Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--MOT1/AWRI1631--MOT1.fa
Database contains 685 sequences, 217269 residues

MOTIFS /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--MOT1/meme_out/meme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
BDTGGCBYAGTGGKWARRGSS 21 CGTGGCCTAGTGGTTAAAGCG
RGRWCMSSGGTTCGAYYCCSS 21 AGGTCCCGGGTTCGATTCCCG
WRATGTAYGGRTGTW 15 AGATGTATGGGTGTA

Random model letter frequencies (/srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--MOT1/background):
A 0.301 C 0.199 G 0.199 T 0.301

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 639315 639329 1.05e-08 0.00243 TGGTGTACGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 932265 932279 1.88e-08 0.00243 AGATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 1355837 1355851 2.26e-08 0.00243 AAATGTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 157603 157617 2.35e-08 0.00243 AAGTGTACGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 296964 296978 3.12e-08 0.00258 AGATGTATGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 157586 157600 4.33e-08 0.00268 AGATGTATGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 932273 932287 4.53e-08 0.00268 GGATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 222133 222147 6.82e-08 0.00353 GGGTGTACGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 593083 593097 9.93e-08 0.00361 AGATGTATGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 126100 126114 1.01e-07 0.00361 AGGTGTACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 229652 229666 1.09e-07 0.00361 TGATGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVI + 65165 65179 1.25e-07 0.00361 ATATGTACGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 79946 79960 1.25e-07 0.00361 ATATGTACGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 415681 415695 1.39e-07 0.00361 AAATGCATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 89799 89813 1.59e-07 0.00361 GGGTGTATGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 555508 555522 1.59e-07 0.00361 TAATGCACGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 146082 146096 1.74e-07 0.00361 TGGTGTATGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 262963 262977 1.74e-07 0.00361 AAATGTATGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 396377 396391 1.76e-07 0.00361 AAGTGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 225543 225557 1.8e-07 0.00361 GAATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX - 68348 68362 1.9e-07 0.00361 TAATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrI + 82108 82122 1.96e-07 0.00361 AGGTGCACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 1028905 1028919 2.01e-07 0.00361 AAATGTACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 108919 108933 2.1e-07 0.00362 AAATGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 794653 794667 2.4e-07 0.00376 ATATGTATGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 679008 679022 2.62e-07 0.00376 ATATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 241805 241819 2.62e-07 0.00376 ATATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 305983 305997 2.62e-07 0.00376 AAATGTGTGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 732102 732116 2.82e-07 0.00376 AAAGGTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 551526 551540 2.96e-07 0.00376 AAATGTATGGGTGCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 614301 614315 3.01e-07 0.00376 TGGTGTGCGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 404704 404718 3.13e-07 0.00376 TGATGCATGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 69178 69192 3.19e-07 0.00376 TGGGGTACGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 181493 181507 3.19e-07 0.00376 TAATGTATGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 703449 703463 3.3e-07 0.00376 GGATGCATGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 505999 506013 3.39e-07 0.00376 AAATGTATGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI + 76541 76555 3.45e-07 0.00376 GGATGTACGGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 45168 45182 3.48e-07 0.00376 GAATGTACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII - 58869 58883 3.61e-07 0.00376 TGGTGCACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI + 378838 378852 3.71e-07 0.00376 GAATGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 1359594 1359608 3.82e-07 0.00376 TAATGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 431492 431506 3.95e-07 0.00376 TTGTGTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 254326 254340 4.02e-07 0.00376 AGATGTATGGGTTCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 282655 282669 4.09e-07 0.00376 AGATGTACAGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 605914 605928 4.09e-07 0.00376 AGATGTACAGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 254345 254359 4.49e-07 0.00397 ATATGCACGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 93110 93124 4.63e-07 0.00397 ATGTGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVI + 224055 224069 4.66e-07 0.00397 GTATGTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 383099 383113 4.7e-07 0.00397 TGATGTATGGGTGTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 477232 477246 4.88e-07 0.00405 AAATGTGTGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 818997 819011 5.1e-07 0.00406 ATATGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 818997 819011 5.1e-07 0.00406 ATATGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVI + 221918 221932 5.93e-07 0.00447 AAATGTACGGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 901538 901552 5.93e-07 0.00447 AAATGTACGGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 1355861 1355875 6e-07 0.00447 GAATGTATGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 149316 149330 6.12e-07 0.00447 GGGTGTATGGATGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 932298 932312 6.21e-07 0.00447 TAATGCACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 535002 535016 6.37e-07 0.00447 AAATGCACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 781654 781668 6.37e-07 0.00447 AAATGCACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 217312 217326 7.01e-07 0.00484 AAATGTACGGGTTCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 607994 608008 7.56e-07 0.00514 GGATGTATGGATGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 341441 341455 7.92e-07 0.00529 AAATGTACGGATGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 732204 732218 8.05e-07 0.00529 CGATGTGCGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 713370 713384 8.4e-07 0.00531 ATATGTACGGATGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 726585 726599 8.45e-07 0.00531 TAGGGTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 726602 726616 8.45e-07 0.00531 TAGGGTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 710731 710745 8.74e-07 0.00541 AGATGCGTGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 140673 140687 9.61e-07 0.00585 AAAGGTATGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 130747 130761 1.02e-06 0.00611 AAATGTGCGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 483546 483560 1.04e-06 0.00611 TGATGTATGGGTGAT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 922343 922357 1.08e-06 0.00611 ATATGTACGGGTGTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI + 378813 378827 1.09e-06 0.00611 AAATGTATGGGTTCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 225530 225544 1.1e-06 0.00611 TAATGCACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 406369 406383 1.1e-06 0.00611 AAAGGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVI + 95634 95648 1.11e-06 0.00611 CGGTGTGTGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 85298 85312 1.12e-06 0.00611 AGGGGTATGGGTGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 366235 366249 1.16e-06 0.00622 ATATGTGTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 358247 358261 1.18e-06 0.00628 TAATGTATGGGTGGT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 932257 932271 1.27e-06 0.00666 AGATGTACAGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 444619 444633 1.35e-06 0.00684 AGAGGTACGGATGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 522301 522315 1.36e-06 0.00684 TTGTGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 277225 277239 1.37e-06 0.00684 GGGTGTATGGGTCTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 229628 229642 1.39e-06 0.00684 ATATGTATGGGTTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 302827 302841 1.39e-06 0.00684 GGATGTCTGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 382303 382317 1.53e-06 0.00745 TGATGTCCGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV - 330948 330962 1.67e-06 0.00803 AGATGTAAGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 796632 796646 1.71e-06 0.00815 GGAGGCACGGATGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 48901 48915 1.8e-06 0.00846 AGATGTACGGATCTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 444603 444617 1.94e-06 0.00903 TAATGTACGGATTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 551617 551631 2.02e-06 0.00903 TAATGTATGGGTGCC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 371353 371367 2.05e-06 0.00903 AGGTGCATGGGTGCC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 438756 438770 2.05e-06 0.00903 AAATGTATGGATGGT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 168186 168200 2.08e-06 0.00903 ATAGGCACGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 298716 298730 2.1e-06 0.00903 TAATGTCTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX + 254356 254370 2.11e-06 0.00903 GAATGTGTGGGTGCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 539103 539117 2.15e-06 0.00903 AGGGGTGTGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 754570 754584 2.17e-06 0.00903 GGATGTATGGGGGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 788527 788541 2.17e-06 0.00903 GTATGCACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 93084 93098 2.19e-06 0.00903 AAATGTACGGGTTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 281764 281778 2.19e-06 0.00903 AAGTGTAAGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 125476 125490 2.2e-06 0.00903 CGGTGTATGGGTTCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 161244 161258 2.29e-06 0.00929 CGATGTATGGGTTTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 75516 75530 2.37e-06 0.00954 TGAGGTGTGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 241826 241840 2.57e-06 0.0102 GAATGCATGGGTTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 75151 75165 2.76e-06 0.0109 AAATGTACAGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX - 316350 316364 2.82e-06 0.0109 TAATGTATGGGTTCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 649132 649146 2.82e-06 0.0109 TAATGTATGGGTTCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII + 163645 163659 3.23e-06 0.0121 GGGTGCGTGGGTGCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI + 619009 619023 3.23e-06 0.0121 AGAGGCACGGATGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 1401431 1401445 3.23e-06 0.0121 ATATGTGTGGGTGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 1301107 1301121 3.26e-06 0.0122 CAGTGCACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 149304 149318 3.37e-06 0.0124 GTATGTATGGGTGGG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 674052 674066 3.37e-06 0.0124 TGGTGCATGGGTCTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 794635 794649 3.52e-06 0.0128 AGATGTTCGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 188788 188802 3.63e-06 0.0131 CGATGCATGGGTTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 423270 423284 3.69e-06 0.0132 AGGTGTACGGAGGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 1028396 1028410 3.76e-06 0.0133 TGGTGCATGGGTGAT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 1025874 1025888 4.13e-06 0.0145 TGATGAATGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 411433 411447 4.24e-06 0.0146 CGGGGTGTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 1012236 1012250 4.24e-06 0.0146 TGGTGCATGGGTTCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 897859 897873 4.35e-06 0.0148 GGAGGTACAGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 366217 366231 4.46e-06 0.0148 AAAGGTACGGATTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 61071 61085 4.5e-06 0.0148 GGGTGTACAGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 270485 270499 4.55e-06 0.0148 GTATGTATGGGTGAT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI + 135624 135638 4.57e-06 0.0148 GGGTGCACGGATTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 1000456 1000470 4.57e-06 0.0148 AGGTGTTTGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII + 178470 178484 4.6e-06 0.0148 AAATGTACAGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 310684 310698 4.6e-06 0.0148 TGGTGTACAGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 391992 392006 4.64e-06 0.0148 GGAGGTCTGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 553071 553085 4.64e-06 0.0148 AGATGTATGGGTCTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 63316 63330 4.79e-06 0.0151 AAATGTTCGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 332523 332537 5.02e-06 0.0157 AATTGTATGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 903520 903534 5.06e-06 0.0158 TGGTGCATGGGTCCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 1004245 1004259 5.24e-06 0.0161 GGGTGCAAGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 53717 53731 5.29e-06 0.0161 ATATGTGTGGGTGTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX + 99808 99822 5.29e-06 0.0161 AAATGTACTGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 313494 313508 6.08e-06 0.0184 AGGTGTGCAGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 117368 117382 6.23e-06 0.0187 ATATGTATGGGTCTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 406489 406503 6.44e-06 0.019 TAAGGTATGGATGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 438733 438747 6.44e-06 0.019 TGGTGCACAGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 604299 604313 6.48e-06 0.019 AAATGTACAGATGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 217417 217431 6.63e-06 0.0193 AAATGTTTGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 522276 522290 6.68e-06 0.0193 TAATGTACAGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 175180 175194 6.74e-06 0.0193 TGATGTATGGGTCTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 308222 308236 6.74e-06 0.0193 ATATGTAAGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 505986 506000 6.83e-06 0.0194 AAATGTCTGGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 505292 505306 6.93e-06 0.0195 TTGTGTATGGGTTTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 53733 53747 7.24e-06 0.0203 TGGTGTTCGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 45186 45200 7.42e-06 0.0206 GTATGTTTGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 89779 89793 7.5e-06 0.0206 AAGTGCAAGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 216457 216471 7.5e-06 0.0206 GAAGGCGCGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 168205 168219 7.61e-06 0.0206 TGATGTGTGGGTGGC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 477213 477227 7.61e-06 0.0206 GAATGTACGGAGGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 882296 882310 7.69e-06 0.0207 CGGTGCACAGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 73580 73594 7.94e-06 0.0211 TGGTGCAAGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 498671 498685 7.94e-06 0.0211 GGATGCACGGAGGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 281748 281762 8.55e-06 0.0226 AGAGGTAAGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 819038 819052 8.62e-06 0.0226 TAATGTATGGGTTAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 836179 836193 8.68e-06 0.0226 AGAGGTGTGGGTTCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 297055 297069 8.88e-06 0.023 TGATGTACTGGTGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 774511 774525 8.93e-06 0.023 CAAGGTGTGGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 604283 604297 9.54e-06 0.0244 AAATGTACGGATTAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 495393 495407 1.04e-05 0.026 TAGTGTACGGATTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 608012 608026 1.04e-05 0.026 ATATGTATGGGTTAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 649147 649161 1.04e-05 0.026 CGTTGTACGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 651444 651458 1.04e-05 0.026 ATATGTATGGGTTAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 932249 932263 1.07e-05 0.0264 TTGTGTACAGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 499431 499445 1.08e-05 0.0267 TGGTGCACTGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 505317 505331 1.09e-05 0.0267 ATATGTTTGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 262943 262957 1.15e-05 0.0279 AAATGTACTGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 85269 85283 1.18e-05 0.0286 CAAGGTCTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 700725 700739 1.19e-05 0.0286 GGAGGCGCGGGTTCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 835949 835963 1.2e-05 0.0288 CGGGGCGTGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 866754 866768 1.25e-05 0.0297 GTTTGTATGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 495376 495390 1.27e-05 0.0301 GGAGGTTTGGGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 168033 168047 1.33e-05 0.0312 ATATGTCTGGGTTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 618981 618995 1.34e-05 0.0315 AGTTGTCTGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 140710 140724 1.4e-05 0.0324 TGGGGTATGGGGGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 216449 216463 1.4e-05 0.0324 GGGTGCTCGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 146112 146126 1.46e-05 0.0336 TAGTGTACTGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 1028411 1028425 1.53e-05 0.0349 AAATGTATGGGTCAT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 922317 922331 1.54e-05 0.0349 TGAGGTATGGGTTCC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 253976 253990 1.59e-05 0.036 CGGTGTACGGATTAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 158398 158412 1.6e-05 0.036 GTGTGCACGGGTTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 424306 424320 1.63e-05 0.0365 CAATGTACGTGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 270524 270538 1.68e-05 0.0375 GGATGTAAAGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 383116 383130 1.73e-05 0.0383 GGATGTTCGGATGTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 451497 451511 1.74e-05 0.0384 ATGGGTAAGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 282672 282686 1.75e-05 0.0385 AAATGTACGGAGGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 866736 866750 1.78e-05 0.0388 GAATGCTTGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 555524 555538 1.86e-05 0.04 AAGTGTTTGGGTTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI + 627541 627555 1.86e-05 0.04 GGATGCGTGGGTTGT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 551601 551615 1.87e-05 0.04 ATATGTACTGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 664510 664524 1.88e-05 0.04 CAATGTACGGATCCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 664510 664524 1.88e-05 0.04 CAATGTACGGATCCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 396395 396409 1.93e-05 0.0408 AAATGTTTGGGTTCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIII + 163675 163689 1.95e-05 0.0409 TATGGTATGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 165255 165269 1.99e-05 0.0415 CGGTGTATGGGTTAG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI + 39024 39038 2.04e-05 0.0425 AAAGGTGCGGGTGGC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 779863 779877 2.11e-05 0.0437 GATTGTATGGGTTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV - 362348 362362 2.15e-05 0.0443 TATTGTATGGGTTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 109898 109912 2.2e-05 0.0452 TGGTTTATGGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 579224 579238 2.29e-05 0.0467 AAATGTTTGGGTCTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX - 267270 267284 2.35e-05 0.0477 TTATGTATGGGTCAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 382359 382373 2.44e-05 0.0493 GGAGGAATGGGTGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 978936 978950 2.48e-05 0.0499 GGATGAATGGGTTCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 520362 520376 2.5e-05 0.0499 CGAGGCCTGGGTGGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 780705 780719 2.51e-05 0.0499 TAATGTATAGGTTCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 410638 410652 2.53e-05 0.0499 AGATGTGTGTATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 1270406 1270420 2.53e-05 0.0499 TGTGGTACGGGTGTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 67911 67925 2.58e-05 0.0506 CGGTGCACGGATTTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 551541 551555 2.71e-05 0.0529 TAATGTACAGATTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 680564 680578 2.88e-05 0.056 ATATGTATGTGTGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVI + 65142 65156 3.01e-05 0.0577 TAATTTATGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 592534 592548 3.02e-05 0.0577 GGATGCAAGGGTTCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX + 617988 618002 3.02e-05 0.0577 GGATGCAAGGGTTCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 732159 732173 3.02e-05 0.0577 GGATGCAAGGGTTCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 126114 126128 3.06e-05 0.0579 AAATGTAAAGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 158419 158433 3.06e-05 0.0579 TTATGTACAGATTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 504798 504812 3.16e-05 0.0594 TGATGTTTGGGTCTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 355027 355041 3.23e-05 0.0603 GTATGTATGGGGTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 700132 700146 3.23e-05 0.0603 TGATGTAAGGATTCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrX - 90245 90259 3.45e-05 0.0641 GAATGTTCAGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII - 950268 950282 3.47e-05 0.0641 CGGTGTGTGGGTTAT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 168050 168064 3.6e-05 0.0662 GGAGGTACTGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 781636 781650 3.64e-05 0.0667 AATTGTGTGGGTTTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 236645 236659 3.77e-05 0.0687 CAGTGTCTGGGTGAG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 117384 117398 3.83e-05 0.0693 AAAGTTATGGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 594369 594383 3.83e-05 0.0693 TGAGGCCCGGGTTCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 102945 102959 3.92e-05 0.0707 TAATGTTTGGATGTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII - 297809 297823 3.99e-05 0.0716 AGTTGCGCGGGTTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 1301123 1301137 4.02e-05 0.0717 GGATGTTTGGGTTGT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII - 310699 310713 4.04e-05 0.0719 TAATGTGTGGGTCCC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 250562 250576 4.21e-05 0.0742 CAAGGTACTGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 700258 700272 4.21e-05 0.0742 CTGTGCTTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX - 257503 257517 4.23e-05 0.0743 TGTTGTTTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 308202 308216 4.28e-05 0.0748 AAATGTATGGGTCAC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI + 649455 649469 4.45e-05 0.0775 TGGTGAATGGATTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV - 241561 241575 4.6e-05 0.0798 TGGTGTTTAGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 103985 103999 4.63e-05 0.0798 ATATGTAAAGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 222109 222123 4.66e-05 0.0798 AAAGGTACTGGTGAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 216473 216487 4.66e-05 0.0798 CGGTGCCTGGGTTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 75168 75182 4.68e-05 0.0799 ATGTTTACGGATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 701141 701155 4.71e-05 0.08 AGATGCAAGGATTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 1257023 1257037 4.87e-05 0.0823 TGGGGCCCGGGTTCG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII - 410634 410648 4.92e-05 0.0829 GTGTGTATGTATGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV - 779901 779915 5e-05 0.0839 TGGGGTATGGGGGGG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV - 330968 330982 5.21e-05 0.087 AAATGTCTAGGTTTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 282131 282145 5.24e-05 0.0871 AGAGGAGTGGATGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIII + 754587 754601 5.47e-05 0.0906 TTATGTCTGGGTTAA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 579204 579218 5.77e-05 0.0948 TGGTTTATGGGTGGT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 1401416 1401430 5.77e-05 0.0948 AAATGATTGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 700167 700181 5.8e-05 0.095 TGGTGTGTGGGGGAT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII + 455074 455088 6.03e-05 0.0983 CTAGGTGAGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 593066 593080 6.22e-05 0.101 AGATGTATGGAGTTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrV + 302934 302948 6.85e-05 0.11 GGAGGCCTTGGTGTA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 1019141 1019155 6.85e-05 0.11 TAATGTTTGGGTTTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrII + 415665 415679 6.96e-05 0.112 TAATGTCTGGATGAC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 833982 833996 7.06e-05 0.113 TTATGCTCGGGTTCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 833982 833996 7.06e-05 0.113 TTATGCTCGGGTTCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 883701 883715 7.28e-05 0.116 TGATGAATGGGTCGT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVIII - 49325 49339 7.4e-05 0.117 GTGGGAATGGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 576735 576749 7.56e-05 0.119 AGAGGTAAAGGTGGT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 796605 796619 7.56e-05 0.119 TGGTGCAAGGATTGA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 1019165 1019179 7.67e-05 0.12 GTGGGTCTGGGTCCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV + 308139 308153 7.87e-05 0.121 ACATGTATGGGTGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 558710 558724 7.87e-05 0.121 GAATGAACTGGTGCA
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 821945 821959 7.87e-05 0.121 TTGTGTACAGATGAG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXVI - 821945 821959 7.87e-05 0.121 TTGTGTACAGATGAG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIX - 257531 257545 7.96e-05 0.122 CGGTGTACAGATTTC
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrIV - 411461 411475 8.08e-05 0.124 GGTGGTGTGGGTGGG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI - 108901 108915 8.29e-05 0.126 ATGTGTTTGGATGAT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXV + 1028879 1028893 8.46e-05 0.128 AAATGTGAAGATGTT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXI + 68566 68580 8.72e-05 0.132 TAAGGAATGGGTTTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 899478 899492 8.89e-05 0.134 CGAGGTATGTATGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrVII + 609630 609644 9.02e-05 0.135 TAATGTTAGGATGTG
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXIV + 416044 416058 9.57e-05 0.143 AAAGGTTTAGGTGCT
WRATGTAYGGRTGTW MEME-3 chrXII + 370715 370729 9.77e-05 0.146 TGAGGTGAGGGTGGC
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--MOT1/fimo_out_3 --bgfile /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--MOT1/background --motif WRATGTAYGGRTGTW /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--MOT1/meme_out/meme.xml /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--MOT1/AWRI1631--MOT1.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--MOT1/fimo_out_3
    MEME file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--MOT1/meme_out/meme.xml
    sequence file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--MOT1/AWRI1631--MOT1.fa
  
  

    background file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--MOT1/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

Go to top