample_Indo1-7I	144	0.618055555556	0.618055555556	0.423611111111	0.430555555556	0.423611111111	0.333333333333	0.333333333333	0.597222222222	1.0	0.951388888889	0.972222222222	0.951388888889	0.951388888889	0.847222222222	0.847222222222	0.951388888889	0.951388888889	1.0	0.958333333333	0.625	0.625	0.625	0.423611111111	0.361111111111	0.388888888889
rpS3|P.sexaurelia-Sample_Moz13BIII	144	0.611111111111	0.611111111111	0.423611111111	0.430555555556	0.423611111111	0.340277777778	0.340277777778	0.590277777778	0.958333333333	0.965277777778	0.951388888889	0.965277777778	0.965277777778	0.840277777778	0.840277777778	0.965277777778	0.965277777778	0.958333333333	1.0	0.618055555556	0.618055555556	0.618055555556	0.423611111111	0.361111111111	0.388888888889
rpS3|P.tetraurelia-Sample_291	125	0.76	0.76	0.416	0.4	0.416	0.28	0.28	0.832	0.72	0.712	0.704	0.712	0.712	0.688	0.688	0.712	0.712	0.72	0.712	1.0	1.0	1.0	0.424	0.336	0.344
rpS3|P.tetraurelia-Sample_99	125	0.76	0.76	0.416	0.4	0.416	0.28	0.28	0.832	0.72	0.712	0.704	0.712	0.712	0.688	0.688	0.712	0.712	0.72	0.712	1.0	1.0	1.0	0.424	0.336	0.344
rpS3|P.tetraurelia-Sample_A	125	0.76	0.76	0.416	0.4	0.416	0.28	0.28	0.832	0.72	0.712	0.704	0.712	0.712	0.688	0.688	0.712	0.712	0.72	0.712	1.0	1.0	1.0	0.424	0.336	0.344
rpS3|Sample_C026	381	0.125984251969	0.125984251969	0.530183727034	0.574803149606	0.53280839895	0.188976377953	0.186351706037	0.128608923885	0.160104986877	0.157480314961	0.162729658793	0.157480314961	0.157480314961	0.160104986877	0.160104986877	0.157480314961	0.157480314961	0.160104986877	0.160104986877	0.139107611549	0.139107611549	0.139107611549	1.0	0.202099737533	0.199475065617
rpS3|Sample_M13	166	0.234939759036	0.234939759036	0.427710843373	0.44578313253	0.427710843373	0.71686746988	0.710843373494	0.240963855422	0.313253012048	0.313253012048	0.319277108434	0.313253012048	0.313253012048	0.301204819277	0.301204819277	0.313253012048	0.313253012048	0.313253012048	0.313253012048	0.253012048193	0.253012048193	0.253012048193	0.463855421687	1.0	0.861445783133
rpS3|Sample_Peniche3I	166	0.240963855422	0.240963855422	0.439759036145	0.451807228916	0.439759036145	0.728915662651	0.722891566265	0.265060240964	0.33734939759	0.33734939759	0.343373493976	0.33734939759	0.33734939759	0.325301204819	0.325301204819	0.33734939759	0.33734939759	0.33734939759	0.33734939759	0.259036144578	0.259036144578	0.259036144578	0.457831325301	0.861445783133	1.0