Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

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If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/TAF7.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/TAF7.IDR0.05.filt.narrowPeaksummitPlusMinus250bp.fa
Database contains 12309 sequences, 6154500 residues

MOTIFS /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/TAF7.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
CAANATGG 8 CAAGATGG
CVGCCKCC 8 CCGCCTCC
TARTCCCA 8 TAATCCCA
AAAATDAG 8 AAAATTAG
HTTCCY 6 CTTCCT
TAAAAATA 8 TAAAAATA
GCCRCCAY 8 GCCACCAC
GGTTCAMR 8 GGTTCAAA
CTSCWGCC 8 CTCCAGCC
GTAGAGAY 8 GTAGAGAC
GTGAKCCR 8 GTGAGCCA
TGTCAGAR 8 TGTCAGAG
AGGTCAGD 8 AGGTCAGG
CMCAGC 6 CCCAGC
AGTYRCTC 8 AGTCGCTC
AAAYAMA 7 AAACAAA
ACCAKCCT 8 ACCAGCCT
CRGYGGC 7 CAGCGGC
GGGTTTCA 8 GGGTTTCA
AGGTTGCA 8 AGGTTGCA
CAAAGTGC 8 CAAAGTGC
ATGGCG 6 ATGGCG
CCSAGTAG 8 CCCAGTAG
GCDTTTCC 8 GCTTTTCC
GWGACRGA 8 GAGACAGA
CACDCAC 7 CACACAC
CCWCCWCC 8 CCTCCTCC
GCTGAGDC 8 GCTGAGAC
AGWTCGAG 8 AGATCGAG
CAGSCATG 8 CAGGCATG
AGGCATTS 8 AGGCATTG
AVAGAAA 7 AAAGAAA
ARATTATA 8 AGATTATA
CCRTGTTA 8 CCGTGTTA
CCTRGAAA 8 CCTGGAAA
GAGATKAA 8 GAGATGAA
TTAWAAAA 8 TTAAAAAA
AGACAGTG 8 AGACAGTG
CNGCAGC 7 CAGCAGC
CCATYTTA 8 CCATCTTA
AGGCHGAG 8 AGGCAGAG
CTGTCSCC 8 CTGTCCCC
AYTGTTAC 8 ACTGTTAC
AGGTACYG 8 AGGTACCG
CACCGTSC 8 CACCGTCC
ACYTCCGG 8 ACTTCCGG
STGGGKA 7 GTGGGGA
AATACTGC 8 AATACTGC
AGYGAGAC 8 AGCGAGAC
AATAGGR 7 AATAGGG
CTCCCACC 8 CTCCCACC
CATTTTM 7 CATTTTC
CTGTAYC 7 CTGTACC
GCAGTGAS 8 GCAGTGAG
GGAGGTTA 8 GGAGGTTA
TAATCCTA 8 TAATCCTA
CGAGTAGC 8 CGAGTAGC
CAGMACCG 8 CAGAACCG
AAGCAGGG 8 AAGCAGGG
GGAGTTCM 8 GGAGTTCC

Random model letter frequencies (/srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/TAF7.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background):
A 0.221 C 0.279 G 0.279 T 0.221

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
CCSAGTAG DREME-23 chr19 - 555811 555818 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr16 - 1964834 1964841 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr6 - 3000059 3000066 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr6 - 3339491 3339498 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chrX - 3570875 3570882 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr18 - 3654626 3654633 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr10 - 3890895 3890902 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr20 - 4218741 4218748 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr17 - 4704170 4704177 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr20 - 5635147 5635154 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr10 - 6005435 6005442 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr1 - 6359624 6359631 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr19 - 6425975 6425982 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr12 - 6493597 6493604 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr11 - 6603462 6603469 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr19 - 10120016 10120023 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr2 - 10222787 10222794 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr2 - 11900581 11900588 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr18 - 11941732 11941739 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr19 - 12882603 12882610 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chrX - 13104012 13104019 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr17 - 13639044 13639051 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr6 - 14449797 14449804 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr6 - 14945422 14945429 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr6 - 15018259 15018266 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr6 - 15019486 15019493 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr16 - 16193035 16193042 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chrX - 16586137 16586144 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr17 - 17850216 17850223 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr1 - 18422246 18422253 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr11 - 18691671 18691678 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr17 - 18816684 18816691 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr8 - 20277007 20277014 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr22 - 20321973 20321980 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr7 - 22179561 22179568 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr7 - 23182330 23182337 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr14 - 24114350 24114357 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr14 - 24188806 24188813 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr1 - 24705438 24705445 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr6 - 25910849 25910856 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr16 - 26969813 26969820 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr16 - 26985326 26985333 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr10 - 28386018 28386025 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr1 - 28505020 28505027 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr19 - 28522159 28522166 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr19 - 28528716 28528723 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr19 - 29643801 29643808 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr16 - 30558997 30559004 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr7 - 30728203 30728210 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr1 - 30845490 30845497 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr12 - 32021233 32021240 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr1 - 32186555 32186562 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr1 - 32818177 32818184 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr12 - 32946730 32946737 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr1 - 32981471 32981478 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr10 - 33057080 33057087 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr21 - 33300867 33300874 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr8 - 33473613 33473620 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr22 - 36427024 36427031 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr3 - 37824681 37824688 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr3 - 37994307 37994314 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr8 - 38089535 38089542 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr9 - 38252795 38252802 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr4 - 38317508 38317515 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr22 - 38772085 38772092 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr13 - 39086481 39086488 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr2 - 39468245 39468252 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr6 - 39934218 39934225 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr15 - 40859080 40859087 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr8 - 42266606 42266613 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr21 - 42893186 42893193 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr7 - 42932451 42932458 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr1 - 43330667 43330674 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr11 - 43953127 43953134 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr19 - 44906123 44906130 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr19 - 45584454 45584461 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr12 - 46268909 46268916 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr11 - 46968209 46968216 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr19 - 47211275 47211282 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chrX - 47809728 47809735 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr12 - 47851630 47851637 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr2 - 48119166 48119173 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr10 - 49166452 49166459 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr17 - 49193353 49193360 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr16 - 50458131 50458138 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr12 - 50765616 50765623 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr13 - 50910509 50910516 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr5 - 51099375 51099382 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr19 - 51787184 51787191 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr1 - 52296717 52296724 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr6 - 53061841 53061848 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr1 - 54503073 54503080 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chrX - 55110949 55110956 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr18 - 55948166 55948173 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr12 - 56116886 56116893 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr12 - 56469216 56469223 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr4 - 56700926 56700933 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr16 - 57810183 57810190 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr5 - 58937406 58937413 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr11 - 62014126 62014133 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr1 - 63523053 63523060 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr15 - 63793860 63793867 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr2 - 64800988 64800995 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr1 - 65068659 65068666 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr15 - 65185398 65185405 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr15 - 65530660 65530667 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr11 - 65663258 65663265 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr15 - 66624086 66624093 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr11 - 66921439 66921446 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr11 - 67563832 67563839 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr4 - 68265108 68265115 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr5 - 68628309 68628316 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr14 - 68816262 68816269 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr3 - 69014831 69014838 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr3 - 69014831 69014838 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr5 - 69090905 69090912 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr16 - 69172771 69172778 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr1 - 70985922 70985929 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr5 - 71399119 71399126 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr10 - 72245580 72245587 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr15 - 72475336 72475343 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr17 - 72762147 72762154 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr14 - 72907531 72907538 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr6 - 73580712 73580719 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr6 - 73580712 73580719 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr14 - 74085039 74085046 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr4 - 74096630 74096637 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr1 - 74154127 74154134 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr7 - 74160104 74160111 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr10 - 74179120 74179127 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr12 - 75684144 75684151 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr7 - 75801927 75801934 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr7 - 75914525 75914532 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr17 - 76727064 76727071 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr11 - 76861002 76861009 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr9 - 77893138 77893145 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr15 - 80770172 80770179 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr17 - 81976642 81976649 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr2 - 85354711 85354718 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr16 - 85610728 85610735 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr11 - 86937430 86937437 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr10 - 87025913 87025920 1.83e-05 0.548 CCCAGTAG
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CCSAGTAG DREME-23 chrX + 542732 542739 3.66e-05 0.548 ccgagtag
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CCSAGTAG DREME-23 chr9 + 112070128 112070135 3.66e-05 0.548 ccgagtag
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CCSAGTAG DREME-23 chr7 + 121078167 121078174 3.66e-05 0.548 ccgagtag
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CCSAGTAG DREME-23 chr7 + 135663777 135663784 3.66e-05 0.548 ccgagtag
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CCSAGTAG DREME-23 chr6 + 137864004 137864011 3.66e-05 0.548 ccgagtag
CCSAGTAG DREME-23 chr5 + 138476178 138476185 3.66e-05 0.548 ccgagtag
CCSAGTAG DREME-23 chr7 + 139358807 139358814 3.66e-05 0.548 ccgagtag
CCSAGTAG DREME-23 chr6 + 144096017 144096024 3.66e-05 0.548 ccgagtag
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CCSAGTAG DREME-23 chr9 - 128685913 128685920 6.54e-05 0.667 CCAAGTAG
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CCSAGTAG DREME-23 chr6 - 150168419 150168426 6.54e-05 0.667 CCAAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr7 - 151109249 151109256 6.54e-05 0.667 CCAAGTAG
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CCSAGTAG DREME-23 chr5 - 154039047 154039054 6.54e-05 0.667 CCTAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr5 - 154039047 154039054 6.54e-05 0.667 CCTAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chrX - 154818421 154818428 6.54e-05 0.667 CCAAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr2 - 155363832 155363839 6.54e-05 0.667 CCAAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr1 - 156767694 156767701 6.54e-05 0.667 CCTAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr7 - 156923842 156923849 6.54e-05 0.667 CCAAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr6 - 162364512 162364519 6.54e-05 0.667 CCAAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr4 - 163167178 163167185 6.54e-05 0.667 CCAAGTAG
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CCSAGTAG DREME-23 chr3 - 193590926 193590933 6.54e-05 0.667 CCAAGTAG
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CCSAGTAG DREME-23 chr1 - 202077279 202077286 6.54e-05 0.667 CCAAGTAG
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CCSAGTAG DREME-23 chr2 - 215289021 215289028 6.54e-05 0.667 CCAAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr2 - 218407458 218407465 6.54e-05 0.667 CCAAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr1 - 219908270 219908277 6.54e-05 0.667 CCAAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr1 - 227318016 227318023 6.54e-05 0.667 CCAAGTAG
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CCSAGTAG DREME-23 chr1 - 246306233 246306240 6.54e-05 0.667 CCAAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr1 - 246565857 246565864 6.54e-05 0.667 CCAAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr1 - 246579641 246579648 6.54e-05 0.667 CCAAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chrUn_GL000224v1 + 52040 52047 6.54e-05 0.667 ccaagtag
CCSAGTAG DREME-23 chr16 + 1646401 1646408 6.54e-05 0.667 cctagtag
CCSAGTAG DREME-23 chr16 + 1971353 1971360 6.54e-05 0.667 ccaagtag
CCSAGTAG DREME-23 chr6 + 3382543 3382550 6.54e-05 0.667 CCTAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr18 + 3622227 3622234 6.54e-05 0.667 ccaagtag
CCSAGTAG DREME-23 chr18 + 3661155 3661162 6.54e-05 0.667 ccaagtag
CCSAGTAG DREME-23 chr20 + 3666241 3666248 6.54e-05 0.667 CCAAGTAG
CCSAGTAG DREME-23 chr11 + 3798452 3798459 6.54e-05 0.667 ccaagtag
CCSAGTAG DREME-23 chr3 + 4814956 4814963 6.54e-05 0.667 CCAAGTAG
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/TAF7.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/fimo_out_23 --bgfile /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/TAF7.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background --motif CCSAGTAG /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/TAF7.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/TAF7.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/TAF7.IDR0.05.filt.narrowPeaksummitPlusMinus250bp.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/TAF7.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/fimo_out_23
    MEME file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/TAF7.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml
    sequence file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/TAF7.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/TAF7.IDR0.05.filt.narrowPeaksummitPlusMinus250bp.fa
  
  

    background file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/TAF7.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

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