Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/BY4741--YAP3/BY4741--YAP3.fa
Database contains 769 sequences, 792880 residues

MOTIFS /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/BY4741--YAP3/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
GGTTCGA 7 GGTTCGA
RGAAGA 6 AGAAGA
ACCGW 5 ACCGA
ATGGCAWC 8 ATGGCAAC
CTKACCA 7 CTTACCA
AGTGGTTW 8 AGTGGTTA
AAAAADAA 8 AAAAAAAA

Random model letter frequencies (/srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/BY4741--YAP3/background):
A 0.320 C 0.180 G 0.180 T 0.320

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
ATGGCAWC DREME-4 chrV + 61923 61930 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrV - 67661 67668 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrIV - 83576 83583 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrV - 85852 85859 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrV + 86601 86608 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrV + 130877 130884 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrXIII - 131874 131881 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrV + 138679 138686 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrIII + 142734 142741 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrX + 157810 157817 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrVI - 162256 162263 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrXI - 162536 162543 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrXI + 163901 163908 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrV - 167229 167236 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrXII - 168019 168026 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrX + 172708 172715 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrVI + 181007 181014 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrXIII + 183931 183938 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrII + 197662 197669 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrXII - 199118 199125 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrXIII - 226633 226640 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrXV + 226644 226651 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrXIII - 259233 259240 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrXV - 282192 282199 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrVII + 286826 286833 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrVII + 287779 287786 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrV - 299609 299616 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrV - 303006 303013 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrV - 306377 306384 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrIX - 317770 317777 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrXI + 327132 327139 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrXI + 334445 334452 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrVII - 346454 346461 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrX + 355387 355394 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrIV - 359323 359330 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrIX + 370752 370759 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrXIII - 372252 372259 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrX - 374555 374562 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrVIII - 383578 383585 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrX + 396759 396766 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrVII + 405483 405490 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrII + 405891 405898 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrXVI - 413556 413563 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrIV + 510109 510116 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrX - 531856 531863 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrIV + 568895 568902 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrXVI - 572297 572304 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrXV + 620700 620707 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrXII - 637148 637155 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrXV + 663418 663425 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrXVI + 689754 689761 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrVII + 736353 736360 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrXIII - 747941 747948 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrVII - 828772 828779 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrXII + 838540 838547 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrVII - 845677 845684 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrXVI - 860407 860414 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrVII + 930986 930993 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrIV - 992860 992867 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrXII - 1041749 1041756 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrIV - 1302864 1302871 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrIV + 1354884 1354891 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrIV - 1444062 1444069 1.1e-05 0.275 ATGGCAAC
ATGGCAWC DREME-4 chrXI - 874 881 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrXV - 915 922 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrXI + 1007 1014 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrIII - 1166 1173 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrV + 13843 13850 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrIII - 30066 30073 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrXIII + 38525 38532 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrX - 58936 58943 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrVII - 73873 73880 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrVIII - 85342 85349 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrXIII + 124072 124079 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrI + 142173 142180 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrXVI - 153805 153812 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrXVI - 155613 155620 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrV - 207146 207153 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrX - 227932 227939 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrXIII - 267749 267756 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrII - 304980 304987 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrXI - 308188 308195 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrXI + 334496 334503 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrXIV - 352198 352205 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrXIII - 372489 372496 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrII + 377003 377010 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrX + 378380 378387 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrXI + 379700 379707 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrV - 408208 408215 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrVII - 412338 412345 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrII + 414000 414007 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrXIII - 420632 420639 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrV + 423381 423388 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrV + 438720 438727 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrX - 451613 451620 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrV + 469477 469484 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrVII - 479662 479669 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrXIII - 500680 500687 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrXIII + 508102 508109 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrXI - 513564 513571 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrVIII + 555975 555982 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrXIII - 586680 586687 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrII - 607684 607691 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrXV - 663856 663863 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrXI - 665838 665845 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrXII - 687903 687910 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrXV + 780803 780810 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrVII + 823502 823509 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrXII + 1064203 1064210 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrIV + 1095127 1095134 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrIV + 1402864 1402871 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrIV - 1524412 1524419 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrIV + 1524547 1524554 2.2e-05 0.306 ATGGCATC
ATGGCAWC DREME-4 chrXIII + 24313 24320 3.44e-05 0.346 ATGGCACC
ATGGCAWC DREME-4 chrXIII + 25207 25214 3.44e-05 0.346 ATGGCACC
ATGGCAWC DREME-4 chrXI - 46910 46917 3.44e-05 0.346 ATGGCACC
ATGGCAWC DREME-4 chrII - 59540 59547 3.44e-05 0.346 ATGGCACC
ATGGCAWC DREME-4 chrII + 60170 60177 3.44e-05 0.346 ATGGCACC
ATGGCAWC DREME-4 chrXVI - 75284 75291 3.44e-05 0.346 ATGGCACC
ATGGCAWC DREME-4 chrV + 102548 102555 3.44e-05 0.346 ATGGCACC
ATGGCAWC DREME-4 chrIV + 117457 117464 3.44e-05 0.346 ATGGCAGC
ATGGCAWC DREME-4 chrX - 121516 121523 3.44e-05 0.346 ATGGCACC
ATGGCAWC DREME-4 chrVI + 148002 148009 3.44e-05 0.346 ATGGCACC
ATGGCAWC DREME-4 chrXVI + 154453 154460 3.44e-05 0.346 ATGGCAGC
ATGGCAWC DREME-4 chrX + 216473 216480 3.44e-05 0.346 ATGGCAGC
ATGGCAWC DREME-4 chrI + 229355 229362 3.44e-05 0.346 ATGGCACC
ATGGCAWC DREME-4 chrXIV + 230879 230886 3.44e-05 0.346 ATGGCAGC
ATGGCAWC DREME-4 chrV - 238614 238621 3.44e-05 0.346 ATGGCAGC
ATGGCAWC DREME-4 chrXII - 241701 241708 3.44e-05 0.346 ATGGCAGC
ATGGCAWC DREME-4 chrII - 256660 256667 3.44e-05 0.346 ATGGCAGC
ATGGCAWC DREME-4 chrXIII - 269507 269514 3.44e-05 0.346 ATGGCACC
ATGGCAWC DREME-4 chrVII - 277982 277989 3.44e-05 0.346 ATGGCACC
ATGGCAWC DREME-4 chrVIII + 291156 291163 3.44e-05 0.346 ATGGCACC
ATGGCAWC DREME-4 chrV + 300755 300762 3.44e-05 0.346 ATGGCACC
ATGGCAWC DREME-4 chrV + 301040 301047 3.44e-05 0.346 ATGGCAGC
ATGGCAWC DREME-4 chrV - 304401 304408 3.44e-05 0.346 ATGGCAGC
ATGGCAWC DREME-4 chrVIII - 383555 383562 3.44e-05 0.346 ATGGCAGC
ATGGCAWC DREME-4 chrVIII + 411057 411064 3.44e-05 0.346 ATGGCAGC
ATGGCAWC DREME-4 chrVII - 441946 441953 3.44e-05 0.346 ATGGCACC
ATGGCAWC DREME-4 chrV - 442436 442443 3.44e-05 0.346 ATGGCACC
ATGGCAWC DREME-4 chrII + 530962 530969 3.44e-05 0.346 ATGGCACC
ATGGCAWC DREME-4 chrIV + 541863 541870 3.44e-05 0.346 ATGGCACC
ATGGCAWC DREME-4 chrXI - 551844 551851 3.44e-05 0.346 ATGGCACC
ATGGCAWC DREME-4 chrVII - 554829 554836 3.44e-05 0.346 ATGGCACC
ATGGCAWC DREME-4 chrXIII + 674683 674690 3.44e-05 0.346 ATGGCAGC
ATGGCAWC DREME-4 chrX - 703639 703646 3.44e-05 0.346 ATGGCAGC
ATGGCAWC DREME-4 chrXIV - 721015 721022 3.44e-05 0.346 ATGGCAGC
ATGGCAWC DREME-4 chrXVI + 745912 745919 3.44e-05 0.346 ATGGCACC
ATGGCAWC DREME-4 chrXIII + 748334 748341 3.44e-05 0.346 ATGGCAGC
ATGGCAWC DREME-4 chrXII + 838900 838907 3.44e-05 0.346 ATGGCAGC
ATGGCAWC DREME-4 chrVII - 921221 921228 3.44e-05 0.346 ATGGCAGC
ATGGCAWC DREME-4 chrXII - 952076 952083 3.44e-05 0.346 ATGGCAGC
ATGGCAWC DREME-4 chrXII - 953072 953079 3.44e-05 0.346 ATGGCAGC
ATGGCAWC DREME-4 chrIV + 1163485 1163492 3.44e-05 0.346 ATGGCACC
ATGGCAWC DREME-4 chrIV + 1234217 1234224 3.44e-05 0.346 ATGGCACC
ATGGCAWC DREME-4 chrIV + 1237309 1237316 3.44e-05 0.346 ATGGCACC
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/BY4741--YAP3/fimo_out_6 --bgfile /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/BY4741--YAP3/background --motif ATGGCAWC /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/BY4741--YAP3/dreme_out/dreme.xml /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/BY4741--YAP3/BY4741--YAP3.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/BY4741--YAP3/fimo_out_6
    MEME file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/BY4741--YAP3/dreme_out/dreme.xml
    sequence file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/BY4741--YAP3/BY4741--YAP3.fa
  
  

    background file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/BY4741--YAP3/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

Go to top