Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

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If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--SOK2/AWRI1631--SOK2.fa
Database contains 954 sequences, 971751 residues

MOTIFS /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--SOK2/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
TCGAACCB 8 TCGAACCG
AARAAAWA 8 AAAAAAAA
AGTGGTW 7 AGTGGTT
ATCTKG 6 ATCTTG
CRACAA 6 CAACAA
TCTMCCA 7 TCTACCA
CACCGTGS 8 CACCGTGG

Random model letter frequencies (/srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--SOK2/background):
A 0.303 C 0.197 G 0.197 T 0.303

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
AARAAAWA DREME-2 chrII - 9669 9676 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXIV + 10214 10221 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXIV + 10215 10222 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXIV + 10216 10223 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXIV + 10217 10224 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXIV + 10218 10225 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXIV + 10219 10226 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXIV + 10220 10227 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXIV + 10221 10228 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXIV + 10222 10229 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXIV + 10223 10230 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVIII - 16525 16532 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVIII - 16526 16533 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVIII - 17534 17541 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVIII - 17535 17542 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVIII - 17536 17543 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVIII - 17537 17544 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVIII - 18411 18418 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrV + 18746 18753 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrV + 18747 18754 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVI + 19635 19642 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVII + 20580 20587 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVII + 20581 20588 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXI + 21664 21671 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXI + 21665 21672 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXI + 21666 21673 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrV + 23875 23882 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrV + 23876 23883 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrIX - 28211 28218 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrIX - 28212 28219 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXV + 28561 28568 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXV + 28570 28577 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXV + 28579 28586 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrI + 28683 28690 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrIII - 30734 30741 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrIII - 30781 30788 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrIII - 30782 30789 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrIII - 30783 30790 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrIII - 30784 30791 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVI - 30997 31004 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVI - 30998 31005 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVI - 30999 31006 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVI - 31000 31007 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVI + 31253 31260 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVI + 31254 31261 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVI + 31286 31293 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVI + 31287 31294 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVI - 31532 31539 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVI - 31533 31540 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVI - 31534 31541 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVI - 31535 31542 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVI + 32009 32016 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVI - 32017 32024 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVIII - 36134 36141 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVIII - 36135 36142 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVIII - 36136 36143 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVIII - 36137 36144 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrII - 36507 36514 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrII - 36508 36515 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrII - 36509 36516 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 36658 36665 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 36659 36666 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 36723 36730 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 36724 36731 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 36725 36732 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 36726 36733 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXVI + 40127 40134 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXVI + 40128 40135 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXVI + 40129 40136 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXVI - 40436 40443 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXVI - 40437 40444 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrIV - 43856 43863 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrIV - 43857 43864 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrIV - 43858 43865 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrIV - 43859 43866 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrIV - 43860 43867 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrIV - 43861 43868 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrIV - 43862 43869 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrIV - 43863 43870 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrIV - 43864 43871 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrIV - 43865 43872 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrIV + 43887 43894 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrIV + 43888 43895 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrIV + 43889 43896 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrIV + 43890 43897 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrIV + 43891 43898 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrIV + 43892 43899 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrII - 45076 45083 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrII - 45077 45084 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrII - 45078 45085 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrII - 45219 45226 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrII - 45220 45227 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrII - 45221 45228 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrII - 45222 45229 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrII + 45241 45248 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrII + 45242 45249 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrII + 45243 45250 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrII - 45956 45963 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrII - 45957 45964 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrII - 45958 45965 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrII - 45959 45966 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrII - 45960 45967 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrII - 45961 45968 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrII - 45962 45969 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrII - 45963 45970 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 48673 48680 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 48674 48681 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 48675 48682 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 48676 48683 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 48677 48684 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 48811 48818 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 48855 48862 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 48856 48863 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 48857 48864 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 48858 48865 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 48859 48866 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 48860 48867 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 48861 48868 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 48862 48869 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 48863 48870 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 48864 48871 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 48865 48872 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 48866 48873 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 48867 48874 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 48868 48875 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 48869 48876 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 48870 48877 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrXII + 48871 48878 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVIII - 50980 50987 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVIII - 50981 50988 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVIII - 50982 50989 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVIII - 50983 50990 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVIII - 50984 50991 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrV + 52435 52442 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrV + 52436 52443 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrV + 52437 52444 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrV + 52438 52445 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrV + 52439 52446 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVIII - 54383 54390 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVIII - 54384 54391 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVI - 54494 54501 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVI - 54495 54502 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVI - 54496 54503 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVI - 54497 54504 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVI - 54498 54505 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVI - 54499 54506 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVI - 54500 54507 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVIII + 56206 56213 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVIII + 56207 56214 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVIII + 56208 56215 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVIII + 56209 56216 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrX + 59054 59061 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrX + 59055 59062 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrX + 59056 59063 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrX + 59057 59064 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrX + 59058 59065 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrX + 59059 59066 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrX + 59060 59067 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrX + 59061 59068 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrX + 59062 59069 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrX + 59063 59070 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrX + 59064 59071 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrX + 59065 59072 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrX + 59066 59073 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrX + 59067 59074 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrV - 61198 61205 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrV - 61199 61206 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrV - 61602 61609 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrV - 61686 61693 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrV - 61687 61694 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrV - 61688 61695 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrV - 61689 61696 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrV - 61690 61697 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrV - 61691 61698 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrV - 61692 61699 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrV - 61693 61700 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
AARAAAWA DREME-2 chrVIII - 62841 62848 7.2e-05 0.0548 AAAAAAAA
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DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--SOK2/fimo_out_4 --bgfile /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--SOK2/background --motif AARAAAWA /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--SOK2/dreme_out/dreme.xml /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--SOK2/AWRI1631--SOK2.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--SOK2/fimo_out_4
    MEME file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--SOK2/dreme_out/dreme.xml
    sequence file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--SOK2/AWRI1631--SOK2.fa
  
  

    background file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/gm_results/AWRI1631--SOK2/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

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