Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

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If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/RM11-1A--SRB8/RM11-1A--SRB8.fa
Database contains 569 sequences, 465449 residues

MOTIFS /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/RM11-1A--SRB8/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
RGTTCGA 7 GGTTCGA
AAAAADAA 8 AAAAAAAA
CCCATDC 7 CCCATAC
GCKCTACC 8 GCGCTACC
GTGATAGY 8 GTGATAGT
CTTAAYCA 8 CTTAACCA
CACGRTG 7 CACGGTG
GSGCCA 6 GCGCCA

Random model letter frequencies (/srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/RM11-1A--SRB8/background):
A 0.303 C 0.197 G 0.197 T 0.303

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
AAAAADAA DREME-2 chrII - 9669 9676 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXV + 28561 28568 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXV + 28570 28577 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXV + 28579 28586 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrIII - 30734 30741 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrIII - 30781 30788 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrIII - 30782 30789 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrIII - 30783 30790 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrIII - 30784 30791 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrII - 36507 36514 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrII - 36508 36515 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrII - 36509 36516 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrII - 45076 45083 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrII - 45077 45084 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrII - 45078 45085 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrII - 45219 45226 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrII - 45220 45227 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrII - 45221 45228 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrII - 45222 45229 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrII + 45241 45248 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrII + 45242 45249 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrII + 45243 45250 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII - 47378 47385 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII - 47417 47424 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII + 48673 48680 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII + 48674 48681 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII + 48675 48682 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII + 48676 48683 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII + 48677 48684 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII + 48811 48818 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII + 48855 48862 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII + 48856 48863 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII + 48857 48864 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII + 48858 48865 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII + 48859 48866 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII + 48860 48867 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII + 48861 48868 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII + 48862 48869 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII + 48863 48870 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII + 48864 48871 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII + 48865 48872 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII + 48866 48873 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII + 48867 48874 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII + 48868 48875 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII + 48869 48876 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII + 48870 48877 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII + 48871 48878 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXII + 49283 49290 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX + 59054 59061 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX + 59055 59062 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX + 59056 59063 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX + 59057 59064 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX + 59058 59065 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX + 59059 59066 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX + 59060 59067 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX + 59061 59068 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX + 59062 59069 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX + 59063 59070 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX + 59064 59071 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX + 59065 59072 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX + 59066 59073 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX + 59067 59074 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV - 61198 61205 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV - 61199 61206 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV - 61602 61609 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV - 61686 61693 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV - 61687 61694 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV - 61688 61695 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV - 61689 61696 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV - 61690 61697 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV - 61691 61698 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV - 61692 61699 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV - 61693 61700 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrVIII - 62601 62608 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrVIII - 62602 62609 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrVIII - 62603 62610 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrVIII - 62844 62851 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrVIII - 62845 62852 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrVIII - 62846 62853 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrVIII - 62847 62854 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXIV + 63342 63349 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrVI + 64999 65006 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrVI + 65113 65120 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrVI + 65114 65121 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrVI + 65115 65122 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX - 73898 73905 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX - 74615 74622 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX - 74616 74623 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX - 74617 74624 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrVIII + 75250 75257 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrVIII + 75251 75258 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX - 75588 75595 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX - 75589 75596 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX - 75590 75597 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX - 75591 75598 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX - 75592 75599 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX - 75593 75600 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXVI + 76565 76572 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXVI + 76566 76573 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXVI + 76567 76574 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrIII + 82451 82458 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrIII + 82452 82459 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrIII + 82453 82460 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrIV - 83625 83632 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXI - 84295 84302 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXI - 84296 84303 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXI - 84297 84304 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXI - 84298 84305 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV + 86188 86195 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV + 86189 86196 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV - 86258 86265 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV - 86259 86266 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV - 86297 86304 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV + 86488 86495 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV + 86489 86496 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV + 86490 86497 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV + 86491 86498 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV + 86492 86499 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV + 86493 86500 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV + 86494 86501 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV + 86495 86502 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV + 86496 86503 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV + 86497 86504 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV + 86498 86505 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV + 86499 86506 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV + 86500 86507 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV + 86501 86508 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV + 86502 86509 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV + 86503 86510 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV + 86504 86511 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV + 86505 86512 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV - 86696 86703 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrV + 86783 86790 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXV + 88123 88130 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrII - 89906 89913 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrII - 89907 89914 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrII - 89908 89915 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX - 90279 90286 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX - 90280 90287 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX - 90281 90288 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXIII - 92018 92025 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXIII - 92019 92026 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXIII - 92062 92069 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXV + 93845 93852 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXV + 93846 93853 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXV + 93847 93854 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXV + 93848 93855 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXV + 93849 93856 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXV + 94613 94620 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXV + 94614 94621 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXV + 94615 94622 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXV + 94616 94623 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXV + 94617 94624 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXV + 94618 94625 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrIX - 99968 99975 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrIX - 99969 99976 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrVI - 101479 101486 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrVI - 101554 101561 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrVI - 101555 101562 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXIV - 102793 102800 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrVIII - 104106 104113 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXIV - 105053 105060 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrIII - 107203 107210 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrXV + 110931 110938 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrVIII + 116040 116047 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrX - 116137 116144 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrIV + 117449 117456 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrIV + 117450 117457 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrVIII - 120062 120069 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrVIII - 120063 120070 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrVIII - 120064 120071 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrVIII - 120065 120072 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrVIII - 120066 120073 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrVIII - 120067 120074 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
AAAAADAA DREME-2 chrVIII - 120068 120075 7.2e-05 0.0652 AAAAAAAA
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DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/RM11-1A--SRB8/fimo_out_4 --bgfile /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/RM11-1A--SRB8/background --motif AAAAADAA /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/RM11-1A--SRB8/dreme_out/dreme.xml /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/RM11-1A--SRB8/RM11-1A--SRB8.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/RM11-1A--SRB8/fimo_out_4
    MEME file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/RM11-1A--SRB8/dreme_out/dreme.xml
    sequence file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/RM11-1A--SRB8/RM11-1A--SRB8.fa
  
  

    background file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/RM11-1A--SRB8/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

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