#NaNs Total_Count Fraction Read1/2 Base 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 0 2037894 0.452086137759 R1 A 0.0187988187806 0.0143226291456 0.0178311531414 0.00537172198358 0.0407474579149 0.0107478602911 0.0161480430287 0.930997392406 0.925177658897 0.936011882856 0.0108170493657 0.0185225531848 0.938618495368 0.0186663290632 0.0572934607983 0.915720346593 0.90352589487 0.897156083682 0.0489201106633 0.890384877722 0.0668582369839 0.0636038969642 0.0741255433305 0.0529497608806 0.0690202728896 0.0625287674433 0.410622927395 0.889885342417 0.406464713081 0.0695806553236 0.0679456340713 0.402216700182 0.0621533799108 0.0870388744459 0.377900420728 0.407451025421 0.393687797304 0.067083960206 0.0664799052355 0.0692248958974 0.369741016952 0.364685798182 0.0657173533069 0.0722726500986 0.0687464608071 0.0657409070344 0.100527309075 0.0660078492797 0.848963194357 0 2037894 0.452086137759 R1 C 0.930541529638 0.0114814607629 0.0221282363067 0.0274312599183 0.00774328792371 0.0160940657365 0.024492441707 0.00738262147099 0.0340027498977 0.012087478544 0.0198651156537 0.0105947610622 0.0130605419124 0.90408922152 0.0186908641961 0.0110236351842 0.0176353627814 0.0209564383623 0.867477405596 0.0226174668555 0.846408105623 0.843815232784 0.0272708001496 0.0154134611516 0.351154672422 0.0371800496002 0.50829483771 0.0335331474552 0.017787480605 0.0191683178811 0.0331822950556 0.0213647029728 0.0393455204245 0.34777618463 0.0207601572996 0.0213794240525 0.034828602469 0.0285014824127 0.0448752486636 0.0407288112139 0.0277899635604 0.0294171335702 0.0273228146312 0.0277404025921 0.0257918223421 0.0291609867834 0.0395501434324 0.807211268103 0.033064526418 0 2037894 0.452086137759 R1 G 0.0290736417105 0.0159625574245 0.0210369135981 0.931279546434 0.0128215697185 0.938312787613 0.936367642282 0.0395153035438 0.0212680345494 0.0111261920394 0.950296727897 0.935428928099 0.0154458475269 0.0370524669095 0.902757454509 0.0374013564984 0.0336165669068 0.0503456018812 0.0421101391927 0.0529895077958 0.0651535359543 0.0455833325973 0.860774407305 0.879072709375 0.0618265719414 0.551900147898 0.041502158601 0.0458326095469 0.0420517455766 0.377252693222 0.523952668785 0.0541470753631 0.057586900987 0.532542418791 0.539492731222 0.0604845001752 0.533525296213 0.852104182062 0.359688973028 0.354170040247 0.549027083842 0.0705532279893 0.549957946782 0.853925670324 0.0529394561248 0.0526558299892 0.0332264582947 0.0541240123382 0.0586041275945 0 2037894 0.452086137759 R1 T 0.021586009871 0.958233352667 0.939003696954 0.0359174716644 0.938687684443 0.034732915451 0.022988438064 0.0221046825792 0.0195466496295 0.0407739558584 0.0190186535708 0.0354483599245 0.0328731523818 0.0401865847782 0.0212434994166 0.0358468104818 0.0452211940366 0.0315364783448 0.0414923445479 0.0339585866586 0.0215791400338 0.0469965562488 0.0378263049992 0.0525616150791 0.517994557126 0.348382693114 0.0395712436466 0.0307415400408 0.533693607224 0.53399391725 0.374913513657 0.522257291105 0.840907819543 0.0326390872145 0.0618393302105 0.510682106135 0.0379558505006 0.0523064496976 0.528950966046 0.535870854912 0.0534385007267 0.535342368151 0.35700188528 0.046061276985 0.852521770023 0.85244178549 0.826696089198 0.0726563795762 0.0593647167124 0 2037894 0.452086137759 R1 N 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.000112370908399 3.43491859734e-06 0.0 4.90702656762e-06 4.90702656762e-07 2.45351328381e-06 5.39772922439e-06 1.96281062705e-06 5.39772922439e-06 1.47210797029e-05 7.8512425082e-06 9.81405313525e-07 5.39772922439e-06 0.0 4.9560968333e-05 9.81405313525e-07 9.81405313525e-07 2.94421594057e-06 2.45351328381e-06 3.9256212541e-06 8.34194516496e-06 8.83264782172e-06 7.36053985143e-06 2.45351328381e-06 4.41632391086e-06 5.88843188115e-06 1.42303770461e-05 6.37913453791e-06 3.43491859734e-06 7.36053985143e-06 2.94421594057e-06 2.45351328381e-06 3.9256212541e-06 4.90702656762e-06 5.39772922439e-06 3.43491859734e-06 1.47210797029e-06 0.0 0.0 4.90702656762e-07 4.90702656762e-07 0.0 4.90702656762e-07 3.43491859734e-06 0 2037894 0.452086137759 R2 A 0.275661540787 0.256172303368 0.2571571436 0.271863992926 0.267300948921 0.2495659735 0.271010661006 0.250848670245 0.274290026861 0.297628335919 0 2037894 0.452086137759 R2 C 0.134701804903 0.197162364676 0.158360052093 0.161960828188 0.151768934007 0.161995668077 0.162867646698 0.182350995685 0.161926479002 0.159494065933 0 2037894 0.452086137759 R2 G 0.298606797017 0.278075797858 0.288311364575 0.308459124959 0.296070354984 0.293180116336 0.30973004484 0.330323853939 0.305798044452 0.245976974269 0 2037894 0.452086137759 R2 T 0.288892847224 0.266744001405 0.294641428848 0.25651432312 0.283950490065 0.294509920536 0.255843041885 0.236055457251 0.257617422692 0.296640060769 0 2037894 0.452086137759 R2 N 0.0021370100702 0.00184553269208 0.00153001088378 0.00120173080641 0.000909272022981 0.000748321551563 0.00054860557026 0.000421022879502 0.000368026992572 0.000260563110741 1 699459 0.15516789285 R1 A 0.0226060426701 0.0319647041499 0.0328911344339 0.00783748582833 0.0555400673949 0.0198267518182 0.0224487782701 0.904669180038 0.896807389711 0.915567602962 0.0129571568884 0.0242044208453 0.915586188754 0.0220613359754 0.0678267060685 0.887471603053 0.874411509467 0.865467454132 0.0600378292366 0.867742069228 0.0740172047254 0.0734767870597 0.0831742818378 0.0617448628154 0.0938997139218 0.0687717221453 0.420853831318 0.866599757813 0.406426967127 0.0817703396482 0.0787723083126 0.402167961239 0.0735068102634 0.104742379468 0.372929649915 0.407313366473 0.400689675878 0.0787751676653 0.0797930972366 0.0891560477455 0.366560441713 0.358334083913 0.0738585106489 0.079825979793 0.0845853724092 0.0812256329535 0.111922214168 0.0819018698737 0.82179370056 1 699459 0.15516789285 R1 C 0.897201980388 0.0218526032262 0.0251594446565 0.0332585612595 0.00791754770473 0.0167029089625 0.0416193086371 0.0117390726261 0.0416093009026 0.0145398086235 0.0227976193029 0.0120478827208 0.0167500882825 0.873883958888 0.0260115317696 0.0155291446675 0.0215480821606 0.0241257886452 0.839676092523 0.03218487431 0.825939762016 0.811031096891 0.0418251820335 0.020360021102 0.34092777418 0.0408787362805 0.483203447236 0.0355145905621 0.0214165519351 0.0226403549029 0.0437337999797 0.029974594651 0.0519858919536 0.346549261644 0.023064968783 0.0327982054702 0.0372073273773 0.0308810094659 0.0536829177979 0.0461856949442 0.0358248303332 0.0320976640518 0.0369299701627 0.0440583365144 0.0326838313611 0.0335973945578 0.0550239542275 0.77424981307 0.0362623113006 1 699459 0.15516789285 R1 G 0.0483859668687 0.0242830530453 0.0287264871851 0.901503876567 0.0220298830954 0.913377338772 0.911318604807 0.0550453993729 0.0364724737261 0.0133646146522 0.925020623082 0.915377456005 0.029558558829 0.0512496086261 0.877472446562 0.046172827857 0.03969925328 0.0656149967332 0.0506548632586 0.0596117856801 0.0740986962781 0.057350037672 0.830327438778 0.847923895468 0.0710134546843 0.54608919179 0.0489492593562 0.0603523580367 0.059544590891 0.380016555652 0.502840052097 0.0674564198902 0.0673606315738 0.510340134304 0.526568390713 0.0683185147378 0.517131097034 0.825952629103 0.358532808928 0.347181178597 0.529163253314 0.0886470829598 0.530720170875 0.824700232608 0.056176273377 0.0615661532699 0.0384139742287 0.060302319364 0.0692778275782 1 699459 0.15516789285 R1 T 0.0318060100735 0.921899639579 0.913222933724 0.0574000763447 0.914512501805 0.0499414547529 0.0246104489327 0.0285463479632 0.0251036872783 0.0565265440862 0.039220311698 0.048355943665 0.0381037344576 0.0527950887758 0.0286650111014 0.0508149870114 0.0643397254164 0.0447846121074 0.0496254962764 0.0404169508148 0.0259400479513 0.0581406487014 0.0446673786455 0.0699683612621 0.494156197861 0.344226037552 0.0469734466209 0.0375118484429 0.512603311988 0.51555559368 0.374640972523 0.500365282311 0.807136658475 0.0383639355559 0.0774184047957 0.491567053966 0.044967610682 0.0643811860309 0.507981168303 0.517452774216 0.0684357481997 0.520904012959 0.358485629608 0.0514068730262 0.8265516635 0.823607959866 0.794635568346 0.0835374196343 0.0726561528267 1 699459 0.15516789285 R1 N 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.000151545694601 2.85935272832e-06 0.0 7.14838182081e-06 1.42967636416e-06 4.28902909248e-06 1.42967636416e-05 1.42967636416e-06 1.00077345491e-05 2.43044981907e-05 1.14374109133e-05 1.42967636416e-06 7.14838182081e-06 5.71870545665e-06 4.4319967289e-05 4.28902909248e-06 1.42967636416e-06 5.71870545665e-06 2.85935272832e-06 2.85935272832e-06 3.43122327399e-05 2.00154690983e-05 2.14451454624e-05 8.57805818497e-06 1.71561163699e-05 1.28670872775e-05 3.5741909104e-05 1.00077345491e-05 4.28902909248e-06 1.85857927341e-05 2.85935272832e-06 4.28902909248e-06 1.00077345491e-05 1.00077345491e-05 2.43044981907e-05 1.57264400058e-05 1.71561163699e-05 5.71870545665e-06 8.57805818497e-06 2.85935272832e-06 2.85935272832e-06 4.28902909248e-06 8.57805818497e-06 1.00077345491e-05 1 699459 0.15516789285 R2 A 0.278791180041 0.247275394269 0.26568533681 0.273431323351 0.261093216329 0.25344444778 0.261259058787 0.251502947278 0.265686766487 0.299155490172 1 699459 0.15516789285 R2 C 0.138298313411 0.208192331502 0.160256712688 0.163207564704 0.152892449736 0.159183025738 0.159787778841 0.169073526826 0.164527155988 0.154324985453 1 699459 0.15516789285 R2 G 0.295299653018 0.274393495544 0.289447987659 0.307429027291 0.306119443742 0.299803133565 0.318774938917 0.34811189791 0.313163459188 0.253274316293 1 699459 0.15516789285 R2 T 0.284461276501 0.267483869676 0.282388245773 0.254136411141 0.278609611142 0.286507143378 0.259413346601 0.230709734237 0.256107934847 0.292886359315 1 699459 0.15516789285 R2 N 0.00314957703025 0.00265490900825 0.00222171706991 0.00179567351339 0.00128527905138 0.00106224953857 0.000764876854826 0.000601893749312 0.000514683491098 0.000358848767405 2 212921 0.0472343667226 R1 A 0.0296166183702 0.0572982467676 0.0495160176779 0.0192043058223 0.0643149337078 0.0218578721686 0.0298749301384 0.906787024295 0.903184749273 0.91861770328 0.0172129569183 0.0283908116156 0.906265704181 0.0376524626505 0.0654421123327 0.882726457231 0.878048665937 0.865438355071 0.0661137229301 0.857064357203 0.0901648968397 0.0921374594333 0.090766058773 0.0714819111314 0.107603289483 0.0779021327159 0.434269048145 0.86414679623 0.425495841181 0.0913625241287 0.096622691045 0.431056589064 0.0978531943773 0.105734051597 0.392746605549 0.430953264356 0.405098604647 0.0878635738138 0.0939597315436 0.0961953024831 0.392530562979 0.384039150671 0.0832139619859 0.0847826189056 0.103019429742 0.0929499673588 0.119387002691 0.0834863634869 0.826508423312 2 212921 0.0472343667226 R1 C 0.893345419193 0.0307719764608 0.0258969289079 0.0441994918303 0.00863230963597 0.018734648062 0.0407193278258 0.0145499974169 0.0390238633108 0.0159636672757 0.0264088558667 0.023595605882 0.019800771178 0.870167808718 0.0265309668844 0.0299876480009 0.0218813550566 0.0285974610301 0.826193752612 0.0409024943524 0.810662170476 0.797422518211 0.0396109355113 0.0249904894304 0.352882054847 0.0422363223919 0.458616106443 0.0338388416361 0.0234359222435 0.0260988817449 0.0388970557155 0.0277614702167 0.0429783816533 0.35338458865 0.0280714443385 0.0266108087037 0.0411467163878 0.0360462331099 0.0483606595874 0.0451435039287 0.0372250740885 0.0403154221519 0.038831303629 0.0470503144359 0.0344353069918 0.0323688128461 0.0426543177986 0.773329075103 0.0393103545446 2 212921 0.0472343667226 R1 G 0.0550626758281 0.0272448466802 0.0273810474307 0.889245306945 0.035891246049 0.919228258368 0.901742899949 0.0476702626796 0.0270898596193 0.0144701555976 0.925573334711 0.899793820243 0.0305277544254 0.0398645507019 0.867185481939 0.0423678265648 0.0373096124854 0.0675743585649 0.0541092705745 0.057993340253 0.06983810897 0.0592003606972 0.820994641205 0.840208340183 0.0709605910173 0.51160289497 0.0479943265343 0.0585240535222 0.0655595267728 0.379553919059 0.48647620479 0.0667477609066 0.062854298073 0.487030400947 0.497062290709 0.0663391586551 0.489148557446 0.805956199717 0.365755374059 0.354807651664 0.501481770234 0.0755256644483 0.503050427154 0.805275195965 0.0607173552632 0.0606938723752 0.0492999751081 0.0618961962418 0.06599630849 2 212921 0.0472343667226 R1 T 0.0219752866086 0.884684930091 0.897206005983 0.0473508954025 0.891161510607 0.0400148411852 0.0276534489318 0.0309927156081 0.0306968312191 0.0509390806919 0.030804852504 0.0482197622592 0.04339637706 0.0523057847746 0.0408226525331 0.0449133716261 0.0627603665209 0.0383710390239 0.0535785573053 0.0440069321485 0.029334823714 0.0512349650809 0.0486236679332 0.0633145626782 0.468554064653 0.368221077301 0.0591158223003 0.0434809154569 0.485504013226 0.502961192179 0.377975868984 0.474406000348 0.796300036164 0.0538462622287 0.0820961765162 0.476096768285 0.0646061215192 0.0701058138934 0.491910145077 0.503834755614 0.0687297166555 0.500096279841 0.374894914076 0.0628871741162 0.801823211426 0.81398734742 0.788658704402 0.0812883651683 0.0681614307654 2 212921 0.0472343667226 R1 N 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.000164380216137 9.3931552078e-06 0.0 4.6965776039e-06 9.3931552078e-06 0.0 0.0 9.3931552078e-06 9.3931552078e-06 1.87863104156e-05 4.6965776039e-06 0.0 1.87863104156e-05 4.6965776039e-06 3.28760432273e-05 0.0 4.6965776039e-06 4.6965776039e-06 4.6965776039e-06 0.0 3.75726208312e-05 4.6965776039e-06 9.3931552078e-06 4.6965776039e-06 2.34828880195e-05 2.81794656234e-05 2.81794656234e-05 1.40897328117e-05 4.6965776039e-06 2.34828880195e-05 0.0 0.0 2.81794656234e-05 1.40897328117e-05 1.87863104156e-05 3.28760432273e-05 2.34828880195e-05 9.3931552078e-06 4.6965776039e-06 4.6965776039e-06 0.0 0.0 0.0 2.34828880195e-05 2 212921 0.0472343667226 R2 A 0.271490364971 0.254662527416 0.270898596193 0.268550307391 0.268193367493 0.250280620512 0.266671676349 0.266216108322 0.263712832459 0.29858022459 2 212921 0.0472343667226 R2 C 0.127549654567 0.189342526101 0.152300618539 0.147101507132 0.153695502088 0.160853086356 0.14304836066 0.166953940663 0.175121289117 0.154893129377 2 212921 0.0472343667226 R2 G 0.31018546785 0.282931228014 0.288257147017 0.312754495799 0.294992039301 0.297241699973 0.309917762926 0.343883412158 0.300106612312 0.244903039155 2 212921 0.0472343667226 R2 T 0.287021947107 0.269917011474 0.285960520569 0.269625823662 0.281677241794 0.290436359025 0.279483940053 0.222232659061 0.260490980223 0.301186825161 2 212921 0.0472343667226 R2 N 0.00375256550552 0.00314670699461 0.00258311768215 0.00196786601603 0.0014418493244 0.00118823413379 0.000878260011929 0.000713879795793 0.000568285890072 0.000436781717163 3 1557482 0.345511602669 R1 A 0.132565898033 0.193819896474 0.197434705505 0.186892689611 0.262933375795 0.217632691742 0.195249126475 0.418818323422 0.282667151209 0.343132697521 0.0737299050647 0.08040991806 0.256451117894 0.0788606224663 0.110026953763 0.280966971047 0.308541607543 0.232658226548 0.145156733754 0.211404690391 0.138471584262 0.180734030955 0.192974300827 0.139213165866 0.135382624005 0.155935028463 0.230068790522 0.30235469816 0.243600889127 0.240330867387 0.301405730532 0.322717052268 0.225122986975 0.261240258314 0.282402621668 0.322953973144 0.294330849409 0.244684047713 0.287108294028 0.318088427346 0.263319255054 0.289916673194 0.30139866785 0.237196320728 0.233230303785 0.245366559614 0.210508371846 0.217798343737 0.370311823828 3 1557482 0.345511602669 R1 C 0.364723958287 0.22146194948 0.238477234408 0.226079659348 0.132242940849 0.126618477774 0.149399479416 0.105809248518 0.182546571967 0.131932824906 0.0851945640463 0.17862100493 0.0942669000348 0.282334563096 0.140100495543 0.0771501693117 0.0978380488506 0.139176568333 0.221673829938 0.154108362087 0.233822284945 0.183031328773 0.107151800149 0.155515119918 0.214782578547 0.172950955452 0.232968342491 0.154546248368 0.161355315824 0.229667501775 0.127308694418 0.185684970998 0.228043084928 0.222056498887 0.234176061104 0.171325254481 0.175451144861 0.216015337577 0.129827503624 0.190074106795 0.163938973292 0.166279931325 0.162150830636 0.215219180703 0.233991147249 0.14387132564 0.149145864928 0.261174125929 0.204486472396 3 1557482 0.345511602669 R1 G 0.345854398317 0.192388740287 0.193740922849 0.348629390259 0.187595105433 0.464101671801 0.422478718855 0.252454924038 0.311116276143 0.169691848766 0.233607194176 0.196395849198 0.132293021685 0.0978862035003 0.224774989374 0.112379468912 0.0608263851524 0.108573967468 0.0826025597728 0.0931734684574 0.0693972707229 0.115608398685 0.209838701186 0.211395701523 0.147973459725 0.207907378705 0.221762434494 0.211343694502 0.256098625859 0.19079963685 0.219625652174 0.135002523304 0.16560255592 0.199378869226 0.196328432688 0.163027245259 0.258300898502 0.216870564154 0.221659062512 0.17528035637 0.302578777796 0.193904648657 0.207934345309 0.246923559951 0.176556133554 0.181033231845 0.221892773079 0.174267824604 0.153994717114 3 1557482 0.345511602669 R1 T 0.156855745363 0.392329413759 0.370347137238 0.238398260782 0.417228577923 0.191555343818 0.232867538758 0.222917504023 0.223663580061 0.355242628807 0.607465768465 0.544566807193 0.5169870342 0.540910264131 0.525086646266 0.529498896295 0.532791390205 0.519582890846 0.550566234473 0.541282660089 0.558306933884 0.520623031277 0.490033913715 0.493874086506 0.501860053599 0.463186091396 0.315187591253 0.331749580412 0.338941316818 0.33919621543 0.351654144318 0.356574907447 0.381223667432 0.317319879138 0.287085179797 0.342692242992 0.271913896918 0.322416567254 0.361393582719 0.316546194434 0.270157857362 0.349892968265 0.328512945896 0.30065837037 0.356219205102 0.429726314654 0.418450421899 0.346759063668 0.271197997794 3 1557482 0.345511602669 R1 N 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 9.18148652761e-05 5.1364959595e-06 0.0 6.42061994938e-06 0.0 2.56824797975e-06 6.42061994938e-06 1.92618598481e-06 8.34680593419e-06 1.09150539139e-05 4.49443396457e-06 2.56824797975e-06 8.34680593419e-06 6.42061994938e-07 3.0818975757e-05 1.92618598481e-06 3.21030997469e-06 1.28412398988e-06 1.92618598481e-06 1.28412398988e-06 2.0545983838e-05 1.28412398988e-05 5.77855795444e-06 3.85237196963e-06 5.77855795444e-06 5.77855795444e-06 2.0545983838e-05 7.70474393926e-06 4.49443396457e-06 7.70474393926e-06 1.28412398988e-06 3.21030997469e-06 1.34833018937e-05 1.15571159089e-05 1.09150539139e-05 5.1364959595e-06 5.77855795444e-06 3.21030997469e-06 2.56824797975e-06 3.21030997469e-06 2.56824797975e-06 2.56824797975e-06 6.42061994938e-07 8.98886792913e-06 3 1557482 0.345511602669 R2 A 0.0322026193561 0.0330841704752 0.0354135713928 0.0917564376346 0.0342867525917 0.0304786828997 0.0329608945721 0.0340472634676 0.0956197246581 0.035136842673 3 1557482 0.345511602669 R2 C 0.0784246623717 0.0827958204332 0.0192714907781 0.024985842533 0.0229838932328 0.0808747709444 0.0824176459182 0.0807893766991 0.0246898519533 0.0826218216326 3 1557482 0.345511602669 R2 G 0.849891042079 0.845120521457 0.908061858821 0.847656024275 0.90458573518 0.843471064192 0.845248291794 0.848519597658 0.846666606741 0.83961483985 3 1557482 0.345511602669 R2 T 0.0371965775527 0.0370501874179 0.0356145367972 0.0343259183734 0.0372177655986 0.0444261956157 0.0388229205859 0.0362354107463 0.0326726087364 0.042360040116 3 1557482 0.345511602669 R2 N 0.00228509863998 0.00194930021663 0.00163854221108 0.00127577718394 0.000925853396701 0.000749286348093 0.000550247129662 0.000408351428781 0.000351207911231 0.000266455727899