Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF660.IDR0.05.filt.narrowPeak.inPolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/ZNF660.IDR0.05.filt.narrowPeak.inPolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.fa
Database contains 600 sequences, 300000 residues

MOTIFS /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF660.IDR0.05.filt.narrowPeak.inPolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/meme_out/meme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
YTGGCMMKSTGCCAAG 16 CTGGCACGGTGCCAAG
HTBWTAAATAGTYY 14 CTTTTAAATAGTTC
KGGYAATCADTT 12 GGGCAATCAATT
GCGCCCYCTNSYGGCS 16 GCGCCCCCTGGCGGCC
CYBTGSCWSVRSYGGGATTCGAACCMRSGACCYCHKG 37 CCGTGGCAGGGGCGGGATTCGAACCCGCGACCTCTGG
RRTGACTCA 9 GATGACTCA
CCGSNSCSYKBCBSCBSCGSSG 22 CCGCCGCCTTTCGGCGCCGGCG
TGCCTCMCAGGGAAGCACTGMTCCCCCAGVT 31 TGCCTCCCAGGGAAGCACTGCTCCCCCAGGT
CCGGAAGTG 9 CCGGAAGTG
CAGCRCCMCCTRCTGG 16 CAGCGCCCCCTGCTGG

Random model letter frequencies (/srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF660.IDR0.05.filt.narrowPeak.inPolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/background):
A 0.236 C 0.264 G 0.264 T 0.236

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 + 40634694 40634709 1.78e-09 0.000636 GCGCCCCCTAGTGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr6 + 107114408 107114423 2.27e-09 0.000636 GCGCCCCCTGGCGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 235104354 235104369 6.97e-09 0.00108 GCGCCCTCTGGCGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr16 + 66873299 66873314 9.64e-09 0.00108 GCGCCCCCTGCTGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chrX + 74550465 74550480 9.64e-09 0.00108 GCGCCCCCTGCTGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 225475087 225475102 1.9e-08 0.00178 GCGCCCTCTGCCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr18 + 48446782 48446797 3.37e-08 0.0027 GTGCCCTCTGGTGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 147172691 147172706 3.96e-08 0.00277 GCGCCCCCTCCTGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr15 + 66497862 66497877 4.74e-08 0.00295 GCGCCCCCTTCCGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr15 - 65611288 65611303 6.12e-08 0.00343 GCGCCCCCTAGCGTCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr12 + 52980990 52981005 7.68e-08 0.00391 CTGCCCCCTGGTGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr16 - 66406631 66406646 8.8e-08 0.00411 GCGCCCCCTAGTGGTC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr13 + 36999404 36999419 1.26e-07 0.00544 GCGCCCCCGCGTGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 244653361 244653376 2.11e-07 0.00799 GCGGCCCCTGGCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 1375259 1375274 2.14e-07 0.00799 GCGCCCGCTGGCGTCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr12 - 57782677 57782692 2.63e-07 0.00879 GTGCCACCTGCTGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr5 - 139518096 139518111 2.67e-07 0.00879 GCGCCCTCTAGCGGAG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 - 33778231 33778246 3.11e-07 0.009 CTGCCACCTGGCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr5 - 32489881 32489896 3.15e-07 0.009 GCGCCCTCTCGTGGTG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr14 - 49862247 49862262 3.21e-07 0.009 CTGCCCCCTACCGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr8 - 23288047 23288062 3.42e-07 0.00913 GCGCCACCGCGCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 - 43483802 43483817 3.6e-07 0.00916 GCGCCCTCTACAGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 + 4400630 4400645 4.2e-07 0.0102 gcgcCCTCTGCCGGCT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chrX + 74550530 74550545 4.88e-07 0.0111 GCGCCCCCTCCTGGCT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 - 18625722 18625737 5.14e-07 0.0111 GCGCCACCTGCAGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 - 18625770 18625785 5.14e-07 0.0111 GCGCCACCTGCAGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 + 4400738 4400753 5.4e-07 0.0111 GCGCCCCCTGGAGTCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr12 - 109477326 109477341 5.53e-07 0.0111 CCGCCCCCGGCTGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 - 5804140 5804155 6.11e-07 0.0118 GCGCTCCCTGGCGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 200510309 200510324 6.59e-07 0.0123 CTGCCATCTAGTGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr12 + 44948932 44948947 8.44e-07 0.0152 CTGCCCTCTGGAGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 - 5804223 5804238 9.37e-07 0.0162 GCGCCCCCTCCTGGCA
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 - 64919531 64919546 9.81e-07 0.0162 GCTCCCCCTAGCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr4 + 70688231 70688246 1.03e-06 0.0162 GCGCCCTCTATTGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr10 + 32346334 32346349 1.06e-06 0.0162 GCGCCACCCAGCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr3 + 183884948 183884963 1.07e-06 0.0162 GCGCCCCCGCGCGGCT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr5 - 178280132 178280147 1.07e-06 0.0162 GCGCCCTCTAGTGTTC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 - 36127880 36127895 1.17e-06 0.0167 CCGCCCCCTCGTGGCA
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr6 + 118800686 118800701 1.19e-06 0.0167 CTGCCCCCTAGTGGTG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr12 - 120647103 120647118 1.19e-06 0.0167 CTGCCCCCTGCAGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr7 + 26667753 26667768 1.46e-06 0.0196 CTGCCATCTACTGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr6 - 16332282 16332297 1.51e-06 0.0196 GCGCCCTCTGGTGGTT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 - 74203549 74203564 1.51e-06 0.0196 CTGCCCCCTTGTGGTC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 + 68463159 68463174 1.68e-06 0.0214 GTGCCATCTAGTGGTC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 + 4400523 4400538 1.92e-06 0.0233 GCGCGCCCGCGCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr13 + 31424314 31424329 1.92e-06 0.0233 CTGCCCTCTAGTGGCT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr5 + 141564392 141564407 1.95e-06 0.0233 GTGCCATCTGGTGGCT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr9 - 40992158 40992173 2.16e-06 0.0247 GCGCCCTCTCGAGGAG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 228165741 228165756 2.16e-06 0.0247 GCGGCCCCTGGCGGTG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 25998304 25998319 2.35e-06 0.0263 CCTCCCCCTGGTGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 - 33778173 33778188 2.43e-06 0.0264 GCCCCACCTGGCGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr15 - 75368659 75368674 2.48e-06 0.0264 GCGCCCTCTGGACGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 37990157 37990172 2.55e-06 0.0264 GTGCCACCTGCTGGTG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr3 - 87298297 87298312 2.55e-06 0.0264 GTGCCACCTGCTGGTG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 228664566 228664581 2.91e-06 0.0297 CTGCCCTCTGCCGGAC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 - 7822881 7822896 3.08e-06 0.0308 GCGCCCTCTGCTGGTT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr4 + 185096223 185096238 3.26e-06 0.0318 CTGCCACCTGGTGGCT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 228165842 228165857 3.29e-06 0.0318 GCGCCCCGGAGTGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 229558951 229558966 3.5e-06 0.0332 CTGCCCGCTGGCGGAG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 234997378 234997393 3.69e-06 0.0341 GCGCCCTGTGGTGTCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 211134219 211134234 3.78e-06 0.0341 GCGCCCCCTACCGGGC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr12 - 63420302 63420317 3.78e-06 0.0341 CTGCCACCTCGTGGTC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr6 + 131628399 131628414 3.84e-06 0.0341 CCGCCACCTCCCGGCT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr16 - 667997 668012 3.91e-06 0.0342 GCGCCACCGTGTGGAC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr5 + 134411972 134411987 3.98e-06 0.0343 GCGCCCTCGCCCGGAG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr12 + 751424 751439 4.55e-06 0.038 GTGCCCCCTGGTGCTC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr10 - 72364449 72364464 4.55e-06 0.038 GTGCCACCTGCTGGCA
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr21 - 43789541 43789556 5.14e-06 0.0422 CCGCCTCCTCCTGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr15 + 73992247 73992262 5.23e-06 0.0422 GCGCCTCCGCGCGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 - 36114944 36114959 5.28e-06 0.0422 CCGCCCTCTTTTGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr10 - 6088931 6088946 5.58e-06 0.0437 CTGCCCCCTGCCCGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 23544872 23544887 5.62e-06 0.0437 CTCCCCTCTGGCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr16 + 22297282 22297297 5.85e-06 0.0446 GCGCCCCCTGCTGCAG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 - 81393886 81393901 5.95e-06 0.0446 CCGGCCCCGGCCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 - 40285158 40285173 6e-06 0.0446 GCGCCAGCGCGTGTCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr3 + 149752708 149752723 6.05e-06 0.0446 acgccccctcgtggag
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr15 + 66499012 66499027 6.71e-06 0.0476 GTGCCCTCTTGTGGTT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 - 15828899 15828914 6.71e-06 0.0476 GCGCCCTCTGCTGCTG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 - 20226922 20226937 6.71e-06 0.0476 GCGCCCTCTGCTGCTG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr13 - 110593662 110593677 7.14e-06 0.05 GTGCCCTCTACTGTCT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr14 + 24297023 24297038 7.44e-06 0.0506 CTGCCCTCTGGTGTCT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr5 - 173144438 173144453 7.44e-06 0.0506 GCGCCCCCTAGAGACC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr10 - 101694348 101694363 7.49e-06 0.0506 CCGCCCGCTCCCCGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr7 + 113421916 113421931 8.48e-06 0.0565 CTGCCATCTGCTGGTG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 + 40285019 40285034 8.74e-06 0.0576 CCGCCCCCGCTCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr11 - 106078023 106078038 9.16e-06 0.0597 GCGCCGGCTGCTGTCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr2 - 55015135 55015150 9.53e-06 0.0613 GTGCCATCTAGTGTTG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr9 + 137578999 137579014 9.67e-06 0.0615 ACGCCCCCTGTCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr5 - 43105886 43105901 9.9e-06 0.0623 CTGCCCTCTAGTGGTT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 202222637 202222652 1.01e-05 0.063 CCTCCCCCTGGTGTCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 227762594 227762609 1.04e-05 0.0637 CTGCCACCCTGTGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 - 35757551 35757566 1.19e-05 0.0718 GCGCCCCCTGGCCTCT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr13 + 36999388 36999403 1.2e-05 0.0718 GCGCCCGCTGGCCGCA
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr20 + 33401357 33401372 1.2e-05 0.0718 GCGGCCCCTCCTGCCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 + 41262423 41262438 1.22e-05 0.0721 ACGCCCTCCAGTGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr8 + 13276537 13276552 1.31e-05 0.0748 GCGCCAACTGCAGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 - 5804066 5804081 1.32e-05 0.0748 CCGCCCCCGCCCCGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 23539987 23540002 1.33e-05 0.0748 CTGCCACCTAGAGGTG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 + 43754630 43754645 1.34e-05 0.0748 GCGCGGGCTCGCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr5 - 134411704 134411719 1.34e-05 0.0748 GCGCCACCTGCCCGAC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 114346705 114346720 1.38e-05 0.0754 GCGCCCTCTAATGGAC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr5 + 134411907 134411922 1.39e-05 0.0754 GCGCCACCGCCTGCCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 26695455 26695470 1.39e-05 0.0754 CTGTCCCCTCCCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 205211597 205211612 1.48e-05 0.0797 CCGCCCCCCAGTGCCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr10 + 6089018 6089033 1.5e-05 0.0798 gcgcGCTCTCCCGGCA
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr10 + 6089053 6089068 1.52e-05 0.0798 GCGCCGCCGAGCGCCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 150010795 150010810 1.52e-05 0.0798 CCGCCCCCGGGCCTCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 225653705 225653720 1.55e-05 0.0802 CCGCCCTGTTGCGGTC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 + 40634649 40634664 1.57e-05 0.0805 GCGCCCCCCGATGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr5 - 139518232 139518247 1.58e-05 0.0805 GCGCCAGCCAGTGGTC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr3 + 51538772 51538787 1.6e-05 0.0807 GCGCCCGGGCCTGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr13 + 67224428 67224443 1.62e-05 0.0807 GTGCCATCTACAGGCT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr8 - 23288093 23288108 1.63e-05 0.0807 GCGCGCCCGAGCGCCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr5 - 116574837 116574852 1.72e-05 0.0846 CCGCCCGGGAGCGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr3 - 155854607 155854622 1.8e-05 0.0876 GCGCCCCGCCCCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 + 40285412 40285427 1.84e-05 0.0887 CCGCCCTCTCGCGCCA
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr12 - 56637191 56637206 1.88e-05 0.0897 CTGCCCTCTCGCGGTA
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 93079211 93079226 1.89e-05 0.0897 CTGCCCCCCCGCGGCT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 - 21457194 21457209 1.93e-05 0.0909 GCGCCCCCTGCTGACT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 + 17334778 17334793 1.97e-05 0.092 GCGCCCGCCCGCGCCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 - 44212477 44212492 2.19e-05 0.0996 CCGCGCTCCTGCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr5 - 140711343 140711358 2.19e-05 0.0996 GCGCCCGCGGGTCTCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr5 - 140726216 140726231 2.19e-05 0.0996 GCGCCCGCGGGTCTCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr2 - 171703797 171703812 2.21e-05 0.0996 ATGCCCCCTTCTGGAC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 - 64919512 64919527 2.25e-05 0.1 GCGCCACCTCGCCCCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 234724400 234724415 2.25e-05 0.1 CTGCCCGCCAGAGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 - 66715890 66715905 2.27e-05 0.1 CTGCCCTCTTGTGGTA
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 + 43754604 43754619 2.43e-05 0.106 CCGCCCGCCGCCGGTG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 + 42998045 42998060 2.45e-05 0.106 GTGCCCCCGACAGGCA
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr15 - 64387656 64387671 2.47e-05 0.106 GTGCCCTCCGGAGTCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 223726750 223726765 2.5e-05 0.107 CTGCCCCCTCCCCTCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr6 + 107114560 107114575 2.52e-05 0.107 CCGCCCCCTGCTCCCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr5 + 43065033 43065048 2.53e-05 0.107 GTCGCCCCTAGTGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 - 35757598 35757613 2.57e-05 0.107 GCCCCAGCGCGCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 54715704 54715719 2.59e-05 0.107 CTGGCCTCGCCCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 - 40634664 40634679 2.64e-05 0.109 GCGCCGGCGCGCGGTG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr5 - 112160957 112160972 2.69e-05 0.109 GTTCCCCCGCCCGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 + 4400581 4400596 2.71e-05 0.109 gcgcgcgcccccggcc
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 + 4400600 4400615 2.71e-05 0.109 gcgcgcgcccccggcc
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 32817391 32817406 2.73e-05 0.109 CCGGCCGCTGCCGGAG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 + 39411973 39411988 2.75e-05 0.109 CCCCCACCTGGTGGCT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 + 18781188 18781203 2.77e-05 0.109 GTGGTCCCTGCTGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 229558810 229558825 2.81e-05 0.109 GCGCCCGCCCCCGCCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr5 + 154461698 154461713 2.82e-05 0.109 gcccctcctgctggcc
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 54715846 54715861 2.86e-05 0.109 GCGGCTCCTTCCGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr5 - 112160744 112160759 2.9e-05 0.109 ACGCCGCCGTGTGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 120176327 120176342 2.9e-05 0.109 GCTCCCGCTGGCCGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr9 - 137578866 137578881 2.9e-05 0.109 CTGCGCTCGTCCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 23019492 23019507 2.92e-05 0.109 CTGCCCGCGCGCCGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 229558833 229558848 2.92e-05 0.109 GCGGCACCGCGCGGAC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 - 41859566 41859581 3.06e-05 0.113 CTGCCTTCTAGTGTCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 + 29528620 29528635 3.08e-05 0.113 GCGCCATCTGTCGCCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr9 - 40992168 40992183 3.12e-05 0.113 CTGCTCCCTGGCGCCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr11 - 62653129 62653144 3.12e-05 0.113 CCCCCATCGCGCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 - 18349714 18349729 3.21e-05 0.115 GTGCCACCTTCTGGGC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 228165726 228165741 3.21e-05 0.115 CCTCCCTCCGGCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr12 + 56636835 56636850 3.36e-05 0.118 GCTCCACCTTCTGTCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr7 + 141551314 141551329 3.36e-05 0.118 GCGCGCGCTCGCAGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 225653677 225653692 3.36e-05 0.118 GTGCCCTCGCGCGGGG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr5 + 116574839 116574854 3.45e-05 0.12 CCGCTCCCGGGCGGAG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 244653142 244653157 3.45e-05 0.12 GCGCCCGGGAGCGGCT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr10 - 6088924 6088939 3.49e-05 0.121 CTGCCCGCGGGAGGAC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr6 - 154675797 154675812 3.52e-05 0.121 ATGCCATCTGCTGGTC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 + 4400585 4400600 3.59e-05 0.122 gcgcccccggcccccg
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 227735243 227735258 3.59e-05 0.122 GCGCGCCCTCGCCGAC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 + 49580596 49580611 3.63e-05 0.122 CCGCCCACTTCCGCCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 234612671 234612686 3.63e-05 0.122 CCGCTCCCTCCCGGCA
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr5 - 176389083 176389098 3.66e-05 0.122 CCGCCCCCTCGTCTCT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 - 57850163 57850178 3.85e-05 0.128 GCGCGCCCGTTCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 37990209 37990224 3.88e-05 0.128 ATGCCCCCTGGAGGCA
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chrX - 13658817 13658832 3.9e-05 0.128 GCTCCCTCTGGTGGTT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr2 + 223957627 223957642 3.95e-05 0.129 GTGCCCGCCGCCGCCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr2 - 223957646 223957661 4.01e-05 0.13 GTGGCTCCTACCGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr2 - 27032810 27032825 4.14e-05 0.133 GCGGCAGCCTGCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 + 50707790 50707805 4.27e-05 0.137 CTGCCCGCGCCCGCCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 + 39980842 39980857 4.33e-05 0.138 CCGTCATCGTGCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr10 - 86399968 86399983 4.36e-05 0.138 GCGCCCCCTGCAGTGC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr5 + 134411674 134411689 4.44e-05 0.138 GCGGCCACTGCCGTCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 150010818 150010833 4.44e-05 0.138 CCGCCCCGTCGCAGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 224616152 224616167 4.44e-05 0.138 GTGGCCGCTGCCGCCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 22452158 22452173 4.47e-05 0.138 GTGCCCCCTCCAGGGG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr9 + 40991953 40991968 4.55e-05 0.14 CCGCGCACGAGTGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr22 - 41446603 41446618 4.61e-05 0.141 CCGCCCTCGGGCCCCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 - 28902856 28902871 4.67e-05 0.141 GCCCCGCCGTGCGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr3 + 53347686 53347701 4.7e-05 0.141 GCGCCGGGTTCCGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 203626905 203626920 4.7e-05 0.141 GCCCCCCCTCCCAGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr7 + 128344015 128344030 4.76e-05 0.143 CCGCCCCCTGCCCTAG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 32817567 32817582 4.82e-05 0.144 CCTCCCCCTGGTGTTG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr5 + 43105837 43105852 4.91e-05 0.145 CTGCCCCCTCACGGTG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 22451880 22451895 4.94e-05 0.145 CCGCCTTCTGGCGTCT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 - 64919324 64919339 4.94e-05 0.145 CCGGCCCCGGCCGCCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 - 40285282 40285297 4.98e-05 0.145 GCTGCCGCTGCCGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 + 39981018 39981033 5.13e-05 0.148 CCGCCGCCCGGCGGAG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr14 + 65472210 65472225 5.13e-05 0.148 gtgccagcttgtgcac
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr7 + 128343983 128343998 5.2e-05 0.149 GCGCCCCGGGGCGTAG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 + 40285382 40285397 5.23e-05 0.149 CCGCCCCCTCCCACCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr12 + 751302 751317 5.33e-05 0.15 GCGGCCGCGTCCGGAC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr12 + 34022479 34022494 5.36e-05 0.15 GTGGCCCCGTCTGGCT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr12 + 38316773 38316788 5.36e-05 0.15 GTGGCCCCGTCTGGCT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr6 + 143450865 143450880 5.36e-05 0.15 ACGCCCCCTTGCCGCT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr4 - 82374581 82374596 5.4e-05 0.15 CCGGTCCCGGGCGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr6 - 131628331 131628346 5.4e-05 0.15 GCGCTCTCGTCCGGCT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 244653140 244653155 5.5e-05 0.152 CCGCTCCCGGGCGCCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 22451742 22451757 5.67e-05 0.155 CCGGCCCCCGCCGTCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr5 + 74767327 74767342 5.67e-05 0.155 GCGGCTGCTCCTGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr3 + 12557032 12557047 5.71e-05 0.155 gcgccggcgtgcgccg
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr22 + 21982831 21982846 5.74e-05 0.155 GTGCCAGCGTCTGCCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 22451834 22451849 5.74e-05 0.155 CCGCCCCCTCCCCTCT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr8 + 37849887 37849902 5.78e-05 0.155 CCCCCGTCTTCCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 228165723 228165738 5.89e-05 0.157 CCGCCTCCCTCCGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr15 - 73992330 73992345 5.92e-05 0.157 GCCGCCGCGGGTGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr15 - 70062534 70062549 6e-05 0.158 CTGCCAGCCAGAGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr2 + 208025529 208025544 6e-05 0.158 GCGGCTTCTCGCGGTC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 244653130 244653145 6.03e-05 0.158 GCGCCGCCGACAGGAG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr21 + 44939916 44939931 6.11e-05 0.159 gcgcccgcccgagccg
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr9 + 105244592 105244607 6.33e-05 0.163 CCGCCGCCGCCCGCCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 - 38544550 38544565 6.33e-05 0.163 CTGCCATCTGCTGGAA
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 26695435 26695450 6.37e-05 0.164 CTGCCCGCTCCCCTCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr6 + 107114454 107114469 6.41e-05 0.164 CCGCCGCGGGCCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr12 - 109477641 109477656 6.57e-05 0.167 CCGCCATCTTGCCCCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr13 + 36999350 36999365 6.61e-05 0.167 GCGCGCCCGCGCGACC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr7 + 135509827 135509842 6.61e-05 0.167 CCGCTCTCTCGTAGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 + 4400497 4400512 6.69e-05 0.167 ccgccccggcgccgcc
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 + 18781117 18781132 6.69e-05 0.167 ccgcccccgctcgccc
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chrX - 119943630 119943645 6.78e-05 0.169 GCGCCCCCTTGTCCCA
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 + 36128044 36128059 6.86e-05 0.169 CTCGCCCCTGCCGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr13 - 40771419 40771434 6.86e-05 0.169 ACGCCCTCCACTGTCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 228165859 228165874 7.03e-05 0.173 GCGGCCCGGTCTGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 - 39981019 39981034 7.11e-05 0.173 CCTCCGCCGGGCGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 40258115 40258130 7.11e-05 0.173 CTGCGCGCTGCTGGCA
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr10 + 93702487 93702502 7.16e-05 0.173 GTGCGCCCTGCCGCAC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 226547859 226547874 7.16e-05 0.173 GCGCCGTCTGGCGTTA
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr7 - 128343744 128343759 7.33e-05 0.176 CCGCCCTCGGCCCGCA
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr21 + 44940077 44940092 7.46e-05 0.179 GCGCGCCCGAGTGCAC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 228165878 228165893 7.6e-05 0.181 GCGGCTGCGCGCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr6 + 107114525 107114540 7.65e-05 0.181 CCTCCCGCTCGCCGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 + 28599781 28599796 7.69e-05 0.181 CCGCCAGCTCCTGCCT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr10 - 6089103 6089118 7.69e-05 0.181 CCGCCAGCGGCAGGAG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 + 4400575 4400590 7.83e-05 0.182 gcccccgcgcgcgccc
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 + 4400594 4400609 7.83e-05 0.182 gcccccgcgcgcgccc
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 15886512 15886527 7.83e-05 0.182 CTCCCACCGCCTGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr22 - 41367262 41367277 7.88e-05 0.182 GCGCCAGCTGCAGCAC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 + 63842522 63842537 7.93e-05 0.182 ACGCCTCCTGCCGGAC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr22 + 37330686 37330701 7.97e-05 0.182 GCGCCACCTACCCACC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 225654078 225654093 7.97e-05 0.182 CCGCCCCCTGCCCGGG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr15 + 73992328 73992343 8.12e-05 0.184 GCGGCCACCCGCGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr18 + 11689405 11689420 8.17e-05 0.184 CCCGCAGCTGGCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 + 19508176 19508191 8.17e-05 0.184 GTGTgacctcgtggcg
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 + 21457215 21457230 8.17e-05 0.184 GCGGCCTGGCCTGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 - 18088092 18088107 8.21e-05 0.184 CCCCGCCCGGCCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr9 - 105244571 105244586 8.26e-05 0.184 GCGCCTCCCTCTGTCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr5 + 96936024 96936039 8.31e-05 0.184 GCCGCCCCTCGCGGCA
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr15 - 75368464 75368479 8.31e-05 0.184 GTGGCCCCTGGTCCCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr5 - 149959500 149959515 8.36e-05 0.184 GCTGCCCCTTGTGGCT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 151070781 151070796 8.41e-05 0.185 ACCCCCCCTCGTGGAG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr10 - 22229316 22229331 8.46e-05 0.185 CTGTCCTCTCCCGGCT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 + 40285345 40285360 8.56e-05 0.187 GCGGCCCCCCCCGCCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr15 - 73992340 73992355 8.76e-05 0.19 CTGCGCCCGCGCCGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr22 + 37330451 37330466 8.87e-05 0.19 GTGCCCAGTGGTGGCT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr19 + 43935112 43935127 8.87e-05 0.19 CCGCCCTCCGCTGCTC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr6 + 107114438 107114453 8.87e-05 0.19 CCGCTCCCGGCCGCCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr21 - 43789528 43789543 8.92e-05 0.191 GCCCCGGCGCGTGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr16 + 2752359 2752374 9.02e-05 0.191 ACGCGCTCGGGCGTCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 206612523 206612538 9.02e-05 0.191 GCCGCCCCCAGTGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 - 29042807 29042822 9.08e-05 0.192 CCTCCCCCTGCTGGTT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr5 + 134412143 134412158 9.13e-05 0.192 GCGCCCTCTTCCAGTT
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr8 + 37479267 37479282 9.18e-05 0.192 CTGCCCTCTCCAGGGC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 23019449 23019464 9.18e-05 0.192 GCGCGCTCCCGCCGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr12 - 8243636 8243651 9.24e-05 0.192 CCTCCCGCCACCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr7 - 141072645 141072660 9.24e-05 0.192 CCGCGCTCTCTCGTCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr22 + 41446724 41446739 9.29e-05 0.192 CTGGCCCCGCGTCGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr10 - 6088897 6088912 9.45e-05 0.195 CTCCCCTCCGCCGGCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 25998342 25998357 9.57e-05 0.196 CTGCTCTCGAGCGGAG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr21 + 32612295 32612310 9.62e-05 0.196 GCGGGTCCTGCCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 + 147172616 147172631 9.62e-05 0.196 GCGCCCGGGACCCGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr8 - 94719855 94719870 9.68e-05 0.196 CCCCCCTCCGGTGTCG
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr17 - 32341953 32341968 9.79e-05 0.198 GCCCGCCCCTGCGGCC
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr12 - 108631986 108632001 9.85e-05 0.198 GCTGCCTCTGGCGGCA
GCGCCCYCTNSYGGCS MEME-4 chr1 - 154627782 154627797 9.85e-05 0.198 GCGGCCTCTCCAGTCT
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF660.IDR0.05.filt.narrowPeak.inPolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/fimo_out_4 --bgfile /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF660.IDR0.05.filt.narrowPeak.inPolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/background --motif GCGCCCYCTNSYGGCS /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF660.IDR0.05.filt.narrowPeak.inPolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/meme_out/meme.xml /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF660.IDR0.05.filt.narrowPeak.inPolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/ZNF660.IDR0.05.filt.narrowPeak.inPolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF660.IDR0.05.filt.narrowPeak.inPolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/fimo_out_4
    MEME file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF660.IDR0.05.filt.narrowPeak.inPolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/meme_out/meme.xml
    sequence file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF660.IDR0.05.filt.narrowPeak.inPolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/ZNF660.IDR0.05.filt.narrowPeak.inPolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.fa
  
  

    background file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF660.IDR0.05.filt.narrowPeak.inPolsteinDNase.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

Go to top