Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--AFT2/YJM789--AFT2.fa
Database contains 485 sequences, 150880 residues

MOTIFS /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--AFT2/meme_out/meme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
GGSCRAGTGGKTTARKGSDHM 21 GGCCGAGTGGTTTAGGGGTTA
TCGAACCSVKGAYCYYMYGRT 21 TCGAACCCGGGACCTTCCGAT
WRATGTAYGGRTGTW 15 AGATGTATGGGTGTA

Random model letter frequencies (/srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--AFT2/background):
A 0.307 C 0.193 G 0.193 T 0.307

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 932257 932271 1.08e-08 0.00124 AGATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 650979 650993 1.23e-08 0.00124 AAATGTACGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 383099 383113 1.69e-08 0.00124 TGATGTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 932265 932279 2.2e-08 0.00124 GGATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 932273 932287 2.2e-08 0.00124 GGATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 157603 157617 2.69e-08 0.00124 AAGTGTACGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 157586 157600 3.19e-08 0.00124 AGATGTATGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 1355837 1355851 3.54e-08 0.00124 AAATGTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 296964 296978 3.87e-08 0.00124 AGATGTATGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 222133 222147 5.2e-08 0.0015 GGGTGTACGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 10327 10341 6.02e-08 0.00158 TGATGCACGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 126100 126114 6.82e-08 0.00164 AGGTGTACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 593083 593097 8.07e-08 0.00172 AGATGTATGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrI + 82108 82122 9.42e-08 0.00172 AGGTGCACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 229652 229666 1.02e-07 0.00172 TGATGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 89799 89813 1.07e-07 0.00172 GGGTGTATGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 415681 415695 1.14e-07 0.00172 AAATGCATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 682055 682069 1.14e-07 0.00172 GGGTGTATGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 225543 225557 1.26e-07 0.00172 GAATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 555508 555522 1.28e-07 0.00172 TAATGCACGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 396377 396391 1.41e-07 0.00172 AAGTGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVI + 65165 65179 1.51e-07 0.00172 ATATGTACGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 79946 79960 1.51e-07 0.00172 ATATGTACGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 146082 146096 1.54e-07 0.00172 TGGTGTATGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 431492 431506 1.59e-07 0.00172 TAGTGTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 224188 224202 1.65e-07 0.00172 AAATGTATGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 262963 262977 1.65e-07 0.00172 AAATGTATGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 1028905 1028919 1.68e-07 0.00172 AAATGTACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 108919 108933 1.79e-07 0.00172 AAATGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX - 68348 68362 1.85e-07 0.00172 TAATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 703449 703463 1.85e-07 0.00172 GGATGCATGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII - 58869 58883 2.05e-07 0.00184 TGGTGCACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 45168 45182 2.45e-07 0.00205 GAATGTACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 404704 404718 2.52e-07 0.00205 TGATGCATGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI + 378838 378852 2.57e-07 0.00205 GAATGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 241805 241819 2.63e-07 0.00205 ATATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 679008 679022 2.63e-07 0.00205 ATATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 794653 794667 2.83e-07 0.00215 ATATGTATGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 505999 506013 3.05e-07 0.00226 AAATGTATGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 551526 551540 3.27e-07 0.00236 AAATGTATGGGTGCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 254345 254359 3.38e-07 0.00237 ATATGCACGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 1359594 1359608 3.53e-07 0.00238 TAATGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVI + 224055 224069 3.63e-07 0.00238 GTATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 181493 181507 3.69e-07 0.00238 TAATGTATGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 535002 535016 3.84e-07 0.00238 AAATGCACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 781654 781668 3.84e-07 0.00238 AAATGCACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 149316 149330 3.92e-07 0.00238 GGGTGTATGGATGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 93110 93124 3.97e-07 0.00238 ATGTGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 305983 305997 4.07e-07 0.00238 AAATGTGTGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 932298 932312 4.12e-07 0.00238 TAATGCACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI + 76541 76555 4.44e-07 0.00246 GGATGTACGGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 1355861 1355875 4.44e-07 0.00246 GAATGTATGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 282655 282669 4.72e-07 0.0025 AGATGTACAGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 605914 605928 4.72e-07 0.0025 AGATGTACAGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 818997 819011 4.78e-07 0.0025 ATATGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 607994 608008 4.9e-07 0.00252 GGATGTATGGATGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 69178 69192 5.02e-07 0.00254 TGGGGTACGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 732102 732116 5.17e-07 0.00257 AAAGGTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 254326 254340 5.82e-07 0.0028 AGATGTATGGGTTCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 280112 280126 5.82e-07 0.0028 AGGTGCACGGATGCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 341441 341455 6.08e-07 0.00287 AAATGTACGGATGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 922343 922357 6.62e-07 0.00308 ATATGTACGGGTGTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 477232 477246 6.82e-07 0.00312 AAATGTGTGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 225530 225544 7.2e-07 0.00324 TAATGCACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 713370 713384 7.65e-07 0.00339 ATATGTACGGATGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 371353 371367 8.19e-07 0.00358 AGGTGCATGGGTGCC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 732204 732218 8.33e-07 0.00358 CGATGTGCGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVI + 221918 221932 8.92e-07 0.00372 AAATGTACGGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 901538 901552 8.92e-07 0.00372 AAATGTACGGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 217312 217326 9.47e-07 0.0039 AAATGTACGGGTTCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV - 330948 330962 1.08e-06 0.00438 AGATGTAAGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 130747 130761 1.11e-06 0.00442 AAATGTGCGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 358247 358261 1.12e-06 0.00442 TAATGTATGGGTGGT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 522301 522315 1.19e-06 0.00464 TTGTGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVI + 95634 95648 1.21e-06 0.00464 CGGTGTGTGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 788527 788541 1.23e-06 0.00464 GTATGCACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 726585 726599 1.28e-06 0.00464 TAGGGTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 726602 726616 1.28e-06 0.00464 TAGGGTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 551617 551631 1.29e-06 0.00464 TAATGTATGGGTGCC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII + 78540 78554 1.3e-06 0.00464 GGAGGCACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 796632 796646 1.3e-06 0.00464 GGAGGCACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 160172 160186 1.32e-06 0.00464 TGGGGTATGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 794635 794649 1.34e-06 0.00464 AGATGTTCGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 85298 85312 1.38e-06 0.00466 AGGGGTATGGGTGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 406369 406383 1.38e-06 0.00466 AAAGGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 302827 302841 1.4e-06 0.00466 GGATGTCTGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 140673 140687 1.42e-06 0.00466 AAAGGTATGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 1062955 1062969 1.43e-06 0.00466 CGATGTGTGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 172930 172944 1.44e-06 0.00466 AAATGTACGGATTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI + 378813 378827 1.49e-06 0.00476 AAATGTATGGGTTCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 444619 444633 1.5e-06 0.00476 AGAGGTACGGATGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 754570 754584 1.53e-06 0.0048 GGATGTATGGGGGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 281764 281778 1.55e-06 0.0048 AAGTGTAAGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 366235 366249 1.58e-06 0.00484 ATATGTGTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 438756 438770 1.61e-06 0.00486 AAATGTATGGATGGT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 277225 277239 1.62e-06 0.00486 GGGTGTATGGGTCTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 382303 382317 1.81e-06 0.00539 TGATGTCCGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 1301107 1301121 1.85e-06 0.00544 CAGTGCACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 1000456 1000470 1.9e-06 0.00555 AGGTGTTTGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 63316 63330 1.96e-06 0.00564 AAATGTTCGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 229628 229642 2.02e-06 0.00575 ATATGTATGGGTTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 1025874 1025888 2.12e-06 0.00598 TGATGAATGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 48901 48915 2.22e-06 0.00613 AGATGTACGGATCTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 241826 241840 2.24e-06 0.00613 GAATGCATGGGTTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX + 254356 254370 2.24e-06 0.00613 GAATGTGTGGGTGCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 168186 168200 2.28e-06 0.0062 ATAGGCACGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 124511 124525 2.37e-06 0.00631 TAATGTACGGATTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 444603 444617 2.37e-06 0.00631 TAATGTACGGATTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII + 163645 163659 2.39e-06 0.00631 GGGTGCGTGGGTGCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 149080 149094 2.45e-06 0.00631 TGGTGCATGGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 1004245 1004259 2.45e-06 0.00631 GGGTGCAAGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 423270 423284 2.48e-06 0.00631 AGGTGTACGGAGGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 89779 89793 2.48e-06 0.00631 AAGTGTAAGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 93084 93098 2.57e-06 0.00649 AAATGTACGGGTTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI + 619009 619023 2.71e-06 0.00678 AGAGGCACGGATGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 149304 149318 2.77e-06 0.00689 GTATGTATGGGTGGG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 161244 161258 2.83e-06 0.00696 CGATGTATGGGTTTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 298716 298730 2.91e-06 0.00711 TAATGTCTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 75151 75165 2.96e-06 0.00718 AAATGTACAGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 53733 53747 2.99e-06 0.00718 TGGTGTTCGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI + 627541 627555 3.02e-06 0.00719 GGATGCGTGGGTGGT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI + 135624 135638 3.13e-06 0.00738 GGGTGCACGGATTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 217417 217431 3.19e-06 0.00747 AAATGTTTGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 188788 188802 3.39e-06 0.00783 CGATGCATGGGTTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 61071 61085 3.39e-06 0.00783 GGGTGTACAGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 45186 45200 3.42e-06 0.00783 GTATGTTTGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 674052 674066 3.66e-06 0.0083 TGGTGCATGGGTCTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX - 316350 316364 3.79e-06 0.00846 TAATGTATGGGTTCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 649132 649146 3.79e-06 0.00846 TAATGTATGGGTTCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 1028396 1028410 3.82e-06 0.00847 TGGTGCATGGGTGAT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 1401431 1401445 3.89e-06 0.00849 ATATGTGTGGGTGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 321797 321811 3.92e-06 0.00849 TGGTGTACGGAGGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 75516 75530 3.92e-06 0.00849 TGAGGTGTGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 498671 498685 4.02e-06 0.00859 GGATGCACGGAGGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 1451081 1451095 4.02e-06 0.00859 ATATGTACAGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 216449 216463 4.12e-06 0.00873 GGGTGCTCGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 310684 310698 4.24e-06 0.00891 TGGTGTACAGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 73580 73594 4.31e-06 0.009 TGGTGCAAGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII + 178470 178484 4.39e-06 0.0091 AAATGTACAGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 53717 53731 4.53e-06 0.00932 ATATGTGTGGGTGTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 332523 332537 4.57e-06 0.00934 AATTGTATGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 438733 438747 4.73e-06 0.0096 TGGTGCACAGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 383116 383130 4.88e-06 0.00983 GGATGTTCGGATGTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 308222 308236 5.05e-06 0.00996 ATATGTAAGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 313494 313508 5.05e-06 0.00996 AGATGTGCAGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 477213 477227 5.05e-06 0.00996 GAATGTACGGAGGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 575298 575312 5.13e-06 0.0101 TTGTGTGTGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 305999 306013 5.21e-06 0.0101 GGATGTGTGGGTTTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 903520 903534 5.38e-06 0.0104 TGGTGCATGGGTCCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 897859 897873 5.43e-06 0.0104 GGAGGTACAGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 270485 270499 5.56e-06 0.0105 GTATGTATGGGTGAT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 75558 75572 5.56e-06 0.0105 TGATGTATGGGCGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 882296 882310 5.65e-06 0.0106 CGGTGCACAGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 545555 545569 5.94e-06 0.0111 CGGTGCATGGGTGGC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 505317 505331 5.97e-06 0.0111 ATATGTTTGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 411433 411447 6.22e-06 0.0114 CGGGGTGTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 604299 604313 6.22e-06 0.0114 AAATGTACAGATGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 866736 866750 6.28e-06 0.0114 GAATGCTTGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 175180 175194 6.51e-06 0.0118 TGATGTATGGGTCTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 522276 522290 6.68e-06 0.012 TAATGTACAGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 366217 366231 6.88e-06 0.0123 AAAGGTACGGATTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 391992 392006 6.99e-06 0.0124 GGAGGTCTGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 224213 224227 7.42e-06 0.0131 GTGTGTACGGATTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 406489 406503 7.61e-06 0.0134 TAAGGTATGGATGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 495376 495390 7.9e-06 0.0137 GGAGGTTTGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 649147 649161 7.9e-06 0.0137 CGTTGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX + 99808 99822 8.02e-06 0.0138 AAATGTACTGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 216457 216471 8.08e-06 0.0138 GAAGGCGCGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 281748 281762 8.08e-06 0.0138 AGAGGTAAGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 495393 495407 8.21e-06 0.0139 TAATGTACGGATTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 117368 117382 8.97e-06 0.0151 ATATGTATGGGTCTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 505292 505306 9.04e-06 0.0151 TTGTGTATGGGTTTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 866754 866768 1.05e-05 0.0176 GTTTGTATGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 109898 109912 1.12e-05 0.0186 TGGTTTATGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 94633 94647 1.14e-05 0.0187 TATTGCATGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 505986 506000 1.14e-05 0.0187 AAATGTCTGGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 321823 321837 1.16e-05 0.0188 AAAGGTATGGGGGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 555524 555538 1.22e-05 0.0198 AAGTGTTTGGGTTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 499431 499445 1.23e-05 0.0198 TGGTGCACTGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 297055 297069 1.25e-05 0.02 TGATGTACTGGTGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 158398 158412 1.28e-05 0.0202 GTGTGCACGGGTTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 282672 282686 1.28e-05 0.0202 AAATGTACGGAGGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 270524 270538 1.29e-05 0.0204 GGATGTAAAGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 774511 774525 1.32e-05 0.0207 CAAGGTGTGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 396395 396409 1.33e-05 0.0207 AAATGTTTGGGTTCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 604283 604297 1.38e-05 0.0214 AAATGTACGGATTAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 819038 819052 1.47e-05 0.0226 TAATGTATGGGTTAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 67911 67925 1.51e-05 0.0228 CGGTGCACGGATTTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 262943 262957 1.51e-05 0.0228 AAATGTACTGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 618981 618995 1.51e-05 0.0228 AGTTGTCTGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 140710 140724 1.55e-05 0.0233 TGGGGTATGGGGGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 382359 382373 1.56e-05 0.0233 GGAGGAATGGGTGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 700725 700739 1.57e-05 0.0233 GGAGGCGCGGGTTCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 700725 700739 1.57e-05 0.0233 GGAGGCGCGGGTTCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 978936 978950 1.58e-05 0.0233 GGATGAATGGGTTCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX - 257531 257545 1.6e-05 0.0235 CGGTGTACAGATGTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 836179 836193 1.63e-05 0.0239 AGAGGTGTGGGTTCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVI + 65142 65156 1.7e-05 0.0248 TAATTTATGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 579224 579238 1.74e-05 0.0251 AAATGTTTGGGTCTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 608012 608026 1.75e-05 0.0251 ATATGTATGGGTTAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 651444 651458 1.75e-05 0.0251 ATATGTATGGGTTAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 922317 922331 1.77e-05 0.0253 TGAGGTATGGGTTCC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 85269 85283 1.81e-05 0.0256 CAAGGTCTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 491129 491143 1.88e-05 0.0266 GAATGATTGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 90245 90259 1.91e-05 0.0268 GAATGTTCAGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 700258 700272 1.97e-05 0.0275 CTGTGCTTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 253976 253990 2.01e-05 0.0279 CGGTGTACGGATTAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 146112 146126 2.02e-05 0.028 TAGTGTACTGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 168033 168047 2.07e-05 0.0286 ATATGTCTGGGTTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 779863 779877 2.16e-05 0.0296 GATTGTATGGGTTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 1401416 1401430 2.2e-05 0.0298 AAATGATTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 592534 592548 2.21e-05 0.0298 GGATGCAAGGGTTCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 617988 618002 2.21e-05 0.0298 GGATGCAAGGGTTCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 732159 732173 2.21e-05 0.0298 GGATGCAAGGGTTCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 920070 920084 2.3e-05 0.0309 ATATGTTTGGGTTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 75168 75182 2.41e-05 0.0318 ATGTTTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII + 163675 163689 2.41e-05 0.0318 TATGGTATGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 1301123 1301137 2.41e-05 0.0318 GGATGTTTGGGTTGT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX - 257503 257517 2.42e-05 0.0319 TGTTGTTTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 551601 551615 2.52e-05 0.0329 ATATGTACTGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 1028411 1028425 2.53e-05 0.0329 AAATGTATGGGTCAT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 126114 126128 2.55e-05 0.0329 AAATGTAAAGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 362348 362362 2.55e-05 0.0329 TATTGTATGGGTTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 117384 117398 2.78e-05 0.0358 AAAGTTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 424306 424320 2.87e-05 0.0365 CAATGTACGTGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 520362 520376 2.87e-05 0.0365 CGAGGCCTGGGTGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV - 241561 241575 2.89e-05 0.0365 TGGTGTTTAGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 920088 920102 2.89e-05 0.0365 TTATGTCTGGGTTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 700132 700146 3.06e-05 0.0385 TGATGTAAGGATTCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 579204 579218 3.1e-05 0.0388 TGGTTTATGGGTGGT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 355027 355041 3.29e-05 0.0409 GTATGTATGGGGTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 551541 551555 3.29e-05 0.0409 TAATGTACAGATTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 701141 701155 3.47e-05 0.0428 AGATGCAAGGATTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 701141 701155 3.47e-05 0.0428 AGATGCAAGGATTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 968267 968281 3.69e-05 0.0453 GGGTGCGTGGGCGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 158419 158433 3.89e-05 0.0475 TTATGTACAGATTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 924580 924594 4.01e-05 0.0484 TGGTGCACGGGCTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII + 11235 11249 4.03e-05 0.0484 TTATGAATGGGTTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 856862 856876 4.03e-05 0.0484 CGGTGTATGGGCGGG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 1019141 1019155 4.03e-05 0.0484 TAATGTTTGGGTTTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 103985 103999 4.3e-05 0.0514 ATATGTAAAGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 282131 282145 4.43e-05 0.0527 AGAGGAGTGGATGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 310699 310713 4.61e-05 0.0547 TAATGTGTGGGTCCC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 593066 593080 4.72e-05 0.0557 AGATGTATGGAGTTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 781636 781650 4.8e-05 0.0565 AATTGTGTGGGTTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 883276 883290 4.86e-05 0.0569 TAGTTCACGGGTGTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 216473 216487 4.89e-05 0.057 CGGTGCCTGGGTTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII - 178488 178502 4.91e-05 0.0571 CGGTGTACGGACTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 308202 308216 5.11e-05 0.0592 AAATGTATGGGTCAC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 779901 779915 5.23e-05 0.0603 TGGGGTATGGGGGGG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 682049 682063 5.26e-05 0.0604 ATGGGTGTGGGTGGC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 680564 680578 5.31e-05 0.0608 ATATGTATGTGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 903370 903384 5.62e-05 0.064 GGAGGTGTAGGTGGT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 932249 932263 5.68e-05 0.0644 TTGTGTTCAGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 796605 796619 5.71e-05 0.0644 TGGTGCAAGGATTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 370784 370798 5.75e-05 0.0644 TGGTTCATGGGTGGG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 594369 594383 5.75e-05 0.0644 TGAGGCCCGGGTTCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 883701 883715 5.87e-05 0.0656 TGATGAATGGGTCGT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 168050 168064 5.94e-05 0.0661 AGAGGTACTGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 108901 108915 6.04e-05 0.0669 ATGTGTTTGGATGAT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 406385 406399 6.17e-05 0.0681 AAATGTTTGGAGGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 253945 253959 6.38e-05 0.0702 TTATGTCTGGGCGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 700145 700159 6.8e-05 0.0746 GGGGGATTGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 700167 700181 7.25e-05 0.0789 TGGTGTGTGGGGGAT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 924728 924742 7.25e-05 0.0789 CGGTGACTGGGTGCC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 415665 415679 7.53e-05 0.0815 TAATGTCTGGATGAC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV - 330968 330982 7.86e-05 0.0848 AAATGTCTAGGTTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 161287 161301 8.23e-05 0.0886 TTGTTTCCGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 1028879 1028893 8.36e-05 0.0896 AAATGTGAAGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 431511 431525 8.54e-05 0.0911 TGATGTCAAGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 168205 168219 8.58e-05 0.0913 TGATGTGTGGGCGGC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 308139 308153 8.62e-05 0.0914 ACATGTATGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 370715 370729 8.94e-05 0.0944 TGAGGTGAGGGTGGC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 980674 980688 9.27e-05 0.0975 AATTGTATGGGCGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 411461 411475 9.32e-05 0.0977 GGTGGTGTGGGTGGG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 222109 222123 9.56e-05 0.0998 AAAGGTACTGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 362325 362339 9.66e-05 0.1 GGATGTCAAGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI + 280745 280759 9.71e-05 0.101 AGATGACCGGATTCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 302930 302944 9.75e-05 0.101 AAATTTTCGGATGTG
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--AFT2/fimo_out_3 --bgfile /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--AFT2/background --motif WRATGTAYGGRTGTW /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--AFT2/meme_out/meme.xml /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--AFT2/YJM789--AFT2.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--AFT2/fimo_out_3
    MEME file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--AFT2/meme_out/meme.xml
    sequence file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--AFT2/YJM789--AFT2.fa
  
  

    background file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/YJM789--AFT2/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

Go to top