Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information



FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]


DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--NRG1/AWRI1631--NRG1.fa
Database contains 629 sequences, 214275 residues

MOTIFS /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--NRG1/meme_out/meme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS 20 TTGGCCTAGTGGTTAAAGCG
GRDTCGAACCCVKGAYCYYHHSRTTA 26 GAATCGAACCCCTGACCTTCCGATTA
DDNDDDDDDHNRADATGTAYGGRTGTWA 28 AATTGGTTTTAAAGATGTACGGATGTAA

Random model letter frequencies (/srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--NRG1/background):
A 0.303 C 0.197 G 0.197 T 0.303


SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES

Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXV + 274678 274697 1.07e-10 7.12e-06 GTGGCCGAGTGGTTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXII + 784359 784378 1.07e-10 7.12e-06 GTGGCCGAGTGGTTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVI - 191587 191606 1.07e-10 7.12e-06 GTGGCCGAGTGGTTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV - 1150915 1150934 1.07e-10 7.12e-06 GTGGCCGAGTGGTTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrV + 86609 86628 2.64e-10 7.12e-06 TTGGCCGAGTGGTTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVIII - 133081 133100 2.64e-10 7.12e-06 TTGGCCGAGTGGTTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXII - 167999 168018 2.64e-10 7.12e-06 TTGGCCGAGTGGTTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrI - 182577 182596 2.64e-10 7.12e-06 TTGGCCGAGTGGTTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrII + 227080 227099 2.64e-10 7.12e-06 TTGGCCGAGTGGTTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXIII - 259213 259232 2.64e-10 7.12e-06 TTGGCCGAGTGGTTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV + 437777 437796 2.64e-10 7.12e-06 TTGGCCGAGTGGTTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrX - 524067 524086 2.64e-10 7.12e-06 TTGGCCGAGTGGTTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII - 561717 561736 2.64e-10 7.12e-06 TTGGCCGAGTGGTTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV - 981029 981048 2.64e-10 7.12e-06 TTGGCCGAGTGGTTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV + 1305635 1305654 2.64e-10 7.12e-06 TTGGCCGAGTGGTTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIII + 227947 227966 5.93e-10 1.05e-05 ATGGCCGAGTGGTTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIX + 248855 248874 5.93e-10 1.05e-05 ATGGCCGAGTGGTTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIX + 248855 248874 5.93e-10 1.05e-05 ATGGCCGAGTGGTTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrV - 288498 288517 5.93e-10 1.05e-05 ATGGCCGAGTGGTTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXVI + 689570 689589 5.93e-10 1.05e-05 ATGGCCGAGTGGTTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXII - 592593 592612 8.5e-10 1.05e-05 TTGGCCGAGTGGTTTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrX + 617924 617943 8.5e-10 1.05e-05 TTGGCCGAGTGGTTTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXII + 732095 732114 8.5e-10 1.05e-05 TTGGCCGAGTGGTTTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIX - 183487 183506 9.1e-10 1.05e-05 TTGGCCCAGTTGGTTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrII + 197499 197518 9.1e-10 1.05e-05 TTGGCCCAGTTGGTTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIX + 210670 210689 9.1e-10 1.05e-05 TTGGCCCAGTTGGTTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrV - 443249 443268 9.1e-10 1.05e-05 TTGGCCCAGTTGGTTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrV - 551332 551351 9.1e-10 1.05e-05 TTGGCCCAGTTGGTTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXIV - 569914 569933 9.1e-10 1.05e-05 TTGGCCCAGTTGGTTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV - 668054 668073 9.1e-10 1.05e-05 TTGGCCCAGTTGGTTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXII + 734807 734826 9.1e-10 1.05e-05 TTGGCCCAGTTGGTTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII + 739127 739146 9.1e-10 1.05e-05 TTGGCCCAGTTGGTTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXVI + 819534 819553 9.1e-10 1.05e-05 TTGGCCCAGTTGGTTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXVI - 880343 880362 9.1e-10 1.05e-05 TTGGCCCAGTTGGTTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXII - 1052118 1052137 9.1e-10 1.05e-05 TTGGCCCAGTTGGTTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVIII - 146288 146307 1.53e-09 1.48e-05 GTGGCGTAGTCGGTAGCGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrX - 197359 197378 1.53e-09 1.48e-05 GTGGCGTAGTCGGTAGCGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV + 410384 410403 1.53e-09 1.48e-05 GTGGCGTAGTCGGTAGCGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXI + 517993 518012 1.53e-09 1.48e-05 GTGGCGTAGTCGGTAGCGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXII - 656980 656999 1.53e-09 1.48e-05 GTGGCGTAGTCGGTAGCGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII + 774354 774373 1.53e-09 1.48e-05 GTGGCGTAGTCGGTAGCGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXVI + 856907 856926 1.53e-09 1.48e-05 GTGGCGTAGTCGGTAGCGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrI + 166272 166291 2.37e-09 2.08e-05 ATGGCGCAGTTGGTAGCGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXII - 214929 214948 2.37e-09 2.08e-05 ATGGCGCAGTTGGTAGCGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrV - 312069 312088 2.37e-09 2.08e-05 ATGGCGCAGTTGGTAGCGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII + 794422 794441 2.37e-09 2.08e-05 ATGGCGCAGTTGGTAGCGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrX - 424489 424508 2.94e-09 2.33e-05 TTGGCCGAGTGGTCTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXIV - 726191 726210 2.94e-09 2.33e-05 TTGGCCGAGTGGTCTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXII - 963029 963048 2.94e-09 2.33e-05 TTGGCCGAGTGGTCTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrII + 9588 9607 2.94e-09 2.33e-05 TTGGCCGAGTGGTCTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV + 519748 519767 2.94e-09 2.33e-05 TTGGCCGAGTGGTCTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII - 701022 701041 3.79e-09 2.64e-05 TTAGCTCAGTTGGTAGAGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII - 701022 701041 3.79e-09 2.64e-05 TTAGCTCAGTTGGTAGAGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXVI - 769276 769295 3.79e-09 2.64e-05 TTAGCTCAGTTGGTAGAGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII + 115493 115512 3.79e-09 2.64e-05 TTAGCTCAGTTGGTAGAGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV + 359582 359601 3.79e-09 2.64e-05 TTAGCTCAGTTGGTAGAGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXV + 438648 438667 3.79e-09 2.64e-05 TTAGCTCAGTTGGTAGAGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXII + 875381 875400 3.79e-09 2.64e-05 TTAGCTCAGTTGGTAGAGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrX - 59146 59165 5.75e-09 3.42e-05 ATGGCCAAGTTGGTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVIII - 116153 116172 5.75e-09 3.42e-05 ATGGCCAAGTTGGTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXV - 354087 354106 5.75e-09 3.42e-05 ATGGCCAAGTTGGTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV - 434310 434329 5.75e-09 3.42e-05 ATGGCCAAGTTGGTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXIV + 104810 104829 5.75e-09 3.42e-05 ATGGCCAAGTTGGTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXV + 113807 113826 5.75e-09 3.42e-05 ATGGCCAAGTTGGTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIX + 175036 175055 5.75e-09 3.42e-05 ATGGCCAAGTTGGTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrII + 266383 266402 5.75e-09 3.42e-05 ATGGCCAAGTTGGTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIII + 295489 295508 5.75e-09 3.42e-05 ATGGCCAAGTTGGTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIX + 325753 325772 5.75e-09 3.42e-05 ATGGCCAAGTTGGTAAGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXI + 74629 74648 1.31e-08 6.96e-05 ATGGCCAAGTTGGTTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXIV + 102721 102740 1.31e-08 6.96e-05 ATGGCCAAGTTGGTTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIII + 127721 127740 1.31e-08 6.96e-05 ATGGCCAAGTTGGTTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVI - 137533 137552 1.31e-08 6.96e-05 ATGGCCAAGTTGGTTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXV + 228336 228355 1.31e-08 6.96e-05 ATGGCCAAGTTGGTTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII + 731142 731161 1.31e-08 6.96e-05 ATGGCCAAGTTGGTTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXVI + 810681 810700 1.31e-08 6.96e-05 ATGGCCAAGTTGGTTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXII - 976030 976049 1.31e-08 6.96e-05 ATGGCCAAGTTGGTTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII + 122274 122293 2.69e-08 0.000125 TTGGCGCAATCGGTAGCGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrV - 135471 135490 2.69e-08 0.000125 TTGGCGCAATCGGTAGCGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII - 185760 185779 2.69e-08 0.000125 TTGGCGCAATCGGTAGCGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVI - 226734 226753 2.69e-08 0.000125 TTGGCGCAATCGGTAGCGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIX - 300274 300293 2.69e-08 0.000125 TTGGCGCAATCGGTAGCGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrV - 435798 435817 2.69e-08 0.000125 TTGGCGCAATCGGTAGCGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXIII - 480667 480686 2.69e-08 0.000125 TTGGCGCAATCGGTAGCGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXVI + 582067 582086 2.69e-08 0.000125 TTGGCGCAATCGGTAGCGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII + 876399 876418 2.69e-08 0.000125 TTGGCGCAATCGGTAGCGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV + 1201755 1201774 2.69e-08 0.000125 TTGGCGCAATCGGTAGCGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV - 1352512 1352531 2.69e-08 0.000125 TTGGCGCAATCGGTAGCGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXII - 605406 605425 3.33e-08 0.000151 GTAGCTCAGTGGTTAGAGCT
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV + 884366 884385 3.33e-08 0.000151 GTAGCTCAGTGGTTAGAGCT
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXI + 84213 84232 4.96e-08 0.000223 TTGGCCGAGTGGTCTAATGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrII + 36403 36422 5.51e-08 0.000225 TTAGCTCAGTTGGGAGAGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVI - 157981 158000 5.51e-08 0.000225 TTAGCTCAGTTGGGAGAGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVIII - 237913 237932 5.51e-08 0.000225 TTAGCTCAGTTGGGAGAGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXIII + 352285 352304 5.51e-08 0.000225 TTAGCTCAGTTGGGAGAGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVIII - 358543 358562 5.51e-08 0.000225 TTAGCTCAGTTGGGAGAGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXIV + 374874 374893 5.51e-08 0.000225 TTAGCTCAGTTGGGAGAGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII - 440781 440800 5.51e-08 0.000225 TTAGCTCAGTTGGGAGAGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXVI - 622605 622624 5.51e-08 0.000225 TTAGCTCAGTTGGGAGAGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV - 1095435 1095454 5.51e-08 0.000225 TTAGCTCAGTTGGGAGAGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrX + 233944 233963 7.61e-08 0.000293 GTGGCCCAATGGTCACGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXV - 340345 340364 7.61e-08 0.000293 GTGGCCCAATGGTCACGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXII + 374360 374379 7.61e-08 0.000293 GTGGCCCAATGGTCACGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXI + 490973 490992 7.61e-08 0.000293 GTGGCCCAATGGTCACGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrV - 492398 492417 7.61e-08 0.000293 GTGGCCCAATGGTCACGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV - 620015 620034 7.61e-08 0.000293 GTGGCCCAATGGTCACGGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIII + 90864 90883 1.02e-07 0.000367 TTGGCCGAGCGGTCTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrI + 181146 181165 1.02e-07 0.000367 TTGGCCGAGCGGTCTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII + 205526 205545 1.02e-07 0.000367 TTGGCCGAGCGGTCTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII + 423097 423116 1.02e-07 0.000367 TTGGCCGAGCGGTCTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXIV + 443011 443030 1.02e-07 0.000367 TTGGCCGAGCGGTCTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXII + 628388 628407 1.02e-07 0.000367 TTGGCCGAGCGGTCTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII - 857465 857484 1.02e-07 0.000367 TTGGCCGAGCGGTCTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV - 1461803 1461822 1.02e-07 0.000367 TTGGCCGAGCGGTCTAAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrX + 378365 378384 1.36e-07 0.000448 GTGGTCTAGTCGGTTATGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXI + 379685 379704 1.36e-07 0.000448 GTGGTCTAGTCGGTTATGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrV + 438705 438724 1.36e-07 0.000448 GTGGTCTAGTCGGTTATGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrV + 469462 469481 1.36e-07 0.000448 GTGGTCTAGTCGGTTATGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII + 823487 823506 1.36e-07 0.000448 GTGGTCTAGTCGGTTATGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXI - 308191 308210 1.36e-07 0.000448 GTGGTCTAGTCGGTTATGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXIII - 372492 372511 1.36e-07 0.000448 GTGGTCTAGTCGGTTATGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII - 412341 412360 1.36e-07 0.000448 GTGGTCTAGTCGGTTATGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXIII - 420635 420654 1.36e-07 0.000448 GTGGTCTAGTCGGTTATGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXV - 663859 663878 1.36e-07 0.000448 GTGGTCTAGTCGGTTATGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrX + 422942 422961 1.77e-07 0.000518 GTAGCTCAGTAGGAAGAGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXV + 976426 976445 1.77e-07 0.000518 GTAGCTCAGTAGGAAGAGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV + 1175834 1175853 1.77e-07 0.000518 GTAGCTCAGTAGGAAGAGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrX - 391089 391108 1.77e-07 0.000518 GTAGCTCAGTAGGAAGAGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXIII - 572929 572948 1.77e-07 0.000518 GTAGCTCAGTAGGAAGAGCG
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DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrX + 531833 531852 1.83e-07 0.000518 GTGGTTTAGTGGTAAAATCC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXVI + 572274 572293 1.83e-07 0.000518 GTGGTTTAGTGGTAAAATCC
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DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXV + 301102 301121 4.1e-07 0.00107 GTGGTCTAGTGGTATGATTC
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DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXV + 980688 980707 4.1e-07 0.00107 GTGGTCTAGTGGTATGATTC
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DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVI - 210681 210700 4.19e-07 0.00107 GTAGCCAAGTTGGTTTAAGG
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DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXIV - 96286 96305 2.29e-06 0.00569 TTAGTGTAGTGGTTATCATC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXV - 111007 111026 2.29e-06 0.00569 TTAGTGTAGTGGTTATCATC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII + 779621 779640 2.29e-06 0.00569 TTAGTGTAGTGGTTATCATC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrX + 204740 204759 2.88e-06 0.00647 ATAGTTTAATGGTCAGAATG
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DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrX - 374469 374488 2.88e-06 0.00647 ATAGTTTAATGGTCAGAATG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrII + 405965 405984 2.88e-06 0.00647 ATAGTTTAATGGTCAGAATG
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DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXII + 427137 427156 2.88e-06 0.00647 ATAGTTTAATGGTCAGAATG
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DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXI - 513377 513396 2.88e-06 0.00647 ATAGTTTAATGGTCAGAATG
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DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII - 544622 544641 2.88e-06 0.00647 ATAGTTTAATGGTCAGAATG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV + 568969 568988 2.88e-06 0.00647 ATAGTTTAATGGTCAGAATG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV + 568969 568988 2.88e-06 0.00647 ATAGTTTAATGGTCAGAATG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXV + 571963 571982 2.88e-06 0.00647 ATAGTTTAATGGTCAGAATG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXII + 793923 793942 2.88e-06 0.00647 ATAGTTTAATGGTCAGAATG
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DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII + 700680 700699 2.93e-06 0.00651 CTGGCCGAGTGGTCTAAGGC
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DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrV - 131127 131146 3.54e-06 0.00747 ATAGTGTAGTGGTTATCACT
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DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIII - 168346 168365 3.54e-06 0.00747 ATAGTGTAGTGGTTATCACT
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXI + 327146 327165 3.54e-06 0.00747 TTGGCACAGTGGTCAGAGTG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrII + 350832 350851 3.54e-06 0.00747 ATAGTGTAGTGGTTATCACT
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXII - 448695 448714 3.54e-06 0.00747 ATAGTGTAGTGGTTATCACT
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV + 520977 520996 3.54e-06 0.00747 ATAGTGTAGTGGTTATCACT
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV - 645198 645217 3.54e-06 0.00747 ATAGTGTAGTGGTTATCACT
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV - 802776 802795 3.54e-06 0.00747 ATAGTGTAGTGGTTATCACT
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXIII - 808291 808310 3.54e-06 0.00747 ATAGTGTAGTGGTTATCACT
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXII + 459723 459742 4.39e-06 0.00916 GTAGTTAAGCTGGTAAGAGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXII + 459723 459742 4.39e-06 0.00916 GTAGTTAAGCTGGTAAGAGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXIV - 631891 631910 6.06e-06 0.0126 GTGGTCTAGAGGTATGATTC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV + 383233 383252 1.67e-05 0.0346 GTAGCTGAACCGTTTGAATT
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII - 649265 649284 1.77e-05 0.0363 GTAGCCTAATGTTTAATGCC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXI - 308199 308218 1.87e-05 0.0379 GTGGTTTCGTGGTCTAGTCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXV - 663867 663886 1.87e-05 0.0379 GTGGTTTCGTGGTCTAGTCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII + 823479 823498 1.87e-05 0.0379 GTGGTTTCGTGGTCTAGTCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXV + 444944 444963 1.98e-05 0.0399 TTGGTGTTGTCGGTTACGTC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXIV + 96321 96340 2.03e-05 0.0407 ATAGTGTAACTGTAATGACG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXVI + 829336 829355 2.14e-05 0.0427 TTAGTGACGTTGGTAGGGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrV + 469454 469473 2.19e-05 0.0434 TTGGTTTCGTGGTCTAGTCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXII + 498602 498621 2.3e-05 0.0453 GTGGTGAAGTCTTTAGTGCG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrV - 431340 431359 2.4e-05 0.0472 TTGGGCTAGCGGTAAAGGTG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXI - 618983 619002 2.52e-05 0.0493 TTTGTGTAGTTGTCTGGGTG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXIII - 651700 651719 2.58e-05 0.0502 TTGGTTCTGTTGGAAGCAGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrV + 236556 236575 3.12e-05 0.0603 GTGACGGAGTCGTTAACGTT
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV + 383057 383076 3.45e-05 0.0665 TTGGTCTAGTTGAATAAACT
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXII + 818614 818633 4.03e-05 0.0772 CTAGTGCAATGGTTAGCATG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXVI + 436052 436071 4.12e-05 0.0786 GTGGTTGATTGGTGAAAATC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV + 83544 83563 4.27e-05 0.0812 TTAGCGCAAGTGGTTTAGTG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII + 481602 481621 5.16e-05 0.0975 TTAGCCAAGTAAGCAGCACC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrI - 72086 72105 5.47e-05 0.103 GTGGTTTGGTGGGATTGGGT
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII - 399581 399600 5.79e-05 0.108 GTAATCCAGTTGTCACGAGG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXIV - 771967 771986 5.83e-05 0.109 ATAGCCGGGCTGGTTACAGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXVI - 40335 40354 5.91e-05 0.11 TTGACTAAGAGGGCTGAGGC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVIII - 383282 383301 6.97e-05 0.128 AAAGCGAAGCGGGCAACACC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrI - 72121 72140 7.02e-05 0.128 TTAGCGTACTTGTCATCGGT
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrII - 326839 326858 7.02e-05 0.128 ATGGTCCAGTGGTTCAAGAC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV - 488844 488863 7.02e-05 0.128 ATGGTCCAGTGGTTCAAGAC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrI + 143011 143030 7.49e-05 0.136 TTATCCCAATTGGTTTCGGT
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrX + 617818 617837 7.57e-05 0.137 TTGATCCAATGGTTACCATC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXV - 989248 989267 7.69e-05 0.138 GTGGCCTAGCCGGTTCGCGT
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXVI + 857037 857056 8.09e-05 0.144 GTGGCTTAGTGATTTTCATT
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVIII - 475752 475771 8.12e-05 0.144 ATAGTGTAGCGGCTATCACG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV - 1075518 1075537 8.12e-05 0.144 ATAGTGTAGCGGCTATCACG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII - 806768 806787 8.17e-05 0.144 ACGGTGAAGTTGTTTCCGTC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrVII - 806768 806787 8.17e-05 0.144 ACGGTGAAGTTGTTTCCGTC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXI + 46792 46811 8.7e-05 0.152 TTGGCCAAAAGGGCTGAGTA
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV - 1257062 1257081 8.73e-05 0.152 TTAGCGAAAGTGGTTCAGTG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXVI + 114677 114696 9.04e-05 0.157 GTAGTTATGTTGTCTCAACG
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrX - 115904 115923 9.1e-05 0.157 TTAGCTAAATAGTTATTTTT
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXII + 897782 897801 9.19e-05 0.158 ATGACTAAGTCGTTTTATTC
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrXVI + 378806 378825 9.25e-05 0.158 ATAGTTGAAATGTATGGGTT
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrX + 538560 538579 9.49e-05 0.162 TTGGCGTAATGGTAACGCGT
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV + 383386 383405 9.79e-05 0.166 GTAGTTGAGTCAGCTGAAGT
DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS MEME-1 chrIV + 383386 383405 9.79e-05 0.166 GTAGTTGAGTCAGCTGAAGT

DEBUGGING INFORMATION

Command line:

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--NRG1/fimo_out_1 --bgfile /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--NRG1/background --motif DTGGCYBAGTKGKTWRAGSS /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--NRG1/meme_out/meme.xml /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--NRG1/AWRI1631--NRG1.fa

Settings:

output_directory = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--NRG1/fimo_out_1 MEME file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--NRG1/meme_out/meme.xml sequence file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--NRG1/AWRI1631--NRG1.fa
background file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--NRG1/background alphabet = DNA max stored scores = 100000
allow clobber = true compute q-values = true parse genomic coord. = true
text only = false scan both strands = true max strand = false
threshold type = p-value output theshold = 0.0001 pseudocount = 0.1
alpha = 1 verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.


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