#NaNs Total_Count Fraction Read1/2 Base 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 0 160242677 0.48780697014 R1 A 0.19478031436 0.219271455381 0.256723531897 0.189964019385 0.367276633802 0.445894635173 0.305816496064 0.402346910368 0.130032419516 0.3255196991 0.221838742746 0.28781317726 0.217986198521 0.215784300708 0.298593270506 0.28807095503 0.324379528432 0.295893490347 0.317531153077 0.292893453097 0.278163051407 0.329216710477 0.281700323816 0.32857914 0.323361297815 0.295635700095 0.353679962548 0.28820491435 0.322078637016 0.291578728431 0.299891332944 0.290475314513 0.32832824554 0.290728630301 0.321600256341 0.340924534105 0.293006706322 0.324572242387 0.333662798207 0.290165010161 0.328041461764 0.291314192161 0.290214110689 0.293558831397 0.302387272275 0.303375822909 0.312859657231 0.318861853512 0.313432862832 0 160242677 0.48780697014 R1 C 0.307872608743 0.23157989928 0.261690835332 0.297425959752 0.119482021634 0.109759318362 0.205699097251 0.175633810711 0.440405604307 0.207301560495 0.202127545585 0.221365454348 0.223166990651 0.334393546109 0.248094107914 0.240497036879 0.237418918058 0.194770884912 0.230107900656 0.227565887457 0.277845089919 0.228112102745 0.282728788911 0.199924911389 0.23697563415 0.200993134931 0.207005640576 0.243814661184 0.207558383464 0.26550793332 0.203202365372 0.234381150535 0.208766669568 0.238878641549 0.210352015025 0.226005940977 0.206798666999 0.232061437666 0.200637050016 0.230681680387 0.19803590151 0.203703973318 0.202935763486 0.203452379917 0.207438459107 0.209401881123 0.21434889658 0.213648246778 0.211924823248 0 160242677 0.48780697014 R1 G 0.416604953498 0.158136056352 0.180827901421 0.116410935896 0.118430797309 0.279732458538 0.235184681794 0.222229656086 0.23813694775 0.129303618661 0.31997284968 0.186238944323 0.263295801031 0.189097564814 0.210914099993 0.241713697781 0.19016408469 0.26261781061 0.203877135677 0.237728935345 0.209265132284 0.201377364658 0.202649934512 0.234548864907 0.20278901731 0.26657869676 0.198836755579 0.233565631208 0.196039229924 0.20952635483 0.234912925225 0.240187687329 0.229727914493 0.231004116338 0.234890802529 0.200306120697 0.22825615925 0.208468103663 0.197434207867 0.208436083479 0.235532204695 0.237728954066 0.266348034113 0.239345720616 0.24179490586 0.217460190084 0.215303729605 0.211578336276 0.214867204197 0 160242677 0.48780697014 R1 T 0.080436199902 0.391006928822 0.300756970005 0.396198404748 0.394809642378 0.164545890606 0.253299724892 0.199787669548 0.191425015946 0.337875121744 0.256056356323 0.304581569116 0.295549006586 0.260724507242 0.242397679115 0.229712924729 0.248033300143 0.246714481686 0.248482325342 0.241803829825 0.234722732447 0.241290857866 0.232920303747 0.236946621904 0.236871323611 0.236787787813 0.24047278616 0.234411878928 0.274322314273 0.233386896051 0.261993232926 0.234954324933 0.233176995664 0.23938813129 0.233156227164 0.232762411976 0.271935484453 0.234898216285 0.268265463388 0.27071590298 0.238382675047 0.267250658824 0.240499607979 0.263632390515 0.248371006683 0.269745087946 0.257475266717 0.25588933465 0.259752687482 0 160242677 0.48780697014 R1 N 0.000305923496273 5.66016505079e-06 7.61345243877e-07 6.8021829166e-07 9.04877543952e-07 6.76973213572e-05 0.0 1.95328738798e-06 1.24810695717e-08 0.0 4.5056661154e-06 8.54953265665e-07 2.00321166627e-06 8.11269522164e-08 8.42472196093e-07 5.38558152021e-06 4.16867723696e-06 3.33244557566e-06 1.48524727904e-06 7.89427650413e-06 3.99394226296e-06 2.96425402329e-06 6.49015617731e-07 4.61799574155e-07 2.72711370143e-06 4.68040108941e-06 4.85513606341e-06 2.914329745e-06 1.43532300075e-06 8.73674870022e-08 1.43532300075e-07 1.52269048775e-06 1.74734974004e-07 4.80521178512e-07 6.98939896018e-07 9.92245030954e-07 2.98297562765e-06 0.0 4.80521178512e-07 1.32299337461e-06 7.75698473884e-06 2.22163038377e-06 2.48373284478e-06 1.06775550186e-05 8.35607607828e-06 1.70179383611e-05 1.24498668978e-05 2.22287849073e-05 2.24222414856e-05 0 160242677 0.48780697014 R2 A 0.229516391567 0.23281858927 0.230363594088 0.210720019362 0.216039494897 0.220743354157 0.227604422759 0.22388509523 0.220909789219 0.245831614508 0 160242677 0.48780697014 R2 C 0.10800167798 0.118832868724 0.116123159875 0.122762327541 0.119720247809 0.121830465925 0.127013099014 0.114236296739 0.120210841211 0.118519550194 0 160242677 0.48780697014 R2 G 0.390232665671 0.374014701464 0.380204531905 0.389293490148 0.387688636779 0.385583641991 0.371842926713 0.390934831924 0.385727074442 0.313987153372 0 160242677 0.48780697014 R2 T 0.272096852201 0.274283441982 0.273299440698 0.277194844916 0.276362850578 0.271367764282 0.272859077361 0.270060684271 0.272068513933 0.320429769156 0 160242677 0.48780697014 R2 N 0.000152412581075 5.03985589307e-05 9.27343469181e-06 2.9318032424e-05 0.000188769936738 0.000474773645974 0.000680474153586 0.000883091837014 0.00108378119519 0.00123191276941 1 73221773 0.22289999084 R1 A 0.193839515468 0.222569330573 0.264235270566 0.203033187956 0.376960852887 0.445922307836 0.305661937468 0.400853035886 0.13033557655 0.326281733167 0.222830072689 0.282883535202 0.217608948093 0.218204235508 0.297234799272 0.289134749578 0.334638291263 0.296627124831 0.317662957984 0.296807999992 0.283954623716 0.34398368092 0.289490367845 0.330447734446 0.339345934713 0.303678715892 0.366176792796 0.299950685433 0.326173787133 0.303343405793 0.309376884387 0.299448089027 0.346893648697 0.301175457743 0.326330543785 0.357545152587 0.301564658916 0.327659465443 0.349596355718 0.297991896481 0.328802390513 0.298990738725 0.298675887021 0.302519320312 0.312571385017 0.313963621176 0.320960037392 0.327776220333 0.322827391792 1 73221773 0.22289999084 R1 C 0.310493656033 0.236370730875 0.255120864118 0.304746076007 0.121697298971 0.112519591679 0.216082981219 0.17659519116 0.447172755568 0.211073706178 0.199754641287 0.234022672464 0.221952082477 0.340241296807 0.257660805345 0.238363758277 0.233703477789 0.197862458206 0.236432324576 0.237050091644 0.275007899631 0.221433643788 0.279774910668 0.196648980352 0.230449718829 0.196773451525 0.203963375757 0.245438962534 0.204067306592 0.26320583633 0.20156687547 0.226502696131 0.206038318684 0.242947941181 0.206748544589 0.218503859501 0.203302356527 0.237267349426 0.198098726727 0.225432795789 0.197845414096 0.20238700038 0.200419689373 0.201896941228 0.20798586781 0.208225222845 0.214611984334 0.209798689251 0.212965302001 1 73221773 0.22289999084 R1 G 0.413123293259 0.160858109787 0.181349036713 0.114434390984 0.116756145744 0.279282721002 0.237304988504 0.222897416046 0.236620315108 0.130461987038 0.319235017704 0.187240658595 0.267165491882 0.189134016189 0.213063892894 0.249317235189 0.190589607821 0.264921227734 0.205020902731 0.231609851895 0.212014300719 0.200366549442 0.203502720427 0.240153089437 0.201305614383 0.267183628564 0.198298517027 0.226754929849 0.196240700153 0.206646921811 0.239445321817 0.244282885638 0.220651977384 0.222322450455 0.239025310136 0.198710129568 0.221979150928 0.20699278888 0.196004950604 0.204675418062 0.240856718943 0.242898229192 0.267364189611 0.233783167201 0.235190057471 0.215597743037 0.213976804413 0.210565360115 0.212268746893 1 73221773 0.22289999084 R1 T 0.0821155068179 0.380193579852 0.299293681403 0.377785279796 0.384584172798 0.162189080016 0.240950092809 0.199651420623 0.185871270831 0.332182573618 0.258171746265 0.295851904597 0.293270076921 0.25242009641 0.232039095803 0.223173795587 0.241062231585 0.240585733973 0.240880974024 0.234519819672 0.229017398964 0.234211810195 0.227230894832 0.232749635822 0.228894307162 0.232356733563 0.23155056625 0.227850601214 0.273515461036 0.226803617552 0.249610481298 0.229764157718 0.226415481635 0.233553385821 0.227892897376 0.22523930143 0.273147933744 0.228080341622 0.256298888037 0.271896407097 0.23248381325 0.255720398904 0.233535877368 0.261780440635 0.244239551533 0.26218257512 0.250431971922 0.25182870128 0.251901917207 1 73221773 0.22289999084 R1 N 0.000428028422639 8.2489125195e-06 1.14719975437e-06 1.06525691477e-06 1.52959967249e-06 8.62994672363e-05 0.0 2.93628508559e-06 8.19428395977e-08 0.0 8.52205531816e-06 1.22914259397e-06 3.40062784331e-06 3.55085638257e-07 1.40668541309e-06 1.04613691886e-05 6.39154148862e-06 3.45525640304e-06 2.84068510605e-06 1.22367973799e-05 5.77697019164e-06 4.31565621881e-06 1.10622833457e-06 5.59942737251e-07 4.42491333828e-06 7.47045554333e-06 1.07481691272e-05 4.82097039633e-06 2.74508512652e-06 2.18514238927e-07 4.37028477855e-07 2.17148524934e-06 5.73599877184e-07 7.64799836245e-07 2.70411370672e-06 1.55691395236e-06 5.89988445104e-06 5.46285597318e-08 1.0789140547e-06 3.4825706829e-06 1.16631975027e-05 3.63279922217e-06 4.35662763861e-06 2.01306242612e-05 1.31381686155e-05 3.08378219686e-05 1.92019387457e-05 3.10290219277e-05 3.66421064401e-05 1 73221773 0.22289999084 R2 A 0.221629036489 0.225905742545 0.222983305799 0.202305863312 0.20584571204 0.208708945084 0.21503412653 0.210100197929 0.203383848681 0.218417792205 1 73221773 0.22289999084 R2 C 0.108121719478 0.118521972966 0.115182570081 0.122468381092 0.121181318568 0.122090173916 0.126373148599 0.111679254202 0.113647302695 0.109020181743 1 73221773 0.22289999084 R2 G 0.399223698121 0.382225134046 0.389757019405 0.398880316651 0.397517375057 0.396632283133 0.385925850225 0.408107626675 0.409897982121 0.337989302717 1 73221773 0.22289999084 R2 T 0.270698962725 0.27322411327 0.27204991335 0.276299004669 0.275159289027 0.27183694391 0.271612283958 0.268741348287 0.271393032234 0.332651710032 1 73221773 0.22289999084 R2 N 0.000326583187217 0.000123037173656 2.71913656065e-05 4.6434275772e-05 0.000296305307985 0.000731653957628 0.00105459068848 0.00137157290633 0.00167783426932 0.00192101330297 2 25075641 0.0763346736933 R1 A 0.194742937977 0.227441244672 0.27652042873 0.226031111229 0.383172577722 0.453947717628 0.305700021786 0.409943538432 0.135749750126 0.340628859697 0.220752641976 0.285592180874 0.215560112701 0.223714201364 0.292913748446 0.284408641837 0.353752592008 0.292230854637 0.321516925529 0.29834850483 0.281504907492 0.365012802664 0.28606092263 0.331429413908 0.353505659137 0.299629189938 0.379712327194 0.303241859301 0.324562391047 0.305288307485 0.312972019339 0.295511927292 0.363582211119 0.304913521453 0.324745716371 0.375238702771 0.299356654532 0.324930118436 0.364617478772 0.29749536612 0.328762124167 0.299407899483 0.299942960581 0.303306982262 0.31848908668 0.320972054114 0.326657133112 0.337695335485 0.331893729058 2 25075641 0.0763346736933 R1 C 0.323712043892 0.234517713824 0.246014488722 0.305867554891 0.121574798427 0.115856779095 0.233410424084 0.17277460624 0.458112755722 0.209490796267 0.202623932924 0.250695206555 0.218346043477 0.353036558467 0.274941924715 0.242381161861 0.232265528127 0.201494270874 0.246269118305 0.253590207325 0.285292088844 0.218919667896 0.295410155218 0.191439333495 0.233060722157 0.192701195555 0.201321553455 0.255873538786 0.203492584696 0.274803702924 0.199012180785 0.22219356227 0.204381933846 0.251787142749 0.204197731177 0.213030645956 0.198813501916 0.247653848609 0.191384938076 0.221990496674 0.194307854383 0.199310677641 0.195510017072 0.199280887775 0.206777764923 0.206945258149 0.21616815299 0.205267653975 0.21319706244 2 25075641 0.0763346736933 R1 G 0.395918293774 0.161199109526 0.179470506856 0.112718554234 0.113846222316 0.270432927318 0.230627962811 0.21878240321 0.229569525262 0.130344903247 0.31523908003 0.182427121205 0.268667030286 0.184183008522 0.210961865342 0.262057508321 0.185223460489 0.278805554761 0.204085789871 0.226270825938 0.214737601324 0.194107739858 0.203562732454 0.25179192827 0.196644823556 0.282029639841 0.199290977248 0.224725302137 0.194515226949 0.20499148955 0.248440907253 0.257656304778 0.216463579136 0.217866773575 0.250637860065 0.197571260491 0.220949606034 0.208817593137 0.19478624694 0.203858357998 0.252393508106 0.254515527639 0.279878588149 0.234270142885 0.236584181437 0.213984719274 0.215365980076 0.210140669983 0.212009375952 2 25075641 0.0763346736933 R1 T 0.0851892081243 0.376824105912 0.297989191981 0.355374245468 0.381405165276 0.159669298185 0.230261591319 0.198496461167 0.176567929011 0.319535440789 0.261372381268 0.281284574141 0.297423663068 0.239064955508 0.221181304996 0.211141083093 0.228751440492 0.22746557107 0.228125015827 0.221776583897 0.218461055492 0.221954724906 0.214964514766 0.2253360941 0.21678516613 0.225632676748 0.219658791574 0.216152998841 0.277425211184 0.214915622695 0.239574254552 0.224623968735 0.215559354993 0.225431445601 0.220413189039 0.214157556331 0.280873777065 0.218598360058 0.249207627434 0.276651113325 0.224522754972 0.246761428751 0.224662252901 0.263118617785 0.238129904635 0.258061199712 0.241787518014 0.246861844928 0.242854090948 2 25075641 0.0763346736933 R1 N 0.000437516233384 1.78260647455e-05 5.38371082917e-06 8.53417864772e-06 1.23625952373e-06 9.32777750327e-05 0.0 2.99095046065e-06 3.98793394753e-08 0.0 1.19638018426e-05 9.17224807932e-07 3.15046781855e-06 1.27613886321e-06 1.15650084478e-06 1.16048877873e-05 6.97888440818e-06 3.74865791068e-06 3.15046781855e-06 1.38780101374e-05 4.34684800281e-06 5.06467611336e-06 1.67493225796e-06 3.2302264975e-06 3.62901989225e-06 7.29791912398e-06 1.63505291849e-05 6.3009356371e-06 4.58612403966e-06 8.77345468457e-07 6.38069431605e-07 1.42369241927e-05 1.292090599e-05 1.11662150531e-06 5.50334884759e-06 1.83444961586e-06 6.460452995e-06 7.97586789506e-08 3.7087785712e-06 4.66588271861e-06 1.3758372119e-05 4.46648602123e-06 6.18129761867e-06 2.33692929325e-05 1.90623242692e-05 3.67687509962e-05 2.12158086009e-05 3.44956286461e-05 4.57416023782e-05 2 25075641 0.0763346736933 R2 A 0.216702576018 0.221552581647 0.218790737992 0.199178996062 0.203130480294 0.206042748817 0.21212482664 0.207486221389 0.201494948823 0.217675990815 2 25075641 0.0763346736933 R2 C 0.106103130125 0.115748506688 0.112241078902 0.119269294053 0.117928710177 0.118522234387 0.122619278207 0.108862301865 0.110867554692 0.105905847033 2 25075641 0.0763346736933 R2 G 0.418385396409 0.402153268983 0.409533419305 0.417925747142 0.416520159943 0.415784705165 0.405186970096 0.425719206939 0.425766144921 0.355845260346 2 25075641 0.0763346736933 R2 T 0.258043293888 0.260228442415 0.259352213569 0.263578426569 0.262069950674 0.25878401274 0.258801838804 0.256257576825 0.25981640908 0.318201795918 2 25075641 0.0763346736933 R2 N 0.000765603559247 0.000317200266187 8.25502327139e-05 4.75361726546e-05 0.000350698911346 0.000866298891422 0.00126708625315 0.00167469298193 0.00205494248382 0.00237110588718 3 69955988 0.212958365326 R1 A 0.264027719829 0.257794915283 0.240132481583 0.257614458965 0.27816896818 0.343243283191 0.26321895418 0.351257750802 0.120726534518 0.25104325594 0.198270303895 0.302229696191 0.171055850144 0.1859827782 0.254456116037 0.20056228782 0.321637284288 0.335475327716 0.374657720509 0.244530704076 0.244483488676 0.281890651019 0.253325991193 0.261441693883 0.247532791617 0.294603415507 0.26015612845 0.273702259769 0.310675892391 0.23170534022 0.223476194775 0.205502093688 0.272970013661 0.261286196115 0.283146998081 0.31690925443 0.318066982343 0.233802058517 0.320642744693 0.219331260106 0.206098897495 0.190570748568 0.28884721062 0.247006189091 0.335275344835 0.236762877254 0.210308658638 0.203162436931 0.248955200232 3 69955988 0.212958365326 R1 C 0.285703248162 0.191832113071 0.320473852789 0.301870513215 0.131353630514 0.156492150465 0.247260634787 0.135974464402 0.389682209906 0.334437946899 0.215611792946 0.287749120204 0.202849926156 0.388614510026 0.26578438146 0.268644994336 0.283048364637 0.259821217878 0.231252827135 0.294273150713 0.248135985157 0.298801140511 0.266995400022 0.206887321783 0.235176508407 0.209409135927 0.282920298402 0.293934080382 0.228340724743 0.24996665046 0.200963054085 0.287904889571 0.219491903967 0.298836891561 0.231088023516 0.215228194619 0.176707975306 0.255271300007 0.224696576367 0.322420176526 0.21299198862 0.26217046638 0.190306854075 0.226735972909 0.189213523794 0.256984620101 0.269316287835 0.252193722144 0.295111349153 3 69955988 0.212958365326 R1 G 0.36170080251 0.216336577221 0.135803914313 0.218864881159 0.131700405689 0.39853254592 0.287809643972 0.402470421832 0.299457267332 0.159572787393 0.419422237307 0.182834813226 0.398514134344 0.2444518545 0.267671024816 0.348914091529 0.17641421918 0.254354480706 0.232741191505 0.28882711227 0.285128686911 0.223662511921 0.273290457995 0.340416949011 0.367125770563 0.291328599347 0.273154572558 0.243776244001 0.239505001345 0.26845843418 0.351423941007 0.31272956934 0.269321248097 0.209204750278 0.269473972693 0.232440330912 0.303408108538 0.304297682137 0.181296260157 0.269045203107 0.327440147082 0.256955844866 0.343132499251 0.270318375033 0.321011219225 0.167027531653 0.287059486602 0.319323615299 0.247428597535 3 69955988 0.212958365326 R1 T 0.0882112193169 0.334027059985 0.303588379025 0.221648388412 0.458775837745 0.101657430669 0.201710767061 0.110295247349 0.190133973949 0.254946009768 0.166689118879 0.227185326866 0.227577544899 0.180950571379 0.212087462763 0.181870678461 0.218895014391 0.150345199899 0.16134670273 0.172358497746 0.222247250657 0.195642423062 0.20638696433 0.191252620147 0.150161141316 0.204652874033 0.183759580381 0.188582970195 0.221475794181 0.249868703162 0.224136166871 0.193859058927 0.238214818723 0.230671390132 0.216287303383 0.235421105053 0.201812373803 0.20662893075 0.273362631945 0.189200744331 0.253458388723 0.290299552341 0.177709733726 0.255923281364 0.154487604406 0.339201041661 0.233299828458 0.225292937039 0.208474319596 3 69955988 0.212958365326 R1 N 0.000357010181888 9.33444039129e-06 1.37229138984e-06 1.75824834323e-06 1.15787086018e-06 7.45897549185e-05 0.0 2.11561589267e-06 1.42947019775e-08 0.0 6.54697350568e-06 1.04351324436e-06 2.54445695199e-06 2.8589403955e-07 1.0149238404e-06 7.94785429948e-06 5.11750330794e-06 3.77380132205e-06 1.55812251555e-06 1.05351953574e-05 4.58859933477e-06 3.27348675284e-06 1.18646026413e-06 1.41517549577e-06 3.78809602403e-06 5.97518542659e-06 9.42020860316e-06 4.445652315e-06 2.58734105792e-06 8.71976820626e-07 6.43261588986e-07 4.38847350709e-06 2.01555297882e-06 7.71913906784e-07 3.70232781217e-06 1.11498675424e-06 4.56000993082e-06 2.8589403955e-08 1.78683774718e-06 2.61593046188e-06 1.05780794633e-05 3.38784436866e-06 3.70232781217e-06 1.61816026385e-05 1.23077384026e-05 2.39293311103e-05 1.57384668772e-05 2.7288586075e-05 3.05334834239e-05 3 69955988 0.212958365326 R2 A 0.0523497288038 0.0538100755578 0.0528273290915 0.04842516126 0.0494478471235 0.0500885213715 0.0516407544698 0.0504238321958 0.0492051373787 0.0531333357768 3 69955988 0.212958365326 R2 C 0.0248269955104 0.0270484064924 0.026157760791 0.0277336230317 0.0273746544756 0.0277352812171 0.0288441355442 0.0259352780494 0.0269906844858 0.0254468709669 3 69955988 0.212958365326 R2 G 0.860267687164 0.856727489861 0.859047377045 0.86090005619 0.860493672107 0.859826309651 0.856880957782 0.861298563891 0.860328082279 0.844598621064 3 69955988 0.212958365326 R2 T 0.0622237941947 0.0622882061218 0.0619402016022 0.0629025209393 0.0624286372741 0.0617198058871 0.0617240371189 0.0611522490398 0.0620098310955 0.0751451040903 3 69955988 0.212958365326 R2 N 0.000331794327599 0.000125821966806 2.73314701809e-05 3.86385794451e-05 0.000255189019702 0.000630081873763 0.000910115085502 0.00119007682373 0.00146626476064 0.00167606810156