SUMMARISING RUN PARAMETERS ========================== Input filename: Aurantiochytrium-SAMD00114598-454/DRR128350_1.fastq.gz Trimming mode: paired-end Trim Galore version: 0.4.4 Cutadapt version: 1.16 Quality Phred score cutoff: 20 Quality encoding type selected: ASCII+33 Adapter sequence: 'TGGAATTCTCGG' (Illumina small RNA adapter; auto-detected) Maximum trimming error rate: 0.1 (default) Optional adapter 2 sequence (only used for read 2 of paired-end files): 'GATCGTCGGACT' Minimum required adapter overlap (stringency): 1 bp Minimum required sequence length for both reads before a sequence pair gets removed: 18 bp Output file will be GZIP compressed This is cutadapt 1.16 with Python 2.7.14 Command line parameters: -f fastq -e 0.1 -q 20 -O 1 -a TGGAATTCTCGG Aurantiochytrium-SAMD00114598-454/DRR128350_1.fastq.gz Running on 1 core Trimming 1 adapter with at most 10.0% errors in single-end mode ... Finished in 227.38 s (222 us/read; 0.27 M reads/minute). === Summary === Total reads processed: 1,022,577 Reads with adapters: 315,301 (30.8%) Reads written (passing filters): 1,022,577 (100.0%) Total basepairs processed: 1,043,726,199 bp Quality-trimmed: 531,817,883 bp (51.0%) Total written (filtered): 511,036,192 bp (49.0%) === Adapter 1 === Sequence: TGGAATTCTCGG; Type: regular 3'; Length: 12; Trimmed: 315301 times. No. of allowed errors: 0-9 bp: 0; 10-12 bp: 1 Bases preceding removed adapters: A: 20.3% C: 30.4% G: 22.9% T: 26.4% none/other: 0.0% Overview of removed sequences length count expect max.err error counts 1 214432 255644.2 0 214432 2 73834 63911.1 0 73834 3 18911 15977.8 0 18911 4 5043 3994.4 0 5043 5 1245 998.6 0 1245 6 186 249.7 0 186 7 47 62.4 0 47 8 15 15.6 0 15 9 25 3.9 0 0 25 10 34 1.0 1 2 32 11 20 0.2 1 0 20 12 5 0.1 1 0 5 13 6 0.1 1 0 6 14 2 0.1 1 0 2 15 2 0.1 1 0 2 17 3 0.1 1 0 3 18 5 0.1 1 0 5 19 3 0.1 1 0 3 20 3 0.1 1 0 3 21 1 0.1 1 0 1 22 3 0.1 1 0 3 23 2 0.1 1 0 2 24 2 0.1 1 0 2 25 6 0.1 1 0 6 26 2 0.1 1 0 2 27 1 0.1 1 0 1 28 3 0.1 1 0 3 29 3 0.1 1 0 3 30 3 0.1 1 0 3 31 2 0.1 1 0 2 32 3 0.1 1 0 3 34 1 0.1 1 0 1 36 2 0.1 1 0 2 37 6 0.1 1 0 6 38 3 0.1 1 0 3 39 1 0.1 1 0 1 40 2 0.1 1 0 2 41 4 0.1 1 0 4 42 2 0.1 1 0 2 43 2 0.1 1 0 2 44 1 0.1 1 0 1 45 8 0.1 1 0 8 46 2 0.1 1 0 2 47 2 0.1 1 0 2 48 2 0.1 1 0 2 49 1 0.1 1 0 1 50 4 0.1 1 0 4 51 2 0.1 1 0 2 52 2 0.1 1 0 2 53 4 0.1 1 0 4 54 5 0.1 1 0 5 55 4 0.1 1 0 4 56 2 0.1 1 0 2 57 3 0.1 1 0 3 58 3 0.1 1 0 3 59 5 0.1 1 0 5 60 3 0.1 1 0 3 61 3 0.1 1 0 3 62 5 0.1 1 0 5 63 2 0.1 1 0 2 64 3 0.1 1 0 3 65 2 0.1 1 0 2 66 1 0.1 1 0 1 67 4 0.1 1 0 4 68 7 0.1 1 1 6 70 7 0.1 1 0 7 71 2 0.1 1 0 2 72 2 0.1 1 0 2 73 2 0.1 1 0 2 74 1 0.1 1 0 1 75 2 0.1 1 0 2 76 1 0.1 1 0 1 77 4 0.1 1 0 4 78 1 0.1 1 0 1 79 3 0.1 1 0 3 80 1 0.1 1 0 1 81 1 0.1 1 0 1 82 5 0.1 1 0 5 83 3 0.1 1 0 3 84 2 0.1 1 0 2 85 3 0.1 1 0 3 86 7 0.1 1 0 7 87 3 0.1 1 0 3 88 1 0.1 1 0 1 89 2 0.1 1 0 2 90 5 0.1 1 0 5 91 5 0.1 1 0 5 92 3 0.1 1 0 3 93 3 0.1 1 0 3 94 6 0.1 1 0 6 96 3 0.1 1 0 3 97 2 0.1 1 0 2 98 7 0.1 1 0 7 99 3 0.1 1 0 3 100 2 0.1 1 0 2 101 5 0.1 1 0 5 102 2 0.1 1 0 2 104 2 0.1 1 0 2 105 4 0.1 1 0 4 106 2 0.1 1 0 2 107 3 0.1 1 0 3 108 5 0.1 1 0 5 109 4 0.1 1 0 4 111 5 0.1 1 0 5 112 6 0.1 1 0 6 114 2 0.1 1 0 2 115 4 0.1 1 0 4 116 2 0.1 1 0 2 117 2 0.1 1 0 2 118 2 0.1 1 0 2 119 8 0.1 1 0 8 120 7 0.1 1 0 7 121 4 0.1 1 0 4 122 5 0.1 1 0 5 123 1 0.1 1 0 1 124 5 0.1 1 0 5 125 6 0.1 1 0 6 126 1 0.1 1 0 1 127 4 0.1 1 0 4 128 2 0.1 1 0 2 129 5 0.1 1 0 5 131 3 0.1 1 0 3 132 3 0.1 1 0 3 133 4 0.1 1 0 4 134 4 0.1 1 0 4 135 2 0.1 1 0 2 136 3 0.1 1 0 3 137 5 0.1 1 0 5 138 1 0.1 1 0 1 139 1 0.1 1 0 1 140 2 0.1 1 0 2 141 2 0.1 1 0 2 142 5 0.1 1 0 5 143 6 0.1 1 0 6 144 1 0.1 1 0 1 145 1 0.1 1 0 1 146 5 0.1 1 0 5 147 3 0.1 1 1 2 148 2 0.1 1 0 2 149 2 0.1 1 0 2 150 7 0.1 1 0 7 151 4 0.1 1 0 4 152 2 0.1 1 0 2 153 4 0.1 1 0 4 155 3 0.1 1 0 3 156 4 0.1 1 0 4 157 1 0.1 1 0 1 158 5 0.1 1 0 5 159 1 0.1 1 0 1 160 4 0.1 1 0 4 161 4 0.1 1 0 4 163 4 0.1 1 0 4 164 4 0.1 1 0 4 165 5 0.1 1 0 5 166 3 0.1 1 1 2 167 2 0.1 1 0 2 169 6 0.1 1 0 6 171 2 0.1 1 0 2 172 2 0.1 1 0 2 173 3 0.1 1 0 3 174 3 0.1 1 0 3 175 3 0.1 1 0 3 176 4 0.1 1 0 4 177 3 0.1 1 0 3 178 1 0.1 1 0 1 179 2 0.1 1 0 2 180 1 0.1 1 0 1 181 4 0.1 1 0 4 182 3 0.1 1 0 3 183 1 0.1 1 0 1 184 2 0.1 1 0 2 185 3 0.1 1 0 3 186 7 0.1 1 0 7 187 3 0.1 1 0 3 188 2 0.1 1 0 2 189 3 0.1 1 0 3 190 2 0.1 1 0 2 191 4 0.1 1 0 4 192 6 0.1 1 0 6 193 3 0.1 1 0 3 194 2 0.1 1 0 2 195 4 0.1 1 0 4 196 3 0.1 1 0 3 197 2 0.1 1 0 2 198 3 0.1 1 0 3 199 6 0.1 1 0 6 200 4 0.1 1 0 4 201 1 0.1 1 0 1 202 3 0.1 1 0 3 203 6 0.1 1 0 6 204 4 0.1 1 0 4 205 4 0.1 1 0 4 206 1 0.1 1 0 1 207 4 0.1 1 0 4 208 3 0.1 1 0 3 209 3 0.1 1 0 3 211 2 0.1 1 0 2 212 4 0.1 1 0 4 213 2 0.1 1 0 2 214 1 0.1 1 0 1 215 1 0.1 1 0 1 216 4 0.1 1 0 4 217 3 0.1 1 0 3 218 4 0.1 1 0 4 219 3 0.1 1 0 3 220 1 0.1 1 0 1 221 2 0.1 1 0 2 222 2 0.1 1 1 1 223 2 0.1 1 0 2 224 3 0.1 1 0 3 225 2 0.1 1 0 2 226 4 0.1 1 0 4 227 5 0.1 1 0 5 228 1 0.1 1 0 1 229 2 0.1 1 0 2 230 5 0.1 1 0 5 231 3 0.1 1 0 3 232 5 0.1 1 0 5 234 1 0.1 1 0 1 235 5 0.1 1 1 4 236 3 0.1 1 0 3 237 2 0.1 1 0 2 238 4 0.1 1 0 4 239 3 0.1 1 0 3 240 2 0.1 1 0 2 241 5 0.1 1 1 4 242 3 0.1 1 0 3 243 3 0.1 1 0 3 244 4 0.1 1 0 4 245 2 0.1 1 0 2 246 5 0.1 1 0 5 247 3 0.1 1 0 3 248 1 0.1 1 0 1 249 3 0.1 1 0 3 250 1 0.1 1 0 1 251 1 0.1 1 0 1 252 1 0.1 1 0 1 253 1 0.1 1 0 1 254 4 0.1 1 0 4 255 1 0.1 1 0 1 256 1 0.1 1 0 1 257 3 0.1 1 0 3 259 6 0.1 1 0 6 260 4 0.1 1 0 4 261 4 0.1 1 0 4 262 5 0.1 1 0 5 263 1 0.1 1 0 1 264 1 0.1 1 0 1 265 3 0.1 1 0 3 266 3 0.1 1 0 3 267 3 0.1 1 0 3 268 3 0.1 1 0 3 269 2 0.1 1 0 2 270 5 0.1 1 0 5 271 4 0.1 1 0 4 272 1 0.1 1 0 1 274 3 0.1 1 0 3 275 4 0.1 1 0 4 276 1 0.1 1 0 1 277 3 0.1 1 0 3 279 2 0.1 1 0 2 280 3 0.1 1 0 3 282 2 0.1 1 0 2 283 4 0.1 1 0 4 284 1 0.1 1 0 1 285 1 0.1 1 0 1 286 7 0.1 1 0 7 287 2 0.1 1 0 2 288 5 0.1 1 0 5 289 2 0.1 1 0 2 290 4 0.1 1 0 4 291 3 0.1 1 1 2 292 2 0.1 1 0 2 293 4 0.1 1 0 4 294 3 0.1 1 1 2 295 2 0.1 1 0 2 296 4 0.1 1 0 4 297 5 0.1 1 0 5 298 1 0.1 1 0 1 299 1 0.1 1 0 1 300 4 0.1 1 0 4 301 3 0.1 1 0 3 302 5 0.1 1 0 5 303 2 0.1 1 0 2 304 4 0.1 1 0 4 305 2 0.1 1 1 1 306 5 0.1 1 0 5 307 2 0.1 1 0 2 308 2 0.1 1 0 2 309 5 0.1 1 0 5 310 3 0.1 1 0 3 311 3 0.1 1 0 3 313 3 0.1 1 0 3 314 2 0.1 1 0 2 315 1 0.1 1 0 1 316 5 0.1 1 0 5 317 4 0.1 1 0 4 318 2 0.1 1 0 2 319 3 0.1 1 0 3 320 3 0.1 1 0 3 321 2 0.1 1 0 2 323 2 0.1 1 0 2 324 3 0.1 1 0 3 325 2 0.1 1 0 2 326 2 0.1 1 0 2 327 8 0.1 1 0 8 328 3 0.1 1 0 3 329 1 0.1 1 0 1 330 2 0.1 1 0 2 331 2 0.1 1 0 2 332 2 0.1 1 0 2 333 4 0.1 1 0 4 334 2 0.1 1 0 2 335 2 0.1 1 0 2 336 3 0.1 1 0 3 337 8 0.1 1 0 8 338 1 0.1 1 0 1 339 4 0.1 1 0 4 340 4 0.1 1 0 4 341 3 0.1 1 0 3 343 3 0.1 1 0 3 344 1 0.1 1 0 1 345 5 0.1 1 0 5 346 4 0.1 1 0 4 347 5 0.1 1 0 5 348 2 0.1 1 0 2 349 7 0.1 1 0 7 350 1 0.1 1 0 1 351 1 0.1 1 0 1 352 1 0.1 1 0 1 354 2 0.1 1 0 2 355 2 0.1 1 0 2 356 6 0.1 1 0 6 358 1 0.1 1 0 1 360 4 0.1 1 0 4 361 3 0.1 1 0 3 362 4 0.1 1 0 4 364 2 0.1 1 0 2 365 5 0.1 1 0 5 366 4 0.1 1 0 4 367 3 0.1 1 0 3 368 2 0.1 1 0 2 370 2 0.1 1 0 2 371 2 0.1 1 0 2 372 3 0.1 1 0 3 374 4 0.1 1 0 4 375 4 0.1 1 1 3 376 2 0.1 1 0 2 377 3 0.1 1 0 3 378 3 0.1 1 0 3 379 1 0.1 1 0 1 380 4 0.1 1 0 4 381 3 0.1 1 0 3 382 3 0.1 1 0 3 383 4 0.1 1 0 4 384 5 0.1 1 0 5 385 5 0.1 1 0 5 386 5 0.1 1 0 5 387 1 0.1 1 0 1 388 2 0.1 1 0 2 390 3 0.1 1 0 3 391 5 0.1 1 0 5 392 3 0.1 1 0 3 393 3 0.1 1 0 3 394 2 0.1 1 0 2 395 1 0.1 1 0 1 396 3 0.1 1 0 3 397 4 0.1 1 0 4 398 1 0.1 1 0 1 399 5 0.1 1 0 5 400 2 0.1 1 0 2 402 4 0.1 1 0 4 403 3 0.1 1 0 3 404 1 0.1 1 0 1 405 1 0.1 1 0 1 406 1 0.1 1 0 1 407 1 0.1 1 0 1 408 5 0.1 1 0 5 409 1 0.1 1 0 1 410 2 0.1 1 0 2 411 1 0.1 1 0 1 412 2 0.1 1 0 2 413 3 0.1 1 0 3 414 5 0.1 1 0 5 415 1 0.1 1 0 1 416 2 0.1 1 0 2 417 4 0.1 1 0 4 418 2 0.1 1 0 2 419 4 0.1 1 0 4 420 2 0.1 1 0 2 421 3 0.1 1 0 3 422 5 0.1 1 0 5 423 5 0.1 1 0 5 424 3 0.1 1 0 3 425 1 0.1 1 0 1 426 2 0.1 1 0 2 427 4 0.1 1 0 4 428 5 0.1 1 0 5 429 5 0.1 1 0 5 430 3 0.1 1 0 3 431 5 0.1 1 0 5 432 1 0.1 1 0 1 434 1 0.1 1 0 1 435 1 0.1 1 0 1 436 5 0.1 1 0 5 437 3 0.1 1 0 3 438 1 0.1 1 0 1 439 1 0.1 1 0 1 440 1 0.1 1 0 1 441 3 0.1 1 0 3 443 2 0.1 1 0 2 444 2 0.1 1 0 2 445 3 0.1 1 0 3 446 1 0.1 1 0 1 447 6 0.1 1 0 6 448 3 0.1 1 0 3 449 5 0.1 1 0 5 450 2 0.1 1 0 2 451 4 0.1 1 1 3 453 2 0.1 1 0 2 454 6 0.1 1 0 6 455 1 0.1 1 0 1 456 3 0.1 1 0 3 457 5 0.1 1 0 5 458 2 0.1 1 0 2 459 2 0.1 1 0 2 460 3 0.1 1 0 3 461 1 0.1 1 0 1 462 2 0.1 1 0 2 463 3 0.1 1 0 3 464 1 0.1 1 0 1 466 2 0.1 1 0 2 468 2 0.1 1 1 1 469 1 0.1 1 0 1 470 2 0.1 1 0 2 471 3 0.1 1 0 3 472 1 0.1 1 0 1 474 1 0.1 1 0 1 477 3 0.1 1 0 3 478 2 0.1 1 0 2 479 3 0.1 1 0 3 480 1 0.1 1 0 1 481 1 0.1 1 0 1 483 3 0.1 1 0 3 484 2 0.1 1 0 2 485 4 0.1 1 0 4 486 2 0.1 1 0 2 487 3 0.1 1 0 3 488 4 0.1 1 0 4 490 2 0.1 1 0 2 491 2 0.1 1 0 2 492 2 0.1 1 0 2 493 4 0.1 1 0 4 494 2 0.1 1 0 2 495 2 0.1 1 0 2 496 2 0.1 1 0 2 497 1 0.1 1 0 1 498 2 0.1 1 1 1 499 3 0.1 1 0 3 500 1 0.1 1 0 1 502 4 0.1 1 0 4 503 2 0.1 1 0 2 504 1 0.1 1 0 1 505 2 0.1 1 0 2 506 1 0.1 1 0 1 507 2 0.1 1 0 2 508 2 0.1 1 0 2 509 4 0.1 1 0 4 510 3 0.1 1 0 3 511 1 0.1 1 0 1 512 2 0.1 1 0 2 513 1 0.1 1 0 1 514 3 0.1 1 0 3 516 2 0.1 1 0 2 517 3 0.1 1 1 2 519 2 0.1 1 0 2 520 3 0.1 1 0 3 521 1 0.1 1 0 1 522 4 0.1 1 0 4 523 1 0.1 1 0 1 524 1 0.1 1 0 1 525 2 0.1 1 1 1 526 5 0.1 1 1 4 527 3 0.1 1 0 3 529 1 0.1 1 0 1 530 1 0.1 1 0 1 532 3 0.1 1 0 3 533 7 0.1 1 0 7 534 2 0.1 1 0 2 536 1 0.1 1 0 1 539 1 0.1 1 0 1 541 3 0.1 1 0 3 542 1 0.1 1 0 1 543 4 0.1 1 0 4 544 2 0.1 1 0 2 545 2 0.1 1 0 2 546 3 0.1 1 0 3 547 1 0.1 1 0 1 549 2 0.1 1 0 2 550 3 0.1 1 1 2 551 1 0.1 1 0 1 552 1 0.1 1 0 1 553 2 0.1 1 0 2 556 3 0.1 1 0 3 557 1 0.1 1 0 1 558 4 0.1 1 0 4 559 2 0.1 1 0 2 561 2 0.1 1 0 2 562 1 0.1 1 0 1 564 1 0.1 1 0 1 565 1 0.1 1 0 1 566 3 0.1 1 0 3 567 1 0.1 1 0 1 568 1 0.1 1 0 1 569 1 0.1 1 0 1 571 2 0.1 1 0 2 573 2 0.1 1 0 2 574 2 0.1 1 0 2 576 2 0.1 1 0 2 578 2 0.1 1 0 2 579 1 0.1 1 0 1 580 1 0.1 1 0 1 583 1 0.1 1 0 1 584 1 0.1 1 0 1 586 3 0.1 1 0 3 587 1 0.1 1 0 1 589 1 0.1 1 0 1 590 1 0.1 1 0 1 591 1 0.1 1 0 1 592 2 0.1 1 0 2 593 2 0.1 1 1 1 597 1 0.1 1 0 1 598 1 0.1 1 0 1 599 2 0.1 1 0 2 605 3 0.1 1 0 3 607 1 0.1 1 0 1 609 3 0.1 1 0 3 610 1 0.1 1 0 1 613 1 0.1 1 0 1 614 1 0.1 1 0 1 616 1 0.1 1 0 1 617 1 0.1 1 0 1 618 1 0.1 1 0 1 619 1 0.1 1 0 1 622 1 0.1 1 0 1 624 1 0.1 1 0 1 632 2 0.1 1 0 2 638 1 0.1 1 0 1 639 3 0.1 1 0 3 643 2 0.1 1 0 2 656 1 0.1 1 0 1 664 1 0.1 1 0 1 670 1 0.1 1 0 1 710 1 0.1 1 0 1 716 1 0.1 1 0 1 724 1 0.1 1 0 1 1020 1 0.1 1 0 1 RUN STATISTICS FOR INPUT FILE: Aurantiochytrium-SAMD00114598-454/DRR128350_1.fastq.gz ============================================= 1022577 sequences processed in total