#NaNs	Total_Count	Fraction	Read1/2	Base	0	1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24	25	26	27	28
0	196683874	0.55592370219	R1	A	0.202675639793	0.2475030261	0.270435104405	0.177979573455	0.392641793297	0.431865441088	0.350134465015	0.34733622849	0.126914019397	0.274868858847	0.251452704252	0.296439407127	0.241803016347	0.231663532314	0.302611102728	0.305010104692	0.317290181095	0.312058516806	0.299513665264	0.287903415	0.286481641093	0.295094426501	0.297990800202	0.301236943299	0.298336049655	0.297571523327	0.301938164997	0.295354818972	0.298625000644
0	196683874	0.55592370219	R1	C	0.220643620229	0.212597561506	0.208426680674	0.28350953673	0.120643342626	0.101164684198	0.163739809192	0.173867904392	0.372559460569	0.204207102408	0.16497590443	0.17426355452	0.199938969069	0.257272205244	0.199969449453	0.196880604457	0.201555283582	0.18618601645	0.188576222573	0.187933470336	0.195197756782	0.193755559238	0.202304150263	0.194895856078	0.201863946406	0.20011110316	0.199545932271	0.201614922431	0.198688515765
0	196683874	0.55592370219	R1	G	0.491607680048	0.173829523004	0.232571557951	0.110067051049	0.139147208378	0.289908215861	0.255271095586	0.257557922619	0.294022198281	0.163026125873	0.346016404985	0.203133394657	0.285816075598	0.225270115434	0.252049987586	0.243794791229	0.212963326114	0.215670141824	0.225080343903	0.241656263085	0.246017139158	0.23171341439	0.221930761848	0.221121259794	0.219609997106	0.219624578881	0.213791446878	0.219284515415	0.212954392997
0	196683874	0.55592370219	R1	T	0.0850384053346	0.366069391129	0.28856665697	0.428443828598	0.347567655699	0.176921215209	0.230852098225	0.221234263466	0.206503635372	0.357896331654	0.237551035831	0.326160277888	0.272438013907	0.285790740526	0.245364853857	0.254310833841	0.268190532997	0.286080454161	0.286826656668	0.282503938274	0.272302303747	0.279434911883	0.2777740894	0.282745940829	0.280189981411	0.282691864204	0.284724099953	0.283743907749	0.289732080425
0	196683874	0.55592370219	R1	N	3.46545950178e-05	4.98261489399e-07	0.0	1.01686018245e-08	0.0	0.000140443644099	2.53198185429e-06	3.68103386046e-06	6.86380623152e-07	1.5812175837e-06	3.95050180881e-06	3.3658072039e-06	3.92508030424e-06	3.4064816112e-06	4.60637662648e-06	3.66578095772e-06	6.76212021327e-07	4.87076027392e-06	3.11159215829e-06	2.91330442271e-06	1.15922060799e-06	1.68798790286e-06	1.98287735577e-07	0.0	2.54215045612e-08	9.30427066939e-07	3.55901063856e-07	1.83543262932e-06	1.01686018245e-08
0	196683874	0.55592370219	R2	A	0.23872159443	0.24238575858	0.233041759184	0.208310026474	0.214547629868	0.220050602623	0.229252455135	0.225425257792	0.221241518763	0.241571029865	0.011738445827	0.00526611042856	0.0331256389632	0.00956287346669	0.00743193618405	0.00891637409989	0.0087720460499	0.0119419398867	0.0126122388661	0.0129993168632	0.00976427787872	0.00861465134656	0.00778553405959	0.0161813164205	0.0439394131519	0.124786808907	0.166878221038	0.21204782147	0.250184145753
0	196683874	0.55592370219	R2	C	0.116391006209	0.123404860329	0.122908408851	0.127272971042	0.125275827138	0.124600586218	0.128314378229	0.113343303376	0.116297612686	0.118545788863	0.0101256547347	0.00648299717749	0.00914412027495	0.00704825450001	0.00746968711832	0.00747219876298	0.00700603446524	0.00747653058735	0.00745595442156	0.00735509714436	0.00815378489037	0.00843842439264	0.0120406363361	0.0240128227289	0.0668165250802	0.16296149424	0.192353766634	0.173963524839	0.171321900035
0	196683874	0.55592370219	R2	G	0.350885223056	0.33955251461	0.351410517773	0.362824524191	0.364743939302	0.360962785388	0.351349958665	0.373433111247	0.370618401588	0.294709280538	0.0274295695437	0.024798637025	0.0314052844007	0.028128305018	0.0251945566214	0.0239379716509	0.0233270268004	0.0231937367677	0.0236945404075	0.0237583788898	0.0238696132251	0.0255735810858	0.0294581039216	0.0484072374942	0.124575434181	0.334291137666	0.278111661559	0.209736015267	0.176576977531
0	196683874	0.55592370219	R2	T	0.292717281947	0.293591913895	0.291965949379	0.301264601896	0.295355693472	0.294375048765	0.291079918428	0.287796695524	0.291842131399	0.345171404342	0.950705374046	0.963452229947	0.926324951277	0.95526024162	0.959903698053	0.959673440233	0.960894475772	0.957387787674	0.956237240883	0.955887100332	0.958212324006	0.957373338091	0.950715659587	0.911398501333	0.764668627587	0.377960559186	0.362655481354	0.404252343535	0.401916915669
0	196683874	0.55592370219	R2	N	0.00128489435794	0.00106495258478	0.000673364812816	0.000327876397228	7.69102198994e-05	1.09770056695e-05	3.28954269022e-06	1.63206059283e-06	3.35563860207e-07	2.49639174791e-06	9.558485715e-07	2.54215045612e-08	5.08430091223e-09	3.25395258383e-07	1.22023221894e-07	1.52529027367e-08	4.16912674803e-07	5.08430091223e-09	2.54215045612e-08	1.06770319157e-07	0.0	5.08430091223e-09	6.6095911859e-08	1.22023221894e-07	0.0	0.0	8.69415455992e-07	2.9488945291e-07	6.10116109468e-08
1	89580205	0.253196961163	R1	A	0.20423614793	0.254463126089	0.276768321751	0.189368834331	0.400434013296	0.434129191823	0.34833664424	0.352738732848	0.126643816008	0.282096262227	0.249125228057	0.298583174709	0.239518652586	0.230847227912	0.298616396334	0.302494820145	0.318582615434	0.309629409756	0.298969532387	0.285852583168	0.284111830287	0.297285566605	0.295161436614	0.301139576539	0.299852082276	0.295399290502	0.3053934516	0.292718274087	0.298098670348
1	89580205	0.253196961163	R1	C	0.226585672582	0.21187783618	0.208870185104	0.282646841453	0.123307688345	0.100161581457	0.166948713725	0.172549794902	0.37518253056	0.202689455779	0.167797818726	0.178097091874	0.200814945668	0.262233269058	0.204496797032	0.199101263499	0.203913610155	0.18703920135	0.192774184877	0.191981219512	0.201506984718	0.196159341229	0.208901765742	0.195431546512	0.204509991912	0.200027885625	0.200018073189	0.205923797562	0.19954242123
1	89580205	0.253196961163	R1	G	0.48430249741	0.172280661782	0.231761001217	0.111393549501	0.139273403092	0.289750017875	0.257609803416	0.258187978025	0.295919260287	0.163204080634	0.346882907892	0.203009091127	0.28726776189	0.224935899622	0.25405493323	0.248572516663	0.213893047019	0.222516871892	0.22621109206	0.244561798	0.247330143975	0.231863490377	0.223226381319	0.225082070308	0.220280886832	0.225955019862	0.214061811982	0.22156755502	0.212731239005
1	89580205	0.253196961163	R1	T	0.0848276357483	0.361377561036	0.282600491928	0.416590774714	0.336984895268	0.175792922108	0.227102159456	0.216516506074	0.202253142868	0.352006260758	0.236187436722	0.320303676465	0.272391886132	0.281978323224	0.242823099143	0.249825494371	0.263609488279	0.280806021821	0.28203976537	0.277598996341	0.267048819547	0.274686366257	0.27271004794	0.278346806641	0.275356916185	0.27861569417	0.280525133873	0.279786823439	0.289627635927
1	89580205	0.253196961163	R1	N	4.80463289853e-05	8.14912178422e-07	0.0	0.0	0.0	0.00016628673712	2.67916332632e-06	6.98815100948e-06	1.25027621895e-06	3.94060272579e-06	6.60860287158e-06	6.96582464843e-06	6.75372421843e-06	5.28018438895e-06	8.77425989369e-06	5.90532249842e-06	1.23911303842e-06	8.49518038053e-06	5.42530573579e-06	5.40297937474e-06	2.22147292474e-06	5.23553166685e-06	3.68384957369e-07	0.0	1.2279498579e-07	2.10984111948e-06	1.52935573211e-06	3.54989140737e-06	3.3489541579e-08
1	89580205	0.253196961163	R2	A	0.233283022739	0.238651686497	0.22961758125	0.205621744224	0.211916706375	0.217050262388	0.226346802846	0.222525143808	0.218295738439	0.238065731151	0.0253451864728	0.00815501594353	0.0384519325447	0.0131009523812	0.0102091974449	0.0132739258634	0.0123632782488	0.0143028473757	0.0161492597611	0.017018246386	0.0132818182321	0.0104119542928	0.00930098340364	0.0175259031836	0.0468893657924	0.132033444219	0.171407890839	0.21380653237	0.25009223857
1	89580205	0.253196961163	R2	C	0.115750416066	0.123143098411	0.122660101079	0.127337808615	0.124858086672	0.124163078216	0.127872670084	0.112990297354	0.11562393723	0.117406373428	0.011814429315	0.0074207689076	0.0115799690345	0.00821694926909	0.00867045347798	0.00890192202619	0.00821107743614	0.00858474257789	0.0087384260842	0.00870896645079	0.00953061002707	0.0090769830232	0.012358031554	0.0235758893385	0.0645289659697	0.155476246119	0.186922099587	0.169696731549	0.167434792095
1	89580205	0.253196961163	R2	G	0.361966128566	0.347550198172	0.358539389366	0.369411289023	0.37165231984	0.368250686633	0.358348320368	0.380011555008	0.376894973616	0.300094970758	0.0343503344294	0.0314407295674	0.0404836872164	0.0368559996039	0.0335440737158	0.0327161564321	0.0316190725395	0.0315335960662	0.0321747645029	0.0327619143091	0.0326226647952	0.0332299306526	0.0361857287556	0.053746371757	0.125732788845	0.327621398053	0.275408043552	0.212363825245	0.181596425237
1	89580205	0.253196961163	R2	T	0.287012962295	0.289007632881	0.288156496181	0.297131816119	0.291451509851	0.290516392545	0.287425687405	0.284469275327	0.289184613945	0.344427912394	0.928488018084	0.952983429766	0.909484411204	0.941825406629	0.94757591814	0.945107973352	0.947805477784	0.94557881398	0.942937460346	0.94151068308	0.944564906946	0.947281098542	0.942155122329	0.905151612457	0.762848879392	0.384868799977	0.366259420817	0.404132330351	0.400876432466
1	89580205	0.253196961163	R2	N	0.00198747033455	0.00164738403981	0.00102643212303	0.000497342018809	0.000121377261863	1.95802186432e-05	6.51929742737e-06	3.72850229579e-06	7.36769914737e-07	5.01226805632e-06	2.03169885579e-06	5.58159026316e-08	0.0	6.92117192632e-07	3.57221776842e-07	2.23263610526e-08	1.09399169158e-06	0.0	8.93054442106e-08	1.89774068947e-07	0.0	3.3489541579e-08	1.33958166316e-07	2.23263610526e-07	0.0	1.11631805263e-07	2.54520516e-06	5.80485387369e-07	1.11631805263e-07
2	32439504	0.0916897191119	R1	A	0.205086212169	0.261650085649	0.282778244698	0.205150362348	0.400806035752	0.440915465292	0.348627926	0.362686803103	0.130104054612	0.294383415973	0.248825691046	0.30296495902	0.240365173278	0.233482577292	0.296937308289	0.302108287476	0.326427740695	0.310454870087	0.301958377662	0.287171283507	0.284533912726	0.305782449695	0.295377944126	0.30391093526	0.307975763131	0.296044138036	0.315222575536	0.293100597346	0.300394327854
2	32439504	0.0916897191119	R1	C	0.234551520886	0.209216885684	0.207491982615	0.278236005088	0.126305229574	0.0995892538924	0.172501836033	0.170050133935	0.377464649275	0.200295047668	0.169827380838	0.183871399513	0.199579130433	0.267636459546	0.210615889811	0.199540997914	0.204613855995	0.185810732495	0.197798616156	0.197375736694	0.208899340754	0.196272668041	0.216679885118	0.19337043501	0.204743266112	0.197693620716	0.197925036092	0.211299315797	0.197734928376
2	32439504	0.0916897191119	R1	G	0.475627802447	0.172289348197	0.231082633076	0.115015507019	0.142814174964	0.285717993715	0.256274664372	0.25586143364	0.294783391263	0.163097777327	0.3442226182	0.201223452738	0.285500080396	0.222800077338	0.253325759851	0.254228671314	0.212201764861	0.230341838765	0.224909079991	0.244860587264	0.246141340509	0.229775862171	0.222105954518	0.230392856808	0.218325163048	0.233075542709	0.211853393319	0.221178998298	0.210277691052
2	32439504	0.0916897191119	R1	T	0.0846845870393	0.356842632366	0.278647139611	0.401598125545	0.33007455971	0.173621951803	0.222592799199	0.211391949766	0.197646147734	0.342216391471	0.237114907799	0.311929214454	0.274547046095	0.276074381409	0.239111239185	0.244114583256	0.256755374558	0.273381676859	0.275328254094	0.270584624229	0.260422569963	0.268156658622	0.265833935069	0.272325772922	0.268954512991	0.273183770011	0.274994247754	0.274414861584	0.291592929411
2	32439504	0.0916897191119	R1	N	4.98774580524e-05	1.04810480456e-06	0.0	0.0	0.0	0.000155335297358	2.7743950709e-06	9.67955613625e-06	1.75711687824e-06	7.36756024383e-06	9.40211662916e-06	1.0974273836e-05	8.56979810789e-06	6.50441511066e-06	9.80286258384e-06	7.46004007953e-06	1.26389108785e-06	1.08817940003e-05	5.67209658939e-06	7.76830619852e-06	2.8360482947e-06	1.23614713714e-05	2.28116928052e-06	0.0	1.29471769975e-06	2.92852813039e-06	4.74729823243e-06	6.22697560357e-06	1.23306447595e-07
2	32439504	0.0916897191119	R2	A	0.231513095885	0.237686895583	0.229449685791	0.20578905892	0.212768758733	0.217458041282	0.226478339496	0.222403770415	0.218734632934	0.237579094921	0.0379419488041	0.0115854730701	0.0418233275083	0.0166546011308	0.0131326298947	0.0171154898053	0.0159924455072	0.0174982330186	0.0195733880518	0.0209316393987	0.017081673012	0.0129270163933	0.0116978668971	0.0201324286586	0.0512980099819	0.138984862407	0.174696228401	0.213208562005	0.247141417452
2	32439504	0.0916897191119	R2	C	0.115783274615	0.122847346864	0.121906611149	0.127275867103	0.124517501871	0.12385722667	0.126895065966	0.112792692515	0.115513788374	0.116258590144	0.01493644909	0.00922418542528	0.014830405545	0.00988544707712	0.0103857938148	0.0108728234562	0.00991226622947	0.0102597129722	0.0105452907048	0.0105845021552	0.0114250205552	0.00987206832756	0.0127546648062	0.0231575365641	0.0620633102158	0.149853925017	0.18030873715	0.163225800247	0.160747741396
2	32439504	0.0916897191119	R2	G	0.370836496144	0.355675937585	0.365961113339	0.375724086287	0.378210437496	0.375648067862	0.365535459482	0.385936696196	0.382082876483	0.306903089517	0.0473239356557	0.043537996142	0.054673030759	0.0503801784392	0.0475017435532	0.0472971781566	0.0458810960858	0.0458144181243	0.046554565076	0.0479080074714	0.047114777094	0.046907468129	0.0488373989935	0.0646328624507	0.132528197718	0.323677914434	0.27446547888	0.216479635447	0.187864617166
2	32439504	0.0916897191119	R2	T	0.27925574941	0.281637814191	0.281369345228	0.290588752528	0.284352282328	0.283008796929	0.281082164512	0.278858980088	0.283667469145	0.339252412737	0.899794799575	0.935652129576	0.888673236188	0.923079095167	0.928979431991	0.924714385275	0.92821262002	0.926427635885	0.923326694514	0.920575727668	0.924378529339	0.93029344715	0.926709976823	0.892076987367	0.754110482084	0.387482743263	0.370518612122	0.407085570729	0.404246131507
2	32439504	0.0916897191119	R2	N	0.00261138394718	0.00215200577666	0.0013132444935	0.000622235161179	0.000151019571693	2.78672571566e-05	8.97054406257e-06	7.86078603421e-06	1.23306447595e-06	6.81268122965e-06	2.8668749066e-06	2.15786283292e-07	0.0	6.78185461775e-07	4.00745954685e-07	1.23306447595e-07	1.57215720684e-06	0.0	6.16532237977e-08	1.23306447595e-07	0.0	0.0	9.24798356966e-08	1.84959671393e-07	0.0	5.5487901418e-07	1.09434472241e-05	4.31572566584e-07	9.24798356966e-08
3	35092942	0.0991896175351	R1	A	0.217704916276	0.269376075679	0.266206862907	0.227905286482	0.378652408225	0.420291892313	0.351462467866	0.337019991085	0.128003089624	0.272694349764	0.252294378739	0.312873198263	0.238767356695	0.222049465103	0.279136927306	0.278778051723	0.327284244222	0.327464194937	0.310374262722	0.274218017971	0.275992249382	0.287254371549	0.286746064209	0.281860152962	0.294120908985	0.290596040651	0.292304817305	0.284887285882	0.299085810474
3	35092942	0.0991896175351	R1	C	0.224011654537	0.203889374678	0.225378624568	0.285330651389	0.135024700978	0.117634451965	0.178675871633	0.170155269399	0.361193256467	0.235458514706	0.18422978045	0.198955448078	0.197296738472	0.270094567734	0.215733266251	0.205887240802	0.225308012078	0.202757836604	0.207373693548	0.208179411119	0.207559713859	0.21202933057	0.224665033784	0.206748126162	0.205025187116	0.209656631239	0.216171730486	0.228218454868	0.203479263722
3	35092942	0.0991896175351	R1	G	0.47282014714	0.183267991609	0.235380293849	0.130394482173	0.154552274358	0.3029137312	0.275583420735	0.3048492771	0.326268284945	0.190476079207	0.362663438135	0.214519859862	0.312571798625	0.260816491248	0.27923458227	0.294711854025	0.217948241558	0.233815705734	0.240130080858	0.279661049792	0.285017710969	0.26401277499	0.251095505187	0.270106763919	0.266857592048	0.256910577631	0.248107639422	0.244484061781	0.241532385629
3	35092942	0.0991896175351	R1	T	0.085422561608	0.343465760152	0.273034218676	0.356369551461	0.331770616439	0.159022603463	0.194276074089	0.187968879896	0.184534542587	0.301366041069	0.200806133609	0.273645737653	0.251357381208	0.247034346679	0.225889183073	0.220617923684	0.229458818243	0.235954768341	0.242117688508	0.237936819318	0.231428673036	0.236695658061	0.237492541948	0.241284956958	0.23399571344	0.242835411178	0.243413447639	0.242405752131	0.255902540175
3	35092942	0.0991896175351	R1	N	4.07204388848e-05	7.97881237771e-07	0.0	2.84957584918e-08	0.0	0.000137321060172	2.16567764538e-06	6.58252021161e-06	8.26376996263e-07	5.01525349456e-06	6.2690668682e-06	5.75614321535e-06	6.72499900407e-06	5.12923652853e-06	6.04110080027e-06	4.92976621909e-06	6.83898203804e-07	7.49438448335e-06	4.27436377378e-06	4.70180015115e-06	1.65275399253e-06	7.86482934375e-06	8.54872754755e-07	0.0	5.98410928329e-07	1.33930064912e-06	2.36514795482e-06	4.44533832473e-06	0.0
3	35092942	0.0991896175351	R2	A	0.135833752553	0.138572137953	0.134748520087	0.120211323405	0.130073477453	0.132385908255	0.135228702113	0.134352571523	0.125074466541	0.138417064035	0.0233570328757	0.0100348668402	0.0270304495987	0.0138445502802	0.0126997901743	0.0143961141816	0.0141535582853	0.0155721341346	0.0162581125287	0.0172666059175	0.0153827228279	0.0134165724834	0.0129299504157	0.0177366719496	0.0346412107597	0.0825425807845	0.0998516738779	0.117964176386	0.134674146157
3	35092942	0.0991896175351	R2	C	0.0698806614732	0.0737370209656	0.074040329819	0.0780614517871	0.0706951842339	0.0702091320813	0.0740604763203	0.0668437830034	0.0752015034818	0.0681130125824	0.0205193967494	0.0194423710614	0.0316223701051	0.0224303223138	0.0217138249623	0.0223173651272	0.0204497816114	0.0212375468549	0.0221660811453	0.0222566406658	0.0218253288653	0.0187531441508	0.0189243751635	0.023729728901	0.0427319829725	0.0864851399464	0.101350693253	0.0910465414954	0.0892695744916
3	35092942	0.0991896175351	R2	G	0.637468782184	0.623355830355	0.630306344791	0.634090524528	0.635821470882	0.640672759782	0.6342694209	0.643975589165	0.641530995036	0.600119761974	0.446061433094	0.417099512489	0.435262480985	0.425607776059	0.432687034333	0.431953781475	0.43137443421	0.43121009917	0.430362150885	0.432337505359	0.428106341155	0.430897529195	0.43268597999	0.448415097258	0.502356998168	0.610666954056	0.580644392824	0.550155299034	0.535389936814
3	35092942	0.0991896175351	R2	T	0.154701421158	0.162591725709	0.159836442325	0.167128905864	0.163289130903	0.156711340987	0.156435787002	0.154823753449	0.15819243653	0.193344348274	0.510060085586	0.553423192618	0.506084699311	0.538116638953	0.532899122564	0.53133271072	0.534021171551	0.53198021984	0.531213655441	0.5281389631	0.534685578656	0.536932725675	0.53545929549	0.51011824543	0.4202698081	0.220305182734	0.218149678075	0.240833356177	0.240666143067
3	35092942	0.0991896175351	R2	N	0.00211538263164	0.00174328501726	0.00106836297738	0.000507794416325	0.00012073652873	2.0858895216e-05	5.61366442289e-06	4.30285953227e-06	5.98410928329e-07	5.81313473233e-06	2.05169461141e-06	5.69915169837e-08	0.0	7.12393962296e-07	2.27966067935e-07	2.84957584918e-08	1.0543430642e-06	0.0	0.0	2.84957584918e-07	2.84957584918e-08	2.84957584918e-08	3.98940618886e-07	2.56461826427e-07	0.0	1.42478792459e-07	3.56196981148e-06	6.2690668682e-07	1.99470309443e-07