Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

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If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/DDX20.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/DDX20.IDR0.05.filt.narrowPeaksummitPlusMinus250bp.fa
Database contains 5321 sequences, 2660500 residues

MOTIFS /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/DDX20.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
ATGGAGTH 8 ATGGAGTC
AACCAGAG 8 AACCAGAG
CCTSTGAC 8 CCTCTGAC
CYGGGTAA 8 CTGGGTAA
AATRAGGC 8 AATAAGGC
CTTRAATA 8 CTTGAATA
AANATGG 7 AAAATGG
CMCAGKA 7 CCCAGGA
GGTYTCA 7 GGTCTCA
CTTSCTTC 8 CTTGCTTC
AWTCCCAG 8 ATTCCCAG
KATCTCTY 8 GATCTCTT
AAAMHAAA 8 AAAAAAAA
CATKCTAA 8 CATGCTAA
CACGTG 6 CACGTG
CAGCYTGG 8 CAGCTTGG
CWGATAA 7 CAGATAA
CAMAYG 6 CAAATG
CYGYCTC 7 CTGTCTC
GACMTAA 7 GACATAA
ATAATTTY 8 ATAATTTT
CTYTGGGA 8 CTTTGGGA
GCTGGGY 7 GCTGGGC
CTGTACTA 8 CTGTACTA
TACAYAGA 8 TACACAGA
ASAAAAAT 8 AGAAAAAT
AAATRT 6 AAATGT
RTGACTCA 8 ATGACTCA
CCYTGTTC 8 CCTTGTTC
AAKGCAG 7 AAGGCAG
ACCACRGC 8 ACCACAGC
SACAGTGA 8 GACAGTGA
GTTGGGGS 8 GTTGGGGC
GCCACYGC 8 GCCACTGC
AGMTAAGG 8 AGCTAAGG
GAAAGAAR 8 GAAAGAAA
ACTGMAAC 8 ACTGCAAC
GAGGTYA 7 GAGGTCA
CCACCAYG 8 CCACCATG
GCCATTDC 8 GCCATTGC
CYTTTCCC 8 CTTTTCCC

Random model letter frequencies (/srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/DDX20.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background):
A 0.280 C 0.220 G 0.220 T 0.280

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
GAGGTYA DREME-38 chr11 + 352364 352370 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr11 + 354281 354287 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr20 + 380468 380474 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr20 + 403113 403119 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr18 + 874260 874266 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr16 + 1294052 1294058 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr1 + 1422855 1422861 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chrX + 1505573 1505579 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr7 + 1572144 1572150 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chrX + 2549360 2549366 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr19 + 2954300 2954306 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr18 + 2996122 2996128 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr6 + 3027204 3027210 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chrX + 3570929 3570935 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr18 + 3623725 3623731 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr18 + 3651142 3651148 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chrX + 3701697 3701703 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr10 + 3894863 3894869 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr17 + 4002456 4002462 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr16 + 4244581 4244587 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr16 + 4244581 4244587 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr6 + 4382385 4382391 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr6 + 4689056 4689062 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr7 + 4893909 4893915 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr3 + 4899194 4899200 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr3 + 4899194 4899200 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr3 + 4977230 4977236 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr3 + 4977593 4977599 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr3 + 4996367 4996373 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr3 + 5011645 5011651 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr3 + 5011645 5011651 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr3 + 5017516 5017522 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr11 + 5272284 5272290 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr11 + 5367547 5367553 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr20 + 5625727 5625733 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr10 + 6005139 6005145 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr10 + 6034124 6034130 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr10 + 6034174 6034180 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr3 + 6605700 6605706 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr4 + 7091433 7091439 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr7 + 7266547 7266553 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr6 + 7680702 7680708 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr1 + 8122942 8122948 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr3 + 8357046 8357052 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr4 + 8358578 8358584 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr18 + 9010079 9010085 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr2 + 9169606 9169612 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr12 + 9367357 9367363 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr18 + 9494942 9494948 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr1 + 9621451 9621457 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr18 + 9895976 9895982 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr1 + 9929537 9929543 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr3 + 9977237 9977243 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr3 + 9978613 9978619 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr5 + 10304295 10304301 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr5 + 10320489 10320495 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr16 + 10325886 10325892 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr6 + 10662385 10662391 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr2 + 11122451 11122457 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr2 + 11900635 11900641 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr1 + 11911876 11911882 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr11 + 12379152 12379158 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr2 + 12557670 12557676 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr10 + 13354446 13354452 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr17 + 13476049 13476055 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr6 + 13704128 13704134 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr19 + 14009381 14009387 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr19 + 14009484 14009490 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr3 + 14251781 14251787 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr6 + 14729158 14729164 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr6 + 15197801 15197807 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr6 + 15207199 15207205 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr3 + 15403969 15403975 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr17 + 15526948 15526954 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr16 + 15570961 15570967 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr16 + 15571241 15571247 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr10 + 15627867 15627873 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr19 + 15828700 15828706 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chrX + 15883246 15883252 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr1 + 15885841 15885847 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr6 + 15896046 15896052 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr6 + 16109453 16109459 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr1 + 16173061 16173067 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr6 + 16241433 16241439 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr7 + 16263535 16263541 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr6 + 16263664 16263670 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr6 + 16263706 16263712 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr6 + 16263748 16263754 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr19 + 16476910 16476916 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr17 + 16922367 16922373 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr16 + 17082391 17082397 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr16 + 17082794 17082800 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr16 + 17082794 17082800 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr6 + 17714384 17714390 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr19 + 18204727 18204733 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr19 + 18204727 18204733 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr17 + 18223191 18223197 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr11 + 18691691 18691697 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr5 + 19241680 19241686 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr22 + 19317085 19317091 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr2 + 20089870 20089876 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr17 + 20193192 20193198 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr6 + 20272800 20272806 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr3 + 20320797 20320803 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr10 + 21041971 21041977 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr16 + 21076472 21076478 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr1 + 21791145 21791151 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr1 + 21791990 21791996 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr16 + 22290903 22290909 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr16 + 22641149 22641155 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr10 + 22658864 22658870 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr10 + 22817252 22817258 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr1 + 23110983 23110989 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr14 + 23209217 23209223 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr1 + 23390252 23390258 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr6 + 24756592 24756598 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr4 + 25726311 25726317 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr10 + 25761907 25761913 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr6 + 25910744 25910750 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr1 + 26200643 26200649 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr1 + 26337271 26337277 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr6 + 26351748 26351754 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr12 + 26455855 26455861 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr1 + 26483921 26483927 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr1 + 26685586 26685592 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr6 + 27136218 27136224 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr17 + 27575457 27575463 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr2 + 27752553 27752559 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr1 + 28137158 28137164 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr11 + 28170765 28170771 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr22 + 28544615 28544621 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr17 + 28646211 28646217 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr6 + 28753347 28753353 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr6 + 28955781 28955787 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr10 + 28971147 28971153 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr21 + 29635342 29635348 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr19 + 29643975 29643981 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr2 + 30252444 30252450 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr2 + 30290880 30290886 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr10 + 30425326 30425332 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr6 + 30530217 30530223 5.12e-05 0.206 gaggtca
GAGGTYA DREME-38 chr10 + 30542770 30542776 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr7 + 30672148 30672154 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr1 + 30760488 30760494 5.12e-05 0.206 gaggtca
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GAGGTYA DREME-38 chrX + 30973753 30973759 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
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GAGGTYA DREME-38 chr5 - 56124177 56124183 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr15 - 56203683 56203689 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr12 - 56360811 56360817 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr1 - 56503130 56503136 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr4 - 56701092 56701098 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr15 - 56784442 56784448 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr17 - 57069682 57069688 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr16 - 57109800 57109806 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr17 - 57459471 57459477 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr11 - 57911598 57911604 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr3 - 58036869 58036875 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr15 - 58081114 58081120 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr5 - 58382411 58382417 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr5 - 58382411 58382417 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr3 - 58436618 58436624 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr15 - 58489680 58489686 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr17 - 58913876 58913882 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr20 - 59012235 59012241 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr17 - 60669813 60669819 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr11 - 61567195 61567201 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr11 - 61567562 61567568 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr11 - 61640128 61640134 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr11 - 62014279 62014285 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr11 - 62041978 62041984 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr11 - 62398714 62398720 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr17 - 62634699 62634705 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr20 - 62795993 62795999 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr18 - 62863835 62863841 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr10 - 63108097 63108103 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr10 - 63115958 63115964 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr15 - 63203936 63203942 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr20 - 63264181 63264187 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr14 - 64363640 64363646 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr14 - 64364520 64364526 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr12 - 64673124 64673130 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr12 - 64761572 64761578 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr1 - 64802238 64802244 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr12 - 65562219 65562225 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr16 - 65765152 65765158 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr2 - 65818977 65818983 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr15 - 65862496 65862502 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr16 - 66603515 66603521 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr11 - 66615816 66615822 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr15 - 66624240 66624246 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr17 - 66734645 66734651 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr17 - 66734679 66734685 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr15 - 67091420 67091426 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr7 - 67360266 67360272 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr1 - 67399971 67399977 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr11 - 67563987 67563993 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr1 - 67861968 67861974 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr15 - 67900770 67900776 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr15 - 67909165 67909171 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr15 - 67920882 67920888 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr16 - 68005600 68005606 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr2 - 68135850 68135856 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr4 - 68265263 68265269 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr1 - 68292202 68292208 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr12 - 68352419 68352425 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
GAGGTYA DREME-38 chr2 - 68440695 68440701 5.12e-05 0.206 GAGGTCA
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/DDX20.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/fimo_out_49 --bgfile /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/DDX20.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background --motif GAGGTYA /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/DDX20.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/DDX20.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/DDX20.IDR0.05.filt.narrowPeaksummitPlusMinus250bp.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/DDX20.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/fimo_out_49
    MEME file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/DDX20.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/dreme_out/dreme.xml
    sequence file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/DDX20.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/DDX20.IDR0.05.filt.narrowPeaksummitPlusMinus250bp.fa
  
  

    background file name = /srv/scratch/shared/surya/imk1/TFBindingPredictionProject/EncodeK562eGFPComparisons/DDX20.IDR0.05.filt.narrowPeak.summitPlusMinus250bp.MemeChipResultsDefaultMax/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

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