Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information



FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

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If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]


DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF791.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/ZNF791.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.fa
Database contains 600 sequences, 300000 residues

MOTIFS /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF791.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
ACATAYA 7 ACATACA
GATTTCTB 8 GATTTCTC
AGCAGHAA 8 AGCAGAAA
AGTCTDAT 8 AGTCTTAT
ATAAATAA 8 ATAAATAA
CAAGRGAA 8 CAAGAGAA
GGGAWYC 7 GGGAATC
AGGCCAGR 8 AGGCCAGG
GTGACW 6 GTGACA
TTTTGARA 8 TTTTGAGA
GAGACYC 7 GAGACTC
AYTATCAG 8 ACTATCAG
AATRTGTC 8 AATATGTC
AARGTTTC 8 AAGGTTTC
ARTGGGAT 8 AATGGGAT
GCCTGYA 7 GCCTGCA
CCAGGAGA 8 CCAGGAGA
ACTTGWCA 8 ACTTGACA

Random model letter frequencies (/srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF791.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background):
A 0.304 C 0.196 G 0.196 T 0.304


SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES

Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
AGTCTDAT DREME-4 chr8 + 10751675 10751682 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr18 + 11710764 11710771 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr8 + 22520194 22520201 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr3 + 29194444 29194451 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr18 + 30941189 30941196 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr12 + 33949654 33949661 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr10 + 35257610 35257617 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr12 + 46506394 46506401 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr3 + 50735180 50735187 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr15 + 56956745 56956752 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr12 + 65705673 65705680 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr2 + 66154148 66154155 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr6 + 71810854 71810861 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr8 + 75593435 75593442 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr11 + 76776671 76776678 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr1 + 92159770 92159777 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr4 + 102859277 102859284 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr4 + 106395800 106395807 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr7 + 106735832 106735839 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr11 + 115950904 115950911 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr9 + 120807797 120807804 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr6 + 124678081 124678088 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr5 + 126400816 126400823 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr6 + 130274251 130274258 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr5 + 138866358 138866365 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr7 + 152048374 152048381 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr4 + 152853526 152853533 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr6 + 155770538 155770545 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr5 + 171067755 171067762 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr5 + 173101441 173101448 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr3 + 191155036 191155043 3.03e-05 0.294 agtcttat
AGTCTDAT DREME-4 chr17 - 3202128 3202135 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr18 - 3979212 3979219 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr18 - 6341924 6341931 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr12 - 24519962 24519969 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr11 - 31731840 31731847 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr14 - 38094129 38094136 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr2 - 43096079 43096086 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr2 - 46514918 46514925 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr4 - 55575706 55575713 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr6 - 56172313 56172320 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr15 - 58614569 58614576 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr11 - 59693118 59693125 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr15 - 59960535 59960542 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr17 - 66089966 66089973 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr8 - 66260973 66260980 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr14 - 66578505 66578512 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr7 - 71050682 71050689 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr12 - 71321740 71321747 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr9 - 75385457 75385464 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr15 - 77395593 77395600 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr1 - 85638595 85638602 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr6 - 95967782 95967789 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr6 - 118488841 118488848 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr1 - 118578629 118578636 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr5 - 125073269 125073276 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr4 - 127313956 127313963 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr7 - 150703395 150703402 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr5 - 150912633 150912640 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chrX - 154865121 154865128 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr2 - 186770487 186770494 3.03e-05 0.294 AGTCTTAT
AGTCTDAT DREME-4 chr10 + 16713082 16713089 6.05e-05 0.335 agtctaat
AGTCTDAT DREME-4 chr6 + 17738051 17738058 6.05e-05 0.335 agtctaat
AGTCTDAT DREME-4 chr6 + 22184583 22184590 6.05e-05 0.335 agtctaat
AGTCTDAT DREME-4 chr16 + 25312155 25312162 6.05e-05 0.335 agtctaat
AGTCTDAT DREME-4 chr13 + 29987524 29987531 6.05e-05 0.335 agtctaat
AGTCTDAT DREME-4 chr9 + 35975026 35975033 6.05e-05 0.335 agtctaat
AGTCTDAT DREME-4 chr14 + 36782100 36782107 6.05e-05 0.335 agtctaat
AGTCTDAT DREME-4 chr12 + 41381085 41381092 6.05e-05 0.335 agtctaat
AGTCTDAT DREME-4 chr12 + 42824505 42824512 6.05e-05 0.335 agtctaat
AGTCTDAT DREME-4 chr21 + 45603498 45603505 6.05e-05 0.335 agtctaat
AGTCTDAT DREME-4 chr21 + 45603677 45603684 6.05e-05 0.335 agtctaat
AGTCTDAT DREME-4 chr6 + 54932827 54932834 6.05e-05 0.335 agtctaat
AGTCTDAT DREME-4 chr14 + 60958210 60958217 6.05e-05 0.335 agtctaat
AGTCTDAT DREME-4 chr7 + 67154560 67154567 6.05e-05 0.335 agtctaat
AGTCTDAT DREME-4 chr6 + 71559188 71559195 6.05e-05 0.335 agtctaat
AGTCTDAT DREME-4 chr5 + 71826277 71826284 6.05e-05 0.335 agtctaat
AGTCTDAT DREME-4 chr7 + 77821210 77821217 6.05e-05 0.335 agtctaat
AGTCTDAT DREME-4 chr1 + 81172675 81172682 6.05e-05 0.335 agtctaat
AGTCTDAT DREME-4 chr7 + 88253823 88253830 6.05e-05 0.335 agtctaat
AGTCTDAT DREME-4 chr10 + 91919848 91919855 6.05e-05 0.335 agtctaat
AGTCTDAT DREME-4 chr6 + 92752309 92752316 6.05e-05 0.335 agtctaat
AGTCTDAT DREME-4 chr8 + 122893202 122893209 6.05e-05 0.335 agtctaat
AGTCTDAT DREME-4 chr7 + 135088742 135088749 6.05e-05 0.335 agtctaat
AGTCTDAT DREME-4 chr2 + 169976628 169976635 6.05e-05 0.335 agtctaat
AGTCTDAT DREME-4 chr2 + 169976746 169976753 6.05e-05 0.335 agtctaat
AGTCTDAT DREME-4 chr9 - 778166 778173 6.05e-05 0.335 AGTCTAAT
AGTCTDAT DREME-4 chr9 - 5315732 5315739 6.05e-05 0.335 AGTCTAAT
AGTCTDAT DREME-4 chr13 - 26437079 26437086 6.05e-05 0.335 AGTCTAAT
AGTCTDAT DREME-4 chr19 - 35184432 35184439 6.05e-05 0.335 AGTCTAAT
AGTCTDAT DREME-4 chr13 - 41925048 41925055 6.05e-05 0.335 AGTCTAAT
AGTCTDAT DREME-4 chr7 - 55797442 55797449 6.05e-05 0.335 AGTCTAAT
AGTCTDAT DREME-4 chr17 - 57249758 57249765 6.05e-05 0.335 AGTCTAAT
AGTCTDAT DREME-4 chr15 - 58614463 58614470 6.05e-05 0.335 AGTCTAAT
AGTCTDAT DREME-4 chr5 - 67345018 67345025 6.05e-05 0.335 AGTCTAAT
AGTCTDAT DREME-4 chr6 - 71811068 71811075 6.05e-05 0.335 AGTCTAAT
AGTCTDAT DREME-4 chr7 - 72657620 72657627 6.05e-05 0.335 AGTCTAAT
AGTCTDAT DREME-4 chr16 - 72904577 72904584 6.05e-05 0.335 AGTCTAAT
AGTCTDAT DREME-4 chr7 - 78248111 78248118 6.05e-05 0.335 AGTCTAAT
AGTCTDAT DREME-4 chr6 - 85829159 85829166 6.05e-05 0.335 AGTCTAAT
AGTCTDAT DREME-4 chr4 - 86879822 86879829 6.05e-05 0.335 AGTCTAAT
AGTCTDAT DREME-4 chr7 - 122103245 122103252 6.05e-05 0.335 AGTCTAAT
AGTCTDAT DREME-4 chr11 - 122538233 122538240 6.05e-05 0.335 AGTCTAAT
AGTCTDAT DREME-4 chr9 - 135828837 135828844 6.05e-05 0.335 AGTCTAAT
AGTCTDAT DREME-4 chr4 - 169377527 169377534 6.05e-05 0.335 AGTCTAAT
AGTCTDAT DREME-4 chr1 - 219726605 219726612 6.05e-05 0.335 AGTCTAAT
AGTCTDAT DREME-4 chr2 - 241085245 241085252 6.05e-05 0.335 AGTCTAAT
AGTCTDAT DREME-4 chr8 + 12783730 12783737 8.01e-05 0.354 agtctgat
AGTCTDAT DREME-4 chr22 - 22997724 22997731 8.01e-05 0.354 AGTCTGAT
AGTCTDAT DREME-4 chr16 + 23830539 23830546 8.01e-05 0.354 agtctgat
AGTCTDAT DREME-4 chr12 + 27477307 27477314 8.01e-05 0.354 agtctgat
AGTCTDAT DREME-4 chr10 + 35257688 35257695 8.01e-05 0.354 agtctgat
AGTCTDAT DREME-4 chr3 - 39302364 39302371 8.01e-05 0.354 AGTCTGAT
AGTCTDAT DREME-4 chr8 + 42029154 42029161 8.01e-05 0.354 agtctgat
AGTCTDAT DREME-4 chr12 - 44728766 44728773 8.01e-05 0.354 AGTCTGAT
AGTCTDAT DREME-4 chr20 + 45234869 45234876 8.01e-05 0.354 agtctgat
AGTCTDAT DREME-4 chr15 - 58699080 58699087 8.01e-05 0.354 AGTCTGAT
AGTCTDAT DREME-4 chr2 - 63273030 63273037 8.01e-05 0.354 AGTCTGAT
AGTCTDAT DREME-4 chr15 + 76465941 76465948 8.01e-05 0.354 agtctgat
AGTCTDAT DREME-4 chr10 + 88176950 88176957 8.01e-05 0.354 agtctgat
AGTCTDAT DREME-4 chr6 + 89916310 89916317 8.01e-05 0.354 agtctgat
AGTCTDAT DREME-4 chr14 - 93520445 93520452 8.01e-05 0.354 AGTCTGAT
AGTCTDAT DREME-4 chr14 + 103265528 103265535 8.01e-05 0.354 agtctgat
AGTCTDAT DREME-4 chr5 - 111898875 111898882 8.01e-05 0.354 AGTCTGAT
AGTCTDAT DREME-4 chr11 - 115950753 115950760 8.01e-05 0.354 AGTCTGAT
AGTCTDAT DREME-4 chr5 - 119666764 119666771 8.01e-05 0.354 AGTCTGAT
AGTCTDAT DREME-4 chr3 + 129100118 129100125 8.01e-05 0.354 agtctgat
AGTCTDAT DREME-4 chr3 + 133723146 133723153 8.01e-05 0.354 agtctgat
AGTCTDAT DREME-4 chr7 + 143236626 143236633 8.01e-05 0.354 agtctgat
AGTCTDAT DREME-4 chr6 + 162935055 162935062 8.01e-05 0.354 agtctgat
AGTCTDAT DREME-4 chr4 + 166377619 166377626 8.01e-05 0.354 agtctgat
AGTCTDAT DREME-4 chr5 - 180938487 180938494 8.01e-05 0.354 AGTCTGAT
AGTCTDAT DREME-4 chr3 + 193954998 193955005 8.01e-05 0.354 agtctgat
AGTCTDAT DREME-4 chr2 - 222335088 222335095 8.01e-05 0.354 AGTCTGAT
AGTCTDAT DREME-4 chr18 - 10129166 10129173 9.96e-05 0.396 AGTCTCAT
AGTCTDAT DREME-4 chr19 - 40795302 40795309 9.96e-05 0.396 AGTCTCAT
AGTCTDAT DREME-4 chr20 - 41059572 41059579 9.96e-05 0.396 AGTCTCAT
AGTCTDAT DREME-4 chr22 + 42042043 42042050 9.96e-05 0.396 agtctcat
AGTCTDAT DREME-4 chr12 + 46027366 46027373 9.96e-05 0.396 agtctcat
AGTCTDAT DREME-4 chr22 + 47009203 47009210 9.96e-05 0.396 agtctcat
AGTCTDAT DREME-4 chr4 - 61001397 61001404 9.96e-05 0.396 AGTCTCAT
AGTCTDAT DREME-4 chr14 - 80867996 80868003 9.96e-05 0.396 AGTCTCAT
AGTCTDAT DREME-4 chr15 + 101946271 101946278 9.96e-05 0.396 agtctcat
AGTCTDAT DREME-4 chr3 - 108447501 108447508 9.96e-05 0.396 AGTCTCAT
AGTCTDAT DREME-4 chr6 + 125111430 125111437 9.96e-05 0.396 agtctcat
AGTCTDAT DREME-4 chr5 + 138866168 138866175 9.96e-05 0.396 agTCTCAT
AGTCTDAT DREME-4 chr3 + 139537673 139537680 9.96e-05 0.396 agtctcat
AGTCTDAT DREME-4 chr7 - 144148323 144148330 9.96e-05 0.396 AGTCTCAT
AGTCTDAT DREME-4 chr1 + 155244740 155244747 9.96e-05 0.396 AGTCTCAT

DEBUGGING INFORMATION

Command line:

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF791.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/fimo_out_5 --bgfile /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF791.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background --motif AGTCTDAT /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF791.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF791.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/ZNF791.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.fa

Settings:

output_directory = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF791.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/fimo_out_5 MEME file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF791.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml sequence file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF791.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/ZNF791.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.fa
background file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF791.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background alphabet = DNA max stored scores = 100000
allow clobber = true compute q-values = true parse genomic coord. = true
text only = false scan both strands = true max strand = false
threshold type = p-value output theshold = 0.0001 pseudocount = 0.1
alpha = 1 verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.


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