Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information



FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]


DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF300.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/ZNF300.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.fa
Database contains 598 sequences, 299000 residues

MOTIFS /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF300.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/meme_out/meme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
HNNRDTYTTGGCWYRGTGCCAR 22 TTGAGTCTTGGCACAGTGCCAA
TGTGTGTGTGTGTGTGTGTG 20 TGTGTGTGTGTGTGTGTGTG
TCYCTCYCTCTCTCYCTCYYTCYYTCY 27 TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
CACACACACACACACA 16 CACACACACACACACA
RCCTGTAATCCCAGCWMYTTGGGAGGCYGAG 31 GCCTGTAATCCCAGCTATTTGGGAGGCTGAG
TCRMCCAGRCTGGARTGSARTG 22 TCACCCAGGCTGGAGTGCAGTG
TTTTCAGATAATTGTGGATATT 22 TTTTCAGATAATTGTGGATATT
MCACAMMCACCACAMACAYMMCAMWCMCCMC 31 ACACACACACCACACACACCACAAACACCAC
AAGTGGTAGTTTCTTAAAGGTT 22 AAGTGGTAGTTTCTTAAAGGTT
TCTTTCTCTCTYTCTC 16 TCTTTCTCTCTCTCTC

Random model letter frequencies (/srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF300.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/background):
A 0.268 C 0.232 G 0.232 T 0.268


SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES

Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr17 - 62019065 62019086 1.27e-13 7.18e-08 TTTTCAGATAATTGTGGATATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr2 - 181617848 181617869 8.97e-13 2.54e-07 TGTTCAGATAATTGTGGATATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr2 - 31927423 31927444 1.79e-12 3.37e-07 TTTGCAGATAATTGTGGATATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr14 + 52622170 52622191 3.88e-12 5.48e-07 ttttcagataattgtggatatc
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr9 - 123250134 123250155 7.77e-12 8.79e-07 TTTTCAGATAATTTTGGATATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr1 + 42823097 42823118 2.08e-11 1.96e-06 ttttcagataatcgtggatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr4 - 7874279 7874300 2.82e-11 2.28e-06 TTTTCAGAAAATTGTAGACATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr7 - 23190180 23190201 4.22e-11 2.83e-06 TTTTCAAATAACTGTGGACATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr11 - 43899931 43899952 4.5e-11 2.83e-06 TTTTCAAATAACTGTAGATATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr1 + 56410330 56410351 6.57e-11 3.71e-06 tattcagataactgtggacatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr1 - 213128061 213128082 1.32e-10 6.8e-06 TTTTCAAATAATTATGAATATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr13 - 41008726 41008747 1.72e-10 8.09e-06 ACTTCAGATAATTGTGGATATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr17 - 49664199 49664220 2.05e-10 8.92e-06 TTTTCAGACAATTGTGCATATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr2 - 214794308 214794329 5.93e-10 2.4e-05 TTTTTAGATAATTGTGGCTATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr10 - 22571717 22571738 8.81e-10 3.32e-05 TTTTTGGATAATTGTAGATATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr1 - 27265162 27265183 1.46e-09 5.15e-05 TTTTCAGGTAACTGTGTATATC
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr16 - 24276017 24276038 1.6e-09 5.32e-05 TTTTGAAATAACTGTGAATATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr2 - 230201901 230201922 1.83e-09 5.76e-05 TTTTGAGATATCTGTGGATATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr2 - 71477835 71477856 2.54e-09 7.56e-05 CTTTCAGATAACTGTGAATATC
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr18 + 75355500 75355521 4.59e-09 0.00013 ctttcagataattgtagacctt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr13 - 33506787 33506808 7.82e-09 0.000211 TTTTTAGATAATTGTATGTATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr20 + 58431038 58431059 1.04e-08 0.000267 ttttcagataaatctgaacatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr9 + 124762538 124762559 1.68e-08 0.000414 ttttaaagtaattgtggatagt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr10 - 100388434 100388455 2.47e-08 0.000582 TCAATAGATAATTGTGGATATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr11 + 115335494 115335515 3.28e-08 0.000742 ttttcagataattatggtttta
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr20 + 57861716 57861737 4.36e-08 0.000949 tttgcagataattatgggcagt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr10 - 48856381 48856402 5.21e-08 0.00109 TCTTCAGATAACTGGATATTTT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr7 - 27426939 27426960 6.61e-08 0.00131 TTTTCAGATAATTCCAGATAAT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr1 + 172205776 172205797 6.74e-08 0.00131 ttttcagattattttgtagata
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr8 + 71837031 71837052 1.23e-07 0.00228 attgcaagtaattgtgaacatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr22 + 35796520 35796541 1.25e-07 0.00228 ttctcagaaaactgtggagtct
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr1 - 20756216 20756237 1.73e-07 0.00305 CTTTGAGATAGTTGTAGAAATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270466v1 + 707 728 2.85e-07 0.00489 tgtacagaatacaatatatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 3066 3087 3.2e-07 0.00533 tgtacagtatataatgcatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 3359 3380 3.53e-07 0.0057 tgtacagtttacaatatatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270466v1 + 330 351 5.24e-07 0.00706 tgtacagtatataatatatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270466v1 + 372 393 5.24e-07 0.00706 tgtacagtatataatatatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270466v1 + 623 644 5.24e-07 0.00706 tgtacagtatataatatatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 2149 2170 5.24e-07 0.00706 tgtacagtatataatatatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 2519 2540 5.24e-07 0.00706 tgtacagtatataatatatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 3276 3297 5.24e-07 0.00706 tgtacagtatataatatatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 3276 3297 5.24e-07 0.00706 tgtacagtatataatatatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr3 - 24404381 24404402 6.68e-07 0.00879 TTTTATGATAAGTGTGAAAATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr8 - 71837115 71837136 6.92e-07 0.00885 TGTTTAGCTAATTTTGGATTTC
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 2477 2498 7.2e-07 0.00885 tgtacagtatataatacatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 3484 3505 7.2e-07 0.00885 tgtacagtatataatacatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr9 + 124075907 124075928 7.67e-07 0.00922 tttaagacaaattatggatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr15 + 39768707 39768728 9.08e-07 0.0106 tattcagataattggacagtct
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270466v1 + 456 477 9.39e-07 0.0106 tgtacagcatataatatatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 2191 2212 9.39e-07 0.0106 tgtacagcatataatatatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 2275 2296 1.07e-06 0.0112 tgtacagtatacaatatatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 2896 2917 1.07e-06 0.0112 tgtacagtatacaatatatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 3317 3338 1.07e-06 0.0112 tgtacagtatacaatatatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 3317 3338 1.07e-06 0.0112 tgtacagtatacaatatatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 2107 2128 1.27e-06 0.0131 tgtgcagcatataatatatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 2233 2254 1.73e-06 0.0175 tgtacagaatataatatatctt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270466v1 + 497 518 2.13e-06 0.0212 tgtacagtatataatatatact
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr2 - 198914123 198914144 2.52e-06 0.0246 CACTCAGATAACTGGATATACT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270466v1 + 539 560 2.84e-06 0.0246 tgtacagtatataatacatact
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 2065 2086 2.84e-06 0.0246 tgtacagtatataatacatact
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 3526 3547 2.84e-06 0.0246 tgtacagtatataatacatact
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr4 - 49709334 49709355 2.84e-06 0.0246 TGTACAGTATATAATACATACT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr4 - 49709376 49709397 2.84e-06 0.0246 TGTACAGTATATAATACATACT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr4 - 49709418 49709439 2.84e-06 0.0246 TGTACAGTATATAATACATACT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr4 - 49709502 49709523 2.84e-06 0.0246 TGTACAGTATATAATACATACT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr6 - 1171117 1171138 2.87e-06 0.0246 CCTTCAGAAAACTGTGTACTCC
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr10 - 99675950 99675971 3.27e-06 0.0276 CTTTCAGATCATTCTGAATACT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr1 - 154295791 154295812 3.49e-06 0.029 TCTGCCGTTAATTGTGTACTTC
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr4 - 49709208 49709229 5.53e-06 0.0447 TGTACAGTATATAATACACACT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr4 - 49709460 49709481 5.53e-06 0.0447 TGTACAGTATATAATACACACT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 3234 3255 5.81e-06 0.0449 tgtacagtatataatatgtatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 3234 3255 5.81e-06 0.0449 tgtacagtatataatatgtatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 3150 3171 5.89e-06 0.0449 tgtacagtatgtaatatatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 3150 3171 5.89e-06 0.0449 tgtacagtatgtaatatatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270466v1 + 288 309 5.95e-06 0.0449 tgtacggtatatagtatatact
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 3192 3213 6.37e-06 0.0468 tgtacagtatataatatttatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 3192 3213 6.37e-06 0.0468 tgtacagtatataatatttatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 2356 2377 6.59e-06 0.0478 tgtacagtatataatatacagt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr9 + 124762444 124762465 6.82e-06 0.0488 cattcagtatattgtgattttt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr4 - 49709250 49709271 7.43e-06 0.0525 TCTACAGCATATAATACATACT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr4 - 49709166 49709187 7.69e-06 0.0537 TGTACAGTATATAATACATAAT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr5 - 140252504 140252525 8.33e-06 0.0575 TTTTTGATTAATAGTAGAGCTT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr4 - 49709627 49709648 9.38e-06 0.0632 TGTACAGTTTATTATAAATGTT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 3025 3046 9.38e-06 0.0632 tgtacagtttattataaatgtt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr22 - 36061638 36061659 1.08e-05 0.0718 CTTTCAGATAATTGTCTTCTTT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr5 + 10601598 10601619 1.13e-05 0.0735 atttcagcaatctttgtatttt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr2 + 214794083 214794104 1.13e-05 0.0735 tctacaaaaaactacaaaaatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr16 + 24276225 24276246 1.17e-05 0.0754 tgttctggaaaatatagttatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr8 - 60752032 60752053 1.2e-05 0.076 TTTAAAGAATATCACAAATATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr16 - 75461851 75461872 1.26e-05 0.079 TTTTCTGAAAATATTAAACTTC
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr6 + 85600919 85600940 1.4e-05 0.0872 TGATGAGATAACTTGGCAAATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr5 + 73032321 73032342 1.59e-05 0.0975 TTTAAAATTTTTAATATATATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr4 - 49709544 49709565 1.7e-05 0.102 AGTACAGTATATAATACATACT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr9 - 87816102 87816123 1.7e-05 0.102 TTTGTAGTGTATTGTGTATTTT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr18 - 75355476 75355497 1.86e-05 0.111 TACTCAGATATTTCTGCCTTTT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr4 - 49709292 49709313 1.89e-05 0.111 TGTACAGTATATAATATGTACT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr21 + 26140420 26140441 1.97e-05 0.115 TTCTAAGCTAACAATGGACAAC
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr6 - 2108994 2109015 2.01e-05 0.115 CATTCAAATAACTGTATTTCCT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr11 + 43900127 43900148 2.01e-05 0.115 tgtgttggaaattatagttatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr5 - 52987101 52987122 2.05e-05 0.116 ACAGGAGATAATTCTGGATAAT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr5 + 145975839 145975860 2.09e-05 0.117 ttatctgtaaactggagataat
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr21 + 31397872 31397893 2.11e-05 0.117 TTTACAGATAACAAAGGAACTT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr8 + 97942269 97942290 2.34e-05 0.129 TCTTCTATAAAGTGTGGATTTA
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr13 + 67224434 67224455 2.4e-05 0.13 TCTACAGGCTATTATCGATATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 3567 3588 2.48e-05 0.13 tgtaacgtatataatatatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr15 + 71201557 71201578 2.5e-05 0.13 ATTGGAAATAGCTGTGGTTTTT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 - 2436 2457 2.51e-05 0.13 TTTATAATAAACTGTACATAAA
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 - 3021 3042 2.51e-05 0.13 TTTATAATAAACTGTACATAAA
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr4 + 49709631 49709652 2.51e-05 0.13 tttataataaactgtacataaa
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr16 + 53776860 53776881 2.52e-05 0.13 tcagctattaaatgtagatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270466v1 + 414 435 2.58e-05 0.131 tgtacagtacataatacatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270466v1 + 339 360 2.64e-05 0.133 tataatatatattttggatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr2 - 214794079 214794100 2.79e-05 0.138 TTTGTAGTTTTTTGTAGAGACA
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270466v1 + 246 267 2.81e-05 0.138 tgtacagtgtataatacatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr5 + 146213543 146213564 2.81e-05 0.138 TATTCAGAAACATGTAAATTTT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 2854 2875 2.87e-05 0.14 tggacagtatatagtatatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 3108 3129 2.96e-05 0.142 cgtacagtatataatacataat
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 3108 3129 2.96e-05 0.142 cgtacagtatataatacataat
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr21 - 37878911 37878932 3.36e-05 0.16 CGCACAAATAATTGTGAAACTC
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr5 - 125198829 125198850 3.46e-05 0.163 TTTACAGATTAGTGTAATGTTA
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270466v1 + 651 672 3.48e-05 0.163 actttaatatattatgtacact
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr15 + 95743011 95743032 3.66e-05 0.17 AGTGGAGAAAATTGGGAAGAAT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 3043 3064 3.91e-05 0.179 tgttttgttaatttcatatttt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr7 + 112572963 112572984 3.93e-05 0.179 TGATCAGATAAATGCGTTCTTT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr3 - 48038929 48038950 3.95e-05 0.179 TTTTGTATTTTTTGTAGAGACT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr1 - 56410482 56410503 4.1e-05 0.184 TGTACGGCCAATTATAAAATTT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 2440 2461 4.29e-05 0.189 tgtacagtttattataaatggt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr10 - 10728736 10728757 4.29e-05 0.189 TCTGCAGTTTACAATGTGCATA
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270466v1 + 581 602 4.32e-05 0.189 tgtgcagcgtataatatatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr1 - 27264967 27264988 4.36e-05 0.189 TCTACAAAAAAATACAAAAATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr7 + 5693155 5693176 4.38e-05 0.189 tctgccaatttttgtaaatata
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr18 - 70465036 70465057 4.6e-05 0.197 CTTTGGGAAAACATTGTACCTT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr2 - 71477612 71477633 4.64e-05 0.197 TGTTCAGTCAGTTACGTAGATC
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr2 - 214794401 214794422 4.73e-05 0.2 TATTCAGTCTATTGTGATACTT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr11 + 43899819 43899840 4.77e-05 0.2 TCTTGAAATAAAAGTAGTTTCT
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TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr7 - 27426699 27426720 5.01e-05 0.207 ATATTAAAAAATTATATCCATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr1 + 65109914 65109935 5.06e-05 0.207 ACTTAGGATAATAGTAACTTTT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr10 + 93209077 93209098 5.2e-05 0.212 TTTTTAAAATTCACTGAATTTT
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TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270466v1 + 665 686 5.62e-05 0.224 tgtacactatataatatatatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrX + 53415827 53415848 5.71e-05 0.226 ctttaaaaaaatagtgaaaaaa
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr8 + 102369251 102369272 5.8e-05 0.228 tttccagataaccacaggtatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr13 + 25584978 25584999 5.87e-05 0.229 TTTTAAAATATATATATCTATC
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TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr1 - 154295997 154296018 5.97e-05 0.23 TTTTTAAAAATTTTTATGTAGT
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TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr17 + 80642954 80642975 6.29e-05 0.237 ttttttggaaaaaatagttatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr14 - 90972507 90972528 6.36e-05 0.238 TGTTTAGTTAAAAGTCCACATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr5 + 10362720 10362741 6.55e-05 0.242 ttttcagatgtttgtatgttct
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr1 - 20756119 20756140 6.55e-05 0.242 TATACAATTTAATTTATATAAT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr8 - 102368984 102369005 6.6e-05 0.242 TTTTAAAATATTCACAAATTTT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr11 + 10211778 10211799 6.76e-05 0.247 ttctcggttaattagattcagt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr5 - 10362525 10362546 7.06e-05 0.256 TTCTAAATAATTTGTATTCATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr1 - 235068218 235068239 7.11e-05 0.256 TGTTCTGACAAGTATGCGCTTT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr1 - 234554805 234554826 7.29e-05 0.261 TTTTAAATTTTTTGTACAGACA
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr1 + 162673448 162673469 7.67e-05 0.271 TGTTAGGGCAACTCTGGCTTTT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 + 2983 3004 7.7e-05 0.271 tgtacagtatatgatatatagt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr1 + 45876215 45876236 7.82e-05 0.271 tctagggatatttatagagtgt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr11 + 49995669 49995690 7.82e-05 0.271 ttttctagtaacagaggatctt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr6 - 131132711 131132732 7.82e-05 0.271 TTTTCAGATTTCCAGAAATACA
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr6 - 85600997 85601018 7.91e-05 0.272 CCATATGAAAATTATATATTTT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr5 - 110054640 110054661 7.94e-05 0.272 TTTACAAAATTTTTTATCAATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr6 - 134036277 134036298 8.23e-05 0.278 TTTTTGGACAACTGCAAGTTTT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr19 + 32387601 32387622 8.26e-05 0.278 ttaacagttttttatattgatt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr9 + 92607178 92607199 8.26e-05 0.278 tgtgcagtaagcattgaagttt
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr1 - 181127337 181127358 8.46e-05 0.283 ATTAAAAAAAAAAATGGAGATA
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr2 - 181617649 181617670 8.56e-05 0.284 CTTTTGGAAAATTTGGTTTACT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr4 - 7874158 7874179 8.62e-05 0.284 AGTTTAGTTTATTTTGCTCTTT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr12 - 806804 806825 8.66e-05 0.284 TGTTTTACTAATTCTGGAATTC
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr12 + 45913166 45913187 8.69e-05 0.284 TGTTAAATTAAGTATACGCATC
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr7 + 20514727 20514748 8.79e-05 0.286 AGAATAAAATTTTGTAGATATT
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr5 - 125198528 125198549 8.89e-05 0.287 TTTGGTGTAAAATGGAGACATC
TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chr11 + 75969909 75969930 9.03e-05 0.29 CTATCAGCTTATCCTGGATCCT
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TTTTCAGATAATTGTGGATATT MEME-7 chrUn_KI270467v1 - 3439 3460 9.83e-05 0.296 TTTATAATAAACTCTACATAAA
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DEBUGGING INFORMATION

Command line:

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF300.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/fimo_out_6 --bgfile /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF300.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/background --motif TTTTCAGATAATTGTGGATATT /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF300.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/meme_out/meme.xml /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF300.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/ZNF300.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.fa

Settings:

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background file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF300.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/background alphabet = DNA max stored scores = 100000
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text only = false scan both strands = true max strand = false
threshold type = p-value output theshold = 0.0001 pseudocount = 0.1
alpha = 1 verbosity = 1

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