Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/RM11-1A--THP2/RM11-1A--THP2.fa
Database contains 999 sequences, 1339201 residues

MOTIFS /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/RM11-1A--THP2/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
GGTTCRA 7 GGTTCGA
ACCAVC 6 ACCAAC
AGMAGMT 7 AGAAGAT
GTGGTWA 7 GTGGTTA
TCWTCAW 7 TCTTCAA
CAAGAW 6 CAAGAA
GTGATAGY 8 GTGATAGT
AMAAGTA 7 AAAAGTA
RCGCCA 6 GCGCCA
RATGGCAA 8 GATGGCAA
AAAAWAT 7 AAAAAAT

Random model letter frequencies (/srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/RM11-1A--THP2/background):
A 0.307 C 0.193 G 0.193 T 0.307

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
RATGGCAA DREME-10 chrXIII + 19959 19966 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIII + 33601 33608 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIII + 49273 49280 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII - 56947 56954 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII - 57823 57830 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII - 58530 58537 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrV + 61922 61929 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrV - 67662 67669 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV + 67965 67972 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrV + 68555 68562 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV - 83577 83584 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrI - 106652 106659 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII - 110623 110630 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII + 133861 133868 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI - 134546 134553 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrV + 141966 141973 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIII + 142733 142740 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrX + 153528 153535 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVI - 162257 162264 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrX + 169565 169572 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVI + 181006 181013 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 182107 182114 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrII + 197661 197668 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV + 217896 217903 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV + 226643 226650 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrII + 230781 230788 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrII - 234182 234189 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV - 237868 237875 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII - 242810 242817 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI + 247686 247693 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrV + 266793 266800 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIV + 276735 276742 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV - 282193 282200 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrX + 289065 289072 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrX + 297020 297027 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII + 301012 301019 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV + 305633 305640 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXI + 313466 313473 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXI + 334444 334451 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII - 363061 363068 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII + 366123 366130 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII - 372253 372260 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXI + 383676 383683 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrX + 396758 396765 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI - 399404 399411 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI + 400279 400286 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI - 401385 401392 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII + 428742 428749 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII - 441270 441277 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII - 460347 460354 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV - 472677 472684 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXI + 496887 496894 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI - 498636 498643 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII - 507076 507083 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrX - 531857 531864 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII + 556011 556018 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXI - 556141 556148 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI - 572298 572305 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII + 592496 592503 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIV - 626729 626736 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII - 637149 637156 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV + 650472 650479 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII + 672184 672191 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI + 694289 694296 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI - 711725 711732 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV + 723177 723184 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV - 732379 732386 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII - 806579 806586 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII + 812971 812978 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI - 823487 823494 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV + 829311 829318 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII - 845678 845685 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI - 860408 860415 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII - 895100 895107 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII - 906042 906049 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII - 906564 906571 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV + 909576 909583 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII + 930985 930992 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV - 992861 992868 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 1006121 1006128 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV - 1016679 1016686 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII + 1021410 1021417 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV + 1041753 1041760 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII + 1057026 1057033 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 1308965 1308972 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV - 1356668 1356675 1.24e-05 0.353 GATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII + 25551 25558 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII - 40311 40318 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIV + 46901 46908 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIII - 58364 58371 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrV - 61668 61675 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIV + 61838 61845 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrI - 79556 79563 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrI + 82178 82185 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrV - 85853 85860 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV + 89057 89064 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrII + 89489 89496 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXI - 104375 104382 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXI + 104864 104871 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXI - 106233 106240 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIV - 109875 109882 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXI - 110771 110778 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII + 111336 111343 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI + 111555 111562 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII - 115715 115722 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII - 116764 116771 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 117067 117074 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII + 117413 117420 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI + 122604 122611 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrV - 122827 122834 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrX - 125268 125275 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIX - 129206 129213 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrV + 130876 130883 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII - 131875 131882 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrV + 138678 138685 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI + 139935 139942 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII + 146827 146834 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV - 149464 149471 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI - 152044 152051 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXI - 162537 162544 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIII - 162974 162981 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIII + 163004 163011 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrI - 167043 167050 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII + 168329 168336 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIII + 178415 178422 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI + 186087 186094 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV - 196998 197005 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV - 200454 200461 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV - 200803 200810 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV + 200912 200919 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI - 209341 209348 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII + 210868 210875 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrX + 217105 217112 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIII + 220867 220874 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIII - 222229 222236 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII - 226634 226641 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVIII - 240277 240284 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI + 249861 249868 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 251060 251067 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII + 251604 251611 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII + 254261 254268 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrII + 257498 257505 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrX + 260023 260030 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVI + 264913 264920 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII - 269200 269207 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIV + 279422 279429 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXI - 281342 281349 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV - 282269 282276 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrII + 284775 284782 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV - 286439 286446 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIV - 291714 291721 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrV - 299190 299197 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrV - 300509 300516 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIX + 316106 316113 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIX - 317470 317477 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII + 338670 338677 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 340381 340388 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII - 346455 346462 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII - 349317 349324 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrX + 355386 355393 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI + 371381 371388 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrX - 374556 374563 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrII + 375784 375791 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrV + 380778 380785 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrX - 381731 381738 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXI + 395166 395173 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrII + 396067 396074 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII + 405482 405489 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrII + 405890 405897 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII - 422989 422996 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII + 428517 428524 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV - 439888 439895 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrII - 481961 481968 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII - 484758 484765 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII + 485836 485843 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII - 507088 507095 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV - 510414 510421 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrV - 511552 511559 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI + 515375 515382 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXI + 520289 520296 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrX + 520414 520421 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrX + 521464 521471 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXI - 522423 522430 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII + 534032 534039 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV - 541101 541108 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV - 542050 542057 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII + 552353 552360 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII + 557621 557628 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrII + 557865 557872 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 568894 568901 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII - 583184 583191 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV - 590124 590131 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 591005 591012 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII - 599732 599739 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII - 600701 600708 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrII - 603063 603070 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV + 620699 620706 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIV - 624402 624409 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 627838 627845 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 632872 632879 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII + 637203 637210 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI + 640519 640526 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII - 665166 665173 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII + 672993 673000 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII - 673497 673504 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII + 695348 695355 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI - 701328 701335 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII + 720798 720805 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIV - 726088 726095 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII - 726544 726551 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII + 732229 732236 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV - 732741 732748 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII + 735437 735444 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII + 736352 736359 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII - 747942 747949 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII + 748403 748410 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII - 760739 760746 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrII + 769641 769648 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrII + 770040 770047 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI + 786404 786411 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII - 799088 799095 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII - 806631 806638 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII - 812756 812763 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII - 828773 828780 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII + 838539 838546 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 846486 846493 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII - 856692 856699 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII + 856935 856942 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV + 890811 890818 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII - 906866 906873 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII - 920875 920882 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV - 980871 980878 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII + 981694 981701 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV + 1005841 1005848 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV - 1081917 1081924 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 1150748 1150755 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV - 1270167 1270174 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 1352081 1352088 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 1449985 1449992 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 1466713 1466720 3.2e-05 0.353 AATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII - 24875 24882 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIV - 26892 26899 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIX + 27490 27497 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVIII + 34886 34893 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXI - 43158 43165 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrV - 49868 49875 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIII - 65000 65007 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVI - 84081 84088 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrV - 85528 85535 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrV + 86600 86607 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV - 89080 89087 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXI + 103770 103777 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrI - 106805 106812 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIV + 110066 110073 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI - 112861 112868 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVIII - 121545 121552 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXI - 126385 126392 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrI + 143526 143533 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrII + 145038 145045 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII - 148863 148870 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV - 149556 149563 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 149949 149956 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 152257 152264 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 152766 152773 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXI + 163900 163907 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrI - 167283 167290 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII - 168020 168027 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII + 170910 170917 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII - 198768 198775 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII - 199119 199126 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrV + 206692 206699 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIX - 213806 213813 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIX - 219165 219172 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIX + 219636 219643 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII - 220641 220648 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII - 222040 222047 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI + 229095 229102 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII - 259234 259241 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII - 261405 261412 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIX - 263160 263167 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIX + 266041 266048 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII + 268752 268759 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIII - 281565 281572 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXI - 284059 284066 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV - 287207 287214 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV + 287397 287404 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII + 298740 298747 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrV - 299610 299617 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXI - 303033 303040 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 306763 306770 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI + 311176 311183 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIX + 316796 316803 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIX - 317092 317099 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIX - 317771 317778 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIX + 323876 323883 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXI + 327131 327138 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII - 349141 349148 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII + 362732 362739 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrII + 372451 372458 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrV + 380043 380050 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII - 390505 390512 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII + 401979 401986 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI - 403470 403477 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrV - 407691 407698 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrII - 413193 413200 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 427989 427996 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrX + 454427 454434 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrV - 479148 479155 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrV - 479334 479341 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVIII + 485795 485802 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII + 538694 538701 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrII + 563203 563210 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII + 569096 569103 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII - 569683 569690 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI + 578656 578663 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrII - 603273 603280 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII - 610773 610780 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII + 612017 612024 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIV + 632521 632528 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII + 639510 639517 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII - 651483 651490 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIV + 659373 659380 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI + 689753 689760 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV + 727849 727856 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV + 732404 732411 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII + 733001 733008 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII - 799482 799489 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII - 801686 801693 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV + 806313 806320 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV + 815443 815450 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV + 819450 819457 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXVI + 823245 823252 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV + 828246 828253 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV - 833907 833914 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 835934 835941 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV + 867712 867719 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII + 883556 883563 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII - 889007 889014 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII - 890634 890641 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXIII + 893603 893610 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXII - 962921 962928 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 1017433 1017440 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrVII + 1019924 1019931 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV - 1030349 1030356 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrXV + 1042104 1042111 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 1167022 1167029 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 1237904 1237911 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 1329416 1329423 6.39e-05 0.486 CATGGCAA
RATGGCAA DREME-10 chrIV + 1422015 1422022 6.39e-05 0.486 TATGGCAA
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/RM11-1A--THP2/fimo_out_9 --bgfile /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/RM11-1A--THP2/background --motif RATGGCAA /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/RM11-1A--THP2/dreme_out/dreme.xml /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/RM11-1A--THP2/RM11-1A--THP2.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/RM11-1A--THP2/fimo_out_9
    MEME file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/RM11-1A--THP2/dreme_out/dreme.xml
    sequence file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/RM11-1A--THP2/RM11-1A--THP2.fa
  
  

    background file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/RM11-1A--THP2/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

Go to top