Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4742--CIN5/BY4742--CIN5.fa
Database contains 971 sequences, 478765 residues

MOTIFS /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4742--CIN5/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
GGWTCGA 7 GGTTCGA
TGTAYGGR 8 TGTATGGA
CTBGGCCA 8 CTCGGCCA
BTAAGGCG 8 TTAAGGCG
GCKCTACC 8 GCGCTACC
AGAARA 6 AGAAAA
TAGTGGTW 8 TAGTGGTA
CAWAACCG 8 CATAACCG
CRCCCA 6 CACCCA
CTATCACR 8 CTATCACG
TTACRTAA 8 TTACATAA
ATTAASAG 8 ATTAAGAG
CTCTCSCA 8 CTCTCCCA
GCKTCTGA 8 GCTTCTGA
AGATCGKG 8 AGATCGGG
ATSTGTTG 8 ATGTGTTG
CGCGGGSA 8 CGCGGGGA
ATGGCAAC 8 ATGGCAAC
GATGATRA 8 GATGATGA
ACTGAGCT 8 ACTGAGCT
GRCCACGA 8 GACCACGA
GTGGAGAY 8 GTGGAGAT

Random model letter frequencies (/srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4742--CIN5/background):
A 0.310 C 0.190 G 0.190 T 0.310

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
TTACRTAA DREME-11 chrXIII + 10006 10013 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII - 10006 10013 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXII + 35339 35346 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXII - 35339 35346 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII + 37838 37845 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII - 37838 37845 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXV + 43469 43476 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXV - 43469 43476 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXV + 43501 43508 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXV - 43501 43508 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrV + 56391 56398 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrV - 56391 56398 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrV + 144012 144019 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrV - 144012 144019 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrI + 145658 145665 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrI - 145658 145665 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrVII + 148707 148714 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrVII - 148707 148714 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrIV + 159435 159442 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrIV - 159435 159442 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII + 168070 168077 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII - 168070 168077 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII + 183708 183715 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII - 183708 183715 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrX + 228337 228344 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrX - 228337 228344 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrII + 292412 292419 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrII - 292412 292419 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXI + 356326 356333 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXI - 356326 356333 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrV + 363954 363961 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrV - 363954 363961 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXV + 383074 383081 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXV - 383074 383081 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrIV + 386573 386580 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrIV - 386573 386580 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrV + 424895 424902 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrV - 424895 424902 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrVIII + 462006 462013 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrVIII - 462006 462013 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrVIII + 472622 472629 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrVIII - 472622 472629 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrVIII + 475588 475595 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrVIII - 475588 475595 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrIV + 509719 509726 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrIV - 509719 509726 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXI + 514254 514261 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXI - 514254 514261 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrIV + 527356 527363 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrIV - 527356 527363 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII + 552980 552987 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII - 552980 552987 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIV + 575371 575378 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIV - 575371 575378 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII + 616293 616300 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII - 616293 616300 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrX + 651385 651392 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrX - 651385 651392 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXV + 671248 671255 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXV - 671248 671255 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrX + 703586 703593 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrX - 703586 703593 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII + 802758 802765 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII - 802758 802765 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXII + 820257 820264 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXII - 820257 820264 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII + 892715 892722 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII - 892715 892722 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXV + 899981 899988 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXV - 899981 899988 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXII + 950063 950070 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXII - 950063 950070 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXV + 979338 979345 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrXV - 979338 979345 3.2e-05 0.409 TTACGTAA
TTACRTAA DREME-11 chrVII + 1001 1008 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrVII + 1001 1008 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrX + 18949 18956 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII - 20707 20714 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII - 23949 23956 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII - 23949 23956 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII - 23949 23956 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII - 23949 23956 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXV + 24723 24730 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXV + 24747 24754 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXV + 24772 24779 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrV - 56276 56283 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrII + 61178 61185 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrIII + 77966 77973 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrV - 78699 78706 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXV + 113736 113743 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXVI - 120114 120121 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrVI - 131446 131453 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrII - 135931 135938 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrX - 139362 139369 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrX - 139362 139369 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrX - 139362 139369 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrV - 155276 155283 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrX + 157791 157798 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXII + 167229 167236 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrIX - 175242 175249 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII + 195958 195965 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrV - 212293 212300 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXV - 216216 216223 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrIV - 221554 221561 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrIV + 230751 230758 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXII + 232338 232345 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXII + 232338 232345 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXII + 232338 232345 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXII + 232338 232345 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXI + 235981 235988 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIV - 241381 241388 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrV + 250370 250377 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII + 259288 259295 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII - 267826 267833 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXVI - 280814 280821 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXVI - 280814 280821 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII - 290712 290719 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrVII - 320067 320074 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrVII - 323485 323492 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXV + 347782 347789 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXI - 356206 356213 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrIV + 358081 358088 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrIX + 388396 388403 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrV - 397685 397692 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrV - 397685 397692 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXVI + 407594 407601 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXV - 415521 415528 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII - 420713 420720 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII - 427307 427314 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrV + 431100 431107 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXVI - 431908 431915 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXI - 440166 440173 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrX - 445524 445531 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrIV + 446726 446733 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIV + 462236 462243 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrVIII + 470868 470875 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIV - 500328 500335 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII + 542925 542932 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrVII - 561462 561469 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXVI + 588737 588744 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrII + 593250 593257 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXII - 602541 602548 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrX - 606487 606494 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrX + 608934 608941 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrX + 608934 608941 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXVI + 643442 643449 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXII + 712384 712391 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrIV - 720716 720723 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII - 754756 754763 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrVII - 785907 785914 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXII - 796956 796963 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrII + 798766 798773 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrII + 798873 798880 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXII - 820143 820150 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXV + 841944 841951 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXV - 912114 912121 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXIII - 923493 923500 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXII + 924836 924843 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrVII + 986798 986805 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrIV - 1017317 1017324 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrXV + 1054185 1054192 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrVII - 1083702 1083709 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrIV - 1238130 1238137 8.43e-05 0.485 TTACATAA
TTACRTAA DREME-11 chrIV + 1345363 1345370 8.43e-05 0.485 TTACATAA
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4742--CIN5/fimo_out_12 --bgfile /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4742--CIN5/background --motif TTACRTAA /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4742--CIN5/dreme_out/dreme.xml /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4742--CIN5/BY4742--CIN5.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4742--CIN5/fimo_out_12
    MEME file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4742--CIN5/dreme_out/dreme.xml
    sequence file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4742--CIN5/BY4742--CIN5.fa
  
  

    background file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4742--CIN5/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

Go to top