#NaNs Total_Count Fraction Read1/2 Base 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 0 99391857 0.531225917166 R1 A 0.202887989104 0.231492666447 0.266292509255 0.179350336517 0.381440755252 0.44173827037 0.324846239667 0.377341415404 0.130707367707 0.299314218468 0.23794825566 0.282678227855 0.22982510529 0.223756781202 0.306051118453 0.301540799263 0.317476460873 0.30349780063 0.308634599714 0.294343469204 0.289265759468 0.311232247125 0.295456246481 0.313553825642 0.311928883671 0.30062395353 0.326921278873 0.296750356521 0.313840428598 0.29907245822 0.305500801741 0.300328929361 0.315730452647 0.296124631216 0.312424900161 0.323003392521 0.303305289889 0.318724510802 0.320860641531 0.299796149296 0.316436234811 0.301363219323 0.29894203506 0.30342020876 0.309008704808 0.310934244845 0.31403405613 0.315426675246 0.314454130785 0 99391857 0.531225917166 R1 C 0.257847652449 0.223667176276 0.235336059774 0.286510855713 0.117950236104 0.101922494516 0.179227157412 0.173319510471 0.401707294794 0.206635318223 0.177626613818 0.197330008634 0.213366855597 0.295880063897 0.220195946233 0.217215973739 0.215614735923 0.191019461484 0.205750879572 0.203654450284 0.226673700241 0.208163079195 0.2306096263 0.197561848553 0.212353513025 0.199110496547 0.200036578449 0.215345076006 0.199151375147 0.223125562489 0.196846618934 0.21399638403 0.198654030581 0.213555100394 0.197360433662 0.205981149945 0.197770165417 0.206834298307 0.195153502364 0.210942381326 0.193806047914 0.197643142939 0.197267679585 0.195523703717 0.197667933702 0.194847692603 0.200728536544 0.19859694341 0.199612589993 0 99391857 0.531225917166 R1 G 0.453655695355 0.164092607707 0.202858439399 0.109612822708 0.127562180471 0.282513304888 0.248723554888 0.235639857297 0.263471161425 0.139885020963 0.333706553043 0.198319435766 0.274817392737 0.200921590589 0.226563630862 0.234876082454 0.198205774543 0.230946696166 0.21168275385 0.236068886408 0.224713871681 0.215099744036 0.21145701101 0.223369797789 0.210987898133 0.23412324412 0.205530388672 0.222176732245 0.202780535633 0.212408437041 0.22292848397 0.220647985277 0.219265155696 0.219292763591 0.223202701606 0.206962860147 0.221085656947 0.209893351726 0.205278647727 0.207187053563 0.221951351608 0.221962821361 0.235924437955 0.22469868935 0.223597593111 0.215416510429 0.211175569443 0.210355341283 0.211169814445 0 99391857 0.531225917166 R1 T 0.085608663092 0.38074754957 0.295512991572 0.424525985061 0.373046828172 0.173729513878 0.247199949187 0.213699216828 0.204111902246 0.35416487892 0.250717118607 0.321666945009 0.281988704568 0.279437791368 0.247179424367 0.246364096004 0.268702455172 0.274530377272 0.273931414723 0.265902084916 0.259345350595 0.265503732363 0.262475275012 0.265512616391 0.264727763362 0.266135393768 0.267504640747 0.265723679959 0.284225115142 0.265388491534 0.274719718739 0.265015563599 0.266344646322 0.271025391949 0.267007336426 0.264051158638 0.277837127039 0.264542919245 0.278703344883 0.282069395283 0.26780249211 0.279028502305 0.267864921771 0.276357207009 0.269725245198 0.278800817657 0.274061264395 0.275620919327 0.274760818686 0 99391857 0.531225917166 R1 N 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 9.6416349279e-05 3.09884541145e-06 0.0 2.27382812658e-06 5.63426438446e-07 1.45887202812e-06 5.38273472444e-06 1.94180897536e-06 3.77294490031e-06 9.8800850456e-06 3.04853947945e-06 5.73487624846e-07 5.66444794366e-06 3.52141524028e-07 3.11091883513e-05 1.31801541851e-06 1.1972811817e-06 1.84119711135e-06 1.91162541615e-06 1.94180897536e-06 6.91203505736e-06 7.11325878538e-06 4.15526998354e-06 2.54548015941e-06 5.05071557321e-06 4.37661608435e-06 1.11377333457e-05 5.71475387566e-06 2.11284914417e-06 4.62814574437e-06 1.43874965532e-06 1.76070762014e-06 4.91992015e-06 3.86349557791e-06 5.02053201401e-06 3.87355676431e-06 2.31407287219e-06 9.25629148875e-07 1.91162541615e-07 5.23181692842e-07 7.34466607259e-07 5.73487624846e-07 1.2073423681e-07 2.64609202341e-06 0 99391857 0.531225917166 R2 A 0.234067837167 0.240454607866 0.234056085701 0.208996256102 0.21467278753 0.219652461066 0.228918612518 0.225029491098 0.219912240899 0.237459312185 0 99391857 0.531225917166 R2 C 0.113022287128 0.121697635652 0.120572935869 0.125755956044 0.123838193304 0.123876536485 0.127417812508 0.11277807195 0.116278871819 0.118644035396 0 99391857 0.531225917166 R2 G 0.366248383909 0.348973779613 0.358732144425 0.369678695107 0.370584121393 0.367860709152 0.357988260547 0.382217911473 0.381851925757 0.310586922629 0 99391857 0.531225917166 R2 T 0.284776991338 0.287244527487 0.28526734338 0.294485462728 0.290105566696 0.287946979399 0.285187236214 0.279602975926 0.281642619878 0.333076420939 0 99391857 0.531225917166 R2 N 0.00188450045762 0.00162944938236 0.00137149062423 0.00108363002011 0.000799331075985 0.000663313897033 0.00048807821349 0.000371549552596 0.000314341646721 0.000233308851448 1 48562537 0.259555249659 R1 A 0.203569245157 0.242770203707 0.276333503746 0.192261289809 0.393048884575 0.443630920683 0.327728615167 0.377814033892 0.130558726782 0.302936397248 0.238471952155 0.284115531279 0.228934085548 0.224989028065 0.303668957822 0.298932776103 0.32132499585 0.301511595245 0.306203442378 0.292270232916 0.28702003357 0.314141042508 0.292353609944 0.310549261461 0.313084487328 0.297780509284 0.327223513879 0.294420553028 0.309359723113 0.296420613281 0.302206801922 0.296273812878 0.316875063591 0.292826093497 0.307551065547 0.323493395742 0.299137707735 0.313911565205 0.320795142972 0.296033730692 0.311846001785 0.297439361539 0.295595368092 0.300544780023 0.306663611911 0.308405880854 0.311122542877 0.313538252748 0.311778274681 1 48562537 0.259555249659 R1 C 0.260207081026 0.225624723848 0.234757628087 0.287428640724 0.124988445311 0.101860390861 0.183335355811 0.173375229552 0.403770523768 0.208111223678 0.177420364179 0.203204890222 0.214151785357 0.29981121044 0.226404234194 0.218451890189 0.216900612091 0.193909370921 0.210892956437 0.21082920359 0.230463659672 0.209184931998 0.236073724896 0.199370288253 0.215004747384 0.200050956975 0.202261220414 0.220970807188 0.201643522043 0.228154781123 0.199551106648 0.214841061537 0.200943208548 0.219573701432 0.199552527497 0.206815080522 0.199016558793 0.213247508053 0.197289116094 0.212455086521 0.196245904533 0.200270241236 0.199204316694 0.19754184177 0.201004305026 0.198101779567 0.204179303894 0.200896279369 0.203848781624 1 48562537 0.259555249659 R1 G 0.447972106564 0.165290602507 0.20400958459 0.108386903262 0.129991931847 0.282594255733 0.250425322713 0.239135323593 0.266669634661 0.142762125463 0.33689864679 0.200084418983 0.278644462088 0.202880566145 0.230109477188 0.242661972129 0.200857319295 0.237027525971 0.215246641665 0.238514701157 0.229712175046 0.217360822809 0.215236345663 0.229617328271 0.212978617653 0.240376403729 0.208189185009 0.223498537566 0.205232976193 0.214038199858 0.228584186201 0.226999528464 0.219542545728 0.219604507071 0.229166486916 0.209332514897 0.222904293489 0.212926581657 0.207981185167 0.209585673006 0.228656237626 0.228596788508 0.242059944274 0.227716850954 0.226002113522 0.218421166917 0.21475379262 0.213761484496 0.214397839223 1 48562537 0.259555249659 R1 T 0.0882515672523 0.366314469938 0.284899283577 0.411923166205 0.351970738267 0.171803853658 0.238504714035 0.209675412963 0.198998067173 0.346189162234 0.247207430699 0.31258626377 0.278266948862 0.272312502949 0.23980371948 0.239948501867 0.260915487179 0.267542220869 0.267653808943 0.258347705352 0.252801228239 0.259310484541 0.256333251288 0.260460362687 0.258928749954 0.261772547015 0.262314610952 0.261099826807 0.283759083674 0.261375924409 0.269647279754 0.261865231629 0.262629936323 0.267991394272 0.263719603447 0.260356743718 0.278938660062 0.259902134026 0.273925865941 0.281912948658 0.263241539461 0.273684836523 0.26313769398 0.274194962261 0.266327992708 0.275069092869 0.269942589696 0.271802747867 0.269969503447 1 48562537 0.259555249659 R1 N 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.000110579066328 5.99227342674e-06 0.0 3.04761672563e-06 1.09137625985e-06 1.60617638242e-06 8.89574611804e-06 2.71814464718e-06 6.69240159343e-06 1.36113152408e-05 4.85971315708e-06 1.58558437752e-06 9.2869942112e-06 3.15057675014e-06 3.8156985085e-05 2.90347269131e-06 2.71814464718e-06 3.06820873053e-06 2.75932865699e-06 3.39768080897e-06 1.95829966626e-05 1.14697467309e-05 1.02754104465e-05 4.69497711786e-06 1.04813304956e-05 1.06254745299e-05 2.03654928489e-05 9.24581020139e-06 4.3037290247e-06 1.03165944563e-05 2.26512053932e-06 2.77992066189e-06 1.22110589074e-05 8.68982606901e-06 1.25611229908e-05 1.03165944563e-05 8.77219408862e-06 2.67696063737e-06 1.56499237262e-06 1.97683247068e-06 2.07979249519e-06 1.77091242165e-06 1.23552029417e-06 5.60102533358e-06 1 48562537 0.259555249659 R2 A 0.232424636299 0.238295746369 0.231659828645 0.207071945191 0.212633063219 0.217532910194 0.226790499022 0.222977045042 0.217821836615 0.23580436088 1 48562537 0.259555249659 R2 C 0.112050859287 0.12070796466 0.119457824042 0.124516167679 0.122836230735 0.123023576795 0.126221679893 0.111516229064 0.114751789018 0.116740544259 1 48562537 0.259555249659 R2 G 0.372188689401 0.356837761586 0.366787180003 0.377918991341 0.379027108901 0.376105474061 0.366781434833 0.390785946789 0.390009854716 0.31873017672 1 48562537 0.259555249659 R2 T 0.280602329322 0.281815692619 0.280141418477 0.288953952303 0.284366815515 0.282402008775 0.279518983944 0.274194982853 0.276970929258 0.328397937694 1 48562537 0.259555249659 R2 N 0.00273348569083 0.00234283476582 0.00195374883318 0.00153894348642 0.00113678163066 0.000936030174865 0.000687402307668 0.00052579625319 0.000445590394093 0.000326980445853 2 16863843 0.0901332436582 R1 A 0.204752617775 0.255043408552 0.286839245361 0.209101152092 0.397918078341 0.447597442647 0.332311146398 0.38048735392 0.135396540397 0.309283299186 0.241808880692 0.290151894796 0.232337611302 0.231833811546 0.305298738846 0.300883256563 0.330601571658 0.305339476891 0.311766956085 0.297322680246 0.290629484632 0.324157488895 0.295766451336 0.31493634043 0.321264079605 0.301793547295 0.334379121058 0.299962647897 0.312239683446 0.301003039461 0.307230267739 0.299040616068 0.324494600667 0.297276783234 0.309701946348 0.330842026933 0.302197844228 0.316230410826 0.327732000351 0.299913667365 0.314915526669 0.300785473394 0.299247804904 0.304462037508 0.312068963166 0.313726414554 0.315897272051 0.320424354046 0.318054668796 2 16863843 0.0901332436582 R1 C 0.26366190672 0.226544862876 0.233612765489 0.287997878064 0.132584370004 0.103495863902 0.188678049244 0.173468586016 0.405627175253 0.209423083457 0.178553310773 0.208141762231 0.214222404703 0.301686869357 0.232945894954 0.219219486329 0.217214249445 0.195692820432 0.213202649005 0.215628371303 0.232668437437 0.208982021476 0.240428827522 0.198645943276 0.215919882556 0.199173521717 0.201981244726 0.224268276217 0.20218036897 0.23142809145 0.20008766685 0.213796463831 0.201617685838 0.222473193091 0.199841815415 0.205514543749 0.198283629657 0.216429137771 0.196746909942 0.211612145583 0.196025840611 0.200435333749 0.198618310192 0.197856028427 0.200831032405 0.198760211418 0.206088434291 0.200612102473 0.205059665226 2 16863843 0.0901332436582 R1 G 0.439773306713 0.167188404209 0.204600161422 0.108020573958 0.134190468922 0.278905466565 0.248568787079 0.239864424734 0.265477566412 0.145290370647 0.336451009417 0.199086471571 0.280028401593 0.202050327437 0.22979809525 0.247702495807 0.200706920718 0.24104031329 0.216070975044 0.237823015786 0.231430937776 0.216109578345 0.215848902294 0.232697493685 0.212061924438 0.244329539833 0.208772104911 0.222049979948 0.204812568523 0.213114531486 0.230382481621 0.229961403222 0.218032331065 0.217809013046 0.232079603682 0.208958361389 0.222729243862 0.213890155405 0.207900180285 0.209479179805 0.23197037591 0.231590984333 0.245128586645 0.228163651666 0.226240661752 0.217128918954 0.214833890472 0.212652003461 0.21375477701 2 16863843 0.0901332436582 R1 T 0.0918121687921 0.351223324363 0.274947827728 0.394880395886 0.335307082733 0.169902257748 0.230435079359 0.20617963533 0.19349438915 0.336002001442 0.243185316656 0.302608189604 0.273407846598 0.264422113038 0.231939837201 0.232189365141 0.251475242031 0.257916715662 0.258952244752 0.249188989722 0.245266396278 0.250748539345 0.247952083045 0.253716783298 0.250748657942 0.254668464359 0.254853949957 0.253704093426 0.28076239799 0.25444016527 0.262285233562 0.257174713972 0.255842751857 0.262436859736 0.25836097976 0.254682399498 0.276785902241 0.253428592759 0.267607507968 0.278975260858 0.257069518496 0.267170300388 0.257000554381 0.269513538521 0.260854658099 0.27038226103 0.263177556859 0.266309523873 0.263122587183 2 16863843 0.0901332436582 R1 N 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 9.89691376989e-05 6.93792037794e-06 0.0 4.32878792811e-06 1.24526776014e-06 1.48246161922e-06 1.16817975594e-05 3.73580328043e-06 6.87862191317e-06 1.7433748642e-05 5.39616029395e-06 2.01614780214e-06 1.06737236584e-05 7.17511423701e-06 3.69429435509e-05 4.74387718149e-06 2.37193859075e-06 3.73580328043e-06 3.43931095658e-06 5.45545875872e-06 3.49267957488e-05 1.3579348432e-05 1.50025115865e-05 4.98107104057e-06 1.41723330797e-05 1.4350228474e-05 2.68029060754e-05 1.26305729957e-05 4.15089253381e-06 1.56547946989e-05 2.66843091459e-06 3.38001249181e-06 2.17032381053e-05 1.34014530377e-05 1.9746388768e-05 1.87383148669e-05 1.79081363601e-05 4.74387718149e-06 4.74387718149e-06 4.68457871673e-06 2.19404319644e-06 2.8463263089e-06 2.01614780214e-06 8.30178506761e-06 2 16863843 0.0901332436582 R2 A 0.23384254704 0.239691213918 0.232924073119 0.208673432266 0.214346160599 0.21914144955 0.228025901332 0.224287548218 0.219037736535 0.237885575666 2 16863843 0.0901332436582 R2 C 0.111147263408 0.119719983162 0.117904086275 0.123039451921 0.121501012551 0.121690886235 0.124982306821 0.110592229778 0.113956053789 0.115039377442 2 16863843 0.0901332436582 R2 G 0.377604203265 0.363756707175 0.373710903262 0.384406626651 0.385682314523 0.382987080703 0.373556134269 0.396981933477 0.396053319519 0.325470712696 2 16863843 0.0901332436582 R2 T 0.273993834027 0.273960033902 0.273098427209 0.282041880964 0.277121294357 0.2750725324 0.272638567615 0.267529174696 0.270441500197 0.321232414225 2 16863843 0.0901332436582 R2 N 0.00341215225972 0.00287206184261 0.00236251013485 0.00183860819862 0.00134921796888 0.00110805111267 0.000797089963421 0.000609113830104 0.000511389960165 0.000371919971029 3 22280799 0.119085589516 R1 A 0.240020297297 0.267061652502 0.260206198171 0.244726098018 0.334945169605 0.389430603454 0.310265758423 0.348545848827 0.124824159134 0.272164656214 0.228279739878 0.297508765283 0.206260107638 0.20529542051 0.279513180833 0.251395024029 0.324510669478 0.326673832478 0.342201956043 0.266053430131 0.26674523656 0.292176236588 0.278804588651 0.271714672351 0.272745784386 0.298738613458 0.282689503191 0.27738170431 0.310145161311 0.25637424403 0.253299533827 0.248404422121 0.279718065766 0.271863230758 0.291766017906 0.316099480993 0.310130619643 0.263317756244 0.314609588283 0.25296521009 0.245033537621 0.240396899591 0.29008623075 0.269658731718 0.312259448146 0.262928901248 0.253838248799 0.25220769686 0.277728864212 3 22280799 0.119085589516 R1 C 0.260329218894 0.202976877086 0.276134935735 0.29296005049 0.138390279451 0.131402199715 0.206259030477 0.154508283119 0.38301889443 0.28039806831 0.197681420671 0.247735460474 0.20860589425 0.337155593029 0.233951394652 0.244619593759 0.255047226987 0.23265408929 0.218406485333 0.248028582817 0.226953126771 0.253619226133 0.239585483447 0.211524550803 0.220813490575 0.202705746773 0.240547073738 0.258533951139 0.211258761412 0.232355985079 0.199657112835 0.249412150794 0.209107133007 0.251806050582 0.212919025031 0.20425887779 0.185054674206 0.231889754043 0.209420856047 0.265776824251 0.205390345292 0.226974804629 0.194951940458 0.208191546452 0.187386682138 0.230226169178 0.232260117781 0.21952933555 0.244601326909 3 22280799 0.119085589516 R1 G 0.406438611111 0.191029639467 0.177180001489 0.157546773794 0.140787904419 0.343793236499 0.28137684829 0.340226174115 0.306244672823 0.163142174569 0.386802286579 0.198844080951 0.347907676022 0.23964809341 0.262680929889 0.305706092497 0.193358460798 0.24404228053 0.231106344077 0.28092376759 0.28080240749 0.23738291432 0.257676082442 0.293536241676 0.312310029815 0.272105771431 0.260319748856 0.245436799641 0.237410696089 0.257245622116 0.309544734011 0.282902691237 0.258960551639 0.227325196013 0.257244634719 0.234814200335 0.278675957716 0.27923886392 0.209220145112 0.259681845341 0.295495955957 0.255856713218 0.304443256276 0.272206845006 0.29554981399 0.203406125606 0.262132834644 0.284610080635 0.246515531153 3 22280799 0.119085589516 R1 T 0.0932118726981 0.338931830946 0.286478864604 0.304767077698 0.385876646524 0.13528433159 0.202093201415 0.156719693939 0.185909625593 0.28429411351 0.187235116658 0.255903883878 0.237223988242 0.217895911183 0.223841389171 0.198274352729 0.227082386049 0.196620731599 0.208281938184 0.204961410944 0.225496715804 0.216819737928 0.223930344688 0.223221483215 0.194127194451 0.226427292845 0.216433441189 0.218637177239 0.241181117428 0.254015127554 0.237489194171 0.219261930418 0.25220477955 0.249001932112 0.238059820027 0.244825286562 0.226136190179 0.225540251048 0.266740883036 0.221563598325 0.254069209996 0.276761080247 0.210515924496 0.249940542976 0.204802215576 0.303436649646 0.251767497207 0.24365198932 0.231148847041 3 22280799 0.119085589516 R1 N 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 8.96287426676e-05 5.16139479558e-06 0.0 2.6480199386e-06 9.87397265242e-07 1.43621420399e-06 7.80941473418e-06 2.33384808148e-06 4.98186802008e-06 1.31054546114e-05 4.93698632621e-06 1.25668742849e-06 9.06610216267e-06 3.27636365285e-06 3.28085182223e-05 2.51337485698e-06 1.88503114273e-06 3.50077212222e-06 3.05195518347e-06 3.50077212222e-06 2.25754920189e-05 1.02330262034e-05 1.0367671285e-05 4.26376091809e-06 9.0212204688e-06 9.42515571367e-06 1.88054297335e-05 9.47003740755e-06 3.59053550997e-06 1.05023163667e-05 2.15432130598e-06 2.55825655085e-06 1.33747447746e-05 8.52752183618e-06 1.2521992591e-05 1.09511333054e-05 1.05023163667e-05 2.6480199386e-06 2.33384808148e-06 1.84014944886e-06 2.15432130598e-06 1.30156912236e-06 8.97633877492e-07 5.43068495883e-06 3 22280799 0.119085589516 R2 A 0.105686156049 0.109221846129 0.105700204019 0.0947069716845 0.0975094295317 0.099172251408 0.103614820995 0.101519519116 0.0991492270991 0.106915959342 3 22280799 0.119085589516 R2 C 0.0480699996441 0.051837503673 0.0509173840669 0.053303339795 0.0525531871635 0.0526714504269 0.0545435107601 0.0485310244036 0.050445722346 0.0508179711149 3 22280799 0.119085589516 R2 G 0.720324886015 0.71416855383 0.719517060407 0.724378017144 0.725248093661 0.724013667553 0.719625180408 0.730571870425 0.73015864467 0.699206882123 3 22280799 0.119085589516 R2 T 0.1232048725 0.122463067864 0.121950563802 0.126113699962 0.123593592851 0.123242618005 0.121565164696 0.11888038665 0.119826986456 0.142752869859 3 22280799 0.119085589516 R2 N 0.00271408579199 0.00230902850477 0.00191478770577 0.00149797141476 0.00109569679256 0.000900012607268 0.000651323141509 0.000497199404743 0.000419419429258 0.000306317560694