Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/BY4741--RPB2.fa
Database contains 1939 sequences, 3150839 residues

MOTIFS /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
TCTTB 5 TCTTT
GGTAD 5 GGTAA
GCTKCY 6 GCTTCT
CCAAAK 6 CCAAAT
TGATR 5 TGATA
ACCABC 6 ACCACC
GTRTGGAA 8 GTATGGAA
ATGGAAAC 8 ATGGAAAC
AAVGTTG 7 AAAGTTG
TGACTCYA 8 TGACTCCA
TATRTRTA 8 TATATATA
CCTSTAGA 8 CCTGTAGA
CAATGGCA 8 CAATGGCA
CAGCAGW 7 CAGCAGT
CTACWAC 7 CTACAAC
CGAYGAC 7 CGATGAC
KACAGTAA 8 TACAGTAA
ACCAA 5 ACCAA
AAGARG 6 AAGAAG
CCAAKTC 7 CCAATTC
TGYTCAA 7 TGTTCAA
TGTTGTTR 8 TGTTGTTG
AATGGTAC 8 AATGGTAC

Random model letter frequencies (/srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/background):
A 0.310 C 0.190 G 0.190 T 0.310

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
CAATGGCA DREME-13 chrXIII - 23612 23619 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIII - 23612 23619 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIII - 23612 23619 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIII - 23612 23619 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIII - 23612 23619 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXI - 46064 46071 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIV - 65772 65779 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV - 85854 85861 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV - 85854 85861 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIX - 97645 97652 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV - 100806 100813 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV - 100806 100813 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV - 100806 100813 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXI - 104376 104383 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXI - 104376 104383 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXI - 104376 104383 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXI - 104376 104383 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXI - 104376 104383 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXI - 104376 104383 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXI - 104376 104383 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXI - 104376 104383 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXI - 104376 104383 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXI - 104376 104383 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXI - 104376 104383 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXI - 104376 104383 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXI - 104376 104383 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXI - 104376 104383 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXI - 104376 104383 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI - 122512 122519 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI - 122512 122519 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII - 124233 124240 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIX - 127356 127363 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIX - 129207 129214 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIV - 134092 134099 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIV - 134092 134099 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIII - 178035 178042 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIII - 178035 178042 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIII - 178035 178042 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIII - 178035 178042 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIII - 178035 178042 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV - 205951 205958 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV - 205951 205958 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIV - 233148 233155 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIX - 255293 255300 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIX - 255293 255300 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIX - 255293 255300 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIX - 255293 255300 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV - 266904 266911 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV - 266904 266911 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV - 266904 266911 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV - 266904 266911 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIV - 291715 291722 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrII - 300223 300230 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV - 304403 304410 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV - 304403 304410 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV - 304403 304410 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV - 304403 304410 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV - 305567 305574 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV - 305567 305574 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV - 305567 305574 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV - 305567 305574 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIX - 317471 317478 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIX - 317471 317478 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIX - 317471 317478 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV - 322155 322162 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV - 363395 363402 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI - 371699 371706 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI - 371699 371706 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI - 371699 371706 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI - 371699 371706 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI - 371699 371706 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrII - 394342 394349 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrII - 394342 394349 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrII - 394342 394349 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrII - 394342 394349 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrII - 394342 394349 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII - 399601 399608 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII - 399601 399608 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII - 399601 399608 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIV - 467186 467193 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIV - 467279 467286 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIV - 471910 471917 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVIII - 505685 505692 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVIII - 505685 505692 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVIII - 505685 505692 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVIII - 505685 505692 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV - 511553 511560 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV - 511553 511560 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV - 511553 511560 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIII - 552249 552256 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIII - 552249 552256 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrX - 555769 555776 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrX - 555769 555776 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrX - 647758 647765 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrX - 647758 647765 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIII - 760740 760747 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIII - 760740 760747 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIII - 760740 760747 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIII - 760740 760747 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIII - 760740 760747 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII - 805426 805433 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII - 805426 805433 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII - 805426 805433 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII - 805426 805433 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII - 805426 805433 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII - 805426 805433 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII - 806632 806639 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII - 806632 806639 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII - 811743 811750 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII - 811743 811750 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII - 811743 811750 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII - 811743 811750 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII - 811743 811750 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII - 811743 811750 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII - 811743 811750 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII - 811743 811750 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII - 811743 811750 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII - 811743 811750 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII - 811743 811750 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII - 811743 811750 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII - 811743 811750 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII - 811743 811750 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII - 811743 811750 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII - 811743 811750 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII - 811743 811750 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII - 811743 811750 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII - 856693 856700 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII - 856693 856700 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII - 856693 856700 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII - 856693 856700 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI - 859318 859325 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII - 869917 869924 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIV - 1270168 1270175 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIV - 1393305 1393312 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIV - 1399851 1399858 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIII + 28558 28565 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIII + 28558 28565 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVIII + 34957 34964 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVIII + 34957 34964 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVIII + 34957 34964 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVIII + 34957 34964 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVIII + 34957 34964 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrII + 88821 88828 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXV + 89726 89733 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI + 111554 111561 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI + 111554 111561 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI + 111554 111561 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI + 111554 111561 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI + 111554 111561 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI + 111554 111561 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI + 111554 111561 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI + 111554 111561 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI + 111554 111561 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI + 111554 111561 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI + 111554 111561 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI + 111554 111561 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI + 111554 111561 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI + 111554 111561 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVIII + 120588 120595 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVIII + 120588 120595 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVIII + 120588 120595 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV + 157500 157507 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIV + 173109 173116 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVI + 220959 220966 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVI + 220959 220966 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIV + 233825 233832 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV + 236224 236231 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVIII + 292240 292247 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVIII + 292240 292247 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVIII + 292240 292247 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIX + 321566 321573 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV + 340853 340860 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV + 340853 340860 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV + 340853 340860 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV + 340853 340860 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV + 340853 340860 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII + 370875 370882 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII + 370875 370882 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrII + 372695 372702 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI + 377697 377704 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrV + 401421 401428 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVIII + 499710 499717 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVIII + 499710 499717 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVIII + 505129 505136 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVIII + 505129 505136 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVIII + 505129 505136 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVIII + 505129 505136 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXI + 520288 520295 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXI + 520288 520295 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXI + 520288 520295 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrX + 520413 520420 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrX + 520413 520420 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrX + 520413 520420 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrX + 520413 520420 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXV + 620698 620705 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXV + 620698 620705 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXV + 620698 620705 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXV + 620698 620705 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXV + 620698 620705 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXV + 620698 620705 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXV + 620698 620705 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXV + 620698 620705 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXV + 620698 620705 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXV + 620698 620705 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXV + 620698 620705 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIV + 627837 627844 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIII + 672107 672114 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIII + 672107 672114 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIII + 672107 672114 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIII + 672107 672114 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIII + 672107 672114 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIII + 672107 672114 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIII + 672992 672999 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIII + 672992 672999 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIII + 672992 672999 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIII + 672992 672999 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIII + 672992 672999 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXIII + 672992 672999 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII + 674317 674324 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrX + 702680 702687 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrX + 702680 702687 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII + 720797 720804 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII + 720797 720804 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII + 720797 720804 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII + 722319 722326 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII + 722319 722326 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII + 735436 735443 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII + 735436 735443 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII + 735436 735443 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIV + 744105 744112 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI + 786403 786410 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI + 786403 786410 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI + 786403 786410 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI + 786403 786410 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXVI + 786403 786410 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII + 803744 803751 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII + 803744 803751 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII + 803744 803751 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII + 803744 803751 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII + 803744 803751 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII + 803744 803751 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXV + 820451 820458 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXV + 820451 820458 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXV + 820451 820458 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII + 827518 827525 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII + 838538 838545 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII + 838538 838545 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII + 844018 844025 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII + 844018 844025 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII + 856934 856941 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII + 856934 856941 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII + 856934 856941 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXII + 856934 856941 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXV + 890810 890817 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXV + 890810 890817 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXV + 890810 890817 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXV + 899906 899913 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXV + 899906 899913 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXV + 899906 899913 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrXV + 899906 899913 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII + 901759 901766 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII + 972077 972084 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII + 972077 972084 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII + 972077 972084 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII + 972077 972084 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII + 972077 972084 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII + 972077 972084 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII + 972077 972084 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII + 972120 972127 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII + 972120 972127 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII + 972120 972127 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII + 972120 972127 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII + 972120 972127 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII + 972120 972127 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrVII + 972120 972127 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIV + 1073615 1073622 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIV + 1105169 1105176 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIV + 1105169 1105176 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIV + 1163483 1163490 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIV + 1163483 1163490 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIV + 1164284 1164291 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIV + 1164284 1164291 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIV + 1241643 1241650 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIV + 1241643 1241650 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIV + 1466712 1466719 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIV + 1466712 1466719 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIV + 1466712 1466719 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
CAATGGCA DREME-13 chrIV + 1491152 1491159 1.2e-05 0.259 CAATGGCA
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/fimo_out_14 --bgfile /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/background --motif CAATGGCA /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/dreme_out/dreme.xml /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/BY4741--RPB2.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/fimo_out_14
    MEME file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/dreme_out/dreme.xml
    sequence file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/BY4741--RPB2.fa
  
  

    background file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

Go to top