Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

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If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF394.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/ZNF394.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.fa
Database contains 600 sequences, 300000 residues

MOTIFS /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF394.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
GAGWAGC 7 GAGTAGC
TAAATAAA 8 TAAATAAA
TCTCAAAA 8 TCTCAAAA
GAGTCWY 7 GAGTCTC
ACAGAGY 7 ACAGAGC
GGAYTACA 8 GGATTACA
CTGYCTCA 8 CTGCCTCA
AGBAGCTG 8 AGCAGCTG
GAVAC 5 GAGAC
RCCACCA 7 GCCACCA
CCCRGCTA 8 CCCAGCTA
AGAATSGC 8 AGAATCGC

Random model letter frequencies (/srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF394.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background):
A 0.244 C 0.256 G 0.256 T 0.244

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
AGAATSGC DREME-12 chr20 - 2579522 2579529 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr20 - 2647246 2647253 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr1 - 14997341 14997348 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr19 - 18106672 18106679 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chrX - 24022820 24022827 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr10 - 27154670 27154677 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr6 - 28894872 28894879 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr16 - 30500186 30500193 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr21 - 32695763 32695770 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr9 - 33474556 33474563 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr1 - 36159158 36159165 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chrX - 41330542 41330549 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr2 - 47344548 47344555 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr12 - 48866714 48866721 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr13 - 49495600 49495607 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr12 - 53370329 53370336 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr14 - 55599575 55599582 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr11 - 66372542 66372549 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr10 - 69304408 69304415 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr16 - 71894353 71894360 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr5 - 87285168 87285175 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr15 - 90182726 90182733 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr5 - 109425842 109425849 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr1 - 109801507 109801514 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr9 - 130700460 130700467 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr9 - 131373670 131373677 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr1 - 155575923 155575930 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr6 - 163553204 163553211 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr1 - 200621461 200621468 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr1 - 240620654 240620661 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr19 + 1886458 1886465 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr19 + 11319507 11319514 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr6 + 16726766 16726773 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr22 + 18149828 18149835 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr8 + 30113184 30113191 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr6 + 30722351 30722358 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr5 + 32157885 32157892 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr19 + 32398489 32398496 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr19 + 33123308 33123315 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr17 + 35763805 35763812 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr19 + 38766375 38766382 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr22 + 38768592 38768599 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr17 + 39182610 39182617 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr22 + 39399449 39399456 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr17 + 40325159 40325166 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr22 + 40625687 40625694 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chrX + 41216970 41216977 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr21 + 42149172 42149179 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr11 + 48021282 48021289 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr17 + 50795069 50795076 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr12 + 53550232 53550239 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr12 + 53664270 53664277 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr6 + 73254369 73254376 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr1 + 84892121 84892128 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr15 + 89893932 89893939 1.52e-05 0.139 AGAATCGC
AGAATSGC DREME-12 chr7 + 100248068 100248075 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr10 + 114649310 114649317 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr12 + 120291293 120291300 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr9 + 135985219 135985226 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr9 + 137038514 137038521 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr4 + 141686203 141686210 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr5 + 160008752 160008759 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr5 + 177111200 177111207 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr1 + 225654833 225654840 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr1 + 236315176 236315183 1.52e-05 0.139 agaatcgc
AGAATSGC DREME-12 chr19 - 11533360 11533367 3.04e-05 0.159 AGAATGGC
AGAATSGC DREME-12 chr10 - 11820146 11820153 3.04e-05 0.159 AGAATGGC
AGAATSGC DREME-12 chr19 - 17109166 17109173 3.04e-05 0.159 AGAATGGC
AGAATSGC DREME-12 chr8 - 22450935 22450942 3.04e-05 0.159 AGAATGGC
AGAATSGC DREME-12 chr22 - 28680433 28680440 3.04e-05 0.159 AGAATGGC
AGAATSGC DREME-12 chr17 - 28813627 28813634 3.04e-05 0.159 AGAATGGC
AGAATSGC DREME-12 chr19 - 34234997 34235004 3.04e-05 0.159 AGAATGGC
AGAATSGC DREME-12 chr10 - 35197553 35197560 3.04e-05 0.159 AGAATGGC
AGAATSGC DREME-12 chr19 - 46786685 46786692 3.04e-05 0.159 AGAATGGC
AGAATSGC DREME-12 chr12 - 49842181 49842188 3.04e-05 0.159 AGAATGGC
AGAATSGC DREME-12 chr7 - 69413204 69413211 3.04e-05 0.159 AGAATGGC
AGAATSGC DREME-12 chr15 - 72156006 72156013 3.04e-05 0.159 AGAATGGC
AGAATSGC DREME-12 chr1 - 100011819 100011826 3.04e-05 0.159 AGAATGGC
AGAATSGC DREME-12 chr15 - 101945914 101945921 3.04e-05 0.159 AGAATGGC
AGAATSGC DREME-12 chr12 - 120201581 120201588 3.04e-05 0.159 AGAATGGC
AGAATSGC DREME-12 chr5 - 132992857 132992864 3.04e-05 0.159 AGAATGGC
AGAATSGC DREME-12 chr1 - 235329194 235329201 3.04e-05 0.159 AGAATGGC
AGAATSGC DREME-12 chr1 + 6404616 6404623 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr19 + 14227664 14227671 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr19 + 16734443 16734450 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr12 + 27022058 27022065 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr17 + 28719681 28719688 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr5 + 32282329 32282336 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr6 + 32699819 32699826 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr13 + 33247105 33247112 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr6 + 43088600 43088607 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr7 + 43965527 43965534 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr1 + 50882510 50882517 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr12 + 57075296 57075303 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr17 + 59783104 59783111 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr3 + 61732617 61732624 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr11 + 62840391 62840398 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr15 + 65832773 65832780 3.04e-05 0.159 AGAATGGC
AGAATSGC DREME-12 chr6 + 69982880 69982887 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr6 + 73461442 73461449 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr15 + 85471403 85471410 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr6 + 87555012 87555019 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr12 + 123313111 123313118 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chrX + 123770290 123770297 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr9 + 131373967 131373974 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr9 + 132357862 132357869 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr9 + 135999911 135999918 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr7 + 150366780 150366787 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr6 + 151375028 151375035 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr7 + 151956026 151956033 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr5 + 160124517 160124524 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr5 + 181188283 181188290 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr4 + 190112014 190112021 3.04e-05 0.159 agaatggc
AGAATSGC DREME-12 chr5 + 1011078 1011085 5.95e-05 0.216 AGAATAGC
AGAATSGC DREME-12 chr19 + 6411377 6411384 5.95e-05 0.216 agaattgc
AGAATSGC DREME-12 chr17 - 7513398 7513405 5.95e-05 0.216 AGAATAGC
AGAATSGC DREME-12 chr19 + 10103498 10103505 5.95e-05 0.216 agaattgc
AGAATSGC DREME-12 chr4 + 10532942 10532949 5.95e-05 0.216 agaattGC
AGAATSGC DREME-12 chr16 + 12062287 12062294 5.95e-05 0.216 agaattgc
AGAATSGC DREME-12 chr1 + 17233365 17233372 5.95e-05 0.216 AGAATAGC
AGAATSGC DREME-12 chr16 + 21572452 21572459 5.95e-05 0.216 agaattgc
AGAATSGC DREME-12 chr16 - 21821109 21821116 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
AGAATSGC DREME-12 chr1 - 24593726 24593733 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
AGAATSGC DREME-12 chr1 + 27181913 27181920 5.95e-05 0.216 agaattgc
AGAATSGC DREME-12 chr1 - 27808442 27808449 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
AGAATSGC DREME-12 chr6 - 28735004 28735011 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
AGAATSGC DREME-12 chr6 + 28796375 28796382 5.95e-05 0.216 agaattgc
AGAATSGC DREME-12 chr10 + 29813725 29813732 5.95e-05 0.216 agaattgc
AGAATSGC DREME-12 chr16 - 30499849 30499856 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
AGAATSGC DREME-12 chr16 - 30642593 30642600 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
AGAATSGC DREME-12 chr16 + 31037568 31037575 5.95e-05 0.216 agaattgc
AGAATSGC DREME-12 chr19 - 35386258 35386265 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
AGAATSGC DREME-12 chr1 - 36266981 36266988 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
AGAATSGC DREME-12 chr8 - 37892555 37892562 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
AGAATSGC DREME-12 chr22 - 41961281 41961288 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
AGAATSGC DREME-12 chr19 - 43709507 43709514 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
AGAATSGC DREME-12 chr19 - 44113169 44113176 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
AGAATSGC DREME-12 chr19 - 44259599 44259606 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
AGAATSGC DREME-12 chr13 - 44823864 44823871 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
AGAATSGC DREME-12 chr20 - 44880277 44880284 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
AGAATSGC DREME-12 chr13 - 45367814 45367821 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
AGAATSGC DREME-12 chr6 - 46834376 46834383 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
AGAATSGC DREME-12 chr18 - 48873866 48873873 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
AGAATSGC DREME-12 chr17 + 49368297 49368304 5.95e-05 0.216 agaattgc
AGAATSGC DREME-12 chr12 + 53370617 53370624 5.95e-05 0.216 agaattgc
AGAATSGC DREME-12 chr12 + 54185719 54185726 5.95e-05 0.216 agaattgc
AGAATSGC DREME-12 chr12 - 57258445 57258452 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
AGAATSGC DREME-12 chr3 + 57589999 57590006 5.95e-05 0.216 agaattgc
AGAATSGC DREME-12 chr16 + 67555160 67555167 5.95e-05 0.216 agaattgc
AGAATSGC DREME-12 chr1 + 67699092 67699099 5.95e-05 0.216 agaattgc
AGAATSGC DREME-12 chr2 - 69950728 69950735 5.95e-05 0.216 AGAATAGC
AGAATSGC DREME-12 chr10 - 73829395 73829402 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
AGAATSGC DREME-12 chr15 - 75217881 75217888 5.95e-05 0.216 AGAATAGC
AGAATSGC DREME-12 chr10 - 91407111 91407118 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
AGAATSGC DREME-12 chr5 - 95920411 95920418 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
AGAATSGC DREME-12 chr6 + 108155399 108155406 5.95e-05 0.216 agaattgc
AGAATSGC DREME-12 chr11 + 118578070 118578077 5.95e-05 0.216 agaattgc
AGAATSGC DREME-12 chr12 + 122513103 122513110 5.95e-05 0.216 agaattgc
AGAATSGC DREME-12 chr9 - 130700126 130700133 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
AGAATSGC DREME-12 chr5 + 142223603 142223610 5.95e-05 0.216 agaattgc
AGAATSGC DREME-12 chr2 - 152208476 152208483 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
AGAATSGC DREME-12 chr1 - 155225412 155225419 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
AGAATSGC DREME-12 chr5 - 177345868 177345875 5.95e-05 0.216 AGAATTGC
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF394.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/fimo_out_27 --bgfile /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF394.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background --motif AGAATSGC /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF394.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF394.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/ZNF394.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF394.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/fimo_out_27
    MEME file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF394.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml
    sequence file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF394.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/ZNF394.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.fa
  
  

    background file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF394.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

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