Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/scratch/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF549.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/ZNF549.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.fa
Database contains 599 sequences, 299500 residues

MOTIFS /srv/scratch/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF549.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/meme_out/meme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
TGCTGCCCAATTCATG 16 TGCTGCCCAATTCATG
GAGTTTATTTGAGCAA 16 GAGTTTATTTGAGCAA
CTGAACCTCTTCTGGT 16 CTGAACCTCTTCTGGT
GACAAATTAAATTTAA 16 GACAAATTAAATTTAA
AGASYYCMRCVCAGCMAYRTGG 22 AGACTCCAGCCCAGCAACGTGG
TYRCTAATAAAAGCCA 16 TTACTAATAAAAGCCA
AACTTAGGCACATTAAAATTTT 22 AACTTAGGCACATTAAAATTTT
GCYCADYRGAGCWCCTKTCTRTTTTRTAGAY 31 GCTCATTAGAGCTCCTTTCTATTTTGTAGAC
AATYRTTCT 9 AATTGTTCT
CGCTCMCCTCCTGCTG 16 CGCTCACCTCCTGCTG

Random model letter frequencies (/srv/scratch/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF549.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/background):
A 0.287 C 0.213 G 0.213 T 0.287

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr11 + 10314634 10314649 1.16e-09 4.7e-05 gacaaattaaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr16 + 19095074 19095089 1.16e-09 4.7e-05 gacaaattaaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr2 + 42087839 42087854 1.16e-09 4.7e-05 gacaaattaaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr18 + 61772447 61772462 1.16e-09 4.7e-05 gacaaattaaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr12 - 76426379 76426394 1.16e-09 4.7e-05 GACAAATTAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr11 - 92092816 92092831 1.16e-09 4.7e-05 GACAAATTAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr12 - 96057028 96057043 1.16e-09 4.7e-05 GACAAATTAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 - 109189261 109189276 1.16e-09 4.7e-05 GACAAATTAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 - 112317682 112317697 1.16e-09 4.7e-05 GACAAATTAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr7 + 141513856 141513871 1.16e-09 4.7e-05 gacaaattaaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 - 158267424 158267439 1.16e-09 4.7e-05 GACAAATTAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr1 - 199946744 199946759 1.16e-09 4.7e-05 GACAAATTAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr20 - 1083743 1083758 2.03e-09 4.7e-05 GACAAATTAAATTTAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr18 + 8308117 8308132 2.03e-09 4.7e-05 gacaaattaaatttag
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr10 + 10860612 10860627 2.03e-09 4.7e-05 gacaaattaaatttag
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr10 - 17455490 17455505 2.03e-09 4.7e-05 GACAAATTAAATTTAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr13 + 38419461 38419476 2.03e-09 4.7e-05 gacaaattaaatttag
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr17 + 50649173 50649188 2.03e-09 4.7e-05 gacaaattaaatttag
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr18 - 50748051 50748066 2.03e-09 4.7e-05 GACAAATTAAATTTAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 + 124607255 124607270 2.03e-09 4.7e-05 gacaaattaaatttag
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr3 - 125332810 125332825 2.03e-09 4.7e-05 GACAAATTAAATTTAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 - 129865326 129865341 2.03e-09 4.7e-05 GACAAATTAAATTTAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr1 - 158169403 158169418 2.03e-09 4.7e-05 GACAAATTAAATTTAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr1 - 200715008 200715023 2.03e-09 4.7e-05 GACAAATTAAATTTAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr2 - 211955876 211955891 2.03e-09 4.7e-05 GACAAATTAAATTTAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr10 + 2965046 2965061 2.89e-09 4.93e-05 gccaaattaaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr10 - 17433085 17433100 2.89e-09 4.93e-05 GCCAAATTAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr16 + 19566519 19566534 2.89e-09 4.93e-05 gccaaattaaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 - 43599182 43599197 2.89e-09 4.93e-05 GCCAAATTAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr9 + 81906770 81906785 2.89e-09 4.93e-05 gccaaattaaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr10 - 90205147 90205162 2.89e-09 4.93e-05 GCCAAATTAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chrX + 102902485 102902500 2.89e-09 4.93e-05 gccaaattaaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 - 132524920 132524935 2.89e-09 4.93e-05 GCCAAATTAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr4 - 184234486 184234501 2.89e-09 4.93e-05 GCCAAATTAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 + 112465303 112465318 3.75e-09 6.05e-05 gacaaattaagtttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 + 124951624 124951639 3.75e-09 6.05e-05 gacaaattaagtttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr1 + 59507001 59507016 5.26e-09 8.02e-05 ggcaaattaaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 + 117440694 117440709 5.26e-09 8.02e-05 ggcaaattaaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr10 + 5549579 5549594 7.69e-09 0.000114 gacgaattaaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 + 117252701 117252716 9.19e-09 0.00013 gacaaattaagtttag
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 + 149143069 149143084 9.19e-09 0.00013 gacaaattaagtttag
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 - 89011196 89011211 1.01e-08 0.000136 GACAAATTAAACTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 + 147999163 147999178 1.01e-08 0.000136 gacaaattaaacttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr16 + 50724388 50724403 1.07e-08 0.000141 ggcaaattaaatttag
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr18 - 23406779 23406794 1.3e-08 0.000151 GACAAAATAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr20 - 44320277 44320292 1.3e-08 0.000151 GACAAAATAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr10 - 44813433 44813448 1.3e-08 0.000151 GACAAAATAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr3 - 141180207 141180222 1.3e-08 0.000151 GACAAAATAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr1 - 168341437 168341452 1.3e-08 0.000151 GACAAAATAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr2 + 230396331 230396346 1.3e-08 0.000151 gacaaaataaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 - 43203612 43203627 1.58e-08 0.00018 GCCAAATTAAGTTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr9 - 111516449 111516464 1.82e-08 0.0002 GACAAATTAAATTTGA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr2 - 172249673 172249688 1.82e-08 0.0002 GATAAATTAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr19 + 41013747 41013762 2.06e-08 0.000217 gacaaattaaacttag
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr21 + 41572099 41572114 2.06e-08 0.000217 gacaaattaaacttag
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr1 + 67089836 67089851 2.26e-08 0.000234 gacaaattaaatttca
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr13 - 45867664 45867679 2.38e-08 0.00024 GTCAAATTAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr3 + 14080388 14080403 2.44e-08 0.00024 gccgaattaaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr14 + 80050888 80050903 2.44e-08 0.00024 gccgaattaaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 - 93008607 93008622 2.53e-08 0.000245 GACAAAATAAATTTAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr7 - 159317571 159317586 2.91e-08 0.000277 GACAAATTTAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr1 - 80579278 80579293 3.09e-08 0.00028 GACAAATTAAATTTGG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr11 - 86053490 86053505 3.09e-08 0.00028 GACAAATTAAATTTGG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr8 - 95178173 95178188 3.09e-08 0.00028 GACAAATTAAATTTGG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr17 + 14417490 14417505 3.3e-08 0.000295 gacaaattaaattcaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 + 7001210 7001225 3.37e-08 0.000296 gacacattaaatttag
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr18 + 30766225 30766240 3.94e-08 0.000341 gccaaaataaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 - 96947367 96947382 4.38e-08 0.000374 GACAAATTAAATATAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr2 - 119352732 119352747 4.69e-08 0.000394 GACAAATTCAATTTAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr18 - 29008210 29008225 5.02e-08 0.000416 GCCAAATTAAATTTGA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr7 + 120733980 120733995 5.27e-08 0.00043 gccaaattaaattgaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr4 - 38470936 38470951 5.53e-08 0.000434 GACAAATCAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr20 - 53952917 53952932 5.53e-08 0.000434 GACAAATCAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr12 + 92650579 92650594 5.53e-08 0.000434 gccacattaaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr9 - 132763798 132763813 5.8e-08 0.000442 GACAAATTAAATTCAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr2 - 212638914 212638929 5.8e-08 0.000442 GACAAATTAAATTCAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr13 + 19811421 19811436 6.3e-08 0.000475 ggcaaattaaacttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr15 - 66950369 66950384 6.42e-08 0.000477 AACAAATTAAACTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr3 + 129023099 129023114 6.6e-08 0.000485 gacatattaaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr10 - 90572112 90572127 6.85e-08 0.000496 GACAAATAAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 - 101394003 101394018 8.81e-08 0.000627 GCCAAATTAAATGTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr8 - 19734579 19734594 8.87e-08 0.000627 GACAAGTTAAATTTAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr8 + 583238 583253 1.09e-07 0.000755 gatgaattaaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr19 + 40945782 40945797 1.09e-07 0.000755 ggcaaattaaacttag
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr7 + 38173181 38173196 1.32e-07 0.0009 gagaaattaaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 - 41874887 41874902 1.52e-07 0.00102 GACAAATTAACTTTAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr9 - 101504395 101504410 1.59e-07 0.00106 AACAAATTTAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr18 + 9683456 9683471 1.73e-07 0.00113 ggcaaattaaattgag
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 - 159398922 159398937 1.73e-07 0.00113 GAAAAATTAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 + 50716305 50716320 2.07e-07 0.00129 aacaaattgagtttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr1 + 230620807 230620822 2.07e-07 0.00129 aacaaattgagtttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 - 40905000 40905015 2.07e-07 0.00129 AACAAATTGAGTTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 - 118543158 118543173 2.07e-07 0.00129 AACAAATTGAGTTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr13 - 97713005 97713020 2.16e-07 0.00133 GAGAAATTAAATTTAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr4 + 126986925 126986940 2.21e-07 0.00135 gtcaaaataaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr15 + 32056881 32056896 2.48e-07 0.0015 ggcaaattcaatttag
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 + 33479793 33479808 2.72e-07 0.00154 accacattaaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr12 + 65984133 65984148 2.72e-07 0.00154 gctgaattaaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 + 148597208 148597223 2.72e-07 0.00154 gctgaattaaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr1 + 223056902 223056917 2.72e-07 0.00154 gctgaattaaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr10 - 28399093 28399108 2.72e-07 0.00154 GCTGAATTAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr14 - 92224855 92224870 2.72e-07 0.00154 GCTGAATTAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 + 105176168 105176183 3.11e-07 0.00175 gataaattcaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr17 + 35285114 35285129 3.37e-07 0.00188 gacaagttaagtttag
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr10 + 12596194 12596209 4.43e-07 0.00245 gacaaaataaatgtag
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr12 + 99686533 99686548 5.23e-07 0.00286 gctacattaaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr11 - 130543445 130543460 5.41e-07 0.00293 GATAAATTAAATTCAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr8 - 19066147 19066162 5.6e-07 0.00295 AACAAATTTAGTTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr1 - 199575299 199575314 5.6e-07 0.00295 GACAAAGTAAATTTCA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr1 + 241456884 241456899 5.6e-07 0.00295 aacaaatttagtttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr15 - 49190967 49190982 6.58e-07 0.00344 GTCAAGTTAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 + 84681035 84681050 7.29e-07 0.00377 ggtaaaataaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 - 84680908 84680923 7.36e-07 0.00378 AATAAAATAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr8 - 653633 653648 1.12e-06 0.00565 ACTGAATTAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr10 - 61159512 61159527 1.12e-06 0.00565 ACTGAATTAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 - 104799510 104799525 1.16e-06 0.00578 GAAAAAATAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr9 + 108757076 108757091 1.27e-06 0.00627 gtcaaattaattttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr10 + 52115898 52115913 1.33e-06 0.00656 gatgaactaaatttag
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr1 + 230030270 230030285 1.51e-06 0.00734 aacaaactgagtttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr2 + 202411264 202411279 1.52e-06 0.00734 gacaaaccaagtttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 + 143506293 143506308 1.59e-06 0.00762 AACAAAATTAATTTAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 + 11414583 11414598 1.62e-06 0.00772 gactaattaaatttgg
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr8 - 142334331 142334346 1.67e-06 0.00788 GCTGAAATAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr20 - 20219271 20219286 1.87e-06 0.00876 AACAAATTGAGTTTCA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr4 - 86962009 86962024 1.97e-06 0.00913 GACAAATAAAATATAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr1 + 236945396 236945411 2.06e-06 0.00948 GGCAAAATGAACTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr1 - 223639721 223639736 2.09e-06 0.00955 GACAAAATAAATGTGA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr13 + 36619416 36619431 2.39e-06 0.0108 aacaaattgagttcaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr12 - 65327099 65327114 2.58e-06 0.0116 AACAAATAAAACTTAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 + 157376880 157376895 2.71e-06 0.0121 gctgaattcaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr4 + 120527061 120527076 2.85e-06 0.0126 Aacaaaatacatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr12 - 99686539 99686554 2.97e-06 0.0131 GACAATTTAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 - 79959703 79959718 3.01e-06 0.0131 GCTGAATTAAATGTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 - 37800235 37800250 3.31e-06 0.0143 AACATACTAAATTTAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr18 - 46067853 46067868 3.48e-06 0.015 GACTAGTTAAATTTAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr7 + 17385705 17385720 3.63e-06 0.0155 gacaaattgcattgaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr8 - 95222396 95222411 3.7e-06 0.0156 AACAAATTTAGTTGAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 - 85373093 85373108 3.74e-06 0.0157 AACACATTTAGTTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr20 + 11888779 11888794 3.83e-06 0.016 accaaattgagtttca
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr18 + 29008209 29008224 3.92e-06 0.0162 gtcaaatttaatttgg
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr14 - 34332531 34332546 4.29e-06 0.0175 GACAATTTAAATTTAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 - 149923186 149923201 4.29e-06 0.0175 GACAAAACAAATTCAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr7 + 99920218 99920233 4.31e-06 0.0175 gacaaatttaatagaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr14 + 80050850 80050865 5.44e-06 0.0218 aacaaatttaacttga
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr3 - 161405324 161405339 5.47e-06 0.0218 AGCACATTGAGTTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr10 + 5549627 5549642 5.5e-06 0.0218 aatgaattgagtttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr4 + 31221069 31221084 5.53e-06 0.0218 gaaaaattaaatttta
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 - 123364182 123364197 5.89e-06 0.0231 GCCAAATTATATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr1 - 60173236 60173251 6.18e-06 0.024 AACGAATTAAATAGAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr2 - 150974437 150974452 6.27e-06 0.0241 AACAAATTGAGTTTTA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr15 + 39399743 39399758 6.27e-06 0.0241 aacaaattgagtttta
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr12 - 14655315 14655330 6.41e-06 0.0242 GATGAAATCAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 - 32799312 32799327 6.41e-06 0.0242 ATCAAAATAAATTTCA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr10 + 44022108 44022123 6.41e-06 0.0242 aacgaattgagtttca
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr1 - 235676691 235676706 6.65e-06 0.0249 AACAAATTGAGCTGAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr1 + 100782608 100782623 7.61e-06 0.0283 aaaaaattgagtttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr10 - 129598619 129598634 7.98e-06 0.0295 ACCAAATAGAGTTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr14 - 79304657 79304672 9.67e-06 0.0355 GACAAACAGAACTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chrX + 19911940 19911955 9.76e-06 0.0356 aacaaactgagtttca
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr13 + 25059330 25059345 1e-05 0.0363 aggaaaataaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 + 117039193 117039208 1.01e-05 0.0364 ctcaaattaaatgtaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr2 - 18935095 18935110 1.06e-05 0.0381 GACAAATTGAACAGAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr17 + 71842974 71842989 1.14e-05 0.0406 atgaaattaagtttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr8 + 25019924 25019939 1.2e-05 0.0423 gataaattaaatttat
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr3 + 106214658 106214673 1.24e-05 0.0437 accgaattcaatgtaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr3 + 143864611 143864626 1.25e-05 0.0437 agtacattaaacttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr4 + 75834231 75834246 1.37e-05 0.0474 agtgaatttaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr13 + 45867663 45867678 1.39e-05 0.0478 gttaaatttaatttga
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr4 - 184234621 184234636 1.42e-05 0.0488 GTTAAATCAAGTTTAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr9 - 98806760 98806775 1.47e-05 0.0502 GACGAAGTAAGTCTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr10 - 5321540 5321555 1.62e-05 0.055 ACCAAATTAAATTAAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chrX - 134938921 134938936 1.71e-05 0.0576 AACAAGTTGAGTTGAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr12 + 65196897 65196912 1.74e-05 0.0583 gacaaaagaaatttag
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 + 84681323 84681338 1.8e-05 0.06 tacaaattaaatttca
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 - 109862196 109862211 1.82e-05 0.0602 AGCAAATTGAGTTTTA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr4 - 147827662 147827677 2.04e-05 0.0671 GTTAAAAAAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 + 96673299 96673314 2.12e-05 0.0691 gacaaatttaacagag
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr2 + 191434081 191434096 2.12e-05 0.0691 gacaaatttaacagag
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr1 + 230030088 230030103 2.22e-05 0.0719 GAAAAATTGATTTTAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr13 - 30668783 30668798 2.32e-05 0.0747 AACAAATCGAGTGTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 + 158267569 158267584 2.34e-05 0.0751 ACAAAATTAACTTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr8 - 124339507 124339522 2.4e-05 0.0765 GACAGATTAAATATAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr4 - 1265285 1265300 2.46e-05 0.0779 AGCAAATTGAGTTTTG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 + 158267568 158267583 2.51e-05 0.0791 GACAAAATTAACTTTA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr2 - 55710071 55710086 2.64e-05 0.0827 GGTAAATTAAACTGGG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr11 - 44752527 44752542 2.87e-05 0.0896 AACAAATTGAGTTGTA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 + 11414857 11414872 2.98e-05 0.0923 cctaaattaagtttca
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr9 - 4657576 4657591 3.24e-05 0.1 AATAAATTTAATTTTG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr12 + 58918790 58918805 3.49e-05 0.107 AAGAAATTAAATATCA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 + 20326278 20326293 3.56e-05 0.109 gccaaacttagcttga
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr14 - 49858700 49858715 3.73e-05 0.113 GACAAATTAAATTTTT
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr11 - 10314640 10314655 4.06e-05 0.123 ACTATGTTAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr1 - 92105587 92105602 4.42e-05 0.133 CACAAGTTGAATTTGG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr14 + 101089562 101089577 4.48e-05 0.134 aaaaaacaaaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr16 - 25015932 25015947 4.55e-05 0.135 CACACATTGACTTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr2 + 230396463 230396478 4.55e-05 0.135 gagaaattatatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr3 - 25085571 25085586 4.61e-05 0.136 AATGAATTGAATTGGA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr13 + 43090073 43090088 4.68e-05 0.136 gacaaatttagcagag
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr2 - 165958553 165958568 4.68e-05 0.136 GACAAATTTAGCAGAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr16 - 19566520 19566535 4.94e-05 0.142 ATTAAATTTAATTTGG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr7 + 159317555 159317570 4.94e-05 0.142 gcttaattaaattttg
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr10 - 5549633 5549648 5.2e-05 0.149 GCTTAATTAAACTCAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 - 106435430 106435445 5.2e-05 0.149 GACAAATTACATTAAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr9 - 4657712 4657727 5.24e-05 0.149 AACAAATTAAATATAT
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr11 - 12703445 12703460 5.37e-05 0.152 GGCAAAACAAATGGAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 - 149923181 149923196 5.45e-05 0.153 AACAAATTCAACAGAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr2 + 211955916 211955931 5.75e-05 0.161 CACAAACTAAGTTGGA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr7 + 142955243 142955258 5.87e-05 0.164 gataaataaaatctca
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr9 + 94039929 94039944 5.99e-05 0.166 gacaaattttacttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr17 - 71842975 71842990 6.12e-05 0.169 GTTAAACTTAATTTCA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 - 68933253 68933268 6.45e-05 0.177 AATGCACTAAATTTGA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr14 + 72409193 72409208 6.51e-05 0.178 gacacaatacttttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr7 - 32540594 32540609 6.57e-05 0.179 CCAAAAGTAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr18 + 6577115 6577130 6.84e-05 0.185 agcaaactgagtttta
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr13 - 25059535 25059550 6.91e-05 0.186 AGTAAAATGAATGTAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr8 - 104776796 104776811 7.03e-05 0.189 GGCACACTAAATCTCA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 + 43203611 43203626 7.09e-05 0.19 gttaaacttaatttgg
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr17 - 70563739 70563754 7.22e-05 0.192 CACGCATTAAGTTCAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr9 + 4657575 4657590 7.34e-05 0.194 gcaaaattaaatttat
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr1 + 79683812 79683827 7.34e-05 0.194 AACATATTACATATAG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr9 - 125696628 125696643 7.44e-05 0.195 GACTAGATAAGCTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 + 118543152 118543167 7.57e-05 0.198 aattaattaaactcaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr7 + 134482872 134482887 7.6e-05 0.198 gtaaaacaaaatttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr1 + 94937810 94937825 7.74e-05 0.2 aatgaaacaaacttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 - 124607523 124607538 7.98e-05 0.206 GACACAATGAACTGCA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr1 + 223639822 223639837 8.12e-05 0.208 gacaagtaaagctgag
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr1 - 125180312 125180327 8.16e-05 0.208 AATGAATTGAATGCAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr9 - 4657581 4657596 8.23e-05 0.208 GCTCAAATAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr14 + 49858756 49858771 8.23e-05 0.208 AACAAATTTAACctgg
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr10 + 3401646 3401661 8.3e-05 0.208 gacaagtttatttgag
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr9 + 81906785 81906800 8.3e-05 0.208 aaggaatttaattgag
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr3 + 107870363 107870378 8.41e-05 0.21 gattagttaagcttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 + 32339370 32339385 8.75e-05 0.217 gacaaatttcctttca
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr4 - 120527302 120527317 8.75e-05 0.217 GCAAAACAAAACTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 + 112308373 112308388 8.86e-05 0.219 agaaaataaaacttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr7 + 96436072 96436087 9.17e-05 0.225 AGGAAATTGAGTTTGG
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 + 32339607 32339622 9.21e-05 0.225 tccaaaataaattgaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 + 10888113 10888128 9.25e-05 0.225 aatgtatttagtttaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chrX + 13769054 13769069 9.33e-05 0.226 CCCTAATTTAGTTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr5 + 106435537 106435552 9.36e-05 0.226 gccaaagaaagctgaa
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr16 - 19566525 19566540 9.49e-05 0.228 GCTCCATTAAATTTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr10 + 121679025 121679040 9.61e-05 0.23 gatgagttaagttttg
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr17 - 17877842 17877857 9.86e-05 0.235 GACAAACAGAACCTAA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr7 + 120733993 120734008 9.95e-05 0.236 gaaaagtttaattgag
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr6 + 125423406 125423421 9.95e-05 0.236 GGCACATTAAATGGTA
GACAAATTAAATTTAA MEME-4 chr1 + 111496529 111496544 9.99e-05 0.236 accaaactaacctcaa
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/scratch/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF549.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/fimo_out_4 --bgfile /srv/scratch/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF549.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/background --motif GACAAATTAAATTTAA /srv/scratch/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF549.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/meme_out/meme.xml /srv/scratch/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF549.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/ZNF549.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/scratch/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF549.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/fimo_out_4
    MEME file name = /srv/scratch/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF549.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/meme_out/meme.xml
    sequence file name = /srv/scratch/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF549.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/ZNF549.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.fa
  
  

    background file name = /srv/scratch/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF549.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

Go to top