Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/ELK1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/ELK1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeaksummitPlusMinus250bp.fa
Database contains 3981 sequences, 1990500 residues

MOTIFS /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/ELK1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
RCTTCCGB 8 ACTTCCGG
CMGGAA 6 CCGGAA
GGGCGGRR 8 GGGCGGGG
ACGTSAC 7 ACGTCAC
ANATGGCG 8 AGATGGCG
AWATAWGG 8 AAATAAGG
RACTACAW 8 AACTACAA
KSTGGGA 7 GCTGGGA
GCCATGRC 8 GCCATGGC
GGAARTR 7 GGAAGTG
GGGAGGRR 8 GGGAGGGG
ACCATAKA 8 ACCATATA
CGCADGCG 8 CGCAGGCG
CCGCCTYC 8 CCGCCTCC
GKTTACA 7 GTTTACA
GCMGCYGC 8 GCCGCCGC
ACGTCAK 7 ACGTCAG
CAGAGSC 7 CAGAGGC
CATGRTG 7 CATGGTG
ATTGGCYG 8 ATTGGCTG
ACATCCGG 8 ACATCCGG
AGAGRAA 7 AGAGGAA

Random model letter frequencies (/srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/ELK1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background):
A 0.201 C 0.299 G 0.299 T 0.201

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
GCMGCYGC DREME-16 chr16 - 234847 234854 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr18 - 268000 268007 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr5 - 271860 271867 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr20 + 408205 408212 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr5 - 443230 443237 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr5 - 443233 443240 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr5 - 443236 443243 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr5 - 443239 443246 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr5 - 443242 443249 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr5 - 443245 443252 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr5 - 443248 443255 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr5 - 443251 443258 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr5 - 443254 443261 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr5 - 443257 443264 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr5 - 443260 443267 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr5 - 443263 443270 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr5 - 443266 443273 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr5 - 443269 443276 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr5 - 473047 473054 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 - 507523 507530 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr11 - 576494 576501 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr11 - 576506 576513 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr11 - 576509 576516 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr11 - 576546 576553 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr11 - 576598 576605 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 + 636870 636877 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 - 668265 668272 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr4 - 674186 674193 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 - 721159 721166 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 - 721318 721325 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 - 721349 721356 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 + 797562 797569 6.44e-05 0.18 gccgccgc
GCMGCYGC DREME-16 chr5 + 892592 892599 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr5 - 892952 892959 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr11 + 910757 910764 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr11 + 910860 910867 6.44e-05 0.18 gccgccgc
GCMGCYGC DREME-16 chr11 + 910863 910870 6.44e-05 0.18 gccgccgc
GCMGCYGC DREME-16 chr19 + 984273 984280 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 - 984456 984463 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 + 1116605 1116612 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 + 1174233 1174240 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 + 1273687 1273694 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 + 1273690 1273697 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 + 1273804 1273811 6.44e-05 0.18 gccgccgc
GCMGCYGC DREME-16 chr1 + 1273807 1273814 6.44e-05 0.18 gccgccgc
GCMGCYGC DREME-16 chr1 + 1273810 1273817 6.44e-05 0.18 gccgccgc
GCMGCYGC DREME-16 chr1 + 1307933 1307940 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 - 1308319 1308326 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr5 + 1344944 1344951 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 - 1351945 1351952 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 - 1383856 1383863 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chrX - 1391950 1391957 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr20 - 1392999 1393006 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 + 1399292 1399299 6.44e-05 0.18 gccgccgc
GCMGCYGC DREME-16 chr1 + 1399295 1399302 6.44e-05 0.18 gccgccgc
GCMGCYGC DREME-16 chr17 + 1456145 1456152 6.44e-05 0.18 gccgccgc
GCMGCYGC DREME-16 chr17 + 1456148 1456155 6.44e-05 0.18 gccgccgc
GCMGCYGC DREME-16 chr17 - 1456233 1456240 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 + 1471468 1471475 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 - 1471864 1471871 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 - 1471867 1471874 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 + 1471934 1471941 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 + 1471937 1471944 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr7 + 1504345 1504352 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr7 + 1504348 1504355 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr7 + 1569892 1569899 6.44e-05 0.18 gccgccgc
GCMGCYGC DREME-16 chr1 - 1574558 1574565 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 - 1574700 1574707 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 - 1574700 1574707 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 - 1574871 1574878 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 - 1574871 1574878 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 + 1574956 1574963 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 + 1574956 1574963 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chrX - 1591728 1591735 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chrX - 1591731 1591738 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chrX - 1591734 1591741 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 + 1615523 1615530 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 + 1678491 1678498 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 + 1678511 1678518 6.44e-05 0.18 gccgccgc
GCMGCYGC DREME-16 chr16 - 1706204 1706211 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 - 1706207 1706214 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 - 1706321 1706328 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 - 1706364 1706371 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 + 1773362 1773369 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 - 1875990 1875997 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 + 1876151 1876158 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 - 1972147 1972154 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 - 1972150 1972157 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 - 1972153 1972160 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr17 - 2050239 2050246 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr17 - 2050242 2050249 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr17 - 2050245 2050252 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 + 2051124 2051131 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 + 2051127 2051134 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 + 2051185 2051192 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 + 2051188 2051195 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 + 2051191 2051198 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 + 2051252 2051259 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 + 2051255 2051262 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 - 2236924 2236931 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 - 2237011 2237018 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 - 2269502 2269509 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 - 2269538 2269545 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 - 2269541 2269548 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 - 2269722 2269729 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr7 - 2354111 2354118 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr4 - 2419053 2419060 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 - 2456877 2456884 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 + 2460132 2460139 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr4 - 2469128 2469135 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr20 + 2470769 2470776 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 - 2514592 2514599 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 + 2682621 2682628 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 - 2819904 2819911 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr6 - 2841933 2841940 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 + 2905300 2905307 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 + 2905303 2905310 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr4 + 2934997 2935004 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 + 2950635 2950642 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr6 + 3068803 3068810 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 - 3150496 3150503 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr20 + 3159729 3159736 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr20 + 3159750 3159757 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr20 - 3159815 3159822 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 - 3305692 3305699 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 - 3305695 3305702 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr2 - 3558200 3558207 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 + 3611566 3611573 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 - 3611722 3611729 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 + 3650000 3650007 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 + 3747250 3747257 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 - 3796343 3796350 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 + 3796412 3796419 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 + 3796465 3796472 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 + 3796588 3796595 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 - 3900270 3900277 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 - 3900270 3900277 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 + 3971049 3971056 6.44e-05 0.18 gccgccgc
GCMGCYGC DREME-16 chr19 + 3971067 3971074 6.44e-05 0.18 gccgccgc
GCMGCYGC DREME-16 chr19 + 3971096 3971103 6.44e-05 0.18 gccgccgc
GCMGCYGC DREME-16 chr19 - 4723853 4723860 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 - 4723925 4723932 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr7 - 4775704 4775711 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr17 + 4790150 4790157 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 - 4847532 4847539 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 - 4847535 4847542 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr16 - 4847538 4847545 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr7 + 5045848 5045855 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr7 - 5592618 5592625 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr7 + 5592872 5592879 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 + 5680689 5680696 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 - 5720052 5720059 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 + 5720068 5720075 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr10 - 5813825 5813832 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr7 + 6081356 6081363 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr19 + 6279823 6279830 6.44e-05 0.18 gccgccgc
GCMGCYGC DREME-16 chr19 + 6279826 6279833 6.44e-05 0.18 gccgccgc
GCMGCYGC DREME-16 chr19 + 6279829 6279836 6.44e-05 0.18 gccgccgc
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GCMGCYGC DREME-16 chr1 - 85576916 85576923 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 + 85576954 85576961 6.44e-05 0.18 gccgccgc
GCMGCYGC DREME-16 chr1 + 85576957 85576964 6.44e-05 0.18 gccgccgc
GCMGCYGC DREME-16 chr1 + 85576960 85576967 6.44e-05 0.18 gccgccgc
GCMGCYGC DREME-16 chr2 - 85611849 85611856 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr2 - 85611852 85611859 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr2 + 85612006 85612013 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr2 - 86195341 86195348 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr2 - 86195423 86195430 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr6 - 87322636 87322643 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr3 - 88058955 88058962 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr3 - 88059270 88059277 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr3 - 88059273 88059280 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr3 - 88059276 88059283 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr9 + 89318414 89318421 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr9 + 89318417 89318424 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr14 - 89955914 89955921 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr7 - 91264494 91264501 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr7 - 91264497 91264504 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr10 + 91923884 91923891 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 + 92298948 92298955 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 - 93180368 93180375 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 - 93180371 93180378 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr14 + 93206849 93206856 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr1 - 93346126 93346133 6.44e-05 0.18 GCCGCCGC
GCMGCYGC DREME-16 chr10 + 93702524 93702531 6.44e-05 0.18 gccgccgc
GCMGCYGC DREME-16 chr10 + 93702527 93702534 6.44e-05 0.18 gccgccgc
GCMGCYGC DREME-16 chr10 + 93702530 93702537 6.44e-05 0.18 gccgccgc
GCMGCYGC DREME-16 chr10 + 93702533 93702540 6.44e-05 0.18 gccgccgc
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/ELK1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/fimo_out_20 --bgfile /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/ELK1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background --motif GCMGCYGC /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/ELK1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/ELK1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/ELK1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeaksummitPlusMinus250bp.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/ELK1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/fimo_out_20
    MEME file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/ELK1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml
    sequence file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/ELK1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/ELK1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeaksummitPlusMinus250bp.fa
  
  

    background file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/ELK1-Antibody.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

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