Database and Motifs High-scoring Motif Occurences Debugging Information


FIMO - Motif search tool

FIMO version 4.12.0, (Release date: Tue Jun 27 16:22:50 2017 -0700)

For further information on how to interpret these results or to get a copy of the FIMO software please access http://meme.nbcr.net

If you use FIMO in your research, please cite the following paper:
Charles E. Grant, Timothy L. Bailey, and William Stafford Noble, "FIMO: Scanning for occurrences of a given motif", Bioinformatics, 27(7):1017-1018, 2011. [full text]

DATABASE AND MOTIFS

DATABASE /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--INO80/AWRI1631--INO80.fa
Database contains 664 sequences, 207100 residues

MOTIFS /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--INO80/meme_out/meme.xml (DNA)

MOTIF WIDTH BEST POSSIBLE MATCH
TAMCCACTRVRCCAHVNVRSC 21 TAACCACTAGGCCACAAGGGC
CCSVYGAYCTYCWSRTTRNDAGYSWGAYGC 30 CCCCTGATCTTCTGATTAATAGTCAGACGC
RDRATGTAYGGRTGT 15 AAGATGTATGGGTGT

Random model letter frequencies (/srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--INO80/background):
A 0.307 C 0.193 G 0.193 T 0.307

SECTION I: HIGH-SCORING MOTIF OCCURENCES
Motif ID Alt ID Sequence Name Strand Start End p-value q-value Matched Sequence
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVIII + 383098 383112 2.06e-08 0.00266 ATGATGTATGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV + 222132 222146 2.65e-08 0.00266 AGGGTGTACGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrX + 157585 157599 3.6e-08 0.00266 GAGATGTATGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXIII - 296965 296979 3.87e-08 0.00266 TAGATGTATGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII - 922344 922358 4.73e-08 0.00266 AATATGTACGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVI + 65164 65178 4.73e-08 0.00266 AATATGTACGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV + 79945 79959 4.73e-08 0.00266 AATATGTACGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrX + 157602 157616 5.39e-08 0.00266 AAAGTGTACGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXVI - 794654 794668 8.21e-08 0.0036 AATATGTATGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII + 932264 932278 9.6e-08 0.00379 CAGATGTACGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrII + 593082 593096 1.07e-07 0.00383 AAGATGTATGGATGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXIII - 225544 225558 1.18e-07 0.00388 AGAATGTACGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrII + 415680 415694 1.28e-07 0.00388 AAAATGCATGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII + 932272 932286 1.37e-07 0.00388 CGGATGTACGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrII - 181494 181508 1.59e-07 0.00418 GTAATGTATGGGTGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXIII - 551618 551632 1.72e-07 0.00424 ATAATGTATGGGTGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIX - 68349 68363 2.16e-07 0.00425 GTAATGTACGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV - 1359595 1359609 2.16e-07 0.00425 GTAATGTACGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrII + 89798 89812 2.49e-07 0.00425 AGGGTGTATGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV + 679007 679021 2.49e-07 0.00425 AATATGTACGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII - 818998 819012 2.49e-07 0.00425 AATATGTACGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrII - 45169 45183 2.54e-07 0.00425 AGAATGTACGGATGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVIII + 505998 506012 2.54e-07 0.00425 GAAATGTATGGATGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXIII + 551525 551539 2.58e-07 0.00425 TAAATGTATGGGTGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV - 229653 229667 2.76e-07 0.0043 CTGATGTACGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrV - 396378 396392 2.83e-07 0.0043 AAAGTGTACGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXVI + 378837 378851 3.25e-07 0.00456 CGAATGTACGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVI + 221917 221931 3.3e-07 0.00456 AAAATGTACGGGTGA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVI + 224054 224068 3.43e-07 0.00456 AGTATGTACGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXI - 108920 108934 3.55e-07 0.00456 TAAATGTACGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII - 371354 371368 3.58e-07 0.00456 GAGGTGCATGGGTGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrV + 140672 140686 3.87e-07 0.00477 AAAAGGTATGGGTGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrI + 82107 82121 4.59e-07 0.00544 GAGGTGCACGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV + 1028904 1028918 4.82e-07 0.00544 CAAATGTACGGATGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXVI - 406370 406384 4.93e-07 0.00544 GAAAGGTACGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII + 254344 254358 4.96e-07 0.00544 AATATGCACGGGTGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrX - 607995 608009 5.39e-07 0.00552 AGGATGTATGGATGG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrX + 703448 703462 5.7e-07 0.00552 TGGATGCATGGGTGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV + 358246 358260 5.8e-07 0.00552 ATAATGTATGGGTGG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV + 341440 341454 6.13e-07 0.00552 AAAATGTACGGATGG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII + 713369 713383 6.13e-07 0.00552 CATATGTACGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrV - 53718 53732 6.22e-07 0.00552 AATATGTGTGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV + 130746 130760 6.22e-07 0.00552 AAAATGTGCGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII + 366234 366248 6.22e-07 0.00552 AATATGTGTGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIX + 254355 254369 6.29e-07 0.00552 AGAATGTGTGGGTGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII + 781653 781667 6.71e-07 0.0056 AAAATGCACGGATGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXI - 431493 431507 6.8e-07 0.0056 ATTGTGTATGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXVI - 732103 732117 6.8e-07 0.0056 TAAAGGTATGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXVI + 76540 76554 7.02e-07 0.00565 TGGATGTACGGGTGA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXIII - 225531 225545 7.66e-07 0.00575 GTAATGCACGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII + 149303 149317 7.91e-07 0.00575 AGTATGTATGGGTGG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII - 555509 555523 7.91e-07 0.00575 TTAATGCACGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII + 932297 932311 8.11e-07 0.00575 ATAATGCACGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrV - 305984 305998 8.19e-07 0.00575 TAAATGTGTGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII + 438755 438769 8.32e-07 0.00575 AAAATGTATGGATGG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII - 241806 241820 8.32e-07 0.00575 TATATGTACGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII - 254327 254341 8.5e-07 0.00575 AAGATGTATGGGTTC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVIII - 126101 126115 8.6e-07 0.00575 TAGGTGTACGGATGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVIII - 175181 175195 8.6e-07 0.00575 ATGATGTATGGGTCT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII + 48900 48914 8.96e-07 0.0059 AAGATGTACGGATCT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII + 788526 788540 1.08e-06 0.00702 AGTATGCACGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXIII - 732205 732219 1.11e-06 0.00706 GCGATGTGCGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV - 217313 217327 1.19e-06 0.00735 AAAATGTACGGGTTC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII - 726586 726600 1.22e-06 0.00735 ATAGGGTATGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII - 726603 726617 1.22e-06 0.00735 ATAGGGTATGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII - 282656 282670 1.26e-06 0.00735 AAGATGTACAGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrII - 605915 605929 1.26e-06 0.00735 AAGATGTACAGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrV - 270486 270500 1.28e-06 0.00735 GGTATGTATGGGTGA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXIV + 444618 444632 1.28e-06 0.00735 AAGAGGTACGGATGG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV + 308138 308152 1.37e-06 0.00747 AACATGTATGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrV - 85299 85313 1.39e-06 0.00747 GAGGGGTATGGGTGG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrII - 477233 477247 1.42e-06 0.00747 TAAATGTGTGGGTGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXVI - 794636 794650 1.42e-06 0.00747 GAGATGTTCGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII + 149315 149329 1.44e-06 0.00747 TGGGTGTATGGATGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV - 168206 168220 1.44e-06 0.00747 GTGATGTGTGGGTGG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII + 535001 535015 1.44e-06 0.00747 CAAATGCACGGATGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrII - 332524 332538 1.46e-06 0.00748 GAATTGTATGGGTGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV + 93109 93123 1.51e-06 0.00755 CATGTGTACGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXVI + 378812 378826 1.51e-06 0.00755 GAAATGTATGGGTTC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV - 117369 117383 1.58e-06 0.00779 GATATGTATGGGTCT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII + 796631 796645 1.75e-06 0.00855 AGGAGGCACGGATGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV - 229629 229643 1.87e-06 0.00902 GATATGTATGGGTTT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV - 1025875 1025889 1.93e-06 0.00917 GTGATGAATGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV + 866753 866767 2.21e-06 0.0104 GGTTTGTATGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVIII - 75152 75166 2.28e-06 0.0106 AAAATGTACAGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII - 277226 277240 2.53e-06 0.0116 CGGGTGTATGGGTCT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV - 1270407 1270421 2.56e-06 0.0116 GTGTGGTACGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXIV + 63315 63329 2.59e-06 0.0116 AAAATGTTCGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXVI - 302828 302842 2.63e-06 0.0116 AGGATGTCTGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXIII - 298717 298731 2.67e-06 0.0117 GTAATGTCTGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII + 649131 649145 2.92e-06 0.0126 GTAATGTATGGGTTC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV - 1301108 1301122 2.95e-06 0.0126 ACAGTGCACGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV + 168185 168199 2.97e-06 0.0126 TATAGGCACGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIX - 316351 316365 3.02e-06 0.0127 ATAATGTATGGGTTC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXIV + 495375 495389 3.08e-06 0.0128 AGGAGGTTTGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrX + 75515 75529 3.16e-06 0.013 GTGAGGTGTGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV + 161243 161257 3.19e-06 0.013 CCGATGTATGGGTTT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVIII + 149079 149093 3.4e-06 0.0137 ATGGTGCATGGGTGA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVIII + 383115 383129 3.58e-06 0.0143 CGGATGTTCGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXIV + 444602 444616 3.69e-06 0.0145 ATAATGTACGGATTT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII - 522302 522316 3.72e-06 0.0145 TTTGTGTACGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVI + 95633 95647 4.07e-06 0.0158 CCGGTGTGTGGGTGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXIII + 754569 754583 4.18e-06 0.016 TGGATGTATGGGGGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV - 216458 216472 4.4e-06 0.0165 GGAAGGCGCGGGTGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV + 1451080 1451094 4.4e-06 0.0165 AATATGTACAGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV - 94634 94648 4.46e-06 0.0165 ATATTGCATGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXIV - 330949 330963 4.46e-06 0.0165 TAGATGTAAGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV - 308203 308217 4.81e-06 0.0176 GAAATGTATGGGTCA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV - 505318 505332 4.88e-06 0.0177 CATATGTTTGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII + 1028410 1028424 4.96e-06 0.0178 AAAATGTATGGGTCA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII - 922318 922332 5.34e-06 0.019 GTGAGGTATGGGTTC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIII + 163644 163658 5.43e-06 0.0191 TGGGTGCGTGGGTGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIII + 178469 178483 5.53e-06 0.0192 AAAATGTACAGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrII - 604300 604314 5.53e-06 0.0192 AAAATGTACAGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrV - 423271 423285 5.72e-06 0.0196 AAGGTGTACGGAGGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII + 366216 366230 5.88e-06 0.02 GAAAGGTACGGATTT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII + 932256 932270 6.1e-06 0.0206 CAGATGTACAGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV - 1401432 1401446 6.36e-06 0.0213 TATATGTGTGGGTGG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrII + 89778 89792 6.46e-06 0.0214 AAAGTGCAAGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV - 1359610 1359624 6.65e-06 0.0219 AGCATGCATGGGTGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV + 93083 93097 6.82e-06 0.0222 TAAATGTACGGGTTG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII - 241827 241841 7.03e-06 0.0228 TGAATGCATGGGTTT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII + 649146 649160 7.19e-06 0.0231 TCGTTGTACGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrII + 45185 45199 7.32e-06 0.0233 TGTATGTTTGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV - 505293 505307 7.38e-06 0.0233 ATTGTGTATGGGTTT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXVI - 188789 188803 7.43e-06 0.0233 CCGATGCATGGGTTT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV - 411434 411448 7.66e-06 0.0234 CCGGGGTGTGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXI + 619008 619022 7.66e-06 0.0234 TAGAGGCACGGATGG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII - 1028397 1028411 7.71e-06 0.0234 TTGGTGCATGGGTGA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrII + 61070 61084 7.77e-06 0.0234 GGGGTGTACAGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII - 498672 498686 7.77e-06 0.0234 AGGATGCACGGAGGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVIII + 505985 505999 8.04e-06 0.0241 AAAATGTCTGGGTGA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIII + 163674 163688 8.59e-06 0.0255 ATATGGTATGGGTGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII - 310700 310714 8.64e-06 0.0255 GTAATGTGTGGGTCC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII - 674053 674067 8.76e-06 0.0256 CTGGTGCATGGGTCT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV - 866737 866751 9.1e-06 0.0264 AGAATGCTTGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV - 835950 835964 9.25e-06 0.0267 GCGGGGCGTGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXVI - 406490 406504 9.54e-06 0.0269 CTAAGGTATGGATGG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII - 522277 522291 9.54e-06 0.0269 ATAATGTACAGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII + 819037 819051 9.54e-06 0.0269 GTAATGTATGGGTTA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIX + 99807 99821 9.77e-06 0.0274 TAAATGTACTGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrX - 608013 608027 9.85e-06 0.0274 GATATGTATGGGTTA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrX - 651445 651459 1.02e-05 0.0281 AATATGTATGGGTTA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV - 579225 579239 1.03e-05 0.0281 AAAATGTTTGGGTCT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrX + 75557 75571 1.05e-05 0.0287 GTGATGTATGGGCGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXIII + 732219 732233 1.09e-05 0.0295 CGCATGTGTGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII - 897860 897874 1.11e-05 0.0298 TGGAGGTACAGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrV - 85270 85284 1.13e-05 0.03 GCAAGGTCTGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIX - 257504 257518 1.17e-05 0.0311 GTGTTGTTTGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrII - 477214 477228 1.2e-05 0.0317 TGAATGTACGGAGGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV + 1492757 1492771 1.23e-05 0.0322 GATGTGCATGGATGA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrV + 53732 53746 1.26e-05 0.0326 TTGGTGTTCGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV - 308223 308237 1.27e-05 0.0327 TATATGTAAGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVIII + 451496 451510 1.36e-05 0.0348 GATGGGTAAGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVI + 65141 65155 1.4e-05 0.0356 ATAATTTATGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII - 282673 282687 1.43e-05 0.036 AAAATGTACGGAGGG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrX - 73581 73595 1.44e-05 0.036 GTGGTGCAAGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVIII - 297056 297070 1.44e-05 0.036 GTGATGTACTGGTGG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrV - 362349 362363 1.47e-05 0.0366 ATATTGTATGGGTTT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV - 216450 216464 1.51e-05 0.0373 CGGGTGCTCGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrII - 165256 165270 1.58e-05 0.0389 GCGGTGTATGGGTTA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV + 978935 978949 1.64e-05 0.04 AGGATGAATGGGTTC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrV - 396396 396410 1.67e-05 0.0404 AAAATGTTTGGGTTC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXIII - 551602 551616 1.68e-05 0.0405 AATATGTACTGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrX - 90260 90274 1.76e-05 0.042 GCCATGTATGGGTGA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV - 1401417 1401431 1.84e-05 0.0437 AAAATGATTGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII - 310685 310699 1.89e-05 0.0446 CTGGTGTACAGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrV - 270525 270539 1.96e-05 0.046 AGGATGTAAAGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrII - 604284 604298 2.03e-05 0.047 TAAATGTACGGATTA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII + 555523 555537 2.07e-05 0.047 AAAGTGTTTGGGTTT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV + 79923 79937 2.08e-05 0.047 AGGAGGCATGGGTCA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrII - 168034 168048 2.08e-05 0.047 AATATGTCTGGGTTT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV + 779862 779876 2.08e-05 0.047 TGATTGTATGGGTTT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV - 117385 117399 2.1e-05 0.047 AAAAGTTATGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrV + 140709 140723 2.1e-05 0.047 ATGGGGTATGGGGGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXIV + 495392 495406 2.1e-05 0.047 ATAGTGTACGGATTG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVIII + 504797 504811 2.18e-05 0.0485 TTGATGTTTGGGTCT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII + 438732 438746 2.22e-05 0.0492 GTGGTGCACAGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV + 980969 980983 2.23e-05 0.0493 ATAATGAGTGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXI - 618982 618996 2.27e-05 0.0497 TAGTTGTCTGGGTGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXIII + 288462 288476 2.28e-05 0.0498 GATATGTATGGACGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrII + 593065 593079 2.4e-05 0.052 AAGATGTATGGAGTT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXI - 158399 158413 2.49e-05 0.0537 AGTGTGCACGGGTTG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXVI - 700259 700273 2.52e-05 0.0541 GCTGTGCTTGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrII + 415664 415678 2.56e-05 0.0547 GTAATGTCTGGATGA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV + 253975 253989 2.58e-05 0.0548 GCGGTGTACGGATTA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXI - 313495 313509 3.09e-05 0.0653 CAGGTGTGCAGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII + 700724 700738 3.13e-05 0.0655 CGGAGGCGCGGGTTC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII + 700724 700738 3.13e-05 0.0655 CGGAGGCGCGGGTTC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXVI - 700133 700147 3.22e-05 0.0669 GTGATGTAAGGATTC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXVI - 281078 281092 3.38e-05 0.0699 GGGATTCATGGGTGG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrX - 90246 90260 3.47e-05 0.0713 AGAATGTTCAGGTGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrII - 168051 168065 3.48e-05 0.0713 AGGAGGTACTGGTGA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII + 1019140 1019154 3.51e-05 0.0714 TTAATGTTTGGGTTT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII + 883700 883714 3.55e-05 0.0718 GTGATGAATGGGTCG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV - 779902 779916 3.66e-05 0.0738 GTGGGGTATGGGGGG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV + 980673 980687 3.78e-05 0.0756 AAATTGTATGGGCGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII - 592535 592549 3.83e-05 0.0756 CGGATGCAAGGGTTC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrX + 617987 618001 3.83e-05 0.0756 CGGATGCAAGGGTTC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII + 732158 732172 3.83e-05 0.0756 CGGATGCAAGGGTTC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXVI - 520363 520377 3.85e-05 0.0757 GCGAGGCCTGGGTGG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV - 491130 491144 3.94e-05 0.0771 TGAATGATTGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV - 411462 411476 4.03e-05 0.0784 TGGTGGTGTGGGTGG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV - 579205 579219 4.16e-05 0.0801 ATGGTTTATGGGTGG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVIII + 297032 297046 4.18e-05 0.0801 GGTGGGTATGGGTCA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXVI - 406386 406400 4.18e-05 0.0801 AAAATGTTTGGAGGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXI - 108902 108916 4.21e-05 0.0803 AATGTGTTTGGATGA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV + 222108 222122 4.24e-05 0.0804 GAAAGGTACTGGTGA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVIII + 134266 134280 4.29e-05 0.0811 GTAATGCAAGGATGA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXIII + 552857 552871 4.42e-05 0.0828 CGGTGGTAAGGGTGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV + 1301122 1301136 4.42e-05 0.0828 TGGATGTTTGGGTTG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrV + 433409 433423 4.45e-05 0.0829 AGAATTTACGGGTTT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII + 781635 781649 4.48e-05 0.083 TAATTGTGTGGGTTT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVIII - 126115 126129 4.58e-05 0.0845 AAAATGTAAAGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV + 968266 968280 4.74e-05 0.087 GGGGTGCGTGGGCGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV - 525708 525722 4.79e-05 0.0876 TGTGGGTATGGATTT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXIII + 551540 551554 4.92e-05 0.0895 GTAATGTACAGATTT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII + 932248 932262 5.07e-05 0.0918 TTTGTGTACAGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVIII - 103986 104000 5.19e-05 0.0935 GATATGTAAAGGTGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIV - 1163000 1163014 5.36e-05 0.0962 CTGATGCATTGATGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV + 282130 282144 5.54e-05 0.0986 TAGAGGAGTGGATGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXVI - 700168 700182 5.54e-05 0.0986 ATGGTGTGTGGGGGA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII + 611224 611238 5.61e-05 0.0993 TATGTGTATGGATCA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIX + 254405 254419 5.79e-05 0.102 GTATGGTCTGGGTGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII - 481062 481076 5.82e-05 0.102 GCCATGTATGGATCC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrV + 355026 355040 5.98e-05 0.104 TGTATGTATGGGGTT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrV + 355026 355040 5.98e-05 0.104 TGTATGTATGGGGTT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXIV - 241562 241576 6.11e-05 0.106 ATGGTGTTTAGGTGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII + 609629 609643 6.25e-05 0.108 CTAATGTTAGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXI - 558860 558874 6.39e-05 0.11 ATATTGTCTGGGTGA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXIII + 288578 288592 6.43e-05 0.11 CTCTGGTATGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV - 594370 594384 6.54e-05 0.111 ATGAGGCCCGGGTTC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrX - 622622 622636 6.65e-05 0.113 CTTAGGTAAGGGTGA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII + 701140 701154 6.73e-05 0.113 AAGATGCAAGGATTG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVII + 701140 701154 6.73e-05 0.113 AAGATGCAAGGATTG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVI + 65272 65286 6.92e-05 0.115 AGTAGGAAAGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrVIII - 75169 75183 6.92e-05 0.115 TATGTTTACGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrV - 306000 306014 7.18e-05 0.119 AGGATGTGTGGGCTT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrII - 332540 332554 7.18e-05 0.119 AACATGTTTGGGTTT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrIX - 257532 257546 7.26e-05 0.119 GCGGTGTACAGATTT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXI - 158420 158434 7.38e-05 0.121 GTTATGTACAGATTT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXVI + 520330 520344 7.43e-05 0.121 TGCAGGTCTGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV + 780704 780718 7.68e-05 0.125 TTAATGTATAGGTTC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII - 796522 796536 8.36e-05 0.135 AAGTTTCACGGATGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrV + 61862 61876 8.55e-05 0.137 GAAATGAATGGATTA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrII + 605954 605968 8.55e-05 0.137 TGGAGGCAAGGATGA
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII - 233329 233343 8.87e-05 0.14 AATGGGTAAGGGTTC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII - 233329 233343 8.87e-05 0.14 AATGGGTAAGGGTTC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII - 233329 233343 8.87e-05 0.14 AATGGGTAAGGGTTC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXII - 233329 233343 8.87e-05 0.14 AATGGGTAAGGGTTC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXVI + 481546 481560 8.96e-05 0.141 ACAAGGCTTGGATGG
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXVI - 700146 700160 9.19e-05 0.144 TGGGGGATTGGGTGT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXI - 558711 558725 9.48e-05 0.148 CGAATGAACTGGTGC
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXIII + 652464 652478 9.58e-05 0.149 AAAGTGAGTGGATCT
RDRATGTAYGGRTGT MEME-3 chrXV + 1028878 1028892 9.91e-05 0.153 GAAATGTGAAGATGT
DEBUGGING INFORMATION

Command line: 

/software/meme/4.12.0/bin/fimo --parse-genomic-coord --verbosity 1 --oc /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--INO80/fimo_out_3 --bgfile /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--INO80/background --motif RDRATGTAYGGRTGT /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--INO80/meme_out/meme.xml /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--INO80/AWRI1631--INO80.fa

Settings: 


  

    output_directory = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--INO80/fimo_out_3
    MEME file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--INO80/meme_out/meme.xml
    sequence file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--INO80/AWRI1631--INO80.fa
  
  

    background file name = /srv/www/kundaje/amr1/yeastvar/meme_results/results/aa_results/AWRI1631--INO80/background
    alphabet = DNA
    max stored scores = 100000
  
  

    allow clobber = true
    compute q-values = true
    parse genomic coord. = true
  

  

    text only = false
    scan both strands = true
    max strand = false
  

  

    threshold type = p-value
    output theshold = 0.0001
    pseudocount = 0.1
  

  

    alpha = 1
    verbosity = 1

This information can be useful in the event you wish to report a problem with the FIMO software.

Go to top