python /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/code/STARR-seq/fragmentCount.py STARR_rep1-GSM2787580.2x36mers.unique.bam,STARR_rep2-GSM2787581.2x36mers.unique.bam,STARR_rep3-GSM2787582.2x36mers.unique.bam,STARR_rep4-GSM2787583.2x36mers.unique.bam,STARR_rep5-GSM2787584.2x36mers.unique.bam Input_rep1-GSM2787575.2x36mers.unique.bam,Input_rep2-GSM2787576.2x36mers.unique.bam,Input_rep3-GSM2787577.2x36mers.unique.bam,Input_rep4-GSM2787578.2x36mers.unique.bam,Input_rep5-GSM2787579.2x36mers.unique.bam /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/genomes/hg19/hg19.chrom.sizes HiDRA.fragment_counts -singleFieldCoords