Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

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If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF311.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/ZNF311.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.fa
Database contains 598 sequences, 299000 residues

MOTIFS /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF311.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
GRTAATGR 8 GGTAATGA
ACYACCAT 8 ACCACCAT
CAAACAC 7 CAAACAC
GAATGSA 7 GAATGGA
TCTAYCCA 8 TCTATCCA

Random model letter frequencies (/srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF311.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/background):
A 0.260 C 0.240 G 0.240 T 0.260

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
GRTAATGR DREME-1 chr22_KI270733v1_random - 139452 139459 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr7 + 237600 237607 1.52e-05 0.109 ggtaatgg
GRTAATGR DREME-1 chr7 - 566151 566158 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr7 - 566571 566578 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr4 + 1514249 1514256 1.52e-05 0.109 ggtaatgg
GRTAATGR DREME-1 chr4 + 1514427 1514434 1.52e-05 0.109 ggtaatgg
GRTAATGR DREME-1 chr5 - 2439770 2439777 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr5 - 2440073 2440080 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr11 + 3206859 3206866 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr5 + 3446363 3446370 1.52e-05 0.109 ggtaatgg
GRTAATGR DREME-1 chr12 + 7085242 7085249 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr12 + 7085344 7085351 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr12 + 7085428 7085435 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr12 + 7085467 7085474 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr19 - 7331358 7331365 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr19 - 8916079 8916086 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr5 + 10670317 10670324 1.52e-05 0.109 ggtaatgg
GRTAATGR DREME-1 chr17 + 21664127 21664134 1.52e-05 0.109 ggtaatgg
GRTAATGR DREME-1 chr19 - 33280529 33280536 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr22 - 36680173 36680180 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr22 - 36680371 36680378 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr19 + 37182511 37182518 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr19 + 37182631 37182638 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr10 + 38527377 38527384 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr19 - 38649850 38649857 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr21 + 39479293 39479300 1.52e-05 0.109 ggtaatgg
GRTAATGR DREME-1 chr22 + 39565826 39565833 1.52e-05 0.109 ggtaatgg
GRTAATGR DREME-1 chr21 - 41806784 41806791 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr19 + 48821984 48821991 1.52e-05 0.109 ggtaatgg
GRTAATGR DREME-1 chr22 + 49597360 49597367 1.52e-05 0.109 ggtaatgg
GRTAATGR DREME-1 chr17 + 77809833 77809840 1.52e-05 0.109 ggtaatgg
GRTAATGR DREME-1 chr17 + 77810050 77810057 1.52e-05 0.109 ggtaatgg
GRTAATGR DREME-1 chr17 - 78478153 78478160 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr17 + 79555620 79555627 1.52e-05 0.109 ggtaatgg
GRTAATGR DREME-1 chr17 + 79555767 79555774 1.52e-05 0.109 ggtaatgg
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 80171341 80171348 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr17 - 81253546 81253553 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr17 + 81424647 81424654 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 86588394 86588401 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 87222271 87222278 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 87597415 87597422 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr14 - 95066498 95066505 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr14 + 99951999 99952006 1.52e-05 0.109 ggtaatgg
GRTAATGR DREME-1 chr12 - 108578767 108578774 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr12 - 108579006 108579013 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr12 - 108579042 108579049 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr12 - 109634754 109634761 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr12 - 109635201 109635208 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr12 + 131540132 131540139 1.52e-05 0.109 ggtaatgg
GRTAATGR DREME-1 chr12 + 131540174 131540181 1.52e-05 0.109 ggtaatgg
GRTAATGR DREME-1 chr12 + 131540213 131540220 1.52e-05 0.109 ggtaatgg
GRTAATGR DREME-1 chr12 + 131540354 131540361 1.52e-05 0.109 ggtaatgg
GRTAATGR DREME-1 chr9 + 133383465 133383472 1.52e-05 0.109 ggtaatgg
GRTAATGR DREME-1 chr9 + 133383613 133383620 1.52e-05 0.109 ggtaatgg
GRTAATGR DREME-1 chr9 + 133383765 133383772 1.52e-05 0.109 ggtaatgg
GRTAATGR DREME-1 chr7 - 142148140 142148147 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr8 + 143410532 143410539 1.52e-05 0.109 ggtaatgg
GRTAATGR DREME-1 chr8 + 143410550 143410557 1.52e-05 0.109 ggtaatgg
GRTAATGR DREME-1 chr6 - 157270260 157270267 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr6 - 157270287 157270294 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr6 - 157270390 157270397 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr6 - 167516038 167516045 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr2 - 173698239 173698246 1.52e-05 0.109 GGTAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr7 + 237636 237643 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr7 + 237727 237734 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr7 - 355682 355689 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr7 - 566145 566152 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr7 - 654362 654369 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr4 + 1467975 1467982 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr4 + 1514315 1514322 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr1 + 3026436 3026443 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr11 + 3206685 3206692 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr1 + 4682704 4682711 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr1 + 4682791 4682798 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr12 + 7085284 7085291 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr19 - 8916005 8916012 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr17 - 9086779 9086786 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr5 + 10670002 10670009 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr5 + 10670029 10670036 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr5 + 10670041 10670048 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr5 + 10670095 10670102 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr5 + 10670137 10670144 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr16 + 15496040 15496047 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr22 - 20251593 20251600 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr22 - 20251605 20251612 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr22 - 27008698 27008705 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr22 - 27008751 27008758 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr19 + 30435255 30435262 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr19 + 30435557 30435564 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr1 - 32471758 32471765 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr1 - 32471785 32471792 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr1 - 32471821 32471828 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr1 - 32471851 32471858 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr1 - 32471921 32471928 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr1 - 32471951 32471958 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr1 - 32471981 32471988 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr1 - 32472038 32472045 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr12 - 34236315 34236322 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr19 - 35105334 35105341 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr21 - 41806817 41806824 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr22 + 43475953 43475960 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr17 + 44982306 44982313 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr17 + 44982345 44982352 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr17 + 44982408 44982415 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr17 + 44982595 44982602 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr1 - 45876149 45876156 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr22 - 47009642 47009649 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr19 + 47406140 47406147 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr19 + 48821889 48821896 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr19 + 48821942 48821949 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr19 + 48821963 48821970 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr19 + 48822152 48822159 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr19 + 48822182 48822189 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr19 + 48822221 48822228 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr19 + 48822616 48822623 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr19 + 48822652 48822659 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr19 + 48822751 48822758 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr19 + 48822781 48822788 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr19 + 48822820 48822827 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr19 + 48822922 48822929 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 + 51239608 51239615 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr19 + 55519751 55519758 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr19 + 55519911 55519918 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr20 - 62627644 62627651 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr3 - 72651680 72651687 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr3 - 72651827 72651834 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr17 - 78478042 78478049 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr17 - 78478433 78478440 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 80171418 80171425 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 + 80576731 80576738 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr17 - 81253491 81253498 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 + 86464320 86464327 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr16 + 86464368 86464375 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr16 + 86464395 86464402 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 86588319 86588326 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 86799395 86799402 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 86799501 86799508 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 86799549 86799556 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 86799582 86799589 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 86852411 86852418 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 86951695 86951702 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 87597498 87597505 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 87597545 87597552 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 87597770 87597777 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 + 88192662 88192669 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 + 88192803 88192810 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 88366271 88366278 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 88366837 88366844 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 88366965 88366972 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr12 + 125678228 125678235 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr12 + 132544677 132544684 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr9 + 133383384 133383391 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr9 + 133383415 133383422 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr9 + 133383551 133383558 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr9 + 133383717 133383724 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr9 + 134305603 134305610 3.16e-05 0.109 ggtaatga
GRTAATGR DREME-1 chr9 + 134305708 134305715 3.16e-05 0.109 ggtaatga
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GRTAATGR DREME-1 chr8 - 142012581 142012588 3.16e-05 0.109 GGTAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr7 + 237429 237436 4.8e-05 0.109 gataatgg
GRTAATGR DREME-1 chr7 + 237495 237502 4.8e-05 0.109 gataatgg
GRTAATGR DREME-1 chr7 + 237708 237715 4.8e-05 0.109 gataatgg
GRTAATGR DREME-1 chr7 - 355661 355668 4.8e-05 0.109 GATAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr7 - 355775 355782 4.8e-05 0.109 GATAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr7 - 566343 566350 4.8e-05 0.109 GATAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr5 - 2439618 2439625 4.8e-05 0.109 GATAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr5 - 2439791 2439798 4.8e-05 0.109 GATAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr11 + 3206619 3206626 4.8e-05 0.109 GATAATGG
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GRTAATGR DREME-1 chr1 - 6937052 6937059 4.8e-05 0.109 GATAATGG
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GRTAATGR DREME-1 chr12 + 7085440 7085447 4.8e-05 0.109 GATAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr19 - 7331516 7331523 4.8e-05 0.109 GATAATGG
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GRTAATGR DREME-1 chr2 + 10189943 10189950 4.8e-05 0.109 gataatgg
GRTAATGR DREME-1 chr5 + 10670089 10670096 4.8e-05 0.109 gataatgg
GRTAATGR DREME-1 chr5 + 10670302 10670309 4.8e-05 0.109 gataatgg
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GRTAATGR DREME-1 chr16 + 15496133 15496140 4.8e-05 0.109 gataatgg
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GRTAATGR DREME-1 chr6 - 16947680 16947687 4.8e-05 0.109 GATAATGG
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GRTAATGR DREME-1 chr19 - 30409100 30409107 4.8e-05 0.109 GATAATGG
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GRTAATGR DREME-1 chr19 + 30435548 30435555 4.8e-05 0.109 gataatgg
GRTAATGR DREME-1 chr19 - 35105703 35105710 4.8e-05 0.109 GATAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr19 + 36243085 36243092 4.8e-05 0.109 gataatgg
GRTAATGR DREME-1 chr19 + 42283518 42283525 4.8e-05 0.109 GATAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr21 - 43283601 43283608 4.8e-05 0.109 GATAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr21 - 43283725 43283732 4.8e-05 0.109 GATAATGG
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GRTAATGR DREME-1 chr12 - 132349867 132349874 4.8e-05 0.109 GATAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr9 + 136956718 136956725 4.8e-05 0.109 gataatgg
GRTAATGR DREME-1 chr6 - 167516044 167516051 4.8e-05 0.109 GATAATGG
GRTAATGR DREME-1 chr1_KI270709v1_random + 7397 7404 6.57e-05 0.111 GATAATGA
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GRTAATGR DREME-1 chr16 - 86951467 86951474 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 86951564 86951571 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 86951710 86951717 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 87222244 87222251 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 87222611 87222618 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 + 88192845 88192852 6.57e-05 0.111 gataatga
GRTAATGR DREME-1 chr16 + 88289007 88289014 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 + 88289028 88289035 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 88366319 88366326 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 88366514 88366521 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 88366661 88366668 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr16 - 88366735 88366742 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr12 - 108982179 108982186 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr12 - 108982245 108982252 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr8 - 123659434 123659441 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr12 + 125678112 125678119 6.57e-05 0.111 gataatga
GRTAATGR DREME-1 chr12 + 125678174 125678181 6.57e-05 0.111 gataatga
GRTAATGR DREME-1 chr12 + 125678234 125678241 6.57e-05 0.111 gataatga
GRTAATGR DREME-1 chr12 - 132349512 132349519 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr12 - 132349518 132349525 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr12 - 132349551 132349558 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr8 - 142012938 142012945 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr8 + 143410357 143410364 6.57e-05 0.111 gataatga
GRTAATGR DREME-1 chr6 - 167515949 167515956 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr6 - 167516050 167516057 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr6 - 167516119 167516126 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr6 - 167516149 167516156 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr6 - 167516207 167516214 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr6 - 167516306 167516313 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr6 - 167516326 167516333 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr1 + 223629258 223629265 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr1 - 228310531 228310538 6.57e-05 0.111 GATAATGA
GRTAATGR DREME-1 chr12 + 7085200 7085207 9.72e-05 0.158 GGTAATGC
GRTAATGR DREME-1 chr5 + 10670323 10670330 9.72e-05 0.158 ggtaatgc
GRTAATGR DREME-1 chr14 + 19374790 19374797 9.72e-05 0.158 GGTAATGT
GRTAATGR DREME-1 chr22 + 29979622 29979629 9.72e-05 0.158 GGTAATGC
GRTAATGR DREME-1 chr19 + 34690452 34690459 9.72e-05 0.158 GGTAATGT
GRTAATGR DREME-1 chr21 + 43975226 43975233 9.72e-05 0.158 ggtaatgt
GRTAATGR DREME-1 chr12 + 131540082 131540089 9.72e-05 0.158 ggtaatgt
GRTAATGR DREME-1 chr10 + 132616689 132616696 9.72e-05 0.158 GGTAATGT
GRTAATGR DREME-1 chr19 - 35105412 35105419 9.72e-05 0.158 GGTAATGC
GRTAATGR DREME-1 chr19 - 35105448 35105455 9.72e-05 0.158 GGTAATGC
GRTAATGR DREME-1 chr21 - 38773437 38773444 9.72e-05 0.158 GGTAATGC
GRTAATGR DREME-1 chr17 - 78478442 78478449 9.72e-05 0.158 GGTAATGT
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF311.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/fimo_out_6 --bgfile /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF311.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/background --motif GRTAATGR /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF311.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/dreme_out/dreme.xml /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF311.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/ZNF311.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF311.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/fimo_out_6
    MEME file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF311.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/dreme_out/dreme.xml
    sequence file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF311.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/ZNF311.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.fa
  
  

    background file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF311.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

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