Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF140.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/ZNF140.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.fa
Database contains 600 sequences, 300000 residues

MOTIFS /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF140.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
GAATTGY 7 GAATTGC
RCTCY 5 ACTCC
TAAATAAA 8 TAAATAAA
RTCTCAA 7 GTCTCAA
GAAAACAB 8 GAAAACAT
CCCAARAG 8 CCCAAGAG
TGACYCA 7 TGACCCA
GGYGAC 6 GGTGAC
GTGBACA 7 GTGTACA
ATGTTYA 7 ATGTTCA
GGTATAYA 8 GGTATATA

Random model letter frequencies (/srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF140.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background):
A 0.286 C 0.214 G 0.214 T 0.286

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
RTCTCAA DREME-4 chr12 - 365068 365074 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr10 + 922544 922550 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr19 + 1099891 1099897 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr19 - 1886344 1886350 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr17 - 3024341 3024347 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr19 - 6117440 6117446 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr1 + 6404702 6404708 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr17 - 7449838 7449844 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr17 + 7450032 7450038 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr6 + 7684931 7684937 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr17 + 7777123 7777129 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr17 - 8093655 8093661 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr17 + 8093858 8093864 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr17 - 9255322 9255328 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr6 - 10798845 10798851 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr19 - 11533275 11533281 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr16 - 12066940 12066946 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr19 + 13637682 13637688 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr19 + 13779859 13779865 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr3 - 14984599 14984605 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr1 - 14997255 14997261 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr10 - 15018544 15018550 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr1 - 15575772 15575778 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr17 + 16406786 16406792 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr1 + 16493244 16493250 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr1 + 16493444 16493450 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr19 - 17095778 17095784 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr19 + 17108927 17108933 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr6 + 17217011 17217017 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr6 - 17217159 17217165 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr1 - 17227343 17227349 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr1 + 17227525 17227531 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr19 - 17740369 17740375 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr6 - 18097204 18097210 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr6 + 18097405 18097411 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr1 + 19188013 19188019 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr17 + 19255516 19255522 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr17 - 19255637 19255643 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr6 - 21195526 21195532 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr6 + 21195724 21195730 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr6 - 21464618 21464624 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr6 + 21464817 21464823 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr16 - 21572711 21572717 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr16 - 21821025 21821031 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr16 - 22295531 22295537 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr8 - 22450851 22450857 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr1 + 22980205 22980211 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr1 + 22980553 22980559 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr3 + 23672963 23672969 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chrX + 23771947 23771953 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr2 - 23781460 23781466 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chrX - 24144215 24144221 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chrX - 24474429 24474435 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr8 + 26253868 26253874 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr16 + 27663212 27663218 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr16 - 27663458 27663464 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr19 + 29505920 29505926 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr16 + 30052691 30052697 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr16 - 30500101 30500107 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr16 - 30570768 30570774 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr16 + 30642382 30642388 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr16 - 30642521 30642527 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr16 + 30642708 30642714 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr6 + 31105862 31105868 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr6 - 31755167 31755173 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr6 - 31755377 31755383 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr20 - 32118651 32118657 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr20 + 32118843 32118849 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr5 + 32157972 32157978 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr5 + 32158085 32158091 6.56e-05 0.154 GTCTCAa
RTCTCAA DREME-4 chr10 - 32174635 32174641 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr5 - 32367229 32367235 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr19 + 32398575 32398581 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr6 + 32699903 32699909 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr19 - 32767143 32767149 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr6 - 32988911 32988917 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr6 + 32989110 32989116 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr19 + 33123066 33123072 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr6 + 33150977 33150983 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr19 - 33159251 33159257 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr9 + 33474670 33474676 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr15 + 35283512 35283518 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr19 + 35289809 35289815 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr1 - 35380343 35380349 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr19 - 35386173 35386179 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr19 - 35461887 35461893 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr19 - 35461901 35461907 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr17 - 35763692 35763698 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr17 + 35763891 35763897 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr21 - 36123009 36123015 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr21 + 36123182 36123188 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr5 + 36644006 36644012 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr21 + 36912066 36912072 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr19 + 37160336 37160342 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr21 - 37275043 37275049 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr1 - 37495128 37495134 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr1 + 37495325 37495331 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr8 - 37892469 37892475 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr8 + 37892652 37892658 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr19 + 37918865 37918871 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr6 + 38045303 38045309 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr17 + 38667233 38667239 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr19 - 39117195 39117201 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr19 - 39794446 39794452 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr19 + 40103771 40103777 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr19 - 40301356 40301362 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr19 + 40301556 40301562 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr17 - 40325046 40325052 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr19 + 40346437 40346443 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr19 + 40567291 40567297 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr12 - 41191798 41191804 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr17 - 42916973 42916979 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr17 - 43576320 43576326 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr19 - 43709422 43709428 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr19 + 43709683 43709689 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chrX - 45011801 45011807 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chrX + 45011865 45011871 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr20 + 45349379 45349385 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr20 - 45349529 45349535 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr1 - 45395622 45395628 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr22 + 45616853 45616859 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr18 + 46130717 46130723 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr21 - 46298444 46298450 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr16 - 46848793 46848799 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr17 - 47544729 47544735 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr18 - 48873780 48873786 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr18 + 48873980 48873986 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr20 - 49100512 49100518 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr18 - 49515228 49515234 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr18 - 49523558 49523564 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr18 + 49523757 49523763 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr18 - 49523883 49523889 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr1 + 52848085 52848091 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr1 + 52879980 52879986 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr12 - 53664409 53664415 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr12 + 53779845 53779851 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr19 - 55118063 55118069 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr5 + 55463630 55463636 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr19 - 55569765 55569771 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr12 - 56219810 56219816 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr12 + 56220011 56220017 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr12 + 57258550 57258556 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr16 - 57323812 57323818 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr16 - 57324254 57324260 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr19 + 57789529 57789535 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr17 + 59442781 59442787 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr5 + 59594535 59594541 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr18 - 59882991 59882997 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr18 + 59892288 59892294 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr10 - 61632009 61632015 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr5 - 66760127 66760133 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr1 - 67536898 67536904 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr1 - 67537279 67537285 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr16 + 67555247 67555253 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr16 - 67555484 67555490 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr1 - 67698977 67698983 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr1 + 67699178 67699184 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chrX + 68078978 68078984 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr11 - 68361870 68361876 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr11 + 69369243 69369249 6.56e-05 0.154 gtctcAA
RTCTCAA DREME-4 chr1 + 69947102 69947108 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr16 + 70670265 70670271 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chrX + 71116778 71116784 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr10 - 71844461 71844467 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr10 - 72580492 72580498 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chrX - 72720026 72720032 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chrX + 72720225 72720231 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr12 - 73464618 73464624 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr2 + 74176758 74176764 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr15 + 75349808 75349814 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr1 - 77742957 77742963 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chrX - 78028038 78028044 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chrX - 78028203 78028209 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr15 + 78404983 78404989 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr13 - 80358341 80358347 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr16 - 80940024 80940030 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr16 + 80940223 80940229 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr9 + 83919068 83919074 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr16 + 84247798 84247804 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr16 + 84247888 84247894 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr1 + 84620428 84620434 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr16 - 85495510 85495516 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr10 - 86796592 86796598 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr6 + 87555093 87555099 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr10 - 88419800 88419806 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr16 - 89456034 89456040 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr15 - 90182641 90182647 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr12 + 90561056 90561062 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr12 + 96428773 96428779 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr5 + 96818752 96818758 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr5 - 96818941 96818947 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr5 + 96819140 96819146 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr10 + 97635740 97635746 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr13 - 99693235 99693241 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr10 - 100344363 100344369 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr10 + 101751966 101751972 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr10 - 101752213 101752219 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr14 - 102623424 102623430 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr14 - 102639280 102639286 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr10 + 103359647 103359653 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr6 + 108155485 108155491 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr12 - 109939646 109939652 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr12 - 110364366 110364372 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr12 - 110364743 110364749 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr12 - 111433147 111433153 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr1 - 113113578 113113584 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr13 + 113771673 113771679 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chrX + 115534629 115534635 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr11 - 119038568 119038574 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chrX - 119480506 119480512 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chrX - 119480835 119480841 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr12 + 122513189 122513195 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr5 + 122696844 122696850 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr12 - 122925542 122925548 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr9 - 124337992 124337998 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr5 - 125579999 125580005 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr5 - 126819505 126819511 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr5 + 126819702 126819708 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr5 + 127023725 127023731 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr10 + 128074661 128074667 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr2 + 128228019 128228025 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chrX - 129554747 129554753 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr9 + 130700233 130700239 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr9 - 130700374 130700380 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr9 + 135985307 135985313 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr6 - 138177105 138177111 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr6 + 138525522 138525528 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr8 + 140473012 140473018 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr8 - 144864879 144864885 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr6 + 148303773 148303779 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr5 - 149963295 149963301 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr1 - 150907725 150907731 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chrX + 153937190 153937196 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr5 + 160008844 160008850 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr5 - 160243037 160243043 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr3 - 172143704 172143710 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr3 + 172143737 172143743 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr3 - 172144006 172144012 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr5 + 175559109 175559115 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr5 - 177345785 177345791 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr5 + 177464440 177464446 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr3 + 190079333 190079339 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr4 + 190112100 190112106 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr3 + 193484304 193484310 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr3 - 194427594 194427600 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr1 + 204720636 204720642 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr1 + 204720959 204720965 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr1 - 229919724 229919730 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr1 + 233783355 233783361 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr1 - 234872650 234872656 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr1 + 235364600 235364606 6.56e-05 0.154 gtctcaa
RTCTCAA DREME-4 chr1 - 245044516 245044522 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
RTCTCAA DREME-4 chr1 - 245044593 245044599 6.56e-05 0.154 GTCTCAA
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF140.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/fimo_out_12 --bgfile /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF140.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background --motif RTCTCAA /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF140.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF140.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/ZNF140.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF140.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/fimo_out_12
    MEME file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF140.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml
    sequence file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF140.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/ZNF140.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.fa
  
  

    background file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/ZNF140.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

Go to top