Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information



FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

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If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]


DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF423.IDR0.05.filt.narrowPeak.top3000.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/ZNF423.IDR0.05.filt.narrowPeak.top3000.summitPlusMinus250bp.fa
Database contains 3000 sequences, 1500000 residues

MOTIFS /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF423.IDR0.05.filt.narrowPeak.top3000.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
CCCHDGGG 8 CCCCGGGG
CAGCRGGR 8 CAGCAGGG
DTTTAY 6 TTTTAT
CWCCCD 6 CTCCCA
CNGGGA 6 CGGGGA
AMAMACA 7 ACACACA
CCHGGAGA 8 CCTGGAGA
GCGCWS 6 GCGCTG
GGAAD 5 GGAAG
TAATBA 6 TAATGA
AGATAAG 7 AGATAAG
CACGTGM 7 CACGTGC

Random model letter frequencies (/srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF423.IDR0.05.filt.narrowPeak.top3000.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background):
A 0.194 C 0.306 G 0.306 T 0.194


SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES

Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
AGATAAG DREME-11 chr12 - 1576519 1576525 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr7 - 1743068 1743074 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr1 - 6443408 6443414 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr6 - 7389215 7389221 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr10 - 7438326 7438332 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr8 - 8800652 8800658 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr1 + 12433751 12433757 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr3 + 13650531 13650537 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chrX + 14030163 14030169 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr21 + 14166587 14166593 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr1 + 14929596 14929602 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr5 + 16867151 16867157 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr1 + 17597242 17597248 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr19 - 18593564 18593570 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr1 + 18641192 18641198 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr13 + 20696245 20696251 2.55e-05 0.516 agataag
AGATAAG DREME-11 chr7 + 22545761 22545767 2.55e-05 0.516 agataag
AGATAAG DREME-11 chr3 + 23020128 23020134 2.55e-05 0.516 agataag
AGATAAG DREME-11 chr1 - 25782955 25782961 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr7 - 25878434 25878440 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr12 + 26274145 26274151 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr12 + 26274553 26274559 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr1 + 26620777 26620783 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr17 - 29176766 29176772 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr10 + 29254616 29254622 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr10 + 31927955 31927961 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr6 - 32968144 32968150 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr19 - 33390728 33390734 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr19 + 33392433 33392439 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr11 - 34263549 34263555 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr14 + 34723000 34723006 2.55e-05 0.516 agataag
AGATAAG DREME-11 chr17 + 34982110 34982116 2.55e-05 0.516 agataag
AGATAAG DREME-11 chr18 - 36512201 36512207 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr6 + 36680251 36680257 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr14 + 36835390 36835396 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr8 + 37479302 37479308 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr8 - 37479438 37479444 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr21 - 38054665 38054671 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr2 + 38440909 38440915 2.55e-05 0.516 agataag
AGATAAG DREME-11 chr19 - 38684138 38684144 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr1 - 38785833 38785839 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr2 + 39121373 39121379 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr6 - 39217915 39217921 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr19 + 40602253 40602259 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr19 + 40602253 40602259 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr6 - 41073597 41073603 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr21 + 42538847 42538853 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr17 - 43024545 43024551 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr13 + 43055173 43055179 2.55e-05 0.516 agataag
AGATAAG DREME-11 chr15 + 44194522 44194528 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr19 - 44847773 44847779 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr1 - 46477776 46477782 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr22 - 46773960 46773966 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr18 - 48828936 48828942 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr12 + 49869335 49869341 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr17 + 49976360 49976366 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr6 - 52243316 52243322 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr6 + 52243616 52243622 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr1 - 52552722 52552728 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr12 + 52895522 52895528 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr17 - 57545871 57545877 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr17 + 57811391 57811397 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr17 + 57925670 57925676 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr18 - 58143462 58143468 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr18 + 58143564 58143570 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr17 - 58388005 58388011 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr14 + 58883164 58883170 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr3 + 61560627 61560633 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr10 - 61898677 61898683 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr10 + 62047046 62047052 2.55e-05 0.516 AGATAag
AGATAAG DREME-11 chr20 + 62651359 62651365 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr17 - 63481081 63481087 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr15 + 65533320 65533326 2.55e-05 0.516 agataag
AGATAAG DREME-11 chr12 + 65630432 65630438 2.55e-05 0.516 agataag
AGATAAG DREME-11 chr12 - 65630681 65630687 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr7 - 67101278 67101284 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr12 - 69484696 69484702 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr3 + 73490896 73490902 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr13 + 74324449 74324455 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr15 + 74585021 74585027 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr10 + 75613989 75613995 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr15 - 75694868 75694874 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr15 + 76311489 76311495 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr5 + 76616199 76616205 2.55e-05 0.516 agataag
AGATAAG DREME-11 chr17 + 76697922 76697928 2.55e-05 0.516 agataag
AGATAAG DREME-11 chr17 + 76725910 76725916 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr10 - 77287857 77287863 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr10 - 77289104 77289110 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr9 + 78030796 78030802 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr6 - 79384987 79384993 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr17 - 81394013 81394019 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr4 - 81808425 81808431 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr16 + 85613313 85613319 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr9 + 86142177 86142183 2.55e-05 0.516 agataag
AGATAAG DREME-11 chr16 - 88688314 88688320 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr7 - 96622153 96622159 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr10 + 98467531 98467537 2.55e-05 0.516 agaTAAG
AGATAAG DREME-11 chr13 + 98484670 98484676 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr4 - 98995327 98995333 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr14 + 99263011 99263017 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr10 + 99330546 99330552 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr14 + 99574622 99574628 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr7 - 100264827 100264833 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr15 + 101501866 101501872 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr7 + 105012521 105012527 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr7 + 106284130 106284136 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr5 - 107572173 107572179 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr6 + 108676777 108676783 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr2 + 109214245 109214251 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr9 - 111661234 111661240 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr7 + 114653785 114653791 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr12 + 114726306 114726312 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr1 - 115650226 115650232 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr7 - 116671933 116671939 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr2 - 119820631 119820637 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr8 - 120125104 120125110 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr12 + 121202911 121202917 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr4 - 122152119 122152125 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr9 - 124045787 124045793 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr5 - 124264077 124264083 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr10 + 124420500 124420506 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr10 - 125145539 125145545 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr5 + 132501505 132501511 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr10 + 133375442 133375448 2.55e-05 0.516 agataag
AGATAAG DREME-11 chr5 + 138275700 138275706 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr1 - 154352795 154352801 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr6 + 154616027 154616033 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr1 - 159916470 159916476 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr1 + 160325532 160325538 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr1 - 167659025 167659031 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr2 - 168661527 168661533 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr2 - 169361768 169361774 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr2 + 172084438 172084444 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr5 + 172195494 172195500 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr1 - 180263018 180263024 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr2 - 181574586 181574592 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr4 + 183876420 183876426 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr3 + 194140861 194140867 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr1 - 202035208 202035214 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr1 - 211630413 211630419 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr1 - 220918590 220918596 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr1 + 223706656 223706662 2.55e-05 0.516 agataag
AGATAAG DREME-11 chr1 - 227564031 227564037 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr1 - 227766299 227766305 2.55e-05 0.516 AGATAAG
AGATAAG DREME-11 chr1 + 233636467 233636473 2.55e-05 0.516 agataag
AGATAAG DREME-11 chr2 + 236078604 236078610 2.55e-05 0.516 AGATAAG

DEBUGGING INFORMATION

Command line:

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF423.IDR0.05.filt.narrowPeak.top3000.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/fimo_out_16 --bgfile /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF423.IDR0.05.filt.narrowPeak.top3000.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background --motif AGATAAG /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF423.IDR0.05.filt.narrowPeak.top3000.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF423.IDR0.05.filt.narrowPeak.top3000.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/ZNF423.IDR0.05.filt.narrowPeak.top3000.summitPlusMinus250bp.fa

Settings:

output_directory = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF423.IDR0.05.filt.narrowPeak.top3000.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/fimo_out_16 MEME file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF423.IDR0.05.filt.narrowPeak.top3000.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml sequence file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF423.IDR0.05.filt.narrowPeak.top3000.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/ZNF423.IDR0.05.filt.narrowPeak.top3000.summitPlusMinus250bp.fa
background file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF423.IDR0.05.filt.narrowPeak.top3000.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background alphabet = DNA max stored scores = 100000
allow clobber = true compute q-values = true parse genomic coord. = true
text only = false scan both strands = true max strand = false
threshold type = p-value output theshold = 0.0001 pseudocount = 0.1
alpha = 1 verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.


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