Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--TEC1/YJM789--TEC1.fa
Database contains 741 sequences, 254735 residues

MOTIFS /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--TEC1/meme_out/meme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
DTGGCBYAGTGGKWARRGSS 20 GTGGCCTAGTGGTTAAAGCG
TAAYSNGRAGRTCMBSGGTTCGAHYC 26 TAATCGGAAGGTCCTGGGTTCGATTC
DRATGTAYGGRTGTW 15 AGATGTACGGGTGTA

Random model letter frequencies (/srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--TEC1/background):
A 0.310 C 0.190 G 0.190 T 0.310

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 650979 650993 7.54e-09 0.00141 AAATGTACGGGTGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 932257 932271 9.72e-09 0.00141 AGATGTACGGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 932265 932279 1.15e-08 0.00141 GGATGTACGGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 932273 932287 1.15e-08 0.00141 GGATGTACGGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 383099 383113 2.04e-08 0.00199 TGATGTATGGGTGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 1355837 1355851 2.6e-08 0.00212 AAATGTATGGGTGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 296964 296978 4.82e-08 0.00277 AGATGTATGGGTGTG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 222133 222147 5.32e-08 0.00277 GGGTGTACGGGTGTG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 225543 225557 5.44e-08 0.00277 GAATGTACGGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 126100 126114 7.07e-08 0.00277 AGGTGTACGGATGCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 593083 593097 7.55e-08 0.00277 AGATGTATGGATGCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 1028905 1028919 9.99e-08 0.00277 AAATGTACGGATGCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 89799 89813 1.08e-07 0.00277 GGGTGTATGGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 229652 229666 1.08e-07 0.00277 TGATGTACGGATGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 396377 396391 1.1e-07 0.00277 AAGTGTACGGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 415681 415695 1.12e-07 0.00277 AAATGCATGGGTGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 224188 224202 1.17e-07 0.00277 AAATGTATGGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 262963 262977 1.17e-07 0.00277 AAATGTATGGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrI + 82108 82122 1.2e-07 0.00277 AGGTGCACGGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 108919 108933 1.22e-07 0.00277 AAATGTACGGATGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 45168 45182 1.27e-07 0.00277 GAATGTACGGATGCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 555508 555522 1.27e-07 0.00277 TAATGCACGGGTGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX - 68348 68362 1.3e-07 0.00277 TAATGTACGGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVI + 65165 65179 1.49e-07 0.00287 ATATGTACGGGTGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 79946 79960 1.49e-07 0.00287 ATATGTACGGGTGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI + 378838 378852 1.53e-07 0.00287 GAATGTACGGATGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 679008 679022 1.87e-07 0.00327 ATATGTACGGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 241805 241819 1.87e-07 0.00327 ATATGTACGGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 431492 431506 2.03e-07 0.00338 TAGTGTATGGGTGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVI + 224055 224069 2.15e-07 0.00338 GTATGTACGGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 146082 146096 2.22e-07 0.00338 TGGTGTATGGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 505999 506013 2.28e-07 0.00338 AAATGTATGGATGCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 703449 703463 2.28e-07 0.00338 GGATGCATGGGTGCT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 551526 551540 2.8e-07 0.00385 AAATGTATGGGTGCG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 1359594 1359608 2.87e-07 0.00385 TAATGTACGGATGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 535002 535016 2.91e-07 0.00385 AAATGCACGGATGCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 781654 781668 2.91e-07 0.00385 AAATGCACGGATGCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 794653 794667 3.09e-07 0.00396 ATATGTATGGGTGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 1355861 1355875 3.17e-07 0.00396 GAATGTATGGATGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI + 76541 76555 3.3e-07 0.00396 GGATGTACGGGTGAA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 254345 254359 3.47e-07 0.00396 ATATGCACGGGTGCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 305983 305997 3.47e-07 0.00396 AAATGTGTGGGTGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 732102 732116 3.5e-07 0.00396 AAAGGTATGGGTGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 932298 932312 3.57e-07 0.00396 TAATGCACGGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 93110 93124 3.78e-07 0.00402 ATGTGTACGGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 607994 608008 3.82e-07 0.00402 GGATGTATGGATGGA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 341441 341455 3.86e-07 0.00402 AAATGTACGGATGGA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 181493 181507 4.19e-07 0.00427 TAATGTATGGGTGCT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 149316 149330 4.65e-07 0.00464 GGGTGTATGGATGCT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 282655 282669 4.9e-07 0.0047 AGATGTACAGGTGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 605914 605928 4.9e-07 0.0047 AGATGTACAGGTGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 69178 69192 5.28e-07 0.00487 TGGGGTACGGGTGCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 254326 254340 5.28e-07 0.00487 AGATGTATGGGTTCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 713370 713384 5.66e-07 0.00503 ATATGTACGGATGTG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 754570 754584 5.66e-07 0.00503 GGATGTATGGGGGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 477232 477246 5.83e-07 0.00509 AAATGTGTGGGTGCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 217312 217326 6.18e-07 0.0052 AAATGTACGGGTTCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVI + 221918 221932 6.18e-07 0.0052 AAATGTACGGGTGAA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 225530 225544 6.86e-07 0.00569 TAATGCACGGATGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 732204 732218 7.32e-07 0.00596 CGATGTGCGGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV - 330948 330962 7.65e-07 0.00613 AGATGTAAGGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 130747 130761 8.53e-07 0.00669 AAATGTGCGGATGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 406369 406383 8.63e-07 0.00669 AAAGGTACGGATGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII + 78540 78554 9.18e-07 0.0069 GGAGGCACGGATGCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 796632 796646 9.18e-07 0.0069 GGAGGCACGGATGCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 444619 444633 9.88e-07 0.00732 AGAGGTACGGATGGA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 710731 710745 1.01e-06 0.00733 AGATGCGTGGGTGTG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 788527 788541 1.03e-06 0.00739 GTATGCACGGATGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 423270 423284 1.09e-06 0.0077 AGGTGTACGGAGGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 140673 140687 1.11e-06 0.0077 AAAGGTATGGGTGCT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI + 378813 378827 1.13e-06 0.0077 AAATGTATGGGTTCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 358247 358261 1.13e-06 0.0077 TAATGTATGGGTGGT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 281764 281778 1.2e-06 0.00788 AAGTGTAAGGGTGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 726585 726599 1.21e-06 0.00788 TAGGGTATGGGTGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 726602 726616 1.21e-06 0.00788 TAGGGTATGGGTGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 922343 922357 1.23e-06 0.00788 ATATGTACGGGTGTC
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 438756 438770 1.31e-06 0.00833 AAATGTATGGATGGT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 85298 85312 1.37e-06 0.00859 AGGGGTATGGGTGGA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 794635 794649 1.44e-06 0.00888 AGATGTTCGGATGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 477213 477227 1.49e-06 0.00913 GAATGTACGGAGGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 498671 498685 1.58e-06 0.00947 GGATGCACGGAGGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 63316 63330 1.61e-06 0.00947 AAATGTTCGGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 444603 444617 1.64e-06 0.00947 TAATGTACGGATTTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 48901 48915 1.66e-06 0.00947 AGATGTACGGATCTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 366235 366249 1.69e-06 0.00947 ATATGTGTGGGTGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 93084 93098 1.71e-06 0.00947 AAATGTACGGGTTGA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVI + 95634 95648 1.71e-06 0.00947 CGGTGTGTGGGTGCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 241826 241840 1.71e-06 0.00947 GAATGCATGGGTTTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 229628 229642 1.73e-06 0.00947 ATATGTATGGGTTTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX + 254356 254370 1.8e-06 0.00976 GAATGTGTGGGTGCG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 483546 483560 1.94e-06 0.0104 TGATGTATGGGTGAT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 168186 168200 2.03e-06 0.0107 ATAGGCACGGGTGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 1301107 1301121 2.07e-06 0.0107 CAGTGCACGGATGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 321797 321811 2.09e-06 0.0107 TGGTGTACGGAGGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI + 619009 619023 2.09e-06 0.0107 AGAGGCACGGATGGA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 89779 89793 2.19e-06 0.0112 AAGTGTAAGGGTGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 302827 302841 2.25e-06 0.0113 GGATGTCTGGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 308139 308153 2.27e-06 0.0113 ACATGTATGGGTGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 149304 149318 2.32e-06 0.0113 GTATGTATGGGTGGG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI + 829219 829233 2.32e-06 0.0113 TGATGTAAGGATGCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 65498 65512 2.51e-06 0.0121 GGATGTACGGCTGTG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 75151 75165 2.6e-06 0.0125 AAATGTACAGGTGTG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 551617 551631 2.7e-06 0.0128 TAATGTATGGGTGCC
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 161244 161258 2.76e-06 0.013 CGATGTATGGGTTTG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII + 163645 163659 3.11e-06 0.0145 GGGTGCGTGGGTGCG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 382303 382317 3.4e-06 0.0157 TGATGTCCGGATGCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 45186 45200 3.46e-06 0.0158 GTATGTTTGGGTGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 75516 75530 3.57e-06 0.0158 TGAGGTGTGGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 703420 703434 3.59e-06 0.0158 GAATGTACGGCTGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 308222 308236 3.63e-06 0.0158 ATATGTAAGGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 217417 217431 3.69e-06 0.0158 AAATGTTTGGGTGCT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 149080 149094 3.73e-06 0.0158 TGGTGCATGGGTGAA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX - 316350 316364 3.76e-06 0.0158 TAATGTATGGGTTCT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 539103 539117 3.76e-06 0.0158 AGGGGTGTGGGTGTG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 649132 649146 3.76e-06 0.0158 TAATGTATGGGTTCT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 1401431 1401445 3.76e-06 0.0158 ATATGTGTGGGTGGA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 61071 61085 3.81e-06 0.0159 GGGTGTACAGATGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII + 178470 178484 3.94e-06 0.0162 AAATGTACAGATGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 366217 366231 3.94e-06 0.0162 AAAGGTACGGATTTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 188788 188802 4.06e-06 0.0165 CGATGCATGGGTTTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 332523 332537 4.16e-06 0.0168 AATTGTATGGGTGCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 53733 53747 4.29e-06 0.0172 TGGTGTTCGGATGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 305999 306013 4.41e-06 0.0175 GGATGTGTGGGTTTG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 75558 75572 4.63e-06 0.0181 TGATGTATGGGCGCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 674052 674066 4.63e-06 0.0181 TGGTGCATGGGTCTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 321823 321837 4.71e-06 0.0181 AAAGGTATGGGGGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 897859 897873 4.75e-06 0.0181 GGAGGTACAGGTGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 73580 73594 4.79e-06 0.0181 TGGTGCAAGGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 260446 260460 4.79e-06 0.0181 TTATGTATGGGTGAA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 282672 282686 5.04e-06 0.0189 AAATGTACGGAGGGA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 270485 270499 5.17e-06 0.0193 GTATGTATGGGTGAT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 604299 604313 5.21e-06 0.0193 AAATGTACAGATGTG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 216449 216463 5.31e-06 0.0195 GGGTGCTCGGATGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 298716 298730 5.74e-06 0.0209 TAATGTCTGGGTGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 310684 310698 5.89e-06 0.0212 TGGTGTACAGATGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 406489 406503 5.89e-06 0.0212 TAAGGTATGGATGGA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 281748 281762 5.94e-06 0.0212 AGAGGTAAGGATGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 866736 866750 6e-06 0.0212 GAATGCTTGGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 495393 495407 6.1e-06 0.0213 TAATGTACGGATTGA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 732220 732234 6.1e-06 0.0213 GCATGTGTGGGTGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 1028396 1028410 6.19e-06 0.0215 TGGTGCATGGGTGAT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 216457 216471 6.44e-06 0.022 GAAGGCGCGGGTGCT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 224213 224227 6.44e-06 0.022 GTGTGTACGGATTTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 503046 503060 6.69e-06 0.0226 GAATGTATGGAGGCT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 438733 438747 6.69e-06 0.0226 TGGTGCACAGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 505317 505331 6.84e-06 0.0229 ATATGTTTGGGTGTG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 903520 903534 7e-06 0.0233 TGGTGCATGGGTCCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 553071 553085 7.11e-06 0.0235 AGATGTATGGGTCTC
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 575298 575312 7.39e-06 0.0239 TTGTGTGTGGGTGCT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 575298 575312 7.39e-06 0.0239 TTGTGTGTGGGTGCT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 141136 141150 7.39e-06 0.0239 GAAGGTGTGGGTGGA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 495376 495390 7.45e-06 0.024 GGAGGTTTGGGTGTG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 411433 411447 7.55e-06 0.024 CGGGGTGTGGGTGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 117368 117382 7.6e-06 0.024 ATATGTATGGGTCTG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX + 99808 99822 7.6e-06 0.024 AAATGTACTGGTGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 649147 649161 7.94e-06 0.0249 CGTTGTACGGATGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 383116 383130 8.26e-06 0.0257 GGATGTTCGGATGTC
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 53717 53731 8.44e-06 0.0261 ATATGTGTGGGTGTC
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 604283 604297 9.64e-06 0.0296 AAATGTACGGATTAA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 1359609 1359623 9.77e-06 0.0299 GCATGCATGGGTGCG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 140710 140724 1.02e-05 0.031 TGGGGTATGGGGGCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 866754 866768 1.04e-05 0.0313 GTTTGTATGGGTGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 505292 505306 1.05e-05 0.0316 TTGTGTATGGGTTTG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 175180 175194 1.16e-05 0.0346 TGATGTATGGGTCTC
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 158398 158412 1.22e-05 0.036 GTGTGCACGGGTTGA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 270524 270538 1.22e-05 0.036 GGATGTAAAGGTGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 774511 774525 1.24e-05 0.0364 CAAGGTGTGGGTGCT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 700725 700739 1.26e-05 0.0365 GGAGGCGCGGGTTCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 700725 700739 1.26e-05 0.0365 GGAGGCGCGGGTTCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 396395 396409 1.31e-05 0.0376 AAATGTTTGGGTTCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 555524 555538 1.35e-05 0.0387 AAGTGTTTGGGTTTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 262943 262957 1.36e-05 0.0387 AAATGTACTGATGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 297055 297069 1.37e-05 0.0388 TGATGTACTGGTGGA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 391714 391728 1.4e-05 0.0393 GGGTGTACGTATGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 836179 836193 1.54e-05 0.0431 AGAGGTGTGGGTTCT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 579224 579238 1.58e-05 0.0436 AAATGTTTGGGTCTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 608012 608026 1.59e-05 0.0436 ATATGTATGGGTTAA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 651444 651458 1.59e-05 0.0436 ATATGTATGGGTTAA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 491218 491232 1.63e-05 0.0446 GGGTGTGCGGGCGCT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 599950 599964 1.66e-05 0.0446 AGATGCATGGATCGT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 355027 355041 1.66e-05 0.0446 GTATGTATGGGGTTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 451497 451511 1.66e-05 0.0446 ATGGGTAAGGGTGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 505986 506000 1.7e-05 0.0455 AAATGTCTGGGTGAA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 779863 779877 1.72e-05 0.0456 GATTGTATGGGTTTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 291266 291280 1.87e-05 0.0486 TGGCGCACGGGTGTG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 592534 592548 1.88e-05 0.0486 GGATGCAAGGGTTCG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 499431 499445 1.88e-05 0.0486 TGGTGCACTGGTGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 617988 618002 1.88e-05 0.0486 GGATGCAAGGGTTCG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 732159 732173 1.88e-05 0.0486 GGATGCAAGGGTTCG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 90245 90259 1.92e-05 0.0493 GAATGTTCAGGTGCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 382359 382373 1.96e-05 0.0501 GGAGGAATGGGTGGA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrI - 68425 68439 1.99e-05 0.0505 CGGTGCATGGCTGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 253976 253990 2e-05 0.0506 CGGTGTACGGATTAA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 126114 126128 2.09e-05 0.0524 AAATGTAAAGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 483449 483463 2.09e-05 0.0524 TCGTGTATGGGTTTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 1028411 1028425 2.19e-05 0.0546 AAATGTATGGGTCAT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI + 109886 109900 2.23e-05 0.0554 AAAGGTTTGGATGCT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII + 163675 163689 2.25e-05 0.0555 TATGGTATGGGTGCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 978936 978950 2.31e-05 0.0567 GGATGAATGGGTTCT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 362348 362362 2.43e-05 0.0594 TATTGTATGGGTTTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 146112 146126 2.53e-05 0.0613 TAGTGTACTGGTGCT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 551601 551615 2.53e-05 0.0613 ATATGTACTGATGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 1301123 1301137 2.58e-05 0.0622 GGATGTTTGGGTTGT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 446057 446071 2.61e-05 0.0623 TAATGGACGGGTTTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 920070 920084 2.61e-05 0.0623 ATATGTTTGGGTTTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrI + 222869 222883 2.65e-05 0.0629 GAAGGTATGGCTGCT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 618981 618995 2.67e-05 0.063 AGTTGTCTGGGTGCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 700132 700146 2.69e-05 0.063 TGATGTAAGGATTCG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 85269 85283 2.71e-05 0.063 CAAGGTCTGGGTGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 491129 491143 2.71e-05 0.063 GAATGATTGGGTGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 383280 383294 2.81e-05 0.0652 AGTTGTACGGAGGTG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 67911 67925 2.83e-05 0.0653 CGGTGCACGGATTTC
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 922317 922331 2.89e-05 0.0662 TGAGGTATGGGTTCC
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 680564 680578 2.91e-05 0.0664 ATATGTATGTGTGTG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 701141 701155 2.96e-05 0.067 AGATGCAAGGATTGA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 701141 701155 2.96e-05 0.067 AGATGCAAGGATTGA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 700258 700272 3.15e-05 0.071 CTGTGCTTGGGTGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 551541 551555 3.21e-05 0.0721 TAATGTACAGATTTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 149308 149322 3.25e-05 0.0726 GTATGGGTGGGTGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX - 257531 257545 3.27e-05 0.0727 CGGTGTACAGATGTC
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 168033 168047 3.34e-05 0.0739 ATATGTCTGGGTTTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX - 257503 257517 3.4e-05 0.0749 TGTTGTTTGGGTGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 968267 968281 3.57e-05 0.0783 GGGTGCGTGGGCGTG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 1401416 1401430 3.67e-05 0.08 AAATGATTGGGTGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 836329 836343 3.71e-05 0.0806 CAGTGTATGTGTGCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 779901 779915 3.76e-05 0.0812 TGGGGTATGGGGGGG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 780705 780719 3.85e-05 0.083 TAATGTATAGGTTCT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 158419 158433 3.88e-05 0.0831 TTATGTACAGATTTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 406385 406399 3.95e-05 0.0843 AAATGTTTGGAGGTG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 856862 856876 4e-05 0.085 CGGTGTATGGGCGGG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII - 178488 178502 4.02e-05 0.0851 CGGTGTACGGACTTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 924580 924594 4.12e-05 0.0869 TGGTGCACGGGCTTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 593066 593080 4.43e-05 0.0926 AGATGTATGGAGTTC
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 781636 781650 4.43e-05 0.0926 AATTGTGTGGGTTTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 103985 103999 4.57e-05 0.095 ATATGTAAAGGTGCT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 568254 568268 4.62e-05 0.0957 AAATGTTTGGGTTGG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 520362 520376 4.79e-05 0.0988 CGAGGCCTGGGTGGA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 920088 920102 4.97e-05 0.102 TTATGTCTGGGTTTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV - 241561 241575 5.08e-05 0.104 TGGTGTTTAGGTGCT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 90259 90273 5.2e-05 0.106 CCATGTATGGGTGAG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 230804 230818 5.43e-05 0.11 GTATGAGTGGGTGGA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 230804 230818 5.43e-05 0.11 GTATGAGTGGGTGGA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI + 520331 520345 5.52e-05 0.111 GCAGGTCTGGGTGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 168050 168064 5.68e-05 0.114 AGAGGTACTGGTGAA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 332539 332553 5.88e-05 0.117 ACATGTTTGGGTTTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 903370 903384 5.91e-05 0.117 GGAGGTGTAGGTGGT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI + 732118 732132 6.05e-05 0.12 GGATGGTTGGATGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 306955 306969 6.12e-05 0.12 GGTGGTAAGGGTGCT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 552858 552872 6.12e-05 0.12 GGTGGTAAGGGTGCT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 796605 796619 6.12e-05 0.12 TGGTGCAAGGATTGA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 661687 661701 6.19e-05 0.12 TGATGTTTGGCTGCG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 661687 661701 6.19e-05 0.12 TGATGTTTGGCTGCG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 282131 282145 6.34e-05 0.122 AGAGGAGTGGATGCT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 700167 700181 6.41e-05 0.123 TGGTGTGTGGGGGAT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 357463 357477 6.82e-05 0.131 GAAGGATCGGGTGCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 950268 950282 6.85e-05 0.131 CGGTGTGTGGGTTAT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 308202 308216 6.93e-05 0.132 AAATGTATGGGTCAC
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 1019141 1019155 6.97e-05 0.132 TAATGTTTGGGTTTC
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 310699 310713 7.01e-05 0.132 TAATGTGTGGGTCCC
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 287278 287292 7.5e-05 0.141 AAATGTGCAGGGGCG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 301301 301315 7.54e-05 0.141 ATATGTGTGTGTGTG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 980674 980688 7.63e-05 0.142 AATTGTATGGGCGTG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 980674 980688 7.63e-05 0.142 AATTGTATGGGCGTG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 932249 932263 7.71e-05 0.143 TTGTGTTCAGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 107361 107375 7.8e-05 0.144 AGGTGCATTGGTCTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 108901 108915 7.88e-05 0.145 ATGTGTTTGGATGAT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 1028879 1028893 8.01e-05 0.147 AAATGTGAAGATGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 311484 311498 8.41e-05 0.153 GCATGGATGGATGCA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 779850 779864 8.41e-05 0.153 GTATGTATGGGCTGA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI + 356347 356361 8.46e-05 0.153 GAGTGCGAGGATGTC
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 222109 222123 8.51e-05 0.153 AAAGGTACTGGTGAA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 253945 253959 8.65e-05 0.155 TTATGTCTGGGCGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 483407 483421 8.75e-05 0.157 GTGTGCCAGGATGTA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 594369 594383 8.79e-05 0.157 TGAGGCCCGGGTTCG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 236645 236659 8.89e-05 0.157 CAGTGTCTGGGTGAG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 411461 411475 8.89e-05 0.157 GGTGGTGTGGGTGGG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 301307 301321 9.08e-05 0.159 GTGTGTGTGTGTGTT
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 399443 399457 9.08e-05 0.159 CTATGTACGTATGGA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 399443 399457 9.08e-05 0.159 CTATGTACGTATGGA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 216473 216487 9.28e-05 0.162 CGGTGCCTGGGTTGA
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 220123 220137 9.33e-05 0.162 TTGTGTATGTATGTG
DRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 149094 149108 9.43e-05 0.163 AAATGTATGGGCTAA
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--TEC1/fimo_out_3 --bgfile /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--TEC1/background --motif DRATGTAYGGRTGTW /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--TEC1/meme_out/meme.xml /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--TEC1/YJM789--TEC1.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--TEC1/fimo_out_3
    MEME file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--TEC1/meme_out/meme.xml
    sequence file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--TEC1/YJM789--TEC1.fa
  
  

    background file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--TEC1/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

Go to top