Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--NOT3/AWRI1631--NOT3.fa
Database contains 386 sequences, 104515 residues

MOTIFS /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--NOT3/meme_out/meme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
TAMCCACTRVRCCAHVNV 18 TAACCACTAGGCCACAGG
CRCRYMWSVYTHNYAMBGWKRAGRTCMBSG 30 CGCGTCTCGCTTTCAACGAGGAGATCAGGG
ARATGTAYGGRTGTWWA 17 AAATGTACGGGTGTAAA

Random model letter frequencies (/srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--NOT3/background):
A 0.307 C 0.193 G 0.193 T 0.307

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrX + 157603 157619 2.57e-09 0.000505 AAGTGTACGGGTGTATA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXII + 932273 932289 5.13e-09 0.000505 GGATGTACGGATGTATA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrV - 396375 396391 1.06e-08 0.000618 AAGTGTACGGATGTATA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrX + 157586 157602 1.27e-08 0.000618 AGATGTATGGATGTATA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXII - 241803 241819 1.64e-08 0.000618 ATATGTACGGATGTAAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrII + 415681 415697 2.15e-08 0.000618 AAATGCATGGGTGTAAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVII - 555506 555522 2.56e-08 0.000618 TAATGCACGGGTGTAAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXV + 79946 79962 2.83e-08 0.000618 ATATGTACGGGTGTTTA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXII + 932265 932281 2.83e-08 0.000618 AGATGTACGGATGTACG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXV + 1028905 1028921 3.82e-08 0.000667 AAATGTACGGATGCACA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIV + 341441 341457 4.01e-08 0.000667 AAATGTACGGATGGAAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrII + 89799 89815 4.07e-08 0.000667 GGGTGTATGGATGTAAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXIII - 225541 225557 5.28e-08 0.000799 GAATGTACGGATGTAAT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXVI - 406367 406383 5.76e-08 0.000805 AAAGGTACGGATGTTAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIV - 1359592 1359608 6.94e-08 0.000805 TAATGTACGGATGTTTA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVI + 221918 221934 7.19e-08 0.000805 AAATGTACGGGTGAAAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVII + 535002 535018 7.19e-08 0.000805 AAATGCACGGATGCATA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVIII + 505999 506015 7.37e-08 0.000805 AAATGTATGGATGCATA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVI + 65165 65181 8.33e-08 0.000862 ATATGTACGGGTGTTGA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXVI + 76541 76557 8.85e-08 0.000869 GGATGTACGGGTGAAAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrII + 593083 593099 9.62e-08 0.0009 AGATGTATGGATGCAAG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXV + 679008 679024 1.1e-07 0.000982 ATATGTACGGATGTATG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrII - 605912 605928 1.3e-07 0.00109 AGATGTACAGGTGTAAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrII - 45166 45182 1.34e-07 0.00109 GAATGTACGGATGCATG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVIII - 126098 126114 1.48e-07 0.00109 AGGTGTACGGATGCATT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXIII - 225528 225544 1.48e-07 0.00109 TAATGCACGGATGTTAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXII - 922341 922357 1.5e-07 0.00109 ATATGTACGGGTGTCAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXVI + 378838 378854 1.83e-07 0.00128 GAATGTACGGATGTTTT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrV - 305981 305997 2.21e-07 0.00149 AAATGTGTGGGTGTACA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXI - 108917 108933 2.32e-07 0.00149 AAATGTACGGATGTTGT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXIII + 551526 551542 2.35e-07 0.00149 AAATGTATGGGTGCGTA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXIII - 146080 146096 2.48e-07 0.00151 TGGTGTATGGATGTACA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXII + 932298 932314 2.53e-07 0.00151 TAATGCACGGATGTAGA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXII + 796632 796648 2.69e-07 0.00155 GGAGGCACGGATGCAAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVII + 438756 438772 2.87e-07 0.00161 AAATGTATGGATGGTAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXIII - 296962 296978 3.29e-07 0.00179 AGATGTATGGGTGTGCG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXII + 781654 781670 3.4e-07 0.0018 AAATGCACGGATGCATT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXI + 619009 619025 3.97e-07 0.00205 AGAGGCACGGATGGAAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVII - 726600 726616 4.14e-07 0.00208 TAGGGTATGGGTGTATA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIV + 130747 130763 4.47e-07 0.00211 AAATGTGCGGATGTTTG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrV - 423268 423284 4.51e-07 0.00211 AGGTGTACGGAGGTAAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXIV + 444619 444635 4.51e-07 0.00211 AGAGGTACGGATGGAGA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXVI - 732100 732116 5.15e-07 0.00235 AAAGGTATGGGTGTACT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrI + 82108 82124 5.29e-07 0.00236 AGGTGCACGGATGTACC
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVII + 254345 254361 6.16e-07 0.00267 ATATGCACGGGTGCAAC
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXII + 713370 713386 6.26e-07 0.00267 ATATGTACGGATGTGAT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXV + 93110 93126 6.45e-07 0.00267 ATGTGTACGGATGTAGT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIV + 222133 222149 6.51e-07 0.00267 GGGTGTACGGGTGTGGT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVII - 726583 726599 6.65e-07 0.00267 TAGGGTATGGGTGTACA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVII - 254324 254340 7.08e-07 0.0027 AGATGTATGGGTTCAAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVII + 366235 366251 7.14e-07 0.0027 ATATGTGTGGGTGTTTA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXV + 168186 168202 7.21e-07 0.0027 ATAGGCACGGGTGTTCA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXII + 48901 48917 7.28e-07 0.0027 AGATGTACGGATCTTCA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXIII - 551615 551631 7.94e-07 0.00289 TAATGTATGGGTGCCAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXIV + 63316 63332 8.46e-07 0.00302 AAATGTTCGGATGTAAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVIII - 75149 75165 9.16e-07 0.00322 AAATGTACAGGTGTGAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXIV + 444603 444619 9.49e-07 0.00327 TAATGTACGGATTTAAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXII - 498669 498685 1.02e-06 0.00344 GGATGCACGGAGGTAAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrV + 140673 140689 1.07e-06 0.00356 AAAGGTATGGGTGCTTT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrII - 477230 477246 1.11e-06 0.00362 AAATGTGTGGGTGCAAC
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrV - 85296 85312 1.13e-06 0.00366 AGGGGTATGGGTGGATG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrII + 61071 61087 1.21e-06 0.00384 GGGTGTACAGATGTTAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIV - 1401429 1401445 1.26e-06 0.00394 ATATGTGTGGGTGGAAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXII + 932257 932273 1.34e-06 0.00411 AGATGTACAGATGTACG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrX + 703449 703465 1.38e-06 0.00418 GGATGCATGGGTGCTTC
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXIII - 732202 732218 1.42e-06 0.00422 CGATGTGCGGATGTATT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVII + 366217 366233 1.51e-06 0.00441 AAAGGTACGGATTTATA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrX + 75516 75532 1.53e-06 0.00441 TGAGGTGTGGATGTATA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVIII + 149080 149096 1.66e-06 0.00473 TGGTGCATGGGTGAAAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVII + 649147 649163 1.73e-06 0.00479 CGTTGTACGGATGTTTA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIV - 1301105 1301121 1.73e-06 0.00479 CAGTGCACGGATGTTTG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrV - 53715 53731 1.87e-06 0.00507 ATATGTGTGGGTGTCAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVIII + 383099 383115 1.88e-06 0.00507 TGATGTATGGGTGTCTC
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrX + 703420 703436 1.93e-06 0.00509 GAATGTACGGCTGTTTA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVII + 149316 149332 1.94e-06 0.00509 GGGTGTATGGATGCTGT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrII - 604297 604313 1.99e-06 0.00514 AAATGTACAGATGTGTA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVII + 788527 788543 2.18e-06 0.00557 GTATGCACGGATGTTGT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXII - 674050 674066 2.21e-06 0.00558 TGGTGCATGGGTCTAAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXIII + 754570 754586 2.28e-06 0.00568 GGATGTATGGGGGTATT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXV - 94631 94647 2.39e-06 0.00587 TATTGCATGGGTGTTAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXVI + 378813 378829 2.63e-06 0.00638 AAATGTATGGGTTCAAT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIX + 254356 254372 3.04e-06 0.0072 GAATGTGTGGGTGCGGA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIV + 358247 358263 3.04e-06 0.0072 TAATGTATGGGTGGTGT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXII - 241824 241840 3.13e-06 0.00733 GAATGCATGGGTTTACA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVI + 95634 95650 3.41e-06 0.00785 CGGTGTGTGGGTGCATG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrV + 53733 53749 3.44e-06 0.00785 TGGTGTTCGGATGTTAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXV + 93084 93100 3.58e-06 0.0081 AAATGTACGGGTTGAAC
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrII - 477211 477227 3.87e-06 0.00864 GAATGTACGGAGGTAGT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVII + 149304 149320 4.01e-06 0.00885 GTATGTATGGGTGGGTG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXII + 1028411 1028427 4.69e-06 0.0102 AAATGTATGGGTCATAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrII + 89779 89795 4.82e-06 0.0104 AAGTGCAAGGGTGTTAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrII - 332521 332537 4.88e-06 0.0104 AATTGTATGGGTGCAGC
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXII + 65498 65514 5.58e-06 0.0118 GGATGTACGGCTGTGTG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIV - 117366 117382 5.76e-06 0.012 ATATGTATGGGTCTGAG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXV - 216455 216471 5.83e-06 0.0121 GAAGGCGCGGGTGCTCG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXII + 932249 932265 5.99e-06 0.0123 TTGTGTACAGATGTACA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIX - 316348 316364 6.07e-06 0.0123 TAATGTATGGGTTCTAG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXII - 1028394 1028410 6.22e-06 0.0124 TGGTGCATGGGTGATAT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXV + 866754 866770 6.22e-06 0.0124 GTTTGTATGGGTGTTAC
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVIII - 175178 175194 6.39e-06 0.0125 TGATGTATGGGTCTCAG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVII - 310682 310698 6.43e-06 0.0125 TGGTGTACAGATGTTAC
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXII - 897857 897873 6.99e-06 0.0135 GGAGGTACAGGTGTTGT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIV - 411431 411447 7.12e-06 0.0136 CGGGGTGTGGGTGTTTG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXV + 779863 779879 7.25e-06 0.0137 GATTGTATGGGTTTATA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrII - 604281 604297 7.53e-06 0.0141 AAATGTACGGATTAAAT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrX - 73578 73594 7.62e-06 0.0141 TGGTGCAAGGATGTAAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVII + 438733 438749 7.92e-06 0.0145 TGGTGCACAGATGTAAC
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXI - 158396 158412 8.01e-06 0.0146 GTGTGCACGGGTTGAAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIX + 99808 99824 8.32e-06 0.015 AAATGTACTGGTGTTAC
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVII + 700725 700741 8.89e-06 0.0159 GGAGGCGCGGGTTCAAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXIII - 551599 551615 9.67e-06 0.0171 ATATGTACTGATGTTTA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVII + 649132 649148 1.01e-05 0.0177 TAATGTATGGGTTCTCG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIII + 163675 163691 1.02e-05 0.0177 TATGGTATGGGTGCACG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXIV + 495393 495409 1.04e-05 0.018 TAGTGTACGGATTGAAT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXV - 505290 505306 1.08e-05 0.0184 TTGTGTATGGGTTTGAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXIV + 495376 495392 1.09e-05 0.0184 GGAGGTTTGGGTGTGTA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIV - 308220 308236 1.17e-05 0.0196 ATATGTAAGGATGTAAC
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXV - 168203 168219 1.22e-05 0.0203 TGATGTGTGGGTGGCTT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrX - 90243 90259 1.36e-05 0.0221 GAATGTTCAGGTGCAAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrII + 45186 45202 1.36e-05 0.0221 GTATGTTTGGGTGTATC
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIII + 163645 163661 1.37e-05 0.0221 GGGTGCGTGGGTGCGGT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVIII + 383116 383132 1.37e-05 0.0221 GGATGTTCGGATGTCAC
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrX - 651442 651458 1.47e-05 0.0235 ATATGTATGGGTTAAGA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXII - 922315 922331 1.49e-05 0.0237 TGAGGTATGGGTTCCAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXV - 505315 505331 1.53e-05 0.024 ATATGTTTGGGTGTGAT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXV - 866734 866750 1.59e-05 0.0247 GAATGCTTGGATGTAGG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrV + 140710 140726 2.04e-05 0.0316 TGGGGTATGGGGGCATC
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXV - 216447 216463 2.08e-05 0.0319 GGGTGCTCGGATGTTCC
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXIII - 146110 146126 2.23e-05 0.034 TAGTGTACTGGTGCTAT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIX + 99826 99842 2.32e-05 0.0351 TGGTGTACCGATGCTTT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIV - 308200 308216 2.35e-05 0.0351 AAATGTATGGGTCACAT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXII + 781636 781652 2.36e-05 0.0351 AATTGTGTGGGTTTATG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrII + 593066 593082 2.48e-05 0.0366 AGATGTATGGAGTTCAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrV - 396393 396409 2.55e-05 0.0375 AAATGTTTGGGTTCACA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIV - 835947 835963 2.63e-05 0.0383 CGGGGCGTGGGTGTGCG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXIII + 551541 551557 2.79e-05 0.0403 TAATGTACAGATTTTAT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVII + 555524 555540 2.87e-05 0.0412 AAGTGTTTGGGTTTAAT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrI - 141843 141859 3.04e-05 0.0433 CGGTGTGTGGATGATGG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXI - 108899 108915 3.25e-05 0.046 ATGTGTTTGGATGATAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVII - 310697 310713 3.49e-05 0.049 TAATGTGTGGGTCCCTG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIX - 257501 257517 3.52e-05 0.0491 TGTTGTTTGGGTGTTTT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIV + 222109 222125 3.59e-05 0.0497 AAAGGTACTGGTGAAAT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIV - 411459 411475 3.85e-05 0.0529 GGTGGTGTGGGTGGGGA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVIII - 126112 126128 4.08e-05 0.0556 AAATGTAAAGATGTAGG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXI - 158417 158433 4.1e-05 0.0556 TTATGTACAGATTTATT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrV + 355027 355043 4.23e-05 0.0566 GTATGTATGGGGTTAGG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXV - 779899 779915 4.23e-05 0.0566 TGGGGTATGGGGGGGTG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXVI - 700165 700181 4.49e-05 0.0596 TGGTGTGTGGGGGATCA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrV - 423201 423217 4.57e-05 0.0603 AAAGGCGCGGCTGTCAG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXII + 713460 713476 4.9e-05 0.0643 AAATGTACCGCTGTAGG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIV + 308139 308155 4.97e-05 0.0647 ACATGTATGGGTGTTTT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVII + 701141 701157 5.13e-05 0.0663 AGATGCAAGGATTGATA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXII + 1019141 1019157 5.22e-05 0.067 TAATGTTTGGGTTTCAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrII - 165253 165269 5.45e-05 0.0694 CGGTGTATGGGTTAGAT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXVI - 700256 700272 5.47e-05 0.0694 CTGTGCTTGGGTGTTTT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXVI - 406383 406399 5.52e-05 0.0694 AAATGTTTGGAGGTGGA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrX + 617988 618004 5.62e-05 0.0694 GGATGCAAGGGTTCGAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXII + 732159 732175 5.62e-05 0.0694 GGATGCAAGGGTTCGAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXII - 592532 592548 5.62e-05 0.0694 GGATGCAAGGGTTCGAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXIII + 732220 732236 5.79e-05 0.0711 GCATGTGTGGGTGTATA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXI + 84199 84215 6.35e-05 0.0776 ATTTGTATGGAGGGTTG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVIII - 103983 103999 6.6e-05 0.0796 ATATGTAAAGGTGCTAT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVII - 700763 700779 6.6e-05 0.0796 AAGTGCGTAGATTCAAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXVI - 732051 732067 7.03e-05 0.0842 TTTTGTATAGATGAAAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrX - 354374 354390 7.26e-05 0.0865 AAGGGTACGGCGGCCAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrX + 75558 75574 7.39e-05 0.0874 TGATGTATGGGCGCACA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXV + 79924 79940 7.73e-05 0.0904 GGAGGCATGGGTCACTT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIV + 130774 130790 7.73e-05 0.0904 AGGTGTACGGGAGCGCA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIX - 257529 257545 8.31e-05 0.0967 CGGTGTACAGATTTCAT
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXII + 232908 232924 8.59e-05 0.0993 GGAGGTACCGGTTTCAG
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrI - 82083 82099 8.76e-05 0.101 TGAGGTGCAGGGGTCTA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrXV - 94666 94682 9.37e-05 0.107 TGGTGTACGGATATGAA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIV - 117382 117398 9.52e-05 0.108 AAAGTTATGGGTGTAGA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrVIII - 75166 75182 9.64e-05 0.109 ATGTTTACGGATGTAGA
ARATGTAYGGRTGTWWA MEME-3 chrIV + 1301123 1301139 9.83e-05 0.11 GGATGTTTGGGTTGTGT
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--NOT3/fimo_out_3 --bgfile /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--NOT3/background --motif ARATGTAYGGRTGTWWA /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--NOT3/meme_out/meme.xml /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--NOT3/AWRI1631--NOT3.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--NOT3/fimo_out_3
    MEME file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--NOT3/meme_out/meme.xml
    sequence file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--NOT3/AWRI1631--NOT3.fa
  
  

    background file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--NOT3/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

Go to top