Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--ARR1/YJM789--ARR1.fa
Database contains 449 sequences, 136314 residues

MOTIFS /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--ARR1/meme_out/meme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
BBNBDTGGYBYAGTGGKTA 19 CCCTGTGGCCTAGTGGTTA
CCSVYRAYCTYCWSATTANDAGTSWGACGC 30 CCCATGATCTTCTGATTAATAGTCAGACGC
WRATGTAYGGRTGTW 15 AGATGTATGGGTGTA

Random model letter frequencies (/srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--ARR1/background):
A 0.310 C 0.190 G 0.190 T 0.310

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 932257 932271 8.46e-09 0.000918 AGATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 383099 383113 1.54e-08 0.000918 TGATGTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 932265 932279 1.62e-08 0.000918 GGATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 932273 932287 1.62e-08 0.000918 GGATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 157586 157600 2.15e-08 0.000918 AGATGTATGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 1355837 1355851 2.43e-08 0.000918 AAATGTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 296964 296978 2.51e-08 0.000918 AGATGTATGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 157603 157617 2.89e-08 0.000925 AAGTGTACGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 222133 222147 4.17e-08 0.00119 GGGTGTACGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 89799 89813 7.37e-08 0.00161 GGGTGTATGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 593083 593097 7.65e-08 0.00161 AGATGTATGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 126100 126114 8.39e-08 0.00161 AGGTGTACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 225543 225557 9.53e-08 0.00161 GAATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 224188 224202 1.1e-07 0.00161 AAATGTATGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 262963 262977 1.1e-07 0.00161 AAATGTATGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 415681 415695 1.14e-07 0.00161 AAATGCATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 229652 229666 1.16e-07 0.00161 TGATGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrI + 82108 82122 1.21e-07 0.00161 AGGTGCACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 396377 396391 1.24e-07 0.00161 AAGTGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVI + 65165 65179 1.32e-07 0.00161 ATATGTACGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 79946 79960 1.32e-07 0.00161 ATATGTACGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 108919 108933 1.4e-07 0.00163 AAATGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 146082 146096 1.53e-07 0.0017 TGGTGTATGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 431492 431506 1.6e-07 0.00171 TAGTGTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 1028905 1028919 1.71e-07 0.00176 AAATGTACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX - 68348 68362 1.87e-07 0.00178 TAATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 555508 555522 1.94e-07 0.00178 TAATGCACGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI + 378838 378852 2.04e-07 0.00178 GAATGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 679008 679022 2.08e-07 0.00178 ATATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 241805 241819 2.08e-07 0.00178 ATATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 703449 703463 2.47e-07 0.00198 GGATGCATGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 45168 45182 2.47e-07 0.00198 GAATGTACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 505999 506013 2.7e-07 0.00199 AAATGTATGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 732102 732116 2.76e-07 0.00199 AAAGGTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVI + 224055 224069 2.8e-07 0.00199 GTATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 551526 551540 2.8e-07 0.00199 AAATGTATGGGTGCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 305983 305997 3e-07 0.00203 AAATGTGTGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 404704 404718 3.01e-07 0.00203 TGATGCATGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 1355861 1355875 3.14e-07 0.00207 GAATGTATGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 93110 93124 3.39e-07 0.00217 ATGTGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 1359594 1359608 3.64e-07 0.00227 TAATGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 149316 149330 3.9e-07 0.00233 GGGTGTATGGATGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 818997 819011 3.9e-07 0.00233 ATATGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI + 76541 76555 4.1e-07 0.00239 GGATGTACGGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 181493 181507 4.32e-07 0.00241 TAATGTATGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 282655 282669 4.42e-07 0.00241 AGATGTACAGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 605914 605928 4.42e-07 0.00241 AGATGTACAGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 607994 608008 4.61e-07 0.00245 GGATGTATGGATGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 254345 254359 4.68e-07 0.00245 ATATGCACGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 535002 535016 4.99e-07 0.00251 AAATGCACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 781654 781668 4.99e-07 0.00251 AAATGCACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 932298 932312 5.32e-07 0.00262 TAATGCACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 713370 713384 5.84e-07 0.00283 ATATGTACGGATGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 341441 341455 6.19e-07 0.00294 AAATGTACGGATGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 477232 477246 6.32e-07 0.00295 AAATGTGTGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 922343 922357 6.8e-07 0.00312 ATATGTACGGGTGTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 254326 254340 7.34e-07 0.0033 AGATGTATGGGTTCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVI + 221918 221932 8.19e-07 0.00362 AAATGTACGGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 406369 406383 8.68e-07 0.00371 AAAGGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 732204 732218 8.68e-07 0.00371 CGATGTGCGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 130747 130761 9.14e-07 0.00371 AAATGTGCGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 225530 225544 9.14e-07 0.00371 TAATGCACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 726585 726599 9.63e-07 0.00371 TAGGGTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 726602 726616 9.63e-07 0.00371 TAGGGTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 160172 160186 9.69e-07 0.00371 TGGGGTATGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 6347 6361 9.96e-07 0.00371 TGGTGTGTGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 302827 302841 9.96e-07 0.00371 GGATGTCTGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 754570 754584 1e-06 0.00371 GGATGTATGGGGGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 140673 140687 1.01e-06 0.00371 AAAGGTATGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 277225 277239 1.01e-06 0.00371 GGGTGTATGGGTCTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV - 330948 330962 1.03e-06 0.00371 AGATGTAAGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 85298 85312 1.1e-06 0.00393 AGGGGTATGGGTGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 110676 110690 1.19e-06 0.00401 AGGTGTCTGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 366235 366249 1.2e-06 0.00401 ATATGTGTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 444619 444633 1.22e-06 0.00401 AGAGGTACGGATGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 63316 63330 1.25e-06 0.00401 AAATGTTCGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 217312 217326 1.25e-06 0.00401 AAATGTACGGGTTCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 371353 371367 1.25e-06 0.00401 AGGTGCATGGGTGCC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 522301 522315 1.25e-06 0.00401 TTGTGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 788527 788541 1.25e-06 0.00401 GTATGCACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII + 78540 78554 1.29e-06 0.00402 GGAGGCACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 796632 796646 1.29e-06 0.00402 GGAGGCACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 358247 358261 1.3e-06 0.00403 TAATGTATGGGTGGT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 48901 48915 1.47e-06 0.00442 AGATGTACGGATCTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 438756 438770 1.47e-06 0.00442 AAATGTATGGATGGT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVI + 95634 95648 1.51e-06 0.0045 CGGTGTGTGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 1000456 1000470 1.53e-06 0.0045 AGGTGTTTGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 281764 281778 1.56e-06 0.00454 AAGTGTAAGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 551617 551631 1.72e-06 0.00495 TAATGTATGGGTGCC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI + 378813 378827 1.74e-06 0.00496 AAATGTATGGGTTCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 168186 168200 1.9e-06 0.00531 ATAGGCACGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 423270 423284 1.9e-06 0.00531 AGGTGTACGGAGGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX + 254356 254370 1.94e-06 0.00535 GAATGTGTGGGTGCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 229628 229642 1.96e-06 0.00535 ATATGTATGGGTTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 45186 45200 2.09e-06 0.00563 GTATGTTTGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 382303 382317 2.14e-06 0.00573 TGATGTCCGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 539103 539117 2.21e-06 0.00585 AGGGGTGTGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 217417 217431 2.36e-06 0.00617 AAATGTTTGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 1301107 1301121 2.4e-06 0.00621 CAGTGCACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 149304 149318 2.49e-06 0.00634 GTATGTATGGGTGGG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 89779 89793 2.51e-06 0.00634 AAGTGTAAGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 75151 75165 2.53e-06 0.00634 AAATGTACAGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 53733 53747 2.55e-06 0.00634 TGGTGTTCGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 298716 298730 2.6e-06 0.00636 TAATGTCTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 241826 241840 2.63e-06 0.00636 GAATGCATGGGTTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 1025874 1025888 2.63e-06 0.00636 TGATGAATGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII + 163645 163659 2.73e-06 0.00647 GGGTGCGTGGGTGCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI + 619009 619023 2.73e-06 0.00647 AGAGGCACGGATGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 75516 75530 2.85e-06 0.00671 TGAGGTGTGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 444603 444617 2.88e-06 0.00671 TAATGTACGGATTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 1004245 1004259 3.1e-06 0.00716 GGGTGCAAGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 61071 61085 3.17e-06 0.00716 GGGTGTACAGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 149080 149094 3.17e-06 0.00716 TGGTGCATGGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 553071 553085 3.19e-06 0.00716 AGATGTATGGGTCTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 161244 161258 3.21e-06 0.00716 CGATGTATGGGTTTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 93084 93098 3.32e-06 0.00735 AAATGTACGGGTTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 674052 674066 3.5e-06 0.00752 TGGTGCATGGGTCTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 216449 216463 3.58e-06 0.00752 GGGTGCTCGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 321797 321811 3.58e-06 0.00752 TGGTGTACGGAGGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 498671 498685 3.58e-06 0.00752 GGATGCACGGAGGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 477213 477227 3.61e-06 0.00752 GAATGTACGGAGGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 505317 505331 3.61e-06 0.00752 ATATGTTTGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 1401431 1401445 3.64e-06 0.00752 ATATGTGTGGGTGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 1451081 1451095 3.64e-06 0.00752 ATATGTACAGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 332523 332537 3.8e-06 0.0078 AATTGTATGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII + 178470 178484 3.84e-06 0.00782 AAATGTACAGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 383116 383130 3.93e-06 0.00793 GGATGTTCGGATGTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 495376 495390 4.05e-06 0.00812 GGAGGTTTGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 897859 897873 4.09e-06 0.00813 GGAGGTACAGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 53717 53731 4.13e-06 0.00814 ATATGTGTGGGTGTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI + 135624 135638 4.19e-06 0.00819 GGGTGCACGGATTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 391992 392006 4.21e-06 0.00819 GGAGGTCTGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 764143 764157 4.3e-06 0.00829 GAGTGTCTGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 313494 313508 4.5e-06 0.00861 AGATGTGCAGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 866736 866750 4.63e-06 0.00872 GAATGCTTGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 270485 270499 4.67e-06 0.00872 GTATGTATGGGTGAT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 308222 308236 4.67e-06 0.00872 ATATGTAAGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 310684 310698 4.69e-06 0.00872 TGGTGTACAGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 305999 306013 4.82e-06 0.00885 GGATGTGTGGGTTTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 188788 188802 4.87e-06 0.00885 CGATGCATGGGTTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 1028396 1028410 4.87e-06 0.00885 TGGTGCATGGGTGAT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX - 316350 316364 5.08e-06 0.00905 TAATGTATGGGTTCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 411433 411447 5.08e-06 0.00905 CGGGGTGTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 649132 649146 5.08e-06 0.00905 TAATGTATGGGTTCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 604299 604313 5.18e-06 0.00917 AAATGTACAGATGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 75558 75572 5.43e-06 0.00954 TGATGTATGGGCGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 117368 117382 5.53e-06 0.00965 ATATGTATGGGTCTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 366217 366231 5.66e-06 0.00981 AAAGGTACGGATTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 175180 175194 5.75e-06 0.0099 TGATGTATGGGTCTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 73580 73594 5.96e-06 0.0102 TGGTGCAAGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 903520 903534 6.03e-06 0.0102 TGGTGCATGGGTCCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 438733 438747 6.15e-06 0.0104 TGGTGCACAGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 281748 281762 6.33e-06 0.0106 AGAGGTAAGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 406489 406503 6.55e-06 0.0109 TAAGGTATGGATGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 321823 321837 6.73e-06 0.0111 AAAGGTATGGGGGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 522276 522290 6.78e-06 0.0111 TAATGTACAGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 649147 649161 7.3e-06 0.0119 CGTTGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 866754 866768 7.67e-06 0.0124 GTTTGTATGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 224213 224227 7.79e-06 0.0126 GTGTGTACGGATTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 216457 216471 7.84e-06 0.0126 GAAGGCGCGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX + 99808 99822 8.79e-06 0.014 AAATGTACTGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 505986 506000 9.21e-06 0.0146 AAATGTCTGGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 579224 579238 9.63e-06 0.0151 AAATGTTTGGGTCTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 505292 505306 9.79e-06 0.0153 TTGTGTATGGGTTTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 555524 555538 1e-05 0.0155 AAGTGTTTGGGTTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 6341 6355 1.02e-05 0.0157 GTGGGTGTGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 495393 495407 1.1e-05 0.0169 TAATGTACGGATTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 282672 282686 1.11e-05 0.0169 AAATGTACGGAGGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 94633 94647 1.12e-05 0.017 TATTGCATGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 774511 774525 1.17e-05 0.0177 CAAGGTGTGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 396395 396409 1.2e-05 0.018 AAATGTTTGGGTTCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 618981 618995 1.26e-05 0.0187 AGTTGTCTGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 140710 140724 1.28e-05 0.019 TGGGGTATGGGGGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 270524 270538 1.29e-05 0.019 GGATGTAAAGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 85269 85283 1.36e-05 0.02 CAAGGTCTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 604283 604297 1.43e-05 0.0208 AAATGTACGGATTAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 382359 382373 1.49e-05 0.0215 GGAGGAATGGGTGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 491129 491143 1.5e-05 0.0217 GAATGATTGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 836179 836193 1.51e-05 0.0217 AGAGGTGTGGGTTCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 262943 262957 1.57e-05 0.0223 AAATGTACTGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 90245 90259 1.62e-05 0.023 GAATGTTCAGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 819038 819052 1.64e-05 0.0231 TAATGTATGGGTTAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 608012 608026 1.71e-05 0.0239 ATATGTATGGGTTAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 651444 651458 1.71e-05 0.0239 ATATGTATGGGTTAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX - 257503 257517 1.76e-05 0.0243 TGTTGTTTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 158398 158412 1.79e-05 0.0243 GTGTGCACGGGTTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 700725 700739 1.79e-05 0.0243 GGAGGCGCGGGTTCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 1401416 1401430 1.79e-05 0.0243 AAATGATTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 297055 297069 1.8e-05 0.0243 TGATGTACTGGTGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 1028411 1028425 1.8e-05 0.0243 AAATGTATGGGTCAT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 700258 700272 1.83e-05 0.0244 CTGTGCTTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 920070 920084 1.83e-05 0.0244 ATATGTTTGGGTTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 499431 499445 1.85e-05 0.0244 TGGTGCACTGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 779863 779877 1.85e-05 0.0244 GATTGTATGGGTTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 168033 168047 1.89e-05 0.0248 ATATGTCTGGGTTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX - 257531 257545 1.9e-05 0.0248 CGGTGTACAGATGTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 481403 481417 1.9e-05 0.0248 AAGGGTTTGGATGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII + 163675 163689 1.93e-05 0.025 TATGGTATGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 978936 978950 2.07e-05 0.0266 GGATGAATGGGTTCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 922317 922331 2.08e-05 0.0267 TGAGGTATGGGTTCC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 1301123 1301137 2.25e-05 0.0287 GGATGTTTGGGTTGT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 67911 67925 2.33e-05 0.0296 CGGTGCACGGATTTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 126114 126128 2.37e-05 0.03 AAATGTAAAGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 362348 362362 2.47e-05 0.031 TATTGTATGGGTTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 253976 253990 2.48e-05 0.0311 CGGTGTACGGATTAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 551601 551615 2.57e-05 0.032 ATATGTACTGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 424306 424320 2.6e-05 0.0322 CAATGTACGTGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 355027 355041 2.73e-05 0.0337 GTATGTATGGGGTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV - 241561 241575 2.75e-05 0.0338 TGGTGTTTAGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 146112 146126 2.8e-05 0.0342 TAGTGTACTGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 520362 520376 2.9e-05 0.0353 CGAGGCCTGGGTGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 920088 920102 2.93e-05 0.0355 TTATGTCTGGGTTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 592534 592548 3.03e-05 0.0361 GGATGCAAGGGTTCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 617988 618002 3.03e-05 0.0361 GGATGCAAGGGTTCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 732159 732173 3.03e-05 0.0361 GGATGCAAGGGTTCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 968267 968281 3.06e-05 0.0364 GGGTGCGTGGGCGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 6335 6349 3.48e-05 0.0412 GTGGGTGTGGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 6303 6317 3.54e-05 0.0416 TGGTGAATGGGTCTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 406385 406399 3.67e-05 0.0428 AAATGTTTGGAGGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 551541 551555 3.67e-05 0.0428 TAATGTACAGATTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 856862 856876 3.82e-05 0.0443 CGGTGTATGGGCGGG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 700132 700146 3.93e-05 0.0454 TGATGTAAGGATTCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 1019141 1019155 3.95e-05 0.0454 TAATGTTTGGGTTTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 282131 282145 3.99e-05 0.0457 AGAGGAGTGGATGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 308202 308216 4.04e-05 0.0461 AAATGTATGGGTCAC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 781636 781650 4.07e-05 0.0462 AATTGTGTGGGTTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 779901 779915 4.2e-05 0.0475 TGGGGTATGGGGGGG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 158419 158433 4.27e-05 0.048 TTATGTACAGATTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 310699 310713 4.34e-05 0.0484 TAATGTGTGGGTCCC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 593066 593080 4.34e-05 0.0484 AGATGTATGGAGTTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 108901 108915 4.39e-05 0.0487 ATGTGTTTGGATGAT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 103985 103999 4.54e-05 0.0502 ATATGTAAAGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 903370 903384 4.59e-05 0.0505 GGAGGTGTAGGTGGT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 701141 701155 4.69e-05 0.0514 AGATGCAAGGATTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 924580 924594 4.74e-05 0.0517 TGGTGCACGGGCTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 700145 700159 4.79e-05 0.0518 GGGGGATTGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 932249 932263 4.79e-05 0.0518 TTGTGTTCAGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII - 178488 178502 5.01e-05 0.0537 CGGTGTACGGACTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 253945 253959 5.01e-05 0.0537 TTATGTCTGGGCGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 168050 168064 5.48e-05 0.0586 AGAGGTACTGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 552858 552872 5.83e-05 0.0621 GGTGGTAAGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 980674 980688 6.11e-05 0.0647 AATTGTATGGGCGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 82389 82403 6.3e-05 0.0665 TATGGTGCGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 700167 700181 6.33e-05 0.0666 TGGTGTGTGGGGGAT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 594369 594383 6.4e-05 0.0668 TGAGGCCCGGGTTCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 216473 216487 6.44e-05 0.0668 CGGTGCCTGGGTTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 308139 308153 6.44e-05 0.0668 ACATGTATGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 411461 411475 6.63e-05 0.0686 GGTGGTGTGGGTGGG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV - 330968 330982 7.09e-05 0.073 AAATGTCTAGGTTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 415665 415679 7.16e-05 0.0734 TAATGTCTGGATGAC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 1028879 1028893 7.48e-05 0.0764 AAATGTGAAGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 796605 796619 8.25e-05 0.084 TGGTGCAAGGATTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 431511 431525 8.34e-05 0.0842 TGATGTCAAGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 1019165 1019179 8.34e-05 0.0842 GTGGGTCTGGGTCCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 222109 222123 8.46e-05 0.0851 AAAGGTACTGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 168205 168219 8.5e-05 0.0852 TGATGTGTGGGCGGC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 362325 362339 8.54e-05 0.0853 GGATGTCAAGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 924728 924742 9.06e-05 0.09 CGGTGACTGGGTGCC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 287278 287292 9.15e-05 0.0906 AAATGTGCAGGGGCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 370715 370729 9.45e-05 0.0932 TGAGGTGAGGGTGGC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 754587 754601 9.63e-05 0.0947 TTATGTTTGGGTTAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 341425 341439 9.73e-05 0.0952 TTAGGACTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 79924 79938 9.97e-05 0.0972 GGAGGCATGGGTCAC
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--ARR1/fimo_out_3 --bgfile /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--ARR1/background --motif WRATGTAYGGRTGTW /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--ARR1/meme_out/meme.xml /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--ARR1/YJM789--ARR1.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--ARR1/fimo_out_3
    MEME file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--ARR1/meme_out/meme.xml
    sequence file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--ARR1/YJM789--ARR1.fa
  
  

    background file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--ARR1/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

Go to top