Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information



FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]


DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/BY4741--RPB2.fa
Database contains 1939 sequences, 3150839 residues

MOTIFS /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
TCTTB 5 TCTTT
GGTAD 5 GGTAA
GCTKCY 6 GCTTCT
CCAAAK 6 CCAAAT
TGATR 5 TGATA
ACCABC 6 ACCACC
GTRTGGAA 8 GTATGGAA
ATGGAAAC 8 ATGGAAAC
AAVGTTG 7 AAAGTTG
TGACTCYA 8 TGACTCCA
TATRTRTA 8 TATATATA
CCTSTAGA 8 CCTGTAGA
CAATGGCA 8 CAATGGCA
CAGCAGW 7 CAGCAGT
CTACWAC 7 CTACAAC
CGAYGAC 7 CGATGAC
KACAGTAA 8 TACAGTAA
ACCAA 5 ACCAA
AAGARG 6 AAGAAG
CCAAKTC 7 CCAATTC
TGYTCAA 7 TGTTCAA
TGTTGTTR 8 TGTTGTTG
AATGGTAC 8 AATGGTAC

Random model letter frequencies (/srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/background):
A 0.310 C 0.190 G 0.190 T 0.310


SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES

Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
CAGCAGW DREME-14 chrXIII + 24626 24632 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXIII + 24626 24632 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXIII + 24626 24632 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXIII + 24626 24632 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXIII + 24626 24632 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXIII + 24746 24752 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXIII + 24746 24752 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXIII + 24746 24752 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXIII + 24746 24752 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXIII + 24746 24752 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrV + 32172 32178 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVIII + 35718 35724 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVIII + 35718 35724 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVIII + 35718 35724 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVIII + 35718 35724 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVIII + 35718 35724 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrV + 53375 53381 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrV + 53375 53381 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrV + 53375 53381 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVI + 53774 53780 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVI + 53774 53780 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVI + 53774 53780 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVI + 53774 53780 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVI + 53774 53780 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVI + 53774 53780 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXIV + 63805 63811 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXIV + 63805 63811 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXIV + 63805 63811 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXIV + 63805 63811 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrIII + 65155 65161 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrIII + 65155 65161 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrV + 79173 79179 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrV + 79173 79179 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrV + 79173 79179 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrV + 79173 79179 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrV + 79356 79362 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrV + 79356 79362 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrV + 79356 79362 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrV + 79356 79362 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXV + 93630 93636 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXV + 93630 93636 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXV + 93630 93636 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXV + 93630 93636 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXII + 96275 96281 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVII + 96523 96529 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVII + 96523 96529 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrIX + 98570 98576 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrIX + 98570 98576 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrIX + 98570 98576 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXVI + 100764 100770 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 103962 103968 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 103962 103968 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 103962 103968 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 103962 103968 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 103962 103968 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 103962 103968 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 103962 103968 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 103962 103968 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 103962 103968 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 103962 103968 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 103962 103968 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 103962 103968 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 103962 103968 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 103962 103968 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 103962 103968 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXVI + 104757 104763 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 107571 107577 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 107571 107577 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 107571 107577 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 107571 107577 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 107571 107577 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 107571 107577 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 107571 107577 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 107571 107577 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 107571 107577 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 107571 107577 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 107571 107577 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 107571 107577 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 107571 107577 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 107571 107577 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 107571 107577 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrX + 125382 125388 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrX + 125382 125388 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrX + 125382 125388 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 142095 142101 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 142095 142101 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 142269 142275 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 142269 142275 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 142326 142332 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
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CAGCAGW DREME-14 chrXI + 142569 142575 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXI + 142569 142575 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXVI + 143470 143476 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVIII + 147959 147965 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVIII + 147959 147965 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVIII + 148082 148088 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVIII + 148082 148088 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVIII + 148278 148284 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
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CAGCAGW DREME-14 chrX + 168175 168181 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrIV + 169021 169027 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrX + 181113 181119 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXIV + 216642 216648 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXIV + 216642 216648 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXIV + 216642 216648 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrII + 220330 220336 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrII + 220330 220336 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrII + 220330 220336 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrX + 227822 227828 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXII + 232409 232415 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXII + 232409 232415 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXII + 232409 232415 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
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CAGCAGW DREME-14 chrII + 235626 235632 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrII + 235626 235632 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrII + 235626 235632 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrV + 236932 236938 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXIII + 251972 251978 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXIII + 251972 251978 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXIII + 251972 251978 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrV + 266690 266696 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrV + 266690 266696 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrV + 266690 266696 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrV + 266690 266696 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrV + 267546 267552 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrV + 267546 267552 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrV + 267546 267552 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrV + 267546 267552 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrX + 285814 285820 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrX + 293101 293107 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXV + 308796 308802 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXIV + 331511 331517 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXIV + 331511 331517 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXIV + 331511 331517 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXVI + 351464 351470 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXVI + 351464 351470 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXVI + 351464 351470 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXVI + 351464 351470 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXVI + 351464 351470 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXVI + 351464 351470 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXVI + 351743 351749 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXVI + 351743 351749 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXVI + 351743 351749 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXVI + 351743 351749 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXVI + 351743 351749 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXVI + 351743 351749 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVII + 364894 364900 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVII + 364894 364900 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVII + 364894 364900 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVII + 364894 364900 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVII + 365467 365473 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVII + 365467 365473 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVII + 365467 365473 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVII + 365467 365473 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXII + 369839 369845 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrXII + 369839 369845 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrII + 372653 372659 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVII + 398689 398695 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVII + 398689 398695 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVII + 398689 398695 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrV + 413479 413485 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrV + 432766 432772 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrV + 433101 433107 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
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CAGCAGW DREME-14 chrXVI - 174135 174141 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
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CAGCAGW DREME-14 chrVII - 187699 187705 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrX - 189922 189928 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrVI - 225781 225787 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
CAGCAGW DREME-14 chrII - 234925 234931 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
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CAGCAGW DREME-14 chrIV - 248348 248354 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
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CAGCAGW DREME-14 chrXII - 441006 441012 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
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CAGCAGW DREME-14 chrVII - 557356 557362 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
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CAGCAGW DREME-14 chrVII - 599920 599926 3.88e-05 0.425 CAGCAGT
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CAGCAGW DREME-14 chrII + 377452 377458 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrII + 377452 377458 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrV + 404183 404189 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
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CAGCAGW DREME-14 chrX + 412837 412843 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrX + 412837 412843 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrX + 412837 412843 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
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CAGCAGW DREME-14 chrVII + 1049729 1049735 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
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CAGCAGW DREME-14 chrVII + 1049912 1049918 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
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CAGCAGW DREME-14 chrXVI - 42116 42122 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXVI - 42116 42122 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXVI - 42116 42122 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXVI - 42116 42122 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrIV - 45834 45840 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrIV - 45834 45840 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrVII - 52743 52749 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrV - 67917 67923 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrV - 67917 67923 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrV - 67917 67923 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrV - 67917 67923 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrV - 67917 67923 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrV - 67917 67923 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXV - 80304 80310 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXV - 80304 80310 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXV - 80304 80310 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXV - 80304 80310 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXV - 80304 80310 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXV - 80304 80310 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrVII - 88070 88076 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrVII - 88070 88076 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 94537 94543 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 102986 102992 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 102986 102992 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 102986 102992 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 102986 102992 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 102986 102992 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 102986 102992 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 102986 102992 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 102986 102992 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 102986 102992 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 102986 102992 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 102986 102992 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 102986 102992 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 102986 102992 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 102986 102992 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
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CAGCAGW DREME-14 chrXI - 106520 106526 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 106520 106526 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 106520 106526 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 106520 106526 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 106520 106526 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 106520 106526 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 106520 106526 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 106520 106526 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 106520 106526 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 106520 106526 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 106520 106526 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 106520 106526 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 106520 106526 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 106520 106526 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 106520 106526 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXV - 110038 110044 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
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CAGCAGW DREME-14 chrVIII - 121315 121321 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrVIII - 121315 121321 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrVIII - 121315 121321 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 126955 126961 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrIII - 138615 138621 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrIII - 138615 138621 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrIII - 138615 138621 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrIII - 138825 138831 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrIII - 138825 138831 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrIII - 138825 138831 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrX - 141238 141244 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrX - 141238 141244 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrI - 142743 142749 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrI - 142743 142749 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrI - 142743 142749 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrI - 142743 142749 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXVI - 143868 143874 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
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CAGCAGW DREME-14 chrV - 166891 166897 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXIV - 167526 167532 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXIV - 167526 167532 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrX - 187583 187589 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrIV - 216930 216936 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrIV - 216930 216936 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrIV - 216930 216936 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrIV - 216930 216936 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrIV - 216930 216936 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrII - 220781 220787 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrII - 220781 220787 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrII - 220781 220787 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrVI - 224653 224659 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrVIII - 233530 233536 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrII - 235009 235015 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrII - 235009 235015 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrII - 235009 235015 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXVI - 252463 252469 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXVI - 252463 252469 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXIII - 252711 252717 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXIII - 252711 252717 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXIII - 252711 252717 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXVI - 254155 254161 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXV - 254506 254512 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXV - 254506 254512 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXII - 280795 280801 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 280891 280897 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 282727 282733 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 282727 282733 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 282727 282733 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 282727 282733 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 284662 284668 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 284662 284668 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXI - 284662 284668 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
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CAGCAGW DREME-14 chrV - 301193 301199 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrV - 301193 301199 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrV - 301193 301199 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrV - 301193 301199 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrV - 301193 301199 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrV - 301193 301199 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
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CAGCAGW DREME-14 chrIV - 309205 309211 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
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CAGCAGW DREME-14 chrXVI - 310481 310487 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXVI - 311571 311577 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrIX - 316564 316570 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrIX - 316564 316570 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrIX - 316564 316570 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXIV - 336418 336424 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrVIII - 372983 372989 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrVIII - 372983 372989 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXVI - 376975 376981 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrX - 450982 450988 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrX - 450982 450988 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrX - 450982 450988 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXVI - 452030 452036 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXVI - 452030 452036 7.76e-05 0.425 CAGCAGA
CAGCAGW DREME-14 chrXVI - 452030 452036 7.76e-05 0.425 CAGCAGA

DEBUGGING INFORMATION

Command line:

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/fimo_out_15 --bgfile /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/background --motif CAGCAGW /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/dreme_out/dreme.xml /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/BY4741--RPB2.fa

Settings:

output_directory = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/fimo_out_15 MEME file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/dreme_out/dreme.xml sequence file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/BY4741--RPB2.fa
background file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/background alphabet = DNA max stored scores = 100000
allow clobber = true compute q-values = true parse genomic coord. = true
text only = false scan both strands = true max strand = false
threshold type = p-value output theshold = 0.0001 pseudocount = 0.1
alpha = 1 verbosity = 1

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