Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/BY4741--RPB2.fa
Database contains 1939 sequences, 3150839 residues

MOTIFS /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
TCTTB 5 TCTTT
GGTAD 5 GGTAA
GCTKCY 6 GCTTCT
CCAAAK 6 CCAAAT
TGATR 5 TGATA
ACCABC 6 ACCACC
GTRTGGAA 8 GTATGGAA
ATGGAAAC 8 ATGGAAAC
AAVGTTG 7 AAAGTTG
TGACTCYA 8 TGACTCCA
TATRTRTA 8 TATATATA
CCTSTAGA 8 CCTGTAGA
CAATGGCA 8 CAATGGCA
CAGCAGW 7 CAGCAGT
CTACWAC 7 CTACAAC
CGAYGAC 7 CGATGAC
KACAGTAA 8 TACAGTAA
ACCAA 5 ACCAA
AAGARG 6 AAGAAG
CCAAKTC 7 CCAATTC
TGYTCAA 7 TGTTCAA
TGTTGTTR 8 TGTTGTTG
AATGGTAC 8 AATGGTAC

Random model letter frequencies (/srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/background):
A 0.310 C 0.190 G 0.190 T 0.310

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
TGTTGTTR DREME-22 chrXIII - 24198 24205 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXIII - 24198 24205 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXIII - 24198 24205 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXIII - 24198 24205 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXIII - 24198 24205 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIX - 24524 24531 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIX - 24524 24531 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIX - 24524 24531 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIX - 24524 24531 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXV - 29742 29749 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXV - 29742 29749 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXV - 29742 29749 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXV - 29742 29749 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXV - 29742 29749 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 40829 40836 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 40829 40836 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 40829 40836 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 40829 40836 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIV + 45247 45254 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIV + 45247 45254 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII + 57885 57892 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII + 57885 57892 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII + 57885 57892 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII + 57885 57892 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII + 57959 57966 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII + 57959 57966 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII + 57959 57966 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII + 57959 57966 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII + 58002 58009 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII + 58002 58009 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII + 58002 58009 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII + 58002 58009 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII + 58259 58266 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII + 58259 58266 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII + 58259 58266 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII + 58259 58266 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrII - 59826 59833 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIX + 68653 68660 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIX + 68653 68660 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVIII - 75450 75457 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVIII - 75450 75457 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVIII - 75450 75457 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVIII - 75453 75460 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVIII - 75453 75460 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVIII - 75453 75460 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVIII - 75456 75463 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVIII - 75456 75463 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVIII - 75456 75463 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVIII + 75758 75765 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVIII + 75758 75765 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVIII + 75758 75765 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI + 76155 76162 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI + 76155 76162 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrX - 76410 76417 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrX + 79466 79473 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVII - 88319 88326 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVII - 88319 88326 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVII - 94360 94367 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVII + 94709 94716 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXII - 96312 96319 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 97517 97524 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 97517 97524 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 97517 97524 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 97517 97524 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 97517 97524 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 97517 97524 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIX - 98666 98673 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIX - 98666 98673 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIX - 98666 98673 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrV + 101210 101217 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrV + 101210 101217 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrV + 101210 101217 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 105214 105221 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 105214 105221 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 105214 105221 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 105214 105221 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 105214 105221 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 105214 105221 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 105214 105221 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 105214 105221 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 105214 105221 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 105214 105221 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 105214 105221 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 105214 105221 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 105214 105221 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 105214 105221 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 105214 105221 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 106288 106295 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 106288 106295 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 106288 106295 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 106288 106295 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 106288 106295 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 106288 106295 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 106288 106295 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 106288 106295 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 106288 106295 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 106288 106295 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 106288 106295 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 106288 106295 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 106288 106295 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 106288 106295 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 106288 106295 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII + 107116 107123 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII + 107116 107123 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 108367 108374 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI + 112516 112523 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI + 112516 112523 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI + 112516 112523 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI + 112516 112523 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI + 112516 112523 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI + 112516 112523 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI + 112516 112523 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI + 112516 112523 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI + 112516 112523 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI + 112516 112523 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI + 112516 112523 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI + 112516 112523 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI + 112516 112523 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI + 112516 112523 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 113163 113170 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 113163 113170 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 113163 113170 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 113163 113170 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 113163 113170 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 113163 113170 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 113163 113170 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 113163 113170 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 113163 113170 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 113163 113170 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 113163 113170 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 113163 113170 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 113163 113170 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 113163 113170 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 121913 121920 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 121913 121920 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXII + 124221 124228 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrX - 124425 124432 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrX - 124425 124432 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrX - 124425 124432 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXV - 136206 136213 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXV - 136206 136213 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII - 137506 137513 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII - 137506 137513 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII - 137506 137513 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrV - 139144 139151 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrV - 139144 139151 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrV - 139144 139151 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrV - 139144 139151 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrV - 139144 139151 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrX - 139315 139322 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrX - 139318 139325 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrV - 143097 143104 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrV - 143097 143104 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXIII - 159424 159431 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXIII - 159427 159434 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXIII - 159624 159631 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXIV + 172594 172601 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXIV + 172597 172604 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII - 178152 178159 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII - 178152 178159 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII - 178152 178159 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII - 178152 178159 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIII - 178152 178159 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXII - 196694 196701 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrIII + 201291 201298 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 208374 208381 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrIV + 215939 215946 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrIV + 215939 215946 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrVI + 220180 220187 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrXIV + 253241 253248 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrXV - 254271 254278 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrVII - 277634 277641 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVII - 277634 277641 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVII + 280179 280186 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrXI - 284373 284380 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI - 284373 284380 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 284400 284407 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 284400 284407 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrVII + 308218 308225 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVII + 308218 308225 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVII + 308221 308228 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVII + 308221 308228 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrIV + 322963 322970 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIV + 322963 322970 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrIV + 322963 322970 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrV - 332622 332629 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 338478 338485 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 338478 338485 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 338499 338506 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 338499 338506 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrV + 340841 340848 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrV + 340841 340848 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrV + 340841 340848 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrV + 340841 340848 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrV + 340841 340848 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 352154 352161 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 352154 352161 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 352154 352161 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 352154 352161 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 352154 352161 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 352154 352161 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXII - 369699 369706 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrVII - 370740 370747 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrX - 382225 382232 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrX - 382225 382232 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrX - 382225 382232 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrII - 393955 393962 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrII - 393955 393962 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrII - 393955 393962 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrII - 393955 393962 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrII - 393958 393965 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrII - 393958 393965 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrII - 393958 393965 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrV + 397640 397647 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrV + 397640 397647 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrX - 411739 411746 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrX - 411739 411746 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrX - 411739 411746 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrXII - 441143 441150 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVIII + 452353 452360 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVIII + 452353 452360 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVIII + 452353 452360 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVIII + 452353 452360 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrVII - 481745 481752 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVII - 481745 481752 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVII - 481745 481752 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVII - 481745 481752 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVII - 481745 481752 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrVII - 481745 481752 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrIV + 489851 489858 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrXIV - 494095 494102 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXIV - 494095 494102 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrVIII - 499825 499832 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrVIII - 499828 499835 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrXIV + 507114 507121 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXIV + 507114 507121 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXIV + 507114 507121 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXIV + 507114 507121 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXIV + 507114 507121 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXII + 507125 507132 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrXII + 507125 507132 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrX + 519675 519682 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrX + 519675 519682 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrX + 519675 519682 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrX + 519678 519685 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrX + 519678 519685 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrX + 519681 519688 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrX + 519681 519688 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrX + 519681 519688 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrX + 519684 519691 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrX + 519684 519691 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrX + 519684 519691 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
TGTTGTTR DREME-22 chrX + 519684 519691 1.96e-05 0.228 TGTTGTTG
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TGTTGTTR DREME-22 chrXV + 31653 31660 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
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TGTTGTTR DREME-22 chrXV - 31923 31930 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
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TGTTGTTR DREME-22 chrIII + 58005 58012 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
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TGTTGTTR DREME-22 chrI - 65259 65266 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
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TGTTGTTR DREME-22 chrXIV + 234621 234628 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
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TGTTGTTR DREME-22 chrIV - 242643 242650 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
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TGTTGTTR DREME-22 chrIV + 308955 308962 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
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TGTTGTTR DREME-22 chrIV - 332774 332781 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
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TGTTGTTR DREME-22 chrIV - 332774 332781 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
TGTTGTTR DREME-22 chrIV - 332774 332781 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
TGTTGTTR DREME-22 chrXIV + 340156 340163 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
TGTTGTTR DREME-22 chrVII + 341458 341465 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
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TGTTGTTR DREME-22 chrVIII + 386601 386608 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
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TGTTGTTR DREME-22 chrXIII - 389399 389406 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
TGTTGTTR DREME-22 chrXIII - 389399 389406 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
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TGTTGTTR DREME-22 chrXI + 519666 519673 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
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TGTTGTTR DREME-22 chrX + 519687 519694 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
TGTTGTTR DREME-22 chrX + 519687 519694 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
TGTTGTTR DREME-22 chrX + 519687 519694 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
TGTTGTTR DREME-22 chrX + 519687 519694 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
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TGTTGTTR DREME-22 chrXVI - 680066 680073 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
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TGTTGTTR DREME-22 chrXII + 712868 712875 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
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TGTTGTTR DREME-22 chrXV - 723032 723039 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
TGTTGTTR DREME-22 chrXV - 723032 723039 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
TGTTGTTR DREME-22 chrXV - 723032 723039 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
TGTTGTTR DREME-22 chrXV - 723032 723039 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
TGTTGTTR DREME-22 chrXV - 723032 723039 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
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TGTTGTTR DREME-22 chrVII - 921514 921521 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
TGTTGTTR DREME-22 chrVII - 921514 921521 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
TGTTGTTR DREME-22 chrXII - 935525 935532 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
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TGTTGTTR DREME-22 chrXII + 951976 951983 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
TGTTGTTR DREME-22 chrXII + 951976 951983 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
TGTTGTTR DREME-22 chrXII + 951976 951983 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
TGTTGTTR DREME-22 chrXII + 951976 951983 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
TGTTGTTR DREME-22 chrVII + 957436 957443 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
TGTTGTTR DREME-22 chrVII + 957436 957443 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
TGTTGTTR DREME-22 chrVII + 957489 957496 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
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TGTTGTTR DREME-22 chrVII + 961234 961241 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
TGTTGTTR DREME-22 chrVII + 961234 961241 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
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TGTTGTTR DREME-22 chrVII - 1048997 1049004 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
TGTTGTTR DREME-22 chrIV - 1068570 1068577 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
TGTTGTTR DREME-22 chrIV - 1163315 1163322 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
TGTTGTTR DREME-22 chrIV - 1163315 1163322 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
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TGTTGTTR DREME-22 chrIV - 1164215 1164222 5.17e-05 0.383 TGTTGTTA
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Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/fimo_out_23 --bgfile /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/background --motif TGTTGTTR /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/dreme_out/dreme.xml /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/BY4741--RPB2.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/fimo_out_23
    MEME file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/dreme_out/dreme.xml
    sequence file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/BY4741--RPB2.fa
  
  

    background file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

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