python /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/code/makewigglefromBAM-NH.py --- L2049+L2050-Cacomistle.2x36mers.Bassariscus_sumichrasti_HiC.unique.dedup.bam /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/genomes/Metazoa/Mammals/Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/Bassariscus_sumichrasti_HiC.chrom.sizes L2049+L2050-Cacomistle.2x36mers.Bassariscus_sumichrasti_HiC.unique.dedup.wig -notitle -uniqueBAM -RPM &
python /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/code/make5primeWigglefromBAM-NH.py --- L2049+L2050-Cacomistle.2x36mers.Bassariscus_sumichrasti_HiC.unique.dedup.bam /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/genomes/Metazoa/Mammals/Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/Bassariscus_sumichrasti_HiC.chrom.sizes L2049+L2050-Cacomistle.2x36mers.Bassariscus_sumichrasti_HiC.unique.dedup.5p.wig -notitle -uniqueBAM -RPM -shift 4 &
python /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/code/makewigglefromBAM-NH.py --- L2049+L2050-Cacomistle.2x36mers.Bassariscus_sumichrasti_HiC.unique.dedup.bam /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/genomes/Metazoa/Mammals/Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/Bassariscus_sumichrasti_HiC.chrom.sizes L2049+L2050-Cacomistle.2x36mers.Bassariscus_sumichrasti_HiC.unique.dedup.counts.wig -notitle -uniqueBAM &
python /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/code/make5primeWigglefromBAM-NH.py --- L2049+L2050-Cacomistle.2x36mers.Bassariscus_sumichrasti_HiC.unique.dedup.bam /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/genomes/Metazoa/Mammals/Bassariscus_sumichrasti-Bassariscus_sumichrasti_HiC/Bassariscus_sumichrasti_HiC.chrom.sizes L2049+L2050-Cacomistle.2x36mers.Bassariscus_sumichrasti_HiC.unique.dedup.5p.counts.wig -notitle -uniqueBAM -shift 4 &