Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

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If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/FOSL1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/FOSL1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeaksummitPlusMinus250bp.fa
Database contains 8194 sequences, 4097000 residues

MOTIFS /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/FOSL1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
TGASTMAB 8 TGACTCAT
TTATCW 6 TTATCT
CTRTAATC 8 CTGTAATC
CCDSCC 6 CCTCCC
RTGATTCA 8 ATGATTCA
GGAAR 5 GGAAG
AAAGTGCT 8 AAAGTGCT
TDTTTW 6 TGTTTT
SGGTCCTA 8 GGGTCCTA
ACGTGRCY 8 ACGTGGCC
TGACSTCA 8 TGACCTCA
GCMGCC 6 GCAGCC
TGTGGTTW 8 TGTGGTTT
GCSTGGCC 8 GCCTGGCC
GATWA 5 GATTA
CCCAGC 6 CCCAGC
ATGACRCA 8 ATGACACA
ACACMCAC 8 ACACACAC
TTTTAW 6 TTTTAA
AAGYCAC 7 AAGCCAC

Random model letter frequencies (/srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/FOSL1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background):
A 0.251 C 0.249 G 0.249 T 0.251

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
SGGTCCTA DREME-9 chr17 - 1593220 1593227 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr4 - 2059246 2059253 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr17 - 3723851 3723858 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr3 - 4984154 4984161 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr19 - 5164973 5164980 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr8 - 11467141 11467148 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr6 - 13712235 13712242 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr3 - 14383833 14383840 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr6 - 14735292 14735299 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr11 - 14891374 14891381 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr19 - 15378578 15378585 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr1 - 16921647 16921654 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr20 - 17506319 17506326 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr19 - 19591257 19591264 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr8 - 22565702 22565709 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr2 - 26769343 26769350 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr16 - 28292306 28292313 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr22 - 29031713 29031720 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr16 - 30355862 30355869 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr16 - 31073385 31073392 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr16 - 31073744 31073751 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr19 - 33303178 33303185 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chrX - 37685518 37685525 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chrX - 37685535 37685542 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr1 - 37860163 37860170 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr19 - 38388590 38388597 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr17 - 40309151 40309158 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr22 - 41301497 41301504 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr20 - 41670096 41670103 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr17 - 41812628 41812635 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr6 - 42039512 42039519 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr1 - 42958897 42958904 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr5 - 43007461 43007468 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr17 - 45221544 45221551 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr20 - 46021620 46021627 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr13 - 46120410 46120417 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr1 - 46616439 46616446 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr1 - 47232530 47232537 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr8 - 47960699 47960706 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr17 - 47970752 47970759 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr17 - 50152117 50152124 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr22 - 50185726 50185733 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr19 - 51127868 51127875 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr15 - 51726365 51726372 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr19 - 55600178 55600185 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr12 - 56521751 56521758 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr3 - 58332852 58332859 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr13 - 60267570 60267577 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr11 - 60924400 60924407 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr11 - 63506372 63506379 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr10 - 72273029 72273036 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr5 - 72848064 72848071 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr11 - 75562057 75562064 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr7 - 76023106 76023113 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr17 - 82345123 82345130 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr14 - 89955825 89955832 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr11 - 94768371 94768378 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr15 - 96273865 96273872 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr9 - 98010663 98010670 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr12 - 98593663 98593670 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr10 - 99906473 99906480 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr10 - 101824735 101824742 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr1 - 109426085 109426092 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr10 - 110207549 110207556 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr1 - 112508695 112508702 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr9 - 113410745 113410752 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr2 - 113584038 113584045 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr2 - 113584072 113584079 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr11 - 119368607 119368614 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr9 - 123349931 123349938 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr4 - 123350181 123350188 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr9 - 129596735 129596742 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr9 - 130265703 130265710 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr7 - 137992887 137992894 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr3 - 142578869 142578876 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr2 - 152718230 152718237 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr6 - 161393889 161393896 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr2 - 178270110 178270117 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr5 - 181133927 181133934 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr3 - 184740846 184740853 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr1 - 201714652 201714659 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr2 - 237703007 237703014 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr2 - 240560568 240560575 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr19 + 339587 339594 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr20 + 3239258 3239265 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr16 + 3401234 3401241 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr19 + 3786359 3786366 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr12 + 6829495 6829502 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr17 + 8532495 8532502 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr8 + 11466895 11466902 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr1 + 11681168 11681175 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr1 + 11785146 11785153 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr19 + 17358491 17358498 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr11 + 20599970 20599977 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr22 + 22855934 22855941 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr22 + 22855988 22855995 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr22 + 23066971 23066978 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr12 + 24960525 24960532 1.51e-05 0.78 gggtccta
SGGTCCTA DREME-9 chr7 + 26620301 26620308 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr22 + 31292548 31292555 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr1 + 31701448 31701455 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr20 + 31848678 31848685 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr19 + 33302637 33302644 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr3 + 38327652 38327659 1.51e-05 0.78 gggtccta
SGGTCCTA DREME-9 chr2 + 38377347 38377354 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr17 + 40322583 40322590 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr17 + 41784380 41784387 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr6 + 42485588 42485595 1.51e-05 0.78 gggtccta
SGGTCCTA DREME-9 chr2 + 43168637 43168644 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr18 + 46072319 46072326 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr3 + 48989753 48989760 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr17 + 49708353 49708360 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr17 + 50151144 50151151 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr3 + 50591135 50591142 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr14 + 55108158 55108165 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr12 + 56630394 56630401 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr12 + 56630435 56630442 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr17 + 58219416 58219423 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr1 + 60875030 60875037 1.51e-05 0.78 gggtccta
SGGTCCTA DREME-9 chr20 + 62407429 62407436 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr7 + 64849488 64849495 1.51e-05 0.78 gggtccta
SGGTCCTA DREME-9 chr15 + 65792388 65792395 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr3 + 66038995 66039002 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chrX + 70168927 70168934 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr10 + 72249040 72249047 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr10 + 72255317 72255324 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr10 + 72329483 72329490 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr11 + 72781934 72781941 1.51e-05 0.78 gggtccta
SGGTCCTA DREME-9 chr2 + 74380355 74380362 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr17 + 74923338 74923345 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr11 + 76670827 76670834 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr17 + 79850858 79850865 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr4 + 83757418 83757425 1.51e-05 0.78 gggtccta
SGGTCCTA DREME-9 chr2 + 85414139 85414146 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr10 + 102056222 102056229 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr8 + 102590854 102590861 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr10 + 102604715 102604722 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr8 + 108083699 108083706 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr6 + 109440841 109440848 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr1 + 109484215 109484222 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr1 + 109484255 109484262 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr10 + 112379959 112379966 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr7 + 116443074 116443081 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr12 + 116738223 116738230 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr7 + 120858171 120858178 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr9 + 127899622 127899629 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr2 + 131105030 131105037 1.51e-05 0.78 gggtccta
SGGTCCTA DREME-9 chr5 + 134248014 134248021 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr7 + 138257544 138257551 1.51e-05 0.78 gggtccta
SGGTCCTA DREME-9 chr7 + 139109539 139109546 1.51e-05 0.78 GGGTCCTA
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SGGTCCTA DREME-9 chr9 + 97961043 97961050 6.08e-05 1 TGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr11 + 97964264 97964271 6.08e-05 1 aggtccta
SGGTCCTA DREME-9 chr8 + 99682769 99682776 6.08e-05 1 aggtccta
SGGTCCTA DREME-9 chr10 - 99776183 99776190 6.08e-05 1 TGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr13 + 100088931 100088938 6.08e-05 1 AGGTCCTA
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SGGTCCTA DREME-9 chr9 + 113579385 113579392 6.08e-05 1 AGGTCCTA
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SGGTCCTA DREME-9 chr11 + 119088018 119088025 6.08e-05 1 AGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr11 + 119368652 119368659 6.08e-05 1 AGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr2 + 119757076 119757083 6.08e-05 1 AGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr3 - 119795412 119795419 6.08e-05 1 TGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr2 + 121075005 121075012 6.08e-05 1 AGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr9 - 124202503 124202510 6.08e-05 1 AGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr9 - 127556440 127556447 6.08e-05 1 AGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr3 + 130343125 130343132 6.08e-05 1 aggtccta
SGGTCCTA DREME-9 chr12 + 130869244 130869251 6.08e-05 1 tggtccta
SGGTCCTA DREME-9 chr10 + 132329991 132329998 6.08e-05 1 AGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr3 - 133159780 133159787 6.08e-05 1 AGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr5 - 135025532 135025539 6.08e-05 1 AGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr6 - 139766024 139766031 6.08e-05 1 AGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr5 + 141634265 141634272 6.08e-05 1 aggtccta
SGGTCCTA DREME-9 chr5 + 149562039 149562046 6.08e-05 1 TGGTCCTA
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SGGTCCTA DREME-9 chr1 - 151606858 151606865 6.08e-05 1 TGGTCCTA
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SGGTCCTA DREME-9 chr3 + 172139270 172139277 6.08e-05 1 AGGTCCTA
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SGGTCCTA DREME-9 chr5 + 178626621 178626628 6.08e-05 1 AGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr1 - 179883838 179883845 6.08e-05 1 AGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr3 + 182754246 182754253 6.08e-05 1 tggtccta
SGGTCCTA DREME-9 chr1 - 183982230 183982237 6.08e-05 1 TGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr2 + 191758988 191758995 6.08e-05 1 TGGTCCTA
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SGGTCCTA DREME-9 chr1 - 223727070 223727077 6.08e-05 1 AGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr1 + 223790435 223790442 6.08e-05 1 tggtccta
SGGTCCTA DREME-9 chr1 + 224333975 224333982 6.08e-05 1 tggtccta
SGGTCCTA DREME-9 chr1 - 233636147 233636154 6.08e-05 1 AGGTCCTA
SGGTCCTA DREME-9 chr1 - 233636147 233636154 6.08e-05 1 AGGTCCTA
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/FOSL1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/fimo_out_11 --bgfile /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/FOSL1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background --motif SGGTCCTA /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/FOSL1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/FOSL1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/FOSL1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeaksummitPlusMinus250bp.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/FOSL1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/fimo_out_11
    MEME file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/FOSL1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml
    sequence file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/FOSL1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/FOSL1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeaksummitPlusMinus250bp.fa
  
  

    background file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/FOSL1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

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