Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--YAP6/AWRI1631--YAP6.fa
Database contains 756 sequences, 694547 residues

MOTIFS /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--YAP6/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
GRDTCGAA 8 GAATCGAA
ACCAYT 6 ACCACT
AAAAAAAT 8 AAAAAAAT
CGCCTTA 7 CGCCTTA
CACGGYG 7 CACGGTG
SAAGA 5 GAAGA
GGGTTCRA 8 GGGTTCGA
ATGGCAW 7 ATGGCAA
ATGTAYGG 8 ATGTATGG

Random model letter frequencies (/srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--YAP6/background):
A 0.306 C 0.194 G 0.194 T 0.306

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
ATGTAYGG DREME-9 chrII - 45173 45180 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXII + 48903 48910 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrVI + 65167 65174 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrIX - 68353 68360 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXVI + 76543 76550 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXV + 79948 79955 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXV + 93086 93093 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXI - 108924 108931 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrV - 141217 141224 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXVI - 172935 172942 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXI - 202542 202549 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrIV - 217317 217324 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrVI + 221920 221927 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrVI + 224057 224064 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXIII - 225548 225555 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrIV - 229657 229664 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXII - 241810 241817 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXII - 282677 282684 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrIV + 341443 341450 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXVI + 378840 378847 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrIV + 434965 434972 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXIV + 444605 444612 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrII - 477218 477225 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrIV - 539088 539095 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrII - 604288 604295 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXIV + 664512 664519 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXV + 679010 679017 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrX + 703422 703429 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXII + 713372 713379 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXII + 809279 809286 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXII - 819002 819009 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXV + 901540 901547 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXII - 922348 922355 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXII + 932267 932274 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXII + 932275 932282 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXV + 1028907 1028914 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrIV - 1359599 1359606 1.24e-05 0.462 ATGTACGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXI - 908 915 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrIX + 68368 68375 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrX + 75560 75567 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrX - 90264 90271 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrIV - 117373 117380 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrVIII + 149096 149103 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrVII + 149306 149313 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrX + 157588 157595 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXV + 161246 161253 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXIII - 162666 162673 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrVIII - 175185 175192 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrII - 181498 181505 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrIV - 229633 229640 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrVII - 254331 254338 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXII - 262968 262975 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXIII - 296969 296976 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXI - 303036 303043 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrIV + 308141 308148 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrIV - 308207 308214 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrIX - 316355 316362 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXV - 340513 340520 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXIV + 352901 352908 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrV + 355029 355036 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrIV + 358249 358256 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXVI + 378815 378822 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrVIII + 383101 383108 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrIX - 386311 386318 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrIX - 427924 427931 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrVII + 438758 438765 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrVII - 481066 481073 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrVII + 483548 483555 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXVI - 503051 503058 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrVIII + 506001 506008 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXIII + 551528 551535 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXIII - 551622 551629 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXI + 551797 551804 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXIII - 553076 553083 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrII + 593068 593075 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrII + 593085 593092 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrX - 607999 608006 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrX - 608017 608024 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXII - 637034 637041 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXII - 637943 637950 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrVII + 649134 649141 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrX - 651449 651456 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXV + 679018 679025 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXIII + 754572 754579 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXV + 779852 779859 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXVI - 794658 794665 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXII + 810161 810168 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXII + 819040 819047 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrVII - 877872 877879 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXV - 904012 904019 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXII + 1028413 1028420 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrIV + 1355839 1355846 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrIV + 1355863 1355870 3.2e-05 0.474 ATGTATGG
ATGTAYGG DREME-9 chrVIII - 34559 34566 6.4e-05 0.684 ATGTAGGG
ATGTAYGG DREME-9 chrV + 52144 52151 6.4e-05 0.684 ATGTAAGG
ATGTAYGG DREME-9 chrVIII - 62704 62711 6.4e-05 0.684 ATGTAAGG
ATGTAYGG DREME-9 chrVIII + 125944 125951 6.4e-05 0.684 ATGTAGGG
ATGTAYGG DREME-9 chrVI + 131448 131455 6.4e-05 0.684 ATGTAAGG
ATGTAYGG DREME-9 chrX + 140106 140113 6.4e-05 0.684 ATGTAGGG
ATGTAYGG DREME-9 chrII + 165562 165569 6.4e-05 0.684 ATGTAGGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXIII + 168945 168952 6.4e-05 0.684 ATGTAAGG
ATGTAYGG DREME-9 chrIII - 177309 177316 6.4e-05 0.684 ATGTAAGG
ATGTAYGG DREME-9 chrIV - 234378 234385 6.4e-05 0.684 ATGTAAGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXV - 234606 234613 6.4e-05 0.684 ATGTAGGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXIV - 241649 241656 6.4e-05 0.684 ATGTAGGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXV + 253627 253634 6.4e-05 0.684 ATGTAAGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXIII - 306547 306554 6.4e-05 0.684 ATGTAGGG
ATGTAYGG DREME-9 chrIV - 308227 308234 6.4e-05 0.684 ATGTAAGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXIV - 330953 330960 6.4e-05 0.684 ATGTAAGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXI - 356608 356615 6.4e-05 0.684 ATGTAAGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXI - 357144 357151 6.4e-05 0.684 ATGTAAGG
ATGTAYGG DREME-9 chrIV - 359401 359408 6.4e-05 0.684 ATGTAAGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXII - 371310 371317 6.4e-05 0.684 ATGTAGGG
ATGTAYGG DREME-9 chrIX + 389126 389133 6.4e-05 0.684 ATGTAAGG
ATGTAYGG DREME-9 chrII + 391506 391513 6.4e-05 0.684 ATGTAGGG
ATGTAYGG DREME-9 chrVII + 412522 412529 6.4e-05 0.684 ATGTAAGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXIV + 493887 493894 6.4e-05 0.684 ATGTAGGG
ATGTAYGG DREME-9 chrVIII + 504554 504561 6.4e-05 0.684 ATGTAAGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXII + 611747 611754 6.4e-05 0.684 ATGTAAGG
ATGTAYGG DREME-9 chrVII - 648471 648478 6.4e-05 0.684 ATGTAAGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXIII - 652084 652091 6.4e-05 0.684 ATGTAGGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXIII - 661570 661577 6.4e-05 0.684 ATGTAAGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXVI - 700137 700144 6.4e-05 0.684 ATGTAAGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXVI + 775952 775959 6.4e-05 0.684 ATGTAAGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXVI + 829221 829228 6.4e-05 0.684 ATGTAAGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXV - 866733 866740 6.4e-05 0.684 ATGTAGGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXV + 925294 925301 6.4e-05 0.684 ATGTAGGG
ATGTAYGG DREME-9 chrXV - 1004222 1004229 6.4e-05 0.684 ATGTAAGG
ATGTAYGG DREME-9 chrIV - 1162059 1162066 6.4e-05 0.684 ATGTAGGG
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--YAP6/fimo_out_9 --bgfile /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--YAP6/background --motif ATGTAYGG /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--YAP6/dreme_out/dreme.xml /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--YAP6/AWRI1631--YAP6.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--YAP6/fimo_out_9
    MEME file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--YAP6/dreme_out/dreme.xml
    sequence file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--YAP6/AWRI1631--YAP6.fa
  
  

    background file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--YAP6/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

Go to top