Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--SRB8/YJM789--SRB8.fa
Database contains 628 sequences, 211136 residues

MOTIFS /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--SRB8/meme_out/meme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
DTGGCCVAGTKGKTWARGSG 20 TTGGCCCAGTGGGTTAAGGG
TCGAACCSVKGAYCTYMYGRTTAHWAGKS 29 TCGAACCCATGACCTTCCGATTACAAGGC
WRATGTAYGGRTGTW 15 AGATGTATGGGTGTA

Random model letter frequencies (/srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--SRB8/background):
A 0.304 C 0.196 G 0.196 T 0.304

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 650979 650993 7.31e-09 0.00137 AAATGTACGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 932257 932271 1.15e-08 0.00137 AGATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 383099 383113 1.27e-08 0.00137 TGATGTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 1355837 1355851 1.95e-08 0.00137 AAATGTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 157586 157600 2.63e-08 0.00137 AGATGTATGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 932265 932279 2.63e-08 0.00137 GGATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 932273 932287 2.63e-08 0.00137 GGATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 157603 157617 2.71e-08 0.00137 AAGTGTACGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 296964 296978 3.9e-08 0.00175 AGATGTATGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 229652 229666 8.87e-08 0.00228 TGATGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 593083 593097 8.87e-08 0.00228 AGATGTATGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVI + 65165 65179 9.33e-08 0.00228 ATATGTACGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 79946 79960 9.33e-08 0.00228 ATATGTACGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 222133 222147 9.57e-08 0.00228 GGGTGTACGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 224188 224202 1.04e-07 0.00228 AAATGTATGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 225543 225557 1.04e-07 0.00228 GAATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 262963 262977 1.04e-07 0.00228 AAATGTATGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 126100 126114 1.11e-07 0.00228 AGGTGTACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 108919 108933 1.2e-07 0.00228 AAATGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 415681 415695 1.26e-07 0.00228 AAATGCATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 89799 89813 1.27e-07 0.00228 GGGTGTATGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 396377 396391 1.29e-07 0.00228 AAGTGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX - 68348 68362 1.35e-07 0.00228 TAATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 431492 431506 1.35e-07 0.00228 TAGTGTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 1028905 1028919 1.55e-07 0.00234 AAATGTACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 555508 555522 1.61e-07 0.00234 TAATGCACGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 794653 794667 1.61e-07 0.00234 ATATGTATGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 146082 146096 1.64e-07 0.00234 TGGTGTATGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 241805 241819 1.73e-07 0.00234 ATATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 679008 679022 1.73e-07 0.00234 ATATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrI + 82108 82122 1.88e-07 0.00245 AGGTGCACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI + 378838 378852 2.02e-07 0.00255 GAATGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 45168 45182 2.53e-07 0.00292 GAATGTACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 505999 506013 2.53e-07 0.00292 AAATGTATGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 1359594 1359608 2.53e-07 0.00292 TAATGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVI + 224055 224069 2.77e-07 0.00299 GTATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 732102 732116 2.77e-07 0.00299 AAAGGTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 305983 305997 2.89e-07 0.00299 AAATGTGTGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 181493 181507 2.95e-07 0.00299 TAATGTATGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 551526 551540 3.15e-07 0.00299 AAATGTATGGGTGCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 1355861 1355875 3.15e-07 0.00299 GAATGTATGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 282655 282669 3.18e-07 0.00299 AGATGTACAGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 605914 605928 3.18e-07 0.00299 AGATGTACAGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 703449 703463 3.3e-07 0.00301 GGATGCATGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 93110 93124 3.35e-07 0.00301 ATGTGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 404704 404718 3.79e-07 0.00333 TGATGCATGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI + 76541 76555 3.99e-07 0.00343 GGATGTACGGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 254345 254359 4.48e-07 0.00378 ATATGCACGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 932298 932312 4.76e-07 0.00393 TAATGCACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 149316 149330 5.09e-07 0.00412 GGGTGTATGGATGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 535002 535016 5.38e-07 0.00419 AAATGCACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 781654 781668 5.38e-07 0.00419 AAATGCACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 69178 69192 5.55e-07 0.00421 TGGGGTACGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 922343 922357 5.7e-07 0.00421 ATATGTACGGGTGTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 254326 254340 5.99e-07 0.00421 AGATGTATGGGTTCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 477232 477246 5.99e-07 0.00421 AAATGTGTGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVI + 221918 221932 6.04e-07 0.00421 AAATGTACGGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 901538 901552 6.04e-07 0.00421 AAATGTACGGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 713370 713384 6.17e-07 0.00423 ATATGTACGGATGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 225530 225544 7.86e-07 0.0053 TAATGCACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 406369 406383 8.22e-07 0.00545 AAAGGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 130747 130761 8.41e-07 0.00546 AAATGTGCGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV - 330948 330962 8.77e-07 0.00546 AGATGTAAGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 217312 217326 8.84e-07 0.00546 AAATGTACGGGTTCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 726585 726599 9.02e-07 0.00546 TAGGGTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 726602 726616 9.02e-07 0.00546 TAGGGTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 607994 608008 9.07e-07 0.00546 GGATGTATGGATGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 341441 341455 9.22e-07 0.00546 AAATGTACGGATGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 140673 140687 9.45e-07 0.00546 AAAGGTATGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 732204 732218 9.45e-07 0.00546 CGATGTGCGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 522301 522315 9.92e-07 0.00565 TTGTGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 366235 366249 1.05e-06 0.0059 ATATGTGTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 483546 483560 1.16e-06 0.00643 TGATGTATGGGTGAT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 754570 754584 1.19e-06 0.00651 GGATGTATGGGGGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 794635 794649 1.21e-06 0.00653 AGATGTTCGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 160172 160186 1.24e-06 0.00662 TGGGGTATGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI + 378813 378827 1.28e-06 0.00662 AAATGTATGGGTTCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 281764 281778 1.28e-06 0.00662 AAGTGTAAGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 551617 551631 1.34e-06 0.00685 TAATGTATGGGTGCC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 788527 788541 1.36e-06 0.00685 GTATGCACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 229628 229642 1.37e-06 0.00685 ATATGTATGGGTTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 358247 358261 1.51e-06 0.00744 TAATGTATGGGTGGT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 63316 63330 1.58e-06 0.00772 AAATGTTCGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 371353 371367 1.7e-06 0.00821 AGGTGCATGGGTGCC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 277225 277239 1.72e-06 0.00821 GGGTGTATGGGTCTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVI + 95634 95648 1.8e-06 0.00846 CGGTGTGTGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 302827 302841 1.84e-06 0.00848 GGATGTCTGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII + 78540 78554 1.87e-06 0.00848 GGAGGCACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 796632 796646 1.87e-06 0.00848 GGAGGCACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 48901 48915 1.91e-06 0.00848 AGATGTACGGATCTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 444603 444617 1.91e-06 0.00848 TAATGTACGGATTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 168186 168200 1.93e-06 0.00851 ATAGGCACGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 89779 89793 1.99e-06 0.00867 AAGTGTAAGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 75151 75165 2.08e-06 0.00886 AAATGTACAGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 438756 438770 2.08e-06 0.00886 AAATGTATGGATGGT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 85298 85312 2.16e-06 0.009 AGGGGTATGGGTGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 444619 444633 2.16e-06 0.009 AGAGGTACGGATGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 423270 423284 2.28e-06 0.00943 AGGTGTACGGAGGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 1451081 1451095 2.34e-06 0.00956 ATATGTACAGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX + 254356 254370 2.47e-06 0.00999 GAATGTGTGGGTGCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 241826 241840 2.56e-06 0.0103 GAATGCATGGGTTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII + 178470 178484 2.71e-06 0.0106 AAATGTACAGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 45186 45200 2.72e-06 0.0106 GTATGTTTGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 1301107 1301121 2.73e-06 0.0106 CAGTGCACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 217417 217431 2.77e-06 0.0107 AAATGTTTGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 332523 332537 2.83e-06 0.0107 AATTGTATGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 382303 382317 2.83e-06 0.0107 TGATGTCCGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 298716 298730 2.95e-06 0.011 TAATGTCTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 75516 75530 3.02e-06 0.0112 TGAGGTGTGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 61071 61085 3.07e-06 0.0113 GGGTGTACAGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 149080 149094 3.19e-06 0.0116 TGGTGCATGGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 161244 161258 3.23e-06 0.0116 CGATGTATGGGTTTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 53733 53747 3.29e-06 0.0116 TGGTGTTCGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX - 316350 316364 3.29e-06 0.0116 TAATGTATGGGTTCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 649132 649146 3.29e-06 0.0116 TAATGTATGGGTTCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX + 99808 99822 3.32e-06 0.0116 AAATGTACTGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 539103 539117 3.47e-06 0.012 AGGGGTGTGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 308222 308236 3.54e-06 0.0121 ATATGTAAGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 310684 310698 3.6e-06 0.0122 TGGTGTACAGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 897859 897873 3.69e-06 0.0125 GGAGGTACAGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 1025874 1025888 3.74e-06 0.0125 TGATGAATGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 93084 93098 3.76e-06 0.0125 AAATGTACGGGTTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 270485 270499 3.86e-06 0.0126 GTATGTATGGGTGAT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 477213 477227 3.86e-06 0.0126 GAATGTACGGAGGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 313494 313508 3.93e-06 0.0127 AGATGTGCAGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 53717 53731 3.95e-06 0.0127 ATATGTGTGGGTGTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 553071 553085 4.27e-06 0.0135 AGATGTATGGGTCTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 149304 149318 4.27e-06 0.0135 GTATGTATGGGTGGG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 522276 522290 4.35e-06 0.0137 TAATGTACAGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 604299 604313 4.54e-06 0.0141 AAATGTACAGATGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 188788 188802 4.6e-06 0.0142 CGATGCATGGGTTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 1028396 1028410 4.76e-06 0.0146 TGGTGCATGGGTGAT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 498671 498685 4.86e-06 0.0147 GGATGCACGGAGGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII + 163645 163659 4.9e-06 0.0147 GGGTGCGTGGGTGCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 366217 366231 4.9e-06 0.0147 AAAGGTACGGATTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 505317 505331 4.97e-06 0.0147 ATATGTTTGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 674052 674066 5.01e-06 0.0147 TGGTGCATGGGTCTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 75558 75572 5.01e-06 0.0147 TGATGTATGGGCGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 1401431 1401445 5.06e-06 0.0147 ATATGTGTGGGTGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI + 619009 619023 5.23e-06 0.0151 AGAGGCACGGATGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 438733 438747 5.68e-06 0.0163 TGGTGCACAGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 305999 306013 5.72e-06 0.0163 GGATGTGTGGGTTTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 73580 73594 5.85e-06 0.0164 TGGTGCAAGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 281748 281762 5.85e-06 0.0164 AGAGGTAAGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 383116 383130 6e-06 0.0167 GGATGTTCGGATGTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 649147 649161 6.11e-06 0.0168 CGTTGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 866754 866768 6.11e-06 0.0168 GTTTGTATGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 411433 411447 6.26e-06 0.0171 CGGGGTGTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 216449 216463 6.56e-06 0.0178 GGGTGCTCGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 175180 175194 6.66e-06 0.018 TGATGTATGGGTCTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 262943 262957 6.87e-06 0.0184 AAATGTACTGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 224213 224227 7.11e-06 0.0189 GTGTGTACGGATTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 117368 117382 7.21e-06 0.0189 ATATGTATGGGTCTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 866736 866750 7.21e-06 0.0189 GAATGCTTGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 495376 495390 7.42e-06 0.0194 GGAGGTTTGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 391992 392006 8.4e-06 0.0218 GGAGGTCTGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 406489 406503 8.57e-06 0.0221 TAAGGTATGGATGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 505292 505306 8.64e-06 0.0221 TTGTGTATGGGTTTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 94633 94647 8.71e-06 0.0222 TATTGCATGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 216457 216471 9.61e-06 0.0243 GAAGGCGCGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 499431 499445 9.68e-06 0.0243 TGGTGCACTGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 270524 270538 9.95e-06 0.0249 GGATGTAAAGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 604283 604297 1.08e-05 0.0268 AAATGTACGGATTAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 505986 506000 1.08e-05 0.0268 AAATGTCTGGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 297055 297069 1.1e-05 0.027 TGATGTACTGGTGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 495393 495407 1.14e-05 0.0277 TAATGTACGGATTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 555524 555538 1.14e-05 0.0277 AAGTGTTTGGGTTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 551601 551615 1.18e-05 0.0283 ATATGTACTGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 774511 774525 1.19e-05 0.0285 CAAGGTGTGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 396395 396409 1.25e-05 0.0295 AAATGTTTGGGTTCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 146112 146126 1.26e-05 0.0295 TAGTGTACTGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 608012 608026 1.26e-05 0.0295 ATATGTATGGGTTAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 651444 651458 1.26e-05 0.0295 ATATGTATGGGTTAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 579224 579238 1.41e-05 0.0326 AAATGTTTGGGTCTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 140710 140724 1.41e-05 0.0326 TGGGGTATGGGGGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 779863 779877 1.44e-05 0.0331 GATTGTATGGGTTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 836179 836193 1.48e-05 0.0339 AGAGGTGTGGGTTCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 618981 618995 1.5e-05 0.0341 AGTTGTCTGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII + 163675 163689 1.51e-05 0.0342 TATGGTATGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 282672 282686 1.52e-05 0.0342 AAATGTACGGAGGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 362348 362362 1.63e-05 0.0365 TATTGTATGGGTTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 90245 90259 1.71e-05 0.0379 GAATGTTCAGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 126114 126128 1.73e-05 0.0379 AAATGTAAAGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX - 257503 257517 1.73e-05 0.0379 TGTTGTTTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 85269 85283 1.81e-05 0.0395 CAAGGTCTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 920070 920084 1.82e-05 0.0395 ATATGTTTGGGTTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 1028411 1028425 1.84e-05 0.0397 AAATGTATGGGTCAT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX - 257531 257545 1.85e-05 0.0397 CGGTGTACAGATGTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 922317 922331 1.85e-05 0.0397 TGAGGTATGGGTTCC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 168033 168047 2.03e-05 0.0432 ATATGTCTGGGTTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 700725 700739 2.14e-05 0.0448 GGAGGCGCGGGTTCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 700725 700739 2.14e-05 0.0448 GGAGGCGCGGGTTCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 700725 700739 2.14e-05 0.0448 GGAGGCGCGGGTTCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 253976 253990 2.29e-05 0.0477 CGGTGTACGGATTAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 879359 879373 2.3e-05 0.0477 GTATGCATGGGCGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 551541 551555 2.42e-05 0.05 TAATGTACAGATTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 424306 424320 2.45e-05 0.0503 CAATGTACGTGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 109898 109912 2.49e-05 0.0505 TGGTTTATGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 700258 700272 2.49e-05 0.0505 CTGTGCTTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 504798 504812 2.51e-05 0.0508 TGATGTTTGGGTCTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 355027 355041 2.53e-05 0.0508 GTATGTATGGGGTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVI + 65142 65156 2.55e-05 0.0508 TAATTTATGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 158398 158412 2.55e-05 0.0508 GTGTGCACGGGTTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 780705 780719 2.63e-05 0.0522 TAATGTATAGGTTCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 67911 67925 2.66e-05 0.0526 CGGTGCACGGATTTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 646536 646550 2.77e-05 0.0543 ATGTGCAAGGGTGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 158419 158433 2.86e-05 0.0553 TTATGTACAGATTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV - 241561 241575 2.86e-05 0.0553 TGGTGTTTAGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 491129 491143 2.86e-05 0.0553 GAATGATTGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 920088 920102 2.88e-05 0.0554 TTATGTCTGGGTTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 978936 978950 2.89e-05 0.0555 GGATGAATGGGTTCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 1401416 1401430 3.04e-05 0.0581 AAATGATTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 168050 168064 3.06e-05 0.0582 AGAGGTACTGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 103985 103999 3.2e-05 0.0605 ATATGTAAAGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 781636 781650 3.28e-05 0.0612 AATTGTGTGGGTTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 592534 592548 3.3e-05 0.0612 GGATGCAAGGGTTCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 617988 618002 3.3e-05 0.0612 GGATGCAAGGGTTCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 732159 732173 3.3e-05 0.0612 GGATGCAAGGGTTCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 700132 700146 3.41e-05 0.0629 TGATGTAAGGATTCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 382359 382373 3.49e-05 0.0641 GGAGGAATGGGTGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 1301123 1301137 3.6e-05 0.0658 GGATGTTTGGGTTGT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 117384 117398 3.68e-05 0.0671 AAAGTTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 585792 585806 3.86e-05 0.0701 CAGGGTACTGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 1019141 1019155 3.96e-05 0.0715 TAATGTTTGGGTTTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 75168 75182 4.03e-05 0.0725 ATGTTTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 308202 308216 4.45e-05 0.0793 AAATGTATGGGTCAC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 593066 593080 4.45e-05 0.0793 AGATGTATGGAGTTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 222109 222123 4.75e-05 0.0843 AAAGGTACTGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 932249 932263 4.8e-05 0.0848 TTGTGTTCAGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 310699 310713 4.91e-05 0.0863 TAATGTGTGGGTCCC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 968267 968281 4.97e-05 0.087 GGGTGCGTGGGCGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 108901 108915 5.12e-05 0.0892 ATGTGTTTGGATGAT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 406385 406399 5.2e-05 0.0903 AAATGTTTGGAGGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII - 178488 178502 5.35e-05 0.0925 CGGTGTACGGACTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 552858 552872 5.39e-05 0.0927 GGTGGTAAGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 701141 701155 5.82e-05 0.099 AGATGCAAGGATTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 701141 701155 5.82e-05 0.099 AGATGCAAGGATTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 701141 701155 5.82e-05 0.099 AGATGCAAGGATTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 253945 253959 5.92e-05 0.1 TTATGTCTGGGCGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX - 69542 69556 5.99e-05 0.101 AAATGTATAGATTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 520362 520376 6.01e-05 0.101 CGAGGCCTGGGTGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 1028879 1028893 6.15e-05 0.103 AAATGTGAAGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 980674 980688 6.29e-05 0.105 AATTGTATGGGCGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 282131 282145 6.46e-05 0.107 AGAGGAGTGGATGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 700167 700181 6.49e-05 0.107 TGGTGTGTGGGGGAT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 856862 856876 6.49e-05 0.107 CGGTGTATGGGCGGG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 308139 308153 6.82e-05 0.112 ACATGTATGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 779901 779915 6.85e-05 0.112 TGGGGTATGGGGGGG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV - 330968 330982 7e-05 0.114 AAATGTCTAGGTTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 579204 579218 7.83e-05 0.127 TGGTTTATGGGTGGT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 415665 415679 8.21e-05 0.132 TAATGTCTGGATGAC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 821945 821959 8.21e-05 0.132 TTGTGTACAGATGAG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 431511 431525 8.43e-05 0.135 TGATGTCAAGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 754587 754601 8.96e-05 0.143 TTATGTTTGGGTTAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 594369 594383 9.01e-05 0.143 TGAGGCCCGGGTTCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 149094 149108 9.29e-05 0.147 AAATGTATGGGCTAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 287278 287292 9.49e-05 0.149 AAATGTGCAGGGGCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 520454 520468 9.68e-05 0.151 TGTTGTTTGGGTTTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 520454 520468 9.68e-05 0.151 TGTTGTTTGGGTTTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 362325 362339 9.73e-05 0.151 GGATGTCAAGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 301301 301315 9.88e-05 0.153 ATATGTGTGTGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI + 102230 102244 9.93e-05 0.153 GATGGTACTGGTGTT
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--SRB8/fimo_out_3 --bgfile /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--SRB8/background --motif WRATGTAYGGRTGTW /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--SRB8/meme_out/meme.xml /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--SRB8/YJM789--SRB8.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--SRB8/fimo_out_3
    MEME file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--SRB8/meme_out/meme.xml
    sequence file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--SRB8/YJM789--SRB8.fa
  
  

    background file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--SRB8/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

Go to top