Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information



FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]


DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/KLF13.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/KLF13.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.fa
Database contains 600 sequences, 300000 residues

MOTIFS /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/KLF13.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/meme_out/meme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
GRRGKGGGCGKGGCBG 16 GGAGGGGGCGGGGCCG
TGTRTGTGTGKGTGTG 16 TGTGTGTGTGGGTGTG
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW 31 GTATTTTATTTACACTAATCATTATATTATA
SACACMHMCWCACACMYVMCCACACACMCMC 31 CACACACCCACACACACCCCCACACACCCAC
CYCCKCCTYYYCCTCC 16 CTCCTCCTCCCCCTCC
GGCCMCGCCCCY 12 GGCCCCGCCCCC
TYTWATKWTNTSYYYWTRWTMWSABWBYTKSTRATYTCAYYSYTBMWTKT 50 TCTTATGTTGTGCTCATGATCTCACTTCTGCTGATTTCATTCCTTCTTTT
KMSCCTNARYMYVGCRSSTYRGAYCACKYGSSSRYBCTRHCACGYKRCAT 50 TAGCCTCAGTCTGGCGCCTTAGACCACTCGGCCATGCTGCCACGCGACAT
WACTTTATTGVCAVY 15 AACTTTATTGACACC
CTYTCYTTTYNY 12 CTTTCTTTTTCC

Random model letter frequencies (/srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/KLF13.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/background):
A 0.189 C 0.311 G 0.311 T 0.189


SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES

Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chrUn_KI270467v1 + 2267 2297 5.49e-15 1.48e-09 atattttatgtacagtatacaatatatattt
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chrUn_KI270467v1 + 2888 2918 5.49e-15 1.48e-09 atattttatgtacagtatacaatatatattt
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chrUn_KI270467v1 + 2141 2171 1.48e-14 2.66e-09 atattttatgtacagtatataatatatattt
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chrUn_KI270467v1 + 3226 3256 7.81e-14 1.05e-08 atattttatgtacagtatataatatgtatta
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chrUn_KI270467v1 + 2975 3005 1.66e-13 1.79e-08 atattttatgtacagtatatgatatatagtt
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr22 - 35840815 35840845 2.67e-13 2.4e-08 ATGTTTTATTAATATTAAAAATAATTTTGTT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chrUn_KI270467v1 + 3142 3172 4.86e-13 3.74e-08 atattttatgtacagtatgtaatatatattt
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chrUn_KI270467v1 + 3184 3214 7.03e-13 4.74e-08 atattttatgtacagtatataatatttattt
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chrUn_KI270467v1 + 2390 2420 4.86e-12 2.91e-07 acattttatatactgtatataatatgtagtt
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chrUn_KI270467v1 + 2099 2129 7.19e-12 3.87e-07 atattttatgtgcagcatataatatatattt
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chrUn_KI270467v1 + 2930 2960 1.52e-11 7.43e-07 atattttatatacactatataataatacaca
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chrUn_KI270467v1 + 2225 2255 5.66e-11 2.54e-06 agattttatgtacagaatataatatatcttt
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chrUn_KI270467v1 + 2432 2462 6.81e-11 2.82e-06 atattttatgtacagtttattataaatggtt
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chrUn_KI270467v1 + 3017 3047 2.01e-10 7.73e-06 atattttatgtacagtttattataaatgttt
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr15 + 66504999 66505029 3.22e-10 1.16e-05 GTATCTATTTTCTTCCAAACGTAATAATAAT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chrUn_KI270467v1 + 2804 2834 6.91e-10 2.33e-05 atattttatgtacaggatataatatatattt
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chrUn_KI270467v1 + 2469 2499 7.53e-10 2.39e-05 atattttatgtacagtatataatacatattt
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr6 - 125780102 125780132 1.23e-09 3.68e-05 TTTTTTTTTTCTTTTTAAATCATAAGTTTTA
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr17 + 75810558 75810588 1.35e-09 3.82e-05 CTTTCTTTTTTAAAAtttttataattttatt
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr1 - 212596395 212596425 1.71e-09 4.61e-05 GTAATTAAAGCACACTATTATTGTTATAAAG
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr22 - 35840818 35840848 2.14e-09 5.5e-05 AAAATGTTTTATTAATATTAAAAATAATTTT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr17 + 75810560 75810590 2.78e-09 6.64e-05 TTCTTTTTTAAAAtttttataattttattta
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chrUn_KI270467v1 + 2183 2213 3.04e-09 6.64e-05 atatattatgtacagcatataatatatattt
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr1 + 232732598 232732628 3.04e-09 6.64e-05 atcttgtcagtctttccataattttaaagtt
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr17 + 75810561 75810591 3.12e-09 6.64e-05 TCTTTTTTAAAAtttttataattttatttat
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr5 + 140718876 140718906 3.2e-09 6.64e-05 GTAGGTCTTTCTCACCAGTCAAGAAAATATA
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr16 - 22195989 22196019 3.49e-09 6.98e-05 GTGAGGATTTAATATTAAAAATATTAATTTT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chrUn_KI270467v1 + 2057 2087 4.82e-09 8.96e-05 atattttatgtacagtatataatacatactt
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr6 - 125780123 125780153 4.82e-09 8.96e-05 AGTTTTTTTTTTTCTTTATAGTTTTTTTTTT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr6 - 125780122 125780152 5.48e-09 9.85e-05 GTTTTTTTTTTTCTTTATAGTTTTTTTTTTC
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr17 + 35947504 35947534 7.62e-09 0.000133 ttttttttttttttttttttgagatggagtt
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr6 + 142323629 142323659 8.29e-09 0.00014 agagtgtatttacacaaacctaaatggtata
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr1 + 183060672 183060702 8.71e-09 0.000142 atcatgtttgtattcttagcactaagttgat
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr17 + 75810562 75810592 9.31e-09 0.000148 CTTTTTTAAAAtttttataattttatttatt
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr6 - 125780117 125780147 9.62e-09 0.000148 TTTTTTTCTTTATAGTTTTTTTTTTCTTTTT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr6 - 28764273 28764303 1.02e-08 0.000151 TTCTTTTTTGTTCAATATCAACACAAAAATT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr6 - 125780103 125780133 1.04e-08 0.000151 GTTTTTTTTTTCTTTTTAAATCATAAGTTTT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr6 - 125780125 125780155 1.62e-08 0.00023 ATAGTTTTTTTTTTTCTTTATAGTTTTTTTT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr17 + 75810569 75810599 1.74e-08 0.000231 AAAAtttttataattttatttatttatttag
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr17 + 8121023 8121053 1.78e-08 0.000231 ATTTTTCCTTTTTATCCGTTTTTTTCTTAAA
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr12 + 130584822 130584852 1.81e-08 0.000231 GTAACTACTTTTTATTTTGTATTAAAATTTC
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chrUn_KI270467v1 + 3100 3130 1.84e-08 0.000231 ataatttacgtacagtatataatacataatt
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr16 + 22195972 22196002 1.84e-08 0.000231 AGAGTGCCTACATATCAAAAATTAATATTTT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr6 + 49541375 49541405 2.14e-08 0.000257 ATGATGAATATACTTTAAAACTTTGGATAAT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr1 + 205750479 205750509 2.16e-08 0.000257 GTATCTTAGAAAGACTAGAAAAAAAGATTTA
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr7 + 157881099 157881129 2.19e-08 0.000257 GTGTTTACAGTAGTCATTATGATAAAATGAA
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr16 - 22195985 22196015 2.24e-08 0.000257 GGATTTAATATTAAAAATATTAATTTTTGAT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr6 + 49541138 49541168 2.3e-08 0.000258 TTGTTTTATTTGAAATATTTAATATTAACTG
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr22 + 35840808 35840838 2.35e-08 0.000259 GAAATGAAACAAAATTATTTTTAATATTAAT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr17 - 48830775 48830805 2.73e-08 0.000293 TTCTTTTTTTTCTTTTATACCTTTATTTCTT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr17 + 75810563 75810593 2.79e-08 0.000293 TTTTTTAAAAtttttataattttatttattt
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr17 - 2975393 2975423 2.84e-08 0.000293 ATATCTTTTTCCATTCCTTTATTTTAAATCT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr20 - 63339540 63339570 2.88e-08 0.000293 GTAATTCACTCATCTTTGTGAATATGATGTA
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chrUn_KI270467v1 + 3205 3235 3.21e-08 0.000314 atatttattttgtgtcctttgatattttatg
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chrUn_KI270467v1 + 2250 2280 3.23e-08 0.000314 atctttcatgtaccttcatattttatgtaca
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr5 + 140726109 140726139 3.26e-08 0.000314 GTAGGTCTTTCTCACCAGTCAAGAAAATACA
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr6 - 125780334 125780364 3.44e-08 0.000322 AGATTTTTAACACAACAAATATATTTAGGAA
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr14 - 24189157 24189187 3.47e-08 0.000322 TTCTTTTTACAATTACCAAAATAAAATTTAT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr17 + 50707975 50708005 3.63e-08 0.000331 GCTGTTTATGTAACTACTGCACAATATTATA
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr14 - 24189162 24189192 3.83e-08 0.000344 GATTTTTCTTTTTACAATTACCAAAATAAAA
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr19 + 44212852 44212882 4.01e-08 0.000354 ggttgtaattagaattaaacaagataatacg
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr6 + 53545315 53545345 4.1e-08 0.000356 ATTTTTTTTCCTAATCAGAAGAGATAAACTT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr20 + 33401738 33401768 4.35e-08 0.000372 atagtgtcaaatagttcatatatataatgtt
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr6 + 125780110 125780140 4.52e-08 0.000381 ATGATTTaaaaagaaaaaaaaaactataaag
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr14 - 24189160 24189190 4.69e-08 0.000383 TTTTTCTTTTTACAATTACCAAAATAAAATT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr19 - 39412137 39412167 4.69e-08 0.000383 ACTTTTTTTCCCCATCAGTTTTTATAAACTT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr6 - 49541150 49541180 5.25e-08 0.000423 TTGACTCAATATCAGTTAATATTAAATATTT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr17 + 75810556 75810586 5.45e-08 0.000432 CTCTTTCTTTTTTAAAAtttttataatttta
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr6 - 49541139 49541169 7.93e-08 0.000615 TCAGTTAATATTAAATATTTCAAATAAAACA
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr6 - 49541125 49541155 7.99e-08 0.000615 ATATTTCAAATAAAACAATCACTCATTATAG
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr12 - 130584827 130584857 8.4e-08 0.000638 AGAATGAAATTTTAATACAAAATAAAAAGTA
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr17 - 48830770 48830800 8.78e-08 0.000653 TTTTTTCTTTTATACCTTTATTTCTTTTTTC
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr22 - 35840825 35840855 8.9e-08 0.000653 ATCAGTAAAAATGTTTTATTAATATTAAAAA
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr20 - 1118321 1118351 8.97e-08 0.000653 GTGGCTAAAATACATTCTTAATAATCGTTAA
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr11 + 94767955 94767985 9.17e-08 0.000659 ACCTGGAAATTCCACTTAAGAAGAAAAAAAA
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr19 + 49877362 49877392 9.64e-08 0.000677 TGGCTTCAATTCCAGTATACAATATGGAGAA
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr22 + 35840822 35840852 9.71e-08 0.000677 TTATTTTTAATATTAATAAAACATTTTTACT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr10 + 1499058 1499088 9.92e-08 0.000677 ctcattactcttcattaatcattcagtcatt
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr1 + 232732698 232732728 9.92e-08 0.000677 aggagttctgaaatgatgtcattatattaat
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr17 + 19508259 19508289 1.02e-07 0.000684 GTTTTTTTTTTTTTCTTTCTTAATTGTAGAG
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr7 - 101165786 101165816 1.03e-07 0.000684 AGCATTTCATTCATTCATTCATTCATTCATT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chrUn_KI270467v1 - 2931 2961 1.04e-07 0.000686 CTGTGTATTATTATATAGTGTATATAAAATA
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr6 - 125780105 125780135 1.08e-07 0.000697 TAGTTTTTTTTTTCTTTTTAAATCATAAGTT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr6 - 125780120 125780150 1.09e-07 0.000697 TTTTTTTTTTCTTTATAGTTTTTTTTTTCTT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr19 - 39412123 39412153 1.1e-07 0.000697 TCAGTTTTTATAAACTTACACATCTAATAAA
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr17 + 51260280 51260310 1.11e-07 0.000697 GGGTTTCTTGCGCTCCTTTCAATATGTTGCA
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr17 + 75810559 75810589 1.21e-07 0.000744 TTTCTTTTTTAAAAtttttataattttattt
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr14 - 24189211 24189241 1.22e-07 0.000744 ATAAGGATTATATATTTGAACTTTTTAAGTT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr3 - 194672804 194672834 1.23e-07 0.000744 AACATTTTTTTTTTCTTTGAAATAAAGCGTA
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr6 - 125780101 125780131 1.26e-07 0.000756 TTTTTTTTTCTTTTTAAATCATAAGTTTTAT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr22 - 35840817 35840847 1.31e-07 0.000758 AAATGTTTTATTAATATTAAAAATAATTTTG
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr19 + 45468079 45468109 1.31e-07 0.000758 GTTATGAAATTTCATTAATCTTTTTTTTTCC
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr12 + 116910658 116910688 1.31e-07 0.000758 agagtttttgttttgttttacagatttaaat
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr14 + 24189159 24189189 1.35e-07 0.000772 AAATTTTATTTTGGTAATTGTAAAAAGAAAA
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr17 - 75810565 75810595 1.36e-07 0.000774 ATAAATAAATAAAATTATAAAAATTTTAAAA
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr6 - 49541153 49541183 1.4e-07 0.00078 TCTTTGACTCAATATCAGTTAATATTAAATA
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr12 - 49568224 49568254 1.4e-07 0.00078 GCCTTTACTTTCCGCTATTGGTAAAATATTT
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr17 - 35947146 35947176 1.49e-07 0.000822 ATAACTTCCTTTTCATAAAATATATTTTGTA
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr15 - 66504972 66505002 1.32e-05 0.0129 ATACCGTAATTTCCCACAAATAAAGAAATAA
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chrUn_KI270467v1 + 2829 2859 1.34e-05 0.0131 atatttgatgtaccttcatattttatggaca
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr6 - 49541580 49541610 1.36e-05 0.0131 CTCTTTTTTCTCTCTCAAAAGCACTTTCATT
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr15 - 66505194 66505224 1.39e-05 0.0133 ATAAGTCCTGTTTGTCCGCAAAGTTAAACTT
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr1 - 212596399 212596429 1.45e-05 0.0137 CTTTGTAATTAAAGCACACTATTATTGTTAT
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr15 - 65869009 65869039 1.45e-05 0.0137 ATCTTGACAACATCTTTAATTCACTTTTTTG
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr6 + 26027517 26027547 1.46e-05 0.0137 GAATTTTAATAAGGGCTTATATTAAGGGCTT
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr20 - 38356670 38356700 1.49e-05 0.0139 TTATGGTATGTGATTACTGTGATAATTATAA
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr1 - 244971191 244971221 1.5e-05 0.0139 GTGTCTTTTTTTTTTTTTAAGACAAGACACT
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr14 + 24189163 24189193 1.6e-05 0.0143 TTTATTTTGGTAATTGTAAAAAGAAAAATCA
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chrUn_KI270467v1 + 2155 2185 1.64e-05 0.0145 gtatataatatatatttgggcaactttaata
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr12 - 54214667 54214697 1.68e-05 0.0147 GGAGCTCCTCTCCATCCTTCAAAAGGTGAAT
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr22 + 35840831 35840861 1.77e-05 0.0152 ATATTAATAAAACATTTTTACTGATGTACAG
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr9 - 85743211 85743241 1.77e-05 0.0152 AACATGTTCTTTAAGAAAAGTTTCAGGTATA
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr17 - 7242879 7242909 1.79e-05 0.0153 GTTTTCTTTTTGACTTCTTATTTCTGGAGAT
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr6 + 26027433 26027463 2.13e-05 0.017 AATAGTTTCACTTTTTAATCCCTTTAGTTTT
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr1 + 183060771 183060801 2.19e-05 0.0171 AGAAGTTATCTTAAGTTGATATAACAGTATG
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr6 - 142323415 142323445 2.24e-05 0.0173 TCCGCTAAATCAGCTTTAATCTAAATGTATA
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chrUn_KI270467v1 - 2464 2494 2.26e-05 0.0174 TGTATTATATACTGTACATAAAATATGAAAG
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chrUn_KI270467v1 - 2137 2167 2.31e-05 0.0175 ATATATTATATACTGTACATAAAATATGAAG
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr15 - 65869018 65869048 2.88e-05 0.0198 GTTTTTTTAATCTTGACAACATCTTTAATTC
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr6 + 149963721 149963751 3.07e-05 0.0204 gtaatgataaatgctgtgttgaaaaattatt
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr17 - 75810556 75810586 3.09e-05 0.0204 TAAAATTATAAAAATTTTAAAAAAGAAAGAG
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr17 - 16380858 16380888 3.1e-05 0.0205 TGCGCTTCTCTTCCTTCTTTAGGAAAATATA
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr1 - 33182343 33182373 3.12e-05 0.0205 TCGTTTTAATACAAAATATGATTTTTTCTAC
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr17 - 68019698 68019728 3.25e-05 0.0209 GTAGGGTAATTATAGCTAACGGTAATTTACT
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr22 + 35840804 35840834 4.55e-05 0.0251 ATAAGAAATGAAACAAAATTATTTTTAATAT
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr1 - 29379681 29379711 4.67e-05 0.0253 GTTGCTTATTTAGAACCAAGGCAAGCATGTG
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr15 - 66505019 66505049 4.71e-05 0.0254 GGAGTCCCTATTTTCTAAGAATTATTATTAC
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RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr19 + 44213068 44213098 4.71e-05 0.0254 ATCTTTTTTTTTTTTAAGAAGGATTGAGTCA
RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW MEME-3 chr4 - 4673425 4673455 4.73e-05 0.0254 ATAATGTGTGCAGAGAAATACTACTAATGCT

DEBUGGING INFORMATION

Command line:

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/KLF13.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/fimo_out_3 --bgfile /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/KLF13.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/background --motif RKNTTTWWWDTACAYYADWMAWTAWRWWRWW /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/KLF13.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/meme_out/meme.xml /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/KLF13.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/KLF13.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.fa

Settings:

output_directory = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/KLF13.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/fimo_out_3 MEME file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/KLF13.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/meme_out/meme.xml sequence file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/KLF13.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/KLF13.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.fa
background file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeOtherZnfData/Encode3Datahg38/KLF13.IDR0.05.filt.narrowPeak.top600.summitPlusMinus250bp.MemeChipResults/background alphabet = DNA max stored scores = 100000
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text only = false scan both strands = true max strand = false
threshold type = p-value output theshold = 0.0001 pseudocount = 0.1
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