Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--STE12/AWRI1631--STE12.fa
Database contains 899 sequences, 1023190 residues

MOTIFS /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--STE12/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
SGGTTCGA 8 GGGTTCGA
AAGAW 5 AAGAA
CGTTGCM 7 CGTTGCC
CTGCYGC 7 CTGCTGC
AGTGGTW 7 AGTGGTT
AWAAAAA 7 AAAAAAA

Random model letter frequencies (/srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--STE12/background):
A 0.302 C 0.198 G 0.198 T 0.302

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
AGTGGTW DREME-5 chrIII - 989 995 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVIII - 16983 16989 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIX + 23628 23634 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXIII + 25347 25353 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXV + 29167 29173 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXV + 33160 33166 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVI + 55440 55446 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIII + 57978 57984 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVII + 58218 58224 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrV - 61948 61954 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVIII + 62767 62773 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXVI + 67393 67399 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXI + 68642 68648 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIII + 70518 70524 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrII - 72599 72605 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIII - 72985 72991 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVIII + 75951 75957 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXVI + 76167 76173 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVI + 76234 76240 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV + 83552 83558 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV + 83741 83747 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIX + 84369 84375 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrV + 86616 86622 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXIV + 89038 89044 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXV - 92778 92784 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXIV - 96292 96298 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXII + 97377 97383 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXIV - 103416 103422 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXI + 105012 105018 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVII - 110676 110682 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXV - 111013 111019 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXVI - 112928 112934 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVIII - 113784 113790 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrX - 121230 121236 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrX - 121287 121293 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrX - 124321 124327 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrV - 131133 131139 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVIII - 133087 133093 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVIII + 134333 134339 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIX + 141521 141527 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXI + 142273 142279 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXI + 142573 142579 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIII - 142759 142765 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrI - 143335 143341 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVIII + 144414 144420 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVIII + 145119 145125 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVIII + 145801 145807 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXI + 158334 158340 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVI + 162232 162238 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIII + 163974 163980 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXII - 168005 168011 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIII - 168352 168358 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrII + 169031 169037 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXIV + 174213 174219 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVI - 180829 180835 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVI - 181032 181038 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrI + 181137 181143 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrI - 182583 182589 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXIII - 183956 183962 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVI - 191593 191599 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrII - 197687 197693 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVII + 205517 205523 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV - 206126 206132 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV + 217039 217045 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV - 217160 217166 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXIII - 220449 220455 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVI + 222756 222762 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXIII + 225250 225256 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXV - 226669 226675 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrII + 227087 227093 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIII + 227954 227960 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrX - 228463 228469 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXII + 232884 232890 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXII + 233613 233619 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXII + 233673 233679 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrV + 236699 236705 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV + 238641 238647 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV - 239110 239116 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXIV + 241766 241772 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXVI - 242010 242016 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIX + 248862 248868 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrV + 250298 250304 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXII + 253784 253790 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrII - 257133 257139 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXIII - 259219 259225 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIII + 261219 261225 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIII + 261569 261575 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrV - 265322 265328 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrV - 266219 266225 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIII + 268300 268306 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXV + 274685 274691 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXIV - 276929 276935 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXVI - 280866 280872 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXV + 282168 282174 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrII + 285912 285918 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrV - 288504 288510 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrV - 288549 288555 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXII - 300492 300498 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV - 308107 308113 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXI - 308213 308219 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXI - 313452 313458 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIII + 315884 315890 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVII + 319793 319799 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIX + 322281 322287 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrII - 326845 326851 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrV - 336473 336479 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV - 341275 341281 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrII - 350782 350788 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrII + 350839 350845 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV + 355855 355861 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV - 363016 363022 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXIII + 363076 363082 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVII - 363412 363418 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXIV + 374639 374645 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXVI - 378468 378474 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrX - 382666 382672 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV + 382989 382995 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV + 383439 383445 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV + 383793 383799 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV + 383919 383925 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV + 384603 384609 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrII - 394960 394966 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrX - 396784 396790 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXVI + 404515 404521 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVIII - 411537 411543 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrII - 414523 414529 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIX + 421312 421318 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVII + 423088 423094 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrV - 434592 434598 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV + 437784 437790 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXIV + 443002 443008 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXV - 446196 446202 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXII - 448701 448707 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVIII + 452140 452146 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXI + 458553 458559 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXI - 464401 464407 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXI - 464419 464425 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXV + 485087 485093 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV - 488850 488856 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXVI + 499180 499186 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVII - 515525 515531 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXV - 520865 520871 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV + 520984 520990 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrX - 524073 524079 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXIV - 529213 529219 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrX + 531832 531838 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV - 539052 539058 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXIV - 546731 546737 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXIII + 550765 550771 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVIII + 556206 556212 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXVI + 572273 572279 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV - 579424 579430 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXII - 592599 592605 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXV - 594405 594411 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXV - 594413 594419 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV - 601004 601010 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV - 601046 601052 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV - 601337 601343 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV - 601490 601496 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV - 601535 601541 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV - 602225 602231 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXII - 605412 605418 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXI - 609753 609759 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXI - 612684 612690 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrII + 612954 612960 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrX + 617931 617937 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXIV + 619848 619854 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXII + 628379 628385 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV - 645204 645210 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXIII + 661093 661099 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrX + 663234 663240 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXV - 663881 663887 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXIV - 675066 675072 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXVI + 689577 689583 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXII - 710848 710854 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXVI - 719185 719191 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXII + 732102 732108 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVII + 779628 779634 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXV - 780597 780603 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXII + 784366 784372 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXVI + 796115 796121 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV - 802782 802788 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXIII - 808297 808303 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXII - 812490 812496 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXII - 819505 819511 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVII + 823478 823484 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXII + 838512 838518 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVII + 845653 845659 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVII - 857060 857066 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVII - 857487 857493 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXVI + 860383 860389 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXV - 882875 882881 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV + 884373 884379 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXVI + 928115 928121 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXII + 930870 930876 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVII - 931011 931017 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrXII + 932508 932514 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV - 981035 981041 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV + 992836 992842 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrVII + 1049832 1049838 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV - 1150921 1150927 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV - 1257059 1257065 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV - 1257067 1257073 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV + 1305642 1305648 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV + 1361923 1361929 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV - 1402384 1402390 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV - 1461825 1461831 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
AGTGGTW DREME-5 chrIV - 1489043 1489049 6.45e-05 0.632 AGTGGTT
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--STE12/fimo_out_6 --bgfile /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--STE12/background --motif AGTGGTW /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--STE12/dreme_out/dreme.xml /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--STE12/AWRI1631--STE12.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--STE12/fimo_out_6
    MEME file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--STE12/dreme_out/dreme.xml
    sequence file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--STE12/AWRI1631--STE12.fa
  
  

    background file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--STE12/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

Go to top