#NaNs Total_Count Fraction Read1/2 Base 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 0 35694587 0.698316352413 R1 A 0.998146441644 0.995786840173 0.00285149678297 0.000999479276788 0.000569302006492 0.000460321896987 0.00182117249319 0.00103503088578 0.0015405697228 0.000424742272547 0.000629311105351 0.00124354989736 0.000531088929534 0.000963983698705 0.00843214686866 0.989425763632 0.0106707215859 0.996383373199 0.990862452058 0.0109323018641 0.988221743538 0.0112408360405 0.985554812555 0.0152674970017 0.00542222270284 0.00521964296715 0.171821486546 0.0192939058239 0.00290497828144 0.00588475782056 0.0862545348963 0.0920329180444 0.814956872873 0.861525950699 0.819377010862 0.891389134156 0.0731891645083 0.0885077336796 0.791988432308 0.0730651120855 0.109748041069 0.0705005215497 0.0251222685389 0.103271120632 0.809373169103 0.855247911959 0.892857900275 0.799785384826 0.0535924396604 0 35694587 0.698316352413 R1 C 0.000264998163447 0.00329344054324 0.991890254957 0.0027664698852 0.00159923407995 0.000292845523048 0.000158287305579 0.000200506592218 0.000498198788517 0.00763412670946 0.996577688376 0.991053489427 0.00952892381133 0.99649924511 0.990582381581 0.00221450944369 0.000526102179022 0.000766306667171 0.00821443878872 0.98845785777 0.0106896880471 0.987570916565 0.00277708774162 0.0027017822058 0.16491968376 0.00475475455144 0.00290172848897 0.0125733349989 0.973247036028 0.096393635259 0.00394488385592 0.0444988479626 0.177210062691 0.03841081002 0.0921873392176 0.0137742453779 0.837583861105 0.0654240095284 0.100990634798 0.821021321804 0.80290515758 0.833842985773 0.799987460284 0.0200184694671 0.0573220247653 0.0504144788116 0.0894785251332 0.0171117262122 0.174620342294 0 35694587 0.698316352413 R1 G 0.00082850097131 0.000656318001382 0.00494206586562 0.994968256672 0.995708508968 0.9933726646 0.00226202365081 0.000642170197963 0.00690194286321 0.989499444271 0.00254397116291 0.0073640857646 0.98912742708 0.0023938083385 0.000719268722734 0.00813876905201 0.988263570608 0.0026866258461 0.000675256447147 0.000434267526334 0.000701927157751 0.000866798094624 0.0100838819062 0.978746833518 0.817580295858 0.0122862886745 0.812651565348 0.167405971107 0.0182412532186 0.88119652428 0.019825527047 0.816564595635 0.00493133594738 0.0316122161604 0.0847312226921 0.00211642734513 0.0323250693445 0.00119477499488 0.00255159136594 0.0512799041491 0.0839009567473 0.0480084557359 0.0699864940306 0.0526708713565 0.0533101559629 0.0477456707932 0.00758330667897 0.0742051168711 0.757408371191 0 35694587 0.698316352413 R1 T 0.000713833724985 0.000258442547605 0.000313773065927 0.00126523385745 0.00212292693007 0.00585595793558 0.995758348458 0.998122236293 0.991059288625 0.00244168674651 0.000248973324723 0.000331422800886 0.000811551622659 0.00014268269864 0.000266174812444 0.000220957872408 0.000539605627038 0.000163694287876 0.00024785270663 0.000175572839658 0.000383503526739 0.000313913143189 0.00155110353287 0.00327749975087 0.0120772373694 0.977739229761 0.0126247153385 0.80072617173 0.00560547177643 0.016524914548 0.889975054201 0.0468733536544 0.00287054729055 0.068403200743 0.00370047704992 0.0927169433281 0.0568971424155 0.844868214892 0.104465335318 0.0546312806477 0.00343522674741 0.0476477287719 0.104877666745 0.824031077877 0.0799944820765 0.0465919104205 0.0100801278356 0.108897772091 0.0143788468543 0 35694587 0.698316352413 R1 N 4.62254963197e-05 4.95873505974e-06 2.40932889908e-06 5.60309046299e-07 2.80154523149e-08 1.82100440047e-05 1.6809271389e-07 5.60309046299e-08 0.0 0.0 5.60309046299e-08 7.45211031577e-06 1.00855628334e-06 2.80154523149e-07 2.80154523149e-08 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 3.13773065927e-06 7.53615667272e-06 3.31142646363e-05 6.38752312781e-06 5.60309046299e-07 8.40463569448e-08 5.04278141669e-07 6.16339950929e-07 1.26069535417e-06 1.6809271389e-07 0.0 3.02847039525e-05 3.11811984265e-05 4.78223771016e-05 3.95017877641e-06 3.24979246853e-06 4.76262689354e-06 5.26690503521e-06 4.00620968104e-06 2.38131344677e-06 1.06178564274e-05 3.08169975464e-07 2.61104015575e-05 8.46066659911e-06 1.6809271389e-07 2.80154523149e-08 1.40077261575e-07 0.0 0.0 0 35694587 0.698316352413 R2 A 0.244340941667 0.251767641968 0.256653620898 0.245265115408 0.245962251924 0.248734212837 0.252359608475 0.226707735826 0.236786827089 0.246756966259 0 35694587 0.698316352413 R2 C 0.120342924825 0.125290005457 0.113054424751 0.115377045825 0.111765826006 0.113938424333 0.120384863957 0.112725383263 0.126043144861 0.15297711667 0 35694587 0.698316352413 R2 G 0.32643022316 0.32219834901 0.334112508432 0.336208064265 0.337721963277 0.343068600289 0.325530815078 0.368446705939 0.303295931117 0.246501241211 0 35694587 0.698316352413 R2 T 0.308798558168 0.300732377153 0.296178633472 0.303148934039 0.304547745573 0.294251730662 0.301715803575 0.292085968105 0.333800808509 0.353597199486 0 35694587 0.698316352413 R2 N 8.7352180318e-05 1.16264127107e-05 8.12448117133e-07 8.40463569448e-07 2.21322073288e-06 7.03187853105e-06 8.90891383615e-06 3.42068672765e-05 7.32884232559e-05 0.000167476373939 1 8031075 0.15711712815 R1 A 0.990978667239 0.990643842823 0.00834931811744 0.00262081975327 0.00193747412395 0.00197171611521 0.00858527656634 0.00476885099442 0.00725021245599 0.00130268986406 0.00291679507413 0.00516966906672 0.00130256534773 0.00350040312162 0.0120616480359 0.98712276999 0.0130829309899 0.993643690291 0.988611860803 0.0134599664428 0.985710754787 0.0146913084487 0.983169625486 0.0138311496282 0.00725083503765 0.00933200100858 0.115464243579 0.0191748925268 0.0085144267735 0.00903067148545 0.0643715816376 0.0758372945091 0.877587371554 0.908315262901 0.878353271511 0.92046232914 0.0745586362971 0.0824915718008 0.850052701537 0.0737079407178 0.0910467154148 0.0670151878796 0.040371805767 0.0954311844927 0.866678371202 0.900939164433 0.919165491544 0.851192524039 0.064704911858 1 8031075 0.15711712815 R1 C 0.00127691498336 0.00735791908306 0.98516786358 0.00727013506909 0.00784166503239 0.00149407146615 0.00039546387003 0.000398327745663 0.00105365720031 0.0111271529652 0.993234280591 0.985795425893 0.0114239999004 0.993089592614 0.986108708984 0.00290035891833 0.00212487120342 0.00256005578332 0.00957107236578 0.985223273348 0.0123471639849 0.983406331033 0.0037069757162 0.00290758086558 0.108969347192 0.0045601616222 0.00500144750236 0.0133100487793 0.967575075566 0.0664392998447 0.00409720990029 0.0327147984548 0.114003667006 0.0248585650115 0.06299704585 0.0158418393553 0.861851869146 0.0493768268881 0.0739720398577 0.857657038441 0.850970635936 0.868972584617 0.84178145516 0.0223907758301 0.0390302668074 0.0367258430534 0.0642159362227 0.0191550944301 0.126376107806 1 8031075 0.15711712815 R1 G 0.00241785813232 0.00140554035419 0.00601065237219 0.985650862431 0.98401608751 0.988971713002 0.0032100310357 0.00147663917969 0.00815507263972 0.98343360011 0.00338485196565 0.00844793505228 0.984766920991 0.00305239335954 0.00135573382144 0.00935453846465 0.983019334273 0.00336617451586 0.00123159103856 0.00096574867001 0.00123208910389 0.00137764869585 0.0112982384052 0.97796123184 0.870085013526 0.0145446282098 0.864425746242 0.109067217029 0.0176759649237 0.907435181467 0.0209890954822 0.857522934352 0.00578689652382 0.0216206423175 0.0549488082231 0.00220580681914 0.0217603496419 0.00212723701372 0.00244101817005 0.0325043658539 0.054779590528 0.0324671354707 0.0451015586332 0.0347807734332 0.0357725460166 0.0309934846829 0.00733625324132 0.0558433335512 0.793963946296 1 8031075 0.15711712815 R1 T 0.00295838352898 0.00054637766426 0.000457722035967 0.00445643951775 0.00620464881725 0.0074229166083 0.987806364652 0.993355310466 0.983541057704 0.00413655706117 0.000460212362604 0.000560697042426 0.00250564214629 0.000351509604879 0.000473784642778 0.000621959077708 0.00177286353321 0.000430079410291 0.000585475792469 0.000351011539551 0.000702645660761 0.000513380836314 0.00172417764745 0.00526778793624 0.0136941816631 0.97156283561 0.0151047026706 0.858445475855 0.00621535722179 0.0170655858649 0.910516711648 0.0338153983122 0.0024337962228 0.0449686997071 0.00361458459795 0.061377710954 0.041708986655 0.865844858876 0.0733465943227 0.0360067612368 0.00310107924531 0.0314550667252 0.0725737214507 0.847353561011 0.058451950704 0.0312232173152 0.00922329825086 0.0737385717354 0.0148910326451 1 8031075 0.15711712815 R1 N 0.0023681761159 4.63200754569e-05 1.44438944973e-05 1.74322864623e-06 1.24516331873e-07 0.00013958280803 2.86387563309e-06 8.71614323114e-07 0.0 0.0 3.86000628807e-06 2.62729460253e-05 8.71614323114e-07 6.1013002618e-06 1.24516331873e-07 3.7354899562e-07 0.0 0.0 0.0 0.0 7.34646358053e-06 1.13309862005e-05 0.000100982745149 3.22497299552e-05 6.22581659367e-07 3.7354899562e-07 3.86000628807e-06 2.36581030559e-06 1.91755151085e-05 2.92613379902e-05 2.54013317022e-05 0.000109574372049 0.000188268693793 0.000236830063223 8.62898179883e-05 0.00011231373135 0.000120158260258 0.00015950542113 0.000187646112133 0.000123893750214 0.000101978875804 9.00253079445e-05 0.00017145898899 4.37052324876e-05 6.6865270216e-05 0.00011829051528 5.9020741308e-05 7.04762438403e-05 6.40013945829e-05 1 8031075 0.15711712815 R2 A 0.236449665829 0.246117860934 0.244488813764 0.232653909968 0.230825387635 0.229355098788 0.228565665244 0.208542941014 0.208952599745 0.198028906466 1 8031075 0.15711712815 R2 C 0.115026568672 0.119125521801 0.109760399448 0.112712806193 0.11250349424 0.111705220036 0.118950327322 0.110533521353 0.116222049975 0.133945206588 1 8031075 0.15711712815 R2 G 0.330632698611 0.332396721485 0.342784371955 0.34526187341 0.34673614678 0.357627465812 0.342690362125 0.386659195687 0.340608698088 0.279655214277 1 8031075 0.15711712815 R2 T 0.314337993357 0.300399510651 0.302144233493 0.309179157211 0.30988765514 0.301288059195 0.309767247847 0.294158752097 0.333996880866 0.387920421612 1 8031075 0.15711712815 R2 N 0.00355307353001 0.00196038512901 0.00082218133936 0.000192253216412 4.73162061119e-05 2.41561683834e-05 2.63974623572e-05 0.000105589849429 0.000219771325757 0.000450251056054 2 3106543 0.0607753152144 R1 A 0.98325244492 0.982946638756 0.0214608328293 0.00700424877428 0.00699909835467 0.00791587304602 0.0224339402352 0.0153971794371 0.0202086370606 0.00505256164167 0.010817168795 0.0155961143947 0.00425328089777 0.0115765337869 0.0204217356721 0.983625850342 0.0172706445718 0.988775304253 0.984946932973 0.0195326444862 0.982571301926 0.0229016627164 0.980751594296 0.0220186876538 0.0167774918937 0.0245687891653 0.131404908929 0.0355082804262 0.0255023027204 0.019518158931 0.0878214143503 0.0832687653124 0.869454567344 0.896104447935 0.859920174934 0.907645572587 0.0927912473769 0.106047783662 0.839347467587 0.0932824686476 0.111861641703 0.0920511964586 0.0690172323383 0.114236628947 0.855838789291 0.89075702477 0.903635649016 0.827326066306 0.069005321993 2 3106543 0.0607753152144 R1 C 0.00458162014818 0.0130801344131 0.971507556792 0.0163422814363 0.0183631773325 0.00500459835901 0.00136099838309 0.00116624814142 0.0027371261238 0.0173266553851 0.984006659493 0.975026259093 0.0146120623471 0.984127694353 0.976474492708 0.0049460123359 0.00716906220194 0.00608135795964 0.0114223430997 0.978075951307 0.013952164834 0.974242429607 0.00592233875404 0.00618790726541 0.127349597285 0.00556470649207 0.0118346985701 0.0129101705658 0.951540345651 0.0740903956585 0.00488967962137 0.0406055863383 0.120895799607 0.0312057486409 0.0721445027479 0.0181613452639 0.840310596055 0.0483656591909 0.0820606700116 0.832378306046 0.822700023789 0.837876700886 0.80739973662 0.0225269696895 0.0413884501196 0.0387321212035 0.0732866082974 0.0267187674531 0.145793893727 2 3106543 0.0607753152144 R1 G 0.00505932156741 0.00245320924256 0.00617631882127 0.964345576417 0.959208676654 0.976893608104 0.00463956236885 0.00308928606493 0.00865849917416 0.967824684867 0.00417312749252 0.00815633326176 0.973189812599 0.00328950862744 0.0019838772552 0.00954243994047 0.969580334153 0.00386925273528 0.00196134416939 0.00148879316977 0.00175983400198 0.00174534844681 0.0107006405512 0.961041904136 0.840551700073 0.0149816049544 0.838581986472 0.110718892351 0.0162956057586 0.885634932464 0.0215728544559 0.831510460341 0.00608618647802 0.0244950737846 0.0615333507375 0.00324218914723 0.0254482233145 0.0059168664332 0.00370089839413 0.0385241730116 0.0598887573744 0.0382721243517 0.0572646185808 0.040945835934 0.0374425848926 0.0320449451368 0.0107894852896 0.0593412033891 0.760035834044 2 3106543 0.0607753152144 R1 T 0.00503839798773 0.00147141050357 0.000839196495912 0.0123037086562 0.015428403856 0.0100214289646 0.971556163877 0.980346964455 0.968395737641 0.00979609810648 0.00100079091131 0.00120552009098 0.00794323465022 0.000989524368406 0.00111892866122 0.00188376597395 0.00597995907348 0.00127376315087 0.0016693797575 0.000902611037414 0.00168772812738 0.00110186789624 0.00250567914238 0.0107228517358 0.0153212107478 0.95488264608 0.0181571605479 0.840851390114 0.00659994083455 0.0206844070724 0.885608536563 0.0443711868788 0.00325764040607 0.0478976148085 0.0062674168682 0.0707097889841 0.0411917684706 0.8393246126 0.074510154857 0.0355253411912 0.00523218252572 0.0316345210737 0.0659775190622 0.822218459555 0.0651795259232 0.0382022717857 0.0121276286856 0.0864356295728 0.024987260759 2 3106543 0.0607753152144 R1 N 0.00206821537638 4.86070851104e-05 1.60950612948e-05 4.18471593665e-06 6.43802451793e-07 0.000164491526433 9.335135551e-06 3.21901225896e-07 0.0 0.0 2.25330858128e-06 1.57731600689e-05 1.60950612948e-06 1.67388637466e-05 9.65703677689e-07 1.93140735538e-06 0.0 3.21901225896e-07 0.0 0.0 2.89711103307e-05 8.6913330992e-06 0.000119747256033 2.86492091048e-05 0.0 2.25330858128e-06 2.12454809092e-05 1.12665429064e-05 6.18050353721e-05 7.21058746008e-05 0.000107515009449 0.00024400112923 0.000305806164602 0.000297114831502 0.000134554712425 0.000241104018196 0.000258164783169 0.000345078114161 0.000380809150235 0.000289711103307 0.000317394608734 0.000165457230111 0.000340893398224 7.21058746008e-05 0.00015064977372 0.000263637104009 0.000160628711722 0.000178333279147 0.000177689476695 2 3106543 0.0607753152144 R2 A 0.250692811913 0.254383409468 0.255493002994 0.231396442927 0.237525442268 0.228713396209 0.240543588162 0.215702148658 0.221465790108 0.221007080861 2 3106543 0.0607753152144 R2 C 0.109552322308 0.113721265085 0.107270364518 0.108532539224 0.106552846685 0.105961192232 0.121613639341 0.110693462154 0.110578543416 0.138438128814 2 3106543 0.0607753152144 R2 G 0.339554289125 0.340704442205 0.343480840278 0.357928733 0.355753002614 0.37634373643 0.349571855274 0.388896596635 0.333184185765 0.276101119476 2 3106543 0.0607753152144 R2 T 0.29617423612 0.288970408586 0.292727317793 0.301859977473 0.300091130237 0.288944012685 0.288221666335 0.284480530287 0.334410307535 0.363813731212 2 3106543 0.0607753152144 R2 N 0.00402634053351 0.00222047465623 0.00102847441674 0.000282307375111 7.7578195441e-05 3.76624434299e-05 4.92508875622e-05 0.000227262265483 0.000361173175456 0.000639939637082 3 4283005 0.0837912042228 R1 A 0.98163859253 0.9796173481 0.0526431792632 0.021153138976 0.0282850475309 0.0335407033146 0.0479936399794 0.0463784188905 0.0490774584667 0.0219514102832 0.0393275282191 0.0473980301214 0.0177569253363 0.0404076110114 0.049031462723 0.978077774833 0.0338535677638 0.983406510149 0.980272495596 0.0467298076934 0.979622718162 0.0511771524899 0.977818610999 0.0432719550876 0.0442201211533 0.0573403486571 0.180638593698 0.0692408717711 0.0604110898773 0.0420566868355 0.128235899795 0.0977731756092 0.839639225264 0.869825041063 0.818557064491 0.889996859681 0.131146239614 0.148562516271 0.80843566608 0.127942414263 0.147875381887 0.131590320348 0.106843676344 0.142276509133 0.824696212122 0.857858209365 0.882418068622 0.789045775104 0.0841817835842 3 4283005 0.0837912042228 R1 C 0.00792177454848 0.0140919751436 0.940309899241 0.0330128029269 0.0227938094866 0.0122418722369 0.00287578464186 0.00215619640883 0.00467732351468 0.0292161694885 0.953907828732 0.943609918737 0.0248199570162 0.954414482355 0.946194786137 0.00912256698276 0.0207622918955 0.00970066577088 0.0135243829975 0.949384602633 0.0148647970292 0.944933755623 0.00893228002302 0.0165834501711 0.173566923223 0.00789982734085 0.0234998558255 0.0140233317496 0.916757510206 0.103294065732 0.00603968475405 0.0645836276166 0.148454414599 0.0373107199268 0.0931806056729 0.0207109260904 0.789557098346 0.0513207432632 0.0877890639866 0.776773550346 0.768515329774 0.781804363992 0.746730157915 0.0242413912662 0.0462917974646 0.051073486956 0.0920526592894 0.031955367785 0.182339502289 3 4283005 0.0837912042228 R1 G 0.00595516465659 0.00350571619692 0.00537473105915 0.91395340421 0.91070218223 0.934546889392 0.00685056403156 0.00589189132397 0.00908754484293 0.917232410422 0.0051727700528 0.00676697785784 0.931927700295 0.00348470291302 0.00277445391728 0.00908147433869 0.923809801763 0.00451808951892 0.00298575416092 0.00237613544696 0.00258043126263 0.00225659320967 0.00948212761834 0.914765917854 0.758361477514 0.0147989554063 0.767220678005 0.127645893479 0.0162965021054 0.821806885586 0.0230529733213 0.776488703609 0.00634531129429 0.0295386066558 0.0774138718026 0.0057819218049 0.0396700447466 0.0120824047602 0.00596964047439 0.0497795356298 0.0764304501162 0.0474496294074 0.0795768391585 0.0564554559241 0.0519595470937 0.0396466966534 0.0112227279679 0.0746116336544 0.692604374732 3 4283005 0.0837912042228 R1 T 0.00372355390666 0.00275670936644 0.00166191727537 0.0318787860392 0.0382161589818 0.0195220411837 0.942277676538 0.945573259896 0.937157673176 0.0316000098062 0.00159000514825 0.00221386619908 0.0254935495055 0.00169016846817 0.00199906374146 0.00371771688336 0.0215743385777 0.00237473456137 0.00321713376473 0.00150945422665 0.00292528259948 0.00161825634105 0.00370043929437 0.0253663023975 0.0238510111475 0.919959701191 0.028621960516 0.789070757564 0.00646368612691 0.0327580752299 0.842578049757 0.0609929243603 0.00534741379008 0.0631063937586 0.0107172417497 0.0832912873088 0.0393728235199 0.787750189411 0.097505139499 0.0452502390261 0.00692784622012 0.0389962187763 0.0666209822309 0.776949594969 0.0768971784997 0.0511960644454 0.0141272307644 0.104199738268 0.0407104357805 3 4283005 0.0837912042228 R1 N 0.000760914358027 2.82511927957e-05 1.02731610166e-05 1.86784745757e-06 2.80177118635e-06 0.000148493872877 2.33480932196e-06 2.33480932196e-07 0.0 0.0 1.86784745757e-06 1.12070847454e-05 1.86784745757e-06 3.03525211855e-06 2.33480932196e-07 4.66961864392e-07 0.0 0.0 2.33480932196e-07 0.0 6.77094703368e-06 1.4242336864e-05 6.65420656759e-05 1.23744894064e-05 4.66961864392e-07 1.16740466098e-06 1.89119555079e-05 1.91454364401e-05 7.12116843198e-05 8.42866165227e-05 9.33923728784e-05 0.00016156880508 0.000213635052959 0.000219238595332 0.000131216283894 0.0002190051144 0.000253793773297 0.000284146294482 0.000300489959736 0.000254260735161 0.000250992002111 0.00015946747669 0.000228344351688 7.70487076247e-05 0.00015526481991 0.000225542580501 0.000179313355927 0.000187485188553 0.000163903614402 3 4283005 0.0837912042228 R2 A 0.23681550687 0.243046645988 0.232859639435 0.222809219228 0.227925486895 0.232694568416 0.233453381446 0.21128833611 0.217533484084 0.224185589323 3 4283005 0.0837912042228 R2 C 0.0954000754143 0.0974453683804 0.090263728387 0.0910876825967 0.0876232925248 0.0907750516285 0.0990461136515 0.0907752851094 0.0973848968189 0.117366428477 3 4283005 0.0837912042228 R2 G 0.401494277966 0.411311217241 0.423042233198 0.420549590766 0.428004870412 0.428804075643 0.411715839697 0.456687769452 0.404020541652 0.355002153862 3 4283005 0.0837912042228 R2 T 0.264467587593 0.247153809066 0.253308833401 0.265343841532 0.256382142911 0.247679141164 0.255737268577 0.24111856045 0.280826429108 0.303041439363 3 4283005 0.0837912042228 R2 N 0.00182255215672 0.00104295932412 0.000525565578373 0.000209665877112 6.42072563539e-05 4.71631483036e-05 4.73966292358e-05 0.000130048879233 0.000234648336857 0.000404388974563