Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information



FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]


DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF394.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/ZNF394.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.fa
Database contains 600 sequences, 300000 residues

MOTIFS /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/MotifData/motif_databases/CIS-BP/Homo_sapiens.meme (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
M0085_1.02 10 TCGCCTGAGG
M0104_1.02 11 ATATTAATTAA
M0105_1.02 9 TTTTAATTG
M0108_1.02 11 GATAATATTGA
M0177_1.02 10 ACCATATGTT
M0178_1.02 10 AACAGCTGTT
M0189_1.02 8 GCACGTGA
M0195_1.02 10 ACCATATGGT
M0196_1.02 10 GGCACGTGTC
M0198_1.02 10 AGCCCGTGCG
M0199_1.02 13 TAACGACACGTGC
M0211_1.02 8 GCACGTGT
M0212_1.02 10 GGCACGTGCC
M0214_1.02 9 AACATATGG
M0216_1.02 10 CGCAGCTGTG
M0217_1.02 10 ACCATATGGT
M0300_1.02 10 AATGACGTCA
M0305_1.02 9 GCCACGTGT
M0307_1.02 8 ATACGTTG
M0395_1.02 8 GTACTAAT
M0396_1.02 10 AACGGTAGCA
M0398_1.02 11 AGGAAGTGCAA
M0404_1.02 10 AAGGGGGGCA
M0405_1.02 10 TGGGCGTGGC
M0408_1.02 10 ATGTGCACAT
M0413_1.02 10 GTTGCGGGAC
M0415_1.02 8 ATAACGGT
M0422_1.02 10 CCGGGGGGTC
M0424_1.02 10 TTTGACAGCT
M0428_1.02 8 AGGAGCAC
M0431_1.02 9 ACGGTAGCA
M0432_1.02 9 CGCGCGCAC
M0433_1.02 10 ATCTAGAACA
M0436_1.02 10 TTGTTTATTG
M0437_1.02 9 TATATATAT
M0442_1.02 9 AATGCAGTG
M0443_1.02 10 TGGGCGTGGC
M0594_1.02 9 ATTTGAATT
M0603_1.02 7 TTAGCGG
M0607_1.02 9 GCGTAAATA
M0608_1.02 10 GGGGGCGTAA
M0609_1.02 10 CCCCGCGGCC
M0610_1.02 9 ATCGCGTTA
M0629_1.02 11 AATGTATCAAT
M0630_1.02 10 AATGTATCAA
M0632_1.02 10 AATGTATCAA
M0633_1.02 10 TAATGTATTA
M0635_1.02 13 AACATGTATAAAA
M0714_1.02 10 AACCGGAAGT
M0718_1.02 10 ATGTAAACAA
M0719_1.02 8 GTAAACAA
M0728_1.02 12 AATAAACAAACA
M0736_1.02 8 GTAAACAA
M0737_1.02 10 TATGTAAACA
M0747_1.02 10 AATGTAAACA
M0756_1.02 9 GTAAACAAA
M0887_1.02 9 CCTAATGAG
M0890_1.02 8 GTAATCAA
M0891_1.02 10 TTAATTGGTT
M0892_1.02 10 CCTAATTACC
M0893_1.02 10 GTTAATTAAC
M0894_1.02 8 TTAATTAG
M0896_1.02 8 TTAATTAG
M0897_1.02 10 TTTTATGGGC
M0898_1.02 8 TTACGTAA
M0900_1.02 8 TTAATTGG
M0901_1.02 8 CTTGTCAA
M0905_1.02 9 TTAATTACC
M0906_1.02 10 AATTAATTAG
M0931_1.02 9 TAATTAATT
M0937_1.02 7 TGATACC
M0942_1.02 8 TTGTAATT
M0943_1.02 8 GCTAATTA
M0949_1.02 7 TTAATGA
M0952_1.02 8 TGATACCC
M0958_1.02 7 CTAATTA
M0961_1.02 9 CTAATTGGT
M0969_1.02 9 CCAATCAGC
M0975_1.02 9 TAATTAATT
M0994_1.02 9 ATGATACCC
M0996_1.02 7 GAAATCA
M0999_1.02 9 ATTAATTAC
M1007_1.02 9 TTTATGACC
M1012_1.02 9 TTAATGACC
M1016_1.02 7 GTGATAC
M1018_1.02 7 TAATTAA
M1025_1.02 8 GCTAATTA
M1027_1.02 9 TTAATTACC
M1030_1.02 9 ACCACTTAA
M1034_1.02 7 GCAATTA
M1039_1.02 9 GCTAATTGG
M1049_1.02 10 ATGATACCCC
M1070_1.02 9 TTAATGACC
M1071_1.02 8 TTAATGAC
M1073_1.02 9 TTAATGACC
M1110_1.02 10 GGGCAATAGA
M1125_1.02 10 GCTAATTGGC
M1157_1.02 10 TTTTATGACC
M1163_1.02 9 ATTAATTAC
M1266_1.02 10 GACCGAAACC
M1281_1.02 9 CTTACGCAA
M1358_1.02 9 TAACCCTAG
M1359_1.02 10 GTTTGCGCCA
M1418_1.02 8 TGGTACCA
M1432_1.02 10 ATTGACCTCT
M1458_1.02 10 ACTGACCTCG
M1507_1.02 10 AATTTTGGCT
M1528_1.02 10 CCATGGCAAC
M1529_1.02 10 CCATAGCAAC
M1545_1.02 9 CGTACGTCA
M1581_1.02 10 TTTGCTGACT
M1582_1.02 11 ATATATAATAA
M1583_1.02 8 TTCATTGA
M1589_1.02 10 GCAGAACAAT
M1592_1.02 8 AAAACAAT
M1594_1.02 10 CATTGTTCTT
M1601_1.02 9 ATTGTTCTC
M1605_1.02 10 ATTCATCTTT
M1628_1.02 11 AGGTGTGAAGA
M1668_1.02 12 TCCAAACGAGAT
M1838_1.02 15 CATTGCCTCAGGGCA
M1841_1.02 15 GAACATTCTGTTCTT
M1863_1.02 8 GTAAACAT
M1868_1.02 14 ACAGATAAGAATCT
M1871_1.02 10 TGGGTGGGGC
M1882_1.02 21 AAAGTGAAAGTGAAAGTAAAA
M1884_1.02 15 AGCTAAAAATAGCAT
M1889_1.02 10 AAGCACATGG
M1890_1.02 18 AGAGTGCTGATTGGTCCA
M1906_1.02 11 GGGGGCGGGGC
M1915_1.02 20 GCAAGGCATGATGGGAAATC
M1917_1.02 11 GGTCACGTGGC
M1919_1.02 12 CAAGATGGCGGC
M1925_1.02 11 TATTGTGCAAT
M1926_1.02 9 CAGGTGAGG
M1927_1.02 8 GCCACGTG
M1928_1.02 11 GGGAATTTCCC
M1929_1.02 15 CATGTCTGGGCATGT
M1934_1.02 20 AGGTCAGGGTGACCTGGGCC
M1950_1.02 6 GTGGAT
M1955_1.02 11 TTTCCAGGAAA
M1963_1.02 14 GGGGCCGAGGCCTG
M1968_1.02 11 TCCCTGGGGAC
M1970_1.02 6 TGCCAA
M2065_1.02 15 AGGTCAGGGTGACCT
M2264_1.02 8 GCCATCTG
M2267_1.02 11 TTTTATGGCTT
M2268_1.02 11 TATTGCACAAT
M2270_1.02 11 TAATTTAATCA
M2273_1.02 11 GGGCGGGAAGG
M2275_1.02 13 GAACCAGGAAGTG
M2277_1.02 11 ACAGGAAGTGG
M2278_1.02 11 TGTGACTCATT
M2281_1.02 11 TCCAATCCACA
M2283_1.02 15 CAAAAGTAAACAAAG
M2286_1.02 15 TGGACTTTGGACTCT
M2287_1.02 13 GGCCATAAATCAC
M2289_1.02 13 AAGATGATGTCAT
M2292_1.02 11 GGTGACTCATC
M2296_1.02 15 CTGAGTCAGCAATTT
M2299_1.02 13 AGGGACAGCTGCA
M2301_1.02 15 AAATGGACCAATCAG
M2303_1.02 15 TGACCTCTGACCCCT
M2305_1.02 11 TGCGCAGGCGC
M2306_1.02 13 TTCATTTGCATAT
M2307_1.02 15 AGAAAGTGAAAGTGA
M2310_1.02 15 CAAACCACAAACCCC
M2313_1.02 10 CCATTGTTTT
M2314_1.02 15 GGGAGGGGGCGGGGC
M2319_1.02 14 TTCCTTTGATCTTT
M2321_1.02 20 AGACATGCCCAGACATGCCC
M2323_1.02 15 CAGATCTCGCGAGAG
M2385_1.02 11 AAGTAAACAAA
M2387_1.02 10 GTGGGGTGAT
M2388_1.02 10 ATGGGGTGAT
M2390_1.02 8 CAGGAAGG
M2391_1.02 10 GGGGCGGGGC
M2392_1.02 19 GTTGCCATGGCAACCGCGG
M4344_1.02 8 GGTTGCCA
M4427_1.02 21 GTGGCCACCAGGGGGCGCTGT
M4428_1.02 14 GGAACATTCTGTTC
M4438_1.02 15 AGGTCACGGTGACCT
M4444_1.02 14 AGGGGATTTCCCAG
M4451_1.02 11 GGTCACGTGAC
M4452_1.02 15 TCTCGATATGACTCA
M4453_1.02 15 AAGAGGAAGTGAAAC
M4454_1.02 15 AAATCTCGCGAGAAC
M4459_1.02 20 GTGCGGGGGCGGGGGGGGGG
M4461_1.02 21 GCCTTCTGGGAATTGTAGTTC
M4462_1.02 11 CGCCGGAAGTG
M4463_1.02 18 AATGTGGAAATGAGTCAG
M4467_1.02 15 ATGCCAAAAATAGCA
M4469_1.02 14 TCCATGGTGCTGAA
M4471_1.02 15 GCAGCCAAGCGTGAC
M4473_1.02 15 GCCGGCCAATCAGAG
M4476_1.02 15 TCACCTGTTGCTAGG
M4477_1.02 19 CCATGGCCATATAAGGCAA
M4478_1.02 20 CAGGTGATTTCCGGGAAATG
M4479_1.02 11 GCAGCAGCTGT
M4481_1.02 15 GGTCACGTGGCCCGG
M4484_1.02 15 CTGGGAATTGTAGTC
M4509_1.02 17 ATTTGCATAACAAAGGA
M4511_1.02 8 TGACCTCT
M4522_1.02 10 CCGGAAGTGG
M4525_1.02 15 AGCCTCAGGGCATGG
M4526_1.02 15 GGGGGGTGACTCATC
M4527_1.02 21 GGACTACAACTCCCAGCAGGC
M4532_1.02 10 CCACGTGCTC
M4536_1.02 15 GGGGAGGGCGCGCGG
M4537_1.02 15 GGCGGGAAATTTGAA
M4543_1.02 11 GGAACCACGTG
M4545_1.02 15 AGAAAGTGAAAGTGA
M4551_1.02 17 TTCATACTGGAGAGAAA
M4553_1.02 10 GGTCACGTGC
M4565_1.02 14 CAGGATGAGTCACC
M4567_1.02 15 GCAAAGTAAACAGAG
M4569_1.02 18 GTCCCGGGTTCGAATCCC
M4572_1.02 15 TGCTGACTCAGCAAA
M4600_1.02 11 GCAGATAAGGA
M4604_1.02 21 GGGGAGGAGGGAGGGGAGGAG
M4612_1.02 15 CCGCCAGGGGGCGCC
M4619_1.02 11 GGGTGACTCAT
M4623_1.02 15 CGGTGACTCATCCTT
M4629_1.02 17 CATGACTCAGCAATTTT
M4635_1.02 15 GAAAATGAAACTGAA
M4636_1.02 21 CTGCCCTCATCCAAGATGGCG
M4640_1.02 15 GGGCGGGGGTCTCGG
M4665_1.02 15 CAGATAAGAATCTGT
M4680_1.02 8 GTCACGTG
M4681_1.02 10 TGCTGAGTCA
M4692_1.02 10 ACTACAACTC
M4698_1.02 15 CTGGACTTTGGACTC
M4702_1.02 8 TGACCTTT
M4708_1.02 10 TATGCAAATA
M4840_1.02 11 AAATGCGCAAC
M4850_1.02 21 TGTTGTGTCCGTGCCATCTGG
M4930_1.02 11 AAATCGTGACT
M4971_1.02 10 GTAACAGCTG
M5116_1.02 9 ACCACCTGT
M5209_1.02 11 GTGGGCGTGGC
M5234_1.02 10 GGTCACGTAC
M5284_1.02 10 GCTAATTAGC
M5287_1.02 13 CTAATTAAATTAA
M5291_1.02 13 TTAATTTAATTAA
M5292_1.02 13 GGATGATGCAATA
M5293_1.02 14 CGATGACGTCATCG
M5294_1.02 10 GTTAAACGGT
M5300_1.02 17 TAATCGGTATTTAATTG
M5302_1.02 14 TGATGACGTCATCA
M5303_1.02 17 TGCTTTCTAGGAATTCA
M5304_1.02 10 ACCATATGGT
M5307_1.02 12 AAACATATGTTT
M5308_1.02 10 ACCATATGTT
M5310_1.02 8 TTAATTGG
M5320_1.02 15 CCCGCATACAACGAA
M5321_1.02 10 AACACGTGTT
M5322_1.02 8 TTTTTATT
M5323_1.02 14 TGATGACGTCACCG
M5325_1.02 14 TGATGACGTGGCAT
M5335_1.02 18 ATCGATAATTTTATCGAT
M5339_1.02 10 GATAATTAGG
M5342_1.02 8 GTAATTGG
M5343_1.02 8 ATAATTAC
M5344_1.02 8 GTAATTGG
M5345_1.02 10 GTTAATCCGC
M5346_1.02 10 GCTAATCCGT
M5348_1.02 13 CTAATCTAATTAA
M5349_1.02 13 CTAATTTAATCAA
M5363_1.02 12 TTTCCCGCCAAA
M5377_1.02 12 AACCCGGAAGTG
M5388_1.02 10 GCTAATTAGC
M5390_1.02 10 GCTAATTGGG
M5394_1.02 10 GTTAATTGGA
M5398_1.02 10 ACCGGAAGTG
M5414_1.02 10 GTTAATTGGT
M5420_1.02 10 ACCGGAAGTA
M5421_1.02 11 AACCGGAAATA
M5422_1.02 10 ACCGGAAGTG
M5425_1.02 15 CCGGAAGCGGAAGTG
M5427_1.02 10 GCTAATTACC
M5428_1.02 10 GCTAATTACC
M5430_1.02 10 ACCACCTGTT
M5435_1.02 14 TCGCTGTGTCATTC
M5445_1.02 14 AGTAAATATTTTTT
M5446_1.02 7 GTAAACA
M5460_1.02 7 GTAAACA
M5471_1.02 14 GTAAACATGTTTAC
M5480_1.02 10 GCTAATTAGT
M5481_1.02 10 GCTAATTGGT
M5487_1.02 10 TATGCGGGTA
M5490_1.02 16 GCTTCGTGGGGGGTCT
M5491_1.02 14 CTTCGCGGGGGGTC
M5493_1.02 8 GTACGTAA
M5497_1.02 17 AACCGGTTTAACCGGTT
M5500_1.02 10 GCTAATCCCC
M5501_1.02 10 CCTAATCCGC
M5502_1.02 10 TTTAATTAGG
M5503_1.02 10 TTTAATTAGT
M5504_1.02 12 TGGCACGTGCCG
M5506_1.02 12 TGGCACGTGCCA
M5509_1.02 10 GGCACGTGTC
M5512_1.02 9 GGTGGGCAT
M5517_1.02 10 ACTAGTTAAC
M5518_1.02 11 TTTTAATTGCT
M5519_1.02 11 TTTTAATTGGT
M5520_1.02 11 TGTTAATTGCT
M5530_1.02 12 TATAATCGTTTT
M5541_1.02 10 GTTAATTACT
M5542_1.02 10 GCTAATTAGT
M5543_1.02 10 CTTAATTAGT
M5544_1.02 10 TTTTTATGGG
M5547_1.02 11 GGTCGTAAAAT
M5551_1.02 9 TTTTATTAC
M5553_1.02 10 CCAATAAAAA
M5555_1.02 10 GTCGTAAAAA
M5557_1.02 9 GTAATAAAA
M5563_1.02 10 GCTAATTAGC
M5567_1.02 13 GAACGTTCTAGAA
M5568_1.02 15 TTCGAAACGTTCGAA
M5571_1.02 10 GACAGGTGTA
M5581_1.02 12 CATGTCATGTAA
M5582_1.02 12 CATGTCATGTAA
M5583_1.02 8 TTAAGTGC
M5584_1.02 13 TTAATCTAATTAA
M5587_1.02 9 ATGACTCAT
M5591_1.02 18 CAAAAAGGGGCGTGGCAT
M5592_1.02 14 AAGGGGGCGTGGCC
M5593_1.02 11 GGGGGCGTGGC
M5594_1.02 13 CTCGACCTAATTA
M5602_1.02 8 TTAATTGG
M5604_1.02 8 TTAATTAA
M5605_1.02 8 TTAATTAA
M5616_1.02 12 GCTATAAATAGC
M5621_1.02 8 CCTGTCAA
M5623_1.02 10 GCTAATTAAC
M5624_1.02 10 AGTAATTAAC
M5627_1.02 10 CACAGGTGTT
M5628_1.02 8 AGGTGTGA
M5631_1.02 10 GTTAATTAGA
M5632_1.02 10 ATCACGTGAT
M5634_1.02 10 ACCACGTGCC
M5635_1.02 10 TTTAATTACC
M5636_1.02 10 AACAGCTGTT
M5637_1.02 18 TAATTGGTTTTTAATTGC
M5643_1.02 12 ACCGTTAAACGG
M5652_1.02 10 GCCATATGGT
M5653_1.02 10 GACATATGTT
M5660_1.02 15 TTGGCACGGTGCCAA
M5662_1.02 15 TTGGCACAGTGCCAG
M5664_1.02 15 TTGGCACCGTGCCAA
M5672_1.02 10 GCTAATTAGC
M5689_1.02 11 AATTTGCTGAC
M5690_1.02 10 AACATATGTT
M5691_1.02 10 ACCATATGTT
M5693_1.02 10 ACCATATGTT
M5697_1.02 14 ATTATTGATTTTTT
M5702_1.02 17 TGCAGTCATGCGTGACG
M5704_1.02 10 TAATCGATTA
M5705_1.02 8 CTAATTAG
M5709_1.02 10 TAATCGATTA
M5711_1.02 17 TGCAGTCATGCGTGACG
M5714_1.02 11 TAATTTAATTA
M5715_1.02 11 TAATTTAATTA
M5717_1.02 9 CTTAATCCC
M5720_1.02 9 CTTAATCCC
M5722_1.02 12 TGACACCTGTCA
M5729_1.02 9 ATTTGCATA
M5735_1.02 13 AAATTAGCATAAT
M5738_1.02 9 ATTTGCATA
M5740_1.02 14 ATGAATAATTAATG
M5743_1.02 16 ATGCATAATTAATGAG
M5744_1.02 9 ATTTGCATA
M5746_1.02 10 ATAATGAGCT
M5750_1.02 13 GGGGGCCTTGAAA
M5753_1.02 12 CAAGACGCCTTA
M5771_1.02 10 GTTAATTGGC
M5772_1.02 8 TTAATTGG
M5777_1.02 16 CGTTGCCATGGCAACG
M5782_1.02 9 GGATAATCC
M5804_1.02 15 GAGCAACAGGTGGTT
M5805_1.02 13 ATGCAACAGGTGG
M5807_1.02 8 TTAATTGG
M5815_1.02 12 ACAATAACATTG
M5825_1.02 15 AACACTACCATTGTT
M5835_1.02 16 AACAATGTTCATTGTT
M5838_1.02 16 AACAATGTGCAGTGTT
M5856_1.02 12 AGTGGGCGTGGC
M5857_1.02 11 ACCCGGATGTA
M5865_1.02 14 AAAAAGAGGAAGTA
M5873_1.02 10 AGGTGTGAAA
M5875_1.02 20 AGGTGTGAAAAAAGGTGTGA
M5880_1.02 19 AGGTGTGAAATTCACACCT
M5882_1.02 20 TTTCACACCTAGGTGTGAAA
M5883_1.02 16 TCACACCTTCACACCT
M5889_1.02 16 GGTGTGAATTCACACC
M5896_1.02 8 AGGTGTGA
M5903_1.02 12 AAAGATCAAAGG
M5932_1.02 10 GTCACGTGAT
M5934_1.02 12 TGACAGCTGTCA
M5935_1.02 12 TGACAGCTGTCA
M5941_1.02 13 CTAATTTAATTAG
M5944_1.02 8 CTAATTAC
M5945_1.02 8 CTAATTAC
M5949_1.02 8 CTAATTAT
M5955_1.02 11 TAATGGCGGAC
M5958_1.02 13 TATGTCGCGATAG
M5959_1.02 17 TTTCGCCTGGCACGTCA
M5962_1.02 12 TTCGGTGGTCGC
M5965_1.02 15 GCACAGCGGGGGGTC
M5967_1.02 19 ATGTTAAATGTAGATTAAG
M5970_1.02 17 GTCGTGTTGTGGGAAAG
M5971_1.02 14 TCGAGGCTAGACCA
M5972_1.02 17 GAGTATTATGGGATGGA
M5973_1.02 18 AGGTGTTCTGTTAACACT
M5974_1.02 12 GGGTTCGAGGGT
M5976_1.02 17 TTCGTGGCATTTTTCTA
M5977_1.02 10 GTGGGGGGGG
M5979_1.02 12 TGTGGGAAAAGC
M5980_1.02 10 AGGTAGGTAC
M5981_1.02 15 TTTTCAGTGTGTGCA
M5998_1.02 12 GGTGACGTCATT
M6037_1.02 12 TTTGTCATGTAG
M6111_1.02 13 AGAAAGGGTTAAT
M6114_1.02 10 AAAGCAAACA
M6115_1.02 15 CATGTCTGGGCATGT
M6119_1.02 15 AAAAAGAGGAAGTGG
M6123_1.02 15 GGGGTGGGGGAGGGG
M6131_1.02 21 CCGGTTCAAACCGGTTCTGGC
M6139_1.02 9 GCACGCAAC
M6140_1.02 18 ATTGGTTTTATTGGTTAA
M6141_1.02 12 TAATCCAATTAT
M6144_1.02 10 GCCCCCGGGC
M6146_1.02 14 ACGCGCCTCGGGCG
M6147_1.02 22 TTTAATTTGATTTCGATTAATT
M6149_1.02 13 GGTTGGTATTGTG
M6150_1.02 12 GCCTCCCACGCC
M6151_1.02 8 TCACGTGC
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M6154_1.02 12 TAAGGAAGAAGG
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M6157_1.02 10 TCATTAATTG
M6159_1.02 16 TTCCTAGAAAGCTTTT
M6161_1.02 20 ACCGGGTCACGTGCAGAGGG
M6162_1.02 14 GGGTCACGTGTCCA
M6163_1.02 12 TTTGTTGTGTTC
M6164_1.02 25 ACATAGTGACACCTAGGTGTGAAAT
M6166_1.02 15 ATTATGTTAAATCCC
M6167_1.02 8 ACATAAAT
M6171_1.02 11 AATTGTGCAAT
M6172_1.02 12 AAGATTGCGCAA
M6173_1.02 13 CAGATTGCAAAAT
M6174_1.02 11 AGCCAATCAGC
M6176_1.02 12 TGACCTTTGACC
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M6181_1.02 11 CACTGACGTCA
M6182_1.02 8 CTAATCCC
M6184_1.02 14 AGGGGGATCGATGG
M6185_1.02 7 CGTTGGC
M6186_1.02 11 TGTTACATAAC
M6187_1.02 13 GGGGATTGCATTT
M6188_1.02 8 ATAATTAT
M6189_1.02 10 GATAATTACA
M6191_1.02 10 GGCGCGAAAC
M6192_1.02 10 CGCGCGAAAC
M6194_1.02 10 CGCGCCAAAC
M6196_1.02 13 TAGGGCGCGAAAC
M6197_1.02 9 CGTGACGTC
M6199_1.02 11 GGCGTGGGCGG
M6200_1.02 11 AGAGTGGGTGT
M6201_1.02 11 GGCGGCAGGGC
M6204_1.02 15 TAGCAGGAAGTGAGT
M6205_1.02 14 GGCAAACAGGAAAT
M6206_1.02 11 ATAAGGAAGTA
M6207_1.02 9 ACCGGAAGT
M6208_1.02 12 CCCAGGAAGTGC
M6210_1.02 13 TGCCCACGTGGTG
M6211_1.02 14 CGGGGATACGAAAT
M6212_1.02 13 CCCACGTACGCAC
M6213_1.02 11 ACCGGAAATCC
M6215_1.02 9 TGACCTTGA
M6216_1.02 9 TGACCTTGA
M6221_1.02 11 GCGGGAAGTGG
M6222_1.02 8 CAGGAAGT
M6223_1.02 13 GACAGGAAGTAAC
M6224_1.02 17 GCCACAGGAAGTAACAC
M6225_1.02 16 AAGATAAGATAAGATA
M6226_1.02 10 CAGGAAATAA
M6228_1.02 10 CTGACTCATC
M6234_1.02 13 GCAAAGCAAACAA
M6235_1.02 15 CTTAAGTAAACAACG
M6236_1.02 15 TCTGGCAAAACAAAC
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M6239_1.02 11 AAAAGTAAACA
M6240_1.02 12 GACCAATCAGAG
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M6247_1.02 9 AATAAACAA
M6249_1.02 9 AAACAAATT
M6250_1.02 12 AAATAAACAATG
M6251_1.02 12 TTGTGTTTTTTT
M6256_1.02 9 ACAGATAAC
M6257_1.02 17 TAAGAGATAACTTAGAT
M6258_1.02 7 AAGATAA
M6259_1.02 14 CACATGCGGGTATT
M6262_1.02 11 TGCAGTGATTT
M6263_1.02 10 GCTGTGATTT
M6264_1.02 11 CTGGGTGGTCT
M6265_1.02 11 GTGGGTGGTCT
M6266_1.02 11 CTGGGTGGTCC
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M6268_1.02 12 AATGCCAGACGC
M6269_1.02 9 ACTCATTGA
M6270_1.02 20 AGGGACGCAGCTGCTCCCCA
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M6272_1.02 16 AGGCCACGTGCCGGAT
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M6276_1.02 16 GCGCTAGCGGACGTTA
M6277_1.02 13 CTGTTACGTAATC
M6278_1.02 12 TAGGGCTGCAAA
M6279_1.02 7 AAAATAC
M6280_1.02 15 AATAATCGCGAATAT
M6281_1.02 15 GGTTAATTATTAACC
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M6287_1.02 14 AGAATGTTCTAGAA
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M6300_1.02 14 GGGCATCAATCAAA
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M6303_1.02 8 TTAATTGA
M6304_1.02 10 CCATTAAACT
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M6311_1.02 20 TAAAGGAAAGCCAAAAGTGA
M6312_1.02 10 GAAAGTGAAA
M6313_1.02 15 GAGAAAGTGAAACTG
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M6321_1.02 17 GGCGGGGAGGTGGGGGC
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M6324_1.02 10 TGGGCGGGGC
M6325_1.02 8 GGGGGCGG
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M6327_1.02 7 CTTTGAT
M6328_1.02 13 CACTTTTAATTAG
M6329_1.02 13 AAAATTAATTAAT
M6330_1.02 21 GTGCTGACCCCGCAGCCTTCG
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M6345_1.02 10 ATCACATGAC
M6346_1.02 19 CCACGGCGGTGTCACATGC
M6347_1.02 7 TAATTGT
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M6370_1.02 11 GGAATCTCCCT
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M6375_1.02 12 AAACCACTTAAA
M6376_1.02 7 TCAAGTG
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M6378_1.02 13 AATAAGTATATAA
M6379_1.02 11 AGTTAAGTGGA
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M6381_1.02 10 TCTCCCACGC
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M6383_1.02 19 CGTTGACCTTTGACCTTTA
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M6394_1.02 9 GTGACCTTT
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M6399_1.02 21 GTCTTGTTATTGATTTTTTTT
M6400_1.02 8 CTAATCCT
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M6426_1.02 10 CATAAATAAT
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M6429_1.02 13 CATAATTTATGCA
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M6432_1.02 14 TGACCTTTGTCCTA
M6433_1.02 18 GTGACCTTTGACCTACTT
M6436_1.02 13 TACAGACTGTTCT
M6438_1.02 15 GAGTAATTAATATAA
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M6440_1.02 7 TTAATTG
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M6559_1.02 16 CCCACGGTTACTGCCG

Random model letter frequencies (/srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF394.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background):
A 0.244 C 0.256 G 0.256 T 0.244


SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES

Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
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M6147_1.02 ARID3A chr5 + 115311424 115311445 1.4e-08 0.000591 ttttattttattttattttatt
M6147_1.02 ARID3A chr6 - 27840782 27840803 1.46e-08 0.000591 TTTATTTTCATTTTATTTATTT
M6147_1.02 ARID3A chr19 + 17109021 17109042 2.22e-08 0.000676 ttttttttaattttatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr17 - 3951204 3951225 2.3e-08 0.000676 TTTTATTTTATTTTATTTATTT
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M6147_1.02 ARID3A chr5 + 115311429 115311450 3.13e-08 0.000676 ttttattttattttatttattc
M6147_1.02 ARID3A chr20 + 44880134 44880155 3.41e-08 0.000676 tttttttttattttatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr1 - 16493459 16493480 4.68e-08 0.000676 TATCATTTTATTTTATTTTATT
M6147_1.02 ARID3A chr11 - 48021417 48021438 5.09e-08 0.000676 ATTTATTTTATTTTATTTTATT
M6147_1.02 ARID3A chr5 - 32282456 32282477 6.44e-08 0.000676 TTATTTTTTATTTTATTTATTT
M6147_1.02 ARID3A chr12 - 54185474 54185495 7.1e-08 0.000676 TTTATTTATTTTTTATTTTATT
M6147_1.02 ARID3A chr2 + 152208453 152208474 7.42e-08 0.000676 CTTAATTTGAATTCGTTTATTA
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M6147_1.02 ARID3A chr7 - 150366915 150366936 1e-07 0.000676 TTTGTTTTATTTTTATTTTATT
M6147_1.02 ARID3A chr12 - 32678893 32678914 1.11e-07 0.000676 TTTATTTATTTTTTATTTATTT
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M6147_1.02 ARID3A chr6 - 69983009 69983030 1.22e-07 0.000676 TTTATTTTATATTTATTTATTT
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M6147_1.02 ARID3A chr12 + 123313429 123313450 1.25e-07 0.000676 TTGAATAAAATTTGCTTTAATA
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M6147_1.02 ARID3A chr14 + 102639490 102639511 1.26e-07 0.000676 tttaatttttatttatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr6 + 163553055 163553076 1.26e-07 0.000676 tttaatttttatttatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr6 + 46834425 46834446 1.4e-07 0.000676 tttatttttatatttatttatt
M6147_1.02 ARID3A chr6 + 28894763 28894784 1.47e-07 0.000676 tttatttatttattAATTAttt
M6147_1.02 ARID3A chr12 + 32017381 32017402 1.56e-07 0.000676 tttatttatttattatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr21 + 35002414 35002435 1.56e-07 0.000676 tttatttatttattatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr1 - 154015945 154015966 1.75e-07 0.000676 TTTTTTTTATTTTTATTTATTT
M6147_1.02 ARID3A chr5 - 160124661 160124682 1.78e-07 0.000676 TTTATTTTTTTATTATTTATAT
M6147_1.02 ARID3A chr20 + 2579377 2579398 1.79e-07 0.000676 tttattttttatttatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr12 - 32678889 32678910 1.79e-07 0.000676 TTTATTTTTTATTTATTTATTT
M6147_1.02 ARID3A chr7 + 94110634 94110655 1.79e-07 0.000676 tttattttttatttatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr1 - 16493449 16493470 1.84e-07 0.000676 TTTTATTTTATTTTATTTTTTT
M6147_1.02 ARID3A chr12 + 95735898 95735919 2.25e-07 0.000676 ttaaatttttatttatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr1 + 155575774 155575795 2.36e-07 0.000676 tttatttttgtcttattttatt
M6147_1.02 ARID3A chr12 - 122513246 122513267 2.47e-07 0.000676 TATTTTTTATTTTTATTTTATT
M6147_1.02 ARID3A chr1 - 115971991 115972012 2.5e-07 0.000676 ATTTATTTATTTTTATTTTATT
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M6147_1.02 ARID3A chr1 + 155575785 155575806 2.79e-07 0.000676 cttattttatttttatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr1 - 230796377 230796398 2.98e-07 0.000676 TTTTATTTTAATTTAATTTAAT
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M6147_1.02 ARID3A chr5 - 160124647 160124668 3.67e-07 0.000676 ATTTATATTATTTTATTTATTT
M6147_1.02 ARID3A chr10 + 35197405 35197426 3.7e-07 0.000676 tttcattttactttatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr6 - 73461586 73461607 3.7e-07 0.000676 TATTTTTTATTTTTATTTATTT
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M6147_1.02 ARID3A chr20 + 2579415 2579436 3.74e-07 0.000676 atttatttatttttatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr17 - 50795201 50795222 3.81e-07 0.000676 TAGTTTTTTATTTTATTTATTT
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M6147_1.02 ARID3A chr6 + 28894759 28894780 4.21e-07 0.000676 tttatttatttatttattAATT
M6147_1.02 ARID3A chr17 - 9255544 9255565 4.29e-07 0.000676 TTTATTTATATATTTATTTATT
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M6147_1.02 ARID3A chr6 - 33378188 33378209 5.04e-07 0.000676 TTTATTTTTTATTTTTTTAATT
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M6147_1.02 ARID3A chrX - 41217060 41217081 5.36e-07 0.000676 TATTTTTTTATTTTATTTTTTT
M6147_1.02 ARID3A chr19 - 10103612 10103633 5.38e-07 0.000676 TTTATTTATTATTTATTTATTT
M6147_1.02 ARID3A chr7 - 43965654 43965675 5.38e-07 0.000676 TTTATTTATTATTTATTTATTT
M6147_1.02 ARID3A chr21 + 35002418 35002439 5.38e-07 0.000676 tttatttattatttatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr19 - 10103659 10103680 5.43e-07 0.000676 TATATTTATTTTTTATTTTAAT
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M6147_1.02 ARID3A chr10 + 69304271 69304292 7.54e-07 0.000676 tttattatttatttatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr13 + 98580988 98581009 7.54e-07 0.000676 tttattatttatttatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr1 + 100011679 100011700 7.54e-07 0.000676 tttattatttatttatttattt
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M6147_1.02 ARID3A chr1 + 124961762 124961783 7.54e-07 0.000676 tttattatttatttatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr1 + 124961804 124961825 7.54e-07 0.000676 tttattatttatttatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr1 + 148409787 148409808 7.54e-07 0.000676 tttattatttatttatttattt
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M6147_1.02 ARID3A chr12 + 95735893 95735914 1.34e-06 0.000676 tttttttaaatttttatttatt
M6147_1.02 ARID3A chr6 + 46834426 46834447 1.35e-06 0.000676 ttatttttatatttatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr15 - 72107573 72107594 1.36e-06 0.000676 TTTATTTATATATTTATTTAAT
M6147_1.02 ARID3A chr1 + 100011556 100011577 1.36e-06 0.000676 ATTATTTTAAAAATGATTATAT
M6147_1.02 ARID3A chr6 - 138525664 138525685 1.36e-06 0.000676 TTCATTTTTATTTTGTTTTTTA
M6147_1.02 ARID3A chr5 - 160124652 160124673 1.38e-06 0.000676 TTATTATTTATATTATTTTATT
M6147_1.02 ARID3A chr14 + 102639486 102639507 1.44e-06 0.000676 attttttaatttttatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr10 + 69304259 69304280 1.46e-06 0.000676 tgtatttttatttttattattt
M6147_1.02 ARID3A chr11 + 123279359 123279380 1.47e-06 0.000676 tttattttattttatttttatt
M6147_1.02 ARID3A chr16 + 30500053 30500074 1.48e-06 0.000676 tatattatttatttatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr2 - 128228049 128228070 1.48e-06 0.000676 TATATTATTTATTTATTTATTT
M6147_1.02 ARID3A chr12 + 32017390 32017411 1.49e-06 0.000676 ttattatttattttatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr5 + 87284919 87284940 1.51e-06 0.000676 TTTGTTTTGACATTGTTTTTTA
M6147_1.02 ARID3A chr6 + 31755323 31755344 1.54e-06 0.000676 tattttttgcttgcatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr10 + 73829198 73829219 1.57e-06 0.000676 ATAATTTAGAATTAGATTTAAA
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M6147_1.02 ARID3A chr11 + 123279358 123279379 1.68e-06 0.000676 atttattttattttatttttat
M6147_1.02 ARID3A chr12 + 32017366 32017387 1.69e-06 0.000676 AGAGTTtttattttatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr2 - 84882431 84882452 1.7e-06 0.000676 TTTGTTTTGTTTTATTTTAAAT
M6147_1.02 ARID3A chr6 - 33378173 33378194 1.74e-06 0.000676 TTTAATTATTTATTTATTTATT
M6147_1.02 ARID3A chr17 + 28813520 28813541 1.75e-06 0.000676 tttcttttttttttgttttttt
M6147_1.02 ARID3A chr1 + 113113458 113113479 1.75e-06 0.000676 ATTATTAttattttttttaagt
M6147_1.02 ARID3A chr16 - 46735 46756 1.75e-06 0.000676 TATTTATTTATTTTATTTATTT
M6147_1.02 ARID3A chr17 - 3951187 3951208 1.75e-06 0.000676 TATTTATTTATTTTATTTATTT
M6147_1.02 ARID3A chr1 + 35380303 35380324 1.75e-06 0.000676 tatttatttattttatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr5 - 43014696 43014717 1.75e-06 0.000676 TATTTATTTATTTTATTTATTT
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M6147_1.02 ARID3A chrX + 24144160 24144181 1.78e-06 0.000676 agttttttgtttttatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr10 - 35197383 35197404 1.78e-06 0.000676 TAAAATTTATTACTCATTTTTC
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M6147_1.02 ARID3A chr19 + 10103760 10103781 1.82e-06 0.000676 ATTTATGTTTTTTGGATTAATC
M6147_1.02 ARID3A chr5 + 115311436 115311457 1.82e-06 0.000676 ttattttatttattcatttatt
M6147_1.02 ARID3A chr12 - 32678894 32678915 1.92e-06 0.000676 TTTTATTTATTTTTTATTTATT
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M6147_1.02 ARID3A chr6 - 96811881 96811902 1.92e-06 0.000676 TTGCCTTTTATTTTATTTATTT
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M6147_1.02 ARID3A chr12 + 95735894 95735915 2.01e-06 0.000676 ttttttaaatttttatttattt
M6147_1.02 ARID3A chr8 - 11510806 11510827 2.05e-06 0.000676 TTATTTATGTATTTATTTATTT
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M6147_1.02 ARID3A chr1 + 155575759 155575780 2.1e-06 0.000676 ttatttattttattgtttattt
M6147_1.02 ARID3A chr7 + 116706889 116706910 2.13e-06 0.000676 ttttttttttttttttttaaat
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Command line:

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF394.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/fimo_out_8 --bgfile /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF394.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background --motif M6147_1.02 /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/MotifData/motif_databases/CIS-BP/Homo_sapiens.meme /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF394.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/ZNF394.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.fa

Settings:

output_directory = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF394.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/fimo_out_8 MEME file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/MotifData/motif_databases/CIS-BP/Homo_sapiens.meme sequence file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF394.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/ZNF394.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.fa
background file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF394.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background alphabet = DNA max stored scores = 100000
allow clobber = true compute q-values = true parse genomic coord. = true
text only = false scan both strands = true max strand = false
threshold type = p-value output theshold = 0.0001 pseudocount = 0.1
alpha = 1 verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.


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