python /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/code/SAMstats.py S2_ATAC_1.noMT.filtered.bam SAMstats-S2_ATAC_1.noMT.filtered.bam /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/genomes/dm3/dm3.chrom.sizes /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/samtools-0.1.18/samtools -paired -noNHinfo
python /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/code/SAMstats.py S2_ATAC_2.noMT.filtered.bam SAMstats-S2_ATAC_2.noMT.filtered.bam /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/genomes/dm3/dm3.chrom.sizes /oak/stanford/groups/akundaje/marinovg/programs/samtools-0.1.18/samtools -paired -noNHinfo