Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4742--MOT3/BY4742--MOT3.fa
Database contains 850 sequences, 467554 residues

MOTIFS /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4742--MOT3/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
GRVTCGAA 8 GAATCGAA
TGTAYGGR 8 TGTATGGA
CTBGGCCA 8 CTCGGCCA
CGCSTTA 7 CGCCTTA
AGARA 5 AGAAA
TAGTGGTW 8 TAGTGGTA
GCKCTACC 8 GCGCTACC
ATGGCAWC 8 ATGGCAAC
RCACCCA 7 ACACCCA
CCGMTGA 7 CCGATGA
CACGGYG 7 CACGGTG
ACCGGKG 7 ACCGGGG
ACWAGACC 8 ACTAGACC
GTGATAGY 8 GTGATAGC
ACCGAAAK 8 ACCGAAAG

Random model letter frequencies (/srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4742--MOT3/background):
A 0.308 C 0.192 G 0.192 T 0.308

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
TGTAYGGR DREME-2 chrVI + 65168 65175 7.6e-06 0.234 TGTACGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXVI + 76544 76551 7.6e-06 0.234 TGTACGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXV + 79949 79956 7.6e-06 0.234 TGTACGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXV + 93087 93094 7.6e-06 0.234 TGTACGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXV + 93087 93094 7.6e-06 0.234 TGTACGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrIV + 130777 130784 7.6e-06 0.234 TGTACGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrX + 157606 157613 7.6e-06 0.234 TGTACGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrVI + 221921 221928 7.6e-06 0.234 TGTACGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrIV + 222136 222143 7.6e-06 0.234 TGTACGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrIX + 254326 254333 7.6e-06 0.234 TGTACGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXII + 370436 370443 7.6e-06 0.234 TGTACGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXII + 809280 809287 7.6e-06 0.234 TGTACGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXV + 901541 901548 7.6e-06 0.234 TGTACGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrIV - 217316 217323 7.6e-06 0.234 TGTACGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXII - 922347 922354 7.6e-06 0.234 TGTACGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrVIII - 34609 34616 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrVIII - 34609 34616 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrVIII - 34609 34616 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrVIII - 34609 34616 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrII - 45172 45179 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrIX - 68352 68359 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrX + 75561 75568 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrX - 90263 90270 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXV + 93113 93120 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXV + 93113 93120 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXV - 93907 93914 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXV - 94672 94679 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXI - 108923 108930 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrIV - 117372 117379 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXIII + 124514 124521 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrVIII - 126104 126111 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrV - 141216 141223 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrVIII + 149097 149104 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrVII + 149307 149314 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXV + 161247 161254 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrII - 165259 165266 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrVIII - 175184 175191 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrIII - 178492 178499 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrX - 204565 204572 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrVI + 224040 224047 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrVI + 224058 224065 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXIII + 224216 224223 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXIII - 225547 225554 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrIV - 229632 229639 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrIV - 229656 229663 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXII - 241809 241816 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXV + 253979 253986 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrVII - 254330 254337 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrVII - 277229 277236 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXII - 282676 282683 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXIII - 296968 296975 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXIII - 296968 296975 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXIII - 296968 296975 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXIII - 296968 296975 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXIII + 298844 298851 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXIII + 298844 298851 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXIII + 298844 298851 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXIII + 298844 298851 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrIV + 308142 308149 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrIV - 308206 308213 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrIX - 316354 316361 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrII - 332527 332534 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXV - 340512 340519 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrIV + 341444 341451 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrV + 355030 355037 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrV + 355030 355037 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrIV + 358250 358257 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrV - 362352 362359 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXVI + 378816 378823 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXVI + 378841 378848 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrVIII + 383102 383109 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrV - 396381 396388 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrV - 423274 423281 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXI - 431496 431503 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXIV + 444606 444613 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrII - 477217 477224 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrVII + 479208 479215 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrVII + 479208 479215 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrVII + 479208 479215 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrVII + 479208 479215 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrVII + 479208 479215 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXIV + 495396 495403 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXV - 505296 505303 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXII - 522305 522312 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrIV - 539087 539094 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXIII + 551529 551536 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXIII - 551621 551628 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXIII - 553075 553082 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrII - 604287 604294 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrX - 608016 608023 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXII - 637942 637949 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXII - 637942 637949 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXII - 637942 637949 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXII - 637942 637949 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXII - 637942 637949 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXII - 637942 637949 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXII - 637942 637949 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrVII + 649135 649142 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrVII + 649150 649157 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrX - 651448 651455 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrVII + 661849 661856 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXV + 679011 679018 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXII + 713172 713179 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXII + 713373 713380 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXIII + 733398 733405 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXIII + 754573 754580 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXV + 779853 779860 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXV + 779853 779860 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXV + 779853 779860 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXV + 779866 779873 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXV + 779866 779873 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXV + 779866 779873 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXVI - 794657 794664 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXII + 814853 814860 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXII - 819001 819008 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXII + 819041 819048 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrVII + 856865 856872 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXV + 866757 866764 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXII + 932260 932267 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXII + 932268 932275 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXII + 932276 932283 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXV + 980677 980684 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXII + 1028414 1028421 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXV + 1028908 1028915 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrIV + 1355840 1355847 3.2e-05 0.234 TGTATGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrIV - 1359598 1359605 3.2e-05 0.234 TGTACGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrII + 89802 89809 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrX + 139269 139276 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrX + 139269 139276 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrX + 139269 139276 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrVII + 149319 149326 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrX + 157589 157596 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXIII + 224191 224198 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrII + 305132 305139 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrII + 428683 428690 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrVII + 438759 438766 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrVIII + 506002 506009 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXIV + 585829 585836 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrII + 593069 593076 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrII + 593086 593093 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrIV + 1355864 1355871 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXVI - 113762 113769 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXIII - 124497 124504 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXIII - 146086 146093 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXII - 262967 262974 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrVII - 481065 481072 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrVII - 481065 481072 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrVII - 481065 481072 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrVII - 481065 481072 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrVII - 481065 481072 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrX - 607998 608005 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXV - 866705 866712 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXV - 904011 904018 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXV - 904011 904018 5.16e-05 0.309 TGTATGGA
TGTAYGGR DREME-2 chrXIII + 23952 23959 9.13e-05 0.425 TGTAAGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXIII + 23952 23959 9.13e-05 0.425 TGTAAGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXIII + 23952 23959 9.13e-05 0.425 TGTAAGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXIII + 23952 23959 9.13e-05 0.425 TGTAAGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXIII + 23952 23959 9.13e-05 0.425 TGTAAGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrII + 60983 60990 9.13e-05 0.425 TGTACGGC
TGTAYGGR DREME-2 chrII + 89782 89789 9.13e-05 0.425 TGTAAGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrVIII + 125945 125952 9.13e-05 0.425 TGTAGGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrV + 135429 135436 9.13e-05 0.425 TGTAGGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrX + 140107 140114 9.13e-05 0.425 TGTAGGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrX + 140107 140114 9.13e-05 0.425 TGTAGGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrX + 140107 140114 9.13e-05 0.425 TGTAGGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrVII + 185718 185725 9.13e-05 0.425 TGTAGGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrVI + 226692 226699 9.13e-05 0.425 TGTAGGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXII + 282200 282207 9.13e-05 0.425 TGTAAGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrV + 435756 435763 9.13e-05 0.425 TGTAGGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXII + 489321 489328 9.13e-05 0.425 TGTACGGC
TGTAYGGR DREME-2 chrXVI + 576035 576042 9.13e-05 0.425 TGTACGGT
TGTAYGGR DREME-2 chrXVI + 576044 576051 9.13e-05 0.425 TGTACGGC
TGTAYGGR DREME-2 chrIV + 600089 600096 9.13e-05 0.425 TGTACGGT
TGTAYGGR DREME-2 chrX + 703423 703430 9.13e-05 0.425 TGTACGGC
TGTAYGGR DREME-2 chrIV + 1352470 1352477 9.13e-05 0.425 TGTAGGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrVII - 122328 122335 9.13e-05 0.425 TGTAGGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrX - 227952 227959 9.13e-05 0.425 TGTACGGT
TGTAYGGR DREME-2 chrX - 227952 227959 9.13e-05 0.425 TGTACGGT
TGTAYGGR DREME-2 chrXVI - 281768 281775 9.13e-05 0.425 TGTAAGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXVI - 281768 281775 9.13e-05 0.425 TGTAAGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXVI - 281768 281775 9.13e-05 0.425 TGTAAGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrX - 415025 415032 9.13e-05 0.425 TGTAGGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXIII - 420755 420762 9.13e-05 0.425 TGTACGGT
TGTAYGGR DREME-2 chrVII - 422915 422922 9.13e-05 0.425 TGTAGGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXI - 430800 430807 9.13e-05 0.425 TGTACGGT
TGTAYGGR DREME-2 chrXI - 430860 430867 9.13e-05 0.425 TGTACGGT
TGTAYGGR DREME-2 chrXVI - 435845 435852 9.13e-05 0.425 TGTACGGC
TGTAYGGR DREME-2 chrIV - 465173 465180 9.13e-05 0.425 TGTACGGT
TGTAYGGR DREME-2 chrXI - 491131 491138 9.13e-05 0.425 TGTACGGC
TGTAYGGR DREME-2 chrXVI - 582121 582128 9.13e-05 0.425 TGTAGGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrVII - 648470 648477 9.13e-05 0.425 TGTAAGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrXII - 838479 838486 9.13e-05 0.425 TGTACGGT
TGTAYGGR DREME-2 chrXII - 838479 838486 9.13e-05 0.425 TGTACGGT
TGTAYGGR DREME-2 chrXII - 838479 838486 9.13e-05 0.425 TGTACGGT
TGTAYGGR DREME-2 chrXII - 838479 838486 9.13e-05 0.425 TGTACGGT
TGTAYGGR DREME-2 chrVII - 876453 876460 9.13e-05 0.425 TGTAGGGG
TGTAYGGR DREME-2 chrIV - 1201809 1201816 9.13e-05 0.425 TGTAGGGG
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4742--MOT3/fimo_out_4 --bgfile /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4742--MOT3/background --motif TGTAYGGR /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4742--MOT3/dreme_out/dreme.xml /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4742--MOT3/BY4742--MOT3.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4742--MOT3/fimo_out_4
    MEME file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4742--MOT3/dreme_out/dreme.xml
    sequence file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4742--MOT3/BY4742--MOT3.fa
  
  

    background file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4742--MOT3/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

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