Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information



FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]


DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZSCAN16.IDR0.05.filt.narrowPeak.outsidePolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/ZSCAN16.IDR0.05.filt.narrowPeak.outsidePolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.fa
Database contains 600 sequences, 300000 residues

MOTIFS /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZSCAN16.IDR0.05.filt.narrowPeak.outsidePolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
GCTCWGY 7 GCTCTGT
GWTWACA 7 GTTTACA
GTGTTY 6 GTGTTT
GAGGCTB 7 GAGGCTT
AATRAATG 8 AATGAATG
CCTCCCAM 8 CCTCCCAA
AAAYR 5 AAATA
AACTCCTG 8 AACTCCTG

Random model letter frequencies (/srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZSCAN16.IDR0.05.filt.narrowPeak.outsidePolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/background):
A 0.266 C 0.234 G 0.234 T 0.266


SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES

Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
AATRAATG DREME-5 chr5 + 1035086 1035093 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr5 + 1035090 1035097 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr5 + 1035114 1035121 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr5 + 1035138 1035145 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr5 + 1035142 1035149 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr5 + 1035154 1035161 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr5 + 1035172 1035179 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr5 + 1035208 1035215 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr5 + 1035232 1035239 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr5 + 1035260 1035267 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr5 + 1035284 1035291 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr5 + 1035288 1035295 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr5 + 1035292 1035299 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr5 + 1035312 1035319 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr5 + 1035324 1035331 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr19 + 1267472 1267479 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr19 + 1267476 1267483 1.95e-05 0.0758 aatgaatG
AATRAATG DREME-5 chr19 + 1267480 1267487 1.95e-05 0.0758 aatGAATG
AATRAATG DREME-5 chr19 + 1267484 1267491 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr4 + 7663308 7663315 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 8357233 8357240 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602456 18602463 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602460 18602467 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602476 18602483 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602480 18602487 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602496 18602503 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602500 18602507 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602519 18602526 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602535 18602542 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602539 18602546 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602543 18602550 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602558 18602565 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602578 18602585 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602582 18602589 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602586 18602593 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602602 18602609 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602614 18602621 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602618 18602625 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602622 18602629 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602637 18602644 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602657 18602664 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602661 18602668 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602665 18602672 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602681 18602688 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602693 18602700 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602697 18602704 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602701 18602708 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602705 18602712 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602720 18602727 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602724 18602731 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602740 18602747 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602744 18602751 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602764 18602771 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602768 18602775 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602784 18602791 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 24364909 24364916 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr6 + 37691177 37691184 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr20 + 38153547 38153554 1.95e-05 0.0758 aaTgaatg
AATRAATG DREME-5 chr5 + 38790174 38790181 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr21 + 41877424 41877431 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr20 + 44114487 44114494 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr10 + 51107000 51107007 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr6 + 57471692 57471699 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr20 + 63978311 63978318 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr20 + 63978315 63978322 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr20 + 63978319 63978326 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr12 + 65630831 65630838 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr12 + 65630835 65630842 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr12 + 65630839 65630846 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr12 + 65630843 65630850 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 68236735 68236742 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 68236755 68236762 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 68236759 68236766 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr10 + 110546693 110546700 1.95e-05 0.0758 aatGAATG
AATRAATG DREME-5 chr10 + 110546697 110546704 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr10 + 110546701 110546708 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr9 + 136150930 136150937 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr9 + 136150978 136150985 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr9 + 136150998 136151005 1.95e-05 0.0758 aatgaatg
AATRAATG DREME-5 chr16 - 778977 778984 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr16 - 778981 778988 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr16 - 778993 779000 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr16 - 779049 779056 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr16 - 779105 779112 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr16 - 779191 779198 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr16 - 779221 779228 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr16 - 779282 779289 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr16 - 779294 779301 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr7 - 2515214 2515221 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr16 - 4346429 4346436 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr19 - 4815203 4815210 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr19 - 4815237 4815244 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr19 - 4815253 4815260 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr19 - 4815257 4815264 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr19 - 4815297 4815304 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr19 - 4815317 4815324 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr19 - 4815329 4815336 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr19 - 4815349 4815356 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr19 - 4815361 4815368 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr19 - 4815389 4815396 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr19 - 4815433 4815440 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr19 - 4815437 4815444 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr19 - 4815461 4815468 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr19 - 4815465 4815472 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr19 - 4815469 4815476 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr19 - 4815473 4815480 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr19 - 4815477 4815484 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr19 - 4815481 4815488 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr19 - 5342814 5342821 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr7 - 5418320 5418327 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 - 10834018 10834025 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 - 10834042 10834049 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 - 10834046 10834053 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 - 10834058 10834065 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 - 10834086 10834093 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 - 10834098 10834105 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 - 10834138 10834145 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 - 10834162 10834169 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 - 10834166 10834173 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 - 10834242 10834249 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 - 10834262 10834269 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 - 10834274 10834281 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 - 10834322 10834329 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 - 10834370 10834377 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 - 10834374 10834381 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr18 - 12879475 12879482 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 - 23561609 23561616 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 - 23561613 23561620 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr3 - 24363518 24363525 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr6 - 37283435 37283442 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr10 - 51106813 51106820 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr10 - 51106817 51106824 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr20 - 63978300 63978307 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr12 - 65630956 65630963 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr2 - 72275213 72275220 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr7 - 73431498 73431505 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr15 - 98687116 98687123 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr11 - 112885753 112885760 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr11 - 112885757 112885764 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr10 - 125626475 125626482 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr10 - 125626479 125626486 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr9 - 129720382 129720389 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr9 - 129720393 129720400 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr5 - 139881536 139881543 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr5 - 139881540 139881547 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr7 - 150969625 150969632 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr7 - 150969629 150969636 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr7 - 150969633 150969640 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 - 151510625 151510632 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr3 - 160692185 160692192 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 - 210330049 210330056 1.95e-05 0.0758 AATGAATG
AATRAATG DREME-5 chr5 + 408126 408133 4.17e-05 0.125 aataaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 805248 805255 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 + 8394983 8394990 4.17e-05 0.125 aataaatg
AATRAATG DREME-5 chr1 + 18602440 18602447 4.17e-05 0.125 AATAAatg
AATRAATG DREME-5 chr10 + 21674019 21674026 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr3 + 29600338 29600345 4.17e-05 0.125 aataaatg
AATRAATG DREME-5 chr6 + 34689360 34689367 4.17e-05 0.125 aataaatg
AATRAATG DREME-5 chr6 + 36314802 36314809 4.17e-05 0.125 aataaatg
AATRAATG DREME-5 chr17 + 38702862 38702869 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr17 + 38702862 38702869 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr2 + 47173663 47173670 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr16 + 57285414 57285421 4.17e-05 0.125 aataaatg
AATRAATG DREME-5 chr6 + 57471389 57471396 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 + 67440629 67440636 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr14 + 99195989 99195996 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr15 + 99567217 99567224 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr15 + 101743399 101743406 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr12 + 132330467 132330474 4.17e-05 0.125 aatAAATG
AATRAATG DREME-5 chr5 + 142830145 142830152 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr5 + 169171406 169171413 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 + 207968868 207968875 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 + 234524275 234524282 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr2 + 236074604 236074611 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr19 - 4815221 4815228 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr19 - 4815409 4815416 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chrX - 12158685 12158692 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr19 - 19381535 19381542 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr9 - 20512661 20512668 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 - 23561832 23561839 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr6 - 28982455 28982462 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr15 - 33113132 33113139 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr19 - 34181710 34181717 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr11 - 43312710 43312717 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 - 51430634 51430641 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr12 - 65630639 65630646 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr16 - 69183134 69183141 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr11 - 72079141 72079148 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr6 - 90183555 90183562 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr5 - 92568718 92568725 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr11 - 117833134 117833141 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr12 - 132330481 132330488 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chrX - 133936850 133936857 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr5 - 139376594 139376601 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 - 175172654 175172661 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr2 - 236074630 236074637 4.17e-05 0.125 AATAAATG
AATRAATG DREME-5 chr7 + 3279833 3279840 8.33e-05 0.227 AATCAATG
AATRAATG DREME-5 chr9 + 15295018 15295025 8.33e-05 0.227 AATTAATG
AATRAATG DREME-5 chr8 + 19055872 19055879 8.33e-05 0.227 AATCAATG
AATRAATG DREME-5 chr22 + 28438504 28438511 8.33e-05 0.227 AATTAATG
AATRAATG DREME-5 chr12 + 31426553 31426560 8.33e-05 0.227 AATTAATG
AATRAATG DREME-5 chr16 + 69186804 69186811 8.33e-05 0.227 AATCAATG
AATRAATG DREME-5 chr16 + 72566510 72566517 8.33e-05 0.227 AATTAATG
AATRAATG DREME-5 chr6 + 75751509 75751516 8.33e-05 0.227 AATTAATG
AATRAATG DREME-5 chr5 + 78660330 78660337 8.33e-05 0.227 AATTAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 + 162697176 162697183 8.33e-05 0.227 AATTAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 + 175172803 175172810 8.33e-05 0.227 AATTAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 + 210330292 210330299 8.33e-05 0.227 AATTAATG
AATRAATG DREME-5 chr3 - 18436658 18436665 8.33e-05 0.227 AATTAATG
AATRAATG DREME-5 chr5 - 36932047 36932054 8.33e-05 0.227 AATCAATG
AATRAATG DREME-5 chr2 - 42424459 42424466 8.33e-05 0.227 AATTAATG
AATRAATG DREME-5 chr9 - 87598601 87598608 8.33e-05 0.227 AATTAATG
AATRAATG DREME-5 chr1 - 108750828 108750835 8.33e-05 0.227 AATTAATG
AATRAATG DREME-5 chr7 - 129217333 129217340 8.33e-05 0.227 AATTAATG
AATRAATG DREME-5 chr5 - 138506309 138506316 8.33e-05 0.227 AATCAATG
AATRAATG DREME-5 chr3 - 160692113 160692120 8.33e-05 0.227 AATTAATG

DEBUGGING INFORMATION

Command line:

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZSCAN16.IDR0.05.filt.narrowPeak.outsidePolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/fimo_out_13 --bgfile /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZSCAN16.IDR0.05.filt.narrowPeak.outsidePolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/background --motif AATRAATG /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZSCAN16.IDR0.05.filt.narrowPeak.outsidePolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/dreme_out/dreme.xml /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZSCAN16.IDR0.05.filt.narrowPeak.outsidePolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/ZSCAN16.IDR0.05.filt.narrowPeak.outsidePolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.fa

Settings:

output_directory = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZSCAN16.IDR0.05.filt.narrowPeak.outsidePolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/fimo_out_13 MEME file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZSCAN16.IDR0.05.filt.narrowPeak.outsidePolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/dreme_out/dreme.xml sequence file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZSCAN16.IDR0.05.filt.narrowPeak.outsidePolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/ZSCAN16.IDR0.05.filt.narrowPeak.outsidePolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.fa
background file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZSCAN16.IDR0.05.filt.narrowPeak.outsidePolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/background alphabet = DNA max stored scores = 100000
allow clobber = true compute q-values = true parse genomic coord. = true
text only = false scan both strands = true max strand = false
threshold type = p-value output theshold = 0.0001 pseudocount = 0.1
alpha = 1 verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.


Go to top