Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information



FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]


DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF384-Antibody-HEK293T.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/ZNF384-Antibody-HEK293T.IDR0.05.filt.narrowPeaksummitPlusMinus250bp.fa
Database contains 17859 sequences, 8929500 residues

MOTIFS /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF384-Antibody-HEK293T.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
AAAAAAAA 8 AAAAAAAA
SAGGCTGR 8 CAGGCTGG
TGCRGTGR 8 TGCAGTGA
CYGYCTC 7 CTGTCTC
CTRTARTC 8 CTGTAATC
AGYRAGAC 8 AGCGAGAC
AGTAGCTG 8 AGTAGCTG
ATCTCRGC 8 ATCTCGGC
CKTGAACC 8 CTTGAACC
GGCRACA 7 GGCAACA
GGTGRCD 7 GGTGGCA
CTCCTGMC 8 CTCCTGCC
GAGRTGGR 8 GAGATGGA
AGTGCTGG 8 AGTGCTGG
GCCTCCCR 8 GCCTCCCA
GCCRGGCR 8 GCCAGGCG
ATCRCTTG 8 ATCACTTG
ATCHTGGC 8 ATCTTGGC
AGTGCART 8 AGTGCAAT
AAAATACR 8 AAAATACA
CVATTCTC 8 CCATTCTC
RGATCACS 8 GGATCACC
CCCRGCTA 8 CCCAGCTA
GTTTCACY 8 GTTTCACC
CYGGGYTC 8 CTGGGCTC
RCAGTR 6 ACAGTG
CCACTAGR 8 CCACTAGA
ATBACAK 7 ATTACAT
GAGDGAGA 8 GAGAGAGA
CYMCCACC 8 CCCCCACC
ATAHAT 6 ATAAAT
GTCTCGAW 8 GTCTCGAT
CWCACRC 7 CACACAC
AMCTCCTG 8 AACTCCTG
AGATBGCG 8 AGATGGCG
ADCTTTAT 8 AACTTTAT
CTCYAGCC 8 CTCCAGCC
ATGWTGGC 8 ATGTTGGC
CACCACYA 8 CACCACCA
ACCTCYRC 8 ACCTCTGC
CCTCCYMC 8 CCTCCTCC
CHGAGTAG 8 CTGAGTAG
ATCATAGC 8 ATCATAGC
GCATGWGC 8 GCATGAGC
CACGY 5 CACGC
ACYACAG 7 ACCACAG
AGCGAAAC 8 AGCGAAAC
CTCTACTR 8 CTCTACTA
KGAGGTCA 8 TGAGGTCA
AKTAGCCA 8 ATTAGCCA
GARAGAAA 8 GAAAGAAA
ARGGCGGG 8 AAGGCGGG
CCAGHTAC 8 CCAGTTAC
AGRGGGCG 8 AGAGGGCG
AAAAAAA 7 AAAAAAA
GGATYAC 7 GGATTAC
CYATAAA 7 CCATAAA
AAATATD 7 AAATATT
GTGGCGCR 8 GTGGCGCA
TAYRTA 6 TATATA
ATGASTCA 8 ATGACTCA
AGATCRTG 8 AGATCATG
CCATCTAS 8 CCATCTAG
CGCCCAGC 8 CGCCCAGC
ACAKACAC 8 ACATACAC
AGTTCRAG 8 AGTTCAAG

Random model letter frequencies (/srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF384-Antibody-HEK293T.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background):
A 0.285 C 0.215 G 0.215 T 0.285


SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES

Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
CYGGGYTC DREME-25 chr11 - 305373 305380 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr19 + 556383 556390 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr18 + 730435 730442 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr17 + 734244 734251 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr17 + 734539 734546 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr11 + 741971 741978 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr19 - 771009 771016 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr19 - 837053 837060 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr19 - 837053 837060 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr19 - 952228 952235 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr19 - 965612 965619 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr19 + 973076 973083 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chrX + 1073141 1073148 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chrX + 1073141 1073148 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr20 + 1186149 1186156 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr7 + 1197229 1197236 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr19 + 1208373 1208380 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr7 + 1263174 1263181 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr16 - 1268894 1268901 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr6 + 1369299 1369306 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr17 - 1381856 1381863 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr17 - 1387974 1387981 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr12 + 1399036 1399043 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr12 + 1399036 1399043 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr16 - 1504044 1504051 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr16 - 1504044 1504051 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr19 - 1558143 1558150 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr12 - 1738156 1738163 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr1 - 1883190 1883197 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr16 - 1899879 1899886 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr17 + 1982894 1982901 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr12 - 2017850 2017857 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr16 + 2129776 2129783 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr19 - 2148090 2148097 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr19 - 2153006 2153013 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr19 + 2158446 2158453 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr7 - 2160011 2160018 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr17 - 2197347 2197354 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr7 - 2270100 2270107 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr7 - 2270410 2270417 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr7 - 2340967 2340974 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr7 + 2396849 2396856 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr17 - 2487292 2487299 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr4 + 2604888 2604895 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr19 + 2615553 2615560 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr19 + 2648979 2648986 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr12 + 2806858 2806865 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chrX - 2819883 2819890 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr6 + 2850566 2850573 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr17 - 2873393 2873400 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr12 + 2900800 2900807 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr12 + 2900938 2900945 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr11 - 2981328 2981335 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr16 + 2999221 2999228 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr18 + 3013800 3013807 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr12 - 3066017 3066024 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr16 + 3117678 3117685 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr16 - 3123559 3123566 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr6 + 3126819 3126826 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr16 + 3174864 3174871 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr19 - 3300856 3300863 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr1 + 3666234 3666241 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr19 + 3685952 3685959 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr16 + 3876129 3876136 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr20 - 4007685 4007692 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr16 - 4013035 4013042 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr19 + 4088894 4088901 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr4 + 4091020 4091027 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr20 + 4092299 4092306 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr20 + 4092299 4092306 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr12 - 4144222 4144229 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr16 - 4273365 4273372 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr16 - 4273575 4273582 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr16 + 4282784 4282791 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr20 - 4289997 4290004 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr17 - 4337259 4337266 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr19 - 4352895 4352902 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr19 + 4427215 4427222 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr1 - 4555608 4555615 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr7 + 4614305 4614312 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr19 + 4810769 4810776 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr17 + 4925850 4925857 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr6 + 5057852 5057859 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr20 + 5111569 5111576 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr7 + 5383883 5383890 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr10 + 5384348 5384355 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr7 - 5403711 5403718 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr7 + 5549786 5549793 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr7 - 5570704 5570711 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr7 - 5571607 5571614 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr7 - 5768234 5768241 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr19 + 5779778 5779785 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr7 - 5878964 5878971 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr19 - 5942803 5942810 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr7 - 6058335 6058342 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr7 + 6106791 6106798 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr6 + 6131486 6131493 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr1 + 6139641 6139648 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr19 + 6185013 6185020 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr19 + 6185152 6185159 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr7 + 6373696 6373703 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr7 + 6373696 6373703 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr7 - 6384084 6384091 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr7 - 6446928 6446935 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr12 + 6534116 6534123 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr7 - 6576986 6576993 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr12 + 6628087 6628094 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr7 - 6685829 6685836 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr4 - 6720099 6720106 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr12 - 7019417 7019424 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr17 - 7111808 7111815 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr19 + 7137464 7137471 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr6 - 7196136 7196143 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr6 + 7196173 7196180 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr17 + 7265020 7265027 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr17 + 7265020 7265027 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr17 - 7632362 7632369 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr7 + 7642379 7642386 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr17 + 7810154 7810161 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr4 + 7907280 7907287 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr6 + 8085238 8085245 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr6 + 8085378 8085385 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr19 + 8204380 8204387 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr19 + 8261018 8261025 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr19 - 8418157 8418164 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr19 + 8623120 8623127 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr12 + 8676163 8676170 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr11 - 8698058 8698065 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr1 + 8817966 8817973 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr1 - 8821019 8821026 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr2 + 9017073 9017080 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr2 - 9029608 9029615 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr3 + 9412493 9412500 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr3 + 9412493 9412500 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr3 + 9421363 9421370 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr3 + 9421363 9421370 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr11 - 9462481 9462488 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr18 + 9506639 9506646 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr3 + 9771118 9771125 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
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CYGGGYTC DREME-25 chr17 - 16213621 16213628 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
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CYGGGYTC DREME-25 chr22 + 17336837 17336844 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr1 - 17351116 17351123 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr1 - 17351374 17351381 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr21 - 17455039 17455046 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr3 - 17459681 17459688 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr19 + 17574395 17574402 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
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CYGGGYTC DREME-25 chr7 - 17939879 17939886 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
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CYGGGYTC DREME-25 chr19 - 18338513 18338520 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr6 + 18347302 18347309 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr19 - 18802099 18802106 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
CYGGGYTC DREME-25 chr19 - 18983895 18983902 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
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CYGGGYTC DREME-25 chr22 - 20901951 20901958 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
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CYGGGYTC DREME-25 chr8 + 28073238 28073245 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
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CYGGGYTC DREME-25 chr1 + 28410032 28410039 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
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CYGGGYTC DREME-25 chr16 - 30136347 30136354 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
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CYGGGYTC DREME-25 chr22 - 30485257 30485264 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
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CYGGGYTC DREME-25 chr16 + 30807457 30807464 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr16 + 30809414 30809421 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr8 + 30811586 30811593 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr8 + 30811727 30811734 8.02e-06 0.0842 ctgggctc
CYGGGYTC DREME-25 chr6 + 30822138 30822145 8.02e-06 0.0842 CTGGGCTC
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DEBUGGING INFORMATION

Command line:

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF384-Antibody-HEK293T.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/fimo_out_36 --bgfile /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF384-Antibody-HEK293T.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background --motif CYGGGYTC /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF384-Antibody-HEK293T.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF384-Antibody-HEK293T.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/ZNF384-Antibody-HEK293T.IDR0.05.filt.narrowPeaksummitPlusMinus250bp.fa

Settings:

output_directory = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF384-Antibody-HEK293T.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/fimo_out_36 MEME file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF384-Antibody-HEK293T.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml sequence file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF384-Antibody-HEK293T.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/ZNF384-Antibody-HEK293T.IDR0.05.filt.narrowPeaksummitPlusMinus250bp.fa
background file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF384-Antibody-HEK293T.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background alphabet = DNA max stored scores = 100000
allow clobber = true compute q-values = true parse genomic coord. = true
text only = false scan both strands = true max strand = false
threshold type = p-value output theshold = 0.0001 pseudocount = 0.1
alpha = 1 verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.


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