Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

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If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/BY4741--RPB2.fa
Database contains 1939 sequences, 3150839 residues

MOTIFS /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/dreme_out/dreme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
TCTTB 5 TCTTT
GGTAD 5 GGTAA
GCTKCY 6 GCTTCT
CCAAAK 6 CCAAAT
TGATR 5 TGATA
ACCABC 6 ACCACC
GTRTGGAA 8 GTATGGAA
ATGGAAAC 8 ATGGAAAC
AAVGTTG 7 AAAGTTG
TGACTCYA 8 TGACTCCA
TATRTRTA 8 TATATATA
CCTSTAGA 8 CCTGTAGA
CAATGGCA 8 CAATGGCA
CAGCAGW 7 CAGCAGT
CTACWAC 7 CTACAAC
CGAYGAC 7 CGATGAC
KACAGTAA 8 TACAGTAA
ACCAA 5 ACCAA
AAGARG 6 AAGAAG
CCAAKTC 7 CCAATTC
TGYTCAA 7 TGTTCAA
TGTTGTTR 8 TGTTGTTG
AATGGTAC 8 AATGGTAC

Random model letter frequencies (/srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/background):
A 0.310 C 0.190 G 0.190 T 0.310

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
TATRTRTA DREME-11 chrXV - 20580 20587 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXV - 20580 20587 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrVI - 54335 54342 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrVI - 54335 54342 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrVI - 54335 54342 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrVI - 54335 54342 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrVI - 54335 54342 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrVI - 54335 54342 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIII + 57542 57549 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIII + 57542 57549 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIII + 65006 65013 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIII + 65006 65013 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrI - 65250 65257 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrI - 65250 65257 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrI - 65250 65257 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrI - 65250 65257 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrI - 65250 65257 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV - 68984 68991 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV - 68984 68991 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV - 68984 68991 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV - 68984 68991 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV - 68984 68991 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV - 68984 68991 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV + 78994 79001 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV + 78994 79001 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV + 78994 79001 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV + 78994 79001 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrII - 80978 80985 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrII - 119263 119270 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII - 129018 129025 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXV - 136076 136083 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXV - 136076 136083 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXI + 141221 141228 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXI + 141221 141228 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrI - 143420 143427 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrI - 143420 143427 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrI - 143420 143427 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrI - 143420 143427 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXVI + 143624 143631 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrX + 154761 154768 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV - 215983 215990 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV - 215983 215990 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV - 215983 215990 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV - 215983 215990 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV - 215983 215990 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIII - 220121 220128 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIII - 220121 220128 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV + 221099 221106 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV - 228732 228739 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV - 228749 228756 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrVIII - 233509 233516 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrII + 236364 236371 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII - 242326 242333 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII - 242326 242333 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII - 242326 242333 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIV - 253922 253929 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIV - 253922 253929 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII - 255043 255050 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII - 255043 255050 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII - 255043 255050 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV - 282541 282548 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV - 282541 282548 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV - 282541 282548 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV - 282541 282548 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV + 284137 284144 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV + 284137 284144 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV + 284137 284144 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV + 284137 284144 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrII - 304848 304855 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV + 307256 307263 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV + 307256 307263 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV + 307256 307263 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXV + 315750 315757 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXV + 315750 315757 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIV - 351651 351658 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrVIII + 374628 374635 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrVIII + 374628 374635 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrII - 395320 395327 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrII - 395320 395327 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrII - 395320 395327 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrII - 395320 395327 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrII - 395320 395327 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV + 420804 420811 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV - 423568 423575 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV - 423568 423575 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV - 423568 423575 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV - 423568 423575 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXVI - 466518 466525 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrII + 483842 483849 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII - 501147 501154 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII - 501147 501154 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV - 505171 505178 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrV - 505171 505178 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXVI + 514482 514489 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXVI + 514482 514489 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXVI + 514482 514489 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXVI + 514482 514489 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXVI + 514482 514489 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIII - 552203 552210 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIII - 552203 552210 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 587602 587609 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrVII + 611224 611231 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrVII + 611224 611231 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrII + 612145 612152 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrII + 612145 612152 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrII + 612145 612152 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrII + 612145 612152 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrII + 612145 612152 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIV + 621280 621287 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIV + 621280 621287 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIII - 626869 626876 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIII - 626869 626876 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrVII + 637853 637860 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXVI + 649942 649949 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXVI + 649942 649949 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIV + 663773 663780 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIII + 733407 733414 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIII + 733407 733414 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIII + 733407 733414 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXVI + 752971 752978 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIII - 762039 762046 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIII - 762039 762046 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIII - 762039 762046 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIII - 762039 762046 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIII - 762039 762046 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV - 768429 768436 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV - 768429 768436 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV - 770316 770323 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV - 770316 770323 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrII - 778000 778007 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrVII + 784103 784110 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrVII + 784103 784110 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrVII + 784103 784110 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXV - 812359 812366 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 813973 813980 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 813973 813980 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 813973 813980 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 813973 813980 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 813973 813980 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 813973 813980 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 813973 813980 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 813973 813980 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 813973 813980 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 813973 813980 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 813973 813980 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 813973 813980 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 813973 813980 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 813973 813980 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 813973 813980 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 813973 813980 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 813973 813980 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 813973 813980 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 829431 829438 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII - 837499 837506 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII - 837499 837506 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 837539 837546 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 837539 837546 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXVI + 876133 876140 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXVI + 876133 876140 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrVII + 877398 877405 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrVII + 877398 877405 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrVII + 877398 877405 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrVII + 877398 877405 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIII + 892749 892756 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIII + 892749 892756 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIII + 892749 892756 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIII + 892749 892756 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXIII + 892749 892756 3.2e-05 0.933 TATGTGTA
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TATRTRTA DREME-11 chrXI + 338446 338453 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXI + 338446 338453 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrVII + 364309 364316 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrVIII + 370562 370569 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrVII - 374273 374280 8.43e-05 0.933 TATATGTA
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TATRTRTA DREME-11 chrXIII + 557435 557442 8.43e-05 0.933 TATATGTA
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TATRTRTA DREME-11 chrIV - 768448 768455 8.43e-05 0.933 TATATGTA
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TATRTRTA DREME-11 chrVII + 783942 783949 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrVII + 783942 783949 8.43e-05 0.933 TATATGTA
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TATRTRTA DREME-11 chrVII + 784095 784102 8.43e-05 0.933 TATATGTA
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TATRTRTA DREME-11 chrIV + 812975 812982 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV + 812975 812982 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV + 813034 813041 8.43e-05 0.933 TATATGTA
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TATRTRTA DREME-11 chrXV - 820353 820360 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXV - 820353 820360 8.43e-05 0.933 TATATGTA
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TATRTRTA DREME-11 chrXII + 837531 837538 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXV - 842638 842645 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXV - 842638 842645 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII - 857335 857342 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII - 857335 857342 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII - 857335 857342 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII - 857335 857342 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXV - 874594 874601 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXVI - 876157 876164 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXVI - 876157 876164 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXV - 876705 876712 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXV - 876705 876712 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 898857 898864 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 898857 898864 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 898857 898864 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII - 898865 898872 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII - 898865 898872 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII - 898865 898872 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXV + 906169 906176 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXV + 906169 906176 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXV + 906169 906176 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXV + 906169 906176 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV - 915512 915519 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV - 915512 915519 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXV + 966295 966302 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV - 1021699 1021706 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV + 1021721 1021728 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXV - 1029091 1029098 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXV - 1029091 1029098 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 1030248 1030255 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 1030248 1030255 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrXII + 1030248 1030255 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV - 1114273 1114280 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV - 1202851 1202858 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV + 1267374 1267381 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV + 1295506 1295513 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV - 1360837 1360844 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV - 1360837 1360844 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV + 1385492 1385499 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV + 1385492 1385499 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV + 1385498 1385505 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV + 1385498 1385505 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV - 1385504 1385511 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV - 1385504 1385511 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV + 1385534 1385541 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV + 1385534 1385541 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV + 1386599 1386606 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV - 1402831 1402838 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV - 1402831 1402838 8.43e-05 0.933 TATATGTA
TATRTRTA DREME-11 chrIV - 1418466 1418473 8.43e-05 0.933 TATATGTA
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/fimo_out_12 --bgfile /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/background --motif TATRTRTA /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/dreme_out/dreme.xml /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/BY4741--RPB2.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/fimo_out_12
    MEME file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/dreme_out/dreme.xml
    sequence file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/BY4741--RPB2.fa
  
  

    background file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/BY4741--RPB2/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

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