Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/BY4742--HIR1/BY4742--HIR1.fa
Database contains 565 sequences, 550488 residues

MOTIFS /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/BY4742--HIR1/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
TCGAACB 7 TCGAACC
ACCACTM 7 ACCACTA
AAAADAAA 8 AAAAAAAA
CCAACTKG 8 CCAACTTG
ATGGCAWC 8 ATGGCAAC
AMGGCTAT 8 ACGGCTAT
GCGCTACC 8 GCGCTACC

Random model letter frequencies (/srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/BY4742--HIR1/background):
A 0.316 C 0.184 G 0.184 T 0.316

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
AMGGCTAT DREME-6 chrVIII - 74893 74900 1.14e-05 0.429 ACGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrIII - 82511 82518 1.14e-05 0.429 ACGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrX - 115988 115995 1.14e-05 0.429 ACGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXI - 141067 141074 1.14e-05 0.429 ACGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXVI - 210241 210248 1.14e-05 0.429 ACGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVII - 401576 401583 1.14e-05 0.429 ACGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrV - 487380 487387 1.14e-05 0.429 ACGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXIV - 576242 576249 1.14e-05 0.429 ACGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVII - 727353 727360 1.14e-05 0.429 ACGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrIV - 1017256 1017263 1.14e-05 0.429 ACGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrV + 177112 177119 1.14e-05 0.429 ACGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrIX + 197605 197612 1.14e-05 0.429 ACGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXIII + 290814 290821 1.14e-05 0.429 ACGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVII + 311336 311343 1.14e-05 0.429 ACGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVII + 328596 328603 1.14e-05 0.429 ACGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrV + 354947 354954 1.14e-05 0.429 ACGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrIX + 370430 370437 1.14e-05 0.429 ACGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVII + 541863 541870 1.14e-05 0.429 ACGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrII + 645180 645187 1.14e-05 0.429 ACGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXII + 797191 797198 1.14e-05 0.429 ACGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXII + 976224 976231 1.14e-05 0.429 ACGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrII - 9368 9375 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrV + 52148 52155 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXVI + 55685 55692 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXV - 110164 110171 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVIII + 133244 133251 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVIII + 133613 133620 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVIII - 133952 133959 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrV + 135655 135662 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrV - 138496 138503 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXI + 141208 141215 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVII - 148481 148488 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXI - 159582 159589 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXV - 160013 160020 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVI + 161789 161796 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVII + 185781 185788 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXII + 215128 215135 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrII - 226895 226902 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXV + 254362 254369 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVI - 269403 269410 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrV - 288673 288680 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrIX + 300295 300302 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXIV + 303120 303127 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVII - 311267 311274 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXI + 313650 313657 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrIX + 336625 336632 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrX + 354582 354589 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrV + 424050 424057 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrIV + 434471 434478 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrV + 435993 436000 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXV - 439277 439284 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVII - 442058 442065 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrV + 443445 443452 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXIV - 494304 494311 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrIV + 520221 520228 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVII - 531885 531892 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVII - 535485 535492 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVII - 541628 541635 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrIV - 542387 542394 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVII + 561891 561898 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXII + 592754 592761 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXIV + 632046 632053 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXII + 638768 638775 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXII - 651100 651107 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXII - 656686 656693 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrX - 702621 702628 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXIII - 753867 753874 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXII + 781814 781821 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXII - 797031 797038 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXII + 818121 818128 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXIII - 837707 837714 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVII - 876221 876228 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVII - 876390 876397 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXV - 976189 976196 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrIV - 1151311 1151318 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrIV - 1175590 1175597 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrIV - 1201746 1201753 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrIV + 1237836 1237843 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrIV + 1352533 1352540 3.1e-05 0.429 AAGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXIII - 163 170 6.21e-05 0.57 AGGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXII - 185 192 6.21e-05 0.57 AGGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrIX - 187 194 6.21e-05 0.57 AGGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXII - 195 202 6.21e-05 0.57 AGGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrIX - 197 204 6.21e-05 0.57 AGGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXII - 205 212 6.21e-05 0.57 AGGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrIX - 207 214 6.21e-05 0.57 AGGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVII - 374 381 6.21e-05 0.57 ATGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXII - 5832 5839 6.21e-05 0.57 AGGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVIII - 103966 103973 6.21e-05 0.57 AGGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVII - 148466 148473 6.21e-05 0.57 ATGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVII - 185711 185718 6.21e-05 0.57 AGGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXV - 216639 216646 6.21e-05 0.57 ATGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrIX - 300225 300232 6.21e-05 0.57 AGGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXV - 340239 340246 6.21e-05 0.57 AGGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVII - 370799 370806 6.21e-05 0.57 AGGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrX - 424697 424704 6.21e-05 0.57 ATGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXIV - 501381 501388 6.21e-05 0.57 ATGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrIV - 541439 541446 6.21e-05 0.57 ATGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXV - 571749 571756 6.21e-05 0.57 AGGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrII - 593404 593411 6.21e-05 0.57 AGGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXVI - 795185 795192 6.21e-05 0.57 ATGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrIV - 1352463 1352470 6.21e-05 0.57 AGGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrIII + 13927 13934 6.21e-05 0.57 ATGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXII + 92098 92105 6.21e-05 0.57 AGGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVII + 122335 122342 6.21e-05 0.57 AGGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXIII + 124180 124187 6.21e-05 0.57 ATGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXV + 161068 161075 6.21e-05 0.57 ATGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXIII + 226889 226896 6.21e-05 0.57 AGGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXI + 322892 322899 6.21e-05 0.57 ATGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrIV + 410306 410313 6.21e-05 0.57 ATGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrV + 424065 424072 6.21e-05 0.57 ATGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVIII + 562316 562323 6.21e-05 0.57 AGGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVIII + 562326 562333 6.21e-05 0.57 AGGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVIII + 562336 562343 6.21e-05 0.57 AGGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXI + 666299 666306 6.21e-05 0.57 ATGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrVII + 700917 700924 6.21e-05 0.57 ATGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXV + 1091132 1091139 6.21e-05 0.57 AGGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXV + 1091142 1091149 6.21e-05 0.57 AGGGCTAT
AMGGCTAT DREME-6 chrXV + 1091152 1091159 6.21e-05 0.57 AGGGCTAT
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/BY4742--HIR1/fimo_out_6 --bgfile /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/BY4742--HIR1/background --motif AMGGCTAT /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/BY4742--HIR1/dreme_out/dreme.xml /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/BY4742--HIR1/BY4742--HIR1.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/BY4742--HIR1/fimo_out_6
    MEME file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/BY4742--HIR1/dreme_out/dreme.xml
    sequence file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/BY4742--HIR1/BY4742--HIR1.fa
  
  

    background file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/BY4742--HIR1/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

Go to top