#NaNs Total_Count Fraction Read1/2 Base 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 0 2018781 0.381672405608 R1 A 0.00653315045069 0.0253662977807 0.0263777992759 0.0429259042957 0.0455487742355 0.0558995750406 0.0376023947125 0.928081847412 0.924956694163 0.934089433178 0.0549742641723 0.0508440489583 0.916033982884 0.0596567928864 0.0524910824899 0.885897975065 0.912452613731 0.886463167624 0.0701547121753 0.875453058058 0.102347902026 0.0839407543463 0.0807611127705 0.0646489143696 0.0943618946285 0.063743912787 0.389060031772 0.88518318728 0.375647482317 0.0735978791162 0.0872665237091 0.374384343819 0.0725819194851 0.0892107662991 0.370444342403 0.369543798956 0.379240739833 0.0828891296282 0.0843746795715 0.0600223600282 0.355822647429 0.364546723988 0.0843910260697 0.0880585858496 0.0808715754705 0.0550446036494 0.068876217876 0.0679563558405 0.864600469293 0 2018781 0.381672405608 R1 C 0.930445154774 0.0526837730294 0.0454571347759 0.0301979263724 0.00684175252293 0.0251706351506 0.00720979640684 0.0329094636813 0.0258804694516 0.0298363220181 0.0116342485886 0.00579012780485 0.0456007858208 0.893647205913 0.0262197831266 0.0354411895099 0.0152844711734 0.0285325649488 0.853198539118 0.0234146249643 0.839136092523 0.829789858335 0.0408806106259 0.0401093531195 0.338841607881 0.0464047363236 0.521423076599 0.0297184290916 0.0261246762279 0.0488061855149 0.0259780530924 0.025827962518 0.0525113917755 0.323388718241 0.035932575153 0.0342969346353 0.032184273579 0.050752904847 0.0196400699234 0.0404328156447 0.0523271221594 0.0506003375304 0.0474246587421 0.0436213734922 0.0288327460978 0.0583891962526 0.0573905738166 0.815986974318 0.0528814170532 0 2018781 0.381672405608 R1 G 0.0614836378983 0.0161661913798 0.0170815952795 0.897324672661 0.0102378613629 0.909230867538 0.934035935547 0.0167690304198 0.0219147099165 0.0175105670204 0.907063718155 0.918483976221 0.0278732561878 0.0236860759042 0.884618985417 0.0383360057381 0.0428991554805 0.0412085312869 0.0374047506887 0.063333268938 0.0350508549466 0.0409019106084 0.835387790949 0.831573112685 0.0403248296868 0.539031722609 0.0340071558034 0.0335766980173 0.0491484712804 0.347738065694 0.514088947736 0.0501812727582 0.0407993734833 0.521088716409 0.528317831404 0.0483752323803 0.520829153831 0.823969514276 0.350994486277 0.364086545296 0.546514456001 0.0536581233923 0.50878525209 0.801061630756 0.0627992833299 0.0345510483802 0.0321580201121 0.0524687918105 0.0420327910754 0 2018781 0.381672405608 R1 T 0.0015380568769 0.90578373781 0.911083470669 0.0295514966705 0.937371611879 0.0095770665565 0.0211489012429 0.022239658487 0.0272446590294 0.0185631824353 0.0263257876907 0.0248734260923 0.0104860309266 0.0230059625091 0.0366533071195 0.0403208668994 0.0293632642669 0.0437927640492 0.0392419980176 0.0377609062102 0.0234651505042 0.0453635139225 0.0429655321702 0.0636631709928 0.526469191061 0.350812198054 0.0555023055993 0.0515152460817 0.549075407387 0.529852916191 0.372658549887 0.549588093013 0.83410285712 0.0663093223089 0.0652953440715 0.547780071241 0.0677433560153 0.0423780489315 0.544985810744 0.535451839501 0.0453303255777 0.531188870908 0.359398072401 0.0672584099018 0.827495404405 0.852013665673 0.84157370215 0.0635878780313 0.0404818551393 0 2018781 0.381672405608 R1 N 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.000121855713918 2.97209058338e-06 0.0 3.46743901394e-06 4.95348430563e-07 1.98139372225e-06 8.42092331957e-06 5.94418116675e-06 3.9627874445e-06 1.68418466391e-05 3.9627874445e-06 4.95348430563e-07 2.97209058338e-06 0.0 3.81418291533e-05 0.0 3.9627874445e-06 4.95348430563e-06 5.44883273619e-06 2.47674215281e-06 7.43022645844e-06 7.43022645844e-06 6.43952959732e-06 3.9627874445e-06 4.95348430563e-06 7.925574889e-06 1.83278919308e-05 4.45813587507e-06 2.47674215281e-06 9.90696861126e-06 3.9627874445e-06 2.47674215281e-06 1.04023170418e-05 4.95348430563e-06 6.43952959732e-06 5.44883273619e-06 5.94418116675e-06 9.90696861126e-07 0.0 9.90696861126e-07 1.48604529169e-06 1.48604529169e-06 0.0 3.46743901394e-06 0 2018781 0.381672405608 R2 A 0.239893777483 0.257192830723 0.238667294768 0.260979274126 0.247480534045 0.265784153903 0.264087585528 0.265904523571 0.239775389208 0.258878501432 0 2018781 0.381672405608 R2 C 0.152062556563 0.1542916245 0.161639623119 0.183055517166 0.173781108501 0.15589803946 0.167109755838 0.13141841537 0.177839993541 0.144886939197 0 2018781 0.381672405608 R2 G 0.31688727009 0.321089310827 0.307932856511 0.282092014934 0.291835518563 0.303952731871 0.282214861345 0.323934592212 0.313867130709 0.246561167358 0 2018781 0.381672405608 R2 T 0.288996676707 0.265569172684 0.290200373394 0.272651664544 0.286007744277 0.27363146374 0.286053316333 0.278328852907 0.268163312415 0.349409371299 0 2018781 0.381672405608 R2 N 0.00215971915725 0.00185706126618 0.00155985220784 0.00122152922977 0.000895094614027 0.000733611025664 0.000534480956577 0.00041361593952 0.000354174127852 0.00026402071349 1 832067 0.157311275229 R1 A 0.0109870959911 0.149140634108 0.147486921125 0.0792880861758 0.0602499558329 0.0904121903645 0.0368756362168 0.773472568916 0.799206073549 0.818836704256 0.0641042127617 0.0562923418427 0.789206878773 0.0923567453102 0.0497628195806 0.848622767157 0.772449814738 0.73851384564 0.0708320363625 0.86208442349 0.137611514457 0.117375163298 0.10107359143 0.0685401536174 0.132143204814 0.0636775644269 0.353780404703 0.746638191396 0.313652626531 0.182949209619 0.0913724495744 0.31595292206 0.204309268364 0.0893173266095 0.319416585443 0.309875286485 0.324187835835 0.0855736376998 0.110421396354 0.0600252143157 0.299058849828 0.31430521821 0.0853741345348 0.0906537574498 0.101423322881 0.0633266311487 0.0733114040095 0.062045484318 0.750788097593 1 832067 0.157311275229 R1 C 0.781245981393 0.080616104232 0.0562202322649 0.0355884802546 0.00836471101486 0.0297632282016 0.122928802608 0.0433582872533 0.0254823229379 0.133607029242 0.0120927761827 0.117643170562 0.0487172307038 0.737512724336 0.138719598302 0.0405363991121 0.0196282270538 0.141426111118 0.844523337664 0.0290661689503 0.696004047751 0.681148272916 0.0403008411582 0.0441863455707 0.385271859117 0.16517179506 0.454939325799 0.139357768064 0.1329424193 0.0781968278997 0.026764671595 0.142874311804 0.0562514797486 0.376056255085 0.0498205072428 0.0420867550329 0.0295793487784 0.0728090406181 0.128967979742 0.0535665998051 0.0756249196279 0.0571179965075 0.0547612151425 0.063315814712 0.0314253539679 0.0482653440168 0.0596093824175 0.687261963279 0.172669989316 1 832067 0.157311275229 R1 G 0.205353655415 0.0288185927335 0.0203517264836 0.743012281463 0.127822639283 0.756723917665 0.7941031191 0.0257683575962 0.0302463623723 0.0278306915188 0.762271547844 0.789913552635 0.0406289397368 0.0298293286478 0.748240225847 0.0362074207966 0.0714882335197 0.0509874805755 0.0394174988312 0.074294497919 0.144216751776 0.0419329212672 0.697253947098 0.800483614901 0.0414750254487 0.453862489439 0.0328963893533 0.0323687876097 0.0544403275217 0.287403538417 0.43127416422 0.0556373465118 0.0393646184742 0.44702049234 0.440171284284 0.15447313738 0.434632066889 0.689890357387 0.296085531574 0.318445509797 0.583501088254 0.158293743172 0.429783899614 0.775506059007 0.185360073167 0.0322786506375 0.140457439124 0.0505319884096 0.0376544196561 1 832067 0.157311275229 R1 T 0.00241326720084 0.741424668927 0.775941120126 0.142111152107 0.80356269387 0.122966059224 0.0460876347698 0.157400786235 0.145062837488 0.0197231713312 0.161530261385 0.0361341093926 0.12144574896 0.140298798054 0.0632677416602 0.0746237983239 0.136433724688 0.0690581407507 0.0452199161846 0.0345140475467 0.0221628787105 0.15954003704 0.161368014835 0.0867886840843 0.441105103315 0.317258105417 0.158367054576 0.0816232346674 0.498961021168 0.451436002149 0.450577898174 0.485516190403 0.700063816976 0.0875987150073 0.190583210246 0.49356241745 0.211592335713 0.151717349685 0.46451547772 0.567939841383 0.041801922201 0.470267418369 0.43007714523 0.0705243688309 0.681786442678 0.856126970544 0.726619370796 0.20015816034 0.0388850897824 1 832067 0.157311275229 R1 N 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.000134604545067 4.80730518095e-06 0.0 2.40365259048e-06 2.40365259048e-06 1.20182629524e-06 1.68255681333e-05 1.20182629524e-06 2.40365259048e-06 9.61461036191e-06 9.61461036191e-06 0.0 1.44219155429e-05 7.21095777143e-06 4.08620940381e-05 4.80730518095e-06 3.60547888571e-06 3.60547888571e-06 1.20182629524e-06 4.80730518095e-06 3.0045657381e-05 1.68255681333e-05 1.20182629524e-05 3.60547888571e-06 1.44219155429e-05 1.08164366571e-05 1.92292207238e-05 1.08164366571e-05 7.21095777143e-06 8.41278406667e-06 2.40365259048e-06 8.41278406667e-06 9.61461036191e-06 9.61461036191e-06 2.28346996095e-05 1.32200892476e-05 1.56237418381e-05 3.60547888571e-06 0.0 4.80730518095e-06 2.40365259048e-06 2.40365259048e-06 2.40365259048e-06 2.40365259048e-06 1 832067 0.157311275229 R2 A 0.309749094724 0.229606510053 0.205485856307 0.255674122396 0.327208025315 0.247279365724 0.237561398301 0.229658188583 0.241445700887 0.331892744214 1 832067 0.157311275229 R2 C 0.12047587514 0.14258707532 0.154200322811 0.171852747435 0.158730006117 0.138387894244 0.145527944264 0.110992263844 0.153034551304 0.120713836746 1 832067 0.157311275229 R2 G 0.299752303601 0.376055053259 0.395031890461 0.345808690887 0.247957195755 0.361675201636 0.348672642948 0.398894560174 0.371909954367 0.22919548546 1 832067 0.157311275229 R2 T 0.267014555318 0.249163829355 0.243113835785 0.224947029506 0.264877708165 0.251651609786 0.26752653332 0.259904550956 0.233156704929 0.317845798475 1 832067 0.157311275229 R2 N 0.00300817121698 0.00258753201365 0.00216809463661 0.0017174097759 0.00122706464744 0.00100592860911 0.000711481166781 0.000550436443219 0.000453088513305 0.000352135104505 2 267611 0.050594757003 R1 A 0.0162923048754 0.107887941826 0.10747316067 0.0736853118893 0.0715067766273 0.163838556711 0.0389371139452 0.764292200246 0.793054097178 0.813034591254 0.0554909925227 0.0574116908498 0.782643463834 0.179237774232 0.0514889148802 0.783622496833 0.759389561715 0.724719835881 0.147643407782 0.7939509213 0.134318096042 0.122547279447 0.101210338887 0.072751120096 0.136167795793 0.0670749707598 0.356263382297 0.721610845593 0.312135898749 0.133451166058 0.0925148816753 0.309359480739 0.159750533424 0.0937143839379 0.314049123541 0.309269798327 0.392820175553 0.165975987534 0.118291101636 0.0703035375975 0.293257750989 0.309135274708 0.088972426395 0.0912929588096 0.190201449118 0.0755873263805 0.0845443572947 0.071155520513 0.7344503776 2 267611 0.050594757003 R1 C 0.841602176293 0.163659191887 0.0384064930066 0.118399467884 0.00927091935683 0.0291467839513 0.0685285731902 0.0273643460097 0.103246876997 0.0711330999099 0.0943907387962 0.0628486870869 0.0441611144534 0.719417363262 0.0724334948862 0.119587759845 0.0158924707878 0.0777247572036 0.772767188195 0.0258472185374 0.675398245961 0.659262885307 0.0371173083319 0.116153670813 0.394867923964 0.181031422475 0.432089861777 0.163804925806 0.0729230113859 0.0675981181641 0.0268374618383 0.0786589489969 0.133458639593 0.392091505955 0.119875490918 0.0310301146066 0.03162052382 0.0749371288923 0.0753930144874 0.13683294035 0.0764990975707 0.047580256417 0.047408365127 0.0658194169896 0.0327079230674 0.122364177855 0.0495420591829 0.656191262691 0.10358692281 2 267611 0.050594757003 R1 G 0.138129598559 0.0194536099039 0.0213182567234 0.722664613936 0.153790389782 0.740369416803 0.761784829473 0.107730997605 0.0292588869665 0.0163147254784 0.743022521496 0.773114707542 0.0278426522079 0.0225289692875 0.813755787318 0.0335001177082 0.0657259978103 0.132715022925 0.0352414512109 0.146533587932 0.087074148671 0.120462163364 0.676623905594 0.722952345008 0.0441424306176 0.447130349649 0.115058798031 0.0314747899003 0.125155542934 0.354103530871 0.505117502644 0.14231851456 0.0411268595088 0.424649958335 0.431110828778 0.179925339392 0.42170912257 0.657233820732 0.355998071828 0.300480921935 0.58460975072 0.105118997351 0.421817488818 0.694478179148 0.119804492341 0.0385895945981 0.0869321515184 0.0503492008923 0.0399535146164 2 267611 0.050594757003 R1 T 0.00397592027234 0.708999256383 0.8328020896 0.0852506062905 0.765431914234 0.0665219292182 0.130734536323 0.10061245614 0.0744401388583 0.0995138465908 0.107095747185 0.106602493918 0.145352769505 0.0788084196838 0.0622993823124 0.0632784153118 0.15898823292 0.0648291736887 0.0443330057434 0.0336309045592 0.103202035791 0.0977276718819 0.185048447186 0.0881391273154 0.424810639323 0.304707205608 0.0965543269895 0.0830795445628 0.489785546932 0.444813554002 0.375500259705 0.469621951265 0.665645283639 0.0895366782382 0.134938399393 0.479771010908 0.153842704523 0.101815695169 0.450295391445 0.492367653049 0.0456147168838 0.538109420016 0.441797982893 0.148401971518 0.657274925171 0.763443954098 0.778977695237 0.222296542369 0.121994237905 2 267611 0.050594757003 R1 N 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.000123313316717 1.4947068693e-05 0.0 0.0 3.73676717325e-06 0.0 2.24206030395e-05 0.0 7.4735343465e-06 2.24206030395e-05 1.12103015197e-05 3.73676717325e-06 1.12103015197e-05 1.4947068693e-05 3.73676717325e-05 7.4735343465e-06 0.0 0.0 3.73676717325e-06 1.12103015197e-05 5.60515075987e-05 3.36309045592e-05 2.9894137386e-05 0.0 3.36309045592e-05 2.9894137386e-05 4.11044389057e-05 1.86838358662e-05 7.4735343465e-06 2.61573702127e-05 3.73676717325e-06 7.4735343465e-06 3.73676717325e-05 2.24206030395e-05 1.4947068693e-05 1.86838358662e-05 5.60515075987e-05 3.73676717325e-06 7.4735343465e-06 1.12103015197e-05 1.4947068693e-05 3.73676717325e-06 7.4735343465e-06 1.4947068693e-05 2 267611 0.050594757003 R2 A 0.267313376505 0.220192742451 0.204094749468 0.256835481352 0.281692456588 0.222517011633 0.22832394782 0.21566004387 0.244784407218 0.357791720071 2 267611 0.050594757003 R2 C 0.112487902216 0.129878816641 0.158035357291 0.144000059788 0.143824431731 0.142524036755 0.128365425935 0.122420229363 0.220364633741 0.126485832047 2 267611 0.050594757003 R2 G 0.35680147677 0.314243435434 0.397532238959 0.30005119371 0.246346375896 0.373904660122 0.294546935664 0.407001206976 0.312898199252 0.227968954938 2 267611 0.050594757003 R2 T 0.260004259915 0.332762853545 0.237972280661 0.297203777124 0.326739184862 0.259910840735 0.34794533857 0.254301953208 0.2215417154 0.287402236829 2 267611 0.050594757003 R2 N 0.00339298459331 0.00292215192948 0.00236537362067 0.00190948802553 0.00139755092279 0.00114345075501 0.000818352010941 0.000616566583586 0.000411044389057 0.000351256114285 3 2170844 0.41042156216 R1 A 0.121831877371 0.158150470508 0.231690070774 0.236550853032 0.372666115115 0.287660006891 0.258455697415 0.371371687694 0.30943172333 0.27514690139 0.205668394412 0.135937911706 0.200553333174 0.0992042726239 0.130083506691 0.259650624365 0.281563760454 0.191114147309 0.190088279029 0.234554394512 0.173504406581 0.108221963439 0.136987273153 0.113730420058 0.220517457726 0.152229731846 0.193187995084 0.349258629363 0.265339195262 0.245241482115 0.278683313955 0.347621938748 0.211593278927 0.214560788339 0.298448898217 0.3316696179 0.28822107899 0.328880380166 0.254978708742 0.228182218529 0.302040128171 0.23914846023 0.246638173908 0.212979836414 0.182437337736 0.26793634181 0.201975360735 0.283536265158 0.287215018675 3 2170844 0.41042156216 R1 C 0.29762433413 0.133378538485 0.144309310112 0.184735982871 0.0740923806593 0.0852548594003 0.132094706022 0.147165802794 0.243159342634 0.154386957331 0.107415825366 0.0922318692638 0.104585129102 0.256877970043 0.132778771759 0.130681430817 0.12263110569 0.268496031958 0.218234474702 0.124028718784 0.274997190033 0.159463323942 0.125796694742 0.238082976022 0.249930902451 0.151175303246 0.194131867605 0.150952348488 0.254518519064 0.135767471085 0.156069712978 0.202443842119 0.141019345471 0.252104711347 0.114064852196 0.189470546939 0.180256619085 0.214262286926 0.135632039889 0.148053015325 0.162301851262 0.185815747239 0.178123347417 0.116823687008 0.161506308146 0.261524089248 0.262331148622 0.203375737731 0.20123739891 3 2170844 0.41042156216 R1 G 0.44987387394 0.218968751324 0.283866551443 0.351647561962 0.161303622001 0.366217010527 0.408969967441 0.331618485713 0.225970175655 0.217378586393 0.280987486894 0.359701111641 0.13034930193 0.124186261196 0.236528281166 0.122958167422 0.135574919248 0.096280524994 0.0697180451474 0.146726803031 0.162091334062 0.171217277704 0.19914236122 0.270373642694 0.160593299196 0.191844738728 0.177588532386 0.117127716225 0.146475748603 0.187382879654 0.171493667901 0.133675657947 0.258492549442 0.220837609704 0.193127649891 0.152350422232 0.252077993628 0.230330691657 0.217959927107 0.258966097978 0.238686427952 0.207673144639 0.252282983024 0.268361061412 0.205755457324 0.129948075495 0.158067092799 0.131990138398 0.142527514644 3 2170844 0.41042156216 R1 T 0.130669914559 0.489502239682 0.340134067671 0.227065602134 0.391937882225 0.260770465312 0.200475483268 0.149844023799 0.221433230578 0.353086172936 0.405926450726 0.412121276333 0.564509011242 0.519725968333 0.500592856972 0.486705170892 0.460228832657 0.444101004033 0.521958740471 0.494650928395 0.389404766073 0.561096974264 0.538068143082 0.377808354723 0.368952812823 0.504734103418 0.435080549316 0.382648868366 0.333660548616 0.431598954139 0.39374501346 0.316240135173 0.388885613153 0.312492744757 0.394354914494 0.326507109677 0.279442926346 0.226520192146 0.391422414508 0.364790376462 0.29696376156 0.367355277487 0.322953192399 0.401834493865 0.450299975493 0.340590111496 0.377625015892 0.381097858713 0.369015000617 3 2170844 0.41042156216 R1 N 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 9.76578694738e-05 4.14585294936e-06 0.0 5.52780393248e-06 1.38195098312e-06 1.84260131083e-06 7.83105557101e-06 3.22455229395e-06 5.52780393248e-06 1.65834117974e-05 4.60650327707e-06 1.38195098312e-06 8.29170589872e-06 4.60650327707e-07 3.91552778551e-05 2.30325163853e-06 4.60650327707e-07 5.52780393248e-06 4.60650327707e-06 5.52780393248e-06 1.61227614697e-05 1.1055607865e-05 1.24375588481e-05 5.98845426019e-06 9.21300655413e-06 8.29170589872e-06 1.84260131083e-05 9.21300655413e-06 4.14585294936e-06 3.68520262165e-06 2.30325163853e-06 1.38195098312e-06 6.44910458789e-06 6.9097549156e-06 8.29170589872e-06 7.83105557101e-06 7.37040524331e-06 2.30325163853e-06 9.21300655413e-07 9.21300655413e-07 1.38195098312e-06 1.38195098312e-06 0.0 5.06715360477e-06 3 2170844 0.41042156216 R2 A 0.0277919555712 0.0269070462917 0.0252187628406 0.02365761888 0.030016896654 0.02701714172 0.0286036214486 0.0857482159013 0.0302771640892 0.0312238005126 3 2170844 0.41042156216 R2 C 0.0163655241924 0.0225907527211 0.0163180772087 0.0230509423984 0.016154085692 0.0195933010387 0.071556039955 0.0257987216032 0.0872057135381 0.0745553342387 3 2170844 0.41042156216 R2 G 0.858678467914 0.857776053922 0.862135648623 0.862886048007 0.916495611845 0.864134410395 0.854381521657 0.861124521154 0.855619289088 0.853203178119 3 2170844 0.41042156216 R2 T 0.0948110504486 0.0907260033425 0.0946438343796 0.0890902340288 0.0363614336175 0.0884614463315 0.0448825433794 0.0268830924746 0.0265306949739 0.0407339265281 3 2170844 0.41042156216 R2 N 0.00235300187393 0.0020001437229 0.00168367694777 0.0013151566856 0.000971972191461 0.000793700514639 0.000576273559961 0.000445448866892 0.000367138311182 0.000283760601867